نشكر بحرارة المجموعة ITS2، Biocenter، جامعة فورتسبورغ، للوقوف على آرائهم غنية وقيمة. كما نشكر جمعية الألمانية للبحوث (DFG؛ منحة Mu-2831/1-1) للحصول على التمويل.

1. الشرح الصحيح من ITS2 تسلسل <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> الوصول إلى قاعدة البيانات نسالة ITS2 طاولة العمل هنا: <a href="http://its2.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de" target="_blank">http://its2.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de</a> </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> يبدأ تحليل بالضغط على &quot;علق&quot; رمز في المقطع &quot;أدوات&quot;. ثم اكتب أو لصق التسلسل الخاص بك في المحرر تسلسل في الجزء العلوي من الموقع. المحرر تسلسل يتحقق تلقائيا، سواء متواليات الخاص ITS2 صالحة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> اختيار نموذج HMM مناسبة لمتواليات الخاص بك (على سبيل المثال Viridiplantae للنباتات). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> بدء عملية بالنقر على &quot;علق&quot;. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> بواسطة تحوم فوق رمز &quot;هجن&quot; يمكنك عرض صورة لل5.8S و28S هجين الريباسي تأكيدا من دقة هذا الشرح HMM ل. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> انقر على علامة زائد الخضراء من تسلسل ITS2 الناتج لتحديد طريقك من التنبؤ بنية ثانوية: لتوقع هيكل دون templat معروفه، انقر على &quot;توقع هيكل&quot;. إذا كنت ترغب في استخدام قالب خاص بك لنمذجة التماثل، انقر على زر &quot;هيكل النموذجي.&quot; </li></ol> 2. الثانوية الهيكل التنبؤ <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> التنبؤ <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> يتم لصق تلقائيا تسلسل ITS2 المشروح في المحرر تسلسل. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> لبدء التنبؤ هيكل ثانوي مع الإعدادات الافتراضية، انقر على &quot;توقع هياكل&quot; الزر. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> حفظ التسلسل ITS2 الناتجة بما في ذلك هيكل الثانوي على غرار إلى تجمع البيانات من خلال النقر على علامة زائد الخضراء ومن ثم &quot;إضافة إلى حوض السباحة&quot;. بدلا من ذلك، يمكنك إضافته إلى تجمع البيانات الخاصة بك عن طريق السحب والإسقاط (الشكل 1). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إذا كان تسلسل لا يمكن طيها مباشرة، وتظهر على أفضل النتائج من النماذج التماثل. حفظ مناسبة معظم تسلسل هيكل خلال السحب والإفلات إلى تجمع البيانات. بدلا من ذلك، حفظ تسلسل هيكل إلى تجمع البيانات بنقرة واليمين ومن ثم النقر على &quot;إضافة إلى حوض السباحة&quot;. </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> عرف النمذجة <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> نوع أو عجينة واحدة أو متعددة القوالب (مع هيكل معروف) في المحرر تسلسل العليا. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> نوع أو لصق متواليات هدف واحد أو عدة (بدون الهيكل) في المحرر أدنى تسلسل. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> انقر على &quot;توقع أفضل قالب (ق)&quot; لبدء النمذجة التماثل مع الإعدادات الافتراضية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> وتظهر أفضل قالب مجموعات المستهدفة في القائمة الناتجة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> انقاذ على غرار تسلسل هيكل (ق) من اختيارك إما عن طريق السحب والإفلات إلى تجمع البيانات أو من خلال نقرة والحق والنقر على &quot;إضافة إلى حوض السباحة&quot;. </li></ol></li></ol> 3. عزر البحث <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> اكتب أو لصق تسلسل الاستعلام الخاص بك (ق) في المحرر تسلسل في الجزء العلوي من الموقع. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> اختيار النموذج الصحيح HMM (على سبيل المثال Viridiplantae للنباتات). 3.3. انقر على &quot;البحث عن الحافز&quot; لبدء العملية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ITS2 متواليات بزخارف هي أبرز illustraتيد في الجزء السفلي من هذا الموقع. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> انقر على أيقونة بجانب رأس تسلسل لعرض أبرز الزخارف في هيكل الثانوية. </li></ol> 4. بحث وتصفح <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> البحث <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> اكتب إما اسم الأصناف أو معرف بنك الجينات (GI) في حقل البحث في الجزء العلوي من الموقع. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ويدعم البحث عن طريق اسم الأصناف من قبل صندوق حية للبحث في الظهور. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> يمكنك إجراء بحث متعددة بفواصل فصل الاستعلامات. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> انقر على زر &quot;بحث&quot; لتنفيذ البحث. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تظهر قائمة النتائج الخاصة بك في علامة تبويب جديدة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> انقر على اسم العمود لفرز النتائج وفقا لعمود خاص. يمكنك أيضا إضافة أو إزالة الأعمدة التي تختارها مع القائمة العمود. يمكن إدخالها في القائمة عمود مع الضغط على أيقونة السهم الظهور ضمن اسم العمود. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> انقر على &quot;عرض التفاصيل&quot; لعرض تفاصيل عن هيكل التسلسل. &lt;/ لى&gt; <li style=";text-align:right;direction:rtl"> حفظ تسلسل هيكل (ق) من اختيارك إما عن طريق السحب والإفلات إلى تجمع البيانات أو من خلال نقرة والحق والنقر على &quot;إضافة إلى حوض السباحة&quot;. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> لحفظ النتائج إلى ملف خارجي، انقر على &quot;حفظ التحديد&quot; أو &quot;حفظ جميع&quot;. </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تصفح <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تصفح قاعدة البيانات ITS2 من خلال التنقل من خلال هيكل شجرة تشبه في الجهة اليسرى من الموقع. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> انقر على علامة زائد لعرض أصناف من مستوى أدنى. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> انقر على اسم الأصناف لفتح علامة تبويب جديدة تحتوي على كل تسلسل هيكل من الأصناف. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> انقر على &quot;عرض التفاصيل&quot; لعرض تفاصيل عن زوج تسلسل هيكل. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> حفظ تسلسل هيكل (ق) من اختيارك إما عن طريق السحب والإفلات إلى تجمع البيانات أو من خلال نقرة والحق والنقر على &quot;إضافة إلى حوض السباحة&quot;. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> لحفظ النتائج إلى ملف خارجي، انقر على &quot;حفظ التحديد&quot; أو &quot;حفظ جميع&quot;. </li></ol></li></ol> 5. ITS2 انفجار<ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> اكتب أو الصق سلاسل الاستعلام واحدة أو متعددة في المحرر تسلسل. قد متواليات الخاص بك أن تكون إما سلاسل النكليوتيد عادي أو أزواج تسلسل هيكل. يمكنك أيضا كتابة الهياكل الثانوية عدة دون سلسلة واحدة. عن طريق التحقق من مربع &quot;تسلسل متواليات XXFASTA&quot; وتستخدم هذه الهياكل في وقت لاحق كما الاستعلامات الفردية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> لبدء الانفجار مع الإعدادات الافتراضية، انقر على &quot;الانفجار&quot;. تبعا لطبيعة الاستعلام الخاص بك، إما BLASTN مشترك أو ITS2 BLAST تسلسل هيكل يتم تنفيذ. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> يتم فتح علامة تبويب فرعية لكل تسلسل الاستعلام ضمن علامة التبويب التي تظهر &quot;النتائج الانفجار&quot;، وكذلك لمحة عامة عن عمليات التفتيش المنفذة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> انقر على &quot;الأحلاف عرض&quot; لعرض التحالفات BLAST محسوب. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> حفظ يضرب انفجار اختيارك إما عن طريق السحب والإفلات إلى تجمع البيانات أو من خلال نقرة والحق والنقر على &quot;إضافة إلى حوض السباحة&quot;. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> لحفظ النتائج إلى ملف خارجي، انقر على اختيار حفظ &quot;&quot;أو&quot; حفظ جميع &quot;. </li></ol> 6. متعددة تسلسل هيكل محاذاة <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> نلقي نظرة على تجمع البيانات الخاصة بك بالنقر على &quot;إدارة البيانات&quot; ثم رمز العدسة المكبرة بجوار عدد من تسلسل في حوض السباحة الخاص بك. بدلا من ذلك، يمكنك النقر على علامة تجمع البيانات في الجزء السفلي الأيسر من الموقع. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> انقر على زوج تسلسل هيكل في تجمع البيانات الخاصة بك لعرض التفاصيل الخاصة به. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> لإنشاء العديد من تسلسل هيكل محاذاة جميع أزواج تسلسل هيكل في حوض السباحة الخاص بك، انقر على &quot;بيانات تحليل&quot; ثم &quot;وتسلسل الهيكل&quot;. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> الآن يطلب منك تحديد وضع الرسومات من محاذاة الخاص بك. إذا محاذاة الخاص بك يحتوي فقط على تسلسلات قليلة، ورفض وضع سليم بالنقر على &quot;لا&quot;. إلا اختيار واسطة ضئيلة الرسم بالنقر على &quot;نعم&quot;. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> في لحظات قليلة، ويظهر التوافق الخاص بك في علامة تبويب جديدة (الشكل 2). وعلاوة على ذلك، يتم حفظ تلقائيا إلى تجمع البيانات. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> لحفظمحاذاة إلى ملف خارجي، انقر على &quot;حفظ المحاذاة&quot;. </li></ol> 7. شجرة المحتد <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> لحساب الجار تسلسل البنية القائمة على الالتحاق بالعمل شجرة من محاذاة الخاص بك متعددة، انقر على &quot;مجموعة بيانات تحليل&quot; ثم &quot;الجار الالتحاق بالعمل&quot;. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ويتضح من شجرة مما أدى إلى علامة تبويب جديدة (الشكل 3). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تسلق شجرة الخاص بحرية مع شريط التمرير &quot;شجرة بسهولة.&quot; </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> Reroot بك شجرة من خلال النقر على عقدة أو ورقة من شجرة ثم &quot;Reroot في هذه العقدة&quot;. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إذا كنت تريد إزالة الأصناف من تجمع البيانات الخاصة بك، انقر على ورقة واختر &quot;إزالة هذه العقدة من حوض السباحة.&quot; يمكنك الآن إعادة حساب التوافق الخاص بك، وشجرة مع أخذ عينات الأصناف المخفضة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> انقر على &quot;شجرة حفظ&quot; لحفظ شجرة النشوء والتطور الخاص نتيجة النهائية للتحليل الخاص بك إلى ملف NEWICK الخارجية. </li></ol> 8. برامج إضافية <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> انقر على &quot;الانترنت عن هذا&quot; - &quot;أدوات&quot; للعثور على مزيد إعلامأوجه حول 4SALE أدوات قائمة بذاتها وProfDistS. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> بجانب محاذاة وظيفة الجار الالتحاق بالعمل المقدمة من قبل واجهة قاعدة البيانات على شبكة الإنترنت ITS2، يمكنك الآن الوصول إلى وظائف جديدة عدة، مثل ترسيم الحدود الأنواع على أساس التغييرات قاعدة التعويضية (CBCs). </li></ol> 9. ممثل النتائج وقد تم بنجاح سير العمل كما هو موضح أعلاه تطبق في العديد من المسوحات وصول مفتوحة 3،4. يمكن الاطلاع على أمثلة من خلال الروابط التالية: <ul style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> <a href="http://www.plosone.org/article/info%3Adoi/10.1371/journal.pone.0016931" target="_blank">http://www.plosone.org/article/info 3Adoi٪٪٪ 2F10.1371 2Fjournal.pone.0016931</a> </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> <a href="http://www.biomedcentral.com/1756-0500/3/320" target="_blank">http://www.biomedcentral.com/1756-0500/3/320</a> </li></ul> في هذه الدراسات على نطاق واسع، لكننا تمكنا من حل نسالة من كلوروفيتا فضلا عن Hypnales (Bryophyta) ثارتفاع القرار إيث. في كلتا الحالتين، تم جمع عينات الأصناف 1 حصرية من قاعدة البيانات ITS2 9، محاذاة تلقائيا مع 4SALE 15،16 ومعالجتها وأخيرا من قبل ProfDistS 17 إلى شجرة النشوء والتطور. في جميع هذه الخطوات، واستخدمت تسلسل والمعلومات هيكل في وقت واحد. وقد تحقق التمهيد لدعم العمود الفقري باستخدام الجار النشوء والتطور الشخصي الدمج (PNJ) 19، والذي يتوفر في إصدار مستقل من ProfDistS. لمجموعة أصغر من تسلسل هيكل أزواج، والأرقام 1-3 وصف الخطوات الرئيسية لهذا العمل آليا 5 مباشرة على طاولة العمل الجديدة قاعدة البيانات ITS2: أخذ العينات الأصناف، ومتعددة محاذاة تسلسل هيكل شجرة النشوء والتطور، وفي نهاية المطاف على حساب. <img src="/files/ftp_upload/3806/3806fig1.jpg" alt="الشكل 1" /> الشكل 1. أخذ العينات الأصناف في السحب والإفلات. في أي وقت أو تسلسل تسلسل متطوره،<html> ويمكن أن يضاف أزواج ه إلى تجمع البيانات، على سبيل المثال عن طريق السحب والإفلات. هنا يتم إضافة تسلسل هيكل باستخدام السحب والإفلات بعد التنبؤ بنية ثانوية. البيضوي أزرق يمثل منطقة حيث يتم إسقاط تسلسل هيكل إلى تجمع البيانات. <a href="http://www.jove.com/files/ftp_upload/3806/3806fig1large.jpg" target="_blank">اضغط هنا للاطلاع على النسخة الكاملة الحجم من هذه الصورة.</a> <img src="/files/ftp_upload/3806/3806fig2.jpg" alt="الشكل 2" /> الشكل 2. متعددة تسلسل هيكل المحاذاة في وضع رسم كامل. لمتواليات القليلة في تجمع البيانات، وقد تم اختيار الوضع الكامل للرسم. القواعد هي الملونة، ويمكن تسليط الضوء أزواج قاعدة مع الدوائر الحمراء من خلال النقر على قاعدة واحدة أو شريحة من زوج قاعدة. <a href="http://www.jove.com/files/ftp_upload/3806/3806fig2large.jpg" target="_blank">انقر هنا لعرض النسخة الكاملة الحجم من هذه الصورة.</a> 3.JPG &quot;ALT =&quot; شكل 3 &quot;/&gt; الشكل 3. تسلسل هيكل الجار الالتحاق بالعمل شجرة. يمكن حفظ شجرة قابلة للبحرية محسوب من محاذاة الأصناف 7 تسلسل بنية متعددة في شكل NEWICK.

<ol>
	<li>Keller, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Including+RNA+secondary+structures+improves+accuracy+and+robustness+in+reconstruction+of+phylogenetic+trees.">Including RNA secondary structures improves accuracy and robustness in reconstruction of phylogenetic trees.</a> Biology Direct. 5, 4-4 (2010).</li><li>Schultz, J., Maisel, S., Gerlach, D., M&#252;ller, T., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+common+core+of+secondary+structure+of+the+internal+transcribed+spacer+2+&#40;ITS2&#41;+throughout+the+Eukaryota.">A common core of secondary structure of the internal transcribed spacer 2 &#40;ITS2&#41; throughout the Eukaryota.</a> RNA. 11, 361-364 (2005).</li><li>Buchheim, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Internal+Transcribed+Spacer+2+(nu+ITS2+rRNA)+Sequence-Structure+Phylogenetics:+Towards+an+Automated+Reconstruction+of+the+Green+Algal+Tree+of+Life.">Internal Transcribed Spacer 2 (nu ITS2 rRNA) Sequence-Structure Phylogenetics: Towards an Automated Reconstruction of the Green Algal Tree of Life.</a> PLoS ONE. 6, 16931-16931 (2011).</li><li>Merget, B., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+molecular+phylogeny+of+Hypnales+(Bryophyta)+inferred+from+ITS2+sequence-structure+data.">A molecular phylogeny of Hypnales (Bryophyta) inferred from ITS2 sequence-structure data.</a> BMC Research Notes. 3, (2010).</li><li>Schultz, J., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ITS2+sequence-structure+analysis+in+phylogenetics:+a+how-to+manual+for+molecular+systematics.">ITS2 sequence-structure analysis in phylogenetics: a how-to manual for molecular systematics.</a> Molecular Phylogenetics and Evolution. 52, 520-523 (2009).</li><li>Coleman, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ITS2+is+a+double-edged+tool+for+eukaryote+evolutionary+comparisons.">ITS2 is a double-edged tool for eukaryote evolutionary comparisons.</a> Trends in Genetics. 19, 370-375 (2003).</li><li>Coleman, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+significance+of+a+coincidence+between+evolutionary+landmarks+found+in+mating+affinity+and+a+DNA+sequence.">The significance of a coincidence between evolutionary landmarks found in mating affinity and a DNA sequence.</a> Protist. 151, 1-9 (2000).</li><li>M&#252;ller, T., Philippi, N., Dandekar, T., Schultz, J., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Distinguishing+species.">Distinguishing species.</a> RNA. 13, 1469-1472 (2007).</li><li>Koetschan, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+ITS2+Database+III-sequences+and+structures+for+phylogeny.">The ITS2 Database III-sequences and structures for phylogeny.</a> Nucleic Acids Research. 38, 275-279 (2010).</li><li>Keller, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=5.8+S-28S+rRNA+interaction+and+HMM-based+ITS2+annotation.">5.8 S-28S rRNA interaction and HMM-based ITS2 annotation.</a> Gene. 430, 50-57 (2009).</li><li>Benson, D., Karsch-Mizrachi, I., Lipman, D., Ostell, J., Sayers, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=GenBank.">GenBank.</a> Nucleic Acids Research. 39, 32-37 (2011).</li><li>Markham, N., Zuker, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Software+for+nucleic+acid+folding+and+hybridization.">Software for nucleic acid folding and hybridization.</a> Methods in Molecular Biology. , 453-453 (2008).</li><li>Wolf, M., Achtziger, M., Schultz, J., Dandekar, T., M&#252;ller, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Homology+modeling+revealed+more+than+20,000+rRNA+internal+transcribed+spacer+2+(ITS2)+secondary+structures.">Homology modeling revealed more than 20,000 rRNA internal transcribed spacer 2 (ITS2) secondary structures.</a> RNA. 11, 1616-1623 (2005).</li><li>Altschul, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gapped+BLAST+and+PSI-BLAST:+a+new+generation+of+protein+database+search+programs.">Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs.</a> Nucleic Acids Research. 25, 3389-3402 (1997).</li><li>Seibel, P., M&#252;ller, T., Dandekar, T., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Synchronous+visual+analysis+and+editing+of+RNA+sequence+and+secondary+structure+alignments+using+4+SALE.">Synchronous visual analysis and editing of RNA sequence and secondary structure alignments using 4 SALE.</a> BMC Research Notes. 1, (2008).</li><li>Seibel, P., M&#252;ller, T., Dandekar, T., Schultz, J., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=4+SALE+-+A+tool+for+synchronous+RNA+sequence+and+secondary+structure+alignment+and+editing.">4 SALE - A tool for synchronous RNA sequence and secondary structure alignment and editing.</a> BMC Bioinformatics. 7, (2006).</li><li>Wolf, M., Ruderisch, B., Dandekar, T., Schultz, J., M&#252;ller, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ProfDistS:(profile-)+distance+based+phylogeny+on+sequence-structure+alignments.">ProfDistS:(profile-) distance based phylogeny on sequence-structure alignments.</a> Bioinformatics. 24, 2401-2402 (2008).</li><li>Saitou, N., Nei, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+neighbor-joining+method:+a+new+method+for+reconstructing+phylogenetic+trees.">The neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees.</a> Molecular Biology and Evolution. 4, 406-425 (1987).</li><li>M&#252;ller, T., Rahmann, S., Dandekar, T., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Accurate+and+robust+phylogeny+estimation+based+on+profile+distances:+a+study+of+the+Chlorophyceae+(Chlorophyta.">Accurate and robust phylogeny estimation based on profile distances: a study of the Chlorophyceae (Chlorophyta.</a> BMC Evolutionary Biology. 4, (2004).</li><li>Ludwig, W. o. l. f. g. a. n. g. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ARB:+a+software+environment+for+sequence+data.">ARB: a software environment for sequence data.</a> Nucleic Acids Research. 32, 1363-1371 (2004).</li><li>Néron, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mobyle:+a+new+full+web+bioinformatics+framework.">Mobyle: a new full web bioinformatics framework.</a> Bioinformatics. 25, 3005-3011 (2009).</li><li>Camin, J. H., Sokal, R. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+method+for+deducing+branching+sequences+in+phylogeny.">A method for deducing branching sequences in phylogeny.</a> Evolution. 19, 311-326 (1965).</li><li>Felsenstein, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evolutionary+trees+from+DNA+sequences:+a+maximum+likelihood+approach.">Evolutionary trees from DNA sequences: a maximum likelihood approach.</a> Journal of Molecular Evolution. 17, 368-376 (1981).</li></ol>

الإعلان عن أي تضارب في المصالح.

قاعدة بيانات ITS2 هو طاولة العمل كاملة وتعمل بكامل طاقتها لالداخلية phylogenetics هل المحولة تسلسل البنية المستندة إلى 2. ويمكن تشغيل هذا الموقع سريع جدا وبشكل حدسي. في حين أن غيرها من المناضد نسالة على شبكة الإنترنت مثل ARB 20 أو 21 هي Mobyle فقط قادرة على العمل في تسلسل و / أو إجماع معلومات الهيكل، وقاعدة البيانات ITS2 9 تعتبر متواليات والهياكل الثانوية لكل فرد من الأصناف في وقت واحد. ومع ذلك، نظرا لمحدودية في القدرة الحسابية من خادم الويب، ويوصى بدرجة كبيرة لاستخدام الأدوات القائمة بذاتها لمحاذاة متعددة والجار الالتحاق بالعمل 18 حساب، 4SALE 15،16 و ProfDistS 17، على التوالي، لمجموعات كبيرة. بجانب الأساسية ITS2 سير العمل نسالة تسلسل هيكل 5، هذه الأدوات ميزة وظائف إضافية عدة، مثل التمهيد حساب مكررات، الجار الملف الدمج (PNJ) 19 أو مسكوكةق ترسيم الحدود على أساس التغيرات قاعدة التعويضية (CBCs) 8. ويمكن الوصول إليها من خلال &quot;حول هذا الموقع&quot; - القسم &quot;أدوات&quot; للتحميل ومعلومات مفصلة. لاستخدام 4SALE وProfDistS، فمن الضروري دائما لتقديم الملفات إلى الشكل الصحيح. ويجب على الأصناف أخذ العينات التي سيتم تجهيزها من قبل 4SALE لها نهاية. fasta أو. TXT، في حين أن محاذاة تسلسل هيكل كمدخل لProfDistS يجب ان تنتهي. xfasta. ونحن ننفذ حاليا طرق بديلة لإعادة بناء شجرة النشوء والتطور في قاعدة البيانات ITS2 وكذلك في الأدوات ذات الصلة. وبالتالي، فإن أساليب مثل تسلسل هيكل القائم على البخل الحد الأقصى 22 و / أو احتمال الحد الأقصى لتكون في متناول 23 في المستقبل.

<html><table border="1" style=";text-align:right;direction:rtl"><tbody><tr><td> اسم كاشف </td><td> شركة </td><td> تعليقات </td></tr><tr><td> الدخول إلى الإنترنت </td><td></td><td> ويفضل عالية السرعة </td></tr><tr><td> ITS2 قاعدة البيانات 9 </td><td> قسم المعلوماتية الحيوية، جامعة فورتسبورغ </td><td> الموقع: <a href="http://its2.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de" target="_blank">http://its2.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de</a> </td></tr><tr><td> البرنامج: 15،16 4SALE </td><td> قسم المعلوماتية الحيوية، جامعة فورتسبورغ </td><td> التحميل: <a href="http://4sale.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de/" target="_blank">http://4sale.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de/</a> </td></tr><tr><td> البرنامج: ProfDistS 17 </td><td> قسم المعلوماتية الحيوية، جامعة فورتسبورغ </td><td> تنزيل:NI-wuerzburg.de / &quot;الهدف =&quot; _blank &quot;&gt; http://profdist.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de/ </td></tr></tbody></table>

the its2 database

وقد استخدم هل الداخلية المحولة 2 (ITS2) كعلامة النشوء والتطور لأكثر من عقدين من الزمن. كما ITS2 ركز البحث بشكل رئيسي على تسلسل ITS2 متغير جدا، وتقتصر هذه العلامة على مستوى منخفض phylogenetics فقط. ومع ذلك، فإن الجمع بين تسلسل ITS2 وهيكلها الثانوي حفظا للغاية يحسن قرار النشوء والتطور (1) ويسمح للاستدلال النشوء والتطور في صفوف التصنيفية متعددة، بما في ذلك ترسيم الحدود الأنواع 2-8. قاعدة بيانات ITS2 9 يقدم بيانات شاملة الداخلية المحولة متواليات 2 هل من بنك الجينات NCBI 11 reannotated بدقة 10. بعد تعليق توضيحي من قبل نماذج ماركوف المخفية الشخصي (HMMs)، يتوقع أن هيكل الثانوية من كل تسلسل. الأول، هو اختبار ما إذا كان الحد الأدنى للطاقة استنادا أضعاف 12 (أضعاف المباشر) النتائج في الصحيح، والتشكل حلزون الأربعة. إذا لم تكن هذه هي الحالة، هو هيكلوتوقع من قبل النمذجة تناظر 13. وكان هيكل الذي الثانوية في نمذجة تناظر، يتم نقل بنية معروفة بالفعل الثانوية إلى آخر تسلسل ITS2، لم يتمكن من اضعاف بشكل صحيح في حظيرة مباشرة. قاعدة بيانات ITS2 ليست فقط قاعدة بيانات لتخزين واسترجاع الهياكل تسلسل ITS2. كما يوفر العديد من الأدوات لمعالجة الخاص بك ITS2 متواليات، بما في ذلك التنبؤ، شرح الهيكلية، وكشف عزر وتفجير 14 البحث على معلومات تسلسل هيكل مجتمعة. وعلاوة على ذلك، أنه يدمج الإصدارات قلصت من 4SALE 15،16 و ProfDistS (17) لحساب العديد من محاذاة تسلسل هيكل والجار الالتحاق بالعمل 18 شجرة إعادة الإعمار. معا أنها تشكل خط أنابيب تحليل متماسك من مجموعة أولية من متواليات لنسالة على أساس تسلسل وهيكل ثانوي. باختصار، هذه طاولة العمل يبسط تحليل النشوء والتطور الأولى إلى فقطبضع نقرات الماوس، في الوقت الذي توفر بالإضافة إلى الأدوات والبيانات للتحليلات واسعة النطاق شاملة.

Watch this Scientific Journal Video about The ITS2 Database at JoVE.com

The ITS2 Database

قاعدة بيانات ITS2 هو طاولة العمل للاستدلال تسلسل النشوء والتطور في وقت واحد والنظر في هيكل الثانوي هل من نسخها الداخلية (2). وهذا يشمل جمع البيانات مع شرح دقيق، والتنبؤ بنية، متعددة محاذاة تسلسل البنية وسريع الحساب شجرة. باختصار، هذا يبسط تحليل النشوء والتطور طاولة العمل الأولى لعدد قليل من النقرات.

وITS2 قاعدة البيانات

The internal transcribed spacer 2 (ITS2) has been used as a phylogenetic marker for more than two decades.  As ITS2 research mainly focused on the very ...

Research

JoVE Journal

Biology

30.2K Views.  University of Würzburg. قاعدة بيانات ITS2 هو طاولة العمل للاستدلال تسلسل النشوء والتطور في وقت واحد والنظر في هيكل الثانوي هل من نسخها الداخلية (2). وهذا يشمل جمع البيانات مع شرح دقيق، والتنبؤ بنية، متعددة محاذاة تسلسل البنية وسريع الحساب شجرة. باختصار، هذا يبسط تحليل النشوء والتطور طاول?...

Video: The ITS2 Database

Detection of Nitric Oxide and Superoxide Radical Anion by Electron Paramagnetic Resonance Spectroscopy from Cells using Spin Traps

Reactive nitrogen/oxygen species (ROS/RNS) at low concentrations play an important role in regulating cell function, signaling, and immune response but in unregulated concentrations are detrimental to cell viability1, 2. While living systems have evolved with endogenous and dietary antioxidant defense mechanisms to regulate ROS generation, ROS are produced continuously as natural by-products of normal metabolism of oxygen and can cause oxidative damage to biomolecules resulting in loss of protein function, DNA cleavage, or lipid peroxidation3, and ultimately to oxidative stress leading to cell injury or death4. 
Superoxide radical anion (O2&bull;-) is the major precursor of some of the most highly oxidizing species known to exist in biological systems such as peroxynitrite and hydroxyl radical. The generation of O2&bull;- signals the first sign of oxidative burst, and therefore, its detection and/or sequestration in biological systems is important. In this demonstration, O2&bull;- was generated from polymorphonuclear neutrophils (PMNs). Through chemotactic stimulation with phorbol-12-myristate-13-acetate (PMA), PMN generates O2&bull;- via activation of nicotinamide adenine dinucleotide phosphate (NADPH) oxidase5. 
Nitric oxide (NO) synthase which comes in three isoforms, as inducible-, neuronal- and endothelial-NOS, or iNOS, nNOS or eNOS, respectively, catalyzes the conversion of L- arginine to L-citrulline, using NADPH to produce NO6. Here, we generated NO from endothelial cells. Under oxidative stress conditions, eNOS for example can switch from producing NO to O2&bull;- in a process called uncoupling, which is believed to be caused by oxidation of heme7 or the co-factor, tetrahydrobiopterin (BH4)8.
There are only few reliable methods for the detection of free radicals in biological systems but are limited by specificity and sensitivity. Spin trapping is commonly used for the identification of free radicals and involves the addition reaction of a radical to a spin trap forming a persistent spin adduct which can be detected by electron paramagnetic resonance (EPR) spectroscopy. The various radical adducts exhibit distinctive spectrum which can be used to identify the radicals being generated and can provide a wealth of information about the nature and kinetics of radical production9.
The cyclic nitrones, 5,5-dimethyl-pyrroline-N-oxide, DMPO10, the phosphoryl-substituted DEPMPO11, and the ester-substituted, EMPO12 and BMPO13, have been widely employed as spin traps--the latter spin traps exhibiting longer half-lives for O2&bull;- adduct. Iron (II)-N-methyl-D-glucamine dithiocarbamate, Fe(MGD)2 is commonly used to trap NO due to high rate of adduct formation and the high stability of the spin adduct14.

Electron paramagnetic resonance (EPR) spectroscopy was employed to detect nitric oxide from bovine aortic endothelial cells and superoxide radical anion from human neutrophils using iron (II)-N-methyl-D-glucamine dithiocarbamate, Fe(MGD)2 and 5,5-dimethyl-1-pyroroline-N-oxide, DMPO, respectively.

اكتشاف اكسيد النيتريك وانيون الراديكالي فوق الأكسيد بواسطة الكترون ممغطس التحليل الطيفي بالرنين من الخلايا باستخدام الفخاخ سبين

Reactive nitrogen/oxygen species (ROS/RNS) at low concentrations play an important role in regulating cell function, signaling, and immune response but in ...

Isolation of Neonatal Extrahepatic Cholangiocytes

The intra and extrahepatic bile ducts of the liver are developmentally distinct, and may be differentially affected by certain diseases. However, differences between intra and extrahepatic cholangiocytes, and between neonatal and adult cells, are not well understood.
Methods for the isolation of cholangiocytes from intrahepatic bile ducts are well established1-4. Isolation of extrahepatic ductal cells, especially from the neonate, has not yet been described, although this would be of great benefit in understanding the differences between distinct cholangiocyte populations and in studying diseases such as biliary atresia that appear to target the extrahepatic ducts. Described here is an optimized technique to isolate both neonatal and adult mouse extrahepatic bile duct cells. This technique yields a pure cell population with minimal contamination from mesenchymal cells like fibroblasts.
This method is based on the removal of the extrahepatic ducts and gallbladder, followed by meticulous dissection and scraping to remove fat and fibroblast layers. Structures are embedded in thick layers of collagen and cultured for approximately 3 weeks to allow outgrowth of cholangiocytes in monolayers, which can then be trypsinized and re plated for experimental use.

A technique to isolate cholangiocytes from the extrahepatic bile ducts of neonatal mice is described. The ducts are meticulously dissected, and then cells are isolated by outgrowth in thick collagen gels. This method provides a useful tool for studying extrahepatic bile duct development and pathology.

عزل الأطفال حديثي الولادة خارج الكبد Cholangiocytes

The intra and extrahepatic bile ducts of the liver are developmentally distinct, and may be differentially affected by certain diseases. However, ...

Isolation of Murine Valve Endothelial Cells

Normal valve structures consist of stratified layers of specialized extracellular matrix (ECM) interspersed with valve interstitial cells (VICs) and surrounded by a monolayer of valve endothelial cells (VECs). VECs play essential roles in establishing the valve structures during embryonic development, and are important for maintaining life-long valve integrity and function. In contrast to a continuous endothelium over the surface of healthy valve leaflets, VEC disruption is commonly observed in malfunctioning valves and is associated with pathological processes that promote valve disease and dysfunction. Despite the clinical relevance, focused studies determining the contribution of VECs to development and disease processes are limited. The isolation of VECs from animal models would allow for cell-specific experimentation. VECs have been isolated from large animal adult models but due to their small population size, fragileness, and lack of specific markers, no reports of VEC isolations in embryos or adult small animal models have been reported. Here we describe a novel method that allows for the direct isolation of VECs from mice at embryonic and adult stages. Utilizing the Tie2-GFP reporter model that labels all endothelial cells with Green Fluorescent Protein (GFP), we have been successful in isolating GFP-positive (and negative) cells from the semilunar and atrioventricular valve regions using fluorescence activated cell sorting (FACS). Isolated GFP-positive VECs are enriched for endothelial markers, including CD31 and von Willebrand Factor (vWF), and retain endothelial cell expression when cultured; while, GFP-negative cells exhibit molecular profiles and cell shapes consistent with VIC phenotypes. The ability to isolate embryonic and adult murine VECs allows for previously unattainable molecular and functional studies to be carried out on a specific valve cell population, which will greatly improve our understanding of valve development and disease mechanisms.

The ability to isolate heart valve endothelial cells (VECs) is critical for understanding mechanisms of valve development, maintenance, and disease. Here we describe the isolation of VECs from embryonic and adult Tie2-GFP mice using FACS that will allow for studies determining the contribution of VECs in developmental and disease processes.

عزل خلايا الفئران صمام غشائي

Normal valve structures consist of stratified layers of specialized extracellular matrix (ECM) interspersed with valve interstitial cells (VICs) and ...

Use of MALDI-TOF Mass Spectrometry and a Custom Database to Characterize Bacteria Indigenous to a Unique Cave Environment (Kartchner Caverns, AZ, USA)

MALDI-TOF mass spectrometry has been shown to be a rapid and reliable tool for identification of bacteria at the genus and species, and in some cases, strain levels. Commercially available and open source software tools have been developed to facilitate identification; however, no universal/standardized data analysis pipeline has been described in the literature. Here, we provide a comprehensive and detailed demonstration of bacterial identification procedures using a MALDI-TOF mass spectrometer. Mass spectra were collected from 15 diverse bacteria isolated from Kartchner Caverns, AZ, USA, and identified by 16S rDNA sequencing. Databases were constructed in BioNumerics 7.1. Follow-up analyses of mass spectra were performed, including cluster analyses, peak matching, and statistical analyses. Identification was performed using blind-coded samples randomly selected from these 15 bacteria. Two identification methods are presented: similarity coefficient-based and biomarker-based methods. Results show that both identification methods can identify the bacteria to the species level.

Use of MALDI-TOF Mass Spectrometry and a Custom Database to Characterize Bacteria Indigenous to a Unique Cave Environment Kartchner Caverns, AZ, USA

This work details procedures for rapid identification of bacteria using MALDI-TOF MS. The identification procedures include spectrum acquisition, database construction, and follow up analyses. Two identification methods, similarity coefficient-based and biomarker-based methods, are presented.

استخدام MALDI-TOF الطيف الكتلي وقاعدة بيانات مخصصة لتوصيف البكتيريا الأصلية إلى فريد كهف البيئة (Kartchner الكهوف، AZ، ​​الولايات المتحدة الأمريكية)

MALDI-TOF mass spectrometry has been shown to be a rapid and reliable tool for identification of bacteria at the genus and species, and in some cases, ...

Imaging Spatial Reorganization of a MAPK Signaling Pathway Using the Tobacco Transient Expression System

Visualization of dynamic signaling events in live cells has been a challenge. We expanded an established transient expression system, the biomolecular fluorescent complementation (BiFC) assay in tobacco epidermal cells, from testing protein-protein interaction to monitoring spatial distribution of signal transduction in plant cells. In this protocol, we used the BiFC assay to show that the interaction and the signaling between the Arabidopsis MAPKKK YODA and MAPK6 occur at the plasma membrane. When the scaffold protein BASL was co-expressed, the YODA-MAPK interaction redistributed and spatially co-polarized with CFP-BASL. This modified tobacco expression system allows for quick examination of signaling localization and dynamic changes (less than 4 days) and can accommodate multiple of fluorescent protein colors (at least three). We also presented detailed methods to quantify protein distribution (asymmetric spatial localization, or &#34;polarization&#34;) in tobacco cells. This advanced tobacco expression system has a potential to be used widely for quick testing of dynamic signaling events in live plant cells.

At the subcellular level, signaling events are dynamically modulated by developmental and environmental cues. Here we describe a protocol that employs the tobacco transient expression system to monitor dynamic protein-protein interaction and to disclose spatial organization of signal transduction in plant cells.

التصوير إعادة التنظيم المكاني لMAPK اشارة المسار باستخدام نظام التعبير عابر التبغ

Visualization of dynamic signaling events in live cells has been a challenge. We expanded an established transient expression system, the biomolecular ...

Adipo-Clear: A Tissue Clearing Method for Three-Dimensional Imaging of Adipose Tissue

Adipose tissue plays a central role in energy homeostasis and thermoregulation. It is composed of different types of adipocytes, as well as adipocyte precursors, immune cells, fibroblasts, blood vessels, and nerve projections. Although the molecular control of cell type specification and how these cells interact have been increasingly delineated, a more comprehensive understanding of these adipose-resident cells can be achieved by visualizing their distribution and architecture throughout the whole tissue. Existing immunohistochemistry and immunofluorescence approaches to analyze adipose histology rely on thin paraffin-embedded sections. However, thin sections capture only a small portion of tissue; as a result, the conclusions can be biased by what portion of tissue is analyzed. We have therefore developed an adipose tissue clearing technique, Adipo-Clear, to permit comprehensive three-dimensional visualization of molecular and cellular patterns in whole adipose tissues. Adipo-Clear was adapted from iDISCO/iDISCO+, with specific modifications made to completely remove the lipid stored in the tissue while preserving native tissue morphology. In combination with light-sheet fluorescence microscopy, we demonstrate here the use of the Adipo-Clear method to obtain high-resolution volumetric images&#160;of an entire adipose tissue.

Due to the high lipid content, adipose tissue has been challenging to visualize using traditional histological methods. Adipo-Clear is a tissue clearing technique that allows robust labeling and high-resolution volumetric fluorescent imaging of adipose tissue. Here, we describe the methods for sample preparation, pretreatment, staining, clearing, and mounting for imaging.

أديبو--واضحة: منديل مسح طريقة لتصوير ثلاثي الأبعاد للأنسجة الدهنية

Adipose tissue plays a central role in energy homeostasis and thermoregulation. It is composed of different types of adipocytes, as well as adipocyte ...

Pupal and Adult Injections for RNAi and CRISPR Gene Editing in Nasonia vitripennis

The jewel wasp, Nasonia vitripennis, has become an efficient model system to study epigenetics of haplo-diploid sex determination, B-chromosome biology, host-symbiont interactions, speciation, and venom synthesis. Despite the availability of several molecular tools, including CRISPR/Cas9, functional genetic studies are still limited in this organism. The major limitation of applying CRISPR/Cas9 technology in N. vitripennis stems from the challenges of embryonic microinjections. Injections of embryos are particularly difficult in this organism and in general in many parasitoid wasps, due to small embryo size and the requirement of a host pupa for embryonic development. To address these challenges, Cas9 ribonucleoprotein complex delivery into female&#160;ovaries by adult injection, rather than embryonic microinjection, was optimized, resulting in both somatic and heritable germline edits. The injection procedures were optimized in pupae and female wasps using either ReMOT Control (Receptor-Mediated Ovary Transduction of Cargo) or BAPC (Branched Amphiphilic Peptide Capsules). These methods are shown to be effective alternatives to embryo injection, enabling site-specific and heritable germline mutations.

Pupal and Adult Injections for RNAi and CRISPR Gene Editing in Nasonia vitripennis

Here, we describe methods for efficient pupal and adult injections in Nasonia vitripennis as accessible alternatives to embryo microinjection, enabling functional analysis of genes of interest using either RNA-silencing via RNA interference (RNAi) or gene knockout via CRISPR/Cas9 genome editing.

حقن الجرو والكبار لRNAi و CRISPR تحرير الجينات في Nasonia vitripennis

The jewel wasp, Nasonia vitripennis, has become an efficient model system to study epigenetics of haplo-diploid sex determination, B-chromosome biology, ...

Sample Preparation for Metabolic Profiling using MALDI Mass Spectrometry Imaging

Metabolomics, the study to identify and quantify small molecules and metabolites present in an experimental sample, has emerged as an important tool to investigate the biological activities during development and diseases. Metabolomics approaches&#160;are widely employed in the study of cancer, nutrition/diet, diabetes, and other physiological and pathological conditions involving metabolic processes. An advantageous tool that aids in metabolomic profiling advocated in this paper is matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry imaging (MALDI MSI). Its ability to detect metabolites in situ without labeling, structural modifications, or other specialized reagents, such as those used in immunostaining, makes MALDI MSI a unique tool in advancing methodologies relevant in the field of metabolomics. An appropriate sample preparation process is critical to yield optimal results and will be the focus of this paper.

The goal of this protocol is to provide detailed guidance on the sample preparation when planning for experiments using MALDI MSI to maximize metabolic and molecular detection in biological samples.

إعداد عينة للتنميط الأيضي باستخدام التصوير الطيفي الشامل MALDI

Metabolomics, the study to identify and quantify small molecules and metabolites present in an experimental sample, has emerged as an important tool to ...

A Step-by-Step Guide to Mosquito Electroantennography

Female mosquitoes are the deadliest animals on earth, claiming the lives of more than 1 million people every year due to pathogens they transmit when acquiring a blood-meal. To locate a host to feed on, mosquitoes rely on a wide range of sensory cues, including visual, mechanical, thermal, and olfactory. The study details a technique, electroantennography (EAG), that allows researchers to assess whether the mosquitoes can detect individual chemicals and blends of chemicals in a concentration-dependent manner. When coupled with gas-chromatography (GC-EAG), this technique allows to expose the antennae to a full headspace/complex mixture and determines which chemicals present in the sample of interest, the mosquito can detect. This is applicable to host body odors as well as plant floral bouquets or other ecologically relevant odors (e.g., oviposition sites odorants). Here, we described a protocol that permits long durations of preparation responsiveness time and is applicable to both female and male mosquitoes from multiple genera, including Aedes, Culex, Anopheles, and Toxorhynchites mosquitoes. As olfaction plays a major part in mosquito-host interactions and mosquito biology in general, EAGs and GC-EAG can reveal compounds of interest for the development of new disease vector control strategies (e.g., baits). Complemented with behavioral assays, the valence (e.g., attractant, repellent) of each chemical can be determined.

The present article details a step-by-step protocol for successful and low noise electroantennograms in several genera of mosquitoes, including both females and males.

دليل خطوة بخطوة لتخطيط كهربية البعوض

Female mosquitoes are the deadliest animals on earth, claiming the lives of more than 1 million people every year due to pathogens they transmit when ...

عزل شبه آلي للأنسجة الدهنية البيضاء للفأر

Semi-Automated Isolation of the Stromal Vascular Fraction from Murine White Adipose Tissue Using a Tissue Dissociator

The in vitro study of white, brown, and beige adipocyte differentiation enables the investigation of cell-autonomous functions of adipocytes and their mechanisms. Immortalized white preadipocyte cell lines are publicly available and widely used. However, the emergence of beige adipocytes in white adipose tissue in response to external cues is difficult to recapitulate to the full extent using publicly available white adipocyte cell lines. Isolation of the stromal vascular fraction (SVF) from murine adipose tissue is commonly executed to obtain primary preadipocytes and perform adipocyte differentiation. However, mincing and collagenase digestion of adipose tissue by hand can result in experimental variation and is prone to contamination. Here, we present a modified semi-automated protocol that utilizes a tissue dissociator for collagenase digestion to achieve easier isolation of the SVF, with the aim of reducing experimental variation, reducing contamination, and increasing reproducibility. The obtained preadipocytes and differentiated adipocytes can be used for functional and mechanistic analyses.

تسليط الضوء على المؤلف: عزل شبه آلي لجزء الأوعية الدموية اللحمية من الأنسجة الدهنية البيضاء الفئران باستخدام مفكك الأنسجة  

This protocol describes the semi-automated isolation of the stromal vascular fraction (SVF) from murine adipose tissue to obtain preadipocytes and achieve adipocyte differentiation in vitro. Using a tissue dissociator for collagenase digestion reduces experimental variation and increases reproducibility.

عزل شبه آلي للجزء الوعائي اللحمي من الأنسجة الدهنية البيضاء باستخدام مفكك الأنسجة

The in vitro study of white, brown, and beige adipocyte differentiation enables the investigation of cell-autonomous functions of adipocytes and their ...