진핵생물에서 염색질은 압축 수준에 따라 두 가지 주요 형태, 즉 유크로마틴(euchromatin)과 이염색질(heterochromatin)로 존재한다는 것을 기억하십시오.

헤테로크로마틴은 구성적 헤테로크로마틴(constitutive heterochromatin)과 통성 헤테로크로마틴(facultative heterochromatin)으로 더 나뉩니다.

구성적 헤테로크로마틴(Constitutive heterochromatin)은 반복이 풍부하고, 유전자가 부족하며, 고도로 조밀화된 영역입니다. 현미경으로 보면 구성적 이염색질(inspecterochromatin)은 어둡게 염색된 것처럼 보이는데, 이는 압축으로 인해 DNA 결합 염료를 더 많이 흡수할 수 있기 때문입니다.

메틸화 된 히스톤 꼬리는 구성적 헤테로 크로마틴을 특징으로합니다. 메틸화는 히스톤과 DNA 사이의 친화력을 증가시켜 염색질 압축을 증가시키고 DNA에 대한 접근을 억제합니다.

메틸화된 히스톤은 또한 헤테로크로마틴 단백질 1(Heterochromatin Protein 1)이라고 하는 비히스톤 단백질에 의해 결합되어 염색질 압축 및 구성적 헤테로크로마틴의 확산을 촉진합니다.

Facultative heterochromatin은 반복이 부족하고 유전자가 없는 영역입니다. 현미경 아래에서도 더 높은 압축으로 인해 어둡게 얼룩진 것처럼 보입니다. 통성 헤테로크로마틴(facultative heterochromatin)과 구성적 헤테로크로마틴(constitutive heterochromatin)의 주요 차이점은 통성 헤테로크로마틴 영역에 포함된 유전자가 유연하다는 것입니다.

예를 들어, 한 세포에서는 facultative heterochromatin의 유전자가 억제될 수 있는 반면, 다른 세포에서는 동일한 유전자 자리에 있는 유전자가 발현될 수 있으며 facultative 상태로 저장되지 않을 수 있습니다.

통성 헤테로크로마틴 영역은 종종 폴리콤 억제 복합체 2(Polycomb repressive complex 2)라는 비히스톤 단백질에 결합되어 있으며, 이 단백질은 H3 히스톤을 디메틸화하거나 트리메틸화하여 전사 억제에 기여할 수 있습니다.

암컷 포유류의 X-염색체 불활성화는 통성 이염색질의 한 예입니다. 포유류 암컷은 두 개의 X 염색체를 가지고 있고 수컷은 하나만 가지고 있습니다.

암컷의 X 염색체 중 하나는 고도로 응축된 이염색질로 구성되어 있어 해당 염색체에 존재하는 모든 유전자를 억제합니다. 이것은 남성과 여성의 X-염색체에 있는 유전자가 동일한 수준에서 발현되도록 합니다. 현미경으로 보면 이 비활성화된 X 염색체는 핵 주변부에 있는 조밀하고 짙게 염색된 반점인 바체(Barr body)로 나타납니다.