Bu içeriği görüntülemek için JoVE aboneliği gereklidir. Oturum açın veya ücretsiz deneme sürümünü başlatın.
Method Article
Burada, kantitatif gerçek zamanlı ters transkripsiyon polimeraz zincir reaksiyonu kullanarak sıçan peritoneal membranda mikroRNA ekspresyonunun saptanması için bir protokol sunuyoruz. Bu yöntem, çeşitli patolojik koşullardaki sıçan peritoneal membrandaki mikroRNA ekspresyon profilini incelemek için uygundur.
Mikro RNA'lar (miRNA'lar), transkripsiyonel olarak haberci RNA ekspresyonunu düzenleyen küçük kod çözücü olmayan RNA'lardır. Sıçanlardaki çeşitli organ ve dokulardaki miRNA ekspresyon profili araştırılmıştır. Bununla birlikte, miRNA'ların saflaştırılması ve fare peritoneal membrandaki ekspresyonlarının saptanması için standart yöntemler iyi belirlenmemiştir. Rat peritoneal membranda kantitatif gerçek zamanlı ters transkripsiyon polimeraz zincir reaksiyonu (qRT-PCR) kullanarak miRNA'ları arındırmak ve ölçmek için etkili ve güvenilir bir yöntem geliştirdik. Bu protokol dört aşamadan oluşur: 1) peritoneal membran numunesinin saflaştırılması; 2) peritoneal membran örneğinden miRNA da dahil olmak üzere toplam RNA'nın saflaştırılması; 3) cDNA üretmek için miRNA'nın ters transkripsiyonu; Ve 4) miRNA ekspresyonunu saptamak için qRT-PCR. Bu protokolü kullanarak altı miRNA (miRNA-142-3p, miRNA-21-5p, miRNA-221-3p, miRNA-223-3p, miRNA-327 ve miRNA-34a-5p) ekspresyonunun arttığını başarıyla tespit ettikSıçan peritoneal fibroz modelinin peritoneal zarında kontrol gruplarına kıyasla belirgin olarak anlamlı bir farklılık göstermedi. Bu protokol, birçok patolojik koşulda sıçanların peritoneal zarındaki miRNA ekspresyon profilini incelemek için kullanılabilir.
Mikro RNA'lar (miRNA'lar), haberci RNA (mRNA) ekspresyonunu transkripsiyonel olarak düzenleyen kısa, kodlamayan RNA'lardır. MiRNA'ların ekspresyonundaki değişiklikler, kanser, inflamasyon, metabolik bozukluklar ve fibroz 2 , 3 , 4 , 5 , 6 , 7 , 8 dahil olmak üzere çeşitli patolojik koşullarda önemli rol oynayan birçok mRNA'nın ekspresyonunu düzenler. Bu nedenle, miRNA'lar yeni biyolojik belirteçler ve terapötik hedefler olarak potansiyele sahiptir 2 , 3 , 4 , 5 , 6 , 7 , 8 . MiRNA ifade profili, çeşitli sıçanlardaKaraciğer, kalp, akciğer ve böbrek dahil olmak üzere organ ve dokular 9 . Bununla birlikte, sıçan peritoneal membrandaki miRNA'ların saflaştırılması ve bulgulanması için standart yöntemler iyi belirlenmemiştir.
Bu protokolün genel amacı sıçan periton zarında bulunan miRNA'ları başarılı bir şekilde arındırmak ve tespit etmektir. İlk önce, bir cam homojenleştirici kullanılarak periton zar numunesi homojenleştirildi ve ardından bir mikrosantrifüj spin kolonu 10'da bir biyopolimer parçalama sistemine maruz bırakıldı. Daha sonra, miRNA da dahil olmak üzere toplam RNA, bir silika-zar-esaslı döndürme kolonu 10 kullanılarak peritoneal membran örneğinden saflaştırılmıştır. Ardından, cDNA, ters transkriptaz, poli (A) polimeraz ve oligo-dT primer 11 kullanılarak saflaştırılmış toplam RNA'dan sentezlendi. Sonunda, miRNA ifadesi bir interkalasyon boya 11 kullanılarak qRT-PCR ile belirlendi. Bu protokolün mantığı bDokulardaki miRNA'yı basit bir işlem 8 , 10 , 11 ile belirgin saflaştırma ve saptamayı gösteren önceki çalışmalara dayandırılmıştır. Mikro santrifüj spin kolonu ve silis-membran tabanlı spin sütununda bir biyopolimer parçalama sisteminin kullanılmasının dokulardan 10 yüksek kaliteli toplam RNA'yı arındırabildiği bildirilmiştir. Ters transkriptaz, poli (A) polimeraz ve oligo-dT primer kullanılarak saflaştırılmış toplam RNA'dan cDNA sentezleme yöntemi ve bu protokolde interkalasyon boyası kullanılarak qRT-PCR ile miRNA ekspresyonunu saptama yöntemi, yüksek doğruluk ve Duyarlılık 11 . Buna ek olarak, bu zaman kazandıran ve teknik hatayı önleyen basit bir işlemdir. Bu nedenle, bu protokol, geniş bir patolojik koşul aralığında sıçan peritoneal membranda yüksek oranda hassas ve hassas bir şekilde tespit edilmesini gerektiren çalışmalarda yararlıdır.
Tüm hayvan deney protokolleri, Jichi Tıp Üniversitesi hayvan etiği komitesi tarafından onaylanmış ve Jichi Tıp Üniversitesi Laboratuar Hayvanları Kılavuzu'ndan Deneysel Hayvanlar Kullanımının ve Bakımının yönergelerine uygun olarak gerçekleştirilmiştir.
1. Periton Numune Toplama
2. Peritoneal Membran Numunelerindeki toplam RNA'ların saflaştırılması
NOT: Burada, 20 mg ağırlığındaki peritoneal membran numuneleri bir cam homojenleştirici ve bir biyo-polimer parçalama sistemi kullanılarak bir mikro santrifüj spin sütununda homojenize edilir. Ardından, peritoneal membran örneğinden alınan toplam RNA bir silika-membran tabanlı dönme kolonu kullanılarak izole edilir.
3. Total RNA'nın Tersine Dökülmesi
NOT: Kantitatif Gerçek Zamanlı PCR Exper'in Yayınlanması için Asgari Bilgiye Referans ve Uyum(MIQE) yönergeleri daha iyi uygulama imkânı tanır ve güvenilir ve net sonuçlar elde etmede yardımcı olur 12 .
NOT: Burada, toplam 1.0 μg izole RNA ters transkriptaz, poli (A) polimeraz ve oligo-dT primer kullanılarak ters transkribe edilmiştir.
4. miRNA'nın qRT-PCR
NOT: miRNA'nın qRT-PCR'si interkalasyon boyası kullanılarak gerçekleştirilir. Burada, RNA, U6 küçük nükleer 2 (RNU6-2), miRNA-142-3p, miRNA-21-5p, miRNA-221-3p, miRNA-223-3p, miRNA-327 ve miRNA-34a-5p için primerler kullanılmış.
Burada sunulan sonuçlar daha önce bildirilen çalışmamıza 8 dayanır. Peritoneal fibrozda miRNA ekspresyon profilini araştırdık. Peritoneal fibroz peritoneal diyalizde önemli bir komplikasyondur. Mezotel hücre tek tabaka kaybı ve aşırı hücre birimi matris bileşenleri birikimi ile karakterizedir ve peritoneal membran başarısızlığı 14 , 15 ile ilişkilidir. Peritoneal bir fibrozis sıç...
Bu el yazmasında sunulan protokol kullanılarak sıçan peritoneal zardaki miRNA'lar başarılı bir şekilde saflaştırıldı ve qRT-PCR kullanılarak tespit edildi. QRT-PCR veri analizinin güvenilirliği, saflaştırılmış miRNA'ların kalitesine bağlıdır. Dolayısıyla, miRNA'ların saflığı, bir spektrofotometre kullanılarak ölçülebilen 260 nm'de absorbansa 280 nm'de absorbansa oranla qRT-PCR'den önce kontrol edilebilir. MiRNA'nın anlamlı amplifikasyonu qRT-PCR kullanıla...
Yazarlar çıkar çatışmalarının olmadığını açıkladılar.
Mükemmel teknik desteği için Miyako Shigeta'ya teşekkür etmek isteriz. Bu çalışma kısmen JSPS KAKENHI tarafından desteklenmiştir (hibe numarası 25461252).
Name | Company | Catalog Number | Comments |
QIA shredder | Qiagen | 79654 | biopolymer-shredding system in a micro centrifuge spin-column |
miRNeasy Mini kit | Qiagen | 217004 | silica-membrane based spin column |
QIAzol Lysis Reagent | Qiagen | 79306 | phenol/guanidine-based lysis reagent |
Buffer RLT | Qiagen | 79216 | wash buffer 1 |
Buffer RWT | Qiagen | 1067933 | wash buffer 2 |
miScript II RT kit | Qiagen | 218161 | includes 10× Nucleics Mix containing deoxynucleotides, ribonucleotide triphosphates, and oligo-dT primers; miScript Reverse Transcriptase Mix containing poly(A) polymerase and reverse transcriptase and; miScript HiSpec buffer |
miScript SYBR Green PCR kit | Qiagen | 218073 | includes QuantiTect SYBR Green PCR Master Mix and miScript Universal Primer |
RNU6-2 primer | Qiagen | MS00033740 | not disclosed |
miRNA-142-3p primer | Qiagen | MS00031451 | 5'-UGUAGUGUUUCC UACUUUAUGGA-3' |
miRNA-21-5p primer | Qiagen | MS00009079 | 5'-UAGCUUAUCAG ACUGAUGUUGA-3' |
miRNA-221-3p primer | Qiagen | MS00003857 | 5'-AGCUACAUUGU CUGCUGGGUUUC-3' |
miRNA-223-3p primer | Qiagen | MS00033320 | 5'-UGUCAGUUUG UCAAAUACCCC-3' |
miRNA-34a-5p primer | Qiagen | MS00003318 | 5'-UGGCAGUGUCU UAGCUGGUUGU-3' |
miRNA-327 primer | Qiagen | MS00000805 | 5'-CCUUGAGGGG CAUGAGGGU-3' |
MicroAmp Optical 96 well reaction plate for qRT-PCR | Thermo Fisher Scientific | 4316813 | 96-well reaction plate |
MicroAmp Optical Adhesive Film | Thermo Fisher Scientific | 4311971 | adhesive film for 96-well reaction plate |
QuantStudio 12K Flex Flex Real-Time PCR system | Thermo Fisher Scientific | 4472380 | real-time PCR instrument |
QuantStudio 12K Flex Software version 1.2.1. | Thermo Fisher Scientific | 4472380 | real-time PCR instrument software |
methylglyoxal | Sigma-Aldrich | M0252 | |
Midperic | Terumo | not assign | peritoneal dialysis fluid |
Sprague–Dawley rats | SLC | not assign |
Bu JoVE makalesinin metnini veya resimlerini yeniden kullanma izni talebi
Izin talebiThis article has been published
Video Coming Soon
JoVE Hakkında
Telif Hakkı © 2020 MyJove Corporation. Tüm hakları saklıdır