Çoklu Dizileme için Taze ve Dondurulmuş Katı Tümör Örneklerinden Optimize Edilmiş Çekirdek İzolasyonu

Tümör biyolojisi hakkındaki bilgimiz arttıkça ve hücrelerin tümör içinde nasıl etkileşime girdiğinin ve hasta sonuçlarını nasıl etkilediğinin inceliklerini anlamaya olan ilgimiz arttıkça, tümör mikroçevresindeki heterojen hücreleri analiz etmenin önemi de artmıştır. Tek hücreli RNA'nın elde edilmesine ve aynı hücreden eşleştirilmiş hücre tarzında saldırı dizilimine izin veren çoklu dizileme, bu amaca yönelik önemli bir ilerleme sağlar. Bununla birlikte, bu deneylerden elde edilen verilerin kalitesi, deney koşullarının ve girilen biyolojik materyalin kalitesine büyük ölçüde bağlıdır.

Bu protokol, 10x Genomics platformunu kullanarak çoklu dizileme için katı tümör örneklerinden çekirdeklerin izolasyonuna güvenilir ve optimize edilmiş bir yaklaşım sağlar. Bu protokol, taze veya dondurulmuş tek hücreli süspansiyonlar kullanılarak güvenilirdir. Doku ayrışma koşulları, tek hücreli süspansiyonların dondurularak saklanması ve izole çekirdeklerin değerlendirilmesi için öneriler sunuyoruz.

Bu protokolde laboratuvarımızda primer doku tipi olan insan pankreatik duktal adenokarsinom örnekleri kullanıldı. Pankreas kanseri, hücrelerin yanı sıra nispeten yapışkan dokuyu da taşıyan oldukça desmoplastik bir tümör tipini temsil eder. Ayrıca, araştırma için mevcut pankreas tümörü örnekleri de nispeten küçük olma eğiliminde olduğundan, yakalanan hücrelerin miktarını en üst düzeye çıkarmak için çaba sarf edilmektedir.