İnsan İntermüsküler Yağ Dokusundan Çekirdeklerin İzolasyonu ve Aşağı Akış Tek Çekirdekli RNA Dizilemesi

Araştırma grubumuz, insanlarda kas arası yağ dokusunun veya IMAT'ın hücre kompozisyonunu ve hücreye özgü transkripsiyonel profillerini anlamaya çalışıyor. IMAT aslında kas lifleri arasında ve çevresinde bulunan ektopik bir yağ deposudur. Bilgisayarlı tomografi ve MRG, IMAT hacmini ölçebilmiştir ve son zamanlarda hem yaş hem de VKİ ile arttığını ve ayrıca kas dejeneratif hastalıkları ile ilişkili olduğunu göstermiştir.

Son zamanlarda yapılan in vitro sekretom çalışmaları, IMAT tarafından salgılanan proteinlerin insan iskelet kasındaki insülin duyarlılığını, inflamatuar profilleri ve ayrıca kontraktil protein ekspresyonlarını etkileme yeteneğine sahip olduğunu göstermiştir. Biyopsiler sırasında toplanan IMAT dokusunun sınırlı miktarda olması ve adipositlerin lipid yüklü yapısı, bu dokuyu doku sindirimi ve tek hücreli RNA-Seq ile uyumsuz hale getirir. Bu nedenle, daha sonra aşağı akış tek çekirdekli RNA-Seq'de kullanılabilecek küçük miktarlarda doku üzerinde çekirdek izolasyonu gerçekleştiren bir protokol geliştirmek istedik.

Bu protokol, araştırmacıların farklı metabolik hastalık durumlarında ve müdahalelere yanıt olarak IMAT'ta meydana gelen bileşimsel ve hücreye özgü transkripsiyonel değişiklikleri belirlemelerini sağlayacaktır. Bu bilgilerin, IMAT'ı doğrudan veya salgılanan faktörleri hedefleyerek metabolik hastalıkları hafifletmeye yardımcı olacak yeni terapötik stratejiler geliştirmede çok önemli olacağını umuyoruz. Bu alan, IMAT'ın biyolojisi, hücresel kökenleri ve IMAT'ın hem içinde hem de dışında bulunan diğer hücrelerle iletişiminin yanı sıra diyet, egzersiz veya farmakoterapi gibi yaşam tarzı müdahalelerine verdiği moleküler tepkiler hakkında ciddi veri eksikliğine sahiptir.

Bunların hepsi grubumuz için temel araştırma sorularıdır.