Bu çalışma Ulusal Bilim Vakfı KARİYER Ödülü (0953583) ve Sağlık NCI / R21-CA116102 Ulusal Enstitüsü NCI / R21-CA125088, NIBIB / R01-EB012065, NCI / R01-CA157766 tarafından desteklenmiştir.

Bu protokol, tek bir oligonükleotid (RBMB1) bir CF640R muhabir boya 5&#39;-ucunda etiketlenmiştir ve aşağıdaki diziye sahiptir: 5&#39;-mCmUmUmC mGmUmC mCmAmC mamama mCmAmC mAmAmC mUmCmC mU mGmAmAmG mGmAmC mGmGmC mAmGmC mGmUmG mCmAmG mCmUmC mUmU-3 &#39;. Saç tokası yapısının oluşumunu tahrik Öz-tamamlayıcı etki, cesur vardır. İkinci oligonükleotid (RBMB2) bir Iowa Siyah RQ-Sp söndürücü ile 3&#39;-ucunda etiketlenmiştir ve sekansına sahiptir: 5&#39;-mGmAmG mCmUmG mCmAmC mGmCmU mGmCmC mGmUmC-3 &#39;. RBMBs hazırlanması 1. <ol><li> RBMB1 ve RBMB2 oligonükleotidleri içeren bu tüplerin hızlı bir spin gerçekleştirme kurutuldu, oligonükleotid 100 uM&#39;lik bir son konsantrasyon elde DNase ve RNase-içermeyen su içinde tüpünün dibine ve tekrar süspansiyon olduğundan emin olmak için. Örneğin, oligonükleotidin 10 nmol numune su içinde yeniden süspanse 100 ul olmalıdır. </li><li> Ölçümure, UV-vis spektroskopi ile RBMB1 ve RBMB2 stok numuneleri tesisinin konsantrasyonu. <ol><li> Bir mikrosantrifüj tüpü içinde (kalsiyum ve magnezyum olmadan) 117 ul DPBS RBMB numunenin 3 ul karıştırın. </li><li> DPBS Boş spektrofotometre ve 200-800 nm absorbans ölçümü. Not: Tepe 260 nm&#39;de absorbans 650 nm görülebilir olmalıdır. </li><li> Aşağıdaki denklem kullanılarak, 260 nm&#39;de (ve RBMB1 için 650 nm) &#39;de abzorbans göre RBMB numunelerin stok konsantrasyonu hesaplanır: Stok Konsantrasyon (M) A 260 260 nm&#39;de absorbans ve seyreltme faktörü 40 olan A 260 * seyreltme faktörü / söndürme katsayısı =. Not: RBMB için söndürme katsayısı oligonükleotid üreticisi tarafından sağlanan özellikler sayfasında bulunabilir. 650 nm&#39;de CF640R söndürme katsayısının 103,000 olan. </li></ol></li><li> 100 uM RBMB1 20 ul, 100 uM RBMB2 30 ul, karışım, 6 ul 10xFosfat tamponu (10x fosfat tampon çözeltisi: 480 mM K 2 HPO 4, 45 mM KH 2 PO 4, 140 mM NaH 2 PO 4, pH 7.2) ve 4 ul DNase ve RNase-barındırmayan su bulunmaktadır. 30 dakika boyunca oda sıcaklığında inkübe karışımı. Not: Bu, yaklaşık olarak 50 çalışmaları için yeterlidir. </li><li> Herhangi bir melezleşmemiş RBMB2 oligonükleotidleri kaldırmak hazırlık derecesindeki Superdex 75 kullanılarak bir sıvı kromatografi sütunu hazırlayın. Karma probların küçük hacimli saflaştırmak için bir ~ 4 ml yatak hacmi ile 8 mL (0.7 x 20 cm), sıvı kromatografi sütunu kullanın. </li><li> Yıkama, 0.6 ml / dk bir akış oranında bir akış hızında çalışan bir şırınga pompası kullanılarak ~ 1x fosfat tamponu, 50 ml Superdex dengelenmesi ve. Sıvının tümü yatak hacimli girmeden önce, şırınga pompası durdurmak ayırmak ve geriye kalan sıvı yerçekimi ile sütun geçelim. </li><li> Kromatografi kolonuna RBMB karışımı (60 ul) yükleyin. <ol><li> RBMB örnek tamamen sahiptir sonrayatak girdi yavaşça bütün örnek tamamen sütun girdiğini sağlamak için yatağın üst 1x fosfat tampon başka bir 250 ul. </li><li> 1x fosfat tampon maddesi ile jant sütunu doldurun. Üst kapatın ve şırınga pompası başlamak - şırınga ile doldurulmalıdır ~ 50 ml PBS 1x ve 0.6 ml / dk bir akış hızında gerçekleştirilmiştir. </li><li> RBMB sütunun alt yaklaştığında kere - RBMB numunesi tipik kolayca probu içerisine dahil boyanın rengine bağlı olarak görselleştirilebilir - mikrosantrifüj tüpü başına 2 damla (1.5 mi) akış yoluyla toplayın. Mikrosantrifüj tüpleri içinde renk açık hale geldikten sonra bir numunenin alınması durdurun. </li></ol></li><li> Genellikle 5-6 tüpleri - - renkli RBMB örneği içeren tüpler birleştirin ve bir santrifüj filtre cihazı (10.000 MW kesme) yüklenemedi. 20 dakika boyunca ya da istenen hacme kadar 10000 RCF santrifüjleyin. Not: Bu hızları ve süreleri, tipik~ 30 ul&#39;lik nihai bir hacim elde edildi. </li><li> UV-Vis spektroskopisi yoluyla saflaştırılmış RBMB numunenin tam konsantrasyonu ölçümü. <ol><li> Konsantre RBMB numunenin 3 ul alın ve bir mikrosantrifüj tüp içinde 117 ul DPBS ile karıştırın. </li><li> DPBS Boş spektrofotometre ve 200-800 nm absorbans ölçümü. Not: Tepe 260 nm&#39;de absorbans 650 nm görülebilir olmalıdır. </li><li> Aşağıdaki denklem kullanılarak, 650 nm&#39;de absorbans göre melezleştirilmiş RBMB stok konsantrasyonu hesaplanır: Hazır Konsantrasyon (M) bir 650 650 nm&#39;de emicilik olan bir 650 x seyreltme faktörü / sönmüş katsayısı = seyreltme faktörü 40&#39;tır. Not: 650nm de CF640R için yok olma katsayısı 103,000 ve Iowa siyah RQ söndürme katsayısının ~ 20000. Söndürme katsayısı katkı maddesi olan ve melezleştirmeyi duyarlı değildir. Bu nedenle, örnek stok RBMB approximatel birleştirilmiş bir sönüm katsayısının650 nm&#39;de Y 123,000. </li></ol></li><li> Gelecekte kullanılmak üzere -20 ° C&#39;de adı ve konsantrasyon ve mağaza ile uygun tüp etiketleyin. </li></ol> 8 oyuklu odacıklı coverglass Kaplı poli-D-lisin 2. Hazırlık <ol><li> Steril bir ortamda sterilize edilmiş 25 ml su içinde Poly-D-lisin (liyofilize edilmiş tozu, G-irradyasyona maruz bırakılmış), 5 mg çözülmesiyle poli-D-lizin, 0.2 mg / ml çözelti hazırlayın. </li><li> Steril bir ortamda bir 8 oyuklu odacıklı coverglass her çukuruna 0.2 mg / mL poli-D-lisin çözeltisinin 200 ul ilave edin. </li><li> Hücre kültürü kaputu 16-18 saat boyunca oda sıcaklığında inkübe edilir. </li><li> Poli-D-lisin aspire ve steril damıtılmış su ile oyuk 3 kez yıkayın. Not: Kaplanmış bölmeli lamlar 4 ° C&#39;de saklanabilir. </li></ol> 3. Probe Teslimat Not: en az 4 ardışık olarak bağlanan RNA eksprese eden bir entegre bir gen yapısını içermelidir ikinci hücre sistemini3&#39;-tercüme edilmemiş bölge (UTR) için siteler RBMB ing. Hedef sekansları, RBMB uzanımına göre tamamlayıcı olmalıdır. Bir negatif kontrol olarak, aynı hücre çizgisi, aynı gen yapısını ifade etmek için tavsiye fakat birbiri ardına dizilmiş tekrar temin etmemektedir. Bu protokol, insan fiberli sarkoma hücre çizgisi, HT1080, 3&#39;-UTR RBMB hedef dizinin 96 tandem tekrarı ile GFP RNA&#39;yı ifade etmek için üretilmiştir. Kontrol hücre çizgisi, vahşi tip GFP RNA&#39;yı ifade etmek için üretilmiştir. <ol><li> Bir gün sonda teslimattan önce% 40-50 confluency bir T25 şişesi Levha hücreleri. Kültür,% 1 pen / strep,% 10 fetal sığır serumu (FBS) ile desteklenmiş DMEM ortamı, hücreleri, ve% 5 CO2 ile 37 ° C&#39;de inkübe edin. </li><li> Ertesi gün, microporator açın ve 950 V, 2 bakliyat, 25 msn mikrogözeneklendirme parametrelerini ayarlamak. Bu parametreler, HT1080 hücreler için optimize edilmiştir, ancak bağımlı hücre tipidir ve adjus olabilir: Notted diğer hücre türleri için üreticinin talimatlarına açıklandığı gibi. </li><li> 4 mi elektrolitik tamponu ile gözeneklendirilmesinde tüp doldurun ve gözeneklendirme istasyonu üzerine yerleştirin. </li><li> Saflaştırılmış RBMB stok örnek çıkarın ve buzunu. 1x fosfat tampon maddesi ile 12 uM&#39;lik nihai bir konsantrasyona kadar birkaç mikrolitre seyreltin. 1 ul her mikroporasyonu için gereklidir. </li><li> Pipet FBS ile, ancak bir mikrosantrifüj tüpü içine, antibiyotikler olmaksızın kültür ortamı 1 mi. Not: Bu sefer olmak için, mikrogözeneklendirme cihazın yakınında, mikroporasyonu hemen sonra hücrelerin askıya kullanılacak ve kenara olabilir. Kültür ortamında antibiyotik dahil mikroporasyonu sonra hücre canlılığını azaltır. </li><li> Bir kere 1 mi Ca 2 + 2 + ve Mg-free DPBS Hücreleri yıkamak, işlenmiş HT1080 hücreler (% 60-80 ortak akışlı) hücre kültür ortamını çıkarın ve 1-2 dakika boyunca 1 ml tripsin ile inkübe edin. </li><li> Trypsinizatio durdurunantibiyotik ve fenol kırmızısı olmaksızın,% 10 fetal sığır serumu ile takviye edilmiş 1 mi DMEM ortamı, ekleme ve iki adet 1.5 ml mikrosantrifüj tüpleri içine hücreleri aktarırlar: n. </li><li> 5 dakika boyunca 200 x g&#39;de mikrosantrifüj tüpü içinde hücreleri aşağı dönerler. Süpernatan, tekrar süspansiyon çıkarın ve 1 ml DPBS nihai hacimde hücre pelletleri birleştirir. </li><li> Iyi karıştırılmış hücre süspansiyonundan 10 ul ve al hücreleri sayın. </li><li> Emin onlar da dağılır yapmak ve yeni bir 1.5 ml mikrosantrifüj tüp içine DPBS ile 300.000 hücreleri aktarmak ve 5 dakika boyunca 200 xg&#39;de spin yukarı ve aşağı birkaç kez hücreleri pipetle. </li><li> Hücre pelet rahatsız etmemek için dikkatli olmak, süpernatantı. Hücreler, disperse olmasını sağlamak için 11 ul resüspansiyon tamponu ve pipet ve aşağı yukarı birkaç kez pelletini. Herhangi bir hava kabarcıkları üretmek için değil emin olun. Not: Hava kabarcıkları mikroporasyonu sırasında bir kıvılcıma yol ve fakir RBMB teslimat ve hücre ölümüne neden olur. </li><li> Seyreltilmiş RBMB (12 mM) 1 ul ekleyin ve pipetleme ve birkaç kez aşağı iyice karıştırın. Yine herhangi bir hava kabarcıkları üretmek için dikkatli olun. </li><li> Aspire RBMB-hücre karışımı, 10 ul, mikro-gözeneklendirmeden pipet kullanılarak ve mikro-gözeneklendirmeden tüp içine pipet yerleştirin. Gözeneklendirilmesinin başlatmak için start düğmesine basın. Not: ucunda hiçbir görünür hava kabarcığı olmalıdır. </li><li> Microporator ekran tamamlanmasını gösterdiğinde, FBS&#39;li ancak antibiyotik olmadan 1 ml kültür ortamı ile, daha önce hazırlanan mikrosantrifüj tüpe 10 ul karışımı sınırdışı istasyonundan pipet kaldırmak. Tüp yan-yan birkaç kez sallanan hafifçe karıştırın. </li><li> 5 dakika boyunca 200 xg&#39;de hücreleri Spin ve hücrelere verilebilir değil bir RBMBs kaldırmak için FBS ile antibiyotikler olmadan 1 mi fenol kırmızı içermeyen kültür ortamı içinde hücreleri iki kere yıkayın. FBS ile ancak olmadan 400 ul fenol kırmızı içermeyen kültür ortamı ile yeniden süspanseantibiyotikler. </li><li> Plaka oyuk başına ya da istenen birbirine karıştığında, 200 ul 8 oyuklu odacıklı coverglass kaplanmış poli-D-lisin içine microporated hücreleri. </li><li> İsteğe bağlı: bu çekirdeği görüntüye arzu edilir ise, 0.01 mg / ml &#39;lik bir nihai konsantrasyonda, hücrelere Hoescht 33342 ekleyin. </li><li> Bir hücre kültür inkübatör içine odacıklı coverglass yerleştirin. Hücreler coverglass yüzeyinde yerleşmek için yeterli zaman var, böylece önce görüntüleme 1-2 saat inkübe hücreleri. Not: Görüntüleme 30 dakika sonra mikroporasyonu kısa sürede gerçekleştirilebilir. </li></ol> 4. Görüntü Alma <ol><li> Canlı hücre aşamada üst kuluçka sisteminde açın ve 37 ° C,% 5 CO 2 ve% 75 nem ulaşıncaya kadar dengelenmeye. </li><li> Mikroskop ve floresan ışık kaynağı açın ve Metamorph yazılımını açın. Not: mikroskop kontrolü ve görüntü alımı için diğer benzer yazılım paketleri de kullanılabilir. </li><li> Için İmmersol yağı sürünhedefi. </li><li> Canlı hücre aşamada üst inkübasyon sistemine microporated hücreleri ile odacıklı coverglass aktarın. Sıcaklığına kadar sahne üst sistemini inkübe ve CO 2 düzeyleri stabilize edilir. </li><li> Metamorph yazılım, Edinme sekmesini açın. , Alanı bulmak için Show Canlı düğmesini tıklatın beyaz ışık altında odağı ayarlamak ve Stop Live düğmesini tıklatın. </li><li> Edinme sekmesinde, tıklayın ve dere satın alma pop-up düğme açın ve istenen film satın parametrelerini ayarlamak. Cy5 / CF640R filtre kullanarak 150 kare Edinme ve sabit diskinize kaydedin. </li></ol>

<ol>
	<li>Tyagi, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Imaging+intracellular+RNA+distribution+and+dynamics+in+living+cells.">Imaging intracellular RNA distribution and dynamics in living cells.</a> Nat Methods. 6 (5), 331-338 (2009).</li><li>Bertrand, E., Chartrand, P., Schaefer, M., Shenoy, S. M., Singer, R. H., Long, R. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Localization+of+ASH1+mRNA+particles+in+living+yeast.">Localization of ASH1 mRNA particles in living yeast.</a> Mol Cell. 2 (4), 437-445 (1998).</li><li>Dictenberg, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genetic+encoding+of+fluorescent+RNA+ensures+a+bright+future+for+visualizing+nucleic+acid+dynamics.">Genetic encoding of fluorescent RNA ensures a bright future for visualizing nucleic acid dynamics.</a> Trends Biotechnol. 30 (12), 621-626 (2012).</li><li>Chubb, J. R., Trcek, T., Shenoy, S. M., Singer, R. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transcriptional+pulsing+of+a+developmental+gene.">Transcriptional pulsing of a developmental gene.</a> Curr Biol. 16 (10), 1018-1025 (2006).</li><li>Muramoto, T., Cannon, D., Gierlinski, M., Corrigan, A., Barton, G. J., Chubb, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Live+imaging+of+nascent+RNA+dynamics+reveals+distinct+types+of+transcriptional+pulse+regulation.">Live imaging of nascent RNA dynamics reveals distinct types of transcriptional pulse regulation.</a> Proc Natl Acad Sci USA. 109 (19), 7350-7355 (2012).</li><li>Ewers, H., Smith, A. E., Sbalzarini, I. F., Lilie, H., Koumoutsakos, P., Helenius, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single-particle+tracking+of+murine+polyoma+virus-like+particles+on+live+cells+and+artificial+membranes.">Single-particle tracking of murine polyoma virus-like particles on live cells and artificial membranes.</a> Proc Natl Acad Sci USA. 102 (42), 15110-15115 (2005).</li><li>Forrest, K. M., Gavis, E. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Live+imaging+of+endogenous+RNA+reveals+a+diffusion+and+entrapment+mechanism+for+nanos+mRNA+localization+in+Drosophila.">Live imaging of endogenous RNA reveals a diffusion and entrapment mechanism for nanos mRNA localization in Drosophila.</a> Curr Biol. 13 (14), 1159-1168 (2003).</li><li>Weil, T. T., Forrest, K. M., Gavis, E. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Localization+of+bicoid+mRNA+in+late+oocytes+is+maintained+by+continual+active+transport.">Localization of bicoid mRNA in late oocytes is maintained by continual active transport.</a> Dev Cell. 11 (2), 251-262 (2006).</li><li>Yamagishi, M., Ishihama, Y., Shirasaki, Y., Kurama, H., Funatsu, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single-molecule+imaging+of+beta-actin+mRNAs+in+the+cytoplasm+of+a+living+cell.">Single-molecule imaging of beta-actin mRNAs in the cytoplasm of a living cell.</a> Exp Cell Res. 315 (7), 1142-1147 (2009).</li><li>Fusco, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single+mRNA+molecules+demonstrate+probabilistic+movement+in+living+mammalian+cells.">Single mRNA molecules demonstrate probabilistic movement in living mammalian cells.</a> Curr Biol. 13 (2), 161-167 (2003).</li><li>Ozawa, T., Natori, Y., Sato, M., Umezawa, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Imaging+dynamics+of+endogenous+mitochondrial+RNA+in+single+living+cells.">Imaging dynamics of endogenous mitochondrial RNA in single living cells.</a> Nat Methods. 4 (5), 413-419 (2007).</li><li>Daigle, N., Ellenberg, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=LambdaN-GFP:+an+RNA+reporter+system+for+live-cell+imaging.">LambdaN-GFP: an RNA reporter system for live-cell imaging.</a> Nat Methods. 4 (8), 633-636 (2007).</li><li>Bogaard, P. T., Tyagi, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Using+molecular+beacons+to+study+dispersal+of+mRNPs+from+the+gene+locus.">Using molecular beacons to study dispersal of mRNPs from the gene locus.</a> Methods Mol Biol. 464, 91-103 (2009).</li><li>Vargas, D. Y., Raj, A., Marras, S. A., Kramer, F. R., Tyagi, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mechanism+of+mRNA+transport+in+the+nucleus.">Mechanism of mRNA transport in the nucleus.</a> Proc Natl Acad Sci USA. 102 (47), 17008-17013 (2005).</li><li>Chen, A. K., Davydenko, O., Behlke, M. A., Tsourkas, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ratiometric+bimolecular+beacons+for+the+sensitive+detection+of+RNA+in+single+living+cells.">Ratiometric bimolecular beacons for the sensitive detection of RNA in single living cells.</a> Nucleic Acids Res. 38 (14), e148 (2010).</li><li>Zhang, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantitative+assessment+of+ratiometric+bimolecular+beacons+as+a+tool+for+imaging+single+engineered+RNA+transcripts+and+measuring+gene+expression+in+living+cells.">Quantitative assessment of ratiometric bimolecular beacons as a tool for imaging single engineered RNA transcripts and measuring gene expression in living cells.</a> Nucleic Acids Res. , (2013).</li><li>Tsourkas, A., Behlke, M. A., Bao, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Structure-function+relationships+of+shared-stem+and+conventional+molecular+beacons.">Structure-function relationships of shared-stem and conventional molecular beacons.</a> Nucleic Acids Res. 30 (19), 4208-4215 (2002).</li><li>Tsourkas, A., Behlke, M. A., Rose, S. D., Bao, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Hybridization+kinetics+and+thermodynamics+of+molecular+beacons.">Hybridization kinetics and thermodynamics of molecular beacons.</a> Nucleic Acids Res. 31 (4), 1319-1330 (2003).</li><li>Bao, G., Rhee, W. J., Tsourkas, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fluorescent+probes+for+live-cell+RNA+detection.">Fluorescent probes for live-cell RNA detection.</a> Annu Rev Biomed Eng. 11, 25-47 (2009).</li><li>Zuker, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mfold+web+server+for+nucleic+acid+folding+and+hybridization+prediction.">Mfold web server for nucleic acid folding and hybridization prediction.</a> Nucleic Acids Res. 31 (13), 3406-3415 (2003).</li><li>Chen, A. K., Behlke, M. A., Tsourkas, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Efficient+cytosolic+delivery+of+molecular+beacon+conjugates+and+flow+cytometric+analysis+of+target+RNA.">Efficient cytosolic delivery of molecular beacon conjugates and flow cytometric analysis of target RNA.</a> Nucleic Acids Res. 36 (12), e69 (2008).</li><li>Zhang, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantitative+assessment+of+ratiometric+bimolecular+beacons+as+a+tool+for+imaging+single+engineered+RNA+transcripts+and+measuring+gene+expression+in+living+cells.">Quantitative assessment of ratiometric bimolecular beacons as a tool for imaging single engineered RNA transcripts and measuring gene expression in living cells.</a> Nucleic Acids Res. 41 (15), e152 (2013).</li><li>Ainger, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transport+and+localization+of+exogenous+myelin+basic+protein+mRNA+microinjected+into+oligodendrocytes.">Transport and localization of exogenous myelin basic protein mRNA microinjected into oligodendrocytes.</a> J Cell Biol. 123 (2), 431-441 (1993).</li><li>Weil, T. T., Parton, R. M., Davis, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Making+the+message+clear:+visualizing+mRNA+localization.">Making the message clear: visualizing mRNA localization.</a> Trends Cell Biol. 20 (7), 380-390 (2010).</li><li>Paige, J. S., Wu, K. Y., Jaffrey, S. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RNA+mimics+of+green+fluorescent+protein.">RNA mimics of green fluorescent protein.</a> Science. 333 (6042), 642-646 (2011).</li><li>Rackham, O., Brown, C. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Visualization+of+RNA-protein+interactions+in+living+cells:+FMRP+and+IMP1+interact+on+mRNAs.">Visualization of RNA-protein interactions in living cells: FMRP and IMP1 interact on mRNAs.</a> EMBO J. 23 (16), 3346-3355 (2004).</li><li>Valencia-Burton, M., McCullough, R. M., Cantor, C. R., Broude, N. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RNA+visualization+in+live+bacterial+cells+using+fluorescent+protein+complementation.">RNA visualization in live bacterial cells using fluorescent protein complementation.</a> Nat Methods. 4 (5), 421-427 (2007).</li><li>Chen, A. K., Behlke, M. A., Tsourkas, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Avoiding+false-positive+signals+with+nuclease-vulnerable+molecular+beacons+in+single+living+cells.">Avoiding false-positive signals with nuclease-vulnerable molecular beacons in single living cells.</a> Nucleic Acids Res. 35 (16), e105 (2007).</li><li>Chen, A. K., Tsourkas, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Imaging+RNA+in+living+cells+with+molecular+beacons:+current+perspectives+and+challenges.">Imaging RNA in living cells with molecular beacons: current perspectives and challenges.</a> Journal of Innovative Optical Health Sciences. 2 (4), 315 (2009).</li><li>Nitin, N., Santangelo, P. J., Kim, G., Nie, S., Bao, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Peptide-linked+molecular+beacons+for+efficient+delivery+and+rapid+mRNA+detection+in+living+cells.">Peptide-linked molecular beacons for efficient delivery and rapid mRNA detection in living cells.</a> Nucleic Acids Res. 32 (6), e58 (2004).</li><li>Santangelo, P. J., Nix, B., Tsourkas, A., Bao, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dual+FRET+molecular+beacons+for+mRNA+detection+in+living+cells.">Dual FRET molecular beacons for mRNA detection in living cells.</a> Nucleic Acids Res. 32 (6), e57 (2004).</li><li>Altman, R. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cyanine+fluorophore+derivatives+with+enhanced+photostability.">Cyanine fluorophore derivatives with enhanced photostability.</a> Nat Methods. 9 (1), 68-71 (2012).</li><li>Kumaraswamy, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fluorescent-conjugated+polymer+superquenching+facilitates+highly+sensitive+detection+of+proteases.">Fluorescent-conjugated polymer superquenching facilitates highly sensitive detection of proteases.</a> Proc Natl Acad Sci USA. 101 (20), 7511-7515 (2004).</li><li>Yang, C. J., Pinto, M., Schanze, K., Tan, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Direct+synthesis+of+an+oligonucleotide-poly(phenylene+ethynylene)+conjugate+with+a+precise+one-to-one+molecular+ratio.">Direct synthesis of an oligonucleotide-poly(phenylene ethynylene) conjugate with a precise one-to-one molecular ratio.</a> Angew Chem Int Ed Engl. 44 (17), 2572-2576 (2005).</li><li>Lu, J., Tsourkas, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Imaging+individual+microRNAs+in+single+mammalian+cells+in+situ.">Imaging individual microRNAs in single mammalian cells in situ.</a> Nucleic Acids Res. 37 (14), e100 (2009).</li><li>Raj, A., Peskin, C. S., Tranchina, D., Vargas, D. Y., Tyagi, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Stochastic+mRNA+synthesis+in+mammalian+cells.">Stochastic mRNA synthesis in mammalian cells.</a> PLoS Biol. 4 (10), e309 (2006).</li></ol>

Dr Mark Behlke ve Dr Ling Huang, metin içinde tarif edilen bileşiklerin bazıları Benzer İkinci oligonükleotidleri sağlamadığı IDT çalışmaktadır. IDT ancak, halka açık bir şirket, ve onlar bizzat IDT / sermaye hisse sahibi yok.

Bilinen bir geniş alan mikroskop kullanılarak canlı hücreler görüntü tek bir mühendislik RNA transkriptleri yeteneği, her bir RNA transkripti ve bağlanmayan flüoresan kaynaklanan düşük bir floresan arka plan ile ilişkili bir parlak ve ışığa karşı kararlı floresan sinyali gerektirmektedir. Bu yöntemde, parlak bir flüoresan sinyal, her bir RNA transkripti üzerine (96 kadar) birden fazla oligonükleotid bazlı flöresanlı sondalar örneğin, RBMBs hibritleme ile elde edilir. Bununla birli...

RNA transkript ifadesi ve düzenlenmesi hücre davranışlarını ve kaderini kontrol etmek için büyük ölçüde sorumlu olan bir karmaşık ve dinamik bir süreçtir. Dikte hücre fonksiyonunda RNA önemi bir süredir bilinmesine rağmen, bu iki en RNA analiz araçları gibi transkripsiyon ve çatlama gibi önemli düzenleyici bir etkinlik yakalamak için gerekli mekansal ve zamansal çözünürlüğü olmadığından, RNA arasında açık bir bağlantı çizmek zordur kaçakçılığı ve lokalize RNA işlenmesi. Bu, her RNA transkriptleri 1 gerçek zamanlı olarak canlı hücreler ile görselleştirilebilir olanak sağlayan çeşitli tekniklerin gelişmesiyle yol açmıştır. Belki de, bu tekniklerin en önemli 3&#39;-UTR 2,3 MS2 olarak bağlanma alanının tandem tekrarını içeren işlenmiş olan RNA&#39;yı hedef GFP MS2 füzyon proteinini kullanır. Yakın içine birden GFP molekülleri getirerek, bireysel RNA transkript gibi parlak floresan noktalar görünürfloresan mikroskobu ile. GFP-MS2 sistemi doğrudan görselleştirme ve transkripsiyon ölçümleri 4,5 patlama, benzersiz alt hücresel lokalizasyonu ve işleme 6-9 tespiti, ve RNA ulaşım 10 gerçek zamanlı görüntüleme, RNA davranış içine görülmemiş içgörü, sağlamıştır. Ancak, GFP-MS2 sisteminin muazzam potansiyele rağmen, bağlanmamış GFP-MS2 füzyon proteinleri bu tekniğin çok yönlülük ve dinamik aralığı sınırlar yüksek arka plan floresan sinyal oluşturabilir. Çeşitli yaklaşımlar subselüler bağlanmamış GFP-MS2 10 compartmentalization, protein fragmanı tamamlayamamakta 11, ve alternatif RNA bağlayıcı proteinler dahil, bu arka plan sinyali sınırlamak için geliştirilen ve 12 hedef oylandı. Ancak, bu yaklaşımların her RNA hedefinin ve GFP-MS2 füzyon proteinin nispi ifade toplam duyarlıdır. Bir a olarakGFP-MS2 sistemlere lternative moleküler işaretçileri de 3&#39;-UTR 13,14 tamamlayıcı bağlanma bölgesinin birbiri ardına dizilmiş tekrar mühendislikten RNA transkriptlerini algılamak için kullanılmıştır. Moleküler yol gösterici bir söndürücü ile bir ucunda ve bir flüoresan raportör diğer ucunda etiketlenmiştir saç tokası oluşturan oligonükleotid probları bulunmaktadır. RNA söndürücü flüoresan raportör hedef ve bağlı olmayan zaman düşük floresan hali ile sonuçlanarak, yakın kalır. Melezleme üzerine, floresan raportör ve söndürücü birbirinden ayrılır ve floresan restore edilmiştir. GFP-MS2 sistemi, floresan mikroskobu ile tespit edilebilir parlak florasan noktada bir tek RNA transkripti sonuçlar üzerine çok sayıda moleküler işaretçileri bağlanmasını benzer; Ancak, plan floresan nedeniyle bağlanmamış moleküler işaretlerinin söndürüldü yapılandırmasına, çok daha düşük olması beklenmektedir. Ne yazık ki, akıllı aktivasyon mekanizması rağmen bu m dahil edilirolecular işaret tasarımı, canlı hücre içine sokulduğunda bir saç tokası konformasyonunda kalmaz moleküler işaretleri melezleşmemiş giderek artan kanıtlar vardır. Sonuç olarak, belirgin bir sinyal-arka azaltan bir yanlış pozitif bir sinyal üretir. 15,16; Bu eksikliği gidermek için, biz son zamanlarda canlı hücreler, rasyometrik bimoleküler fenerler (Şekil 1A RBMBs) görüntüleme RNA için yeni bir sentetik sonda geliştirdi. RBMBs kısa saç tokası RNA (shRNA) ve moleküler işaretleri hem özelliklere sahip bir hibrid yapı oluşturan iki 2&#39;-O-metil oligonükleotid şerit oluşur. 3&#39;-UU çıkıntı ve uzun süreli etki, iki iplikçikli shRNA daha karakteristik ise döngü ve floresan aktivasyon mekanizması, moleküler işaret benzerdir. ShRNA özellikleri az gözlemlenebilir bozulması ile biz&gt; 24 saat için yükseltmektedir içi ömür bulduk nükleer ihracat, sürücü tasarlanan vedöngüsünün spesifik olmayan açılmasını önler. Sonuç RBMBs moleküler işaretleri önemli ölçüde daha yüksek bir sinyal-arka plan gösterirler gibi. RBMBs RNA esasına dayalı sondalar olarak aynı nükleer ihracat yetenekleri sahip olmayan DNA-temelli probları, çünkü DNA oligonükleotidleri kullanılarak hazırlanabilir edilemez Belirtilmelidir. Yapısal olarak, RBMB köprüsü tipik olarak RNA, melezleşme üzerine özgüllük ve seçicilik arasında bir denge oluşturmak için, 15 ve 21, uzun bazlar arasında olması tasarlanmıştır. İki kendi kendini tamamlayan etki oluşturan kısa bir kök, genellikle 4 bazlar arasında olacak şekilde tasarlanmıştır. Daha uzun bir sap seçilirse, RBMB döngü ve hedef RNA ile hibritleşmenin hızı önemli ölçüde 17,18 yavaşlatılır. Daha kısa bir sap dizisi seçildiğinde Tersine, erime sıcaklığı, yüksek bir zemin sinyali yol açan, 37 ° C &#39;de sap-halka yapısını sürdürmek için çoğu zaman çok düşüktür. RBMB spesifikliği de kırmızısap uzunluğu olarak kısaltılır uced. Ayrıca RBMB performansını etkileyebilir RBMB kök döngüsünün dizisi için, dikkatle 19 seçilmelidir. Özellikle, doğru döngü diziler, en az bir ikincil yapı olması gereken minimum sekonder yapısı ile RNA sekansları ile hibridize olan, protein bağlama siteleri önlemek ve bağlanma hedef dışı kaçının. RBMB ve RNA ikincil yapısının her ikisinin tahminlerin mfold 20 gibi yazılımları kullanılarak elde edilebilir. Tamamlayıcı hedef dışı siteler bir nükleotid Temel Yerel Atama Arama Aracı (ŞOK) kullanılarak tespit edebilirsiniz. Ancak, model tahminleri ve protein-bekliyorumdur bölgelerinin tanımlanmasında zorluk tutarsızlıklar, tüm RBMBs özgüllüğü sonuçta deneysel doğrulanması gerekir. Eğer arzu edilirse, hibridizasyon durumuna karşı duyarsız olan söndürülmemiş referans boya RBMB 15 eklenebilir. Referans boyanın eklenmesi için prsistemi teslimat için bir işaretleyici Ovide ve toplam hücresel floresans daha kesin olarak ölçülmesi gereken eğer oran ölçer görüntüleme için kullanılabilir. Referans boyalar ölçüm teslimat hücre-hücre değişiklikleri nedeniyle arka farklılıkların ayarlanmasını sağlar. Bununla birlikte, tek tek RNA görüntülerken, belirli referans boya gerekli değildir transkript. Özellikle, bazı referans boyalar çekirdeğinde biraz daha yüksek bir arka plan sinyali yol çekirdekten RBMBs ihracat engelleyebilir. Doğru tasarlandığında hedef RNA en az dört RBMB bağlama sahası (Şekil 1B) 16 ihtiva edecek şekilde ise, RBMBs, tek bir canlı hücrelerde tek tek görüntü RNA transkriptleri için kullanılabilir. RBMBs verimli hücre canlılığı 21 az veya hiç etkisi ile mikroporasyonu yoluyla hücre türleri geniş bir aralığı içine teslim edilebilir, ve gen ifadesinin niceliksel ölçümler olabilir30 dakika içinde edinilmiş. Ilişkisiz RBMBs flüoresan verimli söndürülür Dahası, metodoloji, RBMB konsantrasyon ve hedef RNA düzeyleri oldukça duyarsızdır. Burada RBMBs hazırlamak ve saflaştırmak için kullanılan metodolojinin detaylı açıklamasını, yanı sıra mikroporasyonu üzerinden canlı-hücre içine RBMBs teslimat için genel bir prosedür ve gerçek zamanlı olarak tek RNA transkript görüntüleme sağlamak.

<table><tbody><tr><td>Nuclease-free water</td><td>Life Technologies</td><td>AM9932</td><td>no DEPC-treated</td></tr><tr><td>DPBS</td><td>Life Technologies</td><td>14190-144</td><td>No Ca&lt;sup&gt;2+&lt;/sup&gt; and Mg&lt;sup&gt;2+&lt;/sup&gt;</td></tr><tr><td>Cary 100 UV-Vis spectrophotometer</td><td>Agilent Technologies</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Potassium phosphate dibasic</td><td>Fisher Scientific</td><td>P290-500</td><td></td></tr><tr><td>Potassium phosphate monobasic</td><td>Fisher Scientific</td><td>P284-500</td><td></td></tr><tr><td>Sodium phosphate monobasic</td><td>Fisher Scientific</td><td>S381-500</td><td></td></tr><tr><td>Microcentrifuge tubes</td><td>Eppendorf</td><td>22364111</td><td>1.5 ml</td></tr><tr><td>Chromatography column</td><td>Kimble Chase Life Science</td><td>420400-0720</td><td>0.7 x 20 cm</td></tr><tr><td>Superdex 75 prep grade</td><td>GE healthcare</td><td>17-1044-01</td><td></td></tr><tr><td>Syringe pump</td><td>Braintree Scientific</td><td>BS-300</td><td></td></tr><tr><td>Syringe</td><td>BD</td><td>301035</td><td>60 ml, Luer-lok tip</td></tr><tr><td>Centrifugal filter units</td><td>Millipore</td><td>UFC501096</td><td>MW 10,000 cutoff</td></tr><tr><td>Centrifuge 5418</td><td>Eppendorf</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Poly-D-lysine</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>P7280-5MG</td><td>lyophilized powder, g-irradiated</td></tr><tr><td>8-well chambered coverglass</td><td>Fisher Scientific</td><td>155409</td><td>Working volume 0.2-0.5 ml</td></tr><tr><td>HT1080</td><td>ATCC</td><td>CCL-121</td><td>Human Fibrosarcoma cell line</td></tr><tr><td>Cell culture flask</td><td>Corning</td><td>430639</td><td>25 cm&lt;sup&gt;2&lt;/sup&gt;</td></tr><tr><td>DMEM</td><td>Life Technologies</td><td>11965084</td><td>High glucose</td></tr><tr><td>DMEM without phenol red</td><td>Life Technologies</td><td>21063029</td><td>High glucose</td></tr><tr><td>Fetal bovine serum</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>F2442-500ML</td><td></td></tr><tr><td>Penecillin/streptomycin</td><td>Life Technologies</td><td>15140122</td><td></td></tr><tr><td>Trypsin</td><td>Life Technologies</td><td>25300054</td><td>0.05% Trypsin-EDTA</td></tr><tr><td>Neon transfection system</td><td>Life Technologies</td><td>MPK5000</td><td></td></tr><tr><td>Neon transfection system kit</td><td>Life Technologies</td><td>MPK1096</td><td></td></tr><tr><td>Hemacytometer</td><td>Fisher Scientific</td><td>02-671-10</td><td></td></tr><tr><td>Hoescht 33342</td><td>Life Technologies</td><td>H1399</td><td></td></tr><tr><td>IX-81 Inverted fluorescence microscope</td><td>Olympus</td><td></td><td></td></tr><tr><td>SOLA light engine</td><td>Lumencor</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Metamorph</td><td>Molecular Devices</td><td></td><td>Software controlling microscope</td></tr><tr><td>Immersol oil 518F</td><td>Fisher Scientific</td><td>12-624-66B</td><td></td></tr></tbody></table>

real-time imaging of single engineered rna transcripts in living cells using ratiometric bimolecular beacons

Her iki gen ifadesinin zamansal ve mekansal düzenleme hücre fonksiyonu üzerinde önemli sonuçları olabilir büyüyen gerçekleşme tek bir canlı hücrelerin içindeki bireysel RNA transkriptleri görselleştirmek için çeşitli tekniklerin geliştirilmesine yol açmıştır. Son zamanlarda tarif edilmiştir ümit verici bir teknik 3&#39;-çevrilmemiş bölgesinde RBMB hedef dizinin en az dört tandem tekrarını ihtiva edecek şekilde, RNA transkriptlerini algılamak için bir oligonükleotid esaslı optik sonda, rasyometrik bimoleküler işaret fan (RBMB) kullanmaktadır. RBMBs tamamlayıcı RNA ile özel olarak melezleşme üzerine parlak bir flüoresan sinyal verecek şekilde tasarlanmış olan, ancak aksi takdirde söndürüldü kalır. Bu yaklaşımda, bir sentetik probunun kullanılması kırmızıya doğru kayar, ışığa karşı sağlar ve yüksek yayım organik boyalar görüntüleme için kullanılır. Bir geniş alan floresan mikroskop altında bakıldığı zaman farklı floresan noktalar işlenmiş olan RNA transkriptleri sonuçlar çok RBMBs bağlanması. Sonuç olarak, bireysel RNA transkript hareket hazır floresan görüntüleri bir zaman serisi alarak gerçek zamanlı olarak görülebilir. Burada mikroporasyonu hücrelere hazırlanması ve saflaştırılması RBMBs bölgesinin verilmesi tanımlanır ve canlı hücre tek RNA transkript görüntüleme.

Geniş alan floresan mikroskobu (Şekil 2) ile görüntülendi zaman kısa bir süre RBMBs varlığında HT1080 hücrelerinin gözeneklendirilmesinin takiben, işlenmiş olan bireysel RNA transkriptleri, 3&#39;-UTR birden RBMB bağlanma mevkilerini ihtiva edecek şekilde parlak noktalar floresan görülür. Gibi sadece dört RBMB bağlanma bölgeleri ile ayrı RNA transkriptleri canlı hücreler olarak görüntülenebilir birlikte, 3&#39;-UTR bağlanma yerleri daha RBMB, güçlü flüoresan sinyal. Nede...

Watch this Scientific Journal Video about Real-time Imaging of Single Engineered RNA Transcripts in Living Cells Using Ratiometric Bimolecular Beacons at JoVE.com

Real-time Imaging of Single Engineered RNA Transcripts in Living Cells Using Ratiometric Bimolecular Beacons

Rasyometrik bimoleküler işaretleri (RBMBs) canlı hücreler görüntü tek bir mühendislik RNA transkriptleri için kullanılabilir. Burada, RBMBs, mikroporasyonu ve gerçek zamanlı olarak tek RNA transkriptlerinin floresan görüntüleme hücrelere RBMBs teslimat hazırlanmasını ve saflaştırılmasını tanımlarlar.

Oranlı metrik Bimoleküler Fenerleri kullanma Yaşam Hücrelerde Tek Engineered RNA Transkriptlerinin Gerçek zamanlı Görüntüleme

The growing realization that both the temporal and spatial regulation of gene expression can have important consequences on cell function has led to the ...

real-time-imaging-single-engineered-rna-transcripts-living-cells

Research

JoVE Journal

Biology

11.7K Görüntüleme.  University of Pennsylvania.  Rasyometrik bimoleküler işaretleri (RBMBs) canlı hücreler görüntü tek bir mühendislik RNA transkriptleri için kullanılabilir. Burada, RBMBs, mikroporasyonu ve gerçek zamanlı olarak tek RNA transkriptlerinin floresan görüntüleme hücrelere RBMBs teslimat hazırlanmasını ve saflaştırılmasını tanımlarlar. 

Video: Real-time Imaging of Single Engineered RNA Transcripts in Living Cells Using Ratiometric Bimolecular Beacons

Capture and Identification of RNA-binding Proteins by Using Click Chemistry-assisted RNA-interactome Capture (CARIC) Strategy

A comprehensive identification of RNA-binding proteins (RBPs) is key to understanding the posttranscriptional regulatory network in cells. A widely used strategy for RBP capture exploits the polyadenylation [poly(A)] of target RNAs, which mostly occurs on eukaryotic mature mRNAs, leaving most binding proteins of non-poly(A) RNAs unidentified. Here we describe the detailed procedures of a recently reported method termed click chemistry-assisted RNA-interactome capture (CARIC), which enables the transcriptome-wide capture of both poly(A) and non-poly(A) RBPs by combining the metabolic labeling of RNAs, in vivo UV cross-linking, and bioorthogonal tagging.

Capture and Identification of RNA-binding Proteins by Using Click Chemistry-assisted RNA-interactome Capture CARIC Strategy

A detailed protocol for applying the click chemistry-assisted RNA-interactome capture (CARIC) strategy to identify proteins binding to both coding and noncoding RNAs is presented.

Yakalama ve tıklama Kimya destekli RNA-interactome kullanarak RNA bağlanıcı proteinler tanımlaması (CARIC) strateji yakalama

A comprehensive identification of RNA-binding proteins (RBPs) is key to understanding the posttranscriptional regulatory network in cells. A widely used ...

Biyokimya

An In Vitro Single-Molecule Imaging Assay for the Analysis of Cap-Dependent Translation Kinetics

Cap-dependent protein synthesis is the predominant translation pathway in eukaryotic cells. While various biochemical and genetic approaches have allowed extensive studies of cap-dependent translation and its regulation, high resolution kinetic characterization of this translation pathway is still lacking. Recently, we developed an in vitro assay to measure cap-dependent translation kinetics with single-molecule resolution. The assay is based on fluorescently labeled antibody binding to nascent epitope-tagged polypeptide. By imaging the binding and dissociation of antibodies to and from nascent peptide&#8211;ribosome&#8211;mRNA complexes, the translation progression on individual mRNAs can be tracked. Here, we present a protocol for establishing this assay, including mRNA and PEGylated slide preparations, real-time imaging of translation, and analysis of single molecule trajectories. This assay enables tracking of individual cap-dependent translation events and resolves key translation kinetics, such as initiation and elongation rates. The assay can be widely applied to distinct translation systems and should broadly benefit in vitro studies of cap-dependent translation kinetics and translational control mechanisms.

An In Vitro Single-Molecule Imaging Assay for the Analysis of Cap-Dependent Translation Kinetics

Tracking individual translation events allows for high-resolution kinetic studies of cap-dependent translation mechanisms. Here we demonstrate an in vitro single-molecule assay based on imaging interactions between fluorescently labeled antibodies and epitope-tagged nascent peptides. This method enables single-molecule characterization of initiation and peptide elongation kinetics during active in vitro cap-dependent translation.

Kapak Bağımlı Çeviri Kinetiğinin Analizi için Bir In Vitro Tek Moleküllü Görüntüleme Tahlili

Cap-dependent protein synthesis is the predominant translation pathway in eukaryotic cells. While various biochemical and genetic approaches have allowed ...

Single Cell Analysis Of Transcriptionally Active Alleles By Single Molecule FISH

Gene transcription is an essential process in cell biology, and allows cells to interpret and respond to internal and external cues. Traditional bulk population methods (Northern blot, PCR, and RNAseq) that measure mRNA levels lack the ability to provide information on cell-to-cell variation in responses. Precise single cell and allelic visualization and quantification is possible via single molecule RNA fluorescence in situ hybridization (smFISH). RNA-FISH is performed by hybridizing target RNAs with labeled oligonucleotide probes. These can be imaged in medium/high throughput modalities, and, through image analysis pipelines, provide quantitative data on both mature and nascent RNAs, all at the single cell level. The fixation, permeabilization, hybridization and imaging steps have been optimized in the lab over many years using the model system described herein, which results in successful and robust single cell analysis of smFISH labeling. The main goal with sample preparation and processing is to produce high quality images characterized by a high signal-to-noise ratio to reduce false positives and provide data that are more accurate. Here, we present a protocol describing the pipeline from sample preparation to data analysis in conjunction with suggestions and optimization steps to tailor to specific samples.&#160;

Single molecule RNA fluorescence in situ hybridization (smFISH) is a method to accurately quantify levels and localization of specific RNAs at the single cell level. Here, we report our validated lab protocols for wet-bench processing, imaging and image analysis for single cell quantification of specific RNAs.

Transkripsiyonel Aktif Alellerin Tek Molekül FISH ile Tek Hücre Analizi

Gene transcription is an essential process in cell biology, and allows cells to interpret and respond to internal and external cues. Traditional bulk ...

A Rapid High-throughput Method for Mapping Ribonucleoproteins (RNPs) on Human pre-mRNA

Sequencing RNAs that co-immunoprecipitate (co-IP) with RNA binding proteins has increased our understanding of splicing by demonstrating that binding location often influences function of a splicing factor.  However, as with any sampling strategy the chance of identifying an RNA bound to a splicing factor is proportional to its cellular abundance.  We have developed a novel in vitro approach for surveying binding specificity on otherwise transient pre-mRNA. This approach utilizes a specifically designed oligonucleotide pool that tiles across introns, exons, splice junctions, or other pre-mRNA.  The pool is subjected to some kind of molecular selection. Here, we demonstrate the method by separating the oligonucleotide into a bound and unbound fraction and utilize a two color array strategy to record the enrichment of each oligonucleotide in the bound fraction. The array data generates high-resolution maps with the ability to identify sequence-specific and structural determinates of ribonucleoprotein (RNP) binding on pre-mRNA.  A unique advantage to this method is its ability to avoid the sampling bias towards mRNA associated with current IP and SELEX techniques, as the pool is specifically designed and synthesized from pre-mRNA sequence. The flexibility of the oligonucleotide pool is another advantage since the experimenter chooses which regions to study and tile across, tailoring the pool to their individual needs.  Using this technique, one can assay the effects of polymorphisms or mutations on binding on a large scale or clone the library into a functional splicing reporter and identify oligonucleotides that are enriched in the included fraction.  This novel in vitro high-resolution mapping scheme provides a unique way to study RNP interactions with transient pre-mRNA species, whose low abundance makes them difficult to study with current in vivo techniques.  



A Rapid High-throughput Method for Mapping Ribonucleoproteins RNPs on Human pre-mRNA

Due to the transient nature of pre-mRNA, it can be difficult to isolate and study in vivo. Here, we present a novel in vitro approach to investigate RNA-protein interactions using a synthetic oligo pool that tiles across selected regions of pre-mRNA.

İnsan pre-mRNA üzerinde Haritalama Ribonucleoproteins Hızlı Yüksek verim için Yöntemi (RNPs)

Sequencing RNAs that co-immunoprecipitate (co-IP) with RNA binding proteins has increased our understanding of splicing by demonstrating that binding ...

Biyoloji

Measuring the Kinetics of mRNA Transcription in Single Living Cells

The transcriptional activity of RNA polymerase II (Pol II) is a dynamic process and therefore measuring the kinetics of the transcriptional process in vivo is of importance. Pol II kinetics have been measured using biochemical or molecular methods.1-3 In recent years, with the development of new visualization methods, it has become possible to follow transcription as it occurs in real time in single living cells.4 Herein we describe how to perform analysis of Pol II elongation kinetics on a specific gene in living cells.5, 6 Using a cell line in which a specific gene locus (DNA), its mRNA product, and the final protein product can be fluorescently labeled and visualized in vivo, it is possible to detect the actual transcription of mRNAs on the gene of interest.7, 8 The mRNA is fluorescently tagged using the MS2 system for tagging mRNAs in vivo, where the 3'UTR of the mRNA transcripts contain 24 MS2 stem-loop repeats, which provide highly specific binding sites for the YFP-MS2 coat protein that labels the mRNA as it is transcribed.9 To monitor the kinetics of transcription we use the Fluorescence Recovery After Photobleaching (FRAP) method. By photobleaching the YFP-MS2-tagged nascent transcripts at the site of transcription and then following the recovery of this signal over time, we obtain the synthesis rate of the newly made mRNAs.5 In other words, YFP-MS2 fluorescence recovery reflects the generation of new MS2 stem-loops in the nascent transcripts and their binding by fluorescent free YFP-MS2 molecules entering from the surrounding nucleoplasm. The FRAP recovery curves are then analyzed using mathematical mechanistic models formalized by a series of differential equations, in order to retrieve the kinetic time parameters of transcription.

RNA polymerase II transcriptional kinetics are measured on specific genes in living cells. mRNAs transcribed from the gene of interest are fluorescently tagged and using Fluorescence Recovery After Photobleaching (FRAP) the in vivo kinetics of transcriptional elongation are obtained.

Tek Yaşayan Hücreler mRNA Transkripsiyon Kinetik Ölçüm

The transcriptional activity of RNA polymerase II (Pol II) is a dynamic process and therefore measuring the kinetics of the transcriptional process in ...

<meta charset="utf8"></head><body>smFRET-TIRF Çalışmaları için RNA'ların Çift Renkli Uç Etiketleme ve Vezikül Kapsüllenmesi

Fluorescent End-Labeling and Encapsulation of Long RNAs for Single-Molecule FRET-TIRF Microscopy

Single-molecule F&#246;rster Resonance Energy Transfer (smFRET) excels in studying dynamic biomolecules by allowing precise observation of their conformational changes over time. To monitor RNA dynamics with smFRET, we developed a method to covalently label RNAs at their termini with a FRET pair of fluorophores. This direct end-labeling strategy targets the 5&#39;-phosphate by carbodiimide (EDC)/N-hydroxysuccinimide (NHS) activation and the 3&#39;-ribose by periodate oxidation, which can be adapted to other RNAs regardless of their size and sequence to study them independently of artificial modifications. Furthermore, the 5&#39;-EDC/NHS activation is of general interest to all nucleic acids with a 5&#39;-phosphate. The use of commercially available chemicals eliminates the need to synthesize RNA-specific probes.
Total Internal Reflection Fluorescence (TIRF) microscopy requires the surface-immobilized molecules of interest to be within the evanescent field to be illuminated. A sophisticated way of keeping the RNA molecules within the evanescent field is to encapsulate them in phospholipid vesicles. Encapsulation benefits from the best of both worlds, tethering the molecule to the surface while enabling free diffusion of the molecule. We ensure that each vesicle contains only a single RNA molecule, enabling single-molecule imaging. Upon dual-end labeling and encapsulation of the RNA of interest, smFRET measurements offer a dynamic and detailed view of RNA behavior.

<meta charset="utf8"></head><body>Tek Moleküllü FRET-TIRF Mikroskobu için Uzun RNA'ların Floresan Uç Etiketlemesi ve Kapsüllenmesi

This article describes the dual-color labeling of long RNAs at termini positions and their surface immobilization via encapsulation in phospholipid vesicles for single-molecule FRET TIRF microscopy applications. Combining these techniques enables precise visualization and analysis of RNA dynamics at the single-molecule level.

Tek Moleküllü FRET-TIRF Mikroskobu için Uzun RNA'ların Floresan Uç Etiketlemesi ve Kapsüllenmesi

Single-molecule F&#246;rster Resonance Energy Transfer (smFRET) excels in studying dynamic biomolecules by allowing precise observation of their ...

Metabolic Labeling of Newly Transcribed RNA for High Resolution Gene Expression Profiling of RNA Synthesis, Processing and Decay in Cell Culture

The development of whole-transcriptome microarrays and next-generation sequencing has revolutionized our understanding of the complexity of cellular gene expression. Along with a better understanding of the involved molecular mechanisms, precise measurements of the underlying kinetics have become increasingly important. Here, these powerful methodologies face major limitations due to intrinsic properties of the template samples they study, i.e. total cellular RNA. In many cases changes in total cellular RNA occur either too slowly or too quickly to represent the underlying molecular events and their kinetics with sufficient resolution. In addition, the contribution of alterations in RNA synthesis, processing, and decay are not readily differentiated.
We recently developed high-resolution gene expression profiling to overcome these limitations. Our approach is based on metabolic labeling of newly transcribed RNA with 4-thiouridine (thus also referred to as 4sU-tagging) followed by rigorous purification of newly transcribed RNA using thiol-specific biotinylation and streptavidin-coated magnetic beads. It is applicable to a broad range of organisms including vertebrates, Drosophila, and yeast. We successfully applied 4sU-tagging to study real-time kinetics of transcription factor activities, provide precise measurements of RNA half-lives, and obtain novel insights into the kinetics of RNA processing. Finally, computational modeling can be employed to generate an integrated, comprehensive analysis of the underlying molecular mechanisms.

Total cellular RNA provides a poor template for studying short-term changes in RNA synthesis and decay as well as the kinetics of RNA processing. Here, we describe metabolic labeling of newly transcribed RNA with 4-thiouridine followed by thiol-specific biotinylation and purification of newly transcribed RNA allowing to overcome these limitations.

Hücre Kültürü RNA sentezi, İşleme ve Çürüme Yüksek Çözünürlük Gen İfadesi Profil için Yeni Transkripsiyonu RNA Metabolik Etiketleme

The development of whole-transcriptome microarrays and next-generation sequencing has revolutionized our understanding of the complexity of cellular gene ...

Method for Labeling Transcripts in Individual Escherichia coli Cells for Single-molecule Fluorescence In Situ Hybridization Experiments

A method is described for labeling individual messenger RNA (mRNA) transcripts in fixed bacteria for use in single-molecule fluorescence in situ hybridization (smFISH) experiments in E. coli. smFISH allows the measurement of cell-to-cell variability in mRNA copy number of genes of interest, as well as the subcellular location of the transcripts. The main steps involved are fixation of the bacterial cell culture, permeabilization of cell membranes, and hybridization of the target transcripts with sets of commercially available short fluorescently-labeled oligonucleotide probes. smFISH can allow the imaging of the transcripts of multiple genes in the same cell, with limitations imposed by the spectral overlap between different fluorescent markers. Following completion of the protocol illustrated below, cells can be readily imaged using a microscope coupled with a camera suitable for low-intensity fluorescence. These images, together with cell contours obtained from segmentation of phase contrast frames, or from cell membrane staining, allow the calculation of the mRNA copy number distribution of a sample of cells using open-source or custom-written software. The labeling method described here can also be applied to image transcripts with stochastic optical reconstruction microscopy (STORM).

Method for Labeling Transcripts in Individual Escherichia coli Cells for Single-molecule Fluorescence In Situ Hybridization Experiments

This manuscript describes a method for labeling individual messenger RNA (mRNA) transcripts with fluorescently-labeled DNA probes, for use in single-molecule fluorescence in situ hybridization (smFISH) experiments in E. coli. smFISH is a visualization method that allows the simultaneous detection, localization, and quantification of single mRNA molecules in fixed individual cells.

Oranlı metrik Bimoleküler Fenerleri kullanma Yaşam Hücrelerde Tek Engineered RNA Transkriptlerinin Gerçek zamanlı Görüntüleme

Özet

Daha Fazla Video Keşfet

Bu videodaki bölümler

Yakalama ve tıklama Kimya destekli RNA-interactome kullanarak RNA bağlanıcı proteinler tanımlaması (CARIC) strateji yakalama

Kapak Bağımlı Çeviri Kinetiğinin Analizi için Bir In Vitro Tek Moleküllü Görüntüleme Tahlili

Transkripsiyonel Aktif Alellerin Tek Molekül FISH ile Tek Hücre Analizi

İnsan pre-mRNA üzerinde Haritalama Ribonucleoproteins Hızlı Yüksek verim için Yöntemi (RNPs)

Tek Yaşayan Hücreler mRNA Transkripsiyon Kinetik Ölçüm

Tek Moleküllü FRET-TIRF Mikroskobu için Uzun RNA'ların Floresan Uç Etiketlemesi ve Kapsüllenmesi

Tek Moleküllü FRET-TIRF Mikroskobu için Uzun RNA'ların Floresan Uç Etiketlemesi ve Kapsüllenmesi

Tek Moleküllü FRET-TIRF Mikroskobu için Uzun RNA'ların Floresan Uç Etiketlemesi ve Kapsüllenmesi

Hücre Kültürü RNA sentezi, İşleme ve Çürüme Yüksek Çözünürlük Gen İfadesi Profil için Yeni Transkripsiyonu RNA Metabolik Etiketleme

Transkript bireysel Escherichia coli hücrelerdeki tek molekül Floresans In Situ hibridizasyon deneyleri için etiketleme yöntemi