Melodi Neely, Jon Allen, Basel Abuaita ve Donna Runft zebra balığı model geliştirmek için yardım çabaları için teşekkür. Rapor burada araştırma Ulusal Enstitüsü alerji ve enfeksiyon hastalıkları Ulusal Sağlık Enstitüleri Ödülü numaraları R21AI095520 ve R01AI127390 (için Jeffrey H. Withey) altında tarafından desteklenmiştir. İçeriği yalnızca yazarlar sorumludur ve mutlaka Ulusal Sağlık Enstitüleri resmi görüşlerini temsil etmiyor.

Tüm yöntem tanımlamak burada kurumsal hayvan bakım ve kullanım Komitesi (IACUC) Wayne State Üniversitesi tarafından onaylanmıştır. Bu yöntem ilk Runft vd. tarif 12
1. bağırsak kolonizasyon düzeylerinin belirlenmesi
Not: çeşitli V. cholerae suşlarının göreli fitness veya mutasyonlar gen bastırmayı veya renk çakışmalarını etkileri karşılaştırmak için kullanılabilir gibi bağırsak kolonizasyon en yararlı zebra balığı modelindeki ölçümdür.
<ol><li>Zebra balığı daldırma tarafından aşı Not: Maruz kalma anlamına gelir enfeksiyon doğal seyri benzer.<ol>
<li>V. cholerae hazırlanması
		<ol>
<li>Lysogeny suyu (LB) bir izole V. cholerae ile 5 mL aşılamak bir LB koloni plaka ve 6 – 8 h (gecede kültür) 37 ° C'de (180 rpm) sallayarak ile kuluçkaya.</li>
			<li>Taze autoclaved LB ortamda 250 mL konik şişesi 25 mL 50 µL yukarıdaki gecede kültür ile aşılamak. 16-18 h 37 ° C'de (150 devir/dakika) sallayarak ile için kuluçkaya.</li>
			<li>600 optik yoğunluk okumak nm 1/10 seyreltme mL başına bakteri sayısını tahmin etmek için gecede Kültür (OD600) (OD600 = 1 ~ 109 CFU/mL'dir.)</li>
			<li>Hücreleri tarafından Santrifüjü 10 dk. Kaldır için 6000 g de medya bir pipet ile hasat veya dezenfektan bir çözümde dök. 1 x 107 1 x 10 ml PBS10 arasında genellikle istenen konsantrasyonu steril PBS hücrelerde resuspend. Not: Burada, autoclaved ters ozmoz su 60 mg/L deniz tuzları içeren steril enfeksiyon su biz bakın.</li>
		</ol>
</li>
		<li>
Aşılama ve kuluçka
		<ol>
<li>Dört ya da beş zebra balığı 200 mL steril enfeksiyon su içeren bir 400 mL kabı yerleştirin.</li>
			<li>V. cholerae 1 mL (adımından 1.1.1.4.) istenen enfeksiyon konsantrasyonu (genellikle 5 x 104 5 x 107 CFU/mL) 200 mL enfeksiyon su almak için ekleyin.</li>
			<li>Balık dışarı atlama önlemek için bir delikli kapaklı ölçek kabı kapak; 200 µL ipucu kutusunun üstünde de bunun için çalışıyor.</li>
			<li>Her kabı etiket ve 28 ° C'de deneme süresi için ayarla bir cam-ön kuluçka makinesi içine koyun.</li>
		</ol>
</li>
		<li>
Yordam geçici maruz kalma Not: inoculating bakteri kaldırma tarafından takip V. cholerae (genellikle 6 h) geçici maruz iletimi eğitim ve atılan bakterilerin daha doğru miktar için yararlıdır.<ol>
<li>Maruz kalma 6 h sonra balık toplamak için bir ağ yoluyla ölçek su dökmek. Virüslü su V. choleraeöldürmek için çamaşır suyu bir konteyner içine atın.</li>
			<li>Kaldırılan balık 200 mL steril enfeksiyon su kabı içinde yerleştirin. Balık balık yüzey bakteri kaldırmak 5 min için bu temiz suda yüzmek için izin.</li>
			<li>(Adım 1.2.2) net yordamı yineleyin ve 200 mL steril enfeksiyon su yeni bir ölçek içinde balık yer. Balık deneme süresi için bu kabı içinde tutun.</li>
		</ol>
</li>
	</ol></li>
	<li>Ötenazi
	<ol>
<li>Deneme istenen bitim ulaştığında enfeksiyon örneğini su alın (15 mL genellikle yeterlidir) atılan bakteriyel sayar ve ishal (müsin tahlil, protein içeriği, ve/veya gibi OD), ölçümü için Eğer izin vermek için (Bölüm 2) isteniyorsa.</li>
		<li>Su (balık toplamak için) bir ağ üzerinden geri kalanı kapalı su V. cholerae öldürmek için çamaşır suyu içine dökün.</li>
		<li>Balık enfeksiyon su artı 336 µg/mL etil 3-aminobenzoate methanesulfonate (tricaine) içeren bir kabı yerleştirin ve bu tricaine çözüm için 20 dk RT. az balıkta kuluçkaya Not: File çorap % 10 çamaşır suyu çözüm ile sterilize.</li>
	</ol></li>
	<li>Diseksiyon
	<ol>
<li>Balık hazırlanması<ol>
<li>Tek kullanımlık plastik kaşıkla tricaine çözüm çıkmış bir balık kepçe ve parçalanmış bir yüzeye yerleştirin.</li>
			<li>Pozisyon balık ventral tarafı yukarı bakacak şekilde ve PIN PIN künt sonu ile alt çene içinden vücudun merkezinden açılı. Başka bir PIN Ayrıca uzak vücut açılı anüs, sadece arka yerleştirin.</li>
		</ol>
</li>
		<li>Bağırsak pozlama<ol>
<li>Pamuklu çubuk hav bırakmayan bir bezle balık ventral yüzeyinde % 70 etanol daldırma.</li>
			<li>Bir neşter ve kenasen makas % 70 etanol daldırma ve onları yanan sterilize.</li>
			<li>Küçük bir insizyon attım sadece derinin altında Karnında boyuna ölçekler delici ve neşteri kullanarak olun. Bağırsak deri altında bulunan gibi çok derin kesmemeye dikkat et.</li>
			<li>Makas kullanarak, belgili tanımlık kesme dikkatlice deri seviyesinden daha derin kesme ve anüs kaçınarak vücut uzunluğu boyunca uzanır.</li>
			<li>Belgili tanımlık kesme bir açılmasına izin balık başkanı doğru makasla iki yan kesim yapmak.</li>
			<li>PIN deri vücuttan dışarı, pins olta balıkçılığı diseksiyon yüzeye yanal insizyon her tarafında. Not: Bu pimlerden hiçbirinin ipuçları daha önce alkol ile yanan tarafından sterilize.</li>
		</ol>
</li>
		<li>
Bağırsak Temizleme Not: Bağırsak üstünde tepe-in diğer organlara soluk, çok ince bir tüp olarak görünür olmalıdır.<ol>
<li>Forseps alev sterilize etmek ve onları tüm bağırsak (genellikle 12-15 mm uzunluğunda) kaldırmak için kullanın. Bağırsak (bkz. Adım 1.4.1–1.4.2) cam boncuk ve 1 mL 1 x PBS veya LB, buz üzerinde içeren bir homojenizasyon tüp içine koyun.</li>
		</ol>
</li>
	</ol></li>
	<li>Homojenizasyon
	<ol>
<li>Homojenizasyon tüpler 2 mL 1 mm cam boncuk dökme ~1.5 g tarafından önceden vidalı kapak tüpler (yaklaşık yarım doldurun) hazır olun ve sonra onları tarafından ısıyla sterilize.</li>
		<li>1 mL steril LB veya 1 x PBS ekleyin.</li>
		<li>Bir kez zebra balığı bağırsak eklendi (adıma 1.3.3.1) tüpler, vidalı kapaklar çok sıkı olmuştur ve sonra girdap homogenizer tüplerde güvenli.</li>
		<li>Homojenize örnekleri için maksimum ayar 1 dk sonra serin buz 1-2 dakika süreyle üzerlerine bu homojenizasyon döngü bir kez daha tam bir homojenizasyon için yineleyin. Not: Homojenizasyon için birkaç alternatif yöntem de aynı işi görür.</li>
	</ol></li>
	<li>Bağırsak kolonizasyon düzeyleri miktarının
	<ol>
<li>Tüpler (küçük cam test tüpleri veya 1.5 mL microcentrifuge tüpler) her tüpün LB veya 1 x PBS 900 µL ekleyerek homogenate seri seyreltme için hazır olun. Her balık için 5-6 tüpler hazırlamak ve bağırsak homogenate 10 kat seri dilutions ilk Tüp, homogenate 100 µL ekleyerek bu duruma vortexing mix ve sonra 100 µL ilk tüp sizden ikinci tüp ekleyerek için.</li>
		<li>Tüm dilutions hazırlanan kadar bu yordamı yineleyin.</li>
		<li>100-200 µL her seyreltme 100 µg/mL streptomisin (streptomisin dirençli suşların kullanıyorsanız) ve X-gal (5-bromo-4-chloro-3-indolyl-β-D-galactopyranoside) 40 µg/mL içeren LB agar plakaları, plaka. 16-18 h 30 ° C'de plakaları kuluçkaya.</li>
		<li>Gecede kuluçka sonra V. cholerae kolonileri tabaklarda, bir otomatik koloni sayaç kullanarak veya el ile kolonilerin sayımı saymak; bir marker ucu ile sayılan kolonileri işaretlemek yararlıdır.</li>
		<li>Balık bağırsak başına CFU kaplama hacmi dikkate alarak süspansiyon, seyreltme faktörü tarafından plaka sayısı çarpılarak belirler.</li>
	</ol></li>
</ol>2. balık ishal ölçümü
Not: Balık ishal değerlendirmek için dört farklı ölçümleri kullanılmıştır: su, su, OD600 su ve V. cholerae CFU su13' te genel atılan protein düzeyleri müsin seviyelerinde. İshal normalde görsel olarak belirgin olur yaklaşık 6 h zebra balığı yukarıda açıklandığı gibi V. cholerae maruz kaldıktan sonra.
<ol><li>
Müsin düzeylerini belirlemek Not: Müsin salgılanmasını V. cholerae kolonizasyon sırasında indüklenen ve atılımı düzeylerinin, özellikle erken enfeksiyon13iyi bir ölçüsüdür. Müsin tahlil microtiter periyodik asit Schiff tahlil19bir çeşididir.<ol>
<li>Aşağıdaki belgeleri hazırlamak: % 50 (w/v) hisse senedi çözüm periyodik asit ve % 0.1 periyodik asit çalışma çözüm (5 mL % 7 asetik asitin eklendi % 50 periyodik asit stokunun 10 µL — hemen yaptıktan sonra kullanın), müsin standartları, 96-de microtiter plakaları, Schiff'ın reaktif.<ol>
<li>Müsin (üzerinden bir domuz mide tip III) aşağıdaki miktarda sodyum asetat arabellekte (100 mM sodyum asetat, 5 mM EDTA, pH 5.5 buzul asetik asit ile) askıya tarafından müsin standartları hazırlamak: 400 µg/mL, 300 µg/mL, 200 µg/mL, 150 µg/mL , 100 µg/mL, 75 µg/mL, 50 µg/mL, 25 µg/mL ve 10 µg/mL. Plaka enfeksiyon 100 µL ekleyerek su assay olarak aşağıdaki gibi kullanılacak olan her şey için hazır olun: 1 x PBS; boş Yukarıda açıklandığı gibi müsin standartlar, ya da--dan balık hastalık su örneği. Her örnekte nüsha yapmak.</li>
		</ol>
</li>
		<li>Her bir çok kanallı pipet ile iyi ve yukarı ve aşağı birkaç kez pipetting tarafından karıştırarak için taze % 0,1 periyodik asit çözüm 50 µL ekleyin.</li>
		<li>Plaka sıkıca plastik wrap sarın ve 37 ° c için 1-1.5 saat kuluçkaya.</li>
		<li>Oda sıcaklığında 5-10 dk. eklemek 100 µL Fuchsin çözüm (Schiff'ın reaktif) her şey ve damlalıklı yukarı ve aşağı karıştırmak için aşağı plaka ne yapıyorsun?</li>
		<li>Plaka plastik wrap sarın ve renk geliştirdiği kadar oda sıcaklığında sallanan bir platform üzerinde kuluçkaya; rengi genellikle 20 dk. 560 absorbans okumak içinde geliştirilen bir plaka okuyucu kullanarak nm.</li>
		<li>Müsin standart eğri (OD560vs µg/mL müsin standart) arsa. Her bilinmeyen OD560 standart eğri üzerinde düştüğü belirlenmesi ve bu değeri karşılık gelen müsin konsantrasyona okuma bilinmeyenli müsin düzeylerini belirlemek.</li>
	</ol>
</li>
	<li>
Protein düzeyleri belirlemek Not: müsin yanı sıra, genel protein düzeyleri suda balık tarafından üretilen ishal (bulutlu, sıvı dışkı) düzeyleri için başka bir proxy vardır. Bu yordamı bir standart Bradford tahlil protein düzeyleri hesaplamak için kullanır. Protein düzeyleri bir sığır serum albumin (BSA) standart eğri dayanarak tahmin edilir.<ol>
<li>(Aşağıdaki nota bakın) BSA standartları birinin 100 µL veya enfeksiyon su (suyu kabı virüslü balık içeren) 100 µL Bradford 900 µL ile tahlil reaktif (Pierce protein tahlil reaktif de bunun için çalışır) tek kullanımlık bir küvet içinde karıştırın. Tüm örnekleri, oda sıcaklığında 2 min için kuluçkaya. Not: Aşağıdaki BSA standartları kullanılmıştır: 1.800 µg/mL, 1000 µg/mL, 750 µg/mL, 500 µg/mL, 250 µg/mL, 125 µg/mL, 50 µg/mL ve 25 µg/mL. BSA standartları autoclaved distile suda seyreltilmiş.</li>
		<li>Her standart OD660 okuma veya bir spektrofotometre kullanarak örnek.</li>
		<li>BSA standart eğri (OD660vs µg/mL) arsa. Burada her bilinmeyen OD660 BSA standart eğri üzerinde düşüyor ve bu değeri karşılık gelen müsin konsantrasyona okumak tanımlayan tarafından bilinmeyen protein düzeyleri belirler.</li>
	</ol>
</li>
	<li>
Ölçü OD600 Not: sonra birkaç h ve basit OD600 kararlılık bu ölçmek için kullanılabilir olup olmadığını diyare (bulutlu, sıvı dışkı) gözle görülür belirgindir.<ol>
<li>Eşit içeriği dağıtmak için birkaç kez enfeksiyon su içeren tüp tersine çevirin. Su örneği 1 mL tek kullanımlık bir küvet için ekleyin. 1 mL steril enfeksiyon su negatif kontrol kullanın.</li>
		<li>"Boş" bir ölçüm spektrofotometre 600 kullanarak gerçekleştirmek negatif denetimi örneğini kullanarak nm. Her su örneği 600 nm ve kayıt okumak sonuçları.</li>
	</ol>
</li>
	<li>
Belirlenmesi V. cholerae CFU/mL enfeksiyon sonra atılır. Not: Zebra balığı tarafından üretilen ishal önemli bir bileşeni atılır V. cholerae. CFU/mL belirlenmesi bakteriyel çoğaltma balık bağırsak ve bulaşıcı bir doz iletim deneylerde bir ölçüsü olarak tahmin etme gibi amaçlar için kullanılabilir. Geçici bir enfeksiyon gerçekleştiğinde bu ölçü en iyi yapılır. 24 h enfeksiyon kullandıysanız, bu tahlil kombine inoculum artı atılan V. choleraeölçecektir.<ol>
<li>Su örneği istenen saat noktada al ve seri olarak daha önce açıklandığı gibi sulandırmak.</li>
		<li>Seçmeli medya (streptomisin veya başka bir uygun antibiyotik veya DLC'ler içeren LB agar) seri dilutions plaka ve onları 24 h 30 ° C'de kuluçkaya.</li>
		<li>Kolonilerin sayımı. CFU mL su başına 1.5 adımda anlatıldığı gibi hesaplayın.</li>
	</ol>
</li>
</ol>

<ol>
	<li>Harris, J. B., LaRocque, R. C., Qadri, F., Ryan, E. T., Calderwood, S. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cholera.">Cholera.</a> The Lancet. 379 (9835), 2466-2476 (2012).</li><li>Dutta, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Vibrio+cholerae+non-O1,+non-O139+serogroups+and+cholera-like+diarrhea,+Kolkata,+India.">Vibrio cholerae non-O1, non-O139 serogroups and cholera-like diarrhea, Kolkata, India.</a> Emerging Infectious Diseases. 19 (3), 464-467 (2013).</li><li>Huq, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ecological+relationships+between+Vibrio+cholerae+and+planktonic+crustacean+copepods.">Ecological relationships between Vibrio cholerae and planktonic crustacean copepods.</a> Applied and Environmental Microbiology. 45 (1), 275-283 (1983).</li><li>Halpern, M., Landsberg, O., Raats, D., Rosenberg, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Culturable+and+VBNC+Vibrio+cholerae:+interactions+with+chironomid+egg+masses+and+their+bacterial+population.">Culturable and VBNC Vibrio cholerae: interactions with chironomid egg masses and their bacterial population.</a> Microbial Ecology. 53 (2), 285-293 (2007).</li><li>Broza, M., Halpern, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pathogen+reservoirs.+Chironomid+egg+masses+and+Vibrio+cholerae.">Pathogen reservoirs. Chironomid egg masses and Vibrio cholerae.</a> Nature. 412 (6842), 40 (2001).</li><li>Halpern, M., Izhaki, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fish+as+hosts+of+Vibrio+cholerae.">Fish as hosts of Vibrio cholerae.</a> Frontiers in Microbiology. 8 (282), (2017).</li><li>Senderovich, Y., Izhaki, I., Halpern, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fish+as+reservoirs+and+vectors+of+Vibrio+cholerae.">Fish as reservoirs and vectors of Vibrio cholerae.</a> PLoS ONE. 5 (1), e8607 (2010).</li><li>Traore, O., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Occurrence+of+Vibrio+cholerae+in+fish+and+water+from+a+reservoir+and+a+neighboring+channel+in+Ouagadougou,+Burkina+Faso.">Occurrence of Vibrio cholerae in fish and water from a reservoir and a neighboring channel in Ouagadougou, Burkina Faso.</a> The Journal of Infection in Developing Countries. 8 (10), 1334-1338 (2014).</li><li>Booth, L. V., Lang, D. A., Athersuch, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Isolation+of+Vibrio+cholerae+non-01+from+a+Somerset+farmworker+and+his+tropical+fish+tank.">Isolation of Vibrio cholerae non-01 from a Somerset farmworker and his tropical fish tank.</a> Journal of Infection. 20 (1), 55-57 (1990).</li><li>Torres-Vitela, M. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Incidence+of+Vibrio+cholerae+in+fresh+fish+and+ceviche+in+Guadalajara,+Mexico.">Incidence of Vibrio cholerae in fresh fish and ceviche in Guadalajara, Mexico.</a> Journal of Food Protection. 60 (3), 237-241 (1997).</li><li>Rowe, H. M., Withey, J. H., Neely, M. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Zebrafish+as+a+model+for+zoonotic+aquatic+pathogens.">Zebrafish as a model for zoonotic aquatic pathogens.</a> Developmental &amp; Comparative Immunology. 46 (1), 96-107 (2014).</li><li>Runft, D. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Zebrafish+as+a+natural+host+model+for+Vibrio+cholerae+colonization+and+transmission.">Zebrafish as a natural host model for Vibrio cholerae colonization and transmission.</a> Applied and Environmental Microbiology. 80 (5), 1710-1717 (2014).</li><li>Mitchell, K. C., Breen, P., Britton, S., Neely, M. N., Withey, J. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantifying+Vibrio+cholerae+enterotoxicity+in+a+zebrafish+infection+model.">Quantifying Vibrio cholerae enterotoxicity in a zebrafish infection model.</a> Applied and Environmental Microbiology. , (2017).</li><li>Klose, K. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+suckling+mouse+model+of+cholera.">The suckling mouse model of cholera.</a> Trends in Microbiology. 8 (4), 189-191 (2000).</li><li>Formal, S. B., Kundel, D., Schneider, H., Kunevn, H., Sprinz, <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Studies+with+Vibrio+cholerae+in+the+ligated+loop+of+the+rabbit+intestine.">Studies with Vibrio cholerae in the ligated loop of the rabbit intestine.</a> British Journal of Experimental Pathology. 42, 504-510 (1961).</li><li>Williams, E. M., Dohadwalla, A. N., Dutta, N. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Diarrhea+and+accumulation+of+intestinal+fluid+in+infant+rabbits+infected+with+Vibrio+cholerae+in+an+isolated+jejunal+segment.">Diarrhea and accumulation of intestinal fluid in infant rabbits infected with Vibrio cholerae in an isolated jejunal segment.</a> The Journal of Infectious Diseases. 120 (6), 645-651 (1969).</li><li>Spira, W. M., Sack, R. B., Froehlich, J. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Simple+adult+rabbit+model+for+Vibrio+cholerae+and+enterotoxigenic+Escherichia+coli+diarrhea.">Simple adult rabbit model for Vibrio cholerae and enterotoxigenic Escherichia coli diarrhea.</a> Infection and Immunity. 32 (2), 739-747 (1981).</li><li>Ritchie, J. M., Rui, H., Bronson, R. T., Waldor, M. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Back+to+the+future:+studying+cholera+pathogenesis+using+infant+rabbits.">Back to the future: studying cholera pathogenesis using infant rabbits.</a> mBio. 1 (1), (2010).</li><li>Kilcoyne, M., Gerlach, J. Q., Farrell, M. P., Bhavanandan, V. P., Joshi, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Periodic+acid-Schiff's+reagent+assay+for+carbohydrates+in+a+microtiter+plate+format.">Periodic acid-Schiff's reagent assay for carbohydrates in a microtiter plate format.</a> Analytical Biochemistry. 416 (1), 18-26 (2011).</li><li>Balaji, V., Sridharan, G., Jesudason, M. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cytotoxicity+of+non+O1,+non+O139+Vibrios+isolated+from+fresh+water+bodies+in+Vellore,+south+India.">Cytotoxicity of non O1, non O139 Vibrios isolated from fresh water bodies in Vellore, south India.</a> Indian Journal of Medical Research. 110, 155-159 (1999).</li><li>Hasan, N. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nontoxigenic+Vibrio+cholerae+non-O1/O139+isolate+from+a+case+of+human+gastroenteritis+in+the+U.S.+Gulf+Coast.">Nontoxigenic Vibrio cholerae non-O1/O139 isolate from a case of human gastroenteritis in the U.S. Gulf Coast.</a> Journal of Clinical Microbiology. 53 (1), 9-14 (2015).</li></ol>

Yazarlar ifşa gerek yok.

Zebra balığı V. cholerae çalışmak için nispeten yeni bir model ama V. cholerae biyoloji Patogenez11,12,ve13 önceden bilinmeyen yönlerini gelecekteki keşfi için fazla söz sahibidir . Yetişkin zebra balığı modeli her iki doğal olmanın avantajı vardır sağlam, Olgun bağırsak microbiota ve çevresel bir modeli içeren V. cholerae ana bilgisayar. Dezavantajları modelinin iki önemli i...

Vibrio cholerae insan hastalık kolera gibi sporadik ishal1,2neden olan su, gram-negatif bir bakteridir. V. cholerae dünyanın çoğu diğer Sucul organizmalar ile ilgili birçok alanda ortamda bulunur. Bu ilişkilendirirken organizmaların plankton, böcek Yumurta kitleler, kabuklu deniz ürünleri ve omurgalı balık tür3,4,5,6,7içerir. Çeşitli çalışmalarda V. cholerae bağırsak yolları balık farklı coğrafi bölgelerin7,8,9,10' dan izole ettim. V. cholerae huzurunda balık balık bir çevre su deposu olarak hareket edebilir gösterir. Balık aynı zamanda insanlar için hastalık verici ve V. cholerae suşları6/ coğrafi yayılmasında karıştığı.
V. cholerae balık ile nasıl etkileşim kurduğu daha iyi anlamak için Danio rerio, daha çok bilinen adıyla zebra balığı, Kolera V.e11eğitim için bir model sistem olarak geliştirilmiştir. Zebra balığı V. choleraeerken rezervuarı düşünülmektedir Bengal Körfezi bölgesi dahil olmak üzere Güney Asya'ya yerli vardır. Kolera salgını başlayan ilk önce 1817 yılında, kolera şimdi Hindistan ve Bangladeş ne dışında bildirildi değil. Bu nedenle, zebra balığı ve V. cholerae neredeyse kesin birbirleriyle evrimsel zaman ölçekler üzerinde düşündüren o zebra balığı doğal çevre12 V. cholerae konukçuda ilişkili.
V. cholerae zebra balığı model yürütmek basit ve patojenik tüm çalışma için kullanılan V. cholerae yaşam döngüsü. Balık V. cholerae için V. cholerae, bilinen bir dizi ile aşılanmış su yıkanan tarafından sunulur. Bir kaç saat içinde bağırsak kolonizasyon gerçekleşir, ishal üretim tarafından takip. İshal müsin, proteinler, atılan bakteri ve diğer bağırsak içeriği oluşur. İshal derecesini birkaç basit ölçüler13kullanarak sayılabilir. Atılır tarafından enfekte balık V. cholerae sonra saf balık, bulaştırmak için bulaşıcı döngüsü tamamlanıyor devam edebilirsiniz. Bu nedenle, zebra balığı modeli V. cholerae insan hastalık süreci12,14beyannamedir.
En sık kullanılan V. cholerae hayvan modelleri tarihsel olarak fare ve tavşan14,15,16,17,18olmuştur. Bu modeller V. cholerae patogenezi bilgimizi ekleme vesile olmuştur. Ancak, fare ve tavşan doğal V. cholerae olmadığı için ana bilgisayarlar, V. cholerae yaşam döngüsü ne yönlerini okudu sınırlamalar vardır. Fare ve tavşan V. cholerae kolonizasyon genellikle bağırsak microbiota ya da bağırsak microbiota zarar antibiyotiklerle Önarıtma gerektirir. Her iki model de sonda ile besleme bakteriler sindirim için tanıtmak ya da doğrudan bakterilerin bağırsak enjekte etmek için cerrahi işleme gerektirir. Zebra balığı bir avantajımız yetişkin balık ile sağlam bir bağırsak microbiota kolayca kolonize ve bulaşıcı süreç doğal olarak, gerekli herhangi bir manipülasyon olur.
Mevcut çalışma zebra balığı kullanımı model V. cholerae enfeksiyon olarak gösterir. Enfeksiyon, diseksiyon, sömürgeleşme V. choleraenumaralandırılmasına ve V. cholerae tarafından neden olduğu ishal miktar açıklanan12,13olacaktır. Bu model V. cholerae hastalık süreci ve V. cholerae çevre yaşam tarzı ilgilenen bilim adamları için yararlı olması muhtemeldir.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>Instrument</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Shaker incubator</td>
			<td>New Brunswick Scientific, Edison, NJ</td>
			<td>Excella E25</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Incubator</td>
			<td>NUAIRE, Plymouth, MN</td>
			<td>Auto Flow</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Spectrophotometer</td>
			<td>Thermo, Waltham, MA</td>
			<td>Geaesys 6</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vortex homogenizer</td>
			<td>Minibeadbeater24</td>
			<td>112011</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Weighing Machine</td>
			<td>Ohaus, Columbia, MD</td>
			<td>Adventurer Pro</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Heat Stirer</td>
			<td>Corning, Corning, NY</td>
			<td>PC-420D</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Burner</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>automated colony counter</td>
			<td>REVSCI</td>
			<td>120417B</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Materials</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>400 ml glass beakers</td>
			<td>Pyrex</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>perforated lids</td>
			<td>Microtip holder with holes from tip box</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>disposable plastic spoons</td>
			<td>Office Depot, Boca Raton, FL</td>
			<td>D15-25-7008</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fish Tank System</td>
			<td>Aquaneering, San Diego, CA</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>RO Water Purifier</td>
			<td>Aqua FX</td>
			<td>TK001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fish net</td>
			<td>Marina</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>fish food</td>
			<td>Tetra fin</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Brine Shrimp</td>
			<td>Red jungle brand</td>
			<td>O.S.I. pro 80</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Styrofoam board</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pins</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Scalpels</td>
			<td>Fine Scientific tools, Foster City, CA</td>
			<td>10000-10</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Forceps</td>
			<td>Fine Scientific tools, Foster City, CA</td>
			<td>11223-20</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vannas scissors</td>
			<td>Fine Scientific tools, Foster City, CA</td>
			<td>15000-11</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>2 ml screw cap tubes</td>
			<td>Fisher Scientific, Hampton, NH</td>
			<td>02-681-375</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>1 mm glass beads</td>
			<td>Bio Spec</td>
			<td>11079110</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glass beads for spreading</td>
			<td>Sigma, St. Louis, MO</td>
			<td>18406-500G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Petri plate</td>
			<td>Fisher Brand, Hampton, NH</td>
			<td>FB0875713</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>1.5 ml centrifuge tube</td>
			<td>Midsci, Valley Park, MO</td>
			<td>AVSS1700</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>50 ml centrifuge tube</td>
			<td>Corning Falcon, Corning, NY</td>
			<td>352098</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Test tubes</td>
			<td>Pyrex</td>
			<td>9820</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glass Pipette</td>
			<td>Fisher Brand, Hampton, NH</td>
			<td>13675K</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Micro pipettes</td>
			<td>Sartorius Biohit, G&#246;ttingen, Germany</td>
			<td>m1000/m200/m20</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tips</td>
			<td>Genesee Scientific, San Diego, CA</td>
			<td>24-150RS/24-412</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Chemicals</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Instant Ocean salts</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>phosphate buffered saline</td>
			<td>VWR Life Science, Radnor, PA</td>
			<td>K813-500ml</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tricaine (ethyl 3-aminobenzoate methanesulfonate salt</td>
			<td>Sigma, St. Louis, MO</td>
			<td>A5040</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>5-Bromo-4-chloro-3-indolyl-&#946;-D-galactopyranoside</td>
			<td>Sigma, St. Louis, MO</td>
			<td>10651745001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Schiff&#8217;s reagent</td>
			<td>Sigma, St. Louis, MO</td>
			<td>84655-250 mL</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>periodic acid</td>
			<td>Fisher Scientific, Hampton, NH</td>
			<td>10450-60-9</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mucin from porcine stomach</td>
			<td>Sigma, St. Louis, MO</td>
			<td>M2378-100G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bovine serum albumin</td>
			<td>Fisher Scientific, Hampton, NH</td>
			<td>9046-46-8</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pierce 660nm Protein Assay Reagent</td>
			<td>Thermo, Waltham, MA</td>
			<td>22660</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LB medium</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Trypton</td>
			<td>BD Biosciences, San Jose, CA</td>
			<td>211705</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Teast Extract</td>
			<td>BD Biosciences, San Jose, CA</td>
			<td>212750</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NACL</td>
			<td>Fisher Scientific, Hampton, NH</td>
			<td>BP358-212</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Agar</td>
			<td>BD Biosciences, San Jose, CA</td>
			<td>214010</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TCBS Agar</td>
			<td>BD Biosciences, San Jose, CA</td>
			<td>265020</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DCLS Agar</td>
			<td>Sigma, St. Louis, MO</td>
			<td>70135-500gm</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Software</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microsoft office</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Prism 5</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

quantifying vibrio cholerae colonization and diarrhea in the adult zebrafish model

Vibrio cholerae koleraya insan hastalığı bulaşıcı ajan olarak tanınmaktadır. İnsan konukçu dışında V. cholerae nerede yüksek sucul türler çeşitli ile etkileşim su ortamında öncelikle bulunmaktadır. Omurgalı balık çevresel bir ev sahibi olmak bilinir ve bir potansiyel V. cholerae rezervuar doğada bulunur. V. cholerae ve zebra balığı bilinen teleost balık türlerinin Danio rerio, Hindistan, sucul ortamlarda uzun zamandır devam eden bir etkileşim düşündüren kaynaklanır. Zebra balığı biyoloji, bulaşıcı hastalıklar da dahil olmak üzere birçok açıdan eğitim için ideal modeli organizma vardır. Zebra balığı kolayca ve hızla V. cholerae tarafından suya maruz kaldıktan sonra kolonize. V. cholerae tarafından bağırsak kolonizasyon ishal üretimi ve çoğaltılmış V. choleraeatılımı yol açar. Bunlar bakteri can atılır sonra yeni balık ana kolonize etmek devam. Burada, biz V. choleraedeğerlendirmek nasıl göstermek-zebra balığı ve nasıl V. choleraeölçmek için bağırsak kolonizasyon-zebra balığı ishal indüklenen. Kolonizasyon modeli olup olmadığını genler ilgi için ana bilgisayar kolonizasyon ve/veya çevresel hayatta kalmak için önemli olabilir okuyan araştırmacılar için yararlı olmalıdır. Zebra balığı ishal miktar zebra balığı bir modeli sistem olarak keşfetmek ilgilenen herhangi bir bağırsak patojen eğitim araştırmacılar için yararlı olmalıdır.

V. cholerae kolonizasyon in zebra balığı bağırsak arazi
Örnek olarak biz gözlemlemek tipik kolonizasyon düzeyleri sağlamak için 5 x 106 200 mL su birkaç zebra balığı içeren bir ölçek içinde pandemi EL Tor V. cholerae zorlanma N16961 CFU aşılandı. Enfeksiyon 6 h sonra balık tatlı suda yıkanmış ve 200 mL iletişim kuralında tanımlandığı gibi autoclaved enfeksiyon su kabı i?...

Watch this Scientific Journal Video about Quantifying Vibrio cholerae Colonization and Diarrhea in the Adult Zebrafish Model at JoVE.com

Quantifying Vibrio cholerae Colonization and Diarrhea in the Adult Zebrafish Model

Zebra balığı vardır doğal Vibrio cholerae ev sahipliği ve özetlemek ve iletim tüm bulaşıcı döngüsüne kolonizasyon üzerinden çalışma için kullanılabilir. Burada, V. cholerae kolonizasyon düzeylerini değerlendirmek ve ishal içinde zebra balığı ölçmek nasıl gösterir.

Vibrio cholerae kolonizasyon ve ishal yetişkin zebra balığı modelindeki miktarının

Vibrio cholerae is best known as the infectious agent that causes the human disease cholera. Outside the human host, V. cholerae primarily exists in the ...

quantifying-vibrio-cholerae-colonization-diarrhea-adult-zebrafish

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Quantifying Vibrio cholerae Colonization and Diarrhea in the Adult Zebrafish Model

8.3K Görüntüleme.  Wayne State University School of Medicine. Zebra balığı vardır doğal Vibrio cholerae ev sahipliği ve özetlemek ve iletim tüm bulaşıcı döngüsüne kolonizasyon üzerinden çalışma için kullanılabilir. Burada, V. cholerae kolonizasyon düzeylerini değerlendirmek ve ishal içinde zebra balığı ölçmek nasıl gösterir.

Video: Quantifying Vibrio cholerae Colonization and Diarrhea in the Adult Zebrafish Model

Assessing Hepatic Metabolic Changes During Progressive Colonization of Germ-free Mouse by 1H NMR Spectroscopy

It is well known that gut bacteria contribute significantly to the host homeostasis, providing a range of benefits such as immune protection and vitamin synthesis. They also supply the host with a considerable amount of nutrients, making this ecosystem an essential metabolic organ. In the context of increasing evidence of the link between the gut flora and the metabolic syndrome, understanding the metabolic interaction between the host and its gut microbiota is becoming an important challenge of modern biology.1-4
 Colonization (also referred to as normalization process) designates the establishment of micro-organisms in a former germ-free animal. While it is a natural process occurring at birth, it is also used in adult germ-free animals to control the gut floral ecosystem and further determine its impact on the host metabolism. A common procedure to control the colonization process is to use the gavage method with a single or a mixture of micro-organisms. This method results in a very quick colonization and presents the disadvantage of being extremely stressful5. It is therefore useful to minimize the stress and to obtain a slower colonization process to observe gradually the impact of bacterial establishment on the host metabolism.
 In this manuscript, we describe a procedure to assess the modification of hepatic metabolism during a gradual colonization process using a non-destructive metabolic profiling technique. We propose to monitor gut microbial colonization by assessing the gut microbial metabolic activity reflected by the urinary excretion of microbial co-metabolites by 1H NMR-based metabolic profiling. This allows an appreciation of the stability of gut microbial activity beyond the stable establishment of the gut microbial ecosystem usually assessed by monitoring fecal bacteria by DGGE (denaturing gradient gel electrophoresis).6 The colonization takes place in a conventional open environment and is initiated by a dirty litter soiled by conventional animals, which will serve as controls. Rodents being coprophagous animals, this ensures a homogenous colonization as previously described.7
 Hepatic metabolic profiling is measured directly from an intact liver biopsy using 1H High Resolution Magic Angle Spinning NMR spectroscopy. This semi-quantitative technique offers a quick way to assess, without damaging the cell structure, the major metabolites such as triglycerides, glucose and glycogen in order to further estimate the complex interaction between the colonization process and the hepatic metabolism7-10. This method can also be applied to any tissue biopsy11,12.

Assessing Hepatic Metabolic Changes During Progressive Colonization of Germ-free Mouse by 1H NMR Spectroscopy

A progressive colonization procedure is described to further assess its impact on the host hepatic metabolism. Colonization is monitored non invasively by evaluating the urinary excretion of microbial co-metabolites by NMR-based metabolic profiling while hepatic metabolism is assessed by High Resolution Magic Angle Spinning (HR MAS) NMR profiling of intact biopsy.

Germ-free Mouse Aşamalı Kolonizasyon sırasında Karaciğer metabolik değişiklikler Değerlendirilmesi 1 H-NMR Spektroskopi

It is well known that gut bacteria contribute significantly to the host homeostasis, providing a range of benefits such as immune protection and vitamin ...

İmmünoloji ve Enfeksiyon

Colonization of Euprymna scolopes Squid by Vibrio fischeri

Specific bacteria are found in association with animal tissue1-5. Such host-bacterial associations (symbioses) can be detrimental (pathogenic), have no fitness consequence (commensal), or be beneficial (mutualistic). While much attention has been given to pathogenic interactions, little is known about the processes that dictate the reproducible acquisition of beneficial/commensal bacteria from the environment. The light-organ mutualism between the marine Gram-negative bacterium V. fischeri and the Hawaiian bobtail squid, E. scolopes, represents a highly specific interaction in which one host (E. scolopes) establishes a symbiotic relationship with only one bacterial species (V. fischeri) throughout the course of its lifetime6,7. Bioluminescence produced by V. fischeri during this interaction provides an anti-predatory benefit to E. scolopes during nocturnal activities8,9, while the nutrient-rich host tissue provides V. fischeri with a protected niche10. During each host generation, this relationship is recapitulated, thus representing a predictable process that can be assessed in detail at various stages of symbiotic development. In the laboratory, the juvenile squid hatch aposymbiotically (uncolonized), and, if collected within the first 30-60 minutes and transferred to symbiont-free water, cannot be colonized except by the experimental inoculum6. This interaction thus provides a useful model system in which to assess the individual steps that lead to specific acquisition of a symbiotic microbe from the environment11,12.
Here we describe a method to assess the degree of colonization that occurs when newly hatched aposymbiotic E. scolopes are exposed to (artificial) seawater containing V. fischeri. This simple assay describes inoculation, natural infection, and recovery of the bacterial symbiont from the nascent light organ of E. scolopes. Care is taken to provide a consistent environment for the animals during symbiotic development, especially with regard to water quality and light cues. Methods to characterize the symbiotic population described include (1) measurement of bacterially-derived bioluminescence, and (2) direct colony counting of recovered symbionts.

Colonization of Euprymna scolopes Squid by Vibrio fischeri

The method outlines the procedure by which the Hawaiian bobtail squid, Euprymna scolopes and its bacterial symbiont, Vibrio fischeri, are raised separately and then introduced to allow for specific colonization of the squid light organ by the bacteria. Colonization detection by bacterially-derived luminescence and by direct colony counting are described.

Kolonizasyon Euprymna scolopes Squid tarafından Vibrio fischeri</em

Specific bacteria are found in association with animal tissue1-5. Such host-bacterial associations (symbioses) can be detrimental (pathogenic), have no ...

TransFLP &#x2014; A Method to Genetically Modify Vibrio cholerae Based on Natural Transformation and FLP-recombination

Several methods are available to manipulate bacterial chromosomes1-3. Most of these protocols rely on the insertion of conditionally replicative plasmids (e.g. harboring pir-dependent or temperature-sensitive replicons1,2). These plasmids are integrated into bacterial chromosomes based on homology-mediated recombination. Such insertional mutants are often directly used in experimental settings. Alternatively, selection for plasmid excision followed by its loss can be performed, which for Gram-negative bacteria often relies on the counter-selectable levan sucrase enzyme encoded by the sacB gene4. The excision can either restore the pre-insertion genotype or result in an exchange between the chromosome and the plasmid-encoded copy of the modified gene. A disadvantage of this technique is that it is time-consuming. The plasmid has to be cloned first; it requires horizontal transfer into V. cholerae (most notably by mating with an E. coli donor strain) or artificial transformation of the latter; and the excision of the plasmid is random and can either restore the initial genotype or create the desired modification if no positive selection is exerted. Here, we present a method for rapid manipulation of the V. cholerae chromosome(s)5 (Figure 1). This TransFLP method is based on the recently discovered chitin-mediated induction of natural competence in this organism6 and other representative of the genus Vibrio such as V. fischeri7. Natural competence allows the uptake of free DNA including PCR-generated DNA fragments. Once taken up, the DNA recombines with the chromosome given the presence of a minimum of 250-500 bp of flanking homologous region8. Including a selection marker in-between these flanking regions allows easy detection of frequently occurring transformants.
This method can be used for different genetic manipulations of V. cholerae and potentially also other naturally competent bacteria. We provide three novel examples on what can be accomplished by this method in addition to our previously published study on single gene deletions and the addition of affinity-tag sequences5. Several optimization steps concerning the initial protocol of chitin-induced natural transformation6 are incorporated in this TransFLP protocol. These include among others the replacement of crab shell fragments by commercially available chitin flakes8, the donation of PCR-derived DNA as transforming material9, and the addition of FLP-recombination target sites (FRT)5. FRT sites allow site-directed excision of the selection marker mediated by the Flp recombinase10.

A quick method to modify the genome of V. cholerae is described. These modifications include the deletion of single genes, gene clusters and genomic islands as well as the integration of short sequences (e.g. promoter elements or affinity-tag sequences). The method is based on the natural transformation and FLP-recombination.

TransFLP - Genetiği değiştirmek için bir yöntem<em&gt; Vibrio cholerae</em&gt; Doğal Dönüşüm ve FLP-rekombinasyon sonucu

Several methods are available to manipulate bacterial chromosomes1-3. Most of these protocols rely on the insertion of conditionally replicative plasmids ...

Culturing Microglia from the Neonatal and Adult Central Nervous System

Microglia are the resident macrophage-like cells of the central nervous system (CNS) and, as such, have critically important roles in physiological and pathological processes such as CNS maturation in development, multiple sclerosis, and spinal cord injury. Microglia can be activated and recruited to action by neuronal injury or stimulation, such as axonal damage seen in MS or ischemic brain trauma resulting from stroke. These immunocompetent members of the CNS are also thought to have roles in synaptic plasticity under non-pathological conditions. We employ protocols for culturing microglia from the neonatal and adult tissues that are aimed to maximize the viable cell numbers while minimizing confounding variables, such as the presence of other CNS cell types and cell culture debris. We utilize large and easily discernable CNS components (e.g. cortex, spinal cord segments), which makes the entire process feasible and reproducible. The use of adult cells is a suitable alternative to the use of neonatal brain microglia, as many pathologies studied mainly affect the postnatal spinal cord. These culture systems are also useful for directly testing the effect of compounds that may either inhibit or promote microglial activation. Since microglial activation can shape the outcomes of disease in the adult CNS, there is a need for in vitro systems in which neonatal and adult microglia can be cultured and studied.

We outline methods for the efficient and quick isolation/culture of viable microglia from the neonatal cerebral cortex and adult spinal cord. The dissection and plating of cortical microglia can be accomplished within 90 minutes, with the subsequent microglial harvest taking place ~ 10 days following the initial dissection.

Yenidoğan ve Erişkin Merkezi sinir sisteminin Kültüre Mikroglia

Microglia are the resident macrophage-like cells of the central nervous system (CNS) and, as such, have critically important roles in physiological and ...

Investigating the Effects of Probiotics on Pneumococcal Colonization Using an In Vitro Adherence Assay

Adherence of Streptococcus pneumoniae (the pneumococcus) to the epithelial lining of the nasopharynx can result in colonization and is considered a prerequisite for pneumococcal infections such as pneumonia and otitis media. In vitro adherence assays can be used to study the attachment of pneumococci to epithelial cell monolayers and to investigate potential interventions, such as the use of probiotics, to inhibit pneumococcal&#160;colonization.&#160;The protocol described here is used to investigate the effects of the probiotic Streptococcus salivarius on the adherence of pneumococci to the human epithelial cell line CCL-23 (sometimes referred to as HEp-2 cells). The assay involves three main steps: 1) preparation of epithelial and bacterial cells, 2) addition of bacteria to epithelial cell monolayers, and 3) detection of adherent pneumococci by viable counts (serial dilution and plating) or quantitative real-time PCR (qPCR). This technique is relatively straightforward and does not require specialized equipment other than a tissue culture setup. The assay can be used to test other probiotic species and/or potential inhibitors of pneumococcal colonization and can be easily modified to address other scientific questions regarding pneumococcal adherence and invasion.

Investigating the Effects of Probiotics on Pneumococcal Colonization Using an In Vitro Adherence Assay

In vitro adherence assays can be used to study the attachment of Streptococcus pneumoniae to epithelial cell monolayers and to investigate potential interventions such as the use of probiotics for inhibiting pneumococcal colonization.

Bir kullanma Pnömokok Kolonizasyon üzerinde Probiyotiklerin Etkileri incelenmesi<em&gt; In Vitro</em&gt; Yapışma Deneyi

Adherence of Streptococcus pneumoniae (the pneumococcus) to the epithelial lining of the nasopharynx can result in colonization and is considered a ...

Normal and Malignant Muscle Cell Transplantation into Immune Compromised Adult Zebrafish

Zebrafish have become a powerful tool for assessing development, regeneration, and cancer. More recently, allograft cell transplantation protocols have been developed that permit engraftment of normal and malignant cells into irradiated, syngeneic, and immune compromised adult zebrafish. These models when coupled with optimized cell transplantation protocols allow for the rapid assessment of stem cell function, regeneration following injury, and cancer. Here, we present a method for cell transplantation of zebrafish adult skeletal muscle and embryonal rhabdomyosarcoma (ERMS), a pediatric sarcoma that shares features with embryonic muscle, into immune compromised adult rag2E450fs homozygous mutant zebrafish. Importantly, these animals lack T cells and have reduced B cell function, facilitating engraftment of a wide range of tissues from unrelated donor animals. Our optimized protocols show that fluorescently labeled muscle cell preparations from &#945;-actin-RFP transgenic zebrafish engraft robustly when implanted into the dorsal musculature of rag2 homozygous mutant fish. We also demonstrate engraftment of fluorescent-transgenic ERMS where fluorescence is confined to cells based on differentiation status. Specifically, ERMS were created in AB-strain myf5-GFP; mylpfa-mCherry double transgenic animals and tumors injected into the peritoneum of adult immune compromised fish. The utility of these protocols extends to engraftment of a wide range of normal and malignant donor cells that can be implanted into dorsal musculature or peritoneum of adult zebrafish.

Here, we present a protocol for cell transplantation of zebrafish skeletal muscle and embryonal rhabdomyosarcoma (ERMS) into adult immune compromised rag2E450fs homozygous mutant zebrafish. This protocol allows for the efficient analysis of regeneration and malignant transformation of muscle cells.

Bağışıklık Aşılmasına Yetişkin Zebra balığı içine normal ve malign Kas Hücre Nakli

Zebrafish have become a powerful tool for assessing development, regeneration, and cancer. More recently, allograft cell transplantation protocols have ...

Development of a More Sensitive and Specific Chromogenic Agar Medium for the Detection of Vibrio parahaemolyticus and Other Vibrio Species

Foodborne infections in the US caused by Vibrio species have shown an upward trend. In the genus Vibrio, V. parahaemolyticus is responsible for the majority of Vibrio-associated infections. Thus, accurate differentiation among Vibrio spp. and detection of V. parahaemolyticus is critically important to ensure the safety of our food supply. Although molecular techniques are increasingly common, culture-depending methods are still routinely done and they are considered standard methods in certain circumstances. Hence, a novel chromogenic agar medium was tested with the goal of providing a better method for isolation and differentiation of clinically relevant Vibrio spp. The protocol compared the sensitivity, specificity and detection limit for the detection of V. parahaemolyticus between the new chromogenic medium and a conventional medium. Various V. parahaemolyticus strains (n=22) representing diverse serotypes and source of origins were used. They were previously identified by Food and Drug Administration (FDA) and Centers for Disease Control and Prevention (CDC), and further verified in our laboratory by tlh-PCR. In at least four separate trials, these strains were inoculated on the chromogenic agar and thiosulfate-citrate-bile salts-sucrose (TCBS) agar, which is the recommended medium for culturing this species, followed by incubation at 35-37 &#176;C for 24-96 hr. Three V. parahaemolyticus strains (13.6%) did not grow optimally on TCBS, nonetheless exhibited green colonies if there was growth. Two strains (9.1%) did not yield the expected cyan colonies on the chromogenic agar. Non-V. parahaemolyticus strains (n=32) were also tested to determine the specificity of the chromogenic agar. Among these strains, 31 did not grow or exhibited other colony morphologies. The mean recovery of V. parahaemolyticus on the chromogenic agar was ~96.4% relative to tryptic soy agar supplemented with 2% NaCl. In conclusion, the new chromogenic agar is an effective medium to detect V. parahaemolyticus and to differentiate it from other vibrios.

Development of a More Sensitive and Specific Chromogenic Agar Medium for the Detection of Vibrio parahaemolyticus and Other Vibrio Species

Detection and isolation of clinically relevant Vibrio species require selective and differential culture media. This study evaluated the ability of a new chromogenic medium to detect and identify V. parahaemolyticus and other related species. The new medium was found to have better sensitivity and specificity than the conventional medium.

Tespiti için daha duyarlı ve özgül Chromogenic Agar Orta Gelişimi<em&gt; Vibrio parahaemolyticus</em&gt; Ve Diğer<em&gt; Vibrio</em&gt; Türler

Foodborne infections in the US caused by Vibrio species have shown an upward trend. In the genus Vibrio, V. parahaemolyticus is responsible for the ...

A Murine Model of Group B Streptococcus Vaginal Colonization

Streptococcus agalactiae (group B Streptococcus, GBS), is a Gram-positive, asymptomatic colonizer of the human gastrointestinal tract and vaginal tract of 10 - 30% of adults. In immune-compromised individuals, including neonates, pregnant women, and the elderly, GBS may switch to an invasive pathogen causing sepsis, arthritis, pneumonia, and meningitis. Because GBS is a leading bacterial pathogen of neonates, current prophylaxis is comprised of late gestation screening for GBS vaginal colonization and subsequent peripartum antibiotic treatment of GBS-positive mothers. Heavy GBS vaginal burden is a risk factor for both neonatal disease and colonization. Unfortunately, little is known about the host and bacterial factors that promote or permit GBS vaginal colonization. This protocol describes a technique for establishing persistent GBS vaginal colonization using a single &#946;-estradiol pre-treatment and daily sampling to determine bacterial load. It further details methods to administer additional therapies or reagents of interest and to collect vaginal lavage fluid and reproductive tract tissues. This mouse model will further the understanding of the GBS-host interaction within the vaginal environment, which will lead to potential therapeutic targets to control maternal vaginal colonization during pregnancy and to prevent transmission to the vulnerable newborn. It will also be of interest to increase our understanding of general bacterial-host interactions in the female vaginal tract.

A Murine Model of Group B Streptococcus Vaginal Colonization

The purpose of this protocol is to imitate human group B Streptococcus (GBS) vaginal colonization in a murine model. This method may be used to investigate host immune responses and bacterial factors contributing to GBS vaginal persistence, as well as to test therapeutic strategies.

B Grubu bir murin modelinde<em&gt; Streptococcus</em&gt; Vajinal Kolonizasyon

Streptococcus agalactiae (group B Streptococcus, GBS), is a Gram-positive, asymptomatic colonizer of the human gastrointestinal tract and vaginal tract of ...

Laboratory Techniques Used to Maintain and Differentiate Biotypes of Vibrio cholerae Clinical and Environmental Isolates

The aquatic Gram-negative bacterium Vibrio cholerae is the etiological agent of the infectious gastrointestinal disease cholera. Due to the global prevalence and severity of this disease, V. cholerae has been extensively studied in both environmental and laboratory settings, requiring proper maintenance and culturing techniques. Classical and El Tor are two main biotypes that compose the V. cholerae O1 serogroup, each displaying unique genotypic and phenotypic characteristics that provide reliable mechanisms for biotype characterization, and require distinct virulence inducing culturing conditions. Regardless of the biotype of the causative strain for any given infection or outbreak, the standard treatment for the disease involves rehydration therapy supplemented with a regimen of antibiotics. However, biotype classification may be necessary for laboratory studies and may have broader impacts in the biomedical field. In the early 2000&#39;s clinical isolates were identified which exhibit genotypic and phenotypic traits from both classical and El Tor biotypes. The newly identified hybrids, termed El Tor variants, have caused clinical and environmental isolate biotype identification to become more complex than previous traditional single assay identification protocols. In addition to describing V. cholerae general maintenance and culturing techniques, this manuscript describes a series of gene specific (ctxB and tcpA) PCR-based genetic screens and phenotypic assays (polymyxin B resistance, citrate metabolism, proteolytic activity, hemolytic activity, motility, and glucose metabolism via Voges-Proskauer assay) collectively used to characterize and/or distinguish between classical and El Tor biotypes. Together, these assays provide an efficient systematic approach to be used as an alternative, or in addition, to costly, labor-intensive experiments in the characterization of V. cholerae clinical (and environmental) isolates.

Laboratory Techniques Used to Maintain and Differentiate Biotypes of Vibrio cholerae Clinical and Environmental Isolates

This manuscript describes proper Vibrio cholerae maintenance techniques in addition to a series of biochemical assays, collectively utilized for quick and reliable differentiation between clinical and environmental V. cholerae biotypes in a laboratory setting.

Biyotiplerin Bakımında ve Türevinde Kullanılan Laboratuvar Teknikleri<emVibrio cholerae</em&gt; Klinik ve Çevresel İzolatlar

The aquatic Gram-negative bacterium Vibrio cholerae is the etiological agent of the infectious gastrointestinal disease cholera. Due to the global ...

Quantifying Human Monocyte Chemotaxis In Vitro and Murine Lymphocyte Trafficking In Vivo

Chemotaxis is migration along a specific chemical gradient1. Chemokines are chemotactic cytokines that promote cellular trafficking with anatomic and temporal specificity2. Chemotaxis is a critical function of lymphocytes and other immune cells that can be quantitatively assessed in vitro. This manuscript describes methods that permit the evaluation of chemotaxis, both in vitro and in vivo, for diverse cell types including cell lines and native cells. The in vitro, plate-based format permits the comparison of several conditions simultaneously in real-time, and can be completed within 1-4 h. In vitro assay conditions can be manipulated to introduce agonists and antagonists, as well as differentiate chemotaxis from chemokinesis, which is random movement. For in vivo trafficking assessments, immune cells can be labeled with multiple fluorescent dyes and used for adoptive transfer. The differential labeling of cells allows for mixed cell populations to be introduced into the same animal, thereby decreasing variance and reducing the number of animals required for an adequately powered experiment. Migration into lymphoid tissue occurs in as little as 1 h, and multiple tissue compartments can be sampled. Flow cytometry following tissue harvest allows for a rapid and quantitative analysis of the migratory patterns of multiple cell types.

Quantifying Human Monocyte Chemotaxis In Vitro and Murine Lymphocyte Trafficking In Vivo

Protocols for quantitative assessment of lymphocyte chemotaxis and migration are important tools for immunology research. Here, an in vitro protocol is described that permits real-time, multiplexed evaluation of cell migration, as well as a complementary in vivo technique enabling tracking of native cells to spleen.

İnsan monosit kemotaksisi Vitro ve In Vivo kaçakçılığı fare lenfosit miktarının

Chemotaxis is migration along a specific chemical gradient1. Chemokines are chemotactic cytokines that promote cellular trafficking with anatomic and ...