이 작품은 RS로 NIH 보조금 5R01CA100750 - 07, 5R01CA125541 - 04, 3R01CA125541 - 03S1, 5R01CA129501 - 03, 3R01CA129501 - 02S1에 의해 지원되었다

1. 대학 임상 연구 프로토콜 : <ol><li> 두 대학의 프로토콜이 사업의 목적을 위해 개발되었습니다. 첫 번째 프로토콜은 폐암, 식도 암, carcinoid 종양, thymoma, 그리고 mesothelioma 환자에서 조직의 미래 조달을 허용합니다. 프로토콜은 또한 혈액과 체액이 묻어가 biomarker 연구에 대한 환자에서 수집한 수 있습니다. 프로토콜 차트 추상과 표본 및 보호 데이터베이스의 임상 데이터를 모두 저장을 통해 이러한 표본의 환자 소스로부터 임상 정보를 얻기 위해 연구자 수 있습니다. </li><li> 두 번째 프로토콜은 연구자가 환자의 암 진단 및 치료 과정 중에 얻은 이전 틀었 조직 및 기타 샘플을 이용할 수 있습니다 점을 제외하고 첫 번째와 비슷합니다. 시카고 대학에서 수술에 동의하고이 프로토콜을 체결 사람 환자가 혜택을받을 수 있습니다. </li></ol> 2. 임상 데이터 수집 프로토콜 : <ol><li> 앞서 언급한 malignancies의 치료를위한 시카고 의료 센터의 대학에서 볼되고 환자는이 프로토콜에 포함되었다. </li><li> 적격 환자들은 치료 종양학에 의해 확인되었으며 두 프로토콜의 훈련 임상 팀의 일원으로 동의했다. </li><li> 일단 동의 환자의 의료 기록 정보는 차트 추상화를 통해 얻은 및 임상 지원팀의 일원에 의해 데이터베이스에 입력되었습니다. </li></ol> 3. 표본 수집 프로토콜 : 조직 샘플 <ol><li> 생검이나 수술을 통해 환자의 표준 임상 치료하는 동안 얻은 알려진 또는 의심되는 강한 악의를 포함하는 조직이 프로토콜에 포함되었다. 환자의 진단 검사 결과에 필요한 있었는지 이외의 추가적인 조직은, 얻은 않았다. </li><li> 영구 섹션의 준비에 필요한 샘플의 외과 제거 후 잔여 조직은 얼음에 배치되었다. </li><li> 조직 조달 기술자 병리 부서에 얼음에 잔류 샘플을 운반. </li><li> 잔여 조직은 측정 스토리지 전송, 표시, 그리고 제대로 표준 운영 절차에 따라 문서화, 무게했다. </li><li> 표본의 장기 보관은 병리 부서에서 -80 ° C 냉동고에 보관했다. </li><li> 이미 흉부 강한 악의에 대한 수술을 겪었던 환자의 조직 샘플에 액세스하기 위해서는, 외과 및 방사선 oncologists를 공동으로 유지 환자의 목록은 참조했다. 이러한 방식에 대한 관심의 환자가 확인되었습니다. 동의를 얻을 경우 그들의 종양 조직 샘플은 병리의학과에서 검색 수 있습니다. </li></ol> 혈액 샘플 <ol start="7"><li> 임상 표시된 혈액 그리는 동안, 프로토콜은 5 ML 그린 ​​톱 (헤파린) 튜브에 혈액의 추가 2-6 튜브에 허용되는 한 10mL 자주색 튜브 (EDTA (에틸렌 다이아 민 테트라 초산) germline DNA) 한 10 ML 레드 톱 (세럼) 튜브 혈액. </li><li> 최대 다른 시간 지점 여섯 샘플에이 혈액의 날짜 주석 그릴과 함께 찍은. </li><li> 혈액 샘플은 10 분 동안 2,000 rpm으로 centrifuged했다. </li><li> 플라즈마 및 혈청 요소는 1 ML의 일부에 cryovial 튜브에 aliquoted되었습니다. </li><li> 백혈구의 수집은 인터페이스 / 적혈구 세포 분획의 위쪽 1-2 ML은 세포 보존 매체 1-2 ML (멤 EBS 미디어 + 10% 태아 칼 혈청 + 5% DMSO)와 resuspended되었습니다. </li><li> 모든 샘플은 70-80에서 이소 프로필 냉동 상자에서 천천히 냉동 중이 ° 후 -80 ° C 보관 상자에 -70 ° C로 전송 16~24시간를위한 C. </li><li> 모든 샘플은 바 코드의 고유 식별자로 표시하고 적절하게 실험실 기술자에 의해 샘플 구매 형식으로 문서화되었습니다. </li></ol> 기타 체액 : <ol start="14"><li> 임상 사용하기 위해 수집되지 유체는이 프로토콜에 따라 수집 및 저장 수 있습니다. 가래 샘플이 수집 세포학에 대한 전송되었습니다. 가래 샘플은 4 얼음에 저장되어 ° C가 전송되는 동안. </li><li> 가래 샘플은 다음 15 ML 팰컨 튜브로 전송하고 10 분 동안 1,400 rpm으로 centrifuged했다. </li><li> 뜨는은 6mL cyrovials 4 ML 부분에 aliquoted되었습니다. Cyrovials는 드라이 아이스, 또는 후 -80에 -70 ° C에 냉동 수 이소 프로필 냉동 박스 ° C.에 냉동실에 배치했다 16~24시간 후, 샘플은 -80 ° C 보관 상자에 -70 ° C로 전송되었습니다. </li><li> 모든 샘플은 바 코드의 고유 식별자로 표시하고 적절하게 실험실 기술자에 의해 샘플 구매 형식으로 문서화되었습니다. </li></ol> 4. 정보학 인프라 구축 : <ol><li> 데이터베이스 관리 프로그램의 번호를 평가 후, 마이크로 소프트 액세스에서 흉부를위한 집 임상 및 실험실 데이터를 프로그램으로 선정되었습니다그 운용성 및 데이터 관련 세트를 연결하는 능력에 따라 cology 프로그램 데이터베이스 프로젝트. </li><li> 임상, 기초 과학 연구자, biostatistician 및 생물 정보학 전문가의 팀은이 데이터베이스 내에서 캡처에 관심이 변수를 식별하기 위해 소집되었다. </li><li> 팀은 흉부 종양학 연구자의 필요에 따라, 국립 암 연구소 공통 데이터 요소 (CDEs)를 관련된 설정 기준을 참조 환자 인구 통계, 암 특성, 역학 요인, 그리고 표본의 주석에 관련 데이터 요소를 식별. </li><li> 이 팀은 연구 목적으로 데이터 analyzable 수 있도록 코딩 방식을 개발했습니다. 가능한 경우, 데이터는 데이터베이스에 입력된 무료 텍스트의 양을 줄이기 위해 않도록 숫자 변수를 사용하여 코딩했습니다. </li><li> 관심 변수는 관련 정보의 다양한 측면을 포착하기 위해 Microsoft Access 내에서 7 개의 테이블 사이에 나누어되었습니다. </li></ol> 5. 각 테이블의 내용을 디자인 : <ol><li> 세븐 기본 테이블이 생성되었습니다 : 1) 환자 테이블, 2) 샘플 데이터 테이블, 3) TMA 테이블, 4)의 DNA 표본 테이블, 5) 흉부 종양학 회의 테이블, 6) 세포주 테이블, 그리고 7) C.는 엘레간스 테이블. </li><li> 환자 테이블은 환자들이 암, 자신의 임상 과정, 그들의 위험 요인, 그들의 결과를 (그림 1)에 대한 임상 관련 정보를 집에 데이터베이스 내에서 유일한 테이블로 설계되었습니다. 이 특정 디자인의 목적은 데이터베이스 내에서 중복을 제한하는 것이었다. </li><li> 그들의 환자 소스 예제 데이터 테이블 링크 병리 표본. 각 샘플은 샘플 병리 번호를 부여하고이 번호는 환자의 의료 기록 번호에 관련되어 있습니다. 여러 개의 표본이 각에서 얻은 그래서 테이블도 표본이 얻은 날짜와 수집된 표본의 종류에 대한 정보가 포함되어있을 수 있습니다 : 초기 종양, 재발성 종양, 또는 검시 표본 있습니다. </li><li> TMA 테이블은 63 독특한 단백질에 대한 단백질 발현 데이터를 캡처하기 위해 지금까지 사용되고 있습니다. TMA는 단백질 (그림 2) 집중하기 위해 항체를 사용하여 종양이 아닌 종양 조직에서 differentially 표현 단백질의 분포를 특성화하는 데 사용할 수 있습니다. 단백질 표현은 TMA의 얼룩의 강도와 비율의 병리학자의 인상에 따라 0의 점수, 1, 2 또는 3으로 표시됩니다. %의 얼룩이 측정되면 0의 점수가 더 얼룩을 나타냅니다도 1 이하 11 % 얼룩을 나타내는 2 50 % 미만의 얼룩을 표시하고, 3 이상 50 % 얼룩을 나타냅니다. 강도가 측정되면 점수는 0-3의 규모, 얼룩의 상대적 금액에 따라 할당됩니다. 어떤 경우에는, IHC 슬라이드 또한 높은 해상도로 스캔하고 얼룩 강도는 병리학자의 채점에 병렬로 자동 세포 이미징 시스템 (ACIS) 이미징 소프트웨어 계량입니다. 그러나 두 기술에 대해, 높은 점수는 큰 단백질 표현을 나타냅니다. 또한, TMA 테이블은 나중에 참조할 수 있도록 TMA 펀치의 위치를​​ annotates. 또한, 데이터베이스는 다시이 정보를 연결하는 조직의 소스 (종양, 정상, 림프절, 전이성 조직), 샘플 내의 위치 (중앙, 가장자리) 암의 조직학 및 의료 기록 번호를 포함 환자 테이블. </li><li> DNA 표본 테이블은 실험실 내에 저장된 모든 DNA를 나열합니다. DNA 샘플은 환자의 의료 기록 번호를 통해 환자의 원본에 연결되어 있습니다. 표본에 대한 기본 정보는 위치와 종양의 조직학을 포함한 샘플의 소스를 설명하기 위해 캡처합니다. 이 테이블의 목적은 중합 효소의 연쇄 반응, 표준의 DNA 시퀀싱 및 mutational 분석을 사용하여 표본 내에서 특성화되어있는 유전자 변경을 설명하는 것입니다. 테이블은 또한 아미노산의 변화, 염기 변화 homozygosity, synonymity, 그리고 돌연변이가 발생하는 유전자와 같은 변수를 나타냅니다. 연구되었습니다 유전자의 예로는 Paxillin, cCbl, EGFR, p53의, Kras 호텔, cMet 및 EphB4를 포함합니다. 변이를 특징이 조사도 나열됩니다. </li><li> 데이터베이스 내에서 다섯 번째 테이블은 가슴 종양학 회의 테이블입니다. 가슴 종양학 회의 의료 oncologists, 흉부 외과, 병리학, 방사선, 방사선 oncologists 및 조정 환자 치료 계획을 개발하기 위해 충족 흉부 종양학 임상 팀의 다른 구성원의 주간 회의입니다. 이 테이블의 목적은 치료 그들의 표준의 일부로 회의에서 논의되었습니다 환자 목록을 것입니다. 각 환자에 대한 병리 표본의 가용성에 관한 정보는이 테이블에 캡처됩니다. </li><li> 여섯 번째 테이블 셀 라인 테이블입니다. 그것이 다른 테이블의 연결된되지 않기 때문에 이것은 데이터베이스 내에서 무료로 서있는 테이블입니다. 그것은 사용되었습니다 세포 라인을 설명합니다연구 목적으로 실험실에서 D. 테이블은 아미노산의 변화, 염기 변화, 돌연변이의 homozygosity과 synonymity, 그리고 셀 라인 DNA 내의 돌연변이의 위치를​​ 캡처합니다. </li><li> 일곱 번째 테이블은 C.입니다 엘레간스 테이블과 또한 무료로 서있는 테이블입니다. 이 테이블은 orthologous 수용체 티로신 kinases을 나열하고 인간의 단백질과 유사성을 측정하기위한 한 방법입니다 바늘 점수가 포함되어 있습니다. </li></ol> 6. 테이블 간의 관계 구축 : <ol><li> 각 테이블은 테이블 내의 각 항목에 대한 고유 식별자 역할을 프라이 머리 키 (primary key), 할당됩니다. 정의하여 고유한 식별자 값은 반복 수 없습니다. MRN 단 하나의 고유한 개인을 의미 수 있기 때문에 예를 들어, 환자 표 내에서 프라이 머리 키 (primary key)가 의료 기록 번호입니다. 샘플 데이터 표 내에서 프라이 머리 키 (primary key)는 샘플 병리 (SP) 번호입니다. TMA와 DNA 표본 테이블 고유 식별자가 없었로서, 더미 번호는 프라이 머리 키 (primary key)로 설립되었습니다. TMA와 DNA 테이블은 다음 각각 MRN 및 SP 번호를 사용하여 다른 테이블에 연결되었습니다. 이것은 각각의 TMA 펀치와 DNA 표본이 기부 환자의 시료 및 임상 정보에 대한 특정 정보를 모두 다시 연결되는지 확인합니다. </li><li> Microsoft Access에서 개별 테이블은 논리적 관계는 (그림 3) 설립되는 등 그들의 기본 키를 통해 연결되어 있습니다. 이러한 관계는 데이터가 여러 테이블에서 수집됩니다 쿼리를 생성하기 위해 필요합니다. </li></ol> 7. 쿼리 : <ol><li> 데이터 세트와 관련된 쿼리를 수행하면 Microsoft Access에서 내에서 상대적으로 간단합니다. 쿼리 만들기 탭 아래의 &quot;쿼리 디자인 옵션 &#39;을 선택하여 설계할 수 있습니다. </li><li> 관심 분야를 포함한 테이블이 선택되고 표시됩니다. </li><li> 관심의 테이블에서 변수를 선택하고, 필요한 경우, 관심있는 연구자의 기준 (그림 4)에 따라 필터링할 수 있습니다. </li><li> 쿼리는 다음 스프레드 시트 양식에 나열된 원하는 분야에서 결과 실행할 수 있습니다. </li></ol> 8. 내보내기 데이터 : <ol><li> 쿼리가 생성되면, 데이터는 내보낼 수 있습니다. 대부분의 연구자는 Microsoft Excel 스프레드 시트의 형태로 데이터를 선호하는 반면, 데이터는 &quot;외부 데이터 &#39;탭에서 아래에있는 수출 메뉴를 사용하여 다른 프로그램의 번호로 내보낼 수 있습니다. 데이터가 해당 파일 확장명을 사용하여 저장할 수 있습니다. </li><li> 포괄적인 분석이 covariates에 대해 제어 할 수 있도록 데이터가 통계 목적으로 수출하는 경우, 변수의 소정의 집합은 수출에 포함되어 있습니다. </li></ol> 9. 데이터 가져오기 : <ol><li> 데이터를 가져오기하면 가져온 데이터의 형식과 액세스에서 테이블의 형식 사이에 완벽하게 일치해야합니다. 가져올 테이블 내에서 관심 변수는 Access 테이블과 같은 이름을 가져야합니다. 맞춤법은 정확해야하며 공간 액세스 테이블에 존재하지 않는 공간이있을 수 없습니다. </li><li> 두 테이블 사이의 대칭이 달성되면, 사용자가 추가를 사용하거나 액세스로 데이터를 가져오기 위해 쿼리 업데이 트하는 기능이 있습니다. 추가 쿼리는 사용자가 Access 데이터베이스에 데이터의 새로운 행을 추가할 수 있습니다. 정보는 이미 데이터베이스에되지 않은 환자에 대해 사용할 수있는 경우 예를 들어, 추가 쿼리는 이러한 환자를 추가하는 데 사용할 수 있습니다. 새로운 데이터가 환자 또는 수정해야 표본에서 사용할 경우, 업데이트 쿼리는 해당 항목에서 수행되어야합니다. </li></ol> 10. 데이터베이스 업데이트 : <ol><li> 데이터베이스 프로젝트의 멤버는 데이터베이스가 현재 보관 있도록 역할을 처방합니다. 한 전임 직원은 정기적으로 병원에 동의했습니다 환자에 따라 임상 정보 데이터베이스를 채우지 및 업데이 트가 주어입니다. </li><li> 데이터 관리자 역할을 다른 풀타임 직원은, 그것이되는대로 실험 데이터를 취득 및 업데이트 또는 추가 쿼리와 데이터베이스에이 정보를 입력 함께 청구됩니다. </li><li> 프로토콜 훈련 연구 조수은 가장 최근의 데이터를 얻기 위해 매 6 개월마다 데이터베이스의 체계적인 업데이 트를 수행하기위한 책임이 있습니다. 이것은 이러한 필드는 데이터에 수행 생존 분석에 직접적인 영향을 줄로 같은 마지막 접촉 중요한 상태 및 날짜 등의 분야에 특히 중요합니다. </li></ol> 11. 데이터베이스에 액세스 : <ol><li> 데이터베이스는 HIPAA 준수하며 IRB 프로토콜 아래에 포함되어 있습니다 개인에만 액세스할 수 있습니다. 액세스가 추가로 데이터를 업데이 트하거나 수정에 대한 직접적인 책임을 가지고 마이크로 소프트 액세스 및 훈련 개인 줄어 듭니다. </li><li> 데이터베이스에 공헌한 연구원은 데이터 관리자에서 데이터베이스에서 정보를 요청할 수 있지만 자신은직접 데이터에 액세스할 수 없습니다. </li><li> 데이터 관리자는 수출 쿼리를 생성할 때 이러한 의료 기록 번호와 환자의 이름으로 변수를 제거하여 요청하는 연구자 드 식별 정보를 제공합니다. </li></ol> 12. 대표 결과 : 연구자가 아닌 작은 세포 폐암에서 단백질 Paxillin 이상의 표현의 임상적 중요성을 알고 관심이있을 수 있습니다. 이 연구원은 Paxillin에 대한 데이터베이스에 TMA 데이터의 큰 거래를 생성되면서, 데이터 관리자는 실험실 데이터와 연관시키는 것은 임상 정보에 액세스하는 연구자의 요청을 승인. 데이터 관리자는 자신이 환자 테이블과 TMA 테이블 모두를 결합하는 쿼리를 실행합니다. 환자 테이블에서 관심 변수는 환자의 생년월일, 인종, 그들 암의 조직학, 그들 암의 단계, 진단 그들의 날짜, 그들의 중요한 상태, 사망 그들의 날짜 및 마지막으로 연락 자신의 날짜를 포함합니다. 이러한 진단 단계에서 연령으로,이 변수를 사용하여, 중요한 confounders이 차지하는 및 제어할 수 있습니다. TMA 테이블에서 이러한 종양 종류와 단백질 표현 같은 중요한 정보는 ascertained 수 있습니다. 두 테이블이 종양 Paxillin 표현에 대해 연구했습니다 개인의 의료 기록 번호, 환자 정보를 통해 연결되어 있으므로 출력에 포함됩니다. 결과는 비 작은 세포 폐암에서만 환자가 표시되도록 필터링할 수 있습니다. 결과는 더욱 연구자의 필요에 따라 정제된 수 있습니다. 이러한 결과는 biostatistician에 의해 기본 데이터 분석을 위해 내보낼 수 있으며 결과는 다음 연구자와 공유됩니다. 프로젝트 홈 페이지 : Access 데이터베이스 서식 파일과 표준 운영 절차에서 구할 수 있습니다 : <a href="http://www.ibridgenetwork.org/uctech/salgia-thoracic-oncology-access-template">http://www.ibridgenetwork.org/uctech/salgia-thoracic-oncology-access-template</a> 라이센스 : 학업 및 비영리 사용을 위해 자유롭게 가능합니다. 제한이 아닌 학계에서 사용하는 : 상용 사용자는 라이센스가 필요합니다. 상업적 사용에 관한 질문 (773) 702-1692하거나 기술 및 지적 재산권 (UChicagoTech)의 시카고 사무실의 대학에 문의하시기 바랍니다 <a href="www.tech.uchicago.edu">www.tech.uchicago.edu</a> <img src="/files/ftp_upload/2414/2414fig1.jpg" alt="그림 1" /> 그림 1. Access 데이터베이스의 스크린샷 환자 테이블의 섹션을 묘사. <img src="/files/ftp_upload/2414/2414fig2.jpg" alt="그림 2" /> 그림 2. 도식은 조직 microarray (TMA) 2 묘사한 <img src="/files/ftp_upload/2414/2414fig3.jpg" alt="그림 3" /> 그림 3. Access 데이터베이스 내에 테이블 간의 관계를 묘사 설립 스크린샷. 테이블은 기본 키를 통해 연결되어 있습니다. <img src="/files/ftp_upload/2414/2414fig4.jpg" alt="그림 4" /> 그림 4. Paxillin 변이, TMA 결과 및 임상 변수에 대한 샘플 쿼리.

<ol>
	<li>Adamski, J., Finnegan, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=New+Perspectives+on+Microsoft+Office+Access.">New Perspectives on Microsoft Office Access.</a> , (2007).</li><li>Giltnane, J., Rimm, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Technology+Insight:+Identification+of+biomarkers+with+tissue+microarray+technology.">Technology Insight: Identification of biomarkers with tissue microarray technology.</a> Nat Clin Pract Oncol. 1, 104-111 (2004).</li></ol>

관심 없음 충돌 선언하지 않습니다.

<table border="1"><tbody><tr><td> 재료 이름 </td><td> 회사 </td><td> 카탈로그 번호 </td></tr><tr><td> 원심 분리기 </td><td> Eppendorf </td><td> </td></tr><tr><td> 원뿔 원심 분리기 튜브 </td><td> 매 </td><td> 518 - PG </td></tr><tr><td> 최소 필수 중간 이글 (멤) </td><td> 시그마 </td><td> M4655 - 500ML </td></tr><tr><td> 소태아 혈청 </td><td> Cellgro FBS HI </td><td> MTT35011CV </td></tr><tr><td> 디메틸 Sulfoxide (DMSO) </td><td> Bioanalytical 미국 </td><td> AB03091 </td></tr><tr><td> BD Vacutainer 세럼 튜브 </td><td> 피셔 사이 언티픽 </td><td> 367815 </td></tr></tbody></table>

generation of comprehensive thoracic oncology database - tool for translational research

흉부 종양학 프로그램 데이터베이스 프로젝트는 잘 주석 암 표본과 흉부 종양학 연구 프로그램의 연구에 사용할 수 있도록 임상 데이터에 대한 포괄적인 검증 및 접근 저장소 역할을 위해 만들어졌습니다. 이 데이터베이스는 다양한 종양 조직 연구에서 얻은 게놈 및 proteomic 데이터의 큰 볼륨을 캡처합니다. 임상 및 기초 과학 연구, biostatistician 및 생물 정보학 전문가의 팀이 데이터베이스를 설계하기 위해 소집되었다. 관심 변수는 명확하게 정의되었고 그들의 설명은 데이터 주석의 일관성을 보장하기 위해 표준 운영 매뉴얼 이내에 작성되었습니다. 예비 세포 은행과 회고 금융, 종양 환자에서 정상 조직 샘플에 대한 다른 프로토콜에 대한 프로토콜을 사용하면 수집된 이러한 프로토콜에 동의했다. 이러한 인구 통계, 암 특성, 이러한 환자에 대한 치료 계획과 같은 임상 정보 추출 및 액세스 데이터베이스에 입력되었습니다. Proteomic와 게놈 데이터베이스에 포함된 데이터베이스 내에서 설명 환자에 대한 임상 정보를 연결하고 있습니다. 각 테이블에서 데이터는 데이터베이스 관리자가 쿼리하는 동안 임상 및 실험실 정보를 연결할 수 있도록 Microsoft Access에서 관계 기능을 이용하여 연결되었습니다. 쿼리 데이터는 통계 분석과 가설 생성을 위해 내보낼 수 있습니다.

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Generation of Comprehensive Thoracic Oncology Database - Tool for Translational Research

흉부 종양학 데이터베이스는 translational 연구의 목적을 위해 임상 실험 데이터에 대한 포괄적인 저장소 역할을하도록 개발되었습니다. 데이터베이스는 흉부 종양학 연구 프로그램의 translational 암 연구자를 제공합니다. 이 데이터베이스는 다른 암 모델뿐만 아니라 다른 사람의 질병에 적용할 수 있습니다.

종합 흉부 종양학 데이터베이스의 생성 - Translational 연구 도구

The Thoracic Oncology Program Database Project was created to serve as a comprehensive, verified, and accessible repository for well-annotated cancer ...

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15.9K 조회수.  University of Chicago. 흉부 종양학 데이터베이스는 translational 연구의 목적을 위해 임상 실험 데이터에 대한 포괄적인 저장소 역할을하도록 개발되었습니다. 데이터베이스는 흉부 종양학 연구 프로그램의 translational 암 연구자를 제공합니다. 이 데이터베이스는 다른 암 모델뿐만 아니라 다른 사람의 질병에 적용할 수 있습니다.

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Time-lapse Imaging of Primary Preneoplastic Mammary Epithelial Cells Derived from Genetically Engineered Mouse Models of Breast Cancer

Time-lapse imaging can be used to compare behavior of cultured primary preneoplastic mammary epithelial cells derived from different genetically engineered mouse models of breast cancer. For example, time between cell divisions (cell lifetimes), apoptotic cell numbers, evolution of morphological changes, and mechanism of colony formation can be quantified and compared in cells carrying specific genetic lesions. Primary mammary epithelial cell cultures are generated from mammary glands without palpable tumor. Glands are carefully resected with clear separation from adjacent muscle, lymph nodes are removed, and single-cell suspensions of enriched mammary epithelial cells are generated by mincing mammary tissue followed by enzymatic dissociation and filtration. Single-cell suspensions are plated and placed directly under a microscope within an incubator chamber for live-cell imaging. Sixteen 650 &mu;m x 700 &mu;m fields in a 4x4 configuration from each well of a 6-well plate are imaged every 15 min for 5 days. Time-lapse images are examined directly to measure cellular behaviors that can include mechanism and frequency of cell colony formation within the first 24 hr of plating the cells (aggregation versus cell proliferation), incidence of apoptosis, and phasing of morphological changes. Single-cell tracking is used to generate cell fate maps for measurement of individual cell lifetimes and investigation of cell division patterns. Quantitative data are statistically analyzed to assess for significant differences in behavior correlated with specific genetic lesions.

Time-lapse imaging is used to assess behavior of primary preneoplastic mammary epithelial cells derived from genetically engineered mouse models of breast cancer risk to determine if there are correlations between specific behavioral parameters and distinct genetic lesions.

기본 Preneoplastic 유방 상피 세포의 시간 경과 영상은 유방암의 유전자 변형 마우스 모델에서 파생

Time-lapse  imaging can be used to compare behavior of cultured primary preneoplastic  mammary epithelial cells derived from different genetically ...

연구

의학

A Modified Heterotopic Swine Hind Limb Transplant Model for Translational Vascularized Composite Allotransplantation (VCA) Research

Vascularized Composite Allotransplantation (VCA) such as hand and face transplants represent a viable treatment option for complex musculoskeletal trauma and devastating tissue loss. Despite favorable and highly encouraging early and intermediate functional outcomes, rejection of the highly immunogenic skin component of a VCA and potential adverse effects of chronic multi-drug immunosuppression continue to hamper widespread clinical application of VCA. Therefore, research in this novel field needs to focus on translational studies related to unique immunologic features of VCA and to develop novel immunomodulatory strategies for immunomodulation and tolerance induction following VCA without the need for long term immunosuppression.
This article describes a reliable and reproducible translational large animal model of VCA that is comprised of an osteomyocutaneous flap in a MHC-defined swine heterotopic hind limb allotransplantation. Briefly, a well-vascularized skin paddle is identified in the anteromedial thigh region using near infrared laser angiography. The underlying muscles, knee joint, distal femur, and proximal tibia are harvested on a femoral vascular pedicle. This allograft can be considered both a VCA and a vascularized bone marrow transplant with its unique immune privileged features. The graft is transplanted to a subcutaneous abdominal pocket in the recipient animal with a skin component exteriorized to the dorsolateral region for immune monitoring.
Three surgical teams work simultaneously in a well-coordinated manner to reduce anesthesia and ischemia times, thereby improving efficiency of this model and reducing potential confounders in experimental protocols. This model serves as the groundwork for future therapeutic strategies aimed at reducing and potentially eliminating the need for chronic multi-drug immunosuppression in VCA.

A Modified Heterotopic Swine Hind Limb Transplant Model for Translational Vascularized Composite Allotransplantation VCA Research

Vascularized Composite Allotransplantations (VCA) have become a clinical reality. However, broad clinical application of VCA is limited by chronic multi-drug immunosuppression. The authors present a reliable and reproducible large animal model to translate novel immunomodulatory strategies that can minimize or potentially eliminate the need of immunosuppression in VCA.

번역 상 혈관을 조성한 복합 동종 이식 (VCA) 연구를위한 수정 된 이소성 돼지 뒷다리 이식 모델

Vascularized Composite Allotransplantation (VCA) such as hand and face transplants represent a viable treatment option for complex musculoskeletal trauma ...

Three Dimensional Cultures: A Tool To Study Normal Acinar Architecture vs. Malignant Transformation Of Breast Cells

Invasive breast carcinomas are a group of malignant epithelial tumors characterized by the invasion of adjacent tissues and propensity to metastasize. The interplay of signals between cancer cells and their microenvironment exerts a powerful influence on breast cancer growth and biological behavior1. However, most of these signals from the extracellular matrix are lost or their relevance is understudied when cells are grown in two dimensional culture (2D) as a monolayer. In recent years, three dimensional (3D) culture on a reconstituted basement membrane has emerged as a method of choice to recapitulate the tissue architecture of benign and malignant breast cells. Cells grown in 3D retain the important cues from the extracellular matrix and provide a physiologically relevant ex&#160;vivo system2,3. Of note, there is growing evidence suggesting that cells behave differently when grown in 3D as compared to 2D4. 3D culture can be effectively used as a means to differentiate the malignant phenotype from the benign breast phenotype and for underpinning the cellular and molecular signaling involved3. One of the distinguishing characteristics of benign epithelial cells is that they are polarized so that the apical cytoplasm is towards the lumen and the basal cytoplasm rests on the basement membrane. This apico-basal polarity is lost in invasive breast carcinomas, which are characterized by cellular disorganization and formation of anastomosing and branching tubules that haphazardly infiltrates the surrounding stroma. These histopathological differences between benign gland and invasive carcinoma can be reproduced in 3D6,7. Using the appropriate read-outs like the quantitation of single round acinar structures, or differential expression of validated molecular markers for cell proliferation, polarity and apoptosis in combination with other molecular and cell biology techniques, 3D culture can provide an important tool to better understand the cellular changes during malignant transformation and for delineating the responsible signaling.

Three dimensional culture of mammary epithelial cells on a reconstituted basement membrane is a useful method to recapitulate the in vivo architecture of the benign breast, and to differentiate the malignant phenotype from the benign breast phenotype. Importantly, this system can be applied to study invasive carcinomas in other tissues.

세 가지 차원 문화 : 유방 세포의 악성 변형 대 일반 선포 건축을 연구하는 도구

Invasive breast carcinomas are a group of malignant epithelial tumors characterized by the invasion of adjacent tissues and propensity to metastasize. The ...

Working with Human Tissues for Translational Cancer Research

Medical research for human benefit is greatly impeded by the necessity for human tissues and subjects. However, upon obtaining consent for human specimens, precious samples must be handled with the greatest care in order to ensure integrity of organs, tissues, and cells to the highest degree. Unfortunately, tissue processing by definition requires extraction of tissues from the host, a change which can cause great cellular stress and have major repercussions on subsequent analyses. These stresses could result in the specimen being no longer representative of the site from which it was retrieved. Therefore, a strict protocol must be adhered to while processing these specimens to ensure representativeness. The desired assay(s) must also be taken into consideration in order to ensure that an optimal technique is used for sample processing. Outlined here is a protocol for tissue retrieval, processing and various analyses which may be performed on processed tissue in order to maximize downstream production from limited tissue samples.

Translational cancer research is dependent on extraction of human tissues. Much work has gone into optimizing extraction methods for ex vivo analysis. Here, we describe tissue processing methods allowing for maximal data output from limited samples.

번역 상 암 연구를위한 인체 조직에 대한 작업

Medical research for human benefit is greatly impeded by the necessity for human tissues and subjects. However, upon obtaining consent for human ...

Exosomal miRNA Analysis in Non-small Cell Lung Cancer (NSCLC) Patients' Plasma Through qPCR: A Feasible Liquid Biopsy Tool

The discovery of alterations in the EGFR and ALK genes, amongst others, in NSCLC has driven the development of targeted-drug therapy using selective tyrosine kinase inhibitors (TKIs). To optimize the use of these TKIs, the discovery of new biomarkers for early detection and disease progression is mandatory. These plasma-isolated exosomes can be used as a non-invasive and repeatable way for the detection and follow-up of these biomarkers. One ml of plasma from 12 NSCLC patients, with different mutations and treatments (and 6 healthy donors as controls), were used as exosome sources. After RNAse treatment, in order to degrade circulating miRNAs, the exosomes were isolated with a commercial kit and resuspended in specific buffers for further analysis. The exosomes were characterized by western blotting for ALIX and TSG101 and by transmission electron microscopy (TEM) analysis, the standard techniques to obtain biochemical and dimensional data of these nanovesicles. Total RNA extraction was performed with a high yield commercial kit. Due to the limited miRNA-content in exosomes, we decided to perform retro-transcription PCR using an individual assay for each selected miRNA. A panel of miRNAs (30b, 30c, 103, 122, 195, 203, 221, 222), all correlated with NSCLC disease, were analyzed taking advantage of the remarkable sensitivity and specificity of Real-Time PCR analysis; mir-1228-3p was used as endogenous control and data were processed according to the formula 2-&#916;&#916;ct 13. Control values were used as baseline and results are shown in logarithmic scale.

Exosomal miRNA Analysis in Non-small Cell Lung Cancer NSCLC Patients&#039; Plasma Through qPCR: A Feasible Liquid Biopsy Tool

This protocol describes the feasibility to perform miRNA profiling in exosomes, released in plasma of NSCLC patients, through a commercial exosome isolation kit with Proteinase K and RNAse treatments, in order to avoid circulating miRNAs contamination and evaluate their biomarker features in NSCLC.

qPCR을 통해 비소 세포 폐암 (NSCLC) 환자 &#39;플라즈마에 Exosomal의 miRNA 분석 : 실현 가능한 액체 생검 도구

The discovery of alterations in the EGFR and ALK genes, amongst others, in NSCLC has driven the development of targeted-drug therapy using selective ...

Development of a Direct Pulp-capping Model for the Evaluation of Pulpal Wound Healing and Reparative Dentin Formation in Mice

Dental pulp is a vital organ of a tooth fully protected by enamel and dentin. When the pulp is exposed due to cariogenic or iatrogenic injuries, it is often capped with biocompatible materials in order to expedite pulpal wound healing. The ultimate goal is to regenerate reparative dentin, a physical barrier that functions as a "biological seal" and protects the underlying pulp tissue. Although this direct pulp-capping procedure has long been used in dentistry, the underlying molecular mechanism of pulpal wound healing and reparative dentin formation is still poorly understood. To induce reparative dentin, pulp capping has been performed experimentally in large animals, but less so in mice, presumably due to their small sizes and the ensuing technical difficulties. Here, we present a detailed, step-by-step method of performing a pulp-capping procedure in mice, including the preparation of a Class-I-like cavity, the placement of pulp-capping materials, and the restoration procedure using dental composite. Our pulp-capping mouse model will be instrumental in investigating the fundamental molecular mechanisms of pulpal wound healing in the context of reparative dentin in vivo by enabling the use of transgenic or knockout mice that are widely available in the research community.

We describe a step-by-step method of performing direct pulp capping on mice teeth for the evaluation of pulpal wound healing and reparative dentin formation in vivo.

치수의의 평가에 대한 직접 펄프 캐핑 모델의 개발 상처 치유와 마우스의 수복 상아질 형성

Dental pulp is a vital organ of a tooth fully protected by enamel and dentin. When the pulp is exposed due to cariogenic or iatrogenic injuries, it is ...

Second Harmonic Generation Signals in Rabbit Sclera As a Tool for Evaluation of Therapeutic Tissue Cross-linking (TXL) for Myopia

Methods to strengthen tissue by introducing chemical bonds (non-enzymatic cross-linking) into structural proteins (fibrillar collagens) for therapy include photochemical cross-linking and tissue cross-linking (TXL) methods. Such methods for inducing mechanical tissue property changes are being employed to the cornea in corneal thinning (mechanically weakened) disorders such as keratoconus as well as the sclera in progressive myopia, where thinning and weakening of the posterior sclera occurs and likely contributes to axial elongation. The primary target proteins for such tissue strengthening are fibrillar collagens which constitute the great majority of dry weight proteins in the cornea and sclera. Fortuitously, fibrillar collagens are the main source of second harmonic generation signals in the tissue extracellular space. Therefore, modifications of the collagen proteins, such as those induced through cross-linking therapies, could potentially be detected and quantitated through the use of second harmonic generation microscopy (SHGM). Monitoring SHGM signals through the use of a laser scanning microscopy system coupled with an infrared excitation light source is an exciting modern imaging method that is enjoying widespread usage in the biomedical sciences. Thus, the present study was undertaken in order to evaluate the use of SHGM microscopy as a means to measure induced cross-linking effects in ex vivo rabbit sclera, following an injection of a chemical cross-linking agent into the sub-Tenon&#39;s space (sT), an injection approach that is standard practice for causing ocular anesthesia during ophthalmologic clinical procedures. The chemical cross-linking agent, sodium hydroxymethylglycinate (SMG), is from a class of cosmetic preservatives known as formaldehyde releasing agents (FARs). Scleral changes following reaction with SMG resulted in increases in SHG signals and correlated with shifts in thermal denaturation temperature, a standard method for evaluating induced tissue cross-linking effects.

Second Harmonic Generation Signals in Rabbit Sclera As a Tool for Evaluation of Therapeutic Tissue Cross-linking TXL for Myopia

This protocol describes techniques for evaluating chemical cross-linking of the rabbit sclera using&#160;second harmonic generation imaging and differential scanning calorimetry.

치료 조직 (TXL) 근 시에 대 한 교차 연결의 평가 위한 도구로 토끼 Sclera에 제 2 고조파 발생 신호

Methods to strengthen tissue by introducing chemical bonds (non-enzymatic cross-linking) into structural proteins (fibrillar collagens) for therapy ...

Generation of Human 3D Lung Tissue Cultures (3D-LTCs) for Disease Modeling

Translation of novel discoveries to human disease is limited by the availability of human tissue-based models of disease. Precision-cut lung slices (PCLS) used as 3D lung tissue cultures (3D-LTCs) represent an elegant and biologically highly relevant 3D cell culture model, which highly resemble in situ tissue due to their complexity, biomechanics and molecular composition. Tissue slicing is widely applied in various animal models. 3D-LTCs derived from human PCLS can be used to analyze responses to novel drugs, which might further help to better understand the mechanisms and functional effects of drugs in human tissue. The preparation of PCLS from surgically resected lung tissue samples of patients, who experienced lung lobectomy, increases the accessibility of diseased and peritumoral tissue. Here, we describe a detailed protocol for the generation of human PCLS from surgically resected soft-elastic patient lung tissue. Agarose was introduced into the bronchoalveolar space of the resectates, thus preserving lung structure and increasing the tissue&#39;s stiffness, which is crucial for subsequent slicing. 500 &#181;m thick slices were prepared from the tissue block with a vibratome. Biopsy punches taken from PCLS ensure comparable tissue sample sizes and further increase the amount of tissue samples. The generated lung tissue cultures can be applied in a variety of studies in human lung biology, including the pathophysiology and mechanisms of different diseases, such as fibrotic processes at its best at (sub-)cellular levels. The highest benefit of the 3D-LTC ex vivo model is its close representation of the in situ human lung in respect of 3D tissue architecture, cell type diversity and lung anatomy as well as the potential for assessment of tissue from individual patients, which is relevant to further develop novel strategies for precision medicine.

Generation of Human 3D Lung Tissue Cultures 3D-LTCs for Disease Modeling

Here, we present a protocol for the preparation of agarose-filled human precision-cut lung slices from resected patient tissue that are suitable for generating 3D lung tissue cultures to model human lung diseases in biological and biomedical studies.

질병 모델링에 대 한 인간의 3D 폐 조직 문화 (3D-Ltc)의 생성

Translation of novel discoveries to human disease is limited by the availability of human tissue-based models of disease. Precision-cut lung slices (PCLS) ...

Modified Heterotopic Hindlimb Osteomyocutaneous Flap Model in the Rat for Translational Vascularized Composite Allotransplantation Research

Vascularized composite allotransplantation (VCA) is a relatively new field in the reconstructive surgery. Clinical achievements in human VCA include hand and face transplants and, more recently, abdominal wall, uterus, and urogenital transplants. Functional outcomes have exceeded initial expectations, and most recipients enjoy an improved quality of life. However, as clinical experience accumulates, chronic rejection and complications from the immunosuppression must be addressed. In many cases where grafts have failed, the causative pathology has been ischemic vasculopathy. <span style="font-size: 11pt; line-height: 115%; font-family: Arial, sans-serif; color: rgb(41, 43, 49); background-image: initial; background-position: initial; background-size: initial; background-repeat: initial; background-attachment: initial; background-origin: initial; background-clip: initial;">The biological mechanisms of the acute and chronic rejection associated with VCA, especially ischemic vasculopathy, are important areas of research. However, due to the very small number of VCA patients, the evaluation of proposed mechanisms is better addressed in an experimental model. Multiple groups have used animal models to address some of the relevant unsolved questions in VCA rejection and vasculopathy. Several model designs involving a variety of species are described in the literature. Here we present a reproducible model of VCA heterotopic hindlimb osteomyocutaneous flap in the rat that can be utilized for translational VCA research. This model allows for the serial evaluation of the graft, including biopsies and different imaging modalities, while maintaining a low level of morbidity.

Vascularized composite allograft offers life-altering benefits to transplant recipients, but the biological causes of graft rejection and vasculopathy remain poorly understood. The rodent surgical model presented here offers a reproducible, clinically relevant model of transplantation, allowing researchers to evaluate rejection events and potential therapeutic strategies to prevent their occurrence.

변형 된 이종 성 복합체 동종 요법 연구에 대 한 쥐에서 변성 이성애 자 골 진 피부 플랩 모델

Vascularized composite allotransplantation (VCA) is a relatively new field in the reconstructive surgery. Clinical achievements in human VCA include hand ...

Transaxillary First Rib Resection for Treatment of the Thoracic Outlet Syndrome

Thoracic outlet syndrome (TOS) is a common disorder that causes a significant loss of productivity. The transaxillary first rib resection (TFRR) protocol has been used for the decompression of trapped neurovascular structures in the TOS. Among the other surgical procedures, the advantage of the TFRR is that it has the smallest rate of recurrence and better cosmetic outcomes. The disadvantage of TFRR is that it provides a narrow, and deep working corridor that makes obtaining vascular control challenging.

Here, we present a protocol of the transaxillary resection of the first rib for treatment of thoracic outlet syndrome caused by compression of the brachial plexus, subclavian vein and artery.

흉곽출구증후군 치료를 위한 경겨드랑이 제1갈비뼈 절제술

Thoracic outlet syndrome (TOS) is a common disorder that causes a significant loss of productivity. The transaxillary first rib resection (TFRR) protocol ...