نشكر الايض UAB المستهدفة ومختبر البروتيوميات، والتي تمت بدعم في جزء من الجلد مركز بحوث أمراض UAB (P30 AR050948 إلى C. Elmets)، ومركز جامعة كاليفورنيا سان دييغو UAB-اوبراين الحادة الكلى الإصابة (P30 DK079337 إلى A. أغاروال ) ومركز صحة الرئة UAB (R01 HL114439، R01 HL110950 إلى JE بلالوك). وكان الدعم لمطياف الكتلة من NCRR المشتركة الأجهزة منحة (S10 RR19261 إلى S. بارنز). كما نشكر راي مور لتقديم الدعم التقني. C. وقدمت سلالات ايليجانس من قبل مركز علم الوراثة انواع معينة، والذي يتم تمويله من قبل المعاهد الوطنية للصحة. وأيد هذا العمل من قبل المعاهد الوطنية للصحة (R01GM085105 إلى MAM، بما في ذلك الملحق الإداري الأذربيجانية).

البروتوكول كما هو موضح أدناه وينقسم إلى ثلاثة أقسام: الثقافة دودة، واستخراج البروستاجلاندين، وتحليل البروستاجلاندين. كما لاحظت، هناك نقاط متعددة عند عينات يمكن تخزينها مؤقتا في -80 درجة مئوية أو -20 درجة مئوية. 1. ثقافة دودة نوصي حوالي 6 غرام من الديدان المرحلة المختلطة للLC-MS/MS شاملة. وينبغي أن يوفر ما يكفي من المواد لكشف لا يقل عن ستة حقن منفصلة. لتقدير حجم PGS معروفة من قبل MRM في حقنة واحدة أو اثنتين، 1-2 غرام كافية. تحليل مقتطفات من الثقافات المتزامنة التي تتكون من مرحلة محددة من الممكن أيضا. يمكن زراعتها تصل إلى 4 سلالات مختلفة في نفس الوقت. على سبيل المثال، وهو نوع البرية السيطرة وثلاث سلالات متحولة مختلفة. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إعداد 65 X-الكبيرة (16 سم) لوحات NGM والبكتيريا المركزة للتغذية التكميلية. استخدام NA22 البكتيريا للبذار. لجعل البكتيريا المركزة للتغذية تكميلية، غروث لا يقل عن أربعة لترات من NA22 في المتوسط ​​LB لل16-24 ساعة. تدور باستمرار، وإزالة طاف، والبكتيريا resuspend في 100 مل من M9 العازلة. قد تكون هناك حاجة 200-400 مل من هذا المحلول البكتيرية المركزة لكل سلالة دودة. تخزينها في 4 درجة مئوية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> بدء الثقافات دودة على 5 لوحات X-كبير. تنمو الديدان لحوالي 3-4 أجيال حتى لوحات مليئة البالغين حامل. وينبغي أن يضاف البكتيريا المركزة لوحات لمنع المجاعة، حسب الاقتضاء (~ 1 مل / لوحة والسماح جافة تماما قبل إعادة تركيب الغطاء). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> غسل المنحرفين حامل قبالة لوحات مع M9 العازلة وجمع الديدان في 50 مل أنبوب البولي بروبلين المخروطية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تسمح المنحرفين حامل لتستقر في القاع (عادة حوالي 3-5 دقائق). إزالة طاف، بما في ذلك البكتيريا، والبيض، والديدان مرحلة اليرقات. resuspend في 15 مل M9 العازلة والمزيج بلطف. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> نقل 200 ميكرولتر من تعليق دودة إلى كل من لوحات NGM المصنفة 60. تفريق الديدان عبر لوحات. إبقاء حل دودة مختلطةجيدا حتى جميع لوحات تم المصنفة للتأكد من أنها تستقبل أعدادا متساوية تقريبا من الديدان. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تكملة مع البكتيريا المركزة حسب الحاجة (~ 1 ml/plate/12 إلى 24 فترة ساعة) لمنع المجاعة. السماح لوحات في الهواء الجاف قبل استبدال الأغطية. تنمو الديدان لمدة 2-4 أجيال، اعتمادا على العدد الأصلي من الديدان المصنف، أو حتى لوحات مليئة البالغين حامل. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> الحصاد لوحات دودة سلالة واحدة في وقت واحد. غسل الديدان قبالة لوحات مع M9 العازلة وجمع في 50 مل أنابيب البولي بروبلين (على سبيل المثال 6 أنابيب). استخدام M9 العازلة لغسل لوحة، ثم نقل المخزن المؤقت دودة مملوءة إلى لوحة المقبل. بعد غسل وعدد (على سبيل المثال. ال 10) من لوحات، ونقل المخزن المؤقت دودة مملوءة إلى أنبوب مل 50. ملء أنبوب إلى الأعلى مع M9 العازلة. تكرار غسل لبقية لوحات. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> كما من البالغين حامل تترسب في القاع في 5-6 دقائق، وإزالة طاف (~ 35 مل)، ودمجهما في واحد أو اثنين من الأنابيب. ملء أنابيب إلى 50 مل مع الابعش M9 العازلة، واسمحوا الوقوف لمدة 3-5 دقائق، وإزالة طاف مغادرة البالغين حامل. كرر 3 مرات أو حتى طاف هو شفاف. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> باستخدام كبيرة تتحمل ماصة باستير، كما نقل العديد من الديدان ممكن لاثنين من البولي بروبلين 15 مل أنابيب مخروطية. تدور باستمرار في إطار التعاون الإقليمي 1،000 (3،500 دورة في الدقيقة ~ في CentraSL2) لمدة 5 دقائق في جهاز للطرد المركزي السريرية. إزالة طاف وتكرار حتى يتم نقل جميع الديدان ومكعبات في نفس الأنبوب. إزالة أكبر قدر ممكن من طاف والديدان تخزينها في -80 درجة مئوية. أكرر للجميع سلالات. </li></ol> 2. استخراج البروستاجلاندين يتم عرض الكواشف اللازمة لاستخراج أدناه. تم تعديل الأسلوب من أن من Golovko وميرفي 17 ويشمل استخراج الأسيتون تليها تنقية السائل السائل، مما يعزز LC-MS/MS حساسية. ويستخدم رصاصة خلاط الخالط 5 في الإجراء، على الرغم من أن نتائج مماثلة يمكن الحصول عليها مع الخالط Dounce. hydroxytolue بوتيلوتستخدم NE (BHT) والتبخر تحت النيتروجين (N 2) الغاز لمنع الأكسدة. وينبغي siliconized جميع الأواني الزجاجية (Sigmacote) للحد من الدهون ملزم. استخراج مع المذيبات العضوية يجب أن يؤديها في غطاء الكيميائية. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> وزن 50 مل أنبوب البولي بروبلين المخروطية. نقل ما يقرب من 6.0 غرام من الديدان المجمدة من 15 مل أنبوب مخروطي تخزينها في -80 درجة مئوية من خلال قطع أنبوب بشفرة حلاقة الساخنة القريبة من علامة مل 6.5. ملعقة الميثانول تنظيفها يمكن استخدامها لإزالة المجمدة دودة بيليه من أسفل الأنبوب. من خلال قطع بيليه لاسترداد الجزء السفلي، والديدان اليرقات أقل كثافة والبكتيريا المتبقية من الجزء العلوي من بيليه وتركت وراءها. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> نقل الديدان المجمدة إلى ما قبل وزنه 50 مل أنبوب مخروطي الشكل. إذا ويجري تجهيز عينات متعددة، واستخدام نفس المبلغ (6.0 غ) من الأنسجة للدراسات المقارنة. وذوبان الديدان إلى عجينة، وإضافة أو إزالة الديدان مع ملعقة للحصول على كتلة تريد. اختياري: إعلاند 1.00 نانوغرام من PGF 2α-D4 القياسية باعتبارها الرقابة الداخلية للكفاءة الاستخراج. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إضافة 12 مل من الجليد الباردة 02:01 الأسيتون / المالحة مع 0.005٪ BHT إلى تعليق دودة ومزيج جيد من قبل vortexing. الاستغناء عن 1.5 مل من الطين دودة إلى كل من اثني عشر 5 مل أنابيب بلاستيكية قائمة بذاتها لاستخدامها في خلاط رصاصة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إضافة 0.7-0.8 مل من 0.5 ملم استقرت قطر سيريا الخرز أكسيد الزركونيوم إلى كل أنبوب 5 مل. إغلاق قبعات بإحكام وتحميل 12 الأنابيب في خلاط رصاصة الخالط 5. تشغيل الخلاط لمدة 3 دقائق على سرعة 8-9 ووضع أنابيب على الجليد. تأكد من إغلاق الأغطية بإحكام جدا أو محتوى قد تمتد إلى. تحقق 10 ميكرولتر من جناسة من أنبوب واحد على شريحة باستخدام المجسام. يجب أن يكون هناك عدد قليل جدا من الديدان سليمة المتبقية. تكرار في نفس السرعة لمدة دقيقة أخرى، إذا لزم الأمر. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> نقل الخليط بالتساوي إلى أربع 10 مل أنابيب زجاجية المخروطية باستخدام 9 &quot;ماصة باستير. تجنب حبات نقل. تغسل حبات من ثلاثة أنابيب sequentially مع 1 مل 1:2 الأسيتون / المالحة التي تحتوي على BHT. كرر لأنابيب أخرى حتى يتم غسلها كل الخرز. نقل الحل المتبقية (~ 4 مل) إلى 10 مل أنابيب الزجاج ووضعها على الجليد. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> أجهزة الطرد المركزي في 10 مل أنابيب زجاجية في 4 درجات مئوية في جهاز للطرد المركزي السريرية في ~ 1،000 x ج لمدة 10 دقيقة. نقل طاف من كل أنبوب إلى نظيفة 10 مل زجاج أنبوب مخروطي الشكل. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> في غطاء الكيميائية، إضافة حجم مساو من الهكسان لكل 10 مل أنبوب زجاجي. على سبيل المثال، إضافة 3.5 مل الهكسان إلى 3.5 مل الأسيتون / محلول ملحي. دوامة في أقصى سرعة لمدة 30 ثانية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> أجهزة الطرد المركزي في 10 مل أنابيب زجاجية في 4 درجات مئوية في جهاز للطرد المركزي السريرية في ~ 1،000 x ج لمدة 10 دقيقة. تجاهل المرحلة العليا التي تحتوي على الدهون الهكسان واتهم محايد. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> يحمض مرحلة انخفاض الرقم الهيدروجيني إلى 3.5 باستخدام 2 M حمض الفورميك (حوالي 100-150 ميكرولتر). اختبار الرقم الهيدروجيني باستخدام شرائح الأس الهيدروجيني. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إضافة حجم مساو من كلوروفورم لكل أنبوب. دوامة في أقصى سرعة لمدة 30 ثانية وأجهزة الطرد المركزي أنابيب في 4 درجات مئوية طNA الطرد المركزي السريرية في ~ 1،000 x ج لمدة 10 دقيقة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إزالة والتخلص من الطبقه المائيه العليا. إدراج غيض ماصة من خلال أي الطور البيني حليبي المتبقية إلى المرحلة كلوروفورم أقل، وتجنب الطور البيني. جمع المرحلة أقل من كل من 4 أنابيب لنظيفة 15 مل أنبوب زجاجي مخروطي. في احتضان -20 درجة مئوية لمدة لا تقل عن 24 ساعة. عند هذه النقطة، يمكن تخزين استخراج في -20 درجة مئوية لمدة تصل إلى أسبوعين. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> أخذ المقتطف من الثلاجة وتجاهل ما تبقى من حليبي الطبقة العليا مائي، إذا كان موجودا. نقل المرحلة كلوروفورم إلى المسمى تفلون مبطنة ونصف الدرهم قارورة من الزجاج باستخدام الماصة باستور جديدة. في غطاء الكيميائية، يتبخر جزء قابل للذوبان الكلوروفورم إلى جفاف في إطار تدفق لطيف من N 2 الغاز. يمكن تخزين استخراج المجففة في -20 درجة مئوية لمدة تصل الى 2 أسابيع. يظهر مخطط شامل يستخدم لاستخراج PG والتحليل في الشكل 1. </li></ol> 3. تحليل البروستاجلاندين <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إعداد الأوراق الماليةحلول البروستاجلاندين المرجعية الفردية، مثل PGF 2α أو PGF 2 α-D4 (1 ميكروغرام / مل) في الميثانول وتمييع مع الميثانول: الماء (8:2 V / V) للحصول على حل العاملة. إعداد سلسلة من التخفيفات (100، 10، 1، 0.1، 0.01 نانوغرام / مل) لإنشاء منحنى القياسية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إضافة 200 ميكرولتر الميثانول: الماء (8:2 V / V) إلى C. المجففة ايليجانس استخراج الدهن (ق) وتخلط جيدا. إذا تم استخراج أقل من 6 غرام من الأنسجة دودة، ينبغي معلق استخراج المجففة في حجم أقل من الميثانول: المحلول المائي. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إعداد المرحلة المتنقلة تتكون من حمض الفورميك بنسبة 0.1٪ في الماء [A] والأسيتونتريل التي تحتوي على حمض الفورميك بنسبة 0.1٪ [B]. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إعداد الاوتوماتيكى في 4 درجات مئوية ووضع قوارير عينة في 70 العد 1.5 مل رف قارورة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> يوازن التآزر المائية عمود RP-C18 مع حمض الفورميك بنسبة 0.1٪ في معدل تدفق 0.2 مل / دقيقة لمدة 5 دقائق. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> حقن العينة (20-50 ميكرولتر) في العمود. أداء بداية شطف التدرججي مع 10٪ B وتصل إلى 80٪ B 0-11 دقيقة، 80-100٪ B 11-14 دقيقة، والعودة مرة أخرى إلى 10٪ B في 16 دقيقة. مجموع وقت التشغيل هو 20 دقيقة. وتظهر مرات الاحتفاظ من 13 المعايير الأصيلة في الجدول 1 للإشارة 3. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> يعرض العمود النفايات السائلة في مطياف الكتلة باستخدام واجهة ESI التشغيل في وضع الأيونات السالبة. ويستخدم النيتروجين باعتبارها البخاخات والغاز الستار (CUR = 10). يتم تعيين الغاز الاصطدام، والطاقة الاصطدام، ودرجة الحرارة في 10، -35 فولت و 600 درجة مئوية، على التوالي. يتم تعيين المحتملة Declustering (DP)، الاصطدام الطاقة (CE)، وإمكانية خروج الخلية (CXP) في -90، -35 و -10، على التوالي. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> لاجراء الفحوصات مسح (المسح Q1)، استخدام وضع الأيونات السالبة في النطاق الشامل من م / ض 315-360 لمعظم PGS (الشكل 2). ويمكن تغيير المدى، اعتمادا على كتلة مركب (ق) من الفائدة. استخراج الأيونات من المجموع الحالي ايون (TIC) من LC-MS المخططات الاستشرابية أيون وتحديد ما إذا كان المقتطفالأيونات تيد تتوافق مع أيونات deprotonated أو معقد إضافي، أو إلى أيونات شظية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> للتجارب MRM، انتقال كتلة m / Z يستخدم 355/311 للكشف عن فئة F1، م / ض يستخدم 353/193 للفئة F2، ويستخدم م / ض 351/193 أو 351/191 للفئة F3 (الشكل 3). يستخدم MRM أيضا للكشف عن معيار الداخلية (على سبيل المثال، م / ض 357/197 لPGF 2α-D4) وتوليد منحنى القياسية. انظر ميرفي وآخرون. للحصول على معلومات إضافية حول التحولات الشامل PG 18. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> لMS / MS التجارب، استخدم م / ض 355 لفئة F1، م / ض 353for فئة F2، وم / ض 351for F3 PGS فئة. C. ايليجانس MS / MS البيانات للPGS F-series هو متاح في الشكل 4 و الجدول 2 3،16. MS / MS البيانات للeicosanoids الثدييات هو متاح في <a href="http://www.lipidmaps.org" target="_blank">www.lipidmaps.org</a> . </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> معالجة البيانات التحليلية باستخدام Analysر البرنامج (النسخة 1.4.2، النظم البيولوجية التطبيقية). </li></ol>

<ol>
	<li>Watts, J. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fat+synthesis+and+adiposity+regulation+in+Caenorhabditis+elegans.">Fat synthesis and adiposity regulation in Caenorhabditis elegans.</a> Trends Endocrinol. Metab. 20, 58-65 (2009).</li><li>Marza, E., Lesa, G. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Polyunsaturated+fatty+acids+and+neurotransmission+in+Caenorhabditis+elegans.">Polyunsaturated fatty acids and neurotransmission in Caenorhabditis elegans.</a> Biochem. Soc. Trans. 34, 77-80 (2006).</li><li>Edmonds, J. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Insulin/FOXO+signaling+regulates+ovarian+prostaglandins+critical+for+reproduction.">Insulin/FOXO signaling regulates ovarian prostaglandins critical for reproduction.</a> Dev. Cell. 19, 858-871 (2010).</li><li>Kniazeva, M., Shen, H., Euler, T., Wang, C., Han, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Regulation+of+maternal+phospholipid+composition+and+IP(3)-dependent+embryonic+membrane+dynamics+by+a+specific+fatty+acid+metabolic+event+in+C.+elegans.">Regulation of maternal phospholipid composition and IP(3)-dependent embryonic membrane dynamics by a specific fatty acid metabolic event in C. elegans.</a> Genes Dev. 26 (3), 554-566 (2012).</li><li>Kosel, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Eicosanoid+formation+by+a+cytochrome+P450+isoform+expressed+in+the+pharynx+of+Caenorhabditis+elegans.">Eicosanoid formation by a cytochrome P450 isoform expressed in the pharynx of Caenorhabditis elegans.</a> Biochem. J. 435, 689-700 (2011).</li><li>Kubagawa, H. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Oocyte+signals+derived+from+polyunsaturated+fatty+acids+control+sperm+recruitment+in+vivo.">Oocyte signals derived from polyunsaturated fatty acids control sperm recruitment in vivo.</a> Nat Cell Biol. 8, 1143-1148 (2006).</li><li>Lucanic, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=N-acylethanolamine+signalling+mediates+the+effect+of+diet+on+lifespan+in+Caenorhabditis+elegans.">N-acylethanolamine signalling mediates the effect of diet on lifespan in Caenorhabditis elegans.</a> Nature. 473, 226-229 (2011).</li><li>Gerisch, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+bile+acid-like+steroid+modulates+Caenorhabditis+elegans+lifespan+through+nuclear+receptor+signaling.">A bile acid-like steroid modulates Caenorhabditis elegans lifespan through nuclear receptor signaling.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 104, 5014-5019 (2007).</li><li>Edison, A. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Caenorhabditis+elegans+pheromones+regulate+multiple+complex+behaviors.">Caenorhabditis elegans pheromones regulate multiple complex behaviors.</a> Curr. Opin. Neurobiol. 19, 378-388 (2009).</li><li>Funk, C. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Prostaglandins+and+leukotrienes:+advances+in+eicosanoid+biology.">Prostaglandins and leukotrienes: advances in eicosanoid biology.</a> Science. 294, 1871-1875 (2001).</li><li>Wang, D., Dubois, R. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Eicosanoids+and+cancer.">Eicosanoids and cancer.</a> Nat. Rev. Cancer. 10, 181-193 (2010).</li><li>Cha, Y. I., Solnica-Krezel, L., DuBois, R. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fishing+for+prostanoids:+deciphering+the+developmental+functions+of+cyclooxygenase-derived+prostaglandins.">Fishing for prostanoids: deciphering the developmental functions of cyclooxygenase-derived prostaglandins.</a> Dev. Biol. 289, 263-272 (2006).</li><li>Hata, A. N., Breyer, R. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pharmacology+and+signaling+of+prostaglandin+receptors:+multiple+roles+in+inflammation+and+immune+modulation.">Pharmacology and signaling of prostaglandin receptors: multiple roles in inflammation and immune modulation.</a> Pharmacol. Ther. 103, 147-166 (2004).</li><li>Sugimoto, Y., Narumiya, S., Ichikawa, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Distribution+and+function+of+prostanoid+receptors:+studies+from+knockout+mice.">Distribution and function of prostanoid receptors: studies from knockout mice.</a> Prog. Lipid Res. 39, 289-314 (2000).</li><li>Basu, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Isoprostanes:+novel+bioactive+products+of+lipid+peroxidation.">Isoprostanes: novel bioactive products of lipid peroxidation.</a> Free Radic. Res. 38, 105-122 (2004).</li><li>Hoang, H. D., Prasain, J. K., Dorand, D., Miller, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+heterogenous+mixture+of+F-series+prostaglandins+promotes+sperm+guidance+in+the+C.+elegans+reproductive+tract.">A heterogenous mixture of F-series prostaglandins promotes sperm guidance in the C. elegans reproductive tract.</a> PLoS Genetics. 9 (1), e1003271 (2013).</li><li>Golovko, M. Y., Murphy, E. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+improved+LC-MS/MS+procedure+for+brain+prostanoid+analysis+using+brain+fixation+with+head-focused+microwave+irradiation+and+liquid-liquid+extraction.">An improved LC-MS/MS procedure for brain prostanoid analysis using brain fixation with head-focused microwave irradiation and liquid-liquid extraction.</a> J. Lipid Res. 49, 893-902 (2008).</li><li>Murphy, R. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Electrospray+ionization+and+tandem+mass+spectrometry+of+eicosanoids.">Electrospray ionization and tandem mass spectrometry of eicosanoids.</a> Anal. Biochem. 346, 1-42 (2005).</li><li>Milne, G. L., Yin, H., Morrow, J. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Human+biochemistry+of+the+isoprostane+pathway.">Human biochemistry of the isoprostane pathway.</a> J. Biol. Chem. 283, 15533-15537 (2008).</li><li>Lehtonen, M., Reisner, K., Auriola, S., Wong, G., Callaway, J. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mass-spectrometric+identification+of+anandamide+and+2-arachidonoylglycerol+in+nematodes.">Mass-spectrometric identification of anandamide and 2-arachidonoylglycerol in nematodes.</a> Chem. Biodivers. 5, 2431-2441 (2008).</li><li>Kulas, J., Schmidt, C., Rothe, M., Schunck, W. H., Menzel, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cytochrome+P450-dependent+metabolism+of+eicosapentaenoic+acid+in+the+nematode+Caenorhabditis+elegans.">Cytochrome P450-dependent metabolism of eicosapentaenoic acid in the nematode Caenorhabditis elegans.</a> Arch. Biochem. Biophys. 472, 65-75 (2008).</li><li>Watts, J. L., Browse, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genetic+dissection+of+polyunsaturated+fatty+acid+synthesis+in+Caenorhabditis+elegans.">Genetic dissection of polyunsaturated fatty acid synthesis in Caenorhabditis elegans.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99, 5854-5859 (2002).</li></ol>

الكتاب ليس لديهم تضارب في المصالح.

نحن تصف الإجراء لاستخراج وتحليل eicosanoid، مع التركيز على PGS F-سلسلة. هناك عدة أجزاء من الإجراء الذي يمكن أن يكون مشكلة. أولا، من المهم جدا أن الثقافات دودة لا يتضورون جوعا، والمجاعة يمكن أن يغير الأيض PG. للتغذية تكميلية، وينصح NA22 البكتيريا بدلا من أكثر شيوعا OP50 البكتيريا بسبب NA22 تصل كثافة أعلى. ومع ذلك، فإن سلالة NA22 يفتقر إلى مقاومة المضادات الحيوية، وأكثر عرضة للتلوث. الثانية، والديدان توليف الهكسان PG الفردية في وفرة منخفض نسبة إلى أنسجة الثدييات. هذا قد يكون راجعا في جزء منه إلى التكرار بين العديد من الهكسان. نوصي حوالي 6 غرام من الأنسجة لتحليل شامل وإشارات أقوى. أقل الأنسجة (1-2 غرام) يمكن استخدامها إذا هو معلق استخراج المجففة في أقل الميثانول: حل المياه لزيادة تركيز PG. ومع ذلك، والحقن 1-2 فقط لا يمكن أن يؤديها. الحد من الكشف عن نظام LC-MS/MS لدينا حوالي 10 خريجPGF 2α / مل. واحد مل من المكتظ الديدان المرحلة المختلطة (حوالي 1 ز) تعطي ما يقرب من 25-50 خريج من CePGF2. ويمكن لنظم قياس الطيف الكتلي أكثر حساسية تقليل كمية الأنسجة دودة المطلوبة للتحليل. الثالث، والاختلافات في PG كفاءة الاستخراج بين عينات يمكن أن يسبب نتائج متغير. لقد وجدنا أن كفاءة الاستخراج هي مشابهة جدا عندما يتم استخراج الأنسجة بشكل متواز. لتحديد الكفاءة، إضافة 1.0 نانوغرام من PGF 2α-D 4 في خطوة التجانس باعتبارها الرقابة الداخلية. MRM باستخدام التحول الشامل M / Z يستخدم 357/197 لقياس PGF 2α-D4 التركيز النسبي إلى 1 نانوغرام / مل حل القياسية. ثم يتم احتساب مبلغ PGF 2α-D 4 المفقود خلال الاستخراج. المعلمات اللوني والتحولات الشامل ندرج يمكن تغييرها لكشف PGS وeicosanoids الأخرى. على الرغم من الجهد الكبير، ونحن لم تكن قادرة على تحديد D-سلسلة أو E-سرالمنشأ PGS في مقتطفات 17. وعلاوة على ذلك، ونحن لم الكشف عن 8-ISO PGF 2α و 8 ISO PGE 2 التي هي سمة من بيروكسيد مجانا بمبادرة الراديكالية، الذي يولد خليط غير انتقائية من PG الفراغية 19. سواء الديدان تجميع أنواع PG الأخرى غير معروف. تم العثور على Endocannabinoids ومختلف الايبوكسي وهيدروكسي الأيضات من الأراكيدونيك والأحماض الدهني في C. ايليجانس مقتطفات 5،7،20،21. من المستحسن استخدام كل من MRM وMS / MS بالمقارنة مع معايير أصيلة لتقدير وتحديد الهوية، على التوالي. لeicosanoids الرواية، ينبغي الجمع بين هذه التحليلات مع دراسة مقارنة من المسوخ الدهون، والتي تعاني من نقص في بوفا توليف الانزيمات 22، فضلا عن فحص وظيفية، إذا كان ذلك ممكنا. والتحذير لتحليل المسوخ الدهون هو أن كميات دقيقة من PUFAs موجودة في الديدان هي كافية لتخليق PG. على سبيل المثال، والدهون-2 (wa17) المسوختحتوي على كمية صغيرة من D12 النشاط desaturase (~ 5٪ من النوع البري 22) وهذه المسوخ ما زالت تنتج PGS 6. الدهون 3 (wa22) والدهون 4 (WA14) المسوخ تفشل في تجميع PGS المستمدة من الأراكيدونيك والأحماض الدهني 16 . ونحن أيضا قد وجدت أن المسوخ الدهون تعويض عن فقدان الطبقات بوفا بنسبة تصل التنظيم التوليف PG من الطبقات المتبقية. على سبيل المثال، فشل الدهون 3 (wa22) المسوخ لتجميع معظم PGS المستمدة من PUFAs 20 الكربون. بدلا من ذلك، فإنها تظهر ليصل تنظيم PGS الرواية المستمدة من الكربون 18 PUFAs 16. حتى الآن، ونحن لم تتعرف على C. ايليجانس السلالة التي تعاني من عجز تماما في التركيب PG. فمن الممكن أن PGS ضرورية لنمو أو تنمية.

البروستاجلاندين (PGS) هي فئة هامة من الهرمونات الدهون التي تم التحقيق فيها على نطاق واسع وتورط في تنظيم الاستنساخ، والحصانة، والتنمية في مجموعة واسعة من الكائنات الحية 12-14. هي مناسبة بشكل مثالي لPGS تحليلات شاملة بيولوجيا الأنظمة لأنها تضم ​​سلسلة من الدهون المستمدة من السلائف الشائعة (ق). الديدان الخيطية C. ايليجانس هي واحدة من الكائنات النموذج الأكثر استخداما لمعالجة المسائل الأساسية في علم الوراثة وبيولوجيا الأنظمة. لقد أثبتنا أن C. ايليجانس يجمع PGS F-سلسلة دليل أن الحيوانات المنوية القادرة على الحركة إلى البويضات 3،6،16. وقد تم تحديد PGS F-سلسلة المستمدة من PUFAs 20 الكربون مع ثلاثة، أربعة، وخمسة السندات المزدوجة، التي تتألف منها F1، F2، F3 والطبقات، على التوالي 3،16. وقد تم تجميع هذه PGS مستقلة من الانزيمات انزيمات الأكسدة الحلقية، بعد PGF الفراغية 2α 1α وPGF لا تزال شركة جنرال الكتريكnerated. لتحليل نوعي وكمي للC. ايليجانس PGS، LC-MS/MS هو تقنية تحليلية قوية وحساسة. قبل تنفيذ هذا التحليل، فإنه من المهم لتطوير طريقة استخراج الأمثل لأداء العملية التحليلية يعتمد بشكل كبير على جودة استخراج. يمكن اللوني السائل وقياس الطيف الكتلي توفر سوى الشامل المتوقع لتوجيه الاتهام نسبة (م / ض)، وكذلك مرغوب فيه ذروة الشكل والوقت الإبقاء على أيون الوالد PG. التنميط الأيضية من PGS في C. ايليجانس هي مهمة صعبة تتطلب مختلف استراتيجيات اكتساب MS. LC-MS مسح كامل أو المسح الضوئي (Q1 المسح الضوئي) لديه ميزة ضمان سوف PGS أن معظم ionizable توليد استجابة الطيفي الشامل. في حين يوفر المسح مسح معلومات مفيدة عن التنميط مجموعه PGS فيما يتعلق البرية من نوع ومتحولة C. ايليجانس، والكشف عن PGS قاصر للخطر نظرا لحساسية منخفضة. Nevertheأقل، يمكن أن LC-MS المسح مسح إعطاء نظرة شاملة من PGS ومفيد بشكل خاص لتحليل المسوخ وتوقع أن تؤثر على عملية التمثيل الغذائي للسكان PG كبيرة. في تحديد المستقلب، يتم تنفيذ تحليل LC-MS/MS المعايير PG تصنيعه كيميائيا أولا للحصول على الأطياف ايون المنتج ومركبات المرجعية. ويمكن مقارنة هذه الأطياف لطيف وهو مستقلب غير معروف. يتم استخدام رصد وضع العديد من رد فعل (MRM) لتعزيز حساسية وخصوصية. ويتم إنجاز تجربة MRM لتحديد أيون / المنتج أيون التحول الشامل الرئيسي للمركب. من خلال معرفة كتلة وهيكل التحاليل الهدف، فمن الممكن التنبؤ التحولات MRM النظرية لكثير من مستقلبات غير معروفة. طريقة LC-MS/MS الأمثل لالتنميط PGS ايزوميريا في C. ولم ترد أي أنباء ايليجانس. هنا نحن تصف استخراج ونهج متكامل مطياف الكتلة المكونة من LC-MS وLC-MS / MS طرق للكشف عن، والتحديد الكمي، والتحقيق C. ايليجانس PG الأيض. ويمكن تطبيق هذا النهج لeicosanoids الأخرى.

<table border="1">
	<tbody>
		<tr>
			<td>&nbsp;</td>
			<td>&nbsp;</td>
			<td>&nbsp;</td>
			<td>REAGENTS</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>X-large (16 cm) plates</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>0875714</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>E. coli strain NA22</td>
			<td>Caenorhabditis Genetics Center (CGC)</td>
			<td>NA22</td>
			<td><a href="http://www.cgc.cbs.umn.edu" target="_blank">http://www.cgc.cbs.umn.edu</a></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Acetone, 399.5%</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>A928-4</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Butylated Hydroxytoluene</td>
			<td>MP Biomedicals</td>
			<td>101162</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hexane, HPLC grade</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>H302-1</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Formic acid, 399%</td>
			<td>Acros</td>
			<td>AC27048-0010</td>
			<td>Available through Fisher Scientific</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Chloroform, HPLC grade</td>
			<td>Acros</td>
			<td>AC26832-0010</td>
			<td>Available through Fisher Scientific</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PGF2&alpha;-d4</td>
			<td>Cayman Chemicals</td>
			<td>316010</td>
			<td>Cayman has a wide array of standards available for purchase</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sterile screw cap self-standing 5 ml tube</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>14-222-651</td>
			<td>For use with Bullet Blender</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>0.5 mm zirconium oxide beads</td>
			<td>Next &gt;&gt;&gt; Advance</td>
			<td>ZrOB05</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>10 ml glass conical heavy-duty graduated centrifuge tubes</td>
			<td>Kimble Kimax</td>
			<td>45200-10</td>
			<td>Available through Fisher Scientific</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>15 ml glass conical tubes</td>
			<td>Corning Pyrex</td>
			<td>8082-15</td>
			<td>Available through Fisher Scientific</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sigmacote (Siliconizing reagent)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>SL2-100ML</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Teflon lined capped 1/2 Dram glass vial</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>V1235C-TFE</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>&nbsp;</td>
			<td>&nbsp;</td>
			<td>&nbsp;</td>
			<td>EQUIPMENT</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>CentraSL2 Clinical Centrifuge</td>
			<td>Thomas Scientific</td>
			<td>2517N92-TS</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bullet Blender 5 blue homogenizer</td>
			<td>Next &gt;&gt;&gt; Advance</td>
			<td>BBY5MB</td>
			<td>A 40 ml Dounce homogenizer can be used as an alternative</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Synergi 4 &mu;m Hydro-RP 80 &Aring; LC Column 250 x 2.0 mm</td>
			<td>Phenomenenex</td>
			<td>00G-4375-B0</td>
			<td>HPLC Column</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SecurityGuard Cartridges AQ C18 4 x 2.0 mm</td>
			<td>Phenomenenex</td>
			<td>AJ0-7510</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SecurityGuard Guard Cartridges Kit</td>
			<td>Phenomenenex</td>
			<td>KJ0-4282</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Shimadzu Prominence HPLC with refrigerated auto sampler</td>
			<td>Shimadzu Scientific Instruments, Inc.</td>
			<td>&nbsp;</td>
			<td>Any standard HPLC system coupled to a triple quadrupole mass spectrometer should be sufficient</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>API 4000 triple quadrupole mass spectrometer</td>
			<td>Applied Biosystems/MDS SCIEX</td>
			<td>&nbsp;</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>&nbsp;</td>
			<td>&nbsp;</td>
			<td>&nbsp;</td>
			<td>
			<table border="1">
				<tbody>
					<tr>
						<td colspan="2">M9 buffer recipe (4 liter)</td>
					</tr>
					<tr>
						<td>12 g</td>
						<td>KH2PO4</td>
					</tr>
					<tr>
						<td>24 g</td>
						<td>Na2HPO4</td>
					</tr>
					<tr>
						<td>20 g</td>
						<td>NaCl</td>
					</tr>
					<tr>
						<td>Up to 4 liter</td>
						<td>Deionized water</td>
					</tr>
					<tr>
						<td colspan="2">Aliquot to eight 1 liter bottles. Autoclave and cool.</td>
					</tr>
					<tr>
						<td>0.5 ml/bottle</td>
						<td>1 M MgSO4</td>
					</tr>
				</tbody>
			</table>
			</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

prostaglandin extraction and analysis in caenorhabditis elegans

انواع معينة ايليجانس والناشئة باعتبارها نموذج حيواني قوية لدراسة بيولوجيا الدهون 1-9. البروستاجلاندين هي فئة هامة من eicosanoids، والتي هي إشارات الدهون المشتقة من الأحماض الدهنية المتعددة غير المشبعة (PUFAs) 10-14. هذه الجزيئات يشير يصعب الدراسة بسبب وفرة منخفضة وطبيعة رد الفعل. ميزة مميزة البروستاجلاندين هو بنية حلقة السيكلوبنتان تقع داخل العمود الفقري الأحماض الدهنية. في الثدييات، يمكن تشكيل البروستاجلاندين عن طريق انزيمات الأكسدة الحلقية الممرات ومستقلة تعتمد على إنزيم 10،15. C. ايليجانس يجمع مجموعة واسعة من البروستاجلاندين مستقلة عن cyclooxygenases 6،16،17. تم التعرف على فئة كبيرة من البروستاجلاندين F-سلسلة، ولكن دراسة eicosanoids هو في مرحلة مبكرة مع مجالا واسعا لاكتشافات جديدة. نحن هنا وصف الإجراء لاستخراج وتحليل البروستاجلاندين وeicosanoids الأخرى. الدهون مشحونةيتم استخراج S من الثقافات دودة الشامل باستخدام تقنية استخراج السائل السائل وتحليلها من قبل اللوني السائل بالإضافة إلى electrospray التأين بالترادف الطيف الكتلي (LC-ESI-MS/MS). إدراج النظير بالديوتيريوم البروستاجلاندين، مثل PGF 2 α-D 4 كما ينصح معيار الداخلية للتحليل الكمي. رصد رد فعل متعددة أو MRM يمكن استخدامها لقياس ومقارنة أنواع البروستاجلاندين محددة بين الحيوانات البرية من نوع ومتحولة. التحلل بفعل الاصطدام أو MS / MS يمكن استخدامها للحصول على معلومات حول الميزات الهيكلية الهامة. اللوني السائل قياس الطيف الكتلي (LC-MS) بالاشعة مسح لمجموعة وكتلة مختارة، مثل م / ض 315-360 يمكن استخدامها لتقييم التغيرات العالمية في مستويات البروستاجلاندين. نحن نقدم أمثلة على كل التحليلات الثلاثة. وهذه الطرق توفر للباحثين مع مجموعة أدوات لاكتشاف eicosanoids الرواية وترسيم ممراتها الأيضية.

تم تنفيذ إعداد العينات من قبل استخراج السائل السائل مقتبس من Golovko وميرفي 17. وقدمت الانتعاش ممتازة من المعيار الداخلي (PGF 2α-D4). المخطط العام لاستخراج PG من C. ويرد ايليجانس في الشكل 1. تم تحسين ظروف الكروماتوغرافي لتوفير فصل خط الأساس من&gt; 30 المعايير eicosanoid (ويبين الجدول 1 13 المعايير). توفير العمود المائي روبية (250 X 2.0 ملم معرف) مع الماء والأسيتونتريل التي تحتوي على حمض الفورميك بنسبة 0.1٪ أفضل فصل وحساسية. بالاشعة المسح من النوع البري والدهون 3 مقتطفات متحولة هو مبين في الشكل 2 الصعيدين العالمي وثيقة من الأيونات داخل النطاق الشامل من 315-360 وحدة الكتلة الذرية. الدهون 3 (wa22) المسوخ تفتقر معظم PUFAs 20 الكربون. يتم تمييز فئة PG F3. في الشكل 3، تحليلات MRM لاستخراج البرية من نوع متعددة تظهر الهكسان PG من F1 (الشكل 3A </stro<html> نانوغرام&gt;)، F2 (الشكل 3B)، وF3 (أرقام 3C و 3D) الطبقات. ويمكن الكشف عن فئة F3 مع أي من اثنين التحولات الشامل، م / ض 351/193 أو م / ض 351/191. CePGF2 وتتألف في الغالب من 2α اينانشيومير PGF. CePGF1 من المرجح أن يكون PGF 1α أو اينانشيومير لها. ويبين الشكل 4 التحلل الاصطدام الناجم عن CePGF2 (RT = 11.8) مقارنة PGF2 α معيار (RT = 11.8). اختلافات بسيطة في أيونات المنتج من المرجح بسبب انخفاض وفرة CePGF2 والمركبات المشترك الازاله في استخراج. <img alt="الشكل 1" src="/files/ftp_upload/50447/50447fig1.jpg" /> الشكل 1. الرسم التخطيطي لC. ايليجانس PGS استخراج وتحليل LC-MS. لاحظ أن الأسيتون / المالحة وكلوروفورم ديهما BHT 0.005٪ لتقليل أكسدة الدهون. الرجوع إلى النص لمزيد من التفاصيل.https://www.jove.com/files/ftp_upload/50447/50447fig1large.jpg &quot;الهدف =&quot; _blank &quot;&gt; اضغط هنا لعرض أكبر شخصية. <img alt="الشكل 2" fo:content-width="4.75in" fo:src="/files/ftp_upload/50447/50447fig2highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50447/50447fig2.jpg" /> الشكل 2. ويظهر المسح بالاشعة من م / ض 315-360 من النوع البري والدهون 3 (wa22) مقتطفات متحولة. اللوني السائل الوقت الاحتفاظ (RT) في لوحة [A]. الأيونات المستخرجة في RT ترد = 11.3 لمن النوع البري [B] والدهون 3 (wa22) [C] مقتطفات. يتم تمييز فئة PG F3 مع كتلة م / ض 351. القانون الجنائي، اتهاما / ثانية؛ اتحاد المغرب العربي، وحدة الكتلة الذرية. <img alt="الشكل (3)" fo:content-width="4.25in" fo:src="/files/ftp_upload/50447/50447fig3highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50447/50447fig3.jpg" /> تينلدى عودتهم 3. تم الكشف عن التحليلات MRM من النوع البري مقتطفات. PGS فئة F1 مع التحول الشامل م / ض 355/311 [A]. لاحظ أن العديد من مركبات مسعور (RT&gt; 14 دقيقة)، والتي من غير المرجح أن يكون PGS، يتم الكشف أيضا مع هذا التحول. تم الكشف عن PGS فئة F2 مع التحول الشامل م / ض 353/193 [B]. تم الكشف عن PGS فئة F3 مع إما التحول الشامل م / ض 351/193 [C] أو م / ض 351/191 [D]. لاحظ أن تحتوي على مقتطفات الهكسان PG متعددة من كل فئة. أرقام تتوافق مع PGS هو مبين في الجدول 2. تركيز CePGF2 هو 1.8 نانوغرام / مل. RT، الوقت الاحتفاظ؛ CPS، التهم / ثانية. <img alt="الشكل 4" fo:content-width="5.5in" fo:src="/files/ftp_upload/50447/50447fig4highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50447/50447fig4.jpg" /> الشكل 4. التحلل الاصطدام الناجم عن موالفة كيميائياesized PGF 2α وCePGF2. سهام في لوحة [A] تشير إلى المنتج أو تجزئة الأيونات المشتركة بين PGF 2α وCePGF2 (RT = 11.8). يتم إنشاء الأيونات المنتج في م / ض 309 و م / ض 193 من المواقع الانقسام المشار إليه (تمييز أ و ب)، تتوافق مع الهياكل المعروضة، وهي سمة من PGS F-سلسلة [B]. القانون الجنائي، والتهم / ثانية. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/50447/50447fig4large.jpg" target="_blank">انقر هنا لعرض أكبر شخصية</a> . <table border="1" fo:keep-together.within-page="always" style=";text-align:right;direction:rtl"><tbody><tr><td> معيار </td><td> RT (دقيقة) </td><td> [MH] - م / ض </td><td> الأيونات مفتاح المنتج في MS / MS </td></tr><tr><td> 20 هيدروكسي PGE 2 </td><td> 9.43 </td><td> 367 </td><td> 349، 331، 287، 234، 189، 129، 109 </td></tr&gt; <tr><td> PGF 3 - </td><td> 11.26 </td><td> 351 </td><td> 333، 307، 289، 271، 245، 219، 209، 193، 191، 171، 165، 111 </td></tr><tr><td> الثرموبوكسان B 2 </td><td> 11.66 </td><td> 369 </td><td> 289، 191، 177، 169، 151 </td></tr><tr><td> PGF 2 - </td><td> 11.80 </td><td> 353 </td><td> 335، 309، 291، 273، 263، 247، 235، 209، 193، 171، 165، 111 </td></tr><tr><td> PGF 1 - </td><td> 11.79 </td><td> 355 </td><td> 337، 319311، 301، 293، 275، 265، 237، 211، 195 </td></tr><tr><td> Lipoxin B 4 </td><td> 12.38 </td><td> 351 </td><td> 201، 191189، 165، 155، 115، 107، 71، 59 </td></tr><tr><td> PGD ​​2 </td><td> 12.56 </td><td> 351 </td><td> 315، 271203، 189 </td></tr><tr><td> 5 (S)، 6 (R) - Lipoxin A 4 </td><td> 12.83 </td><td> 351 </td><td> 235، 217، 189، 144، 135، 115، 99، 59 </td></tr><tr><td> PGA 2 </td><td> 14.02 </td><td> 333 </td><td> 315، 297، 271، 235، 191، 189، 175، 163، 137، 113، 109 </td></tr><tr><td> Δ12-PGJ 2 </td><td> 14.20 </td><td> 333 </td><td> 271، 189، 123 </td></tr><tr><td> الليكوترين B 4 </td><td> 14.73 </td><td> 335 </td><td> 181، 109، 93، 71، 69، 59، 57 </td></tr><tr><td> 15D-Δ 12،14-PGJ 2 </td><td> 16.80 </td><td> 315 </td><td> 297، 271، 217، 203، 158 </td></tr><tr><td> 5 (S)-HpETE </td><td> 17.88 </td><td> 335 </td><td> 97، 83، 81، 57 </td></tr></tbody></table> الجدول 1. مرات الاحتفاظ والأيونات مفتاح المنتج من 13 معايير eicosanoid من أسلوب LC-MS/MS 3. واستخدمت أكثر من 30 معايير لتطوير برنامج LC-MS/MS. في مرات الاحتفاظ الكروماتوغرافي (RTS) تختلف، حتى بين PGS مشابهة جدا. استثناء هو 2α 1α وPGF PGF. ومع ذلك، هذه هي PGS دالمتميزين من قبل الجماهير بهم أيون الأم ([MH] - م / ض) والتصادم الناجم عن تحلل أطياف (MS / MS). <table border="1" fo:keep-together.within-page="always" style=";text-align:right;direction:rtl"><tbody><tr><td> فئة البروستاغلاندين </td><td> رقم في الشكل (3) </td><td> [MH] - م / ض </td><td> الأيونات مفتاح المنتج في MS / MS </td></tr><tr><td> F1 (CePGF1) </td><td> 1 </td><td> 355 </td><td> 319، 301، 311، 293، 275، 265، 237، 223، 211، 195، 157 </td></tr><tr><td> F1 </td><td> 2 </td><td> 355 </td><td> 311، 301، 293، 275، 265، 211، 195، 167، 157 </td></tr><tr><td> F2 (CePGF2) </td><td> 3 </td><td> 353 </td><td> 309، 291، 273، 263، 247، 209، 193، 171، 165، 127 </td></tr><tr><td> F2 </td><td> 4 </td><td> 353 </td><td> 309، 291، 273، 263، 255، 247، 219، 209، 193، 171، 113 </td></tr><tr><td> F3 </td><td> 5 </td><td> 351 </td><td> 315، 307، 289، 275، 249، 205، 193، 191، 167، 153، 139 </td></tr><tr><td> F3 </td><td> 6 </td><td> 351 </td><td> 333، 289، 271، 261، 245، 223، 193، 191، 163 </td></tr></tbody></table> الجدول 2. تصادم الأيونات التي يسببها المنتج التحلل لعدة C. الكبرى ايليجانس F1، F2، F3 وPGS هو موضح في الشكل 3. لا تظهر MS / MS من الهكسان الأخرى أقل وفرة. هذه البيانات هي من تحليلات متعددة، وربما لا يكون كل الأيونات المنتج واضحة في شوط معين. ونظرا لتعقيد مقتطفات، قد تستمد بعض الأيونات المنتج أقل وفرة من أيون أم أخرى مع الوقت الاحتفاظ مماثلة أو نتيجة من التدخل. الذروة 2 من المرجح عن ستيريو من CePGF1 وذروة 4 من المرجح عن ستيريو من CePGF2. انظر ادموندز، وآخرون (2010) إلى بيانات إضافية 3.

Watch this Scientific Journal Video about Prostaglandin Extraction and Analysis in Caenorhabditis elegans at JoVE.com

Prostaglandin Extraction and Analysis in Caenorhabditis elegans

في هذه الورقة، نحن تصف الإجراء الأمثل لاستخراج وتحليل البروستاجلاندين وغيرها من eicosanoids<em&gt; C. ايليجانس</em&gt; باستخدام LC-MS/MS.

استخراج البروستاجلاندين والتحليل في<em&gt; انواع معينة ايليجانس</em

Caenorhabditis elegans is emerging as a powerful animal model to study the biology of lipids1-9. Prostaglandins are an important class of eicosanoids, ...

prostaglandin-extraction-and-analysis-in-caenorhabditis-elegans

Research

JoVE Journal

Biology

Prostaglandin Extraction and Analysis in Caenorhabditis elegans

19.4K Views.  University of Alabama at Birmingham. في هذه الورقة، نحن تصف الإجراء الأمثل لاستخراج وتحليل البروستاجلاندين وغيرها من eicosanoids C. ايليجانس باستخدام LC-MS/MS.

Video: Prostaglandin Extraction and Analysis in Caenorhabditis elegans

Isolation and In vitro Activation of Caenorhabditis elegans Sperm

Males and hermaphrodites are the two naturally found sexual forms in the nematode C. elegans. The amoeboid sperm are produced by both males and hermaphrodites. In the earlier phase of gametogenesis, the germ cells of hermaphrodites differentiate into limited number of sperm - around 300 - and are stored in a small 'bag' called the spermatheca. Later on, hermaphrodites continually produce oocytes1. In contrast, males produce exclusively sperm throughout their adulthood. The males produce so much sperm that it accounts for &gt;50% of the total cells in a typical adult worm2. Therefore, isolating sperm from males is easier than from that of hermaphrodites.
Only a small proportion of males are naturally generated due to spontaneous non-disjunction of X chromosome3. Crossing hermaphrodites with males or more conveniently, the introduction of mutations to give rise to Him (High Incidence of Males) phenotype are some of strategies through which one can enrich the male population3.
Males can be easily distinguished from hermaphrodites by observing the tail morphology4. Hermaphrodite's tail is pointed, whereas male tail is rounded with mating structures.
Cutting the tail releases vast number of spermatids stored inside the male reproductive tract. Dissection is performed under a stereo microscope using 27 gauge needles. Since spermatids are not physically connected with any other cells, hydraulic pressure expels internal contents of male body, including spermatids2.
Males are directly dissected on a small drop of 'Sperm Medium'. Spermatids are sensitive to alteration in the pH. Hence, HEPES, a compound with good buffering capacity is used in sperm media. Glucose and other salts present in sperm media help maintain osmotic pressure to maintain the integrity of sperm.
Post-meiotic differentiation of spermatids into spermatozoa is termed spermiogenesis or sperm activation. Shakes5, and Nelson6 previously showed that round spermatids can be induced to differentiate into spermatozoa by adding various activating compounds including Pronase E. Here we demonstrate in vitro spermiogenesis of C. elegans spermatids using Pronase E.
Successful spermiogenesis is pre-requisite for fertility and hence the mutants defective in spermiogenesis are sterile. Hitherto several mutants have been shown to be defective specifically in spermiogenesis process7. Abnormality found during in vitro activation of novel Spe (Spermatogenesis defective) mutants would help us discover additional players participating in this event.

Isolation and In vitro Activation of Caenorhabditis elegans Sperm

A protocol for isolating and activating spermatids from male C. elegans is described here. Cutting the posterior end of male releases spermatids. The spermatids can be activated by addition of protease.

والعزلة في المختبر تفعيل انواع معينة ايليجانس الحيوانات المنوية

Males and hermaphrodites are the two naturally found sexual forms in the nematode C. elegans. The amoeboid sperm are produced by both males and ...

Solid Plate-based Dietary Restriction in Caenorhabditis elegans

Reduction of food intake without malnutrition or starvation is known to increase lifespan and delay the onset of various age-related diseases in a wide range of species, including mammals. It also causes a decrease in body weight and fertility, as well as lower levels of plasma glucose, insulin, and IGF-1 in these animals. This treatment is often referred to as dietary restriction (DR) or caloric restriction (CR). The nematode Caenorhabditis elegans has emerged as an important model organism for studying the biology of aging. Both environmental and genetic manipulations have been used to model DR and have shown to extend lifespan in C. elegans. However, many of the reported DR studies in C. elegans were done by propagating animals in liquid media, while most of the genetic studies in the aging field were done on the standard solid agar in petri plates. Here we present a DR protocol using standard solid NGM agar-based plate with killed bacteria.

Solid Plate-based Dietary Restriction in Caenorhabditis elegans

Here we present a protocol for performing solid plate-based dietary restriction in C. elegans with killed bacteria.

اللوحة الصلبة المستندة إلى تقييد الغذائية في انواع معينة ايليجانس</em

Reduction of food intake without malnutrition or starvation is known to increase lifespan and delay the onset of various age-related diseases in a wide ...

Time-lapse Microscopy of Early Embryogenesis in Caenorhabditis elegans

Caenorhabditis elegans has often been used as a model system in studies of early developmental processes. The transparency of the 
embryos, the genetic resources, and the relative ease of transformation are qualities that make C. elegans an excellent model for early embryogenesis. Laser-based 
confocal microscopy and fluorescently labeled tags allow researchers to follow specific cellular structures and proteins in the developing embryo. For example, 
one can follow specific organelles, such as lysosomes or mitochondria, using fluorescently labeled dyes. These dyes can be delivered to the early embryo by means 
of microinjection into the adult gonad. Also, the localization of specific proteins can be followed using fluorescent protein tags. Examples are presented here 
demonstrating the use of a fluorescent lysosomal dye as well as fluorescently tagged histone and ubiquitin proteins. The labeled histone is used to visualize 
the DNA and thus identify the stage of the cell cycle. GFP-tagged ubiquitin reveals the dynamics of ubiquitinated vesicles in the early embryo. Observations 
of labeled lysosomes and GFP:: ubiquitin can be used to determine if there is colocalization between ubiquitinated vesicles and lysosomes. A technique for 
the microinjection of the lysosomal dye is presented. Techniques for generating transgenenic strains are presented elsewhere (1, 2). For imaging, embryos 
are cut out of adult hermaphrodite nematodes and mounted onto 2% agarose pads followed by time-lapse microscopy on a standard laser scanning confocal 
microscope or a spinning disk confocal microscope. This methodology provides for the high resolution visualization of early embryogenesis.

Time-lapse Microscopy of Early Embryogenesis in Caenorhabditis elegans

This article describes a technique for the visualization of the early events of embryogenesis in the nematode Caenorhabditis elegans.

الوقت الفاصل بين مرحلة التطور الجنيني المبكر من الميكروسكوب في انواع معينة ايليجانس

Caenorhabditis elegans has often been used as a model system in studies of early developmental processes.  The transparency of the 
embryos, the genetic ...

Basic Caenorhabditis elegans Methods: Synchronization and Observation

Research into the molecular and developmental biology of the nematode Caenorhabditis elegans was begun in the early seventies by Sydney Brenner and it has since been used extensively as a model organism 1. C. elegans possesses key attributes such as simplicity, transparency and short life cycle that have made it a suitable experimental system for fundamental biological studies for many years 2. Discoveries in this nematode have broad implications because many cellular and molecular processes that control animal development are evolutionary conserved 3.
C. elegans life cycle goes through an embryonic stage and four larval stages before animals reach adulthood. Development can take 2 to 4 days depending on the temperature. In each of the stages several characteristic traits can be observed. The knowledge of its complete cell lineage 4,5 together with the deep annotation of its genome turn this nematode into a great model in fields as diverse as the neurobiology 6, aging 7,8, stem cell biology 9 and germ line biology 10. 
An additional feature that makes C. elegans an attractive model to work with is the possibility of obtaining populations of worms synchronized at a specific stage through a relatively easy protocol. The ease of maintaining and propagating this nematode added to the possibility of synchronization provide a powerful tool to obtain large amounts of worms, which can be used for a wide variety of small or high-throughput experiments such as RNAi screens, microarrays, massive sequencing, immunoblot or in situ hybridization, among others. 
Because of its transparency, C. elegans structures can be distinguished under the microscope using Differential Interference Contrast microscopy, also known as Nomarski microscopy. The use of a fluorescent DNA binder, DAPI (4',6-diamidino-2-phenylindole), for instance, can lead to the specific identification and localization of individual cells, as well as subcellular structures/defects associated to them.

Basic Caenorhabditis elegans Methods: Synchronization and Observation

The easiness of maintaining and propagating the nematode C. elegans make it a nice model organism to work with. The possibility of synchronizing worms allows the work with a significant amount of subjects at the same developmental stage, what facilitates the study of one particular process in many animals.

الأساسية<em&gt; Caenorhabditis ايليجانس</em&gt; طرق: التزامن والمراقبة

Research into the molecular and developmental biology of the nematode Caenorhabditis elegans was begun in the early seventies by Sydney Brenner and it has ...

Cultivation of Caenorhabditis elegans in Three Dimensions in the Laboratory

The use of genetic model organisms such as Caenorhabditis elegans has led to seminal discoveries in biology over the last five decades. Most of what we know about C. elegans is limited to laboratory cultivation of the nematodes that may not necessarily reflect the environments they normally inhabit in nature. Cultivation of C. elegans in a 3D habitat that is more similar to the 3D matrix that worms encounter in rotten fruits and vegetative compost in nature could reveal novel phenotypes and behaviors not observed in 2D. In addition, experiments in 3D can address how phenotypes we observe in 2D are relevant for the worm in nature. Here, a new method in which C. elegans grows and reproduces normally in three dimensions is presented. Cultivation of C. elegans in Nematode Growth Tube-3D (NGT-3D) can allow us to measure the reproductive fitness of C. elegans strains or different conditions in a 3D environment. We also present a novel method, termed Nematode Growth Bottle-3D (NGB-3D), to cultivate C. elegans in 3D for microscopic analysis. These methods allow scientists to study C. elegans biology in conditions that are more reflective of the environments they encounter in nature. These can help us to understand the overlying evolutionary relevance of the physiology and behavior of C. elegans we observe in the laboratory.

Cultivation of Caenorhabditis elegans in Three Dimensions in the Laboratory

We present a simple method to construct 3D nematode cultivation systems called NGT-3D and NGB-3D. These can be used to study nematode fitness and behaviors in habitats that are more similar to natural Caenorhabditis elegans habitats than the standard 2D laboratory C. elegans culture plates.

زراعة<em&gt; انواع معينة ايليجانس</em&gt; في ثلاثة أبعاد في المختبر

The use of genetic model organisms such as Caenorhabditis elegans has led to seminal discoveries in biology over the last five decades. Most of what we ...

Combined Nucleotide and Protein Extractions in Caenorhabditis elegans

A single biological sample holds a plethora of information, and it is now common practice to simultaneously investigate several macromolecules to capture a full picture of the multiple levels of molecular processing and changes between different conditions. This protocol presents the method of isolating DNA, RNA, and protein from the same sample of the nematode Caenorhabditis elegans to remove the variation introduced when these biomolecules are isolated from replicates of similarly treated but ultimately different samples. Nucleic acids and protein are extracted from the nematode using the acid guanidinium thiocyanate-phenol-chloroform extraction method, with subsequent precipitation, washing, and solubilization of each. We show the successful isolation of RNA, DNA, and protein from a single sample from three strains of nematode and HeLa cells, with better protein isolation results in adult animals. Additionally, guanidinium thiocyanate-phenol-chloroform-extracted protein from nematodes improves the resolution of larger proteins, with enhanced detectable levels as observed by immunoblotting, compared to the traditional RIPA extraction of protein.
The method presented here is useful when investigating samples using a multiomic approach, specifically for the exploration of the proteome and transcriptome. Techniques that simultaneously assess multiomics are appealing because molecular signaling underlying complex biological phenomena is thought to occur at complementary levels; however, it has become increasingly common to see that changes in mRNA levels do not always reflect the same change in protein levels and that the time of collection is relevant in the context of circadian regulations. This method removes any intersample variation when assaying different contents within the same sample (intrasample.)

Combined Nucleotide and Protein Extractions in Caenorhabditis elegans

Here, we present a protocol for the isolation of RNA, DNA, and protein from the same sample, in an effort to reduce variation, improve reproducibility, and facilitate interpretations.

الجمع بين النوكليوتيدات والاستخراج البروتين في ايليجانس كاينورهابديتيس

A single biological sample holds a plethora of information, and it is now common practice to simultaneously investigate several macromolecules to capture ...

Measurement of Oxygen Consumption Rates in Intact Caenorhabditis elegans

Optimal mitochondrial function is critical for healthy cellular activity, particularly in cells that have high energy demands like those in the nervous system and muscle. Consistent with this, mitochondrial dysfunction has been associated with a myriad of neurodegenerative diseases and aging in general. Caenorhabditis elegans have been a powerful model system for elucidating the many intricacies of mitochondrial function. Mitochondrial respiration is a strong indicator of mitochondrial function and recently developed respirometers offer a state-of-the-art platform to measure respiration in cells. In this protocol, we provide a technique to analyze live, intact C. elegans. This protocol spans a period of ~7 days and includes steps for (1) growing and synchronization of C. elegans, (2) preparation&#160;of compounds to be injected and hydration of probes, (3) drug loading and cartridge equilibration, (4) preparation of worm assay plate and assay run, and (5) post-experiment data analysis.

Measurement of Oxygen Consumption Rates in Intact Caenorhabditis elegans

Mitochondrial respiration is critical for organismal survival; therefore, oxygen consumption rate is an excellent indicator of mitochondrial health. In this protocol, we describe the use of a commercially available respirometer to measure basal and maximal oxygen consumption rates in live, intact, and freely-motile Caenorhabditis elegans.

قياس معدلات استهلاك الأوكسجين في سليمة ايليجانس كاينورهابديتيس

Optimal mitochondrial function is critical for healthy cellular activity, particularly in cells that have high energy demands like those in the nervous ...

Purification and Analysis of Caenorhabditis elegans Extracellular Vesicles

The secretion of small membrane-bound vesicles into the external environment is a fundamental physiological process of all cells. These extracellular vesicles (EVs) function outside the cell to regulate global physiological processes by transferring proteins, nucleic acids, metabolites, and lipids between tissues. EVs reflect the physiological state of their cells of origin. EVs are implicated to have fundamental roles in virtually every aspect of human health. Thus, EV protein and genetic cargos are being increasingly analyzed for biomarkers of health and disease. However, the EV field still lacks a tractable invertebrate model system that permits the study of EV cargo composition. C. elegans is well suited for EV research because it actively secretes EVs outside of its body into its external environment, permitting facile isolation. This article provides all the necessary information for generating, purifying, and quantifying these environmentally secreted C. elegans EVs including how to work quantitatively with very large populations of age-synchronized worms, purifying EVs, and a flow cytometry protocol that directly measures the number of intact EVs in the purified sample. Thus, the large library of genetic reagents available for C. elegans research can be tapped into for investigating the impacts of genetic pathways and physiological processes on EV cargo composition.

Purification and Analysis of Caenorhabditis elegans Extracellular Vesicles

This article presents methods for generating, purifying, and quantifying Caenorhabditis elegans extracellular vesicles.

تنقية وتحليل Caenorhabditis elegans خارج الخلية الحويصلات

The secretion of small membrane-bound vesicles into the external environment is a fundamental physiological process of all cells. These extracellular ...

Modeling Age-Associated Neurodegenerative Diseases in Caenorhabditis elegans

Battling human neurodegenerative pathologies and managing their pervasive socioeconomic impact is becoming a global priority. Notwithstanding their detrimental effects on the human life quality and the healthcare system, the majority of human neurodegenerative disorders still remain incurable and non-preventable. Therefore, the development of novel therapeutic interventions against such maladies is becoming a pressing urgency. Age-associated deterioration of neuronal circuits and function is evolutionarily conserved in organisms as diverse as the lowly worm Caenorhabditis elegans and humans, signifying similarities in the underlying cellular and molecular mechanisms. C. elegans is a highly malleable genetic model, which offers a well-characterized nervous system, body transparency and a diverse repertoire of genetic and imaging techniques to assess neuronal activity and quality control during ageing. Here, we introduce and describe methodologies utilizing some versatile nematode models, including hyperactivated ion channel-induced necrosis (e.g., deg-3(d) and mec-4(d)) and protein aggregate (e.g., &#945;-syunclein and poly-glutamate)-induced neurotoxicity, to monitor and dissect the cellular and molecular underpinnings of age-related neuronal breakdown. A combination of these animal neurodegeneration models, together with genetic and pharmacological screens for cell death modulators will lead to an unprecedented understanding of age-related breakdown of neuronal function and will provide critical insights with broad relevance to human health and quality of life.

Modeling Age-Associated Neurodegenerative Diseases in Caenorhabditis elegans

Here, we introduce and describe widely accessible methodologies utilizing some versatile nematode models, including hyperactivated ion channel-induced necrosis and protein aggregate-induced neurotoxicity, to monitor and dissect the cellular and molecular underpinnings of age-associated neurodegenerative diseases.

النمذجة العمر المرتبطة الأمراض العصبية في Caenorhabditis elegans

Battling human neurodegenerative pathologies and managing their pervasive socioeconomic impact is becoming a global priority. Notwithstanding their ...

Automating Aggregate Quantification in Caenorhabditis elegans

A rise in the prevalence of neurodegenerative protein conformational diseases (PCDs) has fostered a great interest in this subject over the years. This increased attention has called for the diversification and improvement of animal models capable of reproducing disease phenotypes observed in humans with PCDs. Though murine models have proven invaluable, they are expensive and are associated with laborious, low-throughput methods. Use of the Caenorhabditis elegans nematode model to study PCDs has been justified by its relative ease of maintenance, low cost, and rapid generation time, which allow for high-throughput applications. Additionally, high conservation between the C. elegans and human genomes makes this model an invaluable discovery tool. Nematodes that express fluorescently tagged tissue-specific polyglutamine (polyQ) tracts exhibit age- and polyQ length-dependent aggregation characterized by fluorescent foci. Such reporters are often employed as proxies to monitor changes in proteostasis across tissues. Manual aggregate quantification is time-consuming, limiting experimental throughput. Furthermore, manual foci quantification can introduce bias, as aggregate identification can be highly subjective. Herein, a protocol consisting of worm culturing, image acquisition, and data processing was standardized to support high-throughput aggregate quantification using C. elegans that express intestine-specific polyQ. By implementing a C. elegans-based image processing pipeline using CellProfiler, an image analysis software, this method has been optimized to separate and identify individual worms and enumerate their respective aggregates. Though the concept of automation is not entirely unique, the need to standardize such procedures for reproducibility, elimination of bias from manual counting, and increase throughput is high. It is anticipated that these methods can drastically simplify the screening process of large bacterial, genomic, or drug libraries using the C. elegans model.

Automating Aggregate Quantification in Caenorhabditis elegans

The following protocol describes the development and optimization of a high-throughput workflow for worm culturing, fluorescence imaging, and automated image processing to quantify polyglutamine aggregates as an assessment of changes in proteostasis.

أتمتة القياس الكمي الكلي في Caenorhabditis elegans

A rise in the prevalence of neurodegenerative protein conformational diseases (PCDs) has fostered a great interest in this subject over the years. This ...