JoVE Logo

Oturum Aç

Bu içeriği görüntülemek için JoVE aboneliği gereklidir. Oturum açın veya ücretsiz deneme sürümünü başlatın.

Bu Makalede

  • Özet
  • Özet
  • Giriş
  • Protokol
  • Sonuçlar
  • Tartışmalar
  • Açıklamalar
  • Teşekkürler
  • Malzemeler
  • Referanslar
  • Yeniden Basımlar ve İzinler

Özet

Bu çalışma altı hidrolojik, jeokimyasal ve toprak Lizimetre mikrobiyolojik heterojenite araştırmak için bir kazı yöntemi sunar. Lizimetre homojen koşul altında başlangıçta ve 18 aylık bir süre içinde sulama sekiz döngü üzerinde suyun yaklaşık 5.000 mm maruz kaldığını yapay Yamaç taklit eder.

Özet

Studying co-evolution of hydrological and biogeochemical processes in the subsurface of natural landscapes can enhance the understanding of coupled Earth-system processes. Such knowledge is imperative in improving predictions of hydro-biogeochemical cycles, especially under climate change scenarios. We present an experimental method, designed to capture sub-surface heterogeneity of an initially homogeneous soil system. This method is based on destructive sampling of a soil lysimeter designed to simulate a small-scale hillslope. A weighing lysimeter of one cubic meter capacity was divided into sections (voxels) and was excavated layer-by-layer, with sub samples being collected from each voxel. The excavation procedure was aimed at detecting the incipient heterogeneity of the system by focusing on the spatial assessment of hydrological, geochemical, and microbiological properties of the soil. Representative results of a few physicochemical variables tested show the development of heterogeneity. Additional work to test interactions between hydrological, geochemical, and microbiological signatures is planned to interpret the observed patterns. Our study also demonstrates the possibility of carrying out similar excavations in order to observe and quantify different aspects of soil-development under varying environmental conditions and scale.

Giriş

Toprak ve peyzaj dinamikleri fiziksel, kimyasal karmaşık etkileşimi ve biyolojik süreçlerin 1 ile şekillenir. Su akış, jeokimyasal ayrışma ve biyolojik aktivite istikrarlı bir ekosistem 2,3 içine manzara genel gelişimine yön. Yüzey değişiklikleri manzara 4 en göze çarpan özellikleri, hidrolojik, jeokimyasal anlaşılması birikimli etkileri ve mikrobiyolojik süreçler yeraltı bölgede iken bir manzara 2 şekillendirecek temel kuvvetleri anlamak için çok önemlidir. Gelecekteki iklim pertürbasyon senaryoları daha peyzaj evrim 5 öngörülebilirlik ve desen bulandırabilir. Böylece manzara ölçekli 6 onların büyük ölçekli tezahürü küçük ölçekli süreçlerini bağlamak için bir sorun haline gelmektedir. Geleneksel kısa vadede laboratuar deneyleri veya th yakalayan kısa düşüş zorlayarak bilinmeyen başlangıç ​​koşullarına ve zaman değişkeni ile doğal manzaralar yapılan deneylerdepeyzaj evrim e içsel heterojen. Ayrıca, güçlü olmasından dolayı doğrusal olmayan bağlantı nedeniyle, heterojen sistemler 7 hidrolojik modelleme gelen biyokimyasal değişiklikleri tahmin etmek zordur. Burada, bilinen ilk koşullarla tamamen kontrollü ve izlenen toprak Yamaç kazmaya yeni bir deneysel yöntem açıklanmaktadır. Bizim kazı ve örnekleme prosedürü hidro-biyo-jeokimyasal etkileşimleri ve toprak oluşumu süreçlerine üzerindeki etkilerini araştırmak için kapsamlı bir veri seti sağlamak amacı ile, uzunluğu ve derinliği boyunca Yamaç gelişmekte heterojenitesini yakalama hedefleniyor.

Doğada bulunan hidrolojik sistemleri yer ve zaman ölçekleri 3, geniş bir aralıkta yer alan hidrolojik yanıtları değişikliklerle zaman statik olmaktan uzaktır. Manzara boyunca akış yollarının mekansal yapı oranı, kapsamını ve sürücü jeokimyasal reaksiyonlar ve biyolojik kolonizasyon dağılımını belirlerayrışma, ulaşım ve çözünen ve çökellerin yağış ve toprak yapısının daha da geliştirilmesi. Böylece, teoriler ve hidrolojik tahminlerde hidrolojik süreçleri değerlendirmek ve geliştirmek için deneysel tasarımlar içine pedoloji, jeofizik ve ekoloji bilgiyi içeren 8,9 öne sürülmüştür. Peyzaj evrimi de su dinamikleri, toprak gelişimi sırasında element göç ile birlikte ve maden hava, su ile yüzeyler ve mikroorganizmaların 10 reaksiyonu getirdiği mineralojik dönüşümlerin yeraltı biyokimyasal süreçler tarafından etkilenir. Sonuç olarak, gelişmekte olan bir manzara içinde jeokimyasal noktaları gelişimini incelemek için önemlidir. Ayrıca, karmaşık manzara gelişim dinamiklerini anlamak için başlangıç ​​toprak oluşumu sırasında hidrolojik süreç ve mikrobiyolojik imzalarla jeokimyasal ayrışma desenleri ilişkilendirmek için kritik öneme sahiptir. Toprak oluşumunun belirli süreçleri tabidirBelirli bir ana malzeme üzerinde iklim, biyolojik girişler, rölyef ve zaman kombine etkisiyle. Bu deney koşulları nerede altında (yamaç ve derinlik dahil) kabartma ile ilişkili hidrolojik ve jeokimyasal varyasyonları tarafından yönetilen ana malzemenin ayrışması içinde farklılıklarını ve çevresel geçişlerini (yani, redoks potansiyeli) tarafından tahrik edilir mikrobiyal aktivite ilişkili değişkenlik gidermek için tasarlanmıştır ana malzeme, iklim ve zaman sabiti tutulur. Mikrobiyal aktivite ile ilgili olarak, toprak mikroorganizmaları kritik bileşenleri ve peyzaj istikrar 11 üzerinde derin bir etkisi vardır. Bunlar toprağın yapısı, besin biyokimyasal bisiklet ve bitki büyümesinde önemli bir rol oynamaktadır. Bu nedenle, aynı anda hidrolojik akış yolları ve jeokimyasal biz karşılıklı etkilerin belirlenmesi sırasında, ayrışma sürücüler, toprak oluşumunda ve peyzaj oluşum süreçleri gibi bu organizmaların önemini anlamak için gereklimikrobiyal toplum yapısı ve çeşitliliği üzerinde athering. Bu kimin hidrolojik ve jeokimyasal özellikleri de paralel olarak çalışılmaktadır gelişmekte olan bir manzara üzerinde mikrobiyal topluluk çeşitliliğin mekansal heterojenlik inceleyerek elde edilebilir.

Burada, Biyosfer 2 (Arizona Üniversitesi) ev sahipliği Peyzaj Evrim Gözlemevi (LEO) büyük ölçekli sıfır dereceden havza modelleri taklit etmek üzere bir toprak Lizimetre, operasyonel adlı miniLEO, bir kazı işlemi sunuyoruz. miniLEO kümülatif heterojen hidro-biyo-jeokimyasal süreçler kaynaklanan küçük ölçekli peyzaj evrim modellerini tespit etmek için geliştirilmiştir. Bu Lizimetre uzunluğu 2 m genişliğinde 0.5 m ve yüksekliği 1-M, ve 10 ° eğimi (Şekil 1). Buna ek olarak, Lizimetre duvarları olarak yalıtılmış ve biyolojik olarak bozunabilir, iki kısımlı epoksi astar ve potansiyel kirlenme veya süzülmesini önlemek için bir toplama dolu alifatik üretan kaplama ile kaplanırtoprağa Lizimetre çerçeveden metallerin. Lizimetre Kuzey Arizona Merriam krater ile ilişkili geç Pleistosen Yanardağın bir depozito elde edildi ezilmiş bazalt kaya ile doluydu. yüklenen bazalt malzemesi çok daha büyük bir LEO deneylerinde kullanılan malzeme ile aynıydı. Mineral bileşimi, tanecik boyutu dağılımı, ve hidrolik özellikleri Pangle ve ark., 12 tarafından tarif edilmiştir. downslope sızma yüz delikli bir plastik ekran (0.002 m çaplı gözenekler,% 14 porozite) ile kaplanmıştır. Sistem, su tablası yüksekliğini belirlemek için su içeriği ve sıcaklık sensörleri, su potansiyeli sensörler iki tür, toprak-su numune, hidrolik ağırlık dengesi, elektriksel iletkenlik sondaları ve basınç dönüştürücüler olarak sensörleri ile donatılmıştır. Lizimetre kazı öncesinde 18 ay sulandı.

Kazı onun yaklaşımı titiz ve iki geniş soruları yanıtlayan amaçlıyordu: (1) hidrolojik ne jeokimyasal ve mikrobiyal imzalar taklit yağış koşulları ve bakımından yamaç uzunluğu ve derinliği karşısında görülebilir (2) Yamaç meydana gelen hidro-biyo-jeokimyasal süreçler arasındaki ilişkiler ve geri bildirimler çıkarılabilir olup olmadığını bireysel imzalar. deneysel kurulum ve kazı prosedürü yanı sıra, biz birleştiğinde toprak sistem dinamikleri ve / veya toprak gelişim süreçlerini inceleyerek ilgilenen araştırmacılar için benzer kazı protokolleri nasıl uygulanacağına dair temsili verileri ve önerileri sunulmuştur.

Protokol

1. Lizimetre Sistematik ve Kapsamlı Örnekleme sağlamak için bir Örnekleme Matrix tasarlamak

  1. sabit uzunluk, genişlik ve derinlik vokseller içine Lizimetre bölün.
    1. koordinat sistemi bir Öklid alanı kullanmak ve eşit aralıklı aralıklarla yeterli sayıda içine her yönde (X, Y ve Z) boyunca toplam mesafeyi bölün. Sınır etkileri önlemek için Lizimetre duvarları yakınında toprak atarak düşünün.
      Not: toplanan bir toprak hacmi yeterli olmasını sağlama dört duvar boyunca 5 cm'lik bir tampon, Sınır etkileri önlemek için bu deneyde benimsenmiştir.
    2. her bir numune benzersiz XYZ konumu atama ve voksel olarak tanımlar.
      NOT: Z, yamaç derinliği boyunca konumunu gösterir iken bu kazı, X eğimi genişliği boyunca konumunu gösterir, Y, yamaç uzunluğu boyunca konumunu gösterir. Her bir boyut içinde aralıklarla büyüklüğü voksellerdeki genişliğini, uzunluğunu, ve derinliğini belirler. FŞEKIL 2 XYZ sistemi için seçilen kökenli birlikte aralık aralıklarını belirledikten sonra Lizimetre bölünmesi gösterir. Geçerli kazı düzeni bölünme 10 cm x 20 cm x 10 cm ölçülerinde (Şekil 3) 324 vokseller toplam üreten, hem Y ve Z yönlerinin yanı sıra 9 aralıkları ve X yönünde boyunca 4 aralıkları vardır.
      NOT: Seçilen örnekleme stratejisi tüm sistemin eşit sensörler en az zararla örneklenmiş olmasını sağlar. her voksel (1-2 cm) Sınırları komşu vokseller çapraz kontaminasyonu sınırlamak için atılır. Ayrıca, voksel boyutları yeterli toprak malzeme her vokseldeki mikrobiyolojik, jeokimyasal ve hidrolojik numune toplama için kullanılabilir olduğundan emin olun.

figure-protocol-1730
Lizimetre Şekil 1. Yan görünümü. Sızıntı fa gelen Lizimetre Viewce. Ayrıca görünen dört köşesinde eğim ve yağmurlama sistemi boyunca üç sensör bölgeleri (beyaz PVC borular) bulunmaktadır.

figure-protocol-2068
Y 20 cm içine uzunluğu böler ise Şekil 2. Örneklemesi. XYZ. A. X boyut boyunca Lizimetre Örnekleme şeması 4 bölümden 10 cm her birine genişliğini böler. B. Z boyut derinliğini gösterir ve 9 katmanları ayrıldı 10 cm derinlik. Tüm Lizimetre kenarları boyunca 5 cm'lik bir sınır potansiyel sınır etkisini gösterebilen örneklerin toplanmasını engellemek için tespit edilmiştir. Bu dosyayı indirmek için tıklayınız.

figure-protocol-2760
Şekil 3. Üç-dBir vokselin imensional gösterimi. Lizimetre XYZ düzlemi boyunca bir vokselin Görsel şematik. Tüm eğim tek örnekleme birimini gösteren her voksel ile 324 tür vokseller ayrıldı. Bu dosyayı indirmek için tıklayınız.

2. Yamaç Track Su Infiltration için Brilliant Blue FCF Boyası ekle

  1. Y doğrultusu boyunca yüzeyin üst 105 cm karşılamaya yetecek, toprak yüzeyinde parlak mavi boya uygulayın. plastik levhalar ile kalan toprak örtün.
    1. siyah bazalt toprak karşı kontrast garanti bir konsantrasyon (burada 10 g / L) seçin. Sulama sistemi tanklarına boya ekleyin ve istenen konsantrasyona göre su ile seyreltilir.
    2. sızma ön istenilen derinlikte ve sulama sistemi tarafından sağlanan oranına göre sulama süresine karar verin.
      NOT: Bu çalışma için, bir i20 dakika (Şekil 4) önceki kazı için 30 mm / saat rrigation oranı ilk birkaç santimetre sırasında su sızması heterojen modellerini tespit etmek için yeterli kabul edilir.
    3. Boya uygulamasından sonra, sızma durdurmak ve Lizimetre içinde nem devletler dengelenmesi için zaman verin. Bu çalışma için, boya uygulama ve kazı arasındaki 10 saat (gece) bir dönem uygundu.

Voksellerden 3. Çizimi

  1. Voksellerden çizilmesi sırasında rehberlik için bir in-situ referans sistemi sağlamaktır yamaç uzunluğu boyunca bant ölçme takın.
  2. Ölçüm bandı yardımıyla her toprak vokseldeki boyutunu işaretleyin. Alüminyum bıçak kalkanları ve plastik macun bıçak (Şekil 4) kullanarak her bir katman için ızgara çizgilerini çizin. sınır malzemeler (her duvardan 5 cm sınır etkilerini önlemek için) atın.

figure-protocol-4725
Lizimetre Şekil 4. Üst görünüm. Bu görüş tabakasının 2 boyalı yüzeyini (10 cm derinliğinde) gösterir. örnekleme yardımcı olmak için toprak yüzeyinde çizilen Izgaralar mikrobiyolojik numune toplandıktan sonra her voksel çekirdek delikleri bölgeler ile birlikte de görülebilir.

4. Mikrobiyoloji Örnek Toplama

  1. her voksel önceden hidrolojik ve jeokimyasal aseptik mikrobiyoloji örnekleri toplamak örneklerin çapraz kontaminasyonu önlemek için analiz eder. Yeni eldivenler, insan derisinden kirlenmeyi azaltmak için kazı yapan tüm üyeleri tarafından giyilen emin olun.
  2. 1 cm çapında ve 20 cm yüksekliğinde ve mikrobiyolojik numune toplanması için ince bir spatula toprak oyma bıçağı kullanın. , Oyma bıçağı ve distile su ile spatula temizleyin temiz mendil ile kurulayın ve% 75 etanol bir sprey şişesi kullanarak yıkayın. kuru hava oyma bıçağı ve spatula izin verin.
  3. c NotHer numunenin ollection süresi. Önceden sterilize edilmiş plastik torba (Şekil 5) içine toprak örneği boşaltmak için, her bir voksel yerde 10 cm derinliğe ve spatula çekirdeğe karot kullanın. örnek yatırma hemen önce çantayı açmak için özen gösterin. elle numune torbalar homojenize.
  4. örnekleme sırasında bir buz soğutucusu örnek çanta saklayın ve ° C derin dondurucuda -80 kısa sürede transfer.

figure-protocol-6230
Şekil 5. Mikrobiyoloji örnek toplama. 20 cm x 1 cm steril torba ve spatula küçük bir el corer mikrobiyolojik örnekleme sırasında burada gösterilir. Bu dosyayı indirmek için tıklayınız.

5. Jeokimya ve Hidroloji Örnek Toplama

  1. X ve Y pl Fotoğraf boyalı bölgelerboya görülmektedir derinlikleri için kazı sırasında anes. Renk gözlenen (Şekil 6) için referans sağlamak için bir renk kartı kullanın. Uygun doğal aydınlatma sağlamak doğru renk yoğunluğunu belgelemek için mevcuttur.
  2. ölçümler başlamadan önce günlük taşınabilir röntgen floresan spektrometresi (pXRF) kalibre. Kalibrasyon ve ölçüm detayları için, üreticinin talimatlarına 13 (Şekil 7) bakınız. Kısaca, tutucuya aleti koyun ve fabrika metal boncuk doğrudan ışın penceresini etmektedir. 'Cal' seçin ve kalibrasyon tamamlanmış izin vermek için 30 saniye bekleyin.
    1. Her ölçüm yapmadan önce ışın penceresini temizleyin. üç farklı yerde üç kopya halinde her bir vokselın yüzey ölçümü. toprak yüzeyinde pXRF aleti yerleştirin ve ölçüm tamamlanmasına izin 90 saniye bekleyin.
      : X-ışın kirişinin bir yönde, uzun bir mesafe boyunca nüfuz edebilir. Bu nedenle, ensuSadece eğitimli personel ekipman kolları ve uygun güvenlik protokollerini koruduğunu yeniden.

figure-protocol-7813
Şekil 6. Renk kartı infiltrasyonu boya izleyin. Görünür boya penetrasyonu ile her yere referans olarak hizmet veren bir renk kartı ile fotoğraflandı. Bu dosyayı indirmek için tıklayınız.

figure-protocol-8244
Şekil 7. Taşınabilir X-ışını Floresans Spektrometre. El pXRF bir vokseldeki yüzeyinde konumlandırılmış. Ölçümler her bir vokselın yüzeyi üzerindeki üç farklı yerlerde kaydedilen ve sonra ortalamaları alındı.

  1. Temiz metalik çekirdek (yükseklik = 3 cm, çap. = 5.7 cm) ve polikarbonat işbirliğires (height = 6 cm, çap. = 5.7 cm) kütle yoğunlukları (BD) ve istenen vokseller, sırasıyla (Şekil 8) hidrolik iletkenlik ölçümlerinin (Ksat) için.
  2. Dikey sensörleri veya sensör tellerine zarar vermemeye özen istenen voksellerden içine metal çekirdek ve polikarbonat çekirdeklerini (dikey Ksat) yerleştirin. yavaşça toprağa rahatsızlığı en aza indirmek amacıyla çekirdek ve çekiç arasına tahta blok gibi düz bir yüzey kullanmak için özen, toprağa çekirdekleri çekiçle bunu yapın. Çekirdek toprağa yarım bir kez Buna ek olarak, birinci iç kısmın üzerine ikinci bir çekirdek yerleştirin. İkinci çekirdeğin üstüne ahşap blok yerleştirin ve ilk çekirdek hala görünür çekirdek jant ile toprakta gömülü olduğu kadar yavaşça blok çekiç.
  3. vokselin yanal yüzü sıralı kazı ile açılır gibi yatay Ksat için çekirdekler ekleyin. sıkıştırmayı en aza indirmek için adım 5.4 belirtildiği gibi ahşap blok ve ikinci çekirdeği kullanın.
  4. voksel sağlamak için özenjeokimyasal örnek toplama öncesinde sınırları ve komşu voksellerdeki izole edilir örneklenmiş olan. Çekirdekler kolayca çıkarılabilir kadar etiketli jeokimyasal (GC) örnek torbalar içine metal veya polipropilen çekirdek etrafında toprak örnekleri toplamak için el mala izledi bu amaçla plastik macun bıçak kullanın (örneğin, Şekil 9a, b).

figure-protocol-10066
Şekil 8. Dökme yoğunluğu ve hidrolik iletkenlik çekirdek. Polipropilen çekirdek (solda), metal çekirdek (sağda) kütle yoğunluğu numuneleri toplamak için kullanılan ise dikey ve yatay hidrolik iletkenlik örnekleri toplamak için kullanılmıştır.

figure-protocol-10460
Şekil 9. Voksel sınır. Plastik macun bıçak izole (A) kullanıldı(B) jeokimyasal, yığın yoğunluğu ve hidrolik iletkenlik çekirdek koleksiyonu öncesinde voksel sınırları. Bu dosyayı indirmek için tıklayınız.

  1. Metalik çekirdek kaldırmak her iki uçtan fazla malzemeyi fırça ve etiketli BD örnek torbasına çekirdekten örnek aktarmak. örnek ile her bir numune torbası tartılır ve toplam ağırlığı kaydedin.
  2. polipropilen çekirdekleri çıkartın. kırmızı plastik kapaklar ile iki tarafını kaplayın ve "V" ve örnek kimliği ve ardından "H" olarak yatay polipropilen çekirdek olarak dikey polipropilen çekirdeğini etiket.
  3. Bir sonraki voksel ile çapraz bulaşmayı önlemek için dört tarafı toprağın santimetre bir çift geride bırakarak, GC örnek torbaya voksel kalan malzemeyi toplayın.
  4. tek katmanda vokseller geri kalanı için adımlar ile 5,9 5.1 tekrarlayın.
  5. Bir kez bir tabaka tüm vokseller edilmiştamamlandı, sonraki katman için 5.10 3.2 arasındaki adımları tekrarlayın.
    NOT: 5.1 ihtiyaçlarını Step sadece görünür boya sahip vokseller için yapılması gereken. Her voksel toplanan tüm örneklerin vurgulayarak vokseldeki temsilcisi diyagramı görselleştirmek için Şekil 10 bakınız.

figure-protocol-12008
Şekil 10. Temsilcisi voksel. Kırmızı çizgi çekirdek mikrobiyoloji örnek için toplanan gösterir kesik, yeşil kesik çizgi yatay hidrolik iletkenlik çekirdek gösterir sarı çizgi çizgi dikey hidrolik iletkenlik çekirdek gösterir mor kesik dökme yoğunluğu çekirdek ve mavi oval sınırını gösterir voksel numune kalan jeokimyasal analiz için kullanılan gösterir. Bu dosyayı indirmek için tıklayınız.

6. Numune Analizi

  1. Mikrobiyolojik için toplanan Kullanım örnekleri moleküler (toprak mikrobiyal DNA ekstraksiyonu) için 14 ve kültürlü (heterotrofik plaka sayımları) 15 analizleri analiz eder. Kantitatif polimeraz zincir reaksiyonları (qPCR) 16 ve yüksek verimli gen sıralama deneyleri 17,18 için çıkarılan DNA kullanın.
  2. Jeokimyasal için toplanan Kullanım örnekleri pH (ABD EPA yöntemi 150.2), elektriksel iletkenlik (EC) (ABD EPA yöntemi 120.1), karbon ve azot içeriği (US EPA yöntemi 415,3, elemanların 19 sıralı çıkarma dahil jeokimyasal özelliklerinin çok sayıda ölçmek için analizler, ve X-ışını kırınımı (XRD) ve Stanford Sinkrotron Radyasyon Laboratuvarı özelliklerine göre exafs (EXAFS) spektroskopisi, mineral dönüşümleri araştırmak.
  3. Böyle yığın yoğunluğu 20 olarak laboratuvar deneyleri için hidrolojik analizler için toplanan çekirdek örnekleri kullanmakve hidrolik iletkenlik 21.

Sonuçlar

Voksellerden boyutları hidrolojik, jeokimyasal ve mikrobiyolojik ölçümleri için örneklerin toplanması sağlanmalıdır. Kazı işlemi mikrobiyolojik analiz için 324 çekirdeği, 972 pXRF veri noktaları, 324 jeokimyasal örnek çanta, 180 Ksat örnekleri (dikey 128 ve 52 yatay) ve 311 yığın yoğunluğu örnekleri vermiştir. Parlak Mavi boya tercihli akışı, yüzeyden 30 cm derinliğe kadar gözlenmiştir. Lizimetre tek bir dikey dilim 81 numune alınmış bir dizi temsili ?...

Tartışmalar

Peyzaj evrim hidrolojik, jeokimyasal ve biyolojik süreçlerin 12 kümülatif etkisidir. Bu süreçler manzara gelişen akışı ve su ve elementlerin taşınması ve biyokimyasal reaksiyonları kontrol eder. Ancak, etkileşimleri yakalama aynı anda tam olarak koordineli deneysel tasarım ve örnekleme gerektirir. Buna ek olarak, yeni başlayan peyzaj evrim eğitimi "zaman sıfır" koşulları tanımlamak için sınırlı yeteneklere sahip, doğal sistemlerde zordur. Edebiyat sulama ve kazı alanı...

Açıklamalar

The authors have nothing to disclose.

Teşekkürler

We thank Ty P.A. Ferré, Till Volkman, Edwin Donker, Mauricio Vera for helping us during the excavation, and Triffon J. Tatarin, Manpreet Sahnan and Edward Hunt for their help in sample analysis. This work was carried out at Biosphere 2, University of Arizona and funded by National Science Foundation grant EAR_1344552 and Honors Research Program of Biosphere 2.

Malzemeler

NameCompanyCatalog NumberComments
Measuring tapeAnyAnyPreventing cross-contamination of samples is crucial. Therefore, it is helpful to have multiple putty knives to isolate voxel boundary.
Brilliant Blue dyeWaldeck GmBH &Co B0770Rulers can be used to draw grids. The sampling strategy can be modified based on individual experiments.
Soil CorerAMS56975Any commercially manufactured Brilliant Blue dye can be used.
75% EthanolAnyAnyA Nikon D90 camera and 50 mm lens were used for photography. Any high resolution camera and lens can be used for this purpose.
Spray BottleAnyAnyUse of dye and color card is subjective to individual experiments and/or research questions.
SpatulaAny AnyGardening gloves may be used if handling of corer becomes tedious.
GlovesAny AnyEnsure microbiology samples are kept in ice during sampling and frozen as soon as possible.
KimWipesKimTech ScienceAnyWater can be used to wash soil corer, prior to sanitizing with ethanol.
Sterile Sample bagsFisher Scientific Whirl-Pak 4 OZ. 24 OZKeep buckets and dustpans handy to facilitate removal of waste soil.
Color CardAnyAnyThe original design of miniLEO has various sensors embedded in the lysimeter. Such sensors may or may not be necessary based on the scope of individual experimental design.
X-ray Fluoresce SpectrophotmeterXRF, OLYMPUSDS-2000 Delta XRF
Polypropylene coresAnyAny
Metal cores Any Any
Caps for polypropylene coresAnyAny
HammerAny Any
Plastic putty knivesAny Any
Face masksAny Any

Referanslar

  1. Brady, N. C., Weil, R. R. . The nature and properties of soils. , (2008).
  2. Chorover, J., Kretzschmar, R., Garica-Pichel, F., Sparks, D. L. Soil biogeochemicial processes within the critical zone. Elements. 3, 321-326 (2007).
  3. Troch, P. A., et al. Catchment coevolution: A useful framework for improving predictions of hydrological change?. Water Resour. Res. 6, 1-20 (2015).
  4. Sharp, R. P. Landscape evolution (A Review). Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 79, 4477-4486 (1982).
  5. Temme, A., Montgomery, D. R., Bierman, P. R. Predicting the effect of changing climate on landscapes with computer based landscape evolution models. Key Concepts in Geomorphology. , (2013).
  6. Troch, P. A., et al. Dealing with Landscape Heterogeneity in Watershed Hydrology: A Review of Recent Progress toward New Hydrological Theory. Geogr. Compass. 3, 375-392 (2009).
  7. Wang, Y., et al. Dissecting the Hydrobiogeochemical Box. in Am. Geophys. Union Fall Meet. , (2015).
  8. Lin, H., et al. Hydropedology: Synergistic integration of pedology and hydrology. Water Resour. Res. 42 (5), W05301 (2006).
  9. Band, L. E., et al. Ecohydrological flow networks in the subsurface. Ecohydrology. 7, 1073-1078 (2014).
  10. Churchman, G. j., Lowe, D. . Handbook of Soil Science Properties and Process. 1, (2012).
  11. van der Heijden, M. G. A., Bardgett, R. D., van Straalen, N. M. The unseen majority: soil microbes as drivers of plant diversity and productivity in terrestrial ecosystems. Ecol. Lett. 11 (3), 296-310 (2008).
  12. Pangle, L. a., et al. The Landscape Evolution Observatory: A large-scale controllable infrastructure to study coupled Earth-surface processes. Geomorphology. 244, 190-203 (2015).
  13. . . User Manual: Delta Famiy Handheld XRF Analyzers. , (2013).
  14. Valentìn-Vargas, A., Root, R. A., Neilson, J. W., Chorover, J., Maier, R. M. Environmental factors influencing the structural dynamics of soil microbial communities during assisted phytostabilization of acid-generating mine tailings: A mesocosm experiment. Sci Total Environ. 500-501, 314-324 (2014).
  15. JoVE Science Education Database. . Essentials of Environmental Microbiology. Culturing and Enumerating Bacteria from Soil Samples. , (2016).
  16. JoVE Science Education Database. . Essentials of Environmental Microbiology: Quantifying Environmental Microorganisms and Viruses Using qPCR. , (2016).
  17. Sengupta, A., Dick, W. A. Bacterial community diversity in soil under two tillage practices as determined by pyrosequencing. Microb. Ecol. 70, 853-859 (2015).
  18. Caporaso, J. G., et al. Correspondence - QIIME allows analysis of high- throughput community sequencing data. Nat. Publ. Gr. 7, 335-336 (2010).
  19. Hall, G. E. M., Vaive, J. E., Beer, R., Hoashi, M. Selective leaches revisited, with emphasis on the amorphous Fe oxyhydroxide phase extraction. J. Geochemical Explor. 56, 59-78 (1996).
  20. Grossman, R. B., Reinsch, T. G., Dane, J. H., Topp, G. C. Bulk density and linear extensibility. Methods of Soil Analysis. Part 4-Physical Methods. , 201-228 (2002).
  21. Reynolds, W. D., Elrick, D. E., Youngs, E. G., Amoozegar, A., Bootlink, H. W. G., Bouma, J., Dane, J. H., Topp, G. C. Saturated and field-saturated water flow parameters. Methods of Soil Analysis, Part 4-Physical Methods. , 802-816 (2002).
  22. King, G. M. Contributions of atmospheric CO and hydrogen uptake to microbial dynamics on recent Hawaiian volcanic deposits. Appl. Environ. Microbiol. 69 (7), 4067-4075 (2003).
  23. Meyer, W. S., Barrs, H. D. Roots in irrigated clay soils: Measurement techniques and responses to rootzone conditions. Irrig. Sci. 12 (3), 125-134 (1991).
  24. Graham, C. B., Woods, R. A., McDonnell, J. J. Hillslope threshold response to rainfall: (1) A field based forensic approach. J. Hydrol. 393 (1-2), 65-76 (2010).
  25. Anderson, A. E., Weiler, M., Alila, Y., Hudson, R. O. Dye staining and excavation of a lateral preferential flow network. Hydrol. Earth Syst. Sci. Discuss. 5 (2), 1043-1065 (2008).
  26. Gleeson, T., Paszkowski, D. Perceptions of scale in hydrology: what do you mean by regional scale?. Hydrol. Sci. J. 00, 1-9 (2013).
  27. Molins, S., Trebotich, D., Steefel, C. I., Shen, C. An investigation of the effect of pore scale flow on average geochemical reaction rates using direct numerical simulation. Water Resour. Res. 48, W03527 (2012).
  28. Fierer, N., Lennon, J. T. The generation and maintenance of diversity in microbial communities. Am. J. Bot. 98 (3), 439-448 (2011).
  29. Niu, G. Y., Pasetto, D., Scudeler, C., Paniconi, C., Putti, M., Troch, P. A. Analysis of an extreme rainfall-runoff event at the Landscape Evolution Observatory by means of a three-dimensional physically-based hydrologic model. Hydrol. Earth Syst. Sci. Discuss. 10, 12615-12641 (2013).
  30. Marteinsson, V., et al. Microbial colonization in diverse surface soil types in Surtsey and diversity analysis of its subsurface microbiota. Biogeosciences. 12, 1191-1203 (2015).
  31. Orcutt, B. N., Sylvan, J. B., Rogers, D. R., Delaney, J., Lee, R. W., Girguis, P. R. Carbon fixation by basalt-hosted microbial communities. Front. Microbiol. 6, 00904 (2015).
  32. Wu, L., Jacobson, A. D., Chen, H. C., Hausner, M. Characterization of elemental release during microbe-basalt interactions at T=28°C. Geochim. Cosmochim. Acta. 71, 2224-2239 (2007).

Yeniden Basımlar ve İzinler

Bu JoVE makalesinin metnini veya resimlerini yeniden kullanma izni talebi

Izin talebi

Daha Fazla Makale Keşfet

evre BilimleriSay 115jeokimyahidrolojik ak ge i yollar salmapeyzaj evrimmikrobiyal e itlilikmekansal heterojenlikLizimetre

This article has been published

Video Coming Soon

JoVE Logo

Gizlilik

Kullanım Şartları

İlkeler

Araştırma

Eğitim

JoVE Hakkında

Telif Hakkı © 2020 MyJove Corporation. Tüm hakları saklıdır