Оптимизированное выделение ядер из свежих и замороженных образцов твердых опухолей для секвенирования мультиома

По мере того, как растут наши знания о биологии опухолей и интерес к пониманию тонкостей того, как клетки взаимодействуют внутри опухоли и влияют на результаты лечения пациентов, важность анализа гетерогенных клеток в микроокружении опухоли также возрастает. Мультиомное секвенирование, которое позволяет получать РНК одной клетки и секвенировать атаку из одной и той же клетки в парном клеточном режиме, обеспечивает значительный прогресс в достижении этой цели. Однако качество данных, полученных в ходе этих экспериментов, сильно зависит от качества условий эксперимента и вводимого биологического материала.

Этот протокол обеспечивает надежный и оптимизированный подход к выделению ядер из солидных образцов опухолей для мультиомного секвенирования с использованием платформы 10x Genomics. Этот протокол надежен при использовании как свежих, так и замороженных одноячеистых суспензий. Даны рекомендации по условиям диссоциации тканей, криоконсервации одноклеточных суспензий, оценке изолированных ядер.

В этом протоколе мы использовали образцы протоковой аденокарциномы поджелудочной железы человека, которые являются основным типом тканевого фокуса в нашей лаборатории. Рак поджелудочной железы представляет собой высокодесмопластический тип опухоли, который предвещает относительно липкую ткань, а также клетки. Кроме того, поскольку образцы опухолей поджелудочной железы, доступные для исследования, также имеют тенденцию быть относительно небольшими, предпринимаются усилия для максимального увеличения количества захваченных клеток.