<p class="jove_content"> Gostaríamos de agradecer à Fundação Canadense para Inovação, a British Columbia Fundo de Desenvolvimento do Conhecimento e das Ciências e Pesquisa de Engenharia National Council (NSERC) do Canadá para apoiar estudos em andamento em regiões de baixo oxigênio das águas oceânicas costeiras e aberto. DAW foi apoiado por bolsas de NSERC, Killam ea fundação TULA Centro financiado pela Diversidade Microbiana e Evolution. </p>

<ol><li> <strong>Instalação de aparelho de filtração</strong> <strong></strong><ol><li> Para configurar o aparelho de filtração, use uma pinça para colocar uma grade GF / D filtro na unidade de habitação pré-filtro. Vagamente apertar a habitação com a mão. Como regra geral, não aperte demais ou a unidade vai vazar uma vez que o começa a pulsar. </li><li> Recoloque a tampa garrafão com a tampa autoclavada e tubos ligados com cuidado de inserir o tubo interno para o garrafão sem tocá-lo. Se necessário, use uma pinça para guiar o tubo no garrafão. </li><li> Passe a tubulação externa através da bomba peristáltica. </li><li> Anexar unidades habitacionais pré-filtro para o fim de ambos os tubos externos (ou seja, 2 unidades por garrafão). Aperte a conexão com um alicate. </li></ol></li><li> <strong>Filtração da água do mar</strong> <strong></strong><ol><li> Para começar a filtrar a água do mar, ligue a bomba e definir a velocidade de fluxo para 1. Relógio para garantir que a água está sendo bombeado na direção correta. </li><li> Permitir que 500 ml de água para fluir livremente através da unidade de pré-filtro e em um copo de 1 litro. </li><li> Desligar a bomba, e anexar um filtro Sterivex ao encaixe macho luer na extremidade livre de configuração pré-filtro. Aperte o confortavelmente de habitação pré-filtro com a mão. </li><li> Preste atenção para a habitação pré-filtro e na ligação entre a caixa pré-filtro ea tubulação que leva ao garrafão. Se ocorrer vazamentos, desligar a bomba e soltar e apertar novamente o pré-filtro de habitação em conformidade. Ligar a bomba novamente. </li><li> Recolher o filtrado em 4 frascos L. Uma vez cheios, os frascos vazios em um garrafão limpo. Certifique-se de anotar o volume passou por cada filtro. Coletados filtrado pode ser processado, como filtragem de vírus. </li><li> Continue até que não haja filtragem da água é deixada no garrafões. Usuais de filtração gama vezes entre 4-5 h / 20 carboy L, no entanto, isso depende de forma dramática na quantidade de biomassa dentro da água. </li><li> Uma vez que a filtração é completa, ligue a bomba e desconecte os filtros Sterivex. </li></ol></li><li> <strong>Armazenamento do filtro</strong> <ol><li> Para armazenar os filtros, primeiro expulsar qualquer água restante com uma seringa ml 30-60. </li><li> Com uma pipeta, adicionar tampão de lise 1.8ml para o filtro, mantendo ~ ul 200 de espaço no filtro para adição posterior de reagentes. </li><li> Seal parte inferior e superior do filtro Sterivex com um pequeno pedaço de parafilme, e rotular os filtros com a data ea identificação da amostra. </li><li> Armazenar os filtros em 50 ml de pré-rotulados tubo falcon a -80 ° C </li><li> Remover os filtros da unidade habitacional e colocá-los em tubos de 50 ml rotulados Falcon contendo 2 ml de tampão de lise. Armazenar estes a -80 ° C. </li></ol></li><li> <strong>Limpeza</strong> <ol><li> Para limpeza final, coloque o tubo que estava dentro do garrafão em um frasco contendo 0,1 M HCl </li><li> Direcionar o tubo que levam ao balão 4L no garrafão original. </li><li> Ligue a bomba e executar a 3, coletando o fluxo através executado no garrafão original. </li><li> Finalmente, lavar o tubo com água esterilizada. </li></ol></li></ol><p class="jove_content"> <strong>Resultados Representante:</strong> O resultado final consiste em dois filtros Sterivix cada um contendo biomassa microbiana de aproximadamente 10 L de água do mar na faixa de tamanho de 0.22μm e 2.7μm. Este é armazenado em tampão de lise e pronto para a extração de DNA. Além disso, este procedimento recolhe e concentra biomassa maior do que 2,7 mM, sobre o pré-filtros GF / D. Este também é armazenado em tampão de lise e pronto para a extração de DNA. Se as etapas de processamento adicional são tomadas, a 0,22 mM de fluxo pode ser concentrada até recolher a fração viral também. </p>

<p class="jove_content">The authors have nothing to disclose.</p>

<p class="jove_content"> É imperativo para limpar os bancos e as bombas com uma toalha úmida após o uso para remover qualquer vestígio remanescente de água salgada que de outra forma corroer equipamentos. Embora o procedimento é simples, o requisito de tempo pode ser extensa, dependendo da concentração de biomassa ou resíduos na amostra que está sendo filtrado. </p>

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<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>Peristaltic pump</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Masterflex (Cole Palmer)</td>
<td>77913-20, 77200-62, 77200-04</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Tygon LFL tubing</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Masterflex (Cole Palmer)</td>
<td>06429-24</td>
<td>For filtration apparatus</td>
</tr>
<tr>
<td>Hose clamps</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Cole Palmer</td>
<td>0683204</td>
<td>For filtration apparatus</td>
</tr>
<tr>
<td>1/4&#x201D; x 3/16&#x201D;  pipe adaptors</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Cole Palmer</td>
<td>31702-20</td>
<td>For filtration apparatus</td>
</tr>
<tr>
<td>Polypropylene prefilter housing</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>ADVANTEC</td>
<td>501200</td>
<td>For filtration apparatus</td>
</tr>
<tr>
<td>Metal luer fitting (Hose end to Male luer lock)</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Cole Palmer</td>
<td>31507-27</td>
<td>For filtration apparatus</td>
</tr>
<tr>
<td>2&#x201C; Magnets</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>For filtration apparatus</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>3 port carboy caps</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>For filtration apparatus</td>
</tr>
<tr>
<td>GV 0.22 &mu;m STERIVIX filters</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Millipore</td>
<td>SVGV01R5</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>47 mm diameter 2.7 &mu;m GF/D filters</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Whatman</td>
<td>1823047</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Lysis buffer</td>
<td>   Reagent</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>0.75 M sucrose, 40 mM EDTA, 50 mM Tris (pH 8.3)</td>
</tr>
<tr>
<td>0.1 % HCl</td>
<td>Reagent</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>For post-filtration rinse</td>
</tr>
<tr>
<td>Autoclaved water</td>
<td>Reagent</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>For post-filtration rinse</td>
</tr>		</tbody>
		</table>
		</div>
	

large volume (20l+) filtration of coastal seawater samples

<p class="jove_content">O fluxo de trabalho começa com a recolha de águas marinhas costeiras para a comunidade microbiana a jusante, as análises de nutrientes e gases traço. Para este método, as amostras foram coletadas a partir do convés do HMS operacional John Strickland em Inlet Saanich. Este vídeo volume de documentos grandes (≥ L 20) de filtragem da biomassa microbiana, variando entre 0.22μm e 2.7μm de diâmetro, a partir da coluna de água. Duas amostras de 20L podem ser filtrados simultaneamente usando uma unidade de bomba simples equipados com quatro cabeças rotativas. Filtração é feito no campo em viagens longas, ou imediatamente após o retorno para viagens curtas. É importante registrar a quantidade de água que passa através de cada unidade de filtro sterivex. Para evitar a formação de biofilme entre viagens de amostragem, todos os equipamentos de filtração deve ser lavado com HCl diluído e água deionizada e autoclavada imediatamente após o uso. Este procedimento levará aproximadamente cinco horas, mais uma hora adicional para a limpeza.</p>

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Large Volume 20L+ Filtration of Coastal Seawater Samples

<p class="jove_content">Este vídeo volume de documentos grandes (≥ L 20) de filtragem da biomassa microbiana, variando entre 0.22μm e 2.7μm de diâmetro, a partir da coluna de água.</p>

Volume grande (20L +) Filtração das amostras Seawater Coastal

The workflow begins with the collection of coastal marine waters for downstream microbial community, nutrient and trace gas analyses. For this method, ...

large-volume-20l-filtration-of-coastal-seawater-samples

Research

JoVE Journal

Biology

Large Volume (20L+) Filtration of Coastal Seawater Samples

11.7K visualizações.  University of British Columbia - UBC. Este vídeo volume de documentos grandes (≥ L 20) de filtragem da biomassa microbiana, variando entre 0.22μm e 2.7μm de diâmetro, a partir da coluna de água.