Questa ricerca è stata sostenuta dalla National Science Foundation (DBI 0227541).

<ol>
	<li>Brewer, M. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+of+a+controlled+vocabulary+and+software+application+to+analyze+fruit+shape+variation+in+tomato+and+other+plant+species.">Development of a controlled vocabulary and software application to analyze fruit shape variation in tomato and other plant species.</a> Plant Physiol. 141 (1), 15-25 (2006).</li><li>Gonzalo, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tomato+Fruit+Shape+Analysis+Using+Morphometric+and+Morphology+Attributes+Implemented+in+Tomato+Analyzer+Software+Program.">Tomato Fruit Shape Analysis Using Morphometric and Morphology Attributes Implemented in Tomato Analyzer Software Program.</a> Journal of the American Society for Horticultural Science. 134 (1), 77-87 (2009).</li><li>Darrigues, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tomato+analyzer-color+test:+A+new+tool+for+efficient+digital+phenotyping.">Tomato analyzer-color test: A new tool for efficient digital phenotyping.</a> Journal of the American Society for Horticultural Science. 133 (4), 579-586 (2008).</li><li>Brewer, M. T., Moyseenko, J. B., Monforte, A. J., van der Knaap, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Morphological+variation+in+tomato:+a+comprehensive+study+of+quantitative+trait+loci+controlling+fruit+shape+and+development.">Morphological variation in tomato: a comprehensive study of quantitative trait loci controlling fruit shape and development.</a> J Exp Bot. 58 (6), 1339-1349 (2007).</li><li>Gonzalo, M. J., Knaap, E. v. a. n. d. e. r. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+comparative+analysis+into+the+genetic+bases+of+morphology+in+tomato+varieties+exhibiting+elongated+fruit+shape.">A comparative analysis into the genetic bases of morphology in tomato varieties exhibiting elongated fruit shape.</a> Theor Appl Genet. 116 (5), 647-656 (2008).</li><li>Rodr&#237;guez, G. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Diversity+of+SUN,+OVATE+and+FAS+in+the+tomato+germplasm+and+their+effect+on+fruit+morphology+(in+preparation.">Diversity of SUN, OVATE and FAS in the tomato germplasm and their effect on fruit morphology (in preparation.</a> , .</li><li>Wu, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Masters Thesis. , (2009).</li><li>Orsi, C. H., Tanksley, S. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Natural+variation+in+an+ABC+transporter+gene+associated+with+seed+size+evolution+in+tomato+species.">Natural variation in an ABC transporter gene associated with seed size evolution in tomato species.</a> PLoS Genet. 5 (1), e1000347-e1000347 (2009).</li><li>Yue, B., Cai, X., Yuan, W., Vick, B., Hu, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mapping+quantitative+trait+loci+(QTL)+controlling+seed+morphology+and+disk+diameter+in+sunflower+(Helianthus+annuus+L).">Mapping quantitative trait loci (QTL) controlling seed morphology and disk diameter in sunflower (Helianthus annuus L).</a> Helia. 32, 17-35 (2009).</li><li>Zeng, Z. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Theoretical+Basis+for+Separation+of+Multiple+Linked+Gene+Effects+in+Mapping+Quantitative+Trait+Loci.">Theoretical Basis for Separation of Multiple Linked Gene Effects in Mapping Quantitative Trait Loci.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 90 (23), 10972-10976 (1993).</li><li>Zeng, Z. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Precision+Mapping+of+Quantitative+Trait+Loci.">Precision Mapping of Quantitative Trait Loci.</a> Genetics. 136 (4), 1457-1468 (1994).</li><li>Jiang, C. J., Zeng, Z. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multiple-Trait+Analysis+of+Genetic-Mapping+for+Quantitative+Trait+Loci.">Multiple-Trait Analysis of Genetic-Mapping for Quantitative Trait Loci.</a> Genetics. 140 (3), 1111-1127 (1995).</li><li>. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> IPGRI Descriptors for Tomato (Lycopersicon spp.). , 47-47 (1996).</li><li>. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> UPOV Guidelines for the Conduct of Tests for Distinctness, Uniformity, and Stability. TOMATO (Lycopersicon Lycopersicum (L.) Karsten Ex Farw.). , 51-51 (2001).</li><li>Depypere, L., Chaerle, P., Mijnsbrugge, K. V., Goetghebeur, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Stony+endocarp+dimension+and+shape+variation+in+Prunus+section+Prunus.">Stony endocarp dimension and shape variation in Prunus section Prunus.</a> Annals of Botany. 100 (7), 1585-1597 (2007).</li><li>Depypere, L., Chaerle, P., Breyne, P., Mijnsbrugge, K. V., Goetghebeur, P., P, . <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+combined+morphometric+and+AFLP+based+diversity+study+challenges+the+taxonomy+of+the+European+members+of+the+complex+Prunus+L.+section+Prunus.+.">A combined morphometric and AFLP based diversity study challenges the taxonomy of the European members of the complex Prunus L. section Prunus. .</a> Plant systematics and evolution. 279 (1-4), 219-231 (2009).</li><li>Xiao, H., Jiang, N., Schaffner, E., Stockinger, E. J., van der Knaap, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+retrotransposon-mediated+gene+duplication+underlies+morphological+variation+of+tomato+fruit.">A retrotransposon-mediated gene duplication underlies morphological variation of tomato fruit.</a> Science. 319 (5869), 1527-1530 (2008).</li></ol>

Valutazione high-throughput e accurata della morfologia delle piante d&#39;organo e il colore è difficile a causa della sua natura quantitativa e quantificazione spesso soggettiva. TA fornisce misurazioni oggettive e precise di tratti di frutta diversi morfologiche e colorimetriche in modo high-throughput e semi-automatiche. L&#39;utilità del TA è stato dimostrato in studi che hanno portato alla identificazione di forma pomodoro frutta QTL 2,4,5. Inoltre, la classificazione dei cultivars6 e la tassonomia di un gruppo di specie è stata valutata utilizzando l&#39;uscita di AT 15,16. Alta espressione dei risultati frutto di pomodoro gene dom forma in 17 frutti allungati. Utilizzando la forma TA, delle foglie e cotiledone è stato determinato nelle linee che esprimono SUN per un elevato livello 7, dimostrando che l&#39;applicazione può essere utilizzata efficacemente per misurare la morfologia degli organi della pianta anche altri. Inoltre, AT è stato di fondamentale importanza per identificare le basi genetiche della dimensione dei semi di pomodoro e semi di girasole 8,9. Infine, il modulo di prova colore implementato in TA è più preciso e accurato, e meno costoso rispetto ad altri metodi per analizzare il colore di frutta in pomodoro. In sintesi, TA è diventato uno strumento chiave per la valutazione oggettiva e affidabile della morfologia e la variazione di colore degli organi delle piante.

tomato analyzer: a useful software application to collect accurate and detailed morphological and colorimetric data from two-dimensional objects

Misura morfologia frutta e tratti a colori di colture vegetali e frutta in modo oggettivo e riproducibile è importante per la dettagliata analisi fenotipica di questi tratti. Pomodoro Analyzer (TA) è un programma software che misura 37 attributi relativi alla forma bidimensionale in un 1,2 modo semi-automatico e riproducibile. Molti di questi attributi, come gli angoli alle estremità distali e prossimali del frutto e le aree di rientro, sono difficili da quantificare manualmente. Gli attributi sono organizzati in dieci categorie all&#39;interno del software: misurazione di base, Forma Indice di frutta, quadrettature, omogeneità, prossimale forma finale di frutta, distale Forma Fine Frutta, asimmetria, eccentricità interno, Sezione latitudine e Morfologia. L&#39;ultima categoria non richiede né conoscenze pregresse né predeterminato di nozioni gli attributi della forma, così l&#39;analisi morfometrica offre un&#39;opzione imparziale che può essere meglio adattata ad alta velocità di analisi di analisi degli attributi. TA offre anche l&#39;applicazione del test del colore che è stato progettato per raccogliere dati a colori dalle immagini acquisite e permettere la scansione dei dispositivi da calibrare con standard di colore 3. TA fornisce diverse opzioni per esportare e analizzare la forma degli attributi, morfometrici, e dati a colori. I dati potranno essere esportati in un file excel in modalità batch (più di 100 immagini in una sola volta) o esportati come immagini singole. L&#39;utente può scegliere tra l&#39;uscita che visualizza la media per ogni attributo per gli oggetti in ogni immagine (tra cui deviazione standard), oppure un output che visualizza i valori degli attributi per ogni oggetto sull&#39;immagine. TA è stato uno strumento prezioso ed efficace per identificando gli e confermando pomodoro frutta Quantitative Trait Loci forma (QTL), oltre a svolgere analisi approfondite degli effetti di geni chiave forma di frutta sulla morfologia delle piante. Inoltre, TA può essere utilizzato per classificare oggettivamente frutta in categorie varie forme. Infine, la forma di frutta e tratti a colori in altre specie vegetali così come di altri organi della pianta come foglie e semi possono essere valutati con TA.

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Tomato Analyzer: A Useful Software Application to Collect Accurate and Detailed Morphological and Colorimetric Data from Two-dimensional Objects

Pomodoro Analyzer (TA) quantifica gli attributi di due forme dimensionali e di colore in modo riproducibile e accurato. Un passo-passo procedura per ottenere immagini di alta qualità digitalizzate di pomodori, le analisi morfologiche e colori di queste immagini e le diverse applicazioni utilizzando i dati generati da questo software sono descritte.

Pomodoro Analyzer: un&#39;applicazione software utili per raccogliere i dati morfologici e colorimetriche precise e dettagliate di oggetti bidimensionali

Measuring fruit morphology and color traits of vegetable and fruit crops in an objective and reproducible way is important for detailed phenotypic ...

tomato-analyzer-useful-software-application-to-collect-accurate

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26.1K Views.  The Ohio State University. Pomodoro Analyzer (TA) quantifica gli attributi di due forme dimensionali e di colore in modo riproducibile e accurato. Un passo-passo procedura per ottenere immagini di alta qualità digitalizzate di pomodori, le analisi morfologiche e colori di queste immagini e le diverse applicazioni utilizzando i dati generati da questo software sono descritte.

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