Simülasyon Çalışmalarında Kompleks Lipid Karışımları Kullanılarak Gerçekçi Membran Modellemesi

Özet

Yapı ve bileşimdeki membran lipid çeşitliliği, hücresel süreçlere önemli bir katkıda bulunur ve bir hastalık belirteci olabilir. Moleküler dinamik simülasyonları, membranları ve bunların biyomoleküllerle etkileşimlerini atomistik çözünürlükte incelememizi sağlar. Burada, karmaşık membran sistemlerini oluşturmak, çalıştırmak ve analiz etmek için bir protokol sağlıyoruz.

Özet

Lipitler, hücre zarlarının yapısal yapı taşlarıdır; Lipid türleri, hücre organelleri ve organizmalar arasında farklılık gösterir. Bu çeşitlilik, membranda, bu arayüzde meydana gelen molekülleri ve süreçleri doğrudan etkileyen farklı mekanik ve yapısal özelliklerle sonuçlanır. Lipid bileşimi dinamiktir ve hücre sinyalleme süreçlerini modüle etmeye hizmet edebilir. Hesaplamalı yaklaşımlar, biyomoleküller arasındaki etkileşimleri tahmin etmek ve deneysel gözlemlenebilirlere moleküler içgörüler sağlamak için giderek daha fazla kullanılmaktadır. Moleküler dinamik (MD), atomların hareketini, üzerlerine etki eden kuvvetlere göre tahmin eden istatistiksel mekaniğe dayalı bir tekniktir. MD simülasyonları, biyomoleküllerin etkileşimini karakterize etmek için kullanılabilir. Burada, tekniği kısaca tanıtıyoruz, lipid çift katmanlarını simüle etmekle ilgilenen yeni başlayanlar için pratik adımları özetliyoruz, yeni başlayanlar için uygun yazılımla protokolü gösteriyoruz ve alternatifleri, zorlukları ve sürecin önemli hususlarını tartışıyoruz. Özellikle, simülasyonda uygun hidrofobik ve mekanik ortamları yakalamak için ilgilenilen bir hücre zarını modellemek için karmaşık lipid karışımlarının kullanılmasının önemini vurguluyoruz. Ayrıca, membran bileşiminin ve özelliklerinin çift katmanların diğer biyomoleküllerle etkileşimlerini modüle ettiği bazı örnekleri de tartışıyoruz.

Giriş

Lipitler, hücreler için sınırlar sağlayan ve hücre içi bölümlendirmeyi^{sağlayan zarların} ana bileşenleridir ^1,2,3. Lipitler, bir polar baş grubu ve iki hidrofobik yağ asidi kuyruğu ile amfifiliktir; Bunlar, hidrofobik zincirlerin su^ile temasını en aza indirmek için çift tabaka halinde kendiliğinden birleşir ^3,4. Hidrofilik baş gruplarının ve hidrofobik kuyrukların çeşitli kombinasyonları, biyolojik membranlarda gliserofosfolipidler, sfingolipidler ve steroller gibi farklı lipit sınıflarına neden olur (Şekil 1)

Protokol

1. Sistem koordinatlarının oluşturulması

1. Bir web tarayıcısı kullanarak CHARMM-GUI.org (C-GUI) bölümüne gidin. Üst menüde Giriş Oluşturucu'ya gidin, ardından ekranın sol tarafındaki dikey seçeneklerden Membran Oluşturucu'yu seçin.
2. Çift katmanlı oluşturmak için Bilayer Builder'ı seçin.
   NOT: İlk kez kullananlar, ilk koordinat kümelerini oluşturmadan önce ücretsiz hesaplarını etkinleştirmelidir.
3. Yalnızca Membran Sistemi'ni seçin. Sistemi almak için oluşturulan İŞ KİMLİĞİNİ kaydedin ve gerekirse işlem sırasında kaldığınız yerden devam edin.
   1. Sayfanın ....

Tartışmalar

Deneysel teknikler, kriyo-elektron mikroskobu (kriyo-EM)⁵⁸, floresan teknikleri ve atomik kuvvet mikroskobu (AFM)⁵⁹ kullanarak biyomolekülleri yüksek çözünürlükte görselleştirebilir. Bununla birlikte, biyolojik yolların, hastalık patogenezinin ve atomik veya amino asit düzeyinde terapötik dağıtımın altında yatan moleküler etkileşimlerin etkileşimini ve dinamiklerini yakalamak zordur. Burada, MD simülasyonlarının lipid membranları inceleme yetenekler.......

Malzemeler

Name	Company	Catalog Number	Comments
Anaconda3	Anaconda Inc (Python & related libraries)	N/A
CHARMM-GUI.org	Im lab, Lehigh University	N/A
GROMACS	GROMACS development team	N/A
Linux HPC Cluster	UB CCR	N/A
MATLAB	MathWorks	N/A
VMD	Theoretical and Computational Biophysics Group	N/A