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要約

ここでは、単一分子感度と〜15ミリ秒の時間分解能で、偏TIRFMを用いたマイクロ流体チャネルにおけるリポソームおよびサポートされている二重層の間の単一、SNARE媒介融合事象を検出するためのプロトコルを提示します。脂質可溶性貨物放出を同時に検出することができます。リポソームサイズは、脂質拡散、および融合細孔特性が測定されます。

要約

膜融合のユビキタス過程で融合孔の開口部は2以前は別々の区画との間の第1の接続を確立します。エキソサイトーシスを介した神経伝達物質やホルモンのリリース時には、融合孔が一過開閉することができ、繰り返し、貨物の放出動態を制御します。細孔ダイナミクスも小胞のリサイクルのモードを決定します。過渡、「キス・アンド・ラン」の融合で不可逆的な再スケーリング結果、拡張が完全融合につながる一方。より良好な細孔力学を支配するものの要素を理解するために、我々は、単一分子感度と〜生化学的インビトロ系内で明確に定義された15ミリ秒の時間分解能で偏光全反射蛍光（TIRF）顕微鏡を用いて膜融合をモニターするためのアッセイを開発しました。 Fusionは、蛍光軟質ポリマークッション（T-SBL、トン・サポート二重層上に支持され、T-SNAREとベアリング平面二重層とのv-SNAREタンパク質（V-SUV車）を含む単層小胞を標識しました）、監視されます。アッセイは、SUV車の一定の密度を供給しながら、最小限のサンプル消費量を確保するためのマイクロ流体流路を使用しています。融合時のSBLへのSUVからの脂質のラベルの転送時に迅速なシグナル増強を利用して、脂質色素転写の動態を監視します。 TIRF顕微鏡法の感度は、脂質拡散とSUVのサイズはすべての融合イベントを推定することが可能な単一の蛍光脂質標識を追跡することができます。脂質色素放出時間は、恒久的に開気孔を通じて妨げられずに通過させるために予想よりもはるかに長くすることができます。脂質リリースの遅延がちらつき細孔によるものであると仮定したモデル、細孔「開放性」、時間の割合を使用して、細孔が融合中に開いたまま、推定することができます。可溶性マーカーは、脂質および可溶性貨物リリースの同時モニタリングのためのSUVの中にカプセル化することができます。このような測定は、いくつかの細孔が可溶性貨物の一部を失った後、再密閉することができる示します。

概要

膜融合は、細胞内の脂質とタンパク質の輸送、分泌、受精、発育、および宿主生物1-3へのウイルスの侵入をエンベロープするために必要な普遍的生物学的プロセスです。エキソサイトーシスを介したホルモンや神経伝達物質の放出を含むほとんどの細胞内の核融合反応では、2つの脂質二重層を融合させるエネルギーが内に固定、同族可溶性N-エチルマレイミド感受性因子付着タンパク質受容体 （SNARE）タンパク質間の4ヘリックスバンドルの形成によって提供されています小胞（V-SNARE）及び標的膜（T-SNARE）4、。シナプス小胞のエキソサイトーシスは、最も厳密に制御核融合反応であり、活動電位1,4,5の到着後ミリ秒以内に行われます。融合孔、2融合区画間の最初の接続は、オープンちらつきおよび再密封または5-7不可逆的に拡大する前に複数回を閉じすることができます。前者の結果過渡、「キス＆ラン」の融合で、完全な融合に後者リードしながら。これら2つの融合のモードと細孔のちらつきを調整する機構との間のバランスを支配する要因はよく5,8を理解されていません。

SNAREタンパク質は、エキソサイトーシスのために必要とされます。シナプス小胞の融合は、神経毒9でのSNAREの切断の際に廃止されています。小さ ​​な単層ベシクル（SUV車）を使用してバルク融合実験は、膜融合10を駆動するのに十分のSNAREのみが必要とされないことを示したが、。このバルクアッセイでは、V字のSNARE（V-SUV）で再構成のSUVは、蛍光リン脂質（Nでドープされた- （7-ニトロ2-1,3-benzoxadiazol -4-イル）-phosphoethanolamine（NBD-PE）及び（ N - 。（リサミンローダミンBスルホニル）-phosphoethanolamine（LR-PE）およびt-SNAREと（T-SUV）を含む非標識小胞と混合当初のv-SUV車でNBD-PEの蛍光は蛍光共鳴エネルギー移動により消光される（FRET ）LR-PEへ。研究室として、ELED V-SUVが非標識T-SUV車と融合、今組み合わせた膜中の蛍光体表面密度が減少し、NBD-PEの蛍光の結果の増加は、脂質が10を混合の程度を報告します。バルクアッセイがセットアップし、分析することが容易であるように、広くSNARE媒介融合10-14のメカニズムを研究するために使用されています。しかし、そのような低感度と悪い時間分解能など、いくつかの制限を有します。ドッキングおよび融合との識別だけでなく、困難なhemifusion中間体の検出を行うすべてのイベントで最も重要なのは、アンサンブル測定など、その平均値をもたらします。

私たちを含め、過去十年間、いくつかのグループ、の上、単一小胞レベル15-27で融合イベントを監視するための新しいアッセイを開発しました。ハらは、表面に係留さV-SUV車を使用し、無料のT-SUV車18,19との融合を監視しました。脂質混合は脂質結合蛍光団のemのペア間のFRETを用いてモニターしました全内部反射蛍光（TIRF）顕微鏡18を用いて、それぞれ、VおよびTのSUVにベッド。その後、Brungerの研究室では、脂質と内容が20,28の混合の同時検出のためのコンテンツマーカーと一緒に単一の脂質ラベル種を使用しました。脂質およびコンテンツマーカーの両方が高い、自己消光濃度で含まれていました。非標識のSUVとの融合は、20,28の脱消光蛍光をもたらしました。

その他がt-SNAREと15-17,21-27,29で再構成平面二重層にV-のSUVを融合させています。ターゲットの平面形状（T-SNARE含む）二重層より良い模倣フラット形質膜と小、大きく湾曲した小胞の生理的な融合プロセスを。 T-のSNAREで再構成細孔貫通膜を用いスタイネム基は、多孔質窒化ケイ素基板上に懸濁させ、共焦点レーザー走査顕微鏡23を使用して個々 の V-SUV車との融合を検出しました。その他FT-SNAREとで再構成平面二重層するために使用されるV-SUVが、ガラス基板15-17,21,22,24-27,29でサポートされています。サポートされている二重層（SBLs）を使用することの大きな利点は、マイクロフルイディクスを使用しても使用してシングルイベント分解能を提供するが、TIRF顕微鏡法は、優れた信号対雑音比と、無料V-SUV車からの干渉なしにドッキングおよび融合事象を検出するために使用することができるということです標準の遠視野落射蛍光顕微鏡24。

主な関心事は、どのように基板-二重層相互作用がサポートされている二重層の品質と融合プロセスに影響を与えるかどうかです。初期の研究は、直接ガラスや石英基板15-17でサポートされていました平面SBLsを利用しました。これらSBLsは、基板上に拡散し、T-SUV膜の融合、破裂、吸着することによって作製しました。これは、すぐにキートン-SNAREコンポーネントを省略し、SNAP25は、このようにして調製SBLsからのv-SUVのドッキングおよび融合反応速度indistinguisをもたらしたこと、しかし、実現しました完全なT-SNAREと17を使用して得られたものからhable。 SNAP25は絶対に生体内 30,31 に融合するために必要とされるので、これらの初期の試みの生理学的関連性は疑問に入れました。タムのグループは、より良好に制御サポート二重層形成21を使用することで、この課題を克服しました。これは、T-SUV車21と、その単分子膜の融合が続くSBLのタンパク質を含まない最初のリーフレット、ためにラングミュア-ブロジェット堆積を使用していました。これは、SNAP25依存融合をもたらしました。

直接ラングミュア-ブロジェット法を使用することなく、ガラス基板上に支持二重層に関連する潜在的なアーチファクトを避けるために、Karatekin らは 、二重層と基板24との間に柔らかい、水和したポリ（エチレングリコール）（PEG）クッションを導入しました。この変形例はまた、SNAP25依存融合24を生じました。軟質ポリマー層上にクッション二層は、より良好な貫通を維持することが知られていましたタンパク質の移動度と機能32、およびウイルス33との融合の研究で使用されていました。また、PEG化された二重層は、自己治癒すると34,35非常に堅牢であるにいくつかの能力を保持するように見えます。まず、市販の、脂質結合PEG鎖の画分は、T-SUV膜に含まれています。これらのT-SUVのバーストと、ガラス基板上に平面二重層を形成する場合、PEGブラシは、平面二重層の両方の弁尖を覆います。平面二重層の形成は親水性のガラス表面上のT-SUV車の周囲のPEG鎖の付着によって駆動されるので、リポソームの破裂及び平面二重層の形成は、使用される脂質組成物に対して比較的鈍感です。コレステロールの大量に含まれている場合しかし、SUV車の凝集性を増加させる、SUVが自然に破裂しないことができます。この場合、浸透圧ショック、又は二価のイオンは、平面二重層の形成25を助けるために使用することができます。

このAPに、上記のようにPEGブラシが平面の両側をカバーローチ、二重層を支持しました。マイクロ流体流路に面するブラシはまた、通常、PEGの層で覆われている着信V-SUV車の非特異的付着を防止するのに役立ちます。 V-とt-SNARE複合体の形成は、膜近位領域36に向かって段階的に膜遠位N末端 ​​および進行から始まります。 V-SUV車がt-SBL、V-およびアッセイの条件下でケースのように思われるPEGブラシ、上に突出するT-SNARE N末端必要とやり取りするために。ブラシの高さは、PEG化脂質の濃度及びPEG鎖長37,38を変化させることによってのSNARE以外のタンパク質を研究するために適合させることができます。融合二重層の近位表面を覆うPEGブラシのもう1つの利点は、平方ミクロン39あたり30,000〜40,000内在性膜タンパク質で充填されている生体膜の混雑した環境を模倣することです。ただ、このアッセイにおけるPEG鎖のように、repu生体膜をカバーlsiveタンパク質層が発生する核融合のための2つのリン脂質二重層の間の接触を可能にするために脇にプッシュする必要があります。

彼らはユニークな利点を提供するように、マイクロ流体流路は、このアッセイで使用されています。まず、マイクロ流体の流れがt-SBLを形成するために拡散し、融合するT-SUV車のより均一な成膜を可能にします。第二に、小さなチャネル容量（<1μl）をサンプルの消費を最小限に抑えます。第三に、必要な少量は、全実験は一定流量下で行うことを可能にします。流れは、弱いSBL 16からおそらく非特異的に、付着したV-のSUVを削除します。また、動力学的分析17を簡素化し 、T-SBLの上のv-SUV車の一定の密度を維持します。最後に、ドッキングされた小胞は、簡単に流れ25によって運ばれる無料のものと区別されています。第四に、いくつかのマイクロ流体チャネルは、各々が異なる状態をプロービング、同じカバーガラス上で使用することができます。これは、条件ドゥリの比較を可能にします同じ実験ランをngの。同様のアプローチは、インフルエンザウイルスとクッションSBLs 33との間の融合を研究するためにバンOijenグループが使用されてきました。

TIRF顕微鏡では、（〜100 nmの減衰定数を持つ）エバネセント場の指数関数的減衰は、ガラスバッファインタフェースの非常に近接している分子に蛍光励起を閉じ込めます。これは、遠く離れている蛍光分子の寄与を最小にする信号対雑音比を増加させ、10〜40ミリ秒のフレームの露光時間を有する単一分子感度を可能にします。エバネッセント場はまた、融合時の信号の増加につながる：SBLへのSUVからの標識脂質転送として、彼らはより強力な励起場で、平均して、自分自身を見つけます。蛍光の増加は、より大きなリポソームのために強いです。

偏光がエバネッセント場を生成するために使用される場合、付加的な効果は、T際の蛍光の変化に寄与するSBLへのSUVからのラベルのransfer。いくつかの脂質染料は、それらが埋め込まれた二層に対して好適な平均の角度で配向遷移双極子を持っています。偏光ビームが異なる二つの膜に色素を励起するので、これは、彼らがSBL 対 SUVにあるときに蛍光団によって放出される蛍光量の差を作成します。後者のために、双極子の向きが平坦SBLジオメトリによって制限される一方、前者の場合、励起光は、球状のSUVの周りに配向遷移双極子と相互作用します。染料は、膜29,40の脂質色素遷移双極子配向並列用SUVよりもSBLにあるとき、例えば、s偏光（入射面に垂直な偏光）の入射光を用いる場合には、励起がより効率的です（そのようなのDiIのことやDID 41-43など）。このような蛍光体でドープされたSUVは、ときにドックSBL（ 図7、Representatに暗く表示されますアイブ結果）。融合孔が開き、SUVとSBL膜を接続するように、蛍光プローブは、SBL内に拡散し、s偏光エバネッセント場25,27,29によって励起される可能性が高くなります。その結果として、融合部位の周囲に統合蛍光シグナルは、SBL 27（ 図3及び図7）にSUVの色素転写中に急激に増加します。 SBLに移す際に、それらが希釈されるように融合を伴う変更を知らせるために貢献する追加の要因は、蛍光標識の脱消光です。なぜなら小さな割合のみ（脱消光の寄与は、ここに記載されたアッセイにおけるエバネッセント場の減衰や偏光効果に比べて、通常軽微でありますfigure-introduction-5794 ）脂質のは標識されています。

融合時のシグナル増加は、時間を比較することにより、融合細孔特性を推定するために利用することができ、1 "SRC =" /ファイル/ ftp_upload / 54349 / 54349eq2.jpg "/>、脂質は実際の解放時間に脂質が自由に透過性である細孔を通って脱出するために必要な、 figure-introduction-6044 。二つの時間スケールが同等である場合、細孔が脂質流れに対してほとんど抵抗を示すと結論されます。実際の放出時間が長い拡散制限のリリースのための時間よりも大幅にある場合は、これは脂質の放出を遅らせる、このような細孔ちらつきとして、プロセスを示すであろう。拡散制限解除時間、 figure-introduction-6241 、定着リポソームおよび脂質拡散の大きさに依存します。その推定は、これら2つのパラメータを定量化することが必要です。アッセイの単一分子感度は、脂質拡散率は、すべての融合イベント26用SBLへのそれらのリリース後に、いくつかの単一の脂質の蛍光団を追跡することにより測定することができます。すべての融合小胞の大きさ（I）単脂質色素の強度、SUVの（ii）のすべてのフルオロフォアが融合時SBLに転送された後、ドッキング部位の周囲の合計の蛍光の変化、（III）は、公知の標識密度を組み合わせることにより、27を推定することができます脂質、および（iv）脂質当たりの面積。均一なSUVのサイズ44を想定して先に述べたように、多くの融合イベントでは、実際の脂質の放出時間は、拡散制御放出27で予想よりはるかに遅いことが判明しました。脂質リリースの遅延がちらつき細孔によるものであると仮定すると、定量的なモデルは「ポア開放性」の推定を可能にする、時間の割合は、細孔が融合27の間、開いたままになります。

たびに実用的な、脂質および可溶性内容のラベルの両方を使用して、融合メカニズムをテストすることが重要です。例えば、脂質リリースは、このようなトンを囲むSNAREタンパク質による脂質拡散の制限として細孔ちらつき以外のプロセスによって遅らせることができました彼は細孔。この場合であれば、次に、脂質標識の放出に先行することになる内容物の放出孔可溶性プローブ​​の通過を可能にするのに十分な大きさで提供。アプローチで、より根本的な欠陥は、SBLに対する標識脂質の転送が大きく、その融合前の形状を保持している小胞にSBLを接続する狭い融合孔を介して起こることを前提である可能性があります。以前脂質放出データだけでは29に基づいて提案されているようSBLへの脂質の転送はまた、SBL膜に付随するとの融合細孔の急速な拡張、SUVの非常に急速な崩壊から生じる可能性があります。両方の脂質を監視し、内容物を同時に放出し、それは多くの細孔がすべての脂質のラベルを解放した後再密封することを発見しましたが、その可溶性貨物27の一部を保持しました。これは、少なくともいくつかのリポソームが融合後SBLに崩壊し、SBLへの脂質色素転写が融合孔を介して発生することはありませんことを示しています。また、LIPIDと内容のリリースでは、脂質の放出の遅延は、細孔45を囲むSNAREタンパク質による脂質拡散の障害のために起因したこと、それはそうなって、同時に27が発生しました。

可溶性コンテンツのリリースを監視しませんでしたSUV-SBL融合プロトコルは、以前Karatekinとロスマン25によって出版されました。ここでは、より最近の開発は、含まれる脂質のすなわち同時モニタリング及び内容は解放し、SUV、脂質、および融合細孔特性27の推定されています。プロトコルは、カバーガラス25との溝を含むポリ（ジメチルシロキサン）（PDMS）エラストマーブロックを接合することによって作られたマイクロ流体細胞を調製するための命令で始まります。次に、脂質及びコンテンツマーカーの両方を有するV型のSUVの調製を説明します。セクション4および5は、電圧vSの導入を、マイクロ流体セルを組み立て、その場で SBLsを形成し、欠陥および流動性をチェックするための命令を提供しますフローセルと融合事象の検出にUVS。第6節は、データ分析のための手順を説明します。

プロトコル

マイクロ流体チャネルを形成するために、PDMSブロックの調製

figure-protocol-81
フローセルテンプレートとPDMSブロックの準備の 図1. 微細加工。（A）24×60ミリメートルのガラスカバースリップ（下）に適合した4チャンネルフローセルの設計。六同じ設計は10cmのシリコンウエハー（上面）に収まるように配置されています。 （B）穴パンチャーで約5〜8ミリメートルの厚さのPDMSのブロックをカット。 （C）ピンセットを用いて、パンチ穴にチューブの挿入が。 この図の拡大版をご覧になるにはこちらをクリックしてください。

  1. このような図1Aの一つとして、フローセルテンプレートを入手します。典型的なチャネルは、70から100ミクロン、高、0.3〜1ミリメートル幅であり、1〜2センチ。テンプレートたちを作製クリーンルームへのアクセスが利用できない場合クリーンルーム施設25または順序で標準的なフォトリソグラフィ技術をる。また、マシンの適切な材料から大きな寸法を持つテンプレート。
    注：クリーンルームのスタッフがデザインし、発注マスクの、ウェハ洗浄、およびフォトリソグラフィに（クリーンルーム施設へのアクセスが常に適切な訓練を持つユーザーに制限されている）未経験のユーザーを訓練し、導くことができます。テンプレートが得られると、それは繰り返してクリーンルーム外で使用することができ、それは閉じた皿に保持され、注意がダストを排除するために取られました。
  2. 使い捨てのプラスチックカップに〜100ミリリットルのPDMS（シリコーンエラストマーベース）と〜架橋剤の10ミリリットル（硬化剤）の混合物を準備します。より簡単に粘性PDMSを処理するために、使い捨てピペットの先端を折り。ピペット操作が正確でないなどのプラスチックカップにPDMSを計量。
  3. よく、混合液を撹拌しました。 （約20真空デシケーター中で脱気することにより、多くの気泡を除去分）。カップが真空下に置かれるように、気泡が最初に大幅に混合物の体積を増加させる、サイズが大きくなります。適用される真空を制御し、カップが流出を回避するのに十分な深さであることを確認してください。
  4. ガラスシャーレ（150ミリメートル×20ミリメートル）に脱気したPDMS混合物の大幅な低下を注ぎ、テンプレートを上に向けて、PDMS上にウエハを押してください。これは、ウェハの下に閉じ込められる気泡を回避することができます。閉じ込められた気泡が拡大すると、皿をオーブンに置かれたときに、ウエハを傾けることができます。それはPMDSの約5〜8ミリメートルで覆われているまで今ウエハの上に、テンプレート上に脱気したPDMSを注ぎます。気泡が発生した場合は静かにピペットチップでそれを削除します。
  5. 3時間、60℃のオーブンでPMDS焼きます。料理はレベルであることを確認してください。
  6. 成形されたチャネル構造を含むPDMSブロックを切り出すために、新しいメスの刃を使用してください。切り出されたブロックは、カバーガラスの上にフィットする必要がある（ステップ4.1.9を参照してください）​​。
  7. 皿から切り出したブロックアウトピールとPLきれいなアルミ箔の部分にそれをエース。
    注：架橋PMDSブロックは、数ヶ月間維持することができます。単一のウエハ上に、流路（ 図1A）の6組が存在するので、6 PDMSブロックは、単一のPDMS成形で製造することができます。 、PDMSのきれいな緩い部分をPDMSブロックのすべての6を切り出した後、それ以外は注ぎ、最初のバッチのために使用される唯一の約半分PDMSを必要とする次のバッチを、架橋の前に残りのPDMSを削除しないでください。良いテンプレートは数年続くことができます。
  8. 1直線運動（ 図1B）にPDMSブロックを通してドリル穴パンチャーを使用してください。チャンネル溝の側面に起動します。 PDMSの打ち抜か部分を削除してください。 4チャネル設計のすべての8つの穴のためにこれを繰り返します。
  9. アルミニウム箔の新しい、しわのない片上にダウンPDMSブロックチャネル側に配置します。理想的にデシケーター中で、ドライボックス中で数ヶ月までのためのブロックを格納します。
  10. ピンセット（ 図1C）のペアを使用して、パンチ穴に約1/3チューブ（内径0.25mm、0.76ミリメートルのOD）を押してください。簡単に挿入するための傾斜チューブをカットします。それぞれ、SUVリザーバーシリンジポンプに到達するのに十分な長さのチューブを残します。彼らはあまりにも長い場合、顕微鏡上に組み立てチップ​​を配置した後、再びチューブをカット。
  11. ポンプのシリンジに接続するには、より大きなシリコンチューブ（0.51ミリメートルのID、2.1ミリメートルのOD）の短い部分をカットし、一方の側に薄いチューブを挿入します。 PDMSのこのすぐに使えるブロックは数ヶ月間維持することができます。

2.カバースリップクリーニング

  1. 硫酸（H 2 SO 4）と過酸化水素の強力な酸化剤混合物を使用してKaratekinとロスマン25に記載のプロトコールに従って清浄なカバーガラス（H 2 O 2）。クリーンルームでは、この手順を実行し、適切な安全注意事項を守ってください。また、クリーンルーム清浄Cを使用（材料リストを参照してください）​​市販されているoverslip。

脂質とコンテンツラベルの両方を含むV-のSUVの調製

figure-protocol-2976
SUVの調製図 2の 回路図。脂質はガラス管（1）中で混合し、溶媒を水浴中でチューブを回転させて脂質フィルムを形成するために蒸発させる（2）。溶媒の残りのトレースは、高真空（3）の下で除去されます。脂質膜をボルテックス（4）しながら、界面活性剤およびタンパク質を含む再構成緩衝液で水和されます。コンテンツ色素がカプセル化される場合、それは、この段階で、ならびに希釈工程（5）に含まれています。臨界ミセル濃度以下の界面活性剤濃度の希釈液は、リポソーム形成につながります。界面活性剤は、（6）一晩離れて透析します。 NBD-PE（緑色）を含むSBL形成のためのTのSUVは、小胞は、密度勾配に浮遊しているとで収集します2層（7A）との間のインタフェース。遊離色素からカプセル化されたコンテンツマーカーとV-のSUVを分離するために、サンプルはサイズ排除カラム上で実行し、0.5ミリリットルの分画（図7b）に回収される。 この図の拡大版をご覧になるにはこちらをクリックしてください。

  1. 25mMのHEPES-KOH、140 mMのKClを、100μMのEGTAおよび1mM DTT、pHが7.4を含む、再構成バッファの4 Lを準備します。透析および他のステップのために100ミリリットルのためのバッファのほとんどを使用してください。
    他の緩衝液を用いることができるが、実験全体を通して一貫した緩衝浸透圧を維持し、タンパク質が機能的である、条件を選択することが重要です。注意してください 。唯一の脂質ラベルを含むV-SUVとT-のSUVを調製するために、Karatekinとロスマン25に従ってください。
  2. 脂質ストックをクロロホルムまたはクロロホルム中で-20℃で保存される：メタノール（2：1、v / v）を、バイアルを開ける前に室温に到達させ結露を避けます。
  3. クロロホルムとメタノールの混合物中に1マイクロモルの最終量と所望の割合で、界面活性剤の微量を除去し、脂質を混合し、クロロホルムでガラス管をすすぎ（2：1、v / v）でした。唯一の有機溶剤に溶解/脂質を処理するために、ガラス注射器/チューブを使用します。
    注：ここで使用される脂質は、POPCされている：57.4のモル比でDID：SAPE：DOPS：コレステロール：PEG2000-DOPE：12：10：15を4.6：1のv-SNAREのための小胞およびPOPC含む：SAPE：DOPS：コレステロールを：脳のPI（4,5）P 2：PEG2000-DOPE：NBD-PE（54.9：15：12：10：3：4.6：0.5）T-SNAREのSUVのため。詳細については、資料を参照してください。他の脂質組成物を使用することができます。
  4. 穏やかな窒素流の下で、またはロータリーエバポレーターで溶媒を蒸発させ。均質な脂質膜を得るために、溶媒を蒸発させながら、温度の大きな変化を回避するために、脂質の最高溶融温度以上に加熱水浴（37°C）チューブの先端を浸します。周りで真空を開始脂質フィルムが形成されるまで300ミリバール、次にロータリーエバポレーターで2〜分間可能な最高の真空を継続します。
  5. ガラス管を外し、光の露出を避け、少なくとも2時間、高真空下でデシケーター中にチューブを配置することによって、溶媒の残りの痕跡を除去するためにアルミホイルで包ん。このステップは、夜間に実行することができます。
  6. 乾燥した脂質フィルムを再水和するために、再構成緩衝液中の界面活性剤の混合物（n-オクチルβ-D-グルコピラノシド、OG）、タンパク質（V-SNAREと）​​、およびSRB（500μlの最終容量）を準備します。臨界ミセル濃度（CMC、OGのために20〜25 mM）の上に1〜2回、最終的な界面活性剤濃度を維持し、脂質比に洗剤が> 10であるように、最終的な音量を調整します。穏やかに溶液を振盪することにより10〜50 mMのSRBの最終濃度を得るために、タンパク質 - 界面活性剤溶液にスルホローダミンB（SRB）粉末を溶解します。 SRBの高濃度を追加するときの共同を低減することにより、再構成バッファの浸透圧を調整しますそれに応じて塩化カリウムのncentration。
    注：（。平方あたりLP〜20,000〜70トン-SNAREとミクロン25）T-SNAREとが高いため脂質対タンパク質比（LP）。 SBLの方が有意に高かっトン-SNARE密度が大幅に融合率17,24を低減さと不活性なタンパク質凝集体につながる可能性があります。 V-のSNAREのためのLPは（〜、μmの2当たり7000のv-SNAREとLP〜200）シナプス小胞46,47で検出されたのv-SNAREの密度に近く、はるかに低いです。組換え発現とV-とt-SNAREとの精製後のタンパク質の機能を確実にするためには、単一の小胞融合アッセイの全ての工程を経る前に、簡単なバルク融合アッセイ48を実行するために有用です。
  7. ステップ3.6から蛋白質 - 洗剤 - SRB溶液を添加しながら、ゆっくりと乾燥した脂質フィルムを含む予熱したガラス管を振ります。泡を作成しないようにしてください。 37℃で15分間振とうし続けています。
  8. 再構成を追加することにより、5倍の洗剤を希釈急速に濃度勾配を避けるために、ボルテックスしながらバッファーを含むSRB（2ミリリットル、2.5ミリリットル、最終容量を追加します）。 37℃で1時間に15分間振り続けます。
    注：長いインキュベーション増加タンパク質の再構成効率を。迅速な希釈は、CMC以下の界面活性剤濃度を低下させ、小さなリポソームの形成をもたらします。
  9. 2万MWCO透析チューブやカセットを使用して、ポリスチレン吸着剤の4グラムと4℃で一晩周囲温度で1〜2時間の再構成バッファの〜1 Lに対して最初のベシクル懸濁液を透析した後、再構成バッファの3 Lに対して。交差汚染を防止するために、SRBとない小胞の透析に異なるビーカーを使用してください。
  10. 再構成緩衝液を用いてゲルろ過カラムを平衡化します。カプセル化されたSRBでV-SUV車からフリーのSRBを分離するためにカラムに通してベシクル懸濁液を実行します。試料全体が持っていたら、溶離液としてSRBせずに再構成バッファを使用します列を入力しました。 0.5ミリリットル画分中のv-のSUVを収集します。
  11. 小胞16のアリコートに界面活性剤の添加の前と後にSRBの蛍光を測定することにより、自己急冷濃度で成功したSRBカプセル化を確認します。蛍光分光計を用いて、550 nmでサンプルを励起し、570 nmおよび630 nmのSRB放射をスキャンします。膜が可溶化され、解放さSRBが希釈されるように界面活性剤添加の際にカプセル化された量に応じて、SRB蛍光の4-8倍の増加を期待しています。
  12. それぞれ、蛍光分光法24とSDS-PAGEゲル電気泳動を用いて、脂質とタンパク質回収を特徴付けます。特に高LPトン-SUVサンプルのため、敏感な染色方法を使用します（材料リストを参照してください）​​。典型的には、脂質とタンパク質の両方の入力の約50％は、公称値に近いLPに得られた調製物中に失われています。
  13. 24または電子microscoを動的光散乱を使用して、SUVのサイズを特徴付けますPY 48。 〜3-4日まで4℃でのv-のSUVを含むストアSRB。凍結融解は、SRBをカプセル化膜とのリリースを破壊するとして、凍結しないでください。

4. SUV-SBL融合アッセイは、脂質リリースのみを監視します

  1. マイクロ流体流路内に係留サポート二重層の形成
    1. 溶存ガスを除去するために、実験前に少なくとも20分間、高真空下でのPDMSブロック（ステップ1.11）を配置します。これは、非常に融合実験中のマイクロ流体チャネル内の気泡の危険性を減少させます。
    2. 顕微鏡の設定をオンにして、所望の温度にステージと試料ホルダー（ 図3と図 4）を加熱。
    3. 0.45ミクロン以下の細孔径を有するフィルターを通して小胞を希釈するために使用される再構成バッファをフィルタリングします。
    4. 希釈〜NBD-PE30μlのがt- SUV車または無タンパク質（PF-SUV車）を標識対照リポソーム（ストックバッファの〜60μlの持つソリューション0.5-1 mMの脂質）。最終濃度は、ここでは重要ではありません。
    5. ドガ3ミリリットル注射器を使用して、この混合物。垂直方向に注射器を保持しながら、サンプル上の空気のほとんどを押してください。パラフィンフィルムを使用して（無針）の先端を密封し、プランジャーを下に引っ張ることにより、真空を作り出します。液の脱気を促進するためにシリンジバレルをタップします。真空が適用されたときにそれ以上の気泡が発生しなくなるまで、このプロセスを数回繰り返します。
    6. マイクロチューブのキャップに穴をパンチするためにPDMSブロックに取り付けられたチューブよりもわずかに大きい直径の皮下注射針を使用してください。それは、後にマイクロ流体チャネルの入口に接続された配管を詰まらせる可能性があるようなプラスチックの打ち抜い片がチューブの内側ではないことを確認してください。
    7. キャップに穴を有するマイクロ遠心チューブに脱気SUV液を記入し、設定温度に平衡化する顕微鏡ステージ上にホルダーにそれを置きます。
    8. PLプラズマクリーナーで以前に清掃カバースリップ（セクション2）をエースし、約5分間、空気プラズマを実行します。クッションとして、いくつかの糸くずの出ない組織の上にプラズマ処理されたカバースリップを（処理された側を上に）置きます。
    9. 脱気したPDMSブロックからアルミホイルを外し、カバーガラスの上にブロックを配置します。再利用する場合PDMSブロックは、上に置き、それをきれいにするために、チャネル側に粘着テープ片を取り外します。 PDMSダウンを押して、それを固執するためにピンセットを使用してカバースリップ上にブロックが、ガラスを壊すかもしれないとして、あまりにもハード押さないでください。
    10. 顕微鏡ステージ上に組み立てフローセルを配置し、それぞれ、SUVリザーバーシリンジポンプにチューブを接続します。ステージ（ 図3B）にカバースリップをテープで固定します。
    11. 解決策は、（75ミクロン×300ミクロンのチャネル断面のための〜2.25ミリメートル/秒）完全にチャンネルをいっぱいになるまで3μL/ minでのSUVを吸引開始します。すべてのチャネルのためのソリューションは、目を上に移動を開始すると出口側で電子管は、0.5μL/ minに流量を減少させ、30-45分間インキュベートします。
      注：プラズマ処理の効果は一時的であるように、プラズマは、スライドガラスを処理し、チャンネルにSUV車を流れる間の時間は10-20分を超えてはなりません。
    12. 任意のリークのためのチャンネルを確認してください。 T-またはPF-のSUVを含むNBD-PEからNBD-PEの蛍光を観察するために10-20X空気の目標を使用します。エキサイトNBDは、488nmのレーザーを用いてフルオロフォア。漏れは、明視野照明を使用して検出することが困難です。
    13. ホルダーに脱気再構成緩衝液を用いてチューブを入れて、温度がSBLに欠陥が発生する可能性があり、温度のように急速な変化を平衡化しましょう​​。流れを停止し、流れが完全に停止していると全く気泡が脱気したバッファーへの入口管を切り替える前に、チューブ内に吸引されませんを確認するために、〜1分を待ちます。
    14. 未結合のSUVを洗い流すために脱気したバッファーを持つすべてのチャンネルを洗い流します。
    15. higheに切り替えR倍率TIRF対物レンズ（60X、油、NA 1.45から1.49）とは、二層が均質に見えるし、そのような暗いパッチやSBLからはみ出し脂質細管など、明らかに大規模な欠陥のないことを確認してください。
  2. 二重層の流動性を確認してください
    1. 専用のFRAPユニットが利用できない場合、または次のようにFRAPシーケンスは、その後、定性的試験膜の流動性をプログラムすることができない場合。
      1. 小さ ​​いサイズ（〜40μmの直径）に視野絞りを閉じて、露出した中でNBD-PE蛍光を漂白する（20-80μW、または15から60ナノワット/μmの2）ソフトウェアを使用して488 nmの励起光強度を調整しますエリア著しく、完全ではありません。無傷のNBD-PE分子は露出面積を入力して、漂白前に一定の距離を拡散するように、流体二重層の場合、定常状態で、露光領域の中央に蛍光強度は、エッジにおけるよりも低くなければなりません。対照的に、表面付着S場合UVは破裂することができなかった、またはサポートされている二重層は、流体ではない他のいくつかの理由で、露光領域内のすべてのフルオロフォアが漂白する必要があります。
        注：これ以降の工程におけるレーザー強度値は、粗出発点として与えられる条件の所与のセットについて最適化されるべきです。
      2. 照明を停止し、定常状態の測定の結果を検証するために、数分後に再度起動
    2. 可能であれば、より定量的な測定のためのFRAPシーケンスをプログラムします。補足ファイルや詳細については、対応する凡例を参照してください。
      注意：時々のSUVは、カバーガラスに付着するが、破裂や液二重層を形成するために失敗します。この問題が発生した場合は、サポートされている二重層形成を助けるために10 mMのマグネシウム2+含む脱気再構成緩衝液でチャンネルをすすぎます。 4.2のように二層の流動性を評価するために、蛍光漂白を使用してください。流体二重層が形成されると、フリーRECO の Mg 2+で洗い流しnstitutionバッファ。
  3. マイクロ流体流路にV-SUV車を導入
    1. ドガの再構成バッファとv-SUVストック濃度に応じて、10 5〜約10 3倍のv-SUV原液を希釈するために使用します。視野の60秒以内に約10-100融合現象が生じる希釈を目指します。
      注：あまりにも多くの融合は（各イベント堆積物LR-PE以降またはSBLへの脂質のラベルをした）バックグラウンド蛍光を増加させ、融合事象の検出および分析を困難にします。これとは対照的に、貧しい統計が低すぎた結果であるか、より多くの映画の取得を必要と融合率。 0.1 mMの脂質のV-SUVの濃度については、995μlの再構成緩衝液に5μlのSUVの株式を希釈することにより開始し、950から995μlの再構成バッファにこれを5-50μLを希釈します。
    2. 温度は流れとinserを停止する前に平衡化してみましょうティン希釈されたV-SUV溶液中に注入管。
    3. 次のようにTIRF角と偏光を調整します。
      1. 励起ビームを回転させることにより、所望の偏光を設定した後、ソフトウェアを介してステッピングモータを介して、ビームの位置を指示するミラーの傾きを調整します。ゆっくりとオフセンター1側へのバック焦点面での目的の中心からレーザビームの位置を移動させます。位置は中心から外れ、さらに移動すると、手前側の目的からの光を観察するには、客観的な軸に対して増加する角度で出てきます。
      2. TIRが最初に達成されたときに出たビームは最初、 すなわち 、客観的に消滅したときにモータの位置に注意してください。
      3. ゆっくりと表面からの蛍光をモニターしながらオフセンターさらにビーム位置を動かし続けます。ビームが中心から外れすぎ移動したときに表面蛍光が消失したときモータの位置に注意してください。
      4. ビームpositioを選択します。上記決定された2つの限界の間のn。融合の際に最良の信号対雑音比と複数の信号増強のために、まだ視野の均一な照明を提供する浅い浸透深さ（近い目的のエッジにビーム位置）を選択します。
        注：これは、設定が最適化された後、すべての実験のために同じTIRビーム位置（同じ侵入深さ）を維持するのが最善です。ビーム位置の変化が生じない偏光を回転することを確認してください。
    4. 75ミクロン×300ミクロンの断面1.5 mm /秒〜の平均線流速に対応する、2μL/分の流速でチャネルにV-SUVの流れ。混合脂質監視するために励起/発光の設定に切り替えます（LRをかだけでした）。
  4. シングルV-SUVとSBLの間に観察融合

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図3. 実験pTIRFセットアップ。ガラス基板上にV-SUVおよびt-SBLの（A）概略図。脂質のドッキングを示す単一SUV-SBL融合事象の偽色TIRFM画像（1）とSBLに脂質色素の放出（2）漂白及び蛍光強度の減少が続く（3）。総蛍光強度（5.3ミクロンのx 5.3μmのボックス内の画素値の和）信号が示されています。 （B）PDMSブロックに結合したカバーガラスは、加熱されたステージ上にテープで固定されています。マイクロ流体チャネルのための入口管は、シリンジポンプ（左）により吸引（右）金属試料ホルダーにチューブからサンプルを引き出します。ポンプの下に両面発光ユニットである。 この図の拡大版をご覧になるにはこちらをクリックしてください。

OAD / 54349 / 54349fig4.jpg "/>
実験の 図4 の回路図。エバネッセント波は、マイクロ流体チャネル内のガラス・バッファインタフェースで作成されます。 SBLは、ガラス上に形成され、V-SUVは（左上）をシリンジ内にチャネルを介して金属試料ホルダー（右上）から吸引されます。 M、ミラー; DM、ダイクロイックミラーと、 L、レンズ; F、フィルター; P、偏光板。 この図の拡大版をご覧になるにはこちらをクリックしてください。

  1. 継続的に励起し、V-のSUVに組み込まれた蛍光団に応じてV-SUVの（LR-PE用）561ナノメートルを使用して蛍光または（DID用）638 nmのレーザーを監視します。 V-のSUVは、流路に達し、上にドッキングすると、SBLと融合したように、バックグラウンド蛍光シグナルが蓄積し始めます。
  2. 継続的背景を漂白するソフトウェアを介して励起レーザ強度​​を調整します定常状態で新たなドッキングおよび融合事象が容易に観察できるように、蛍光。
    注：漂白が遅すぎる場合は、バックグラウンド蛍光があまりにも高くなります。漂白が速すぎる場合は、ドッキングのSUVからとSBLに放出蛍光団からの信号は、ドッキングのSUVの融合を検出することができ、またはフルオロフォアを追跡することができ、その間ウィンドウを短く、急速にフェードします。 561 nmで励起されたLR-PEについては、190μmの直径の円（100から250ナノワット/μmの2）を照明2.5から7.5 mWのパワーが開始するための妥当な値です。 DIDの638 nm励起、190μmの直径の円（30-60ノースウエスト/μmの2）の上に0.8から1.6 mWのパワーの初期試験のために使用することができます。
  3. 与えられたチャネルの異なる位置にいくつかの映画を取得します。 SBLは、これらの位置での欠陥を持っていないことを確認するために、NBD-PE蛍光を確認してください。高いフレームレートで最大速度（〜50フレーム/秒）、または関心のトリミングされた領域にフルフレーム映画を取得（最大に〜100 Hz）で60秒間。
  4. 別のマイクロ流体チャネルに移動し、他の条件のために録音を繰り返します。このようなタンパク質を含まないSBLやSUVの陰性対照として含まれ、阻害剤としてのv-SNARE VAMP2（CDV）の可溶性細胞質ドメインを追加したり、1つ以上において破傷風神経毒（37℃で30分）で、V-SUVを扱います同じカバースリップ上のチャネルの。
  1. クリーンアップとPDMSのリサイクル
    1. PDMSブロックを再利用するためには、5μL/分の流速での70％エタノール〜200μlでマイクロ流体チャネルをすすぎます。最後に、チューブおよびチャネルを介して空気を吸引。
    2. 少し絞ることによってカバースリップから静かにPDMSブロックを外します。アルミホイルのきれいな作品の上に置きます。真空デシケーターに保管してください。これは、複数回再利用することができます。
    3. より徹底した清掃のため、70％エタノールの前に洗剤または水酸化ナトリウム溶液でチャンネルをすすぎます。また、あちこちにすべてのチューブを削除します PDMSをMと乾燥して、新しいチューブを挿入する前に、イソプロパノール中で30分間ブロックを超音波処理します。

5. SUV-SBL融合アッセイは、同時に脂質とコンテンツのリリースを監視します

  1. 同時脂質および可溶性内容のセクションで説明したように、使用の両方の脂質（DID）で標識したリポソームおよび可溶性内容（SRB）ラベルを除いて、セクション4と同じ手順に従って、解放のデュアルカラーの監視のために3 SRBが封入されています10mMで、最初は非常に自己クエンチしています。
  2. 図4に概略的に示す構成を使用して、SRBを励起し、それぞれ、561 nmおよび638 nmのレーザーを用いて同時に蛍光をしました。ダイクロイックミラー（640 nm）はSRBを検出するために、短い（50分の595 nm）を長く（75分の700 nm）の波長フィルタを介して実行し、それぞれの排出量を、DID 2つのビームに発光を分割します。 2つの発光ビームは、EM-CCDチップ上に並んで突出しています。
jove_title "> 6。データ解析

  1. FRAPデータの分析
    1. 脂質拡散係数、Dを推定するために補足情報で提供MATLABプログラムを使用してください。プログラムは、OME-TIFFファイル49のリストを読み出し漂白領域を検出し、時間の関数としての漂白領域の平均画素値をプロットし、回復時間を抽出するSoumpasis 50によってモデルに生じる回復曲線にフィットfigure-protocol-14193ここで、wは漂白円の半径です。
      注意：MATLABプログラムは、ニコンND2ファイルを使用して、FRAP映画の分析のために、以前の25提供されました。ほとんどのファイルフォーマットは容易にOME-TIFFに変換することができるので、現在のプログラムは、OME-TIFFファイル49を読み込みます。漂白は、bleac瞬間であるときFRAPデータの定量分析は、最も簡単で正確ですHED領域は円形であり、読み出し時の漂白は無視できます。これらの基準は、ここで説明する単純なFRAP測定において厳密に満足していないが、拡散係数の妥当な推定値を得ることができます。より正確な推定のために、単一の脂質染料（6.3節）の追跡を使用しています。
  2. ドッキングレート、融合率とドッキングツー融合遅延時間の分析
    1. 使用ImageJが明らかに小胞のドッキングおよび融合イベントを識別するために分析し、明るさとコントラストを調整するムービーを開きます。 SpeckleTrackerJ 26プラグインを起動します。使用方法についてはSpeckleTrackerJためSmithら 26およびオンラインマニュアルを参照してください。
    2. SpeckleTrackerJ内のすべての新たにドッキングさのSUVを識別します。 SBL跳ね返るものからしっかりとドッキングのSUVを区別するために、数フレームの最小ドッキング期間を課します。トラックを保存し、すべての映画のために繰り返します。
      注意：ドキュメントについて王率は、重要なことはすべて、SUVがドッキングするとき、SUVのは、これらのトラックに記録するニーズをドッキングされているので、最初のフレームのみを識別することです。トラックの残りの部分は、分析において考慮されません。しかし、自動追尾、それは漂白またはヒューズまで各SUVは既に追跡されているマークのSUVをするのに役立ちます。
    3. すべての融合小胞を特定します。これらの場合、トラックは最初のフレームの融合が追跡スポットの蛍光の急激な増加によって明らかである第1のフレームまでドッキングしたSUVからのすべてのフレームを含むべきです。これらのトラックの持続時間は、ドッキング・ツー・融合遅延を計算するために使用されます。すべてのトラックを保存します。すべての映画のために繰り返します。
    4. ドッキングまたは融合データのバッチ分析のために、関連する映画から軌道ファイルのリストをコンパイルし、Karatekinとロスマン25が設けられMATLABプログラムを実行します。プログラムと一緒に提供されている指示に従ってください。
      注：プログラムは、兼をプロット軌道ファイルから抽出された情報に基づいて、時間の関数としてulativeドッキングおよび融合イベント。ドッキングおよび融合率は、これらのプロットの傾きから推定されます。融合データについては、ドッキング・ツー・融合の遅延も計算されており、その分布は、生存プロットとしてプロット、 すなわち 、確率は融合はまだドッキングした後、所定の遅延によって発生していません。
  3. 脂質拡散
    1. 彼らが認識できるになると、彼らは十分に離れて融合部位（ 図6）から拡散した場合に、各融合イベントでは、単一の蛍光脂質を追跡します。トラッキングのためSpeckleTrackerJを使用し、MATLABを使用して、さらなる分析のためのトラックを保存します。定着小胞の大きさに応じて、典型的には3-30単一のフルオロフォアを追跡することができます。長いトラックの計算のために望ましいものであるのでfigure-protocol-16055 、長いような単一分子を追跡してみてください可能な限り、必要に応じて軌道の手動補正を使用して。
    2. 平均は（〜1.5秒程度）> 40〜50フレーム続く単一の脂質マーカーの軌跡のために変位（MSD）を乗を計算します。脂質拡散係数を計算するためにMSDを使用して、 figure-protocol-16254 。 Smithら 26とストラットンら 27の詳細を参照してください。
  4. 単一脂質色素強度、SUV-SBL強度減少係数、および小胞サイズ
    1. 単一ステップでのマーカー漂白剤の前と後〜15フレームのマーカーの周りの3×3画素（0.8ミクロン×0.8μm）の領域内の脂質マーカーの画素値の合計を測定します。バックグラウンド強度が追跡脂質マーカーの強度を得るために、漂白前に平均プリ漂白強度からポスト漂白フレームにわたって平均引きます。与えられたためにできるだけ多くのマーカーの測定を繰り返し、映画。
    2. 単一の脂質ラベル強度の分布をプロットし、 figure-protocol-16682 、および平均値を推定するガウシアンにフィット。
    3. そのイベントにリリースされた単一の脂質マーカーの軌跡が一段階漂白で終わったとき融合が発生したときの間の遅延を計算します。 SBLにおける蛍光団のための漂白時間を入手し、 figure-protocol-16862 、生き残り遅延の関数と指数関数にフィッティングをプロットすることもできます。
      注：偏励起磁場カップルのでより弱くSUV上の蛍光団に、SUVの漂白時間は、通常27はるかに遅いです。
    4. 見積もりfigure-protocol-17062 、ときにストラットン27以下、SBLにあるときにSUV相対脂質色素に対する強度減少係数（tp_upload / 54349 / 54349eq8.jpg "/> figure-protocol-17216 SUVにおける単一の色素の強度）です。
      注意：漂白は無視できる程度であれば、 figure-protocol-17341ドッキングされた強度に等しくなりますfigure-protocol-17420すべてのフルオロフォアが（破線は標識融合の際にSBLに堆積された後に到達した合計強度で割った（ 図3A、右パネルのポイント（1））、 figure-protocol-17565 図3で）。しかし、SBLの急速な漂白のために、 figure-protocol-17669一般的に到達したとの正確な推定されていませんfigure-protocol-17776その込み式27に放出動態を当てはめる必要があります前記UDEの両方figure-protocol-17887 （6.4.3を参照） figure-protocol-17960 。セパレート式はストラットンらに提供されている細孔限定されるものではなく、拡散限定発売動態の例のための27。ベストフィットの場合は、イベント（細孔限ら動態の場合の6.5.1を参照）にイベントごとに異なります。
    5. 27から個々のイベントのための小胞面積を計算しますfigure-protocol-18202ここで、 figure-protocol-18269ドッキングされたSUVの強度があり、 figure-protocol-18372 SBLにおける単一の脂質色素の平均強度は、ありますfigure-protocol-18459これはSUVでは、SBLにあるときを基準としたときに脂質色素に対する強度減少係数であり、かつエーション1 "SRC =" /ファイル/ ftp_upload / 54349 / 54349eq12.jpg "/>脂質色素の既知の面密度です。
  5. フュージョン細孔特性
    1. リリースは細孔限られていると仮定すると、27に脂質ラベル放出動態に合わせfigure-protocol-18744ここで、 figure-protocol-18811ちょうど融合前にドッキングSUVの強度であり、他のパラメータは先に定義した通りです。の値を使用figure-protocol-18920固定パラメータとして、6.4.3で得られた、とのための最適推定値を抽出しますfigure-protocol-19019そしてfigure-protocol-19083 。
    2. P 0は 、脂質リリースの仮定の位相差が27をちらつき細孔することによるものであり、孔が開いている時間の割合を計算します。60; figure-protocol-19254 = figure-protocol-19319 VESは、小胞面積（セクション6.4.5）であり、bは、孔の高さは、（典型的には〜15nmであることが撮影したもの）であり、R P≈3 nmのは、拡散脂質ラベルで見られるように有効細孔半径であり、半分が含まれて二層の厚さ（〜2 nm）を、 figure-protocol-19542 （6.3で計算）脂質拡散率であり、 figure-protocol-19622脂質は（6.5.1から）SBLにSUVから解放するための時間があります。
    3. 公称P 0> 1はストラットンらの4を式に強度の時間経過に合わせ、P 0 = 1、全開気孔を示している。27、永久にオープンポアの予測動態を確認します。このフィットはfittinより良いはずですグラム恒久的に開気孔のための6.5.1で表現。

結果

SBLの品質

融合実験の前にSBLの品質および流動性を検証することが重要です。マイクロ流体チャネルの下、ガラス側での蛍光は、任意の明白な欠陥のない、均一でなければなりません。気泡がチャネルも合格した場合、それは通常、SBLに見える傷跡を残します。このような大規模な傷跡/欠陥がある場合は、そ?...

ディスカッション

ここで説明するSUV-SBL融合アッセイの実装を成功させるには、良質のSBLsを得、そのようなリポソームへのタンパク質の機能的再構成などのいくつかの重要なステップ、に大きく依存し、単一分子を検出するために右の撮像パラメータを選択します。それが成功するためにいくつかの時間と労力がかかることがありますが、アッセイが正常に実装されれば、それははじめに考察される任意の他

開示事項

著者は、彼らが競合する金融利害関係を持たないことを宣言します。

謝辞

We thank Vladimir Polejaev (Yale West Campus Imaging Core) for the design and construction of the polarized TIRF microscope, David Baddeley (Yale University) for help with two-color detection instrumentation, and James E. Rothman (Yale University) and Ben O'Shaughnessy (Columbia University) and members of their groups for stimulating discussions. EK is supported by a Kavli Neuroscience Scholar Award from the Kavli Foundation and NIH grant 1R01GM108954.

資料

NameCompanyCatalog NumberComments
Reagents
Milli-Q (MQ) waterMillipore
KOHJ.T. Baker3040-05
Ethanol 190 ProofDecon
IsopropanolFisher ChemicalA416P4
HEPESAmericanBioAB00892
Sodium Cholride (KCl)AB01915
DithiothreitolAB00490
N-[2-hydroxyethyl] piperazine-N'-[2-ethanesulfonic acid] (HEPES)AmericanBioAB00892
EGTAAcros Organics409911000
Buffers
HEPES-KOH buffer (pH 7.4)25 mM HEPES-KOH, 140 mM KCl, 100 μM EGTA, 1 mM DTT
Solvents
Chloroform J.T. Baker9180-01in glass bottle, CAUTION, wear PPE
MethanolJ.T. Baker9070-03in glass bottle, CAUTION, wear PPE
Liposome preparation 
Gastight Hamilton syringeHamiltonvar. sizesonly use glass sringe with solents (Chlorophorm/ Methanon, 2:1, v/v)http://www.hamiltoncompany.com
Glass tubes Pyrex Vista 11 ml, 16x100 mm screw cap culture tubePyrex 70825-16clean thoroughly, rinse with chloroformhttp://catalog2.corning.com/LifeSciences/
1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine, 16:0-18:1 PC (POPC)Avanti Polar Lipids850457Lipids come dissolved in CHCl3 or as lyphilized powder in sealed vials. Aliquot upon opening. Store extra as dried lipid films under inert atmosphere at -20 °C. Keep stocks in CHCl3/MeOH (2:1, v/v) at -20 °C. let come to RT before openinghttp://www.avantilipids.com/
1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phospho-L-serine (sodium salt), 18:1 PS (DOPS)840035
1-stearoyl-2-arachidonoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine, 18:0-20:4 PE (SAPE)850804
L-α-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate (Brain, Porcine) (ammonium salt), Brain PI(4,5)P2840046
1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine-N-(7-nitro-2-1,3-benzoxadiazol-4-yl) (ammonium salt), 18:1 NBD PE810145
1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine-N-[methoxy(polyethylene glycol)-2000] (ammonium salt), 18:1 PEG2000 PE880130
cholesterol (ovine wool, >98%)700000
DiD' oil; DiIC18(5) oil (1,1'-Dioctadecyl-3,3,3',3'-Tetramethylindodicarbocyanine Perchlorate)Molecular ProbesD-307https://www.thermofisher.com/ 
Rotavapor R-210BuchiR-210heat bath above Tm of lipids usedhttp://www.buchi.com/
OG n-Octyl-β-D-GlucopyranosideAffymetrix0311store at -20°C, let come to RT before openinghttps://www.anatrace.com/
Shaker - Eppendorf Thermomixer REppendorfhttps://www.eppendorf.com/
Slide-A-Lyze Dialysis Cassettes, 20K MWCO, 3 mLlife technologies66003https://www.lifetechnologies.com/
Bio-Beads SM-2 AdsorbentsBio-Rad1523920http://www.bio-rad.com/
OptiPrep Density Gradient MediumSigma-AldrichD1556http://www.sigmaaldrich.com/
Ultracentrifugation tube, Thinwall, Ultra-Clear, 13.2 mL, 14 x 89 mm Beckman Coulter41121703https://www.beckmancoulter.com/
Beckman SW41 Ti rotor
SuflorhodamineBMolecular ProbesS-1307https://www.thermofisher.com/ 
Econo-Column Chromatography Columns, 2.5 × 10 cmBio-Rad7372512http://www.bio-rad.com/
Sepharose CL-4BGE Healthcare17-0150-01http://www.gelifesciences.com/
SYPRO Orange Protein Gel StainMolecular ProbesS-66505,000X Concentrate in DMSOhttps://www.lifetechnologies.com/
PDMS block
Sylgard 184 Silicone elastomer kit, PDMSDow Corning3097358-1004http://www.dowcorning.com/
Pyrex glass petri dish, 150 x 20 mm, complete with coverCorning3160-152http://catalog2.corning.com/LifeSciences/
Hole puncher - Reusable Biopsy Punch, 0.75mmWorld Precision Instruments504529http://www.wpi-europe.com/
Manual Hole Punching Machine SYNEOMHPM-UNVhttp://www.syneoco.com/
Drill .035 x .026 x 1.5 304 SS TiN coated round punchCR0350265N20R4drill diameter: 0.9 mm
Tygon Microbore tubing, 0.25 mm ID, 0.76 mm ODCole-Parmer06419-000.010" ID, 0.030" ODhttp://www.coleparmer.com/
Silicone Tubing (0.51 mm ID, 2.1 mm OD95802-000.020" ID, 0.083" OD
Cover glass -  cleanroom cleaned
Schott Nexterion cover slip glass DSchott1472305http://www.us.schott.com/
plasma cleanerHarrickPDC-32Ghttp://harrickplasma.com/
pTIRF setup and accessories
IX81 microscope bodyOlympusIX81http://www.olympus-lifescience.com/en/
EM CCD cameraAndorixon-ultra-897http://www.andor.com/
Thermo Plate, heated microscope stageTokai HitMATS-U52RA26http://www.tokaihit.com/
1 ml hamilton glass syringes (4x)Hamilton81365http://www.hamiltoncompany.com
syringe pumpkd ScientificKDS-230http://www.kdscientific.com/

参考文献

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