Optimierte Zellkernisolierung aus frischen und gefrorenen soliden Tumorproben für die Multiom-Sequenzierung

Mit zunehmendem Wissen über die Tumorbiologie und dem Interesse, die Feinheiten der Interaktion von Zellen innerhalb des Tumors und der Beeinflussung der Patientenergebnisse zu verstehen, hat auch die Bedeutung der Analyse heterogener Zellen in der gesamten Tumormikroumgebung zugenommen. Die Multiom-Sequenzierung, die den Erwerb von Einzelzell-RNA und die Angriffssequenzierung aus derselben Zelle in gepaarter Zellweise ermöglicht, stellt einen bedeutenden Fortschritt in dieser Richtung dar. Die Qualität der aus diesen Experimenten gewonnenen Daten hängt jedoch stark von der Qualität der Versuchsbedingungen und des eingebrachten biologischen Materials ab.

Dieses Protokoll bietet einen zuverlässigen und optimierten Ansatz für die Isolierung von Zellkernen aus soliden Tumorproben für die Multiom-Sequenzierung mit der 10x Genomics-Plattform. Dieses Protokoll ist zuverlässig, wenn sowohl frische als auch gefrorene Einzelzellsuspensionen verwendet werden. Wir geben Empfehlungen für Gewebedissoziationsbedingungen, Kryokonservierung von Einzelzellsuspensionen und die Beurteilung isolierter Zellkerne.

In diesem Protokoll verwendeten wir duktale Adenokarzinomproben des menschlichen Pankreas, die in unserem Labor ein primärer Gewebetyp sind. Bauchspeicheldrüsenkrebs stellt einen stark desmoplastischen Tumortyp dar, der sowohl auf relativ klebriges Gewebe als auch auf Zellen hindeutet. Da auch die für die Forschung zur Verfügung stehenden Proben von Bauchspeicheldrüsentumoren in der Regel relativ klein sind, wird versucht, die Menge der erfassten Zellen zu maximieren.