우리는 진심으로 풍부하고 소중한 의견 ITS2 그룹 Biocenter, 뷔르츠부르크 대학에 감사드립니다. 자금 조달을 위해, 우리는 또한 독일 Forschungsgemeinschaft (교부금 Mu-2831/1-1 DFG)에 감사드립니다.

1. ITS2 시퀀스의 올바른 주석 <ol><li> : 여기 ITS2 데이터베이스 phylogeny의 작업대 액세스 <a href="http://its2.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de" target="_blank">http://its2.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de을</a> </li><li> 섹션의 &#39;주석 달기&#39;아이콘을 클릭하여 분석을 시작 &quot;도구.&quot; 다음 웹 사이트의 상단에있는 시퀀스 편집기로 시퀀스를 입력하거나 붙여 넣습니다. 시퀀스 편집기는 자동으로 ITS2 시퀀스 유효 여부 확인합니다. </li><li> (식물에 대한 예 Viridiplantae)하여 시퀀스에 적합한 HMM 모델을 선택합니다. </li><li> 클릭하여 프로세스를 시작 &quot;주석 달기를.&quot; </li><li> &quot;잡종&quot;아이콘을 유혹하여 당신이 흠 해설의 정확도 확인으로 5.8S와 28S rRNA 하이브리드의 이미지를 볼 수 있습니다. </li><li> 이차 구조 예측의 방법을 선택하는 결과로 ITS2 시퀀스의 녹색 더하기 기호를 클릭하십시오 알려진 templat없이 구조를 예측하는전자는 클릭 &#39;구조를 예측. &quot; 당신 상동 모델링을 위해 자신의 템플릿을 사용하려면, &quot;모델 구조&quot;를 클릭하십시오. </li></ol> 2. 차 구조 예측 <ol><li> 예측 <ol><li> 주석 ITS2 순서가 자동 시퀀스 편집기에 붙여 넣어집니다. </li><li> 기본 설정으로 이차 구조 예측을 시작하려면 &quot;구조 예측 &#39;버튼을 클릭하십시오. </li><li> 녹색 더하기 기호를 클릭하여 데이터 풀로 모델 이차 구조를 포함하여 결과 ITS2 시퀀스를 저장하고 다음 &quot;수영장에 추가.&quot; 또는 드래그 앤 드롭 (그림 1)를 통해 데이터 풀에 추가할 수 있습니다. </li><li> 순서가 직접 접을 수 없었다면, 상동 모델링 최상의 결과가 표시됩니다. 드래그를 통해 시퀀스 구조 가장 적합한을 저장하고 데이터 풀에 놓습니다. 또한 다음 마우스 오른쪽 버튼으로 클릭하고의 클릭으로 데이터 풀에 시퀀스 구조를 저장 &quot;수영장에 추가.&quot; </li></ol></li><li> 사용자 모델링 <ol><li> 입력하거나 붙여넣으 하나 또는 여러 개의 템플릿 (알려진 구조) 위쪽 시퀀스 편집기로. </li><li> 입력하거나 붙여넣으 하나 또는 여러 대상 시퀀스 (구조없이) 낮은 시퀀스 편집기로. </li><li> 기본 설정으로 상동 모델링을 시작하려면 &quot;최고의 서식 파일 (들) 예측 &#39;을 클릭하십시오. </li><li> 최고의 템플릿 - 대상 조합은 결과 목록에 표시됩니다. </li><li> 드래그하고 데이터 풀에 드롭을 통해 또는 마우스 오른쪽 버튼으로 클릭하고 발생한 클릭에 의한 중 원하는 순서 구조 (들) 모델로 저장 &quot;수영장에 추가.&quot; </li></ol></li></ol> 3. 모티프 검색 <ol><li> 홈페이지 상단의 시퀀스 편집기에 쿼리 순서 (들)을 입력하거나 붙여 넣습니다. </li><li> 올바른 HMM 모델 (식물에 대한 예 Viridiplantae)를 선택합니다. 3.3. 프로세스를 시작하려면 &quot;Motif로 검색&quot;을 클릭합니다. </li><li> 강조 모티프로 ITS2 시퀀스는 illustra 있습니다사이트 하단의 테드. </li><li> 이차 구조에 강조 모티브를 표시할 순서 머리글 옆에있는 아이콘을 클릭합니다. </li></ol> 4. 검색 및 찾아보기 <ol><li> 검색 <ol><li> 타입 taxon 이름이나 홈페이지 상단의 검색 필드에 GenBank 식별자 (GI) 중. </li><li> taxon 이름으로 검색이 나타나지 라이브 검색창에 의해 지원됩니다. </li><li> 당신의 쿼리를 쉼표로 분리하여 여러 검색을 수행할 수 있습니다. </li><li> 검색을 실행하는 &quot;검색&quot;버튼을 클릭하십시오. </li><li> 이 수는 새로운 탭에 나열되어 나타납니다. </li><li> 특정 컬럼에 따라 결과를 정렬하려면 열 이름을 클릭합니다. 당신은 또한 열 메뉴로 원하는 열을 추가하거나 제거할 수 있습니다. 열 메뉴가 열 이름 이내에 나타나는 화살표 아이콘 클릭으로 입력할 수 있습니다. </li><li> 시퀀스 구조에 대한 세부 정보를 보려면 &quot;보기 세부 사항&quot;을 클릭합니다. &lt;/ 리&gt; <li> 드래그하고 데이터 풀에 드롭을 통해 또는 마우스 오른쪽 버튼으로 클릭하고 발생한 클릭에 의한 중 원하는 순서 구조 (들)을 저장 &quot;수영장에 추가.&quot; </li><li> 외부 파일에 결과를 저장하려면, &quot;선택 저장&quot;을 클릭하거나 &#39;모두 저장&#39;을 클릭합니다. </li></ol></li><li> 찾아보기 <ol><li> 웹사이트의 왼쪽에있는 트리 모양의 구조를 탐색하여 ITS2 데이터베이스를 찾습니다. </li><li> 한 수준 낮은 taxa를 보려면 더하기 기호를 클릭합니다. </li><li> taxon 각 시퀀스 구조를 포함하는 새 탭을 엽니다 taxon 이름을 클릭합니다. </li><li> 시퀀스 구조 쌍에 대한 세부 정보를 보려면 &quot;보기 세부 사항&quot;을 클릭합니다. </li><li> 드래그하고 데이터 풀에 드롭을 통해 또는 마우스 오른쪽 버튼으로 클릭하고 발생한 클릭에 의한 중 원하는 순서 구조 (들)을 저장 &quot;수영장에 추가.&quot; </li><li> 외부 파일에 결과를 저장하려면, &quot;선택 저장&quot;을 클릭하거나 &#39;모두 저장&#39;을 클릭합니다. </li></ol></li></ol> 5. ITS2 생각나는<ol><li> 입력하거나 시퀀스 편집기에 하나 또는 여러 개의 쿼리 시퀀스를 붙여 넣습니다. 당신의 시퀀스도 일반 염기 서열 또는 서열 구조 쌍있을 수 있습니다. 당신도 하나의 시퀀스 아래 여러 이차 구조를 입력할 수 있습니다. 확인란을 선택하여 이러한 구조가 이후에 각각의 쿼리로 사용되는 &quot;XXFASTA 시퀀스를 직렬화&quot;. </li><li> 기본 설정으로 폭발을 시작하려면 클릭하십시오 &quot;이었소.&quot; 일반 BLASTN 또는 ITS2 시퀀스 구조 분사하거나, 쿼리의 성격에 따라 수행됩니다. </li><li> 하위 탭이뿐 실행된 검색에 대한 개요로서 &quot;폭발 결과&quot;에 게재 탭 내의 각 쿼리 순서에 대해 열립니다. </li><li> 계산 폭발 정렬을 보려면 &quot;보기 정렬 &#39;을 클릭하십시오. </li><li> 드래그하고 데이터 풀에 드롭을 통해 또는 마우스 오른쪽 버튼으로 클릭하고 발생한 클릭에 의한 중 원하는 폭발 조회수 저장​​ &quot;수영장에 추가.&quot; </li><li> 외부 파일에 결과를 저장하려면 &quot;저장 선택을 클릭합니다&quot;나&quot;모두 저장합니다. &quot; </li></ol> 6. 다중 시퀀스 구조 정렬 <ol><li> 당신의 수영장에서 시퀀스의 개수에있는 돋보기 기호 바로 다음에 &#39;데이터 세트를 관리 &quot;다음을 클릭하여 데이터 풀 좀 봐. 또는 웹 사이트의 왼쪽 하단에있는 데이터 풀 로그인을 클릭하실 수 있습니다. </li><li> 세부 사항을 보려면 데이터 수영장에서 시퀀스 구조 쌍을 클릭합니다. </li><li> 당신의 수영장의 모든 시퀀스 구조 쌍의 배수 시퀀스 구조 정렬을 만들려면, &quot;순서 및 구조.&quot;다음 &quot;분석 데이터 세트&quot;를 클릭하고 </li><li> 이제는 정렬의 그래픽 모드를 선택하도록 요청합니다. 당신의 정렬은 단지 몇 시퀀스가​​ 포함되어 있으면 &quot;아니오&quot;를 클릭하여 슬림 모드를 거부 그렇지 않으면을 클릭하여 슬림 그래픽 모드를 선택 &quot;예.&quot; </li><li> 잠시 후, 귀하의 정렬이 새 탭 (그림 2)에 표시됩니다. 더욱이, 그것은 자동으로 데이터 풀에 저장됩니다. </li><li> 당신을 저장하려면외부 파일에 대한 정렬을 클릭하십시오 &quot;저장 정렬.&quot; </li></ol> 7. Phylogenetic 트리 <ol><li> 당신의 다중 정렬의 나무를 가입 시퀀스 구조 기반의 이웃을 계산하려면 &quot;분석 데이터 집합&quot;을 클릭 다음 &quot;이웃 가입.&quot; </li><li> 결과 트리는 새 탭 (그림 3)에 설명된됩니다. </li><li> 스크롤 막대와 함께 자유롭게하여 트리를 확장 &quot;줌 트리.&quot; </li><li> Reroot 노드 또는 나무의 잎사귀를 클릭하고 나서하여 트리 &quot;이 노드에서 Reroot.&quot; </li><li> 귀하의 데이터 풀에서 taxon를 제거하려면, 잎을 클릭하고 선택 &quot;수영장에서이 노드를 제거합니다.&quot; 이제 다시 계산이 감소 taxon 샘플링하여 정렬 및 나무 수 있습니다. </li><li> 외부 NEWICK 파일에 분석의 최종 결과로 phylogenetic 트리를 저장하려면 &quot;저장 나무&quot;를 클릭하십시오. </li></ol> 8. 추가 소프트웨어 <ol><li> &quot;소개이 웹 사이트&quot;를 클릭 - 추가 알려 찾기 &#39;도구&#39;독립 실행형 도구 4SALE 및 ProfDistS 대한 ation. </li><li> 정렬 및 ITS2 데이터베이스 웹 인터페이스에서 제공하는 이웃 가입 함수 게다가, 지금 여러 가지 새로운 기능, 보상 기준 변경 (CBCs)에 기초 예 종의 한계에 액세스할 수 있습니다. </li></ol> 9. 대표 결과 위에서 설명한 작업 흐름이 성공적으로 여러 오픈 액세스 조사 3,4에 적용되었습니다. 예제는 다음 링크를 통해 볼 수 있습니다 : <ul><li> <a href="http://www.plosone.org/article/info%3Adoi/10.1371/journal.pone.0016931" target="_blank">http://www.plosone.org/article/info % 3Adoi의 % 2F10.1371 % 2Fjournal.pone.0016931</a> </li><li> <a href="http://www.biomedcentral.com/1756-0500/3/320" target="_blank">http://www.biomedcentral.com/1756-0500/3/320</a> </li></ul> 이러한 대규모 연구에서 우리는 Chlorophyta의 phylogeny뿐만 아니라 Hypnales (Bryophyta) W를 해결할 수 있었다ith 고해상도. 두 경우 모두 철저한 taxon 샘플링이 자동 4SALE 15,16으로 정렬 ITS2 데이터베이스 9에서 수집되었으며, 마지막으로 phylogenetic 트리로 ProfDistS 17 일까지 처리. 이러한 모든 단계에서 순서와 구조 정보는 동시에 사용 하였다. phylogenetic 백본에 대한 부트 스트랩 지원 ProfDistS의 독립 실행형 버전에서 사용할 프로필 이웃 가입 (PNJ) 19를 사용하여 달성되었다. taxon 샘플링, 여러 시퀀스 구조 정렬 결국 phylogenetic 트리 계산 : 시퀀스 구조 쌍의 작은 세트 들어, 그림 1-3는 직접 새로운 ITS2 데이터베이스 작업대에서 이런 자동화된 워크플로우 5의 주요 단계를 설명합니다. <img src="/files/ftp_upload/3806/3806fig1.jpg" alt="그림 1" /> 그림 1. 드래그 앤 드롭 당 Taxon 샘플링. 언제든지 시퀀스 또는 순서 - structur에서<html> 전자 쌍은 드래그 앤 드롭을 통해 예를 들어, 데이터 풀에 추가할 수 있습니다. 다음은 시퀀스 구조는 드래그 및 보조 구조 예측 후 드롭을 사용하여 추가됩니다. 파란 타원은 시퀀스 구조는 데이터 풀에 떨어뜨린되는 영역을 표시한다. <a href="http://www.jove.com/files/ftp_upload/3806/3806fig1large.jpg" target="_blank">이 이미지의 전체 크기 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.</a> <img src="/files/ftp_upload/3806/3806fig2.jpg" alt="그림 2" /> 그림 2. 전체 그래픽 모드에서 다중 시퀀스 구조 정렬. 데이터 수영장에서 몇 시퀀스 들어, 전체 그래픽 모드가 선정되었습니다. 기지는 색, 기본 쌍 하나의 기본 또는 기본 쌍 브래킷을 클릭하여 빨간 동그라미로 강조 표시됩니다. <a href="http://www.jove.com/files/ftp_upload/3806/3806fig2large.jpg" target="_blank">해당 이미지의 전체 크기 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.</a> 3.jpg &quot;고도 =&quot;그림 3 &quot;/&gt; 그림 3. 시퀀스 구조의 이웃 나무가 가입. 일곱 taxa 여러 시퀀스 구조 정렬에 대해 계산 자유롭게 확장 가능한 트리는 NEWICK 형식으로 저장할 수 있습니다.

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	<li>Keller, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Including+RNA+secondary+structures+improves+accuracy+and+robustness+in+reconstruction+of+phylogenetic+trees.">Including RNA secondary structures improves accuracy and robustness in reconstruction of phylogenetic trees.</a> Biology Direct. 5, 4-4 (2010).</li><li>Schultz, J., Maisel, S., Gerlach, D., M&#252;ller, T., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+common+core+of+secondary+structure+of+the+internal+transcribed+spacer+2+&#40;ITS2&#41;+throughout+the+Eukaryota.">A common core of secondary structure of the internal transcribed spacer 2 &#40;ITS2&#41; throughout the Eukaryota.</a> RNA. 11, 361-364 (2005).</li><li>Buchheim, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Internal+Transcribed+Spacer+2+(nu+ITS2+rRNA)+Sequence-Structure+Phylogenetics:+Towards+an+Automated+Reconstruction+of+the+Green+Algal+Tree+of+Life.">Internal Transcribed Spacer 2 (nu ITS2 rRNA) Sequence-Structure Phylogenetics: Towards an Automated Reconstruction of the Green Algal Tree of Life.</a> PLoS ONE. 6, 16931-16931 (2011).</li><li>Merget, B., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+molecular+phylogeny+of+Hypnales+(Bryophyta)+inferred+from+ITS2+sequence-structure+data.">A molecular phylogeny of Hypnales (Bryophyta) inferred from ITS2 sequence-structure data.</a> BMC Research Notes. 3, (2010).</li><li>Schultz, J., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ITS2+sequence-structure+analysis+in+phylogenetics:+a+how-to+manual+for+molecular+systematics.">ITS2 sequence-structure analysis in phylogenetics: a how-to manual for molecular systematics.</a> Molecular Phylogenetics and Evolution. 52, 520-523 (2009).</li><li>Coleman, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ITS2+is+a+double-edged+tool+for+eukaryote+evolutionary+comparisons.">ITS2 is a double-edged tool for eukaryote evolutionary comparisons.</a> Trends in Genetics. 19, 370-375 (2003).</li><li>Coleman, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+significance+of+a+coincidence+between+evolutionary+landmarks+found+in+mating+affinity+and+a+DNA+sequence.">The significance of a coincidence between evolutionary landmarks found in mating affinity and a DNA sequence.</a> Protist. 151, 1-9 (2000).</li><li>M&#252;ller, T., Philippi, N., Dandekar, T., Schultz, J., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Distinguishing+species.">Distinguishing species.</a> RNA. 13, 1469-1472 (2007).</li><li>Koetschan, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+ITS2+Database+III-sequences+and+structures+for+phylogeny.">The ITS2 Database III-sequences and structures for phylogeny.</a> Nucleic Acids Research. 38, 275-279 (2010).</li><li>Keller, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=5.8+S-28S+rRNA+interaction+and+HMM-based+ITS2+annotation.">5.8 S-28S rRNA interaction and HMM-based ITS2 annotation.</a> Gene. 430, 50-57 (2009).</li><li>Benson, D., Karsch-Mizrachi, I., Lipman, D., Ostell, J., Sayers, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=GenBank.">GenBank.</a> Nucleic Acids Research. 39, 32-37 (2011).</li><li>Markham, N., Zuker, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Software+for+nucleic+acid+folding+and+hybridization.">Software for nucleic acid folding and hybridization.</a> Methods in Molecular Biology. , 453-453 (2008).</li><li>Wolf, M., Achtziger, M., Schultz, J., Dandekar, T., M&#252;ller, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Homology+modeling+revealed+more+than+20,000+rRNA+internal+transcribed+spacer+2+(ITS2)+secondary+structures.">Homology modeling revealed more than 20,000 rRNA internal transcribed spacer 2 (ITS2) secondary structures.</a> RNA. 11, 1616-1623 (2005).</li><li>Altschul, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gapped+BLAST+and+PSI-BLAST:+a+new+generation+of+protein+database+search+programs.">Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs.</a> Nucleic Acids Research. 25, 3389-3402 (1997).</li><li>Seibel, P., M&#252;ller, T., Dandekar, T., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Synchronous+visual+analysis+and+editing+of+RNA+sequence+and+secondary+structure+alignments+using+4+SALE.">Synchronous visual analysis and editing of RNA sequence and secondary structure alignments using 4 SALE.</a> BMC Research Notes. 1, (2008).</li><li>Seibel, P., M&#252;ller, T., Dandekar, T., Schultz, J., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=4+SALE+-+A+tool+for+synchronous+RNA+sequence+and+secondary+structure+alignment+and+editing.">4 SALE - A tool for synchronous RNA sequence and secondary structure alignment and editing.</a> BMC Bioinformatics. 7, (2006).</li><li>Wolf, M., Ruderisch, B., Dandekar, T., Schultz, J., M&#252;ller, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ProfDistS:(profile-)+distance+based+phylogeny+on+sequence-structure+alignments.">ProfDistS:(profile-) distance based phylogeny on sequence-structure alignments.</a> Bioinformatics. 24, 2401-2402 (2008).</li><li>Saitou, N., Nei, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+neighbor-joining+method:+a+new+method+for+reconstructing+phylogenetic+trees.">The neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees.</a> Molecular Biology and Evolution. 4, 406-425 (1987).</li><li>M&#252;ller, T., Rahmann, S., Dandekar, T., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Accurate+and+robust+phylogeny+estimation+based+on+profile+distances:+a+study+of+the+Chlorophyceae+(Chlorophyta.">Accurate and robust phylogeny estimation based on profile distances: a study of the Chlorophyceae (Chlorophyta.</a> BMC Evolutionary Biology. 4, (2004).</li><li>Ludwig, W. o. l. f. g. a. n. g. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ARB:+a+software+environment+for+sequence+data.">ARB: a software environment for sequence data.</a> Nucleic Acids Research. 32, 1363-1371 (2004).</li><li>Néron, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mobyle:+a+new+full+web+bioinformatics+framework.">Mobyle: a new full web bioinformatics framework.</a> Bioinformatics. 25, 3005-3011 (2009).</li><li>Camin, J. H., Sokal, R. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+method+for+deducing+branching+sequences+in+phylogeny.">A method for deducing branching sequences in phylogeny.</a> Evolution. 19, 311-326 (1965).</li><li>Felsenstein, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evolutionary+trees+from+DNA+sequences:+a+maximum+likelihood+approach.">Evolutionary trees from DNA sequences: a maximum likelihood approach.</a> Journal of Molecular Evolution. 17, 368-376 (1981).</li></ol>

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ITS2 데이터베이스 내부 베꼈는데 스페이서 두 시퀀스 구조 기반 phylogenetics에 대한 완전하고 완벽하게 작동 작업대입니다. 웹사이트는 매우 빠르고 직관적으로 운영하실 수 있습니다. ARB 20 Mobyle 21과 같은 다른 웹 기반 phylogeny의 workbenches만이 시퀀스 및 / 또는 합의 구조 정보에서 일할 수 있지만, ITS2 데이터베이스 9 동시에 각 taxon위한 시퀀스 및 개별 이차 구조를 고려합니다. 그러나, 웹 서버의 전산 용량의 제한으로 인해, 그것은 매우 큰 데이터 세트에 대해 각각 4SALE 15,16 및 ProfDistS 17, 18 계산을 가입 다중 정렬과 이웃에 대한 독립 실행형 도구를 사용하는 것이 좋습니다. 부트 스트랩을 계산하는 것은 복제 같은 기본적인 ITS2 시퀀스 구조의 phylogeny 워크플로 5 게다가, 이러한 도구는 프로필 이웃이 (PNJ) 19 또는 정화 가입, 몇 가지 추가 기능을 특징으로님의 한계는 보상 기준 변경 (CBCs) 8에 기초. 다운로드 및 자세한 정보를위한 &quot;도구&quot;섹션 - 그들은 &quot;이 웹사이트에 관하여&quot;를 통해 액세스할 수 있습니다. 4SALE 및 ProfDistS을 사용하기 위해서는 항상 파일이 올바른 형식으로 가져는 것이 필요합니다. 4SALE에 의해 처리될 샘플링 taxon는 결말이 있어야합니다. fasta 또는. TXT, ProfDistS에 대한 입력으로 시퀀스 구조 정렬 반면. xfasta로 끝나야합니다. 현재 ITS2 데이터베이스뿐만 아니라 관련 도구에서 phylogenetic 트리 재구성을위한 대체 방법을 구현하고 있습니다. 따라서, 시퀀스 구조 기반의 최대 간결 22 및 / 또는 최대 가능성 23과 같은 방법은 미래에 액세스할 수 있습니다.

<html><table border="1"><tbody><tr><td> 시약의 이름 </td><td> 회사 </td><td> 댓글 </td></tr><tr><td> 인터넷 액세스 </td><td></td><td> 가급적 고속 </td></tr><tr><td> ITS2 데이터베이스 구 </td><td> 생물 정보학의학과, 뷔르츠부르크 대학 </td><td> 웹사이트 : <a href="http://its2.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de" target="_blank">http://its2.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de</a> </td></tr><tr><td> 소프트웨어 : 4SALE 15,16 </td><td> 생물 정보학의학과, 뷔르츠부르크 대학 </td><td> 다운로드 : <a href="http://4sale.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de/" target="_blank">http://4sale.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de/</a> </td></tr><tr><td> 소프트웨어 : ProfDistS 17 </td><td> 생물 정보학의학과, 뷔르츠부르크 대학 </td><td> 다운로드 :NI-wuerzburg.de / &quot;대상 =&quot;_blank &quot;&gt; http://profdist.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de/ </td></tr></tbody></table>

the its2 database

내부 베꼈는데 스페이서 2 (ITS2)은 두 개 이상의 수십 년 동안 phylogenetic 표지로 사용되었습니다. ITS2 연구는 주로 매우 가변 ITS2 시퀀스에 초점로서, 그것은 단지 낮은 수준의 phylogenetics이 마커를 감금. 그러나 ITS2 순서와 고도 보존 이차 구조의 조합은 phylogenetic 해상도 1을 개선하고 종의 한계 2-8 포함한 여러 taxonomic 순위,에서 phylogenetic의 추론이 가능합니다. ITS2 데이터베이스 9 정확 reannotated NCBI GenBank 11 10에서 내부 베꼈는데 스페이서 두 시퀀스의 완전한 세트를 제공합니다. 프로필 숨겨진 마르코프 모델 (HMMs)에 의해 주석에 이어, 각 시퀀스의 이차 구조를 예측하고 있습니다. 첫째, 그것은 배 12 (직통 배) 기준으로 최소 에너지 결과 여부 올바른 넷 나선형의 형태로 테스트됩니다. 이런 경우가 아닌 경우, 구조는상동 모델링 13으로 예측했다. 상동 모델링에서 이미 알려진 이차 구조가 다른 ITS2 시퀀스로 전송되며, 누구의 이차 구조는 직접적인 배에서 제대로 접을 수 없습니다. ITS2 데이터베이스 스토리지 데이터베이스와 ITS2 순서 - 구조의 검색뿐만 아니라이다. 그것은 또한 주석, 구조 예측, 모티프 감지 및 통합 시퀀스 구조 정보에 대한 BLAST 검색을 포함하여 14 자신 ITS2 시퀀스를 처리하는 여러 가지 도구를 제공합니다. 또한, 그것은 4SALE 15,16의 손질 버전을 통합하여 18 나무 재건 가입 다중 시퀀스 구조 정렬 계산과 이웃을위한 17 ProfDistS. 이들은 순서와 이차 구조를 기반으로 phylogeny에 대한 시퀀스의 초기 설정에서 일관된 분석 파이프라인을 형성하고 있습니다. 간단히 말해서,이 작업대는 첫번째로 phylogenetic 분석을 단순화몇 마우스 클릭, 추가 도구 및 포괄적인 대규모 분석을위한 데이터를 제공함과 동시에.

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The ITS2 Database

ITS2 데이터베이스는 phylogenetic의 추론을 동시에 고려하여 시퀀스 및 내부 베꼈는데 스페이서 2 차 구조를위한 작업대입니다. 이것은 정확한 주석, 구조 예측, 다중 시퀀스 구조의 정렬 및 빠른 나무 계산과 데이터 수집을 포함한다. 간단히 말해서,이 작업대는 몇 번의 클릭 첫번째로 phylogenetic 분석을 단순화합니다.

ITS2 데이터베이스

The internal transcribed spacer 2 (ITS2) has been used as a phylogenetic marker for more than two decades.  As ITS2 research mainly focused on the very ...

Research

JoVE Journal

Biology

30.3K 조회수.  University of Würzburg. ITS2 데이터베이스는 phylogenetic의 추론을 동시에 고려하여 시퀀스 및 내부 베꼈는데 스페이서 2 차 구조를위한 작업대입니다. 이것은 정확한 주석, 구조 예측, 다중 시퀀스 구조의 정렬 및 빠른 나무 계산과 데이터 수집을 포함한다. 간단히 말해서,이 작업대는 몇 번의 클릭 첫번째로 phylogenetic 분석을 단순화합니다.

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Photobleaching Assays (FRAP &amp; FLIP) to Measure Chromatin Protein Dynamics in Living Embryonic Stem Cells

Fluorescence Recovery After Photobleaching (FRAP) and Fluorescence Loss In Photobleaching (FLIP) enable the study of protein dynamics in living cells with good spatial and temporal resolution. Here we describe how to perform FRAP and FLIP assays of chromatin proteins, including H1 and HP1, in mouse embryonic stem (ES) cells. In a FRAP experiment, cells are transfected, either transiently or stably, with a protein of interest fused with the green fluorescent protein (GFP) or derivatives thereof (YFP, CFP, Cherry, etc.). In the transfected, fluorescing cells, an intense focused laser beam bleaches a relatively small region of interest (ROI). The laser wavelength is selected according to the fluorescent protein used for fusion. The laser light irreversibly bleaches the fluorescent signal of molecules in the ROI and, immediately following bleaching, the recovery of the fluorescent signal in the bleached area - mediated by the replacement of the bleached molecules with the unbleached molecules - is monitored using time lapse imaging. The generated fluorescence recovery curves provide information on the protein's mobility. If the fluorescent molecules are immobile, no fluorescence recovery will be observed. In a complementary approach, Fluorescence Loss in Photobleaching (FLIP), the laser beam bleaches the same spot repeatedly and the signal intensity is measured elsewhere in the fluorescing cell. FLIP experiments therefore measure signal decay rather than fluorescence recovery and are useful to determine protein mobility as well as protein shuttling between cellular compartments. Transient binding is a common property of chromatin-associated proteins. Although the major fraction of each chromatin protein is bound to chromatin at any given moment at steady state, the binding is transient and most chromatin proteins have a high turnover on chromatin, with a residence time in the order of seconds. These properties are crucial for generating high plasticity in genome expression1. Photobleaching experiments are therefore particularly useful to determine chromatin plasticity using GFP-fusion versions of chromatin structural proteins, especially in ES cells, where the dynamic exchange of chromatin proteins (including heterochromatin protein 1 (HP1), linker histone H1 and core histones) is higher than in differentiated cells2,3.

Photobleaching Assays FRAP &amp; FLIP to Measure Chromatin Protein Dynamics in Living Embryonic Stem Cells

We describe photobleaching methods including Fluorescence Recovery After Photobleaching (FRAP) and Fluorescence Loss In Photobleaching (FLIP) to monitor chromatin protein dynamics in embryonic stem (ES) cells. Chromatin protein dynamics, which is considered to be one of the means to study chromatin plasticity, is enhanced in pluripotent cells.

배아 줄기 세포 생활에서 염색질 단백질 역학을 측정하는 Assays (FRAP 및 플립)를 Photobleaching

Fluorescence Recovery After Photobleaching (FRAP) and Fluorescence Loss In Photobleaching (FLIP) enable the study of protein dynamics in living cells with ...

연구

생물학

Detection of Nitric Oxide and Superoxide Radical Anion by Electron Paramagnetic Resonance Spectroscopy from Cells using Spin Traps

Reactive nitrogen/oxygen species (ROS/RNS) at low concentrations play an important role in regulating cell function, signaling, and immune response but in unregulated concentrations are detrimental to cell viability1, 2. While living systems have evolved with endogenous and dietary antioxidant defense mechanisms to regulate ROS generation, ROS are produced continuously as natural by-products of normal metabolism of oxygen and can cause oxidative damage to biomolecules resulting in loss of protein function, DNA cleavage, or lipid peroxidation3, and ultimately to oxidative stress leading to cell injury or death4. 
Superoxide radical anion (O2&bull;-) is the major precursor of some of the most highly oxidizing species known to exist in biological systems such as peroxynitrite and hydroxyl radical. The generation of O2&bull;- signals the first sign of oxidative burst, and therefore, its detection and/or sequestration in biological systems is important. In this demonstration, O2&bull;- was generated from polymorphonuclear neutrophils (PMNs). Through chemotactic stimulation with phorbol-12-myristate-13-acetate (PMA), PMN generates O2&bull;- via activation of nicotinamide adenine dinucleotide phosphate (NADPH) oxidase5. 
Nitric oxide (NO) synthase which comes in three isoforms, as inducible-, neuronal- and endothelial-NOS, or iNOS, nNOS or eNOS, respectively, catalyzes the conversion of L- arginine to L-citrulline, using NADPH to produce NO6. Here, we generated NO from endothelial cells. Under oxidative stress conditions, eNOS for example can switch from producing NO to O2&bull;- in a process called uncoupling, which is believed to be caused by oxidation of heme7 or the co-factor, tetrahydrobiopterin (BH4)8.
There are only few reliable methods for the detection of free radicals in biological systems but are limited by specificity and sensitivity. Spin trapping is commonly used for the identification of free radicals and involves the addition reaction of a radical to a spin trap forming a persistent spin adduct which can be detected by electron paramagnetic resonance (EPR) spectroscopy. The various radical adducts exhibit distinctive spectrum which can be used to identify the radicals being generated and can provide a wealth of information about the nature and kinetics of radical production9.
The cyclic nitrones, 5,5-dimethyl-pyrroline-N-oxide, DMPO10, the phosphoryl-substituted DEPMPO11, and the ester-substituted, EMPO12 and BMPO13, have been widely employed as spin traps--the latter spin traps exhibiting longer half-lives for O2&bull;- adduct. Iron (II)-N-methyl-D-glucamine dithiocarbamate, Fe(MGD)2 is commonly used to trap NO due to high rate of adduct formation and the high stability of the spin adduct14.

Electron paramagnetic resonance (EPR) spectroscopy was employed to detect nitric oxide from bovine aortic endothelial cells and superoxide radical anion from human neutrophils using iron (II)-N-methyl-D-glucamine dithiocarbamate, Fe(MGD)2 and 5,5-dimethyl-1-pyroroline-N-oxide, DMPO, respectively.

질소 산화물과 세포로부터 전자 상자 성체의 프로그램 공명 분광학에 의한 초과 산화물 음이온 급진적가 탐지 스핀 트랩을 사용하여

Reactive nitrogen/oxygen species (ROS/RNS) at low concentrations play an important role in regulating cell function, signaling, and immune response but in ...

Isolation of Neonatal Extrahepatic Cholangiocytes

The intra and extrahepatic bile ducts of the liver are developmentally distinct, and may be differentially affected by certain diseases. However, differences between intra and extrahepatic cholangiocytes, and between neonatal and adult cells, are not well understood.
Methods for the isolation of cholangiocytes from intrahepatic bile ducts are well established1-4. Isolation of extrahepatic ductal cells, especially from the neonate, has not yet been described, although this would be of great benefit in understanding the differences between distinct cholangiocyte populations and in studying diseases such as biliary atresia that appear to target the extrahepatic ducts. Described here is an optimized technique to isolate both neonatal and adult mouse extrahepatic bile duct cells. This technique yields a pure cell population with minimal contamination from mesenchymal cells like fibroblasts.
This method is based on the removal of the extrahepatic ducts and gallbladder, followed by meticulous dissection and scraping to remove fat and fibroblast layers. Structures are embedded in thick layers of collagen and cultured for approximately 3 weeks to allow outgrowth of cholangiocytes in monolayers, which can then be trypsinized and re plated for experimental use.

A technique to isolate cholangiocytes from the extrahepatic bile ducts of neonatal mice is described. The ducts are meticulously dissected, and then cells are isolated by outgrowth in thick collagen gels. This method provides a useful tool for studying extrahepatic bile duct development and pathology.

신생아 간외 Cholangiocytes의 분리

The intra and extrahepatic bile ducts of the liver are developmentally distinct, and may be differentially affected by certain diseases. However, ...

Isolation of Murine Valve Endothelial Cells

Normal valve structures consist of stratified layers of specialized extracellular matrix (ECM) interspersed with valve interstitial cells (VICs) and surrounded by a monolayer of valve endothelial cells (VECs). VECs play essential roles in establishing the valve structures during embryonic development, and are important for maintaining life-long valve integrity and function. In contrast to a continuous endothelium over the surface of healthy valve leaflets, VEC disruption is commonly observed in malfunctioning valves and is associated with pathological processes that promote valve disease and dysfunction. Despite the clinical relevance, focused studies determining the contribution of VECs to development and disease processes are limited. The isolation of VECs from animal models would allow for cell-specific experimentation. VECs have been isolated from large animal adult models but due to their small population size, fragileness, and lack of specific markers, no reports of VEC isolations in embryos or adult small animal models have been reported. Here we describe a novel method that allows for the direct isolation of VECs from mice at embryonic and adult stages. Utilizing the Tie2-GFP reporter model that labels all endothelial cells with Green Fluorescent Protein (GFP), we have been successful in isolating GFP-positive (and negative) cells from the semilunar and atrioventricular valve regions using fluorescence activated cell sorting (FACS). Isolated GFP-positive VECs are enriched for endothelial markers, including CD31 and von Willebrand Factor (vWF), and retain endothelial cell expression when cultured; while, GFP-negative cells exhibit molecular profiles and cell shapes consistent with VIC phenotypes. The ability to isolate embryonic and adult murine VECs allows for previously unattainable molecular and functional studies to be carried out on a specific valve cell population, which will greatly improve our understanding of valve development and disease mechanisms.

The ability to isolate heart valve endothelial cells (VECs) is critical for understanding mechanisms of valve development, maintenance, and disease. Here we describe the isolation of VECs from embryonic and adult Tie2-GFP mice using FACS that will allow for studies determining the contribution of VECs in developmental and disease processes.

쥐과 밸브 내피 세포의 분리

Normal valve structures consist of stratified layers of specialized extracellular matrix (ECM) interspersed with valve interstitial cells (VICs) and ...

Use of MALDI-TOF Mass Spectrometry and a Custom Database to Characterize Bacteria Indigenous to a Unique Cave Environment (Kartchner Caverns, AZ, USA)

MALDI-TOF mass spectrometry has been shown to be a rapid and reliable tool for identification of bacteria at the genus and species, and in some cases, strain levels. Commercially available and open source software tools have been developed to facilitate identification; however, no universal/standardized data analysis pipeline has been described in the literature. Here, we provide a comprehensive and detailed demonstration of bacterial identification procedures using a MALDI-TOF mass spectrometer. Mass spectra were collected from 15 diverse bacteria isolated from Kartchner Caverns, AZ, USA, and identified by 16S rDNA sequencing. Databases were constructed in BioNumerics 7.1. Follow-up analyses of mass spectra were performed, including cluster analyses, peak matching, and statistical analyses. Identification was performed using blind-coded samples randomly selected from these 15 bacteria. Two identification methods are presented: similarity coefficient-based and biomarker-based methods. Results show that both identification methods can identify the bacteria to the species level.

Use of MALDI-TOF Mass Spectrometry and a Custom Database to Characterize Bacteria Indigenous to a Unique Cave Environment Kartchner Caverns, AZ, USA

This work details procedures for rapid identification of bacteria using MALDI-TOF MS. The identification procedures include spectrum acquisition, database construction, and follow up analyses. Two identification methods, similarity coefficient-based and biomarker-based methods, are presented.

MALDI-TOF 질량 분석 및 사용자 지정 데이터베이스의 사용은 고유 동굴 환경 (Kartchner 동굴, AZ, USA)에 토착 박테리아의 특성을

MALDI-TOF mass spectrometry has been shown to be a rapid and reliable tool for identification of bacteria at the genus and species, and in some cases, ...

Imaging Spatial Reorganization of a MAPK Signaling Pathway Using the Tobacco Transient Expression System

Visualization of dynamic signaling events in live cells has been a challenge. We expanded an established transient expression system, the biomolecular fluorescent complementation (BiFC) assay in tobacco epidermal cells, from testing protein-protein interaction to monitoring spatial distribution of signal transduction in plant cells. In this protocol, we used the BiFC assay to show that the interaction and the signaling between the Arabidopsis MAPKKK YODA and MAPK6 occur at the plasma membrane. When the scaffold protein BASL was co-expressed, the YODA-MAPK interaction redistributed and spatially co-polarized with CFP-BASL. This modified tobacco expression system allows for quick examination of signaling localization and dynamic changes (less than 4 days) and can accommodate multiple of fluorescent protein colors (at least three). We also presented detailed methods to quantify protein distribution (asymmetric spatial localization, or &#34;polarization&#34;) in tobacco cells. This advanced tobacco expression system has a potential to be used widely for quick testing of dynamic signaling events in live plant cells.

At the subcellular level, signaling events are dynamically modulated by developmental and environmental cues. Here we describe a protocol that employs the tobacco transient expression system to monitor dynamic protein-protein interaction and to disclose spatial organization of signal transduction in plant cells.

담배 과도 식 시스템을 사용하여 MAPK 신호 전달 통로의 공간 개편 이미징

Visualization of dynamic signaling events in live cells has been a challenge. We expanded an established transient expression system, the biomolecular ...

Adipo-Clear: A Tissue Clearing Method for Three-Dimensional Imaging of Adipose Tissue

Adipose tissue plays a central role in energy homeostasis and thermoregulation. It is composed of different types of adipocytes, as well as adipocyte precursors, immune cells, fibroblasts, blood vessels, and nerve projections. Although the molecular control of cell type specification and how these cells interact have been increasingly delineated, a more comprehensive understanding of these adipose-resident cells can be achieved by visualizing their distribution and architecture throughout the whole tissue. Existing immunohistochemistry and immunofluorescence approaches to analyze adipose histology rely on thin paraffin-embedded sections. However, thin sections capture only a small portion of tissue; as a result, the conclusions can be biased by what portion of tissue is analyzed. We have therefore developed an adipose tissue clearing technique, Adipo-Clear, to permit comprehensive three-dimensional visualization of molecular and cellular patterns in whole adipose tissues. Adipo-Clear was adapted from iDISCO/iDISCO+, with specific modifications made to completely remove the lipid stored in the tissue while preserving native tissue morphology. In combination with light-sheet fluorescence microscopy, we demonstrate here the use of the Adipo-Clear method to obtain high-resolution volumetric images&#160;of an entire adipose tissue.

Due to the high lipid content, adipose tissue has been challenging to visualize using traditional histological methods. Adipo-Clear is a tissue clearing technique that allows robust labeling and high-resolution volumetric fluorescent imaging of adipose tissue. Here, we describe the methods for sample preparation, pretreatment, staining, clearing, and mounting for imaging.

Adipo-지우기: 조직 지방 조직의 3 차원 이미징 방법 삭제

Adipose tissue plays a central role in energy homeostasis and thermoregulation. It is composed of different types of adipocytes, as well as adipocyte ...

Sample Preparation for Metabolic Profiling using MALDI Mass Spectrometry Imaging

Metabolomics, the study to identify and quantify small molecules and metabolites present in an experimental sample, has emerged as an important tool to investigate the biological activities during development and diseases. Metabolomics approaches&#160;are widely employed in the study of cancer, nutrition/diet, diabetes, and other physiological and pathological conditions involving metabolic processes. An advantageous tool that aids in metabolomic profiling advocated in this paper is matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry imaging (MALDI MSI). Its ability to detect metabolites in situ without labeling, structural modifications, or other specialized reagents, such as those used in immunostaining, makes MALDI MSI a unique tool in advancing methodologies relevant in the field of metabolomics. An appropriate sample preparation process is critical to yield optimal results and will be the focus of this paper.

The goal of this protocol is to provide detailed guidance on the sample preparation when planning for experiments using MALDI MSI to maximize metabolic and molecular detection in biological samples.

MALDI 질량 분광화상 영상을 이용한 대사 프로파일링을 위한 샘플 준비

Metabolomics, the study to identify and quantify small molecules and metabolites present in an experimental sample, has emerged as an important tool to ...

A Step-by-Step Guide to Mosquito Electroantennography

Female mosquitoes are the deadliest animals on earth, claiming the lives of more than 1 million people every year due to pathogens they transmit when acquiring a blood-meal. To locate a host to feed on, mosquitoes rely on a wide range of sensory cues, including visual, mechanical, thermal, and olfactory. The study details a technique, electroantennography (EAG), that allows researchers to assess whether the mosquitoes can detect individual chemicals and blends of chemicals in a concentration-dependent manner. When coupled with gas-chromatography (GC-EAG), this technique allows to expose the antennae to a full headspace/complex mixture and determines which chemicals present in the sample of interest, the mosquito can detect. This is applicable to host body odors as well as plant floral bouquets or other ecologically relevant odors (e.g., oviposition sites odorants). Here, we described a protocol that permits long durations of preparation responsiveness time and is applicable to both female and male mosquitoes from multiple genera, including Aedes, Culex, Anopheles, and Toxorhynchites mosquitoes. As olfaction plays a major part in mosquito-host interactions and mosquito biology in general, EAGs and GC-EAG can reveal compounds of interest for the development of new disease vector control strategies (e.g., baits). Complemented with behavioral assays, the valence (e.g., attractant, repellent) of each chemical can be determined.

The present article details a step-by-step protocol for successful and low noise electroantennograms in several genera of mosquitoes, including both females and males.

모기 전기 조영술에 대한 단계별 가이드

Female mosquitoes are the deadliest animals on earth, claiming the lives of more than 1 million people every year due to pathogens they transmit when ...

murine white 지방 조직의 반자동 분리

Semi-Automated Isolation of the Stromal Vascular Fraction from Murine White Adipose Tissue Using a Tissue Dissociator

The in vitro study of white, brown, and beige adipocyte differentiation enables the investigation of cell-autonomous functions of adipocytes and their mechanisms. Immortalized white preadipocyte cell lines are publicly available and widely used. However, the emergence of beige adipocytes in white adipose tissue in response to external cues is difficult to recapitulate to the full extent using publicly available white adipocyte cell lines. Isolation of the stromal vascular fraction (SVF) from murine adipose tissue is commonly executed to obtain primary preadipocytes and perform adipocyte differentiation. However, mincing and collagenase digestion of adipose tissue by hand can result in experimental variation and is prone to contamination. Here, we present a modified semi-automated protocol that utilizes a tissue dissociator for collagenase digestion to achieve easier isolation of the SVF, with the aim of reducing experimental variation, reducing contamination, and increasing reproducibility. The obtained preadipocytes and differentiated adipocytes can be used for functional and mechanistic analyses.

저자 스포트라이트: 조직 해리제를 사용하여 Murine White 지방 조직에서 기질 혈관 분획의 반자동 분리  

This protocol describes the semi-automated isolation of the stromal vascular fraction (SVF) from murine adipose tissue to obtain preadipocytes and achieve adipocyte differentiation in vitro. Using a tissue dissociator for collagenase digestion reduces experimental variation and increases reproducibility.

조직 해리기를 사용하여 쥐 백색 지방 조직에서 기질 혈관 분획의 반자동 분리

The in vitro study of white, brown, and beige adipocyte differentiation enables the investigation of cell-autonomous functions of adipocytes and their ...