私たちは、原稿の重要な読書および編集のためSankalpi Warnasooriyaとエイミーフンボルトに感謝します。この作品は、エネルギー省（DE-SC0008769）、国立科学財団（IOS-1127017）からの補助金によって支えられている。

1。 Sの成長エノコログサ <ol><li> 31°C/22°C（昼/夜）9:00 8:30から15℃の夜明け前処理をし、12時間light/12人事暗い、相対湿度50％に成長チャンバ条件を設定午前。 （ 図1）。これらの条件下で、S.エノコログサの A10.1は、シード播種から開花まで約21〜22日かかります。 </li><li>メトロミックス360でフラット（4×9セル）を記入し、水やりのために一つのセルを削除します。 </li><li>軽く土の表面に水を霧。 </li><li>土壌、セルあたり1シードの表面に種をまく。 </li><li>土の層で種をカバー（約0.5cm） </li><li>下から土壌と水の干潟の表面をミスト。種子播種後底から水やりしてください。 </li><li>雌親および9工場は、雄親として使用されるように、少なくとも三つの植物が使用され実行される各断面である。すべての植物が同じ日に花ないので、シード播種をずらさなければならない。シードsowiNGは、3日間にわたって、毎日をお勧めします。 </li><li>植物の植物や土壌条件の大きさに依存している1〜2回、1日に水。土壌中の過剰な水が植物の最適な生育に有利ではなく、真菌の土壌中の成長と葉の組織の損傷につながる可能性があります。 </li><li>ジャックの15-16-17 100 ppmの濃度でを使用して、週二回の植物を受精。 </li></ol> 2。トリミングと骨抜きになる前に穂の標識 - 第1日目<ol><li>前受粉の午後や​​夕方には、研究室に成長室から植物を移動（温度（T）：24.06°Cは21.79パーセント1.15％±0.13℃、相対湿度（RH）を±）。 </li><li>既に咲いている穂に1花、花の1/3にした一次円錐花序を選択します。 </li><li>以下のように本研究では穂内の4つのドメインが定義されていた（ 図2Aは 、先端、遠位中間、近位ミドルとベース）。 </li><li>理想的には、読み込むと咲いている1-5花のEA穂は、穂（先端）の先端を切断して、春のはさみや細かい鉗子を使用して、近位ミドルとベースのセクションですべての花を削除します。 </li><li>穂は1/10程度咲いている花の1/5にされている場合は、先端を切断し、唯一、さらにトリミングするための遠位中間および近位真ん中の上部の下部を保持し、穂の根元から花をトリミング。 </li><li>穂は1/4程度咲いている花の1/2にされている場合は、遠位中央部分を切断してのみ、さらにトリミングするための近位、中間部分を保持します。 </li><li>軽く毛をトリミングする外科はさみを使用してください。 </li><li>咲いたし、すべての未成熟な花が均等領域に分布している約20〜30花/穂（ 図3）を残してきたすべての花を削除します。可能な熱損傷から小花を保護するために受粉される地域の毛を保持するように注意して練習します。各小穂の場合は、上部の最も成熟した小花を保持します。最上部の小花が受粉（ 図2B）の時点で開花する可能性が高くなっているでしょう。 </li><li>赤い油性ペンでそれぞれの花の片側をマークし、穂（ 図2B）に小花の数を記録する。 </li><li>以下の情報を有するフラグ穂：骨抜きの日付、持続時間および除雄が行われる温度。 </li><li>穂がトリミングされた後、主穂の開発に多くの資源の再配分を確保するために、各工場の全ての分げつを削除します。 </li></ol> 3。暖かい水浸漬で骨抜き - デイ1 <ol><li>熱処理の0.1℃±48℃に水浴を設定します。 </li><li>優しくトリミング穂を曲げて3-6分間48℃の温水でそれらを浸します。穂の茎を壊さないよう、十分に注意してください。 </li><li>約3〜4穂は峠を浸漬することができますTHER一度、熱の均一な分布のための穂の間に十分な空間を維持する。これは、熱処理中温水に穂全体を沈めることが不可欠である。フラグの葉（穂に栄養を提供穂をサブテンディング葉）葉組織への熱損傷を防止するために暖かい水と接触しないようにしてください。 </li><li>除雄が所望の期間に行われた後、水浴から穂を取り外し、ゆっくりと穂から水を振り払う。 </li><li>完全に骨抜きに穂をカバーし、ツイストタイで固定するようにカスタマイズされたマイクロ穿孔パンの袋を置きます。マイクロ穿孔パン袋（ビデオに含める）穂の大きさに合わせてカスタマイズすることができます。 </li><li>次の日になるまでバック成長チャンバー内の植物を配置します。 </li></ol> 4。除雄後クロッシング/受粉 - 2日目と3日目<ol><li> 2日目と3日目の午前9時に、メス（去勢）およびMALを移動研究室に成長室から電子両親の交配を行うために（T：1.15％±21.79パーセント：24.06°Cで、0.13℃、相対湿度を±）。 </li><li>観察し、咲いたか、赤い油性ペンを使用して咲いている花に別の赤い点を追加します。穂当たり咲い花の総数を記録します。 </li><li> ×印が実施しているかを追跡するために受粉した日付とタグと男親の名前を記録します。 </li><li>男性の両親に開花のピーク時間を守ってください。私たちの室条件の下で（ 図1）男性の親の穂に花が10:10の周りに同期開放を開始します。花の開口部の時から、葯および花粉の放出を完全exsertionは20分後に発生します。 </li><li>受粉のための理想的なステージは、雄親の花粉が放出される段階である。花は花粉リリースから20分後に終了します。したがって、開花のための期間は、フローのオープン時から約40分であるERS。花後に約30分かけて茶色に黄白色の花粉の色が変化が閉じます。 </li><li>黄白色の葯が男性の親の花に見えるたらすぐに受粉を開始します。受粉は、3つの技術のいずれかを使用して、2日目および3日目に行われる。 <ol><li> 穂への穂受粉 ：男性のように1デタッチ穂を使用して、静かに受粉を促進し、汚染を避けるために男性の穂を廃棄する去勢穂と一緒に穂をこする。各骨抜き穂2-3穂によって受粉されるまで、受粉プロセスを繰り返します。 </li><li> 葯から柱頭受粉 ：使用して鉗子は黄白色の葯に咲いている花を選ぶか、葯を選んで、物理的に女性の親に花の汚名をタッチします。骨抜き穂に1花を受粉するために男性の親から1花を使用してください。受粉pを繰り返しますrocessは骨抜き穂の各汚名まで数（約2-3）の花/葯によって受粉されています。拡大バイザーを身に着けていることは、受粉を行うために、より良い視界をレンダリングします。 </li><li>異なる男性の親の受粉の間で、さまざまな十字架の間で花粉のキャリーオーバーによる汚染を避けるためにキムワイプで拭いて、その後95％エタノールに鉗子を浸します。 </li><li> 穂バインディング ：骨抜きした後、次の日に咲くと男親に3-4穂を選択します。ツイストタイを使用して、女性の親の去勢穂と一緒にバインドします。やや男性の親の穂の下に去勢穂を配置します。穂の上グラシン袋を置き、ペーパークリップをベースにバッグを固定します。男性の親の穂が開花を開始すると、これは2日目に完了することができる。 </li><li> 、2日目と3日目の朝に開花期間中にフリックまたはFACILにグラシン袋を振る洗いたて受粉。 （：00 AM 9:00-11間）朝に開花の全期間を通じて15分毎にフリックするか、穂を揺るがし続ける。受粉後男性の親の穂を削除し、去勢穂に咲いて、花の反対側にラベルを付ける。各女性の親の穂に咲いて、花の数を記録します。 </li></ol></li><li>受粉が行われると、女性の親の穂をカバーし、種子の収穫まで、受粉後ツイストタイを使用して底部に固定するためにカスタマイズされたマイクロ穿孔パンの袋を置く。 </li></ol> 5。種子収穫<ol><li>受粉の日から2週間（14〜16日）後に収穫種子。種子の同じ袋にタグを配置。両側に赤い印を持っている種子は、制御された遺伝的交雑から生じた種を表す。これらは異系交配後代であると予想される。 </li><li>それが表すように赤いマーキングがなく、任意の種を捨てる除雄後に新たに開発された花から生じた種子。片側のみに赤いマーキング種子はおそらく、彼らは制御の交配を行った時のブルーミングれていなかったように自家受粉から生じる種を表します。 </li><li>種子乾燥機中で2日間、30℃で乾燥種子。研究室に保管して乾燥させた種子（T：24.06°Cで、0.13℃、相対湿度：±1.15％±21.79パーセント）を、または種子室において（T：20％±1％：4.0℃〜1.0℃、相対湿度を±）。 </li></ol>

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	<li>Bennetzen, J. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Reference+genome+sequence+of+the+model+plant+Setaria.">Reference genome sequence of the model plant Setaria.</a> Nat Biotechnol. 30, 555-561 (2012).</li><li>Zhang, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome+sequence+of+foxtail+millet+(Setaria+italica)+provides+insights+into+grass+evolution+and+biofuel+potential.">Genome sequence of foxtail millet (Setaria italica) provides insights into grass evolution and biofuel potential.</a> Nat Biotechnol. 30, 549-554 (2012).</li><li>Li, P., Brutnell, T. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Setaria+viridis+and+Setaria+italica,+model+genetic+systems+for+the+Panicoid+grasses.">Setaria viridis and Setaria italica, model genetic systems for the Panicoid grasses.</a> J Exp Bot. 62, 3031-3037 (2011).</li><li>Brutnell, T. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Setaria+viridis:+a+model+for+C4+photosynthesis.">Setaria viridis: a model for C4 photosynthesis.</a> Plant Cell. 22, 2537-2544 (2010).</li><li>Doust, A. N., Kellogg, E. A., Devos, K. M., Bennetzen, J. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Foxtail+millet:+a+sequence-driven+grass+model+system.">Foxtail millet: a sequence-driven grass model system.</a> Plant Physiol. 149, 137-141 (2009).</li><li>Siles, M. M., Baltensperger, D. D., Nelson, L. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Technique+for+artificial+hybridization+of+foxtail+millet+[Setaria+italica+(L.)+Beauv.].">Technique for artificial hybridization of foxtail millet [Setaria italica (L.) Beauv.].</a> Crop Sci. 41, 1408-1412 (2001).</li><li>Li, H. W., Meng, C. J., Liu, T. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Problems+in+the+Breeding+of+Millet+(Setaria+Italica+(L.)+Beauv.).">Problems in the Breeding of Millet (Setaria Italica (L.) Beauv.).</a> Agron. J. 27, 963-970 (1935).</li><li>Willweber-Kishimoto, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Interspecific+relationships+in+the+genus+setaria.">Interspecific relationships in the genus setaria.</a> Contributions from the Biological Laboratory, Kyoto University. 14, 1-41 (1962).</li><li>Chang, L. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Studies+on+flowering+and+hybridization+technique+in+Setaria.">Studies on flowering and hybridization technique in Setaria.</a> Nungyeh-hsueh Pao (Jour. Agric.) Act. Agric. Sin. 9, 68-76 (1958).</li><li>Darmency, H., Pernes, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Use+of+wild+Setaria+viridis+(L.)+Beauv.+to+improve+triazine+resistance+in+cultivated+S.+italica+(L.)+by+hybridization.">Use of wild Setaria viridis (L.) Beauv. to improve triazine resistance in cultivated S. italica (L.) by hybridization.</a> Weed Research. 25, 175-179 (1985).</li><li>Sakai, S., Shin, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Artificial+hybridization+of+Setaria+italica+by+hot+water+treatment.">Artificial hybridization of Setaria italica by hot water treatment.</a> Bull. Fac. Agric. Kagoshima Univ. , 28-37 (1955).</li><li>Malm, N. R., Rachie, K. 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A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+genetic+basis+for+inflorescence+variation+between+foxtail+and+green+millet+(poaceae).">The genetic basis for inflorescence variation between foxtail and green millet (poaceae).</a> Genetics. 169, 1659-1672 (2005).</li></ol>

著者は、彼らが競合する経済的利益を持っていないことを宣言します。

夜明け前治療の重要性異系交配後代の高い周波数を得るためには、男性と女性の両親の高度同期開花が不可欠です。最初に、我々は、温度と光体制を再投入（31°C/22°C、昼/夜）およびSを使用すべての受粉用エノコログサアク A10.1。 00時：温度が31℃まで上昇する前にこれらの条件の下では、ほとんどの花はいくつかの花のオープンもランダムに8:00 AM-8との間で、早朝に開きます。 S内の以前の研究場所と季節が開花7,15,16の変化に寄与し、その日のその時間を示しているイタリカ 。シレスら 6は、従来の研究7,15年に締結ように開花は、それ自体が、低温、多湿で急激な温度変化や湿度ではなく、関連していたことを指摘した。模倣する：したがって、我々は（00 AM 8:30-9から）30分間15℃の夜明け前低温処理を採用自然な夜明け前の条件。この夜明け前の低温処理は、両親に開花を同期で支援。私たちは、50％の相対湿度レベルの室を設定にもかかわらず、チャンバー内の相対湿度は温度に達するまで温度が15℃まで22℃から低下し70％以上の水準に上昇し、70％を超える滞在し続けたことを観察した徐々に9:30後に31℃まで上昇した。午前9時、男性の親の雌の親や植物を去勢は研究室にもたらされる（T：21.79パーセント±1.15％：24.06℃、0.13℃、相対湿度を±）。男性の両親の花が10:10の周りの開口部を起動し、受粉10:30 AM-11で行うことができます：00午前。すべての試薬 ​​および装置の詳細なリストを表2に設けられている。 骨抜き用の穂の準備の重要性この研究（ 図1）内のチャンバ条件下では、一次穂ブルーミングの持続時間があったから2〜3日。一般的に、花序の先端真ん中に位置して花（ 図2A）は、最初のオープンと開口部が近位および遠位に先行する。穂上に保持される花の理想的な数は、20〜30である。唯一のよく発達した花（小穂17上の一番上の花や最大）が保持されるよう注意が未熟な花を除去する際に注意が必要です。花の両側に赤いマーカーで標識を効率的に骨抜きした後に新たに開発された花から種子から推定される異系交配の子孫を区別するのに役立ちます。また、大規模な熱損傷から小花を保護するために骨抜き前に穂に剛毛を残すことが重要であるが、オプションとして、それらは、穂結合する場合は特に、受粉を促進するために、スプリングのはさみを使用して除雄後に除去することができる技術は、（ 図2Cおよび2D）を用いる。 最適化された温度AN温水処理のためのd個の治療期間温水浸漬を通して除雄の基本は、花粉が柱頭表面より熱に敏感であるということです。しかし、熱処理の持続時間と温度がセタリア種やアクの間で異なる場合があります。一般に、より長い処理時間が短い処理時間またはより低い温度でより高い温度が骨抜きに対して同じ効果を有するであろう。これは、報告されている20分10又は10分間47℃C 14レンダリングS. 42℃の熱処理イタリカ花粉非生存が、これらの処理の効率が決定されなかった。我々は、治療の最適化された温度及び時間の下で、すべての花の花粉が柱頭に受容残るながら女性の親が生育不能になる上に保持するという仮説次の我々のプロトコルを開発した。しかしながら、いくつかの温度の効果を比較し、分析した後と治療期間（ 第1表 ）、我々は、このようにそれが完全に自家受粉から得られた種子を除去することは困難であり、熱処理に対する感度が各穂上に保持され、花の間で変化することを見出した。我々は、治療がS.中3-6分間、48℃で実施されるとき異系交配子孫を生産する効率が最大であると結論エノコログサアク A10.1。 開花と他家受粉のピーク時花が成熟に達すると開くしようとしている場合には、葯の色は黄色がかった白であり、花粉とすぐ葯花8から突き出すように流されている。花が閉じ始めるように花粉が流された後に葯は徐々に茶色に。リリースされたら、花粉の生存率は不明である。そのため、できるだけ速やかに男性の親の開口部または新鮮に開いた花から花粉を使用することが重要です。私たちのチャンバの状態（ 図1）、floweの大半の下で男性の両親のRSは10:10で開くように開始し、開いた花は午前10時30分で花粉を流した。このように、受粉を行うために望ましいウィンドウは10:30と11:00の間にある。柱頭は近くの花の後に穎の外に残り、花粉を受け入れるかもしれません。これは、以前に観察され、S.確認されているイタリカ柱頭がシレスら 6から約48時間後に開花のために受け入れているので、それは熱処理後バッグ穂にとって重要かつ制御十字架を実行した後であること。上述したように、私たちは2日目と3日目後の除雄の両方で受粉を行ってお勧めします。 受粉のための方法我々は3つの受粉技術の効率を比較した。花が咲く限定されていない場合は、穂から穂受粉は、最も効率的な技術であり、異系交配の子孫の数が多いが得られる。開花穂は、Oの高い周波数を制限している場合葯から柱頭法を用いた場合utcross子孫が生成される。我々が正常に両方の方法から異系交配の子孫を取得しています。 「バインディング穂」の方法は、Sを横切るで使用されている男性の親の花粉脱落のための時間ウィンドウが短いようイタリカ 6が、我々は、この方法が最も効率的な方法であることが判明。また、あまり受粉を制御し、S上の毛がありますエノコログサの穂も柱頭表面に花粉の動きを妨げることがあります。 種子の収穫、乾燥、ストレージ収穫後、種子を2日間30〜33℃で乾燥されるべきである。必要に応じてAntheciumは、GUS染色のために削除する必要があります。種子は、乾燥した涼しい場所に保管してください（T：1.15％±21.79パーセント：24.06°Cで、0.13℃、相対湿度を±）、T（短期保存（二年未満）、またはシードチャンバー内：4.0 - 長期保存のために20％±1％）：10°Cで、1.0℃、相対湿度を±。貧弱な貯蔵条件は、低い生存率8をもたらし得る。私たちは、観察したことをSの発芽率エノコログサ A10.1 の 4日後に収穫播種時約5％であるが、実験室で貯蔵した後90から96パーセントまで増加させることができる（T：21.79パーセント±1.15％：24.06°Cで0.13°C、RH、±）110日後に収穫種子休眠を打破するために-80℃で3日間の層別化した。 -80℃での層別化のために、乾燥した種子は、気密容器（ 例えば 、マイクロ遠心管又は密封されたビニール袋コインエンベロープ）に配置することができ、植え付けの前に3日間、-80℃で維持した。実験室でのストレージの16ヶ月後（T：24.06°Cが0.13℃、相対湿度：±1.15％±21.79パーセント）を、90から95パーセントの発芽率は、依然として得ることができる。また、休眠を破るために、種子は、収穫後2日間、30〜33℃で乾燥させることができ、その後の除去に続いて-80°Cで3日間与えられた成層anthecium前に植える。これらの処理の後、最大33％の発芽率を達成することができる。 利点、制限および可能な修正ここでは、S.に交配を行うための第1の標準プロトコルを提供骨抜きのための熱処理を使用して、 エノコログサの A10.1。物理的除雄とは対照的に、このプロトコルは、低侵襲性及び研究室で確立することが比較的容易である。これは通常、1穂をトリミングするのに約15分かかり、約15穂をトリミングおよび/人/日、交差することができます。 45-75異系交配子孫の合計は一日に一人で製造することができ、異系交配子孫3-5 /円錐花序の平均値を仮定すると最適化された条件下で回収することができる。さらに、この技術は、追加の最適化が可能性が高いだろうが、他のセタリア種で交差するように適用することができる。成長室空間が限られている場合、植物は、夜明け前トリートメントルーム、ことなく、温室またはグロースチャンバー中で増殖させることができるこれらは最適化されたチャンバの状態に移動される前に、穂が出てくるまでtment。

S.エノコログサ密接バイオエネルギー供給原料スイッチグラス（NAD-MEのサブタイプ）、穀物作物のアワ、農業雑草ギニアグラス5に関連する、NADP-MEサブタイプC 4草です。 エノコログサ、Sの栽培形の510 Mbのゲノムイタリカは、最近になって、1,2および雑草相対、Sの25Xカバレッジゲノム配列を配列決定されているエノコログサは 、進行中である（未発表）。S.エノコログサは迅速な生成時間を含め、潜在的に優れたモデル遺伝系、小柄、単純な増殖要件、および多産の種子生産3にする多くの特性を持っています。重要なことに、最近の方法はS.の両方で安定した一過性形質転換のために開発されているトランスジェニック植物4を作成するための機会を提供するエノコログサ 。しかし、S.のための遺伝的ツールの開発における主なボトルネックエノコログサは、再計算され他殖にitrance。現在まで、標準的なプロトコルは、制御された交雑種子の急速な生産を可能にすることが発表されていない。 S内遺伝的交雑イタリカは通 ​​常、花が6,7,8から葯の除去を介して、または、女性の両親9月11日の花の熱処理によって骨抜きによって実行されます。これらの治療、葯または無処理の花から穂次/オス親が優しく花粉を解放柱頭に対して摩耗している。骨抜きでは、葯は小花が開き、葯を突き出すし始めた直後に細かい鉗子を用いて除去しているが、まだ花粉6-8を流していない。この後者の方法の課題の中でも、花の花粉杼口開口部との間の狭い時間間隔で除雄を行うことが困難である。単一の花の開閉の持続時間は、受託及び環境条件に依存して変化し、7分間の範囲であることができる&lt;S内SUP&gt; 6から2.5時間12 イタリカ 。葯の小花から突き出すように花粉の脱落が発生するため、葯を慎重かつ迅速に除去する必要があるので、それは、自家受粉による汚染を回避することは困難である。受粉を除雄直後に実行されるようにまた、日あたり/人ごとに実行することができる交雑の数は限られている。 別の方法としては、成熟した穂を熱殺すために穂が多数に十字架を実施することの利点と花粉9,10,13,14の開発、暖かい水に浸漬することができます。しかし、熱処理の温度及び時間は、異なる実験（20分10 10分14および42℃用など 47℃）から大きく異なる。さらに、熱媒介emasculationsの有効性に関する系統的な分析が発表されていない。 Sに遺伝的交雑を実行するためのように、標準的で簡単な方法V虹彩が大幅にSの遺伝資源の開発と確立を加速する研究コミュニティ内でのモデル系として、 エノコログサ 。 我々はSに遺伝的交雑を実行するための標準プロトコルの開発と最適化を報告エノコログサ 。植物が花の発生を同期させ、手順の再現性を高めるために制御された環境下で成長させる。十字架は、トランスジェニックSを使用して実行される成功した制御された遺伝的交雑の同定を容易にするために、GUSレポーター遺伝子を含有する4雄親としてエノコログサ線 。 GUSトランスジーンは、収穫後直ちにF1種子のスコアリングを可能にし、従って、除雄と受粉の効率を決定するための簡単​​な定性アッセイを提供するイネユビキチンプロモーターによって駆動される。我々はemasculaていた花のラベル付けを伴う骨抜き用の温水で簡単な熱処理を採用している除雄後に新たに開発された花から生じた種を排除するためのテッド。許容温度で加熱処理する一連のテストをしてぬるま湯に浸すの期間を変化させた後、我々は3-6分から48℃の最適な温度と時間の期間を設けています。夜明け前の低温処理は、他家受粉を促進するために、両方の親における同期開花を促進することが見出された。我々はまた、プロトコルや他のエノコログサアク 、このメソッドの将来のアプリケーションにおける重要なステップについて説明してきました。

<table border="1">
		<tbody>
		 <tr>
			<td>Name</td>
			<td>Company</td>
			<td>Cat. Number</td>
 <td></td>
		 </tr>
		 <tr>
			<td>Scissors, spring</td>
			<td>World Precision Instruments, Inc</td>
			<td>14126</td>
		<td></td>	
		 </tr>
		 <tr>
			<td>Forceps, Dumostar Biology Polished</td>
			<td>SPI Supplies</td>
			<td>TD5BP-XD</td>
		<td></td>	
		 </tr>
		 <tr>
			<td>Surgical Scissors</td>
			<td>F.S.T (Fine Science Tools)</td>
			<td>14005-12</td>
		<td></td>	
		 </tr>
		 <tr>
			<td>Europack Clear Polypropylene Micro-Perforated Crusty Bread Bags 6"x28"</td>
			<td><a href="http://www.pjpmarketplace.com" target="_blank">http://www.pjpmarketplace.com</a></td>
			<td>361001</td>
 <td></td>
		 </tr>
		 <tr>
			<td>Flats</td>
			<td>T.O. Plastics</td>
			<td>715401C </td>
			<td></td>	
		 </tr>
		 <tr>
			<td>metro mix 360</td>
			<td>Hommert International</td>
			<td>10-0356-1</td>
			<td></td>	
		 </tr>
		 <tr>
			<td>Jack's 15-16-17</td>
			<td>Hommert International</td>
			<td>07-5925-1</td>
			<td></td>	
		 </tr>
		 <tr>
			<td>Kimwipes</td>
			<td>VWR International</td>
			<td>34120</td>
			<td></td>	
		 </tr>
		 <tr>
			<td>Sharpie Ultra Fine Point Permanent Markers, Red</td>
			<td>Staples</td>
			<td>37002</td>
 <td></td>
		 </tr>
		 <tr>
			<td>Donegan DA-10 OptiVisor Headband Magnifier, 3.5x Magnification, 4" Focal Length</td>
			<td>Amazon</td>
			<td>DA-10, B0015IP380</td>
 <td></td>
		 </tr>
		 <tr>
			<td>12"24/7 Packaging Hand Impulse Sealer Heat Seal Machine Poly Sealing Free Element Grip </td>
			<td>Amazon</td>
			<td>N/A</td>
 <td></td>
		 </tr>
		 <tr>
			<td>water bath</td>
			<td>VWR scientific</td>
			<td>Model: 1166</td>
			<td></td>	
		 </tr>
		 <tr>
			<td>BDW walk in plant growth chamber</td>
			<td>Conviron</td>
			<td>BDW 40</td>
 <td></td>
		 </tr>
		</tbody>
 </table>

methods for performing crosses in setaria viridis, a new model system for the grasses

エノコログサは、C 4草のための新たなモデル系である。それは密接にバイオエネルギー供給原料スイッチグラスや穀物作物のアワに関連しています。最近では、アワ、Sの510 Mbのゲノムイタリカは、1,2および雑草相対Sの25Xカバレッジゲノム配列を配列決定されているエノコログサが進行中である。S.エノコログサは迅速な生成時間を含め、潜在的に優れたモデル遺伝系、小柄、単純な増殖要件、多作種子の生産3にし、一過性および安定な形質転換4の両方のためのシステムを開発した多くの特性を持っています。しかし、Sの遺伝学エノコログサは、交配を実施するための詳細な方法がないために、部分的には、大部分が未開拓である。現在まで、標準的なプロトコルは、制御された交雑種子の急速な生産を可能にすることが採択されていない。 プロトコル圧力取得済みはここでSに遺伝的交雑を実行するために最適化されていますエノコログサ 、アクA10.1。私たちは、除雄後に新たに開発された花から生じた種を除去するために、花の20〜30小花とラベルを保持するために穂を剪定した後に骨抜き用の温水で簡単な熱処理を採用している。許容温度での一連の熱処理をテストし、浸漬の持続時間を変える後、我々は3-6分間、最適温度および48°Cの時間範囲を確立した。この方法を用いて、15​​×印の最小一日ごとに1回の作業者が行うことができ、穂当たり3-5異系交配子孫の平均を回収することができる。したがって、45-75異系交配子孫の平均は、1日に1人により製造することができる。この技術の広範な実装はS.の組換え近交系集団の発達を促進するエノコログサ X S.エノコログサまたはSエノコログサ X S.イタリカ 、SEバルクを通じて変異をマッピングするgregant解析と遺伝子解析のための高次の変異体を作成する。

本研究では、配列を決定Sを使用エノコログサアク女性の親としてA10.1、およびトランスジェニックS.すべての受粉のための男性の親としてGUSレポーター遺伝子4を含むエノコログサライン （もA10.1）。最適化された成長レジームは、 図1に示すように、開花を同期させるために使用した。我々は、骨抜きのための熱処理の温度と時間のいくつかの組み合わせをテストし、残りは3 日目 （ 図2）に咲いている間除雄穂上に保持され、花の約40〜80％が第 2日目に咲いたことを観察した。熱処理は4分間、例えば、49℃あまりに重度であった場合は、非常に少ないまたは全く花は第 2日目に咲いた。他家受粉は、雄の親の開花のピーク時に依存していた除雄後2 回目または3 回目の日、上で行った。 それはobservた若い花が骨抜き後に開発を続けていることをエド成熟し、3〜6日後に制御受粉自家受粉。 7〜10日後に受粉した後、白色で花が穂上に表示されます。これらの白い花は、熱損傷や貧しい受粉のいずれかに未受精である。同時に、首尾受粉された花は暗く、種子を負担し、14日後に粉砕を開始し始める。受粉後14日目に収穫赤いマーキング暗い種子は明らかにまだ緑色であったと粉々にしませんでした赤いマーキングせずに種子から区別することができた。収穫が遅れた場合、赤のマーキングとない種子のantheciumが困難迅速収穫さプールにおける赤色マーキング種子を区別することができるもの、暗く両方。 表1にまとめたように、交差プロトコルを最適化するためにいくつかの加熱処理実験を行った。の平均0-10個/円錐花序は、種々の熱処理実験から回収した。収穫後、種子をantheciumリムーバーを用いantheciumを除去し、種子乾燥器中で2日間30℃で乾燥した。 antheciumを除去した後、推定上のF1種子をGUS染色溶液で染色し、異系交配子孫は1〜2時間（ 図2F）で青色に染色した。これらの結果に基づき、我々は3-6分間48℃の加熱処理をすることをお勧めします。さらに、我々は十字が骨抜き次の日2日3の両方で実行することをお勧めします。 他のエノコログサアクや種との交配を実施する際に、この手法の有効性を検討するために、Sとの間に交差エノコログサの A10.1と8多様なS.エノコログサアクと1 S.ハイマツ受入を実施した。日アクの中で様々開花するものの、我々が発見したすべての8 Sの花エノコログサアクと1 S.ハイマツの加盟は夜明け前の低温処理後の10:20-11:00午前ピーク開放時間とともに10:00-11:00午前の間に開口部を開始します。これは夜明け前の低温処理は、多様なエノコログサアクにも適用できることを示しています。 5-6分48℃の加熱処理は、S.を去勢するために使用された実行されたすべての交配のための女性の親として使用されたエノコログサの A10.1。私たちは、A10.1と多様なSの3間の交配から12種子に1から回収エノコログサアクとS.との間に単一のクロスから6シードエノコログサの A10.1とシングルS.ハイマツ加盟 。これらの種子が成功検定交雑から生じた、または自己汚染の結果であった場合は、この時点で、我々は決定していない。それにもかかわらず、これらの予備的な結果は、成長条件はS.のために使用したことを示唆しているエノコログサの A10.1は、多様なS.との交雑を生成するために使用することができますエノコログサアクやエノコログサの可能性が他の種。 <tablE国境= &quot;1&quot;&gt; <tbody><tr><td> 一時熱処理温度（℃） </td><td> 時間熱処理（分） </td><td> ＃交配 </td><td> 平均。トリム後の花＃ </td><td> 受粉の日（emasc翌日） </td><td> 平均。 ＃種子（赤）/穂（平均） </td><td> 平均。 ％のGus（+）/種子（赤） </td><td> 平均。 ＃HYBの種子（ガス+） </td><td> 最小＃のHYB種子 </td><td> マックス＃のHYB種子 </td></tr><tr><td> 47 </td><td> 10 </td><td> 2 </td><td> 27 </td><td> 2日目</td><td> 0 </td><td> 0 </td><td> 0 </td><td> 0 </td><td> 0 </td></tr><tr><td> 48 </td><td> 3 </td><td> 3 </td><td> 36 </td><td> 2日目</td><td> 5 </td><td> 60 </td><td> 3 </td><td> 1 </td><td> 5 </td></tr><tr><td></td><td> 4</td><td> 3 </td><td> 25 </td><td> 3日目</td><td> 10 </td><td> 50 </td><td> 5 </td><td> 3 </td><td> 7 </td></tr><tr><td></td><td> 5 </td><td> 8 </td><td> 25 </td><td> 2日目</td><td> 5 </td><td> 60 </td><td> 3 </td><td> 1 </td><td> 6 </td></tr><tr><td></td><td> 6 </td><td> 3 </td><td> 25 </td><td> 2日目</td><td> 4 </td><td> 75 </td><td> 3 </td><td> 0 </td><td> 4 </td></tr><tr><td></td><td> 7 </td><td> 4 </td><td> 24 </td><td> 2日目</td><td> 3 </td><td> 33 </td><td> 1 </td><td> 0 </td><td> 4 </td></tr><tr><td></td><td> 7 </td><td> 1 </td><td> 25 </td><td> 3日目</td><td> 4 </td><td> 75 </td><td> 3 </td><td> N / A </td><td> N / AA </td></tr><tr><td> 49 </td><td> 1 </td><td> 3 </td><td> 23 </td><td> 2日目</td><td> 5 </td><td> 25 </td><td> 1 </td><td> 0 </td><td> 2 </td></tr><tr><td></td><td> 2 </td><td> 7 </td><td> 26 </td><td> 2日目</td><td> 8 </td><td> 25 </td><td> 2 </td><td> 0 </td><td> 4 </td></tr><tr><td></td><td> 3 </td><td> 5 </td><td> 22 </td><td> 2日目</td><td> 0 </td><td> 0 </td><td> 0 </td><td> 0 </td><td> 1 </td></tr><tr><td></td><td> 4 </td><td> 4 </td><td> 25 </td><td> 2日目</td><td> 0 </td><td> 0 </td><td> 0 </td><td> 0 </td><td> 0 </td></tr></tbody></table> 表1。骨抜きのための加熱処理の最適化熱処理の温度と時間の両方を変化させる結果。受粉は骨抜きと成功outcrosses S以下の1（2 番目の日）または2日間（3 日目 ）を行ったGUS染色に入り<img alt="図1" fo:content-src="/files/ftp_upload/50527/50527fig1highres.jpg" fo:content-width="5in" src="/files/ftp_upload/50527/50527fig1.jpg" /> 図1。夜明け前の低温処理温度や花の生産の最適な成長と同期するための期間で最適化された成長室状況が表示されます。緑と赤の矢印は、十字架や骨抜きを実行するための最適なウィンドウが表示されます。 <img alt="図2" src="/files/ftp_upload/50527/50527fig2.jpg" /> 図2。交配と異系交配後代のGUS染色のための穂の準備。（A）1/10程度開いた花を示す、トリミング前エノコログサの A10.1の穂。穂に沿って開花の進行の4セクションと方向性が示されている。 <strong写真は10時30分に撮影（咲いている花を示す後2日目骨抜き、上の毛を除去した後の剰余毛で骨抜きの前&gt;（B）Aトリミング穂。（C）去勢穂（D）去勢穂AM）。（E）、β-グルクロニダーゼ（GUS運ぶオス親（トランスジェニックエノコログサ A10.1ラインの穂）夜明け前処理（午前10時30分に撮影した画像）の後に咲いているレポーター遺伝子）。A E介して、スケールバー= 70％（v / v）エタノールでdistaining、続いて2時間後のGUS染色1mmである。（F）推定上の異系交配子孫。右から二種子をそれぞれ陰性および陽性対照である。 <img alt="図3" src="/files/ftp_upload/50527/50527fig3.jpg" /> 図3。プロトコルのフローチャートを Mの概略図Sを実行に関与ajor手順エノコログサ交差する。

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Methods for Performing Crosses in Setaria viridis, a New Model System for the Grasses

私たちは、 エノコログサ（S.エノコログサ ）で十字を実行するための方法論を開発しました。方法は、従来の実行可能な花粉を殺すために熱水処理に穂を剪定することを含む。 ×印は、よく制御された成長政権後に実施し、典型的には、1穂当たりの種子/ Sクロス受粉7の回復につながるされています。

に十字架を実行するためのメソッド<em&gt;エノコログサ</em草のために&gt;、新モデルシステム

Setaria viridis is an emerging model system for C4 grasses. It is closely related to the bioenergy feed stock switchgrass and the grain crop foxtail ...

methods-for-performing-crosses-setaria-viridis-new-model-system-for

Universidad San Sebastian

Research

JoVE Journal

Environment

Methods for Performing Crosses in Setaria viridis, a New Model System for the Grasses

21.6K ビュー.  Donald Danforth Plant Science Center. 私たちは、 エノコログサ（S.エノコログサ ）で十字を実行するための方法論を開発しました。方法は、従来の実行可能な花粉を殺すために熱水処理に穂を剪定することを含む。 ×印は、よく制御された成長政権後に実施し、典型的には、1穂当たりの種子/ Sクロス受粉7の回復につながるされています。 

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Multimodal Optical Microscopy Methods Reveal Polyp Tissue Morphology and Structure in Caribbean Reef Building Corals

An integrated suite of imaging techniques has been applied to determine the three-dimensional (3D) morphology and cellular structure of polyp tissues comprising the Caribbean reef building corals Montastraeaannularis and M. faveolata. These approaches include fluorescence microscopy (FM), serial block face imaging (SBFI), and two-photon confocal laser scanning microscopy (TPLSM). SBFI provides deep tissue imaging after physical sectioning; it details the tissue surface texture and 3D visualization to tissue depths of more than 2 mm. Complementary FM and TPLSM yield ultra-high resolution images of tissue cellular structure. Results have: (1) identified previously unreported lobate tissue morphologies on the outer wall of individual coral polyps&#160;and (2) created the first surface maps of the 3D distribution and tissue density of chromatophores and algae-like dinoflagellate zooxanthellae endosymbionts. Spectral absorption peaks of 500 nm and 675 nm, respectively, suggest that M. annularis and M. faveolata contain similar types of chlorophyll and chromatophores. However, M. annularis and M. faveolata exhibit significant differences in the tissue density and 3D distribution of these key cellular components. This study focusing on imaging methods indicates that SBFI is extremely useful for analysis of large mm-scale samples of decalcified coral tissues. Complimentary FM and TPLSM reveal subtle submillimeter&#160;scale changes in cellular distribution and density in nondecalcified coral tissue samples. The TPLSM technique affords: (1) minimally invasive sample preparation,&#160;(2) superior optical sectioning ability,&#160;and (3) minimal light absorption and scattering, while still permitting deep tissue imaging.

An integrated suite of imaging techniques has been applied to determine polyp morphology and tissue structure in the Caribbean corals Montastraeaannularis and M. faveolata. Fluorescence, serial block face,&#160;and two-photon confocal laser scanning microscopy have identified lobate structure, polyp walls, and estimated chromatophore and zooxanthellae densities and distributions.

マルチモーダル光学顕微鏡法カリビアン·リーフビルサンゴにポリープの組織形態と構造を明らかに

An integrated suite of imaging techniques has been applied to determine the three-dimensional (3D) morphology and cellular structure of polyp tissues ...

環境学

A New Application of the Electrical Penetration Graph (EPG) for Acquiring and Measuring Electrical Signals in Phloem Sieve Elements

Electrophysiological properties of cells are often studied in vitro, after dissociating them from their native environments. However, the study of electrical transmission between distant cells in an organism requires in vivo, artifact-free recordings of cells embedded within their native environment. The transmission of electrical signals from wounded to unwounded areas in a plant has since long piqued the interest of botanists. The phloem, the living part of the plant vasculature that is spread throughout the plant, has been postulated as a major tissue in electrical transmission in plants. The lack of suitable electrophysiological methods poses many challenges for the study of the electrical properties of the phloem cells in vivo. Here we present a novel approach for intracellular electrophysiology of sieve elements (SEs) that uses living aphids, or other phloem-feeding hemipteran insects, integrated in the electrical penetration graph (EPG) circuit. The versatility, robustness, and accuracy of this method made it possible to record and study in detail the wound-induced electrical signals in SEs of central veins of the model plant Arabidopsis thaliana1. Here we show that EPG-electrodes can be easily implemented for intracellular electrophysiological recordings of SEs in marginal veins, as well as to study the capacity of SEs to respond with electrical signals to several external stimuli. The EPG approach applied to intracellular electrophysiology of SEs can be implemented to a wide variety of plant species, in a large number of plant/insect combinations, and for many research aims.

A New Application of the Electrical Penetration Graph EPG for Acquiring and Measuring Electrical Signals in Phloem Sieve Elements

Electrical Penetration Graph (EPG) is a well-established technique for studying the feeding behavior of stylet-bearing insects. Here we show a new application of EPG as a non-invasive tool for the acquisition of intracellular electrophysiology recordings of sieve elements (SEs), the cells that form the phloem vasculature in plants.

師部ふるい要素に電気信号を取得し、測定するための電気浸透グラフ（EPG）の新しいアプリケーション

Electrophysiological properties of cells are often studied in vitro, after dissociating them from their native environments. However, the study of ...

Methods of Soil Resampling to Monitor Changes in the Chemical Concentrations of Forest Soils

Recent soils research has shown that important chemical soil characteristics can change in less than a decade, often the result of broad environmental changes. Repeated sampling to monitor these changes in forest soils is a relatively new practice that is not well documented in the literature and has only recently been broadly embraced by the scientific community. The objective of this protocol is therefore to synthesize the latest information on methods of soil resampling in a format that can be used to design and implement a soil monitoring program. Successful monitoring of forest soils requires that a study unit be defined within an area of forested land that can be characterized with replicate sampling locations. A resampling interval of 5 years is recommended, but if monitoring is done to evaluate a specific environmental driver, the rate of change expected in that driver should be taken into consideration. Here, we show that the sampling of the profile can be done by horizon where boundaries can be clearly identified and horizons are sufficiently thick to remove soil without contamination from horizons above or below. Otherwise, sampling can be done by depth interval. Archiving of sample for future reanalysis is a key step in avoiding analytical bias and providing the opportunity for additional analyses as new questions arise.

Repeated soil sampling has recently been shown to be an effective way to monitor forest soil change over years and decades. To support its use, a protocol is presented that synthesizes the latest information on soil resampling methods to aid in the design and implementation of successful soil monitoring programs.

森林土壌の化学濃度の変化を監視するための土壌リサンプリングの方法

Recent soils research has shown that important chemical soil characteristics can change in less than a decade, often the result of broad environmental ...

Measuring and Mapping Patterns of Soil Erosion and Deposition Related to Soil Carbonate Concentrations Under Agricultural Management

Spatial patterns of soil erosion and deposition can be inferred from differences in ground elevation mapped at appropriate time increments. Such changes in elevation are related to changes in near-surface soil carbonate (CaCO3) profiles. The objective is to describe a simple conceptual model and detailed protocol for repeatable field and laboratory measurements of these quantities. Here, accurate elevation is measured using a ground-based differential global positioning system (GPS); other data acquisition methods could be applied to the same basic method. Soil samples are collected from prescribed depth intervals and analyzed in the lab using an efficient and precise modified pressure-calcimeter method for quantitative analysis of inorganic carbon concentration. Standard statistical methods are applied to point data, and representative results show significant correlations between changes in soil surface layer CaCO3 and changes in elevation consistent with the conceptual model; CaCO3 generally decreased in depositional areas and increased in erosional areas. Maps are derived from point measurements of elevation and soil CaCO3 to aid analyses. A map of erosional and depositional patterns at the study site, a rain-fed winter wheat field cropped in alternating wheat-fallow strips, shows the interacting effects of water and wind erosion affected by management and topography. Alternative sampling methods and depth intervals are discussed and recommended for future work relating soil erosion and deposition to soil CaCO3.

Spatial patterns of soil erosion and deposition can be inferred from differences in ground elevation mapped at appropriate time increments. Such changes in elevation are related to changes in near-surface soil carbonates. Repeatable methods for field and laboratory measurements of these quantities and data analysis methods are described here.

測定と土壌侵食と堆積土炭酸濃度農業経営に関連のパターンのマッピング

Spatial patterns of soil erosion and deposition can be inferred from differences in ground elevation mapped at appropriate time increments. Such changes ...

Methodology for Developing Life Tables for Sessile Insects in the Field Using the Whitefly, Bemisia tabaci, in Cotton As a Model System

Life tables provide a means of measuring the schedules of birth and death from populations over time. They also can be used to quantify the sources and rates of mortality in populations, which has a variety of applications in ecology, including agricultural ecosystems. Horizontal, or cohort-based, life tables provide for the most direct and accurate method of quantifying vital population rates because they follow a group of individuals in a population from birth to death. Here, protocols are presented for conducting and analyzing cohort-based life tables in the field that takes advantage of the sessile nature of the immature life stages of a global insect pest, Bemisia tabaci. Individual insects are located on the underside of cotton leaves and are marked by drawing a small circle around the insect with a non-toxic pen. This insect can then be observed repeatedly over time with the aid of hand lenses to measure development from one stage to the next and to identify stage-specific causes of death associated with natural and introduced mortality forces. Analyses explain how to correctly measure multiple mortality forces that act contemporaneously within each stage and how to use such data to provide meaningful population dynamic metrics. The method does not directly account for adult survival and reproduction, which limits inference to dynamics of immature stages. An example is presented that focused on measuring the impact of bottom-up (plant quality) and top-down (natural enemies) effects on the mortality dynamics of B. tabaci in the cotton system.

Methodology for Developing Life Tables for Sessile Insects in the Field Using the Whitefly, Bemisia tabaci, in Cotton As a Model System

Life tables allow quantification of the sources and rates of mortality in insect populations and contribute to understanding, predicting and manipulating population dynamics in agroecosystems. Methods for conducting and analyzing cohort-based life tables in the field for an insect with sessile immature life stages are presented.

フィールドを使用してでコナジラミ、タバココナジラミ、モデル システムとして綿の付着の昆虫のための生命表の開発のための方法論

Life tables provide a means of measuring the schedules of birth and death from populations over time. They also can be used to quantify the sources and ...

Techniques for Investigating the Anatomy of the Ant Visual System

This article outlines a suite of techniques in light microscopy (LM) and electron microscopy (EM) which can be used to study the internal and external eye anatomy of insects. These include traditional histological techniques optimized for work on ant eyes and adapted to work in concert with other techniques such as transmission electron microscopy (TEM) and scanning electron microscopy (SEM). These techniques, although vastly useful, can be difficult for the novice microscopist, so great emphasis has been placed in this article on troubleshooting and optimization for different specimens. We provide information on imaging techniques for the entire specimen (photo-microscopy and SEM) and discuss their advantages and disadvantages. We highlight the technique used in determining lens diameters for the entire eye and discuss new techniques for improvement. Lastly, we discuss techniques involved in preparing samples for LM and TEM, sectioning, staining, and imaging these samples. We discuss the hurdles that one might come across when preparing samples and how best to navigate around them.

This article outlines a suite of techniques in light and electron microscopy to study the internal and external eye anatomy of insects. These include several traditional techniques optimized for work on ant eyes, detailed troubleshooting, and suggestions for optimization for different specimens and regions of interest.

Ant の視覚系の解剖学を調査するためのテクニック

This article outlines a suite of techniques in light microscopy (LM) and electron microscopy (EM) which can be used to study the internal and external eye ...

Development of New Methods for Quantifying Fish Density Using Underwater Stereo-video Tools

The use of video camera systems in ecological studies of fish continues to gain traction as a viable, non-extractive method of measuring fish lengths and estimating fish abundance. We developed and implemented a rotating stereo-video camera tool that covers a full 360 degrees of sampling, which maximizes sampling effort compared to stationary camera tools. A variety of studies have detailed the ability of static, stereo-camera systems to obtain highly accurate and precise measurements of fish; the focus here was on the development of methodological approaches to quantify fish density using rotating camera systems. The first approach was to develop a modification of the metric MaxN, which typically is a conservative count of the minimum number of fish observed on a given camera survey. We redefine MaxN to be the maximum number of fish observed in any given rotation of the camera system. When precautions are taken to avoid double counting, this method for MaxN may more accurately reflect true abundance than that obtained from a fixed camera. Secondly, because stereo-video allows fish to be mapped in three-dimensional space, precise estimates of the distance-from-camera can be obtained for each fish. By using the 95% percentile of the observed distance from camera to establish species-specific areas surveyed, we account for differences in detectability among species while avoiding diluting density estimates by using the maximum distance a species was observed. Accounting for this range of detectability is critical to accurately estimate fish abundances. This methodology will facilitate the integration of rotating stereo-video tools in both applied science and management contexts.

We describe a new method for counting fishes, and estimating relative abundance (MaxN) and fish density using rotating stereo-video camera systems. We also demonstrate how to use distance from camera (Z distance) to estimate species-specific detectability.

水中ステレオ ビデオのツールを使用して魚の密度を定量化する新方式の開発

The use of video camera systems in ecological studies of fish continues to gain traction as a viable, non-extractive method of measuring fish lengths and ...

A Novel Method for the Pentosan Analysis Present in Jute Biomass and Its Conversion into Sugar Monomers Using Acidic Ionic Liquid

Recently, ionic liquids (ILs) are used for biomass valorization into valuable chemicals because of their remarkable properties such as thermal stability, lower vapor pressure, non-flammability, higher heat capacity, and tunable solubility and acidity. Here, we demonstrate a method for the synthesis of C5 sugars (xylose and arabinose) from the pentosan present in jute biomass in a one-pot process by utilizing a catalytic amount of Br&#248;nsted acidic 1-methyl-3-(3-sulfopropyl)-imidazolium hydrogen sulfate IL. The acidic IL is synthesized in the lab and characterized using NMR spectroscopic techniques for understanding its purity. The various properties of BAIL are measured such as acid strength, thermal and hydrothermal stability, which showed that the catalyst is stable at a higher temperature (250 &#176;C) and possesses very high acid strength (Ho 1.57). The acidic IL converts over 90% of pentosan into sugars and furfural. Hence, the presenting method in this study can also be employed for the evaluation of pentosan concentration in other kinds of lignocellulosic biomass.

We present a protocol for the synthesis of C5 sugars (xylose and arabinose) from a renewable non-edible lignocellulosic biomass (i.e., jute) with the presence of Br&#248;nsted acidic ionic liquids (BAILs) as the catalyst in water. The BAILs catalyst exhibited better catalytic performance than conventional mineral acid catalysts (H2SO4 and HCl).

ペントサン解析手法ジュート バイオマスと酸性イオン液体を用いた糖モノマーへの変換に存在

Recently, ionic liquids (ILs) are used for biomass valorization into valuable chemicals because of their remarkable properties such as thermal stability, ...

The Plant Infection Test: Spray and Wound-Mediated Inoculation with the Plant Pathogen Magnaporthe Grisea

Plants possess a powerful system to defend themselves against potential threats by pathogenic fungi. For agriculturally important plants, however, current measures to combat such pathogens have proved too conservative and, thus, not sufficiently effective, and they can potentially pose environmental risks. Therefore, it is extremely necessary to identify host-resistance factors to assist in controlling plant diseases naturally through the identification of resistant germplasm, the isolation and characterization of resistance genes, and the molecular breeding of resistant cultivars. In this regard, there is need to establish an accurate, rapid, and large-scale inoculation method to breed and develop plant resistance genes. The rice blast fungal pathogen Magnaporthe grisea causes severe disease symptoms and yield losses. Recently, M. grisea has emerged as a model organism for studying the mechanisms of plant-fungal pathogen interactions. Hence, we report the development of a plant virulence test method that is specific for M. grisea. This method provides for both spray inoculation with a conidial suspension and wounding inoculation with mycelium cubes or droplets of conidial suspension. The key step of the wounding inoculation method for detached rice leaves is to make wounds on plant leaves, which avoids any interference caused by host penetration resistance. This spray/wounding protocol contributes to the rapid, accurate, and large-scale screening of the pathotypes of M. grisea isolates. This integrated and systematic plant infection method will serve as an excellent starting point for gaining a broad perspective of issues in plant pathology.

The Plant Infection Test: Spray and Wound-Mediated Inoculation with the Plant Pathogen Magnaporthe Grisea

Here, we present a protocol to test plant virulence with the plant pathogen Magnaporthe grisea. This report will contribute to the large-scale screening of the pathotypes of fungi isolates and serve as an excellent starting point for understanding the resistant mechanisms of plants during molecular breeding.

植物感染試験: スプレーと傷を介した植物病原体イネいもち病菌接種

Plants possess a powerful system to defend themselves against potential threats by pathogenic fungi. For agriculturally important plants, however, current ...

A New Portable In Vitro Exposure Cassette for Aerosol Sampling

This protocol introduces a new in vitro exposure system, capable of being worn, including its characterization and performance. Air-liquid interface (ALI) in vitro exposure systems are often large and bulky, making transport to the field and operation at the source of emission or within the breathing zone difficult. Through miniaturization of these systems, the lab can be brought to the field, expediting processing time and providing a more appropriate exposure method that does not alter the aerosol prior to contacting the cells. The Portable In vitro Exposure Cassette (PIVEC) adapts a 37 mm filter cassette to allow for in vitro toxicity testing outside of a traditional laboratory setting. The PIVEC was characterized using three sizes of copper nanoparticles to determine deposition efficiency based on gravimetric and particle number concentration analysis. Initial cytotoxicity experiments were performed with exposed lung cells to determine the ability of the system to deposit particles while maintaining cell viability. The PIVEC provides a similar or increased deposition efficiency when comparing to available perpendicular flow in vitro exposure devices. Despite the lower sample throughput, the small size gives some advantages to the current in vitro ALI exposure systems. These include the ability to be worn for personal monitoring, mobility from the laboratory to the source of emission, and the option to set-up multiple systems for spatial resolution while maintaining a lower user cost. The PIVEC is a system capable of collecting aerosols in the field and within the breathing zone onto an air-interfaced, in vitro model.

A New Portable In Vitro Exposure Cassette for Aerosol Sampling

Here, we present a protocol to perform portable cellular aerosol exposures and measure cellular response. The method uses cells, grown at the air-liquid interface, mimicking in vivo physiology. Cellular response to copper nanoparticle aerosols was observed as oxidative stress through reactive oxygen species generation and cytotoxicity as lactate dehydrogenase release.

新しいポータブル体外露出カセット エアロゾル サンプリング

This protocol introduces a new in vitro exposure system, capable of being worn, including its characterization and performance. Air-liquid interface (ALI) ...

に十字架を実行するためのメソッド

要約

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この動画の章

マルチモーダル光学顕微鏡法カリビアン·リーフビルサンゴにポリープの組織形態と構造を明らかに

師部ふるい要素に電気信号を取得し、測定するための電気浸透グラフ（EPG）の新しいアプリケーション

森林土壌の化学濃度の変化を監視するための土壌リサンプリングの方法

測定と土壌侵食と堆積土炭酸濃度農業経営に関連のパターンのマッピング

フィールドを使用してでコナジラミ、タバココナジラミ、モデルシステムとして綿の付着の昆虫のための生命表の開発のための方法論

Ant の視覚系の解剖学を調査するためのテクニック

水中ステレオビデオのツールを使用して魚の密度を定量化する新方式の開発

ペントサン解析手法ジュートバイオマスと酸性イオン液体を用いた糖モノマーへの変換に存在

植物感染試験: スプレーと傷を介した植物病原体イネいもち病菌接種

新しいポータブル体外露出カセットエアロゾルサンプリング

に十字架を実行するためのメソッド

要約

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マルチモーダル光学顕微鏡法カリビアン·リーフビルサンゴにポリープの組織形態と構造を明らかに

師部ふるい要素に電気信号を取得し、測定するための電気浸透グラフ（EPG）の新しいアプリケーション

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水中ステレオ ビデオのツールを使用して魚の密度を定量化する新方式の開発

ペントサン解析手法ジュート バイオマスと酸性イオン液体を用いた糖モノマーへの変換に存在

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フィールドを使用してでコナジラミ、タバココナジラミ、モデルシステムとして綿の付着の昆虫のための生命表の開発のための方法論

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