قناة Excretory C. ايليجانس كنموذج ل Morphogenesis التجويف داخل الخلايا و في فيفو الاستقطاب نشوء غشاء حيوي في "خلية واحدة": وضع العلامات بالتجارة والنقل-الأنشطار والشاشة التفاعل [رني] والتصوير

Summary

القناة C. ايليجانس مطرح نموذج خلية واحدة فريدة من نوعها لتحليل البصرية في فيفو نشوء حيثياته استقطاب غشاء حيوي. ويصف هذا البروتوكول مزيجاً من القياسي الوراثية/[رني] والتصوير النهج، قابلة للتكيف لتحديد وتوصيف جزيئات توجيه أحادي الخلية توبولوجينيسيس، ونشوء حيوي الغشاء والتجويف قمي.

Abstract

هي القنوات مطرح C. ايليجانس أربعة أنابيب ضيقة تمتد من خلال طول الحيوان من خلية واحدة، بالتساوي تقريبا الآن الموسعة اندوتوبيس داخل الخلايا بناء واستقرار التجويف بالغشاء وسوبميمبرانيوس سيتوسكيليتون حرف قمي. يوسع الخلية مطرح طوله حوالي ألفي لتوليد هذه القنوات، مما يجعل هذا النموذج الفريد للتقييم في فيفو لنشوء حيثياته استقطاب غشاء حيوي، morphogenesis التجويف داخل الخلايا وأحادي الخلية توبولوجينيسيس. البروتوكول المعروضة هنا يوضح كيفية الجمع بين معيار العلامات، الربح والخسارة-من-وظيفة الوراثية أو الحمض النووي الريبي التدخل ([رني])-، والنهج المجهري لاستخدام هذا النموذج لتشريح بصريا ووظيفيا تحليل هذه العمليات على مستوى جزيئي. كمثال على نهج وضع العلامات، يحدد البروتوكول توليد الحيوانات المحورة وراثيا مع البروتينات الفلورية الانصهار لتحليل العيش من توبولوجينيسيس. كمثال على نهج الوراثية، يسلط الضوء على النقاط الرئيسية من الشاشة المرئية التفاعل القائم على [رني] تهدف إلى تعديل النمط الظاهري قناة الكيسي مكسب للدالة. أساليب محددة ووصف كيفية: التسمية ووضع تصور للقنوات بالتعبير عن البروتينات الفلورية؛ بناء مكتبة [رني] مستهدفة، ووضع استراتيجية [رني] فحص للتحليل الجزيئي للقناة morphogenesis؛ تقييم بصريا التعديلات لتعمل القناة؛ نقاط لهم بتشريح مجهرية الأسفار؛ وصف مكونات القناة سوبسيلولار دقة أعلى بالفحص المجهري [كنفوكل]؛ والتحديد الكمي للمعلمات البصرية. النهج مفيد للمحقق الذي يرغب في الاستفادة من القناة C. ايليجانس مطرح لتحديد ووصف الجينات المتورطين في عمليات فيلوجينيتيكالي مصانة في التجويف داخل الخلايا وأحادي الخلية أنبوب morphogenesis.

Introduction

جميع الأجهزة الداخلية تتكون من أنابيب، حاسمة بالنسبة للعديد من وظائفها المختلفة، مثل النقل وتبادل الغازات والسوائل والمواد المغذية وإفراز النفايات الأيضية. طابعها الاستقطاب، مع الأغشية قمي ولومينال متميزة، هو تكييف هذه المهام المحددة، والعيوب في نشوء حيوي نظمها إندو-وغشاء البلازما سبب كثرة الأمراض البشرية^1،2. معظم الأنابيب المفرج والأجهزة الداخلية متعددة الخلايا وتشكل من تجويف إينتيرسيلولارلي؛ بيد أن يمكن، على سبيل المثال، تمثل أنابيب أحادي الخلية، التي تشكل التجويف إينتراسيلولارلي، بقدر ما 30 – 50% من البشرية الشعرية الأسرة². أغشية الاستقطاب المتعدد الأطراف وأنابيب أحادي الخلية متشابهة في تكوينها، على الرغم من أن هذه ميكرودوماينس قد تختلف استناداً إلى أنبوب وظيفة معينة (مثلاً، كاناليكولي قناة مطرح مقابل زغيبات الأمعاء في كاينورهابديتيس ايليجانس؛ انظر المصاحبة للورقة على توبولوجينيسيس المعوية C. ايليجانس )³. يتم المحافظة عليها مبادئ نشوء الاستقطاب غشاء حيوي وتوبولوجينيسيس بين ميتازوانس، ويوجه إليه جزيئية مماثلة لهم^1،،من²⁴.

C. ايليجانس مطرح تتألف من خمس خلايا: خلية مطرح (الجماعة الأوروبية)، خلية لاصق (DC)، المسام خلية (PC) واثنين من خلايا الغدة. الاجتثاث من المفوضية الأوروبية، DC أو الكمبيوتر يسبب تراكم السائل في تجويف الجسم ويموت الحيوانات مرحلة يرقات مبكر⁵. الفضول، إنشاء هذه الأنابيب أحادي الخلية ثلاثة بهم لومن بثلاث طرق مختلفة: بخلية تفريغ (EC)؛ الخلية التفاف مقترنة بتشكيل تقاطع أوتوسيلولار (PC)؛ وقبل التفاف الخلية مقرونا أوتوفوسيون (DC)؛ آليات مختلفة من morphogenesis التجويف التي حفظت فيلوجينيتيكالي^6،كل⁷. المفوضية الأوروبية، يقع في الجهة الجانبية اليسرى من لمبة البلعوم الخلفي، يرسل امتدادات جانبية اثنين من التي تتفرع القنوات الأربع تمتد إلى الأسفل والخلف (في كل من الجانب الأيمن والأيسر) غيض من الآنف دودة والذيل ، على التوالي (الشكل 1)^5،،من⁶⁸. المفوضية الأوروبية يمتد من حوالي 1 ميكرون إلى 2 x 1,000 ميكرومتر، مما يجعلها أكبر الخلية في الحيوان. على مستوى سوبسيلولار، القناة مطرح أنبوب بسيط، المتولدة من غشاء القاعدي توجه بسيودوكولوم، ونفق بغشاء لومينال (اندوتوبي). غشاء لومينال قناة تتصل بغشاء لاصق لومينال على مفترق طرق بين الخلايا فقط؛ وإلا القنوات جونكتيونلس على طول أطوال (الشكل 1). غشاء لومينال قناة مطرح وما سيتوسكيليتون سوبميمبرانيوس قمي، حددها التركيب الجزيئي يشبه تكوين غشاء قمي وسيتوسكيليتون سوبميمبرانيوس من أنابيب متعددة الخلايا، مثل الأمعاء، ومن ابيثيليا الأخرى (مثلاً، شقة). هيولى العضيات، بما في ذلك اندوسومال حويصلية وأخرى (مثلاً، غولجي) توزع اندوميمبرانيس على طول القناة. وبالإضافة إلى ذلك، تكون مترابطة متعددة الحويصلات كاناليكولار-أما متصلة بغشاء لومينال، و/أو مترابطة، أو معزولة-من خلال قناة السيتوبلازم^7،،من^89،10 . هذا الصدد البلازما-غشاء/كاناليكولار الحيوية كذلك توسع نظام غشاء القناة ويساهم كلا التجويف morphogenesis وأوسموريجوليشن¹⁰. وهكذا يتكون القناة مطرح كلياً تقريبا من إندو-والأغشية البلازمية، تقديم نموذج ممتاز لتحليل نشوء حيوي غشاء الاستقطاب وتنظيم إندو-إلى واجهة غشاء البلازما. توسعا هائلا من غشاء قمي خلال القناة morphogenesis-في هذا النظام خلية واحدة تزامنت مع ملحق التجويف – يسمح أيضا لتحليل المشاكل المعمارية الناشئة بالحاجة إلى تحقيق الاستقرار ومركز غشاء لومينال داخل الخلايا . ويركز هذا البروتوكول على تحليل morphogenesis الهيكلية القناة الأنبوب وفي التجويف وديناميات غشاء داخل الخلايا المطلوبة لهذه العملية بدلاً من الإشارات التي توجه حركة الخلية التي تولد موقف المفوضية الأوروبية في نظام مطرح وتشييد صلاتها المعقدة إلى العناصر الخلوية الأخرى (استعرض في⁶).

وثمة ميزة أخرى للنظام قناة وحيدة الخلية C. ايليجانس للتحليل الغشاء الاستقطاب ونشوء حيوي التجويف داخل الخلايا هو قدرته على فصل، عبر الزمن التنموية، جيل مكونات مختلفة في الأغشية والوصلات. المفوضية الأوروبية هو ولد في وقت الإغلاق البطني ويستقر فينترو أفقياً من البلعوم خلال منتصف embryogenesis^5،،من⁶⁸، تحدث خلالها تمديد الوقت القناة الجانبية والتفريع. هذا هو متبوعة تمديد قناة الأمامي الخلفي خلال أواخر embryogenesis، عملية التي ما زالت في مرحلة اليرقات L1 (الشكل 1). يرقة فقست حديثا، الحافة الخلفية قناة تصل إلى حوالي منتصف الدودة، تماما توسيع للذيل في نهاية المرحلة L1، بعد الوقت الذي القناة الغضروفي جنبا إلى جنب مع دودة⁸. قناة نشطة في النمو بسرعة تفوق نمو الحيوان وهكذا ينتهي في مرحلة اليرقات الأولى، إلا أن زيادة النمو يحدث بالتوازي مع نمو الحيوان كله خلال مراحل اليرقات إضافية (L2 – 4). يوفر هذا الإعداد الفرصة لتحليل الخطوات المختلفة لنشوء حيثياته استقطاب غشاء حيوي مستقلة عن انقسام الخلية الاستقطاب أو الهجرة. وعلاوة على ذلك، فهو يسمح الفصل بين هذه العملية من الجمعية للوصلات (التي تحدث في الجنين قبل الشروع في التجويف)؛ شرط الضبط في استقطاب الغشاء لا تزال مسألة مفتوحة في مجال الأقطاب. وأخيراً، فإنه فريد يفصل قمي من توسع الغشاء القاعدي، العملية الأخيرة السابقة السابقة في القنوات مطرح¹⁰. نموذج القناة مطرح C. ايليجانس هو ذلك تكملة مفيدة خاصة لنموذج المعوية التي أسهم عدد من هذه المزايا لتحليل نشوء الاستقطاب غشاء حيوي ولكن تنفيذ ذلك في بيئة متعددة الخلايا (انظر الورقة المرفقة على توبولوجينيسيس المعوية³).

على الرغم من أن القنوات البرية من نوع سامسونج الأنابيب في هذا دودة صغيرة، لومن بهم يمكن أن يكون السادسسواليزيد مباشرة من بصريات نومارسكي في هذا الحيوان شفافة. وفي الواقع، يمكن أن توصف مورفولوجيس قناة الكيسي المسخ في الحيوانات غير مسمى باستخدام التكبير المنخفض تشريح مجهرية، التي استخدمت لتأثير كبير في شاشات الجينية إلى الأمام لتحديد الجينات المشتركة في توبولوجينيسيس¹¹. التصور تحسين مورفولوجية الترع والتمييز على الأغشية الاستقطاب ومكونات سيتوسكيليتال، العضيات داخل الخلايا المختلفة والهياكل الأخرى سوبسيلولار، ومع ذلك، يتطلب وضع العلامات وأعلى السلطة فلوري مجهر تشريح و [كنفوكل]. على الرغم من أن هيكل غرامة على القنوات يطرح عددا من الصعوبات لوضع العلامات والفحص المجهري، يمكن التمييز بين الأغشية ومكونات سوبسيلولار عن طريق جزيئات معينة فريدة من نوعها لكل حجرة، ويمكن تركيبة الحيوانات بأمان للفحص المجهري إذا وتتخذ احتياطات معينة لتجنب إدخال الفنية (انظر البروتوكول و المناقشة). وضع العلامات يمكن القيام به إيمونوهيستوتشيميستري في عينات ثابتة أو بتوليد الديدان المعدلة وراثيا معربا عن البروتينات الفلورية الانصهار تحت سيطرة الخاصة بهم أو مطرح المروجين قناة خاصة للتصوير في فيفو . يصف هذا الأسلوب وصفها الأخير من هذا البروتوكول (انظر الورقة المرفقة على توبولوجينيسيس المعوية لجسم تلطيخ³).

مستوى القدرة على الجمع بين الدراسات في فيفو الخسارة أو الربح-من-وظيفة في فيفو التصوير التحليل في خلية واحدة فقط في جميع أنحاء يجعل التنمية القناة مطرح C. ايليجانس نموذج قوي بصفة خاصة الجزيئية و تحليل الخلوية توبولوجينيسيس أحادي الخلية. يمكن أن يؤديها إلى الأمام أو عكس شاشات الجينية بدءاً الحيوانات المحورة وراثيا البرية من نوع أو المسمى لتحديد قناة morphogenesis تعمل (على سبيل المثال، الخراجات) وبها عيوب الجينات الكامنة. بدلاً من ذلك، هذه الشاشات يمكن أن تبدأ النمط الظاهري المسخ (مثلاً، قناة الكيسي) وتحديد المكثفات أو محسنات من هذا النمط الظاهري لتحديد الجينات وظيفيا تتفاعل مع الجينات تسبب النمط الظاهري متحولة. العيب الوراثي مما تسبب في النمط الظاهري المسخ يمكن أن يستحث مكسب أو خسارة (مثلاً، عن طريق حذف الجينات) (مثلاً، عن طريق الطفرات تفعيل أو عن طريق الأخذ بنسخ الجينات الزائدة) وظيفة التحقيق. إلى الأمام الطفرات أو منهجي [رني] شاشات دون أفكار مسبقة حول وظيفة الجينات وتسمح بتحديد الجينات المتورطين في وظيفة الفائدة غير متحيزة. نظراً لتوفر تغذية المكتبات [رني] على نطاق الجينوم، تقريبا كل الجينات يمكن أن تكون بسهولة ترسيتها قبل [رني] في C. ايليجانس، مثل أن أي مورثة واحدة من الاهتمام أو أي مجموعة من الجينات (مثلاً، في الشاشات المستهدفة) يمكن أيضا أن تكون سرعة سبر لأثرها في نهج علم الوراثة عكسي. وللتدليل على مزيج ممكن من النهج، نحن هنا وصف شاشة تفاعل [رني] مستهدفة، بدءاً متحولة قناة مطرح الكيسي مكسب للدالة، المسمى بروتين فلوري هيولى قناة الأخضر (التجارة والنقل). النمط الظاهري المسخ تم إنشاؤها بواسطة overexpression من إدارة مخاطر المؤسسات-1، الغاية مصانة C. ايليجانس أورثولوج الأسرة رابط غشاء-أكتين Ezrin-راديكسين-موسين (ERM)، الذي كان متورطا في التجويف morphogenesis والغشاء المنظمة في العديد من الأنواع¹². C. ايليجانس ERM-1 يموضع للأغشية لومينال أجهزة الداخلية، مثل قناة مطرح والأمعاء، وهو مطلوب لتشكيل التجويف في كلا¹³. إدارة مخاطر المؤسسات-1 overexpression المجندين أكتين الزائدة وحويصلات للغشاء لومينال القناة، زيادة الجريان في التجويف وتوليد قناة الكيسي قصيرة وغشاء لومينال مجعد مع الأكتين سميكة الفروة⁹. البروتوكول توضح كيفية توليد سلالات معدلة وراثيا مع مطرح أعرب عن قناة المسمى الانصهار البروتينات (أو غيرها من البروتينات)؛ كيفية أداء شاشات [رني] مستهدفة بدءاً من هذه الضغوط، لتحديد المعدلات النمط الظاهري القناة؛ وكيفية تحليل نتائج هذه الشاشات بصريا بالفحص المجهري تشريح و [كنفوكل] الأسفار، بما في ذلك طرق بسيطة لقياس تعمل توبولوجينيسيس غنية بالمعلومات. يمكن الاطلاع على البديل العلامات تقنيات والتفاصيل [رني], تعديل الجينات توبولوجينيسيس قاتلة في كثير من الأحيان، في الورقة المرفقة بشأن توبولوجينيسيس المعوية³. يمكن استخدام كافة الأساليب في توليفات مختلفة لتحقيق مسائل أخرى على قناة توبولوجينيسيس.

Protocol

1-تسمية القناة Excretory C. ايليجانس "الفلورسنت الانصهار البروتينات" ¹⁴

ملاحظة: انظر الورقة المرفقة على توبولوجينيسيس المعوية ³ لوضع العلامات التي في الموقع الضد تلطيخ إجراءات قابلة للتكيف للقناة مطرح. انظر الجدول 1 للاطلاع على أمثلة للجزيئات التي أثبتت أنها مفيدة لتصور C. ايليجانس قناة مطرح إندو-وأغشية البلازما، الجدول 2 للحصول على أمثلة من المروجين يقود التعبير إلى قناة الإخراج، و الجدول 3 للموارد لمجموعة أكثر شمولاً من علامات والمروجين، بما في ذلك المراجع مناقشة اختيار مختلف فلوروفوريس.

1. بناء الأنسجة والبلازميدات علامة نيون محددة بإنزيم التقييد على أساس استنساخ ¹⁵
   ملاحظة: انظر المناقشة لتقنيات بديلة لتشييد البروتينات الفلورية الانصهار.
   1. تحديد التسلسل من المروج (للانشطار النسخي) أو الجين كامل اهتمامها وورمباسي ⁴⁴ مع المروج لها (للانشطار متعدية).
      ملاحظة: للمروجين، حوالي 1 – 3 كيلوبس (kb) غير كافية لمعظم C. ايليجانس الجينات. كما يمكن تصميم البروتينات الانصهار متعدية بوضع مورثة الفائدة في ظل عاملاً مطرح قناة معينة (انظر الجدول 2).
   2. تصميم الإشعال إلى الأمام وعكس للتضخيم المروج (للانشطار النسخي) و/أو جين كامل مع المروج (للانشطار متعدية). إضافة إنزيم التقييد linkers 5 ’ و 3 ’ الغايات كبسولة تفجير.
      ملاحظة: اختر إنزيمات التقييد التي تكون موجودة في ناقلات بلازميد (مثلاً، pPD95.79) ¹⁶. للانشطار متعدية الجنسيات، 3 ’ رابط يجب أن يكون تصميم بحيث بعد الهضم إنزيم التقييد وربط مع الناقل، سيكون الإطار كودون إدراج المستمر مع codons فلوروفوري، مثلاً، التجارة والنقل. واحد قد تحتاج إلى إضافة 1 أو 2 من قواعد أكثر نموذجية التقييد الإنزيم linkers ¹⁴؛ الحرص على عدم خلق كودون وقف.
   3. بوليميريز إجراء سلسلة من ردود الفعل (PCR) لتضخيم المروج أو كامل طول الجينات باستخدام الديدان الحية أو البرية من نوع الحمض النووي أو كدنا كقالب ¹⁵-
      ملاحظة: عند استخدام الديدان كقالب، أولاً الديدان في تحلل المخزن المؤقت (PCR المخزن المؤقت بالإضافة إلى ك البروتيناز) ¹⁷. يمكن استخدام الديدان المرحلة المختلطة كقالب. يمكن استخدام الديدان المتعطشة لتفادي التلوث مع الحمض النووي البكتيري.
   4. (1 ٪) [اغروس] إجراء هلام التفريد على منتجات PCR لتحديد الحجم الصحيح للمنتج تضخيم.
      ملاحظة: إذا كان حجم الفرقة الصحيحة، تابع مع الخطوة التالية. إذا كان يتم إنشاء نطاقات متعددة، تحسين ظروف التضخيم لإنتاج موسيقى واحد. إذا لم ينجح هذا، قطع الفرقة الصحيحة من الجل وتنقية الحمض النووي بالأساليب القياسية ¹⁵ وثم المتابعة مع الخطوة التالية-
   5. إجراء تقييد موجز عن المنتج بكر وبلازميد المتجهات التي تحتوي على فلوروفوري (مثلاً، pPD95.79) في أنابيب منفصلة بالأساليب القياسية ¹⁵-
   6. فصل السلطات الوطنية المعينة هضمها بالتفريد جل والوت المنتج بكر وناقلات شرائط الحمض النووي في أنابيب منفصلة.
   7. نق السلطات الوطنية المعينة من جل الشرائح بالأساليب القياسية ¹⁵. قياس تركيز الحمض النووي بواسطة جهاز المطياف الضوئي.
   8. اضطر المنتج بكر وناقلات الحمض النووي بالطرق القياسية وتحويل الخلايا المختصة المعينة المؤتلف بالأساليب القياسية ¹⁵-
   9. انتشار 10 ميكروليتر، 50 ميكروليتر و 100 ميكروليتر من الخلايا المحولة على ثلاث لوحات مرق لوريا (رطل) الفردية وتستكمل مع 50 ميكروغرام/مل الأمبيسلّين.
      ملاحظة: انتشار كميات مختلفة من الخلايا على لوحات مختلفة لمجموعة كفاءات التحول. على سبيل المثال، تصفيح كثيفة جداً قد لا يسمح عزل المستعمرات إذا كان التحول كفاءة.
   10. احتضان لوحات عند 37 درجة مئوية بين عشية وضحاها. صباح اليوم التالي، تأخذ بها اللوحات من الحاضنة.
       ملاحظة: إذا كانت المستعمرات صغيرة جداً، احتضانها لعدة ساعات أكثر.
   11. بلازميد تحضير السلطات الوطنية المعينة من المستعمرات واحد من الأساليب القياسية ¹⁵. مزيج قالب الحمض النووي والإشعال وترسل للتسلسل (يقوم عادة في مركز خدمات أساسية)-
   12. قراءة التسلسل والتحقق من سلامة بناء الانصهار.
       ملاحظة: الحرجة: تأكيد الإطار كودون الصحيح بين المدرج الجينات والجينات علامة مضيئة لاندماج الترجمة. ومن الناحية المثالية، تسلسل الجين كله للتأكد من أن لا طفرة قدم خلال إجراءات الاسترداد وربط-
   13. توليد مزيد بلازميد الحمض النووي (باستخدام الخطوة 1.1.11) لحقن للخطوة 1.2.
2. جيل حيوانات المحورة وراثيا ب microinjection للحمض النووي لتحويل الخط ¹⁸
   ملاحظة: انظر مناقشة لتقنيات بديلة لإدخال المتسلسلات. الإجراءات المحددة التي يمكن استخدامها لتوليد الحيوانات المحورة وراثيا التي تحمل بروتين انصهار الأسفار أو أي البروتين الأخرى ذات الاهتمام. على سبيل المثال، يمكن أن تكون البروتينات خارجية أدخلت حديثا (مثلاً، أورثولوج مغايرة) أو يمكن يعيد (مثلاً إلى المسخ germline المقابلة للإنقاذ) بروتين ذاتية أو أوفيريكسبريسيد لتوليد النمط الظاهري (مثل حقن إدارة مخاطر المؤسسات- 1 استخدمت لإنشاء النمط الظاهري القناة الكيسي overexpression بمثابة هدف لتعديل الشاشة التفاعل [رني] هو موضح أدناه).
   1. ميكس بنية الحمض النووي (1 – 50 نانوغرام/ميكروليتر) مع علامة بلازميد الحمض النووي (عادة 100 نانوغرام/ميكروليتر)، على سبيل المثال العلامة الغالبة رول-6 (su1006) (انظر 1.2.3 لخيارات العلامة)-
      ملاحظة: الحرجة: تركيز حقن الحمض النووي يجب أن تحدد تجريبيا لتجنب إدخال تعمل أرتيفاكتوال (الخراجات، وعيوب الإرشاد، والفتك) عند التعبير عن الجينات في القنوات مطرح التي خاصة حساسة للتعبير عن المتسلسلات. يمكن للمرء، على سبيل المثال، أن عدة مخاليط والبلازميدات بتركيزات من 1 نانوغرام/ميكروليتر، 10 نانوغرام/ميكروليتر، 50 نانوغرام/ميكروليتر، و 100 نانوغرام/ميكروليتر مع 100 نانوغرام/ميكروليتر rol-6(su1006) لاختبار مجموعة من تركيزات للجيل من سلالة صالحة مع التعبير المطلوب أو النمط الظاهري (تركيزات مرتفعة من المحتمل أن تكون سامة غير خصيصا لقناة morphogenesis وقد تكون مميتة).
   2. تصفية الخليط الحمض النووي من خلال مرشح أنبوب الطرد مركزي تدور-x حجم 0.22-ميكرومتر (ميكرومتر) مسام.
      ملاحظة: لا تترك غطاء الأنبوبة المفتوحة لتفادي الغبار التي يمكن أن تمنع الإبر microinjection.
   3. ميكروينجيكت والبلازميدات المؤتلف في الغدد التناسلية الديدان البرية من نوع أو متحولة بالأساليب القياسية لتحويل الخط (انظر المرجع ¹⁸ للحصول على تفاصيل الإجراء).
      ملاحظة: علامة قياسية والبلازميدات، على سبيل المثال: rol-6(su1006)، دبي-20، unc-119، فا-1. تدخل المتسلسلات المهيمنة مثل rol-6(su1006) في الديدان نوع البرية، بينما هي أدخلت المتسلسلات إنقاذ بهم طفرات كل منهما. والبلازميدات العلامة حقن المشترك لصيانة سهلة لخطوط المعدلة وراثيا منذ المتسلسلات اكستراتشروموسومال تضيع عشوائياً أثناء انقسام الخلية (انظر 1.2.8). عند حقن الجينات ترميز للانشطار فلوروفوري، أحد يمكن أيضا استخدام fluorophore، التجارة والنقل، نفسها كعلامة. 6 رول يستحث الديدان لفة حول نفسها التي غالباً ما تكون مفيدة لتقييم تعمل morphogenesis.
   4. نقل حقن الديدان على الإشريكيّة القولونية المصنف لوحات متوسطة النمو ديدان أسطوانية (NGM) (مثلاً، الديدان/لوحة 5) (انظر المرجع ¹⁹ لمعيار C. ايليجانس إجراءات الثقافة وصيانتها و جدول المواد)-
   5. احتضان اللوحات وترك ذرية وضع في 20 درجة مئوية لحوالي 3 د
   6. دراسة ذرية F1 تحت مجهر تشريح للديدان (المتداول) رول (أو أي أخرى حقن محددة ماركر، مثلاً، التجارة والنقل) واختيار t بكراتلوحات فردية س.
   7. حدد لوحات مع المتداول الحيوانات F2 وتأكيد وجود الأسفار تحت مجهر fluorescence تشريح (عادة ما تكون جميع الرول الحيوانات بروتينات فلورية خضراء إيجابية).
      ملاحظة: يشير كرات F2 الجيل الناجح من خط محوره وراثيا. خطوط فردية قد تكون مختلفة، مثلاً، فيما يتعلق بمعدل انتقال التحوير. فمن المفيد لصيانة وتخزين عدة أسطر.
   8. الحفاظ على خطوط المحورة وراثيا بإثراء اللوحات الجديدة للحيوانات علامة إيجابية.
      ملاحظة: حقن الحمض النووي هو إدماج الفعل كمصفوفة اكستراتشروموسومال. معدلات انتقال للمصفوفات اكستراتشروموسومال متغير لكن عموما حوالي ~ 50%. لا تفقد السلالة، ولذلك من الأهمية بمكان لإثراء الأسطر يدوياً مع علامات المهيمنة (مثلاً، خطوط غير مضمونة بالانتقاء السلبي).
   9. تجميد خطوط معدلة وراثيا باستخدام تقنيات التجميد القياسية للتخزين على المدى الطويل في-80 درجة مئوية ¹⁹-
      ملاحظة: المتسلسلات على صفائف اكستراتشروموسومال يمكن أيضا إدماج الفعل باشعاع الأشعة فوق البنفسجية في خطوة إضافية تسفر عن خطوط متجانسة ¹⁸. على سبيل المثال، كان دمج إدارة مخاطر المؤسسات-1 الفعل باشعاع الأشعة فوق البنفسجية للحصول على سلالة ERM-1 [++] fgIs2[erm-1p::erm-1;rol-6p::rol-6(su1006) [ حيث يحمل كل الحيوانات التحوير، شرطا لاستخدامها في القائم [رني] شاشة التفاعل الموصوفة أدناه. هذه السلالة كان بالإضافة إلى ذلك المسمى بقناة مطرح هيولى التجارة والنقل عبر معبر في سلالة تحتوي على ف فى-1:: التحوير التجارة والنقل (ولدت بنفس الإجراءات المبينة أعلاه؛ انظر مرجع ²⁰ الجينية الأساسية إجراءات مثل الصلبان) ويشار إلى إدارة مخاطر المؤسسات-1 [++]؛ ف vha-1:: إجهاد بروتينات فلورية خضراء أدناه.

2. بناء استهدفت مكتبة [رني] وتصميم على شاشة التفاعل [رني] لتعديل "النمط الظاهري قناة"

ملاحظة: شاشة تفاعل وراثية مستهدفة على أساس [رني] هو وصف يستخدم أوفيريكسبريسيون قناة الكيسي النمط الظاهري ل البحث عن المورثات morphogenesis قناة مطرح المتفاعلة. إدارة مخاطر المؤسسات-1 [++] السلالة (راجع الخطوة 1.2.9) بمثابة مثال ⁹. هذا النهج ويعرض فقط واحدة من العديد من النهج الممكنة للتحليل الوراثي للقناة مطرح التجويف morphogenesis (انظر عرض و مناقشة للنهج الوراثية الأخرى). انظر الورقة المرفقة على توبولوجينيسيس المعوية ³ ومراجع ^{17 ، 21 ، 22} لخلفية على [رني]، تفاصيل [رني] الإجراءات، وتعديل قوام [رني] (يعدل للجينات القاتلة غالباً ما توبولوجينيسيس) ومناقشة المشاكل التقنية متصلة [رني]. راجع مرجع ¹⁹ للثقافة دودة القياسية والصيانة و جدول المواد-

البحث عن إدارة مخاطر المؤسسات-1 (أو الجينات الأخرى ذات الأهمية) الجزيئات المتفاعلة في قواعد البيانات والمقالات المنشورة

.
ملاحظة: إمكانية إدارة مخاطر المؤسسات-1 التمثيلات ستشمل جميع الجزيئات التي عرضت تجريبيا وظيفيا أو وراثيا، أو جسديا التفاعل مع البروتينات إدارة مخاطر المؤسسات في أي الأنواع و/أو تم التنبؤ للقيام بذلك بأي في السيليكون، إنتاجية عالية أو بيولوجيا الأنظمة النهج (انظر الجدول 3 أمثلة لقواعد البيانات والموارد)-
1. بإنشاء قائمة لجميع الجينات وتجد homologs C. ايليجانس حيثما يقتضي الأمر-
   ملاحظة: النظر في توسيع نطاق قائمة الجينات التي تم تحديدها لفئات الجينات، الذي يأخذ في الاعتبار وظيفة الجينات للفائدة وتتسع الشبكة لتحديد التمثيلات (مثلاً، بالنسبة لرابط غشاء-أكتين ERM-1، حدد جميع أكتينس و الجزيئات المتصلة أكتين)-
2. تحديد المقابلة [رني] تغذية الحيوانات المستنسخة في المتاحة تجارياً على نطاق الجينوم البكتيري مكتبات [رني] لجميع الجينات البكتيرية (مثلاً، أهرينجير الجينوم C. ايليجانس [رني] تغذية مكتبة ²¹؛ جدول المواد)
3. بإنشاء جدول بيانات لجميع الجينات والمقابلة [رني] لوحة وعدد جيدا.
4. بيك ومتتالية ~ 50 [رني] استنساخ على ألواح رطل/الأمبيسلّين/التتراسيكلين (اختيار المضادات الحيوية يتحدد بناء المكتبة) يوميا ويستمر استهداف يتم إنشاء مكتبة [رني].
   ملاحظة: اعتماداً على حجم المكتبة وسير العمل المتوقعة، تجاهل إنشاء مكتبة كاملة والانتقال مباشرة إلى تحليل دفعي. ويمكن تخزين لوحات عند 4 درجة مئوية، لمدة لا تزيد على أسبوعين تقريبا (إذا لزم الأمر، إعادة متتالية على لوحات جديدة بعد ذلك). على العكس من ذلك، واحد يمكن أن تولد أكبر المكتبات المجمدة في تنسيقات 96-بئر أو آبار 384 نسخ متماثل للتخزين على المدى الطويل في-80 درجة مئوية.
5. احتضان لوحات عند 37 درجة مئوية بين عشية وضحاها. صباح اليوم التالي، إزالة لوحات من الحاضنة ومخزن في 4 ° C.
6. البكتيريا [رني] انتقاء من صفيحة من مسواك عقيمة، مزج البكتيريا مع ميكروليتر 600 رطل/الأمبيسلّين مرق (50 نانوغرام/ميكروليتر) في microtube 1.5 مل، واحتضان هذه الأنابيب عند 37 درجة مئوية، ويهز ل 6 h.
   ملاحظة: تلقيح البكتيريا [رني] في المرق بفرك بيك (نصيحة مسواك أو ميكروبيبيتي) على طول الجانب microtube-
ميكروليتر
7. 70 البذور المستزرعة البكتيريا في كل بئر من لوحات [رني] 6-جيدا في مجموعات مكررة أو ثلاث. احتضان اللوحات [رني] عند 22 درجة مئوية بين عشية وضحاها.
   ملاحظة: لوحات [رني] الناتجة عن إجراءات موحدة (الجدول للمواد والمراجع ^{3 ، ،} من ^{17 21}) وتستخدم هنا في نسيج 6-جيدا تنسيق لوحة الثقافة لاتباع نهج إنتاجية العليا التي ما زالت تسمح لتقييم مجهرية morphogenesis القناة في الحيوانات الحية على اللوحات-
8. التالي صباح اليوم، اختيار 3 L4 مرحلة إدارة مخاطر المؤسسات-1 [++]؛ ف vha-1:: بروتينات فلورية خضراء الديدان على كل بئر من الألواح [رني].
   1. لتجنب التلوث بالبكتيريا OP50 (انظر المرجع ¹⁹) التي تتداخل مع [رني] أولاً البذور الديدان على صفيحة NGM دون البكتيريا واسمحوا الحيوانات الزحف لحوالي 10 دقيقة. فقط استخدام الحيوانات صحية غير المتعطشة.
9. احتضان لوحات عند 22 درجة مئوية ل 3 (د) السماح للحيوانات لإنتاج ذرية.
10. دراسة القناة تعمل في ذرية F1 تحت المجهر fluorescence تشريح.

3. في فيفو التصوير قناة Excretory C. ايليجانس Fluorescence تشريح مجهرية و "سجل تعمل توبولوجينيسيس"

1. تحضير ورقة التهديف النمط الظاهري (على سبيل المثال الموضح في الجدول 4 و الرقم 5 ).
2. وضع لوحة أجار مع الديدان مباشرة تحت ديسيكتين الأسفاراستخدام مجهر ز، فتح غطاء لوحة للتقييم، انخفاض نسبة التكبير للتركيز.
   ملاحظة: هذا البروتوكول وصف استخدام نطاق مع 1.5 X و 10 × أهداف ونطاق تكبير من 3.5 إلى 45 (جدول المواد)-
3. تقييم الحيوانات التي تركز على كل منهما أيضا على حدة، بدءاً من 1 جيدا، والعمل باستمرار اللوحة-
   ملاحظة: تبدأ دائماً مع تقييم الضوابط. على سبيل المثال، وهمية (متجه فارغة) السلبية تحكم ([رني] HT115 البكتيريا (انظر مراجع ^{17 ، 21}) مع إدراج جينات لا علاقة لها أو بدون) والاقتضاء إيجابية تسيطر على، مثلاً، في هذه الشاشة التفاعل، إدارة مخاطر المؤسسات-1 [رني] (يمنع النمط الظاهري إدارة مخاطر المؤسسات-1 [++]) و sma-1/سبيكترين [رني] (يعزز النمط الظاهري القناة ERM-1 [++])-
أولاً، دراسة
4. العامة تعمل مرئية تحت الضوء الساطع (على سبيل المثال: السماح/قاتلة، Clr/واضحة، والتطريز/الجنينية الفتاكة، الظريف/العقيمة، Unc/غير منسقة، ودبي/دين وقصير، إلخ)، كمياً النمط الظاهري بحساب إجمالي عدد الحيوانات وعدد للحيوانات، ومع النمط الظاهري تسجيل الأرقام (انظر الجدول 4).
   ملاحظة: كنوكدوونس جينات تسبب العيوب التي قد تؤثر على تقييم تعمل قناة (مثلاً، التطريز، الظريف)، النظر في تكرار التجربة مع الشرطي، وظيفة الجنينية [رني] (انظر المصاحبة للورقة لإجراءات ³ ).
5. الثانية، بحث تعمل قناة مطرح تحت ضوء الفلورسنت ونقاط تعمل القابلة للقياس الكمي (مثلاً، طول القناة، عرض التجويف، الخراجات) وتسجيل الأرقام وتصف تعمل على ورقة التهديف (انظر الجدول 4، < فئة قوية = "إكسفيج" > الرقم 5)-
   ملاحظة: مطلوب أعلى التكبير بتكبير نطاق تقييم أكثر دهاء قناة تعمل. الانتقال ذهابا وإيابا بين التكبير المنخفضة والعالية بعناية تقييم القناة ’ s الطول والعرض وأي النمط الظاهري morphogenesis القناة. للتحديد الكمي أو شبه الكمي لتعمل بسيطة، عد الحيوانات 100 (مثلاً، L4s في هذه الشاشة [رني] المستهدفة؛ وتعمل: قناة طولها 1/4، 1/2، 3/4 وكامل تمديد القنوات الخلفية وقطر التجويف القنوات الخلفية، صغيرة الخراجات (< 1/3 عرض الحيوان)، الخراجات الكبيرة (> 1/3 عرض الحيوانات)؛ انظر الجدول 4).
6. الحصول على الصور من تعمل الغالبة من الحيوانات المختلفة على الأقل 3 مجهر شنت الكاميرا الرقمية جهاز اقتران (CCD) وبرامج التصوير المقابلة (انظر الجدول للمواد)
   1. للحصول على الصور، أولاً قم بتشغيل الكاميرا وقم بتشغيل الكمبيوتر المرفق، انقر نقراً مزدوجاً فوق رمز برنامج التقاط الصورة، تركز منطقة لوحة دودة يدوياً تحت تكبير منخفضة وفتح مصراع الكاميرا.
   2. انقر فوق “ المعاينة المباشرة ” أيقونة لبرنامج التقاط الصور على شاشة الكمبيوتر لتصور الديدان على شاشة الكمبيوتر، ضبط التركيز يدوياً وضوح تصور الديدان على الشاشة، ثم انقر فوق “ المفاجئة ” رمز، ثم انقر “ حفظ ” رمز-
      ملاحظة: سيتم نقل الحيوانات أسرع تحت ضوء الفلورسنت، ولذلك تبقى يدا واحدة على فأرة الكمبيوتر جاهزة حين نقل اللوحة إلى مجال الاهتمام باليد الأخرى. ثم انقر على الفور “ المفاجئة ” رمز للحصول على الصورة. من الممكن عادة للحصول على صورة جيدة مع عدة محاولات.
   3. حفظ الصور المكتسبة مع اسم ملف الصحيح (تتضمن اسم السلالة والاسم استنساخ [رني] وتاريخ)-
      ملاحظة: الديدان البرية من نوع تتحرك أسرع مع قنوات رقيقة وطويلة أكثر صعوبة الصورة من طفرات. طفرات مع القنوات الكيسي و/أو أخرى تعمل من المحتمل أن تتحرك ببطء، مما يسهل التصوير. والبلازميدات علامة كرول يمكن أن تكون مفيدة لتصوير عن طريق الحفاظ على الحيوانات “ على الفور ” بدلاً من أن تتحرك إلى الأمام، وقد تقدم أيضا طريقة عرض محسنة على النمط الظاهري الحيوان المتداول حول نفسها-

4. التصوير لقناة اكسكريتوري C. ايليجانس بدقة عالية بالليزر الفحص المجهري [كنفوكل]

1. تصاعد الحيوانات الحية
   1. ضع كمية صغيرة من الشحوم أو هلام البترول في غيض من مسحه القطن، أو على الطرف مؤشر الإصبع، وانتشار الشحوم توليد دائرة سامسونج التي يبلغ قطرها ~ 6 – 8 ملم في منتصف شريحة زجاجية نظيفة.
   2. 6 مكان ميكروليتر 5% ليدوكائين الحل (مخدر) في الدائرة من ميكروبيبيتي.
      ملاحظة: يمكن إجراء حل أسهم ليدوكائين بتذويب مسحوق ليدوكائين في المياه. تخفف إلى 5% مع M9 المخزن المؤقت ¹⁹ (جدول المواد). من الأهمية بمكان لتحليل القناة مطرح لتجنب الحلول التثبيت الشائعة (مثل أزيد الصوديوم) التي تسبب الخراجات تمزق والحث على أن تعمل قناة.
   3. اختيار العديد من الحيوانات من صفيحة [رني]، ووضعها في الحل ليدوكائين إيميرجينج بيك دودة ¹⁹ إلى الحل.
      ملاحظة: يفضل أن يكون انتقاء الحيوانات الخاصة بالمرحلة التي ستسهل متصاعدة حتى بسماكة موحدة. يمكن أن يكون مقدما تحديد الحيوانات في المجهر fluorescence تشريح.
   ضع ساترة 22 مم × 22 مم على شريحة الزجاج
   4. ؛ والسماح لها بلطف تسوية على دائرة الشحوم.
      ملاحظة: لا تطبق أي ضغوط جسدية على ساترة التي قد تضر مورفولوجيا القناة، لا سيما في طفرات أو الديدان [رني] تعامل مع القناة، وربما غيرها تعمل. من المهم لذلك لتجنب دائرة سميكة من الشحوم؛ من الناحية المثالية هي تقع الحيوانات بلطف بين الشرائح الزجاجية وكشف الغطاء-
   5. كتابة اسم العينة على الجانب متجمد من الشريحة الزجاجية. تتخذ على الفور الشريحة بالمجهر [كنفوكل] للتحليل من النمط الظاهري القناة والحصول على صور-
      ملاحظة: قد ينتج عنه تلف الخراجات قناة التأخير أو تغيير في قناة التجويف مورفولوجيا.
2. الصور [كنفوكل] اكتساب
   1. مكان الشريحة على المسرح عينة من المجهر [كنفوكل]، وتركز الديدان في تضخم منخفضة (10 X)-
   2. عرض وحدد الحيوانات تحت 60 س و/أو أهداف X 100، دراسة القناة مطرح ’ الخلوية s وتعمل سوبسيلولار، مثلاً، شكل التجويف والقطر، وحجم وشكل الخراجات؛ أو مكونات سوبسيلولار المسمى للتحليل، مثل، اندوسومال مقابل الحويصلات كاناليكولار، السيتوبلازم، العضيات الأخرى (انظر المناقشة و الشكل 2 و الشكل 4)، غشاء قمي/لومينال، الغشاء القاعدي.
   الحصول على الصور من النمط الظاهري محددة تهم
   3. .
      ملاحظة: يصف هذا البروتوكول استعمال ليزر المسح مجهر [كنفوكل] (جدول المواد). لحل سوبسيلولار المكونات في رقيقة C. ايليجانس مطرح القنوات، أعلى تكبير الأهداف (60 X 100 X) مطلوبة. مجهر [كنفوكل] الغزل-القرص يمكن استخدامها للحصول على صور انقضاء الوقت ولكن يوفر أقل كونفوكاليتي (انظر المناقشة).
      1. للحصول على صور [كنفوكل]، قم بتشغيل جهاز الكمبيوتر وانقر نقراً مزدوجاً فوق البرامج مجهر [كنفوكل] وحدد الليزر بالنقر فوق رمز ليزر محددة.
      2. انقر فوق “ مسح ” رمز لتصور الدودة مركزة على شاشة الكمبيوتر، ضبط كثافة الليزر من خلال البرمجيات، وانقر مرة أخرى على “ مسح ” رمز لإيقاف المسح الضوئي، ثم انقر فوق “ التقاط ” رمز لالتقاط صورة، ثم انقر فوق “ حفظ ” رمز-
      3. حفظ الصور مع اسم الملف الصحيح وتشمل الاسم استنساخ [رني] واسم السلالة والتاريخ.
         ملاحظة: يمكن اكتساب الصور كواحد ومقاطع متعددة (مثلاً، 10 – 15 المقاطع على طول محور ع). ويسمح التصور 3D تمزيقها. الحصول على صور الإسقاط وحفظها بشكل منفصل إذا لزم الأمر (اعتماداً على المجهر). للقرار الأمثل باستخدام إعدادات الليزر مع الكسب المنخفض ولا فتح الثقب كثيرا، وإضافة عدة في المتوسط كل صورة (انظر مراجع ^{23 ، 24} للمناقشة العامة التصوير [كنفوكل]). الحرص على الحصول على الصور في سطوع أدنى مستوى التشبع للسماح للتعديل ببرامج التصوير إذا لزم الأمر (يفضل استخدام غير معدلة الصور)-
      4. الحصول على الصور من مزدوج أو ضرب القنوات المسماة (مثلاً، والأحمر والأخضر والأزرق) بنفس الطريقة، بواسطة النقر فوق رموز الليزر متعددة، ولكن استخدام المسح الضوئي متسلسلة لتجنب التسييل خلال بين القنوات (الحرجة لدراسات الترجمة المشارك).
         ملاحظة: قد تحتاج أحد تأخذ في الاعتبار الوقت اللازم لمسح متسلسل (الذي أيضا زيادة النتائج في المقابلة في صور تبيض) وتعديل إعدادات الماسح الضوئي. عدم فحص الحيوانات من شريحة واحدة لأكثر من 30 دقيقة كحد أقصى لتفادي الآثار غير محدد في مورفولوجيا القناة. جبل شريحة جديدة إذا كان المسح الضوئي وقتاً أطول مطلوب.
      5. اكتساب المقابلة التدخل التفاضلية البصريات (DIC)/الصور نومارسكي، ولا سيما إذا كان التحديد الكمي لقناة قطر طول والتجويف فيما يتعلق بالدودة ’ طول الجسم s والقطر. تراكب الأسفار والصور نومارسكي عن طريق النقر على “ تراكب ” الرمز لإظهار معالم ( الشكل 1 و الشكل 4A – د)-
   4. للقياس الكمي، قياس كثافة fluorescence المكون المسمى لمصلحة ImageJ البرنامج ²⁵ ( الشكل 5).

النتائج

هذا البروتوكول يصف كيفية استخدام القنوات مطرح C. ايليجانس بصريا وجزيئيا تحليل أحادي الخلية توبولوجينيسيس و morphogenesis التجويف داخل الخلايا في خلية واحدة. أثناء تمديد الفترة من منتصف امبريوجينيسيس إلى مرحلة البلوغ، أربع قنوات مطرح الاستمرار في توسيع باسولاتيرال والأغ?...

Discussion

C. ايليجانس التنوع الوراثي، والشفافية وخطة الهيئة بسيطة ونسب ثابتة من خلية جعله نموذجا رائعا لتحليل morphogenesis. هذا البروتوكول ويصف كيفية الجمع بين التلاعبات الجينية القياسية وتصوير دراسات للاستفادة من ميكرون 2 رقيقة C. ايليجانس القنوات مطرح دراسة الغشاء الاستقطاب ونشوء حيوي التجو?...

Materials

Name	Company	Catalog Number	Comments
Cloning
Plasmid pPD95.75	Addgene	Cat. No. 37464
PCR Kit	Qiagen	Cat. No. 27106
Ligation kit	New England Biolabs	Cat. No. E2611L
DNA marker	Thermo Scientific	Cat. No. SM1331
Agarose DNA grade	Fisher Scientific	Cat. No. BP164-100
Competent cells	New England Biolabs	Cat. No. C2987H
Tris	Fisher Scientific	Cat. No. BP154-1
EDTA	Sigma	Cat. No. ED-1KG
Acetic acid	Fisher Scientific	Cat. No. A38S-500
Ethidium bromide	Fisher Scientific	Cat. No. BP1302-10
Equipments
PCR machine	MJ Research	Cat. No. PTG-200
Centrifuge	Eppendorf	Cat. No. 5415C
Water Bath	Precision Scientific	Cat. No. 666A3
Gel running instrument	Fisher Scientific	Cat. No. 09-528-165
Gel running power supply	Fisher Scientific	Cat. No. 45-000-465
Molecular Imager Gel Doc XR System	Bio-Rad	Cat. No. 1708195EDU
Nanodrop Spectrophotometer	Thermo Scientific	Cat. No. ND1000
C. elegans related1			1see reference27 for standard C. elegans culture and maintenance procedures.
LB Medium and plates2			2see reference24 for protocols.
Tryptone	Acros Organics	Cat. no. 611845000
Yeast Extract	BD Biosciences	Cat. no. 212750
NaCl	Sigma	Cat. no. S7653
Bacto Agar	BD Biosciences	Cat. no. 214040
Ampicillin	Sigma	Cat. no. A0116
Tetracycline	Fisher Scientific	Cat. no. BP912
M9 Medium2					2see reference24 for protocols.
NaCl	Sigma	Cat. no. S7653
KH2PO4	Sigma	Cat. no. P0662
Na2HPO4	Sigma	Cat. no. S7907
MgSO4	Sigma	Cat. no. M2773
NGM plates 2			2see reference24 for protocols.
NaCl	Sigma	Cat. no. S7653
Peptone	BD Biosciences	Cat. no. 211677
Tryptone	Acros Organics	Cat. no. 611845000
Bacto Agar	BD Biosciences	Cat. no. 214040
MgSO4	Sigma	Cat. no. M2773
CaCl2	Sigma	Cat. no. C3881
Cholesterol	Sigma	Cat. no. C8667
K2HPO4	Sigma	Cat. no. P3786
KH2PO4	Sigma	Cat. no. P0662
RNAi plates3			3see reference60 for protocols.
NaCl	Sigma	Cat. no. S7653
Peptone	BD Biosciences	Cat. no. 211677
Tryptone	Acros Organics	Cat. no. 611845000
Bacto Agar	BD Biosciences	Cat. no. 214040
MgSO4	Sigma	Cat. no. M2773
CaCl2	Sigma	Cat. no. C3881
Cholesterol	Sigma	Cat. no. C8667
K2HPO4	Sigma	Cat. no. P3786
KH2PO4	Sigma	Cat. no. P0662
IPTG	US Biological	Cat. no. I8500
Carbenicillin	Fisher Scientific	Cat. no. BP2648
NaOH	Fisher Scientific	Cat. no. SS266-1
Sodium hypochlorite	Fisher Scientific	Cat. no. 50371500
Bacteria
OP50 bacteria	CGC
HT115 bacteria	CGC
Genome-wide RNAi libraries
Ahringer genome-wide RNAi feeding library (ref29,49)	Source BioScience
C. elegans ORF-RNAi feeding library (ref50)	Source BioScience
Imaging related
Lidocaine	MP Biomedicals,LLG	Cat. no. 193917
Materials
Vacuum Grease Silicone	Beckman	Cat. no. 335148
Microscope slides	Fisher Scientific	Cat. no. 4448
Microscope coverslips (22×22-1）	Fisher Scientific	Cat. no. 12-542-B
Tissue culture plate, 6 well	Corning Inc.	Cat. no. 08-772-33
Equipment
SMZ-U dissecting microscope (Nikon)
SZX12 dissecting microscope (Olympus), equipped with a high-power stereo fluorescence attachment (Kramer Scientific), CCD camera with Q capture software and X-Cite fluorescent lamp (Photonic Solutions).
TCS SL Laser-scanning confocal microscope (Leica Microsystem)
C2 laser-scanning confocal mounted on an ECLIPSE Ti-E inverted microscope (Nikon)