Простой, быстрый и частично автоматизированный протокол выделения одиночных ядер из замороженных тканей млекопитающих для секвенирования одного ядра

Это исследование направлено на поддержку исследований по открытию лекарств с использованием секвенирования РНК одного ядра для изучения эффективности и безопасности потенциальных методов лечения. Поэтому мы разрабатываем стандартизированные протоколы экстракции ядер для свежезамороженных образцов тканей из различных органов. Наша цель состояла в том, чтобы автоматизировать и стандартизировать экстракцию ядер для достижения стабильных и надежных результатов за счет снижения небиологической изменчивости.

Преимуществом является частичная автоматизация за счет использования робота-диссоциатора и простой и короткий рабочий процесс, который может быть применен к различным образцам тканей разных видов. Наличие стандартизированных протоколов может помочь нам ответить на вопросы о биораспределении лекарств, а также изучить механизмы, лежащие в основе любых сигналов безопасности, которые мы можем наблюдать. В будущем мы будем тестировать применимость нашего протокола для других нисходящих приложений, таких как ATAC-seq или мультиомика.

Мы также попытаемся создать протоколы для обнаружения вирусно экспрессируемых трансгенов в отдельных ядрах.