وأيد هذا البحث من خلال المنح التي تقدم للمساعدة للعلماء الشباب (A) (# 16680015) ، منحة في والمعونة للبحوث الاستكشافية (# 16653065) ، منحة في والمساعدات للأبحاث العلمية في المجالات ذات الأولوية (# 18023022 # 18016012 18053015 و#) من وزارة التربية والتعليم والثقافة والرياضة والعلوم والتكنولوجيا في اليابان ، والمنح التي تقدم للمساعدة من تعزيز الدراسات الأساسية في العلوم الصحية التابع للمعهد الوطني للابتكار الطبية الحيوية (NIBIO) ، في والمنح مساعدات من اليابان Neuroinformatics مركز (NIJC) ، بتبريد

<ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تألف جهاز يستخدم لاختبار الانتقال الضوء / الظلام من قفص (21x42x25 سم) مقسمة الى قسمين متساوية في الحجم من قبل قسم من الباب (أوهارا وشركاه ، طوكيو). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إيواء الفئران 3-4 في القفص في غرفة مع دورة الضوء / الظلام 12 ساعة (أضواء على الساعة 7:00 صباحا) بالمال وبالشهرة أيضا مع وصول الفريق الى الغذاء والماء. من الناحية المثالية ، ويضم عنصري تحكم المسوخ واثنين معا ، من خلال إعادة تنظيم الفئران بمجرد genotyped أنهم في وقت الفطام. يتم إجراء اختبارات سلوكية 9:00 حتي 6:00 يتم نقل جميع الأقفاص التي تحتوي على الفئران لاختبار سلوك غرفة و 30 دقيقة قبل أن تبدأ المحاكمة الأولى. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> غير مضاءة الزاهية غرفة واحدة بواسطة الثنائيات البيضاء (390 لوكس) ، في حين أن الآخر هو الغرفة المظلمة (2 لوكس). يتم وضع الفئران في الجانب المظلم ، وفتحت الباب تلقائيا بعد 3 ثوان يتم الكشف عن الماوس بواسطة كاميرا الأشعة تحت الحمراء. ويستخدم الباب حتى أن الفئران لا تدخل في دائرة الضوء بعد الافراج فورا مع دوافعهم للهروب من مجرب ، ومنذ زمن لدخول غرفة الخفيفة التي قد تكون بمثابة مؤشر للقلق مثل السلوك. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ويسمح للفئران على التحرك بحرية بين الغرفتين مع الباب مفتوحا لمدة 10 دقيقة. ويستند التطبيق المستخدم للحصول على البيانات وتحليلها السلوكية (صورة LD4) على برنامج الملك العام J صورة (byWayne Rasband المتقدمة في المعهد الوطني للصحة العقلية والمتاحة في http://rsb.info.nih.gov/ij /) ، الذي عدل من قبل Miyakawa تسويوشي (المتاحة من خلال اوهارا وشركاه ، طوكيو ، اليابان). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> المسافة المقطوعة في كل غرفة ، فإن العدد الإجمالي من التحولات ، والوقت الذي يقضيه في كل غرفة ، والكمون لدخول الضوء chamberare التي سجلتها برنامج LD4 صورة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> بعد كل محاكمة ، ويتم تنظيف جميع الغرف تحت الكلور مع الماء لمنع السوبر تحيز على أساس العظة الشمية. </li></ol>

<ol>
	<li>Austin, C. P., Aiba, A., Takao, K., Miyakawa, T., Takao, K., Yamasaki, N., Miyakawa, T., Crawley, J. N., Crawley, J. N., Crawley, J., Goodwin, F. K., Miyakawa, T., Crabbe, J. C., Wahlsten, D., Dudek, B. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+knockout+mouse+project.">The knockout mouse project.</a> Nat Genet. 36, 921-924 (2004).</li></ol>

وقد وافق جميع الإجراءات المتبعة في استخدام الحيوان والعناية اللجنة من جامعة كيوتو. ويرتبط تسويوشي Miyakawa مع الطيور والعلوم والتكنولوجيا وكالة اليابان ، سايتاما ، اليابان.

على الرغم من أنه تم تحديد كل من تسلسل جينوم الفأر ، ليست معروفة وظائف معظم هذه الجينات. الجينات التي تستهدف التقنيات ، ومع ذلك ، يمكن أن تستخدم لحذف أو التعامل مع جين معين في الفئران (أيبا ​​وآخرون ، 2007 ؛. أوستن وآخرون ، 2004). ويمكن بعد ذلك من تأثير جين معين على سلوك معين يتم تحديدها عن طريق إجراء التحاليل السلوكية للفئرانا معدلة وراثيا (تاكاو وMiyakawa ، 2006 ؛. تاكاو وآخرون ، 2007). كاختبار لphenotyping السلوكية للفئرانا معدلة وراثيا ، واختبار الانتقال الضوء / الظلام هي واحدة من أكثر الاختبارات المستخدمة على نطاق واسع لقياس القلق تشبه السلوك في الفئران (كراولي ، 2000). ويستند الاختبار على النفور من الفئران الطبيعية إلى مناطق مضيئة وبراقة على سلوكهم العفوي استكشافية في بيئات رواية (كراولي ، 1985). اختبار حساسة للعلاج بالعقاقير مزيل القلق (كراولي ، 1985). الجهاز يتكون من غرفة مظلمة وغرفة مضاءة الزاهية. وهناك فتحة المقيدة ، 3 سم ارتفاع بنسبة 5 سم ، يربط بين الغرفتين. ويسمح للفئران على التحرك بحرية بين الغرفتين. قضى عدد الإدخالات في غرفة مشرق ومدة من الزمن كما أن هناك مؤشرات على استخدام الفضاء مشرق القلق لدى الفئران. وضعت أصلا لاختبار الانتقال الضوء / الظلام بواسطة كراولي وزملاء (كراولي وغودوين ، 1980). هناك نوعان من الفروق بين النسخة الأصلية واختبار لدينا. أولا ، ضوء الغرفة أكبر من الغرفة المظلمة في النسخة الأصلية ، في حين أن حجم الغرفتين هو نفسه في نسختنا من الاختبار. الثاني ، في النص الأصلي ، وكان ضوء الغرفة جود سقف وجدران الغرفة الضوء والشفافية (كراولي وغودوين ، 1980) ، في حين نستخدم بلاستيكية بيضاء شفافة لسقف وجدران الغرفة الخفيفة. هذه الاختلافات ، وهما حجم والانفتاح في ضوء الغرفة ، والسماح للكشف في وقت واحد مشرق في الفضاء القلق فضلا عن فتح الفضاء القلق في النسخة الأصلية للاختبار. في المختبر لدينا ، ومع ذلك ، وفتح الفضاء هو اختبار للقلق مثل السلوك في الفئران في المتاهة قيمة مضافة مرتفعة. الجدران والسقف مبهمة ، وحجم الغرفة الضوء ، ومحددة لدينا ضوء / اختبار الانتقال بروتوكول الظلام هو أكثر تخصصا لاكتشاف الفضاء مشرق القلق بالمقارنة مع النص الأصلي. على الرغم من أن اختبار الانتقال الضوء / الظلام ومتاهة ارتفاع زائد على حد سواء المستخدمة لتقييم القلق مثل السلوك ، فإن النتائج ليست دائما متسقة. على سبيل المثال ، الدماغ الأمامي محددة الفئران خروج المغلوب الكالسينيورين (calcineurin) انخفض إنفاق مبلغ من الوقت في الغرفة ضوء في اختبار الانتقال الضوء / الظلام ، ولكن زيادة كمية من الوقت في بأذرع مفتوحة في متاهة زائد مرتفعة (Miyakawa وآخرون ، 2003) . افترضنا أن لدينا الضوء / الظلام والاختبارات اختبار الانتقال مرتفعة بالإضافة إلى متاهة تقييم جوانب مختلفة من القلق مثل السلوك ، مثل مشرق الفضاء القلق والفضاء المفتوح للقلق مثل السلوك. لاختبار هذه الفرضية ، استخدمنا بيانات تم جمعها باستخدام مجموعة كبيرة من الفئران نفسه في كل الاختبارات. في المختبر لدينا ، ونحن إجراء اختبار بطاريات السلوكية التي تغطي العديد من المجالات على الشاشة للحصول على أهمية الجينات السلوكية. البطارية اختبار يتطلب عدة أسابيع حتى يكتمل. أثناء فترة الاختبار ، يتم الاحتفاظ أقفاص الماوس على الرف في مصنعنا. إذا نقلت إلى الفئران المختبرية لدينا من المؤسسات الأخرى ، وأنهم اعتادوا على البيئة من منشأتنا لمدة لا تقل عن 1 في الاسبوع. بعد فترة التعود ، تتعرض الفئران لفحص الصحة العامة والعصبية الفرز (Miyakawa وآخرون ، 2003) ، وبعد هذه الامتحانات بسيطة ، يتعرض الفئران لاختبار الانتقال الضوء / الظلام. ويجرى الاختبار في غرفة إثبات الصوت التجريبي بعد 30 دقيقة من التعود إلى الغرفة التجريبية ، كما هو مبين في الفيلم. لقد قمنا بتقييم أكثر من 60 سلالات من الفئران المعدلة وراثيا الطافرة باستخدام بروتوكول يظهر في الفيلم وجود مجموعة كبيرة من البيانات الخام لأكثر من 3000 الفئران (بما في ذلك نوع البرية وفئرانا معدلة وراثيا). أجرينا تحاليل معامل للاستفادة من مجموعة كبيرة من البيانات الخام. في الواقع ، اكتشفنا عوامل مختلفة من كل اختبار (بيانات غير منشورة) ، بالرغم من وجود ارتباط كبير بين بعض المؤشرات (بيانات غير منشورة).. وسيتم الكشف عن هذه البيانات كجزء من قاعدة بيانات عامة أن نقوم ببناء الآن. في بطارية اختبار لدينا ، وتستخدم عادة من النوع البري تتزاحم كمجموعة تحكم. كما سلالة الخلفية ، ويشيع استخدام الفئران C57BL/6J. جمعنا البيانات من الفئران C57BL/6J تستخدم كعنصر تحكم من الفئران الطافرة في بطارية اختبار. وكانت المؤشرات التي تم الحصول عليها من الفئران في اختبار لدينا C57BL/6J انتقال الضوء / الظلام كما يلي (ن = 795 ؛ SEM الوسط) ؛ المسافة : 846.5 8.88 سم في ضوء الغرفة ، 1478.5 9.53 سم في غرفة مظلمة ؛ مدة من الوقت الذي يقضيه : 215.8 1.85 ليالي في ضوء ذلك ، ليالي 395.8 1.86 في الظلام ، وعدد من التحولات بين المقصورات : 30.52 0.43 ؛ الكمون لدخول غرفة ضوء : 64.94 2.40 ثانية. تم الكشف عن الحركة من الفئران حول مداخل الغرف بواسطة الكاميرا ويسجل والوقت الذي يقضيه في كل جhambers. وبسبب هذا ، أنفق هذا المبلغ لمدة من الوقت يعني في ضوء وذلك في حجرات مظلمة كان أكبر من ذلك لكامل مدة الاختبار (600 ق). في بروتوكول لدينا ، وضعت لأول مرة الماوس في غرفة مظلمة. ثلاث ثوان بعد وضع الماوس في غرفة مظلمة ، والباب بين الغرفتين تفتح تلقائيا والفأر يستطيع التحرك بحرية بين الغرفتين. الفئران C57BL/6J يمضون وقتا أقل في غرفة من الضوء في الغرفة المظلمة (ع &lt;0.0001 ، والمدة إذا كان الوقت الذي يقضيه في ضوء : 215.8 1.85 ثانية ، مدة من الوقت الذي يقضيه في الظلام : 316.3 2.11 ق [الوقت الذي يقضيه في الظلام لا لا تشمل الوقت الأولي قضى في الظلام قبل دخول غرفة الضوء للمرة الأولى] ، ن = 795 ، مقترن اختبار - T). هذا يشير إلى أن الفئران C57BL/6J تميل لتجنب ضوء الغرفة ، وبأن الوقت الذي يقضيه في ضوء هو مؤشر جيد للقلق مثل السلوك. تتم مقارنة النتائج التي تم الحصول عليها بسهولة من سلالات مختلفة من الفئران الطافرة ، لأن الحصول على كافة البيانات باستخدام بروتوكول نفسه. للحصول على نتائج phenotyping سلالة من الفئران الطافرة التي يمكن أن تتكرر بسهولة وبالمقارنة مع بيانات المسوخ أخرى ، ينبغي أن تكون طرق الاختبار السلوكية متطابقة ممكن بين المختبرات. اختبار كراب والزملاء التفاعل بين السلوك والبيئة الماوس المختبر باستخدام بالضبط نفس السلالات الفطرية وسلالة واحدة متحولة فارغة. في دراستهم ، كانت أجهزة وبروتوكولات الاختبار ، وكثير من المتغيرات البيئية الموحدة بشكل صارم. على الرغم من التوحيد ، وجدوا اختلافات منهجية في السلوك عبر المختبرات ، وعلى الرغم من أنها اكتشفت سلالة أيضا اختلافات في جميع السلوكيات (كراب وآخرون ، 1999). وذكرت ان المتغيرات لا يمكن السيطرة عليها والتجارب التي تميز المسوخ قد تسفر عن النتائج التي يتم الفقهي الى مختبر خاص. الاختلافات الإجرائية التي توجد بين مختبرات تجعل من الصعب تكرار أو مقارنة بين نتائج المختبرات. هنا ، ونحن لدينا بروتوكول الحالي لاختبار الانتقال الضوء / الظلام كفيلم بحيث يمكن البرهنة على تفاصيل البروتوكول. ووضع وثائق بصرية للبروتوكول تسهيل فهم أفضل لتفاصيل الإجراءات التجريبية ، والسماح لتوحيد البروتوكولات المستخدمة في المختبرات وإجراء مقارنات من الظواهر السلوكية للسلالات مختلفة من الفئران الطافرة المقررة باستخدام هذا الاختبار. حاليا الأفلام من البروتوكولات الأخرى ، مثل المتاهة زائد مرتفعة ، فتح الاختبار الميداني ، porsolt اختبار السباحة القسري ، وتكييف الخوف ، والتي نستخدمها في بطارية اختبار لدينا السلوكية التي تبذل من أجل نشر والمستقبل مقالات مجلة الفيديو.

light/dark transition test for mice

على الرغم من أنه تم تحديد كل من تسلسل جينوم الفأر ، ونحن لا نعرف حتى الآن وظائف معظم هذه الجينات. الجينات التي تستهدف التقنيات ، ومع ذلك ، يمكن أن تستخدم لحذف أو التعامل مع جين معين في الفئران. ويمكن بعد ذلك من تأثير جين معين على سلوك معين يتم تحديدها عن طريق إجراء التحاليل السلوكية للفئرانا معدلة وراثيا. كاختبار لphenotyping السلوكية للفئرانا معدلة وراثيا ، واختبار الانتقال الضوء / الظلام هي واحدة من أكثر الاختبارات المستخدمة على نطاق واسع لقياس القلق تشبه السلوك في الفئران. ويستند الاختبار على النفور من الفئران الطبيعية إلى مناطق مضيئة وبراقة على سلوكهم العفوي استكشافية في بيئات جديدة. اختبار حساسة للعلاج بالعقاقير مزيل القلق. الجهاز يتكون من غرفة مظلمة وغرفة مضاءة الزاهية. ويسمح للفئران على التحرك بحرية بين الغرفتين. قضى عدد الإدخالات في غرفة مشرق ومدة من الوقت هناك مؤشرات ساطعة الفضاء القلق لدى الفئران. للحصول على نتائج phenotyping سلالة من الفئران الطافرة التي يمكن أن تتكرر بسهولة ومقارنتها مع تلك المسوخ أخرى ، ينبغي أن تكون طرق الاختبار السلوكية متطابقة ممكن بين المختبرات. الاختلافات الإجرائية التي توجد بين المختبرات ، ومع ذلك ، تجعل من الصعب تكرار أو مقارنة بين نتائج المختبرات. هنا ، ونحن لدينا بروتوكول الحالي لاختبار الانتقال الضوء / الظلام كفيلم بحيث يمكن البرهنة على تفاصيل البروتوكول. في المختبر لدينا ، وقد قمنا بتقييم أكثر من 60 سلالات من الفئران الطافرة باستخدام بروتوكول يظهر في الفيلم. وسيتم الكشف عن هذه البيانات باعتبارها جزءا من قاعدة بيانات عامة أن نقوم ببناء الآن. والتصور للبروتوكول تيسير فهم تفاصيل الإجراء التجريبي كامل ، والسماح لتوحيد البروتوكولات المستخدمة في المختبرات ومقارنات بين الظواهر السلوكية للسلالات مختلفة من الفئران الطافرة المقررة باستخدام هذا الاختبار.

Watch this Scientific Journal Video about Light/dark Transition Test for Mice at JoVE.com

Light/dark Transition Test for Mice

اختبار الانتقال الضوء / الظلام هي واحدة من أكثر الاختبارات المستخدمة على نطاق واسع لقياس القلق تشبه السلوك في الفئران. هنا ، ونحن تقديم الفيلم الذي يعرض على إجراءات تفصيلية حول كيفية اجراء الاختبار.

الضوء / الظلام لاختبار الانتقال الفئران

Although all of the mouse genome sequences have been determined, we do not yet know the functions of most of these genes. Gene-targeting techniques, ...

Research

JoVE Journal

Biology

51.8K Views.  Graduate School of Medicine, Kyoto University. اختبار الانتقال الضوء / الظلام هي واحدة من أكثر الاختبارات المستخدمة على نطاق واسع لقياس القلق تشبه السلوك في الفئران. هنا ، ونحن تقديم الفيلم الذي يعرض على إجراءات تفصيلية حول كيفية اجراء الاختبار.

Video: Light/dark Transition Test for Mice

Elevated Plus Maze for Mice

Although the mouse genome is now completely sequenced, the functions of most of the genes expressed in the brain are not known. The influence of a given gene on a specific behavior can be determined by behavioral analysis of mutant mice. If a target gene is expressed in the brain, behavioral phenotype of the mutant mice could elucidate the genetic mechanism of normal behaviors. The elevated plus maze test is one of the most widely used tests for measuring anxiety-like behavior. The test is based on the natural aversion of mice for open and elevated areas, as well as on their natural spontaneous exploratory behavior in novel environments. The apparatus consists of open arms and closed arms, crossed in the middle perpendicularly to each other, and a center area. Mice are given access to all of the arms and are allowed to move freely between them. The number of entries into the open arms and the time spent in the open arms are used as indices of open space-induced anxiety in mice. Unfortunately, the procedural differences that exist between laboratories make it difficult to duplicate and compare results among laboratories. Here, we present a detailed movie demonstrating our protocol for the elevated plus maze test. In our laboratory, we have assessed more than 90 strains of mutant mice using the protocol shown in the movie. These data will be disclosed as a part of a public database that we are now constructing.
Visualization of the protocol will promote better understanding of the details of the entire experimental procedure, allowing for standardization of the protocols used in different laboratories and comparisons of the behavioral phenotypes of various strains of mutant mice assessed using this test. 


The elevated plus maze test is one of the most widely used tests for measuring anxiety-like behavior in mice. Here, we present a movie showing the detailed procedures for conducting the test.

زائد المتاهة مرتفعة على الفئران

Although the mouse genome is now completely sequenced, the functions of most of the genes expressed in the brain are not known. The influence of a given ...

Murine Model for Parkinson's Disease: from 6-OH Dopamine Lesion to Behavioral Test

Parkinson's disease (PD) affects at least 6.5 million people worldwide, irrespective of gender, social, ethnic, economic, or geographic boundaries. Key symptoms, such as tremor, rigidity and bradikinesia, develop when about 3/4 of dopaminergic cells are lost in the substantia nigra, and fail to provide for the smooth, coordinated regulation of striatal motor circuits. Depression and hallucinations are common, and dementia eventually occurs in 20% of patients. At this time, there is no treatment to delay or stop the progression of PD. Rather, the medications currently available aim more towards the alleviation of these symptoms. New surgical strategies may reversibly switch on the functionally damaged circuits through the electrical stimulation of deep brain structures, but although deep brain stimulation is a major advance, it is not suitable for all patients. It remains therefore necessary to test new cell therapy approaches in preclinical models.
Selective neurotoxic disruption of dopaminergic pathways can be reproduced by injection of 6-hydroxydopamine (6-OHDA) or MPTP (1-methyl-4-phenyl-1,2,3,6-tertahydropyridine) whereas depleting drugs and oxidative-damaging chemicals may also reproduce specific features of PD in rodents. Unlike MPTP, 6-OHDA lesions cause massive irreversible neuronal loss, and can be uni- or bilateral. The 6-OHDA lesion model is reliable, leads to robust motor deficits, and is the most widely used after 40 years of research in rats1. As interactions between grafted cells and host can now be studied more thoroughly in mice rather than in rats, the model has been transposed to mice2,3, where it has been recently characterized4.
In this video, we demonstrate how to lesion the left nigro-striatal pathway of anesthetized mice by slowly delivering 2.0 &mu;L of 6-OHDA through a stereotaxically inserted micro-syringe needle. The loss of dopaminergic input occurs within days, and the functional impairments can be monitored over post-operative weeks and months by rating animal rotations induced by dopaminergic agents5. Here, we show full-body contralateral rotations occurring 10 minutes after a single subcutaneous administration of apomorphine, measured one month after the lesion. Outcomes and drawbacks are discussed below.

Murine Model for Parkinson&#039;s Disease: from 6-OH Dopamine Lesion to Behavioral Test

Parkinson disease is caused by loss of dopaminergic innervation to the striatum, which can be experimentally induced by 6-OH-dopamine. We describe how to perform a stereotaxic lesion and to monitor apomorphine-induced rotational behavior in mice. This model is useful and reliable for testing new therapies for Parkinson disease.

فأري النموذجي لمرض باركنسون : من آفة الدوبامين 6 - OH إلى اختبار السلوكية

Parkinson's disease (PD) affects at least 6.5 million people worldwide, irrespective of gender, social, ethnic, economic, or geographic boundaries. Key ...

An Allele-specific Gene Expression Assay to Test the Functional Basis of Genetic Associations

The number of significant genetic associations with common complex traits is constantly increasing. However, most of these associations have not been understood at molecular level. One of the mechanisms mediating the effect of DNA variants on phenotypes is gene expression, which has been shown to be particularly relevant for complex traits1.
This method tests in a cellular context the effect of specific DNA sequences on gene expression. The principle is to measure the relative abundance of transcripts arising from the two alleles of a gene, analysing cells which carry one copy of the DNA sequences associated with disease (the risk variants)2,3. Therefore, the cells used for this method should meet two fundamental genotypic requirements: they have to be heterozygous both for DNA risk variants and for DNA markers, typically coding polymorphisms, which can distinguish transcripts based on their chromosomal origin (Figure 1). DNA risk variants and DNA markers do not need to have the same allele frequency but the phase (haplotypic) relationship of the genetic markers needs to be understood. It is also important to choose cell types which express the gene of interest. This protocol refers specifically to the procedure adopted to extract nucleic acids from fibroblasts but the method is equally applicable to other cells types including primary cells.
DNA and RNA are extracted from the selected cell lines and cDNA is generated. DNA and cDNA are analysed with a primer extension assay, designed to target the coding DNA markers4. The primer extension assay is carried out using the MassARRAY (Sequenom)5 platform according to the manufacturer's specifications. Primer extension products are then analysed by matrix-assisted laser desorption/ionization time of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF/MS). Because the selected markers are heterozygous they will generate two peaks on the MS profiles. The area of each peak is proportional to the transcript abundance and can be measured with a function of the MassARRAY Typer software to generate an allelic ratio (allele 1: allele 2) calculation. The allelic ratio obtained for cDNA is normalized using that measured from genomic DNA, where the allelic ratio is expected to be 1:1 to correct for technical artifacts. Markers with a normalised allelic ratio significantly different to 1 indicate that the amount of transcript generated from the two chromosomes in the same cell is different, suggesting that the DNA variants associated with the phenotype have an effect on gene expression. Experimental controls should be used to confirm the results.

Genetic associations often remain unexplained at a functional level. This method aims to assess the effect of phenotype-associated genetic markers on gene expression by analyzing cells heterozygous for transcribed SNPs. The technology allows accurate measurement by MALDI-TOF mass spectrometry to quantify allele-specific primer extension products.

الأليل محددة التعبير الجيني الفحص لفحص الأسس الفنية للجمعيات الوراثية

The number of significant genetic associations with common complex traits is constantly increasing. However, most of these associations have not been ...

Long-term Lethal Toxicity Test with the Crustacean Artemia franciscana

Our research activities target the use of biological methods for the evaluation of environmental quality, with particular reference to saltwater/brackish water and sediment. The choice of biological indicators must be based on reliable scientific knowledge and, possibly, on the availability of standardized procedures. In this article, we present a standardized protocol that used the marine crustacean Artemia to evaluate the toxicity of chemicals and/or of marine environmental matrices. Scientists propose that the brine shrimp (Artemia) is a suitable candidate for the development of a standard bioassay for worldwide utilization. A number of papers have been published on the toxic effects of various chemicals and toxicants on brine shrimp (Artemia). The major advantage of this crustacean for toxicity studies is the overall availability of the dry cysts; these can be immediately used in testing and difficult cultivation is not demanded1,2. Cyst-based toxicity assays are cheap, continuously available, simple and reliable and are thus an important answer to routine needs of toxicity screening, for industrial monitoring requirements or for regulatory purposes3. The proposed method involves the mortality as an endpoint. The numbers of survivors were counted and percentage of deaths were calculated. Larvae were considered dead if they did not exhibit any internal or external movement during several seconds of observation4. This procedure was standardized testing a reference substance (Sodium Dodecyl Sulfate); some results are reported in this work. This article accompanies a video that describes the performance of procedural toxicity testing, showing all the steps related to the protocol.

Long-term Lethal Toxicity Test with the Crustacean Artemia franciscana

This study concerns the development and standardization of a valuable methodological protocol to determine long-term (14 days) lethal toxicity exerted by chemical substances, industrial wastewater or sewage and liquid environmental samples on the saltwater crustacean, Artemia franciscana.

على المدى الطويل اختبار السمية المهلكة مع القشريات الأرتيميا franciscana</em

Our research activities target the use of biological methods for the evaluation of environmental quality, with particular reference to saltwater/brackish ...

Multi-parameter Measurement of the Permeability Transition Pore Opening in Isolated Mouse Heart Mitochondria

The mitochondrial permeability transition pore (mtPTP) is a non specific channel that forms in the inner mitochondrial membrane to transport solutes with a molecular mass smaller than 1.5 kDa. Although the definitive molecular identity of the pore is still under debate, proteins such as cyclophilin D, VDAC and ANT contribute to mtPTP formation. While the involvement of mtPTP opening in cell death is well established1, accumulating evidence indicates that the mtPTP serves a physiologic role during mitochondrial Ca2+ homeostasis2, bioenergetics and redox signaling 3.
mtPTP opening is triggered by matrix Ca2+ but its activity can be modulated by several other factors such as oxidative stress, adenine nucleotide depletion, high concentrations of Pi, mitochondrial membrane depolarization or uncoupling, and long chain fatty acids4. In vitro, mtPTP opening can be achieved by increasing Ca2+ concentration inside the mitochondrial matrix through exogenous additions of Ca2+ (calcium retention capacity). When Ca2+ levels inside mitochondria reach a certain threshold, the mtPTP opens and facilitates Ca2+ release, dissipation of the proton motive force, membrane potential collapse and an increase in mitochondrial matrix volume (swelling) that ultimately leads to the rupture of the outer mitochondrial membrane and irreversible loss of organelle function.
Here we describe a fluorometric assay that allows for a comprehensive characterization of mtPTP opening in isolated mouse heart mitochondria. The assay involves the simultaneous measurement of 3 mitochondrial parameters that are altered when mtPTP opening occurs: mitochondrial Ca2+ handling (uptake and release, as measured by Ca2+ concentration in the assay medium), mitochondrial membrane potential, and mitochondrial volume. The dyes employed for Ca2+ measurement in the assay medium and mitochondrial membrane potential are Fura FF, a membrane impermeant, ratiometric indicator which undergoes a shift in the excitation wavelength in the presence of Ca2+, and JC-1, a cationic, ratiometric indicator which forms green monomers or red aggregates at low and high membrane potential, respectively. Changes in mitochondrial volume are measured by recording light scattering by the mitochondrial suspension. Since high-quality, functional mitochondria are required for the mtPTP opening assay, we also describe the steps necessary to obtain intact, highly coupled and functional isolated heart mitochondria.

A spectrofluorometric protocol for the measurement of the mitochondrial permeability transition pore opening in isolated mouse heart mitochondria is presented here. The assay involves the simultaneous measurement of mitochondria Ca2+ handling, mitochondrial membrane potential and mitochondrial volume. The procedure for obtaining high-quality and functional heart mitochondria is also described.

متعدد المعلمة قياس نفاذية المسام افتتاح المرحلة الانتقالية في القلب ماوس متفرقة الميتوكوندريا

The mitochondrial permeability transition pore (mtPTP) is a non specific channel that forms in the inner mitochondrial membrane to transport solutes with ...

Blastomere Explants to Test for Cell Fate Commitment During Embryonic Development

Fate maps, constructed from lineage tracing all of the cells of an embryo, reveal which tissues descend from each cell of the embryo. Although fate maps are very useful for identifying the precursors of an organ and for elucidating the developmental path by which the descendant cells populate that organ in the normal embryo, they do not illustrate the full developmental potential of a precursor cell or identify the mechanisms by which its fate is determined. To test for cell fate commitment, one compares a cell's normal repertoire of descendants in the intact embryo (the fate map) with those expressed after an experimental manipulation. Is the cell's fate fixed (committed) regardless of the surrounding cellular environment, or is it influenced by external factors provided by its neighbors? Using the comprehensive fate maps of the Xenopus embryo, we describe how to identify, isolate and culture single cleavage stage precursors, called blastomeres. This approach allows one to assess whether these early cells are committed to the fate they acquire in their normal environment in the intact embryo, require interactions with their neighboring cells, or can be influenced to express alternate fates if exposed to other types of signals.

The fate of an individual embryonic cell can be influenced by inherited molecules and/or by signals from neighboring cells. Utilizing fate maps of the cleavage stage Xenopus embryo, single blastomeres can be identified for culture in isolation to assess the contributions of inherited molecules versus cell-cell interactions.

إإكسبلنتس قسيم أرومي لاختبار الالتزام مصير الخلايا أثناء التطور الجنيني

Fate maps, constructed from lineage tracing all of the cells of an embryo, reveal  which tissues descend from each cell of the embryo.  Although fate maps ...

Induction and Analysis of Epithelial to Mesenchymal Transition

Epithelial to mesenchymal transition (EMT) is essential for proper morphogenesis during development. Misregulation of this process has been implicated as a key event in fibrosis and the progression of carcinomas to a metastatic state. Understanding the processes that underlie EMT is imperative for the early diagnosis and clinical control of these disease states. Reliable induction of EMT in vitro is a useful tool for drug discovery as well as to identify common gene expression signatures for diagnostic purposes. Here we demonstrate a straightforward method for the induction of EMT in a variety of cell types. Methods for the analysis of cells pre- and post-EMT induction by immunocytochemistry are also included. Additionally, we demonstrate the effectiveness of this method through antibody-based array analysis and migration/invasion assays.

A straightforward method is described for the induction of epithelial to mesenchymal transition (EMT) in a variety of cell types. Methods for the analysis of cells in EMT states by immunocytochemistry are included.

الاستقراء وتحليل الظهارية الوسيطة الانتقالية ل

Epithelial  to mesenchymal transition (EMT) is essential for proper morphogenesis during  development. Misregulation of this  process has been implicated ...

Test Samples for Optimizing STORM Super-Resolution Microscopy

STORM is a recently developed super-resolution microscopy technique with up to 10 times better resolution than standard fluorescence microscopy techniques. However, as the image is acquired in a very different way than normal, by building up an image molecule-by-molecule, there are some significant challenges for users in trying to optimize their image acquisition. In order to aid this process and gain more insight into how STORM works we present the preparation of 3 test samples and the methodology of acquiring and processing STORM super-resolution images with typical resolutions of between 30-50 nm. By combining the test samples with the use of the freely available rainSTORM processing software it is possible to obtain a great deal of information about image quality and resolution. Using these metrics it is then possible to optimize the imaging procedure from the optics, to sample preparation, dye choice, buffer conditions, and image acquisition settings. We also show examples of some common problems that result in poor image quality, such as lateral drift, where the sample moves during image acquisition and density related problems resulting in the 'mislocalization' phenomenon.

We describe the preparation of three test samples and how they can be used to optimize and assess the performance of STORM microscopes. Using these examples we show how to acquire raw data and then process it to acquire super-resolution images in cells of approximately 30-50 nm resolution.

عينات الاختبار لتحسين STORM فائقة الدقة المجهر

STORM is a recently developed super-resolution microscopy technique with up to 10 times better resolution than standard fluorescence microscopy ...

Detection of Alternative Splicing During Epithelial-Mesenchymal Transition

Alternative splicing plays a critical role in the epithelial-mesenchymal transition (EMT), an essential cellular program that occurs in various physiological and pathological processes. Here we describe a strategy to detect alternative splicing during EMT using an inducible EMT model by expressing the transcription repressor Twist. EMT is monitored by changes in cell morphology, loss of E-cadherin localization at cell-cell junctions, and the switched expression of EMT markers, such as loss of epithelial markers E-cadherin and &#947;-catenin and gain of mesenchymal markers N-cadherin and vimentin. Using isoform-specific primer sets, the alternative splicing of interested mRNAs are analyzed by quantitative RT-PCR. The production of corresponding protein isoforms is validated by immunoblotting assays. The method of detecting splice isoforms described here is also suitable for the study of alternative splicing in other biological processes.

Alternative splicing regulation has been shown to contribute to the epithelial-mesenchymal transition (EMT), an essential cellular program in various physiological and pathological processes. Here we describe a method utilizing an inducible EMT model for the detection of alternative splicing during EMT.

الكشف عن البديل خلال الربط طلائي-الوسيطة الانتقالية

Alternative splicing plays a critical role in the epithelial-mesenchymal transition (EMT), an essential cellular program that occurs in various ...

Intravenous Injections in Neonatal Mice

Intravenous injection is a clinically applicable manner to deliver therapeutics. For adult rodents and larger animals, intravenous injections are technically feasible and routine. However, some mouse models can have early onset of disease with a rapid progression that makes administration of potential therapies difficult. The temporal (or facial) vein is just anterior to the ear bud in mice and is clearly visible for the first two days after birth on either side of the head using a dissecting microscope. During this window, the temporal vein can be injected with volumes up to 50 &#956;l. The injection is safe and well tolerated by both the pups and the dams. A typical injection procedure is completed within 1-2 min, after which the pup is returned to the home cage. By the third postnatal day the vein is difficult to visualize and the injection procedure becomes technically unreliable. This technique has been used for delivery of adeno-associated virus (AAV) vectors, which in turn can provide almost body-wide, stable transgene expression for the life of the animal depending on the viral serotype chosen.

Animal models of pediatric disease can experience early onset and aggressive disease progression. Clinically relevant therapy delivery to young mouse models can be technically difficult. This protocol describes a non-invasive intravenous injection method for newborn mice within the first two postnatal days of life.