Biz candan zengin ve değerli geribildirim için ITS2 grubu, Biocenter, Würzburg Üniversitesi, teşekkür ederim. Finansman için; Ayrıca Deutsche Forschungsgemeinschaft (hibe Mu-2831/1-1 DFG) teşekkür ederim.

1. ITS2 Dizi Doğru Ek Açıklama <ol><li> : Burada ITS2 Veritabanı filogeni tezgah Erişim <a href="http://its2.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de" target="_blank">http://its2.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de</a> </li><li> Bölümünde &quot;Annotate&quot; simgesini tıklayarak analizi başlayın &quot;Araçlar.&quot; Daha sonra, web sitesinin üst kısmında dizisi editörü içine dizisini yazın veya yapıştırın. Dizisi editörü otomatik olarak ITS2 dizileri geçerli olup olmadığını kontrol eder. </li><li> (Bitkiler için örneğin Viridiplantae) sekanslarınıza için uygun bir SMM seçin. </li><li> Tıklayarak işlemi başlatın &quot;Annotate.&quot; </li><li> &quot;Melezleşme&quot; simgesinin üzerine gelerek size SMM açıklama Kullanıcı bir doğruluk teyidi olarak 5.8S ve 28S rRNA melez bir görüntü elde edebilirsiniz. </li><li> Ikincil yapı tahmini yolunuzu seçmek için çıkan ITS2 dizisi yeşil artı işaretine tıklayın: bilinen bir templat olmadan yapısını tahmin etmeke tıklayın &quot;yapısını tahmin edin.&quot; Eğer Homoloji Modelleme için kendi şablonu kullanmak istiyorsanız, &quot;Model yapısı&quot; seçeneğine tıklayın. </li></ol> 2. İkincil Yapı Tahmin <ol><li> Tahmin <ol><li> Açıklamalı ITS2 dizisi otomatik dizisi editörü yapıştırılır. </li><li> Varsayılan ayarları ile ikincil yapısı tahmini başlatmak için, &quot;yapılar tahmin&quot; düğmesine tıklayın. </li><li> Yeşil artı işaretini tıklayarak veri havuza modellenmiş ikincil yapı dahil sonuçlanan ITS2 dizisi kaydedip, &quot;havuz ekle.&quot; Alternatif olarak, sürükle ve bırak (Şekil 1) üzerinden veri havuzu ekleyebilirsiniz. </li><li> Sekansı doğrudan katlamak edemeseydik, homoloji modelleme iyi sonuçlar gösterilmiştir. Sürükle üzerinden dizisi yapısı en uygun kaydedin ve veri havuzu bırakın. Alternatif olarak, sonra sağ tıklayın ve bir tıklama ile veri havuzu içine dizisi-yapı kaydetmek &quot;havuz ekle.&quot; </li></ol></li><li> Özel Modelleme <ol><li> Yazın veya yapıştırın bir veya birden çok şablon (bilinen yapı ile) üst dizisi editörü içine. </li><li> Yazın veya yapıştırın bir veya birden çok hedef dizileri (yapı olmadan) alt dizisi editörü içine. </li><li> Varsayılan ayarları ile Homoloji Modelleme başlatmak için &quot;en iyi şablon (ler) Tahmin&quot; e tıklayın. </li><li> En iyi şablon-hedef bileşimleri elde listesini de gösterilmiştir. </li><li> Sürükle ve veri havuzu bırak yöntemiyle veya bir sağ tıklama ve üstüne tıklayarak ya seçtiğiniz dizisi-yapı (lar) modellenen Kaydet &quot;havuz ekle.&quot; </li></ol></li></ol> 3. Motif Arama <ol><li> Web sitesinin üst kısmında dizisi editörü içine sorgu sırası (ler) yazın ya da yapıştırın. </li><li> Doğru SMM (bitkiler için örneğin Viridiplantae) seçin. 3.3. Işlemini başlatmak için &quot;Motif arama&quot; seçeneğini tıklayın. </li><li> Vurgulanan motiflerle ITS2 dizileri misal vardırWeb sitesinin altındaki ted. </li><li> Ikincil yapı vurgulanan motifleri gösterilecek dizisi başlığı yanındaki simgesine tıklayın. </li></ol> 4. Ara ve Tara <ol><li> Ara <ol><li> Türü Bir takson adı veya web sitesinin en üstündeki arama alanına bir GenBank tanıtıcı (GI) ya. </li><li> Takson adını tarafından arama bir görünmesini canlı-arama kutusuna tarafından desteklenmektedir. </li><li> Kendi sorgu virgülle ayırarak birden fazla arama yapabilirsiniz. </li><li> Arama yürütmek için &quot;Ara&quot; düğmesini tıklayın. </li><li> Sonuçlarınız yeni bir sekmede listelenen görünür. </li><li> Özellikle kolon sistemine göre sonuçları sıralamak için bir sütun adına tıklayın. Ayrıca sütun menüsü ile seçtiğiniz sütun ekleyebilir veya kaldırabilirsiniz. Sütun menüsü bir sütun adı içinde görünen ok simgesine bir tıklama ile girilebilir. </li><li> Bir dizi-yapı ayrıntılarını görmek için &quot;Ayrıntıları göster&quot; linkine tıklayın. &lt;/ Li&gt; <li> Sürükle ve veri havuzu bırak yöntemiyle veya bir sağ tıklama ve üstüne tıklayarak ya seçtiğiniz dizisi-yapı (lar) Kaydet &quot;havuz ekle.&quot; </li><li> Harici bir dosyaya sonuçlarınızı kaydetmek için, &quot;Seçimi kaydet&quot; veya &quot;e tıklayıp tüm kaydet.&quot; </li></ol></li><li> Gözat <ol><li> Web sitesinin sol tarafındaki ağaç benzeri bir yapıda gezinme tarafından ITS2 Veritabanı göz atın. </li><li> Bir düzey altına taksa görüntülemek için artı işaretini tıklatın. </li><li> Takson her dizi-yapı içeren yeni bir sekme açmak için bir takson adına tıklayın. </li><li> Bir dizi-yapı çiftinin ayrıntılarını görmek için &quot;Ayrıntıları göster&quot; linkine tıklayın. </li><li> Sürükle ve veri havuzu bırak yöntemiyle veya bir sağ tıklama ve üstüne tıklayarak ya seçtiğiniz dizisi-yapı (lar) Kaydet &quot;havuz ekle.&quot; </li><li> Harici bir dosyaya sonuçlarınızı kaydetmek için, &quot;Seçimi kaydet&quot; veya &quot;e tıklayıp tüm kaydet.&quot; </li></ol></li></ol> 5.. ITS2 Blast<ol><li> Tip veya dizi editörü içine bir veya birden fazla sorgu dizileri yapıştırın. Sizin sekanslar ya düz nükleotid dizileri ya da sıra yapı çiftleri olabilir. Ayrıca bir sıra aşağıya birkaç ikincil yapılar yazabilirsiniz. Kutuyu işaretleyerek bu yapılar daha sonra bireysel sorgular olarak kullanılan &quot;XXFASTA dizileri Serialize&quot;. </li><li> Varsayılan ayarları ile BLAST başlatmak için tıklayın &quot;Blast.&quot; Ortak bir BLASTN veya ITS2 dizisi-yapı BLAST ya sorgunuzun niteliğine bağlı olarak yapılır. </li><li> Bir alt-tab yanı idam aramaların bir bakış olarak, &quot;ŞOK Sonuçlar&quot; görünen sekme içinde her sorgu sırası için açılır. </li><li> Hesaplanan BLAST saflaşma görmek için &quot;Show Hizalanmalar&quot; tıklayın. </li><li> Sürükle ve veri havuzu bırak yöntemiyle veya bir sağ tıklama ve üstüne tıklayarak ya seçtiğiniz ŞOK hit Kaydet &quot;havuz ekle.&quot; </li><li> Harici bir dosyaya sonuçlarınızı kaydetmek için &quot;Kaydet seçime tıklayın&quot;Veya&quot; tüm kaydet. &quot; </li></ol> 6. Çoklu dizi-yapı Hizalama <ol><li> Havuzun içerisine dizilerinin sayısı büyüteç sembolü sağ yanındaki &quot;veri kümesi yönet&quot; ve ardından tıklayarak veri havuzu bir göz atın. Alternatif olarak, web sitesinin sol alt veri havuzu işaretini tıklayabilirsiniz. </li><li> Ayrıntılarını görüntülemek için veri havuzunda bir dizi-yapı çift tıklayın. </li><li> Eğer havuzunuz tüm dizi-yapı çiftleri bir çoklu dizi-yapı hizalama oluşturmak için, &quot;Dizi ve Yapısı.&quot; Sonra &quot;Analiz veri kümesi&quot; linkine tıklayın ve </li><li> Artık uyum grafik modunu seçmek için istenir. Sizin hizalama sadece birkaç dizileri içeriyorsa, &quot;Hayır&quot; linkine tıklayarak ince modu reddetme Aksi tıklayarak ince grafik modunu seçin &quot;Evet.&quot; </li><li> Birkaç dakika sonra, sizin uyum yeni bir sekme (Şekil 2) de gösterilmiştir. Ayrıca, otomatik veri havuzu olarak kaydedilir. </li><li> Lütfen kaydetmek içinharici bir dosyaya uyum, tıklayın &quot;Kaydet hizalama.&quot; </li></ol> 7. Filogenetik Ağaç <ol><li> Birden çok uyum ağacı Katılma bir dizi-yapı tabanlı Komşu hesaplamak için, &quot;Analiz Dataset&quot; linkine tıklayın ve ardından &quot;Komşu katılma.&quot; </li><li> Sonuçta elde edilen ağaç yeni bir sekme (Şekil 3) &#39;de gösterilmiştir. </li><li> Kaydırma çubuğu ile özgürce ağaç ölçeklendirin &quot;Zoom ağacı.&quot; </li><li> Reroot bir düğümü veya ağacın yaprak tıklayarak ve sonra tarafından ağacı &quot;Bu düğümde Reroot.&quot; </li><li> Eğer veri havuzundaki bir takson kaldırmak istiyorsanız, yaprak üzerine tıklayın ve &quot;havuz bu düğüm çıkarın.&quot; Şimdi yeniden hesaplamak azaltılmış takson örnekleme ile uyumu ve ağaç yapabilirsiniz. </li><li> Harici Newick dosyasına analiz nihai bir sonucu olarak filogenetik ağaç kaydetmek için &quot;Kaydet ağaç&quot; a tıklayın. </li></ol> 8. Ek Yazılım <ol><li> &quot;Hakkında Bu web sitesi&quot; tıklayın - Ek bilgi bulmak için &quot;Araçlar&quot;tek başına araçların 4SALE ve ProfDistS hakkında ation. </li><li> Hizalama ve ITS2 Veritabanı web arabirimi tarafından sağlanan Komşu Birleştirme fonksiyonu yanında, şimdi birçok yeni fonksiyonları, telafi edici baz değişiklikleri (CBCs) dayalı örneğin türlerin sınır erişebilirsiniz. </li></ol> 9. Temsilcisi Sonuçlar Yukarıda tarif edildiği gibi akışı başarılı bir şekilde çeşitli açık erişim araştırmalar 3,4 içinde tatbik edilmiştir. Örnekler aşağıdaki linklerden izlenebilir: <ul><li> <a href="http://www.plosone.org/article/info%3Adoi/10.1371/journal.pone.0016931" target="_blank">http://www.plosone.org/article/info% 3Adoi% 2F10.1371% 2Fjournal.pone.0016931</a> </li><li> <a href="http://www.biomedcentral.com/1756-0500/3/320" target="_blank">http://www.biomedcentral.com/1756-0500/3/320</a> </li></ul> Bu büyük ölçekli çalışmalarda, biz Chlorophyta filogeni yanı sıra Hypnales (Bryophyta) w çözmek başardıkITH yüksek çözünürlük. Her iki durumda da, ayrıntılı bir takson örnekleme otomatik 4SALE 15,16 ile uyumlu ITS2 Veritabanı 9, toplanmıştır ve son olarak bir filogenetik ağaç içine ProfDistS 17 tarafından işlenir. Tüm bu adımlarda, sırası ve yapı bilgileri eş zamanlı kullanıldı. Filogenetik omurga için Bootstrap destek ProfDistS arasında tek başına sürümü mevcuttur Profil Komşu Montaj (PNJ) 19 kullanılarak elde edildi. Takson örnekleme, çoklu dizi-yapı uyum ve sonunda filogenetik ağaç hesaplama: dizi-yapı çiftleri daha küçük bir kümesi için, şekil 1 ile 3 doğrudan yeni ITS2 Veritabanı tezgah bu otomatik iş akışı 5 temel adımları açıklar. <img src="/files/ftp_upload/3806/3806fig1.jpg" alt="Şekil 1" /> Şekil 1. Sürükle ve bırak başına Takson örnekleme. Herhangi bir zaman dizileri ya da sıra-structur At<html> e çiftleri sürükle ve bırak yoluyla, örneğin veri havuz için eklenebilir. Burada bir dizi yapı sürükle ve ikincil yapı tahmini sonra bırak kullanarak eklenir. Mavi elips dizisi yapısı veri havuza düştü alanı işaretler. <a href="http://www.jove.com/files/ftp_upload/3806/3806fig1large.jpg" target="_blank">bu görüntünün tam boyutlu sürümünü görmek için buraya tıklayın.</a> <img src="/files/ftp_upload/3806/3806fig2.jpg" alt="Şekil 2" /> Şekil 2. Tam grafik modunda Çoklu dizi-yapı hizalama. Veri havuzda birkaç dizileri için, tam grafik modu tercih edilmiştir. Bazlar renklidir; baz çifti bir baz veya bir baz çifti dirseği üzerine tıklayarak kırmızı daireler vurgulanmış olabilir. <a href="http://www.jove.com/files/ftp_upload/3806/3806fig2large.jpg" target="_blank">bu görüntünün tam boyutlu sürümünü görmek için buraya tıklayın.</a> 3.jpg &quot;alt =&quot; Şekil 3 &quot;/&gt; Şekil 3. Dizi-yapı Komşu ağaç katılma. Yedi takson çoklu dizi-yapı uyum hesaplanan serbestçe ölçeklenebilir ağacı Newick formatında kaydedilebilir.

<ol>
	<li>Keller, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Including+RNA+secondary+structures+improves+accuracy+and+robustness+in+reconstruction+of+phylogenetic+trees.">Including RNA secondary structures improves accuracy and robustness in reconstruction of phylogenetic trees.</a> Biology Direct. 5, 4-4 (2010).</li><li>Schultz, J., Maisel, S., Gerlach, D., M&#252;ller, T., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+common+core+of+secondary+structure+of+the+internal+transcribed+spacer+2+&#40;ITS2&#41;+throughout+the+Eukaryota.">A common core of secondary structure of the internal transcribed spacer 2 &#40;ITS2&#41; throughout the Eukaryota.</a> RNA. 11, 361-364 (2005).</li><li>Buchheim, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Internal+Transcribed+Spacer+2+(nu+ITS2+rRNA)+Sequence-Structure+Phylogenetics:+Towards+an+Automated+Reconstruction+of+the+Green+Algal+Tree+of+Life.">Internal Transcribed Spacer 2 (nu ITS2 rRNA) Sequence-Structure Phylogenetics: Towards an Automated Reconstruction of the Green Algal Tree of Life.</a> PLoS ONE. 6, 16931-16931 (2011).</li><li>Merget, B., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+molecular+phylogeny+of+Hypnales+(Bryophyta)+inferred+from+ITS2+sequence-structure+data.">A molecular phylogeny of Hypnales (Bryophyta) inferred from ITS2 sequence-structure data.</a> BMC Research Notes. 3, (2010).</li><li>Schultz, J., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ITS2+sequence-structure+analysis+in+phylogenetics:+a+how-to+manual+for+molecular+systematics.">ITS2 sequence-structure analysis in phylogenetics: a how-to manual for molecular systematics.</a> Molecular Phylogenetics and Evolution. 52, 520-523 (2009).</li><li>Coleman, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ITS2+is+a+double-edged+tool+for+eukaryote+evolutionary+comparisons.">ITS2 is a double-edged tool for eukaryote evolutionary comparisons.</a> Trends in Genetics. 19, 370-375 (2003).</li><li>Coleman, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+significance+of+a+coincidence+between+evolutionary+landmarks+found+in+mating+affinity+and+a+DNA+sequence.">The significance of a coincidence between evolutionary landmarks found in mating affinity and a DNA sequence.</a> Protist. 151, 1-9 (2000).</li><li>M&#252;ller, T., Philippi, N., Dandekar, T., Schultz, J., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Distinguishing+species.">Distinguishing species.</a> RNA. 13, 1469-1472 (2007).</li><li>Koetschan, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+ITS2+Database+III-sequences+and+structures+for+phylogeny.">The ITS2 Database III-sequences and structures for phylogeny.</a> Nucleic Acids Research. 38, 275-279 (2010).</li><li>Keller, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=5.8+S-28S+rRNA+interaction+and+HMM-based+ITS2+annotation.">5.8 S-28S rRNA interaction and HMM-based ITS2 annotation.</a> Gene. 430, 50-57 (2009).</li><li>Benson, D., Karsch-Mizrachi, I., Lipman, D., Ostell, J., Sayers, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=GenBank.">GenBank.</a> Nucleic Acids Research. 39, 32-37 (2011).</li><li>Markham, N., Zuker, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Software+for+nucleic+acid+folding+and+hybridization.">Software for nucleic acid folding and hybridization.</a> Methods in Molecular Biology. , 453-453 (2008).</li><li>Wolf, M., Achtziger, M., Schultz, J., Dandekar, T., M&#252;ller, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Homology+modeling+revealed+more+than+20,000+rRNA+internal+transcribed+spacer+2+(ITS2)+secondary+structures.">Homology modeling revealed more than 20,000 rRNA internal transcribed spacer 2 (ITS2) secondary structures.</a> RNA. 11, 1616-1623 (2005).</li><li>Altschul, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gapped+BLAST+and+PSI-BLAST:+a+new+generation+of+protein+database+search+programs.">Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs.</a> Nucleic Acids Research. 25, 3389-3402 (1997).</li><li>Seibel, P., M&#252;ller, T., Dandekar, T., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Synchronous+visual+analysis+and+editing+of+RNA+sequence+and+secondary+structure+alignments+using+4+SALE.">Synchronous visual analysis and editing of RNA sequence and secondary structure alignments using 4 SALE.</a> BMC Research Notes. 1, (2008).</li><li>Seibel, P., M&#252;ller, T., Dandekar, T., Schultz, J., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=4+SALE+-+A+tool+for+synchronous+RNA+sequence+and+secondary+structure+alignment+and+editing.">4 SALE - A tool for synchronous RNA sequence and secondary structure alignment and editing.</a> BMC Bioinformatics. 7, (2006).</li><li>Wolf, M., Ruderisch, B., Dandekar, T., Schultz, J., M&#252;ller, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ProfDistS:(profile-)+distance+based+phylogeny+on+sequence-structure+alignments.">ProfDistS:(profile-) distance based phylogeny on sequence-structure alignments.</a> Bioinformatics. 24, 2401-2402 (2008).</li><li>Saitou, N., Nei, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+neighbor-joining+method:+a+new+method+for+reconstructing+phylogenetic+trees.">The neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees.</a> Molecular Biology and Evolution. 4, 406-425 (1987).</li><li>M&#252;ller, T., Rahmann, S., Dandekar, T., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Accurate+and+robust+phylogeny+estimation+based+on+profile+distances:+a+study+of+the+Chlorophyceae+(Chlorophyta.">Accurate and robust phylogeny estimation based on profile distances: a study of the Chlorophyceae (Chlorophyta.</a> BMC Evolutionary Biology. 4, (2004).</li><li>Ludwig, W. o. l. f. g. a. n. g. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ARB:+a+software+environment+for+sequence+data.">ARB: a software environment for sequence data.</a> Nucleic Acids Research. 32, 1363-1371 (2004).</li><li>Néron, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mobyle:+a+new+full+web+bioinformatics+framework.">Mobyle: a new full web bioinformatics framework.</a> Bioinformatics. 25, 3005-3011 (2009).</li><li>Camin, J. H., Sokal, R. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+method+for+deducing+branching+sequences+in+phylogeny.">A method for deducing branching sequences in phylogeny.</a> Evolution. 19, 311-326 (1965).</li><li>Felsenstein, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evolutionary+trees+from+DNA+sequences:+a+maximum+likelihood+approach.">Evolutionary trees from DNA sequences: a maximum likelihood approach.</a> Journal of Molecular Evolution. 17, 368-376 (1981).</li></ol>

Çıkar çatışması ilan etti.

ITS2 Veritabanı iç kopyalanamaz boşluk 2 dizisi-yapı tabanlı Soyoluşun için tam ve tamamen fonksiyonel tezgah olduğunu. Web sitesi çok hızlı ve sezgisel olarak çalıştırılabilir. ARB 20 veya Mobyle 21 gibi diğer web tabanlı filogeni tezgahları sadece sırası ve / veya uzlaşma yapısı bilgi çalışmak mümkün iken, ITS2 Veritabanı 9 aynı anda her takson için sıralarını ve bireysel ikincil yapılar düşünmektedir. Ancak, web sunucusunun hesaplama kapasitesi sınırlamaları nedeniyle, son derece büyük veri kümeleri için, sırasıyla, 4SALE 15,16 ve ProfDistS 17, 18 hesaplama katılmak birden uyum ve Komşu için tek başına araçların kullanılması tavsiye edilir. Bootstrap hesaplanırken çoğaltır gibi temel ITS2 dizisi-yapı filogeni iş akışı 5 yanı sıra, bu araçları Profili Komşu (PNJ) 19 veya nakit katılan, çeşitli ek fonksiyonları özelliğis sınır telafi baz değişiklikleri (CBCs) 8 dayanmaktadır. Indirme ve detaylı bilgi için &quot;Araçlar&quot; bölümünde - Onlar &quot;bu web sitesi hakkında&quot; aracılığıyla erişilebilir. 4SALE ve ProfDistS kullanmak için, her zaman dosyaları doğru biçime getirmek için gerekli edilir. 4SALE tarafından işlenecek örnekleme bir takson sonu olması gerekir. Fasta veya. Txt, ProfDistS için bir giriş olarak dizi-yapı hizalama oysa. Xfasta ile bitmelidir. Şu anda ITS2 veritabanında yanı sıra ilgili araçları filogenetik ağaç yeniden yapılanma için alternatif yöntemler uygulamaktadır. Böylece, dizi-yapı-tabanlı Maksimum Parsimony 22 ve / veya Maksimum Olabilirlik 23 gibi yöntemler gelecekte erişilebilir olacaktır.

<html><table border="1"><tbody><tr><td> Reaktif Adı </td><td> Şirket </td><td> Yorumlar </td></tr><tr><td> Internet erişimi </td><td></td><td> Tercihen, yüksek-hızlı </td></tr><tr><td> ITS2 Veritabanı 9 </td><td> Biyoinformatik Bölümü, Würzburg Üniversitesi </td><td> Web sitesi: <a href="http://its2.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de" target="_blank">http://its2.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de</a> </td></tr><tr><td> Yazılım: 4SALE 15,16 </td><td> Biyoinformatik Bölümü, Würzburg Üniversitesi </td><td> Download: <a href="http://4sale.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de/" target="_blank">http://4sale.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de/</a> </td></tr><tr><td> Yazılım: ProfDistS 17 </td><td> Biyoinformatik Bölümü, Würzburg Üniversitesi </td><td> Download:ni-wuerzburg.de / &quot;target =&quot; _blank &quot;&gt; http://profdist.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de/ </td></tr></tbody></table>

the its2 database

İç kopyalanamaz boşluk 2 (ITS2) fazla iki yıl için bir filogenetik belirteç olarak kullanılmıştır. ITS2 Araştırma esas olarak çok değişken ITS2 dizisi odaklanmış olarak, sadece düşük seviyeli Soyoluşun bu işaretleyici sınırlı. Ancak, ITS2 dizisini ve ölçüde korunmuş ikincil yapının birleşimi filogenetik çözünürlüğü 1 artırır ve türlerin sınırlandırılması 2-8 da dahil olmak üzere birden fazla taksonomik rütbeleri, az filogenetik çıkarım sağlar. ITS2 Veritabanı 9 doğru reannotated NCBI GenBank 11 10 den dahili kopyalanamaz boşluk 2 dizilerinin kapsamlı bir veri kümesi sunar. Profili saklı Markov modelleri (kameradan gelen görüntüler) tarafından bir açıklama takiben, her bir sırası ikincil yapı tahmin edilmektedir. Birincisi, kat 12 (direkt kat) dayalı bir minimum enerji sonuç olmadığını doğru, dört sarmal yapısındaki test edilir. Bu durumda değilse, yapıdırhomoloji modelleme 13 öngördü. Homoloji modellemesi, bir zaten bilinen ikincil yapı başka bir ITS2 dizisi aktarılır, olan ikincil yapı doğrudan kat doğru katlamak mümkün değildi. ITS2 Veritabanı depolama için veritabanı ve ITS2 dizisi-yapıların alımı değil sadece. Ayrıca açıklama, yapısal tahmini, motif algılama ve kombine dizi-yapı bilgileri BLAST 14 arama dahil olmak üzere kendi ITS2 dizileri işlemek için çeşitli araçlar sunar. Ayrıca, 4SALE 15,16 ile kesilmiş sürümleri entegre ve 18 ağaç yeniden katılmak çoklu dizi-yapı hizalama hesaplama ve Komşu için 17 ProfDistS. Beraber sekansı ve ikincil yapısı üzerine dayanan bir filogeni için dizilerinin bir ilk dizi analizi ile tutarlı bir boru hattı oluştururlar. Özetle, bu tezgah sadece ilk filogenetik analizler kolaylaştırırBirkaç fare tıklama, ek araçları ve kapsamlı büyük ölçekli analizler için veri sağlarken.

Watch this Scientific Journal Video about The ITS2 Database at JoVE.com

The ITS2 Database

ITS2 Veritabanı filogenetik çıkarım aynı anda dikkate sırası ve iç kopyalanamaz boşluk 2 ikincil yapısı için bir tezgah olduğunu. Bu doğru bir açıklama, yapı tahmini, çoklu dizi-yapı uyum ve hızlı ağaç hesaplama ile veri toplama içerir. Özetle, bu tezgah birkaç tıklama ilk filogenetik analizler kolaylaştırır.

ITS2 Veritabanı

The internal transcribed spacer 2 (ITS2) has been used as a phylogenetic marker for more than two decades.  As ITS2 research mainly focused on the very ...

Research

JoVE Journal

Biology

30.3K Görüntüleme.  University of Würzburg. ITS2 Veritabanı filogenetik çıkarım aynı anda dikkate sırası ve iç kopyalanamaz boşluk 2 ikincil yapısı için bir tezgah olduğunu. Bu doğru bir açıklama, yapı tahmini, çoklu dizi-yapı uyum ve hızlı ağaç hesaplama ile veri toplama içerir. Özetle, bu tezgah birkaç tıklama ilk filogenetik analizler kolaylaştırır.

Video: The ITS2 Database

Photobleaching Assays (FRAP &amp; FLIP) to Measure Chromatin Protein Dynamics in Living Embryonic Stem Cells

Fluorescence Recovery After Photobleaching (FRAP) and Fluorescence Loss In Photobleaching (FLIP) enable the study of protein dynamics in living cells with good spatial and temporal resolution. Here we describe how to perform FRAP and FLIP assays of chromatin proteins, including H1 and HP1, in mouse embryonic stem (ES) cells. In a FRAP experiment, cells are transfected, either transiently or stably, with a protein of interest fused with the green fluorescent protein (GFP) or derivatives thereof (YFP, CFP, Cherry, etc.). In the transfected, fluorescing cells, an intense focused laser beam bleaches a relatively small region of interest (ROI). The laser wavelength is selected according to the fluorescent protein used for fusion. The laser light irreversibly bleaches the fluorescent signal of molecules in the ROI and, immediately following bleaching, the recovery of the fluorescent signal in the bleached area - mediated by the replacement of the bleached molecules with the unbleached molecules - is monitored using time lapse imaging. The generated fluorescence recovery curves provide information on the protein's mobility. If the fluorescent molecules are immobile, no fluorescence recovery will be observed. In a complementary approach, Fluorescence Loss in Photobleaching (FLIP), the laser beam bleaches the same spot repeatedly and the signal intensity is measured elsewhere in the fluorescing cell. FLIP experiments therefore measure signal decay rather than fluorescence recovery and are useful to determine protein mobility as well as protein shuttling between cellular compartments. Transient binding is a common property of chromatin-associated proteins. Although the major fraction of each chromatin protein is bound to chromatin at any given moment at steady state, the binding is transient and most chromatin proteins have a high turnover on chromatin, with a residence time in the order of seconds. These properties are crucial for generating high plasticity in genome expression1. Photobleaching experiments are therefore particularly useful to determine chromatin plasticity using GFP-fusion versions of chromatin structural proteins, especially in ES cells, where the dynamic exchange of chromatin proteins (including heterochromatin protein 1 (HP1), linker histone H1 and core histones) is higher than in differentiated cells2,3.

Photobleaching Assays FRAP &amp; FLIP to Measure Chromatin Protein Dynamics in Living Embryonic Stem Cells

We describe photobleaching methods including Fluorescence Recovery After Photobleaching (FRAP) and Fluorescence Loss In Photobleaching (FLIP) to monitor chromatin protein dynamics in embryonic stem (ES) cells. Chromatin protein dynamics, which is considered to be one of the means to study chromatin plasticity, is enhanced in pluripotent cells.

Embriyonik Kök Hücreler Yaşayan Kromatin Protein Dynamics Tedbir Tahliller (sıkı bağlamak ve FLIP) Photobleaching

Fluorescence Recovery After Photobleaching (FRAP) and Fluorescence Loss In Photobleaching (FLIP) enable the study of protein dynamics in living cells with ...

Biyoloji

Detection of Nitric Oxide and Superoxide Radical Anion by Electron Paramagnetic Resonance Spectroscopy from Cells using Spin Traps

Reactive nitrogen/oxygen species (ROS/RNS) at low concentrations play an important role in regulating cell function, signaling, and immune response but in unregulated concentrations are detrimental to cell viability1, 2. While living systems have evolved with endogenous and dietary antioxidant defense mechanisms to regulate ROS generation, ROS are produced continuously as natural by-products of normal metabolism of oxygen and can cause oxidative damage to biomolecules resulting in loss of protein function, DNA cleavage, or lipid peroxidation3, and ultimately to oxidative stress leading to cell injury or death4. 
Superoxide radical anion (O2&bull;-) is the major precursor of some of the most highly oxidizing species known to exist in biological systems such as peroxynitrite and hydroxyl radical. The generation of O2&bull;- signals the first sign of oxidative burst, and therefore, its detection and/or sequestration in biological systems is important. In this demonstration, O2&bull;- was generated from polymorphonuclear neutrophils (PMNs). Through chemotactic stimulation with phorbol-12-myristate-13-acetate (PMA), PMN generates O2&bull;- via activation of nicotinamide adenine dinucleotide phosphate (NADPH) oxidase5. 
Nitric oxide (NO) synthase which comes in three isoforms, as inducible-, neuronal- and endothelial-NOS, or iNOS, nNOS or eNOS, respectively, catalyzes the conversion of L- arginine to L-citrulline, using NADPH to produce NO6. Here, we generated NO from endothelial cells. Under oxidative stress conditions, eNOS for example can switch from producing NO to O2&bull;- in a process called uncoupling, which is believed to be caused by oxidation of heme7 or the co-factor, tetrahydrobiopterin (BH4)8.
There are only few reliable methods for the detection of free radicals in biological systems but are limited by specificity and sensitivity. Spin trapping is commonly used for the identification of free radicals and involves the addition reaction of a radical to a spin trap forming a persistent spin adduct which can be detected by electron paramagnetic resonance (EPR) spectroscopy. The various radical adducts exhibit distinctive spectrum which can be used to identify the radicals being generated and can provide a wealth of information about the nature and kinetics of radical production9.
The cyclic nitrones, 5,5-dimethyl-pyrroline-N-oxide, DMPO10, the phosphoryl-substituted DEPMPO11, and the ester-substituted, EMPO12 and BMPO13, have been widely employed as spin traps--the latter spin traps exhibiting longer half-lives for O2&bull;- adduct. Iron (II)-N-methyl-D-glucamine dithiocarbamate, Fe(MGD)2 is commonly used to trap NO due to high rate of adduct formation and the high stability of the spin adduct14.

Electron paramagnetic resonance (EPR) spectroscopy was employed to detect nitric oxide from bovine aortic endothelial cells and superoxide radical anion from human neutrophils using iron (II)-N-methyl-D-glucamine dithiocarbamate, Fe(MGD)2 and 5,5-dimethyl-1-pyroroline-N-oxide, DMPO, respectively.

Nitrik Oksit ve hücreler arası Elektron Paramanyetik Rezonans Spektroskopisi ile süperoksit Radikal Anyon tespiti Spin Tuzakları kullanarak

Reactive nitrogen/oxygen species (ROS/RNS) at low concentrations play an important role in regulating cell function, signaling, and immune response but in ...

Isolation of Neonatal Extrahepatic Cholangiocytes

The intra and extrahepatic bile ducts of the liver are developmentally distinct, and may be differentially affected by certain diseases. However, differences between intra and extrahepatic cholangiocytes, and between neonatal and adult cells, are not well understood.
Methods for the isolation of cholangiocytes from intrahepatic bile ducts are well established1-4. Isolation of extrahepatic ductal cells, especially from the neonate, has not yet been described, although this would be of great benefit in understanding the differences between distinct cholangiocyte populations and in studying diseases such as biliary atresia that appear to target the extrahepatic ducts. Described here is an optimized technique to isolate both neonatal and adult mouse extrahepatic bile duct cells. This technique yields a pure cell population with minimal contamination from mesenchymal cells like fibroblasts.
This method is based on the removal of the extrahepatic ducts and gallbladder, followed by meticulous dissection and scraping to remove fat and fibroblast layers. Structures are embedded in thick layers of collagen and cultured for approximately 3 weeks to allow outgrowth of cholangiocytes in monolayers, which can then be trypsinized and re plated for experimental use.

A technique to isolate cholangiocytes from the extrahepatic bile ducts of neonatal mice is described. The ducts are meticulously dissected, and then cells are isolated by outgrowth in thick collagen gels. This method provides a useful tool for studying extrahepatic bile duct development and pathology.

Yenidoğan Ekstrahepatik Cholangiocytes İzolasyonu

The intra and extrahepatic bile ducts of the liver are developmentally distinct, and may be differentially affected by certain diseases. However, ...

Isolation of Murine Valve Endothelial Cells

Normal valve structures consist of stratified layers of specialized extracellular matrix (ECM) interspersed with valve interstitial cells (VICs) and surrounded by a monolayer of valve endothelial cells (VECs). VECs play essential roles in establishing the valve structures during embryonic development, and are important for maintaining life-long valve integrity and function. In contrast to a continuous endothelium over the surface of healthy valve leaflets, VEC disruption is commonly observed in malfunctioning valves and is associated with pathological processes that promote valve disease and dysfunction. Despite the clinical relevance, focused studies determining the contribution of VECs to development and disease processes are limited. The isolation of VECs from animal models would allow for cell-specific experimentation. VECs have been isolated from large animal adult models but due to their small population size, fragileness, and lack of specific markers, no reports of VEC isolations in embryos or adult small animal models have been reported. Here we describe a novel method that allows for the direct isolation of VECs from mice at embryonic and adult stages. Utilizing the Tie2-GFP reporter model that labels all endothelial cells with Green Fluorescent Protein (GFP), we have been successful in isolating GFP-positive (and negative) cells from the semilunar and atrioventricular valve regions using fluorescence activated cell sorting (FACS). Isolated GFP-positive VECs are enriched for endothelial markers, including CD31 and von Willebrand Factor (vWF), and retain endothelial cell expression when cultured; while, GFP-negative cells exhibit molecular profiles and cell shapes consistent with VIC phenotypes. The ability to isolate embryonic and adult murine VECs allows for previously unattainable molecular and functional studies to be carried out on a specific valve cell population, which will greatly improve our understanding of valve development and disease mechanisms.

The ability to isolate heart valve endothelial cells (VECs) is critical for understanding mechanisms of valve development, maintenance, and disease. Here we describe the isolation of VECs from embryonic and adult Tie2-GFP mice using FACS that will allow for studies determining the contribution of VECs in developmental and disease processes.

Murin Vana Endotel Hücreleri İzolasyon

Normal valve structures consist of stratified layers of specialized extracellular matrix (ECM) interspersed with valve interstitial cells (VICs) and ...

Use of MALDI-TOF Mass Spectrometry and a Custom Database to Characterize Bacteria Indigenous to a Unique Cave Environment (Kartchner Caverns, AZ, USA)

MALDI-TOF mass spectrometry has been shown to be a rapid and reliable tool for identification of bacteria at the genus and species, and in some cases, strain levels. Commercially available and open source software tools have been developed to facilitate identification; however, no universal/standardized data analysis pipeline has been described in the literature. Here, we provide a comprehensive and detailed demonstration of bacterial identification procedures using a MALDI-TOF mass spectrometer. Mass spectra were collected from 15 diverse bacteria isolated from Kartchner Caverns, AZ, USA, and identified by 16S rDNA sequencing. Databases were constructed in BioNumerics 7.1. Follow-up analyses of mass spectra were performed, including cluster analyses, peak matching, and statistical analyses. Identification was performed using blind-coded samples randomly selected from these 15 bacteria. Two identification methods are presented: similarity coefficient-based and biomarker-based methods. Results show that both identification methods can identify the bacteria to the species level.

Use of MALDI-TOF Mass Spectrometry and a Custom Database to Characterize Bacteria Indigenous to a Unique Cave Environment Kartchner Caverns, AZ, USA

This work details procedures for rapid identification of bacteria using MALDI-TOF MS. The identification procedures include spectrum acquisition, database construction, and follow up analyses. Two identification methods, similarity coefficient-based and biomarker-based methods, are presented.

MALDI-TOF Kütle Spektrometresi ve Özel Veritabanı kullanımı Benzersiz Mağarası Çevre (Kartchner mağaraları, AZ, ABD) Yerli Bakteriler niteleyin için

MALDI-TOF mass spectrometry has been shown to be a rapid and reliable tool for identification of bacteria at the genus and species, and in some cases, ...

Imaging Spatial Reorganization of a MAPK Signaling Pathway Using the Tobacco Transient Expression System

Visualization of dynamic signaling events in live cells has been a challenge. We expanded an established transient expression system, the biomolecular fluorescent complementation (BiFC) assay in tobacco epidermal cells, from testing protein-protein interaction to monitoring spatial distribution of signal transduction in plant cells. In this protocol, we used the BiFC assay to show that the interaction and the signaling between the Arabidopsis MAPKKK YODA and MAPK6 occur at the plasma membrane. When the scaffold protein BASL was co-expressed, the YODA-MAPK interaction redistributed and spatially co-polarized with CFP-BASL. This modified tobacco expression system allows for quick examination of signaling localization and dynamic changes (less than 4 days) and can accommodate multiple of fluorescent protein colors (at least three). We also presented detailed methods to quantify protein distribution (asymmetric spatial localization, or &#34;polarization&#34;) in tobacco cells. This advanced tobacco expression system has a potential to be used widely for quick testing of dynamic signaling events in live plant cells.

At the subcellular level, signaling events are dynamically modulated by developmental and environmental cues. Here we describe a protocol that employs the tobacco transient expression system to monitor dynamic protein-protein interaction and to disclose spatial organization of signal transduction in plant cells.

Tütün Geçici İfade Sisteminin Kullanılması bir MAPK sinyal yolu Mekansal Reorganizasyon Görüntüleme

Visualization of dynamic signaling events in live cells has been a challenge. We expanded an established transient expression system, the biomolecular ...

Adipo-Clear: A Tissue Clearing Method for Three-Dimensional Imaging of Adipose Tissue

Adipose tissue plays a central role in energy homeostasis and thermoregulation. It is composed of different types of adipocytes, as well as adipocyte precursors, immune cells, fibroblasts, blood vessels, and nerve projections. Although the molecular control of cell type specification and how these cells interact have been increasingly delineated, a more comprehensive understanding of these adipose-resident cells can be achieved by visualizing their distribution and architecture throughout the whole tissue. Existing immunohistochemistry and immunofluorescence approaches to analyze adipose histology rely on thin paraffin-embedded sections. However, thin sections capture only a small portion of tissue; as a result, the conclusions can be biased by what portion of tissue is analyzed. We have therefore developed an adipose tissue clearing technique, Adipo-Clear, to permit comprehensive three-dimensional visualization of molecular and cellular patterns in whole adipose tissues. Adipo-Clear was adapted from iDISCO/iDISCO+, with specific modifications made to completely remove the lipid stored in the tissue while preserving native tissue morphology. In combination with light-sheet fluorescence microscopy, we demonstrate here the use of the Adipo-Clear method to obtain high-resolution volumetric images&#160;of an entire adipose tissue.

Due to the high lipid content, adipose tissue has been challenging to visualize using traditional histological methods. Adipo-Clear is a tissue clearing technique that allows robust labeling and high-resolution volumetric fluorescent imaging of adipose tissue. Here, we describe the methods for sample preparation, pretreatment, staining, clearing, and mounting for imaging.

Adipo-Clear: Bir doku Yöntem yağ dokusu üç boyutlu görüntüleme için temizlenmesi

Adipose tissue plays a central role in energy homeostasis and thermoregulation. It is composed of different types of adipocytes, as well as adipocyte ...

Sample Preparation for Metabolic Profiling using MALDI Mass Spectrometry Imaging

Metabolomics, the study to identify and quantify small molecules and metabolites present in an experimental sample, has emerged as an important tool to investigate the biological activities during development and diseases. Metabolomics approaches&#160;are widely employed in the study of cancer, nutrition/diet, diabetes, and other physiological and pathological conditions involving metabolic processes. An advantageous tool that aids in metabolomic profiling advocated in this paper is matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry imaging (MALDI MSI). Its ability to detect metabolites in situ without labeling, structural modifications, or other specialized reagents, such as those used in immunostaining, makes MALDI MSI a unique tool in advancing methodologies relevant in the field of metabolomics. An appropriate sample preparation process is critical to yield optimal results and will be the focus of this paper.

The goal of this protocol is to provide detailed guidance on the sample preparation when planning for experiments using MALDI MSI to maximize metabolic and molecular detection in biological samples.

MALDI Kütle Spektrometresi Görüntüleme Kullanarak Metabolik Profilleme için Örnek Hazırlama

Metabolomics, the study to identify and quantify small molecules and metabolites present in an experimental sample, has emerged as an important tool to ...

A Step-by-Step Guide to Mosquito Electroantennography

Female mosquitoes are the deadliest animals on earth, claiming the lives of more than 1 million people every year due to pathogens they transmit when acquiring a blood-meal. To locate a host to feed on, mosquitoes rely on a wide range of sensory cues, including visual, mechanical, thermal, and olfactory. The study details a technique, electroantennography (EAG), that allows researchers to assess whether the mosquitoes can detect individual chemicals and blends of chemicals in a concentration-dependent manner. When coupled with gas-chromatography (GC-EAG), this technique allows to expose the antennae to a full headspace/complex mixture and determines which chemicals present in the sample of interest, the mosquito can detect. This is applicable to host body odors as well as plant floral bouquets or other ecologically relevant odors (e.g., oviposition sites odorants). Here, we described a protocol that permits long durations of preparation responsiveness time and is applicable to both female and male mosquitoes from multiple genera, including Aedes, Culex, Anopheles, and Toxorhynchites mosquitoes. As olfaction plays a major part in mosquito-host interactions and mosquito biology in general, EAGs and GC-EAG can reveal compounds of interest for the development of new disease vector control strategies (e.g., baits). Complemented with behavioral assays, the valence (e.g., attractant, repellent) of each chemical can be determined.

The present article details a step-by-step protocol for successful and low noise electroantennograms in several genera of mosquitoes, including both females and males.

Sivrisinek elektroantennografisi için adım adım kılavuz

Female mosquitoes are the deadliest animals on earth, claiming the lives of more than 1 million people every year due to pathogens they transmit when ...

Murin Beyaz Yağ Dokusunun Yarı Otomatik İzolasyonu

Semi-Automated Isolation of the Stromal Vascular Fraction from Murine White Adipose Tissue Using a Tissue Dissociator

The in vitro study of white, brown, and beige adipocyte differentiation enables the investigation of cell-autonomous functions of adipocytes and their mechanisms. Immortalized white preadipocyte cell lines are publicly available and widely used. However, the emergence of beige adipocytes in white adipose tissue in response to external cues is difficult to recapitulate to the full extent using publicly available white adipocyte cell lines. Isolation of the stromal vascular fraction (SVF) from murine adipose tissue is commonly executed to obtain primary preadipocytes and perform adipocyte differentiation. However, mincing and collagenase digestion of adipose tissue by hand can result in experimental variation and is prone to contamination. Here, we present a modified semi-automated protocol that utilizes a tissue dissociator for collagenase digestion to achieve easier isolation of the SVF, with the aim of reducing experimental variation, reducing contamination, and increasing reproducibility. The obtained preadipocytes and differentiated adipocytes can be used for functional and mechanistic analyses.

Yazar Spotlight: Murin Beyaz Yağ Dokusundan Stromal Vasküler Fraksiyonun Bir Doku Ayrıştırıcı Kullanılarak Yarı Otomatik İzolasyonu  

This protocol describes the semi-automated isolation of the stromal vascular fraction (SVF) from murine adipose tissue to obtain preadipocytes and achieve adipocyte differentiation in vitro. Using a tissue dissociator for collagenase digestion reduces experimental variation and increases reproducibility.

Bir Doku Dissosiyatör Kullanarak Stromal Vasküler Fraksiyonun Murin Beyaz Yağ Dokusundan Yarı Otomatik İzolasyonu

The in vitro study of white, brown, and beige adipocyte differentiation enables the investigation of cell-autonomous functions of adipocytes and their ...