The authors acknowledge funding agencies, the IMI StemBANCC European community programme, the leducq Foundation (SHAPEHEART) and the Agence Nationale de la Recherche (Genopath)

1. DNA 단백질 교차 결합 <ol><li> ES 세포와 배아 심장 조직에서 생성 된 15 ml의 튜브에 고정 수확-ES 세포 (일반 칩 2 × 10 6 세포, 마이크로 칩 2 × 10 5 세포), 배아 체 (사채)을 E9.5 마우스 배아에서 해부 (방실 운하, 유출 기관 및 뇌실) 세포 또는 배아 조직에 대한 permeabilization의 PB2 버퍼에 PBS에 1 %의 포름 알데히드를 사용하여. 정확히 10 분 동안 실온에서 60 rpm의 속도로 진탕에 튜브를 놓는다. </li><li> 125 mM의 최종 농도 글리신을 첨가하여 가교 반응을 정지하고 60 rpm의 속도로 진탕 기에서 실온에서 5 분 동안 배양한다. </li></ol> 2. 세포 용해 및 염색질 조각화 <ol><li> PBS 1X 또는 배아 조직을 1 ml의 PB2에 재현 탁 ml의 두 배 (10)에 재현 탁 가교 세포를 씻으십시오. 4 ℃에서 5 분 동안 1,000 XG에 원심 분리기. 상층 액을 버린다. &lt;/ 리&gt; <li> PB1 또는 PB2 (2 μg의 / ㎖ 류 펩틴, 1 μg의 / ㎖ 아프로 티닌, 0.1 mM의 PMSF) (표 1) 버퍼 프로테아제 억제제를 추가합니다. 각각 버퍼 PB1 또는 PB2 1 ml의 2.1 단계에서 세포 펠렛 또는 배아 조직을 재현 탁. 피펫 상하과 세포 나 조직을 재현 탁. 세포 나 조직을 균질화 21 게이지 바늘로 1 ML의 주사기를 사용합니다. 10 분 동안 (바퀴)에 4 ° C에서 품어. </li><li> 4 ° C에서 5 분 동안 3,000 XG에 스핀 다운 및 상층 액을 버린다. </li><li> 깨끗한 튜브 프로테아제 억제제가 보충 각 SB 버퍼 (표 1) 300 μL에 펠렛을 재현 탁 (RNA 분해 효소, DNase- 인증 및 발열원이없는)의 모든 DNA 저하를 방지 할 수있다. 얼음에 15 ~ 30 분 동안 품어. </li><li> 각 재료에 대해, 표 2에 나열된 프로그램에 따른 초음파 처리기를 사용하여 염색질 전단 4 ℃에서 샘플을 초음파 처리. &lt;(다음의 용도에 따라 초음파 처리 시간을 조정EM&gt; 즉, PCR 또는 시퀀싱). 전단 DNA 크기는 PCR 500 bp의 시퀀싱 300 bp의 주위해야한다. </li><li> 원심 분리기는 깨끗한 1.5 ML 튜브에 뜨는 (염색질)을 전송하고 펠렛을 폐기, 4 ° C에서 6,000 XG에 10 분 동안 세포 용 해물을 초음파. </li><li> 물로 10 회 용액 염색질 (상등액을 완충액 B)을 희석하고, 나노 분광 1.5 μL를 사용하여 광학 밀도를 평가한다. 0.76 X OD 260-1.55 X OD 280 : 다음 공식을 사용하여 μg의 / ㎕의 단백질의 농도를 얻습니다. </li></ol><table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody><tr><td> 완충기 </td><td> 이용 </td><td colspan="4"> 구성 </td><td> 재료 </td></tr><tr><td rowspan="2"> 에이 </td><td rowspan="2"> Permeabilization </td><td colspan="4"> PB1 : 5 밀리미터 파이프의 pH 8; 85mM의 KCl; 0.5 % NP40 </td><td> 모든 </td></tr><tr><td colspan="4"> PB2 : 15 mM의 HEPES pH가 7.6, 15 mM의 NaCl을 4 mM의 MgCl2를 60 mM의 KCl을 0.5 % 트리톤 X-100 </td><td> 배아 조직 </td></tr><tr><td rowspan="3"> 비 </td><td rowspan="3"> 용해 / 초음파 처리 </td><td colspan="4"> SB1 : 1 % SDS; 10 mM의 EDTA; 50mM 트리스 - 염산 pH를 8 </td><td> ESC </td></tr><tr><td colspan="4"> SB2는 50mM HEPES-KOH pH7.9; 140 밀리미터; 를 1mM EDTA; 0.1 % 데 옥시 콜레이트; 0.1 % SDS </td><td> 사채 </td></tr><tr><td colspan="4"> SB3 : 15 mM의 HEPES pH7.6, 15 mM의 염화나트륨; 60 밀리미터의 KCl, 1mM의 EDTA, 0.5 mM의 EGTA; 1 % 트리톤 X100 0, 0.1 % SDS, 0.5 % laurylsarcosine </td><td> 배아 조직 </td></tr><tr><td> 기음 </td><td> 칩 버퍼 </td><td colspan="4"> 150 mM의 NaCl을; 50mM 트리스 - 염산 pH를 7.5; 5 mM의 EDTA; 0.5 % NP40; 1 % TRITON-X100. </td><td> 모든 </td></tr><tr><td> 디 </td><td> DNA / 단백질 용출 </td><td colspan="4"> D1 : 1 % SDS; (100)밀리미터의 NaHCO3 D2 : 50 mM 트리스 pH를 7.6 / 5 mM의 EDTA, 15 mM의 DTT, 2 % SDS </td><td></td></tr><tr><td> 이자형 </td><td> DNA 바인딩 비드 준비 </td><td colspan="4"> E : 20 % PEG 8000; 2.5 M의 NaCl; 10 mM 트리스 - 염산 pH를 8; 를 1mM EDTA </td><td></td></tr></tbody></table> 표 1. 칩 버퍼. <table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody><tr><td> 자료 </td><td> 초음파 프로그램 </td></tr><tr><td> 배아 줄기 세포 </td><td> 30 초 ON의 15주기와 OFF 30 초 </td></tr><tr><td> 배아 체 </td><td> 30 초 ON의 30주기와 OFF 30 초 </td></tr><tr><td> 배아 조직 </td><td> 30 초 ON의 21주기와 OFF 30 초 </td></tr></tbody></table> 표 2. 초음파 처리 프로그램. 3. 면역 침전 및세척 <ol><li> 버퍼 C로 3 회 단백질 A-복합 구슬을 씻으십시오. 깨끗한 1.5 ML 튜브에 비즈 100 μl를 타고 버퍼 C (표 1) 1 ㎖를 추가합니다. 튜브는 다음에 자석로 전사되고; 1 분 동안 기다린 뜨는을 대기음. 두 번 세척 단계를 반복합니다. </li><li> 깨끗한 1.5 ㎖의 튜브에 프로테아제 억제제가 보충 20 ㎕의 세정 된 단백질 공역 비즈 완충액 C 1 ㎖ 변성 히스톤 또는 전사 인자 (표 3 농도)에 대해 발생 된 항체를 부화. 4 ° C에서 최소 2 시간 동안 40 rpm으로 회 전자에 샘플을 설정합니다. </li><li> 워시 항체 - 비드를 완충액 C 1 ㎖ (3.1에 ​​기재된 조작)로 3 회 복합체. </li><li> 준비 2 튜브를 함유 한 150 염색질 항체 - 구슬 단지의 μg의 세척 구슬 150 염색질의 μg의 20 μl를 포함하는 다른 관; 각 튜브에 프로테아제 억제제가 보충 완충액 C 1 ㎖를 추가4 ℃에서 하룻밤 동안 40 rpm으로 회전하는 바퀴에 샘플을 품어. 참고 : 염색질의 농도는 적어도 300 μg의는 전사 인자 또는 순차적 칩을 면역 침전 할 수 있어야합니다. </li></ol><table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody><tr><td> 표준 </td><td> 농도 (NG / μL) </td><td> 볼륨 (μL) </td><td> 총 DNA 농도 (NG) </td></tr><tr><td> 에이 </td><td> 10.0 </td><td> 1 </td><td> 10.0 </td></tr><tr><td> 비 </td><td> 5.00 </td><td> 1 </td><td> 5.00 </td></tr><tr><td> 기음 </td><td> 2.50 </td><td> 1 </td><td> 2.50 </td></tr><tr><td> 디 </td><td> 1.25 </td><td> 1 </td><td> 1.25 </td></tr><tr><td> 이자형 </td><td> 0.625 </td><td> 1 </td><td> 0.625 </td></tr><tr><td> 에프 </td><td> 0.3125 </td><td> 1 </td><td> 00.3125 </td></tr><tr><td> 지 </td><td> 0.156 </td><td> 1 </td><td> 0.156 </td></tr><tr><td> H </td><td> 0.0 </td><td> 1 </td><td> 0.0 </td></tr></tbody></table> 표 3. 표준 농도. 4. DNA 용출, 크로스 링크 취소 및 테 K 소화 <ol><li> 자기 랙에 샘플을 설정합니다. 언 바운드 항체 염색질을 포함하는 상층 액을 복구 할 수 있습니다. 주의 : 샘플을 신속하게 스텝 액체 질소에 냉동 -80 ℃에서 저장 될 수있다. 염색질 다른 항체와 다른 면역 분석법에 사용할 수있다. 버퍼 C 1 ㎖ (전술 조작)와 각 샘플 3 회 반복한다. </li><li> 순차 칩 세정 칩의 재료 (표 1)을 수행 할 경우 버퍼 D1 또는 D2의 150 μl를 첨가하여 항체 - 결합 된 단백질을 용출하고, 가열 블럭에서 50 ℃에서 20 분 동안 샘플을 배양한다. </li><li> 에서 튜브를 제거가열 블록 및 자기 랙에 샘플을 넣어, (RNA 분해 효소, DNase- 및 발열 물질이없는 인증) 깨끗한 1.5 ML 튜브에 뜨는을 복구하고 구슬을 버린다. </li><li> 버퍼 C 2 권 제 3 μg의 항체에 1을 가산 순차 칩 상층 액을 사용하여 200 mM의 최종 농도를 얻기 위해 5 M NaCl을 첨가하여 가교 역방향. </li><li> 깨끗한 1.5 ㎖의 튜브에 염색질의 입력 샘플을 제조 (RNA 분해 효소, DNase- 인증 및 발열 성)을 물 150 μL의 최종 부피에서 IP 샘플 (150 μg의)의 것과 염색질 동일한 양의 복용 (의 RNase DNase의 무료 물). 200 mm의 최종 농도 500의 NaCl을 추가합니다. 65 ℃에서 하룻밤 샘플을 품어. </li><li> 다음날, 가열 블록으로부터 샘플을 분리 칩 재료 250 μg / ML의 최종 농도를 수득하고, 2 시간 동안 55 ° C에서 소화 12.5 mM 내지 티나 제 K를 최종 농도를 얻기 위해 250 mM의 EDTA를 추가 가열 블록. </li></ol><ol><li> 구슬의 준비 <ol><li> 적어도 30 분, 와류에 대한 비드 철저히을 실온에서 비드를 가지고 시작한다. 비즈 정착, 그래서 피펫 팅 할 때 빠르게 작동합니다. 깨끗한 1.5 ML 튜브에 전송 구슬 1 ㎖ (RNA 분해 효소, DNase- 및 발열 물질이없는 인증). </li><li> 이 솔루션은 명확히하기 위해 3 분, 폐기 뜨는 - 자석에 설정이 기다립니다. 자석에서 제거 0.5 M EDTA 1 ㎖를 추가하고 간단한 텍싱하여 혼합한다. </li><li> 단계를 반복 5.1.2 두 번, 그리고 마지막에 상층 액을 버린다. </li><li> 자석에서 제거 버퍼 E 1 ㎖를 추가하고 천천히 구슬을 재현 탁. 쉐이커에 버퍼 E. 놓고 50 ㎖로 전 혼합 (버퍼 E 구슬)를 전송하고 실온에서 1 시간 동안 서서히 혼합 하였다. </li><li> 비드를 50 μL / DNA (1 부피 / 1 부피) 50 μL, 비드 100 ㎕ : 시험 3의 실험 조건을 이용하여 후술하는 정제 프로토콜 다음 비드 DNA 결합/ DNA의 50 μL (2 권 / 1 볼륨) 및 구슬 125 μL / DNA의 50 μL (2.5 볼륨 / 1 볼륨). 조각 (도 1a)의 크기를 확인하기 위해 1.5 % 아가 로즈 겔에서 정제 된 DNA를 이전하자. </li></ol></li><li> DNA 정제 <ol><li> 각각의 DNA 샘플 (약 170 μL)에 자석 구슬을 결합 DNA의 425 μL (2.5 권)를 추가합니다. 하 (약 10 배)를 피펫 팅에 의해 서서히 재현 탁하고 실온에서 10 분간 배양한다. </li><li> 다음 뜨는 기음과 (자석에) 폐기, 5 분 동안 자석에 놓습니다. </li><li> 1 분, 기음 뜨는를 기다리고 폐기 한 후 한 번 더 이전 단계를 반복 자석에 튜브에 갓 80 % 에탄올 600 μl를 추가합니다. </li><li> 빠른 스핀을주고 5 초 (미세 원심 분리)를 위해, 자석에 튜브를 놓고 에탄올의 마지막 방울을 제거합니다. 실온에서 1 분 동안 건조하자 </li><li> DNase의 자유의 RNase 물 20 μl를 첨가하여 DNA를 용출시킨다. 자석에서 제거하고 샘플을 소용돌이. </li><li> 실온에서 3 분 동안 품어 다음 자석에 샘플을 배치합니다. 새로운 튜브에 대기음 용출 된 DNA는 (RNA 분해 효소, DNase- 및 발열 물질이없는 인증). </li><li> DNA 단편 (도 1b)의 크기를 확인하기 위해 1.5 % 아가 로즈 겔의 입력 부분으로부터 DNA를 실행. </li></ol></li></ol> 6. DNA 정량은 형광 탐지 장비를 사용하여 <ol><li> 직렬 7 희석 플러스 노 DNA 포인트 (표 3에 모여 희석)의 총을주고 물 1 μg의 DNA를 (1킬로바이트 사다리)에 희석. </li><li> PCR 그린 I 염료 용액을 제조, 모든 샘플 (정제 DNA 및 표준 희석 AH)에 대한 충분한 : 1X TE 버퍼에서 녹색 염료를 10000 희석. </li><li> 모세 혈관의 큐벳에 10 ㎕의 1 배 녹색 염료 믹스 각각의 DNA 샘플 (정제 DNA 및 표준 희석 AH) 1 μl를 추가는 488 nm 파장에서 형광 계에서 읽을 수 있습니다. 무 DNA 분석의 경우, 1X TE 완충액 1 μl를 사용한다. </li><li> 짓다검량선 그래픽 소프트웨어를 사용하여 NG / μL의 DNA 샘플들의 범위에 대한 상대 농도를 결정한다. DNA를 PCR을위한 다음 준비 또는 시퀀싱 라이브러리를 만들 수 있습니다. </li></ol> 7. PCR <ol><li> 프라이머의 선택 <ol><li> 관심의 디자인 프라이머는 관심의 게놈 영역을 심문한다. 프라이머 디자인은 UCSC 게놈 브라우저를 사용하여 유전자의 인핸서 영역을 증폭한다. 증강은 더 GEO 데이터 세트에서 9 자료 없음 H3K4me1 또는 P300 칩-서열을 이용하여 예측된다. </li></ol></li><li> PCR <ol><li> 45 사이클 (8 초 ~ 95 ° C, 8 초, 60 ℃, 8 초 72 ° C) 25 μL 녹색 색소 혼합이 NG의 DNA 및 0.5 ㎕를 프라이머 믹스 실시간 PCR 용 열 순환기를 사용하는 실행 PCR 반응 (20 μM 원액) 10. </li></ol></li><li> 농축 분석 <ol><li> 뉴 클레오의 최대 1 %가 11 면역 있다고 가정하고 절대 농축을 계산합니다. </li><li> ConsideR 입력 DNA의 0.1 NG에 비해 10 NG의 IP 샘플이 큰 농축을 보여 주면 농축으로 게놈. </li><li> 비특이적 대조군 샘플과 입력 및 조정을 정상화 비 농후 영역 위에 농축의 배 증가와 같은 결과를 표현한다. </li><li> 입력 DNA가 100 (희석 배수 또는 DF)에 의해 희석 될 것이 좋습니다. </li><li> 코네티컷 [DF X 입력] - 다음의 수학 식 2 -ΔCt × 100 % -ΔCt = 코네티컷 [IP]를 사용하여 입력을 정상화. </li><li> 다음 식을 이용하여 제어를 조정 (ΔCT [IP] -ΔCt [NS]) NS는 비특이적 샘플 (항체없는 IP 또는 IgG의 IP)는이다. </li><li> 2 -ΔΔCt로 샘플의 배 농축을 계산합니다. 각 PCR 샘플 결과의 분석을 용이하게 입력 할 수있는 방식으로 모든 계산 단계를 포함하는 파일. </li></ol></li></ol>

<ol>
	<li>Buckingham, M., Meilhac, S., Zaffran, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Building+the+mammalian+heart+from+two+sources+of+myocardial+cells.">Building the mammalian heart from two sources of myocardial cells.</a> Nat Rev Genet. 6, 826-835 (2005).</li><li>Chen, T., Dent, S. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chromatin+modifiers+and+remodellers:+regulators+of+cellular+differentiation.">Chromatin modifiers and remodellers: regulators of cellular differentiation.</a> Nat Rev Genet. 15, 93-106 (2014).</li><li>Collas, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+current+state+of+chromatin+immunoprecipitation.">The current state of chromatin immunoprecipitation.</a> Mol Biotechnol. 45, 87-100 (2010).</li><li>Gade, P., Kalvakolanu, D. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chromatin+immunoprecipitation+assay+as+a+tool+for+analyzing+transcription+factor+activity.">Chromatin immunoprecipitation assay as a tool for analyzing transcription factor activity.</a> Methods Mol Biol. 809, 85-104 (2012).</li><li>Scott, V., Clark, A. R., Docherty, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+gel+retardation+assay.">The gel retardation assay.</a> Methods Mol Biol. 31, 339-347 (1994).</li><li>Van Vliet, P., Wu, S. M., Zaffran, S., Puceat, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Early+cardiac+development:+a+view+from+stem+cells+to+embryos.">Early cardiac development: a view from stem cells to embryos.</a> Cardiovasc Res. 96, 352-362 (2012).</li><li>Leschik, J., Caron, L., Yang, H., Cowan, C., Puceat, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+view+of+bivalent+epigenetic+marks+in+two+human+embryonic+stem+cell+lines+reveals+a+different+cardiogenic+potential.">A view of bivalent epigenetic marks in two human embryonic stem cell lines reveals a different cardiogenic potential.</a> Stem Cells Dev. 24, 384-392 (2015).</li><li>Bonn, S., Zinzen, R. P., Girardot, C., Gustafson, E. H., Perez-Gonzalez, A., Delhomme, N., Ghavi-Helm, Y., Wilczynski, B., Riddell, A., Furlong, E. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tissue-specific+analysis+of+chromatin+state+identifies+temporal+signatures+of+enhancer+activity+during+embryonic+development.">Tissue-specific analysis of chromatin state identifies temporal signatures of enhancer activity during embryonic development.</a> Nat Genet. 44, 148-156 (2012).</li><li>Kim, T. K., Shiekhattar, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Architectural+and+Functional+Commonalities+between+Enhancers+and+Promoters.">Architectural and Functional Commonalities between Enhancers and Promoters.</a> Cell. 162, 948-959 (2015).</li><li>Abboud, N., Moore-Morris, T., Hiriart, E., Yang, H., Bezerra, H., Gualazzi, M. G., Stefanovic, S., Guenantin, A. C., Evans, S. M., Puceat, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+cohesin-OCT4+complex+mediates+Sox+enhancers+to+prime+an+early+embryonic+lineage.">A cohesin-OCT4 complex mediates Sox enhancers to prime an early embryonic lineage.</a> Nat Commun. 6, 6749 (2015).</li><li>Dahl, J. A., Collas, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Q2ChIP,+a+quick+and+quantitative+chromatin+immunoprecipitation+assay,+unravels+epigenetic+dynamics+of+developmentally+regulated+genes+in+human+carcinoma+cells.">Q2ChIP, a quick and quantitative chromatin immunoprecipitation assay, unravels epigenetic dynamics of developmentally regulated genes in human carcinoma cells.</a> Stem Cells. 25, 1037-1046 (2007).</li><li>Bernstein, B. E., Mikkelsen, T. S., Xie, X., Kamal, M., Huebert, D. J., Cuff, J., Fry, B., Meissner, A., Wernig, M., Plath, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+bivalent+chromatin+structure+marks+key+developmental+genes+in+embryonic+stem+cells.">A bivalent chromatin structure marks key developmental genes in embryonic stem cells.</a> Cell. 125, 315-326 (2006).</li><li>Wamstad, J. A., Alexander, J. M., Truty, R. M., Shrikumar, A., Li, F., Eilertson, K. E., Ding, H., Wylie, J. N., Pico, A. R., Capra, J. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dynamic+and+coordinated+epigenetic+regulation+of+developmental+transitions+in+the+cardiac+lineage.">Dynamic and coordinated epigenetic regulation of developmental transitions in the cardiac lineage.</a> Cell. 151, 206-220 (2012).</li><li>Stergachis, A. B., Neph, S., Reynolds, A., Humbert, R., Miller, B., Paige, S. L., Vernot, B., Cheng, J. B., Thurman, R. E., Sandstrom, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Developmental+fate+and+cellular+maturity+encoded+in+human+regulatory+DNA+landscapes.">Developmental fate and cellular maturity encoded in human regulatory DNA landscapes.</a> Cell. 154, 888-903 (2013).</li><li>Brind'Amour, J., Liu, S., Hudson, M., Chen, C., Karimi, M. M., Lorincz, M. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+ultra-low-input+native+ChIP-seq+protocol+for+genome-wide+profiling+of+rare+cell+populations.">An ultra-low-input native ChIP-seq protocol for genome-wide profiling of rare cell populations.</a> Nat Commun. 6, 6033 (2015).</li></ol>

The authors have nothing to disclose.

후성 유전학이 발달 생물학 연구의 중요한 분야가되고있다. 유전 적 프로그램이 배아 혈통 내에서 특정 ID를 인수로 셀 수 있도록 배아 세포에서 활성화하는 방법을 오랜 시간 동안 발달 생물 학자에 대한 핵심적인 질문이었다. 칩은 크게 마지막 년 이내에 사용 순서의 해상도 향상 다음 DNA 염기 서열에 결합하고있다. 이 넓은 의존적으로 게놈의 셀 또는 특정 배아 및 성인 조...

<html> 심장은 제 장기가 형성 될 상기 배아 기능하게하는 것이다. 심장은 제 1 및 제 2 배아 심장 필드 1에서 발생하는 많은 세포 계통에서 만들어집니다. 후 시비 배반포는 모양의 마음까지 무대에서 배아 세포는 많은 세포 운명 결정을하는 것이 있습니다. 유전자 전사는 시간과 공간에 의존하는 방식으로 규제 및 배아 개발하는 동안 세포 운명 결정의 기초가 중요한 생물학적 과정이다. 이러한 공정은 증강 및 심근 구조적 유전자의 프로모터를 포함하는 게놈 내에서 조절 영역을 특정 결합 전사 인자에 의해 매개된다. DNA는 예컨대 아세틸 화, 메틸화, ubiquitinylation 및 / 또는 인산화와 같은 변형을 실시 히스톤 감싸된다. 히스톤 변형 히스톤의 리신 잔기 (2) 개질 된 따라 활성화 또는 억압 태세 유전자 전사를 이끈다. jove_content &quot;&gt; 염색질 면역 분석법 (칩) 년전 3 설정된 가장 광범위하게 사용되는 기술은 수정 된 히스톤 또는 전사 인자 4. 히스톤 또는 전사 인자의 면역 따라 하나의 타겟을 식별하기 위해 현재, 결합 된 DNA 일 수있다 어느 중합 효소 연쇄 반응 (PCR)에 의해 증폭 또는 염기 서열. 칩은 기술적으로 어려운 겔 지연 분석법 (5)를 극복하고있다. 그러나 칩 DNA 겔 지연 분석법의 장점에 대한 전사 인자의 결합을 직접적으로 암시하지 않는다. 한편, 칩상의 DNA 염기 서열에 결합하여 유전자 조절에 대한 새로운 게놈 넓은 시각을 열었습니다. ES 세포 (ES 세포) 배양체 내 요점을 되풀이 (즉. 세포 응집체) 또는 2D 배양 심근 6 개발의 초기 단계에서 및 칩 원리 충분한 재료에 제공한다. 또한, 인간 ES 세포는 CA의 인간 세포 모델을 나타낸다자신의 심인성 가능성이 있지만 rdiogenesis은 후생 유전 학적 서명 (7)에 따라 달라집니다. 개발의 나중 단계에서 마우스 배아 조직 세포 정체성의 결정에 필요한 특정 후생 유전 학적 풍경을 조사를 허용합니다. 그러나, 게놈은 시간과 세포 유형 특정 방식으로 8 전사된다. 유전자 전사의 성적인 규제는 지역화 된 영역 내에서 연구되어야한다. 여기서, 우리는 PCR 또는 시퀀싱 ES 세포, 배아 체 심장 특정 배아 영역을 사용하여 다음 칩, 연속 칩의 프로토콜을 설명합니다. 이러한 프로토콜은 심장 유전자 전사의 후생 유전 학적 조절 조사를 할 수 있습니다.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="651">
	<tbody>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:216px;">Formaldehyde&#160;</td>
			<td style="width:123px;">Sigma</td>
			<td style="width:147px;">F8775</td>
			<td style="width:167px;">Cell Fixation&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;">Glycine</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>G8898</td>
			<td>Cross-link stop</td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;">Aprotinin</td>
			<td>Fluka</td>
			<td>10820</td>
			<td>Proteases inhibitor</td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;">Leupeptin hemisulfate</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>L2882</td>
			<td>Proteases inhibitor</td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;">PMSF</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>P7626</td>
			<td>Proteases inhibitor</td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;">Protein A magnetic beads&#160;</td>
			<td>Life technologies</td>
			<td>10001D</td>
			<td>Immunoprecipitation</td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;">SPRI magnetic beads</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>15002-01</td>
			<td>DNA purification</td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;">Proteinase K</td>
			<td>Life technologies</td>
			<td>25530-015</td>
			<td>Protein digestion&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;">DNA BR standard&#160;</td>
			<td>Life technologies</td>
			<td>Q32850</td>
			<td>Calibration range&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;">Syber green</td>
			<td>Molecular Probes</td>
			<td>S-11484</td>
			<td>DNA quantification</td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;">TE buffer&#160;</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>P7589</td>
			<td>DNA quantification</td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;">PBX 1X</td>
			<td>Life technologies</td>
			<td>14190-094</td>
			<td>Washing</td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;">DNase RNase free water</td>
			<td>Life technologies</td>
			<td>10977-035</td>
			<td>Dilution</td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;">Axygen tube</td>
			<td>Axygen</td>
			<td>MCT-175-C</td>
			<td>ChIP purifiction</td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;">Antibody&#160;</td>
			<td>Company</td>
			<td>Reference</td>
			<td style="width:167px;">ChIP concentration</td>
		</tr>
		<tr height="43">
			<td height="43" style="height:43px;">H3K27ac</td>
			<td>Abcam</td>
			<td>ab4729</td>
			<td style="width:167px;">3 &#181;g for ESC and EBs, 1 &#181;g for tissues</td>
		</tr>
		<tr height="43">
			<td height="43" style="height:43px;">H3K4me1</td>
			<td>Diagenode</td>
			<td>C15410194 (pAb-194-050)</td>
			<td style="width:167px;">3 &#181;g for ESC and EBs, 1 &#181;g for tissues</td>
		</tr>
		<tr height="43">
			<td height="43" style="height:43px;">H3K36me3</td>
			<td>Diagenode</td>
			<td>C15410058 (pAb-058-050)</td>
			<td style="width:167px;">3 &#181;g for ESC and EBs, 1 &#181;g for tissues</td>
		</tr>
		<tr height="43">
			<td height="43" style="height:43px;">H3K9me2</td>
			<td>Diagenode</td>
			<td>C15410060 (pAb-060-050)</td>
			<td style="width:167px;">3 &#181;g for ESC and EBs, 1 &#181;g for tissues</td>
		</tr>
		<tr height="43">
			<td height="43" style="height:43px;">H3K4me3</td>
			<td>Diagenode</td>
			<td>C15410030 (pAb-030-050)</td>
			<td style="width:167px;">3 &#181;g for ESC and EBs, 1 &#181;g for tissues</td>
		</tr>
		<tr height="43">
			<td height="43" style="height:43px;">H3K27me3</td>
			<td>Diagenode</td>
			<td>C15410069 (pAb-069-050)</td>
			<td style="width:167px;">3 &#181;g for ESC and EBs, 1 &#181;g for tissues</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

epigenetic regulation of cardiac differentiation of embryonic stem cells and tissues

특정 유전자 전사는 배아 개발하는 동안 세포 운명 결정의 기초가 중요한 생물학적 과정이다. 생물학적 공정은 증강 및 심근 구성 적 유전자의 프로모터를 포함 유전자 조절 영역을 결합 전사 인자에 의해 매개된다. DNA는 화학적 변형을 실시한다 히스톤 주위에 싸여있다. 히스톤의 수정은 추가하여 유전자 전사의 미세 조정 규제의 또 다른 레벨을 가져, 활성화, 억압 또는 태세 유전자 전사로 이어집니다. 배아 줄기 세포 (ES 세포)가 심장 개발의 초기 단계에 배양체 (즉, 세포 집합체) 내에 또는 2D 배양 요점을 되풀이. 그들은 염색질 면역 침전 (칩)를위한 원칙 충분한 재료 제공, 기술은 크게 유전자 조절 영역을 식별하는 데 사용. 또한, 인간 ES 세포 cardiogenesis의 인간 세포 모델을 나타낸다. 개발의 나중 단계에서 마우스 배아 조직을 허용셀 정체성 결정에 필요한 특정 후생 유전 학적 풍경을 조사. 여기서, 우리는 PCR 또는 ES 세포, 배아 체 심장 특정 배아 영역을 사용하여 칩 시퀀싱 뒤에 칩, 연속 칩의 프로토콜을 설명합니다. 이러한 프로토콜은 심장 유전자 전사의 후생 유전 학적 조절 조사를 할 수 있습니다.

도 1a는 제 DNA 결합 비즈 다른 크기 (1킬로바이트 사다리)의 DNA를 이용하여 품질 관리의 제조를 예시한다. 0ne, 구슬이 2.5 부피 (1 내지 3)는 고 및 저 분자량 크기의 DNA 단편을 정제 할 수있는 샘플의 하나의 볼륨에 첨가 하였다. 도 1 B, C, D는 각각 마우스 ES 세포 또는 배아 체 (25 E9.5 심실 풀링) 배아 심장 ...

Watch this Scientific Journal Video about Epigenetic Regulation of Cardiac Differentiation of Embryonic Stem Cells and Tissues at JoVE.com

Epigenetic Regulation of Cardiac Differentiation of Embryonic Stem Cells and Tissues

유전자 전사의 미세 조정 규정은 배아 세포 운명 결정의 기초가. 여기서, 우리는 줄기 세포와 마우스 배아 심장 개발 모두 심장 분화의 후생 유전 학적 조절을 조사하기 위해 사용 염색질 면역 침전 분석법을 설명한다.

배아 줄기 세포와 조직의 심장 차별화의 성적인 규정

Specific gene transcription is a key biological process that underlies cell fate decision during embryonic development. The biological process is mediated ...

epigenetic-regulation-cardiac-differentiation-embryonic-stem-cells

Research

JoVE Journal

Developmental Biology

8.0K 조회수.  Université Aix-Marseille.  유전자 전사의 미세 조정 규정은 배아 세포 운명 결정의 기초가. 여기서, 우리는 줄기 세포와 마우스 배아 심장 개발 모두 심장 분화의 후생 유전 학적 조절을 조사하기 위해 사용 염색질 면역 침전 분석법을 설명한다. 

비디오: Epigenetic Regulation of Cardiac Differentiation of Embryonic Stem Cells and Tissues

Derivation of Cardiac Progenitor Cells from Embryonic Stem Cells

Cardiac progenitor cells (CPCs) have the capacity to differentiate into cardiomyocytes, smooth muscle cells (SMC), and endothelial cells and hold great promise in cell therapy against heart disease. Among various methods to isolate CPCs, differentiation of embryonic stem cell (ESC) into CPCs attracts great attention in the field since ESCs can provide unlimited cell source. As a result, numerous strategies have been developed to derive CPCs from ESCs. In this protocol, differentiation and purification of embryonic CPCs from both mouse and human ESCs is described. Due to the difficulty of using cell surface markers to isolate embryonic CPCs, ESCs are engineered with fluorescent reporters activated by CPC-specific cre recombinase expression. Thus, CPCs can be enriched by fluorescence-activated cell sorting (FACS). This protocol illustrates procedures to form embryoid bodies (EBs) from ESCs for CPC specification and enrichment. The isolated CPCs can be subsequently cultured for cardiac lineage differentiation and other biological assays. This protocol is optimized for robust and efficient derivation of CPCs from both mouse and human ESCs.

In this protocol, derivation of cardiac progenitor cells from both mouse and human embryonic stem cells will be illustrated. A major strategy in this protocol is to enrich cardiac progenitor cells with flow cytometry using fluorescent reporters engineered into the embryonic stem cell lines.

배아 줄기 세포에서 심장 전구 세포의 유도

Cardiac progenitor cells (CPCs) have the capacity to differentiate into cardiomyocytes, smooth muscle cells (SMC), and endothelial cells and hold great ...

연구

발생학

Neural Differentiation of Mouse Embryonic Stem Cells in Serum-free Monolayer Culture

The ability to differentiate mouse embryonic stem cells (ESC) to neural progenitors allows the study of the mechanisms controlling neural specification as well as the generation of mature neural cell types for further study. In this protocol we describe a method for the differentiation of ESC to neural progenitors using serum-free, monolayer culture. The method is scalable, efficient and results in production of ~70% neural progenitor cells within 4 - 6 days. It can be applied to ESC from various strains grown under a variety of conditions. Neural progenitors can be allowed to differentiate further into functional neurons and glia or analyzed by microscopy, flow cytometry or molecular techniques. The differentiation process is amenable to time-lapse microscopy and can be combined with the use of reporter lines to monitor the neural specification process. We provide detailed instructions on media preparation and cell density optimization to allow the process to be applied to most ESC lines and a variety of cell culture vessels.

This protocol describes in detail the method for generating neural progenitors from embryonic stem cells using a serum-free monolayer method. These progenitors can be used to derive mature neural cell types or to study the process of neural specification and is amenable to multiwell format scaling for compound screening.

혈청이없는 단층 문화 마우스 배아 줄기 세포의 신경 분화

The ability to differentiate mouse embryonic stem cells (ESC) to neural progenitors allows the study of the mechanisms controlling neural specification as ...

Isolation and Differentiation of Adipose-Derived Stem Cells from Porcine Subcutaneous Adipose Tissues

Obesity is an unconstrained worldwide epidemic. Unraveling molecular controls in adipose tissue development holds promise to treat obesity or diabetes. Although numerous immortalized adipogenic cell lines have been established, adipose-derived stem cells from the stromal vascular fraction of subcutaneous white adipose tissues provide a reliable cellular system ex vivo much closer to adipose development in vivo. Pig adipose-derived stem cells (pADSC) are isolated from 7- to 9-day old piglets. The dorsal white fat depot of porcine subcutaneous adipose tissues is sliced, minced and collagenase digested. These pADSC exhibit strong potential to differentiate into adipocytes. Moreover, the pADSC also possess multipotency, assessed by selective stem cell markers, to differentiate into various mesenchymal cell types including adipocytes, osteocytes, and chondrocytes. These pADSC can be used for clarification of molecular switches in regulating classical adipocyte differentiation or in direction to other mesenchymal cell types of mesodermal origin. Furthermore, extended lineages into cells of ectodermal and endodermal origin have recently been achieved. Therefore, pADSC derived in this protocol provide an abundant and assessable source of adult mesenchymal stem cells with full multipotency for studying adipose development and application to tissue engineering of regenerative medicine.

This protocol describes the isolation of pig adipose-derived stem cells (pADSC) from subcutaneous adipose tissues with examination of multipotency. The multipotent pADSC are used to delineate processes of adipocyte differentiation and study transdifferentiation into multiple cell lineages of mesodermal mesenchyme or further lineages of ectoderm and endoderm for regenerative studies.

돼지 피하 지방이 조직에서 분리 및 지방이 유래 줄기 세포의 분화

Obesity is an unconstrained worldwide epidemic. Unraveling molecular controls in adipose tissue development holds promise to treat obesity or diabetes. ...

Isolation of Murine Embryonic Hemogenic Endothelial Cells

The specification of hemogenic endothelial cells from embryonic vascular endothelium occurs during brief developmental periods within distinct tissues, and is necessary for the emergence of definitive HSPC from the murine extra embryonic yolk sac, placenta, umbilical vessels, and the embryonic aorta-gonad-mesonephros (AGM) region. The transient nature and small size of this cell population renders its reproducible isolation for careful quantification and experimental applications technically difficult. We have established a fluorescence-activated cell sorting (FACS)-based protocol for simultaneous isolation of hemogenic endothelial cells and HSPC during their peak generation times in the yolk sac and AGM. We demonstrate methods for dissection of yolk sac and AGM tissues from mouse embryos, and we present optimized tissue digestion and antibody conjugation conditions for maximal cell survival prior to identification and retrieval via FACS. Representative FACS analysis plots are shown that identify the hemogenic endothelial cell and HSPC phenotypes, and describe a methylcellulose-based assay for evaluating their blood forming potential on a clonal level.

Hematopoietic stem and progenitor cells (HSPC) derive from specialized (hemogenic) endothelial cells during development, yet little is known about the process by which some endothelial cells specify to become blood forming. We demonstrate a flow-cytometry based method allowing simultaneous isolation of hemogenic endothelial cells and HSPC from murine embryonic tissues.

쥐 배아 Hemogenic 내피 세포의 분리

The specification of hemogenic endothelial cells from embryonic vascular endothelium occurs during brief developmental periods within distinct tissues, ...

Large-Scale Production of Cardiomyocytes from Human Pluripotent Stem Cells Using a Highly Reproducible Small Molecule-Based Differentiation Protocol

Maximizing the benefit of human pluripotent stem cells (hPSCs) for research, disease modeling, pharmaceutical and clinical applications requires robust methods for the large-scale production of functional cell types, including cardiomyocytes. Here we demonstrate that the temporal manipulation of WNT, TGF-&#946;, and SHH signaling pathways leads to highly efficient cardiomyocyte differentiation of single-cell passaged hPSC lines in both static suspension and stirred suspension bioreactor systems. Employing this strategy resulted in ~ 100% beating spheroids, consistently containing &#62; 80% cardiac troponin T-positive cells after 15 days of culture, validated in multiple hPSC lines. We also report on a variation of this protocol for use with cell lines not currently adapted to single-cell passaging, the success of which has been verified in 42 hPSC lines. Cardiomyocytes generated using these protocols express lineage-specific markers and show expected electrophysiological functionalities. Our protocol presents a simple, efficient and robust platform for the large-scale production of human cardiomyocytes.

Here, we present a robust, fast and scalable cardiomyocyte differentiation protocol for human pluripotent stem cells (hPSCs). Cardiomyocytes derived using this large-scale method can provide sufficient cell numbers for their effective use in human cardiovascular disease modeling, high-throughput drug screening, and potentially clinical applications.

고도의 재현 작은 분자 기반의 차별화 프로토콜을 사용하여 인간 다 능성 줄기 세포로부터 심근 세포의 대규모 생산

Maximizing the benefit of human pluripotent stem cells (hPSCs) for research, disease modeling, pharmaceutical and clinical applications requires robust ...

Aggregate Size Optimization in Microwells for Suspension-based Cardiac Differentiation of Human Pluripotent Stem Cells

Cardiac differentiation of human pluripotent stems cells (hPSCs) is typically carried out in suspension cell aggregates. Conventional aggregate formation of hPSCs involves dissociating cell colonies into smaller clumps, with size control of the clumps crudely controlled by pipetting the cell suspension until the desired clump size is achieved. One of the main challenges of conventional aggregate-based cardiac differentiation of hPSCs is that culture heterogeneity and spatial disorganization lead to variable and inefficient cardiomyocyte yield. We and others have previously reported that human embryonic stem cell (hESC) aggregate size can be modulated to optimize cardiac induction efficiency. We have addressed this challenge by employing a scalable, microwell-based approach to control physical parameters of aggregate formation, specifically aggregate size and shape. The method we describe here consists of forced aggregation of defined hPSC numbers in microwells, and the subsequent culture of these aggregates in conditions that direct cardiac induction. This protocol can be readily scaled depending on the size and number of wells used. Using this method, we can consistently achieve culture outputs with cardiomyocyte frequencies greater than 70%.

Conventional methods to initiate suspension aggregate based cardiac differentiation of human pluripotent stems cells (hPSCs) are plagued with culture heterogeneity with respect to aggregate size and shape. Here, we describe a robust method for cardiac differentiation employing microwells to generate size-controlled hPSC aggregates cultured under cardiac-promoting conditions.

인간 다 능성 줄기 세포의 서스펜션 기반의 심장 차별화를위한 마이크로 웰의 집계 크기 최적화

Cardiac differentiation of human pluripotent stems cells (hPSCs) is typically carried out in suspension cell aggregates.  Conventional aggregate formation ...

Rapid, Directed Differentiation of Retinal Pigment Epithelial Cells from Human Embryonic or Induced Pluripotent Stem Cells

We describe a robust method to direct the differentiation of pluripotent stem cells into retinal pigment epithelial cells (RPE). The purpose of providing a detailed and thorough protocol is to clearly demonstrate each step and to make this readily available to researchers in the field. This protocol results in a homogenous layer of RPE with minimal or no manual dissection needed. The method presented here has been shown to be effective for induced pluripotent stem cells (iPSC) and human embryonic stem cells. Additionally, we describe methods for cryopreservation of intermediate cell banks that allow long-term storage. RPE generated using this protocol might be useful for iPSC disease-in-a-dish modeling or clinical application.

This protocol describes how to produce retinal pigment epithelial cells (RPE) from pluripotent stem cells. The method uses a combination of growth factors and small molecules to direct the differentiation of stem cells into immature RPE in fourteen days and mature, functional RPE after three months.

인간의 배아 또는 유도 만능 줄기 세포에서 망막 안료 상피 세포의 급속 한, 감독 차별화

We describe a robust method to direct the differentiation of pluripotent stem cells into retinal pigment epithelial cells (RPE). The purpose of providing ...

Identification of Skeletal Muscle Satellite Cells by Immunofluorescence with Pax7 and Laminin Antibodies

Immunofluorescence is an effective method that helps to identify different cell types on tissue sections. In order to study the desired cell population, antibodies for specific cell markers are applied on tissue sections. In adult skeletal muscle, satellite cells (SCs) are stem cells that contribute to muscle repair and regeneration. Therefore, it is important to visualize and trace the satellite cell population under different physiological conditions. In resting skeletal muscle, SCs reside between the basal lamina and myofiber plasma membrane. A commonly used marker for identifying SCs on the myofibers or in cell culture is the paired box protein Pax7. In this article, an optimized Pax7 immunofluorescence protocol on skeletal muscle sections is presented that minimizes non-specific staining and background. Another antibody that recognizes a protein (laminin) of the basal lamina was also added to help identify SCs. Similar protocols can also be used to perform double or triple labeling with Pax7 and antibodies for additional proteins of interest.

The precise identification of satellite cells is essential for studying their functions under various physiological and pathological conditions. This article presents a protocol to identify satellite cells on adult skeletal muscle sections by immunofluorescence-based staining.

Pax7 Laminin 항 체와 면역 형광에 의해 골격 근육 인공위성 세포의 식별

Immunofluorescence is an effective method that helps to identify different cell types on tissue sections. In order to study the desired cell population, ...

Computational Analysis of the Caenorhabditis elegans Germline to Study the Distribution of Nuclei, Proteins, and the Cytoskeleton

The Caenorhabditis elegans (C. elegans) germline is used to study several biologically important processes including stem cell development, apoptosis, and chromosome dynamics. While the germline is an excellent model, the analysis is often two dimensional due to the time and labor required for three-dimensional analysis. Major readouts in such studies are the number/position of nuclei and protein distribution within the germline. Here, we present a method to perform automated analysis of the germline using confocal microscopy and computational approaches to determine the number and position of nuclei in each region of the germline. Our method also analyzes germline protein distribution that enables the three-dimensional examination of protein expression in different genetic backgrounds. Further, our study shows variations in cytoskeletal architecture in distinct regions of the germline that may accommodate specific spatial developmental requirements. Finally, our method enables automated counting of the sperm in the spermatheca of each germline. Taken together, our method enables rapid and reproducible phenotypic analysis of the C. elegans germline.

Computational Analysis of the Caenorhabditis elegans Germline to Study the Distribution of Nuclei, Proteins, and the Cytoskeleton

We present an automated method for three-dimensional reconstruction of the Caenorhabditis elegans germline. Our method determines the number and position of each nucleus within the germline and analyses germline protein distribution and cytoskeletal structure.

꼬마 선 충 생식 핵의 분포, 단백질, 및 골격을 전산 분석

The Caenorhabditis elegans (C. elegans) germline is used to study several biologically important processes including stem cell development, apoptosis, and ...

Derivation and Differentiation of Canine Ovarian Mesenchymal Stem Cells

Interest in mesenchymal stem cells (MSCs) has increased over the past decade due to their ease of isolation, expansion, and culture. Recently, studies have demonstrated the wide differentiation capacity that these cells possess. The ovary represents a promising candidate for cell-based therapies due to the fact that it is rich in MSCs and that it is frequently discarded after ovariectomy surgeries as biological waste. This article describes procedures for the isolation, expansion, and differentiation of MSCs derived from the canine ovary, without the necessity of cell-sorting techniques. This protocol represents an important tool for regenerative medicine because of the broad applicability of these highly differentiable cells in clinical trials and therapeutic uses.

Herein, we describe a method for the isolation, expansion, and differentiation of mesenchymal stem cells from canine ovarian tissue.

파생 및 개 난소 중간 엽 줄기 세포의 분화

Interest in mesenchymal stem cells (MSCs) has increased over the past decade due to their ease of isolation, expansion, and culture. Recently, studies ...