Siamo grati a Sponer Jiří per condividere le coordinate di doppie eliche di DNA generati in simulazioni di dinamica molecolare. Riconosciamo anche Nada Špačková per l&#39;assistenza nel download di queste strutture. Sostegno di questo lavoro attraverso USPHS Assegni di ricerca GM34809 e GM096889 Si ringrazia.

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	<li>Lu, X. -. J., Olson, W. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=3DNA:+a+software+package+for+the+analysis,+rebuilding,+and+visualization+of+three-dimensional+nucleic+acid+structures.">3DNA: a software package for the analysis, rebuilding, and visualization of three-dimensional nucleic acid structures.</a> Nucleic Acids Res. 31, 5108-5121 (2003).</li><li>Lu, X. -. J., Olson, W. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=3DNA:+a+versatile,+integrated+software+system+for+the+analysis,+rebuilding,+and+visualization+of+three-dimensional+nucleic-acid+structures.">3DNA: a versatile, integrated software system for the analysis, rebuilding, and visualization of three-dimensional nucleic-acid structures.</a> Nature Protocols. 3, 1213-1227 (2008).</li><li>Zheng, G., Lu, X. -. J., Olson, W. 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W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RNA+FRABASE+2.0:+an+advanced+web-accessible+database+with+the+capacity+to+search+the+three-dimensional+fragments+within+RNA+structures.">RNA FRABASE 2.0: an advanced web-accessible database with the capacity to search the three-dimensional fragments within RNA structures.</a> BMC Bioinformatics. 11, 231 (2010).</li><li>&#268;ech, P., Svozil, D., Hoksza, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SETTER:+web+server+for+RNA+structure+comparison.">SETTER: web server for RNA structure comparison.</a> Nucleic Acids Res. , (2012).</li></ol>

Nessun conflitto di interessi dichiarati.

L&#39;insieme dei protocolli presentati in questo articolo toccare solo dalle capacità della suite 3DNA dei programmi. Gli strumenti possono essere applicati a RNA strutture per identificare coppie di basi non canonici, per determinare i contesti strutturali secondari in cui si verifica tale accoppiamento, per quantificare la disposizione spaziale dei frammenti elicoidali, per misurare la sovrapposizione delle basi lungo la catena dorsale, ecc Il comando ricostruzione permette all&#39;utente di costruire rappresentazio...

Comprendere le strutture tridimensionali di DNA, RNA e loro complessi con proteine, farmaci e altri ligandi, è cruciale per decifrare le loro diverse funzioni biologiche, e per permettere la progettazione razionale di terapeutica. Esplorazione di tali strutture comporta tre componenti separati, ma strettamente connessi: analisi (per estrarre i modelli in forme e interazioni), modelli (per la valutazione energetica e dinamica molecolare), e visualizzazione. Analisi strutturale e la costruzione del modello sono essenzialmente due facce della stessa medaglia, e la visualizzazione complementi entrambi. La suite 3DNA dei programmi del computer è sempre più popolare toolkit bioinformatica strutturale con capacità di analizzare, costruire, e visualizzare le strutture di acidi nucleici tridimensionali. Precedenti pubblicazioni illustrate le funzionalità del software 1, a condizione che le ricette di svolgere attività selezionate 2, ha introdotto l&#39;interfaccia web-baseda caratteristiche popolari del software 3, banche dati presentati di caratteristiche strutturali raccolti utilizzando 3DNA 4, 5 e illustrata l&#39;utilità del software nella analisi sia DNA e strutture di RNA 6, 7. L&#39;obiettivo di questo articolo è quello di portare il kit software 3DNA di scienziati di laboratorio e altri con interessi e / o necessità di indagare il DNA e l&#39;RNA organizzazione spaziale con strumenti di calcolo state-of-the-art. I protocolli presentati qui sono le istruzioni passo-passo (i) per scaricare e installare il software su un sistema Mac OS X, (ii-iii) analizzare e modificare le strutture del DNA a livello del componente passaggi di base-pair, ( iv-v) per analizzare e allineare insiemi di strutture relative al DNA, e (vi) per la costruzione di modelli di catene di DNA proteina-decorato con l&#39;intuitiva interfaccia web w3DNA. Il software ha la capacità di analizzare singole strutture risolti utilizzando metodi cristallografici a raggi X e grandiinsiemi di strutture determinate con metodi di risonanza magnetica nucleare (NMR) o generati mediante tecniche di simulazione al computer. Le strutture qui esaminate comprendono (i) la struttura cristallina ad alta risoluzione di DNA legato alla proteina Hbb da Borrelia burgdorferi 8 (il batterio zecche che causa la malattia di Lyme negli esseri umani 9, 10), (ii) due grandi insiemi di sequenza molecole correlate DNA prodotte con simulazioni molecolari 11 - 4.500 istantanee di d (GGCAAAATTTTGCC) 2 e d (CCGTTTTAAAACGG) 2 raccolti a incrementi di 100 PSEC durante i calcoli, e (iii) un piccolo ensemble di strutture NMR basati dell&#39;operatore DNA O3 legato alle testate del Escherichia coli Lac repressore proteico 12. Le istruzioni riportate di seguito includono informazioni su come accedere ai file di coordinate atomiche associate a ciascuna di queste strutture, nonché come utilizzare 3DNA (una copia di questo file viene trovatosul forum 3DNA a <a href="http://forum.x3dna.org/jove" target="_blank">http://forum.x3dna.org/jove</a> ) per esaminare e modificare queste strutture.

analyzing and building nucleic acid structures with 3dna

Il pacchetto software 3DNA è un popolare e versatile strumento di bioinformatica con capacità di analizzare, costruire, e visualizzare le strutture di acidi nucleici tridimensionali. Questo articolo presenta i protocolli dettagliati per un sottoinsieme di nuove e popolari funzionalità disponibili in 3DNA, applicabili ad entrambe le singole strutture e insiemi di strutture correlate. Protocollo 1 elenca la serie di istruzioni necessarie per scaricare e installare il software. Questo è seguito, nel protocollo 2, dall&#39;analisi di struttura di acido nucleico, compreso l&#39;inserimento di coppie di basi e la determinazione dei parametri di corpo rigido che descrivono la struttura e, nel protocollo 3, da una descrizione della ricostruzione di un atomico modello di una struttura da suoi parametri del corpo rigido. La versione più recente di 3DNA, versione 2.1, presenta nuove funzionalità per l&#39;analisi e la manipolazione di insiemi di strutture, come quelle dedotte da Resonance (NMR) misure magnetiche nucleari e dinamica molecolare (MDSimulazioni); queste caratteristiche sono presentati in protocolli 4 e 5. In aggiunta al pacchetto software stand-alone 3DNA, il server web w3DNA, situato a <a href="http://w3dna.rutgers.edu" target="_blank">http://w3dna.rutgers.edu</a> , fornisce un&#39;interfaccia user-friendly per le caratteristiche selezionate del software. Protocollo 6 viene illustrata una funzionalità romanzo del sito per la costruzione di modelli di lunghe molecole di DNA decorate con proteine ​​legate alle posizioni specificate dall&#39;utente.

Gli strumenti software 3DNA sono abitualmente utilizzati per analizzare le strutture di acidi nucleici. Per esempio, le identità di coppie di basi e dei parametri del corpo rigido che caratterizzano le modalità di basi in frammenti a doppia elica del DNA e strutture di RNA vengono calcolati e memorizzati automaticamente per ogni nuova voce nella Nucleic Acid Database 22, un repository mondiale di Acido nucleico informazioni strutturali. I valori dei parametri del corpo rigido determinate con protocollo 2 pr...

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Analyzing and Building Nucleic Acid Structures with 3DNA

Il pacchetto software 3DNA è un popolare e versatile strumento di bioinformatica con capacità di analizzare, costruire, e visualizzare le strutture di acidi nucleici tridimensionali. Questo articolo presenta i protocolli dettagliati per un sottoinsieme di nuove e popolari funzionalità disponibili in 3DNA, applicabili ad entrambe le singole strutture e insiemi di strutture correlate.

Analisi e costruzione di strutture acidi nucleici con 3DNA

The 3DNA software package is a popular and versatile bioinformatics tool with capabilities to analyze, construct, and visualize three-dimensional nucleic ...

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