이 작품은 스위스 국립 과학 재단 (보조금 N PZ00P2_126430 / 1 ° 및 PZ00P2_144595)에 의해 지원되었다. 교수 C. Leumann 대해 감사의 실험실 공간 및 장비를 제공뿐만 아니라, 자신의 지속적인 지원에 대해 인정 받고 있습니다. 양 고소 KNECHT는 유익한 토론을위한 인정 받고 있습니다.

1. 수정 된 뉴 클레오 사이드 트리 포스페이트의 합성 선택의 합성 방법은이 방법은 일반적으로 신뢰성이 매우 몇 가지 측면 제품 (그림 1A) 39 리드 이후 루드비히와 에크 스테인에 의해 개발 된 절차를 따릅니다. <ol><li> 회 무수 피리딘 (2 ml)로하고, 밤새 진공 하에서 건조 후 적절 3&#39;-OAC 보호 된 뉴 클레오 시드 (전형적 0.1 밀리몰)으로 공 증발. 동시에, 진공하에 밤새 건조 피로 인산 트리 부틸 암모늄 (0.13 mmol)을 첨가 하였다. </li><li> 건조 피리딘 (0.2 ㎖)을 최소로 뉴 클레오 시드를 용해 및 공용 ​​매로 건조 디 옥산 (0.4 ml)에 추가합니다. 마지막으로, 2 - 클로로 -1,3,2 - benzodioxaphosphorin -4 - 온 (0.11 밀리몰)을 첨가하고 45 분 동안 실온에서 반응하도록 허용한다. 주 : 특정 손질 2 - 클로로 -1,3,2 - benzodioxaphosphorin -4 - 온 시약으로 이동해야 주목할 만하다. 실제로, 불활성 가스 atmosp에서이 시약에서도 스토리지여기의 분해를 방지하기에 충분하지 않다. 따라서,이 분해에 형성되는 백색 고체를 사용하기 전에 긁어되어야 할 수있다. </li><li> 건조 DMF (0.17 ㎖)에 트리 부틸 피로 인산 용액 및 새로 증류 부틸 준비 (58 μl를, 분 자체를 추가하지 않습니다). 반응 혼합물 (백색 침전물이 나타나지만 빨리 사라)로 생성 된 용액을 추가 45 분 동안 실온에서 반응하도록 허용한다. </li><li> 요오드의 용액을 피리딘 (0.16 밀리몰) (0.98 ㎖) 및 H 2 O (20 μL)을 준비하고 (III) 중심 Pα를 산화시키기 위해, 반응 혼합물에 추가한다. 생성 된 짙은 용액은 실온에서 30 분 동안 교반하도록 허용. </li><li> I 2 과잉을 해소하기 위해 NAS 2 O 3의 10 % 수용액을 사용합니다. 진공 하에서 용매를 제거 하였다 (회전 증발기의 수조의 온도는 30 ℃ 이하로 유지되어야한다). H 2 O (5 ㎖)을 추가하고 MI에게 허용환상 인산 잔기를 가수 분해 실온에서 30 분 동안 서서 xture. </li><li> 이 단계에서, 보호기는 일반적으로 (3&#39;-OAC 및 핵 염기의 측쇄에 개 즉) 제거된다. 결과적으로, 조 질의에 NH 4 OH (H 2 O, 10 ㎖의 30 %)을 추가하고, 실온에서 1.5 시간 동안 교반하고, 진공하에 용매를 제거한다. </li><li> 2 튜브에 H 2 O 및 분할의 2 ML을 추가합니다. 30 분 동안 아세톤 원심 분리 (1,000 XG)에서 차아 염소산 나트륨 4의 2 % 용액의 12 ML을 추가합니다. 이 절차를 한 번 더 반복한다. 침전물을 따라서 실질적으로 계속되는 RP-HPLC 정제를 단순화 (침전 것) 트리 포스페이트로부터 합성에 사용되는 용매 및 시약의 분리를 허용한다. </li><li> 유성 잔류 공기 건조 후, (표준 절차에 따라 재료 및 그림 3의 또한 목록 참조) 원유의 31 P-NMR 스펙트럼을 기록하고4 ML의 H 2 O에 용해 주 :이 합성 절차는 주로 개질 옥시 뉴 클레오 시드 트리 포스페이트의 생성에 초점을 맞추고 있지만, 매우 유사한 절차 (단순히, 3&#39;-비스-O-아세틸 화 된 전구체 &#39;2를 사용하여) 자신의 RNA 대조를 위해 적용될 수있다. </li></ol> 2. 수정 된 뉴 클레오 사이드 트리 포스페이트의 H​​PLC 정화 <ol><li> 트리 에틸 암모늄 바이 카보네이트 (TEAB)의 1 M 스톡 용액의 제조 : 40 <ol><li> 증류시키고 여과 H 2 O.의 ≈ 600 ㎖에 트리 에틸 아민 1 몰 (139 ㎖)의 용액을 준비 </li><li> 거품 이산화탄소 (드라이 아이스와 가스 버블을 통해) 격렬하게 교반하면서 용액에 7.6의 pH가 (이 적어도 10 시간이 소요됩니다)에 도달 할 때까지. 이 원액은 최대 1 달 동안 냉장고에 저장 될 수있다. </li></ol></li><li> 정화 : <ol><li> 초순수에 50 mM의 TEAB 2 L (용출액 A) : 1 M 주식에서 두 개의 버퍼 용액을 준비차 50 %의 MeCN (용출액 B)에서 50 mM의 TEAB 1 L. 두 용리액 진공하에 20 분 동안 교반 드가이 (세심한주의가 탈기 중에 CO 2를 제거하여 pH를 변경하지 않도록 요구된다.) </li><li> 300 ㎕의 증류수 H 2 O의 원유 인산의 10 μl를 용해하여 분석 샘플을 준비하고 반 예비 RP 컬럼 (C18)을 탑재까지 그라데이션을 사용하여 HPLC 시스템에 주입 40 분의 0 ~ 100 % B에서 (그림 4). 인산의 R 티셔츠 (일반적으로 크로마토 그램의 주 피크 인)와 (약간 낮은 R 티셔츠가) 인산에 따라 HPLC 프로그램을 조정합니다. 이러한 조건과 약간의 인산을 포함 할 수 있습니다 초기 분수를 제거를 사용하여 조 혼합물을 정제. </li><li> 생성물을 포함하는 모든 분획을 합하고 동결 건조 (원하지 diphosph로 가수 분해를 최소화하기 위해, 회전 증발기에서 증발되는 것이 바람직) 먹었다. (용리액에서 남은 트리 에틸 아민을 제거하기 위해) 초순수 여러 번 공 증발. NMR에 의한 인산의 순도 표준 프로토콜의 응용 프로그램 (1 H와 31 P의 NMR 모두) 및 MALDI-TOF (그림 5 참조) 평가합니다. 이 프로토콜의 애플리케이션에 의해 얻어지는 전형적인 수율은 일반적으로 기판에 따라 30-70 %의 범위에 놓여. </li></ol></li></ol> 3. 뇌관 확장 반응과 TDT 중합 <ol><li> 프라이머의 5&#39;-말단 라벨링 <ol><li> 프라이머 30 pmol의 혼합 (예 : P1, 재료 목록) 배 폴리 뉴클레오티드 키나제 (PNK) 버퍼, γ-[32 P] ATP, PNK 1 μL, 그리고 DDH 2 O 3 μL (용의 4 μL와 40 μl의 총 반응 부피). 30 분 동안 37 ° C에서 반응 혼합물을 품어 후 키나제 (70 ° C에서 10 분) 열 비활성화합니다. </li><li> 라벨 반응 준비 중실란 화 된 유리 섬유와 1 ㎖ 피펫 팁을 연결하고 G10 솔루션 (DDH 2 O 10 %, 멸균)과 팁을 작성하여 G10 세파 덱스 컬럼. 스핀 다운 및 500 μL의 DDH 2 O 50 μL의 DDH 2 O. 한 최종 세척로 3 회 세척 (무료 방사성 라벨을 제거하기 위해) G10을 통해 반응 혼합물을 실행합니다. </li><li> 젤 (PAGE 20 %) 방사성 동위 원소 표지 된 프라이머를 정화하고 호감을 적용하여 복구 (15)에 대해 72 ° C에서 1 % LiClO 4, 1 mm 순중량 3 (산도 8)을 함유하는 수용액 500 μL와 방법 (즉, 용출을 흡수 분). 에탄올 침전 및 G10은 용출 올리고 뉴클레오티드를 탈염. </li></ol></li><li> 프라이머 신장 반응 <ol><li> 단련 한 방사성 동위 원소 표지 된 프라이머 P1의 pmol의 10 pmol의 프라이머 P1, 10 (사용되는 효소의 공급 업체에서 제공) 10 배 반응 버퍼에서 템플릿 T1 (자료 목록)의 pmol의 t을 배치하여우베 뜨거운 (90 ~ 95 ° C) 물에 서서히 (45 분 이상) 실온까지 냉각 할 수 있도록하여. </li><li> 얼음에 튜브를 넣고 (다시)의 dNTP 칵테일 추가 (수정과를 모두 포함을 자연 트리 포스페이트, 100 μM 최종 농도)와 DNA 중합 효소의 1 U (엑소 (환기 - 클레 나우, PWO 또는 11 ° N) m)와 20 μL의 총 반응 부피를위한 물 ()를 완료하십시오. (-)를 사용하고 공기 빼기 (엑소 30 분 동안 예를 들어, 60 ° C) 효소의 최적의 작동 온도에서 배양한다. </li><li> 스톱 솔루션 (포름 아미드 (70 %), 에틸렌 디아민 테트라 아세트산 (EDTA, 50 mM의), 브로 모 페놀 블루 (0.1 %), 자일 렌 cyanol (0.1 %))의 20 μl를 추가, 샘플 (95 ° C, 5 분) 가열, 냉각 아래로 (0 ° C), 및 폴리 아크릴 아마이드 겔 전기를 변성하여 해결할 수 있습니다. phosphorimager으로 시각화. </li></ol></li><li> TDT 중합 <ol><li> 단일 가닥의 7 pmol의 희석레이블이 지정되지 않은 프라이머 P2 (자료 목록), 1 μL의 TDT 버퍼 10 배의 방사성 동위 원소 프라이머 1 pmol의. </li><li> 얼음에 튜브를 넣고 (다시) (10 및 200 μM 사이를 포함 적절한 농도)의 dNTP 칵테일 및 TDT 중합 효소 (4 U)를 추가합니다. 1 시간 동안 37 ℃에서 배양한다. 정지 용액 10 μl를 추가, 샘플 (95 ° C, 5 분) 열 (0 ° C)를 냉각, 및 (PAGE 15 %) 폴리 아크릴 아마이드 겔 전기를 변성하여 해결할 수 있습니다. phosphorimager으로 시각화. </li></ol></li></ol> 4. 수정 된 뉴 클레오 사이드 트리 포스페이트와 PCR <ol><li> 모두 앞으로의 8 pmol의 혼합 및 증폭되는 템플릿의 0.5 pmol의와 역방향 프라이머. 10X 반응 버퍼 (200 μM 최종 농도)의 dNTP 칵테일을 추가하고 얼음에 튜브를 넣어. 20 μL의 최종 볼륨에 도달 한 DNA 중합 효소의 U와 H 2 O를 갖춘 추가. PCR 유리 병에 혼합물을 전송하고 30 PCR주기를 실시하고 있습니다.</li><li> 배 크로스로드 버퍼의 10 μL와 10 μl를 희석하고 전기 영동 (에티 디움 브로마이드로 염색) 아가로 오스로 2 %를 해결할 수 있습니다. phosphorimager으로 시각화. </li></ol>

관심 없음 충돌 선언하지 않습니다.

핵산에 수정이 포함되어 있다고 안티센스 및 antigene 에이전트의 개발 42, 43, 라벨 및 올리고 뉴클레오티드 (41)의 기능 태그 등 다양한 실제 응용 프로그램에 대한 관심, 그리고 유전 알파벳 44-46을 확장하기 위해 노력합니다. 화학 변경 및 작용기는 일반적으로 표준 자동화 고체 상 합성 프로토콜을 적용하여 핵산에 도입된다. 그러나, 포스 빌딩 블록은 다시 화학적 기능 <sup...

<html> 5&#39;-뉴 클레오 사이드 트리 포스페이트 ((D) NTPS)는 에너지의 보편적 인 통화되는 세포 물질 대사의 규제에 이르기까지 수많은 프로세스와 기능에 관련된 중요한 생체 분자의 종류를 나타냅니다. 이러한 기본적인 생물학적 변환에서의 역할뿐만 아니라, 자신의 수정 된 대응은 올리고 뉴클레오티드에 작용기의 도입에 대한 다양하고 가벼운 플랫폼, 잘 일반적으로 1,2 적용되는 자동화 된 고체상 합성을 보완하는 방법으로 전진했다. 사실, (D) NTPS은 RNA와 DNA 중합 효소 3 기판, 아미노산 4-13, 보론 산 14, 15, nornbornene 16, 다이아 몬도와 같은 잔류 17 일에 대한 사이드 체인 등의 기능 그룹의 풍부한 역할을 할 수 제공 organocatalysis 18 담즙산 19, 심지어 올리고 뉴클레오티드 (20)는 올리고 뉴클레오티드에 도입 될 수있다. _content &quot;&gt; 핵산의 작용에 편리한 벡터를 나타내는 외에도, 수정의 dNTPs는 SELEX 및 수정 된 촉매 핵산 21-30과 다양한 실제 응용 프로그램 (10)에 대한 압 타머의 생성을위한 체외 선택 기타 관련 조합 방법에 종사 할 수있다 31-36. 수정의 dNTPs의 중합에 의해 도입 된 추가 사이드 체인은 선택의 실험 기간 동안 탐험 핵산 (37)의 다소 빈약 한 기능의 무기고를 보충 할 수있는 화학 물질 공간을 늘릴 생각된다. 그러나 이러한에도 불구하고 매력적인 특성과 합성 및 분석 방법 모두의 개발에서 만든 최근의 진보, 보편적으로 적용 가능하고 높은 항복 절차는 수정 된 뉴 클레오 사이드 트리 포스페이트 2.38의 씁니다 존재합니다. 이 의정서의 목적은 (때로는) 복잡한 절차 선도 t으로 빛을 발산하는 것입니다오 합성이 활성화 빌딩 블록 (그림 1B)의 생화학 적 특성. 특별한 강조가 종종 발견하기 어려운 또는 실험 섹션에 존재하지만 순수한 (D) NTPS의 분리 (그림 1)에 이르는 합성 경로의 성공적인 완료에 아직 중요한 모든 합성 세부 사항에 대해 설명하기로한다.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="799">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:333px;">tributylammonium pyrophosphate&#160;</td>
			<td style="width:109px;">Sigma Aldrich</td>
			<td style="width:143px;">P8533</td>
			<td style="width:215px;">Hygroscopic solid, keep under Ar</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:333px;"></td>
			<td style="width:109px;"></td>
			<td style="width:143px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">2-chloro-1,3,2-benzodioxaphosphorin-4-one&#160;</td>
			<td style="width:109px;">Sigma Aldrich</td>
			<td align="right" style="width:143px;">324124</td>
			<td>Moisture sensitive</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:333px;"></td>
			<td style="width:109px;"></td>
			<td style="width:143px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:333px;">Pyridine</td>
			<td style="width:109px;">Sigma Aldrich</td>
			<td align="right" style="width:143px;">82704</td>
			<td>Under molecular sieves</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:333px;"></td>
			<td style="width:109px;"></td>
			<td style="width:143px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:333px;">Dioxane</td>
			<td style="width:109px;">Sigma Aldrich</td>
			<td align="right" style="width:143px;">296309</td>
			<td>Under molecular sieves</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:333px;"></td>
			<td style="width:109px;"></td>
			<td style="width:143px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:333px;">dimethylformamide (DMF)</td>
			<td style="width:109px;">Sigma Aldrich</td>
			<td align="right" style="width:143px;">40248</td>
			<td>Under molecular sieves</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:333px;"></td>
			<td style="width:109px;"></td>
			<td style="width:143px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:333px;">Acetonitrile&#160;</td>
			<td style="width:109px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:143px;"></td>
			<td>HPLC grade</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:333px;"></td>
			<td style="width:109px;"></td>
			<td style="width:143px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:333px;">Triethylamine</td>
			<td style="width:109px;">Sigma Aldrich</td>
			<td align="right" style="width:143px;">90342</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:333px;"></td>
			<td style="width:109px;"></td>
			<td style="width:143px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:333px;">Tributylamine</td>
			<td style="width:109px;">Sigma Aldrich</td>
			<td align="right" style="width:143px;">90781</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:333px;"></td>
			<td style="width:109px;"></td>
			<td style="width:143px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="25">
			<td height="25" style="height:25px;width:333px;">ddH2O</td>
			<td style="width:109px;">Milli-Q</td>
			<td style="width:143px;"></td>
			<td>deionized and purified water, autoclaved in the presence of Diethylpyrocarbonate (DEPC)</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:333px;"></td>
			<td style="width:109px;"></td>
			<td style="width:143px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Diethylpyrocarbonate (DEPC)</td>
			<td style="width:109px;">Sigma Aldrich</td>
			<td align="right" style="width:143px;">159220</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;"></td>
			<td style="width:109px;"></td>
			<td style="width:143px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="86">
			<td height="86" style="height:86px;width:333px;">D2O</td>
			<td style="width:109px;">Cambridge Isotope Laboratories, Inc.</td>
			<td style="width:143px;">DLM-4-25</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:333px;"></td>
			<td style="width:109px;"></td>
			<td style="width:143px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:333px;"></td>
			<td style="width:109px;"></td>
			<td style="width:143px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:333px;">Biochemical reagents</td>
			<td style="width:109px;"></td>
			<td style="width:143px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:333px;"></td>
			<td style="width:109px;"></td>
			<td style="width:143px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:333px;">g-[32P]-ATP</td>
			<td style="width:109px;">Hartmann Analytics</td>
			<td style="width:143px;">FP-301</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:333px;"></td>
			<td style="width:109px;"></td>
			<td style="width:143px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:333px;">Natural dNTPs</td>
			<td style="width:109px;">Promega</td>
			<td style="width:143px;">U1420</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:333px;"></td>
			<td style="width:109px;"></td>
			<td style="width:143px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="24">
			<td height="24" style="height:24px;width:333px;">Vent (exo-) DNA polymerase</td>
			<td style="width:109px;">NEB</td>
			<td style="width:143px;">M0257S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:333px;"></td>
			<td style="width:109px;"></td>
			<td style="width:143px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:333px;">DNA polymerase I, Large (Klenow) Fragment</td>
			<td style="width:109px;">NEB</td>
			<td style="width:143px;">MO210S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:333px;"></td>
			<td style="width:109px;"></td>
			<td style="width:143px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="25">
			<td height="25" style="height:25px;width:333px;">9&#176;Nm DNA polymerase</td>
			<td style="width:109px;">NEB</td>
			<td style="width:143px;">MO260S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:333px;"></td>
			<td style="width:109px;"></td>
			<td style="width:143px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:333px;">Terminal deoxynucleotidyl Transferase (TdT)</td>
			<td style="width:109px;">Promega</td>
			<td style="width:143px;">M828A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:333px;"></td>
			<td style="width:109px;"></td>
			<td style="width:143px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:333px;">Pwo DNA polymerase</td>
			<td style="width:109px;">Peqlab</td>
			<td style="width:143px;">01 01 5010</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:333px;"></td>
			<td style="width:109px;"></td>
			<td style="width:143px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:333px;">T4 PNK</td>
			<td style="width:109px;">Thermo Scientific</td>
			<td>EK0032</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:333px;"></td>
			<td style="width:109px;"></td>
			<td style="width:143px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:333px;">Acrylamide/bisacrylamide (19:1, 40%)</td>
			<td style="width:109px;">Serva</td>
			<td align="right" style="width:143px;">10679.01</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:333px;"></td>
			<td style="width:109px;"></td>
			<td style="width:143px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:333px;">Agarose</td>
			<td style="width:109px;">Apollo Scientific</td>
			<td style="width:143px;">BIA1177</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:333px;"></td>
			<td style="width:109px;"></td>
			<td style="width:143px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:333px;">G10 Sephadex</td>
			<td style="width:109px;">Sigma</td>
			<td style="width:143px;">G10120</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:333px;"></td>
			<td style="width:109px;"></td>
			<td style="width:143px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:333px;">Urea</td>
			<td style="width:109px;">Apollo Scientific</td>
			<td style="width:143px;">BIU4110</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:333px;"></td>
			<td style="width:109px;"></td>
			<td style="width:143px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:333px;">Equipment</td>
			<td style="width:109px;"></td>
			<td style="width:143px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:333px;"></td>
			<td style="width:109px;"></td>
			<td style="width:143px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:333px;">Jupiter semi-preparative RP-HPLC column (5m C18 300&#197;)</td>
			<td style="width:109px;">Phenomenex</td>
			<td style="width:143px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:333px;"></td>
			<td style="width:109px;"></td>
			<td style="width:143px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:333px;">Gene Q Thermal Cycler</td>
			<td style="width:109px;">Bioconcept</td>
			<td style="width:143px;">BYQ6042E</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:333px;"></td>
			<td style="width:109px;"></td>
			<td style="width:143px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:333px;">PCR vials</td>
			<td style="width:109px;">Bioconcept</td>
			<td style="width:143px;">3220-00</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:333px;"></td>
			<td style="width:109px;"></td>
			<td style="width:143px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:333px;">HPLC system</td>
			<td style="width:109px;">Amersham Pharmacia Biotech</td>
			<td style="width:143px;"></td>
			<td>&#196;kta basic 10/100</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:333px;"></td>
			<td style="width:109px;"></td>
			<td style="width:143px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:333px;"></td>
			<td style="width:109px;"></td>
			<td style="width:143px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:333px;">Oligonucleotides</td>
			<td style="width:109px;"></td>
			<td style="width:143px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:333px;"></td>
			<td style="width:109px;"></td>
			<td style="width:143px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:333px;">All oligonucleotides were purchased from Microsynth and purified by PAGE</td>
			<td style="width:109px;"></td>
			<td style="width:143px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:333px;"></td>
			<td style="width:109px;"></td>
			<td style="width:143px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:333px;">5&#39;-CAAGGACAAAATACCTGTATTCCTT P1</td>
			<td style="width:109px;"></td>
			<td style="width:143px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:333px;"></td>
			<td style="width:109px;"></td>
			<td style="width:143px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:333px;">5&#39;-GACATCATGAGAGACATCGCCTCTGGGCTAAT-AGGACTACTTCTAATCTGTAAGAGCAGATCCCTGG-ACAGGCAAGGAATACAGGTATTTTGTCCTTG T1</td>
			<td style="width:109px;"></td>
			<td style="width:143px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:333px;"></td>
			<td style="width:109px;"></td>
			<td style="width:143px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:333px;">5&#39;-GAATTCGATATCAAG P2</td>
			<td style="width:109px;"></td>
			<td style="width:143px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:333px;"></td>
			<td style="width:109px;"></td>
			<td style="width:143px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:333px;">More information on experimental procedures and equipment can be found in the following articles:</td>
			<td style="width:109px;"></td>
			<td style="width:143px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:333px;">Chem. Eur. J. 2012, 18, 13320 &#8211; 13330</td>
			<td style="width:109px;"></td>
			<td style="width:143px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:333px;">Org. Biomol. Chem. 2013, DOI: 10.1039/C3OB40842F.</td>
			<td style="width:109px;"></td>
			<td style="width:143px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

nucleoside triphosphates - from synthesis to biochemical characterization

화학 작용기의 도입을위한 전통적인 전략은 초기 체인 적절히 변경됨 포스 전구체를 추가하여 고상 합성을 사용하는 것이다. 그러나 오히려 짧은 시퀀스 합성 중에 사용 제한 조건이 방법론의 적용을 방해. 한편, 변형 된 뉴 클레오 사이드 트리 포스페이트는 핵산, 실제 응용의 광범위한 팔레트 변경됨 핵산의 사용을 위해 도로를 포장 전략으로 수많은 작용기 마일드 도입에 이용 된 빌딩 블록을 활성화 이러한 리보 자임하고 DNAzymes의 기능 태그 및 생성 등. 주요 과제 중 하나는 이러한 뉴 클레오 시드 유사체의 분리 및 특성에 이르는 방법론의 복잡함에 있습니다. 이 비디오 문서에서는, 우리는 살전의 합성에 대한 자세한 프로토콜을 제시한다전자 인 (III) 기반의 시약을 사용하여 유사체를 수정했습니다. 또, 생화학 적 특성 규명을위한 절차는 프라이머 신장 반응 및 TDT 테일링 중합에 중점으로, 누설된다. 이 상세한 프로토콜은 수정의 dNTPs 크래프트 조합 및 화학 생물학에서의 추가 사용을위한 사용이 될 것입니다.

그들은 핵산 (41)에 작용기의 광대 한 배열의 손쉬운 도입을 허용 이후 수정 된 뉴 클레오 사이드 트리 포스페이트 합성 목표를 매혹됩니다. 그러나, 이러한 활성화 된 빌딩 블록의 분리 및 특성 규명은 종종 힘든 것으로 밝혀진다. 따라서, 여기에 기술 된 결과를 상기 합성, 생화학 적 절차 (그림 1B) 내에서 여러 단계를 수행하기 위해 도움의 손길을 제공 할 것으로 생각된다. </...

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Nucleoside Triphosphates - From Synthesis to Biochemical Characterization

여기에 설명 된 프로토콜은 수정 된 뉴 클레오 사이드 트리 포스페이트로 이어지는 복잡한 경로의 방법으로 다양한 장애물을 설명하고 요약하다하는 것을 목표로하고있다. 따라서,이 프로토콜은 이러한 활성화 된 빌딩 블록의 합성과 실제 응용 프로그램의 가용성 모두를 용이하게합니다.

뉴 클레오 사이드 트리 포스페이트 - 합성에서 생화학 적 특성에

The  traditional strategy for the introduction of chemical functionalities is the  use of solid-phase synthesis by appending suitably modified ...

nucleoside-triphosphates-from-synthesis-to-biochemical

Research

JoVE Journal

Chemistry

17.0K 조회수.  University of Bern.  여기에 설명 된 프로토콜은 수정 된 뉴 클레오 사이드 트리 포스페이트로 이어지는 복잡한 경로의 방법으로 다양한 장애물을 설명하고 요약하다하는 것을 목표로하고있다. 따라서,이 프로토콜은 이러한 활성화 된 빌딩 블록의 합성과 실제 응용 프로그램의 가용성 모두를 용이하게합니다. 

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Split-and-pool Synthesis and Characterization of Peptide Tertiary Amide Library

Peptidomimetics are great sources of protein ligands. The oligomeric nature of these compounds enables us to access large synthetic libraries on solid phase by using combinatorial chemistry. One of the most well studied classes of peptidomimetics is peptoids. Peptoids are easy to synthesize and have been shown to be proteolysis-resistant and cell-permeable. Over the past decade, many useful protein ligands have been identified through screening of peptoid libraries. However, most of the ligands identified from peptoid libraries do not display high affinity, with rare exceptions. This may be due, in part, to the lack of chiral centers and conformational constraints in peptoid molecules. Recently, we described a new synthetic route to access peptide tertiary amides (PTAs). PTAs are a superfamily of peptidomimetics that include but are not limited to peptides, peptoids and N-methylated peptides. With side chains on both &#945;-carbon and main chain nitrogen atoms, the conformation of these molecules are greatly constrained by sterical hindrance and allylic 1,3 strain. (Figure 1) Our study suggests that these PTA molecules are highly structured in solution and can be used to identify protein ligands. We believe that these molecules can be a future source of high-affinity protein ligands. Here we describe the synthetic method combining the power of both split-and-pool and sub-monomer strategies to synthesize a sample one-bead one-compound (OBOC) library of PTAs.

Peptide tertiary amides (PTAs) are a superfamily of peptidomimetics that include but are not limited to peptides, peptoids and N-methylated peptides. Here we describe a synthetic method which combines&#160;both split-and-pool and sub-monomer strategies to synthesize a one-bead one-compound library of PTAs.

분할 및 풀 합성 펩타이드 급 아미드 도서관의 특성

Peptidomimetics are great sources of protein ligands. The oligomeric nature of these compounds enables us to access large synthetic libraries on solid ...

연구

화학

Synthesis and Characterization of Functionalized Metal-organic Frameworks

Metal-organic frameworks have attracted extraordinary amounts of research attention, as they are attractive candidates for numerous industrial and technological applications. Their signature property is their ultrahigh porosity, which however imparts a series of challenges when it comes to both constructing them and working with them. Securing desired MOF chemical and physical functionality by linker/node assembly into a highly porous framework of choice can pose difficulties, as less porous and more thermodynamically stable congeners (e.g., other crystalline polymorphs, catenated analogues) are often preferentially obtained by conventional synthesis methods. Once the desired product is obtained, its characterization often requires specialized techniques that address complications potentially arising from, for example, guest-molecule loss or preferential orientation of microcrystallites. Finally, accessing the large voids inside the MOFs for use in applications that involve gases can be problematic, as frameworks may be subject to collapse during removal of solvent molecules (remnants of solvothermal synthesis). In this paper, we describe synthesis and characterization methods routinely utilized in our lab either to solve or circumvent these issues. The methods include solvent-assisted linker exchange, powder X-ray diffraction in capillaries, and materials activation (cavity evacuation) by supercritical CO2 drying. Finally, we provide a protocol for determining a suitable pressure region for applying the Brunauer-Emmett-Teller analysis to nitrogen isotherms, so as to estimate surface area of MOFs with good accuracy.

Synthesis, activation, and characterization of intentionally designed metal-organic framework materials is challenging, especially when building blocks are incompatible or unwanted polymorphs are thermodynamically favored over desired forms. We describe how applications of solvent-assisted linker exchange, powder X-ray diffraction in capillaries and activation via supercritical CO2 drying, can address some of these challenges.

기능화의 합성 및 특성 금속 - 유기 프레임 워크

Metal-organic frameworks have attracted extraordinary amounts of research attention, as they are attractive candidates for numerous industrial and ...

The Synthesis, Characterization and Reactivity of a Series of Ruthenium N-triphosPh Complexes

Herein we report the synthesis of a tridentate phosphine ligand N(CH2PPh2)3 (N-triphosPh) (1) via a phosphorus based Mannich reaction of the hydroxylmethylene phosphine precursor with ammonia in methanol under a nitrogen atmosphere. The N-triphosPh ligand precipitates from the solution after approximately 1 hr of reflux and can be isolated analytically pure via simple cannula filtration procedure under nitrogen. Reaction of the N-triphosPh ligand with [Ru3(CO)12] under reflux affords a deep red solution that show evolution of CO gas on ligand complexation. Orange crystals of the complex [Ru(CO)2{N(CH2PPh2)3}-&#954;3P] (2) were isolated on cooling to RT. The 31P{1H} NMR spectrum showed a characteristic single peak at lower frequency compared to the free ligand. Reaction of a toluene solution of complex 2 with oxygen resulted in the instantaneous precipitation of the carbonate complex [Ru(CO3)(CO){N(CH2PPh2)3}-&#954;3P] (3) as an air stable orange solid. Subsequent hydrogenation of 3 under 15 bar of hydrogen in a high-pressure reactor gave the dihydride complex [RuH2(CO){N(CH2PPh2)3}-&#954;3P] (4), which was fully characterized by X-ray crystallography and NMR spectroscopy. Complexes 3 and 4 are potentially useful catalyst precursors for a range of hydrogenation reactions, including biomass-derived products such as levulinic acid (LA). Complex 4 was found to cleanly react with LA in the presence of the proton source additive NH4PF6 to give [Ru(CO){N(CH2PPh2)3}-&#954;3P{CH3CO(CH2)2CO2H}-&#954;2O](PF6) (6).

The Synthesis, Characterization and Reactivity of a Series of Ruthenium N-triphosPh Complexes

Ruthenium phosphine complexes are widely used for homogeneous catalytic reactions such as hydrogenations. The synthesis of a series of novel tridentate ruthenium complexes bearing the N-triphos ligand N(CH2PPh2)3 is reported. Additionally, the stoichiometric reaction of a dihydride Ru&#8211;N-triphos complex with levulinic acid is described.

루테늄의 시리즈의 합성, 특성 및 반응성<em&gt; N</em&gt; -triphos<sup&gt; 박사</sup&gt; 단지

Herein we report the synthesis of a tridentate phosphine ligand N(CH2PPh2)3 (N-triphosPh) (1) via a phosphorus based Mannich reaction of the ...

Synthesis, Characterization, and Functionalization of Hybrid Au/CdS and Au/ZnS Core/Shell Nanoparticles

Plasmonic nanoparticles are an attractive material for light harvesting applications due to their easily modified surface, high surface area and large extinction coefficients which can be tuned across the visible spectrum. Research into the plasmonic enhancement of optical transitions has become popular, due to the possibility of altering and in some cases improving photo-absorption or emission properties of nearby chromophores such as molecular dyes or quantum dots. The electric field of the plasmon can couple with the excitation dipole of a chromophore, perturbing the electronic states involved in the transition and leading to increased absorption and emission rates. These enhancements can also be negated at close distances by energy transfer mechanism, making the spatial arrangement of the two species critical. Ultimately, enhancement of light harvesting efficiency in plasmonic solar cells could lead to thinner and, therefore, lower cost devices. The development of hybrid core/shell particles could offer a solution to this issue. The addition of a dielectric spacer between a gold nanoparticles and a chromophore is the proposed method to control the exciton plasmon coupling strength and thereby balance losses with the plasmonic gains. A detailed procedure for the coating of gold nanoparticles with CdS and ZnS semiconductor shells is presented. The nanoparticles show high uniformity with size control in both the core gold particles and shell species allowing for a more accurate investigation into the plasmonic enhancement of external chromophores.

The synthesis of uniform gold nanoparticles coated with semiconductor shells of CdS or ZnS is performed. The semiconductor coating is conducted by first depositing a silver sulfide shell and exchanging the silver cations for zinc or cadmium cations.

합성, 특성 및 하이브리드 금 / CD 및 금 /은 ZnS 코어 / 쉘 나노 입자의 작용 화

Plasmonic nanoparticles are an attractive material for light harvesting applications due to their easily modified surface, high surface area and large ...

Synthesis and Characterization of Supramolecular Colloids

Control over colloidal assembly is of utmost importance for the development of functional colloidal materials with tailored structural and mechanical properties for applications in photonics, drug delivery and coating technology. Here we present a new family of colloidal building blocks, coined supramolecular colloids, whose self-assembly is controlled through surface-functionalization with a benzene-1,3,5-tricarboxamide (BTA) derived supramolecular moiety. Such BTAs interact via directional, strong, yet reversible hydrogen-bonds with other identical BTAs. Herein, a protocol is presented that describes how to couple these BTAs to colloids and how to quantify the number of coupling sites, which determines the multivalency of the supramolecular colloids. Light scattering measurements show that the refractive index of the colloids is almost matched with that of the solvent, which strongly reduces the van der Waals forces between the colloids. Before photo-activation, the colloids remain well dispersed, as the BTAs are equipped with a photo-labile group that blocks the formation of hydrogen-bonds. Controlled deprotection with UV-light activates the short-range hydrogen-bonds between the BTAs, which triggers the colloidal self-assembly. The evolution from the dispersed state to the clustered state is monitored by confocal microscopy. These results are further quantified by image analysis with simple routines using ImageJ and Matlab. This merger of supramolecular chemistry and colloidal science offers a direct route towards light- and thermo-responsive colloidal assembly encoded in the surface-grafted monolayer.

A protocol for the synthesis and characterization of colloids coated with supramolecular moieties is described. These supramolecular colloids undergo self-assembly upon the activation of the hydrogen-bonds between the surface-anchored molecules by UV-light.

Control over colloidal assembly is of utmost importance for the development of functional colloidal materials with tailored structural and mechanical ...

HPLC-based Assay to Monitor Extracellular Nucleotide/Nucleoside Metabolism in Human Chronic Lymphocytic Leukemia Cells

This method describes a sensitive, specific, reliable and reproducible reverse phase high-performance liquid chromatography (RP-HPLC) assay developed and validated for the quantification of extracellular purine nucleotides and nucleosides produced by purified chronic lymphocytic leukemia (CLL) cells under different culture conditions. The chromatographic separation of adenosine 5&#39;-monophosphate (AMP), adenosine (ADO) and inosine (INO) is performed at RT on a silica-based, reversed-phase column that is used for polar compound retention. The method includes a binary mobile phase, which consists of 7 mM ammonium acetate and acetonitrile with a flow rate of 1.00 ml/min. The eluates are monitored using a Photodiode Array UV detector set at 260 nm. A standard calibration curve is generated to calculate the equation for the analytical quantification of each purine compound. System control, data acquisition and analysis are then performed. Applying this protocol, AMP, INO and ADO elute at 7, 11 and 11.9 min, respectively, and the total run time for each sample is 20 min. This protocol may be applied to different cell types and cell lines (both suspension and adherent), using culture media as matrix. The advantages are easy and fast sample preparation and the requirement of a small amount of supernatant for analysis. Furthermore, the use of a serum-free medium allows skipping the protein precipitation step with acetonitrile that impacts the final concentration of purine compounds. One of the limitations of the method is the requirement of the equilibration column run before each single sample run, making the total run time of the experiment longer and preventing high throughput screening applications.

The protocol described here represents an easy and reproducible method that employs reverse phase high-performance liquid chromatography (RP-HPLC) to measure purine metabolism on chronic lymphocytic leukemia (CLL) cells cultured under different conditions.

HPLC 기반 분석은 인간의 만성 림프 구성 백혈병 세포에 세포 외 뉴클레오티드 / 뉴 클레오 시드 신진 대사를 모니터링하기

This method describes a sensitive, specific, reliable and reproducible reverse phase high-performance liquid chromatography (RP-HPLC) assay developed and ...

Synthesis and Characterization of Fe-doped Aluminosilicate Nanotubes with Enhanced Electron Conductive Properties

The goal of the protocol is to synthesize Fe-doped aluminosilicate nanotubes of the imogolite type with the formula (OH)3Al2-xFexO3SiOH. Doping with Fe aims at lowering the band gap of imogolite, an insulator with the chemical formula (OH)3Al2O3SiOH, and at modifying its adsorption properties towards azo-dyes, an important class of organic pollutants of both wastewater and groundwater.
Fe-doped nanotubes are obtained in two ways: by direct synthesis, where FeCl3 is added to an aqueous mixture of the Si and Al precursors, and by post-synthesis loading, where preformed nanotubes are put in contact with a FeCl3&#8226;6H2O aqueous solution. In both synthesis methods, isomorphic substitution of Al3+ by Fe3+ occurs, preserving the nanotube structure. Isomorphic substitution is indeed limited to a mass fraction of ~1.0% Fe, since at a higher Fe content (i.e., a mass fraction of 1.4% Fe), Fe2O3 clusters form, especially when the loading procedure is adopted. The physicochemical properties of the materials are studied by means of X-ray powder diffraction (XRD), N2 sorption isotherms at -196 &#176;C, high resolution transmission electron microscopy (HRTEM), diffuse reflectance (DR) UV-Vis spectroscopy, and &#950;-potential measurements. The most relevant result is the possibility to replace Al3+ ions (located on the outer surface of the nanotubes) by post-synthesis loading on preformed imogolite without perturbing the delicate hydrolysis equilibria occurring during nanotube formation. During the loading procedure, an anionic exchange occurs, where Al3+ ions on the outer surface of the nanotubes are replaced by Fe3+ ions. In Fe-doped aluminosilicate nanotubes, isomorphic substitution of Al3+ by Fe3+ is found to affect the band gap of doped imogolite. Nonetheless, Fe3+ sites on the outer surface of nanotubes are able to coordinate organic moieties, like the azo-dye Acid Orange 7, through a ligand-displacement mechanism occurring in an aqueous solution.

Here, we present a protocol to synthesize and characterize Fe-doped aluminosilicate nanotubes. The materials are obtained by either sol-gel synthesis upon addition of FeCl3&#8226;6H2O to the mixture containing the Si and Al precursors or by post-synthesis ionic exchange of preformed aluminosilicate nanotubes.

향상된 전자 전도성 특성을 가진 철 - 도핑 된 알루미 노 실리케이트 나노 튜브의 합성 및 특성

The goal of the protocol is to synthesize Fe-doped aluminosilicate nanotubes of the imogolite type with the formula (OH)3Al2-xFexO3SiOH. Doping with Fe ...

Enzymatic Cascade Reactions for the Synthesis of Chiral Amino Alcohols from L-lysine

Amino alcohols are versatile compounds with a wide range of applications. For instance, they have been used as chiral scaffolds in organic synthesis. Their synthesis by conventional organic chemistry often requires tedious multi-step synthesis processes, with difficult control of the stereochemical outcome. We present a protocol to enzymatically synthetize amino alcohols starting from the readily available L-lysine in 48 h. This protocol combines two chemical reactions that are very difficult to conduct by conventional organic synthesis. In the first step, the regio- and diastereoselective oxidation of an unactivated C-H bond of the lysine side-chain is catalyzed by a dioxygenase; a second regio- and diastereoselective oxidation catalyzed by a regiodivergent dioxygenase can lead to the formation of the 1,2-diols. In the last step, the carboxylic group of the alpha amino acid is cleaved by a pyridoxal-phosphate (PLP) decarboxylase (DC). This decarboxylative step only affects the alpha carbon of the amino acid, retaining the hydroxy-substituted stereogenic center in a beta/gamma position. The resulting amino alcohols are therefore optically enriched. The protocol was successfully applied to the semipreparative-scale synthesis of four amino alcohols. Monitoring of the reactions was conducted by high performance liquid chromatography (HPLC) after derivatization by 1-fluoro-2,4-dinitrobenzene. Straightforward purification by solid-phase extraction (SPE) afforded the amino alcohols with excellent yields (93% to &#62;95%).

Chiral amino alcohols are versatile molecules for use as scaffolds in organic synthesis. Starting from L-lysine, we synthesize amino alcohols by an enzymatic cascade reaction combining diastereoselective C-H oxidation catalyzed by dioxygenase followed by cleavage of the carboxylic acid moiety of the corresponding hydroxyl amino acid by a decarboxylase.

패-리 신에서 랄 아미노 알콜의 합성을 위한 효소 캐스케이드 반응

Amino alcohols are versatile compounds with a wide range of applications. For instance, they have been used as chiral scaffolds in organic synthesis. ...

Synthesis and Characterization of 1,2-Dithiolane Modified Self-Assembling Peptides

This report focuses on the synthesis of an N-terminus 1,2-dithiolane modified self-assembling peptide and the characterization of the resulting self-assembled supramolecular structures. The synthetic route takes advantage of solid-phase peptide synthesis with the on-resin coupling of the dithiolane precursor molecule, 3-(acetylthio)-2-(acetylthiomethyl)propanoic acid, and the microwave-assisted thioacetate deprotection of the peptide N-terminus before final cleavage from the resin to yield the 1,2-dithiolane modified peptide. After the high-performance liquid chromatography (HPLC) purification of the 1,2-dithiolane peptide, derived from the nucleating core of the A&#946; peptide associated with Alzheimer&#39;s disease, the peptide is shown to self-assemble into cross-&#946; amyloid fibers. Protocols to characterize the amyloid fibers by Fourier-transform infrared spectroscopy (FT-IR), circular dichroism spectroscopy (CD) and transmission electron microscopy (TEM) are presented. The methods of N-terminal modification with a 1,2-dithiolane moiety to well-characterized self-assembling peptides can now be explored as model systems to develop post-assembly modification strategies and explore dynamic covalent chemistry on supramolecular peptide nanofiber surfaces.

A protocol for the synthesis of a 1,2-dithiolane modified peptide and the characterization of the supramolecular structures resulting from the peptide self-assembly.

합성 및 특성 1, 2-Dithiolane의 수정 자가 조립 펩 티 드

This report focuses on the synthesis of an N-terminus 1,2-dithiolane modified self-assembling peptide and the characterization of the resulting ...

Synthesis and Characterization of Amphiphilic Gold Nanoparticles

Gold nanoparticles covered with a mixture of 1-octanethiol (OT) and 11-mercapto-1-undecane sulfonic acid (MUS) have been extensively studied because of their interactions with cell membranes, lipid bilayers, and viruses. The hydrophilic ligands make these particles colloidally stable in aqueous solutions and the combination with hydrophobic ligands creates an amphiphilic particle that can be loaded with hydrophobic drugs, fuse with the lipid membranes, and resist nonspecific protein adsorption. Many of these properties depend on nanoparticle size and the composition of the ligand shell. It is, therefore, crucial to have a reproducible synthetic method and reliable characterization techniques that allow the determination of nanoparticle properties and the ligand shell composition. Here, a one-phase chemical reduction, followed by a thorough purification to synthesize these nanoparticles with diameters below 5 nm, is presented. The ratio between the two ligands on the surface of the nanoparticle can be tuned through their stoichiometric ratio used during synthesis. We demonstrate how various routine techniques, such as transmission electron microscopy (TEM), nuclear magnetic resonance (NMR), thermogravimetric analysis (TGA), and ultraviolet-visible (UV-Vis) spectrometry, are combined to comprehensively characterize the physicochemical parameters of the nanoparticles.

Amphiphilic gold nanoparticles can be used in many biological applications. A protocol to synthesize gold nanoparticles coated by a binary mixture of ligands and a detailed characterization of these particles is presented.

합성 및 암화 금 나노 입자의 특성화

Gold nanoparticles covered with a mixture of 1-octanethiol (OT) and 11-mercapto-1-undecane sulfonic acid (MUS) have been extensively studied because of ...