この研究は、韓国政府の資金援助を受けた韓国国立研究財団（MSIP）（No. 2015R1A2A1A10052663およびNo. 2014M1A3A3A02034698）の支援を受けて行われました。

1.安全性注意：このプロトコールでは、[γ- 32 P] -ATPを用いてAMPKの活性を評価しています。リン-32は放射性同位元素であり、主にβ線を放出する。ベータ粒子のサイズは非常に小さいので、衣類や肌に容易に浸透することができます。ベータ線への外部および内部の両方の暴露は、皮膚の火傷および組織の損傷を引き起こすことを含め、人の健康に有害な可能性があります。 <ol><li>アクリル遮蔽などの適切な保護を使用して[γ- 32 P] -ATPの使用を必要とするすべてのステップを実行します。 </li><li>すべての人員に、すべての手技中に有害な放射線への暴露の程度を監視するために、電子式個人線量計（EPD）が装備されていることを確認する。 </li><li>適切な訓練と規制当局の承認後にのみ、オープンソースの放射線を取り扱うこと。 注：ここでは、すべての実験は、ソウル国立大学でのオープンソース放射線使用の訓練の終了後に行われた韓国政府（nssc.go.kr/nssc/en）の承認を得た。 </li><li>地域の規制に従って放射性廃棄物を処分する。 注：ここでは、ソウル国立大学環境保護安全研究所の指示に従った。以下は、米国および欧州諸国の規制当局のリストである：米国、米国原子力規制委員会（http://www.nrc.gov/）。英国、健康安全局（HSE）（http://www.hse.gov.uk）;フランス、Autoritédesûreténucléaire（https://www.asn.fr/）;ドイツ、連邦環境省、自然環境保全、建築・原子力安全局（BMU）（http://www.bmu.de）などがあります。 </li></ol> 2. インビトロ競合キナーゼアッセイ<ol><li> 競合ペプチドの構築 <ol><li> AMPKによってリン酸化されたコンセンサスモチーフを決定する。 注：AMPKはコンセンサスモチーフを認識し、＃934; - [X、β] -XX-Ser / Thr-XXX-Φ。コンセンサス配列において、Φは疎水性アミノ酸（バリン[V]、ロイシン[L]、メチオニン[M]およびイソロイシン[I]）を表し、βは塩基性アミノ酸（ すなわちリシン[K]、アルギニン[ R]、およびヒスチジン[H]） 1 。 </li><li>上記コンセンサスモチーフに従って、標的配列からセリンまたはスレオニン残基を選択する。ヒトNrf2の3つの推定部位を使用する（Ser153を含む＃1、148-157; Ser335を含む＃2、330-339;およびSer558を含む＃3,553~562）。 </li><li>推定上の部位を模倣する10残基のペプチドを商業的に合成する。合成した生成物を、各ペプチドについて98％以上の純度を有する凍結乾燥粉末として得る。 </li><li>キナーゼ緩衝液を用いてペプチドを溶解し、71.667g / Lの濃度にする。ペプチドがキナーゼ緩衝液に溶解しない場合は、それを20％DMSOに溶解する。それが不溶性のままであるならば、putを模倣するペプチド溶解性を高めるために延長することができる。 </li></ol></li></ol><ol start="2"><li> インビトロ競合AMPKキナーゼアッセイ <ol><li>以下のように5×キナーゼ緩衝液を調製する：100mM HEPES、pH7.4; 25mM MgCl 2 ; 5mM EGTA; 5mM DTT; 125mMβ-グリセロリン酸（セリン/トレオニンホスファターゼ阻害剤）; 5mM Na 3 VO 4 （チロシンホスファターゼ阻害剤）。 0.5％（v / v）プロテアーゼ阻害剤カクテルセットIII、1mM冷ATP;および500μMAMP。 注：AMPは、AMPK活性を試験するためのキナーゼ緩衝液の必須成分である。この緩衝液は、セリン/スレオニンキナーゼおよびチロシンキナーゼの両方の活性を測定するために使用することができる。 </li><li>以下の組換えタンパク質および合成ペプチドを氷上で解凍する：AMPK; Nrf2;オリゴペプチド＃1、＃2、および＃3を含む。 </li><li>氷上で0.15μgのAMPK、0.4μgのNrf2（〜4pmol）、0.43mgのオリゴペプチド（約300nmol）、および6μLの5×キナーゼ緩衝液の反応緩衝液を調製する。 A滅菌蒸留水（DW）で最終容量を30μLに調整する。 注：反応緩衝液を調製した後の[γ- 32 P] -ATPの添加は、キナーゼ自己リン酸化による放射性シグナルを減少させる可能性がある。 </li></ol></li><li> 反応物質の運転 注記：以下のすべてのプロセスは、アクリルシールド、ラックまたはブロック、および適切な個人用保護具を使用して保護下で行う必要があります。 <ol><li>実験開始前に加熱ブロックを30°Cに設定してください。 </li><li>氷上で[γ- 32 P] -ATP（1μCi）1μLを反応チューブに加えます。ピペッティングにより反応バッファーを数回上下に混合する。 注： 32 Pの放射能は、約14日間の短い半減期を有する。半減期を考慮して（ 例えば、 [γ- 32 P] -ATPの産生から1ヶ月後、[γ- 32 P] -ATPの4μLを添加して）-ATPを1μCiとする）。 </li><li>試料を30℃の加熱ブロックに15〜30分間インキュベートする。この工程中、7.5％ドデシル硫酸ナトリウム - ポリアクリルアミドゲル電気泳動（SDS-PAGE）ゲルを調製する。標的タンパク質のサイズに応じてゲルのパーセンテージを調整する。 </li><li> 10％SDSサンプル緩衝液（10％（v / v）グリセロール、20％（w / v）SDS、15.42％（w / v）ジチオスレイトール、90％（v / v）0.5 Mトリス-HCl（pH6.8）、および0.02％（w / v）ブロモフェノールブルー）を添加した。ピペッティングにより反応バッファーを数回上下に混合する。 </li><li>サンプルを7.5％SDS-PAGEゲルで70Vで20分間、140Vで1時間連続して試験する。 注記：ゲルの最後のブロモフェノールブルーラインには、非常に高い放射性シグナルが含まれています。バックグラウンドシグナルを減らすために次のステップに進む前に、青色の線より下のゲルを取り除くことをお勧めします。 </li><li> SDS-PAGE後、キャスターからゲルを静かに取り出します。ゲルをガラスに入れる次のステップのためにube。 </li><li>固定緩衝液でゲルを20分間固定する（50％メタノールおよび10％氷酢酸）。 </li><li>静かにゲルを濾紙上に移し、透明なラッパーで覆う。ゲルがこの段階で容易に引き裂かれることがあることに注意してください。真空ゲル乾燥機でゲルを80℃で1時間乾燥する。 </li></ol></li><li> 視覚化 <ol><li>燐光体スクリーンまたはX線フィルムのいずれかにゲルを一晩（通常約16時間）さらす。 注：蛍光体スクリーンは、超明るい光にさらされた後に再使用することができます。 X線フィルムを使用する場合は、ゲルを2日間暴露してください。 X線フィルムは、蛍光体スクリーンよりも感度が低い。 </li><li>蛍光体イメージャで蛍光体スクリーンをスキャンします。画像を高解像度のTIFFまたはビットマップファイルとして書き出します。 </li><li>視覚化した後、クーマシーブリリアントブルー（CBB）染色用ガラスまたはプラスチック容器にゲルを移す。 </li><li> DWでゲルを洗う。 DWを破棄して汚れゲルを染色試薬で1時間インキュベートする。 </li><li>試薬を捨て、DWでゲルを1時間または一晩脱染色する。透明なプラスチックフィルム（またはそれに相当するもの）の間にゲルを置き、オフィススキャナーでスキャンします。 </li></ol></li></ol> 3.部位特異的突然変異体を用いるインビトロキナーゼアッセイ<ol><li> pGEX-Nrf2の部位特異的突然変異誘発 <ol><li>変異原プライマー設計 注：突然変異誘発プライマーの設計は突然変異誘発の成果にとって重要です。以下は、突然変異誘発プライマーの設計のためのいくつかの考慮事項です。プライマーの中央に所望の変異を有する25〜45塩基からなるプライマーを作製する。プライマーは40〜60％のGC含量を有し、1つ以上のGまたはC塩基で終結する必要があります。プライマーのT mが、式[T m = 81.5 + 0.41（％GC） - （675 /塩基長） - ％ミスマッチ]に従って78℃以上であることを確認する。 注：その純度は変異効率にとって重要であるからである。変異原性プライマーを設計するためのいくつかのウェブサイトがあります。 <ol><li> 「部位特異的突然変異誘発のためのプライマーの設計」（http://www.genomics.agilent.com/primerDesignProgram.jsp）のプライマー設計プログラムを開きます。 </li><li>ヒトNrf2 DNA配列（Access No. NM_006164.4）を貼り付け、「翻訳したものをアップロードする」ボタンを選択します。 </li><li>アラニンに変換される翻訳されたアミノ酸配列からセリン558残基を選択する。突然変異誘発プライマーを使用して、アラニンの代わりにagcからgccへのセリンのコドンを置換する。 </li><li>プライマーの長さ、T mおよびGC含量を考慮する。 注：突然変異誘発プライマーは最終的に5&#39;-ctactgaaaaaaaaaacccccttatatctcgaag-3 &#39;として設計されています。 </li></ol></li><li>ポリメラーゼ連鎖反応（PCR）を用いた変異鎖合成のための反応<ol><li> PCR反応混合物を氷上で調製する：10×反応緩衝液、50ngのpGEX-GST-Nrf2,125ngのフォワードプライマー、125ngのリバースプライマー、1μLのdNTP混合物（各10mM）、2.5UのPfu DNAポリメラーゼ、および滅菌DWを50μLに添加した。 </li><li>以下のサイクリングプログラムを用いてpGEX-GST-Nrf2変異体鎖合成のためのPCRを行う：95℃で30秒間1サイクル; 95℃で30秒間、55℃で1分間、および68℃で90秒間の18サイクル; 68℃で5分間、1サイクル。 注：プラスミドの長さによっては、サイクリングパラメータが変更されることがあります。 </li><li>氷上に2分間置いて次の工程のために反応物を冷却する。あるいは、4℃で一晩保存してください。 </li></ol></li><li> Dpn I消化および突然変異プラスミドの選択<ol><li>冷却後、各反応物にDpn I制限酵素（10U /μL）1μLを添加する。ピペットでよく穏やかに混合し、1分間遠心分離する。 </li><li> 37℃で2時間インキュベートして、親pGEX-GST-Nrf2二本鎖DNAを消化し、一本鎖DNA。 </li><li> DH5αスーパーコンピテント細胞を氷上で静かに解凍する。 </li><li>あらかじめ冷却したDH5αスーパーコンピテント細胞150μLに50μLの反応物を添加し、少なくとも30分間氷上でインキュベートする。 </li><li> 42℃に予熱した加熱ブロックにチューブを移し、90秒間放置する。 2分間氷上に置く。 </li><li> 形質転換されたDH5α細胞に予熱した溶菌液（LB）を添加し、180rpmで振盪しながら37℃で1時間インキュベートする。 </li><li>形質転換された細胞をLB-アンピシリン寒天プレート上に広げ、37℃で一晩インキュベートする。 注：プラスミドGEX-GST-Nrf2はアンピシリン耐性マーカーを有するため、アンピシリンを選択に使用する。突然変異誘発されたプラスミドの耐性マーカーに応じて、適切な抗生物質を使用してください。 </li><li>プレートから単一のコロニーを選択し、5mLのLB-アンピシリンに移し、180rpmで振盪しながら37℃で一晩インキュベートする。突然変異誘発配列の確認のために、少なくとも3つのコロニーを評価する。 </li><li> DNA配列分析のためにDNAミニプレップキットを用いてDNAを抽出する;製造元のプロトコルに従ってください。 </li><li>製造者のプロトコールに従って自動DNA配列分析器を用いて突然変異誘発DNA配列を確認する。変異体配列の確認のために少なくとも200 ngのDNA構築物を使用する。 </li></ol></li></ol></li><li> 組換えGST-Nrf2タンパク質の精製 <ol><li>大腸菌における突然変異誘発性GST-Nrf2融合タンパク質の発現 <ol><li>突然変異誘発性pGEX-GST-Nrf2プラスミドをBL21細胞に形質転換する。アンピシリン（100μg/ mL）を含む25 mLのLBブロスに1つのコロニーを接種し、37℃で一晩回転器でインキュベートする。 </li><li>培養した細胞を、100：100の希釈比でアンピシリン（100μg/ mL）を含有する100mLのLBブロスに接種する。 </li><li> 37℃でインキュベートする。または600nmでの吸光度が約0.4〜0.8（約4時間）に達するまで繰り返す。 </li><li> 100μLの1M IPTGを100mLの培養細胞に添加して、1mM IPTGの最終濃度を調製する。 </li><li>タンパク質を発現させるために、回転子上で30℃で6時間または一晩細胞をインキュベートする。 </li><li>細胞を5,000 xgで20分間遠心分離し、1mLの細菌溶解緩衝液（25mM HEPES、5mM EDTA、2mM DTT、0.1％CHAPS、1μg/ mLペプスタチン、0.5μg/ mLロイペプチン、および1mMのPMSF）を氷上でインキュベートした。 </li><li>最大パワー出力の50％で2分間、2秒間隔で超音波ホモジナイザーを用いて細胞ペレットを溶解する。 </li><li> 12,000×gで15分間4℃で細胞を遠心分離し、上清を集める。 </li></ol></li><li>組換えGST-Nrf2タンパク質の精製<ol><li> 200μLの50％（v / v）グルタチオン - アガロースビーズを調製し、1mLのPBS（pH 7.3; 140mM NaCl、2.7mM KCl、10mM Na 2 </sub&gt; HPO 4 、および1.8mM KH 2 PO 4 ）。 500×gで1分間遠心分離してビーズを集める。洗濯を3回繰り返します。 </li><li> 50％（v / v）グルタチオンアガロースビーズ200μLに細胞溶解物を加え、4℃で2時間インキュベートする。 </li><li> 500 xgで1分間遠心分離してGST-Nrf2タンパク質と結合したグルタチオン - アガロースビーズを回収する。 31G針を備えた1mLシリンジを用いて上清を除去する。 </li><li>ステップ1のようにビーズを1 mLのPBS（pH 7.3）で洗浄します。 </li><li> GST-Nrf2と組み合わせたグルタチオン - アガロースビーズに500μLの溶出バッファー（50mM Tris-HClおよび10mM還元グルタチオン、pH 8.0）を添加する。エンドオーバーエンド回転子で4℃、30分間インキュベートする。 </li><li> 500xgで1分間遠心分離し、上清を集める。 </li><li>再度300μLの溶出緩衝液をビーズに加え、3.2.2.5-3.2.2.6の工程を2回繰り返す。 </li></ol></li><li>精製されたGST-Nrf2タンパク質の確認<ol><li> 0.5μgの標準タンパク質BSAでタンパク質量を視覚化するためにサンプル5μLを調製する。 </li><li>サンプルを7.5％SDS-PAGEゲルで70Vで20分間、次いで140Vで60分間実行する。 </li><li> 0.1％CBB染色溶液（0.1gのCBB R250,40mLの99％メタノール、10mLの氷酢酸、50mLの蒸留H 2 O）で2時間染色し、脱色した（メタノール30mL、 10mLの氷酢酸、および60mLの蒸留水）で、バンドがはっきりと示されるまで撹拌する。 </li><li>消化したゲルを濾紙に置き、透明なラッパーで覆う。真空ゲル乾燥機でゲルを80℃で1時間乾燥する。 </li><li> インビトロ AMPKキナーゼアッセイのためのデンシトメトリーによる突然変異体GST-Nrf2タンパク質の量を決定する。 </li></ol></li></ol></li><li> サイト特異的突然変異体を用いたインビトロ AMPK活性アッセイ NOTE： インビトロ AMPKキナーゼアッセイは、0.4μgの精製野生型GST-Nrf2またはGST-Nrf2-S558A突然変異体をペプチド阻害剤なしで使用して、工程2.2〜2.4に従って実施する。手順1で説明した放射線安全ガイドラインにすべて従ってください。 <ol><li> 0.15μgのAMPK、0.4μgの変異型または野生型GST-Nrf2、および6μLの5キナーゼ緩衝液で氷上で反応バッファーを調製する。滅菌DWで30μLまで充填します。 </li><li>氷上で反応チューブに[γ- 32 P] -ATP（1μCi/μL）1μLを加えます。ピペットで上下に数回反応バッファーを混合し、遠心分離します。 </li><li>サンプルを30℃の加熱ブロックで30分間インキュベートする。 </li><li> 3μLの10×SDSサンプルバッファーを加えてキナーゼ反応を停止させます。 </li><li> 7.5％SDS-PAGEゲル中、70Vで20分間、次いで140Vで1時間実行する。 </li><li>固定緩衝液でゲルを20分間固定し、それを濾紙上に移し、透明体でゲルを覆うentラッパー。 </li><li>真空ゲル乾燥機でゲルを80℃で1時間乾燥させ、蛍光体スクリーンまたはX線フィルムのいずれかに一晩さらす。 </li><li>蛍光体イメージャで蛍光体スクリーンをスキャンし、ステップ2.4に従って可視化した後、CBB染色のためにゲルをガラス管に移す。 </li></ol></li></ol>

<ol>
	<li>Hardie, D. G., Schaffer, B. E., Brunet, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=AMPK:+An+energy-sensing+pathway+with+multiple+inputs+and+outputs.">AMPK: An energy-sensing pathway with multiple inputs and outputs.</a> Trends Cell Biol. 26, 190-201 (2016).</li><li>Gwinn, D. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=AMPK+phosphorylation+of+raptor+mediates+a+metabolic+checkpoint.">AMPK phosphorylation of raptor mediates a metabolic checkpoint.</a> Mol Cell. 30, 214-226 (2008).</li><li>Huang, H. C., Nguyen, T., Pickett, C. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Phosphorylation+of+Nrf2+at+Ser-40+by+protein+kinase+C+regulates+antioxidant+response+element-mediated+transcription.">Phosphorylation of Nrf2 at Ser-40 by protein kinase C regulates antioxidant response element-mediated transcription.</a> J Biol Chem. 277, 42769-42774 (2002).</li><li>Niture, S. K., Jain, A. K., Jaiswal, A. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Antioxidant-induced+modification+of+INrf2+cysteine+151+and+PKC-delta-mediated+phosphorylation+of+Nrf2+serine+40+are+both+required+for+stabilization+and+nuclear+translocation+of+Nrf2+and+increased+drug+resistance.">Antioxidant-induced modification of INrf2 cysteine 151 and PKC-delta-mediated phosphorylation of Nrf2 serine 40 are both required for stabilization and nuclear translocation of Nrf2 and increased drug resistance.</a> J Cell Sci. 122, 4452-4464 (2009).</li><li>Jain, A. K., Jaiswal, A. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=GSK-3beta+acts+upstream+of+Fyn+kinase+in+regulation+of+nuclear+export+and+degradation+of+NF-E2+related+factor+2.">GSK-3beta acts upstream of Fyn kinase in regulation of nuclear export and degradation of NF-E2 related factor 2.</a> J Biol Chem. 282, 16502-16510 (2007).</li><li>Steen, H., Jebanathirajah, J. A., Rush, J., Morrice, N., Kirschner, M. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Phosphorylation+analysis+by+mass+spectrometry:+myths,+facts,+and+the+consequences+for+qualitative+and+quantitative+measurements.">Phosphorylation analysis by mass spectrometry: myths, facts, and the consequences for qualitative and quantitative measurements.</a> Mol Cell Proteomics. 5, 172-181 (2006).</li><li>Dephoure, N., Gould, K. L., Gygi, S. P., Kellogg, D. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mapping+and+analysis+of+phosphorylation+sites:+a+quick+guide+for+cell+biologists.">Mapping and analysis of phosphorylation sites: a quick guide for cell biologists.</a> Mol Biol Cell. 24, 535-542 (2013).</li><li>Joo, M. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=AMPK+facilitates+nuclear+accumulation+of+Nrf2+by+phosphorylating+at+Serine+550.">AMPK facilitates nuclear accumulation of Nrf2 by phosphorylating at Serine 550.</a> Mol Cell Biol. 36, 1931-1942 (2016).</li><li>Sinclair, W. K., Holloway, A. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Half-lives+of+some+radioactive+isotopes.">Half-lives of some radioactive isotopes.</a> Nature. 167 (4244), 365 (1951).</li><li>Chang, B. Y., Chiang, M., Cartwright, C. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+interaction+of+Src+and+RACK1+is+enhanced+by+activation+of+protein+kinase+C+and+tyrosine+phosphorylation+of+RACK1.">The interaction of Src and RACK1 is enhanced by activation of protein kinase C and tyrosine phosphorylation of RACK1.</a> J Biol Chem. 276, 20346-20356 (2001).</li><li>Smith, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RACK1+interacts+with+filamin-A+to+regulate+plasma+membrane+levels+of+the+cystic+fibrosis+transmembrane+conductance+regulator.">RACK1 interacts with filamin-A to regulate plasma membrane levels of the cystic fibrosis transmembrane conductance regulator.</a> Am J Physiol Cell Physiol. 305 (1), C111-C120 (2013).</li></ol>

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AMPKが仲介する予測されるリン酸化部位の真正性を評価する簡単で便利な方法として、競合的なペプチドを用いて特異的なリン酸化部位を発見し、部位特異的突然変異体を用いて検証するために使用できるin vitroキナーゼアッセイをここで説明する。 。 インビトロ競合的AMPK活性アッセイから得られた代表的なデータは、部位特異的突然変異タンパク質を用いたアッセイの結果と...

特定の残基でのタンパク質リン酸化は、広範囲の細胞プロセスにおいて重要な役割を果たす。従って、シグナル伝達ネットワークの理解は、特異的なリン酸化部位の同定を必要とする。さらに、リン酸化部位は、タンパク質内の個々のドメインが異なる構造および機能を有するため、タンパク質機能に対する効果を決定する。主要な抗酸化転写因子である核因子エリトロイド2関連因子2（Nrf2）の活性は、異なる部位でのリン酸化によって双方向的に調節される。我々の研究は、Nrf2のリン酸化を触媒するキナーゼに焦点を当てている。酸化チャレンジに対するNrf2のストレス応答は、主にセリン40でのリン酸化を介して急速に起こり、Nrf2を活性化するプロテインキナーゼC（PKC）-δによって媒介される3,4 。逆に、Fynは、チロシン5でNrf2の阻害的リン酸化を触媒するアクティビティの厳密な制御のために68。 リン酸化部位を発見するために使用される最も一般的な方法は、液体クロマトグラフィー/質量分析（LC / MS）分析である。迅速かつ高感度なリン酸化部位マッピングデータをこのように生成することができる。しかし、それにはいくつかの技術的な制限があり、しばしば偽陰性シグナルが生成されます。シーケンスのカバレッジが悪いと、LC / MS分析で頻繁に発生します。リン酸化部位を同定するためには、タンパク質の最大アミノ酸含量に関する情報が必要である6 。消化工程中のいくつかのプロテアーゼによる目的タンパク質のタンパク質分解は、配列カバレッジを改善するのに役立つ可能性がある。リン酸化残基の同定のためのもう一つの障害は、セリンおよびトレオニンリン酸化ペプチドでしばしば観察されるリン酸の容易な損失である6,7。不安定なリン酸部分はしばしば断片化プロセス中にホスホペプチドから放出される。リン酸化部位を探索する場合の第2の選択肢は、ペプチドマイクロアレイ法を用いることである。目的のタンパク質に由来するペプチド断片を含むマイクロアレイチップを用いて、キナーゼ標的部位をスクリーニングすることが可能である。しかしながら、マイクロアレイチップの製造および検出のための装置要件のために、ペプチドマイクロアレイ法は時間がかかりかつ高価であると考えられている。 これらの課題を克服するために、インビトロオリゴペプチド競合キナーゼアッセイを、既知の認識モチーフを有するプロテインキナーゼのために使用することができる。キナーゼのコンセンサス認識モチーフが確立されれば、候補基質の推定上のリン酸化部位を予測することができ、部位の真正性を確認することができる。この手順の最も説得力のある方法は、突然変異体タンパク質におけるリン酸化の抑止を示すことであり、このタンパク質では、d残基は、非リン酸化性アミノ酸（ すなわち、セリンまたはトレオニンからアラニン;チロシンからフェニルアラニン）で置換される。しかしながら、突然変異体タンパク質の産生および単離は時間がかかる。研究の初期段階における選択肢として、競合的ペプチドキナーゼアッセイは簡単で便利である。ここでは、 インビトロペプチド競合アッセイおよびリン酸化部位の確認のためのプロトコールについて記載する。

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>HEPES</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific, Waltham, MA</td>
			<td>15630</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MgCl2</td>
			<td>Sigma-Aldrich, St. Louis, MO</td>
			<td>208337</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EGTA</td>
			<td>Sigma-Aldrich, St. Louis, MO</td>
			<td>E3889</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DTT</td>
			<td>Sigma-Aldrich, St. Louis, MO</td>
			<td>D9779</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>&#946;-glycerophosphate</td>
			<td>Sigma-Aldrich, St. Louis, MO</td>
			<td>G9422</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Na3VO4</td>
			<td>Sigma-Aldrich, St. Louis, MO</td>
			<td>450243</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Protease inhibitor cocktail</td>
			<td>Calbiochem, Nottingham, UK</td>
			<td>539134</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ATP</td>
			<td>Sigma-Aldrich, St. Louis, MO</td>
			<td>A2383</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AMP</td>
			<td>Sigma-Aldrich, St. Louis, MO</td>
			<td>A1752</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AMPK</td>
			<td>Upstate Biotechnology, Lake Placid, NY</td>
			<td>14-840</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nrf2 (WT)</td>
			<td>Abnova, Taipei City, Taiwan</td>
			<td>H00004780-P01</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>[&#947;-32P]-ATP</td>
			<td>PerkinElmer Life and Analytical Sciences, Waltham, MA</td>
			<td>NEG502A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EZblue staining reagent</td>
			<td>Sigma-Aldrich, St. Louis, MO</td>
			<td>G1041</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pfu turbo DNA polymerase</td>
			<td>Agilent Technologies, Santa Clara, CA</td>
			<td>600250</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>dNTP mix</td>
			<td>Agilent Technologies, Santa Clara, CA</td>
			<td>200415-51</td>
			<td>Avoid multiple thaw and freezing cycle</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DpnI</td>
			<td>New England Biolabs, Ipswich, MA</td>
			<td>R0176S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LB broth</td>
			<td>Duchefa Biochemie BV, Haarlem, Netherlands</td>
			<td>L1704</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ampicillin</td>
			<td>Affymetrix, Santa Clara, CA</td>
			<td>11259</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Agarose LE</td>
			<td>iNtRON Biotechnology, Sungnam, South Korea</td>
			<td>32034</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>HiYield Plus Gel/PCR DNA Mini Kit</td>
			<td>Real Biotech Corporation, Taipei, Taiwan</td>
			<td>QDF100</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Coomassie Brilliant Blue R-250</td>
			<td>Bio-Rad Laboratories, Hercules, CA</td>
			<td>161-0400</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bovine Serum Albumin</td>
			<td>Bovogen Biologicals, Victoria, Australia</td>
			<td>BSA100</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glutathione Sepharose 4B</td>
			<td>GE Healthcare, Marlborough, MA</td>
			<td>17-0756-01</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Acetic Acid glacial</td>
			<td>Duksan pure chemicals, Ansan, South Korea</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Methyl alcohol</td>
			<td>Daejung Chemicals &#38; Metals, Siheung, South Korea</td>
			<td>5558-4410</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Name</td>
			<td>Company</td>
			<td>Catalog Number</td>
			<td>Comments</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Typhoon FLA 7000</td>
			<td>GE Healthcare, Marlborough, MA</td>
			<td>28-9558-09</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SDS-PAGE kit</td>
			<td>Bio-Rad Laboratories, Hercules, CA</td>
			<td>1658001FC</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vacuum pump</td>
			<td>Bio-Rad Laboratories, Hercules, CA</td>
			<td>165-178</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Gel dryer</td>
			<td>Bio-Rad Laboratories, Hercules, CA</td>
			<td>165-1746</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dancing shaker</td>
			<td>FINEPCR, Seoul, Korea</td>
			<td>CR300</td>
			<td>The machine is needed for washing step</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PCR machine</td>
			<td>Bio-Rad Laboratories, Hercules, CA</td>
			<td>T100</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Incubator/shakers</td>
			<td>N-BIOTEK, GyeongGi-Do, Korea</td>
			<td>NB-205L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microcentrifuges</td>
			<td>LABOGENE, Seoul, Korea</td>
			<td>1730R</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Chromatography columns</td>
			<td>Bio-Rad Laboratories, Hercules, CA</td>
			<td>732-1010</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

oligopeptide competition assay for phosphorylation site determination

特定の部位でのタンパク質のリン酸化は、その立体配座および他の分子との相互作用を決定する。したがって、タンパク質のリン酸化は、細胞の生物学的機能および特性に影響を及ぼす。現在、リン酸化部位を発見するための最も一般的な方法は、迅速かつ高感度な方法である液体クロマトグラフィー/質量分析（LC / MS）分析によるものである。しかしながら、比較的不安定なリン酸部分は、しばしば偽陰性シグナルを生じる断片化段階の間にホスホペプチドから放出されることが多い。そのような場合、部位特異的突然変異体を用いる伝統的なインビトロキナーゼアッセイはより正確であるが、この方法は面倒で時間がかかる。したがって、ペプチド競合を用いる代替方法が有利であり得る。 5 &#39;アデノシン一リン酸活性化プロテインキナーゼ（AMPK）のコンセンサス認識モチーフが確立されており、位置スキャニングペプチドライブラリーを用いて検証したay 2 。したがって、新規基質のAMPKリン酸化部位は、ペプチド競合アッセイによって予測および確認することができた。この報告では、AMPK媒介性核因子赤血球2関連因子2（Nrf2）リン酸化を示すことにより、インビトロオリゴペプチド競合キナーゼアッセイの詳細なステップおよび手順を記載する。リン酸化部位を認証するために、我々は部位特異的突然変異体を用いて順次in vitroキナーゼアッセイを行った。全体として、ペプチド競合アッセイは、複数の潜在的なリン酸化部位をスクリーニングし、リン酸化部位突然変異体による検証のための部位を同定する方法を提供する。

図1と図2は、以前に報告された論文8の繰り返し実験の結果を示しています。推定上のAMPK標的部位を模倣する3つの異なる10残基オリゴペプチド（Ser153を含む＃1,148-157; Ser335を含む＃2,330-339;およびSer558を含む＃3,553〜562）を合成し、 inインビトロキナーゼアッセイ。 AMPKによるNrf2のリン酸化は、オリゴ...

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Oligopeptide Competition Assay for Phosphorylation Site Determination

ペプチド競合アッセイは、種々の分子および免疫学的実験において広く使用されている。本稿では、in vitroオリゴペプチド競合キナーゼアッセイの詳細な方法と、特定のリン酸化部位を見出すのに有用な関連する検証手順について説明します。

リン酸化部位決定のためのオリゴペプチド競合アッセイ

Protein phosphorylation at specific sites determines its conformation and interaction with other molecules. Thus, protein phosphorylation affects ...

oligopeptide-competition-assay-for-phosphorylation-site-determination

Research

JoVE Journal

Biochemistry

8.4K ビュー.  Seoul National University. ペプチド競合アッセイは、種々の分子および免疫学的実験において広く使用されている。本稿では、in vitroオリゴペプチド競合キナーゼアッセイの詳細な方法と、特定のリン酸化部位を見出すのに有用な関連する検証手順について説明します。 

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Efficient and Site-specific Antibody Labeling by Strain-promoted Azide-alkyne Cycloaddition

There are currently many chemical tools available to introduce chemical probes into proteins to study their structure and function. A useful method is protein conjugation by genetically introducing an unnatural amino acid containing a bioorthogonal functional group. This report describes a detailed protocol for site-specific antibody conjugation. The protocol includes experimental details for the genetic incorporation of an azide-containing amino acid, and the conjugation reaction by strain-promoted azide-alkyne cycloaddition (SPAAC). This strain-promoted reaction proceeds by simple mixing of the reacting molecules at physiological pH and temperature, and does not require additional reagents such as copper(I) ions and copper-chelating ligands. Therefore, this method would be useful for general protein conjugation and development of antibody drug conjugates (ADCs).

Here, we present a protocol to site-specifically introduce chemical probes into an antibody fragment by genetically incorporating an azide-containing amino acid, and subsequently coupling the azide with a chemical probe by strain-promoted azide-alkyne cycloaddition (SPAAC).

ひずみ促進アジド - アルキン環付加することにより、効率的で部位特異的抗体ラベリング

There are currently many chemical tools available to introduce chemical probes into proteins to study their structure and function. A useful method is ...

生化学

High Precision FRET at Single-molecule Level for Biomolecule Structure Determination

A protocol on how to perform high-precision interdye distance measurements using F&#246;rster resonance energy transfer (FRET) at the single-molecule level in multiparameter fluorescence detection (MFD) mode is presented here. MFD maximizes the usage of all &#34;dimensions&#34; of fluorescence to reduce photophysical and experimental artifacts and allows for the measurement of interdye distance with an accuracy up to ~1 &#197; in rigid biomolecules. This method was used to identify three conformational states of the ligand-binding domain of the N-methyl-D-aspartate (NMDA) receptor to explain the activation of the receptor upon ligand binding. When comparing the known crystallographic structures with experimental measurements, they agreed within less than 3 &#197; for more dynamic biomolecules. Gathering a set of distance restraints that covers the entire dimensionality of the biomolecules would make it possible to provide a structural model of dynamic biomolecules.

A protocol for high-precision FRET experiments at the single molecule level is presented here. Additionally, this methodology can be used to identify three conformational states in the ligand-binding domain of the N-methyl-D-aspartate (NMDA) receptor. Determining precise distances is the first step towards building structural models based on FRET experiments.

生体分子構造決定のための単分子レベルでの高精度FRET

A protocol on how to perform high-precision interdye distance measurements using F&#246;rster resonance energy transfer (FRET) at the single-molecule ...

Assay for Phosphorylation and Microtubule Binding Along with Localization of Tau Protein in Colorectal Cancer Cells

The microtubule-associated protein tau is a neuronal protein that localizes mostly in axons. Generally tau is essential for normal neuronal functioning because it is involved in microtubule assembly and stabilization. Besides neurons, tau is expressed in human breast, prostate, gastric, colorectal, and pancreatic cancers where it shows nearly similar structure and exerts similar functions as the neuronal tau. The amount of tau and its phosphorylation can change its function as a stabilizer of microtubules, and lead to the development of paired helical filaments in different neurodegenerative disorders, such as Alzheimer&#39;s disease. Determining the phosphorylation state of tau and its microtubule-binding characteristics is important. In addition, examining the intracellular localization of tau is important in different diseases. This manuscript details standard protocols for measuring tau phosphorylation and tau binding to microtubules in colorectal cancer cells with or without curcumin and LiCl treatment. These treatments can be used to stop cancer cell proliferation and development. Intracellular localization of tau is examined by using immunohistochemistry and confocal microscopy while using low amounts of antibodies. These assays can be used repetitively for screening compounds that affect tau hyperphosphorylation or microtubule binding. Novel therapeutics used for different tauopathies or related anticancer agents can potentially be characterized using these protocols.

This manuscript describes standard protocols for measuring tau hyperphosphorylation, measuring tau binding to microtubules, and localization of intracellular tau following drug treatments. These protocols can be used repetitively for screening drugs or other compounds that target tau hyperphosphorylation or microtubule binding.

リン酸化と大腸癌細胞におけるタウ蛋白の局在と微小管結合の試金

The microtubule-associated protein tau is a neuronal protein that localizes mostly in axons. Generally tau is essential for normal neuronal functioning ...

Identification of Cyclin-dependent Kinase 1 Specific Phosphorylation Sites by an In Vitro Kinase Assay

Cyclin-dependent kinase 1 (Cdk1) is a master controller for the cell cycle in all eukaryotes and phosphorylates an estimated 8 - 13% of the proteome; however, the number of identified targets for Cdk1, particularly in human cells is still low. The identification of Cdk1-specific phosphorylation sites is important, as they provide mechanistic insights into how Cdk1 controls the cell cycle. Cell cycle regulation is critical for faithful chromosome segregation, and defects in this complicated process lead to chromosomal aberrations and cancer.
Here, we describe an in vitro kinase assay that is used to identify Cdk1-specific phosphorylation sites. In this assay, a purified protein is phosphorylated in vitro by commercially available human Cdk1/cyclin B. Successful phosphorylation is confirmed by SDS-PAGE, and phosphorylation sites are subsequently identified by mass spectrometry. We also describe purification protocols that yield highly pure and homogeneous protein preparations suitable for the kinase assay, and a binding assay for the functional verification of the identified phosphorylation sites, which probes the interaction between a classical nuclear localization signal (cNLS) and its nuclear transport receptor karyopherin &#945;. To aid with experimental design, we review approaches for the prediction of Cdk1-specific phosphorylation sites from protein sequences. Together these protocols present a very powerful approach that yields Cdk1-specific phosphorylation sites and enables mechanistic studies into how Cdk1 controls the cell cycle. Since this method relies on purified proteins, it can be applied to any model organism and yields reliable results, especially when combined with cell functional studies.

Identification of Cyclin-dependent Kinase 1 Specific Phosphorylation Sites by an In Vitro Kinase Assay

Cyclin-dependent kinase 1 (Cdk1) is activated in the G2 phase of the cell cycle and regulates many cellular pathways. Here, we present a protocol for an in vitro kinase assay with Cdk1, which allows the identification of Cdk1-specific phosphorylation sites for establishing cellular targets of this important kinase.

サイクリン依存性キナーゼ 1 の同定の in Vitroキナーゼによって特定のリン酸化のサイトの試金します。

Cyclin-dependent kinase 1 (Cdk1) is a master controller for the cell cycle in all eukaryotes and phosphorylates an estimated 8 - 13% of the proteome; ...

Identification of Functional Protein Regions Through Chimeric Protein Construction

The goal of this protocol encompasses the design of chimeric proteins in which distinct regions of a protein are replaced by their corresponding sequences in a structurally similar protein, in order to determine the functional importance of these regions. Such chimeras are generated by means of a nested PCR protocol using overlapping DNA fragments and adequately designed primers, followed by their expression within a mammalian system to ensure native secondary structure and post-translational modifications. 
The functional role of a distinct region is then indicated by a loss of activity of the chimera in an appropriate readout assay. In consequence, regions harboring a set of critical amino acids are identified, which can be further screened by complementary techniques (e.g. site-directed mutagenesis) to increase molecular resolution. Although limited to cases in which a structurally related protein with differing functions can be found, chimeric proteins have been successfully employed to identify critical binding regions in proteins such as cytokines and cytokine receptors. This method is particularly suitable in cases in which the protein's functional regions are not well defined, and constitutes a valuable first step in directed evolution approaches to narrow down the regions of interest and reduce the screening effort involved.

Structurally related proteins frequently exert distinct biological functions. The exchange of equivalent regions of these proteins in order to create chimeric proteins constitutes an innovative approach to identify critical protein regions that are responsible for their functional divergence.

キメラ蛋白質の構築による機能性タンパク質領域の同定

The goal of this protocol encompasses the design of chimeric proteins in which distinct regions of a protein are replaced by their corresponding sequences ...

Human Peripheral Blood Neutrophil Isolation for Interrogating the Parkinson's Associated LRRK2 Kinase Pathway by Assessing Rab10 Phosphorylation

The leucine rich repeat kinase 2 (LRRK2) is the most frequently mutated gene in hereditary Parkinson&#8217; disease (PD) and all pathogenic LRRK2 mutations result in hyperactivation of its kinase function. Here, we describe an easy and robust assay to quantify LRRK2 kinase pathway activity in human peripheral blood neutrophils by measuring LRRK2-controlled phosphorylation of one of its physiological substrates, Rab10 at threonine 73. The immunoblotting analysis described requires a fully selective and phosphospecific antibody that recognizes the Rab10 Thr73 epitope phosphorylated by LRRK2, such as the MJFF-pRab10 rabbit monoclonal antibody. It uses human peripheral blood neutrophils, because peripheral blood is easily accessible and neutrophils are an abundant and homogenous constituent. Importantly, neutrophils express relatively high levels of both LRRK2 and Rab10. A potential drawback of neutrophils is their high intrinsic serine protease activity, which necessitates the use of very potent protease inhibitors such as the organophosphorus neurotoxin diisopropylfluorophosphate (DIFP) as part of the lysis buffer. Nevertheless, neutrophils are a valuable resource for research into LRRK2 kinase pathway activity in vivo and should be considered for inclusion into PD biorepository collections.

Mutations in the leucine rich repeat kinase 2 gene (LRRK2) cause hereditary Parkinson&#8217;s disease. We have developed an easy and robust method for assessing LRRK2-controlled phosphorylation of Rab10 in human peripheral blood neutrophils. This may help identify individuals with increased LRRK2 kinase pathway activity.

Rab10リン酸化を評価してパーキンソン病関連LRRK2キナーゼ経路を尋問するためのヒト末梢血好中球分離

The leucine rich repeat kinase 2 (LRRK2) is the most frequently mutated gene in hereditary Parkinson&#8217; disease (PD) and all pathogenic LRRK2 ...

Site-Directed Mutagenesis for In Vitro and In Vivo Experiments Exemplified with RNA Interactions in Escherichia Coli

Site-directed mutagenesis is a technique used to introduce specific mutations in DNA to investigate the interaction between small non-coding ribonucleic acid (sRNA) molecules and target messenger RNAs (mRNAs). In addition, site-directed mutagenesis is used to map specific protein binding sites to RNA. A 2-step and 3-step PCR based introduction of mutations is described. The approach is relevant to all protein-RNA and RNA-RNA interaction studies. In short, the technique relies on designing primers with the desired mutation(s), and through 2 or 3 steps of PCR synthesizing a PCR product with the mutation. The PCR product is then used for cloning. Here, we describe how to perform site-directed mutagenesis with both the 2- and 3-step approach to introduce mutations to the sRNA, McaS, and the mRNA, csgD, to investigate RNA-RNA and RNA-protein interactions. We apply this technique to investigate RNA interactions; however, the technique is applicable to all mutagenesis studies (e.g., DNA-protein interactions, amino-acid substitution/deletion/addition). It is possible to introduce any kind of mutation except for non-natural bases but the technique is only applicable if a PCR product can be used for downstream application (e.g., cloning and template for further PCR).

Site-Directed Mutagenesis for In Vitro and In Vivo Experiments Exemplified with RNA Interactions in Escherichia Coli

Site-directed mutagenesis is a technique used to introduce specific mutations in deoxyribonucleic acid (DNA). This protocol describes how to do site-directed mutagenesis with a 2-step and 3-step polymerase chain reaction (PCR) based approach, which is applicable to any DNA fragment of interest.

サイト指示された突然変異誘発のため生体外でそしてエシェリヒア属大腸菌の RNA 相互作用に代表される生体実験

Site-directed mutagenesis is a technique used to introduce specific mutations in DNA to investigate the interaction between small non-coding ribonucleic ...

Acyl-PEGyl Exchange Gel Shift Assay for Quantitative Determination of Palmitoylation of Brain Membrane Proteins

Activity-dependent alterations in the levels of synaptic AMPA receptors (AMPARs) within the postsynaptic density (PSD) is thought to represent a cellular mechanism for learning and memory. Palmitoylation regulates localization and function of many synaptic proteins including AMPA-Rs, auxiliary factors and synaptic scaffolds in an activity-dependent manner. We identified the synapse differentiation induced gene (SynDIG) family of four genes (SynDIG1-4) encoding brain-specific transmembrane proteins that associate with AMPARs and regulate synapse strength. SynDIG1 is palmitoylated at two cysteine residues located at positions 191 and 192 in the juxta-transmembrane region important for activity-dependent excitatory synapse development. Here, we describe an innovative biochemical approach, the acyl-PEGyl exchange gel shift (APEGS) assay, to investigate the palmitoylation state of any protein of interest and demonstrate its utility with the SynDIG family of proteins in mouse brain lysates.

Palmitoylation entails the incorporation of a 16-carbon palmitate moiety to cysteine residues of target proteins in a reversible manner. Here, we describe a biochemical approach, the acyl-PEGyl exchange gel shift (APEGS) assay, to investigate the palmitoylation state of any protein of interest in mouse brain lysates.

脳膜タンパク質のパルミトイル化定量に関するアシル-PEGyl交換ゲルシフトアッセイ

Activity-dependent alterations in the levels of synaptic AMPA receptors (AMPARs) within the postsynaptic density (PSD) is thought to represent a cellular ...

Nonradioactive Assay to Measure Polynucleotide Phosphorylation of Small Nucleotide Substrates

Polynucleotide kinases (PNKs) are enzymes that catalyze the phosphorylation of the 5&#39; hydroxyl end of DNA and RNA oligonucleotides. The activity of PNKs can be quantified using direct or indirect approaches. Presented here is a direct, in vitro approach to measure PNK activity that relies on a fluorescently-labeled oligonucleotide substrate and polyacrylamide gel electrophoresis. This approach provides resolution of the phosphorylated products while avoiding the use of radiolabeled substrates. The protocol details how to set up the phosphorylation reaction, prepare and run large polyacrylamide gels, and quantify the reaction products. The most technically challenging part of this assay is pouring and running the large polyacrylamide gels; thus, important details to overcome common difficulties are provided. This protocol was optimized for Grc3, a PNK that assembles into an obligate pre-ribosomal RNA processing complex with its binding partner, the Las1 nuclease. However, this protocol can be adapted to measure the activity of other PNK enzymes. Moreover, this assay can also be modified to determine the effects of different components of the reaction, such as the nucleoside triphosphate, metal ions, and oligonucleotides.

This protocol describes a nonradioactive assay to measure kinase activity of polynucleotide kinases (PNKs) on small DNA and RNA substrates.

小ヌクレオチド基質のポリヌクレオチドリン酸化を測定する非放射性アッセイ

Polynucleotide kinases (PNKs) are enzymes that catalyze the phosphorylation of the 5&#39; hydroxyl end of DNA and RNA oligonucleotides. The activity of ...

Site Specific Lysine Acetylation of Histones for Nucleosome Reconstitution using Genetic Code Expansion in Escherichia coli

Acetylated histone proteins can be easily expressed in Escherichia coli encoding a mutant, N&#949;-acetyl-lysine (AcK)-specific Methanosarcina mazi pyrrolysine tRNA-synthetase (MmAcKRS1) and its cognate tRNA (tRNAPyl) to assemble reconstituted mononucleosomes with site specific acetylated histones. MmAcKRS1 and tRNAPyl deliver AcK at an amber mutation site in the mRNA of choice during translation in Escherichia coli. This technique has been used extensively to incorporate AcK at H3 lysine sites. Pyrrolysyl-tRNA synthetase (PylRS) can also be easily evolved to incorporate other noncanonical amino acids (ncAAs) for site specific protein modification or functionalization. Here we detail a method to incorporate AcK using the MmAcKRS1 system into histone H3 and integrate acetylated H3 proteins into reconstituted mononucleosomes. Acetylated reconstituted mononucleosomes can be used in biochemical and binding assays, structure determination, and more. Obtaining modified mononucleosomes is crucial for designing experiments related to discovering new interactions and understanding epigenetics.