Investigação de dependências genéticas utilizando ensaios de competição baseados em CRISPR-Cas9

Resumo

Este manuscrito descreve um método de CRISPR-Cas9-baseado em cluster regularmente intercaladas curta palíndromo repete (CRISPR) para investigação célere e simples do papel dos vários genes candidatos na proliferação de células de leucemia mieloide aguda (LMA) em paralelo. Esta técnica é escalável e pode ser aplicada em outras linhas de células de câncer também.

Resumo

Estudos de perturbação do gene têm sido amplamente utilizados para investigar o papel dos genes individuais na patogênese da LMA. Para alcançar a interrupção completa do gene, muitos desses estudos fizeram uso de modelos de complexo gene nocaute. Enquanto estes estudos com camundongos knockout para oferecer um sistema elegante e já testado para investigar as relações genótipo-para-fenótipo, um método rápido e escalável para avaliar genes candidatos que jogar um papel na proliferação celular de LMA ou sobrevivência em modelos de LMA ajudará a acelerar o interrogatório paralelo de múltiplos genes candidatos. Recentes avanços em tecnologias de edição de genoma melhoraram drasticamente nossa capacidade de executar perturbações genéticas em uma escala sem precedentes. Um tal sistema de edição de genoma é o método CRISPR Cas9-baseada que pode ser usado para fazer alterações rápidas e eficazes no genoma de célula de destino. A facilidade e a escalabilidade do gene-exclusão CRISPR/Cas9-mediada torna uma das técnicas mais atraentes para o interrogatório de um grande número de genes em ensaios fenotípicos. Aqui, apresentamos um ensaio simples usando CRISPR/Cas9 mediada gene-interrupção combinado com alta produtividade fluxo cytometry-concorrência baseada nos ensaios para investigar o papel dos genes que podem desempenhar um papel importante na proliferação ou sobrevivência de humanos e linhas de célula murino AML.

Introdução

Nas últimas décadas tem visto inúmeros esforços de pesquisa focados em identificar a contribuição das principais vias moleculares na patogênese da leucemia mieloide aguda (LMA). Tradicionalmente, gene-interrupção nas células da LMA foi realizado utilizando camundongos knockout condicional ou RNA curto-gancho de cabelo (shRNA). Enquanto ratos do KO oferecem um sistema sofisticado para controle espaço-temporal de gene-exclusão, gerar os ratos nocaute do gene é trabalhoso, demorado e caro. Além disso, gene-nocautes usar estratégias de recombinação não é facilmente escalável; Estas estratégias não se prestam bem para o interrogatório de vários genes em paralelo. Após a descoberta de métodos de interferência do RNA de mRNAs endógenos de knock-down usando o RNA de interferência pequeno (siRNA) ou shRNA, muitos grupos começaram a usar técnicas de interferência do RNA para investigar o papel de genes específicos na LMA. Desde que as células de LMA murino e humanas são notoriamente difíceis de transfect usando métodos tradicionais baseados em lipídios transfeccao, maioria estuda shRNA trabalhador assalariado, lentivirally ou retrovirally-codificado para estudar a função dos genes em células de LMA. A recente descoberta do cluster regularmente intercaladas curtas palíndromos repetições (CRISPR) e as associado nucleases de Cas (CRISPR-Cas9) revolucionou a gene-alvo tecnologias^1,2,3. Usando CRISPR-Cas9, genes específicos ou regiões genômicas podem ser excluídas, edição ou marcadas com facilidade e eficiência. CRISPR Cas9-gene-edição baseada está a emergir como o método de escolha para investigar relações genótipo-para-fenótipo em tipos de células diferentes devido a simplicidade, eficácia e ampla aplicabilidade desta técnica. Métodos baseados em CRISPR-Cas9 também estão se tornando o método de escolha na LMA, não só para interrogar os genes individuais, mas também como uma maneira de atingir múltiplos genes na matriz ou em pool genéticos telas destinadas a investigar vários genes em paralelo como potencial AML-dependências^4,5,6.

Este manuscrito, descrevemos um ensaio de crescimento competitivo simples para medir o impacto do gene-perturbação no crescimento de células da LMA, com base em estável CRISPR Cas9-mediada por gene-edição seguido por citometria de fluxo elevado-throughput. Este método é simples, eficiente e escalável para médio-taxa de transferência experiências para investigar o papel de vários genes em paralelo nas células da LMA.

Protocolo

1. gerar Clones de linha celular AML com alta expressão de Cas9 estável e ativo

1. Produção de lentivirus Cas9
   1. Dia 0: Placa de 4 x 10⁶ 293T células em 10 mL de DMEM com 10% de soro fetal bovino (FBS) e a penicilina e a L-glutamina em um prato de cultura de tecido de 10 cm em um nível 2 de biossegurança (BSL2) certificado capa de cultura de células. Coloque o prato em uma incubadora de 37 ° C.
   2. Dia 1: As células 293T chapeado devem ser confluente de 70 a 80% no dia 1. Execute o transfeccao usando o protocolo seguinte à tarde.
   3. Aquecer a transfeccao, meios de cultura e reagente de transfeccao à temperatura ambiente. Descongele todos os plasmideos exigidos para transfeccao.
   4. Mix 9 µ g de psPAX2, 0,9 µ g de pMD2.G e 9 µ g de pLenti-Cas9 plasmídeos com 500 µ l de meio de transfeccao em um tubo de 5 mL.
   5. Adicione 1,7 mL de meio de Transfeccao para um 14 mL redonda tubo inferior. Adicione 57 µ l de reagente de transfeccao diretamente no meio de transfeccao dentro do tubo para evitar tocar a parede do tubo.
   6. Acrescente a mistura inteira do plasmídeo para solução de reagente de transfeccao e misture batendo suavemente o tubo do lado. Incube a mistura à temperatura ambiente por 20 a 30 min. Enquanto isso, mude o meio da placa de 293T semeado.
   7. Adicione a mistura de transfeccao, gota a gota, a placa e agitar suavemente a placa para o lado para uma mistura eficiente. Coloque a placa em uma incubadora de 37 ° C.
   8. Dia 2: Aspire o sobrenadante da placa de transfeccao suavemente tal que as células não são perturbadas ou desalojadas da placa. Desprezar o sobrenadante. Adicione 10 mL de meio fresco de DMEM 10% deslizando suavemente para baixo dos lados da placa para evitar desalojar as células.
   9. Dia 3: Colete o vírus contendo sobrenadante da placa de transfeccao lentamente por desenhá-lo para uma seringa estéril de 10 cm. Depois que o sobrenadante é recolhido para a seringa, coloque um filtro estéril de µM 0.45 a seringa e mantenha a seringa e o filtro sobre um tubo cónico polipropileno de fresco, estéril 15 mL. Mergulhar suavemente a seringa para filtrar o vírus contendo sobrenadante através do filtro de 0,45 µM no tubo polipropileno cônico de 15 mL.
   10. Loja meio condicionado viral em alíquotas de 2 mL em 2 mL cryovials a-80 ° C.
2. Transdução da linha celular de LMA
   1. Dia -1: Diluir 1 mg/mL caldo de fragmento fibronectina humana recombinante a 10 µ g/mL com solução salina tampão fosfato (PBS). Casaco de uma cultura de não-tecidos tratados 6 placa bem com 2 mL da solução de trabalho de 10 µ g/mL fibronectina humana recombinante fragmento em uma capa de cultura de células BSL2 aprovado. Embrulhe o prato em filme plástico para evitar a perda por evaporação e armazenar à temperatura ambiente durante a noite.
   2. Dia 0: Descongele o sobrenadante viral contendo Cas9. Aspire a solução do fragmento recombinante humano fibronectina completamente da placa revestida antes spinfection. Adicionar 2 mL do meio condicionado viral com Cas9 à placa e girá-lo em 1.300 x g durante 90 min a 35 ° C. Isso ajuda as partículas virais anexar para o spinfected bem.
   3. Enquanto isso, contar as células para ser transformados e spin-down 2 x 10⁶ células em um tubo cónico polipropileno de 15 mL. Aspirar o sobrenadante e ressuspender o precipitado em 2 mL de meio de cultura fresco.
   4. Após spinfection, retire todo o sobrenadante viral a spinfected bem e descarte. Retrovirais partículas do líquido sobrenadante estão ligadas à parte inferior do spinfected bem. Para isso, adicione as 2 x 10⁶ células resuspended em 2 mL do meio da etapa acima.
   5. Gire a placa novamente a 1.300 x g muito rapidamente (1 a 2 min) suficiente para permitir que as células de assentar no fundo. Coloque a placa de volta para a incubadora e deixar durante a noite para transdução com partículas virais spinfected anexadas ao poço.
   6. Dia 1: Dependendo da densidade da célula, adicione mais meio às células transduzidas para evitar o crescimento excessivo.
   7. Dia 2: Desde o plasmídeo pLenti-Cas9 tem um marcador de resistência Blasticidin, adicione Blasticidin em uma dose de 10 µ g/mL para transduzidas e untransduced (controle) MOLM13 ou células de leucemia do MLL-AF9 para a seleção de Cas9 expressando as células.
      Nota: Seleção de Blasticidin dos Cas9-transfectadas MOLM13 ou MLL-AF9 células de leucemia é considerada completa quando todas as células de untransduced controle foram eliminadas. Para linhas de célula diferente MOLM13 e MLL-AF9 leucemia, uma curva de resposta de dose deve ser realizada antes desta experiência para que uma dose ideal pode ser empregada. Titulação do sobrenadante viral também pode ser executada no caso de taxas de baixo-transdução.
3. Seleção de células expressando alta-Cas9 de clone.
   Nota: Notamos que em algumas linhas de célula AML, seleção de clone pode não ser necessária: a maior população de Cas9-Blasticidin selecionado já tem alta eficiência de edição de genoma. Neste caso, é possível pular a etapa 1.3 e passar para a etapa 1.4 para avaliar Cas9 expressão nas células AML granel Cas9-blasticidin pela mancha ocidental. Ainda seria importante avaliar a eficiência de edição de gene naquelas celas de granel Cas9-AML (passo 1.5) antes de prosseguir para os concurso de ensaios. Supomos que a seleção de clones de alta-Cas9 única reduz a variabilidade de edição de genoma, que é especialmente importante quando o teste um número de guia único diferente RNAs (sgRNAs).
   1. Realize uma única célula tipo do Blasticidin-Cas9 selecionado as células de leucemia MOLM13 e MLL-AF9 doravante chamadas MOLM13-Cas9 e células MLL-AF9-Cas9, respectivamente, usando um classificador de FACS contido em uma capa de BSL2 aprovado. Classificação pode ser realizada em 5 – 10 fundo redondo cultura de não-tecidos 96 bem placas tratadas.
   2. Uma vez única MOLM13-Cas9 e clones de MLL-AF9-Cas9 tem sido escolhidos e nomeado individualmente, expanda clones de 10 – 20 com 10 µ g/mL de Blasticidin em meios de cultura para garantir a manutenção da expressão Cas9.
4. Verificar expressão da proteína de Cas9 estável immunoblotting.
   1. Fazer extratos nucleares de todos os clones selecionado de Blasticidin de leucemia MOLM13 e MLL-AF9 usando o Kit de extração Nuclear conforme o protocolo do fabricante. Verifica a expressão de proteínas Cas9 usando antibandeira M2 anticorpo desde o Cas9 no plasmídeo pLenti-Cas9 está ligado a um epítopo do N-terminal bandeira.
   2. Carrega 50 µ g de proteínas totais de cada extrato nuclear para 10%, Bis-Tris gel e funcione o gel em 120 V até bandas superiores são bem separadas.
   3. Bloquear a membrana com solução de leite de 5% em tampão TBST por 1h.
   4. Incube a membrana com 1:1,000 diluição do antibody de anti-Flag M2 em uma concentração final de 1 µ g/mL a 4 ° C durante a noite.
   5. No dia seguinte, lave a membrana com buffer TBST e incubar com HRP anti-rato secundário anticorpo conjugado a uma diluição de 1:5,000 (concentração final de 0,16 µ g/mL) à temperatura ambiente durante 1 h.
   6. Lavar a membrana cuidadosamente com TBST e desenvolver o blot utilizando substrato ECL.
   7. Escolha 3 – 4 clones com a mais alta expressão da proteína de Cas9 visto pela mancha ocidental para analise posterior funcional (Figura 1).
5. Garantindo alta atividade Cas9 em clones selecionados
   1. Preparar Lentivirus sobrenadante de um vetor de codificação de sgRNA com sgRNAs visando o ser humano ou mouse AAVS1 locus de porto seguro, como descrito no passo 1.1.
   2. Transduce topo MOLM13 Cas9-expressando ou leucemia MLL-AF9 clones com o sobrenadante Lentivirus de anti-AAVS1 sgRNA usando o spinfection método descrito acima. Selecione com puromicina de 2,5 µ g/mL durante 4 dias.
   3. Purifica o DNA genômico dos clones de leucemia MOLM13-Cas9 ou MLL-AF9-Cas9 após puromicina juntamente com os respectivos controles de tipo selvagem usando o kit de extração de DNA genômico conforme as instruções do fabricante. Uso 50 ng de DNA como um modelo para realizar uma PCR com o AAVS1_test_primers usando 2 x mestre mistura do Polymerase de Taq e o programa PCR listados na tabela 1.
   4. Executar o produto do PCR em um gel de agarose 2% e gel-purificar a banda 268 pares de base usando um kit de extração de gel de acordo com o protocolo do fabricante. Sequência de Sanger gel purificada produto do PCR usando o primer AAVS1_target-frag_F.
   5. Avalie a eficiência de edição pela comparação entre o AAVS1 editada e sua sequências usando ferramentas baseadas na web on-line (Figura 2).

2. clonagem e transdução de sgRNAs nas células da LMA-Cas9

1. Rendimento médio de clonagem de sgRNAs
   1. Projeto 4 – 6 sgRNAs para o gene de interesse usando um software de design CRISPR baseado na web. Há um número de ferramentas de design CRISPR disponíveis on-line tais como http://crispr.mit.edu/ que geram sequências de sgRNA com base em uma sequência de DNA a entrada.
      1. Preencha uma informações apropriadas nos campos com asteriscos. Clique no genoma alvo para o projeto de sgRNA. Cole a sequência de destino na caixa sequência e clique no botão Enviar .
   2. Para clonagem na pKLV2-U6gRNA5 (BbsI) - PGKpuro2ABFP - plasmídeo de expressão sgRNA W, preceder os nucleotídeos "CACC" para o sentido do oligo e "AAAC" para o reverso oligo antisentido complementado antes de encomendar. Os oligos sentido e antiordem sentido pré-misturado em uma placa de 96 poços rotulados Oligo-Mix de uma empresa de síntese do oligonucleotide.
      Nota: Temos feito uso da pKLV2-U6gRNA5 (BbsI) - PGKpuro2ABFP - plasmídeo de W, que tem o site de restrição BbsI para sgRNA clonagem. No caso de outro plasmídeo de expressão sgRNA é usado, as saliências usadas para os oligonucleotides sgRNA precisam ser alterado em conformidade.
   3. Pegue uma separado placa de 96 poços de fundo U rotulada Placa de recozimento. Faça uma mistura de mestre de 1 µ l T4 PNK, 1 µ l de 10x buffer de ligadura do ADN T4 e 6 µ l de água por reação de recozimento.
   4. Adicione 8 µ l do mix mestre para cada poço da placa de recozimento. Adicione 1 µ l de 100 µM cada, sentido e antisentido oligo (ou 2 µ l de oligos mistos de sentido-antisentido) à mistura de mestre. Pipetar 2 – 3 vezes suavemente para misturar bem, girar a placa brevemente para obter a mistura para o fundo dos poços.
   5. Use o seguinte programa de recozimento em uma máquina PCR: 30 min a 37 ° C, 2 min 30 s a 95 ° C seguido de resfriamento lento a 22 ° C, à taxa de 0,1 ° C/s. Após recozimento, leve um prato de 96 poços fresco rotulado OligoMix diluído. Esta placa, dilua os oligos fosforilada e recozido da reação acima com água (1: 200), usando uma pipeta multicanal.
   6. Digest 5 µ g de pKLV2-U6gRNA5 (BbsI) - PGKpuro2ABFP - vetor da W, com 1,5 µ l de enzima de restrição BbsI (10.000 unidades/mL), usando um amortecedor apropriado a 37 ° C por 2 h para linearizar-para ligadura mais tarde.
   7. Pegue um prato bem fresco 96 rotulados Ligadura da placa e adicione 20 ng da BbsI digerido (BbsI) - PGKpuro2ABFP - pKLV2-U6gRNA5 vetor W a um poço por ligadura sgRNA desejado. Para isso, adicione 2 µ l de oligos fosforilados, recozidos da placa OligoMix diluído .
   8. Adicione 1 µ l de tampão de ligase x T4 10 e 1 µ l da enzima T4 DNA Ligase. Delicadamente, pipetar com uma pipeta multicanal e incubar a mistura de ligadura em temperatura ambiente por 2 h.
      Nota: Misturas de ligadura podem ser armazenadas a-20 ° C durante a etapa de transformação mais tarde.
   9. Enquanto isso, o degelo 90 µ l de quimicamente competentes de Escherichia coli células no gelo 10 min antes do final da etapa de ligadura.
   10. Usando uma pipeta multicanal, fazer 10 alíquotas µ l de células competentes em cada poço da placa 96 bem separados.
   11. Adicione a mistura de ligadura da etapa 2.1.8 no bem contendo as células competentes, pipeta de cima e para baixo suavemente e incubar durante 10 minutos à temperatura ambiente.
   12. Pipeta de 5 µ l do mix bactérias-DNA diretamente da reação acima em um 6 bem placa contendo LB-ágar com 100 mg/mL ampicilina. Repita para cada uma das reações de transformação.
   13. Cada reação de transformação em um separado etiquetado bem de uma placa de 6 da placa. Adicione aproximadamente os grânulos de vidro de 5 a 8 para cada bem e agitar a placa toda 6 8 a 10 vezes em um movimento circular.
   14. Escolha 1 – 2 colônias única de cada poço com uma ponta de pipeta estéril 20 µ l e raia-lo em um local cuidadosamente rotulado em uma estéril 10cm placa de Petri com ágar LB e 100 mg/mL ampicilina. Depois de estrias em placa de LB, simplesmente Ejete a ponta usada para clone estrias em 3 mL de LB-Ampicillin médio contendo em um mL 14 redondo tubo inferior marcado com o número correspondente de clone bacteriana.
   15. Enviar a placa bacteriana diretamente para Sanger sequenciando com primer promotor U6 humana para a frente.
   16. Após a confirmação da sequência de sgRNAs clonado, purifica o DNA do correspondente tubo 14 mL usando um kit de mini-preparação de acordo com as instruções do fabricante.
   17. Medir a concentração e a qualidade de cada um dos minipreparações com um espectrofotômetro. Normalize a cada mini-preparação a uma concentração de 15 ng / µ l e pipeta em um prato bem 96 rotulados sgRNA placa de Clones.
       Nota: Este prato pode ser armazenado a-20 ° C ou usado diretamente para a preparação de vírus.
2. Produção viral de sgRNA construções e transdução
   1. Para a produção de particulas de Lentivirus de sgRNA no formato de 96 poços, siga o "shRNA/sgRNA/ORF alto Throughput produção Viral (96 bem)" protocolo da plataforma de perturbação genética (web Portal do GPP) do Instituto Broad (URL: https:// Portals.broadinstitute.org/GPP/Public/Resources/Protocols).
   2. Transferência de 200 µ l do sobrenadante viral para tubos estéreis e congelar a-80 ° C imediatamente.
   3. Dia -1: Revesti uma parte inferior lisa Non-tecido tratada 96 bem placa de cultura com 100 µ l de fragmento de fibronectina humana recombinante em uma concentração de 10 µ g/mL em uma capa de cultura de células BSL2. Embrulhe o prato com filme plástico para evitar perda de evaporação e deixá-lo no banco durante a noite.
   4. Dia 0: Remova o fragmento de fibronectina humana recombinante de cada poço. Descongele o sobrenadante viral de cada sgRNA à temperatura ambiente. Adicione 50 µ l do sobrenadante viral de cada tubo a cada revestido bem da placa de transdução. Girar a placa de transdução em 1.300 x g durante 90 minutos a 35 ° C.
   5. No final do spinfection, conta MOLM13-Cas9 (clone B3) células do frasco de cultura. Use a 10.000 células por poço no volume 100 µ l. Conte as células de todos os poços de transdução, atendendo volume morto.
   6. Após o spinfection de 90 min, remova o sobrenadante de todos os poços utilizando uma pipeta multicanal ajustada a 50 µ l lentamente pela inclinação da placa. Adicione 100 µ l de cultura de células de MOLM13-Cas9 clone B3 para cada bem lentamente deslizando para baixo da borda.
   7. Gire a placa a 1.300 x g por 2 min a 35 ° C, para permitir que as células resolver na parte inferior. Transfira a placa para a incubadora de grau de cultura de tecidos de 37 ° C.
   8. Dia 1: Adicione 100 µ l de meio fresco para cada bem contendo sgRNA transfectadas Cas9-MOLM13 ou células de leucemia Cas9-MLL-AF9 tal que o volume médio final é 200 µ l.

3. ensaio de crescimento competitiva

1. Dia 3: 72 h (dia 3) post transdução, verificar a porcentagem de sgRNA contendo células positivas BFP em cada poço por citometria de fluxo (FACS). Use uma tintura de viabilidade celular para marcar e excluir as células mortas da análise.
2. Continue a re-chapeamento uma proporção das células em novos poços com meio fresco após cada análise de FACS para evitar o crescimento excessivo durante o ensaio.
3. Repeti a análise de FACS cada 2-3 dias para verificar a proporção relativa de BFP positivo (BFP + ve) células em comparação com as contrapartes BFP negativas (BFP-ve) (Figura 3). Analise a porcentagem de células positivas BFP para cada ponto de tempo (usando o FlowJo ou o software de análise de FACS similar).
   1. Arraste arquivos Fcs para cada amostra a FlowJo software. Clique duas vezes em qualquer arquivo de uma amostra e plotar um borrão do ponto de dispersão para a frente (FSC) vs lado dispersão (CCD) com FSC na X eixo e SSC no eixo Y. Portão de todas as células.
   2. Clique duas vezes sobre as células fechadas e parcela-las na mancha de viabilidade (no eixo Y) vs FSC altura (H) ou borrão do ponto de área (A). Portão a viabilidade mancha negativas células (ao vivo).
   3. Clique duas vezes em células vivas fechadas e plotar BFP (no eixo de Y) vs FSC (A) no eixo X. Portão BFP + ve as células. Aplicam-se todas estas portas para todas as amostras, arrastando a amostra selecionada para Todas as amostras sob a guia do grupo .
   4. Clique no Editor de tabela para fazer uma tabela de análise das amostras. Arraste o BFP + ve contagem de uma amostra para a tabela e clique no botão Exibir no Editor de tabela para criar um relatório de lote das amostras com uma tabela que exibe a porcentagem de células BFP + ve . Salve a tabela como um xls.
4. Calcular o proporcional aumento ou diminuição de células positivas de % BFP dentro da população de células vivas ao longo do tempo e comparar esta relação com a proporção de células positivas BFP no sgRNAs de controle (como luciferase, mexidos ou sgRNA GFP).
5. Traça a proporção de células positivas BFP para os sgRNAs diferentes, incluindo os genes de interesse, bem como controles usando dia 3 como linha de base.

Resultados

Em nosso estudo, nós primeiro transfectadas MOLM13 humana AML linhagem celular que leva a translocação de MLL-AF9 com vírus de alta-Título codificação o plasmídeo de Lentivirus Cas9-blasticidin. Em nossas mãos, em massa de células de MOLM13-Cas9 não seleccionadas não exibir alto nível Cas9 expressão pela mancha ocidental e também não executou bem quando analisada por gene eficiente edição-usando o método descrito anteriormente⁷. Por conseguinte, ...

Discussão

Este manuscrito, descrevemos um protocolo detalhado para a realização de um ensaio de crescimento competitivo CRISPR-Cas9-baseado para investigar o papel de genes candidatos em linhas de células de LMA usando citometria de fluxo em células de LMA murino/humano (Figura 5). O objetivo do ensaio é identificar o efeito de supressão do gene na manutenção da proliferação celular AML mais de duas a três semanas em uma escala de rendimento médio. Alguns passos críticos precisam ser segu...

Materiais

Name	Company	Catalog Number	Comments
FLAG-M2 Antibody	sigma-aldrich	F3165, lot # SLBS3530V
Anti-mouse Antibody	Invitrogen	31446, lot # TA2514341
SuperSignal West Femto Maximum Sensitivity Substrate	Thermo Fisher	34095
ChemiDoc Imaging System	BIO RAD	17001401
Sorvall Legend RT centrifuge	Thermo Scientific
Blasticidin	Thermo Fisher	R21001
SYTOX Red	Thermo Fisher	S34859
Opti-MEM	Thermo Fisher	31985062
DMEM	Thermo Fisher	11965-092
RPMI	Thermo Fisher	11875-093
Penicillin-Streptomycin	Thermo Fisher	15140122
L-Glutamine (200 mM)	Thermo Fisher	25030081
Fetal Bovine Serum (FBS)	SAFC	12303C
single gRNA vector	Addgene #67974	pKLV2-U6gRNA5(BbsI)-PGKpuro2ABFP-W
CelLytic Nuclear extraction kit	sigma-alorich	NXTRACT
XtremeGENE 9	sigma-alorich	6365787001
Retronectin	Takara	T100B
Flow cytometer	BD Biosciences
T4 PNK	NEBioLabs	M0201S
T4 DNA ligation buffer	NEBioLabs	B0202S
T4 DNA Ligase enzyme	NEBioLabs	M0202S
Ampicillin	Fisher scientific	BP1760-25
LB agar	Fisher scientific	BP9724-500
LB Broth	Fisher scientific	BP9731-500
Qiagen mini-prep kit	Qiagen	27104
NanoDrop Spectrophotometer	Thermo Fisher	NanoDrop One
Recombinant Murine IL-3	Peprotech	213-13
Recombinant Murine IL-6	Peprotech	216-16
Recombinant Murine M-CSF	Peprotech	315-02
Stable competent cells	NEBiolabs	C3040I
10 cm Tissue Culture dishes	Fisher Scientific	353003
Cell lysis solution	Qiagen	158906
Protein precipitation solution	Qiagen	158910
DNA hydration solution	Qiagen	158914
QIAquick Gel Extraction Kit	Qiagen	28704
BbSI	New England BioLabs	R0539S
APEX 2.0 X Taq Red Master Mix Kit	Genessee Scientific	42-138
Puromycin	Fisher scientific	BP2956100
50 mL polypropylene conical tubes	Fisher scientific	1495949A
15 mL polypropylene conical tubes	Fisher scientific	1495970C