F. s. は、本研究の部分を介して Rhenac グリーン テック AG からサポートを認めています。J. s. と B.B. は、DFG (SFB TR175) からの資金援助を受けた。

このプロトコルには、シロイヌナズナ植物の成長挙動を分析する方法のいくつかの例が含まれています。
1. 準備
<ol><li>始める前に、どのように多くの植物実験の信頼性の高い統計分析を行うため必要となる、ポットの適切な量を準備しての慎重な計画を作る。 注: は常にいくつかの種が発芽しない可能性を許可します。</li>
	<li>個別にプログラム可能な LED レベルが異なる気象室を使用して、同じ一般的な環境条件 (材料表) の下での植物の成長を比較します。</li>
</ol>2. 植物の成長と LED 照明のセットアップ
<ol><li>6 × 7 cm 鉢土の (異なる条件および/または分析する突然変異体) によって適切な数を準備し、それらのそれぞれの単一の種を植えます。 注: この場合、条件ごとの 36 の植物は撒かれました。</li>
	<li>4 ° C で 2 日間 vernalize します。</li>
	<li>相対湿度 65%、温度に 22 ° 16 ° C 16 h 1 日/8 h 夜のサイクルを設定します。すべてのレベル 200 μ M/cm2/s1の強度の光を調整します。気象室の前面のタッチ スクリーンを介してプログラムにそれぞれの値を入力することによってこれを行います。4 つの異なる光質を比較するための表 1 に定める Led を次のパラメーターに設定します。</li>
</ol><table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody>
<tr>
<td>Identifyier</td>
			<td>395 nm [%]</td>
			<td>440 nm [%]</td>
			<td>3 K [%]</td>
			<td>660 nm [%]</td>
			<td>770 nm [%]</td>
		</tr>
<tr>
<td>「日光」</td>
			<td>100</td>
			<td>11</td>
			<td>100</td>
			<td>15</td>
			<td>100</td>
		</tr>
<tr>
<td>赤と青 (RB)</td>
			<td>100</td>
			<td>15</td>
			<td>25</td>
			<td>10</td>
			<td>100</td>
		</tr>
<tr>
<td>ブルー (B)</td>
			<td>100</td>
			<td>15</td>
			<td>25</td>
			<td>2</td>
			<td>25</td>
		</tr>
<tr>
<td>Red (R)</td>
			<td>90</td>
			<td>2</td>
			<td>25</td>
			<td>10</td>
			<td>100</td>
		</tr>
</tbody></table>表 1: Led から放出される光の強度の組成
<ol start="4"><li>出力をモニターするスペクトル連続的に、例えば内蔵校正装置を用いた。</li>
	<li>異なるレベルの人工気候室で植物を置くし、透明な上覆われてよく発達した子葉が表示されるまでそれらを保ちます。十分に潅水を確認します。</li>
	<li>モニターとドキュメント植物の目で、できるだけ頻繁にどのように高速植物は、例えば2 日に選択した条件下での成長に応じて、適切な写真。カメラとすべての図のオブジェクト間の等しい距離を確保し、比較が可能に、カメラ用の三脚を使用することを確認します。該当する場合は、スケール バーを使用します。 注: 用語 DAS (播種後日) 春を含む種子の植栽を指します。</li>
</ol>3. PSII 収率の定量
<ol><li>パルス変調蛍光を使用します。ライブ ウィンドウの完全なロゼットを見ることができるので、植物から適切な距離でカメラヘッドを設定します。</li>
	<li>ソフトウェアを起動する時に「ユニットを選択」ウィンドウが表示されます。「ミニ」と次の"ok"をチェックします。次のポップアップ ウィンドウで「青」色を選択します。クリック「[ok]」 注: パルス変調蛍光測定光が自動的に点灯します。モニターに画像ウィンドウは、フィートの蛍光パラメーターが表示されます。カメラの下に置かれた植物は、オレンジ色のイメージとして今見ることが。</li>
	<li>イメージを集中させ、植物の特定の領域を選択するには、「ライブ映像」ボックスを刻 々 と過ぎて、生きているビデオに切り替えるし、対物レンズの調整リングを回します。ライブ ビデオ ウィンドウ右上隅の [終了時] ボックスをクリックして終了します。</li>
	<li>光合成パラメーターを測定するには、(aoi) の領域を定義します。これは、自動的に画面の中央に表示される円は、既定の設定を使用します。その横にある赤いボックスは、葵、内のすべてのピクセルの平均 Ft 値を表します。葵ボックス右のパネルでは、さまざまな形態がありますから選択することによって適切な葵を定義します。葵タブで「追加」をクリックし、、葉面積円を配置します。葉ごと 5 回を繰り返します。</li>
	<li>(表 2) の製造元によって提供される既定値の設定 (右側のタブ) を維持します。</li>
</ol><table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody>
<tr>
<td>高さ光</td>
			<td>Int.</td>
			<td>周波数</td>
			<td></td>
		</tr>
<tr>
<td></td>
			<td>1</td>
			<td>1</td>
			<td></td>
		</tr>
<tr>
<td>行為。光</td>
			<td>Int.</td>
			<td>幅</td>
			<td></td>
		</tr>
<tr>
<td></td>
			<td>8</td>
			<td>0</td>
			<td></td>
		</tr>
<tr>
<td>画像補正</td>
			<td>ミニ</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
<tr>
<td>画像変換</td>
			<td>バッテリー</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
<tr>
<td></td>
			<td>16.7V</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
<tr>
<td>ゲイン</td>
			<td>5</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
<tr>
<td>減衰</td>
			<td>1</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
<tr>
<td>(土) パルス</td>
			<td>Int.</td>
			<td>違います</td>
			<td>間隔 s</td>
		</tr>
<tr>
<td></td>
			<td>8</td>
			<td>1</td>
			<td>30</td>
		</tr>
<tr>
<td>低速誘導</td>
			<td>遅延 s</td>
			<td>クロック s</td>
			<td>期間 s</td>
		</tr>
<tr>
<td></td>
			<td>40</td>
			<td>20</td>
			<td>315</td>
		</tr>
<tr>
<td>Absortivity</td>
			<td>赤ゲ イン</td>
			<td>赤の輝度</td>
			<td>NIR 強度</td>
		</tr>
<tr>
<td></td>
			<td>340</td>
			<td>25</td>
			<td>13</td>
		</tr>
<tr>
<td>ディスプレイ</td>
			<td>色</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
<tr>
<td>PS を制限します。</td>
			<td>50</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
<tr>
<td>Inh。Ref. 葵</td>
			<td>1</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
<tr>
<td>Fm 要因 (ダニ)</td>
			<td>1,030</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
</tbody></table>表 2: PAM 測定の製造元によって提供される既定の設定です。
<ol start="6"><li>蛍光分析 (飽和パルス) を焼入れによって光合成パラメーターの測定を実行する飽和光フラッシュを適用します。その前に、低植物の最小と最大の蛍光収率を測定することにより焼入係数を決定します。このため、数分間 (例えば引き出しや暗箱) 暗闇の中で植物を配置します。Fo、画面の下部に Fm をカメラ ヘッドの下で植物を配置、チェック ボックス メジャーと ML (光の測定)、イメージ サークルに時間を計っている"Fv/Fm"を選択して、下の行のクリックします。 注: Fo/Fm バクテリオロドプシン植物の PSII 収量を表します。したがって、それは光を適用した後の測定は、正規化された値です。現在の Fo/Fm の測定は、新しいレコードがアクティブ化されるまで残ります。すべての F と Fm' 飽和パルスにより決定される値 Fo/Fm に関連しているし、焼入パラメーターが計算されました。</li>
	<li>[レポート] タブでこれらの結果を見つけるし、右手側 (e.g実験に関連するすべてのボックスをチェックします。Y(II)、qP、qN、等)。</li>
	<li>解析ソフトウェアなどに結果をエクスポートします。Excel の左上隅に [エクスポート] ボタンをクリックして、適切なファイル名で保存します。葉あたり少なくとも 5 AOIs を生成し、同じ植物の葉をいくつかの測定 (忘れずにすぐ暗い各測定後に再度植物の適応)、1 つの条件からいくつかの工場だけでなくを統計学的に評価できます。</li>
	<li>統計分析のためには、平均値と標準偏差を生成すべて AOIs から、すべての少なくとも 3 つの独立した植物ポイント/条件の時間しデータが重要な12の場合を評価するスチューデントの t 検定を実行します。データは、p 値が 0.05 以下と大幅に異なるとして評価されます。</li>
</ol>4. 気孔密度の測定
<ol><li>収集 3 完全に展開したロゼットの葉条件ごとの 3 つの個々 の植物から 70% エタノール ガラス シャーレと葉緑素を抽出するために。この溶剤は、部屋の温度や 4 ° C で店で一晩で孵化させなさい</li>
	<li>顔料から完全なクリアランス、抱水クロラール溶液間孵化させなさい (抱水クロラール: 水: グリセリン = 8: 2:1/v/w) の葉は完全に白くなるまで。</li>
	<li>40 倍の倍率で微分干渉顕微鏡 (DIC) 切断面の画像を取る。ビジョンのフィールドに気孔をカウント、² あたり気孔にスケール バーの助けを借りて推定します。条件あたり葉の少なくとも 4 にこの手順を繰り返します。1 つの条件のすべての葉の平均値を計算することによって統計分析を実行し、これから平均誤差を計算します。</li>
</ol>5. 新鮮重の定量
<ol><li>かみそりの刃で条件ごとに六つの植物からのロゼットから葉柄を含むすべての葉を削除します。すぐにすべての葉の重量を量るし、前述の統計分析対象データ。</li>
</ol>6. ロゼット葉面積の測定
<ol><li>葉面積を視覚的に分析するのに条件ごとに 8 つの植物からの写真を使用します。単一のイメージでの 1 つの条件に画像を組み合わせるし、*.jpeg として保存または * .tiff。</li>
	<li>適切なソフトウェア (材料表) をダウンロードします。 メモ: それは、もちろん、このタスクを実行することができる他のプログラムに適用することが可能です。</li>
	<li>画像ファイルを開きます。「自由選択」ツールを選択1 つのロゼット状の葉柄を含む葉を取り囲みます。「分析・測定」をクリック、「エリア」、「最小・最大のグレー値」をチェック「集積密度」と「平均グレー値」適切な 10 進数の場所、ベストは 2 つまたは 3 つを選択し、クリックして"ok"。</li>
	<li>Mm を取得2ピクセルではなくは、「スケールを設定」コマンドを使用します。画像のスケール バーから計算し、縮尺の設定ダイアログを開き、この距離を定義と単位を入力しやすいまま直径など既知の距離に対応する行を選択しする直線選択ツールを適用します。測定。「分析」と「測定」をクリックしてに戻ります</li>
	<li>新しいウィンドウには、現在のロゼットに関連データが含まれている権利の「結果」が表示されます。この手順は、イメージのすべての植物とし、ctrl キーを押しながら M とすべての新しい植物の面積を初期化します。 注: 非重複の葉より小さい植物のため「自動選択ツール」は簡単かつ迅速に行うため使用できます。葉は、お互いをカバーを開始、すぐに、このツールは信頼できる結果を与えない。</li>
	<li>また、すべての葉を切断し、概要図を取ることができる杖ツールを使用して、方法でそれらを配置します。このメソッドを使用するより多くの植物が必要とする考慮に入れます。</li>
	<li>-「ファイル」を選択「として保存」[結果] ウィンドウとコンピューターのディレクトリに適切なファイル名と場所を生成します。ファイルは Excel 形式で自動的に保存されます。</li>
</ol>7. RNA の準備
<ol><li>すべての条件のための 10 の個々 の植物からの 3 つのサンプルを収穫します。植物の製造元の指示に従って RNA 抽出キットを使用して総 RNA を抽出します。バイオアナライザーを用いた RNA 濃度、純度、および整合性を確認します。RNA は、例えばRNASeq13で qRT PCR や遺伝子発現解析などの下流のアプリケーションに使用できます。</li>
</ol>

<ol>
	<li>Arabidopsis Genome Initiative. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+the+genome+sequence+of+the+flowering+plant+Arabidopsis+thaliana.">Analysis of the genome sequence of the flowering plant Arabidopsis thaliana.</a> Nature. 408 (6814), 796-815 (2000).</li><li>An, G., Watson, B. D., Chiang, C. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transformation+of+Tobacco,+Tomato,+Potato,+and+Arabidopsis+thaliana+Using+a+Binary+Ti+Vector+System.">Transformation of Tobacco, Tomato, Potato, and Arabidopsis thaliana Using a Binary Ti Vector System.</a> Plant Physiology. 81 (1), 301-305 (1986).</li><li>Schiml, S., Fauser, F., Puchta, H., Murata, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Chromosome and Genomic Engineering in Plants: Methods and Protocols. , 111-122 (2016).</li><li>Rivero, L., Sanchez-Serrano, J. J., Salinas, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Arabidopsis Protocols. , 3-25 (2014).</li><li>Ubbens, J. R., Stavness, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Deep+Plant+Phenomics:+A+Deep+Learning+Platform+for+Complex+Plant+Phenotyping+Tasks.">Deep Plant Phenomics: A Deep Learning Platform for Complex Plant Phenotyping Tasks.</a> Frontiers in Plant Science. 8 (1190), (2017).</li><li>Cosgrove, D. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+Suppression+of+Growth+by+Blue+Light:+OCCURRENCE,+TIME+COURSE,+AND+GENERAL+CHARACTERISTICS.">Rapid Suppression of Growth by Blue Light: OCCURRENCE, TIME COURSE, AND GENERAL CHARACTERISTICS.</a> Plant Physiology. 67 (3), 584-590 (1981).</li><li>Seiler, F., Soll, J., B&#246;lter, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparative+Phenotypical+and+Molecular+Analyses+of+Arabidopsis+Grown+under+Fluorescent+and+LED+Light.">Comparative Phenotypical and Molecular Analyses of Arabidopsis Grown under Fluorescent and LED Light.</a> Plants. 6 (2), 24 (2017).</li><li>Janda, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Growth+and+stress+response+in+Arabidopsis+thaliana,+Nicotiana+benthamiana,+Glycine+max,+Solanum+tuberosum+and+Brassica+napus+cultivated+under+polychromatic+LEDs.">Growth and stress response in Arabidopsis thaliana, Nicotiana benthamiana, Glycine max, Solanum tuberosum and Brassica napus cultivated under polychromatic LEDs.</a> Plant Methods. 11 (1), 31 (2015).</li><li>Olle, M., Vir&#353;ile, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+effects+of+light-emitting+diode+lighting+on+greenhouse+plant+growth+and+quality.">The effects of light-emitting diode lighting on greenhouse plant growth and quality.</a> Agricultural and food science. 22 (2), 12 (2013).</li><li>Lin, K. -. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+effects+of+red,+blue,+and+white+light-emitting+diodes+on+the+growth,+development,+and+edible+quality+of+hydroponically+grown+lettuce+(Lactuca+sativa+L.+var.+capitata).">The effects of red, blue, and white light-emitting diodes on the growth, development, and edible quality of hydroponically grown lettuce (Lactuca sativa L. var. capitata).</a> Scientia Horticulturae. 150, 86-91 (2013).</li><li>Castronuovo, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Light+spectrum+affects+growth+and+gas+exchange+of+common+dandelion+and+purple+coneflower+seedlings.">Light spectrum affects growth and gas exchange of common dandelion and purple coneflower seedlings.</a> International Journal of Plant Biology. , (2016).</li><li>Student, <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=THE+PROBABLE+ERROR+OF+A+MEAN.">THE PROBABLE ERROR OF A MEAN.</a> Biometrika. 6 (1), 1-25 (1908).</li><li>Database, J. S. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Essentials+of+Genetics.+RNA-Seq.">Essentials of Genetics. RNA-Seq.</a> JoVE. , (2017).</li><li>Klermund, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=LLM-Domain+B-GATA+Transcription+Factors+Promote+Stomatal+Development+Downstream+of+Light+Signaling+Pathways+in+Arabidopsis+thaliana+Hypocotyls.">LLM-Domain B-GATA Transcription Factors Promote Stomatal Development Downstream of Light Signaling Pathways in Arabidopsis thaliana Hypocotyls.</a> The Plant Cell. 28 (3), 646-660 (2016).</li><li>Annunziata, M. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Getting+back+to+nature:+a+reality+check+for+experiments+in+controlled+environments.">Getting back to nature: a reality check for experiments in controlled environments.</a> J Exp Bot. 68 (16), 4463-4477 (2017).</li><li>Palus, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Japan's+Massive+Indoor+Farm+Produces+10,000+Heads+of+Fresh+Lettuce+Every+Day.">Japan's Massive Indoor Farm Produces 10,000 Heads of Fresh Lettuce Every Day.</a> Smithonian.com. , (2014).</li></ol>

著者が明らかに何もありません。

植物の成長の学習の最初のステップは、希望の条件によると人工気候室を設定です。それぞれのソフトウェア (図 1 a) のプログラム マスクにすべての変数を入力すると、これは簡単です。この手順では、光や温度を変更することで多くの変更を実装できます。温度・湿度・光の条件 (図 2) 実験を台無しから技術的な失敗を防ぐためには常に監視することを確認します。これは、再現性のある結果を得るための重要なポイントです。この設定は多くの変数を提供しています、柔軟に調整することができますが、制限があります。現在使用可能な LED ライトが 100% 日光を模倣できないし、気候室内気候条件は決して完全に何が起こって外15を反映できます。
広く使われていると比較して蛍光灯 LED ライトより多目的なより少ないエネルギーを必要し、事実上ない放熱を表示します。これらの利点は、気候と Led16温室を装備する屋内農業の大規模な産業を主導しています。巨大な成功を考慮した株式会社は、この分野で報告された、LED 技術は確かに多くのより多くのアプリケーションを見つけます。
表現型を観察すると、特に考慮に入れることが重要です葉面積の測定より古い植物の葉 (図 3) の重複です。したがって、全体のロゼットの写実的な評価は、正確に傾向があります。その場合は、すべての葉を切断し、そこから行くよりはるかに正確です。
進展挙動の評価と異なる条件下での生育特に相違点は、十分なサンプル サイズに依存します。本研究では、少なくとも六つの植物は例えば光合成収率 (図 5) 新鮮な重量 (図 7) の定量に使用され、葉面積 (図 8 a) が 30 の個々 の種はように研究の開始時に植えられました。まず、十分な種子が発芽して、第二に、「典型的な」植物の選択を行うことができます。同じ人口、すなわち正確な同じ条件下で同じトレイに 1 つのポットの植物の中でもさまざまな表現型を示した。これは、もちろん反映されます標準偏差で統計分析中に、(図 8 b) 小さい統計エラーが観察されるとき、データの解釈は一般により信頼できます。
いくつかのパラメーター (図 4図 5) PAM による光合成能力の測定を行うことができます。この場合、フォーカスは、PSII 収量例として Y(II) が非光化学消光など、規制および非規制エネルギー散逸又は光の量子収率も決定することが可能。重要なここで葉葉の表面に均等に配分あたり少なくとも 5 AOIs を選択し、別の植物からの少なくとも六つ葉を測定することです。この方法の欠点は、PSI への影響は検出できません。そのため、別の機器が必要です。

シロイヌナズナは、二十年以上のための分子時代の植物研究者のモデル生物をされています。いくつかの特性を作るこの小さな代表アブラナ科の分子遺伝学のための理想的な候補者: 比較的小さいゲノムを有する唯一の 5 つの染色体 (例えばタバコと比較して、24 の染色体を持つ) とそのゲノムは完全に 2000年1で配列されました。シロイヌナズナはアグロバクテリウム感染2で簡単に遺伝子組み換えできるも CRISPR/Ca3など最新の遺伝学的ツールを受けやすい。小さいながらも成長のサイクルが材料の高い金額が必要な生化学実験を可能にする十分な速度です。植物は、寒天や土壌を成長し、液体文化4として栽培されることも。シロイヌナズナは気候制御の戸棚には、例えば、パーシバルから育てることができる気候室や温室。成長挙動を比較して変異体の表現型を分析することができる再現性のある、同じ時間の柔軟な成長条件5を提供するが重要です。演説するべき科学的な問題によって 1 つは同じ温度で異なる光質多様な光強度や光の条件を一定温度の異なる必要があります。光は植物の成長に非常に重要なパラメーターとその影響は多様なアプローチ6でよく勉強しました。再現性と得られたデータの比較可能性を確保するため、安定した出力を確保してを同じ種類の光源を適用することが重要です。
温室および気候室で通常の光源は、ナトリウム蒸気や満足のいく植物の成長を促進するが、いくつかの欠点がある蛍光ランプで構成されます。最初に、彼らは強度だけでなく、品質 (自身の観察) でスペクトルの出力を変更する時間をかけて年齢します。しかし、光の質の変化が見過ごされるが、まだ重大な影響がある、強度だけが継続的に監視通常です。両方のタイプのランプが熱を生成する第二に、高い光強度自体は植物の成長の深遠な生理学的影響があるし、可能性があります任意の光依存効果をマスクします。第三に、これらの光源のスペクトルの出力はかなり自然な日光7とは異なり、不変です。Led の場合、これらのすべての欠点を克服されている)8,9,10,11。彼らは長い寿命を持つ排出量のほとんどを変更、非常に高い輝度でも排熱を生成しない、彼らは非常に柔軟な彼らのスペクトル出力に関する。
ここで赤、青、白色光の別の LED ライトを備えた気象室を設定し、時間をかけて植物の成長のさまざまなパラメーターに従ってくださいする方法を示します。我々 は、新鮮重, 葉面積, 気孔密度および光合成能力を測定します。同時に、統計的評価を正しく設定の重要性を示す.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>Climatic chamber equipped with LED panels</td>
			<td>Rhenac Green Tec AG</td>
			<td></td>
			<td>These chambers are custom made.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Spectrometer&#160;</td>
			<td>OceanOptics</td>
			<td>USB-650</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Imaging PAM</td>
			<td>Walz</td>
			<td>IMAGING-PAM M-Series</td>
			<td>There are several suitable models depending on the broader use.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microscope+ 40x objective</td>
			<td>Leica&#160;</td>
			<td>DM1000</td>
			<td>Other companies also produce suitable microscopes.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Software ImageJ</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>Free download from website</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Plant RNA extraction kit</td>
			<td>Qiagen</td>
			<td>74903</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bioanalyser</td>
			<td>Agilent</td>
			<td>G2939BA</td>
			<td>Needs an additional computer</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

analysis of arabidopsis thaliana growth behavior in different light qualities

植物の生物学者はしばしば選ばれた種の成長挙動を観察する必要があります。このため、植物は一定の環境と安定の光条件があり、別のセットアップの下で研究を行うことができる、好ましくは質と量の変数は必要があります。これらの要件は、気候室蛍光灯-とは対照的異なる波長に設定することができます-光発光ダイオード (LED) 照明の特徴によって満たされます。Led は、エネルギーの節約と、ほとんど多くの場合他の光源の問題を構成する光の強さにも熱を発する。提案するプロトコルは、気象室成長形質の詳細な分析でのいくつかのアプローチを記述すると同様、変数 LED ライト装備をプログラムする方法のステップ バイ ステップ ガイドを提供します。実験のセットアップに応じて成長する植物の様々 な特性は観察および分析できます。ここで我々 は新鮮重, 葉面積, 光合成活性と気孔密度を決定する方法について説明します。我々 は信頼性の高いデータを取得し、統計的評価に個人の十分な数を使用することは必須の有効な結論を描画するためにことを示します。高統計誤差の解析結果のこの種の数が少なすぎる植物を撮影し、その結果、データの少ない明確な解釈。

植物の成長、特に表現型変異植物からの観測と解析は、安定性と再現性のある環境条件に依存します。これらは、気候室で提供できます。光の量、特に品質は批判的に、本研究では LED ライトによって提供された採用光のソースによって異なります。
LED パネルを装備した気候チャンバーの例を図 1に示します。図 1 aは、すべての気候や光条件を調整ことができますコントロール パネルのスクリーン ショットを示しています。24 h 以内 20 別のタイム フレームを設定できます。この例では、16 の光/8 h 暗い長い一日条件がプログラムされています。この部屋では、全く同じ環境条件の下で 4 つの異なる光の設定で植物の成長を学ぶことができるように、個別にプログラムできる 4 つのレベルを備えています。レベルの左上が技術的に可能な限り多くの日光を模倣したスペクトル出力に設定されて、高架の上の正しいレベルを表す赤 (660 nm) と青色光 (440 nm) 白色光 (3 K) を抑えた。左下のレベルは、高架の青い光と低適切なレベル主に赤い光に設定されました。図 1 bは、概要 (中間パネル) とそれぞれズーム アドイン (外側の小さなパネル) として別の設定で Led を示しています。光質の違いが容易に目で見ることができます。
作り付けの分光計は常に測定、モニター、スペクトル出力を調整します。図 2は、太陽の光を模倣するように設定された上部左レベル 1.1 からのスペクトルを示しています。標準的な蛍光電球と比較して紫外線と青色光の部分は、多くの高い7です。
図 3 aの例の植物すべての 4 つの条件 10、13、17 日からそれぞれ後播種が描かれています。すべての植物は三脚にカメラをマウントすることによって同じ距離から撮影しました。スケール バーは、1 cm を表します。10 日後サイズまたは色のあまりの違いが分かるでしょうが、17 日後赤い光の下での速い成長は明らかです。この視覚的な分析に加えていくつかの生理学的解析を行った。
図 4は、例えば光合成能力を分析するを PAM 測定の別の手順に従います。図 4 aの測定値の最適な品質を確保するライブ ビデオのスクリーン ショットが表示フォーカスに植物をもたらすための設定であります。植物全体に着目し、代わりに分析する単一の葉を選択することも 1 つ。図 4 bは、実測が開始される前に現在蛍光収量低植物のフィートを示します。この場合、金利 (AOIs) の 5 つの円形領域が選ばれました。各葵の横にある赤いボックスの番号は直接テーブルの形で保存することも、数値の結果を与えます。光合成パラメーター Fo の測定を開始すると、Fm を設定する必要があります。これを行う後フィートのスクリーン ショットは、図 4で描かれています。"Fo、Fm"ボタンがもうアクティブでないことを確認します。新しい測定を開始するには、「新しいレコード」は以前の正規化を消去するときにクリックしてする必要があります。最後に、図 4は、飽和パルス光 (「土パルス」) を与えた後効果的な PSII 量子収率 Y(II) を示しています。模範的なデータの定量化を図 5に示します。200 μ M/cm2/s1 (図 5 a) で日光の下で育つ植物は、播種後 12、21、28 日をそれぞれ分析しました。我々 のデータは、PSII 収量は 12 日より 3 週間の栽培植物からの葉で有意に高値を示します。28 と 12 日間差がまだかなりが、p 値は高い。図 4 b、異なる光質から 2 週間栽培植物から PSII 収量を比較しました。興味深いことに、青い光の高い部分を含む光の下で永続的な成長は、PSII の大きく収量に します。同様の効果は、豊かな赤い光の下で栽培される植物の観察されたが、増加はやや低めだった。
異なる光質効果気孔開発14に示されていた。したがって、気孔の密度を調べた。図 6色素抽出後の葉がどのように見えるかを示しています。単一の表皮細胞がよく識別することができ、ストーマを簡単に数えることができます。図では、個々 の気孔は、アスタリスクで示されます。別のライトの設定からの植物の気孔密度に関する詳細なデータは9他の場所で見つけることができます。
目視検査 (図 3) に加えて、新鮮な重量は、成長の良い測定を提供します。この例では, 播種後 8、10、12 日後「日光」の下で育つ植物から葉を秤量しました。 されました図 7に、これらのデータの統計的評価を見ることができます。予想通り、新鮮な重量は時間とともに増加します。
新鮮な重量のほかに葉面積は成長の良い対策です。ここでは、植物の成長は、(図 8 a) を播種後 10、13、17 日から続いた。信頼できる統計データを取得する、少なくとも六つの個々 の植物を日常的に行った。高いサンプル サイズの重要性を示すためには、それぞれ 2 つと六つの植物の分析から、平均値のエラー率を求めた (図 8 b)。つまり、平均値に関して標準偏差の割合を求めた。小さなサンプル サイズの場合、エラーは 5-10% の高いサンプル サイズの場合よりも高い非常に明確です。評価される植物の数を増やすことによって、エラーを最小化できるより明確のデータの解釈になります。
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57152/57152fig1.jpg"> 図 1: 異なる光質が Led によって提供されます。A) LED 室内のコントロール パネルからのスクリーン ショット。16 h (右上隅) に日の長さを設定、光強度が 200 µmol cm-2の-1に設定されます。光の質はすべての 4 つのレベル別: 1.1 として技術的に可能な限りの太陽光に似たようなスペクトルを表します、1.2 を表す赤と青波長 (RB) 光の割合が高い、2.1 は主にセットする青 (B)、2.2 表す主に赤光 (R)。B)中央のパネルは、すべてのレベルの概要を示しています。外側のパネルより高いズームで個々 のレベルを表示します。<a href="//cloudflare.jove.com/files/ftp_upload/57152/57152fig1large.jpg" target="_blank">この図の拡大版を表示するのにはここをクリックしてください</a>。
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57152/57152fig2.jpg"> 図 2: 擬似太陽光設定から波長スペクトル。LED 室内の作り付けの分析計からのスクリーン ショットが表示されます、レベル 1.1 で置かれました。<a href="//cloudflare.jove.com/files/ftp_upload/57152/57152fig2large.jpg" target="_blank">この図の拡大版を表示するのにはここをクリックしてください</a>。
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57152/57152fig3.jpg"> 図 3: 植物の一週間以上発生します。10、13、17 の DAS からすべての 4 つの光条件から代表シロイヌナズナの植物します。植物は、三脚にデジタル一眼レフ カメラで撮影されました。スケール バーは、すべてのイメージの 1 cm を表します。<a href="//cloudflare.jove.com/files/ftp_upload/57152/57152fig3large.jpg" target="_blank">この図の拡大版を表示するのにはここをクリックしてください</a>。
<img alt="Figure 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57152/57152fig4.jpg"> 図 4: スクリーン ショットシロイヌナズナ植物の PAM 測定の代表的な手順を実行からします。A)イメージのフォーカスを調整することができます「ライブ映像」ビューからのスクリーン ショット。B)任意の光パルスのアプリケーションの前に現在の蛍光収率フィート。C) Fo/施設の設定後の現在の蛍光収率 Ft D)飽和パルス光を設定した後差押 PSII 量子収率。<a href="//cloudflare.jove.com/files/ftp_upload/57152/57152fig4large.jpg" target="_blank">この図の拡大版を表示するのにはここをクリックしてください</a>。
<img alt="Figure 5" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57152/57152fig5.jpg"> 図 5: 影響を及ぼす PSII 量子収率 (YII) のグラフィカルな表現です。A)データから植物の播種後 12、21、28 日、栽培下で 200 µmol/cm2/s1模擬太陽光の下で (「日光」) PAM 分析にさらされた統計的な評価。5 つの工場と 1 日あたり 5 AOIs の平均値は、示されています。1 つのアスタリスクを示す p 値と有意差 < 0.05 日 12、および 2 つのアスタリスクを示す p 値と非常に大きな違いと比較されたとき < 学生の t テストによると 0.02。B)ブルー 200 µmol/cm2 /s1模擬日光 (SL) の下で豊かに育つ植物 (B) または赤 (R) からのデータ光、それぞれ、統計学的に評価しました。5 つの工場と 1 日あたり 5 AOIs の平均値は、示されています。「日光」と比較して有意差を求めた
<img alt="Figure 6" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57152/57152fig6.jpg"> 図 6:シロイヌナズナの葉の背軸側に気孔の代表的なイメージです。葉は上記のように準備、40 倍の倍率で DIC の設定で光学顕微鏡の下で視覚的に分析しました。気孔は、1 つの条件の少なくとも 4 葉の可視領域にカウントされます。顕微鏡 tubus に接続されたデジタル カメラで撮影されました。スケール バーの助けを借りて ² あたり気孔の数が計算されます。星を単一ストーマを示します。スケール バーを表します 200 μ m.<a href="//cloudflare.jove.com/files/ftp_upload/57152/57152fig6large.jpg" target="_blank">この図の拡大版を表示するのにはここをクリックしてください</a>。
<img alt="Figure 7" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57152/57152fig7.jpg"> 図 7:シロイヌナズナの栽培で新鮮な重量のグラフィカルな表現をシミュレート日光/200 µmol/cm2/s1.ロゼット葉は播種後 10、そして 12 日 8、植物からカットされました。Mg の 1 日あたりの六つの植物からの平均値で表されます。<a href="//cloudflare.jove.com/files/ftp_upload/57152/57152fig7large.jpg" target="_blank">この図の拡大版を表示するのにはここをクリックしてください</a>。
<img alt="Figure 8" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57152/57152fig8.jpg"> 図 8:シロイヌナズナ葉面積異なる光条件下で栽培した植物からの統計的評価します。A)シロイヌナズナ 10、13、17 日の成長から葉面積は ImageJ とnからデータをグラフィカルに決定された 6 = 植物が統計学的に評価しました。各条件からすべての六つのロゼットから葉面積は総括され、平均値を取得する 6 で割った値します。この値は、標準偏差を求めたと誤差の範囲で表されます。B)葉面積は ImageJ といずれかのnからデータをグラフィカルに決定された 2 またはn = 6 の植物をそれぞれ = パネル A のとおり統計的に分析しました。平均値の % でエラーが計算し、グラフィカルに描かれているか。緑のバーにnの分析からパーセント エラー表示 = 6、 nからバーを青 = 2 つの植物。<a href="//cloudflare.jove.com/files/ftp_upload/57152/57152fig8large.jpg" target="_blank">この図の拡大版を表示するのにはここをクリックしてください</a>。

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異なる光質におけるシロイヌナズナの成長挙動の解析 |生物学 |ビデオ

Analysis of Arabidopsis thaliana Growth Behavior in Different Light Qualities

ここでは、再現可能な方法で植物成長挙動と特に表現を勉強するためのプロトコルを提案する.変数と同じ時間安定した光の条件で提供する方法を示します。適切な分析は、十分なサンプル数と有効な統計的評価によって異なります。

異なる光質におけるシロイヌナズナ成長挙動の解析

Plant biologists often need to observe the growth behavior of their chosen species. To this end, the plants need constant environmental and stable light ...

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Analysis of Arabidopsis thaliana Growth Behavior in Different Light Qualities

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18.8K ビュー.  Ludwig-Maximilians-Universität. ここでは、再現可能な方法で植物成長挙動と特に表現を勉強するためのプロトコルを提案する.変数と同じ時間安定した光の条件で提供する方法を示します。適切な分析は、十分なサンプル数と有効な統計的評価によって異なります。

ビデオ: Analysis of Arabidopsis thaliana Growth Behavior in Different Light Qualities

Application of Light-cured Dental Adhesive Resin for Mounting Electrodes or Microdialysis Probes in Chronic Experiments

In chronic recording experiments, self-curing dental acrylic resins have been used as a mounting base of electrodes or microdialysis-probes. Since these acrylics do not bond to the bone, screws have been used as anchors. However, in small experimental animals like finches or mouse, their craniums are very fragile and can not successfully hold the anchors. In this report, we propose a new application of light-curing dental resins for mounting base of electrodes or microdialysis probes in chronic experiments. This material allows direct bonding to the cranium. Therefore, anchor screws are not required and surgical field can be reduced considerably. Past experiences show that the bonding effect maintains more than 2 months. Conventional resin's window of time when the materials are pliable and workable is a few minutes. However, the window of working time for these dental adhesives is significantly wider and adjustable.

In this report, we propose a new application of light-curing dental resins for mounting base of electrodes or microdialysis probes in chronic experiments. This material allows direct bonding to the cranium.

慢性実験における実装電極やマイクロダイアリシスプローブ用光重合型歯科用接着性レジンの応用

In chronic recording experiments, self-curing dental acrylic resins have been used as a mounting base of electrodes or microdialysis-probes. Since these ...

生物学

Isolation of Protoplasts from Tissues of 14-day-old Seedlings of Arabidopsis thaliana

Protoplasts are plant cells that have had their cell walls enzymatically removed. Isolation of protoplasts from different plant tissues was first reported more than 40 years ago 1 and has since been adapted to study a variety of cellular processes, such as subcellular localization of proteins, isolation of intact organelles and targeted gene-inactivation by double stranded RNA interference (RNAi) 2-5. Most of the protoplast isolation protocols use leaf tissues of mature Arabidopsis (e.g. 35-day-old plants) 2-4. We modified existing protocols by employing 14-day-old Arabidopsis seedlings. In this procedure, one gram of 14-day-old seedlings yielded 5 106-107 protoplasts that remain intact at least 96 hours. The yield of protoplasts from seedlings is comparable with preparations from leaves of mature Arabidopsis, but instead of 35-36 days, isolation of protoplasts is completed in 15 days. This allows decreasing the time and growth chamber space that are required for isolating protoplasts when mature plants are used, and expedites the downstream studies that require intact protoplasts.

Isolation of Protoplasts from Tissues of 14-day-old Seedlings of Arabidopsis thaliana

This video shows a procedure for isolating intact protoplasts from tissues of 14-day-old seedlings of Arabidopsis. Given that the isolated protoplasts remain intact for at least 96h and are isolated from seedlings instead of one-month-old mature plants, this procedure expedites assays requiring intact protoplasts.

の14日齢の苗の組織からのプロトプラストの単離シロイヌナズナ</em

Protoplasts are plant cells that have had their cell walls enzymatically removed. Isolation of protoplasts  from different plant tissues was first ...

Investigating Tissue- and Organ-specific Phytochrome Responses using FACS-assisted Cell-type Specific Expression Profiling in Arabidopsis thaliana

Light mediates an array of developmental and adaptive processes throughout the life cycle of a plant. Plants utilize light-absorbing molecules called photoreceptors to sense and adapt to light. The red/far-red light-absorbing phytochrome photoreceptors have been studied extensively. Phytochromes exist as a family of proteins with distinct and overlapping functions in all higher plant systems in which they have been studied1. Phytochrome-mediated light responses, which range from seed germination through flowering and senescence, are often localized to specific plant tissues or organs2. Despite the discovery and elucidation of individual and redundant phytochrome functions through mutational analyses, conclusive reports on distinct sites of photoperception and the molecular mechanisms of localized pools of phytochromes that mediate spatial-specific phytochrome responses are limited. We designed experiments based on the hypotheses that specific sites of phytochrome photoperception regulate tissue- and organ-specific aspects of photomorphogenesis, and that localized phytochrome pools engage distinct subsets of downstream target genes in cell-to-cell signaling. We developed a biochemical approach to selectively reduce functional phytochromes in an organ- or tissue-specific manner within transgenic plants. Our studies are based on a bipartite enhancer-trap approach that results in transactivation of the expression of a gene under control of the Upstream Activation Sequence (UAS) element by the transcriptional activator GAL43. The biliverdin reductase (BVR) gene under the control of the UAS is silently maintained in the absence of GAL4 transactivation in the UAS-BVR parent4. Genetic crosses between a UAS-BVR transgenic line and a GAL4-GFP enhancer trap line result in specific expression of the BVR gene in cells marked by GFP expression4. BVR accumulation in Arabidopsis plants results in phytochrome chromophore deficiency in planta5-7. Thus, transgenic plants that we have produced exhibit GAL4-dependent activation of the BVR gene, resulting in the biochemical inactivation of phytochrome, as well as GAL4-dependent GFP expression. Photobiological and molecular genetic analyses of BVR transgenic lines are yielding insight into tissue- and organ-specific phytochrome-mediated responses that have been associated with corresponding sites of photoperception4, 7, 8. Fluorescence Activated Cell Sorting (FACS) of GFP-positive, enhancer-trap-induced BVR-expressing plant protoplasts coupled with cell-type-specific gene expression profiling through microarray analysis is being used to identify putative downstream target genes involved in mediating spatial-specific phytochrome responses. This research is expanding our understanding of sites of light perception, the mechanisms through which various tissues or organs cooperate in light-regulated plant growth and development, and advancing the molecular dissection of complex phytochrome-mediated cell-to-cell signaling cascades.

Investigating Tissue- and Organ-specific Phytochrome Responses using FACS-assisted Cell-type Specific Expression Profiling in Arabidopsis thaliana

The molecular basis of spatial-specific phytochrome responses is being investigated using transgenic plants that exhibit tissue- and organ-specific phytochrome deficiencies. The isolation of specific cells exhibiting induced phytochrome chromophore depletion by Fluorescence-Activated Cell Sorting followed by microarray analyses is being utilized to identify genes involved in spatial-specific phytochrome responses.

でFACSアシスト細胞型特異的発現プロファイリングを使用して組織と器官特異フィトクロム応答を調査シロイヌナズナ</em

Light mediates an array of developmental and adaptive processes throughout the life cycle of a plant. Plants utilize light-absorbing molecules called ...

Video Bioinformatics Analysis of Human Embryonic Stem Cell Colony Growth

Because video data are complex and are comprised of many images, mining information from video material is difficult to do without the aid of computer software.  Video bioinformatics is a powerful quantitative approach for extracting spatio-temporal data from video images using computer software to perform dating mining and analysis. In this article, we introduce a video bioinformatics method for quantifying the growth of human embryonic stem cells (hESC) by analyzing time-lapse videos collected in a Nikon BioStation CT incubator equipped with a camera for video imaging. In our experiments, hESC colonies that were attached to Matrigel were filmed for 48 hours in the BioStation CT.  To determine the rate of growth of these colonies, recipes were developed using CL-Quant software which enables users to extract various types of data from video images.  To accurately evaluate colony growth, three recipes were created. The first segmented the image into the colony and background, the second enhanced the image to define colonies throughout the video sequence accurately, and the third measured the number of pixels in the colony over time.  The three recipes were run in sequence on video data collected in a BioStation CT to analyze the rate of growth of individual hESC colonies over 48 hours. To verify the truthfulness of the CL-Quant recipes, the same data were analyzed manually using Adobe Photoshop software. When the data obtained using the CL-Quant recipes and Photoshop were compared, results were virtually identical, indicating the CL-Quant recipes were truthful. The method described here could be applied to any video data to measure growth rates of hESC or other cells that grow in colonies. In addition, other video bioinformatics recipes can be developed in the future for other cell processes such as migration, apoptosis, and cell adhesion.  

Video bioinformatics is the automated processing, analysis, understanding, and data mining of biological spatio-temporal data extracted from microscopic videos. The purpose of this article is to demonstrate a method for measuring human embryonic stem cell colony growth using a video bioinformatics method.

ヒト胚性幹細胞のコロニーの成長のビデオバイオインフォマティクス解析

Because video data are complex and are comprised of many images, mining information from video material is difficult to do without the aid of computer ...

Floral-dip Transformation of Arabidopsis thaliana to Examine pTSO2::&beta;-glucuronidase Reporter Gene Expression

The ability to introduce foreign genes into an organism is the foundation for modern biology and biotechnology. In the model flowering plant Arabidopsis thaliana, the floral-dip transformation method1-2 has replaced all previous methods because of its simplicity, efficiency, and low cost. Specifically, shoots of young flowering Arabidopsis plants are dipped in a solution of Agrobacterium tumefaciens carrying specific plasmid constructs. After dipping, the plants are returned to normal growth and yield seeds, a small percentage of which are transformed with the foreign gene and can be selected for on medium containing antibiotics. This floral-dip method significantly facilitated Arabidopsis research and contributed greatly to our understanding of plant gene function. In this study, we use the floral-dip method to transform a reporter gene, &beta;-glucuronidase (GUS), under the control of TSO2 promoter. TSO2, coding for the Ribonucleotide Reductase (RNR) small subunit3, is a cell cycle regulated gene essential for dNDP biosynthesis in the S-phase of the cell cycle. Examination of GUS expression in transgenic Arabidopsis seedlings shows that TSO2 is expressed in actively dividing tissues. The reported experimental method and materials can be easily adapted not only for research but also for education at high school and college levels.

Floral-dip Transformation of Arabidopsis thaliana to Examine pTSO2::&#946;-glucuronidase Reporter Gene Expression

This article illustrates the floral-dip method of Agrobacterium tumefaciens -mediated transformation of Arabidopsis thaliana. By introducing a cell-cycle regulated promoter-reporter, pTSO2::&beta;-glucuronidase (GUS), into Arabidopsis, we illustrates how one detects GUS reporter expression in transgenic seedlings.

フローラルディップ変換のシロイヌナズナ調べに pTSO2：：β-グルクロニダーゼレポーター遺伝子発現

The ability to introduce foreign genes into an organism is the foundation for modern biology and biotechnology. In the model flowering plant Arabidopsis ...

Arabidopsis thaliana Polar Glycerolipid Profiling by Thin Layer Chromatography (TLC) Coupled with Gas-Liquid Chromatography (GLC)

Biological membranes separate cells from the environment. From a single cell to multicellular plants and animals, glycerolipids, such as phosphatidylcholine or phosphatidylethanolamine, form bilayer membranes which act as both boundaries and interfaces for chemical exchange between cells and their surroundings. Unlike animals, plant cells have a special organelle for photosynthesis, the chloroplast. The intricate membrane system of the chloroplast contains unique glycerolipids, namely glycolipids lacking phosphorus: monogalactosyldiacylglycerol (MGDG), digalactosyldiacylglycerol (DGDG), sulfoquinovosyldiacylglycerol (SQDG)4. The roles of these lipids are beyond simply structural. These glycolipids and other glycerolipids were found in the crystal structures of photosystem I and II indicating the involvement of glycerolipids in photosynthesis8,11. During phosphate starvation, DGDG is transferred to extraplastidic membranes to compensate the loss of phospholipids9,12.
Much of our knowledge of the biosynthesis and function of these lipids has been derived from a combination of genetic and biochemical studies with Arabidopsis thaliana14. During these studies, a simple procedure for the analysis of polar lipids has been essential for the screening and analysis of lipid mutants and will be outlined in detail. A leaf lipid extract is first separated by thin layer chromatography (TLC) and glycerolipids are stained reversibly with iodine vapor. The individual lipids are scraped from the TLC plate and converted to fatty acyl methylesters (FAMEs), which are analyzed by gas-liquid chromatography coupled with flame ionization detection (FID-GLC) (Figure 1). This method has been proven to be a reliable tool for mutant screening. For example, the tgd1,2,3,4 endoplasmic reticulum-to-plastid lipid trafficking mutants were discovered based on the accumulation of an abnormal galactoglycerolipid: trigalactosyldiacylglycerol (TGDG) and a decrease in the relative amount of 18:3 (carbons : double bonds) fatty acyl groups in membrane lipids 3,13,18,20. This method is also applicable for determining enzymatic activities of proteins using lipids as substrate6.

Arabidopsis thaliana Polar Glycerolipid Profiling by Thin Layer Chromatography TLC Coupled with Gas-Liquid Chromatography GLC

Composition of polar lipid extracts and the fatty acid composition of individual glycerolipids are determined in a simple and robust lipid profiling experiment. For this purpose, glycerolipids are isolated by thin layer chromatography and subjected to transmethylation of their acyl groups. Fatty acyl methylesters are quantified by gas-liquid chromatography.

気-液クロマトグラフィー（GLC）とあいまって薄層クロマトグラフィー（TLC）によりシロイヌナズナポーラーグリセロ脂質プロファイリング

Biological membranes separate cells from the environment. From a single cell to multicellular plants and animals, glycerolipids, such as ...

Efficient and Rapid Isolation of Early-stage Embryos from Arabidopsis thaliana Seeds

In flowering plants, the embryo develops within a nourishing tissue - the endosperm - surrounded by the maternal seed integuments (or seed coat). As a consequence, the isolation of plant embryos at early stages (1 cell to globular stage) is technically challenging due to their relative inaccessibility. Efficient manual dissection at early stages is strongly impaired by the small size of young Arabidopsis seeds and the adhesiveness of the embryo to the surrounding tissues. Here, we describe a method that allows the efficient isolation of young Arabidopsis embryos, yielding up to 40 embryos in 1 hr to 4 hr, depending on the downstream application. Embryos are released into isolation buffer by slightly crushing 250-750 seeds with a plastic pestle in an Eppendorf tube. A glass microcapillary attached to either a standard laboratory pipette (via a rubber tube) or a hydraulically controlled microinjector is used to collect embryos from droplets placed on a multi-well slide on an inverted light microscope. The technical skills required are simple and easily transferable, and the basic setup does not require costly equipment. Collected embryos are suitable for a variety of downstream applications such as RT-PCR, RNA sequencing, DNA methylation analyses, fluorescence in situ hybridization (FISH), immunostaining, and reporter gene assays.

Efficient and Rapid Isolation of Early-stage Embryos from Arabidopsis thaliana Seeds

We report an efficient and simple method to isolate embryos at early stages of development from Arabidopsis thaliana seeds. Up to 40 embryos can be isolated in 1 hr to 4 hr, depending on the downstream application. The procedure is suitable for transcriptome, DNA methylation, reporter gene expression, immunostaining and fluorescence in situ hybridization analyses.

から初期段階の胚の効率的かつ迅速な単離<em&gt;シロイヌナズナ</em&gt;種子

In flowering plants, the embryo develops within a nourishing tissue - the endosperm - surrounded by the maternal seed integuments (or seed coat). As a ...

Metabolic Labeling and Membrane Fractionation for Comparative Proteomic Analysis of Arabidopsis thaliana Suspension Cell Cultures

Plasma membrane microdomains are features based on the physical properties of the lipid and sterol environment and have particular roles in signaling processes. Extracting sterol-enriched membrane microdomains from plant cells for proteomic analysis is a difficult task mainly due to multiple preparation steps and sources for contaminations from other cellular compartments. The plasma membrane constitutes only about 5-20% of all the membranes in a plant cell, and therefore isolation of highly purified plasma membrane fraction is challenging. A frequently used method involves aqueous two-phase partitioning in polyethylene glycol and dextran, which yields plasma membrane vesicles with a purity of 95% 1. Sterol-rich membrane microdomains within the plasma membrane are insoluble upon treatment with cold nonionic detergents at alkaline pH. This detergent-resistant membrane fraction can be separated from the bulk plasma membrane by ultracentrifugation in a sucrose gradient 2. Subsequently, proteins can be extracted from the low density band of the sucrose gradient by methanol/chloroform precipitation. Extracted protein will then be trypsin digested, desalted and finally analyzed by LC-MS/MS. Our extraction protocol for sterol-rich microdomains is optimized for the preparation of clean detergent-resistant membrane fractions from Arabidopsis thaliana cell cultures.
We use full metabolic labeling of Arabidopsis thaliana suspension cell cultures with K15NO3 as the only nitrogen source for quantitative comparative proteomic studies following biological treatment of interest 3. By mixing equal ratios of labeled and unlabeled cell cultures for joint protein extraction the influence of preparation steps on final quantitative result is kept at a minimum. Also loss of material during extraction will affect both control and treatment samples in the same way, and therefore the ratio of light and heave peptide will remain constant. In the proposed method either labeled or unlabeled cell culture undergoes a biological treatment, while the other serves as control 4.

Metabolic Labeling and Membrane Fractionation for Comparative Proteomic Analysis of Arabidopsis thaliana Suspension Cell Cultures

Here we describe a robust method for the fractionation of plant plasma membranes into detergent resistant and detergent soluble membranes based on a mixture of unlabeled and in vivo fully 15N labeled Arabidopsis thaliana cell cultures. The procedure is applied for comparative proteomic studies to understand signaling processes.

比較プロテオーム解析のための代謝標識および膜分画<em&gt;シロイヌナズナ</em&gt;サスペンション細胞培養

Plasma membrane microdomains are features based on the physical properties of the lipid and sterol environment and have particular roles in signaling ...

A Seed Coat Bedding Assay to Genetically Explore In Vitro How the Endosperm Controls Seed Germination in Arabidopsis thaliana

The Arabidopsis endosperm consists of a single cell layer surrounding the mature embryo and playing an essential role to prevent the germination of dormant seeds or that of nondormant seeds irradiated by a far red (FR) light pulse. In order to further gain insight into the molecular genetic mechanisms underlying the germination repressive activity exerted by the endosperm, a &#34;seed coat bedding&#34; assay (SCBA) was devised. The SCBA is a dissection procedure physically separating seed coats and embryos from seeds, which allows monitoring the growth of embryos on an underlying layer of seed coats. Remarkably, the SCBA reconstitutes the germination repressive activities of the seed coat in the context of seed dormancy and FR-dependent control of seed germination. Since the SCBA allows the combinatorial use of dormant, nondormant and genetically modified seed coat and embryonic materials, the genetic pathways controlling germination and specifically operating in the endosperm and embryo can be dissected. Here we detail the procedure to assemble a SCBA.

A Seed Coat Bedding Assay to Genetically Explore In Vitro How the Endosperm Controls Seed Germination in Arabidopsis thaliana

We present the procedure to assemble a seed coat bedding assay (SCBA) from Arabidopsis thaliana seeds. The SCBA was shown to be a powerful tool to explore genetically and in vitro how the endosperm controls seed germination in dormant seeds and in response to light cues. The SCBA is in principle applicable under any situation where the endosperm is suspected to influence embryonic growth.

遺伝的に探索するために種皮寝具アッセイ<em&gt;体外</em&gt;どのように胚乳コントロール種子発芽<em&gt;シロイヌナズナ</em

The Arabidopsis endosperm consists of a single cell layer surrounding the mature embryo and playing an essential role to prevent the germination of ...

Histochemical Staining of Arabidopsis thaliana Secondary Cell Wall Elements

Arabidopsis thaliana is a model organism commonly used to understand and manipulate various cellular processes in plants, and it has been used extensively in the study of secondary cell wall formation. Secondary cell wall deposition occurs after the primary cell wall is laid down, a process carried out exclusively by specialized cells such as those forming vessel and fiber tissues. Most secondary cell walls are composed of cellulose (40&#8211;50%), hemicellulose (25&#8211;30%), and lignin (20&#8211;30%). Several mutations affecting secondary cell wall biosynthesis have been isolated, and the corresponding mutants may or may not exhibit obvious biochemical composition changes or visual phenotypes since these mutations could be masked by compensatory responses. Staining procedures have historically been used to show differences on a cellular basis. These methods are exclusively visual means of analysis; nevertheless their role in rapid and critical analysis is of great importance. Congo red and calcofluor white are stains used to detect polysaccharides, whereas M&#228;ule and phloroglucinol are commonly used to determine differences in lignin, and toluidine blue O is used to differentially stain polysaccharides and lignin. The seemingly simple techniques of sectioning, staining, and imaging can be a challenge for beginners. Starting with sample preparation using the A. thaliana model, this study details the protocols of a variety of staining methodologies that can be easily implemented for observation of cell and tissue organization in secondary cell walls of plants.

Histochemical Staining of Arabidopsis thaliana Secondary Cell Wall Elements

Plant cell wall composition varies between tissue types and can include lignin, cellulose, hemicelluloses, and pectin. Various staining techniques have been developed to visualize differences at the cell-type level. This paper is a compilation of commonly used cell wall staining techniques.

の組織化学的染色<em&gt;シロイヌナズナ</em&gt;二次細胞壁の要素

Arabidopsis thaliana is a model organism commonly used to understand and manipulate various cellular processes in plants, and it has been used extensively ...

異なる光質におけるシロイヌナズナ成長挙動の解析

要約

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慢性実験における実装電極やマイクロダイアリシスプローブ用光重合型歯科用接着性レジンの応用

の14日齢の苗の組織からのプロトプラストの単離シロイヌナズナ

でFACSアシスト細胞型特異的発現プロファイリングを使用して組織と器官特異フィトクロム応答を調査シロイヌナズナ

ヒト胚性幹細胞のコロニーの成長のビデオバイオインフォマティクス解析

フローラルディップ変換のシロイヌナズナ調べに pTSO2：：β-グルクロニダーゼレポーター遺伝子発現

気-液クロマトグラフィー（GLC）とあいまって薄層クロマトグラフィー（TLC）によりシロイヌナズナポーラーグリセロ脂質プロファイリング

から初期段階の胚の効率的かつ迅速な単離

比較プロテオーム解析のための代謝標識および膜分画

遺伝的に探索するために種皮寝具アッセイ

の組織化学的染色