Para configurar o ambiente de aceleração da GPU, abra o terminal e digite o comando nvidia-smi. Verifique se o comando exibe com êxito todas as informações sobre a placa GPU e se a versão CUDA é superior a 10.2. Em seguida, execute o comando conda V para confirmar a instalação do Conda.
Digite o seguinte comando. Para configurar o ambiente virtual e aguarde alguns minutos até que o ambiente seja configurado com êxito. Execute o comando conda activate CRYOSIEVE_ENV.
para ativar o ambiente virtual recém-criado. Para instalar o CryoSieve, execute o comando pip install cryosieve. Após a instalação, digite o comando cryosieve h para garantir que as informações de ajuda sejam exibidas corretamente.
No EMPIAR, baixe o conjunto de dados da pilha final do EMPIAR-10097. Abra o GitHub e baixe o arquivo estrela e a máscara. mrc e a inicial.
Modelo MRC. Coloque todos esses arquivos em uma pasta juntos. Abra o terminal e use o comando cd file path para navegar até a pasta que contém o conjunto de dados.
Em seguida, insira o comando conda activate CRYOSIEVE_ENV para ativar o ambiente Conda. Use o comando a seguir. Para iniciar a peneiração de partículas, monitore a exibição do terminal para os logs de saída de cada iteração.
Insira o comando indicado para imprimir os resultados da resolução para as 10 iterações de peneiramento. A pilha de partículas filtrada na sétima iteração tem a resolução mais alta com o menor número de partículas mostrando o resultado ideal. Para importar partículas peneiradas, abra a interface da Web do CryoSPARC.
Entre em um espaço de trabalho e clique no botão do construtor no canto superior direito do painel. Em seguida, selecione e clique na opção importar pilha de partículas. Na seção de parâmetros do painel de importação da pilha de partículas, especifique o metacaminho da partícula como _.
nstar da pasta de saída e do caminho de dados de partículas para a pasta que contém o arquivo MRCS. Clique no botão Queue Job seguido pelo botão Queue para iniciar o processo. No painel superior direito do CryoSPARC, clique no botão do construtor, selecione e clique na opção Importar volumes 3D.
Especifique o caminho de dados do volume como a inicial. mrc. Clique no botão Queue Job seguido pelo botão Queue para iniciar o processo.
Novamente, clique no botão do construtor e selecione a opção Refinamento homogêneo. No painel principal à esquerda, abra o trabalho para importar a pilha de partículas da quarta iteração. Arraste o módulo de partículas importadas do lado direito do painel principal e solte-o na seção Pilhas de partículas do construtor.
Clique no X vermelho para fechar o trabalho de importação de pilha de partículas. Abra o trabalho para importar volumes 3D. Arraste o módulo de volumes importados do lado direito do painel principal e solte-o na seção de volume inicial do construtor.
Na pasta Parâmetros, localize a opção de simetria e defina-a como C3. Encontre e desative a opção Forçar refazer divisão GS. Clique no botão Queue JOb seguido pelo botão Queue para iniciar o refinamento homogêneo. Depois que todos os trabalhos forem concluídos, revise os resultados e confirme se a pilha de partículas filtrada na sexta iteração forneceu o resultado ideal.
O modelo para mapear e semimapear as curvas de correlação de casca de Fourier dos mapas de densidade reconstruídos para o conjunto de dados do trímero de hemaglutinina da gripe antes e depois do método são mostrados. Mapas de densidade bruta e nítida também foram comparados com o nível de contorno equivalente aplicado. O aprimoramento de mapas de densidade reconstruídos é evidente a partir da comparação de cadeias laterais em mapas nítidos.
Depois de remover a maioria das partículas na pilha final, o fator B de Rosenthal Henderson aumentou de 226,9 angstrom quadrado para 146,2 angstrom quadrado. Parâmetros como resolução local, fator B local e RESLOG indicaram que o CryoSieve melhora a qualidade dos mapas de densidade e da partícula.
