Вычислительный метод для количественного определения летать суточного деятельности

Резюме

Представлен метод количественной оценки временные особенности видели в летать суточный ритмы опорно. Количественная оценка достигается путем установки летать деятельность с несколькими параметрической модели сигнала. Параметры модели описывают форму и размер утром и вечером вершины повседневной деятельности.

Аннотация

В большинстве животных и растений суточного часы оркестровать поведенческих и молекулярных процессов и синхронизировать их с суточным циклом свето тени. Основные механизмы, которые лежат в основе этой временной контроль широко изучаются с помощью плодовой мушки Drosophila melanogaster в качестве модельного организма. В мух часы обычно изучается, анализируя многодневное опорно-запись. Такая запись показывает комплекс Бимодальная модель с двумя пиками активности: пик утром, что происходит вокруг рассвета и пик вечером, что происходит вокруг закат. Эти две вершины вместе образуют сигнала, который очень отличается от синусоидальные колебания наблюдаются в часы генов, предполагая, что механизмы помимо часы имеют глубокое воздействие на производстве наблюдаемые закономерности в поведенческих данных. Здесь мы предоставляем инструкции по с помощью недавно разработанных вычислительный метод, который математически описываются временные шаблоны летать активности. Метод соответствует деятельности данных с моделью сигнала, который состоит из четырех экспоненциального терминов и девяти независимых параметров, которые полностью описывают форму и размер утром и вечером пиков активности. Извлечения параметров может помочь прояснить кинетические механизмы субстратов, которые лежат в основе часто наблюдаемых Бимодальная деятельности шаблоны в летать двигательного ритма.

Введение

Суточный часы эндогенного биохимических осциллятор с в течение приблизительно 24 часов и почти повсеместно в животных и растений^1,2. Часы помогает синхронизировать внутренние процессы организма и поведение для внешнего света темные цикла. С 1960 года широко изучена генетическая структура суточного часов с помощью плодовой мушки, D. melanogaster. В это насекомое, ядро суточного часов состоит из четырех белков: период, TIMELESS, будильник и цикла. Эти базовые компоненты вместе с другими молекулами формируют петлю обратной связи, которая производит почти синусоидальные колебания будильник генов^3,4. Суточный часов в мух широко изучается записи многодневное опорно где летать деятельности обнаруживается с одной инфракрасный луч, пересекая середины отдельные трубки⁵. Типичная fly запись имеет сложный Бимодальная узор с двумя пиками хорошо различимы: пик утром (М), который начинается в конце ночи и имеет максимум, когда загорается; и вечером пик (E), который начинается в конце дня и имеет максимум, когда свет выключить⁶. Интересно, что форма таких поведенческих записи очень отличается от простой синусоидальных колебаний, наблюдается на молекулярном уровне, предложив действие дополнительных механизмов, способствующих наблюдаемых временных моделей. Чтобы лучше понять эти скрытые механизмы, мы разработали вычислительных инструмент, который обеспечивает количественное описание временной структуры.

В нашей работе опорно-двигательного ритма определяются в терминах сигнала, который имитирует летать деятельности шаблон. Поскольку простой синусоиды не может использоваться для моделирования наблюдаемые изменения художественной деятельности, мы испытывали различные формы сигнала выберите простой один, которая захватывает все характерные черты видели в записи. Плодовая муха суточного поведение управляется активности нейронов часы, которые часто имеют экспоненциальной модели активации и деактивации⁷. Экспоненциальная динамика и визуального анализа данных побудило нас создать модель с экспоненциальной термины, состоящий из четырех экспонентов с девяти независимых параметров и напоминающий узор летать деятельности⁸. Помимо данных, опорно-двигательного аппарата мы также анализируем его мощность спектра. Типичный летать деятельности спектр показывает несколько пиков в гармоник T₀/2, T₀/3, и т.д., помимо ожидаемых основных пика суточного периода T₀. Согласно теореме Фурье только Чистая синусоида производит один пик мощности спектра, в то время как более сложные сигналы показывают нескольких спектральных пиков на гармоник начального периода (рис. 1). Таким образом учитывая несинусоидальных височной шаблон летать деятельности⁸, мульти пик мощности спектра данных математически ожидалось и не обязательно подразумевает наличие нескольких периодов колебаний. Важно отметить, что спектр мощности сигнала предлагаемой модели также показывает пики на всех гармоник начального периода, похож на лету опорно записи, таким образом подчеркнув высокой верности, с которой наша модель описывает летать данных во времени и частоты.

На время резолюций несколько минут или менее, летать деятельности данных появляется шумные, что делает его трудно извлечь параметры непосредственно из исходных данных. Биннинга данные в более длительные интервалы времени можно уменьшить уровень шума, но, может изменять данные в пути, которые могут повлиять на оценки параметров модели. Мы таким образом получить параметры из спектров питания записей, используя аналитическое выражение для ожидаемой мощности спектры, рассчитывается от Фурье функции модели⁸ (см. дополнительный файл 1 ссылка⁸). Этот подход получения параметров от спектров питания дает точные значения без каких-либо дополнительных манипуляций, например биннинга или фильтрации, необработанных данных о деятельности. Математического описания модели и приложений к данным одичал типа и мутантов, описаны в Справочник⁸. Протокол представил здесь сосредоточена на пошаговые инструкции для использования вычислительных инструмент.

протокол

1. измерения летать передвижения с помощью дрозофилы активности монитора (Плотина)

Примечание: более подробная ссылка ⁵.

1. Подготовить отдельные летать на одном конце трубы с пищей и хлопок с другой. Конец с пищевой должны быть запечатаны для предотвращения высыхания пищи.
   1. Положить 5-6 g летать пищи в 50 мл стакан. Порежьте на мелкие кусочки, так что это легче расплава it.
   2. Подключить 32 отдельных стеклянных трубок с резинкой.
   3. Расплава еда в стакан путем нагревать его в микроволновую печь на 10-15 с. остановка СВЧ каждые 5 s и тщательно встряхнуть стакан для обеспечения равных плавления пищи.
   4. , В то время как еда по-прежнему жидкость, положить подготовленные отдельные трубы в стакан с пищей. Переместите трубы вверх и вниз, чтобы они одинаково заполнены.
   5. Разрешить пищи, чтобы остыть и затвердеть для примерно 1 ч.
   6. После того, как еда является твердой, удалите трубки с пищей из стакан.
   7. Уплотнение конца, содержащие пищу с помощью воска. Во-первых тщательно очистить трубу с помощью бумажным полотенцем, затем нажмите трубки против воск. Визуально проверить качество печати и при необходимости повторите уплотнения снова.
   8. Закройте другой конец трубки с хлопком; хлопка позволит воздух, чтобы пройти через, в то время как сохраняя Муха заперты в трубе.
2. Место один летать в каждой индивидуальной трубы и трубы в Плотина.
Мониторы
3. место в инкубаторе, поддерживающий постоянную температуру и влажность. На основании эксперимента, установите надлежащих условий свет/темно следующим образом.
   1. Для экспериментов свет/темно мух в свет/темно цикла для всего эксперимента. Не используйте в первый день измерений в анализе.
   2. Для постоянной темноты экспериментов, сначала мух на два дня в условиях свет/темно нейроволновой синхронизации и синхронизации часов и затем переключиться на постоянной темноты. Не используйте измерения от первого дня постоянной темноты в анализе.
4. Собрать по меньшей мере четырех дней данных, которые могут быть использованы в анализе.
   Примечание: Система Плотина будет выводить один файл с записью всех мух в мониторе локомоции.

2. Анализ данных

1. разделить монитор выходной файл на несколько файлов одного летать деятельности; каждый файл должен быть один столбец ' .txt ' файл с измерением отдельных летать локомоции.
2. Выполнения ' ModelFitPS3.m ' функция в окне команды Matlab с следующие входные параметры:
   1. для samplingrate, установите интервал времени выборки данных в секундах. Например, если каждую минуту измеряли активность, введите 60 как samplingrate.
   2. Для bin_interval задайте интервал времени в минутах, которые будут сегментирования данных для наглядности; интервал Рекомендуемые бин является 20-30 мин
   3. Тенденция, введите " 1 " если данные показывают тенденцию базовых и " 0 " иначе; данные с тенденцией будет detrended сначала установку второго порядка Полиномиальные и затем вычитанием из данных.
3. В всплывающем окне выберите файл Лети мероприятием.
   Примечание: Первый участок является спектра мощности данных и не знакомые активности сюжет. Из печати мощность спектра, определить первичный период T ₀: либо нажмите с левой кнопкой мыши на суточный пик, или правой кнопкой мыши на второй гармоники пик (около T ₀ / 2).
4. На участке открытых данных, проверьте, если утром и вечером пики хорошо визуализируются. Если нет, измените значение bin_interval, щелкнув правой кнопкой мыши в любом месте на графике и ввести новое значение bin_interval в диалоговом окне. Программа будет перерисовываться данных новое значение интервала. Чтобы принять значение bin_interval, слева щелкните в любом месте на графике.
5. Программа будет снова перерисовать данные и показать первые пять дней деятельности. На этом участке, нажмите на первый пик М, который будет использоваться в анализе (иногда это нужно пропустить один или два дня).
   Примечание: Программа будет перерисовываться граф, начиная от взял утром пик. Голубые и красные линии покажет приблизительное положение E пик и следующий день М пик, соответственно, основанный на период, определенный на шаге 2.4.
6. На одном графике, выбор данных для предварительной подгонки данных с моделью: нажмите на следующее (при этом порядок; Обратите внимание, что расположение нажмите кнопку будет указан с красной звездой на дне): (i) верхней М пик; (ii) конец М пик; (iii) начало E пик; (iv) верхней части E пик; (v) конец E пик; (vi) верхней части пика M следующего дня.
7. Отметить, что программа теперь представляет мощность спектра.
   Примечание: Ось x теперь приводится в частоте.
   1. В открывшемся окне с мощность спектра, подобрать очки, которые будут использоваться для установки аналитические выражения для спектра мощности модели. Обнаружен в шаге 2.4 период отмечен красной линией. Чтобы выбрать установку точек, сначала примерно определите первичный период, подобный шаг 2.4. Затем с помощью ползунка, тонкой настройки начального периода значение так, чтобы установку точек (показано с красными кругами, появится после перемещения ползунка) будут закрыты до пиковых значений.
8. После выбора визуального пик, нажмите " принимаю " и программа будет соответствовать выбранной точки с аналитическое выражение для вычисления параметров модели.
9. Обратите внимание, что параметры и спектральные подходят ошибки сохраняются в файл " model_fit_parameters.txtŔ программа будет дополнительно сохранить 2 фигуры с подходит опорно данных и его мощность спектра.

Результаты

Представленные здесь метод позволяет количественного определения основных особенностей в лету локомоции шаблон. Количественная оценка достигается путем установки данных о деятельности с моделью, которая состоит из четырех экспоненциального терминов:

Обсуждение

Эта работа представляет инструкции по использованию вычислительных инструмента, который обеспечивает количественное описание структуры летать локомоции. Средство подходит локомоции данных с математической модели, состоящей из четырех экспоненциального терминов, которые вместе оп?...

Материалы

Name	Company	Catalog Number	Comments
Drosophila Activity Monitor	TriKinetics	DAM2, DAM5	Measures fly locootion using single infrared beam
MatLab	Mathworks		Computing environment and programming language, MatLab should include Optimization and Symbolic Math toolboxes
Drosophila melanogaster		per[S], per[L], iso31(wild type)	Our analysis can be performed with fly mutants of any circadian period