A subscription to JoVE is required to view this content. Sign in or start your free trial.
يعد تنوع الدهون الغشائية في التركيب والتكوين مساهما مهما في العمليات الخلوية ويمكن أن يكون علامة على المرض. تسمح لنا محاكاة الديناميات الجزيئية بدراسة الأغشية وتفاعلاتها مع الجزيئات الحيوية بدقة ذرية. هنا ، نقدم بروتوكولا لبناء وتشغيل وتحليل أنظمة الأغشية المعقدة.
الدهون هي اللبنات الهيكلية لأغشية الخلايا. تختلف أنواع الليبيدات عبر عضيات الخلايا وعبر الكائنات الحية. ينتج عن هذا التنوع خصائص ميكانيكية وهيكلية مختلفة في الغشاء تؤثر بشكل مباشر على الجزيئات والعمليات التي تحدث في هذه الواجهة. تكوين الدهون ديناميكي ويمكن أن يعمل على تعديل عمليات إشارات الخلية. تستخدم الأساليب الحسابية بشكل متزايد للتنبؤ بالتفاعلات بين الجزيئات الحيوية وتوفير رؤى جزيئية للملاحظات التجريبية. الديناميات الجزيئية (MD) هي تقنية تعتمد على الميكانيكا الإحصائية التي تتنبأ بحركة الذرات بناء على القوى التي تعمل عليها. يمكن استخدام محاكاة MD لتوصيف تفاعل الجزيئات الحيوية. هنا ، نقدم بإيجاز التقنية ، ونحدد الخطوات العملية للمبتدئين المهتمين بمحاكاة طبقات الدهون المزدوجة ، ونوضح البروتوكول باستخدام برامج صديقة للمبتدئين ، ونناقش البدائل والتحديات والاعتبارات المهمة للعملية. على وجه الخصوص ، نؤكد على أهمية استخدام مخاليط الدهون المعقدة لنمذجة غشاء الخلية المهم لالتقاط البيئات الميكانيكية والكارهة للماء المناسبة في المحاكاة. نناقش أيضا بعض الأمثلة حيث يعدل تكوين الغشاء وخصائصه تفاعلات الطبقات الثنائية مع الجزيئات الحيوية الأخرى.
الدهون هي المكونات الرئيسية للأغشية ، والتي توفر حدودا للخلايا وتمكن من التقسيم داخل الخلايا1،2،3. الدهون هي البرمائيات ، مع مجموعة رأس قطبية واثنين من ذيول الأحماض الدهنية الكارهة للماء. تتجمع هذه ذاتيا في طبقة ثنائية لتقليل ملامسة السلاسل الكارهة للماءبالماء 3,4. ينتج عن مجموعات مختلفة من مجموعات الرأس المحبة للماء والذيول الكارهة للماء فئات مختلفة من الليبيدات في الأغشية البيولوجية ، مثل الجليسيروفوسفوليبيدات ، والشحميات السفينغوبية ، والستيرول (الشكل 1) 1،
1. بناء إحداثيات النظام
لتوضيح استخدام البروتوكول والنتائج التي يمكن الحصول عليها ، تمت مناقشة دراسة مقارنة لنماذج الأغشية للشبكة الإندوبلازمية (ER). النموذجان في هذه الدراسة هما (i) نموذج PI ، الذي يحتوي على الأنواع الدهنية الأربعة الأولى الموجودة في ER ، و (ii) نموذج PI-PS ، الذي أضاف أنواع الدهون الأنيونية فوسفاتيديل .......
يمكن للتقنيات التجريبية تصور الجزيئات الحيوية بدقة عالية باستخدام المجهر الإلكتروني المبرد (cryo-EM)58 ، وتقنيات التألق ، ومجهر القوة الذرية (AFM)59. ومع ذلك ، من الصعب التقاط التفاعل وديناميكيات التفاعلات الجزيئية التي تكمن وراء المسارات البيولوجية ، والتسبب في المرض.......
ليس لدى المؤلفين مصالح متنافسة للكشف عنها.
يشكر المؤلفون جينهوي لي وريكاردو إكس راميريز على مسارات المحاكاة والمناقشات أثناء كتابة هذه المخطوطة. تم دعم O.C. من قبل زمالة الجامعة في بوفالو الرئاسية ومبادرة المعهد الوطني للصحة لتعظيم منحة التدريب على تطوير الطلاب 1T32GM144920-01 الممنوحة لمارغريتا إل دوبوكوفيتش (PI).
....Name | Company | Catalog Number | Comments |
Anaconda3 | Anaconda Inc (Python & related libraries) | N/A | |
CHARMM-GUI.org | Im lab, Lehigh University | N/A | |
GROMACS | GROMACS development team | N/A | |
Linux HPC Cluster | UB CCR | N/A | |
MATLAB | MathWorks | N/A | |
VMD | Theoretical and Computational Biophysics Group | N/A |
Request permission to reuse the text or figures of this JoVE article
Request PermissionExplore More Articles
This article has been published
Video Coming Soon
Copyright © 2025 MyJoVE Corporation. All rights reserved