Выделение ядер из межмышечной жировой ткани человека и последующее секвенирование одноядерных РНК

Наша исследовательская группа пытается понять клеточный состав и специфические для клеток транскрипционные профили межмышечной жировой ткани или IMAT у человека. IMAT на самом деле является эктопическим жировым депо, расположенным между мышечными волокнами и вокруг них. Компьютерная томография и МРТ смогли количественно оценить объем IMAT и недавно показали, что он увеличивается как с возрастом, так и с ИМТ, а также связан с мышечными дегенеративными заболеваниями.

Исследования секретома in vitro недавно показали, что секретируемые IMAT белки обладают способностью влиять на чувствительность к инсулину, воспалительные профили, а также на экспрессию сократительных белков в скелетных мышцах человека. Ограниченное количество ткани IMAT, собранной во время биопсии, и липидная природа адипоцитов делают эту ткань несовместимой с перевариванием тканей и одноклеточной РНК-Seq. Поэтому мы хотели разработать протокол, который выполнял бы выделение ядер на небольших количествах ткани, которые затем можно было бы использовать в последующих одноядерных РНК-секвенациях.

Этот протокол позволит исследователям определить композиционные и клеточно-специфические транскрипционные изменения, которые происходят в IMAT при различных состояниях метаболических заболеваний и в ответ на вмешательства. Мы надеемся, что эта информация будет иметь решающее значение при разработке новых терапевтических стратегий, которые помогут облегчить метаболические заболевания путем прямого воздействия на IMAT или его секретируемые факторы. В этой области крайне не хватает данных о биологии IMAT, его клеточном происхождении и коммуникации с другими клетками, находящимися как внутри, так и за пределами IMAT, а также о его молекулярных реакциях на вмешательства в образ жизни, такие как диета и физические упражнения или фармакотерапия.

Все это ключевые исследовательские вопросы для нашей группы.