Un protocollo semplice, rapido e parzialmente automatizzato per l'isolamento di singoli nuclei da tessuti di mammiferi congelati per il sequenziamento di singoli nuclei

Questa ricerca si concentra sul supporto di studi di scoperta di farmaci che utilizzano il sequenziamento di RNA a singolo nucleo per studiare l'efficacia e la sicurezza di potenziali trattamenti. Pertanto, stiamo sviluppando protocolli standardizzati di estrazione dei nuclei per campioni di tessuto fresco congelato da vari organi. Il nostro obiettivo era quello di automatizzare e standardizzare l'estrazione dei nuclei per ottenere risultati coerenti e affidabili riducendo la variabilità non biologica.

Il vantaggio è la parziale automazione attraverso l'utilizzo di un dissociatore robotico e il flusso di lavoro semplice e breve che può essere applicato su vari campioni di tessuto di diverse specie. Avere protocolli standardizzati può aiutarci a rispondere a domande sulla biodistribuzione dei farmaci, nonché a esplorare i meccanismi alla base di eventuali segnali di sicurezza che potremmo osservare. In futuro, testeremo l'applicabilità del nostro protocollo per altre applicazioni a valle, come ATAC-seq o multiomica.

Cercheremo anche di stabilire protocolli per rilevare transgeni viralmente espressi in singoli nuclei.