トレーニングとシカの PrP 細菌発現プラスミドを提供する博士バイロン コーイー (NIH ロッキー山研究所) に感謝しております。SG は、カナダの研究の椅子プログラムによってサポートされます。我々 はアルバータ州プリオン研究所ゲノム カナダとアルバータ州農業・林業ゲノム アルバータ州、カルガリー大学この作業を支援するから SG にこの研究のための資金を認めます。我々 は、動物研究のマーガレット ・ ガン財団から研究助成を認めます。

1 です RT QuIC 糞便材料を用いた 糞便 10 mL に 1 g の糞便材料を追加することによって <ol><li><ol><li>作る エキス シカの糞準備 の糞便磨砕液抽出バッファー (20 mM リン酸ナトリウム, pH 7.1 では、130 mM の NaCl、。0.05 %1 x 1 mM PMSF、トゥイーン 20 完了プロテアーゼ阻害剤、EDTA 無料) 最終濃度 10% (w/v) を与える。均質化のバッファーを利用する前に準備して-20 で格納できます ° C</li>
		<li>Homogenize 糞便ペレット (1 g) とチューブ (例えば、gentleMACS M 管) の製造業者から事前に設定プログラムで室温で 1 分のための蛋白質の分解を使用してバッファー (10 mL)。糞便のサンプルは、完全にバッファーに均質になるまで 2 〜 3 回この手順を繰り返します</li>。
		<li>パラフィルムで管を密封し、室温で 1 時間放置のロッキング プラットフォームまたはロータリー シェーカーに配置します</li>。
		<li>室温で 5 分間 18,000 × g でチューブを遠心します</li>。
		<li>収集タンパク質を含む培養上清を抽出し、それらを 1.5 mL チューブ因数。因数は、さらにアプリケーション-80 ° C で保存できます</li>。
	</ol></li> <li>濃度の PrP Sc 糞便抽出 注: 蛋白質の沈殿物のステップの追加による RT QuIC、検出感度を向上、糞抽出 CWD プリオンを集中するためにプロトコル。
	<ol><li>NaPTA 沈殿法</li> <li>N-ラウリルメタクリ油脂肪酸サルコシン (sarkosyl) 糞便蛋白質の 1 ml の 10% (w/v) の追加の 250 μ L を最終濃度 2% (v/v) の sarkosyl を与える抽出します</li>。
		<li>シール管パラフィルムでサンプルを含む、37 ° c、thermomixer で 1,400 rpm で一定振動下で 30 分間インキュベートします</li>。
		<li>リンタングステン酸ナトリウム、pH 7.4、最終濃度が 0.3% (w/v) リンタングステン酸試料中の塩化マグネシウムの 170 mM の 10% (w/v) を含む原液と糞便のタンパク質抽出物と sarkosyl のミックスを調整します</li>。
		<li>400 rpm で一定の揺れで 2 h の 37 ° C でサンプルをインキュベートします</li>。
		<li>遠心分離機の 14 ° c サンプル 15,800 x g に 30 分は培養上清を慎重に削除します</li>。
		<li>洗浄バッファーでそれらを再ペレットを洗浄 (10 mM pH 7.5、100 mM の NaCl、トリス-の Cl 0.5% トリトン X 100、10 ミリメートルの EDTA、0.5% ナトリウム 0.1% とデオキシ コール酸 (w/v)、sarkosyl (w/v)).</li>
		<li>遠心分離機の 14 ° c サンプル 15,800 x g に 15 分は培養上清を慎重に削除します</li>。
		<li>は、100 μ L でペレットを再懸濁します (1/10 糞便中の蛋白質の元のボリュームの抽出) RT QuIC 希釈バッファーの 。
		メモ: RT QuIC 希釈バッファー (20 mM リン酸ナトリウム, pH 6.9、130 mM の NaCl、0.1 %sds (w/v) および 1 つ X N2 の補足) は、利用前に用意しています。10 mL の容量は注射器を用いた 0.2 μ m acrodisc シリンジ フィルターで濾過、-20 ° C で使用されるまで保存されます</li>。
		<li>RT QuIC アッセイに活用までの-20 ° C で扱われる NaPTA サンプルを格納します</li>。
	</ol></li> <li>RT QuIC 法 <ol><li>新鮮な 10 mM Th T 原液 (二重蒸留 H 2 O の ml の 10 Th T の 0.032 g) を準備します</li>。
		<li>1:10 Th T ダブルで原液を蒸留 H 2 O を最終濃度 1 mm 目 T 0.2 μ m acrodisc 注射器を通してそれを注射器を用いたフィルター フィルターの希釈を行う</li>。
		<li>マウス組み換え PrP (rPrP、aa 23-231) 基板 (RT QuIC 反応あたり 10 μ g/mL) を氷に-80 ° C で保存を解凍</li>
		<li>ロード 500 μ 100 kDa のサイズの除外フィルター チューブに一度に rPrP 基板と 14,000 x g で (1 つのチューブ/フィルター使用可能最大 2 倍) 室温で 5 分間遠心します</li>。
		<li>滅菌 1.5 mL チューブに溶出した基板を転送し、使用するまで 4 ° C でそれを維持します</li>。
		<li>-20 に格納されている解凍 RT QuIC 希釈バッファー ° C</li>
		<li>RT QuIC の種 (糞便タンパク質抽出物) を希釈希釈バッファー: 
		原液のサンプル: 糞便タンパク質抽出原液を使用する 希釈 2 x 10 -1 希釈 2 x 10 -2 希釈 2 x 10 -3</li> <li>RT QuIC 反応混合物の貯蔵液の準備: リン酸緩衝生理食塩水 (PBS): 5 X NaCl: 2 M 在庫ダブル蒸留 H 2 o. で塩化ナトリウム 
		EDTA: 100 mM のダブルで準備 EDTA 原液を蒸留 H 2 o.</li>
		<li>(ステップ 1.3.8) のすべてのソリューションの利用前に注射器を用いた 0.2 μ m acrodisc シリンジ フィルターを介して各ソリューションを個別にフィルター、滅菌常温で置かなければ</li>。
		<li>は、すべての反応に十分な混合物を持っていることを確認するこのボリュームの 10% プラス使用するサンプル (サンプルあたり 98 μ L サンプルごとの反応量と 4 つレプリケートされます) の数に応じて RT QuIC 反応混合物の容量を準備します。
		RT QuIC の反応混合物を準備する <ol><li>使用 15 mL チューブ (20 mM リン酸ナトリウム, pH 6.9, 1 mM EDTA、10 μ M の 300 mM NaCl、Th T、10 μ G/ml rPrP 基板、および二重蒸留水反応 rPrP 最終濃度を調整する) 株式の sol を使用utions.</li>
			<li>は、フィルター先端のピペットを使用して上下ピペッティングでよくすべてのソリューションを混ぜます。渦の使用を可能な限り避ける</li>。
			<li>50 mL 使い捨てピペッティング シリンジに混合物を注ぐ</li>。
			<li>マルチ チャンネル ピペットを使用して光 96 ウェル底面プレートの各ウェルに RT QuIC 反応混合物の 98 μ L を読み込みます</li>。
		</ol></li> <li>各 RT QuIC 反応 2 μ 原液または 10 倍に希釈した糞便タンパク質抽出物を加えます。4 つのレプリケートで各サンプルをテストします 。
		注: 各実験 CWD 陰性と確認された CWD 陽性動物から糞便サンプル (2 x 10 -3 から原液まで) のシリアル希薄として使われる正と負のコントロールそれぞれ</li>。
		<li>プレート リーダー繰り返しサイクル 1 分二重軌道振動 (700 rpm) と潜伏中休憩 1 分で 25 時間 42 ° C で培養する前にシーリング テープでプレートをシールします</li>。
		<li>蛍光測定設定を定義: 
		励起: 450 nm 排出量: 480 nm 下を読むと、点滅の数: 20 手動ゲイン: 1000 (マシンによって異なります) 積分時間: 20 μ s</li> <li>25 h の終わりにプレート リーダーからプレートを取り外します</li>
		<li>井戸間の潜在的な汚染を避けるために 3 分間 3,000 x g でプレート スピンダウンします</li>。
		<li>プレートからシールを削除します</li>。
		<li>新鮮な基板と新鮮な蛍光を含む RT QuIC の反応混合物の 90 μ L Th T を染めるは、セクション 1.3.6 に 1.3.1 で説明を追加することによって新しい 96 ウェル プレートを準備します</li>。
		<li>新しく準備された 96 の最初のプレートの各ウェルから転送 10 μ L をウェル プレートします</li>。
		<li>は新しいプレートをシールし、ステップ 1.3.13 で説明されている手順に従って追加の 50 h の RT QuIC アッセイを続行します。50 h のこの追加の手順は、75 h の全反応時間になる 
		注: バイオ セーフティ キャビネットの下で RT QuIC アッセイのすべての手順を実行します</li>。
		<li>は、データを収集します。
		<li>読み取り、ドキュメントも 15 分毎回 T 蛍光信号</li> <ol>
			<li>データ解析ソフトウェアとスプレッドシートに転送を用いた, 反応の平均の総サイクル数のデータを収集します</li>。
			<li>は、データの平均値をプロットします。RT QuIC (h) の反応時間に対応する x 軸と y 軸が相対的な蛍光単位 (RFU) に対応します。各曲線は知られていたサンプルの希釈に対応します</li>。
			<li>各試験において陰性対照の最高の平均値を計算することでしきい値を画定プラス 5 の標準偏差電流に従って公開文献 41 。
			メモ:定義済みのしきい値を交差するすべての複製は、正と見なされます。敷居をまたぐ 4 つ複製のうち少なくとも 2 つ場合サンプルは、肯定的な見なされます</li>。
		</ol></li></ol></li></ol> 2。組み換えプリオンタンパク質 (rPrP) の精製 <ol><li>細菌の在庫と rPrP の式の成長 注: エシェリヒア属大腸菌 (E. 大腸菌) ひずみロゼッタ (DE3) ベクトル ペット 24 エンコーディングで変換、マウス PrP (23-231 残基) は、rPrP を準備していました。
	<ol><li>氷のペット 24 mPrP(23-231) と変換ロゼッタ (DE3) のグリセロール ストックを解凍</li>
		<li>連勝 LB (ルリア ベルターニカミラ) 最終濃度 50 μ G/ml のカナマイシンのプレートし、37 ° C のインキュベーターで一晩インキュベートします。細菌を含んでいる固体媒体で湿度結露を避けるためにプレートが逆さまにしていることを確認します。2 つのプレートの少なくとも 1 つの成長があることを確認する 2 つのプレートを準備します</li>。
		<li>準備 1 L LB とオートクレーブ滅菌すること</li>。
		<li>1 ml のカナマイシン (50 mg/mL)、クロラムフェニ コール (34 mg/mL) 1 mL 滅菌 LB 媒体のサプリメント 1 L.</li>
		<li>カナマイシンとクロラムフェニ コールを含む LB 培地 3 mL を接種する使い捨て接種ループを使用して、各プレートのコロニーを拾う</li>。
		<li>5-6 のための 225 rpm で一定の揺れで 37 ° C でインキュベーターでミニ文化の場所</li>
		<li>タンパク質発現の誘導のため一緒にエクスプレス Autoinduction システム 1 LB 媒体のオリジナル 1 l の残りの部分にミニ文化を追加します</li>。
		<li>場所 2 L フラスコ、またはより大きい、20-24 のための 200 の rpm で一定の揺れで 37 ° C でインキュベーターでの培養</li>
		<li>4 × 250 mL 遠沈管に 1 L 文化を分割します</li>。
		<li>室温で 20 分間 3,750 × g で文化を含んでいる管でスピンダウンします</li>。
		<li>は、上澄みを廃棄し、50 mL 遠沈管に細菌のペレットを収集、処理まで-80 ° C でそれらを凍結します。結果として得られるペレットが良い蛋白質収量 3 に 4 g を圧迫している</li>。
	</ol></li> <li>封入体の準備 <ol><li>数分の 37 ° C で冷凍餌 (3 に 4 g) を解凍します</li>。
		<li>の凍結のペレット-80 ° C で 10 分間の 1 つのより多くの時間と再び解凍。さらに 2 回を凍結融解のこの手順を繰り返します</li>。
		<li>は、1 X で細菌のペレットを再懸濁します 溶解試薬 (例えば BugBuster マスター ミックス) によって徹底的にピペッティングします。細菌のペレットの 1 g に 5 mL の試薬を使用します。完全にミックスを均質化することを確認します</li>。
		<li>室温で 20 分間ロッカーの磨砕液をインキュベートします</li>。
		<li>室温で 20 分間 16,000 x g でホモジネートを遠心します</li>。
		<li>慎重にそれにオフを注ぐことによって培養上清を破棄</li>
		<li>溶解試薬として、前の手順で使用されている X 1 の同じ量のペレットをホモジナイズしてください</li>。
		<li>常温ロッカー上で 15 分間ホモジネートをインキュベートします</li>。
		<li>1:10 の十分な量を追加 (0.1 x) 40 mL の総磨砕液の容積を得るため溶解試薬。よく均質化確認する逆解析によるミックス</li>。
		<li>4時 15 分 7,900 x g でホモジネートを遠心分離機 ° C</li>
		<li>慎重にそれを注ぐことによって上澄みを廃棄</li>
		<li>溶解試薬 x 0.1 40 mL にペレットを再懸濁します</li>。
		<li>4時 15 分 16,000 x g でホモジネートを遠心分離機 ° C</li>
		<li>それを注ぐことによって慎重に上澄みを廃棄し、さらに処理するまで-20 ° C で封入体を含むペレットを格納します</li>。
	</ol></li> <li>蛋白質の浄化 <ol><li>室温で封入体を解凍</li>。
		<li>14 ml 8 M グアニジン HCl の解凍の封入体を溶解 (38 g グアニジン塩酸塩 0.1 M ナポ 4 pH 8.0 で塗りつぶし H 2 O 50 mL に懸濁液で最終的な解決の pH を調整しない) タンパク質の可溶化</li>。
		<li>上下ピペッティングでよく均質化してください</li>。
		<li>加温 50 分間室温でロッカーのライセート</li>
		Ni NTA 樹脂の準備 18 g <li>ビーズ (3 に 4 g 細菌ペレットの 18 g) 100 mL の真空と 100 mL 0.22 μ m ボトル上部フィルターを使用して水でそれらをすすいでください。
		<ol><li>50 mL のチューブで Ni NTA 樹脂ビーズの 18 g を配置し、最終巻をするためにバッファー (100 mM リン酸ナトリウム、10 mM トリス、pH 8.0、6 M グアニジン塩酸塩、pH 8) の変化の十分な量を追加 50 mL まで</li>。
			<li>常温ロッカー上で 50 分間変性バッファーのビードを平衡します</li>。
		</ol></li> <li>不溶性の残骸を削除する 5 分 16,000 x g でライセートの封入体を遠心します</li>。
		<li>平衡のビーズに上清を追加し、ペレットを破棄します</li>。
		<li>は、Ni NTA 樹脂に結合する蛋白質を許可する部屋の温度で 40 分のロッカーにミックスを入れて 。
		注: ニッケル キレート ビーズは、ニッケル親和性によって PrP を浄化するために使用されます。PrP のヒスチジン豊富な N 末端領域はニッケル イオン任意の彼タグなしにバインドする蛋白質を可能にするニッケル (ii) への親和性をレンダリングします</li>。
		<li>(A と B) の両方のラインをきれいに水で洗って FPLC</li>。
		<li>変性バッファー (100 mM リン酸ナトリウム、10 mM トリス、pH 8.0、6 M グアニジン塩酸塩、pH 8) プライム (列が添付されていない) システムに両方のライン (A および B) を実行</li>
		<li>は、列上に樹脂をロードします。気泡を最小限に抑えることを確認してください</li>。
		<li>は、FPLC に列をアタッチし、変性バッファー 0% と 100% 年末までにバッファーを巻き戻しする変性バッファー A 100% と 0% のリフォールディング バッファー B (100 mM リン酸ナトリウム、10 mM トリス、pH 8.0) 最初から線形グラデーションを実行します。この徐々 にシフトが 240 分 0.75 mL/min の流速で実行され、PrP の適切な折りたたみに必要です 。
		注: クロマトグラフィー精製過程では、変性の PrP は最初ゆっくり refolded 樹脂の変性バッファーを交換するリフォールディング バッファーの線形グラデーションを適用することによって。このステップはまたカオトロ ピック グアニジン HCl を削除します</li>。
		<li>100% リフォールディング バッファーは 0.75 mL/分でさらに 30 分間カラムを通過し続けて確認</li>
		<li>リンス水溶出バッファー (100 mM リン酸ナトリウム、10 mM トリス、500 mM のイミダゾール pH 5.8) A の行、列をバイパスします。これが AKTA における溶出バッファーと今取替えは変性バッファーが消去されます</li>。
		<li>2 mL/分リフォールディング バッファー B と 0% 溶出バッファー A 最初に巻き戻しバッファーと 100% 溶出バッファー 0% に 100% から 40 分間の線形グラデーションを実行することによってタンパク質を想定し, 浸出液 。
		注: 溶出バッファーのイミダゾールの集中は PrP を競う &#39; s、ニッケルの (ii) にバインドします。蛋白質一次ピークの溶出がグラデーションを介しての方法の約 1/3 始めるべきであります。
		<ol><li>増加する OD 280 nm のクロマト グラムを見る</li>。
		</ol></li> <li>大きなピークの中心に蛋白質を含んでいる管のみを収集します 。
		注: 各 2 mL の溶出画分は 15 mL チューブに収集されます</li>。
		<li>透析バッファー (10 mM リン酸ナトリウム, pH 5.8) の約 1/3 量 (1 mL) ですぐにチューブに含まれる蛋白質を希釈します</li>。
		<li>すぐに氷のチューブを配置</li>
		<li>チューブに含まれる溶出蛋白質をプールします</li>。
		<li>悪い透析カセット (分子量カットオフ 10 kDa) にタンパク質</li>。
		<li>は中古冷蔵透析バッファー (3.6 L) 4 ° C で 2 時間にカセットを入れ、一晩のため新鮮な透析バッファー (3.6 L) にカセットを転送します。作る透析バッファーが一定の攪拌下にあることを確認します</li>。
		<li>タンパク質を透析後注射器を用いた 0.2 μ m acrodisc シリンジ フィルターをフィルター処理します</li>。
		<li>BCA タンパク質定量キットを用いたタンパク質濃度を測定します</li>。
		<li>濃縮または希釈タンパク質濃度 0.3 mg/mL に調整する必要がある場合 。
		注: SDS ページとブルー染色で純度を確認します</li>。
		<li>マイクロ遠心チューブ用のタンパク質の 1 mL 因数を行い、すぐにさらに使用するまで-80 ° C で保存、RT QuIC プロトコルで説明されているようです</li>。
	</ol>
	</li>
</ol>

著者が明らかに何もありません。

RT QuIC 以前尿と糞便経口感染したミュールジカとオジロジカ38エキス CWD のプリオンを検出するため採用されました。この原稿に示すシステムは、RT QuIC アッセイの適応方法です。追加の手順は、検出と CWD プリオン感染した動物の糞便材料のためのアッセイの感度を改善するために「古典的な」RT QuIC 法に取り込まれました。
糞便抽出における検出感度?...

プリオン病または伝染性海綿状脳症 (TSE) は、牛海綿状脳症 (BSE) 牛、スクレイピー羊とヤギ、無駄に慢性的な人間のクロイツ フェルト ・ ヤコブ病 (CJD) を含む神経変性疾患シカ科1,2病 (CWD)。Tse は、特徴的な海綿状外観と脳のニューロンの損失によって特徴付けられます。「タンパク質のみ」の仮説によれば、プリオンは主に PrPSc (スクレイピーの ' Sc') 3、PrPCホストでエンコードされたプリオン蛋白変性アイソ フォーム成る。PrPScは PrPCのバインドし、他の PrPC分子に変換するシードとして機能できる ᵦ シート4,5,6の濃縮形態への変換に起因します。新しく生成された PrPSc分子は小さいオリゴマー、感染核の高い数値で結果に分解成長ポリマー 7、8に組み込まれます。PrPSc集計しやすいプロテアーゼ9,10に部分的に耐性があります。
CWD に影響を与える野生と養殖のエルク (Cervus canadensis)、ミュールジカ (ジューテリウム ドルノゴビ)、オジロジカ (WTD;ジューテリウムで子鹿) (Alces alces) ムースやトナカイ (となかい座 tarandus tarandus) 11,12,13。それはシカの相互作用と感染14,15の環境の永続性によって支持される水平伝播と最も伝染のプリオン病と見なされます。その他プリオン PrPSc蓄積と感染が脳に限られているとは異なり CWD にこれらにも、末梢組織や体液など唾液、尿、糞便16,17,18。
免疫組織化学は、CWD PrPSc分布と海綿状病変19,20を検出する診断のゴールド スタンダードと見なされます。ELISA よりまれに、西部のしみ CWD 診断に使われまた。したがって、現在のプリオン病の診断は主に事後組織でプリオンを検出に基づいています。CWD の殺診断は、扁桃腺や直腸肛門粘膜関連リンパ組織 (RAMALT) バイオプシー;ただし、このプロシージャは侵襲性があり、動物の捕獲が必要です。したがって、尿や糞便などの簡単にアクセスできる検体の使用は、CWD プリオン検出のための実用的な方法でしょう。しかし、これら糞尿港プリオン現在診断法の検出限界値以下の濃度が比較的低い。その結果より高感度・高スループットの診断ツールが必要です。変換システムの in vitroタンパク質フォールディング繰返し増幅など分析 (PMCA) 21、アミロイド播種法とリアルタイムで揺れる誘起変換 (RT QuIC) 試金22,23,24はプリオン変換プロセス体外を模倣する PrPScの自己増殖する能力を悪用し、それによりごく微量検出レベル25 に PrPScの存在を増幅する非常に強力なツール ,26。RT QuIC 法はただし、変換製品の β シートの二次構造の濃縮が thioflavin T (Th T) をバインドできる具体的事実を活用します。したがって、組み換え PrP (rPrP) シードの変換時に、バインド Th T と、検出できるリアルタイムで Th T 時間をかけて相対的な蛍光ユニット (RFU) として表現の蛍光を測定することによってアミロイド線維に生えています。監視、RFU は相対的な播種活動と遅れ位相など定量的パラメーターを評価する使用できます。遅れ位相は、どの rPrP Th T 蛍光の検出限界値以下は反応の早い段階で変換のしきい値に到達するために必要な時間 (h) を表します。明らかラグの段階では、十分なアミロイド核 (核/伸び) の形成に付随の終わりは、Th T 蛍光閾値レベルを超えているし、ポジティブになるときに発生します。アミロイド線維は実際の時間と初期の PrPScやサンプルに含まれているシードの活動で検出できるの成長はより多くの種を生成するセグメンテーションによって増幅されます。これらの種は順番、アミロイド線維の成長の急速な指数段階を誘発します。
この試金は低 1 として検出することができるので PrPSc 24fg、感度の高い資格様々 な末梢組織、排泄物や他の PrPScを検出することにより、事前事後分析や非侵襲的診断を達成するためにこのテクニック感染性の低レベルをかくまっている標本の種類。RT QuIC 再現性、実用性、速さ (50 h 未満)、生物検定と比較して低コストで他のアッセイの利点を間違いなく提供します。PMCA; で使用される超音波処理など技術的な複雑さを回避します。また、各ウェルのエアロゾル汚染の危険性を最小にするテープ ・ シールのマイクロ プレートでそれを行います。複数井戸のフォーマット実験では同じ最大 96 サンプルの解析が可能。 にします。偽陽性の問題を再発と生体外の試金の変換 rPrP の自発的な転換に対抗するには、RT QuIC でしきい値 (カットオフ) の実装に便利です。確かに、ネガティブ コントロール (否定的なサンプル +5 SD 27の平均 RFU) の結果に基づき、基準を設定するから正と負のサンプル間の差別を行うことができます。各サンプルの 4 つの複製の使用はこうして複製の少なくとも 50%、肯定的な信号を示すとき肯定的なサンプルの定義に助けることができる、すなわちカットオフ28を渡ります。例えば以前の研究ではハムスター rPrP 発見されたヒトの PrPvCJDの相同の基板と比較してより敏感な基板にシードし、羊スクレイピー シード反応、RT-QuIC でシードと基板との間の相同性は必要ありません。29. ハムスター羊キメラ rPrP も人間 rPrP 30人間バリアント CJD プリオンを検出するよりもより適して基板に示唆されました。したがって、rPrP 基板上の異なる種からの使用は、この試金で非常に一般的です。この試金は散発的な CJD 31,32,33, gen などのいくつかのプリオン病に正常に適用されています。エティックのプリオン疾患34BSE 35,36,37、スクレイピー 23,36,40,4139,CWD 38、、、 42。用いた研究処理髄液、全血、唾液、尿 RT QuIC で種子が40,4139,PrPSc 38、、、を検出するすべての成功したも42アミロイド線維形成阻害剤を含む血漿などのサンプルで検出能力を育成する Orrú et al.。(2011)Scの PrP の免疫沈降 (IP) ステップと RT quic 社によるアミロイド線維形成阻害剤を削除するための戦略を開発、「quic 社強化」の試金 (eQuIC) の名前。さらに、基板交換の手順は、感度を向上させるために反応時間 〜 24 時間後採用されました。最終的には、として低 1 として PrPScの ag eQuIC 30によって検知されました。
糞便抽出物を浄化し、糞便中に可能なアッセイの阻害剤を削除、するために糞便経口感染実験にエルクから前臨床、臨床段階で収集された洗剤とプロテアーゼ阻害剤を含むバッファーで均質化されました。糞便抽出物は、ナトリウム リンタングステン酸アルゼンチンタンゴダンスプロフェッショナル降水による蛋白質の沈殿物を利用したサンプルの PrPScを集中する異なる方法論をさらに堤出されました。最初 Safarらによって記述された NaPTA 沈殿法43, を使用して、テスト サンプルに PrPScを集中します。PrPCよりもむしろ PrPScの優遇の沈殿物のサンプルの結果と NaPTA のインキュベーション。ただし、分子メカニズムはまだ明らかではありません。このステップはまたを含む、いくつかのケースで観察される rPrP の自発的な変換を防ぐことを助けた。最後に、糞便抽出物は、最適化された RT-QuIC 基板としてマウス rPrP (aa 23-231) を使用して、プロトコルに基板交換を含む検出の感度を改善するために、テストされました。
ここでの結果は、この改良法 CWD プリオンの非常に低い集中を検出することができますなり、検出と糞便 NaPTA 降水量と基板交換せずプロトコルと比較して特異性の感度を示します。このメソッドは、可能性のある他の組織や体液に適用することができます、野生と飼育下のシカ科の CWD 監視のための偉大な使用することができます。

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>Materials</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Acrodisc seringe filters</td>
			<td>PALL</td>
			<td>4652</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>amicon Ultra-15 Centrifugal filter Unit</td>
			<td>Millipore</td>
			<td>UCF901024</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>BD 10 ml seringe</td>
			<td>VWR</td>
			<td>CA75846-842</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Chloramphenicol</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>C0378</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Corning bottle-top vacuum filters</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>431118</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>E4884</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>gentleMACS M Tube</td>
			<td>Miltenyi Biotec</td>
			<td>130-093-236</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Guanidine hydrochloride</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>G4505</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Imidazole</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>I5513</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Isopropanol</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>I9516</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Kanamycin sulfate</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>60615</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Luria-Bertani (LB) broth</td>
			<td>ThermoFisher Scientific</td>
			<td>12780029</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Magnesium chloride</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>M9272</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>N2 supplement (100X)</td>
			<td>ThermoFisher Scientific</td>
			<td>15502048</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>N-lauroylsarcosine sodium salt (sarkosyl)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>ML9150</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nanosep centrifugal devices with omega membrane 100K</td>
			<td>PALL</td>
			<td>OD100C34</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nunc sealing tapes</td>
			<td>ThermoFisher Scientific</td>
			<td>232702</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Parafilm M</td>
			<td>VWR</td>
			<td>52858-000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>phenylmethylsulfonyl fluoride (PMSF)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>P7626</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Protease inhibitor tablet</td>
			<td>Roche</td>
			<td>4693159001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium chloride</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>S3014</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium deoxycholate</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>D6750</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium dodecyl sulfate (SDS)</td>
			<td>Calbiochem</td>
			<td>7910-OP</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>sodium phosphate</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>342483</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium phosphate dibasic anhydrous</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>S9763</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium phosphate monobasic monohydrate</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>S9638</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium phosphotungstate hydrate (NaPTA)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>496626</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Thioflavin T</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>T3516</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tris-Hydroxy-Methyl-Amino-Methan (Tris)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>T6066</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Triton-100</td>
			<td>Calbiochem</td>
			<td>9410-OP</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tween 20</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>P7949</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Name</td>
			<td>Company</td>
			<td>Catalog Number</td>
			<td>Comments</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Commercial buffers and solutions</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>BugBuster Master Mix</td>
			<td>Nogagen</td>
			<td>71456-4</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ni-NTA superflow</td>
			<td>Qiagen</td>
			<td>1018401</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Phosphate-buffered saline (PBS) pH 7.4 (1X)</td>
			<td>Life Technoligies</td>
			<td>P5493</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>UltraPure Distilled Water</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>10977015</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Name</td>
			<td>Company</td>
			<td>Catalog Number</td>
			<td>Comments</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Standards and commercial kits</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Express Autoinduction System 1</td>
			<td>Novagen</td>
			<td>71300-4</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pierce BCA Protein Assay Kit</td>
			<td>ThermoFisher Scientific</td>
			<td>23227</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Name</td>
			<td>Company</td>
			<td>Catalog Number</td>
			<td>Comments</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Equipment setup</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AKTA protein purification systems FPLC</td>
			<td>GE Healthcare Life Sciences</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Beckman Avanti J-25 Centrifuge</td>
			<td>Beckman Coulter</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Beckman rotor JA-25.50</td>
			<td>Beckman Coulter</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Beckman rotor JA-10</td>
			<td>Beckman Coulter</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>FLUOstar Omega microplate reader</td>
			<td>BMG Labtech</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>gentleMACS Dissociator</td>
			<td>Miltenyi Biotec</td>
			<td>130-093-235</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Name</td>
			<td>Company</td>
			<td>Catalog Number</td>
			<td>Comments</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sofware</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MARS Data Analysis</td>
			<td>BMG Labtech</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>GraphPad Prism6</td>
			<td>GraphPad software</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

real-time quaking-induced conversion assay for detection of cwd prions in fecal material

RT QuIC 法は、機密性の高い体外無細胞プリオン増幅試金シードの折りたたみと変換のためテンプレートとしてプリオン種子を用いた組換えプリオン蛋白質 (PrP) 基板の集計は主に基づいています。RT QuIC はリアルタイムのポリメラーゼの連鎖反応 (PCR) に類似しているスループットの高い手法です。アミロイド線維の成長の検出は、Thioflavin T は、ᵦ シート豊富なタンパク質との特異的相互作用時に蛍光を発する色素に基づいています。したがって、アミロイド線維形成をリアルタイムで検出することができます。糞便抽出物の慢性消耗病 (CWD) プリオンを検出するための信頼性の高い非侵襲的なスクリーニング テストの開発を試みた。ここでは、我々 は具体的には PrPSc CWD の糞便内活動を播種感染シカ科を明らかにする RT QuIC 法を適応しています。当初、我々 は準備糞便抽出物の播種活動だった糞便材料の潜在的なアッセイの阻害によって RT-QuIC で比較的低かった。糞便抽出物の播種活動を改善し、潜在的なアッセイの阻害剤を削除は、洗剤とプロテアーゼ阻害剤を含むバッファーに糞便を均質化。また、ナトリウム リンタングステン酸と遠心力を使用して蛋白質の沈殿物に基づいて PrPScを集中する方法をサンプルを提出しました。最後に、糞便抽出物は、最適化された RT-QuIC 基板交換を検出の感度を改善するためにプロトコルに含まれてによって調べた。したがって、我々 は RT QuIC、CWD の非侵襲的診断のための実用的なツールをすることができますでの前臨床・臨床のシカ科の糞便内活動を播種 CWD プリオンの高感度検出のためのプロトコルを確立しました。

検出の感度は低い27まだ CWD 糞便抽出液 10% (w/v) を用意していた RT QuIC 反応を播くことできます。具体的な取得することを許可鹿 rPrP 結果27のではなく、糞便の均質化の特定のバッファーを使用していたマウス rPrP 基板の使用する併用 RT QuIC 反応の高いバック グラウンド蛍光を避けるために重要なステップ。NaPTA 沈殿物の添加は、増?...

Watch this Scientific Journal Video about Real-time Quaking-induced Conversion Assay for Detection of CWD Prions in Fecal Material at JoVE.com

Real-time Quaking-induced Conversion Assay for Detection of CWD Prions in Fecal Material

ここでは、単純な高速かつ効率的なプリオンの増幅技術、リアルタイムで揺れる誘起変換 (RT QuIC) メソッドを記述するプロトコルを提案する.

リアルタイム揺れる誘起変換用糞便材料の CWD プリオンの検出

The RT-QuIC technique is a sensitive in vitro cell-free prion amplification assay based mainly on the seeded misfolding and aggregation of recombinant ...

real-time-quaking-induced-conversion-assay-for-detection-cwd-prions

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

13.5K ビュー.  University of Calgary. ここでは、単純な高速かつ効率的なプリオンの増幅技術、リアルタイムで揺れる誘起変換 (RT QuIC) メソッドを記述するプロトコルを提案する.

ビデオ: Real-time Quaking-induced Conversion Assay for Detection of CWD Prions in Fecal Material

Protein Misfolding Cyclic Amplification of Prions

Prions are infectious agents that cause the inevitably fatal transmissible spongiform encephalopathy (TSE) in animals and humans9,18. The prion protein has two distinct isoforms, the non-infectious host-encoded protein (PrPC) and the infectious protein (PrPSc), an abnormally-folded isoform of PrPC 8.
One of the challenges of working with prion agents is the long incubation period prior to the development of clinical signs following host inoculation13. This traditionally mandated long and expensive animal bioassay studies. Furthermore, the biochemical and biophysical properties of PrPSc are poorly characterized due to their unusual conformation and aggregation states.
PrPSc can seed the conversion of PrPC to PrPSc in vitro14. PMCA is an in vitro technique that takes advantage of this ability using sonication and incubation cycles to produce large amounts of PrPSc, at an accelerated rate, from a system containing excess amounts of PrPC and minute amounts of the PrPSc seed19. This technique has proven to effectively recapitulate the species and strain specificity of PrPSc conversion from PrPC, to emulate prion strain interference, and to amplify very low levels of PrPSc from infected tissues, fluids, and environmental samples6,7,16,23 .
This paper details the PMCA protocol, including recommendations for minimizing contamination, generating consistent results, and quantifying those results. We also discuss several PMCA applications, including generation and characterization of infectious prion strains, prion strain interference, and the detection of prions in the environment.

Protein misfolding cyclic amplification (PMCA) is an in vitro assay for the study of prion conversion and strain and species barriers. It can also be used as a prion detection assay.

プリオンのタンパク質のミスフォールディングサイクリック増幅

Prions  are infectious agents that cause the inevitably fatal transmissible spongiform  encephalopathy (TSE) in animals and humans9,18. The prion protein ...

免疫・感染学

Detection of MicroRNAs in Microglia by Real-time PCR in Normal CNS and During Neuroinflammation

Microglia are cells of the myeloid lineage that reside in the central nervous system (CNS)1. These cells play an important role in pathologies of many diseases associated with neuroinflammation such as multiple sclerosis (MS)2. Microglia in a normal CNS express macrophage marker CD11b and exhibit a resting phenotype by expressing low levels of activation markers such as CD45. During pathological events in the CNS, microglia become activated as determined by upregulation of CD45 and other markers3. The factors that affect microglia phenotype and functions in the CNS are not well studied. MicroRNAs (miRNAs) are a growing family of conserved molecules (~22 nucleotides long) that are involved in many normal physiological processes such as cell growth and differentiation4 and pathologies such as inflammation5. MiRNAs downregulate the expression of certain target genes by binding complementary sequences of their mRNAs and play an important role in the activation of innate immune cells including macrophages6 and microglia7. In order to investigate miRNA-mediated pathways that define the microglial phenotype, biological function, and to distinguish microglia from other types of macrophages, it is important to quantitatively assess the expression of particular microRNAs in distinct subsets of CNS-resident microglia. Common methods for measuring the expression of miRNAs in the CNS include quantitative PCR from whole neuronal tissue and in situ hybridization. However, quantitative PCR from whole tissue homogenate does not allow the assessment of the expression of miRNA in microglia, which represent only 5-15% of the cells of neuronal tissue. Hybridization in situ allows the assessment of the expression of microRNA in specific cell types in the tissue sections, but this method is not entirely quantitative. In this report we describe a quantitative and sensitive method for the detection of miRNA by real-time PCR in microglia isolated from normal CNS or during neuroinflammation using experimental autoimmune encephalomyelitis (EAE), a mouse model for MS. The described method will be useful to measure the level of expression of microRNAs in microglia in normal CNS or during neuroinflammation associated with various pathologies including MS, stroke, traumatic injury, Alzheimer's disease and brain tumors.

Microglia are resident macrophages that provide the first line of defense and immune surveillance of the central nervous system. MicroRNAs are regulatory molecules that play an important role in many physiological processes including activation and differentiation of macrophages. In this article, we describe the method for measurement of microRNAs in microglia.

ノーマルCNSのリアルタイムPCRによると神経炎症時のミクログリアにおけるマイクロRNAの検出

Microglia are cells of the myeloid lineage that reside in the central nervous system (CNS)1. These cells play an important role in pathologies of many ...

Real-time Live Imaging of T-cell Signaling Complex Formation

Protection against infectious diseases is mediated by the immune system 1,2. T lymphocytes are the master coordinators of the immune system, regulating the activation and responses of multiple immune cells 3,4. T-cell activation is dependent on the recognition of specific antigens displayed by antigen presenting cells (APCs). The T-cell antigen receptor (TCR) is specific to each T-cell clone and determines antigen specificity 5. The binding of the TCR to the antigen induces the phosphorylation of components of the TCR complex. In order to promote T-cell activation, this signal must be transduced from the membrane to the cytoplasm and the nucleus, initiating various crucial responses such as recruitment of signaling proteins to the TCR;APC site (the immune synapse), their molecular activation, cytoskeletal rearrangement, elevation of intracellular calcium concentration, and changes in gene expression 6,7. The correct initiation and termination of activating signals is crucial for appropriate T-cell responses. The activity of signaling proteins is dependent on the formation and termination of protein-protein interactions, post translational modifications such as protein phosphorylation, formation of protein complexes, protein ubiquitylation and the recruitment of proteins to various cellular sites 8. Understanding the inner workings of the T-cell activation process is crucial for both immunological research and clinical applications.
Various assays have been developed in order to investigate protein-protein interactions; however, biochemical assays, such as the widely used co-immunoprecipitation method, do not allow protein location to be discerned, thus precluding the observation of valuable insights into the dynamics of cellular mechanisms. Additionally, these bulk assays usually combine proteins from many different cells that might be at different stages of the investigated cellular process. This can have a detrimental effect on temporal resolution. The use of real-time imaging of live cells allows both the spatial tracking of proteins and the ability to temporally distinguish between signaling events, thus shedding light on the dynamics of the process 9,10. We present a method of real-time imaging of signaling-complex formation during T-cell activation. Primary T-cells or T-cell lines, such as Jurkat, are transfected with plasmids encoding for proteins of interest fused to monomeric fluorescent proteins, preventing non-physiological oligomerization 11. Live T cells are dropped over a coverslip pre-coated with T-cell activating antibody 8,9, which binds to the CD3/TCR complex, inducing T-cell activation while overcoming the need for specific activating antigens. Activated cells are constantly imaged with the use of confocal microscopy. Imaging data are analyzed to yield quantitative results, such as the colocalization coefficient of the signaling proteins.

We describe a live-cell imaging method that provides insight into protein dynamics during the T-cell activation process. We demonstrate the combined usage of the T-cell spreading assay, confocal microscopy and imaging analysis to yield quantitative results to follow signaling complex formation throughout T-cell activation.

複合体形成シグナリングT細胞のリアルタイムのライブイメージング

Protection against infectious diseases is mediated by the immune system 1,2. T lymphocytes are the master coordinators of the immune system, regulating ...

Following in Real Time the Impact of Pneumococcal Virulence Factors in an Acute Mouse Pneumonia Model Using Bioluminescent Bacteria

Pneumonia is one of the major health care problems in developing and industrialized countries and is associated with considerable morbidity and mortality. Despite advances in knowledge of this illness, the availability of intensive care units (ICU), and the use of potent antimicrobial agents and effective vaccines, the mortality rates remain high1. Streptococcus pneumoniae is the leading pathogen of community-acquired pneumonia (CAP) and one of the most common causes of bacteremia in humans. This pathogen is equipped with an armamentarium of surface-exposed adhesins and virulence factors contributing to pneumonia and invasive pneumococcal disease (IPD). The assessment of the in vivo role of bacterial fitness or virulence factors is of utmost importance to unravel S. pneumoniae pathogenicity mechanisms. Murine models of pneumonia, bacteremia, and meningitis are being used to determine the impact of pneumococcal factors at different stages of the infection. Here we describe a protocol to monitor in real-time pneumococcal dissemination in mice after intranasal or intraperitoneal infections with bioluminescent bacteria. The results show the multiplication and dissemination of pneumococci in the lower respiratory tract and blood, which can be visualized and evaluated using an imaging system and the accompanying analysis software.

Streptococcus pneumoniae is the leading pathogen causing severe community-acquired pneumonia and responsible for over 2&#160;million deaths worldwide. The impact of bacterial factors implicated in fitness or virulence can be monitored in real-time in an acute mouse pneumonia or bacteremia model using bioluminescent bacteria.

生物発光細菌を使用してリアルタイムに急性肺炎のマウスモデルにおける肺炎球菌の毒性因子の影響を以下の

Pneumonia is one of the major health care problems in developing and industrialized countries and is associated with considerable morbidity and mortality. ...

High-throughput Quantitative Real-time RT-PCR Assay for Determining Expression Profiles of Types I and III Interferon Subtypes

Described in this report is a qRT-PCR assay for the analysis of seventeen human IFN subtypes in a 384-well plate format that incorporates highly specific locked nucleic acid (LNA) and molecular beacon (MB) probes, transcript standards, automated multichannel pipetting, and plate drying. Determining expression among the type I interferons (IFN), especially the twelve IFN-&#945; subtypes, is limited by their shared sequence identity; likewise, the sequences of the type III IFN, especially IFN-&#955;2 and -&#955;3, are highly similar. This assay provides a reliable, reproducible, and relatively inexpensive means to analyze the expression of the seventeen interferon subtype transcripts.

This protocol describes a high-throughput qRT-PCR assay for the analysis of type I and III IFN expression signatures. The assay discriminates single base pair differences between the highly similar transcripts of these genes. Through batch assembly and robotic pipetting, the assays are consistent and reproducible.

ハイスループット定量的リアルタイムRT-PCRアッセイのタイプIおよびIIIインターフェロンサブタイプの発現プロファイルを決定するための

Described in this report is a qRT-PCR assay for the analysis of seventeen human IFN subtypes in a 384-well plate format that incorporates highly specific ...

A Real-time Potency Assay for Chimeric Antigen Receptor T Cells Targeting Solid and Hematological Cancer Cells

Chimeric antigen receptor (CAR) T-cell therapy for cancer has achieved significant clinical benefit for resistant and refractory hematological malignancies such as childhood acute lymphocytic leukemia. Efforts are currently underway to extend this promising therapy to solid tumors in addition to other hematological cancers. Here, we describe the development and production of potent CAR T cells targeting antigens with unique or preferential expression on solid and liquid tumor cells. The in vitro potency of these CAR T cells is then evaluated in real-time using the highly sensitive impedance-based xCELLigence assay. Specifically, the impact of different costimulatory signaling domains, such as glucocorticoid-induced tumor necrosis factor receptor (TNFR)-related protein (GITR), on the in vitro potency of CAR T cells is examined. This report includes protocols for: generating CAR T cells for preclinical studies using lentiviral gene transduction, expanding CAR T cells, validating CAR expression, and running and analyzing xCELLigence potency assays.

We describe a quantitative real-time in vitro cytolysis assay system to evaluate the potency of chimeric antigen receptor T cells targeting liquid and solid tumor cells. This protocol can be extended to assess other immune effector cells, as well as combination treatments.

固体および造形癌細胞を標的とするキメラ抗原受容体T細胞のリアルタイム効力アッセイ

Chimeric antigen receptor (CAR) T-cell therapy for cancer has achieved significant clinical benefit for resistant and refractory hematological ...

Pan-lyssavirus Real Time RT-PCR for Rabies Diagnosis

Molecular assays are rapid, sensitive and specific, and have become central to diagnosing rabies. PCR based assays have been utilized for decades to confirm rabies diagnosis but have only recently been accepted by the OIE (World Organisation for Animal Health) as a primary method to detect rabies infection. Real-time RT-PCR assays provide real-time data, and are closed-tube systems, minimizing the risk of contamination during setup. DNA intercalating fluorochrome real-time RT-PCR assays do not require expensive probes, minimizing the cost per sample, and when the primers are designed in conserved regions, assays that are specific across virus genera rather than specific to just one virus species are possible. Here we describe a pan-lyssavirus SYBR real-time RT-PCR assay that detects lyssaviruses across the Lyssavirus genus, including the most divergent viruses IKOV, WCBV and LLEBV. In conjunction with dissociation curve analysis, this assay is sensitive and specific, with the advantage of detecting all lyssavirus species. The assay has been adopted in many diagnostic laboratories with quality assured environments, enabling robust, rapid, sensitive diagnosis of animal and human rabies cases.

This real-time RT-PCR using dsDNA intercalating dye is suitable to diagnose lyssavirus infections. The method begins with RNA extracted from rabies suspected ante-mortem or post-mortem samples, detailing master mix preparation, RNA addition, setup of the real-time machine and correct interpretation of results.

狂犬病診断のためのパンリサウイルスリアルタイムRT-PCR

Molecular assays are rapid, sensitive and specific, and have become central to diagnosing rabies. PCR based assays have been utilized for decades to ...

Culture Methods to Determine the Limit of Detection and Survival in Transport Media of Campylobacter Jejuni in Human Fecal Specimens

A culture from human stool for diagnosis of Campylobacter-based intestinal illness takes several days, a wait that taxes the fortitude of the physician and the patient. A culture is also prone to false negative results from random loss of viability during specimen handling, overgrowth of other fecal flora, and poor growth of several pathogenic Campylobacter species on traditional media. These problems can confound clinical decisions on patient treatment and have limited the field from answering fundamental questions on Campylobacter growth and infections. We describe a procedure that estimates the lower limit of bacterial numbers that can be detected by a culture and a method for quantifying survival of C. jejuni in media used for transport of this fragile organism. Knowing this information, it becomes possible to set clinically relevant detection thresholds for diagnostic tests and address unstudied issues of whether non-symptomatic colonization is prevalent, if co-infection with other enteric pathogens is common, or if bacterial load correlates with symptoms or serious sequelae. The study also included testing of 1,552 prospectively collected patient diarrheal fecal specimens that were initially classified by conventional culture and further tested by a new enzyme immunoassay. Positive and discrepant specimens were then screened by four molecular methods to assign true-positive or true-negative status. The 5 non-culture methods showed complete agreement on all 48 positive and discrepant specimens, while the culture mis-identified 14 (28%). The specimens that were incorrectly identified by culture included 13 false negative and 1 false positive sample. This basic protocol can be used with multiple Campylobacter spp. and will allow the numbers of Campylobacter bacteria that produce symptoms of gastroenteritis in humans to be determined and for prevalence rates to be updated.

Culture Methods to Determine the Limit of Detection and Survival in Transport Media of Campylobacter Jejuni in Human Fecal Specimens

Although stool culture for Campylobacter is imprecise, it is still considered the gold standard for identification. Methods to determine the limit of detection and survival in transport media of C. jejuni in human stool are described and compared with a new immunoassay with better accuracy.

ヒト胎児標本におけるカンピロバクター・イェジュニの輸送培地における検出と生存の限界を決定する培養方法

A culture from human stool for diagnosis of Campylobacter-based intestinal illness takes several days, a wait that taxes the fortitude of the physician ...

Fecal (micro) RNA Isolation

It is becoming clear that RNA exists in the gut lumen and feces in animals and humans. The protocol described below isolates total RNA including microRNAs from fecal samples of animal and human subjects. The aim is to isolate total RNA with high purity and quantity for downstream analyses such as RNA sequencing, RT-PCR, and micro-array. The advantages of this optimized protocol in the miRNA isolation are capabilities of isolating highly purified RNA products with additional washing steps described, increased quantity of RNA obtained with an improved method in the resuspension of sample, and important tips of decontamination. One limitation is the inability to process and purify larger sample of more than 200 mg as these sample sizes would cause a difficulty in the clear formation of the interphase. Consequently, the large sample size may contaminate the aqueous phase to be extracted as described in the protocol with organic matters that affect the quality of RNA isolated in the end. However, RNA isolates from a sample of up to 200 mg are sufficient for most of downstream analyses.

Fecal micro RNA Isolation

This protocol isolates high quality total RNA from fecal samples of animal and human subjects. A commercial miRNA isolation kit is used with significant adaption to isolate pure RNA with optimized quantity and quality. The RNA isolates are good for most downstream RNA assays such as sequencing, micro-array, and RT-PCR.

糞便(マイクロ)RNA単離

It is becoming clear that RNA exists in the gut lumen and feces in animals and humans. The protocol described below isolates total RNA including microRNAs ...

Tools for the Real-Time Assessment of a Pseudomonas aeruginosa Infection Model

Pseudomonas aeruginosa (Pa) is one of the most common opportunistic pathogens associated with cystic fibrosis (CF). Once Pa colonization is established, a large proportion of the infecting bacteria form biofilms within airway sputum. Pa biofilms isolated from CF sputum have been shown to grow in small, dense aggregates of ~10-1,000 cells that are spatially organized and exhibit clinically relevant phenotypes such as antimicrobial tolerance. One of the biggest challenges to studying how Pa aggregates respond to the changing sputum environment is the lack of nutritionally relevant and robust systems that promote aggregate formation. Using a synthetic CF sputum medium (SCFM2), the life history of Pa aggregates can be observed using confocal laser scanning microscopy (CLSM) and image analysis at the resolution of a single cell. This in vitro system allows the observation of thousands of aggregates of varying size in real time, three dimensions, and at the micron scale. At the individual and population levels, having the ability to group aggregates by phenotype and position facilitates the observation of aggregates at different developmental stages and their response to changes in the microenvironment, such as antibiotic treatment, to be differentiated with precision.

Tools for the Real-Time Assessment of a Pseudomonas aeruginosa Infection Model

Synthetic cystic fibrosis sputum medium (SCFM2) can be utilized in combination with both confocal laser scanning microscopy and fluorescence-activated cell sorting to observe bacterial aggregates at high resolution. This paper details methods to assess aggregate populations during antimicrobial treatment as a platform for future studies.

緑膿菌感染モデルのリアルタイム評価ツール

Pseudomonas aeruginosa (Pa) is one of the most common opportunistic pathogens associated with cystic fibrosis (CF). Once Pa colonization is established, a ...