Name: detection of in situ protein-protein complexes at the drosophila larval neuromuscular junction using proximity ligation assay
Uploaded: 2015-01-20T13:00:00.000+00:00
Duration: 10 min 31 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Detection of In Situ Protein-protein Complexes at the Drosophila Larval Neuromuscular Junction Using Proximity Ligation Assay at JoVE.com

Biz sinek stokları sağlamak için Bloomington Drosophila Stok Merkezi&#39;ne teşekkür ederiz. Biz de antikorlar sağlamak için Gelişim Çalışmaları Hibridoma Bankası ve Dr. Lynn Cooley (Yale Üniversitesi) teşekkür ederim. Özel bir teşekkür yazının üzerine ona yardım için AhHyun Yoo gider. Bu çalışma Doğa Bilimleri ve Kanada&#39;nın Mühendislik Araştırma Konseyi (Krieger), William ve Ada Isabelle Çelik Fonu (Krieger) ve Kanada Sağlık Araştırma Enstitüleri (Harden) hibe ile desteklenmiştir.

1. Vücut Duvar Hazırlık . NOT: Daha önce Brent ve arkadaşları 10, ya da Ramachandran ve Budnik ağacının 11,12 tarif edildiği gibi (vücut duvarı kasları innerve NMJs bir çalışma için), üçüncü evre larvaların gövde duvarları hazırlanması ancak bazı tadilatlar ile, gerçekleştirildi. <ol><li> Teşrih <ol><li> Standart prosedürler kullanılarak 13 beş-altı gün boyunca 25 ° C&#39;de sinek stokları ve haçlar kaldırın. </li><li> İnce forseps kullanarak şişeleri ya da şişe Üçüncü dönem larva tarama seçin. </li><li> Herhangi bir gıda parçacıkları çıkarmak için fosfat tamponlu salin (PBS) ihtiva eden küçük bir Petri kabındaki larvaları yıkayın. </li><li> Sylgard diske tek larva yerleştirilir ve buz soğukluğunda PBS birkaç damla içinde bırakın. Buz gibi soğuk PBS işlemek için daha kolay hale larva stun yardımcı olacaktır kullanma. Diseksiyon boyunca, hazırlık her zaman kurumasını önlemek için PBS batmış olduğundan emin olun. </li><li> La yerleştirindorsal tarafı, iki trakea yolları bir mikroskop (Şekil 2A) altında görünür şekilde yukarı bakacak şekilde RVA. Forseps kullanarak, bir minutien pimi kavramak spiracles (Şekil 2B) yakınında arka ucunda larva aşağı pin. Başka bir iğne ile, ağız kanca yakın ön ucundaki manikür delip. Yavaşça, sonra boyuna larva germek (Şekil 2B) aşağı pin. </li><li> Mikrodissek- makas kullanarak, küçük bir açıklık oluşturmak için pin yakın arka ucunu çimdik. kesi sadece manikür geçmesine yeterli yüzeysel olmalıdır. </li><li> İki trakea yolları (Şekil 2C) arasındaki dorsal orta hat uzunluğu boyunca kesilmiş, kesi içine makas alt bıçak ucu yerleştirilmesi. Ventral vücut duvarı kasları zarar vermemek için keserken hafifçe yukarı doğru makas bıçakları yöneltin. </li><li> Biraz mesaja ön bir küçük yatay kesi yapmakeriorly yerleştirilmiş pim (Şekil 2C). Benzer başka bir kesi biraz öne yerleştirilmiş pim (Şekil 2C) posterior olun. kesiler sadece manikür geçmelidir. NOT: Bir benzemelidir kombine adımlar 1.1.7 ve 1.1.8 üç kesiler &quot; <img fo:content-width="0.09in" src="/files/ftp_upload/52139/52139_letter_I.jpg" width="15px" /> Tamamlandığında &quot;, yani, larva vücudunun sırt tarafında bir sol ve sağ kanat imal edilmelidir. </li><li> Dikkatle forseps ile iç organları dışarı temizleyin. PBS birkaç damla kuvvetli ekleme, larva vücut dışına organları yerinden böylece daha kolay bunları kaldırmak için yapım yardımcı olacaktır. Vücut duvarı kasları zarar verir gibi larva vücudu alay kaçının. </li><li> Açık larva vücudu fora ve aşağı köşeleri (Şekil 2B) pin. Iğneleme zaman eşit olarak gerilmiş bir dikdörtgen oluşturmak üzere yatay ve dikey olarak gövde duvarını streç (see Şekil şekil için 2G), dikkat çekici sürecinde vücut duvarı kasları gözyaşı değil. </li><li> Kalan iç organları (Şekil 2E) kaldırarak bitirin. </li></ol></li><li> Sabitleme ve Permeabilization <ol><li> Bouin Çözüm birkaç damla tutturulmuş beden duvarları daldırın. Buz üzerinde 15 dakika süreyle inkübe edin. Seçenek olarak ise, alternatif bir sabitleyici olarak% 4 paraformaldehit (PFA) kullanır; 30 dakika kuluçkada bırakın. </li><li> Triton Fosfat Tamponu Tuzlu Su (PBT) ile üç kez yıkayın. </li><li> Ince forseps kullanarak, dikkatli işaretçilerine kaldırmak ve bir silikonlu 0.65 ml mikrosantrifüj tüp içine köşesinden beden duvarları aktarın. </li><li> PLA için hazır olana kadar 4 ° C&#39;de PBT gövde duvarı saklayın. En iyi sonuçlar için, bir gün veya diseksiyon iki içinde beden duvarları immün başlar. NOT: reaktif tasarruf etmek ve tüm vücut duvarları tahlil sırasında eşit muamele sağlamak için, farklı genotip tek yerleştirilebilirtüp. Genotipleri (örnekler için Şekil 2F bakınız) farklı beden duvarları köşelerini keserek ayırt edilebilir. </li></ol></li></ol> 2. İmmünohistokimya Not:. Üçüncü instar larva gövde duvarlarının immün önce Brent ve diğerleri, 14 ve Ramachandran ve Budnik ağacının 11&#39;de tarif edildiği gibi gerçekleştirildi, ancak bazı değişiklikler 11,14 ile yapıldı. NOT: Aksi belirtilmedikçe, oda sıcaklığında ve yumuşak çalkalama ile tüm adımları. <ol><li> Bloke etme <ol><li> 10 dakika her PBT ile üç kez vücut duvarları yıkayın. </li><li> 1 saat süre ile% 1 Sığır Serum Albümini (BSA) ile bloke edin. </li></ol></li><li> Immün <ol><li> İlgili iki proteinlere karşı fare, tavşan, birincil antikorlar ile gövde duvarı inkübe, oda sıcaklığında 2 saat, ya da gece boyunca 4 ° C&#39;de (% 1 BSA içinde seyreltilmiş). 250 tavşan a: Bu durumda, 01:10 Fare anti-Dlg 1 kullanımınti-HtsM 15,16. Olmayan fare ya da tavşan yapılır markerlere karşı antikorlar da dahil edilebilir - örneğin 1 kullanın: 200 keçi anti-HRP nöronal membranları araştırmak. </li><li> 10 dakika her PBT ile üç kez yıkayın. </li><li> Oda sıcaklığında 2 saat, ya da gece boyunca 4 ° C&#39;de (% 1 BSA içinde seyreltilmiş) ile markalama maddeleri tespit etmek için florofor-konjuge sekonder antikor ile inkübe edin. Keçi anti-HRP antikoru saptamak için 200, FITC-konjuge anti-keçi, örn: 1 kullanmak - PLA sinyali, daha sonra kırmızı bir florofor ile görüntülenmiştir, başka bir flüorofor işaretleyici tespit etmek için kullanılmalıdır. Nedeniyle ışığa duyarlı reaktiflerin kullanılması ile, Bu noktadan itibaren karanlıkta tüpleri tutun. NOT: PLA konfokal mikroskobu altında kırmızı kanalda görsel sinyal ile, fare ve tavşan büyüdü primer antikorlar arasında gerçekleştirilecek için kullanılan kiti izin verir. Arzu edildiği takdirde, diğer kitleri deney primadonnanın ile yapılması için izin vardırry antikorlar diğer türlerde kaldırdı, ve sinyal diğer kanallar görsel. </li></ol></li></ol> 3. Proximity ligasyon Testi NOT: Aksi belirtilmedikçe, oda sıcaklığında ve yumuşak çalkalama ile tüm adımları. <ol><li> PLA Sondalar <ol><li> 10 dakika her PBT ile üç kez vücut duvarları yıkayın. </li><li> 37 ° C&#39;de 2 saat süre ile (5 seyrelti,% 1 BSA içinde, her biri 1) PLA probları ile inkübe edin. Bu durumda, 5-10 gövde duvarlarının doğru daldırma ve karışmasını sağlamak için PLA sistemi anti-fare eksi 40 ul, PLA sistemi anti-tavşan PLUS 40 ul% 1 BSA, 120 ul kullanın. PLA bir prob 1:25 seyreltme kadar devam (bu deney için, yani,) uygun bir sinyal-gürültü oranı elde edilmesine neden olabilir. </li></ol></li><li> Ligasyon <ol><li> 5 dakika her biri için iki kez Yıkama Tampon A ile gövde duvarı yıkanır. </li><li> 1 saat için a bağlama çözeltisi (bağlama tamponu içinde Ligase 1:40 seyreltme) ile inkübeT, 37 ° C&#39;dir. Bu durumda, 5-10 gövde duvarlarının doğru daldırma ve karışmasını sağlamak için Ligase 5 ul, 5 ligasyonu tampon maddesi 40 ul ve yüksek saflıkta su 155 ul kullanın. </li></ol></li><li> Amplifikasyon <ol><li> 2 dakika her iki Yıkama Tampon A ile beden duvarları yıkayın. </li><li> 37 ° C&#39;de 2 saat boyunca amplifikasyon solüsyonu (Amplifikasyon tamponu Polimeraz 1:80 seyreltme) ile inkübe edin. Bu durumda, 5-10 gövde duvarlarının doğru daldırma ve karışmasını sağlamak için Polimeraz 2.5 ul 5 Amplifikasyon tamponu 40 ul ve yüksek saflıkta su 157,5 ul kullanın. </li></ol></li><li> Görüntüleme için hazırlık <ol><li> 10 dakika her biri için iki kez Yıkama Tampon B ile gövde duvarı yıkanır. </li><li> 1 dakika boyunca bir kez 0.01x Yıkama Tampon B ile yıkayın. </li><li> Montaj önce en az 30 dakika boyunca monte çözeltisinin bir kaç damlası dengeye ya da 4 ° C&#39;de bir gece boyunca muhafaza ediniz. </li><li> Ince forseps kullanarak, dikkatli bir platformu slayt w üzerine beden duvarları aktarmaki kendi tırnak etlerini aşağı bakacak. Satır ve mountant bir damla ya da iki içinde aynı yönde beden duvarları yerleştirin. Daha sonra şeffaf tırnak cilası ile slayt mühür, hava kabarcıkları üretmek için değil hazırlık alarak bakım üzerinde 22 mm x 40 mm lamel yerleştirin. </li><li> Konfokal görüntüleme için hazır olana kadar -20 ° C&#39;de karanlıkta slaytlar saklayın. </li></ol></li></ol>

<ol>
	<li>Woods, D. F., Bryant, P. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+discs-large+tumor+suppressor+gene+of+Drosophila+encodes+a+guanylate+kinase+homolog+localized+at+septate+junctions.">The discs-large tumor suppressor gene of Drosophila encodes a guanylate kinase homolog localized at septate junctions.</a> Cell. 66, 451-464 (1991).</li><li>Yamanaka, T., Ohno, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Role+of+Lgl/Dlg/Scribble+in+the+regulation+of+epithelial+junction,+polarity+and+growth.">Role of Lgl/Dlg/Scribble in the regulation of epithelial junction, polarity and growth.</a> Front Biosci. 13, 6693-6707 (2008).</li><li>Humbert, P. O., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Control+of+tumourigenesis+by+the+Scribble/Dlg/Lgl+polarity+module.">Control of tumourigenesis by the Scribble/Dlg/Lgl polarity module.</a> Oncogene. 27, 6888-6907 (2008).</li><li>Lahey, T., Gorczyca, M., Jia, X. X., Budnik, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Drosophila+tumor+suppressor+gene+dlg+is+required+for+normal+synaptic+bouton+structure.">The Drosophila tumor suppressor gene dlg is required for normal synaptic bouton structure.</a> Neuron. 13, 823-835 (1994).</li><li>Ataman, B., Budnik, V., Thomas, U. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Scaffolding+proteins+at+the+Drosophila+neuromuscular+junction.">Scaffolding proteins at the Drosophila neuromuscular junction.</a> Int Rev Neurobiol. 75, 181-216 (2006).</li><li>Thomas, U., Kobler, O., Gundelfinger, E. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Drosophila+larval+neuromuscular+junction+as+a+model+for+scaffold+complexes+at+glutamatergic+synapses:+benefits+and+limitations.">The Drosophila larval neuromuscular junction as a model for scaffold complexes at glutamatergic synapses: benefits and limitations.</a> J Neurogenet. 24, 109-119 (2010).</li><li>Matsuoka, Y., Li, X., Bennett, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Adducin:+structure,+function+and+regulation.">Adducin: structure, function and regulation.</a> Cell Mol Life Sci. 57, 884-895 (2000).</li><li>Wang, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Drosophila+adducin+regulates+Dlg+phosphorylation+and+targeting+of+Dlg+to+the+synapse+and+epithelial+membrane.">Drosophila adducin regulates Dlg phosphorylation and targeting of Dlg to the synapse and epithelial membrane.</a> Dev Biol. 357, 392-403 (2011).</li><li>Soderberg, O., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Characterizing+proteins+and+their+interactions+in+cells+and+tissues+using+the+in+situ+proximity+ligation+assay.">Characterizing proteins and their interactions in cells and tissues using the in situ proximity ligation assay.</a> Methods. 45, 227-232 (2008).</li><li>Brent, J. R., Werner, K. M., McCabe, B. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Drosophila+larval+NMJ+dissection.">Drosophila larval NMJ dissection.</a> J Vis Exp. (24), (2009).</li><li>Ramachandran, P., Budnik, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Immunocytochemical+staining+of+Drosophila+larval+body-wall+muscles.">Immunocytochemical staining of Drosophila larval body-wall muscles.</a> Cold Spring Harb Protoc. 2010, (2010).</li><li>Ramachandran, P., Budnik, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dissection+of+Drosophila+larval+body-wall+muscles.">Dissection of Drosophila larval body-wall muscles.</a> Cold Spring Harb Protoc. , (2010).</li><li>Ashburner, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Drosophila: A Laboratory Manual. , (1989).</li><li>Brent, J., Werner, K., McCabe, B. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Drosophila+larval+NMJ+immunohistochemistry.">Drosophila larval NMJ immunohistochemistry.</a> J Vis Exp. (25), (2009).</li><li>Parnas, D., Haghighi, A. P., Fetter, R. D., Kim, S. W., Goodman, C. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Regulation+of+postsynaptic+structure+and+protein+localization+by+the+Rho-type+guanine+nucleotide+exchange+factor+dPix.">Regulation of postsynaptic structure and protein localization by the Rho-type guanine nucleotide exchange factor dPix.</a> Neuron. 32, 415-424 (2001).</li><li>Petrella, L. N., Smith-Leiker, T., Cooley, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Ovhts+polyprotein+is+cleaved+to+produce+fusome+and+ring+canal+proteins+required+for+Drosophila+oogenesis.">The Ovhts polyprotein is cleaved to produce fusome and ring canal proteins required for Drosophila oogenesis.</a> Development. 134, 703-712 (2007).</li><li>Pielage, J., Bulat, V., Zuchero, J. B., Fetter, R. D., Davis, G. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Hts/Adducin+controls+synaptic+elaboration+and+elimination.">Hts/Adducin controls synaptic elaboration and elimination.</a> Neuron. 69, 1114-1131 (2011).</li><li>Spradling, A. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Berkeley+Drosophila+Genome+Project+gene+disruption+project:+Single+P-element+insertions+mutating+25%+of+vital+Drosophila+genes.">The Berkeley Drosophila Genome Project gene disruption project: Single P-element insertions mutating 25% of vital Drosophila genes.</a> Genetics. 153, 135-177 (1999).</li><li>Bokoch, G. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Biology+of+the+p21-Activated+Kinases.">Biology of the p21-Activated Kinases.</a> Annu Rev Biochem. 72, 743-781 (2003).</li><li>Bahri, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+leading+edge+during+dorsal+closure+as+a+model+for+epithelial+plasticity:+Pak+is+required+for+recruitment+of+the+Scribble+complex+and+septate+junction+formation.">The leading edge during dorsal closure as a model for epithelial plasticity: Pak is required for recruitment of the Scribble complex and septate junction formation.</a> Development. 137, 2023-2032 (2010).</li><li>Albin, S. D., Davis, G. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Coordinating+structural+and+functional+synapse+development:+postsynaptic+p21-activated+kinase+independently+specifies+glutamate+receptor+abundance+and+postsynaptic+morphology.">Coordinating structural and functional synapse development: postsynaptic p21-activated kinase independently specifies glutamate receptor abundance and postsynaptic morphology.</a> J Neurosci. 24, 6871-6879 (2004).</li><li>Koles, K., Budnik, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Wnt+signaling+in+neuromuscular+junction+development.">Wnt signaling in neuromuscular junction development.</a> Cold Spring Harb Perspect Biol. 4, (2012).</li><li>Packard, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Drosophila+Wnt,+wingless,+provides+an+essential+signal+for+pre-+and+postsynaptic+differentiation.">The Drosophila Wnt, wingless, provides an essential signal for pre- and postsynaptic differentiation.</a> Cell. 111, 319-330 (2002).</li><li>Weibrecht, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Proximity+ligation+assays:+a+recent+addition+to+the+proteomics+toolbox.">Proximity ligation assays: a recent addition to the proteomics toolbox.</a> Expert Rev Proteomics. 7, 401-409 (2010).</li><li>Thymiakou, E., Episkopou, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+of+signaling+effector-complexes+downstream+of+bmp4+using+PLA,+a+proximity+ligation+assay.">Detection of signaling effector-complexes downstream of bmp4 using PLA, a proximity ligation assay.</a> J Vis Exp. (49), (2011).</li><li>Maglione, M., Sigrist, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Seeing+the+forest+tree+by+tree:+super-resolution+light+microscopy+meets+the+neurosciences.">Seeing the forest tree by tree: super-resolution light microscopy meets the neurosciences.</a> Nat Neurosci. 16, 790-797 (2013).</li><li>Wang, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Biol. Open. 3 (12), 1196-1206 (2014).</li></ol>

Yazarlar ifşa hiçbir şey yok.

Bu rapor PLA Drosophila larva NMJ uygulanabilir gösterilmiştir. Deney NMJ endojen protein-protein etkileşimlerini tespit etmek amacıyla larva vücut duvarı kaslarında gerçekleştirilir. Bu teknik ile, Dlg ve Hts birbirine yakın olması ve bu nedenle, özellikle postsinaptik bölge 27&#39;de, bir kompleks içinde bulunması gösterilmektedir. Bu sonucun desteklemek, bir önceki çalışmada aşağıdaki verileri ile dernek kanıtlar sunmuştur: Dlg ve Hts immünoreaktif dağılımları larva N...

Büyük Drosophila Diskler (DLG), plazma membranının belirli bölgelerde büyük protein komplekslerinin montaj orkestra yardımcı proteinleri iskele ve zara bağlı guanilat kinaz ailesinin bir korunmuş üyesidir. Bir tümör baskılayıcı protein, Dlg epitel apicobasal polarite 1,2,3 önemli bir belirleyicisi olarak hizmet gibi Başlangıçta belirledi. Dlg da larva gelişimi 4 sırasında glutamaterjik motor nöron nöromüsküler bileşke (NMJ) bir ana iskele modülü olarak hizmet vermektedir. Dlg larva NMJ farklı roller oynar ve onun pleyotropizm birden proteinler 5,6 ile ilişkilendirmek için kendi yeteneklerine bağlıdır. Böyle bir protein, Hu-Li Tai shao (HTS), esas olarak, 7 hücre iskeleti aktin-spektrin düzenlemedeki rolleri ile ilgili olarak tarif edilmiştir, memeli adducins bir homologudur. Daha önce Dlg ve Hts, in vitro göre birbirleri ile bir kompleks meydana getirebilir gösterilmiştir </em&gt; Bütün yetişkin sinek lizatlarını 8 içeren ko-immünopresipitasyon deneyleri. Bu sonuçların bir eksiklik, ancak, bu karmaşık formlar göstermemektedir olmasıdır. Immünhistokimyasal kullanımı ile, Dlg ve Hts dağılımları larva NMJs postsinaptik membran üst üste görülmektedir, ancak bu bölgede 8 bir kompleks vardır? Son zamanlarda gösterilen ve daha burada ayrıntılı olarak, Proximity ligasyon Testi (PLA) larva NMJ 27 de özellikle Dlg ve Hts arasındaki in situ dernek bir bakmak için kullanılır. PLA çok yerinde 9, protein-protein etkileşimlerini tespit edebilir, hücre ve doku kültürü içinde kullanılan nispeten yeni bir tekniktir. Bu deneyde, ilgi konusu iki protein karşı birincil antikor türe spesifik antikorlarla bir çift tespit edilir, oligonükleotidlere konjüge olduğu PLA problar olarak adlandırılan (Şekil 1A, B). İki protein halindes, bağlı PLA sondaları arasındaki mesafe iki ek bağlayıcı oligonükleotidler (Şekil 1C) melezlenmesi ile köprülenebilir (nanometre bir kaç on içindeki) birbirine yakın temas içindedir. Bu uyum, bağlayıcı oligonükleotidler serbest uçları, her biri bir diğeri ile temas için yeterince yakın olan ve bir kapalı dairesel bir DNA molekülü, in situ ligasyon (Şekil 1D) üzerine oluşturulabilir. dairesel bir DNA molekülü PLA probları (Şekil 1E) konjüge edilmiş oligonükleotidlerin bir kişi tarafından hazırlanmış olan yerinde yuvarlanan çember amplifikasyonu için bir şablon olarak hizmet vermektedir. Elde edilen çoğaltılmış, concatemeric DNA ürününün içinde sekanslar daha sonra floresan etiketli tamamlayıcı oligonükleotid prob (Şekil 1F) ile görselleştirilebilir. Yükseltilmiş DNA PLA problarının bir protein-protein etkileşimi withi hücre içi lokalizasyonu bağlı kalır yanana doku kolayca tespit edilebilir. Çeşitli yöntemler yaygın olarak, ko-immünopresipitasyon olarak in vitro teknikler de dahil olmak üzere protein-protein etkileşimlerini tespit (-aşağı çekme deneyleri ve maya iki-hibrid eleme ve bu Förster Rezonans Enerji Transferi (FRET) ve Biyomoleküller Floresan tamamlama gibi in vivo teknikler kullanılır BiFC). In vitro teknikler hatadır etkileşimi endojen nerede oluştuğunu Anılan in vivo teknikleri kendi endojen meslektaşları yerli davranışını yansıtmıyor olabilir füzyon proteinlerinin yapay ifadesini içerir iken onlar, tespit kalmamasıdır. PLA bir avantaj da FR karşılaştırılabilir olan bir sinyal üretmek için gerekli olan yakınlık derecesine sahip, bir doku içinde, birbirine çok yakın olan ve büyük olasılıkla bir kompleks oluşturan endojen protein uygulayıcı hücre içi lokalizasyonu belirleme kapasitesine sahip olmasıdırET ve BiFC. PLA nedeniyle antikor tanıma ve DNA amplifikasyonu bağlanması yüksek özgüllük ve duyarlılık ile etkileşimleri algılayabilir. Böylece, tahlil etkileşim kesin konumunu ortaya puncta şeklinde ayrık, parlak sinyaller üretebilir. Buna ek olarak, zor görülen antijenler tespit edilebilir. Son olarak, PLA gerçekleştirmek için nispeten basit bir tekniktir ve tamamlamak için standart bir immünohistokimyasal prosedürde daha uzun sürer. Bu nedenle, PLA genellikle uzun hazırlık süreleri ve kapsamlı sorun giderme ile boğulmuş diğer protein-protein etkileşimleri deneyleri üzerinde bir teknik avantaj sağlar. Bu protokol, PLA yerinde endojen protein-protein etkileşimlerini tespit etmek amacıyla, Drosophila larva NMJ uygulanabilir gösterilmiştir. Burada, PLA Dlg ve Hts gerçekten NMJs postsinaptik bölgede bir kompleks var olduğu gösterilmiştir larva vücut duvarı kas hazırlıkları yapılır. PLA önce larva NMJ incelemek için kullanılan olmamıştır, ve Drosophila dokusunda bu testte kullandık yayınlanan bildiri sadece bir avuç şu anda vardır. Bu Drosophila topluma PLA daha pozlama başka, daha yaygın olarak kullanılan protein-protein etkileşimleri deneyleri tamamlamak için ek bir araç olarak artan kullanımı neden olacağı ümit edilmektedir.

<table><tbody><tr><td>Forceps (fine #5)</td><td>Almedic</td><td>A10-704</td><td></td></tr><tr><td>Sylgard Disc</td><td>World Precision Instruments</td><td>SYLG184</td><td>Mix elastomer base and curing agent in a 10:1 ratio. Set for 30 min. Pour into a mold (&lt;em&gt;e.g.&lt;/em&gt; use a 12-well cell culture plate). Let cure for at least 24 hr. Adhere to the lid of a 60 x 15 mm Petri dish lid when dissecting.</td></tr><tr><td>Minutien Pins (0.0125&amp;nbsp;mm tip diameter)</td><td>Fine Science Tools</td><td>26002-10</td><td></td></tr><tr><td>Microdissection Scissors (ultra fine)</td><td>Fine Science Tools</td><td>15200-00</td><td></td></tr><tr><td>Platform Slides</td><td></td><td></td><td>Glue two 22 x 22 mm&lt;sup&gt;2&lt;/sup&gt; coverslips onto a microscope slide with clear nail polish, leaving a &amp;lt;20 mm gap in between for sample mounting.</td></tr><tr><td>w&lt;sup&gt;1118&lt;/sup&gt;</td><td>Bloomington Drosophila Stock Center</td><td>3605</td><td></td></tr><tr><td>hts&lt;sup&gt;01103&lt;/sup&gt;</td><td>Bloomington Drosophila Stock Center</td><td>10989</td><td>Stock was re-balanced over a GFP balancer so that homozygous mutants can be selected based on the absence of GFP signal.</td></tr><tr><td>1x PBS (Phosphate Buffered Saline): 3&amp;nbsp;mM NaH&lt;sub&gt;2&lt;/sub&gt;PO&lt;sub&gt;4&lt;/sub&gt;, 7&amp;nbsp;mM Na&lt;sub&gt;2&lt;/sub&gt;HPO&lt;sub&gt;4&lt;/sub&gt;, 130&amp;nbsp;mM NaCl, pH 7.0</td><td></td><td></td><td>NaH&lt;sub&gt;2&lt;/sub&gt;PO&lt;sub&gt;4&lt;/sub&gt; (Caledon Laboratories - 8180-1), Na&lt;sub&gt;2&lt;/sub&gt;HPO&lt;sub&gt;4&lt;/sub&gt; (Caledon - 8120-1), NaCl (Caledon - 7560-1)</td></tr><tr><td>Bouin&#039;s Solution</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>HT10132</td><td></td></tr><tr><td>4% PFA (Paraformaldehyde): 4% PFA in 1x PBS</td><td></td><td></td><td>PFA (Anachemia Science - 66194-300). See doi:10.1101/pdb.rec9959 Cold Spring Harb Protoc 2006 for instructions on how to make the solution.</td></tr><tr><td colspan="4">[header]</td></tr><tr><td>1x PBT (Phosphate Buffered Saline with Triton): 1x PBS with 0.01% Triton</td><td></td><td></td><td>Triton X-100 (Sigma-Aldrich - T8787)</td></tr><tr><td>1% BSA (Bovine Serum Albumin): 1% BSA in 1x PBT</td><td></td><td></td><td>BSA (Bioshop Canada - ALB001). Store at 4 &amp;deg;C.</td></tr><tr><td>mouse anti-Dlg (Discs large)</td><td>Developmental Studies Hybridoma Bank</td><td>4F3</td><td>Use at a 1:10 dilution in 1% BSA.</td></tr><tr><td>rabbit anti-HtsM (Hu-li tai shao)</td><td></td><td></td><td>Provided by Dr. Lynn Cooley (Yale University). Use at a 1:250 dilution in 1% BSA.</td></tr><tr><td>rabbit anti-Pak (p21-activated kinase)</td><td></td><td></td><td>Provided by Dr. Nicholas Harden (Simon Fraser University). Use at a 1:500 dilution in 1% BSA.</td></tr><tr><td>mouse anti-Wg (Wingless)</td><td>Developmental Studies Hybridoma Bank</td><td>4D4</td><td>Use at a 1:5 dilution in 1% BSA.</td></tr><tr><td>goat anti-Hrp (Horseradish peroxidase)</td><td>Jackson&amp;nbsp;&amp;nbsp;&amp;nbsp;&amp;nbsp;&amp;nbsp;&amp;nbsp;&amp;nbsp;&amp;nbsp;&amp;nbsp;&amp;nbsp;&amp;nbsp;&amp;nbsp;&amp;nbsp; ImmunoResearch</td><td>123-065-021</td><td>Use at a 1:200 dilution in 1% BSA.</td></tr><tr><td>FITC-conjugated donkey anti-goat</td><td>Jackson&amp;nbsp;&amp;nbsp;&amp;nbsp;&amp;nbsp;&amp;nbsp;&amp;nbsp;&amp;nbsp;&amp;nbsp;&amp;nbsp;&amp;nbsp;&amp;nbsp;&amp;nbsp; ImmunoResearch</td><td>705-095-003</td><td>Use at a 1:200 dilution in 1% BSA.</td></tr><tr><td>Duolink In Situ PLA Probe anti-mouse MINUS</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>DUO92004</td><td></td></tr><tr><td>Duolink In Situ PLA Probe anti-rabbit PLUS</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>DUO92002</td><td></td></tr><tr><td>Duolink In Situ Detection Reagents Red</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>DUO92008</td><td></td></tr><tr><td>1x Wash Buffer A: 0.01&amp;nbsp;M Tris, 0.15&amp;nbsp;M NaCl, 0.05% Tween 20, pH 7.4</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>DUO82049</td><td>Tris (Caledon Laboratories - 8980-1), NaCl (Caledon - 7560-1), Tween 20 (Fisher Scientific - BP337)</td></tr><tr><td>1x Wash Buffer B: 0.2&amp;nbsp;M Tris, 0.1&amp;nbsp;M NaCl, pH 7.5</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>DUO82049</td><td>Tris (Caledon Laboratories - 8980-1), NaCl (Caledon - 7560-1)</td></tr><tr><td>0.01x Wash Buffer B: 2&amp;nbsp;mM Tris, 1&amp;nbsp;mM NaCl, pH 7.5</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>DUO82049</td><td>Tris (Caledon Laboratories - 8980-1), NaCl (Caledon - 7560-1)</td></tr><tr><td>Duolink In Situ Mounting Medium with DAPI</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>DUO82040</td><td></td></tr></tbody></table>

detection of in situ protein-protein complexes at the drosophila larval neuromuscular junction using proximity ligation assay

Discs large (Dlg) is a conserved member of the membrane-associated guanylate kinase family, and serves as a major scaffolding protein at the larval neuromuscular junction (NMJ) in Drosophila. Previous studies have shown that the postsynaptic distribution of Dlg at the larval NMJ overlaps with that of Hu-li tai shao (Hts), a homologue to the mammalian adducins. In addition, Dlg and Hts are observed to form a complex with each other based on co-immunoprecipitation experiments involving whole adult fly lysates. Due to the nature of these experiments, however, it was unknown whether this complex exists specifically at the NMJ during larval development.
Proximity Ligation Assay (PLA) is a recently developed technique used mostly in cell and tissue culture that can detect protein-protein interactions in situ. In this assay, samples are incubated with primary antibodies against the two proteins of interest using standard immunohistochemical procedures. The primary antibodies are then detected with a specially designed pair of oligonucleotide-conjugated secondary antibodies, termed PLA probes, which can be used to generate a signal only when the two probes have bound in close proximity to each other. Thus, proteins that are in a complex can be visualized. Here, it is demonstrated how PLA can be used to detect in situ protein-protein interactions at the Drosophila larval NMJ. The technique is performed on larval body wall muscle preparations to show that a complex between Dlg and Hts does indeed exist at the postsynaptic region of NMJs.

Yabani tip Üçüncü dönem larva NMJs ise, Dlg ağırlıklı tipi boutons mı daha Dlg immünoreaktivite düzeyleri tip Ib boutons daha belirgin olmak, tip I glutamaterjik boutons postsinaptik membranda bulunan (Şekil 3A) 4. Hts kas boyunca mevcut ama Hts immünoreaktivite düzeyleri hem tip I boutons eşit görünen ile postsinaptik bölgede yoğunlaşır ve aynı zamanda (Şekil 3A &#39;) 8,17 presynaptically bulunur. Dlg ve Hts dağılımları ölçüde posts...

Watch this Scientific Journal Video about Detection of In Situ Protein-protein Complexes at the Drosophila Larval Neuromuscular Junction Using Proximity Ligation Assay at JoVE.com

Detection of In Situ Protein-protein Complexes at the Drosophila Larval Neuromuscular Junction Using Proximity Ligation Assay

Bu protokol Proximity ligasyon Testi Drosophila larva nöromüsküler kavşakta yerinde protein-protein etkileşimleri tespit etmek için nasıl kullanılabileceğini gösteriyor. Bu teknikle, Diskler, büyük ve Hu-li tai shao postsinaptik bölgede bir kompleks, daha önce birlikte immunoprecipitation ile tespit dernek kurma gösterilmiştir.

Algılama<em&gt; In Situ</emEn&gt; Protein-protein kompleksleri<em&gt; Drosophila</emProximity ligasyon Testi Kullanımı&gt; Larva Nöromüsküler Junction

Discs large (Dlg) is a conserved member of the membrane-associated guanylate kinase family, and serves as a major scaffolding protein at the larval ...

detection-situ-protein-protein-complexes-at-drosophila-larval

Research

JoVE Journal

Neuroscience

Detection of In Situ Protein-protein Complexes at the Drosophila Larval Neuromuscular Junction Using Proximity Ligation Assay

13.1K Görüntüleme.  Simon Fraser University.  Bu protokol Proximity ligasyon Testi Drosophila larva nöromüsküler kavşakta yerinde protein-protein etkileşimleri tespit etmek için nasıl kullanılabileceğini gösteriyor. Bu teknikle, Diskler, büyük ve Hu-li tai shao postsinaptik bölgede bir kompleks, daha önce birlikte immunoprecipitation ile tespit dernek kurma gösterilmiştir. 

Video: Detection of In Situ Protein-protein Complexes at the Drosophila Larval Neuromuscular Junction Using Proximity Ligation Assay

Visualization of Protein-protein Interaction in Nuclear and Cytoplasmic Fractions by Co-immunoprecipitation and In Situ Proximity Ligation Assay

Protein-protein interactions are involved in thousands of cellular processes and occur in distinct spatial context. Traditionally, co-immunoprecipitation is a popular technique to detect protein-protein interactions. Subsequent Western blot analysis is the most common method to visualize co-immunoprecipitated proteins. Recently, the proximity ligation assay has become a powerful tool to visualize protein-protein interactions in situ and provides the possibility to quantify protein-protein interactions by this method. Similar to conventional immunocytochemistry, the proximity ligation assay technique is also based on the accessibility of primary antibodies to the antigens, but in contrast, proximity ligation assay detects protein-protein interactions with a unique technique involving rolling-circle PCR, while conventional immunocytochemistry only shows co-localization of proteins.
Nuclear factor 90 (NF90) and RNA-binding motif protein 3 (RBM3) have been previously demonstrated as interacting partners. They are predominantly localized in the nucleus, but also migrate into the cytoplasm and regulate signaling pathways in the cytoplasmic compartment. Here, we compared NF90-RBM3 interaction in both the nucleus and the cytoplasm by co-immunoprecipitation and proximity ligation assay. In addition, we discussed the advantages and limitations of these two techniques in visualizing protein-protein interactions in respect to spatial distribution and the properties of protein-protein interactions.

Visualization of Protein-protein Interaction in Nuclear and Cytoplasmic Fractions by Co-immunoprecipitation and In Situ Proximity Ligation Assay

Protein-protein interactions can occur in both the nucleus and the cytoplasm of a cell. To investigate these interactions, traditional co-immunoprecipitation and modern proximity ligation assay are applied. In this study, we compare these two methods to visualize the distribution of NF90-RBM3 interactions in the nucleus and the cytoplasm.

Co-immunoprecipitation tarafından Nükleer ve Sitoplazmik Kesirler Protein-protein Etkileşim görselleştirme ve<em&gt; In Situ</em&gt; Proximity ligasyon Testi

Protein-protein interactions are involved in thousands of cellular processes and occur in distinct spatial context. Traditionally, co-immunoprecipitation ...

Biyokimya

Detection and Visualization of DNA Damage-induced Protein Complexes in Suspension Cell Cultures Using the Proximity Ligation Assay

The DNA damage response orchestrates the repair of DNA lesions that occur spontaneously, are caused by genotoxic stress, or appear in the context of programmed DNA breaks in lymphocytes. The Ataxia-Telangiectasia Mutated kinase (ATM), ATM- and Rad3-Related kinase (ATR) and the catalytic subunit of DNA-dependent Protein Kinase (DNA-PKcs) are among the first that are activated upon induction of DNA damage, and are central regulators of a network that controls DNA repair, apoptosis and cell survival. As part of a tumor-suppressive pathway, ATM and ATR activate p53 through phosphorylation, thereby regulating the transcriptional activity of p53. DNA damage also results in the formation of so-called ionizing radiation-induced foci (IRIF) that represent complexes of DNA damage sensor and repair proteins that accumulate at the sites of DNA damage, which are visualized by fluorescence microscopy. Co-localization of proteins in IRIFs, however, does not necessarily imply direct protein-protein interactions, as the resolution of fluorescence microscopy is limited. 
In situ Proximity Ligation Assay (PLA) is a novel technique that allows the direct visualization of protein-protein interactions in cells and tissues with unprecedented specificity and sensitivity. This technique is based on the spatial proximity of specific antibodies binding to the proteins of interest. When the interrogated proteins are within ~40 nm an amplification reaction is triggered by oligonucleotides that are conjugated to the antibodies, and the amplification product is visualized by fluorescent labeling, yielding a signal that corresponds to the subcellular location of the interacting proteins. Using the established functional interaction between ATM and p53 as an example, it is demonstrated here how PLA can be used in suspension cell cultures to study the direct interactions between proteins that are integral parts of the DNA damage response.

Here, it is demonstrated how the in situ Proximity Ligation Assay (PLA) can be used to detect and visualize the direct protein-protein interactions between ATM and p53 in suspension cell cultures exposed to genotoxic stress.

Proximity Ligation Testi ile Süspansiyon Hücre Kültürlerinde DNA Hasarına Bağlı Protein Komplekslerinin Saptanması ve Görselleştirilmesi

The DNA damage response orchestrates the repair of DNA lesions that occur spontaneously, are caused by genotoxic stress, or appear in the context of ...

Detection of Heterodimerization of Protein Isoforms Using an in Situ Proximity Ligation Assay

Regulated protein-protein interactions are a guiding principle for many signaling events, and the detection of such events is an important element in understanding how such pathways are organized and how they function. There are many methods to detect protein-protein interactions in cells, but relatively few can be used to detect interactions between endogenous proteins. One such method, the proximity ligation assay (PLA), has several advantages to recommend its use. Compared to other common methods of protein-protein interaction analysis, PLA has relatively high sensitivity and specificity, can be performed with minimal cell manipulation, and, in the protocol described herein, requires only two target-specific antibodies derived from different species (e.g., from mouse and rabbit) and one specialized reagent: a set of secondary antibodies that are covalently linked to specific oligonucleotides that, when brought in close proximity of one another, create an amplifiable platform for in situ PCR or rolling circle amplification. In this presentation, we show how to apply the PLA technique to visualize changes in MST1 and MST2 proximity in fixed cells. The technique described in this manuscript is particularly applicable for the analysis of cell signaling studies.

Detection of Heterodimerization of Protein Isoforms Using an in Situ Proximity Ligation Assay

Here, we show how to use a Proximity Ligation Assay (PLA) to visualize MST1/MST2 heterodimerization in fixed cells with high sensitivity.

Heterodimerization in Situ yakınlık ligasyonu tahlil kullanarak Protein izoformlarının tespiti

Regulated protein-protein interactions are a guiding principle for many signaling events, and the detection of such events is an important element in ...

In Situ Detection of Ribonucleoprotein Complex Assembly in the C. elegans Germline using Proximity Ligation Assay

Understanding when and where protein-protein interactions (PPIs) occur is critical to understanding protein function in the cell and how broader processes such as development are affected. The Caenorhabditis elegans germline is a great model system for studying PPIs that are related to the regulation of stem cells, meiosis, and development. There are a variety of well-developed techniques that allow proteins of interest to be tagged for recognition by standard antibodies, making this system advantageous for proximity ligation assay (PLA) reactions. As a result, the PLA is able to show where PPIs occur in a spatial and temporal manner in germlines more effectively than alternative approaches. Described here is a protocol for the application and quantification of this technology to probe PPIs in the C. elegans germline.

In Situ Detection of Ribonucleoprotein Complex Assembly in the C. elegans Germline using Proximity Ligation Assay

This protocol demonstrates use of the proximity ligation assay to probe for protein-protein interactions in situ in the C. elegans germline.

Yakınlık Ligasyon Tayini kullanılarak C. elegans Germline Ribonükleoprotein Kompleksi Montaj Yerinde Algılama

Understanding when and where protein-protein interactions (PPIs) occur is critical to understanding protein function in the cell and how broader processes ...

Gelişim Biyolojisi

Detection of Signaling Effector-Complexes Downstream of BMP4 Using in situ PLA, a Proximity Ligation Assay

BMPs are responsible for a wide range of developmental and biological effects. BMP receptors activate (phosphorylate) the Smad1/5/8 effectors, which then, form a complex with Smad4 and translocate to the nucleus where they function as transcription factors to initiate BMP specific downstream effects 1. Traditional immuno-fluorescence techniques with antibodies against phospho-Smad peptides exhibit low sensitivity, high background and offer gross quantification as they rely on intensity of the antibody signal particularly if this is photosensitive fluorescent. In addition, phospho-Smads may not all be in complex with Smad4 and engaged in active transcription.
In situ PLA is a technology capable of detecting protein interactions with high specificity and sensitivity 2-4. This new technology couples antibody recognition with the amplification of DNA surrogate of the protein. It generates a localized, discrete signal in a form of spots revealing the exact position of the recognition event. The number of signals can be counted and compared providing a measurement. We applied in situ PLA, using the Duolink kit, with a combination of antibodies that allows the detection of the BMP signaling effectors phospho-Smad1/5/8 and Smad4 only when these are in proximity i.e. in a complex, which occurs only with signaling activation. This allowed for the first time, the visualization and measurement of endogenous BMP signaling with high specificity and sensitivity in a time course experiment under BMP4 stimulation.

Detection of Signaling Effector-Complexes Downstream of BMP4 Using in situ PLA, a Proximity Ligation Assay

Here we show how to use Proximity Ligation Assay (PLA), with a combination of antibodies to visualize Bone Morphogenetic Protein (BMP) signaling in fixed cells. This technique allowed us to follow the nuclear accumulation of endogenous BMP activated effector-complexes and quantify their levels over time under BMP4 stimulation.

Efektör-Kompleksleri kullanarak BMP4 Mansabında Sinyal Algılama In situ PLA, Proximity ligasyon Testi

BMPs are responsible for a wide range of developmental and biological effects. BMP receptors activate (phosphorylate) the Smad1/5/8 effectors, which then, ...

Biyoloji

An in vivo Crosslinking Approach to Isolate Protein Complexes From Drosophila Embryos

Many cellular processes are controlled by multisubunit protein complexes. Frequently these complexes form transiently and require native environment to assemble. Therefore, to identify these functional protein complexes, it is important to stabilize them in vivo before cell lysis and subsequent purification. Here we describe a method used to isolate large bona fide protein complexes from Drosophila embryos. This method is based on embryo permeabilization and stabilization of the complexes inside the embryos by in vivo crosslinking using a low concentration of formaldehyde, which can easily cross the cell membrane. Subsequently, the protein complex of interest is immunopurified followed by gel purification and analyzed by mass spectrometry. We illustrate this method using purification of a Tudor protein complex, which is essential for germline development. Tudor is a large protein, which contains multiple Tudor domains - small modules that interact with methylated arginines or lysines of target proteins. This method can be adapted for isolation of native protein complexes from different organisms and tissues.

An in vivo Crosslinking Approach to Isolate Protein Complexes From Drosophila Embryos

Multi-component protein complexes play crucial roles during cellular function and development. Here we describe a method used to isolate native protein complexes from Drosophila embryos after in vivo crosslinking followed by purification of the crosslinked complexes for subsequent structure-function analysis.

Bir In vivo</emŞu Protein Kompleksler yalıtmak için> Çapraz yaklaşım Drosophila Embriyolar

Many cellular processes are controlled by multisubunit protein complexes. Frequently these complexes form transiently and require native environment to ...

Drosophila Nöromüsküler Kavşaklarda ve Kas Hücrelerinde Mikrotübül Ağlarının Görüntülenmesi

Using Drosophila Larval Neuromuscular Junction and Muscle Cells to Visualize Microtubule Network

The microtubule network is an essential component of the nervous system. Mutations in many microtubules regulatory proteins are associated with neurodevelopmental disorders and neurological diseases, such as microtubule-associated protein Tau to neurodegenerative diseases, microtubule severing protein Spastin and Katanin 60 cause hereditary spastic paraplegia and neurodevelopmental abnormalities, respectively. Detection of microtubule networks in neurons is advantageous for elucidating the pathogenesis of neurological disorders. However, the small size of neurons and the dense arrangement of axonal microtubule bundles make visualizing the microtubule networks challenging. In this study, we describe a method for dissection of the larval neuromuscular junction and muscle cells, as well as immunostaining of &#945;-tubulin and microtubule-associated protein Futsch to visualize microtubule networks in Drosophila melanogaster. The neuromuscular junction permits us to observe both pre-and post-synaptic microtubules, and the large size of muscle cells in Drosophila larva allows for clear visualization of the microtubule network. Here, by mutating and overexpressing Katanin 60 in Drosophila melanogaster,&#160;and then examining the microtubule networks in the neuromuscular junction and muscle cells, we&#160;accurately reveal the regulatory role of Katanin 60 in neurodevelopment. Therefore, combined with the powerful genetic tools of Drosophila&#160;melanogaster, this protocol greatly facilitates genetic screening and microtubule dynamics analysis for the role of microtubule network regulatory proteins in the nervous system.

Yazar Spotlight: Drosophila nöromüsküler kavşaklarında mikrotübül ağını anlamak 

Here, we present a detailed protocol to visualize the microtubule networks in neuromuscular junctions and muscle cells. Combined with the powerful genetic tools of Drosophila melanogaster, this protocol greatly facilitates genetic screening and microtubule-dynamics analysis for the role of microtubule network regulatory proteins in the nervous system.

Mikrotübül Ağını Görselleştirmek için Drosophila Larva Nöromüsküler Kavşak ve Kas Hücrelerini Kullanma

The microtubule network is an essential component of the nervous system. Mutations in many microtubules regulatory proteins are associated with ...

Nörobilim

Study of Endoplasmic Reticulum and Mitochondria Interactions by In Situ Proximity Ligation Assay in Fixed Cells

Structural interactions between the endoplasmic reticular (ER) and mitochondrial membranes, in domains known as mitochondria-associated membranes (MAM), are crucial hubs for cellular signaling and cell fate. Particularly, these inter-organelle contact sites allow the transfer of calcium from the ER to mitochondria through the voltage-dependent anion channel (VDAC)/glucose-regulated protein 75 (GRP75)/inositol 1,4,5-triphosphate receptor (IP3R) calcium channeling complex. While this subcellular compartment is under intense investigation in both physiological and pathological conditions, no simple and sensitive method exists to quantify the endogenous amount of ER-mitochondria contact in cells. Similarly, MAMs are highly dynamic structures, and there is no suitable approach to follow modifications of ER-mitochondria interactions without protein overexpression. Here, we report an optimized protocol based on the use of an in situ proximity ligation assay to visualize and quantify endogenous ER-mitochondria interactions in fixed cells by using the close proximity between proteins of the outer mitochondrial membrane (VDAC1) and of the ER membrane (IP3R1) at the MAM interface. Similar in situ proximity ligation experiments can also be performed with the GRP75/IP3R1 and cyclophilin D/IP3R1 pairs of antibodies. This assay provides several advantages over other imaging procedures, as it is highly specific, sensitive, and suitable to multiple-condition testing. Therefore, the use of this in situ proximity ligation assay should be helpful to better understand the physiological regulations of ER-mitochondria interactions, as well as their role in pathological contexts.

Study of Endoplasmic Reticulum and Mitochondria Interactions by In Situ Proximity Ligation Assay in Fixed Cells

Here, we describe a procedure to visualize and quantify with high sensitivity the endogenous interactions between the endoplasmic reticulum and mitochondria in fixed cells. The protocol features an optimized in situ proximity ligation assay targeting the inositol 1,4,5-triphosphate receptor/glucose-regulated protein 75/voltage-dependent anion channel/cyclophilin D complex at the mitochondria-associated membrane interface.

Endoplazmik retikulum ve mitokondri Etkileşimleri Çalışma ile<em&gt; In Situ</em&gt; Proximity ligasyon Testi Sabit Hücrelerde

Structural interactions between the endoplasmic reticular (ER) and mitochondrial membranes, in domains known as mitochondria-associated membranes (MAM), ...

Algılama

Özet

Daha Fazla Video Keşfet

Bu videodaki bölümler

Co-immunoprecipitation tarafından Nükleer ve Sitoplazmik Kesirler Protein-protein Etkileşim görselleştirme ve

Proximity Ligation Testi ile Süspansiyon Hücre Kültürlerinde DNA Hasarına Bağlı Protein Komplekslerinin Saptanması ve Görselleştirilmesi

Heterodimerization in Situ yakınlık ligasyonu tahlil kullanarak Protein izoformlarının tespiti

Yakınlık Ligasyon Tayini kullanılarak C. elegans Germline Ribonükleoprotein Kompleksi Montaj Yerinde Algılama

Efektör-Kompleksleri kullanarak BMP4 Mansabında Sinyal Algılama In situ PLA, Proximity ligasyon Testi

Bir In vivo Çapraz yaklaşım Drosophila Embriyolar

Mikrotübül Ağını Görselleştirmek için Drosophila Larva Nöromüsküler Kavşak ve Kas Hücrelerini Kullanma

Mikrotübül Ağını Görselleştirmek için Drosophila Larva Nöromüsküler Kavşak ve Kas Hücrelerini Kullanma

Mikrotübül Ağını Görselleştirmek için Drosophila Larva Nöromüsküler Kavşak ve Kas Hücrelerini Kullanma

Endoplazmik retikulum ve mitokondri Etkileşimleri Çalışma ile