אנו מתכבדים תודה קבוצה ITS2, Biocenter, אוניברסיטת וורצבורג, על המשוב עשיר ובעל ערך. כמו כן, אנו מודים Forschungsgemeinschaft דויטשה (DFG, מענק Mu-2831/1-1) למימון.

1. ביאור הנכון של רצף ITS2 <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> גישה למסד הנתונים ITS2 תולדות הגזע שולחן העבודה כאן: <a href="http://its2.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de" target="_blank">http://its2.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de</a> </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מתחילים את הניתוח שלך על ידי לחיצה על &quot;הוסף הערות&quot; סמל בסעיף &quot;הגדרות&quot;. לאחר מכן, להקליד או להדביק רצף לתוך עורך את רצף בחלק העליון של האתר. עורך רצף בודק באופן אוטומטי, בין רצפי ITS2 שלך הם חוקיים. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> בחר דגם הממ מתאים רצפים שלך (למשל Viridiplantae לצמחים). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> התחל את התהליך על ידי לחיצה על &quot;הוסף הערות.&quot; </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ידי מרחפת על הסמל &quot;להכליא&quot; אתה יכול לראות תמונה של 5.8S ו 28S rRNA היברידית כאישור של דיוק ביאור של הממ. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לחץ על ירוק בתוספת סימן רצף ITS2 שנוצר כדי לבחור בדרך של חיזוי מבנה משני: כדי לחזות את המבנה ללא templat ידועדואר, לחץ על &quot;לחזות המבנה.&quot; אם ברצונך להשתמש בתבנית משלך עבור מודלים הומולוגיה, לחץ על &quot;מבנה דגם.&quot; </li></ol> 2. חיזוי מבנה שניוני <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לחזות <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> רצף ITS2 המבואר מודבק באופן אוטומטי לתוך עורך את הרצף. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> כדי להתחיל את התחזית מבנה משני עם הגדרות ברירת המחדל, לחץ על &quot;לחזות מבנים&quot; כפתור. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> שמור את רצף ITS2 וכתוצאה מכך לרבות המבנה המשני הדמיית לבריכה הנתונים על ידי לחיצה על סימן ירוק בתוספת ולאחר מכן &quot;הוסף לבריכה.&quot; לחלופין, ניתן להוסיף אותו למאגר הנתונים שלך באמצעות גרירה ושחרור (איור 1). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> אם הרצף לא יכול לקפל ישירות, התוצאות הטובות ביותר של מודלים הומולוגיה מוצגים. שמור את המתאים ביותר רצף המבנה באמצעות גרור ושחרר למאגר הנתונים. לחלופין, שמור את רצף המבנה לתוך הבריכה נתונים בלחיצת כפתור הימני ולאחר מכן לחצו על &quot;הוסף לבריכה.&quot; </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> התאמה אישית דוגמנות <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הקלד או הדבק אחד או מספר רב של תבניות (עם מבנה ידוע) לתוך עורך את רצף העליון. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הקלד או הדבק אחד או מספר היעד רצפים (ללא מבנה) לתוך עורך את רצף נמוכים יותר. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לחץ על &quot;תבנית הטובה ביותר לחזות (ים)&quot; להתחיל דוגמנות הומולוגיה עם הגדרות ברירת המחדל. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הטובים ביותר תבנית היעד שילובים מוצגים ברשימה הנוצרת. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> שמור עיצבו רצף המבנה (ים) על פי בחירתך או באמצעות גרירה ושחרור למאגר הנתונים או על ידי קליק ימין לחצו על &quot;הוסף לבריכה.&quot; </li></ol></li></ol> 3. מוטיב חיפוש <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> להקליד או להדביק רצף השאילתה (ים) לתוך עורך את רצף בחלק העליון של האתר. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> בחר את דגם הממ נכונה (למשל Viridiplantae לצמחים). 3.3. לחץ על &quot;חיפוש מוטיב&quot; כדי להתחיל את התהליך. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ITS2 רצפים עם מוטיבים הן מודגשות illustraטד בחלק התחתון של האתר. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לחץ על הסמל ליד הכותרת ברצף כדי להציג את המוטיבים מודגשים במבנה משני. </li></ol> 4. חיפוש ועיון ב <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> חיפוש <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> סוג או שם taxon או מזהה GenBank (GI) בשדה החיפוש בחלק העליון של האתר. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> חיפוש לפי שם taxon נתמך על ידי תיבת החיפוש מופיעה לייב. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ניתן לבצע חיפוש מרובים באמצעות פסיק, המפריד בין השאילתות שלך. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לחץ על &quot;חיפוש&quot; על מנת לבצע את החיפוש. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> התוצאות מופיעות ברשימה בכרטיסיה חדשה. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לחץ על שם העמודה כדי למיין את התוצאות לפי עמודה מסוימת. אתה יכול גם להוסיף או להסיר עמודות על פי בחירתך עם תפריט העמודה. תפריט עמוד ניתן להזין בלחיצה על סמל החץ המופיע בתוך שם העמודה. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לחץ על &quot;הצג פרטים&quot; כדי להציג את הפרטים של מבנה רצף. &lt;/ Li&gt; <li style=";text-align:right;direction:rtl"> שמור את רצף המבנה (ים) על פי בחירתך או באמצעות גרירה ושחרור למאגר הנתונים או על ידי לחיצה ימינה קליק על &quot;הוספת לבריכה.&quot; </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> כדי לשמור את התוצאות לקובץ חיצוני, לחץ על &quot;שמור בחירה&quot; או &quot;שמור הכל.&quot; </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לדפדף <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> עיון במאגר ITS2 ידי ניווט באמצעות מבנה עץ דמוי בצד שמאל של האתר. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לחץ על סימן פלוס להציג מינים 1 לרמה נמוכה יותר. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לחץ על שם taxon כדי לפתוח כרטיסייה חדשה המכילה כל רצף המבנה של taxon. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לחץ על &quot;הצג פרטים&quot; כדי להציג את הפרטים של זוג רצף המבנה. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> שמור את רצף המבנה (ים) על פי בחירתך או באמצעות גרירה ושחרור למאגר הנתונים או על ידי לחיצה ימינה קליק על &quot;הוספת לבריכה.&quot; </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> כדי לשמור את התוצאות לקובץ חיצוני, לחץ על &quot;שמור בחירה&quot; או &quot;שמור הכל.&quot; </li></ol></li></ol> 5. ITS2 הפיצוץ<ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הקלד או הדבק רצפים בשאילתה אחת או יותר לתוך עורך את הרצף. רצפים שלך יכולים להיות רצפי נוקליאוטידים רגיל או רצף, מבנה בזוגות. ניתן גם להקליד מספר מבנים משניים מתחת רצף אחד. על ידי סימון התיבה &quot;מסדר אלמנטים רצפים XXFASTA&quot; מבנים אלה משמשים לאחר מכן כמו שאילתות בודדים. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> כדי להתחיל תפציץ עם הגדרות ברירת המחדל, לחץ על &quot;פיצוץ&quot;. בהתאם לאופי של השאילתה שלך, או BLASTN משותפת או ITS2 רצף המבנה תפציץ מתבצע. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> כרטיסיית המשנה נפתח עבור כל רצף שאילתה בתוך המופיעים טאב &quot;תוצאות הפיצוץ&quot;, כמו גם סקירה של החיפושים שבוצעו. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לחץ על &quot;יישור הצג&quot; כדי להציג את יישור הפיצוץ מחושבים. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> שמור את המכות הפיצוץ על פי בחירתך או באמצעות גרירה ושחרור למאגר הנתונים או על ידי לחיצה ימינה קליק על &quot;הוספת לבריכה.&quot; </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> כדי לשמור את התוצאות לקובץ חיצוני, לחץ על הבחירה שמור &quot;&quot;או&quot; שמור הכל. &quot; </li></ol> 6. יישור מרובות רצף המבנה <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> תסתכל על הבריכה הנתונים שלך על ידי לחיצה על &quot;ניהול מערך נתונים&quot; ואז סמל זכוכית המגדלת ממש ליד מספר רצפים בבריכה שלך. לחלופין, ניתן ללחוץ על סימן נתונים בריכה בפינה השמאלית התחתונה של האתר. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לחץ על זוג רצף המבנה בבריכה הנתונים כדי להציג את פרטיו. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> כדי ליצור מספר רב של יישור רצף המבנה של כל רצף מבנה זוגות בבריכה, לחץ על &quot;בסיס הנתונים נתח&quot; ואז &quot;רצף &amp; מבנה.&quot; </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> עכשיו אתם מתבקשים לבחור את מצב גרפי של יישור שלך. אם יישור שלך מכיל רק כמה רצפים, לדחות את מצב הדק על ידי לחיצה על &quot;לא&quot; אחרת לבחור את מצב הגרפיקה רזה על ידי לחיצה על &quot;כן.&quot; </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> בעוד כמה רגעים, יישור שלך מוצג בכרטיסיה חדשה (איור 2). יתר על כן, הוא נשמר באופן אוטומטי למאגר הנתונים. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> כדי לשמור אתיישור לקובץ חיצוני, לחץ על &quot;יישור שמור&quot;. </li></ol> 7. עץ פילוגנטי <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> כדי לחשב שכן רצף המבנה מבוסס הצטרפות עץ יישור מרובות, לחץ על &quot;בסיס הנתונים נתח&quot; ואז &quot;שכן ההצטרפות.&quot; </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> עץ וכתוצאה מכך באה לידי ביטוי בכרטיסיה חדשה (איור 3). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> סולם העץ שלך בחופשיות עם פס גלילה &quot;עץ זום&quot;. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> Reroot שלך העץ על ידי לחיצה על הצומת או עלה של עץ ואז &quot;Reroot בצומת זה.&quot; </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> אם אתה רוצה להסיר taxon ממאגר הנתונים שלך, לחץ על עלה ובחר &quot;הסרה של node זה לבריכה.&quot; עכשיו אתה יכול לחשב מחדש יישור שלך עץ עם הדגימה taxon מופחת. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לחץ על &quot;עץ שמור&quot; כדי לשמור עץ פילוגנטי שלך כתוצאה הסופית של הניתוח שלך לקובץ NEWICK חיצוני. </li></ol> 8. תוכנה נוספת <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לחץ על &quot;אתר זה אודות&quot; - &quot;כלי&quot; כדי למצוא נוספת להודיעation על 4SALE כלי עצמאי ו ProfDistS. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לצד יישור ותפקוד שכן ההצטרפות שמספקת ממשק מסד נתונים ITS2 האינטרנט, עכשיו אתה יכול לגשת פונקציות חדשות שונות, למשל תיחום המינים המבוססת על שינויים בסיס פיצוי (CBCs). </li></ol> 9. נציג תוצאות העבודה כמתואר לעיל בהצלחה הוחל במספר סקרים גישה פתוחות 3,4. דוגמאות ניתן לראות דרך הקישורים הבאים: <ul style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> <a href="http://www.plosone.org/article/info%3Adoi/10.1371/journal.pone.0016931" target="_blank">http://www.plosone.org/article/info% 3Adoi% 2F10.1371% 2Fjournal.pone.0016931</a> </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> <a href="http://www.biomedcentral.com/1756-0500/3/320" target="_blank">http://www.biomedcentral.com/1756-0500/3/320</a> </li></ul> אלה מחקרים בקנה מידה גדול, היינו יכולים לפתור את תולדות הגזע של Chlorophyta וכן Hypnales (Bryophyta) Wברזולוציה גבוהה ith. בשני המקרים, הדגימה taxon ממצה נאסף מתוך מסד נתונים ITS2 9, מיושר אוטומטית עם 4SALE 15,16 ומעובד ולבסוף ידי ProfDistS 17 לתוך עץ פילוגנטי. בכל השלבים הללו, רצף ומידע המבנה שימשו בעת ובעונה אחת. תמיכה bootstrap על עמוד השדרה פילוגנטי הושגה באמצעות שכן פרופיל ההצטרפות (PNJ) 19, אשר זמין בגירסה עצמאית של ProfDistS. עבור קבוצה קטנה יותר של רצף, מבנה זוגות, דמויות 1 עד 3 מתארים את השלבים העיקריים של זרימת עבודה זו אוטומטי 5 ישירות על שולחן העבודה ITS2 חדש מסד נתונים: הדגימה taxon, יישור מספר רצף המבנה, ובסופו של דבר את החישוב עץ פילוגנטי. <img src="/files/ftp_upload/3806/3806fig1.jpg" alt="איור 1" /> באיור 1. הדגימה Taxon לכל גרירה ושחרור. בכל רצפים זמן או רצף structur<html> זוגות אלקטרוני ניתן להוסיף למאגר הנתונים, למשל באמצעות גרירה ושחרור. כאן רצף, מבנה נוסף באמצעות גרור ושחרר לאחר חיזוי המבנה המשני. האליפסה הכחולה מסמנת את המקום בו רצף המבנה הוא ירד אל תוך בריכת נתונים. <a href="http://www.jove.com/files/ftp_upload/3806/3806fig1large.jpg" target="_blank">לחץ כאן כדי לצפות בגרסה בגודל מלא של התמונה.</a> <img src="/files/ftp_upload/3806/3806fig2.jpg" alt="איור 2" /> איור 2. יישור מרובות רצף המבנה במצב גרפי מלא. במשך כמה רצפים במאגר הנתונים, מצב גרפי מלא נבחר. בסיסים הם בצבע, זוגות בסיסים יכולים להיות מודגשים עם עיגולים אדומים על ידי לחיצה על בסיס אחד או סוגר צמד הבסיס. <a href="http://www.jove.com/files/ftp_upload/3806/3806fig2large.jpg" target="_blank">לחץ כאן כדי לצפות בגרסה בגודל מלא של התמונה.</a> &quot;Alt =&quot; 3.jpg איור 3 &quot;/&gt; 3. איור רצף המבנה שכן ההצטרפות עץ. עץ מדרגי בחופשיות מחושב של יישור 7 מינים מרובים רצף המבנה ניתן לשמור בפורמט NEWICK.

<ol>
	<li>Keller, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Including+RNA+secondary+structures+improves+accuracy+and+robustness+in+reconstruction+of+phylogenetic+trees.">Including RNA secondary structures improves accuracy and robustness in reconstruction of phylogenetic trees.</a> Biology Direct. 5, 4-4 (2010).</li><li>Schultz, J., Maisel, S., Gerlach, D., M&#252;ller, T., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+common+core+of+secondary+structure+of+the+internal+transcribed+spacer+2+&#40;ITS2&#41;+throughout+the+Eukaryota.">A common core of secondary structure of the internal transcribed spacer 2 &#40;ITS2&#41; throughout the Eukaryota.</a> RNA. 11, 361-364 (2005).</li><li>Buchheim, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Internal+Transcribed+Spacer+2+(nu+ITS2+rRNA)+Sequence-Structure+Phylogenetics:+Towards+an+Automated+Reconstruction+of+the+Green+Algal+Tree+of+Life.">Internal Transcribed Spacer 2 (nu ITS2 rRNA) Sequence-Structure Phylogenetics: Towards an Automated Reconstruction of the Green Algal Tree of Life.</a> PLoS ONE. 6, 16931-16931 (2011).</li><li>Merget, B., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+molecular+phylogeny+of+Hypnales+(Bryophyta)+inferred+from+ITS2+sequence-structure+data.">A molecular phylogeny of Hypnales (Bryophyta) inferred from ITS2 sequence-structure data.</a> BMC Research Notes. 3, (2010).</li><li>Schultz, J., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ITS2+sequence-structure+analysis+in+phylogenetics:+a+how-to+manual+for+molecular+systematics.">ITS2 sequence-structure analysis in phylogenetics: a how-to manual for molecular systematics.</a> Molecular Phylogenetics and Evolution. 52, 520-523 (2009).</li><li>Coleman, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ITS2+is+a+double-edged+tool+for+eukaryote+evolutionary+comparisons.">ITS2 is a double-edged tool for eukaryote evolutionary comparisons.</a> Trends in Genetics. 19, 370-375 (2003).</li><li>Coleman, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+significance+of+a+coincidence+between+evolutionary+landmarks+found+in+mating+affinity+and+a+DNA+sequence.">The significance of a coincidence between evolutionary landmarks found in mating affinity and a DNA sequence.</a> Protist. 151, 1-9 (2000).</li><li>M&#252;ller, T., Philippi, N., Dandekar, T., Schultz, J., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Distinguishing+species.">Distinguishing species.</a> RNA. 13, 1469-1472 (2007).</li><li>Koetschan, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+ITS2+Database+III-sequences+and+structures+for+phylogeny.">The ITS2 Database III-sequences and structures for phylogeny.</a> Nucleic Acids Research. 38, 275-279 (2010).</li><li>Keller, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=5.8+S-28S+rRNA+interaction+and+HMM-based+ITS2+annotation.">5.8 S-28S rRNA interaction and HMM-based ITS2 annotation.</a> Gene. 430, 50-57 (2009).</li><li>Benson, D., Karsch-Mizrachi, I., Lipman, D., Ostell, J., Sayers, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=GenBank.">GenBank.</a> Nucleic Acids Research. 39, 32-37 (2011).</li><li>Markham, N., Zuker, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Software+for+nucleic+acid+folding+and+hybridization.">Software for nucleic acid folding and hybridization.</a> Methods in Molecular Biology. , 453-453 (2008).</li><li>Wolf, M., Achtziger, M., Schultz, J., Dandekar, T., M&#252;ller, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Homology+modeling+revealed+more+than+20,000+rRNA+internal+transcribed+spacer+2+(ITS2)+secondary+structures.">Homology modeling revealed more than 20,000 rRNA internal transcribed spacer 2 (ITS2) secondary structures.</a> RNA. 11, 1616-1623 (2005).</li><li>Altschul, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gapped+BLAST+and+PSI-BLAST:+a+new+generation+of+protein+database+search+programs.">Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs.</a> Nucleic Acids Research. 25, 3389-3402 (1997).</li><li>Seibel, P., M&#252;ller, T., Dandekar, T., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Synchronous+visual+analysis+and+editing+of+RNA+sequence+and+secondary+structure+alignments+using+4+SALE.">Synchronous visual analysis and editing of RNA sequence and secondary structure alignments using 4 SALE.</a> BMC Research Notes. 1, (2008).</li><li>Seibel, P., M&#252;ller, T., Dandekar, T., Schultz, J., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=4+SALE+-+A+tool+for+synchronous+RNA+sequence+and+secondary+structure+alignment+and+editing.">4 SALE - A tool for synchronous RNA sequence and secondary structure alignment and editing.</a> BMC Bioinformatics. 7, (2006).</li><li>Wolf, M., Ruderisch, B., Dandekar, T., Schultz, J., M&#252;ller, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ProfDistS:(profile-)+distance+based+phylogeny+on+sequence-structure+alignments.">ProfDistS:(profile-) distance based phylogeny on sequence-structure alignments.</a> Bioinformatics. 24, 2401-2402 (2008).</li><li>Saitou, N., Nei, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+neighbor-joining+method:+a+new+method+for+reconstructing+phylogenetic+trees.">The neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees.</a> Molecular Biology and Evolution. 4, 406-425 (1987).</li><li>M&#252;ller, T., Rahmann, S., Dandekar, T., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Accurate+and+robust+phylogeny+estimation+based+on+profile+distances:+a+study+of+the+Chlorophyceae+(Chlorophyta.">Accurate and robust phylogeny estimation based on profile distances: a study of the Chlorophyceae (Chlorophyta.</a> BMC Evolutionary Biology. 4, (2004).</li><li>Ludwig, W. o. l. f. g. a. n. g. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ARB:+a+software+environment+for+sequence+data.">ARB: a software environment for sequence data.</a> Nucleic Acids Research. 32, 1363-1371 (2004).</li><li>Néron, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mobyle:+a+new+full+web+bioinformatics+framework.">Mobyle: a new full web bioinformatics framework.</a> Bioinformatics. 25, 3005-3011 (2009).</li><li>Camin, J. H., Sokal, R. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+method+for+deducing+branching+sequences+in+phylogeny.">A method for deducing branching sequences in phylogeny.</a> Evolution. 19, 311-326 (1965).</li><li>Felsenstein, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evolutionary+trees+from+DNA+sequences:+a+maximum+likelihood+approach.">Evolutionary trees from DNA sequences: a maximum likelihood approach.</a> Journal of Molecular Evolution. 17, 368-376 (1981).</li></ol>

אין ניגוד עניינים הצהיר.

מאגר ITS2 הוא שולחן העבודה שלם ומתפקד באופן מלא עבור פנימיים תמלילי 2 נוספות Spacer רצף המבנה מבוסס phylogenetics. באתר ניתן להפעלה מאוד מהירה ואינטואיטיבית. בעוד אחרים מבוססי אינטרנט כמו שולחנות עבודה תולדות הגזע ARB 20 או 21 Mobyle הם רק מסוגלים לעבוד על רצף ו / או מבנה מידע קונצנזוס, מסד נתונים ITS2 9 רואה רצפים ומבנים משניים בודדים עבור כל taxon בו זמנית. עם זאת, בשל מגבלות ביכולת החישוב של שרת האינטרנט, מומלץ מאוד להשתמש עצמאיים כלים יישור שכן מספר רב של הצטרפות 18 החישוב, 4SALE 15,16 ו ProfDistS 17, בהתאמה, על מערכי נתונים גדולים. לצד העבודה הבסיסית רצף המבנה ITS2 תולדות הגזע 5, כלים אלה כוללים פונקציות נוספות אחדות, כמו חישוב bootstrap משכפל, שכן פרופיל ההצטרפות (PNJ) 19 או גזעתיחום זה מבוסס על שינויים בסיס פיצוי (CBCs) 8. ניתן לגשת דרך &quot;אודות האתר&quot; - בסעיף &quot;הגדרות&quot; להורדה ומידע מפורט. כדי להשתמש 4SALE ו ProfDistS, יש צורך תמיד להביא את הקבצים לפורמט המתאים. Taxon הדגימה להיות מעובד על ידי 4SALE חייב להיות סוף. Fasta או. Txt, בעוד יישור רצף המבנה כקלט עבור ProfDistS חייב להסתיים. Xfasta. כרגע אנחנו ביישום שיטות חלופיות לשיקום עץ פילוגנטי באתר ITS2 כמו גם את הכלים בנושא. לכן, שיטות כמו החסכנות רצף מבנה המבוסס על מקסימום 22 ו / או סבירות מקסימום 23 יהיה נגיש בעתיד.

<html><table border="1" style=";text-align:right;direction:rtl"><tbody><tr><td> שם מגיב </td><td> חברה </td><td> תגובות </td></tr><tr><td> גישה לאינטרנט </td><td></td><td> רצוי במהירות גבוהה </td></tr><tr><td> ITS2 מסד נתונים 9 </td><td> המחלקה לביואינפורמטיקה באוניברסיטת וורצבורג </td><td> אתר אינטרנט: <a href="http://its2.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de" target="_blank">http://its2.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de</a> </td></tr><tr><td> תוכנה: 4SALE 15,16 </td><td> המחלקה לביואינפורמטיקה באוניברסיטת וורצבורג </td><td> הורדה: <a href="http://4sale.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de/" target="_blank">http://4sale.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de/</a> </td></tr><tr><td> תוכנה: ProfDistS 17 </td><td> המחלקה לביואינפורמטיקה באוניברסיטת וורצבורג </td><td> להורדה:Ni-wuerzburg.de / &quot;target =&quot; _blank &quot;&gt; http://profdist.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de/ </td></tr></tbody></table>

the its2 database

Spacer עיבד פנימי 2 (ITS2) שימש כסמן פילוגנטי במשך יותר משני עשורים. כמו ITS2 המחקר התמקד בעיקר רצף ITS2 משתנה מאוד, זה מוגבל זה סמן ברמה נמוכה phylogenetics בלבד. עם זאת, שילוב של רצף ITS2 ומבנה שמור ביותר שלה משני משפרת את הרזולוציה פילוגנטי 1 ומאפשרת מסקנה פילוגנטי על הדרגות טקסונומיות מרובות, כולל תיחום מינים 2-8. מאגר ITS2 9 מציג מערך נתונים מקיף של פנימיות 2 רצפים תמלילי הודעות Spacer מ צמח השדה GenBank 11 reannotated במדויק 10. בעקבות ביאור ידי מודלים פרופיל מוסתרים מרקוב (HMMs), המבנה המשני של כל רצף הוא ניבא. ראשית, נבחן האם אנרגיה מינימלית המבוססת פי 12 (פי ישירה) תוצאות הקונפורמציה, נכון סליל 4. אם זה לא המקרה, המבנה הואניבא על ידי מודלים הומולוגיה 13. בדוגמנות הומולוגיה, מבנה משני ידוע כבר מועבר רצף אחר ITS2, מבנה משני, אשר לא היה מסוגל להתקפל כראוי פי ישירה. מאגר ITS2 הוא לא רק מסד נתונים לאחסון ואחזור של ITS2 רצף מבנים. הוא גם מספק מספר כלים לעיבוד ITS2 משלך רצפים, כולל חיזוי, ביאור מבנית, זיהוי מוטיב ו 14 תפציץ חיפוש מידע על רצף המבנה גם יחד. יתר על כן, משלב גרסאות גזומים של 4SALE 15,16 ו 17 ProfDistS לצורך חישוב רצף מבנה רב יישור שכן ההצטרפות 18 שחזור עץ. יחד הם יוצרים צינור ניתוח קוהרנטי מתוך סדרה ראשונית של רצפים על תולדות הגזע מבוסס על רצף ומבנה משני. בקיצור, זה מפשט את שולחן העבודה ניתוח פילוגנטי הראשונים בלבדכמה לחיצות עכבר, בעוד בנוסף מתן כלים ונתונים עבור בקנה מידה גדול ניתוחים מקיפים.

Watch this Scientific Journal Video about The ITS2 Database at JoVE.com

The ITS2 Database

מאגר ITS2 הוא שולחן העבודה של רצף היקש פילוגנטי בו זמנית בהתחשב ומבנה משני spacer עיבד פנימית 2. זה כולל איסוף נתונים עם ביאור מדויק, חיזוי מבנה, יישור מרובות ברצף, מבנה עץ חישוב מהיר. בקיצור, זה מפשט את שולחן העבודה ניתוח פילוגנטי הראשונים כמה קליקים.

מאגר ITS2

The internal transcribed spacer 2 (ITS2) has been used as a phylogenetic marker for more than two decades.  As ITS2 research mainly focused on the very ...

Research

JoVE Journal

Biology

30.2K Views.  University of Würzburg. מאגר ITS2 הוא שולחן העבודה של רצף היקש פילוגנטי בו זמנית בהתחשב ומבנה משני spacer עיבד פנימית 2. זה כולל איסוף נתונים עם ביאור מדויק, חיזוי מבנה, יישור מרובות ברצף, מבנה עץ חישוב מהיר. בקיצור, זה מפשט את שולחן העבודה ניתוח פילוגנטי הראשונים כמה קליקים.

Video: The ITS2 Database

Detection of Nitric Oxide and Superoxide Radical Anion by Electron Paramagnetic Resonance Spectroscopy from Cells using Spin Traps

Reactive nitrogen/oxygen species (ROS/RNS) at low concentrations play an important role in regulating cell function, signaling, and immune response but in unregulated concentrations are detrimental to cell viability1, 2. While living systems have evolved with endogenous and dietary antioxidant defense mechanisms to regulate ROS generation, ROS are produced continuously as natural by-products of normal metabolism of oxygen and can cause oxidative damage to biomolecules resulting in loss of protein function, DNA cleavage, or lipid peroxidation3, and ultimately to oxidative stress leading to cell injury or death4. 
Superoxide radical anion (O2&bull;-) is the major precursor of some of the most highly oxidizing species known to exist in biological systems such as peroxynitrite and hydroxyl radical. The generation of O2&bull;- signals the first sign of oxidative burst, and therefore, its detection and/or sequestration in biological systems is important. In this demonstration, O2&bull;- was generated from polymorphonuclear neutrophils (PMNs). Through chemotactic stimulation with phorbol-12-myristate-13-acetate (PMA), PMN generates O2&bull;- via activation of nicotinamide adenine dinucleotide phosphate (NADPH) oxidase5. 
Nitric oxide (NO) synthase which comes in three isoforms, as inducible-, neuronal- and endothelial-NOS, or iNOS, nNOS or eNOS, respectively, catalyzes the conversion of L- arginine to L-citrulline, using NADPH to produce NO6. Here, we generated NO from endothelial cells. Under oxidative stress conditions, eNOS for example can switch from producing NO to O2&bull;- in a process called uncoupling, which is believed to be caused by oxidation of heme7 or the co-factor, tetrahydrobiopterin (BH4)8.
There are only few reliable methods for the detection of free radicals in biological systems but are limited by specificity and sensitivity. Spin trapping is commonly used for the identification of free radicals and involves the addition reaction of a radical to a spin trap forming a persistent spin adduct which can be detected by electron paramagnetic resonance (EPR) spectroscopy. The various radical adducts exhibit distinctive spectrum which can be used to identify the radicals being generated and can provide a wealth of information about the nature and kinetics of radical production9.
The cyclic nitrones, 5,5-dimethyl-pyrroline-N-oxide, DMPO10, the phosphoryl-substituted DEPMPO11, and the ester-substituted, EMPO12 and BMPO13, have been widely employed as spin traps--the latter spin traps exhibiting longer half-lives for O2&bull;- adduct. Iron (II)-N-methyl-D-glucamine dithiocarbamate, Fe(MGD)2 is commonly used to trap NO due to high rate of adduct formation and the high stability of the spin adduct14.

Electron paramagnetic resonance (EPR) spectroscopy was employed to detect nitric oxide from bovine aortic endothelial cells and superoxide radical anion from human neutrophils using iron (II)-N-methyl-D-glucamine dithiocarbamate, Fe(MGD)2 and 5,5-dimethyl-1-pyroroline-N-oxide, DMPO, respectively.

זיהוי של תחמוצת החנקן אניון קיצוני superoxide ידי ספקטרוסקופיה פאראמגנטיים אלקטרונים תהודה בין תאים באמצעות מלכודות ספין

Reactive nitrogen/oxygen species (ROS/RNS) at low concentrations play an important role in regulating cell function, signaling, and immune response but in ...

Isolation of Neonatal Extrahepatic Cholangiocytes

The intra and extrahepatic bile ducts of the liver are developmentally distinct, and may be differentially affected by certain diseases. However, differences between intra and extrahepatic cholangiocytes, and between neonatal and adult cells, are not well understood.
Methods for the isolation of cholangiocytes from intrahepatic bile ducts are well established1-4. Isolation of extrahepatic ductal cells, especially from the neonate, has not yet been described, although this would be of great benefit in understanding the differences between distinct cholangiocyte populations and in studying diseases such as biliary atresia that appear to target the extrahepatic ducts. Described here is an optimized technique to isolate both neonatal and adult mouse extrahepatic bile duct cells. This technique yields a pure cell population with minimal contamination from mesenchymal cells like fibroblasts.
This method is based on the removal of the extrahepatic ducts and gallbladder, followed by meticulous dissection and scraping to remove fat and fibroblast layers. Structures are embedded in thick layers of collagen and cultured for approximately 3 weeks to allow outgrowth of cholangiocytes in monolayers, which can then be trypsinized and re plated for experimental use.

A technique to isolate cholangiocytes from the extrahepatic bile ducts of neonatal mice is described. The ducts are meticulously dissected, and then cells are isolated by outgrowth in thick collagen gels. This method provides a useful tool for studying extrahepatic bile duct development and pathology.

בידוד של ילודים extrahepatic Cholangiocytes

The intra and extrahepatic bile ducts of the liver are developmentally distinct, and may be differentially affected by certain diseases. However, ...

Isolation of Murine Valve Endothelial Cells

Normal valve structures consist of stratified layers of specialized extracellular matrix (ECM) interspersed with valve interstitial cells (VICs) and surrounded by a monolayer of valve endothelial cells (VECs). VECs play essential roles in establishing the valve structures during embryonic development, and are important for maintaining life-long valve integrity and function. In contrast to a continuous endothelium over the surface of healthy valve leaflets, VEC disruption is commonly observed in malfunctioning valves and is associated with pathological processes that promote valve disease and dysfunction. Despite the clinical relevance, focused studies determining the contribution of VECs to development and disease processes are limited. The isolation of VECs from animal models would allow for cell-specific experimentation. VECs have been isolated from large animal adult models but due to their small population size, fragileness, and lack of specific markers, no reports of VEC isolations in embryos or adult small animal models have been reported. Here we describe a novel method that allows for the direct isolation of VECs from mice at embryonic and adult stages. Utilizing the Tie2-GFP reporter model that labels all endothelial cells with Green Fluorescent Protein (GFP), we have been successful in isolating GFP-positive (and negative) cells from the semilunar and atrioventricular valve regions using fluorescence activated cell sorting (FACS). Isolated GFP-positive VECs are enriched for endothelial markers, including CD31 and von Willebrand Factor (vWF), and retain endothelial cell expression when cultured; while, GFP-negative cells exhibit molecular profiles and cell shapes consistent with VIC phenotypes. The ability to isolate embryonic and adult murine VECs allows for previously unattainable molecular and functional studies to be carried out on a specific valve cell population, which will greatly improve our understanding of valve development and disease mechanisms.

The ability to isolate heart valve endothelial cells (VECs) is critical for understanding mechanisms of valve development, maintenance, and disease. Here we describe the isolation of VECs from embryonic and adult Tie2-GFP mice using FACS that will allow for studies determining the contribution of VECs in developmental and disease processes.

בידוד של תאי Murine Valve האנדותל

Normal valve structures consist of stratified layers of specialized extracellular matrix (ECM) interspersed with valve interstitial cells (VICs) and ...

Use of MALDI-TOF Mass Spectrometry and a Custom Database to Characterize Bacteria Indigenous to a Unique Cave Environment (Kartchner Caverns, AZ, USA)

MALDI-TOF mass spectrometry has been shown to be a rapid and reliable tool for identification of bacteria at the genus and species, and in some cases, strain levels. Commercially available and open source software tools have been developed to facilitate identification; however, no universal/standardized data analysis pipeline has been described in the literature. Here, we provide a comprehensive and detailed demonstration of bacterial identification procedures using a MALDI-TOF mass spectrometer. Mass spectra were collected from 15 diverse bacteria isolated from Kartchner Caverns, AZ, USA, and identified by 16S rDNA sequencing. Databases were constructed in BioNumerics 7.1. Follow-up analyses of mass spectra were performed, including cluster analyses, peak matching, and statistical analyses. Identification was performed using blind-coded samples randomly selected from these 15 bacteria. Two identification methods are presented: similarity coefficient-based and biomarker-based methods. Results show that both identification methods can identify the bacteria to the species level.

Use of MALDI-TOF Mass Spectrometry and a Custom Database to Characterize Bacteria Indigenous to a Unique Cave Environment Kartchner Caverns, AZ, USA

This work details procedures for rapid identification of bacteria using MALDI-TOF MS. The identification procedures include spectrum acquisition, database construction, and follow up analyses. Two identification methods, similarity coefficient-based and biomarker-based methods, are presented.

השימוש בMALDI-TOF המוני ספקטרומטריית ומסד נתונים מותאמים אישית לאפיון חיידקים ילידים למערת סביבה ייחודית (Kartchner מערות, AZ, ארה&quot;ב)

MALDI-TOF mass spectrometry has been shown to be a rapid and reliable tool for identification of bacteria at the genus and species, and in some cases, ...

Imaging Spatial Reorganization of a MAPK Signaling Pathway Using the Tobacco Transient Expression System

Visualization of dynamic signaling events in live cells has been a challenge. We expanded an established transient expression system, the biomolecular fluorescent complementation (BiFC) assay in tobacco epidermal cells, from testing protein-protein interaction to monitoring spatial distribution of signal transduction in plant cells. In this protocol, we used the BiFC assay to show that the interaction and the signaling between the Arabidopsis MAPKKK YODA and MAPK6 occur at the plasma membrane. When the scaffold protein BASL was co-expressed, the YODA-MAPK interaction redistributed and spatially co-polarized with CFP-BASL. This modified tobacco expression system allows for quick examination of signaling localization and dynamic changes (less than 4 days) and can accommodate multiple of fluorescent protein colors (at least three). We also presented detailed methods to quantify protein distribution (asymmetric spatial localization, or &#34;polarization&#34;) in tobacco cells. This advanced tobacco expression system has a potential to be used widely for quick testing of dynamic signaling events in live plant cells.

At the subcellular level, signaling events are dynamically modulated by developmental and environmental cues. Here we describe a protocol that employs the tobacco transient expression system to monitor dynamic protein-protein interaction and to disclose spatial organization of signal transduction in plant cells.

הדמית ארגון מחדש מרחבית של מסלול איתות MAPK שימוש במערכת הביטוי החולפת הטבק

Visualization of dynamic signaling events in live cells has been a challenge. We expanded an established transient expression system, the biomolecular ...

Adipo-Clear: A Tissue Clearing Method for Three-Dimensional Imaging of Adipose Tissue

Adipose tissue plays a central role in energy homeostasis and thermoregulation. It is composed of different types of adipocytes, as well as adipocyte precursors, immune cells, fibroblasts, blood vessels, and nerve projections. Although the molecular control of cell type specification and how these cells interact have been increasingly delineated, a more comprehensive understanding of these adipose-resident cells can be achieved by visualizing their distribution and architecture throughout the whole tissue. Existing immunohistochemistry and immunofluorescence approaches to analyze adipose histology rely on thin paraffin-embedded sections. However, thin sections capture only a small portion of tissue; as a result, the conclusions can be biased by what portion of tissue is analyzed. We have therefore developed an adipose tissue clearing technique, Adipo-Clear, to permit comprehensive three-dimensional visualization of molecular and cellular patterns in whole adipose tissues. Adipo-Clear was adapted from iDISCO/iDISCO+, with specific modifications made to completely remove the lipid stored in the tissue while preserving native tissue morphology. In combination with light-sheet fluorescence microscopy, we demonstrate here the use of the Adipo-Clear method to obtain high-resolution volumetric images&#160;of an entire adipose tissue.

Due to the high lipid content, adipose tissue has been challenging to visualize using traditional histological methods. Adipo-Clear is a tissue clearing technique that allows robust labeling and high-resolution volumetric fluorescent imaging of adipose tissue. Here, we describe the methods for sample preparation, pretreatment, staining, clearing, and mounting for imaging.

Adipo-ברור: רקמה ניקוי שיטה עבור הדמיה תלת-ממדית של רקמת שומן

Adipose tissue plays a central role in energy homeostasis and thermoregulation. It is composed of different types of adipocytes, as well as adipocyte ...

Pupal and Adult Injections for RNAi and CRISPR Gene Editing in Nasonia vitripennis

The jewel wasp, Nasonia vitripennis, has become an efficient model system to study epigenetics of haplo-diploid sex determination, B-chromosome biology, host-symbiont interactions, speciation, and venom synthesis. Despite the availability of several molecular tools, including CRISPR/Cas9, functional genetic studies are still limited in this organism. The major limitation of applying CRISPR/Cas9 technology in N. vitripennis stems from the challenges of embryonic microinjections. Injections of embryos are particularly difficult in this organism and in general in many parasitoid wasps, due to small embryo size and the requirement of a host pupa for embryonic development. To address these challenges, Cas9 ribonucleoprotein complex delivery into female&#160;ovaries by adult injection, rather than embryonic microinjection, was optimized, resulting in both somatic and heritable germline edits. The injection procedures were optimized in pupae and female wasps using either ReMOT Control (Receptor-Mediated Ovary Transduction of Cargo) or BAPC (Branched Amphiphilic Peptide Capsules). These methods are shown to be effective alternatives to embryo injection, enabling site-specific and heritable germline mutations.

Pupal and Adult Injections for RNAi and CRISPR Gene Editing in Nasonia vitripennis

Here, we describe methods for efficient pupal and adult injections in Nasonia vitripennis as accessible alternatives to embryo microinjection, enabling functional analysis of genes of interest using either RNA-silencing via RNA interference (RNAi) or gene knockout via CRISPR/Cas9 genome editing.

זריקות פואפאל ומבוגרים לעריכת גנים RNAi ו- CRISPR בנסוניה ויטריפניס

The jewel wasp, Nasonia vitripennis, has become an efficient model system to study epigenetics of haplo-diploid sex determination, B-chromosome biology, ...

Sample Preparation for Metabolic Profiling using MALDI Mass Spectrometry Imaging

Metabolomics, the study to identify and quantify small molecules and metabolites present in an experimental sample, has emerged as an important tool to investigate the biological activities during development and diseases. Metabolomics approaches&#160;are widely employed in the study of cancer, nutrition/diet, diabetes, and other physiological and pathological conditions involving metabolic processes. An advantageous tool that aids in metabolomic profiling advocated in this paper is matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry imaging (MALDI MSI). Its ability to detect metabolites in situ without labeling, structural modifications, or other specialized reagents, such as those used in immunostaining, makes MALDI MSI a unique tool in advancing methodologies relevant in the field of metabolomics. An appropriate sample preparation process is critical to yield optimal results and will be the focus of this paper.

The goal of this protocol is to provide detailed guidance on the sample preparation when planning for experiments using MALDI MSI to maximize metabolic and molecular detection in biological samples.

הכנה לדוגמה ליצירת פרופיל מטבולי באמצעות הדמיית ספקטרומטריית מסה MALDI

Metabolomics, the study to identify and quantify small molecules and metabolites present in an experimental sample, has emerged as an important tool to ...

A Step-by-Step Guide to Mosquito Electroantennography

Female mosquitoes are the deadliest animals on earth, claiming the lives of more than 1 million people every year due to pathogens they transmit when acquiring a blood-meal. To locate a host to feed on, mosquitoes rely on a wide range of sensory cues, including visual, mechanical, thermal, and olfactory. The study details a technique, electroantennography (EAG), that allows researchers to assess whether the mosquitoes can detect individual chemicals and blends of chemicals in a concentration-dependent manner. When coupled with gas-chromatography (GC-EAG), this technique allows to expose the antennae to a full headspace/complex mixture and determines which chemicals present in the sample of interest, the mosquito can detect. This is applicable to host body odors as well as plant floral bouquets or other ecologically relevant odors (e.g., oviposition sites odorants). Here, we described a protocol that permits long durations of preparation responsiveness time and is applicable to both female and male mosquitoes from multiple genera, including Aedes, Culex, Anopheles, and Toxorhynchites mosquitoes. As olfaction plays a major part in mosquito-host interactions and mosquito biology in general, EAGs and GC-EAG can reveal compounds of interest for the development of new disease vector control strategies (e.g., baits). Complemented with behavioral assays, the valence (e.g., attractant, repellent) of each chemical can be determined.

The present article details a step-by-step protocol for successful and low noise electroantennograms in several genera of mosquitoes, including both females and males.

מדריך שלב אחר שלב לאלקטרואנטנוגרפיה של יתושים

Female mosquitoes are the deadliest animals on earth, claiming the lives of more than 1 million people every year due to pathogens they transmit when ...

בידוד חצי אוטומטי של רקמת שומן לבנה מורין

Semi-Automated Isolation of the Stromal Vascular Fraction from Murine White Adipose Tissue Using a Tissue Dissociator

The in vitro study of white, brown, and beige adipocyte differentiation enables the investigation of cell-autonomous functions of adipocytes and their mechanisms. Immortalized white preadipocyte cell lines are publicly available and widely used. However, the emergence of beige adipocytes in white adipose tissue in response to external cues is difficult to recapitulate to the full extent using publicly available white adipocyte cell lines. Isolation of the stromal vascular fraction (SVF) from murine adipose tissue is commonly executed to obtain primary preadipocytes and perform adipocyte differentiation. However, mincing and collagenase digestion of adipose tissue by hand can result in experimental variation and is prone to contamination. Here, we present a modified semi-automated protocol that utilizes a tissue dissociator for collagenase digestion to achieve easier isolation of the SVF, with the aim of reducing experimental variation, reducing contamination, and increasing reproducibility. The obtained preadipocytes and differentiated adipocytes can be used for functional and mechanistic analyses.

מחבר זרקור: בידוד חצי אוטומטי של מקטע כלי הדם סטרומה מרקמת שומן לבן מורין באמצעות דיסוציאטור רקמות  

This protocol describes the semi-automated isolation of the stromal vascular fraction (SVF) from murine adipose tissue to obtain preadipocytes and achieve adipocyte differentiation in vitro. Using a tissue dissociator for collagenase digestion reduces experimental variation and increases reproducibility.

בידוד חצי אוטומטי של מקטע כלי הדם הסטרומלי מרקמת השומן הלבנה באמצעות דיסוציאטור רקמות

The in vitro study of white, brown, and beige adipocyte differentiation enables the investigation of cell-autonomous functions of adipocytes and their ...