Formaldehit çapraz bağlı C.Elegans örneklerinin 90 ila 120 mikrolitresini bir polistiren sonikasyon tüpüne karıştırarak ve alikolayarak başlayın. 2X deterjan içeren eşit hacimde yeniden süspansiyon tamponu ekleyin. Yedi dakika boyunca bir su banyosu sonikatöründe sonicate.
Numuneyi pipetleme ile nazikçe karıştırın ve sonikasyonu yedi dakika daha tekrarlayın. Bittiğinde, sonikasyonlu lizatı 1.5 mililitrelik bir tüpe aktarın. Deterjan içermeyen yarım hacimde yeniden süspansiyon tamponu ekleyin.
Dört santigrat derecede 15 dakika boyunca 13.000 G'de santrifüjlemeden sonra, lizat süpernatanı dört parçaya bölün. Giriş lizat kısmını eksi 20 santigrat derecede 1,5 mililitrelik bir tüpte saklayın. Uygun immünopresipitasyon veya IP örneğine 0.5 mikrogram anti-H3K9 trimetilasyon, anti-histon H3 veya IgG ekleyin.
Reaksiyonu gece boyunca dört santigrat derecede döndürme ile inkübe edin. Ertesi gün, 1.5 mililitrelik bir tüpte IP numunesi başına dokuz mikrolitre protein G kaplı manyetik boncuk alikotlayın. Bir mililitre FA-150 ile iki yıkamadan sonra, FA-150 tamponundaki manyetik boncukları tekrar süspanse edin.
Tamamlandığında, tüpleri rotasyonla iki saat boyunca dört santigrat derecede inkübe etmeden önce her IP antikor karışımına 7.5 mikrolitre manyetik boncuk süspansiyonu ekleyin. Daha sonra, her bir tampon çözeltisinden en az 200 mikrolitre kullanarak manyetik boncukları yedi kez yıkayın. Yıkamayı aspire etmek için boncukları manyetik bir stand üzerinde toplamadan önce her yıkamayı dört santigrat derecede beş dakika boyunca döndürerek inkübe edin.
Tamponun son yıkamasını aspire ettikten sonra, manyetik boncukları 50 mikrolitre kromatin IP elüsyon tamponunda yeniden süspanse edin ve 1.5 mililitrelik bir tüpe aktarın. Numuneyi bir ThermoMixer'da ayrıştırdıktan sonra, boncukları manyetik bir stand üzerinde toplayın ve süpernatanı yeni bir tüpe aktarın. Elüsyonu başka bir 50 mikrolitre kromatin immünopresipitasyon elüsyon tamponu ile tekrarlayın.
Bittiğinde, ters çapraz bağlama ve DNA elüsyonuna geçmeden önce toplam 100 mikrolitre süpernatan çekin.
