マルチオームシーケンシングのための新鮮および凍結固形腫瘍標本からの最適化された核分離(英語)

腫瘍生物学に関する知識が深まり、細胞が腫瘍内でどのように相互作用し、患者の転帰に影響を与えるかの複雑さを理解することへの関心が高まるにつれて、腫瘍微小環境全体で不均一な細胞を分析することの重要性も高まっています。マルチオームシーケンシングは、シングルセルRNAの取得と、同じ細胞からのアタックシーケンシングをペアセル方式で可能にし、この目的に向けて大きな進歩をもたらします。しかし、これらの実験から得られるデータの質は、実験条件や投入された生体物質の質に大きく依存します。

このプロトコルは、10x Genomicsプラットフォームを使用したマルチオームシーケンシングのために、固形腫瘍標本から核を分離するための信頼性が高く最適化されたアプローチを提供します。このプロトコルは、新鮮または凍結したシングルセル懸濁液を使用して信頼性があります。組織解離条件、単一細胞懸濁液の凍結保存、および単離核の評価に関する推奨事項を提供します。

このプロトコルでは、私たちの研究室で焦点を当てている一次組織タイプのヒト膵管腺癌標本を使用しました。膵臓がんは、高度に線維形成性の高い腫瘍タイプであり、細胞だけでなく組織も比較的粘着性があります。また、研究に利用できる膵臓腫瘍の標本も比較的少ない傾向にあるため、捕捉する細胞の量を最大化する努力が払われています。