멕과 빅토리아 정부 (VESKI 혁신 동지,이 작품에 대한 자금 지원은 국민 건강과 호주의 의학 연구위원회 (WEHI에 독립적 인 연구소 인프라 지원 계​​획은 [IRIISS] 부여 멕과 MJC에 NHMRC 프로젝트 보​​조금 1,011,352)에 의해 제공된다; WEHI에 빅토리아 주 정부 운영 인프라 지원). 멕는 호주 연구 협의회의 엘리자베스 2 세 여왕 동지이다. EFXB는 멜버른 대학에서 노마 힐다 슈스터 장학금 프로그램의 지원을 인정합니다.

1. 복제 및 구조 설계 HindIII와 BamHI 제한 사이트를 (그림 1 참조)를 사용하여 pMM-펩타이드 벡터 (이 요청시 제공 될 수 있습니다)에 관심 시퀀스를 복제. 이중 좌초 된 DNA의 삽입은 다음과 같은 순서로, 통합해야 HindIII 사이트, CNBr의 절단에 대한 단일 메티오닌 코돈, E.를 순서를 코딩 대장균 코돈 최적화 된 펩타이드, 정지 코돈, BamHI 사이트입니다. 펩타이드의 다른 모든 methionines는 제거해야하고 또한 산성 조건에서 흘리고 될 것 같은 dipeptide 순서 ASP-PRO는 피해야한다. 독특한 시스테인 잔류 물은 최종 단지에 이황화 crosslink의 원하는 위치에 따라 각 펩타이드 순서로 소개하고, 다른 모든 cysteine​​s는 세린에게 변형해야합니다. 플라스미드은 선택 kanamycin 저항 카세트를 수행합니다. 2. trpLE - pepti의 표현드 퓨전 <ol><li> (0.1 MM CaCl 2, 2 MM MgSO 4, 3g / L KH 2 PO 4, 7.5 g / L 오세영 2 HPO 4 · 2H 2 O, 0.5 g / L NaCl, 화장 및 살균 필터 M9/Kan 최소한의 성장 매체 1g / L NH 4 CIA 같으니, 4 G / L 포도당, 50 MG / L kanamycin 황산). 불용성 물질과 살균 필터 오렌지 표면에 뜨는을 제거하려면 30 분, 원심 분리기에 대한 혼합 40 ML H 2 O에 1 타블렛을 분해 :.와 Centrum은 완전한 B-비타민과 추적 금속을 제공하는 아연을 보충 최대 2 주와 M9 4 ML / L를 사용하는을위한 어둠 속에서 4 ° C에서 저장 재고 솔루션입니다. 참고 : 원하는 경우 15 N 강화 NH 4 CIA 같으니, 13 C-농축 포도당 또는 기타 안정적-동위 원소 - 라벨 전구체이 단계에서 M9 매체에 포함 할 수 있습니다. </li><li> 갓 변형 BL21 (DE3) 변형 E.에서 100 ML 스타터 문화의 예방 M9/Kan 매체에서 대장균. 200 rpm으로 흔들어와 37 ° C에서 하루 아침에 성장. </li><li> 다음날 아침, 스타터 문화의 OD 600 확인 -이 2 이상의 범위에 있어야합니다. Centrum은 - 보충 M9 매체의 1 L 총 볼륨에 100 ML 스타터 문화를 희석. , 2 L 당황 플라스크 (각 플라스크 500 ML 문화)로 분할하고 37 성장 ° C OD 600 0.6에 도달 할 때까지 140 rpm으로 흔들어. </li><li> 18 흔드는 온도를 설정 ° C와 문화가 유도되기 전에 완전히 냉각 할 수 있도록 1 시간에 떨고 계속 진행합니다. </li><li> (OD 600 = 1의 문화에서 50 μl의 이에 상응하는 금액)의 SDS-PAGE 분석을위한 사전 유도 샘플을 채취 한 후, trpLE - 펩타이드 융합의 표현을 유도하기 위해 0.1 mm까지 최종 농도에 IPTG 추가 할 수 있습니다. 18 ° IPTG 유도에 따라 하루 아침에 C/140 RPM (16-20 시간)로 성장하고 계속합니다. </li></ol> 3. 포함 바디 준비 및 니켈 매트릭스 바인딩 <ol><li> 최소한의 중간에서 하룻밤 표현 문화의 최종 OD 600 변수와 우입니다uld 2.5 및 5.0 사이. SDS-PAGE 분석을 위해 샘플을 채취 (OD 600 = 1의 문화에서 50 μl의 이에 상응하는 금액) 5,000 X g에서 20 분을 위해 원심 분리하여 세포를 수집합니다. </li><li> Resuspend 세포 펠렛 50 ML의 용해 버퍼 (50 MM 트리스 - HCL 산도 7.5, 20 MM β-ME, 0.2 M NaCl) 1 L 문화에서. 세포 현탁액은 나중에 처리하기 위해 냉동 보관하실 수 있습니다. </li><li> 5 분을위한 얼음 1 분과 휴식을위한 최대 출력에서​​ 얼음에 sonication으로 세포를 Lyse. 우리는 ½ 인치 높은 강도 교체 팁과 Misonix의 Sonicator 3000 (최대 출력 600w)을 사용합니다. sonication / 3주기위한 냉각을 반복합니다. </li><li> 20,000 XG 15 분 동안 원심 분리하여 불용성 포함 본체 (IB) 자료를 수집하고 표면에 뜨는 폐기하십시오. 가벼운 색의 세포 파편의 느슨한, 얇은 층은 울창한 IB 펠릿의 상단에 표시 될 수 있으며,이 방법은 부드러운 교반과 물이나 버퍼를 사용하여 씻겨 할 수 있습니다. 단계 3.3 및 3.4은 IB 분율의 순도를 향상시키기 위해 반복 될 수 있습니다 경우 desi붉은 색. 펠렛 및 표면에 뜨는 물질의 샘플이 포함 기관에 trpLE-TM 퓨전 현지화를 확인 SDS-PAGE 분석에주의해야한다. </li><li> 처리 문화의 리터 당 25-50 ML을 사용하여, 구아니딘 솔루션 (6 M 구아니딘 HCL, 50 MM 트리스 - HCL 산도 8.0, 200 MM NaCl, 1 % 트리톤 X-100, 5 MM β-ME)에 IB 알약을 분해. 이 단계는 교반 및 비정기 온화한 sonication과 함께 몇 시간을 필요로합니다. </li><li> 75,000-100,000 XG에서 1 시간 20 ° C.에 대해 원심 분리하여 IB lysate를 삭제합니다 0.2 μm 막 통해 표면에 뜨는 및 필터를 가만히 따르다. </li><li> 50 ML 원뿔 튜브에서 삭제 IB lysate, 또는 물과 구아니딘 솔루션에 equilibrated로 세척 된 니켈 친화 수지와 함께 안전하게 폐쇄 할 수있는 큰 그릇이 조화를 이루고 있습니다. trpLE - DAP12TM는 (그림 3, 차선 2) 여기에 표시된대로 비슷한 정도 표현 fusions을 위해 처리 문화의 리터 당 3-4 ML 해결 수지를 사용하십시오. 객실 t에서 밤새 잠복기에 의해 배치 바인드<html> 부드러운 혼합과 emperature. </li></ol> 4. 온 열 산화에 Crosslinking <ol><li> 전체 볼륨을 통해 유동 될 때까지 지속적으로 추가, 다공질 베드 지원 빈 중력 흐름 열에 IB의 lysate / 니켈 수지 정지를로드합니다. 수집하고 여전히 언 바운드 융합 단백질을 포함 할 수 있습니다 flowthrough을 따로 넣어. </li><li> β-ME 5 MM를 포함하는 우레아 용액의 5 침대 볼륨 (8 M의 우레아, 50 MM 트리스 - HCL 산도 8.0, 200 MM NaCl)과 중력 흐름에 의해 니켈 수지를 씻으십시오. </li><li> β-ME없이 우레아 용액의 5 침대 볼륨으로 다시 니켈 수지를 씻으십시오. </li><li> 20 μM CuSO 4, 글루타티온을 산화 두 음을 보충 된 우레아 용액의 5 침대 볼륨과 니켈 수지에게 세 번 씻으십시오. 이 세척 후, 열 배출구를 닫고 최대 이황화 결합 형성을 허용하도록 실온에서 30 분을 품다. </li></ol> 5. TFA의 용출 및 Quantitation 내용은 &quot;&gt;주의 : Trifluoroacetic 산 (TFA)은 피부와 가스와 접촉에 심각한 화상을 원인은 매우 자극 아르 집중 TFA는 눈 보호와 비 라텍스 장갑과 승인 된 화학 물질 퓸 배출 후드에만 사용되어야합니다 모든 화학 호환성을 확인하십시오.. 자료는 사용, 폴리 프로필렌은이 프로토콜의 모든 단계와 호환됩니다. <ol><li> 물 10 침대 볼륨으로 산화 우레아 용액을 깨끗이 씻어 열 콘센트에 진공 라인을 적용하여 열 침대를 건조. </li><li> 열 배출구를 닫고 단정 (99~100%) TFA의 1.5 침대 볼륨을 추가 할 수 있습니다. 산에도 노출을 보장하고 5 분에 품다 할 수있는 작은 주걱으로 니켈 수지를 젓는다. 열 배출구를 열고 액체를 모두 밀어 필요한 경우 주사기 또는 압축 공기 라인 부드럽게 pressurizing, 산성 eluate를 수집합니다. </li><li> 깔끔한 TFA의 또 다른 1.5 침대 볼륨있는 산 용출 단계를 반복합니다. beade의 완전한 해체를 방지하기 위해이 단계에서 빠르게 작업D 아가로 오스 행렬. 단백질 수율은 맥주 램버트 방정식과 trpLE - 펩타이드 시퀀스의 이론적 몰 흡광 계수에 따라이 시점에서 결정될 수있다. trifluoroethanol의 TFA의 eluate (1시 20분에서 1시 50분까지) (TFE)의 샘플을 희석하고 빈과 같은 희석에 TFA / TFE를 사용하여, 280 nm의에서 흡광도를 측정합니다. </li></ol> 6. CNBr의 소화 주의 : 시안 브로마이드 (CNBr)는 매우 독성 만 승인 된 화학 물질 퓸 배출 후드에서 처리해야합니다. 안전 안경, 실험실 코트와 비 라텍스 장갑 등의 보호구가 절대적으로 필요합니다. CNBr는 습기에 반응하고 열기 전에 실내 온도에 가져해야합니다. 중화 / CNBr 오염 된 솔루션 및 자료의 폐기 방법에 대한 안내는 기관의 안전 사무소에 문의하십시오. <ol><li> 부드럽게 혼합하면서 물 dropwise 추가하여 80% 최종 TFA 농도에 산 eluate을 희석. 석출물 형태의 경우DD는 다시 단정 TFA의 작은 볼륨 (0.5-1 ML) 솔루션은 물 80 % 재 올바른 다음, 분명히까지. 액체 질소에 동결 즉시 샘플을 lyophilizing, SDS-PAGE 분석을위한 5 μl 미리 알림 견본을보세요. </li><li> 폐쇄, 사전 무게 튜브에 안전하게 독성 화학 물질을 체중 돌봐 또는 화학 퓸 후드 내부의 균형을 사용하여 약 0.2 g / ML에 CNBr 크리스탈을 추가합니다. 완전히 용해 될 때까지 부드럽게 섞는다. 플러시와 불활성 가스 (질소 또는 아르곤 스트림)에서 반응 용기를 밀봉하여 빛으로부터 보호, 실온에서 3-4 시간을 품다. </li><li> SDS-PAGE 분석을위한 5 μl 후 다이제스트 샘플을 가지고 고정 즉시 lyophilize. 예상 펩타이드 단지의 크기에 따라 3.5 kDa 이하의 분자량의 컷오프와 재생 셀룰로오스 투석 카세트 나 튜브 (셀룰로스 아세테이트이 집중 산성에 용해 됨)로 요약 반응을 전송합니다. 에 물 4 L로 하루 아침에 Dialyze화학 연기 후드는 TFA 농도를 감소하고 unreacted CNBr을 분해합니다. 야간 투석시 볼륨이 크게 증가 (만큼 3 배 두에로)에 대한 투석 카세트 나 튜브의 방을 둡니다. </li><li> 투석 카세트 나 튜브 (단백질의 대부분은 TFA 농도가 감소 할 때 침전 됨)에서 일시 중지 침전물과 dialyzed 반응 용액을 제거하고 50 ML 원뿔 튜브에 정지 전송합니다. 고정 물과 CNBr / TFA의 흔적을 제거하는 lyophilize. 이 단계는 몇 일이 필요 할 가능성이 있습니다. 주의 : dialyzed 알림 반응과 투석 물을 모두 독성 및 적절한 예방 조치와 함께 처리 / 처리 된 것으로 간주 계속해야합니다. </li><li> 사전 유도하고 수확 단계, 포함 몸 표면에 뜨는 및 펠렛, TFA의 eluate 및 CNBr - 소화 물질의 문화의 샘플은 SDS-PAGE에 의해 분석 될 수있다. 95 가열하여 샘플을 준비 Invitrogen NuPAGE LDS sampl에 ° C전자 버퍼. TFA의 eluate 및 다이제스트 샘플은 산화 crosslinking의 제품 식별 및 평가를 촉진하기 줄이고 비 절감 두 조건에서 준비되어야한다. </li><li> 가장 작은 다이제스트 제품의 최적 해상도 MES-SDS 실행 버퍼를 사용하여 12% NuPAGE 비스 - 트리스 사전 주조 아크릴 아미드 젤의 샘플을 분리합니다. </li></ol> 7. 이황화 - 가교 펩타이드 복합 단지의 반전 상 HPLC 정화 <ol><li> 예비 규모로 2-3 ML 단정 개미의 산성, 부하 (21.2 X 150mm)에 동결 건조 된 다이제스트 제품의 100 밀리그램까지 분해 애질런트 ZORBAX SB-300 용매의 C3 PrepHT 열 A (일반적으로 10~20%의 아세토 니트릴 5 0.1 % TFA와 물에 이소프로판올 -10 %). </li><li> 적어도 5 열 권 이상의 용매 B의 기울기 (0.1 % TFA로 아세토 니트릴 또는 이소프로판올)에 요약 제품을 Elute. 다른 펩타이드 시퀀스에 대한 최적의 기울기 조건의 선택에 대한 제안 토론을 참조하십시오. </li><li> 보세요SDS-PAGE 분석 및 동결 즉시 lyophilize 각 HPLC 분율 50-100 μl 샘플. HPLC의 용매의 제거는 빠른 것입니다 1-2 시간에 완료해야합니다. </li><li> 더 환원제와 Invitrogen NuPAGE LDS 샘플 버퍼에 95 ° C로 가열하여 SDS-PAGE에 동결 건조 된 HPLC 샘플을 준비합니다. 시원하고 그들과 다시 난방 간단히 중 하나에 100 밀리미터 DTT를 추가 균등이 microcentrifuge 튜브에 각각의 샘플을 분할. </li><li> MES-SDS는 위의 버퍼를 실행과 12% NuPAGE 비스 - 트리스 사전 주조 아크릴 아미드 젤의 감소와 비 감소 HPLC 샘플을 분리합니다. 소형, 소수성 펩티드는 종종 Coomassie 잘 얼룩 차지하지 않고 예상 분자량에서 실행되지 않을 수 있습니다. 그러나, 감소 및 비 감소 시료의 비교 가교 펩타이드 제품과 순도 평가의 식별을 용이하게한다. </li><li> 매트릭스 지원 레이저 탈착 이온화 시간의 비행 (든-TO하여 후보 펩타이드 함유 분수를 분석F) 질량 분석법은 (토론 참조) 관심있는 종을 확인하고 예상 질량을 확인합니다. </li><li> , 결합 순수, 가교 TM 펩타이드 단지를 포함하는 HPLC의 분수를 고정하고 lyophilize 및 수율을 결정하는 최종 제품의 건조 중량을. 높은 이소프로판올 콘텐츠와 분수는 냉동 상태로 유지되지 않을 수 있습니다. 펩타이드 분수 오히려 보송 보송 한 동결 건조 제품보다 필름으로 건조하면, 순수 hexafluoroisopropanol (HFIP)의 작은 볼륨에서 완전히 필름을 다시 분해 정지 한 후 다시 lyophilize. HFIP - 처리 제품은 쉽게 나올 팁과 무거워 작은 흰색 콘해야합니다. </li></ol>

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	<li>Call, M. E., Chou, J. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+view+into+the+blind+spot:+solution+NMR+provides+new+insights+into+signal+transduction+across+the+lipid+bilayer.">A view into the blind spot: solution NMR provides new insights into signal transduction across the lipid bilayer.</a> Structure. 18, 1559-1569 (2010).</li><li>Bocharov, E. V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spatial+structure+of+the+dimeric+transmembrane+domain+of+the+growth+factor+receptor+ErbB2+presumably+corresponding+to+the+receptor+active+state.">Spatial structure of the dimeric transmembrane domain of the growth factor receptor ErbB2 presumably corresponding to the receptor active state.</a> The Journal of Biological Chemistry. 283, 6950-6956 (2008).</li><li>Mineev, K. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spatial+structure+of+the+transmembrane+domain+heterodimer+of+ErbB1+and+ErbB2+receptor+tyrosine+kinases.">Spatial structure of the transmembrane domain heterodimer of ErbB1 and ErbB2 receptor tyrosine kinases.</a> J. Mol. Biol. 400, 231-243 (2010).</li><li>Mineev, K. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spatial+structure+and+dimer--monomer+equilibrium+of+the+ErbB3+transmembrane+domain+in+DPC+micelles.">Spatial structure and dimer--monomer equilibrium of the ErbB3 transmembrane domain in DPC micelles.</a> Biochim. Biophys Acta. 1808, 2081-2088 (2011).</li><li>Lau, T. L., Kim, C., Ginsberg, M. H., Ulmer, T. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+structure+of+the+integrin+alphaIIbbeta3+transmembrane+complex+explains+integrin+transmembrane+signalling.">The structure of the integrin alphaIIbbeta3 transmembrane complex explains integrin transmembrane signalling.</a> The EMBO Journal. 28, 1351-1361 (2009).</li><li>Zhu, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+structure+of+a+receptor+with+two+associating+transmembrane+domains+on+the+cell+surface:+integrin+alphaIIbbeta3.">The structure of a receptor with two associating transmembrane domains on the cell surface: integrin alphaIIbbeta3.</a> Molecular Cell. 34, 234-249 (2009).</li><li>Call, M. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+structure+of+the+zetazeta+transmembrane+dimer+reveals+features+essential+for+its+assembly+with+the+T+cell+receptor.">The structure of the zetazeta transmembrane dimer reveals features essential for its assembly with the T cell receptor.</a> Cell. 127, 355-368 (2006).</li><li>Call, M. E., Wucherpfennig, K. W., Chou, J. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+structural+basis+for+intramembrane+assembly+of+an+activating+immunoreceptor+complex.">The structural basis for intramembrane assembly of an activating immunoreceptor complex.</a> Nat. Immunol. 11, 1023-1029 (2010).</li><li>Diefenderfer, C., Lee, J., Mlyanarski, S., Guo, Y., Glover, K. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Reliable+expression+and+purification+of+highly+insoluble+transmembrane+domains.">Reliable expression and purification of highly insoluble transmembrane domains.</a> Anal. Biochem. 384, 274-278 (2009).</li><li>Schnell, J. R., Chou, J. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Structure+and+mechanism+of+the+M2+proton+channel+of+influenza+A+virus.">Structure and mechanism of the M2 proton channel of influenza A virus.</a> Nature. 451, 591-595 (2008).</li><li>Xie, X. Q., Zhao, J., Zheng, H. E. x. p. r. e. s. s. i. o. n. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=purification,+and+isotope+labeling+of+cannabinoid+CB2+receptor+fragment,+CB2(180-233).">purification, and isotope labeling of cannabinoid CB2 receptor fragment, CB2(180-233).</a> Protein Expr. Purif. 38, 61-68 (2004).</li><li>Miozzari, G. F., Yanofsky, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Translation+of+the+leader+region+of+the+Escherichia+coli+tryptophan+operon.">Translation of the leader region of the Escherichia coli tryptophan operon.</a> J. Bacteriol. 133, 1457-1466 (1978).</li><li>North, C. L., Blacklow, S. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Structural+independence+of+ligand-binding+modules+five+and+six+of+the+LDL+receptor.">Structural independence of ligand-binding modules five and six of the LDL receptor.</a> Biochemistry. 38, 3926-3935 (1999).</li><li>Staley, J. P., Kim, P. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Formation+of+a+native-like+subdomain+in+a+partially+folded+intermediate+of+bovine+pancreatic+trypsin+inhibitor.">Formation of a native-like subdomain in a partially folded intermediate of bovine pancreatic trypsin inhibitor.</a> Protein Sci. 3, 1822-1832 (1994).</li><li>Narayanan, S., Sato, T., Wolfe, M. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+C-terminal+region+of+signal+peptide+peptidase+defines+a+functional+domain+for+intramembrane+aspartic+protease+catalysis.">A C-terminal region of signal peptide peptidase defines a functional domain for intramembrane aspartic protease catalysis.</a> The Journal of Biological Chemistry. 282, 20172-20179 (2007).</li><li>Klunk, W. E., Pettegrew, J. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Alzheimer's+beta-amyloid+protein+is+covalently+modified+when+dissolved+in+formic+acid.">Alzheimer's beta-amyloid protein is covalently modified when dissolved in formic acid.</a> J. Neurochem. 54, 2050-2056 (1990).</li><li>Klunk, W. E., Xu, C. J., Pettegrew, J. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=NMR+identification+of+the+formic+acid-modified+residue+in+Alzheimer's+amyloid+protein.">NMR identification of the formic acid-modified residue in Alzheimer's amyloid protein.</a> J. Neurochem. 62, 349-354 (1994).</li><li>Previero, A., Coletti-Previero, M. A., Cavadore, J. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+reversible+chemical+modification+of+the+tryptophan+residue.">A reversible chemical modification of the tryptophan residue.</a> Biochim. Biophys. Acta. 147, 453-461 (1967).</li><li>Kim, H. J., Howell, S. C., Van Horn, W. D., Jeon, Y. H., Sanders, C. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Recent+Advances+in+the+Application+of+Solution+NMR+Spectroscopy+to+Multi-Span+Integral+Membrane+Proteins.">Recent Advances in the Application of Solution NMR Spectroscopy to Multi-Span Integral Membrane Proteins.</a> Prog. Nucl. Magn. Reson. Spectrosc. 55, 335-360 (2009).</li></ol>

제작자들은 더 경쟁 금융 이익이 없다는 점 선언합니다.

trpLE-TM fusions의 표현이 있습니다. 우리의 경험에서 trpLE-TM fusions이 저조한 37 ° C에서 풍부한 문화 매체에 표현되며, 여기에 설명 된 문화 조건 수율이 범위를 1-4 TM 도메인에서 포함 된 다양한 시퀀스에 대해 성공적으로 증명 50에서 150 밀리그램 / 순수 그대로 융합의 L. Fusions 인코딩은 세 또는 네 TM GPCR 조각 (인간의 CCR5 각각 TM1-TM3 및 TM4-TM7), 또는 인간의 신호 펩티드 peptidase (4 TM 도메인, 심판 ...

이 프로토콜은 세부 사항 우리가 솔루션 NMR을 사용하여 구조 연구 이황화 - 안정화 transmembrane의 단지 (TM) 펩티드를 생성하기 위해 개발 절차를. 절차는 ΔtrpLE1413 융합 시스템 (아래 참조)에 의해 부여 강력한 표현을 활용하여 정의 된 구성의 TM의 펩타이드 단지는 현대적인 다차원 NMR 실험에 사용되는 복잡한 안정적-동위 원소의 분류 기술을 사용하여 생성 할 수 있습니다. 우리는 림프구 - 활성화 immunoreceptors이 (최근 1 검토)은 TM 도메인 간의 상호 작용을 통해 여러 막 단백질 subunits에서 조립하는 방법에 대한 중요한 새로운 정보를 공개 여러 NMR 구조를 결정하기 위해 이러한 기술을 고용하고 있습니다. 이 기술은 다른 많은 막 단백질 시스템뿐만 아니라 솔루션 NMR뿐만 아니라 다운 스트림 분석 방법의 다양한 적용됩니다. 여기에 주어진 예는 기본 시스테인 잔류 물을 활용하는 동안자연스럽게 이황화 - 보세 단백질을 모방 복잡한을 만들려면 디자인은 동일하게 일반적으로 이러한 게이 및 이종 dimeric TM 단지와 같은 약한 비 공유 결합 상호 작용에 의해 함께 개최됩니다 복합체를 안정화 할 수 있도록 설계 이황화 채권을 생성에 적합합니다 표피 성장 인자 수용체는 (EGFR) 가족 단백질 2-4 또는 heterodimeric의 αβ 인테그린 단지 5,6. 같은 지방질에서 파생 된 것과 같은 매우 소수성 펩타이드 시퀀스 이중층 - 스패닝 TM 단백질의 일부​​ 것은 생화학 및 biophysical 연구 대단히 어려운 과목입니다. 표준 단백질과 펩타이드 화학 기술을 사용하여 조작하는 것은 매우 어려운 것뿐만 아니라, 그들은 종종 세포에 매우 독성이 있으므로 recombinantly 생산하기가 어렵습니다. 우리 7,8 등 9-11이 가지고에서 프레임 카르복시 - 터미널로 세균 이러한 어려운 펩타이드 시퀀스를 표현 상당한 성공E.에서 파생 된 ΔtrpLE1413 순서의 수정 된 버전 fusions 대장균 TRP 오페론 12. 이 시퀀스로 인코딩 ~ 13 kDa trpLE 폴리펩티드는 T7 프로모터에 따라 높은 수준의 생산 할 수 있으며 완전히 독성 및 / 또는 불안정에 관한 문제가 피할 아르 포함 단체로 지역화되어 있습니다. 아미노 터미널 9 히스티딘 태그 13 trpLE 순서에서 내부 메티오닌과 시스테인 잔류 물을 제거 금속 이온 친화도 크로마토 그래피에 의해 정화되고 소화 할 14 수 trpLE - 펩타이드 fusions는 시안 브로마이드 (CNBr을 사용하는 추가하여 순서의 변경 ) 원하는 펩타이드 시퀀스를 공개합니다. 우리는 성공적으로 많은 사 등의 TM 도메인을 포함 멤브레인 단백질 조각을 대표 trpLE fusions 등의 12 개의 시퀀스 이상을 표현하기 위해이 시스템을 사용하면 (7,8 및 게시되지 않은 결과, 또한 토론 섹션을 참조). 이 프로토콜의 주요 혁신은 구조화 매우 저조한 용해 trpLE-TM fusions 효율적으로 간소화 된 워크 플로우의 맥락에서 이황화 - 가교가 될 수있는 아래의 조건을 식별합니다. 높은 수율 표현, 취급 및 펩타이드 제품의 정화의 여러 측면은 철저하게 최적화하고, 여기에서 제시 한 권고는 비 이황화 - 가교 (monomeric) TM 펩타이드 제품의 생산을위한 동등하게 관련이되어 있습니다.

<table border="1"><tbody><tr><td> 시약 / 재료의 이름 </td><td> 회사 </td><td> 카탈로그 번호 </td><td> 코멘트 </td></tr><tr><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> 시안 브로마이드 </td><td> 올드리치 </td><td> P.No-C91492, CAS-506-68-3 </td><td> 유해 약물. 위험물. 흡입에 의해 매우 독성, 피부에 접촉하고있는 경우는 삼켰다. 산과의 접촉은 매우 독성 가스를 liberates. 수생 생물에 매우 유독, 수생 환경에 장기적인 악영향을 일으킬 수 있습니다. </td></tr><tr><td> Trifluoroacetic 산 </td><td> 시그마 - 알드리치 </td><td> P.CODE - 1000984387, CAS 번호 76-05-1 </td><td> 유해 약물. 위험물이 있습니다., 심각한 화상을 일으킨다. 흡입에 의한 유해. 수생 생물에 유해, 수생 환경에 장기적인 악영향을 일으킬 수 있습니다. </td></tr><tr><td> 2 - 메르 캅토 에탄올 </td><td> 시그마 - 알드리치 </td><td> P.No M7154, CAS 번호 60-24-2 </td><td> 유해 약물. 위험물. 흡입에 의한, 피부 접촉 및 삼킨 경우 독성. 피부에 자극. 눈에 심각한 손상의 위험. 피부 접촉에 의해 sensitization의 원인이 될 수 있습니다. 수생 생물에 매우 유독, 수생 환경에 장기적인 악영향을 일으킬 수 있습니다. </td></tr><tr><td> 1,1,1,3,3,3 - Hexafluoro-2 - 프로 파놀 </td><td> 시그마 - 알드리치 </td><td> 제품 번호 52512, CAS-아냐. 920-66-1 </td><td> 유해 약물. 위험물. 흡입에 의한 위험하고 경우가 삼켰다. 화상됩니다. </td></tr><tr><td> 개미의 산 </td><td> 머크 KGaA </td><td> K41186564 </td><td> 가연성 액체 및 증기. 심각한 피부 화상 및 눈 손상을 발생합니다. </td></tr><tr><td> 요소 </td><td> UNIVAR, AJAX FINECHEM </td><td> 제품 번호, 817, CAS - 아니, 57-13-6 </td><td> 가열, 12 월이산화탄소와 암모니아로 omposes, 구운 경우, 질소 산화물의 작은 양을 방출. 빨갛게 및 피부와 눈의 자극을 일으킬 수 있습니다. </td></tr><tr><td> 구아니딘 히드로 클로라이드 </td><td> Amresco </td><td> P.No-M110, CAS 번호 : 50-01-1 </td><td> 삼킨 경우 유해한, 심각한 눈 염증을 일으킨다 피부 자극, 급성 독성 구강, 피부 자극, 눈 자극이 발생합니다. </td></tr><tr><td> 트리톤 X-100 </td><td> 시그마 </td><td> 제품 번호 - T8532 CAS 번호 : 9002-93-1 </td><td> 트리톤 X-100는 종종 단백질을 solubilize하기 위해 생화학 응용 프로그램에서 사용하는 nonionic 세제, 100 % 활성 성분입니다. 트리톤 X-100는 항균 특성을가 없으며, 비교적 온화한 비 denaturing 세제를 고려 </td></tr><tr><td> 그의 - 선택 니켈 - 선호도 젤 </td><td> 시그마 - 알드리치 </td><td> 카탈로그 개수-P6611 </td><td> IS-선택 니켈 선호도 젤은 고정 금속 이온 친화도 크로마토 그래피 (아이맥) 제품입니다. HIS - 선택 닉엘 선호도 젤은 특별히 히스티딘이 포함 된 단백질에 바인딩하도록 설계되어 니켈 혐의로 기소 구슬 아가로 오스의 독점적 인 quadridentate 킬레이트입니다. </td></tr><tr><td> (-)-글루타티온, 산화 </td><td> 시그마 - 알드리치 </td><td> 카탈로그 NUM 150,568 </td><td></td></tr><tr><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td> Misonix S-3000 sonicator </td><td> QSONICA </td><td> S-3000 (단종) </td><td> 최대 전원 출력 600w. 0.5 인치 교체 - 팁 프로브는 0.5 인치 높은 강도, 높은 볼륨 팁과 높은 강도, 낮은 볼륨 팁의 범위를 걸립니다. 이 회사에서 현재 사용할 수있는 가장 가까운 모델은 Q500 및 Q700 있습니다. </td></tr><tr><td> RP-HPLC : 생물학적 DuoFlow 크로마토 그래피 시스템, 소프트웨어 버전 5.3 </td><td> 바이오 RAD 연구소 </td><td> 카탈로그 개수 760-0047, 구성 번호 : AU500571, 시리얼 번호 : 484BR3705 </td><td> 펩티드는 높은 AQ의 위상 HPLC 컬럼을 취소에 바인딩ueous 모바일 위상 및 높은 유기 모바일 위상과 RP HPLC 컬럼에서 용출되어 있습니다. RP에서 HPLC의 펩티드들은 소수성 문자에 따라 구분됩니다. 펩티드는 유기 용매의 선형 그라데이션을 실행하여 분리 할 수​​ 있습니다. </td></tr><tr><td> 준비 HT C3 ZORBAX 300SB-HPLC 분석 칼럼, 21.2 X 150mm, 5 μm의 입자 크기 </td><td> 애질런트 </td><td> 제품 번호 : 895150-909 </td><td> 반대로 상 HPLC 칼럼 </td></tr><tr><td> NuPAGE 12% 비스 - 트리스 젤 </td><td> 생명 기술 </td><td> NP0341BOX </td><td> 단백질 전기 영동을위한 사전 주조 젤 </td></tr><tr><td> 슬라이드-A-Lyzer G2 투석 카세트, 3.5K MWCO </td><td> 열 과학 </td><td> 제품 번호 : 87724 </td><td> 샘플 투석 </td></tr></tbody></table>

production of disulfide-stabilized transmembrane peptide complexes for structural studies

막 단백질의 지질 내장 된 알파 - 나선형 도메인 간의 물리적 상호 작용은 막 단백질 단지의 접이식 및 조립과 같은 transmembrane (TM) 신호와 세포 표면 단백질 수준의 조절, 동적 인 프로세스에서 매우 중요한 역할을한다. 특정 시퀀스의 연결을 운전 구조적 기능을 이해하는 것은 TM의 펩타이드 단지의 정교한 biophysical 및 생화학 분석이 필요합니다. 그러나, TM 도메인의 극단적 인 소수성는 표준 펩타이드 화학 기술을 사용하여 조작하도록 매우 어렵게 만듭니다, 그리고 적절한 학습 자료의 생산은 종종 prohibitively 도전 증명한다. 펩티드는 현재 안정적으로 나선형 conformations 및 양식 단지를 채택 할 수있는 환경을 확인하는 것은 자발적으로 어려움의 추가 수준을 추가합니다. 여기 E.하에 게이 또는 자료에서 이종 dimeric TM의 펩타이드 단지의 생산을위한 절차를 제시 안부난, 따라서 핵 자기 공명에 대한 안정적인 동위 원소 라벨 (NMR) 또는 상대적으로 저렴하게 다른 응용 프로그램이 아닌 천연 아미노산의 설립을 허용. 이 방법의 주요 혁신은 TM 단지는 생산 및 세제, 지질 또는 기타 막 모방 재료로 재구성 할 때 안정적인 화학 양 론적하고 균일 한 구조를 형성 할 수 covalently 관련 (이황화-가교) 어셈블리로 정화된다는 것입니다. 우리는 하나의 TM 도메인 또는 가교 단지를 생산 여부 동등하게 적용하고 새로운 TM 시퀀스에이 방법을 조절하기위한 조언을 제공 표현과 정화에 대한 조심스럽게 최적화 된 절차를 제시한다.

trpLE fusions에 달성 표현의 수준은 변수 첨부 된 펩타이드의 아미노 산 순서에 크게 의존한다. 그림 3은 사전 유도의 SDS-PAGE 분석 (차선 1) 시간의 수확 (차선 2) 표시 문화 1 리터과 4 ML의 니켈 매트릭스에서 순수한 그대로 trpLE-DAP12TM 융합의 약 12​​0 밀리그램이 나왔고 문화에서 샘플. trpLE - DAP12TM 융합의 모든으로 표면에 뜨는 (레인 3)에 반대 포함 몸 펠릿 (레인 4)로 번역되었습니다. ...

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Production of Disulfide-stabilized Transmembrane Peptide Complexes for Structural Studies

막 임베디드 단백질 도메인 간 상호 작용의 Biophysical 및 생화학 연구는 적절한 학습 자료를 얻는 첫 번째있는 많은 기술적 도전을 직면하고 있습니다. 이 문서는 솔루션을 핵 자기 공명 (NMR) 및 기타 분석 응용 프로그램의 구조 분석에 적합 이황화 - 안정화의 transmembrane의 펩타이드 복합체를 생산하고 정화를위한 프로토콜을 설명합니다.

구조 연구 생산 이황화 - 안정화 Transmembrane의 펩타이드 단지

Physical  interactions among the lipid-embedded alpha-helical domains of membrane  proteins play a crucial role in folding and assembly of membrane ...

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14.0K 조회수.  The Walter and Eliza Hall Institute of Medical Research. 막 임베디드 단백질 도메인 간 상호 작용의 Biophysical 및 생화학 연구는 적절한 학습 자료를 얻는 첫 번째있는 많은 기술적 도전을 직면하고 있습니다. 이 문서는 솔루션을 핵 자기 공명 (NMR) 및 기타 분석 응용 프로그램의 구조 분석에 적합 이황화 - 안정화의 transmembrane의 펩타이드 복합체를 생산하고 정화를위한 프로토콜을 설명합니다.