Metan-oksijen karşı gradyanında metanotrof yetiştirmek için agaroz tabanlı model ekosistem

Laboratuvarda metan oksitleyici bakterileri yetiştirmek için doğal ortama daha çok benzeyen basit ve ucuz bir yol tasarlamak istedik. Bunu, standart laboratuvar kültürü koşullarında eksik olan bakteri fenotiplerini ortaya çıkarmak ve nihayetinde bu fenotipleri genetik belirleyicilerine bağlamak için yapmak istedik. Gradyan şırınga, bir metan-oksijen karşı gradyanında metanotrofları kültürlemek için daha önce açıklanan yöntemlerin basitleştirilmiş versiyonudur.

Bu yöntem, birden fazla kopyanın paralel olarak çalıştırılmasına izin veren sürekli gaz substrat akışları gerektirmez. Ayrıca agaroz içinde kültürlenen bakteriler üzerinde doğrudan biyokimyasal analizler de yapabiliriz. Araştırmacıların bakteri genom dizilerine neredeyse sınırsız erişimi var, ancak tüm bu bilgileri bir bağlama oturtmak hala zor.

Bulgularımız, bireysel genlerin rolünü daha iyi anlamak için bir bakterinin evrimleştiği ortamı göz önünde bulundurmanın kritik olduğunu göstermektedir. Metanotrofların metan-oksijen karşı gradyanı içindeki konumlarına nasıl tepki verdiği hakkında daha fazla bilgi edinmek için karşılaştırmalı metabolomik ve proteomik gibi teknikler kullanmayı planlıyoruz. Ayrıca, uzamsal olarak çözülmüş bir bağlamda nasıl etkileşime girdiklerini görmek için aynı gradyan şırıngada birden fazla suşu kültürleme planlarımız var.