İş Ödülü numarası P30DK056336 üzerinden Ulusal Enstitüsü, diyabet ve sindirim ve böbrek hastalıkları beslenme ve Obezite Araştırma Merkezi'nde Birmingham Alabama Üniversitesi NCR için bir pilot hibe yoluyla tarafından desteklenmiştir.

İSTEKLER Drosophila etkinlik izleyicisi birimi oluşur (kaynak bilgi için Malzemeler tablobakınız) bir motor birimi (Şekil 1) tarafından denetlenir dönen bir kol üzerine monte. Etkinlik İzleyicisi tahlil tüp ortasında dissekan lazer ışınları dizi bozulur bir belirtilen zaman aralığında sıklığını belirler. Ayrıntılı çizimler ve derinlemesine bir karakterizasyonu için bizim önceki yayın9bakın. Sistemimiz LAM25H birimi kullanırken, istekler diğer Drosophila etkinlik izleyicisi birimleri de içerecek şekilde değişiklik.
1. test istekler kurulumu
<ol><li>Yükleme testi CO2 veya işleme, boş tüpler içine taşıyarak ve tüpler kapatma için seçilen diğer yöntem hayvanlarla anesthetizing tarafından cam numune tüpler içine uçar.</li>
	<li>Kaplama cam numune tüpleri etkinlik izleyicisi birim yuvalarına takın. Kauçuk O-halkaları (17-18 gauge) kullanarak borular kapansin ve/veya kauçuk şeritler biriminin tüpler emin olmak için her iki tarafta döndürme sırasında hareket etmez:<ol>
<li>Bir O-ring Numune Tüp üzerinde kayma ve O-ring yakın tüp orta noktasının sağına yerleştirin. Numune Tüp ön etkinlik izleyicisi yuvasına takın ve o merkez.</li>
		<li>O-ring gerektiği şekilde taşıyın ve sonra numune tüp ortalanır, O-ring mümkün olduğunca etkinlik izleyicisi birimi gibi yakın kaydırdı emin olun. Numune Tüp yerde tekrar mümkün olduğunca etkinlik izleyicisi birimi gibi yakın O-ring hareket arkasından ikinci bir O-ring cam tüp üzerinde kaymasını tarafından tamir.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Güç anahtarı birimini önündeki saygısız istekler dönüşü başlatın. Döndürme hızı kadran ile ünitenin önündeki istediğiniz hızı (4 rpm (min başına rotasyonlar) Bu örnekte) için ayarlayın. Not: Bu örnekte dönüş hızı daha önce yayımlanmış çalışma7maç için seçildi. Gibi farklı dönme hızları farklı hayvan aktivite düzeyleri, yeni bir çalışma başlatırken sonuçlanır, belirli deneysel set-up (genotip, uzunluğu egzersiz bout, etc.) için dönüş hızı duruma getirilmesi gerekli olabilir. Not: Döndürme sırasında istekler birim dipte sürükleyin değil böylece tüpler şekilde alacak biçimde yerleştirildiğinden emin olmak önemlidir.</li>
	<li>DAMSystem308 yazılım açarak ve bağlantı ışık için birkaç rotasyonlar yeşil kalmasını sağlamak Drosophila etkinlik izleyicisi ünitesi ile sağlanan veri toplama sistemi bağlantıyı sınamak. Yazılım kayıt veri içine a metin eğe "MonitorX" (birden çok monitör kullanılmakta olan X birim sayısı olarak) hemen başlatılması başlar. Frekans kayıt "Tercihler" sekmesinde ayarlanabilir; genellikle 5 dk aralıklarla kaydederiz.</li>
	<li>Veri bağlantısı doğru çalıştığından emin olmak için DAMSystem308 yazılım tarafından oluşturulan metin dosyası araştırmak. Kesik, 0 faaliyet istekler tüm pozisyonlar (bkz: Temsilcisi sonuçları ve Tablo 2) için nereye kaydedilir zaman puan bağlantısı ile ilgili sorunlar sonucunda. Kesik oluşursa, döndürme sırasında bu bağlantı gevşek veya bükülmüş haline gelebilir gibi dönen telefon jakına giden veri bağlantıları ayarlayın. Biz bağlantı bant ile sabitleme bu sorunu önlemeye yardımcı bulabilirsiniz.</li>
</ol>2. hayvan hazırlanması
Not: Tüm hayvan kaldırdı ve bir kuluçka (25 ° C, 60-%70 nem, 12 h açık/koyu döngüsü) pekmez/mısır unu medya10standart koşullar altında test edilmiştir.
<ol><li>İki hafta önce planlanan deney tüpleri kadar deneysel sinekler üzerinden toplamak için kontrollü hayvan yoğunluğu ile ayarla; genellikle şişeleri kadar 7 ve 10 erkek ile ayarlarsınız. Sağlıklı bir stoktan tek bir şişe ile yaklaşık 15 bakire ve 15 erkek 4 günlük süre içinde toplanabilir. Kurmak şişeleri sayısını tahlil için gerekli hayvan sayısına ayarlayın; Bizim Laboratuvar tipik bir tahlil 10 bakire erkek ve kadın genotip (100 ve 100 erkek) başına 10 kümesi içerir. Not: Bakire olmayan sinekler deneysel sorularınıza bağlı olarak kullanılabilir. Bakire olmayan hayvanlar ile uzun vadeli deneyler, gezinme larva doğru etkinliğini izleme ile girişime neden olabilir.</li>
	<li>Üst sinek kadar şişeleri ayarladıktan sonra bir hafta kaldırın.</li>
	<li>Şişeleri kurma 10 günden başlayarak, bakire sinekler tüpleri toplamak ve onları seks tarafından ayrı saklayın.</li>
	<li>Deney ve yaş olarak, bu örnekte 3 gün gerekli için yeterli hayvanları toplamak. Not: Biz genellikle işleme CO2 hayvanlarla anestezi. CO2 tedaviden sonra uzun bir süre için hayvan faaliyet düzeylerine etkisi bilinmektedir (örneğin, Bartholomew ve ark. 201511bakınız). CO2 etkisi planlı aşağı akım deneyleri veya analizleri ile müdahale, buz anesthetization gibi farklı anestezi yöntemi kullanın.</li>
</ol>3. veri toplama istekler ile
<ol><li>CO2 veya başka bir anestezi yöntemi ile egzersiz miktar çalışma için kullanılmak üzere hayvanların anestezi. Onlara gerektiği gibi gruplara ayırmak ve hayvan grupları etkinlik izleyicisi boş cam tüpler içine yük; Bu örnekte, aynı yaş 10 hayvan başına cam boru, her hayvan türü (cinsiyet/genotip) için 10 çoğaltır yüklenir. Hangi hayvan türünün her tüpün içinde yüklenir unutmayın emin olun. Not: uzun deneyler için numune tüplerde gıda dahil edilebilir. Bu durumda, bu gıda güvenli ve döndürme sırasında yerinden olmak değil esastır.</li>
	<li>Cam tahlil tüpler istekler birimini yüklemek ve onları kauçuk o-ring ile güvenli. Eğer birden fazla seks/genotip ile çalışma, bir randomize blok tasarım veya hayvanların bulunduğu istekler randomizasyon kullanarak herhangi bir potansiyel pozisyon etkisi ortadan kaldırır. Randomizasyon her şişe rastgele bir sayı, örneğin bir web tabanlı rasgele sayı üreteci (Örneğin, https://www.randomizer.org/) veya bir elektronik tablodaki atama ve rastgele bu sayının tüpleri sipariş elde edilebilir.</li>
	<li>Sabit sıcaklık, nem ve ışık sağlamak için kombine kuluçka makinesi istekler yer koşulları. Güç ve veri kablolarını düzgün bağlandığından emin olun.</li>
	<li>Hayvanlar anesteziden kurtarmak için ve 1 h yeni ortamına parkenizin için izin.</li>
	<li>Deneme istenen hızda istekler dönüşü başlatarak başlar. Not: İlk başlatma dönme, dönme stimülasyon karşılık olarak faaliyet düzeylerine kaydederek takip önce hayvanlardan temel etkinliği verilerini toplamak için başka bir seçenek var.</li>
	<li>Veri toplama (sadece yazılım başlatır veri toplama açılış) DAMsystem308 yazılım açarak başlayın. Veri kümesi aralıklarla (burada, 5 min); bir metin dosyasına yazılır gerekirse, "Tercihler" sekmesinde aralığı ayarlarını değiştirin (bkz. Adım 1.4).</li>
	<li>Verileri başarıyla bilgisayara aktarılan emin olmak için bir ya da iki zaman aralıkları geçti ve veri dosyası için yazıldığını onayladıktan sonra DAMsystem308 yazılım tarafından oluşturulan metin dosyasını açın. Kapatın ve yeniden veri herhangi bir ek süre noktalarından görmek için bu dosyayı açın. Verileri istediğiniz süreyi için toplamak; Örneğin, 2 h. Not: hayvanlar için herhangi bir rahatsızlık duyarlıdır ve büyük olasılıkla artan etkinliği ile cevap verecektir kuluçka makinesi tahlil döneminde açmay›n.</li>
	<li>Egzersiz tahlil sonunda, veri toplama DAMsystem308 yazılım kapatarak sonlandırmak sonra REQS. açın Hayvanlar cam tahlil tüpleri çıkarın ve tüpler temizleyin. Hayvanlar farklı yaş önlemleri ihtiyaç vardır tekrarlanan Eğer gıda tüpleri geri taşınabilirler. Not: ölüm egzersiz rejimi sırasında oluşursa, ölü sinekler varlığı etkinlik sayar etki olarak bu, kaydedilmiş olmalıdır. DGRP2 sinek satır12,13ile deneyim, 4 rpm'de 2 h herhangi bir ölüm sonuçlanmamıştır ama zayıf suşları farklı yanıt egzersiz.</li>
</ol>4. veri analizi
<ol><li>"Monitor1 DAMSystem308 yazılım tarafından üretilen" etiketli .txt dosyasını açın.</li>
	<li>Veri dosyası (cevapsız zaman puan, vb; veri toplama sırasında oluşmuş olabilir herhangi bir sorun için incelemek Tablo 1). Gerekirse, dosya başlangıç ve bitiş kayıt veri noktaları kaldırarak sansür.</li>
	<li>Seçtiğiniz (Örneğin, R), istatistiksel yazılım kullanarak toplanan verileri analiz. Açıklayıcı istatistikler oluşturmak ve verileri normalde dağıtılmışsa seks ve genotip, gibi etkileri araştırmak için Varyans Analizi (ANOVA) yürütmek. Verileri normal olarak dağıtılmış değildir, Kruskal-Wallis testleri gibi non-Parametrik yöntemler grupları karşılaştırmak için kullanın. Gereken belirli analizleri belirli bilimsel soru ve deneysel tasarım bağlıdır.</li>
</ol>

<ol>
	<li>Rieder, L. E., Larschan, E. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Wisdom+from+the+fly.">Wisdom from the fly.</a> Trends Genet. 30 (11), 479-481 (2014).</li><li>Ugur, B., Chen, K., Bellen, H. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Drosophila+tools+and+assays+for+the+study+of+human+diseases.">Drosophila tools and assays for the study of human diseases.</a> Dis Model Mech. 9 (3), 235-244 (2016).</li><li>Hales, K. G., Korey, C. A., Larracuente, A. M., Roberts, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genetics+on+the+fly:+A+primer+on+the+Drosophila+Model+System.">Genetics on the fly: A primer on the Drosophila Model System.</a> Genetics. 201 (3), 815-842 (2015).</li><li>Piazza, N., Gosangi, B., Devilla, S., Arking, R., Wessells, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Exercise-training+in+young+Drosophila+melanogaster+reduces+age-related+decline+in+mobility+and+cardiac+performance.">Exercise-training in young Drosophila melanogaster reduces age-related decline in mobility and cardiac performance.</a> PLoS One. 4 (6), e5886 (2009).</li><li>Gargano, J. W., Martin, I., Bhandari, P., Grotewiel, M. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+iterative+negative+geotaxis+(RING):+a+new+method+for+assessing+age-related+locomotor+decline+in+Drosophila.">Rapid iterative negative geotaxis (RING): a new method for assessing age-related locomotor decline in Drosophila.</a> Exp Gerontol. 40 (5), 386-395 (2005).</li><li>Tinkerhess, M. J., Ginzberg, S., Piazza, N., Wessells, R. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Endurance+training+protocol+and+longitudinal+performance+assays+for+Drosophila+melanogaster.">Endurance training protocol and longitudinal performance assays for Drosophila melanogaster.</a> J Vis Exp. (61), (2012).</li><li>Mendez, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+TreadWheel:+A+novel+apparatus+to+measure+genetic+variation+in+response+to+gently+induced+exercise+for+Drosophila.">The TreadWheel: A novel apparatus to measure genetic variation in response to gently induced exercise for Drosophila.</a> PLoS One. 11 (10), e0164706 (2016).</li><li>Katzenberger, R. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+Drosophila+model+of+closed+head+traumatic+brain+injury.">A Drosophila model of closed head traumatic brain injury.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 110 (44), E4152-E4159 (2013).</li><li>Watanabe, L. P., Riddle, N. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Characterization+of+the+Rotating+Exercise+Quantification+System+(REQS),+a+novel+Drosophila+exercise+quantification+apparatus.">Characterization of the Rotating Exercise Quantification System (REQS), a novel Drosophila exercise quantification apparatus.</a> PLoS One. 12 (10), e0185090 (2017).</li><li>Reed, L. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genotype-by-diet+interactions+drive+metabolic+phenotype+variation+in+Drosophila+melanogaster.">Genotype-by-diet interactions drive metabolic phenotype variation in Drosophila melanogaster.</a> Genetics. 185 (3), 1009-1019 (2010).</li><li>Bartholomew, N. R., Burdett, J. M., VandenBrooks, J. M., Quinlan, M. C., Call, G. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Impaired+climbing+and+flight+behaviour+in+Drosophila+melanogaster+following+carbon+dioxide+anaesthesia.">Impaired climbing and flight behaviour in Drosophila melanogaster following carbon dioxide anaesthesia.</a> Sci Rep. 5, 15298 (2015).</li><li>Huang, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Natural+variation+in+genome+architecture+among+205+Drosophila+melanogaster+Genetic+Reference+Panel+lines.">Natural variation in genome architecture among 205 Drosophila melanogaster Genetic Reference Panel lines.</a> Genome Res. 24 (7), 1193-1208 (2014).</li><li>Mackay, T. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Drosophila+melanogaster+Genetic+Reference+Panel.">The Drosophila melanogaster Genetic Reference Panel.</a> Nature. 482 (7384), 173-178 (2012).</li><li>Berlandi, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Swing+Boat:+Inducing+and+recording+locomotor+activity+in+a+Drosophila+melanogaster+model+of+Alzheimer's+disease.">Swing Boat: Inducing and recording locomotor activity in a Drosophila melanogaster model of Alzheimer's disease.</a> Front Behav Neurosci. 11, 159 (2017).</li><li>Faville, R., Kottler, B., Goodhill, G. J., Shaw, P. J., van Swinderen, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=How+deeply+does+your+mutant+sleep?+Probing+arousal+to+better+understand+sleep+defects+in+Drosophila.">How deeply does your mutant sleep? Probing arousal to better understand sleep defects in Drosophila.</a> Sci Rep. 5, 8454 (2015).</li></ol>

Yazarlar ifşa gerek yok.

Temsil edici sonuçlar gösterdiği gibi istekler doğru Drosophila egzersiz etkinlik ölçme yeteneğine sahip. İSTEKLER esnektir ve araştırmacılar araştırma soruları egzersiz biyoloji veya egzersiz müdahaleler ile ilgili çeşitli adres sağlar. Vurgulamak için protokol iki önemli adım vardır. İlk olarak, DAMSystem308 ile istekler veri iletimi düzgün çalıştığından emin olmak için istekler kurulumunun test etmek esastır. Aksi takdirde düzgün kurmak, veri kablosunun döndürme sırasında karış...

Son zamanlarda, araştırmacılar egzersiz biyoloji çalışmaya meyve sineği Drosophila melanogaster kullanmaya başladı. D. melanogaster 100'den fazla yıl1,2için bir genetik model sistemi olmuştur. Ancak, Drosophila araştırma sadece genetik aynı zamanda Nörobiyoloji, davranışsal biyoloji ve fizyolojisi3de dahil olmak üzere diğer disiplinlerin çeşitli katkılarda bulunmuştur. 2009 yılında, güç Kulesi, ilk egzersiz makinesi Drosophila için açıklanan4oldu. Güç Kulesi hayvanların negatif geotaxis yanıt yararlanır. Ne zaman rahatsız, Drosophila eğilimi onların muhafaza başına taşımak için. Bu yanıt iyi kurulmuş ve tırmanma yeteneği ve/veya fiziksel uygunluk Drosophila tahmin etmek için kullanılan popüler "Yüzük" (hızlı yinelemeli negatif Geotaxis5) tahlil temelidir. Negatif geotaxis yanıt (Tinkerhess ve ark. 20126 ikna etmek için birkaç santim art arda bir dizi hayvanlar onların muhafazaları içinde kaldırmak için bir motor birimine bağlı ve onları geri yere bırakarak mekanik bir kol güç kulesi kullanır «««sağlamak) güç kulesi kullanımını gösteren bir video. Güç kulesi üzerinde uzun süreli tedavi böylece miktarını artırır (çalışıyor veya uçan) fiziksel aktivite, hayvanlar göre tedavi edilmezse denetim hayvanlar ve zaman neden yüzük tahlil fiziksel fitness4için geliştirilmiş performans üzerinde gerçekleştirin. Böylece, bu eser Drosophila egzersiz biyoloji için bir model olarak kullanarak fizibilite gösterdi.
2016 yılında Drosophila egzersiz araştırma için araçlarını repertuarı genişletmek için bir ikinci Drosophila egzersiz makinesi, Treadwheel7Mendez ve meslektaşları nitelendirdi. Benzer şekilde güç Kulesi, Treadwheel Drosophila negatif geotaxis yanıt patlatır. Ancak, bu yanıtın kaldırma ve onlara güç kulesi olduğu gibi bırakarak değil sürekli rotasyon hayvan muhafazaları tarafından indüklenen olduğu. Bu indüksiyon yöntemi daha nazik ve güç kulesi egzersiz sırasında ortaya çıkabilecek herhangi bir fiziksel travma önler daha fazla bir dayanıklılık odaklı egzersiz rejimi sağlar (bkz Katzenberger, R. J. et al. 20138 etkisi için fiziksel tekrarladı. Travma Drosophila sağlığı üzerinde). Benzer şekilde güç kulesi4, egzersiz muamele-in hayvan Treadwheel üzerinde fizyolojik yanıt-e doğru fiziksel uygunluk, trigliserid düzeyleri ve vücut ağırlığı7değişiklikleri de dahil olmak üzere, çeşitli yol açar. Böylece, iki tamamlayıcı Yöntem egzersiz eğitim Drosophila biyologlar için kullanılabilir.
Bir güç Kulesi ve Treadwheel egzersiz tedavisi tarafından indüklenen etkinliğinin miktarı ölçmek için yetersizlik kısıtlamadır. Video kayıtları Treadwheel alınan analizini nasıl egzersiz tedavisi7' ye yanıt çeşitli Drosophila suşlar arasında önemli farklılıklar olduğunu gösterdi. Özellikle, suşları ne kadar ek faaliyet hayvanlar ne zaman gerçekleştirilen7uyarılmış olarak farklılık eğitimi aldı. Bu gözlem bize dönen egzersiz miktar sistem (rotasyon indüklenen egzersiz9sırasında hayvan etkinlik düzeylerini ölçmek bize izin veren istekler), üçüncü bir egzersiz sistemi geliştirmek için istenir. İSTEKLER egzersiz olduğu gibi Treadwheel rotasyon yoluyla uyarmak için dönen bir kol üzerinde yüklü ünite izleme bir ticari olarak mevcut aktivitesi kullanır. İSTEKLER ile ilk iş bunu doğruluyor Genetik olarak farklı Drosophila suşları — ve cinsiyette - dönme stimülasyon önemli ölçüde farklı yanıt olabilir ve böylece indüklenen egzersiz miktarını farklı genotip9 arasında özdeş değildir . Böylece, istekler artık yeni araştırma caddeleri çeşitli egzersiz alanına açılış Drosophila biyologlar tarafından tedavi, indüklenen egzersiz miktarını ölçmek sağlar.
Burada ayrıntılı olarak nasıl istekler dönme egzersiz miktar için kullanıldığını açıklar. İSTEKLER dönme egzersiz indükler ve aynı anda faaliyet düzeylerine tedavi altına hayvanların ölçer. İSTEKLER egzersiz programları çeşitli karşılamak yapabiliyor, basitten 2s arasında değişen Mendez ve meslektaşları7ve stimülasyon tarafından açıklandığı gibi daha karmaşık aralığı eğitim yöntemleri aşağıda gösterildiği sürekli egzersiz rejimi ile ayarlanabilir dönüş hızı (arasında yaklaşık 1-13 rotasyonlar min başına). İSTEKLER üretmek için kullanılan etkinlik monitör bağlı olarak, bu yöntem uyarlanabilir tek sinek analizi veya hayvanların büyük popülasyonlarda birimidir. Bu çok yönlülük nedeniyle istekler Drosophila araştırmacılar fırsatlar çalışma, örneğin için farklı egzersiz rejimleri, diyet müdahaleler veya nüfus yoğunluğu etkisi bir dizi sağlar.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="769">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Drosophila Activity Monitor&#160;</td>
			<td style="width:147px;">Trikinetics</td>
			<td style="width:119px;">LAM25H</td>
			<td style="width:287px;">REQS component</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Telephone Cord Detangler</td>
			<td style="width:147px;">Uvital</td>
			<td>uv20170719</td>
			<td>REQS component</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Vial closures (flugs)</td>
			<td style="width:147px;">Genesee Scientific</td>
			<td style="width:119px;">49-102</td>
			<td style="width:287px;">Drosophila culture supplies</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Vials&#160;</td>
			<td style="width:147px;">Genesee Scientific</td>
			<td>32-120</td>
			<td style="width:287px;">Drosophila culture supplies</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Drosophila culture netting</td>
			<td style="width:147px;">Carolina Biological Supply</td>
			<td style="width:119px;">173090</td>
			<td style="width:287px;">Drosophila culture supplies</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Cornmeal</td>
			<td style="width:147px;">Pepsico</td>
			<td>43375</td>
			<td>Drosophila media</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Molasses</td>
			<td style="width:147px;">Golden Barrel</td>
			<td>BLA-GAL</td>
			<td>Drosophila media</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Agar</td>
			<td style="width:147px;">Apex Bioresearch</td>
			<td style="width:119px;">66-103</td>
			<td>Drosophila media</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Inactive Dry Yeast</td>
			<td style="width:147px;">Genesee Scientific</td>
			<td style="width:119px;">62-106</td>
			<td>Drosophila media</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Tegosept</td>
			<td style="width:147px;">Apex Bioresearch</td>
			<td style="width:119px;">20-258</td>
			<td>Drosophila media</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">Propionic acid</td>
			<td style="width:147px;">Genesee Scientific</td>
			<td style="width:119px;">20-271</td>
			<td>Drosophila media</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

measuring exercise levels in drosophila melanogaster using the rotating exercise quantification system (reqs)

Drosophila melanogaster egzersiz biyoloji çalışmalarda için yeni bir model organizmadır. İki ana egzersiz sistemi, bugüne kadar güç Kulesi ve Treadwheel tarif edilmistir. Ancak, egzersiz tedavisi ile indüklenen ek hayvan etkinliğinin miktarı ölçmek için bir yöntem eksik edilmiştir. Dönen egzersiz miktar sistem (istekler) bu ihtiyaç, bir ölçü dönme egzersiz yaşayan hayvanlar için hayvan aktivitesinin sağlayan doldurur. Bu protokolü nasıl dönme egzersiz sırasında hayvan etkinliğini değerlendirmek için istekler kullanılacağı ve oluşturulabilir veri türleri gösterilmiştir. Burada, istekler seks ve zorlanma özel indüklenen egzersiz etkinlik farklılıkları ölçmek için nasıl kullanıldığını göstermektedir. İSTEKLER, indüklenen egzersiz aktivite yaş, diyet veya popülasyon boyutu gibi çeşitli deneysel parametrelerini etkisini değerlendirmek için de kullanılabilir. Buna ek olarak, farklı egzersiz eğitim protokollerinin etkinliğini karşılaştırmak için kullanılabilir. Önemlisi, egzersiz tedavileri suşları, araştırmacı etkinlik gerekirse gruplar arasında eşit miktarda elde etmek izin arasında standartlaştırmak için bir fırsat sağlar. Bu nedenle, istekler dikkate değer yeni bir kaynak için egzersiz biyologlar Drosophila modeli sistemiyle çalışan ve varolan egzersiz sistemleri tamamlar.

"Monitor1.txt"-ecek var olmak etiket (için bir örnek bkz. ek dosya 1) varsayılan olarak DAMSystem308 yazılım tarafından üretilen veri tablosu üzerinden istekler ile bireysel bir çalışma çıktı. Böyle bir tablo bir alıntı Tablo 1' de gösterilen. Satır sonuna (alt) deney (üst) başlangıcından itibaren her zaman aralığındaki ölçülen aktivite içerirken her sütun bir tek tek tahlil tüp veri içerir. Orada olay bu durumda kablo aya...

Watch this Scientific Journal Video about Measuring Exercise Levels in Drosophila melanogaster Using the Rotating Exercise Quantification System REQS at JoVE.com

Measuring Exercise Levels in Drosophila melanogaster Using the Rotating Exercise Quantification System REQS

Dönen egzersiz miktar sistem (istekler) Drosophila melanogaster egzersiz aynı anda faaliyet hayvanlar tarafından gerçekleştirilen miktarını ölçme sırasında rotasyon yoluyla teşvik edebilirsiniz. Burada, faaliyet düzeylerine dönüş egzersiz tedavileri REQS. kullanarak karşılaşan hayvanların ölçmek nasıl ayrıntılı bir noktası noktası protokol mevcut

Drosophila melanogaster dönen egzersiz miktar sistem (istekler) kullanarak ölçüm egzersiz seviyelerinde

Drosophila melanogaster is a new model organism for studies in exercise biology. To date, two main exercise systems, the Power Tower and the Treadwheel ...

measuring-exercise-levels-drosophila-melanogaster-using-rotating

Research

JoVE Journal

Genetics

Measuring Exercise Levels in Drosophila melanogaster Using the Rotating Exercise Quantification System (REQS)

7.4K Görüntüleme.  University of Alabama at Birmingham. Dönen egzersiz miktar sistem (istekler) Drosophila melanogaster egzersiz aynı anda faaliyet hayvanlar tarafından gerçekleştirilen miktarını ölçme sırasında rotasyon yoluyla teşvik edebilirsiniz. Burada, faaliyet düzeylerine dönüş egzersiz tedavileri REQS. kullanarak karşılaşan hayvanların ölçmek nasıl ayrıntılı bir noktası noktası protokol mevcut

Video: Measuring Exercise Levels in Drosophila melanogaster Using the Rotating Exercise Quantification System REQS

Quantifying Abdominal Pigmentation in Drosophila melanogaster

Pigmentation is a morphologically simple but highly variable trait that often has adaptive significance. It has served extensively as a model for understanding the development and evolution of morphological phenotypes. Abdominal pigmentation in Drosophila melanogaster has been particularly useful, allowing researchers to identify the loci that underlie inter- and intraspecific variations in morphology. Hitherto, however, D. melanogaster abdominal pigmentation has been largely assayed qualitatively, through scoring, rather than quantitatively, which limits the forms of statistical analysis that can be applied to pigmentation data. This work describes a new methodology that allows for the quantification of various aspects of the abdominal pigmentation pattern of adult D. melanogaster. The protocol includes specimen mounting, image capture, data extraction, and analysis. All the software used for image capture and analysis feature macros written for open-source image analysis. The advantage of this approach is the ability to precisely measure pigmentation traits using a methodology that is highly reproducible across different imaging systems. While the technique has been used to measure variation in the tergal pigmentation patterns of adult D. melanogaster, the methodology is flexible and broadly applicable to pigmentation patterns in myriad different organisms.

Quantifying Abdominal Pigmentation in Drosophila melanogaster

This work presents a method to quickly and precisely quantify the abdominal pigmentation of Drosophila melanogaster using digital image analysis. This method streamlines the procedures between phenotype acquisition and data analysis and includes specimen mounting, image acquisition, pixel value extraction, and trait measurement.

Karın Pigmentasyonunun Karaciğer Miktarında Nicelleştirilmesi<em&gt; Drosophila melanogaster</em

Pigmentation is a morphologically simple but highly variable trait that often has adaptive significance. It has served extensively as a model for ...

Genetik

High Fat Diet Feeding and High Throughput Triacylglyceride Assay in Drosophila Melanogaster

Heart disease is the number one cause of human death worldwide. Numerous studies have shown strong connections between obesity and cardiac malfunction in humans, but more tools and research efforts are needed to better elucidate the mechanisms involved. For over a century, the genetically highly tractable model of Drosophila has been instrumental in the discovery of key genes and molecular pathways that proved to be highly conserved across species. Many biological processes and disease mechanisms are functionally conserved in the fly, such as development (e.g., body plan, heart), cancer, and neurodegenerative disease. Recently, the study of obesity and secondary pathologies, such as heart disease in model organisms, has played a highly critical role in the identification of key regulators involved in metabolic syndrome in humans.
Here, we propose to use this model organism as an efficient tool to induce obesity, i.e., excessive fat accumulation, and develop an efficient protocol to monitor fat content in the form of TAGs accumulation. In addition to the highly conserved, but less complex genome, the fly also has a short lifespan for rapid experimentation, combined with cost-effectiveness. This paper provides a detailed protocol for High Fat Diet (HFD) feeding in Drosophila to induce obesity and a high throughput triacylglyceride (TAG) assay for measuring the associated increase in fat content, with the aim to be highly reproducible and efficient for large-scale genetic or chemical screening. These protocols offer new opportunities to efficiently investigate regulatory mechanisms involved in obesity, as well as provide a standardized platform for drug discovery research for rapid testing of the effect of drug candidates on the development or prevention of obesity, diabetes and related metabolic diseases.

High Fat Diet Feeding and High Throughput Triacylglyceride Assay in Drosophila Melanogaster

This is a high fat diet feeding protocol to induce obesity in Drosophila, a model for understanding fundamental molecular mechanisms implicated in lipotoxicity. It also provides a high throughput triacylglyceride assay for measuring fat accumulation in Drosophila and potentially other (insect) models under various dietary, environmental, genetic or physiological conditions.

Yüksek yağlı diyet beslenme ve yüksek işlem hacmi Triacylglyceride tahlil Drosophila Melanogaster

Heart disease is the number one cause of human death worldwide. Numerous studies have shown strong connections between obesity and cardiac malfunction in ...

Measuring mRNA Levels Over Time During the Yeast S. cerevisiae Hypoxic Response

Complex changes in gene expression typically mediate a large portion of a cellular response. Each gene may change expression with unique kinetics as the gene is regulated by the particular timing of one of many stimuli, signaling pathways or secondary effects. In order to capture the entire gene expression response to hypoxia in the yeast S. cerevisiae, RNA-seq analysis was used to monitor the mRNA levels of all genes at specific times after exposure to hypoxia. Hypoxia was established by growing cells in ~100% N2 gas. Importantly, unlike other hypoxic studies, ergosterol and unsaturated fatty acids were not added to the media because these metabolites affect gene expression. Time points were chosen in the range of 0 - 4 h after hypoxia because that period captures the major changes in gene expression. At each time point, mid-log hypoxic cells were quickly filtered and frozen, limiting exposure to O2 and concomitant changes in gene expression. Total RNA was extracted from cells and used to enrich for mRNA, which was then converted to cDNA. From this cDNA, multiplex libraries were created and eight or more samples were sequenced in one lane of a next-generation sequencer. A post-sequencing pipeline is described, which includes quality base trimming, read mapping and determining the number of reads per gene. DESeq2 within the R statistical environment was used to identify genes that change significantly at any one of the hypoxic time points. Analysis of three biological replicates revealed high reproducibility, genes of differing kinetics and a large number of expected O2-regulated genes. These methods can be used to study how the cells of various organisms respond to hypoxia over time and adapted to study gene expression during other cellular responses.

Measuring mRNA Levels Over Time During the Yeast S. cerevisiae Hypoxic Response

Here, we present a protocol using RNA-seq to monitor mRNA levels over time during the hypoxic response of S. cerevisiae cells. This method can be adapted to analyze gene expression during any cellular response.

Maya S. cerevisiae hipoksik yanıt sırasında zamanla mRNA düzeyleri ölçme

Complex changes in gene expression typically mediate a large portion of a cellular response. Each gene may change expression with unique kinetics as the ...

High Resolution Fluorescent In Situ Hybridization in Drosophila Embryos and Tissues Using Tyramide Signal Amplification

In our efforts to determine the patterns of expression and subcellular localization of Drosophila RNAs on a genome-wide basis, and in a variety of tissues, we have developed numerous modifications and improvements to our original fluorescent in situ hybridization (FISH) protocol. To facilitate throughput and cost effectiveness, all steps, from probe generation to signal detection, are performed using exon 96-well microtiter plates. Digoxygenin (DIG)-labelled antisense RNA probes are produced using either cDNA clones or genomic DNA as templates. After tissue fixation and permeabilization, probes are hybridized to transcripts of interest and then detected using a succession of anti-DIG antibody conjugated to biotin, streptavidin conjugated to horseradish peroxidase (HRP) and fluorescently conjugated tyramide, which in the presence of HRP, produces a highly reactive intermediate that binds to electron dense regions of immediately adjacent proteins. These amplification and localization steps produce a robust and highly localized signal that facilitates both cellular and subcellular transcript localization. The protocols provided have been optimized to produce highly specific signals in a variety of tissues and developmental stages. References are also provided for additional variations that allow the simultaneous detection of multiple transcripts, or transcripts and proteins, at the same time.

High Resolution Fluorescent In Situ Hybridization in Drosophila Embryos and Tissues Using Tyramide Signal Amplification

The described RNA in situ hybridization protocol allows the detection of RNA in whole Drosophila embryos or dissected tissues. Using 96-well microtiter plates and tyramide signal amplification, transcripts can be detected at high resolution, sensitivity, and throughput, and at a relatively low cost.

Yüksek çözünürlüklü Floresan Situ hibridizasyon Drosophila embriyo ve Tyramide sinyal güçlendirme kullanarak doku

In our efforts to determine the patterns of expression and subcellular localization of Drosophila RNAs on a genome-wide basis, and in a variety of ...

CRISPR-Mediated Reorganization of Chromatin Loop Structure

Recent studies have clearly shown that long-range, three-dimensional chromatin looping interactions play a significant role in the regulation of gene expression, but whether looping is responsible for or a result of alterations in gene expression is still unknown. Until recently, how chromatin looping affects the regulation of gene activity and cellular function has been relatively ambiguous, and limitations in existing methods to manipulate these structures prevented in-depth exploration of these interactions. To resolve this uncertainty, we engineered a method for selective and reversible chromatin loop re-organization using CRISPR-dCas9 (CLOuD9). The dynamism of the CLOuD9 system has been demonstrated by successful localization of CLOuD9 constructs to target genomic loci to modulate local chromatin conformation. Importantly, the ability to reverse the induced contact and restore the endogenous chromatin conformation has also been confirmed. Modulation of gene expression with this method establishes the capacity to regulate cellular gene expression and underscores the great potential for applications of this technology in creating stable de novo chromatin loops that markedly affect gene expression in the contexts of cancer and development.

Chromatin looping plays a significant role in gene regulation; however, there have been no technological advances that allow for selective and reversible modification of chromatin loops. Here we describe a powerful system for chromatin loop re-organization using CRISPR-dCas9 (CLOuD9), demonstrated to selectively and reversibly modulate gene expression at targeted loci.

Kromatin döngü yapısı yeniden yapılanma CRISPR-aracılı

Recent studies have clearly shown that long-range, three-dimensional chromatin looping interactions play a significant role in the regulation of gene ...

The TreadWheel: Interval Training Protocol for Gently Induced Exercise in Drosophila melanogaster

The incidence of complex metabolic diseases has increased as a result of a widespread transition towards lifestyles of increased caloric intake and lowered activity levels. These multifactorial diseases arise from a combination of genetic, environmental, and behavioral factors. One such complex disease is Metabolic Syndrome (MetS), which is a cluster of metabolic disorders, including hypertension, hyperglycemia, and abdominal obesity. Exercise and dietary intervention are the primary treatments recommended by doctors to mitigate obesity and its subsequent metabolic diseases. Exercise intervention, in particular aerobic interval training, stimulates favorable changes in the common risk factors for Type 2 Diabetes Mellitus (T2DM), Cardiovascular Disease (CVD), and other conditions. With the influx of evidence describing the therapeutic effect exercise has on metabolic health, establishing a system that models exercise in a controlled setting provides a valuable tool for assessing the effects of exercise in an experimental context. Drosophila melanogaster is a great tool for investigating the physiological and molecular changes that result from exercise intervention. The flies have short lifespans and similar mechanisms of metabolizing nutrients when compared to humans. To induce exercise in Drosophila, we developed a machine called the TreadWheel, which utilizes the fly&#39;s innate, negative geotaxis tendency to gently induce climbing. This enables researchers to perform experiments on large cohorts of genetically diverse flies to better understand the genotype-by-environment interactions underlying the effects of exercise on metabolic health.

The TreadWheel: Interval Training Protocol for Gently Induced Exercise in Drosophila melanogaster

The TreadWheel uses rotational motion to gently induce exercise in adult Drosophila melanogaster by exploiting flies&#39; innate, negative geotaxis. It allows for analysis of the interactions between exercise and factors, such as genotype, sex, and diet, and their effect on physiological and molecular assays to assess metabolic health.

TreadWheel: Aralığı eğitim protokolü yavaşça indüklenen egzersiz Drosophila melanogaster için

The incidence of complex metabolic diseases has increased as a result of a widespread transition towards lifestyles of increased caloric intake and ...

Purification of Low-abundant Cells in the Drosophila Visual System

Recent improvements in the sensitivity of next generation sequencing have facilitated the application of transcriptomic and genomic analyses to small numbers of cells. Utilizing this technology to study development in the Drosophila visual system, which boasts a wealth of cell type-specific genetic tools, provides a powerful approach for addressing the molecular basis of development with precise cellular resolution. For such an approach to be feasible, it is crucial to have the capacity to reliably and efficiently purify cells present at low abundance within the brain. Here, we present a method that allows efficient purification of single cell clones in genetic mosaic experiments. With this protocol, we consistently achieve a high cellular yield after purification using fluorescence activated cell sorting (FACS) (~25% of all labeled cells), and successfully performed transcriptomics analyses on single cell clones generated through mosaic analysis with a repressible cell marker (MARCM). This protocol is ideal for applying transcriptomic and genomic analyses to specific cell types in the visual system, across different stages of development and in the context of different genetic manipulations.

Here, we present a cell dissociation protocol for efficiently isolating cells present at low abundance within the Drosophila visual system through fluorescence activated cell sorting (FACS).

Drosophila görsel sistem düşük bol hücrelerinin arıtma

Recent improvements in the sensitivity of next generation sequencing have facilitated the application of transcriptomic and genomic analyses to small ...

In Vivo Functional Study of Disease-associated Rare Human Variants Using Drosophila

Advances in sequencing technology have made whole-genome and whole-exome datasets more accessible for both clinical diagnosis and cutting-edge human genetics research. Although a number of in silico algorithms have been developed to predict the pathogenicity of variants identified in these datasets, functional studies are critical to determining how specific genomic variants affect protein function, especially for missense variants. In the Undiagnosed Diseases Network (UDN) and other rare disease research consortia, model organisms (MO) including Drosophila, C. elegans, zebrafish, and mice are actively used to assess the function of putative human disease-causing variants. This protocol describes a method for the functional assessment of rare human variants used in the Model Organisms Screening Center Drosophila Core of the UDN. The workflow begins with gathering human and MO information from multiple public databases, using the MARRVEL web resource to assess whether the variant is likely to contribute to a patient&#39;s condition as well as design effective experiments based on available knowledge and resources. Next, genetic tools (e.g., T2A-GAL4 and UAS-human cDNA lines) are generated to assess the functions of variants of interest in Drosophila. Upon development of these reagents, two-pronged functional assays based on rescue and overexpression experiments can be performed to assess variant function. In the rescue branch, the endogenous fly genes are &#34;humanized&#34;&#160;by replacing the orthologous Drosophila gene with reference or variant human transgenes. In the overexpression branch, the reference and variant human proteins are exogenously driven in a variety of tissues. In both cases, any scorable phenotype (e.g., lethality, eye morphology, electrophysiology) can be used as a read-out, irrespective of the disease of interest. Differences observed between reference and variant alleles suggest a variant-specific effect, and thus likely pathogenicity. This protocol allows rapid, in vivo assessments of putative human disease-causing variants of genes with known and unknown functions.

In Vivo Functional Study of Disease-associated Rare Human Variants Using Drosophila

The goal of this protocol is to outline the design and performance of in vivo experiments in Drosophila melanogaster to assess the functional consequences of rare gene variants associated with human diseases.

Drosophila Kullanarak Hastalıkla İlişkili Nadir İnsan Varyantlarının Vivo Fonksiyonel Çalışmasında

Advances in sequencing technology have made whole-genome and whole-exome datasets more accessible for both clinical diagnosis and cutting-edge human ...

In Vivo Forward Genetic Screen to Identify Novel Neuroprotective Genes in Drosophila melanogaster

There is much to understand about the onset and progression of neurodegenerative diseases, including the underlying genes responsible. Forward genetic screening using chemical mutagens is a useful strategy for mapping mutant phenotypes to genes among Drosophila and other model organisms that share conserved cellular pathways with humans. If the mutated gene of interest is not lethal in early developmental stages of flies, a climbing assay can be conducted to screen for phenotypic indicators of decreased brain functioning, such as low climbing rates. Subsequently, secondary histological analysis of brain tissue can be performed in order to verify the neuroprotective function of the gene by scoring neurodegeneration phenotypes. Gene mapping strategies include meiotic and deficiency mapping that rely on these same assays can be followed by DNA sequencing to identify possible nucleotide changes in the gene of interest.

In Vivo Forward Genetic Screen to Identify Novel Neuroprotective Genes in Drosophila melanogaster

We present a protocol using a forward genetic approach to screen for mutants exhibiting neurodegeneration in Drosophila melanogaster. It incorporates a climbing assay, histology analysis, gene mapping and DNA sequencing to ultimately identify novel genes related to the process of neuroprotection.

In vivo Ileri genetik ekran Drosophila melanogaster yeni Nörokoruyucu genler tanımlamak için

There is much to understand about the onset and progression of neurodegenerative diseases, including the underlying genes responsible. Forward genetic ...

Dissection of Drosophila melanogaster Flight Muscles for Omics Approaches

Drosophila flight muscle is a powerful model to study diverse processes such as transcriptional regulation, alternative splicing, metabolism, and mechanobiology, which all influence muscle development and myofibrillogenesis. Omics data, such as those generated by mass spectrometry or deep sequencing, can provide important mechanistic insights into these biological processes. For such approaches, it is beneficial to analyze tissue-specific samples to increase both selectivity and specificity of the omics fingerprints. Here we present a protocol for dissection of fluorescent-labeled flight muscle from live pupae to generate highly enriched muscle samples for omics applications. We first describe how to dissect flight muscles at early pupal stages (&#60;48 h after puparium formation [APF]), when the muscles are discernable by green fluorescent protein (GFP) labeling. We then describe how to dissect muscles from late pupae (&#62;48 h APF) or adults, when muscles are distinguishable under a dissecting microscope. The accompanying video protocol will make these technically demanding dissections more widely accessible to the muscle and Drosophila research communities. For RNA applications, we assay the quantity and quality of RNA that can be isolated at different time points and with different approaches. We further show that Bruno1 (Bru1) is necessary for a temporal shift in myosin heavy chain (Mhc) splicing, demonstrating that dissected muscles can be used for mRNA-Seq, mass spectrometry, and reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) applications. This dissection protocol will help promote tissue-specific omics analyses and can be generally applied to study multiple biological aspects of myogenesis.

Dissection of Drosophila melanogaster Flight Muscles for Omics Approaches

Drosophila flight muscle is a powerful model to study transcriptional regulation, alternative splicing, metabolism, and mechanobiology. We present a protocol for dissection of fluorescent-labeled flight muscle from live pupae to generate highly enriched samples ideal for proteomics and deep-sequencing. These samples can offer important mechanistic insights into diverse aspects of muscle development.