Начните с смешивания и аликвотирования от 90 до 120 микролитров образцов формальдегида, сшитых C.Elegans, в полистирольную пробирку для ультразвука. Добавьте равный объем буфера для ресуспензии, содержащего 2X моющих средств. Обрабатывайте на водяной бане ультразвуковой обработкой в течение семи минут.
Аккуратно перемешайте образец с помощью пипетирования и повторите ультразвуковую обработку еще семь минут. Как только это будет сделано, переложите лизат, обработанный ультразвуком, в пробирку объемом 1,5 миллилитра. Добавьте половину объема буфера для ресуспензии без моющих средств.
После центрифугирования при 13 000 G в течение 15 минут при четырех градусах Цельсия разделите надосадочную жидкость на четыре части. Храните входную лизатную часть при температуре минус 20 градусов Цельсия в тубе объемом 1,5 миллилитров. Добавьте 0,5 мкг анти-H3K9 триметилирования, антигистонового H3 или IgG в соответствующий образец иммунопреципитации или IP.
Инкубируйте реакцию при четырех градусах Цельсия в течение ночи с вращением. На следующий день возьмите девять микролитров магнитных шариков, покрытых белком G, на образец IP в пробирке объемом 1,5 миллилитра. После двух промывок одним миллилитром FA-150 снова суспендируйте магнитные шарики в буфере FA-150.
После этого добавьте 7,5 микролитров магнитной суспензии в каждую смесь антител IP, прежде чем инкубировать пробирки при температуре четыре градуса Цельсия в течение двух часов с вращением. Затем промойте магнитные шарики семь раз, используя не менее 200 микролитров каждого буферного раствора. Инкубируйте каждую промывку при температуре четыре градуса Цельсия в течение пяти минут с вращением, прежде чем собирать бусины на магнитной подставке для аспирации промывки.
После отсасывания последней промывки буфера ресуспендируйте магнитные шарики в 50 микролитрах буфера для элюирования хроматина IP, и перенесите его в пробирку объемом 1,5 миллилитров. После элюирования образца в термомиксере соберите шарики на магнитной подставке и перенесите надосадочную жидкость в новую пробирку. Повторите элюирование еще с 50 микролитрами буфера для иммунопреципитации хроматина.
После этого извлеките в общей сложности 100 микролитров надосадочной жидкости, прежде чем приступать к обратному сшиванию и элюированию ДНК.
