우리는 림프 악성 종양 단위, 엘리사 열 하켄, 리디아 Scarfò, 마시모 알레, 안토니오 콘티, 안젤라 BACHI, 안젤라 카타 네오 감사합니다. 이 프로젝트에 의해 지원되었다 : Associazione Italiana의 당 라 Ricerca 술 Cancro AIRC (탐정 그랜트와 특별 프로그램 분자 임상 종양 - 5 밀레 번호 당 9,965) CS 및 BA는 연구 설계 실험을 수행, 데이터를 분석하고 원고를 썼다. MTSB는 UR, FBPR 원고를 작성하는데 도움을. PG와 FCC는 연구 제공 환자의 샘플과 임상 데이터를 디자인했다.

참고 : 모든 조직 샘플이 산 라파엘 병원 (밀라노, 이탈리아)의 기관 심사위원회의 승인을 얻을 수 있었다. 1 인간의 조직 샘플 및 세포 정제 (그림 1) 참고 : 백혈병 림프구 멀리건 등에 따라, CLL 환자의 말초 혈액 (PB)에서 얻은 진단을받은 9. PB 1.1) 백혈병 세포 분리 <ol><li> 나트륨 헤파린과 vacutainer 혈액 수집 튜브에 PB를 수집합니다. </li><li> 15 ML 튜브에 혈액을 전송하고 전체 혈액의 50 μL / mL로에서 인간 B 세포 농축 칵테일을 추가합니다. 잘 혼합하고, 실온에서 20 분 배양한다. </li><li> , PBS + 2 % FBS 같은 부피로 샘플을 희석 있는지 인터페이스를 중단하지 않도록하고, 피콜 위에 부드럽게 조심스럽게 오버레이 피를 섞는다. 15 ML의 t에서 희석 된 시료의이 부분에 피콜의 적어도 한 부분을 사용하여 (즉, 4 ㎖의 피콜는 + 10 ml의 혈액우베). </li><li> 없이 브레이크와 20 분 동안 실내 온도 (20 ° C에서)에서 400 XG에 원심 분리기. 단핵 세포는 계면 것이다. </li><li> 조심스럽게 세포를 복구하고 새로운 튜브에 배치 할 수있는 인터페이스를 대기음. 5 분 동안 어둠 속에서, 300 XG에 PBS 원심 분리기 회 4 ° C를 세포를 씻으십시오. 펠렛은 아래에 있습니다. </li><li> 상층 액을 버린다. 앞뒤로 손가락 튜브를 가볍게 치면 남은 상등액 펠렛을 재현 탁. (10 % 태아 송아지 혈청 및 15 ㎎ / ㎖ 젠타 마이신으로 보충 된 RPMI 1640) 10 ml의 완전한 RPMI 배지로 희석하고 펠렛을 트리 판 블루 배제 방법을 사용하여 세포를 카운트. </li></ol> 1.2) 순도 평가 참고 : 모든 준비의 순도는 99 % 이상으로 항상 있어야합니다. <ol><li> 다음과 같은 항체 정제 된 세포 현탁액 100 ㎕를 품어 (시판, 재료의 표 참조) CD3 FITC를 (5 μL / TESt), CD14 PE (5 μL / 테스트), CD19 ECD (6 μL / 테스트), CD16-CD56 PC5 (2 μL / 테스트), CD5 PC7에서 4 ° C에서 20 분 동안 (4 μL / 테스트) FACS 튜브. </li><li> (300 XG에 5 분 동안 원심 분리기) PBS의 4 ㎖의 시료를 세척하고 음모에 그들의 표면에 CD19와 CD5-Express를 공동 CLL 세포 (&gt; 99 %)의 %를 흐름 cytometry.Check하여 순도를 확인 도 1에 나타내는 (6). 준비가 거의 0이어야한다 플롯에 CD3, CD14 및 CD16-56의 %를 확인하여 NK, T 림프구 및 단핵구의 거의없는 지 확인합니다. </li></ol> 1.3) 샘플 저장 <ol><li> 프로테오믹스 연구를 들어, 10 분 동안 300 XG에 25 × 10 6 1.5 ML 튜브에 세포, 원심 분리기 세포를 수집 4 시간 동안 뜨는 및 동결 건조 펠릿을 폐기합니다. -80 ° C에서 사용할 때까지 유지합니다. </li><li> 전체 RPMI에서 검증 분석, 재현 탁 세포 (수량이 더 분석에 따라 들어선택) 및 4 단계를 진행합니다. </li></ol> 2 이차원 전기 영동 (2-DE) (그림 2) 2.1) Isoelectrofocusing (IEF) <ol><li> 380 ㎕의 2-DE 버퍼 (RBthio 용액 344 μL의 최종 볼륨 CLL 세포 펠렛을 용해 (구 M 우레아, 10 mM 트리스, 4 % CHAPS), 65MM DTT의 30 ㎕의 2 % IPG 버퍼 ampholine의 6 μL 산도 4-7). </li><li> 18 IPG 스트립 (산도 4-7)에 단백질 시료 (1 mg)을 적용하고 콘티 외 의해 설명 된대로 표준 프로토콜 다음 IEF를 수행합니다. (10) </li><li> RT에서 15 분 동안 신선한 DTT의 2 %로 보충, (6 M 우레아, 30 % 글리세롤, 2 % SDS를 함유하는 50 mM의 pH를 8.8 트리스 - 염산 완충액 EB) 평형 완충액 2 ㎖에 스트립을 평형화. 취소 EB + DTT 및 EB 2 ㎖를 추가 2.5 % 요오도 아세트 아미드로 보충. 락 플랫폼에서 실온에서 15 분 동안 품어. </li></ol> 2.2) SDS-PAGE <ol><li> 제거 젤을 건드리지 않고 종이에 스트립을 건조EB의 과잉. 9~16% 그라데이션 SDS-PAGE 겔의 상단에 각 스트립을로드합니다. SDS-전기 영동 버퍼 (25 mM의 트리스, 글리신 192 밀리미터, V / w SDS 0.1 %) 겔의 상단에이 스트립의 로딩을 용이하게하기의 작은 볼륨을 추가합니다. </li><li> 스트립의 부유를 방지 한천 용액 (0.8 %)의 ~ 5 ㎖를 첨가하여 겔을 봉쇄 한 다음, 전기 영동 장치를 조립하고 SDS-전기 영동 완충액으로 채운다. 4 ° C에서 4 시간 동안 60mA / 젤에서 실행을 수행합니다. </li><li> 전기 영동 장치에서 젤을 제거하고 적절한 염색 상자에 넣습니다. </li></ol> 제조 젤 2.3) 실버 스테인 <table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" fo:keep-together.within-page="always"><tbody><tr><td> 해결사 </td><td> 50 % 메탄올 12 % 아세트산 0.05 % 포르말린 </td><td> 2 시간 (또는 야간) * </td></tr><tr><td> WASH BUFFER </td><td> 35 % Ehanol </td><td> 20 분 (단계를 세 번 반복) </td></tr><tr><td> 과민성 </td><td> 0.02 % 티오 황산나트륨 </td><td> 2 분 </td></tr><tr><td> WASH </td><td> H 2 O </td><td> 5 분 (단계를 세 번 반복) </td></tr><tr><td> 질산은 </td><td> 0.2 % 질산은 0,076퍼센트 포르말린 </td><td> 20 분 </td></tr><tr><td> WASH </td><td> H 2 O </td><td> 1 분 (두 번 단계를 반복) </td></tr><tr><td> 개발자 </td><td> 6 % 탄산나트륨 0,0004 % 티오 황산나트륨 0.05 % 포르말린 </td><td> 염색은 충분까지 </td></tr><tr><td> STOP </td><td> 50 % 메탄올 </td><td> 30 분 </td></tr><tr><td></td><td> * 둘의 시간은 최소 시간은 단백질 고정이 필요합니다 </td><td></td></tr></tbody></table> 표 1. 참고 : 단백질 반점은 MS 호환 실버 스테인 (11)와 젤을 염색하여 시각화 할 수 있습니다. 모든 솔루션은 필요실버 염색은 표 1에 나열되어 있습니다. <ol><li> 각 솔루션 / 겔의 약 200 ML을 준비하고 표 1과 같이 처리 할 것. 조심스럽게 겔을 포함하는 염색 상자에 각 솔루션을 추가합니다. 락 플랫폼에서 모든 인큐베이션을 수행합니다. </li><li> 염색 후 정지 용액을 제거 및 수집 될 때까지 1 % 아세트산 용액에 겔을 떠난다. </li></ol> 2.4) 젤 수집 및 분석 <ol><li> 염색 3 일 이내에 농도계를 사용하여 높은 해상도의 이미지를 획득. </li><li> 2-DE 젤 용 소프트웨어를 이용하여 2-D 단백질의 패턴을 분석한다. 참고 :이 소프트웨어는 빠르고 신뢰할 수있는 이미지 비교를 할 수 있습니다. <ol><li> 상황에 맞는 메뉴에서 &quot;새 프로젝트를 만듭니다&quot;를 선택하여 프로젝트를 만듭니다. 폴더를 생성하고,이 .tif와 &quot;수입 젤 이미지&quot;를 선택 .png를하여 젤을 가져옵니다. 또는 .gel 확장. </li><li> 젤은 수입 w​​orksp에 추가하면에이스, 메뉴에서 &quot;검색 편집&gt; 자리를&gt;&quot;자리 감지 젤을 선택하고 선택하여 자동 자리 감지를 수행합니다. </li><li> 다음으로, 메뉴 &quot;빼기 배경&quot;에서 선택하여 배경 빼기를 수행합니다. 주 : 여러 겔과 비교하고, 정량적 및 / 또는 정 성적 분석에 의한 차이 또는 유사성을 검출하는 것이 가능하다 후있다. </li></ol></li></ol> MALDI-TOF MS 분석에 의해 3 단백질 식별 (그림 3) 3.1) 단백질 소화 <ol><li> 중 (깨끗한 메스로 절단) 수동 또는 자동 절제하여 젤 관심의 물과 소비세 관광 명소와 젤을 씻어. </li><li> , 물 (100 ~ 150 μL)와 젤 입자를 세척 스핀 다운 (400 XG에 30 초)와 액체를 제거합니다. </li><li> 겔 조각 CH 3 CN의 (겔 볼륨에 따라 다름) 동일한 볼륨을 추가하고 젤 조각이 줄어들 때까지 10 ~ 15 분 동안 기다립니다. 겔 입자를 건조 전NA 진공 원심 분리기. </li><li> 50 mM의 NH 4 HCO 3에 희석 된 10 mM Dithioerythritol의 75 ~ 100 μl를 추가하고 56 ° C (감소 단계)에서 30 분 동안 배양한다. 단계 3.1.3에서 설명 된 바와 같이 다시 CH 3 CN으로 겔 부분을 수축. </li><li> mM의 요오도 아세트 아미드가 50 mM의 NH 4 HCO 3에 희석과 어둠 속에서 실온에서 20 분 동안 배양 용액 (55)의 75 ~ 100 μl를 추가하여 알킬화를 진행합니다. </li><li> 단계 3.1.3에서 설명 된 바와 같이 겔 조각을 커버하기에 충분한 양을 사용 CH 3 CN으로 한번 겔 조각 수축. 진공 원심 분리기에서 건조. </li><li> 20 분 동안 4 ° C에서 4 HCO 3 25 mM의 NH, 5 mM의 염화칼슘 2, 12,5 NG 트립신 / μl를 포함하는 버퍼에 입자를 재수. 겔 조각을 충당하기 위해 버퍼의 충분한 볼륨을 사용합니다. 겔 조각에서 해제 흡수 상층 액을 제거하고 25 mM의 NH 4 HCO 3, 5 mM의 염화칼슘이 트립신없이 외부 전문가위원회를 추가젤을 어. </li><li> 하룻밤 37 ° C에서 적어도 3 시간 (펩타이드 소화에 필요한 최소 시간)에에서 샘플을 둡니다. </li></ol> 3.2) 질량 분광법 분석 (말린 방울 기법) <ol><li> 스테인리스 MALDI 플레이트 상에 스팟의 각 샘플 1 ㎕를 분취하고 50 % CH 3 CN, 0.1 % TFA에서 제조 α-시아 노 -4 - 히드 록 시신 행렬로서 산의 1 μL와 혼합한다. </li><li> MALDI-TOF 질량 분석기에 질량 스펙트럼을 얻습니다. 레이저 강도 신호의 포화를 방지하기 위해 또는 신호를 증가시키기 위해 조정, 스폿 당 약 200 스펙트럼을 축적. 데이터 탐색기 소프트웨어를 통해 프로세스의 스펙트럼은 아래에 설명 된대로 <ol><li> .DAT 파일을 가져와 &quot;과정&gt; 기준 수정&quot;을 선택하여베이스 라인 보정을 수행합니다. &quot;프로세스&gt; 질량 보정&gt; 수동 보정을 선택하여 트립신 자기 분해 제품 및 매트릭스 피크를 사용하여 질량을 보정; m / z 855.1와 2163.1 B에 가까운 피크를 선택y를 누른 후, &quot;음모&quot;를 클릭하고 수동 교정 창에 &quot;교정을 적용&quot;, 드래그와 해당 참조 질량을 선택 떠났다. </li><li> ( &quot;활성 추적을 중복&gt; 디스플레이&quot;) 활성 추적을 복제, 피크 검출에 대한 임계 값 ( &quot;피크&gt; 피크 검출&quot;)을 조정 새 추적을 선택하고 deisotoping ( &quot;피크&gt; deisotoping&quot;)을 수행합니다. 매크로 &quot;getpeaklist&quot;를 사용하여, 식별을 위해 사용되는 대중의리스트를 생성한다. 필요한 경우 수동으로 목록을 정리하고 더 나은 식별을 얻을 수있는 봉우리로 고른 잡음 신호를 제거합니다. </li></ol></li><li> 검색 엔진 (12)으로 심오하고 마스코트를 사용하여 포괄적 인 비 중복 단백질 데이터베이스를 검색하여 단백질을 식별합니다. <ol><li> 모든 검색에 다음 매개 변수를 사용하여 하나는 고정 수정 및 initi 펩티드 당 분열, 변수 수정과 같은 메티오닌 산화, 시스테인 carbamidomethylation를 놓쳤다50 ppm으로 알 질량 공차. </li></ol></li></ol> (4) 세포 골격 활동 분석 실험 (그림 4) 참고 : 재현 탁 세포는 완전한 RPMI (10 6 세포 / 200 μL)에서 1 단계에서 정제. 4.1) 마이그레이션 분석. 이 테스트는 분석 세포 (림프구)의 철새 용량의 정량화 할 수 있습니다. 6.5 mm 직경과 5.0 μm의 세공 크기의 트랜스 웰 챔버를 사용 중으로 분석을 수행한다. 상이한 세포 유형의 경우 기공의 크기와 이동 시간 (단계 4.1.3)를 최적화한다. <ol><li> 각각 유발과 자발적인 이동을 측정하기 위해 또는 특정 자극 (즉, SDF-1)없이 완전한 RPMI 600 μl를 첨가하여 하부 챔버를 준비한다. </li><li> 그 위에 상부 챔버를 넣고 시스템이 배양기에서 37 ° C에서 30 분 동안 평형 수 있습니다. </li><li> 종자 10 6 세포 / 다락방에서 200 μL (총 세포 수)와 배양인큐베이터에서 37 ° C에서 4 시간 동안 접시입니다. </li><li> , 상부 챔버를 제거하고 하부 챔버에서 미디어를 수집하고 1 ml의 PBS로 한번 하부 챔버를 씻으십시오. 튜브에 PBS를 수집합니다. </li><li> 오분 300 XG에 원심 분리기, 500 ㎕의 PBS에서 뜨는에 resuspend 폐기합니다. </li><li> 유세포, 인수 1 분 후에 마이그레이션 셀의 개수를 카운트. 절연 세포군 경우에는 어떠한 표면 항체를 추가 할 필요가 없다. 셀 사이드 산란 및 계산에 사용하는 번호는 1 분, 시각화 이벤트의 수를 고려하여 BI 차원 도트 플롯에 셀의 수를 확인한다. </li><li> 마이그레이션 지수 (MI)을로 계산 : <img alt="식 (1)" fo:content-width="3.5in" src="/files/ftp_upload/51942/51942eq1.jpg" /></li></ol> 4.2) 접착 분석. 이 분석은 세포의 부착 능력을 측정한다. 회 반복 분석을 수행합니다. <ol><li> 사전 코트 96-아LS의 50 μL 플레이트 (바닥이 평평한) / 웰 중 하나 밤새 4 ° C에서, PBS에 희석 2 % BSA-PBS (배경) 또는 1 μg ICAM-1. </li><li> PBS로 두 번 접시를 세척하고 37 ℃에서 1 시간 동안 2 % BSA-PBS (100 μL / 웰)에 추가하여 비 특정 사이트를 차단합니다. </li><li> 전체 RPMI에서 5 × 10 6 / ㎖에서 그 동안의 재현 탁 세포에서 1 ㎜ CMFDA 녹색 세포 추적기로 레이블을 37 ° C에서 30 분을 품어. </li><li> 차단 솔루션 (스텝 4.2.2) 폐기 후 1 × 10 6 세포 / 웰 사전 코팅 된 웰에 추가하고 37 ° C에서 1 시간 배양. </li><li> ELISA 리더를 사용하여 접착 성을 정량화 (인가 전압 필터 : 485 nm의 방출 필터 : 535 nm의). 총 입력 (INPUT)에 첫 번째 측정을 수행합니다. </li><li> 2 % BSA-PBS 부드럽게 접시를 씻으 (200 μL / 웰)의 4 배 (배). 각 세척 단계 (접착 배) 후 판의 읽기를 수행합니다. </li><li> 각 측정에 대한 배경 공제 한 후, 특정 ADHES을 계산이온 (접착력) : <img alt="식 (1)" fo:content-width="2in" src="/files/ftp_upload/51942/51942eq2.jpg" /></li></ol> 4.3) 중합 분석. 이 F-액틴의 중합을 정량화 비색 분석이다. 회 반복 분석을 수행합니다. <ol><li> 재현 탁 1 × ^ 10 분 6 미리 예열 완료 RPMI 100 ㎕의 세포와 특정 자극을 추가 (즉, α-IgM 항체 20 μg / mL)에서 세척 하였다. </li><li> 4 % 파라 포름 알데히드의 400 μL로 반응을 중지하고 실온에서 10 분 동안 세포를 고정한다. </li><li> (5 분, 4 ° C에 300 XG에 원심 분리기) PBS로 3 회 반복한다. </li><li> 2 분 동안 얼음에 PBS-saponine 0.2 % (200 μL)와 함께 뜨는 Permeabilize 하시려면 세포를 폐기하십시오. </li><li> (5 분, 4 ° C 100 XG에 원심 분리기) PBS-saponine 0.1 %로 3 회 세척 100 ㎕의 PBS-saponine 0.1 %에서 뜨는에 resuspend 폐기합니다. </li><li> t 방에서 30 분 동안 Phalloidin Alexafluor-488 (3 μg / ml)으로 염색어둠 속에서 온도. </li><li> PBS-0.1 % saponine로 3 회 반복한다. 300 ㎕의 PBS에서 뜨는에 resuspend 폐기하십시오. </li><li> Phalloidin의 평균 형광 강도 (MFI)를 계산, 유동 세포 계측법에 의해 F-액틴의 양을 정량화. 형광 강도에 기초하여 히스토그램을 생성하기 위해 단일 ​​차원 플롯에서 생성 된 데이터를 분석하여, MFI 값 그래프 리포트에 나타낸다. </li><li> F-액틴의 중합 (Δ F-액틴) 등을 측정한다 : <img alt="식 (1)" fo:content-width="2in" src="/files/ftp_upload/51942/51942eq3.jpg" /></li></ol>

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S., Kohn, E. C., Azad, N. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+ongoing+evolution+of+proteomics+in+malignancy.">The ongoing evolution of proteomics in malignancy.</a> Drug Discov Today. 12, 700-708 (2007).</li><li>Ummanni, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+clinically+relevant+protein+targets+in+prostate+cancer+with+2D-DIGE+coupled+mass+spectrometry+and+systems+biology+network+platform.">Identification of clinically relevant protein targets in prostate cancer with 2D-DIGE coupled mass spectrometry and systems biology network platform.</a> PLoS One. 6, (2011).</li></ol>

The authors have nothing to disclose.

<html> 이 원고의 목적은이 방법은 다른 질병 및 / 또는 다른 종류의 시료 16 ~ 18로 확장 될 수있다하더라도, CLL의 병인에 관여하는 분자의 식별을 위해 최적화 된 프로토콜을 설명하는 것이다. 나쁜 예후 19 대 좋은 CLL 환자의 두 부분 집합의 프로테옴 프로파일을 비교함으로써, 우리는 그들이 HS1의 인산화 상태에 차이가 있고 정품 인증은 백혈병 세포의 부착 및 이동 용량 영향...

만성 림프 구성 백혈병 (CLL), 서양 국가에서 가장 일반적인 성인 백혈병, 단일 클론 양성 CD5 + B 림프구의 축적에서 파생 임상 적으로 매우 이질적이다. 그것은 단일 클론 B 세포 림프구 (MBL) 1,2,3 정의 사전 백혈병 형태로서 존재할 수있다. 질병 중 하나 나태한 임상 경과와 함께 나타날 수있는 다른 경우에, 그 치료를 필요로하기 전에 년 동안 안정적으로 유지하거나 실력을 예후 진보적 chemorefractory 질환 등의 치료에도 불구하고. 마지막으로, 자주 치명적인 고 등급 림프종 ​​(리히터 증후군-RS) 2,3,4로 진행 할 수 있습니다. 좋고 나쁜 예후, 질병의 결과 및 생존 예측 인자에 대한 보완적인 정보를 제공 예후 인자의 집합을 기반으로 : 환자는 일반적으로 두 가지 주요 부분 집합으로 분류된다. 임상 적 이질성 가능성이 생물학적 이질성을 반영한다. 유전, 미세 환경 및 CE의 수llular 요인은 더 통합 메커니즘 5 발견되고 있지만 질병의 발병 기전에 동의하는 것으로 나타났다. 상세하게는, 몇몇 연구는 질병의 임상 경과의 차이가 부분적으로 예후 값 6,7,8있는 일부 생물학적 마커의 존재 (또는 부재)에 의해 설명 될 수 있음을 증명하고있다. 이러한 데이터는 질병의 생물학을 더 잘 이해가 예후 표지자 및 치료 대상 모두의 식별 정보를 이용하여, 임상 병리학의 관리를 위해 추가적인 힌트를 제공 할 수 있다는 것을 보여 주었다. 본 연구의 목표는 다른 단백체 기법의 조합은 CLL의 발병과 진행에 관여하는 단백질의 동정에 사용할 수있는 방법을 보여주기위한 것이다. 우리의 접근은 함께 기본적인 단백질체 및 임상 데이터 (5)에 가입 할 수 있음을 보여준다. 선택된 환자에서 본 워크 플로우에서, 주 백혈병 세포(나쁜 예후가 좋은 VS) 격리하고 세포 용 해물이어서 단백체 맵을 얻기 위해 사용된다. 2DE 따라서 각 단백질의 생물학적 활성에 대한 간접적 인 정보를주는 번역 후 변형을 포함하는 세포 집단의 프로테옴 프로파일의 특성화를 허용한다. 전체 세포 용 해물은 그들의 분자량에 기초하여 단백질을 해결 폴리 아크릴 아미드 겔상에서 실행 번째 차원이어서, 등전점에 기초하여 제 적합 실행에 의해 해결된다. 프로테오믹스 맵의 비교 분석은 차등 발현 된 단백질의 동정을 허용 (모두 풍부하고 번역 후 변형의 관점에서) 절단 및 질량 분광법에 의해 분석 될 수 겔 반점. 각 후보의 역할은 다음 서로 다른 분석에 의해 악용 될 수 있습니다. 현재 원고 CLL에 제한이 방식은, 쉽게 따라서 proteomi에 대한 정보를 제공하는 다른 질병 / 샘플로 확장 될 수있다(최저 대 비자극, 야생형 대 자극 정상 대 병리 즉,) 두 군 사이에 C / 생물학적 차이.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="796">
	<tbody>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:359px;">Name of Material/ Equipment</td>
			<td style="width:160px;">Company</td>
			<td style="width:111px;">Catalog Number</td>
			<td style="width:167px;">Comments/Description</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:359px;">Acetonitril</td>
			<td style="width:160px;">MERCK</td>
			<td style="width:111px;">61830025001730&#160;</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">Ammonium Bicarbonate</td>
			<td>SIGMA</td>
			<td style="width:111px;">A6141-500G</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">1,4-Dithioerythritol</td>
			<td>SIGMA</td>
			<td style="width:111px;">D9680-5G</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">Iodoacetamide</td>
			<td>SIGMA</td>
			<td style="width:111px;">I6125-25G</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">Calcium chloride dihydrate</td>
			<td>SIGMA</td>
			<td style="width:111px;">223506-25G</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">Trypsin, Sequencing Grade</td>
			<td style="width:160px;">ROCHE</td>
			<td style="width:111px;">11418475001</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">&#945;-cyano-4-hydroxycinnamic acid</td>
			<td>SIGMA</td>
			<td style="width:111px;">C2020-10G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">Trifluoroacetic acid</td>
			<td>SIGMA</td>
			<td style="width:111px;">T6580</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="25">
			<td height="25" style="height:25px;width:359px;">ZipTip&#181;-C18</td>
			<td>MILLIPORE</td>
			<td>ZTC18M096</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">RosetteSep Human B Cell Enrichment Cocktail</td>
			<td>STEMCELL</td>
			<td>15064</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">PBS</td>
			<td>EUROCLONE</td>
			<td>ECB4004L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">FBS</td>
			<td>DOMINIQUE DUTSCHER</td>
			<td>S1810</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">Lymphoprep</td>
			<td>SENTINEL DIAGNOSTICS</td>
			<td>1114547</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">Trypan Blue</td>
			<td>SIGMA</td>
			<td>T8154</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">CD19</td>
			<td>BECKMAN COULTER</td>
			<td>082A07770</td>
			<td>ECD</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">CD5</td>
			<td>BECKMAN COULTER</td>
			<td>082A07754</td>
			<td>PC5</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">CD3</td>
			<td>BECKMAN COULTER</td>
			<td>082A07746</td>
			<td>FITC</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">CD14</td>
			<td>BD</td>
			<td>345785</td>
			<td>PE</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">CD16</td>
			<td>BECKMAN COULTER</td>
			<td>082A07767</td>
			<td>PC5</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">CD56</td>
			<td>BECKMAN COULTER</td>
			<td>082A07789</td>
			<td>PC5</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">Ettan IPGphor 3 Isoelectric Focusing Unit</td>
			<td style="width:160px;">GE-Healthcare</td>
			<td>11-0033-64&#160;</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">Urea</td>
			<td>SIGMA</td>
			<td>U6504</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">Tris-Hcl Buffer</td>
			<td>BIO-RAD</td>
			<td>161-0799</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">CHAPS</td>
			<td>SIGMA</td>
			<td>C2020-10G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">DTT</td>
			<td>SIGMA</td>
			<td>D9163-5G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">IPGstrips</td>
			<td>GE-Healthcare</td>
			<td>17-1233-01&#160;</td>
			<td>Linear pH 4-7 18cm</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">IPGbuffer</td>
			<td>GE-Healthcare</td>
			<td>17-6000-86</td>
			<td>pH 4-7</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">Glycerol</td>
			<td>SIGMA</td>
			<td>G6279</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">PROTEAN II XL Cell</td>
			<td>BIO-RAD</td>
			<td>165-3188</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">SDS</td>
			<td>INVITROGEN</td>
			<td>NP0001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">Acrilamide</td>
			<td>BIO-RAD</td>
			<td>161-0156</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">Agarosio</td>
			<td>INVITROGEN</td>
			<td>16500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">Methanol</td>
			<td>SIGMA</td>
			<td>32213</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">Acetic Acid</td>
			<td>VWR</td>
			<td>631000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">Formalin</td>
			<td>BIO-OPTICAL</td>
			<td>05-K01009</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">Ethanol</td>
			<td>VWR</td>
			<td>9832500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">Sodium Thiosulfate</td>
			<td>FLUKA</td>
			<td>72049</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">Silver Nitrate</td>
			<td>FLUKA</td>
			<td>85228</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Molecular Dynamics Personal SI Laser Densitometer</td>
			<td>Amersham Biosciences</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">ImageMaster 2D Platinum 5.0</td>
			<td>Amersham Biosciences</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">Sodium Carbonate</td>
			<td>MERCK</td>
			<td>A0250292</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">MALDI-TOF Voyager-DE STR</td>
			<td>Applied Biosystems</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">Data Explorer software (version 3.2)&#160;</td>
			<td>Applied Biosystems</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">transwell chambre 6.6 mm diameter</td>
			<td>CORNING</td>
			<td>3421</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">RPMI</td>
			<td>EUROCLONE</td>
			<td>ECB2000L</td>
			<td>WITH L-GLUTAMINE</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">Gentamicin</td>
			<td>SIGMA</td>
			<td>G1397</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">SDF-1</td>
			<td>PREPROTECH</td>
			<td>300-28A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">Flat-bottom 96-well plate</td>
			<td>BECTON DICKINSON</td>
			<td>353072</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">BSA</td>
			<td>SANTA CRUZ</td>
			<td>9048-46-8</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">ICAM-1</td>
			<td>R&#38;D Systems</td>
			<td>720-IC</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">CMFDA</td>
			<td>Life Thechnology</td>
			<td>C7025</td>
			<td>Green</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">IgM</td>
			<td>SOUTHERNBIOTECH</td>
			<td>2020-02</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">Paraformaldehyde</td>
			<td>SIGMA</td>
			<td>P6148</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">Saponine</td>
			<td>SIGMA</td>
			<td>S-7900</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:359px;">Phalloidin&#160;</td>
			<td>Life Thechnology</td>
			<td>A12379</td>
			<td>Alexa fluor 488</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

from a 2de-gel spot to protein function: lesson learned from hs1 in chronic lymphocytic leukemia

종양의 개시 및 진행에 관여하는 분자의 확인은 환자의 임상 적 관리를 위해, 그 결과로서, 질병의 이해를위한 기초 생물학이고. 본 연구에서 우리는 만성 림프 구성 백혈병 (CLL)의 진행에 관여하는 분자의 식별을위한 최적화 프로테오믹스 방법을 설명한다. 구체적으로, 백혈병 세포 용 해물은 2 차원 전기 영동 (2DE)에 의해 해결되고 2DE 젤의 &quot;명소&quot;로 시각화. 단백질체지도의 비교 분석은 질량 분석 (MS)에 의해 격리 포착하고 식별 (풍부하고 번역 후 변형의 관점에서) 서로 다르게 발현 된 단백질의 식별을 할 수 있습니다. 확인 된 후보의 생물학적 기능은 우리가 주 백혈병 세포에 최적화 된 것으로, 다른 분석 (즉, 마이그레이션, 접착력과 F-액틴의 중합)에 의해 테스트 할 수 있습니다.

우리는 차 백혈병 B 세포 만성 림프 구성 백혈병 환자의 PB를 형성 고립 된 우리는 프로테옴지도를 분석 하였다. 샘플 (N = 104)는 각 환자 (좋은 예후 대 나쁜 예후)과 2DE 젤의 비교 분석이 수행 된 임상 기능에 따라 두 가지 주요 부분 집합으로 그룹화 하였다. 분석을 허용 차등이 부분 집합 사이에 표현 명소의 식별 (번역 후 변형의 변화를 암시하는 존재 / 부재 또는 겔에...

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From a 2DE-Gel Spot to Protein Function: Lesson Learned From HS1 in Chronic Lymphocytic Leukemia

여기에서 우리는 커플이 프로테오믹스 기술, 즉 전기 영동 (2DE)와 질량 분석기 (MS) 2 차원, 차동 차 샘플 두 개 이상의 그룹 중 / 번역 후 변형 된 단백질을 발현 식별 할 수있는 프로토콜을 설명합니다. 이 방법은, 실험과 함께 기능성, 예후 마커 / 치료 대상의 식별 및 특성을 허용한다.

단백질 기능에 2DE - 젤 지점에서 만성 림프 구성 백혈병에 HS1에서 배운 레슨

The identification of molecules involved in tumor initiation and progression is fundamental for understanding disease&#8217;s biology and, as a ...

from-2de-gel-spot-to-protein-function-lesson-learned-from-hs1-chronic

Research

JoVE Journal

Medicine

13.6K 조회수.  IRCCS, San Raffaele Scientific Institute.  여기에서 우리는 커플이 프로테오믹스 기술, 즉 전기 영동 (2DE)와 질량 분석기 (MS) 2 차원, 차동 차 샘플 두 개 이상의 그룹 중 / 번역 후 변형 된 단백질을 발현 식별 할 수있는 프로토콜을 설명합니다. 이 방법은, 실험과 함께 기능성, 예후 마커 / 치료 대상의 식별 및 특성을 허용한다. 