Name: a whole mount in situ hybridization method for the gastropod mollusc lymnaea stagnalis
Uploaded: 2016-03-15T15:00:00.000+00:00
Duration: 7 min 33 s
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이 작품은 DFG 프로젝트 #의 JA2108 / 2-1를 통해 DJJ에 자금에 의해 지원되었다.

참고 : 다음 단계는 L.의 배아와 애벌레 단계에서 현장 실험의를 수행하기위한 우리의 방법을 간략하게 설명 공정이 단어 &#39;주의&#39;와 모든 적절한 안전 절차에 의해 지시 된 유해 화학 물질의 사용을 포함 stagnalis이. 채용한다. 유해 화학 물질에 대한 대표 MSDS 시트에 대한 링크는 보조 파일 (1)에 제공됩니다. 모든 시약에 대한 조리법은 보조 파일이 제공됩니다. 디 캡슐 레이션 장치의 1 회의 <ol><li> 이를 위해,도 2a에 도시 된 바와 같이 적절한 길이로 P1,000 팁 절단하여 (1 mm의 내경 및 3 mm의 외경)의 실리콘 튜브에 20 ㎖의 일회용 주사기를 연결한다. </li><li> 반전 큰 페트리 접시에 표준 현미경 슬라이드를 테이프. 도에 도시 된 바와 같이, 현미경 슬라이드에 바로 인접 실리콘 튜브 테이프60, 2C 및 2D. </li><li> 현미경 슬라이드에 뽑아 유리 바늘 나머지 부드럽게 바늘의 선단이 배관의 내부 직경을 가로 지르는 방향의 약 20 %가 돌출 될 때까지 상기 실리콘 튜브에 삽입 (도 2C 및 2D 참조). 바늘은 페트리 접시에 위치 테이프를 아래에 있으면. </li><li> 실리콘 튜브의 자유 단은 ​​캡슐화가 자료를 수집 다른 배양 접시에서 휴식을 허용합니다. </li></ol> 2. 시료 채취, 고정 및 캡슐화 참고 : 별도의 표시가없는 한, 모든 단계는 실온에서 수행된다. <ol><li> 조심스럽게 수족관의 벽에서 계란 문자열을 수집합니다. 이를 위해, 기판 떨어져 계란 문자열을 긁어 주걱으로 유연한 플라스틱의 평면 조각을 사용하고, 물에서 부동 달걀 문자열을 물고기 플라스틱 차 여과기를 사용합니다. 단도에서 제공하는 가이드를 사용하여 현미경으로 재 정렬1. </li><li> 종이 타월에 계란 문자열을 놓고 페더급 집게를 사용하여 산란 량을 따라 세로 절개를합니다. 계란 문자열에서 계란 캡슐 롤과 페더급 집게를 사용하여 종이 타월 주위를 밀어 각 캡슐에서 가능한 한 젤리 소재의 정도를 제거합니다. </li><li> 페더급 집게를 사용하여, 수돗물 5 ㎖를 포함하는 페트리 접시에 달걀 캡슐을 전송합니다. 이 접시에 원하는 발달 단계의 탈 젤리 계란 캡슐을 수집하기 위해 계속합니다. 계획 WMISH 실험 후 다음 단계로 진행에 대한 모든 개발 단계에서 충분히 캡슐을 수집합니다. </li><li> 선진 애벌레로 작업 할 때 고정하기 전에 그들을 마취시키다 (5 일 먼저 절단 (dpfc) 이상 게시). 참고 : 이것은 매우 어려운 현장 염색 패턴의 해석을하게 계약에서 근육을 방지 할 수 있습니다. <ol><li> 그들의 capsu 여전히 동안 (애벌레를 휴식이전 고정 30 분 • 6H 2 O의 MgCl 2의 2 %에 v / w 솔루션 레). </li><li> 정착액 솔루션에 자신의 달걀 캡슐에 여전히 여러 애벌레 동안 침지 및 현미경 자신의 반응을 모니터링하여 30 분 후 휴식의 정도를 평가합니다. 완전 이완 된 애벌레가 응답하지 반면 불완전 편안한 유충은 껍질에 철회 할 것입니다. 이 유충이 완화되고 나면 다음 단계로 진행합니다. </li></ol></li><li> 계란 캡슐의 10 배 부피를 제공하는 밀봉 튜브로 넓은 구멍 플라스틱 피펫을 사용하여 난자 캡슐을 전송 (예., 정착 캡슐 1 ㎖는 10+ ml의 튜브를 필요). </li><li> 대기음만큼 관으로부터 가능한 한 액과 정착 계란 캡슐의 체적 배이다 정착액 용액의 부피로 교체한다. 조심스럽게 각 발달 단계 (그림 1 참조)에 해당하는 시간 동안 실온에서 정착액에 계란 캡슐을 회전합니다. </li><li> DiscontinUE의 회전과는 캡슐이 침몰하여, 적절한 폐기 용기에 정착액 솔루션을 대기음 할 수 있습니다. </li><li> 5 분 동안 실온에서 0.1 % 트윈 -20 (PBTw)을 인산염 완충 식염수로 정착액 용액을 1,8- 회전 계란 캡슐 씻는다. PBTw을 대기음 두 번 반복합니다. </li><li> 배아 및 장치를 사용하여 캡슐에서 유충을 제거 튜브를 통해 유리 바늘 아웃에 과거 캡슐 튜브를 연결 한 후 불식. 그림 2 (자세한 내용은 섹션 1 참조) 20 ML의 주사기로 헤어 캡슐을 그립니다 컬렉션 접시. 주 : 일반적으로, 모든 캡슐의 대부분 (&gt; 90 %) 장치를 통해 하나의 패스를 필요로한다. 많은 경우에있어서, 캡슐 막의 손상되지만 배아와 유충 파열 캡슐 안에 남아있다. 단순히 주사기로를 그리기 다시 밝혀하여이 물질을 재 처리. </li><li> 마이크를 사용하여 1.5 ML 튜브에 디 캡슐화 배아와 애벌레를 수집ropipette (0에 대한 P20 - 삼일 오래 유충 및 팁의 끝 이전의 유충에 대한 P200은 차단). 참고 :이 단계에서 할 수있는 프로토콜 (몇 개월까지에 대한) 일시 정지. 이것은 필요한 경우 decapsuled 재료 저장 1.5 ㎖의 튜브 (다음 단계로 진행)에 수집한다. 그렇지 않으면 프로토콜 3 즉시 계속합니다. </li><li> 배아와 애벌레 튜브의 바닥에 가라 뜨는을 대기음 할 수 있습니다. PBTw에서 33 % 에탄올 (EtOH로)로 교체하고 5 앉아 보자 - 10 분. PBTw에서 66 % EtOH로 100 % EtOH로 반복합니다. RT에서 100 % EtOH로 두 번 유충을 씻으십시오. 100 %의 EtOH에서 -20 ° C에서 자료를 저장합니다. </li><li> 10 분 - 준비가 계속되면, 다시 수화물 100 %의 EtOH를 제거하고 PBTw에 66 % EtOH로 교체하여 샘플은 5 앉아 보자. 10 분 - 5 방치, PBTw에 33 % EtOH로 반복합니다. 마지막으로 모든 EtOH를 제거하기 위해 PBTw의 3 배 5 분 세척으로 세척한다. </li></ol> 3. 테-K, TEA 및 포스트 - Fi를xation 참고 : 우리는 빨리 시간이 중요한 솔루션을 교환 메쉬 바닥으로 가장 효율적이고 부드러운 방법을 작은 바구니에 다음 단계를 수행 찾을 수 있습니다. 이들은 집에서 만든 수 있지만, 우리는 Intavis InSituPro -Vsi 액체 처리 로봇 (www.intavis.de/products/automated-ish-and-ihc)와 호환되는 바구니 (중간 크기)를 사용합니다. 이러한 바구니 쉽고 빠르게 교환 해결하기 위해, 12 웰 조직 배양 접시 (TCD)의 웰 사이에서 이동 될 수 있거나, 상기 용액은 잘 피펫을 사용하여 흡인 할 수있다. 대안 적으로, 모든 용액 교환 단순히 유충으로부터 상등액을 흡인하여이 바구니없이 수행 될 수있다. 이 경우에 완만 한 선회 운동 상등액은 웰의 에지로부터 제거 될 수 있도록 접시의 중앙에 모든 배아와 유충을 집중한다. 다음은 사용자가 용액 교류 바스켓을 이용하는 것으로 가정. <ol><li> 피펫을 사용하여, PBTw 2 ㎖로 12 웰 TCD에 앉아 바구니에 전송 배아와 애벌레. 참고 :. 추가 된 발달 단계에 따라 할 수있다 배아 및 / 또는 유충의 수는 있지만 엄지 손가락의 일반적인 규칙은 배아 / 애벌레 (즉, 무료로 공간의 25 % 이상을 유지하는 것입니다, 조사되고,하지 ) 바구니를 혼잡하게. </li><li> 적절한 테-K 용액 (도 1 참조) 2 ㎖, 2 ml의 0.2 %의 글리신 각각 다른 웰이 잘 인접를 준비한다. 테-K의 잘 포함하는 적당한 농도로 각각의 바구니를 이동하고 바로 타이밍을 시작합니다. </li><li> 10 분 후 잘 포함 0.2 % 글리신으로 각각의 바구니를 이동하고 5 분 동안 품어. 그런 다음 0.2 % 글리신과 두 번째 우물에 각 바구니를 이동하고 5 분 동안 품어. 3 ㎖ PBTw의 3 배 5 분의 교류와 글리신을 씻으십시오. </li><li> PBTw 솔루션을 제거하고 새로 제조 트리에탄올 아민 (TEA) 졸 한 번 샘플을 치료5 분주의에 대한의 ution은! 선동하지 마십시오. 5 분 동안 새로 제조 TEA 용액 3 ㎖로 교체하십시오. 선동하지 마십시오. 샘플에서 TEA 용액의 대부분을 흡인. 무수 초산 (TEAAA) 용액으로 새로 제조 트리에탄올 아민을 추가하고 5 분.주의 부화! 선동하지 마십시오. </li><li> 선택 사항 - 위의 단계가 배양되는 동안, TEAAA 솔루션의 또 다른 신선한 배치를 준비하고 위의 단계를 반복합니다. 참고 : TEAAA와이 두 번째 치료는 선택 사항이지만 완전히 배경을 생성하는 경향이 프로브 모든 배경을 제거하는 데 도움이 될 수 있습니다. </li><li> 우물에서 흡입하여 TEAAA 솔루션을 제거하고 PBTw 3 ㎖로 교체합니다. 선동하지 마십시오. PBTw를 제거하고 PBTw 3.7 % 포름 알데히드의 3 ㎖를 적용합니다. 부드럽게 30 분 배양하는 동안 때때로 소용돌이 친다. </li><li> 우물에서 흡입하여 정착액을 제거하고 PBTw 3 ㎖로 교체합니다. 1.5 ML 튜브로 자료를 전송합니다. 아르 자형하이브리드 버퍼로 PBTw을 eplace 및 RT에서 5 분 동안 품어 -주의. </li><li> RT 핫 블록에 튜브를 배치하고, 원하는 혼성화 온도까지 온도를 설정한다. 참고 : 하이브리드 온도가 특정 프로브이며, 경험적으로 최적화 될 필요가있을 것이다, 그러나 우리는 55 ° C 좋은 온도 처음 재판을받을 수 찾을 수 있습니다. 블록이 혼성화 온도오고, 샘플은 약 15 분 동안 예비 혼성화 할 수 있도록 허용 (즉, 그 이상은 리보 프로브를 제조하는 데 소요되는 시간은 필요하지 않다). 적절한 볼륨 희석 된 리보 프로브의 (일반적으로 100 μl를) 준비합니다. 우리는 초기 범위 100 및 500 ng를 / ㎖의 일반적으로 시험 프로브 농도. 우리는 12에 따라 리보 프로브를 준비합니다. </li><li> 시료의 혼성화 완충액을 제거하고 샘플을 혼성화 완충액에 프로브를 추가한다. 100 μL (또는 적절한 부피 오버레이 혼성화 buffe 위에 상을 형성R)의 미네랄 오일. 주 : 미네랄 오일이 긴 혼성화 단계에서 형성됩니다 광범위한 결로를 방지 할 수 있습니다. 광범위한 축합 크게 혼성화 용액의 화학 프로브의 농도 모두를 변경한다. </li><li> 프로브와 10 분 동안 75 ℃로 샘플을 가열함으로써 표적 RNA를 변성하고 원하는 혼성화 온도로 열을 감소시킨다. (- 48 시간 24) 하이브리드는 12 시간 (O / N) 이상 최소 할 수있게합니다. </li><li> 혼성화 중에는 열 블록으로부터 하나의 튜브를 제거 유상을 방해하지 않고 유충 중단 엄지와 집게 손가락 사이에서 급속으로 회전하고, 가열 블록에 교체한다. 12 시간 정도 -이 한 번 매 6를 반복합니다. </li></ol> 4. 뜨거운 세척 및 면역 적를 참고 : 우리는 다음 단계의 액체 처리 로봇을 사용하지만,이 또한 쉽게 수동으로 수행 할 수 있습니다. 이 경우, 배아와 애벌레 소자민련은. 그들은에서 혼성화 된 1.5 ml의 튜브에 보관 이후의 모든 솔루션 교환은 흡입과 P1,000 피펫으로 추가됩니다. 수동으로 수행하는 경우 다음 단계의 각각은 각각의 용액 1 ㎖를 채용한다. <ol><li> 열 적절한 볼륨 배속, 2 배의 (3 ㎖ 각 샘플에 대한 각) 및 하이브리드 온도 1X 세척 솔루션을. </li><li> 하이브리드 온도에서 15 분 각각의 모든 샘플을 4 배 세척 버퍼에 세 번 씻으십시오. 하이브리드 온도에서 15 분 각각의 모든 샘플을 2 배 세척 버퍼에 세 번 씻으십시오. 하이브리드 온도에서 15 분 각각의 모든 샘플을 1X​​ 세척 버퍼에 세 번 씻으십시오. </li><li> 하이브리드 온도에서 1 배 나트륨 염화 나트륨 시트르산 버퍼 + 0.1 % 트윈 (SSC + 0.1 % 트윈) 한 번 모든 샘플을 씻으십시오. 샘플을 실온으로 냉각 할 수 있습니다. </li><li> 승 MAB를 반복 말레 산 버퍼 (MAB)이 1 배 SSC 솔루션을 교체 15 분 동안 1 배 SSC + 0.1 % 트윈에 두 번 모든 샘플을 세척하고 10 분 동안 앉아 보자금연 건강 증진 협회. 블록 솔루션 MAB를 교체하고 1.5 시간 동안 품어. </li><li> (1 : 블록 솔루션 항체의 10,000 희석) 항체 용액의 블록 솔루션을 교환하고 부드러운 교반과 함께 실온에서 12 시간 (O / N) 동안 품어. </li></ol> 5. 컬러 개발 및 장착 <ol><li> 항체 솔루션을 기음 10 분 각각 PBTw으로 15 회 반복한다. 1 배 알칼리성 인산 버퍼 (AP)와 PBTw를 교체하고 10 분 동안 품어. </li><li> 주의 - 상기 배양 단계로 진행하여 상기 AP 염색 액을 제조하는 동안 (보조 파일 2 참조). 잘 TCD로 자료를 전송하고 AP 염색 용액으로 1 배 AP 솔루션을 교체합니다. 시간의 길이는 발색 반응을 기록 할 수있는 장소를 차지하도록 현재 시간을 참고. 배경 잡음비가 최적이 될 때까지 염색 패턴의 발전을 모니터한다. </li><li> 색상 개발을 중지하려면, 해당 WAST에 처분합니다 (1 배 AP 염색 용액을 제거전자 용기), 그리고 PBTw 2 ㎖을 적용하고 현재 시간을 확인합니다. 5 분마다 두 번 더 PBTw와 린스. 1.5 ML 튜브로 자료를 전송하는 데 다음과 헹굼 중 하나를 사용합니다. </li><li> (이것은 또한 O / N을 수행 할 수 있습니다)에 PBTw를 제거하고 PBTw 3.7 % 포름 알데히드 1 ㎖을 적용하고 교반 또는 실온에서 적어도 30 분을 돌립니다. </li><li> PBT의 3 세척 (적절한 폐기물 용기에 폐기물 정착액을 폐기)와 정착을 씻으십시오. 탈 이온수에 50 ° C에서 샘플을 3 회 반복한다. 참고 :이 세척은 삭제 및 시각화 단계에서 표시 될 수 있습니다 염의 침전을 제거한다. </li><li> 벤질 알코올 (BB : 또한 머레이의 맑은로 알려진 BA) 또는 글리세롤 샘플이 벤질 벤조 에이트에 설치할지 여부를 결정합니다. 참고 : 우리는 더 강력한 청소 에이전트 BB를 선호 : BA를 L.로 stagnalis 배아는 다소 불투명하다. 샘플은 BB에 장착 할 수 있습니다 : BA 먼저 에탄올 시리즈를 통해 탈수해야합니다. 샘플은 60 %에 마운트 될글리세롤 바로 장착 될 수있다. </li><li> 피펫을 사용하여 : (BA 또는 60 % 글리세롤 BB) 장착 용액에 샘플을 전송합니다. BB에 설치시 : 참고는 BA이 잘 된 유리에 수행해야합니다 (BB : BA는 폴리 카보네이트 플라스틱을 녹여 것입니다). </li><li> 10 분 후 스페이서로 적층 된 커버 적절한 수의 (샘플 &lt;1 dpfc, 샘플이 된 커버&gt; 1 dpfc 1 커버 슬립)를 사용하여 슬라이드에 그들을 탑재 - 샘플이 5 취소 할 수 있습니다. 참고 : 전체 마운트는 지금 DIC 광학와 복합 현미경을 사용하여 몇 군데 할 수 있습니다. </li></ol>

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S., Wanninger, A., Gunter, H. M., Degnan, B. M. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+role+of+MAPK+signaling+in+patterning+and+establishing+axial+symmetry+in+the+gastropod+Haliotis+asinina.">The role of MAPK signaling in patterning and establishing axial symmetry in the gastropod Haliotis asinina.</a> Dev. Biol. 311 (1), 200-212 (2007).</li><li>Lartillot, N., Lespinet, O., Vervoort, M., Adoutte, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Expression+pattern+of+Brachyury+in+the+mollusc+Patella+vulgata+suggests+a+conserved+role+in+the+establishment+of+the+AP+axis+in+Bilateria.">Expression pattern of Brachyury in the mollusc Patella vulgata suggests a conserved role in the establishment of the AP axis in Bilateria.</a> Development. 129 (6), 1411-1421 (2002).</li><li>Jackson, D. J., W&#246;rheide, G., Degnan, B. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dynamic+expression+of+ancient+and+novel+molluscan+shell+genes+during+ecological+transitions.">Dynamic expression of ancient and novel molluscan shell genes during ecological transitions.</a> BMC Evol. Biol. 7 (1), 160 (2007).</li><li>Jackson, D. J., Meyer, N. P., Seaver, E., Pang, K., McDougall, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Developmental+expression+of+COE.+across+the+Metazoa+supports+a+conserved+role+in+neuronal+cell-type+specification+and+mesodermal+development.">Developmental expression of COE. across the Metazoa supports a conserved role in neuronal cell-type specification and mesodermal development.</a> Dev Genes Evol. 220, 221-234 (2010).</li><li>Perry, K. J., Lyons, D. C., Truchado-Garcia, M., Fischer, A. H. L., Helfrich, L. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Deployment+of+regulatory+genes+during+gastrulation+and+germ+layer+specification+in+a+model+spiralian+mollusc.">Deployment of regulatory genes during gastrulation and germ layer specification in a model spiralian mollusc.</a> Dev. Dyn. , (2015).</li><li>Iijima, M., Takeuchi, T., Sarashina, I., Endo, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Expression+patterns+of+engrailed+and+dpp+in+the+gastropod+Lymnaea+stagnalis.">Expression patterns of engrailed and dpp in the gastropod Lymnaea stagnalis.</a> Dev Genes Evol. 218 (5), 237-251 (2008).</li><li>Shimizu, K., Iijima, M., Setiamarga, D. H. E., Sarashina, I., Kudoh, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Left-right+asymmetric+expression+of+dpp+in+the+mantle+of+gastropods+correlates+with+asymmetric+shell+coiling.">Left-right asymmetric expression of dpp in the mantle of gastropods correlates with asymmetric shell coiling.</a> EvoDevo. 4 (1), 15 (2013).</li><li>Christodoulou, F., Raible, F., Tomer, R., Simakov, O., Trachana, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ancient+animal+microRNAs+and+the+evolution+of+tissue+identity.">Ancient animal microRNAs and the evolution of tissue identity.</a> Nature. 463, (2010).</li><li>Koga, M., Kudoh, T., Hamada, Y., Watanabe, M., Kageura, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+new+triple+staining+method+for+double+in+situ+hybridization+in+combination+with+cell+lineage+tracing+in+whole-mount+Xenopus+embryos.">A new triple staining method for double in situ hybridization in combination with cell lineage tracing in whole-mount Xenopus embryos.</a> Dev Growth Differ. 49 (8), 635-645 (2007).</li><li>Lauter, G., S&#246;ll, I., Hauptmann, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Two-color+fluorescent+in+situ+hybridization+in+the+embryonic+zebrafish+brain+using+differential+detection+systems.">Two-color fluorescent in situ hybridization in the embryonic zebrafish brain using differential detection systems.</a> BMC Dev. Biol. 11 (1), 43 (2011).</li><li>Davison, A., Frend, H. T., Moray, C., Wheatley, H., Searle, L. J., Eichhorn, M. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mating+behaviour+in+Lymnaea+stagnalis.+pond+snails+is+a+maternally+inherited,+lateralized+trait.">Mating behaviour in Lymnaea stagnalis. pond snails is a maternally inherited, lateralized trait.</a> Biol. Lett. 5 (1), 20-22 (2009).</li><li>Kuroda, R., Endo, B., Abe, M., Shimizu, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chiral+blastomere+arrangement+dictates+zygotic+left-right+asymmetry+pathway+in+snails.">Chiral blastomere arrangement dictates zygotic left-right asymmetry pathway in snails.</a> Nature. 462 (7274), 790-794 (2009).</li><li>Shibazaki, Y., Shimizu, M., Kuroda, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Body+handedness+is+directed+by+genetically+determined+cytoskeletal+dynamics+in+the+early+embryo.">Body handedness is directed by genetically determined cytoskeletal dynamics in the early embryo.</a> Curr. Biol. 14 (16), 1462-1467 (2004).</li><li>Lu, T. Z., Feng, Z. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+sodium+leak+current+regulates+pacemaker+activity+of+adult+central+pattern+generator+neurons+in+Lymnaea+stagnalis.">A sodium leak current regulates pacemaker activity of adult central pattern generator neurons in Lymnaea stagnalis.</a> PLoS One. 6 (4), e18745 (2011).</li><li>Dawson, T. F., Boone, A. N., Senatore, A., Piticaru, J., Thiyagalingam, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gene+Splicing+of+an+Invertebrate+Beta+Subunit+(LCav-beta)+in+the+N-Terminal+and+HOOK+Domains+and+Its+Regulation+of+LCav1+and+LCav2+Calcium+Channels.">Gene Splicing of an Invertebrate Beta Subunit (LCav-beta) in the N-Terminal and HOOK Domains and Its Regulation of LCav1 and LCav2 Calcium Channels.</a> PLoS ONE. 9 (4), e92941 (2014).</li><li>Smith, S. A., Wilson, N. G., Goetz, F. E., Feehery, C., Andrade, S. C. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Resolving+the+evolutionary+relationships+of+molluscs+with+phylogenomic+tools.">Resolving the evolutionary relationships of molluscs with phylogenomic tools.</a> Nature. 480 (7377), 364-367 (2011).</li><li>Gregory, T. R., Nicol, J. A., Tamm, H., Kullman, B., Kullman, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Eukaryotic+genome+size+databases.">Eukaryotic genome size databases.</a> Nuc. Acids. Res. 35 (Database issue), D332-D338 (2007).</li></ol>

저자는 공개 아무것도 없어.

여기에 설명 된 방법은 Lymnaea stagnalis의 모든 개발 단계에서 아마도 다양한 발현 수준과 RNA 전 사체를 효율적으로 시각화 할 수 있습니다. 그들의 캡슐에서 배아 및 유충을 제거하려면 우리가 다른 encapsulated-보고 화학, 삼투압 충격 및 물리적 처리의 다양한 평가판을 모델 생물을 개발하고 있습니다. 그러나, 우리의 손에 우리는 여기에서 설명하는 방법은 배아와 유충 손상없이...

연체 동물은 과학 분야의 폭 넓은 다양성의 관심을 보유 동물의 그룹입니다. 자신의 형태 학적 다양성 (1)에도 불구하고, 종, 3 상업 의료 4 및 과학 문제 5-8의 넓은 범위와 관련 (종수 (2)의 관점에서 만 절지로 두 번째) 풍요 로움을 주장 할 수있다 상대적으로 적은 연체 동물 종들이있다 잘 갖추어 진 과학 모델과 실험실 환경에서 유지 보수가 용이 모두합니다. 많은 등의 신경 생물학 9, 생태 독성학 (10)과 최근 진화 생물학 11, 12 등의 분야에서 사용되는 하나의 연체 동물은 주로 때문에 광범위하게 배포 및 유지 보수의 극단적 인 용이성, Lymnaea의 stagnalis입니다. 는 &#39;모델&#39;유기체로서의 인기와 L. 사용할 발달 생물 학자 13-19, 분자 도구의 범위와 능력으로 사용의 오랜 역사에도 불구하고 stagnALIS 과학 사회는 훨씬 더 전통적인 동물 모델 (초파리, 마우스, 성게, 선충)의 뒤에 자리 잡고 있습니다. 분자 모델 쉘 형성을 유도 분자 메커니즘에 대한 관심에서 비롯된 우리의 욕망은 Lymnaea을 개발. 이 Lymnaea의 개발 기간 동안 유전자 발현의 효율적이고 일관성있는 민감한 시각화 허용하는 기술의 집합을 수정하는 동기를 부여. 현장 하이브리드의 전체 마운트 (WMISH)는 널리 모델 생물의 다양한 채용되며, 40 년 이상 20 사용되었습니다. 그 다른 guises에서 ISH 공간적 염색체 rRNA의, mRNA의 마이크로 RNA를 특정 유전자좌 국산화 사용될 수있다. 과제 중 하나는 이전 L.하는 WMISH 방법 정련 해결할 필요 stagnalis 부드럽게하고 효율적으로 추출하는 배아와 t에서 다양한 단계의 애벌레의 문제였다그는 그들이 퇴적 된 계란 캡슐. 이는 추출 또는 &#39;캡슐화&#39;는에 적합한 재료를 수집하기 위해 효율적으로 달성 할 필요가있는 동시에 형태 및 세포의 무결성을 유지하면서, 현장 실험에서 주어진. 다른 모델 생물도 캡슐화 개발을 겪는 동안, 우리 손에 그 종에 대해보고 된 방법 중 어느 것도 성공적 L.에 사용되지 않았다 stagnalis. 이 방법의 전반적인 목표는 따라서 다음과 같습니다 L.를 추출 stagnalis 높은 처리량 방식으로 그들의 캡슐에서 배아 및 유충 이미징을위한 만족스러운 WMISHsignals와 배아 및 유충을 준비하려면 WMISH 신호를 최적화 사전 하이브리드 치료를 적용합니다.

<table><tbody><tr><td>Featherweight forceps</td><td>Ehlert &amp;amp; Partner</td><td>#4181119</td><td></td></tr><tr><td>Silicon tubing</td><td>Glasger&amp;auml;tebau OCHS GmbH</td><td>760070</td><td></td></tr><tr><td>Glass capillaries</td><td>Hilgenberg</td><td>1403547</td><td></td></tr><tr><td>12 well tissue culture dishes</td><td>Carl Roth</td><td>CE55.1</td><td></td></tr><tr><td>37% Formaldehyde</td><td>Carl Roth</td><td>P733.1</td><td>CAUTION - May cause cancer. Toxic by inhalation, in contact with skin and if swallowed. Toxic: danger of very serious irreversible effects through inhalation, in contact with skin and if swallowed.</td></tr><tr><td>Ethylenediamine tetraacetic acid</td><td>Carl Roth</td><td>CN06.3</td><td>CAUTION - CAUSES EYE IRRITATION. MAY CAUSE RESPIRATORY TRACT AND SKIN IRRITATION. Avoid breathing dust. Avoid contact with eyes, skin and clothing. Use only with adequate ventilation</td></tr><tr><td>Magnesium Chloride</td><td>Carl Roth</td><td>2189.1</td><td></td></tr><tr><td>Tween-20</td><td>Carl Roth</td><td>9127.1</td><td>CAUTION - May be harmful if inhaled. May cause respiratory tract irritation. May be harmful if absorbed through skin. May cause skin irritation. May cause eye irritation. May be harmful if swallowed.</td></tr><tr><td>Sodium Chloride</td><td>Carl Roth</td><td>3957.1</td><td></td></tr><tr><td>Ficoll type 400</td><td>Carl Roth</td><td>CN90.1</td><td></td></tr><tr><td>polyvinylpyrrolidone K30 (MW 40)</td><td>Carl Roth</td><td>4607.1</td><td>CAUTION - May be harmful if inhaled. May cause respiratory tract irritation. May be harmful if absorbed through skin. May cause skin irritation. May cause eye irritation. May be harmful if swallowed.</td></tr><tr><td>Nuclease freeBovine Serum Albumin</td><td>Carl Roth</td><td>8895.1</td><td></td></tr><tr><td>Salmon sperm</td><td>Carl Roth</td><td>5434.2</td><td></td></tr><tr><td>Heparin</td><td>Carl Roth</td><td>7692.1</td><td>CAUTION - ADVERSE EFFECTS INCLUDE HEMORRHAGE, LOCAL IRRITATION. POSSIBLE ALLERGIC REACTION IF INHALED, INGESTED/CONTACTED. EYES/SKIN/RESPIRATORY TRACT IRRITANT. POSSIBLE HYPERSENSITIZATION. DURING PREGNANCY HAS BEEN REPORTED TO INCREASE RISK OF STILLBIRTH</td></tr><tr><td>Proteinase-K</td><td>Carl Roth</td><td>7528.1</td><td></td></tr><tr><td>Glycine</td><td>Carl Roth</td><td>3790.2</td><td></td></tr><tr><td>Deionised formamide</td><td>Carl Roth</td><td>P040.1</td><td>CAUTION - Irritating to eyes and skin. May be harmful by inhalation, in contact with skin and if swallowed. May cause harm to the unborn child. Hygroscopic.</td></tr><tr><td>Standard formamide</td><td>Carl Roth</td><td>6749.3</td><td>CAUTION - Irritating to eyes and skin. May be harmful by inhalation, in contact with skin and if swallowed. May cause harm to the unborn child. Hygroscopic.</td></tr><tr><td>Triethanolamine</td><td>Carl Roth</td><td>6300.1</td><td>CAUTION - Avoid breathing vapor or mist. Avoid contact with eyes. Avoid prolonged or repeated contact with skin. Wash thoroughly after handling.</td></tr><tr><td>Acetic anhydride</td><td>Carl Roth</td><td>4483.1</td><td>CAUTION - CAUSES SEVERE SKIN AND EYE BURNS. REACTS VIOLENTLY WITH WATER. HARMFUL IF SWALLOWED. VAPOR IRRITATING TO THE EYES AND RESPIRATORY TRACT</td></tr><tr><td>Maleic acid</td><td>Carl Roth</td><td>K304.2</td><td>CAUTION - Very hazardous in case of eye contact (irritant), of ingestion, . Hazardous in case of skin contact (irritant), of inhalation (lung irritant). Slightly hazardous in case of skin contact (permeator). Corrosive to eyes and skin.</td></tr><tr><td>Benzyl benzoate</td><td>Sigma</td><td>B6630-250ML</td><td>CAUTION - May be harmful if inhaled. May cause respiratory tract irritation. May be harmful if absorbed through skin. May cause skin irritation. May cause eye irritation. Harmful if swallowed.</td></tr><tr><td>Benzyl alcohol</td><td>Sigma</td><td>10,800-6</td><td>CAUTION - Harmful if swallowed. Harmful if inhaled. Causes serious eye irritation.</td></tr><tr><td>Glycerol</td><td>Carl Roth</td><td>3783.1</td><td></td></tr><tr><td>Blocking powder</td><td>Roche</td><td>11096176001</td><td></td></tr><tr><td>Anti DIG Fab fragments AP conjugated</td><td>Roche</td><td>11093274910</td><td></td></tr><tr><td>Tris-HCl</td><td>Carl Roth</td><td>9090.3</td><td></td></tr><tr><td>4-Nitro blue tetrazolium chloride in dimethylformamide&amp;nbsp;</td><td>Carl Roth</td><td>4421.3</td><td>CAUTION - May cause harm to the unborn child. Harmful by inhalation and in contact with skin. Irritating to eyes.</td></tr><tr><td>5-bromo-4-chloro-3-indolyl-phosphate</td><td>Carl Roth</td><td>A155.3</td><td>CAUTION - Potentially harmful if ingested. Do not get on skin, in eyes, or on clothing. Potential skin and eye irritant.&amp;nbsp;</td></tr><tr><td>N-acetyl cysteine</td><td>Carl Roth</td><td>4126.1</td><td></td></tr><tr><td>Dithiothreitol</td><td>Carl Roth</td><td>6908.1</td><td>CAUTION - May cause eye and skin irritation. May cause respiratory and digestive tract irritation. The toxicological properties of this material have not been fully investigated.</td></tr><tr><td>Tergitol</td><td>Sigma</td><td>NP40S</td><td>CAUTION - May be harmful if inhaled. May cause respiratory tract irritation. May be harmful if absorbed through skin. May cause skin irritation. May cause eye irritation. May be harmful if swallowed.</td></tr><tr><td>Sodium dodecyl sulphate</td><td>Carl Roth</td><td>CN30.3</td><td>CAUTION - Harmful if swallowed. Toxic in contact with skin. Causes skin irritation. Causes serious eye damage. May cause respiratory irritation.</td></tr><tr><td>Potassium Chloride</td><td>Carl Roth</td><td>6781.1</td><td></td></tr><tr><td>di-Sodium hydrogen phosphate dihydrate (Na&lt;sub&gt;2&lt;/sub&gt;HPO&lt;sub&gt;4&lt;/sub&gt;&amp;#8226;2H&lt;sub&gt;2&lt;/sub&gt;O)</td><td>Carl Roth</td><td>4984.1</td><td></td></tr><tr><td>Potassium dihydrogen phosphate (KH&lt;sub&gt;2&lt;/sub&gt;PO&lt;sub&gt;4&lt;/sub&gt;)</td><td>Carl Roth</td><td>3904.1</td><td></td></tr><tr><td>Tri sodium citrate dihydrate (C&lt;sub&gt;6&lt;/sub&gt;H&lt;sub&gt;5&lt;/sub&gt;Na&lt;sub&gt;3&lt;/sub&gt;O&lt;sub&gt;7&lt;/sub&gt;&amp;#8226;2H&lt;sub&gt;2&lt;/sub&gt;O)</td><td>Carl Roth</td><td>3580.1</td><td>CAUTION - May cause eye, skin, and respiratory tract irritation. The toxicological properties of this material have not been fully investigated.</td></tr><tr><td>Mineral oil&amp;nbsp;</td><td>Carl Roth</td><td>HP50.2</td><td></td></tr><tr><td>InSituPro-Vsi&amp;nbsp;</td><td>Intavis</td><td></td><td>www.intavis.de/products/automated-ish-and-ihc</td></tr></tbody></table>

a whole mount in situ hybridization method for the gastropod mollusc lymnaea stagnalis

현장 하이브리드의 전체 마운트 (WMISH는) 관심 (예 : 태아 또는 애벌레 같은)에 &#39;전체 마운트&#39;조직 준비 내의 핵산 분자 (보통의 mRNA)의 공간 해상도, 또는 발달 단계를 위해 할 수있는 기술이다. 따라서 매우 복잡한 후생 동물 게놈의 기능적 특성, 차세대 시퀀스 데이터의 범람에 병목이 더 있다는 반칙에 기여할 수 있기 때문에 WMISH은 매우 강력하다. 많은 시간은 종종 새로운 모델 시스템 WMISH 실험에 고유 한 각종 파라미터를 최적화하는데 필요한 기술의 개념적 단순함에도 불구하고; 조직 유형 및 발달 단계의 세포 및 생화학 적 특성의 미묘한 차이는 하나의 WMISH 방법은 모든 상황에 적합하지 않을 수 있다는 것을 의미한다. 우리는 일관 생성하고 다시 새로운 복족류 모델 Lymnaea의 stagnalis에 대한 WMISH 방법의 세트를 개발했다유전자의 모든 발달 단계에 걸쳐 범위에 대한 명확한 WMISH 신호. 이러한 방법은 개체 발생 창에 알 수없는 연대기 나이의 애벌레의 할당, 자신의 계란 캡슐에서 효율적으로 배아를 제거하고 유충, 각각의 개체 발생 창에 적절한 테-K 치료의 응용 프로그램 및 하이브리드, 이후 하이브리드 및 면역을 포함 단계. 이 방법은 주어진 RNA 전 사체에 대한 결과 신호는 프로브 특정 조정 (주로 농도와 혼성화 온도 프로브)을 추가로 정제 할 수있는 기반을 제공합니다.

도 3에 도시 된 대표적인 WMISH 염색 패턴이 상술 한 기술을 이용하여 생성하고, 쉘의 형성에 이르기까지의 분자 다양한 프로세스에 관여하는 유전자에 대한 공간 발현 패턴의 다양한 반영 하였다 (신규 유전자 1, 2, 3, 4) 개발 단계의 범위에 걸쳐 전사 조절 (Brachyury)으로 세포 - 세포 신호 (DPP)에 관한 것이다. 우리는 그들이 같은 것이라...

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A Whole Mount In Situ Hybridization Method for the Gastropod Mollusc Lymnaea stagnalis

전체 산<em&gt; 현장에서</em복족류 연체 동물 용&gt; 하이브리드 방법<em&gt; Lymnaea의 stagnalis</em

The goal of this protocol is to provide users with a set of methods for the high-throughput decapsulation of Lymnaea stagnalis embryos and larvae in preparation for whole mount in situ hybridization, and for subsequent pre- and post-hybridization treatments.

Whole mount in situ hybridization (WMISH) is a technique that allows for the spatial resolution of nucleic acid molecules (often mRNAs) within a ...

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Research

JoVE Journal

Biology

A Whole Mount In Situ Hybridization Method for the Gastropod Mollusc Lymnaea stagnalis

8.8K 조회수.  Georg-August University of Göttingen. The goal of this protocol is to provide users with a set of methods for the high-throughput decapsulation of Lymnaea stagnalis embryos and larvae in preparation for whole mount in situ hybridization, and for subsequent pre- and post-hybridization treatments.

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A Noninvasive Method For In situ Determination of Mating Success in Female American Lobsters (Homarus americanus)

Despite being one of the most productive fisheries in the Northwest Atlantic, much remains unknown about the natural reproductive dynamics of American lobsters. Recent work in exploited crustacean populations (crabs and lobsters) suggests that there are circumstances where mature females are unable to achieve their full reproductive potential due to sperm limitation. To examine this possibility in different regions of the American lobster fishery, a reliable and noninvasive method was developed for sampling large numbers of female lobsters at sea. This method involves inserting a blunt-tipped needle into the female&#39;s seminal receptacle to determine the presence or absence of a sperm plug and to withdraw a sample that can be examined for the presence of sperm. A series of control studies were conducted at the dock and in the laboratory to test the reliability of this technique. These efforts entailed sampling 294 female lobsters to confirm that the presence of a sperm plug was a reliable indicator of sperm within the receptacle and thus, mating. This paper details the methodology and the results obtained from a subset of the total females sampled. Of the 230 female lobsters sampled from George&#39;s Bank and Cape Ann, MA (size range = 71-145 mm in carapace length), 90.3% were positive for sperm. Potential explanations for the absence of sperm in some females include: immaturity (lack of physiological maturity), breakdown of the sperm plug after being used to fertilize a clutch of eggs, and lack of mating activity. The surveys indicate that this technique for examining the mating success of female lobsters is a reliable proxy that can be used in the field to document reproductive activity in natural populations.

A Noninvasive Method For In situ Determination of Mating Success in Female American Lobsters Homarus americanus

Fishery-induced changes to exploited crustacean fisheries, such as the American lobster fishery, could potentially influence their reproductive dynamics, leading to a reduction in mating success. This study&#39;s goal was to develop a noninvasive method for ascertaining the mating success of female lobsters that may be physiologically or functionally mature.

에 대한 비 침습적 방법<em&gt; 현장에서</em&gt; 여성 미국의 바닷가에 연결 성공 (의 결정<em&gt; Homarus의 americanus</em&gt;)

Despite being one of the most productive fisheries in the Northwest Atlantic, much remains unknown about the natural reproductive dynamics of American ...

연구

환경과학

In Situ Hybridization Techniques for Paraffin-Embedded Adult Coral Samples

Corals are important ocean invertebrates that are critical for overall ocean health as well as human health. However, due to human impacts such as rising ocean temperatures and ocean acidification, corals are increasingly under threat. To tackle these challenges, advances in cell and molecular biology have proven to be crucial for diagnosing the health of corals. Modifying some of the techniques commonly used in human medicine could greatly improve researchers&#39; ability to treat and save corals. To address this, a protocol for in situ hybridization used primarily in human medicine and evolutionary developmental biology has been adapted for use in adult corals under stress.
The purpose of this method is to visualize the spatial expression of an RNA probe in adult coral tissue that has been embedded in paraffin and sectioned onto glass slides. This method focuses on removal of the paraffin and rehydration of the sample, pretreatment of the sample to ensure permeability of the sample, pre-hybridization incubation, hybridization of the RNA probe, and visualization of the RNA probe. This is a powerful method when using non-model organisms to discover where specific genes are expressed, and the protocol can be easily adapted for other non-model organisms. However, the method is limited in that it is primarily qualitative, because expression intensity can vary depending on the amount of time used during the visualization step and the concentration of the probe. Furthermore, patience is required, as this protocol can take up to 5 days (and in many cases, longer) depending on the probe being used. Finally, non-specific background staining is common, but this limitation can be overcome.

In Situ Hybridization Techniques for Paraffin-Embedded Adult Coral Samples

The goal of this protocol is to perform in situ hybridization on adult coral samples that have been embedded in paraffin and sectioned onto glass slides. This is a qualitative method used to visualize the spatial expression of an RNA anti-sense probe in paraffin-embedded tissues.

제자리에서 파라핀 포함 성인 산호 샘플에 대 한 교 잡 기술

Corals are important ocean invertebrates that are critical for overall ocean health as well as human health. However, due to human impacts such as rising ...

Wholemount In Situ Hybridization for Astyanax Embryos

In recent years, a draft genome for the blind Mexican cavefish (Astyanax mexicanus) has been released, revealing the sequence identities for thousands of genes. Prior research into this emerging model system capitalized on comprehensive genome-wide investigations that have identified numerous quantitative trait loci (QTL) associated with various cave-associated phenotypes. However, the ability to connect genes of interest to the heritable basis for phenotypic change remains a significant challenge. One technique that can facilitate deeper understanding of the role of development in troglomorphic evolution is whole-mount in situ hybridization. This technique can be implemented to directly compare gene expression between cave- and surface-dwelling forms, nominate candidate genes underlying established QTL, identify genes of interest from next-generation sequencing studies, or develop other discovery-based approaches. In this report, we present a simple protocol, supported by a flexible checklist, that can be widely adapted for use well beyond the presented study system. It is hoped that this protocol can serve as a broad resource for the Astyanax community and beyond.

Wholemount In Situ Hybridization for Astyanax Embryos

This protocol enables visualization of gene expression in embryonic Astyanax cavefish. This approach has been developed with the goal of maximizing gene expression signal, while minimizing non-specific background staining.

Wholemount Astyanax 배아에 대 한 제자리 교 잡

In recent years, a draft genome for the blind Mexican cavefish (Astyanax mexicanus) has been released, revealing the sequence identities for thousands of ...

발생학

Spatial High-resolution Analysis of Gene Expression Levels in Tendons

In recent years, many protocols have been developed for high-resolution transcriptomics in many different medical and biology fields. However, matrix-rich tissues, and specifically, tendons were left behind due to their low cell number, low RNA amount per cell, and high matrix content, which made them complicated to analyze. One of the recent and most important single-cell tools is the spatial analysis of gene expression levels in tendons. These RNA spatial tools have specifically high importance in tendons to locate specific cells of new and unknown populations, validate single-cell RNA-seq results, and add histological context to the single-cell RNA-seq data. These new methods will enable the analysis of RNA in cells with exceptional sensitivity and the detection of single-molecule RNA targets at the single-cell level, which will help to molecularly characterize tendons and promote tendon research. 
In this method paper, we will focus on the available methods to analyze spatial gene expression levels on histological sections by using novel in situ hybridization assays to detect target RNA within intact cells at single-cell levels. First, we will focus on how to prepare the tendon tissue for the different available assays and how to amplify target-specific signals without background noise but with high sensitivity and high specificity. Then, the paper will describe specific permeabilization methods, the different probe designs, and the signal amplification strategies currently available. These unique methods of analyzing transcription levels of different genes in single-cell resolution will enable the identification and characterization of the tendon tissue cells in young and aged populations of various animal models and human tendon tissues. This method will also help analyze gene expression levels in other matrix-rich tissues such as bones, cartilage, and ligaments.

<meta charset="utf8"></head><body>힘줄의 유전자 발현 수준에 대한 공간 고해상도 분석

This article describes how to perform an optimized in situ protocol for tendons. This method discusses tissue preparation, section permeabilization, probe design, and signal amplification methods.

힘줄의 유전자 발현 수준에 대한 공간 고해상도 분석

In recent years, many protocols have been developed for high-resolution transcriptomics in many different medical and biology fields. However, matrix-rich ...

Whole Mount in Situ Hybridization of E8.5 to E11.5 Mouse Embryos

Whole mount in situ hybridization is a very informative approach for defining gene expression patterns in embryos. The in situ hybridization procedures are lengthy and technically demanding with multiple important steps that collectively contribute to the quality of the final result. This protocol describes in detail several key quality control steps for optimizing probe labeling and performance. Overall, our protocol provides a detailed description of the critical steps necessary to reproducibly obtain high quality results. First, we describe the generation of digoxygenin (DIG) labeled RNA probes via in vitro transcription of DNA templates generated by PCR. We describe three critical quality control assays to determine the amount, integrity and specific activity of the DIG-labeled probes. These steps are important for generating a probe of sufficient sensitivity to detect endogenous mRNAs in a whole mouse embryo. In addition, we describe methods for the fixation and storage of E8.5-E11.5 day old mouse embryos for in situ hybridization. Then, we describe detailed methods for limited proteinase K digestion of the rehydrated embryos followed by the details of the hybridization conditions, post-hybridization washes and RNase treatment to remove non-specific probe hybridization. An AP-conjugated antibody is used to visualize the labeled probe and reveal the expression pattern of the endogenous transcript. Representative results are shown from successful experiments and typical suboptimal experiments.

Whole Mount in Situ Hybridization of E8.5 to E11.5 Mouse Embryos

This whole mount in situ hybridization protocol discusses critical steps that ensure reproducible high quality results for gene expression studies in E8.5-E11.5 day old mouse embryos.

전체 산<em&gt; 현장에서</emE11.5 마우스 태아에 E8.5의&gt; 하이브리드

Whole mount in situ hybridization is a very informative approach for defining gene expression patterns in embryos. The in situ hybridization procedures ...

생물학

A High Throughput in situ Hybridization Method to Characterize mRNA Expression Patterns in the Fetal Mouse Lower Urogenital Tract

Development of the lower urogenital tract (LUT) is an intricate process. This complexity is evidenced during formation of the prostate from the fetal male urethra, which relies on androgenic signals and epithelial-mesenchymal interactions1,2. Understanding the molecular mechanisms responsible for prostate development may reveal growth mechanisms that are inappropriately reawakened later in life to give rise to prostate diseases such as benign prostatic hyperplasia and prostate cancer.
The developing LUT is anatomically complex. By the time prostatic budding begins on 16.5 days post conception (dpc), numerous cell types are present. Vasculature, nerves and smooth muscle reside within the mesenchymal stroma3. This stroma surrounds a multilayered epithelium and gives rise to the fetal prostate through androgen receptor-dependent paracrine signals4. The identity of the stromal androgen receptor-responsive genes required for prostate development and the mechanism by which prostate ductal epithelium forms in response to these genes is not fully understood. The ability to precisely identify cell types and localize expression of specific factors within them is imperative to further understand prostate development. In situ hybridization (ISH) allows for localization of mRNAs within a tissue. Thus, this method can be used to identify pattern and timing of expression of signaling molecules and their receptors, thereby elucidating potential prostate developmental regulators.
Here, we describe a high throughput ISH technique to identify mRNA expression patterns in the fetal mouse LUT using vibrating microtome-cut sections. This method offers several advantages over other ISH protocols. Performing ISH on thin sections adhered to a slide is technically difficult; cryosections frequently have poor structural quality while both cryosections and paraffin sections often result in weak signal resolution. Performing ISH on whole mount tissues can result in probe trapping. In contrast, our high throughput technique utilizes thick-cut sections that reveal detailed tissue architecture. Modified microfuge tubes allow easy handling of sections during the ISH procedure. A maximum of 4 mRNA transcripts can be screened from a single 17.5dpc LUT with up to 24 mRNA transcripts detected in a single run, thereby reducing cost and maximizing efficiency. This method allows multiple treatment groups to be processed identically and as a single unit, thereby removing any bias for interpreting data. Most pertinently for prostate researchers, this method provides a spatial and temporal location of low and high abundance mRNA transcripts in the fetal mouse urethra that gives rise to the prostate ductal network.

A High Throughput in situ Hybridization Method to Characterize mRNA Expression Patterns in the Fetal Mouse Lower Urogenital Tract

Here, we describe an efficient high throughput in situ hybridization (ISH) method for visualizing patterns of mRNA expression in developing fetal mouse prostate tissue sections. The method can be easily adapted to visualize mRNA expression patterns in other mouse tissues or in tissues from other species.

높은 처리량 현장에서</em태아 마우스 로우어 Urogenital 트랙트의 mRNA의 표현 패턴을 특성화> 하이브리드화 방법

Development of the lower urogenital tract (LUT) is an intricate process. This complexity is evidenced during formation of the prostate from the fetal male ...

RNA In situ Hybridization in Whole Mount Embryos and Cell Histology Adapted for Marine Elasmobranchs

Marine elasmobranchs are valued animal models for biomedical and genomic studies as they are the most primitive vertebrates to have adaptive immunity and have unique mechanisms for osmoregulation 1-3. As the most primitive living jawed-vertebrates with paired appendages, elasmobranchs are an evolutionarily important model, especially for studies in evolution and development. Marine elasmobranchs have also been used to study aquatic toxicology and stress physiology in relationship to climate change 4. Thus, development and adaptation of methodologies is needed to facilitate and expand the use of these primitive vertebrates to multiple biological disciplines. Here I present the successful adaptation of RNA whole mount in situ hybridization and histological techniques to study gene expression and cell histology in elasmobranchs.
Monitoring gene expression is a hallmark tool of developmental biologists, and is widely used to investigate developmental processes 5. RNA whole mount in situ hybridization allows for the visualization and localization of specific gene transcripts in tissues of the developing embryo. The expression pattern of a gene's message can provide insight into what developmental processes and cell fate decisions a gene may control. By comparing the expression pattern of a gene at different developmental stages, insight can be gained into how the role of a gene changes during development.
While whole mount in situ's provides a means to localize gene expression to tissue, histological techniques allow for the identification of differentiated cell types and tissues. Histological stains have varied functions. General stains are used to highlight cell morphology, for example hematoxylin and eosin for general staining of nuclei and cytoplasm, respectively. Other stains can highlight specific cell types. For example, the alcian blue stain reported in this paper is a widely used cationic stain to identify mucosaccharides. Staining of the digestive tract with alcian blue can identify the distribution of goblet cells that produce mucosaccharides. Variations in mucosaccharide constituents on short peptides distinguish goblet cells by function within the digestive tract 6. By using RNA whole mount in situ's and histochemical methods concurrently, cell fate decisions can be linked to gene-specific expression.
Although RNA in situ's and histochemistry are widely used by researchers, their adaptation and use in marine elasmobranchs have met limited and varied success. Here I present protocols developed for elasmobranchs and used on a regular basis in my laboratory. Although further modification of the RNA in situ's hybridization method may be needed to adapt to different species, the protocols described here provide a strong starting point for researchers wanting to adapt the use of marine elasmobranchs to their scientific inquiries.

RNA In situ Hybridization in Whole Mount Embryos and Cell Histology Adapted for Marine Elasmobranchs

By combining methods for RNA whole mount in situ hybridization and histology, gene expression can be linked with cell fate decisions in the developing embryo. These methods have been adapted to marine elasmobranchs and facilitate the use of these animals as model organisms for biomedical, toxicology and comparative studies.

RNA<em&gt; 현장에서</em전체 마운트 태아 및 세포 조직학에서&gt; 하이브리드는 해양 Elasmobranchs을위한 적응

Marine  elasmobranchs are valued animal models for biomedical and genomic studies as  they are the most primitive vertebrates to have adaptive immunity ...

Effect of Male Accessory Gland Products on Egg Laying in Gastropod Molluscs

In internally fertilizing animals, seminal fluid is usually added to the spermatozoa, together forming the semen or ejaculate. Besides nourishing and activating sperm, the components in the seminal fluid can also influence female physiology to augment fertilization success of the sperm donor. While many studies have reported such effects in species with separate sexes, few studies have addressed this in simultaneously hermaphroditic animals. This video protocol presents a method to study effects of seminal fluid in gastropods, using a simultaneously hermaphroditic freshwater snail, the great pond snail Lymnaea stagnalis, as model organism. While the procedure is shown using complete prostate gland extracts, individual components (i.e., proteins, peptides, and other compounds) of the seminal fluid can be tested in the same way. Effects of the receipt of ejaculate components on egg laying can be quantified in terms of frequency of egg laying and more subtle estimates of female reproductive performance such as egg numbers within each egg masses. Results show that seminal fluid proteins affect female reproductive output in this simultaneous hermaphrodite, highlighting their importance for sexual selection.

This video protocol demonstrates a method to study effects of seminal fluid in gastropods, using the hermaphroditic freshwater snail Lymnaea stagnalis.

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In situ Hybridization for Sipunculus nudus Coelomic Fluid

In situ hybridization (ISH) is a very informative technique to present cellular distribution patterns of specific genes (e.g., mRNA and ncRNA) in tissues. The sipunculid worm Sipunculus nudus is a crucial fishery resource as it has high nutritional and medicinal values. Currently, the research on the molecular biology of Sipunculus nudus is still in its infancy. The purpose of this article is to develop a sensitive method for localizing specific mRNA in Sipunculus nudus coelomic fluid. The protocol includes detailed steps of ISH, including digoxigenin-labeled antisense and sense riboprobe preparation, coelomic fluid collection and section preparation, specific riboprobe hybridization, antibody incubation, coloration and post-coloration treatments. The representative results obtained from a successful experiment using this method are demonstrated. The protocol should be applicable to other Sipuncula species as well.

In situ Hybridization for Sipunculus nudus Coelomic Fluid

This protocol describes an effective in situ hybridization approach to detect the mRNA expression levels and spatial patterns of target genes in Sipunculus nudus coelomic fluid.

시분큘러스 누두스 Coelomic 유체에 대한 시투 혼성화

In situ hybridization (ISH) is a very informative technique to present cellular distribution patterns of specific genes (e.g., mRNA and ncRNA) in tissues. ...

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에 대한 비 침습적 방법

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