우리는 UAB 피부 질환 연구 센터 (C. Elmets에 P30 AR050948), UAB-UCSD 오브라이언 급성 신장 손상 센터 (P30 DK079337 A. 아가 왈에 의해 부분적으로 지원되었다 UAB 대상으로 대사와 프로테오믹스 실험실, 감사합니다 )와 UAB 폐 보건소 (R01 HL114439, R01 HL110950 JE 블레이락까지). 질량 분석기에 대한 지원은 NCRR 공유 계측 부여 (S. 반즈에 S10 RR19261)에서 있었다. 우리는 또한 기술 지원을 레이 무어 감사합니다. C. 엘레 균주는 NIH에 의해 자금 지원 Caenorhabditis의 유전학 센터에 의해 제공되었다. 이 작품은 NIH (ARRA 관리 보조 등 R01GM085105에 MAM)에 의해 지원되었다.

웜 문화, 프로스타글란딘 추출하고, 프로스타글란딘 분석 : 아래에 설명 된 프로토콜은 세 부분으로 나누어 져 있습니다. 언급 한 바와 같이 샘플이 일시적으로 -80 ° C 또는 -20 ° C.에 저장 될 수있는 경우, 여러 지점이있다 1. 웜 문화 우리는 포괄적 인 LC-MS/MS위한 혼합 단계 웜의 약 6g을 추천합니다. 이 검출 적어도 6 별도의 주사에 대한 충분한 자료를 제공해야한다. 단일 주입 또는 두 가지의 MRM으로 알려져 PG는 정량을 위해 1-2 G의 충분하다. 특정 단계로 구성 동기화 문화 추출물의 분석도 가능합니다. 최대 4 개의 균주를 동시에 재배 할 수 있습니다. 예를 들어, 야생형 제어 및 세 가지 돌연변이 균주. <ol><li> 보충 수유 65 (16cm) X-대형 NGM 플레이트 및 농축 박테리아를 준비합니다. 시드 NA22 박테리아를 사용합니다. 보충 수유, 촉진제에 대한 집중 박테리아를 만들려면16-24 시간 동안 LB 배지에서 NA22의 w는 적어도 사리터. 스핀 다운, M9 버퍼 100 ㎖에 상층 액과를 Resuspend 박테리아를 제거합니다. 이 농축 된 박테리아 용액 200-400 ㎖의 각 웜 변형이 필요할 수 있습니다. 4 ° C.에 저장 </li><li> 5 X-대형 플레이트에 웜 문화를 시작합니다. 플레이트가 임신하는 성인의 전체가 될 때까지 약 3에서 4 세대에 벌레를 성장. 농축 된 박테리아는 기아를 방지하기 위해 접시를 추가, 필요에 따라 (~ 1 ML / 플레이트와는 뚜껑을 교체하기 전에 완전히 건조 보자).해야한다 </li><li> M9 버퍼와 함께 접시 떨어져 임신하는 자웅 동체를 세척하고 50 ML 원뿔 폴리 프로필렌 튜브 벌레를 수집합니다. </li><li> 임신하는 자웅 동체가 바닥 (보통 3-5 분에 대한)에 정착하도록 허용합니다. 세균, 계란 및 애벌레 단계 웜을 포함한 상층 액을 제거한다. 15 ML M9 버퍼에 resuspend을 부드럽게 섞는다. </li><li> 60 시드 NGM 플레이트의 각 웜 현탁액 200 μl를 전송합니다. 접시에 걸쳐 벌레를 분산. 웜 솔루션을 혼합 보관모두 잘 플레이트 때까지 벌레의 대략 동일한 번호를받을 수 있도록하기 위해 씨앗을 품고있다. </li><li> 기아를 방지하기 위해 필요한 (~ 1 ml/plate/12에 24 시간주기)로 농축 된 박테리아 보충합니다. 플레이트 뚜껑을 교체하기 전에 건조 공기 수 있습니다. 접시 임신하는 성인들로 가득 시드 벌레의 원래 숫자에 따라 2-4 세대를 위해 벌레를 성장, 또는 때까지. </li><li> 수확 웜 플레이트 한 번에 하나의 변형. M9 버퍼와 함께 접시 떨어져 벌레를 세척하고 50 ML의 폴리 프로필렌 튜브 (예 : 6 관)에서 수집합니다. 접시를 씻어 M9 버퍼를 사용, 그 다음 판에 벌레 채워진 버퍼를 전송합니다. 번호판의 번호 (예. 10 일) 세척 한 후, 50 ML 튜브에 웜 채워진 버퍼를 전송합니다. M9 버퍼와 정상에 튜브를 채 웁니다. 판의 나머지 부분에 대한 세척을 반복합니다. </li><li> 임신하는 성인 5 ~ 6 분의 바닥에 정착, 상층 액을 (~ 35 ML)를 제거하고 하나 또는 두 개의 튜브에 통합 할 수 있습니다. FR와 50ml로 튜브를 기입ESH M9 버퍼는 3-5 분간 방치시키고, 상층 액을 떠나 임신하는 성인을 제거합니다. 3 회 반복하거나 상층 액이 투명해질 때까지. </li><li> 대구경 파스퇴르 피펫, 두 15 ML의 폴리 프로필렌 원뿔 튜브에 가능한 한 많은 웜과 같은 전송을 사용. 임상 원심 분리기에서 10 분 동안 1,000 RCF (CentraSL2에서 ~ 3,500 RPM)에서 스핀 다운. 상층 액을 제거하고 모든 벌레가 동일한 튜브에 옮겨 침전 될 때까지 반복합니다. -80 가능한 매장 웜과 같은 많은 상층 액으로 분리 ° C. 모든 균주에 대해이 단계를 반복합니다. </li></ol> 2. 프로스타글란딘 추출 추출에 필요한 시약은 다음과 같습니다. 방법은 Golovko와 머피 17의에서 수정 및 LC-MS/MS 감도를 향상 액체 - 액체 정화, 재생, 다음에 아세톤 추출이 포함되어 있습니다. 유사한 결과가 다운스의 균질화를 얻을 수 있지만 총알 블렌더 5 균질이 절차에 사용됩니다. 부틸 hydroxytolueNE (BHT)과 질소 하에서 증발 (N 2) 가스는 산화를 방지하는 데 사용됩니다. 모든 유리는 지질 바인딩을 줄이기 위해 (Sigmacote) 실리콘 처리해야합니다. 유기 용매로 추출 화학 후드에서 수행되어야한다. <ol><li> 50 ML의 폴리 프로필렌 원뿔 튜브의 무게. 6.5 ML 마크 근처 뜨거운 면도날로 튜브를 통해 절단하여 -80 ° C에서 보관 15 ML 원뿔 튜브에서 냉동 벌레 약 6.0 g을 전송합니다. 메탄올 청소 주걱은 튜브의 바닥에서 얼어 붙은 벌레 펠렛을 제거하는 데 사용할 수 있습니다. 펠렛의 상단에서 하단, 적은 밀도 애벌레 웜 및 잔여 박테리아를 검색 할 수 펠릿을 절단하여 뒤에 남아 있습니다. </li><li> 미리 무게 50 ML 원뿔 튜브에 얼어 붙은 벌레를 전송합니다. 복수의 샘플을 처리하는 경우, 비교 연구 조직의 동일한 금액 (6.0 g)를 사용합니다. 붙여 넣기 벌레 해동으로, 원하는 질량을 얻기 위해 주걱 벌레를 추가하거나 제거합니다. 선택 사항 : 광고추출 효율에 대한 내부 통제 등의 PGF 2α-D4 규격의 D 1.00 NG. </li><li> 웜 서스펜션 0.005 %의 BHT와 얼음처럼 차가운 2시 1분 아세톤 / 식염수 12 mL를 추가로 소용돌이 잘 섞는다. 총알 블렌더에 사용 열두 5 ML 자립 플라스틱 튜브에 각각 웜 슬러리의 1.5 ML을 분배. </li><li> 0.5 mm의 0.7-0.8 ML을 추가 지름 세리아는 각각 5 ML 튜브에 산화 지르코늄 구슬을 안정화. 단단히 뚜껑을 닫고 총알 블렌더 5 균질로 12 튜브를로드합니다. 속도 8-9에서 3 분 동안 블렌더를 실행하고 얼음에 튜브를 놓습니다. 아주 단단히 뚜껑을 닫고하거나 내용이 쏟아 질 수 있는지 확인하십시오. 입체경을 사용하여 슬라이드에 하나의 튜브에서 균질의 10 μl를 확인합니다. 나머지 거의 그대로 웜이 있어야합니다. 필요한 경우, 다른 분 같은 속도로 반복합니다. </li><li> 균등 9 &quot;파스퇴르 피펫을 사용하여 네 개의 10 ML 원뿔 유리 튜브에 균질을 전송합니다. 전송 ​​구슬을 피하십시오. 세 개의 튜브 seque에서 구슬을 씻으십시오ntially 1시 2분 아세톤 / 생리 식염수가 들어 BHT 1 ㎖​​와 함께. 모든 구슬이 세척 될 때까지 다른 튜브에 대해 반복합니다. 10 mL 유리 튜브에 남아있는 용액 (1 ~ 4 mL를) 전송하고 얼음에 배치합니다. </li><li> 4에서 10 mL 유리 튜브를 원심 분리기 ° C에서 10 분 동안 ~ 1,000 XG에서 임상 원심 분리기합니다. 각 튜브에서 깨끗한 10 ㎖ 유리 원뿔 튜브에 뜨는을 전송합니다. </li><li> 화학 후드에서 각 10 mL 유리 튜브에 헥산의 동일한 볼륨을 추가합니다. 예를 들어, 3.5 ML의 아세톤 / 생리 식염수에 3.5 ML의 헥산을 추가합니다. 30 초 동안 최대 속도로 소용돌이. </li><li> 4에서 10 mL 유리 튜브를 원심 분리기 ° C에서 10 분 동안 ~ 1,000 XG에서 임상 원심 분리기합니다. 헥산을 포함하는 상층과 중성 청구 지질을 폐기하십시오. </li><li> 2 M 개미의 산성을 (- 150 μL 약 100)을 사용하여 pH를 3.5로 낮은 위상을 산성화. 산도 스트립을 사용하여 테스트 산도. </li><li> 각 튜브에 클로로포름의 동일한 볼륨을 추가합니다. 30 초 동안 최대 속도로 소용돌이와 4시에 튜브를 원심 분리기 ° C I10 분 ~ 1,000 XG에서 NA 임상 원심 분리기. </li><li> 제거하고 상단 수성 단계를 폐기하십시오. 계면을 피하고, 낮은 클로로포름 단계로 남아있는 우유 계면을 통해 피펫 팁을 삽입합니다. 깨끗한 15 ML 원뿔 유리 튜브 4 관에서 각각 하위 단계를 수집합니다. 적어도 24 시간 동안 -20 ° C에서 알을 품다. 이 시점에서, 추출물은 최대 2 주 -20 ° C에 저장할 수 있습니다. </li><li> 냉장고의 추출물을 가지고있는 경우, 남은 우유 수성 꼭대기 층을 버린다. 새로운 파스퇴르 피펫을 사용하여 테플론 일렬로 표시 ½-드람 유리 병에 클로로포름을 전송합니다. 화학 후드, N 2 가스의 완만 한 흐름에 따라 건조에 클로로포름 분획을 증발시킬 것. 건조 추출물은 최고 2 주까지 -20 ° C에 저장할 수 있습니다. PG 추출 및 분석에 사용되는 전체 구조는 그림 1에 표시됩니다. </li></ol> 3. 프로스타글란딘 분석 <ol><li> 재고를 준비작업 솔루션을 얻기 위해 물 (8시 2분 V / V) : 같은 PGF 2α 나 PGF 2 메탄올에 α-D4 (1 ㎍ / ㎖)로, 메탄올로 희석 개별 기준 프로스타글란딘의 솔루션을 제공합니다. 표준 곡선을 생성하기 위해 희석의 시리즈 (100, 10, 1, 0.1, 0.01 NG / ML)를 준비합니다. </li><li> 건조 C.에 물 (8시 2분 V / V) : 200 μL 메탄올 추가 엘레 지질 추출물 (들)과 잘 혼합. 물 해결책 : 웜 조직의 6 이하 g을 추출하는 경우, 건조 된 추출물은 메탄올의 적은 양에 재현 탁되어야한다. </li><li> 물에 0.1 % 포름산으로 구성된 이동 준비 단계 [A]와 0.1 % 포름산을 함유 아세토 니트릴 [B]. </li><li> 4 ° C에서 자동 시료 주입기를 설정하고 70 카운트 1.5 ML 유리 병 랙에 샘플 튜브를 놓습니다. </li><li> 약 5 분 동안 0.2 ML / 분의 유속으로 0.1 % 포름산 시너지 수력 RP-C18 컬럼을 평형. </li><li> 열에 샘플 (20-50 μL)를 주입한다. 그라데이션 용출 시작을 수행ING 10 % B로하고 0-11 분 11-14 분 80~100%의 B에서 80 % B까지가는 ​​16 분에 10 % B로 반환. 총 실행 시간은 20 분입니다. 13 본격적인 표준의 유지 시간은 참고 3 표 1에 나타내었다. </li><li> 음이온 모드에서 ESI 인터페이스 운영 체제를 사용하여 질량 분석기로 유출 열을 소개합니다. 질소 분무기와 커튼 가스 (CUR = 10)로 사용됩니다. 충돌 가스, 충돌 에너지, 온도는 각각 10, -35 eV의 600 ° C로 설정됩니다. Declustering 전위 (DP), 충돌 에너지 (CE), 및 세포 출구 전위 (CXP)는 각각 -90, -35 및 -10에서 설정됩니다. </li><li> 설문 조사 검사 (Q1 스캔)의 경우, 대부분의 PG는 (그림 2)을위한 M / Z 315-360의 질량 범위에서 부정적인 이온 모드를 사용합니다. 범위는 그 화합물 (들)의 질량에 따라 변경 될 수 있습니다. LC-MS 이온 크로마토 그램의 총 이온 전류 (TIC)에서 이온을 추출하고 결정 extrac 여부테드 이온은 탈수 소화 또는 부가 물 이온에 해당하는, 또는 조각 이온. </li><li> MRM 실험, 대량 전환은 M / Z 311분의 355은 F1 클래스를 감지하는 데 사용됩니다, M / Z 193분의 353은 F2 클래스에 사용되며, M / Z 193분의 351 또는 191분의 351은 F3 클래스 사용 (그림 3). MRM은 내부 표준 (예를 들어, M / Z 197분의 357 PGF 2α-D4)를 감지하고 표준 곡선을 생성하는 데 사용됩니다. PG 질량 전환 18에 대한 추가 정보는 머피 등을. 참조하십시오. </li><li> MS / MS 실험, F1 클래스, M / Z 353for F2 클래스 및 M / Z 351for F3 클래스 PG는을위한 M / Z 355을 사용합니다. C.는 F-시리즈 PG는 대한 elegans의 MS / MS 데이터는 그림 4와 표 2 3,16의 요금으로 이용 가능합니다. 포유류 에이코 사 노이드에 대한 MS / MS 데이터에서 사용할 수 있습니다 <a href="http://www.lipidmaps.org" target="_blank">www.lipidmaps.org</a> . </li><li> 분석가를 사용하여 분석 데이터를 처리t 소프트웨어 (버전 1.4.2 적용되는 생물계). </li></ol>

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L., Browse, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genetic+dissection+of+polyunsaturated+fatty+acid+synthesis+in+Caenorhabditis+elegans.">Genetic dissection of polyunsaturated fatty acid synthesis in Caenorhabditis elegans.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99, 5854-5859 (2002).</li></ol>

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우리는 F-시리즈 PG는에 초점을 맞추고, eicosanoid 추출 및 분석을위한 절차를 설명합니다. 문제가 될 수 있습니다 절차의 여러 부분이 있습니다. 첫째, 기아 PG 신진 대사를 변경할 수있는 웜 문화, 굶어하지 않는 것이 중요합니다. NA22이 높은 밀도에 도달하기 때문에 보충 수유를 들어, NA22 박테리아는 대신에 일반적으로 사용되는 OP50 박테리아를 권장합니다. 그러나 NA22 변형 항생제 내성이 부족하고 오염에 더 취약하다. 둘째, 웜 포유 동물 조직에 상대적으로 낮은 풍부 개별 PG의 이성질체를 합성. 이 부분에서 많은 이성질체 사이에 중복으로 인해 수 있습니다. 우리는 포괄적 인 분석과 강한 신호를 조직의 약 6 g을 추천합니다. 건조 추출물이 적은 메탄올에 재현 탁 경우 적은 조직 (1-2 g)를 사용할 수 있습니다 : 수용액은 PG 농도를 증가 할 수 있습니다. 그러나, 1-2 주사를 수행 할 수 있습니다. 우리의 LC-MS/MS 시스템의 검출 한계는 10 PG 약PGF 2α / ML. 밀집 혼합 단계 웜 중 하나 ML (약 1 g)는 CePGF2의 약 25-50 PG를 얻을 수 있습니다. 더 민감한 질량 분석 시스템은 분석에 필요한 웜 조직의 양을 줄일 수 있습니다. 셋째, 샘플 간의 PG 추출 효율의 차이는 변수의 결과가 발생할 수 있습니다. 우리는 추출 효율은 조직이 병렬로 추출 할 때 매우 비슷하다는 것을 발견했다. 효율성을 결정하기 위해 내부 통제로 균질화 단계에서 PGF 2α-D 4 1.0 NG를 추가합니다. MRM은 M / Z 197분의 357은 1 NG / ML 표준 용액을 기준으로 PGF 2α-D4의 농도를 측정하는 데 사용되는 질량 전환을 사용하여. 추출하는 동안 손실 PGF 2α-D 4의 양은 다음 계산됩니다. 우리가 포함 크로마토 그래피 매개 변수와 질량 전환은 다른 PG는과 에이코 사 노이드를 감지 변경할 수 있습니다. 상당한 노력에도 불구하고, 우리는 D-시리즈 또는 E-SER을 식별 할 수 없었다이거는 추출물 17 PGS. 또한, 우리는 8 ISO PGF 2α 및 PG 입체 19 비 선택적 혼합물을 생성하는 자유 라디칼 개시 과산화의 특징 인 8-iso로 PGE을 2 발견되지 않았습니다. 웜은 다른 PG 유형을 합성 여부가 알려져 있지 않다. endocannabinoids에와 아라키돈와 에이코 사 펜타 엔 산의 다양한 에폭시 및 히드 록시 대사 C.에서 발견되었습니다 엘레은 5,7,20,21를 추출합니다. 우리는 각각 정량 및 식별에 대한 확실한 기준에 비해 MRM 및 MS / MS 모두의 사용을 권장합니다. 새로운 에이코 사 노이드의 경우, 이러한 분석은 가능하면 효소 22뿐만 아니라, 기능 분석을 합성 PUFA에 부족한 지방 돌연변이의 비교 연구와 결합해야합니다. 지방 돌연변이 분석에주의해야 할 점은 웜에 존재 된 PUFA의 분 수량은 PG 합성에 충분한 것입니다. 예를 들어, 지방 2 (WA17) 돌연변이D12 불포화 활동의 소량 (~ 5 야생형 22 %) 이러한 돌연변이는 여전히 PG는 6을 생산하고 있습니다. 지방 3 (WA22)과 지방-4 (WA14) 돌연변이는 아라키돈와 에이코 사 펜타 엔 산 16에서 파생 된 PG는 합성 실패가 . 우리는 또한 지방 돌연변이가 나머지 클래스의 최대 조절 PG의 합성에 의한 PUFA 클래스의 손실을 보상 나타났습니다. 예를 들어, 지방 3 (WA22) 돌연변이는 20 탄소 된 PUFA에서 파생 된 대부분의 PG는 합성에 실패합니다. 대신, 그들은 18 탄소 된 PUFA 16에서 파생 된 새로운 PG는을 - 조절 나타납니다. 지금까지, 우리는 C를 확인하지 못했습니다 PG 합성에 완전히 부족한 elegans의 변형. 그것은 PG는 성장이나 개발에 필수적인 가능성이 있습니다.

프로스타글란딘은 (PG는) 광범위하게 조사하고 생물 12-14의 넓은 배열에 재생, 면역력, 개발을 규제에 연루되어 지질 호르몬의 중요한 클래스이다. 그들은 공통의 전구체 (들)에서 파생 된 지질의 시리즈를 포함하기 때문에 PG는 이상적으로 포괄적 인 시스템 생물학 분석에 적합합니다. 선충 C. 엘레 간스 유전학 및 시스템 생물학의 근본적인 문제를 해결하기 위해 가장 널리 사용되는 모델 생물 중 하나입니다. 우리는 증명 한 C. 엘레은 F-시리즈 PG는을 합성하는 난자 3,6,16에 운동성 정자 가이드. 각각 셋, 넷, 다섯 이중 결합, F1을 포함, F2, F3 및 클래스, 20 개의 탄소 된 PUFA에서 파생 된 F-시리즈 PG는이 3,16가 확인되었습니다. 이러한 PG는이 cyclooxygenase 효소의 독립적 인 합성, 아직 PGF 1α와 PGF 2α 입체는 여전히 GE있다있다nerated. C.의 정성 및 정량 분석을위한 엘레 PG는이 LC-MS/MS는 강력하고 중요한 분석 기술입니다. 이 분석을 수행하기 전에, 그것은 분석 프로세스의 성능이 크게 추출물의 품질에 의존하기 때문에 최적화 된 추출 방법을 개발하는 것이 중요합니다. 액체 크로마토 그래피 및 질량 분석법은 비 (M / Z)를 충전 할 것으로 예상 질량뿐만 아니라, PG 부모 이온의 바람직한 피크 모양과 체류 시간을 제공 할 수 있습니다. C.에있는 PG는 대사 프로파일 엘레 다양한 MS의 인수 전략을 필요로하는 어려운 작업입니다. LC-MS 전체 검사 또는 조사 검사 (Q1 검사)는 대부분의 이온화 PG는이 질량 분석 응답을 생성 보장하는 장점이 있습니다. 설문 조사 검사는 야생형과 돌연변이 C.에 대해 PG는 총 프로파일에 대한 유용한 정보를 제공하는 반면 elegans의 사소한 PG는 검출 낮은 민감도로 인해 손상된다. 그러할이하, LC-MS 설문 조사 검색은 PG는의 글로벌 뷰를 제공하고 대형 PG 인구의 신진 대사에 영향을 미칠 것으로 예상 돌연변이 분석에 특히 유용 할 수 있습니다. 대사 산물 식별을 화학적으로 합성 된 PG 표준의 LC-MS/MS 분석은 첫 번째 참조 화합물로 그들의 제품 이온 스펙트럼을 얻기 위해 수행됩니다. 이 스펙트럼은 알 수없는 대사의 스펙트럼을 비교할 수 있습니다. 다중 반응 모니터링 (MRM) 모드는 향상된 민감도와 특이도 사용됩니다. MRM 실험은 화합물의 부모 이온 / 제품 이온 질량 전환을 지정하여 수행됩니다. 대상 분석 물질의 질량과 구조를 알면, 많은 알 수없는 대사에 대한 이론적 인 MRM 전환을 예상 할 수 있습니다. C.의 이성체 PG는 프로파일에 최적화 된 LC-MS/MS 방법 엘레은보고되지 않았습니다. 여기에서 우리는 LC-MS와 구성된 추출 및 통합 질량 분석 방법을 설명 LC를검출, 정량화, 그리고 C. 조사를위한 MS / MS 방법 엘레 PG 대사. 이 방법은 다른 에이코 사 노이드에 적용 할 수 있습니다.

<table border="1">
	<tbody>
		<tr>
			<td>&nbsp;</td>
			<td>&nbsp;</td>
			<td>&nbsp;</td>
			<td>REAGENTS</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>X-large (16 cm) plates</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>0875714</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>E. coli strain NA22</td>
			<td>Caenorhabditis Genetics Center (CGC)</td>
			<td>NA22</td>
			<td><a href="http://www.cgc.cbs.umn.edu" target="_blank">http://www.cgc.cbs.umn.edu</a></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Acetone, 399.5%</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>A928-4</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Butylated Hydroxytoluene</td>
			<td>MP Biomedicals</td>
			<td>101162</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hexane, HPLC grade</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>H302-1</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Formic acid, 399%</td>
			<td>Acros</td>
			<td>AC27048-0010</td>
			<td>Available through Fisher Scientific</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Chloroform, HPLC grade</td>
			<td>Acros</td>
			<td>AC26832-0010</td>
			<td>Available through Fisher Scientific</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PGF2&alpha;-d4</td>
			<td>Cayman Chemicals</td>
			<td>316010</td>
			<td>Cayman has a wide array of standards available for purchase</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sterile screw cap self-standing 5 ml tube</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>14-222-651</td>
			<td>For use with Bullet Blender</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>0.5 mm zirconium oxide beads</td>
			<td>Next &gt;&gt;&gt; Advance</td>
			<td>ZrOB05</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>10 ml glass conical heavy-duty graduated centrifuge tubes</td>
			<td>Kimble Kimax</td>
			<td>45200-10</td>
			<td>Available through Fisher Scientific</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>15 ml glass conical tubes</td>
			<td>Corning Pyrex</td>
			<td>8082-15</td>
			<td>Available through Fisher Scientific</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sigmacote (Siliconizing reagent)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>SL2-100ML</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Teflon lined capped 1/2 Dram glass vial</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>V1235C-TFE</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>&nbsp;</td>
			<td>&nbsp;</td>
			<td>&nbsp;</td>
			<td>EQUIPMENT</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>CentraSL2 Clinical Centrifuge</td>
			<td>Thomas Scientific</td>
			<td>2517N92-TS</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bullet Blender 5 blue homogenizer</td>
			<td>Next &gt;&gt;&gt; Advance</td>
			<td>BBY5MB</td>
			<td>A 40 ml Dounce homogenizer can be used as an alternative</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Synergi 4 &mu;m Hydro-RP 80 &Aring; LC Column 250 x 2.0 mm</td>
			<td>Phenomenenex</td>
			<td>00G-4375-B0</td>
			<td>HPLC Column</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SecurityGuard Cartridges AQ C18 4 x 2.0 mm</td>
			<td>Phenomenenex</td>
			<td>AJ0-7510</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SecurityGuard Guard Cartridges Kit</td>
			<td>Phenomenenex</td>
			<td>KJ0-4282</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Shimadzu Prominence HPLC with refrigerated auto sampler</td>
			<td>Shimadzu Scientific Instruments, Inc.</td>
			<td>&nbsp;</td>
			<td>Any standard HPLC system coupled to a triple quadrupole mass spectrometer should be sufficient</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>API 4000 triple quadrupole mass spectrometer</td>
			<td>Applied Biosystems/MDS SCIEX</td>
			<td>&nbsp;</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>&nbsp;</td>
			<td>&nbsp;</td>
			<td>&nbsp;</td>
			<td>
			<table border="1">
				<tbody>
					<tr>
						<td colspan="2">M9 buffer recipe (4 liter)</td>
					</tr>
					<tr>
						<td>12 g</td>
						<td>KH2PO4</td>
					</tr>
					<tr>
						<td>24 g</td>
						<td>Na2HPO4</td>
					</tr>
					<tr>
						<td>20 g</td>
						<td>NaCl</td>
					</tr>
					<tr>
						<td>Up to 4 liter</td>
						<td>Deionized water</td>
					</tr>
					<tr>
						<td colspan="2">Aliquot to eight 1 liter bottles. Autoclave and cool.</td>
					</tr>
					<tr>
						<td>0.5 ml/bottle</td>
						<td>1 M MgSO4</td>
					</tr>
				</tbody>
			</table>
			</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

prostaglandin extraction and analysis in caenorhabditis elegans

Caenorhabditis의 엘레은 지질 1-9의 생물학을 공부하는 강력한 동물 모델로 떠오르고있다. 프로스타글란딘은 고도 불포화 지방산 (된 PUFA) 10-14에서 파생 된 지질 신호입니다 에이코 사 노이드의 중요한 클래스이다. 이 신호 분자 때문에 그들의 낮은 풍부하고 반응 특성을 연구하기가 어렵습니다. 프로스타글란딘의 특성 기능은 지방산 백본에 위치한 시클로 고리 구조입니다. 포유류, 프로스타글란딘은 cyclooxygenase 효소에 의존하고 독립적 인 경로 10,15을 통해 형성 될 수있다. C.는 엘레은 cyclooxygenases 6,16,17 독립적 인 프로스타글란딘의 다양한 배열을 합성. F-시리즈 프로스타글란딘의 큰 클래스는 식별하지만 에이코 사 노이드의 연구는 새로운 발견을위한 충분한 공간이 초기 단계에있다. 여기에서 우리는 프로스타글란딘 및 기타 에이코 사 노이드를 추출하고 분석하기위한 절차를 설명합니다. 청구 지질의는 액체 - 액체 추출 기술을 이용하여 대량의 웜 문화에서 추출 및 전기 분무 이온화 탠덤 질량 분석법 (LC-ESI-MS/MS)에 결합 액체 크로마토 그래피로 분석됩니다. 이러한 α-D 4 PGF 2와 프로스타글란딘의 중수 아날로그의 포함은 내부 표준 정량 분석을 위해 권장되는. 다중 반응 모니터링이나 MRM은 야생형과 돌연변이 동물 사이의 특정 프로스타글란딘 유형의 양을 비교하는 데 사용할 수 있습니다. 충돌 유발 분해 또는 MS / MS는 중요한 구조적 특징에 대한 정보를 얻을 수 있습니다. 액체 크로마토 그래피 질량 분석기 (LC-MS) 등의 M / Z 315-360로 선택된 질량 범위의 조사 검사는 프로스타글란딘 수준의 글로벌 변화를 평가하는 데 사용할 수 있습니다. 우리는 세 가지 분석의 예를 제공합니다. 이러한 방법은 새로운 에이코 사 노이드를 발견하고 자신의 대사 경로 윤곽을위한 도구 세트와 연구자를 제공합니다.

샘플 준비는 Golovko와 머피 17 일부터 적용 액체 - 액체 추출에 의해 실시되었다. 그것은 내부 표준 (PGF 2α-D4)의 뛰어난 복구를 제공했다. C.에서 PG 추출을위한 일반적인 계획 엘레는 그림 1에 표시됩니다. 크로마토 그래피 조건&gt; 30 eicosanoid 기준 (표 1 13 표준을 보여줍니다)의 기본 분리를 제공하도록 최적화되었다. 0.1 % 포름산을 함유 물과 아세토 니트릴을 가진 하이드로-RP 컬럼 (250 X 2.0 mm ID)가 가장 분리와 감도를 제공. 야생 유형 및 지방 3 돌연변이 추출물의 조사 검사는 315-360 원자 질량 단위의 질량 범위에서 이온의 그림 2 문서 세계적인 수준의 그림. 지방 3 (WA22) 돌연변이는 대부분 20 탄소 된 PUFA 부족합니다. F3 클래스 PG가 강조 표시됩니다. 그림 3에서, 야생형 추출물의 MRM 분석 F1의 여러 PG 이성질체 (그림 3A를 표시 </stro<html> NG&gt;), F2 (그림 3B), 및 F3 (그림 3C 및 3D) 클래스. F3 클래스는 두 개의 질량 전환 중 하나를 사용하여 검색 할 수 있으며, M / Z 193분의 351 또는 M / Z 191분의 351. CePGF2는 주로 PGF 2α의 거울상 이성질체로 구성되어 있습니다. CePGF1은 PGF 1α 또는 거울상 이성질체 될 가능성이 높습니다. 그림 4 CePGF2의 충돌 유발 분해 (RT = 11.8) PGF2 α 표준에 비해 (RT = 11.8)를 보여줍니다. 제품 이온의 사소한 차이는 가능성 추출물 낮은 CePGF2 풍부 공동 용출 화합물 때문이다. <img alt="그림 1" src="/files/ftp_upload/50447/50447fig1.jpg" /> 그림 1. C.의 개략도 엘레 PG는 추출 및 LC-MS 분석. 모두 지질 산화를 최소화하기 위해 0.005 %의 BHT를 아세톤 / 염분 및 클로로포름합니다. 자세한 내용은 텍스트를 참조하십시오.https://www.jove.com/files/ftp_upload/50447/50447fig1large.jpg &quot;대상 =&quot;_blank &quot;&gt; 큰 그림을 보려면 여기를 클릭하십시오. <img alt="그림 2" fo:content-width="4.75in" fo:src="/files/ftp_upload/50447/50447fig2highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50447/50447fig2.jpg" /> 그림 2. 야생형과 지방-3 (WA22) 돌연변이 추출물의 M / Z 315-360. 액체 크로마토 그래피 머무름 시간 (RT)의 조사 검색은 패널의 [A]로 표시됩니다. RT에서 추출 된 이온은 = 11.3 야생형 [B]와 지방 3 (WA22) [C] 추출물 표시됩니다. 질량 m / Z 351와 F3 클래스 PG가 강조 표시됩니다. CPS, 카운트 / 초, AMU, 원자 질량 단위입니다. <img alt="그림 3" fo:content-width="4.25in" fo:src="/files/ftp_upload/50447/50447fig3highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50447/50447fig3.jpg" /> 무화과URE 3. 야생형 추출물의 MRM 분석. F1 클래스 PG는이 질량 변화 M / Z 311분의 355 [A]로 감지됩니다. PG는 될 가능성이 여러 소수성 화합물 (RT&gt; 14 분)이, 또한 이러한 변화로 감지되는 것을 알 수 있습니다. F2 클래스 PG는이 질량 변화로 감지하는 M / Z 193분의 353 [B]. F3 클래스 PG는이 두 질량 변화로 감지하는 M / Z 193분의 351 [C] 또는 M / Z 191분의 351 [D]. 추출물은 각 클래스의 여러 PG 이성질체를 포함하는 것을 알 수 있습니다. 번호는 표 2에 나타내 PG는에 해당합니다. CePGF2의 농도는 1.8 NG / ML입니다. RT, 체류 시간, CPS, 카운트 / 초. <img alt="그림 4" fo:content-width="5.5in" fo:src="/files/ftp_upload/50447/50447fig4highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50447/50447fig4.jpg" /> 그림 4. 화학적 신디사이저의 충돌 유발 분해PGF 2α 및 CePGF2을 esized. 패널의 화살표를 [A] PGF 2α 및 CePGF2 (RT = 11.8) 사이에 공유 제품 또는 조각 이온을 나타냅니다. M / Z 309 m / Z 193에서 제품 이온이 표시 구조에 해당하는 지시 분열 사이트 (a와 b 강조)에서 생성 및 F-시리즈 PG는의 특징 인 [B]. 있습니다 CPS, 카운트 / 초. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/50447/50447fig4large.jpg" target="_blank">큰 그림을 보려면 여기를 클릭하십시오</a> . <table border="1" fo:keep-together.within-page="always"><tbody><tr><td> 표준 </td><td> RT (분) </td><td> [MH] - M / Z </td><td> MS / MS의 주요 제품 이온 </td></tr><tr><td> 20 - 히드 록시 PGE 2 </td><td> 9.43 </td><td> 367 </td><td> 349, 331, 287, 234, 189, 129, 109 </td></tr&gt; <tr><td> PGF - 3 </td><td> 11.26 </td><td> 351 </td><td> 333, 307, 289, 271, 245, 219, 209, 193, 191, 171, 165, 111 </td></tr><tr><td> B 2 트롬 </td><td> 11.66 </td><td> 369 </td><td> 289, 191, 177, 169, 151 </td></tr><tr><td> PGF 2 - </td><td> 11.80 </td><td> 353 </td><td> 335, 309, 291, 273, 263, 247, 235, 209, 193, 171, 165, 111 </td></tr><tr><td> PGF 1 - </td><td> 11.79 </td><td> 355 </td><td> 337, 319,311, 301, 293, 275, 265, 237, 211, 195 </td></tr><tr><td> 폭신 (lipoxin) B 4 </td><td> 12.38 </td><td> 351 </td><td> 201, 191,189, 165, 155, 115, 107, 71, 59 </td></tr><tr><td> PGD ​​2 </td><td> 12.56 </td><td> 351 </td><td> 315, 271,203, 189 </td></tr><tr><td> 5 (S), 6 (R) - 폭신 (lipoxin) 4 </td><td> 12.83 </td><td> 351 </td><td> 235, 217, 189, 144, 135, 115, 99, 59 </td></tr><tr><td> PGA 2 </td><td> 14.02 </td><td> 333 </td><td> 315, 297, 271, 235, 191, 189, 175, 163, 137, 113, 109 </td></tr><tr><td> Δ12-PGJ 2 </td><td> 14.20 </td><td> 333 </td><td> 271, 189, 123 </td></tr><tr><td> 류코트리엔 B 4 </td><td> 14.73 </td><td> 335 </td><td> 181, 109, 93, 71, 69, 59, 57 </td></tr><tr><td> 15D-Δ 12,14-PGJ 2 </td><td> 16.80 </td><td> 315 </td><td> 297, 271, 217, 203, 158 </td></tr><tr><td> 5 (S)-HpETE </td><td> 17.88 </td><td> 335 </td><td> 97, 83, 81, 57 </td></tr></tbody></table> 표 1. 유지 시간과 LC-MS/MS 방법 3에서 13 eicosanoid 표준의 주요 제품 이온. 30 표준 LC-MS/MS 프로그램을 개발하는 데 사용되었습니다. 크로마토 그래피 유지 시간 (RTS)는도 매우 유사 PG는 사이 다릅니다. 예외는 PGF 1α와 PGF 2α입니다. 그럼에도 불구하고, 이러한 PG는이 D입니다(- M / Z [MH])과 충돌 유발 분해 스펙트럼 (MS / MS) 부모 이온 질량에 의해 istinguished. <table border="1" fo:keep-together.within-page="always"><tbody><tr><td> 프로스타글란딘 클래스 </td><td> 그림 3 호 </td><td> [MH] - M / Z </td><td> MS / MS의 주요 제품 이온 </td></tr><tr><td> F1 (CePGF1) </td><td> 1 </td><td> 355 </td><td> 319, 301, 311, 293, 275, 265, 237, 223, 211, 195, 157 </td></tr><tr><td> F1 </td><td> 2 </td><td> 355 </td><td> 311, 301, 293, 275, 265, 211, 195, 167, 157 </td></tr><tr><td> F2 (CePGF2) </td><td> 3 </td><td> 353 </td><td> 309, 291, 273, 263, 247, 209, 193, 171, 165, 127 </td></tr><tr><td> F2 </td><td> 4 </td><td> 353 </td><td> 309, 291, 273, 263, 255, 247, 219, 209, 193, 171, 113 </td></tr><tr><td> F3 </td><td> 5 </td><td> 351 </td><td> 315, 307, 289, 275, 249, 205, 193, 191, 167, 153, 139 </td></tr><tr><td> F3 </td><td> 6 </td><td> 351 </td><td> 333, 289, 271, 261, 245, 223, 193, 191, 163 </td></tr></tbody></table> 표 2. 몇 가지 주요 C.에 대한 충돌 유발 분해 제품 이온 엘레 F1, F2, F3와의 PG는 그림 3에서와 같이. 다른 덜 풍부한 이성질체의 MS / MS는 표시되지 않습니다. 이러한 데이터는 여러 분석에서이고 모든 제품 이온은 주어진 실행에 볼 수 있습니다. 추출물의 복잡성을 감안할 때, 일부 덜 풍부한 제품 이온 간섭 유사한 유지 시간이나 결과를 다른 부모 이온에서 파생 될 수 있습니다. 최대 2 가능성 CePGF1의 입체이며, 최대 4 가능성이 CePGF2의 입체 이성질체이다. 추가 자료 3 에드먼즈, 외. (2010)를 참조하십시오.

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Prostaglandin Extraction and Analysis in Caenorhabditis elegans

본 논문에서, 우리는 프로스타글란딘 및 기타 에이코 사 노이드의 추출 및 분석을위한 최적의 절차를 설명<em&gt; C. 엘레</em&gt; LC-MS/MS를 사용하여.

에서 프로스타글란딘 추출 및 분석<em&gt; Caenorhabditis의 엘레</em

Caenorhabditis elegans is emerging as a powerful animal model to study the biology of lipids1-9. Prostaglandins are an important class of eicosanoids, ...

prostaglandin-extraction-and-analysis-in-caenorhabditis-elegans

Research

JoVE Journal

Biology

Prostaglandin Extraction and Analysis in Caenorhabditis elegans

19.3K 조회수.  University of Alabama at Birmingham. 본 논문에서, 우리는 프로스타글란딘 및 기타 에이코 사 노이드의 추출 및 분석을위한 최적의 절차를 설명 C. 엘레 LC-MS/MS를 사용하여.

비디오: Prostaglandin Extraction and Analysis in Caenorhabditis elegans

Isolation and In vitro Activation of Caenorhabditis elegans Sperm

Males and hermaphrodites are the two naturally found sexual forms in the nematode C. elegans. The amoeboid sperm are produced by both males and hermaphrodites. In the earlier phase of gametogenesis, the germ cells of hermaphrodites differentiate into limited number of sperm - around 300 - and are stored in a small 'bag' called the spermatheca. Later on, hermaphrodites continually produce oocytes1. In contrast, males produce exclusively sperm throughout their adulthood. The males produce so much sperm that it accounts for &gt;50% of the total cells in a typical adult worm2. Therefore, isolating sperm from males is easier than from that of hermaphrodites.
Only a small proportion of males are naturally generated due to spontaneous non-disjunction of X chromosome3. Crossing hermaphrodites with males or more conveniently, the introduction of mutations to give rise to Him (High Incidence of Males) phenotype are some of strategies through which one can enrich the male population3.
Males can be easily distinguished from hermaphrodites by observing the tail morphology4. Hermaphrodite's tail is pointed, whereas male tail is rounded with mating structures.
Cutting the tail releases vast number of spermatids stored inside the male reproductive tract. Dissection is performed under a stereo microscope using 27 gauge needles. Since spermatids are not physically connected with any other cells, hydraulic pressure expels internal contents of male body, including spermatids2.
Males are directly dissected on a small drop of 'Sperm Medium'. Spermatids are sensitive to alteration in the pH. Hence, HEPES, a compound with good buffering capacity is used in sperm media. Glucose and other salts present in sperm media help maintain osmotic pressure to maintain the integrity of sperm.
Post-meiotic differentiation of spermatids into spermatozoa is termed spermiogenesis or sperm activation. Shakes5, and Nelson6 previously showed that round spermatids can be induced to differentiate into spermatozoa by adding various activating compounds including Pronase E. Here we demonstrate in vitro spermiogenesis of C. elegans spermatids using Pronase E.
Successful spermiogenesis is pre-requisite for fertility and hence the mutants defective in spermiogenesis are sterile. Hitherto several mutants have been shown to be defective specifically in spermiogenesis process7. Abnormality found during in vitro activation of novel Spe (Spermatogenesis defective) mutants would help us discover additional players participating in this event.

Isolation and In vitro Activation of Caenorhabditis elegans Sperm

A protocol for isolating and activating spermatids from male C. elegans is described here. Cutting the posterior end of male releases spermatids. The spermatids can be activated by addition of protease.

분리 및 체외에서</em의> 활성화 Caenorhabditis 엘레간스 정자

Males and hermaphrodites are the two naturally found sexual forms in the nematode C. elegans. The amoeboid sperm are produced by both males and ...

연구

생물학

Solid Plate-based Dietary Restriction in Caenorhabditis elegans

Reduction of food intake without malnutrition or starvation is known to increase lifespan and delay the onset of various age-related diseases in a wide range of species, including mammals. It also causes a decrease in body weight and fertility, as well as lower levels of plasma glucose, insulin, and IGF-1 in these animals. This treatment is often referred to as dietary restriction (DR) or caloric restriction (CR). The nematode Caenorhabditis elegans has emerged as an important model organism for studying the biology of aging. Both environmental and genetic manipulations have been used to model DR and have shown to extend lifespan in C. elegans. However, many of the reported DR studies in C. elegans were done by propagating animals in liquid media, while most of the genetic studies in the aging field were done on the standard solid agar in petri plates. Here we present a DR protocol using standard solid NGM agar-based plate with killed bacteria.

Solid Plate-based Dietary Restriction in Caenorhabditis elegans

Here we present a protocol for performing solid plate-based dietary restriction in C. elegans with killed bacteria.

솔리드 플레이트 기반식이 제한에 Caenorhabditis 엘레간스</em

Reduction of food intake without malnutrition or starvation is known to increase lifespan and delay the onset of various age-related diseases in a wide ...

Time-lapse Microscopy of Early Embryogenesis in Caenorhabditis elegans

Caenorhabditis elegans has often been used as a model system in studies of early developmental processes. The transparency of the 
embryos, the genetic resources, and the relative ease of transformation are qualities that make C. elegans an excellent model for early embryogenesis. Laser-based 
confocal microscopy and fluorescently labeled tags allow researchers to follow specific cellular structures and proteins in the developing embryo. For example, 
one can follow specific organelles, such as lysosomes or mitochondria, using fluorescently labeled dyes. These dyes can be delivered to the early embryo by means 
of microinjection into the adult gonad. Also, the localization of specific proteins can be followed using fluorescent protein tags. Examples are presented here 
demonstrating the use of a fluorescent lysosomal dye as well as fluorescently tagged histone and ubiquitin proteins. The labeled histone is used to visualize 
the DNA and thus identify the stage of the cell cycle. GFP-tagged ubiquitin reveals the dynamics of ubiquitinated vesicles in the early embryo. Observations 
of labeled lysosomes and GFP:: ubiquitin can be used to determine if there is colocalization between ubiquitinated vesicles and lysosomes. A technique for 
the microinjection of the lysosomal dye is presented. Techniques for generating transgenenic strains are presented elsewhere (1, 2). For imaging, embryos 
are cut out of adult hermaphrodite nematodes and mounted onto 2% agarose pads followed by time-lapse microscopy on a standard laser scanning confocal 
microscope or a spinning disk confocal microscope. This methodology provides for the high resolution visualization of early embryogenesis.

Time-lapse Microscopy of Early Embryogenesis in Caenorhabditis elegans

This article describes a technique for the visualization of the early events of embryogenesis in the nematode Caenorhabditis elegans.

상순 Embryogenesis의 시간 경과 현미경 Caenorhabditis 엘레간스

Caenorhabditis elegans has often been used as a model system in studies of early developmental processes.  The transparency of the 
embryos, the genetic ...

Basic Caenorhabditis elegans Methods: Synchronization and Observation

Research into the molecular and developmental biology of the nematode Caenorhabditis elegans was begun in the early seventies by Sydney Brenner and it has since been used extensively as a model organism 1. C. elegans possesses key attributes such as simplicity, transparency and short life cycle that have made it a suitable experimental system for fundamental biological studies for many years 2. Discoveries in this nematode have broad implications because many cellular and molecular processes that control animal development are evolutionary conserved 3.
C. elegans life cycle goes through an embryonic stage and four larval stages before animals reach adulthood. Development can take 2 to 4 days depending on the temperature. In each of the stages several characteristic traits can be observed. The knowledge of its complete cell lineage 4,5 together with the deep annotation of its genome turn this nematode into a great model in fields as diverse as the neurobiology 6, aging 7,8, stem cell biology 9 and germ line biology 10. 
An additional feature that makes C. elegans an attractive model to work with is the possibility of obtaining populations of worms synchronized at a specific stage through a relatively easy protocol. The ease of maintaining and propagating this nematode added to the possibility of synchronization provide a powerful tool to obtain large amounts of worms, which can be used for a wide variety of small or high-throughput experiments such as RNAi screens, microarrays, massive sequencing, immunoblot or in situ hybridization, among others. 
Because of its transparency, C. elegans structures can be distinguished under the microscope using Differential Interference Contrast microscopy, also known as Nomarski microscopy. The use of a fluorescent DNA binder, DAPI (4',6-diamidino-2-phenylindole), for instance, can lead to the specific identification and localization of individual cells, as well as subcellular structures/defects associated to them.

Basic Caenorhabditis elegans Methods: Synchronization and Observation

The easiness of maintaining and propagating the nematode C. elegans make it a nice model organism to work with. The possibility of synchronizing worms allows the work with a significant amount of subjects at the same developmental stage, what facilitates the study of one particular process in many animals.

기본<em&gt; Caenorhabditis elegans</em&gt; 방법 : 동기화 및 전망

Research into the molecular and developmental biology of the nematode Caenorhabditis elegans was begun in the early seventies by Sydney Brenner and it has ...

Cultivation of Caenorhabditis elegans in Three Dimensions in the Laboratory

The use of genetic model organisms such as Caenorhabditis elegans has led to seminal discoveries in biology over the last five decades. Most of what we know about C. elegans is limited to laboratory cultivation of the nematodes that may not necessarily reflect the environments they normally inhabit in nature. Cultivation of C. elegans in a 3D habitat that is more similar to the 3D matrix that worms encounter in rotten fruits and vegetative compost in nature could reveal novel phenotypes and behaviors not observed in 2D. In addition, experiments in 3D can address how phenotypes we observe in 2D are relevant for the worm in nature. Here, a new method in which C. elegans grows and reproduces normally in three dimensions is presented. Cultivation of C. elegans in Nematode Growth Tube-3D (NGT-3D) can allow us to measure the reproductive fitness of C. elegans strains or different conditions in a 3D environment. We also present a novel method, termed Nematode Growth Bottle-3D (NGB-3D), to cultivate C. elegans in 3D for microscopic analysis. These methods allow scientists to study C. elegans biology in conditions that are more reflective of the environments they encounter in nature. These can help us to understand the overlying evolutionary relevance of the physiology and behavior of C. elegans we observe in the laboratory.

Cultivation of Caenorhabditis elegans in Three Dimensions in the Laboratory

We present a simple method to construct 3D nematode cultivation systems called NGT-3D and NGB-3D. These can be used to study nematode fitness and behaviors in habitats that are more similar to natural Caenorhabditis elegans habitats than the standard 2D laboratory C. elegans culture plates.

의 재배<em&gt; 예쁜 꼬마 선충</em&gt; 실험실에서 세 가지 차원에서

The use of genetic model organisms such as Caenorhabditis elegans has led to seminal discoveries in biology over the last five decades. Most of what we ...

Combined Nucleotide and Protein Extractions in Caenorhabditis elegans

A single biological sample holds a plethora of information, and it is now common practice to simultaneously investigate several macromolecules to capture a full picture of the multiple levels of molecular processing and changes between different conditions. This protocol presents the method of isolating DNA, RNA, and protein from the same sample of the nematode Caenorhabditis elegans to remove the variation introduced when these biomolecules are isolated from replicates of similarly treated but ultimately different samples. Nucleic acids and protein are extracted from the nematode using the acid guanidinium thiocyanate-phenol-chloroform extraction method, with subsequent precipitation, washing, and solubilization of each. We show the successful isolation of RNA, DNA, and protein from a single sample from three strains of nematode and HeLa cells, with better protein isolation results in adult animals. Additionally, guanidinium thiocyanate-phenol-chloroform-extracted protein from nematodes improves the resolution of larger proteins, with enhanced detectable levels as observed by immunoblotting, compared to the traditional RIPA extraction of protein.
The method presented here is useful when investigating samples using a multiomic approach, specifically for the exploration of the proteome and transcriptome. Techniques that simultaneously assess multiomics are appealing because molecular signaling underlying complex biological phenomena is thought to occur at complementary levels; however, it has become increasingly common to see that changes in mRNA levels do not always reflect the same change in protein levels and that the time of collection is relevant in the context of circadian regulations. This method removes any intersample variation when assaying different contents within the same sample (intrasample.)

Combined Nucleotide and Protein Extractions in Caenorhabditis elegans

Here, we present a protocol for the isolation of RNA, DNA, and protein from the same sample, in an effort to reduce variation, improve reproducibility, and facilitate interpretations.

결합 된 뉴클레오티드와 꼬마 선 충 의 단백질 추출

A single biological sample holds a plethora of information, and it is now common practice to simultaneously investigate several macromolecules to capture ...

Measurement of Oxygen Consumption Rates in Intact Caenorhabditis elegans

Optimal mitochondrial function is critical for healthy cellular activity, particularly in cells that have high energy demands like those in the nervous system and muscle. Consistent with this, mitochondrial dysfunction has been associated with a myriad of neurodegenerative diseases and aging in general. Caenorhabditis elegans have been a powerful model system for elucidating the many intricacies of mitochondrial function. Mitochondrial respiration is a strong indicator of mitochondrial function and recently developed respirometers offer a state-of-the-art platform to measure respiration in cells. In this protocol, we provide a technique to analyze live, intact C. elegans. This protocol spans a period of ~7 days and includes steps for (1) growing and synchronization of C. elegans, (2) preparation&#160;of compounds to be injected and hydration of probes, (3) drug loading and cartridge equilibration, (4) preparation of worm assay plate and assay run, and (5) post-experiment data analysis.

Measurement of Oxygen Consumption Rates in Intact Caenorhabditis elegans

Mitochondrial respiration is critical for organismal survival; therefore, oxygen consumption rate is an excellent indicator of mitochondrial health. In this protocol, we describe the use of a commercially available respirometer to measure basal and maximal oxygen consumption rates in live, intact, and freely-motile Caenorhabditis elegans.

그대로 꼬마 선 충 에 산소 소비 속도의 측정

Optimal mitochondrial function is critical for healthy cellular activity, particularly in cells that have high energy demands like those in the nervous ...

Purification and Analysis of Caenorhabditis elegans Extracellular Vesicles

The secretion of small membrane-bound vesicles into the external environment is a fundamental physiological process of all cells. These extracellular vesicles (EVs) function outside the cell to regulate global physiological processes by transferring proteins, nucleic acids, metabolites, and lipids between tissues. EVs reflect the physiological state of their cells of origin. EVs are implicated to have fundamental roles in virtually every aspect of human health. Thus, EV protein and genetic cargos are being increasingly analyzed for biomarkers of health and disease. However, the EV field still lacks a tractable invertebrate model system that permits the study of EV cargo composition. C. elegans is well suited for EV research because it actively secretes EVs outside of its body into its external environment, permitting facile isolation. This article provides all the necessary information for generating, purifying, and quantifying these environmentally secreted C. elegans EVs including how to work quantitatively with very large populations of age-synchronized worms, purifying EVs, and a flow cytometry protocol that directly measures the number of intact EVs in the purified sample. Thus, the large library of genetic reagents available for C. elegans research can be tapped into for investigating the impacts of genetic pathways and physiological processes on EV cargo composition.

Purification and Analysis of Caenorhabditis elegans Extracellular Vesicles

This article presents methods for generating, purifying, and quantifying Caenorhabditis elegans extracellular vesicles.

예쁜꼬마선충의 정화 및 분석 세포외 소포

The secretion of small membrane-bound vesicles into the external environment is a fundamental physiological process of all cells. These extracellular ...

Modeling Age-Associated Neurodegenerative Diseases in Caenorhabditis elegans

Battling human neurodegenerative pathologies and managing their pervasive socioeconomic impact is becoming a global priority. Notwithstanding their detrimental effects on the human life quality and the healthcare system, the majority of human neurodegenerative disorders still remain incurable and non-preventable. Therefore, the development of novel therapeutic interventions against such maladies is becoming a pressing urgency. Age-associated deterioration of neuronal circuits and function is evolutionarily conserved in organisms as diverse as the lowly worm Caenorhabditis elegans and humans, signifying similarities in the underlying cellular and molecular mechanisms. C. elegans is a highly malleable genetic model, which offers a well-characterized nervous system, body transparency and a diverse repertoire of genetic and imaging techniques to assess neuronal activity and quality control during ageing. Here, we introduce and describe methodologies utilizing some versatile nematode models, including hyperactivated ion channel-induced necrosis (e.g., deg-3(d) and mec-4(d)) and protein aggregate (e.g., &#945;-syunclein and poly-glutamate)-induced neurotoxicity, to monitor and dissect the cellular and molecular underpinnings of age-related neuronal breakdown. A combination of these animal neurodegeneration models, together with genetic and pharmacological screens for cell death modulators will lead to an unprecedented understanding of age-related breakdown of neuronal function and will provide critical insights with broad relevance to human health and quality of life.

Modeling Age-Associated Neurodegenerative Diseases in Caenorhabditis elegans

Here, we introduce and describe widely accessible methodologies utilizing some versatile nematode models, including hyperactivated ion channel-induced necrosis and protein aggregate-induced neurotoxicity, to monitor and dissect the cellular and molecular underpinnings of age-associated neurodegenerative diseases.

카노르하비티스 예르간에서 노화와 관련된 신경 퇴행성 질환 모델링

Battling human neurodegenerative pathologies and managing their pervasive socioeconomic impact is becoming a global priority. Notwithstanding their ...

Automating Aggregate Quantification in Caenorhabditis elegans

A rise in the prevalence of neurodegenerative protein conformational diseases (PCDs) has fostered a great interest in this subject over the years. This increased attention has called for the diversification and improvement of animal models capable of reproducing disease phenotypes observed in humans with PCDs. Though murine models have proven invaluable, they are expensive and are associated with laborious, low-throughput methods. Use of the Caenorhabditis elegans nematode model to study PCDs has been justified by its relative ease of maintenance, low cost, and rapid generation time, which allow for high-throughput applications. Additionally, high conservation between the C. elegans and human genomes makes this model an invaluable discovery tool. Nematodes that express fluorescently tagged tissue-specific polyglutamine (polyQ) tracts exhibit age- and polyQ length-dependent aggregation characterized by fluorescent foci. Such reporters are often employed as proxies to monitor changes in proteostasis across tissues. Manual aggregate quantification is time-consuming, limiting experimental throughput. Furthermore, manual foci quantification can introduce bias, as aggregate identification can be highly subjective. Herein, a protocol consisting of worm culturing, image acquisition, and data processing was standardized to support high-throughput aggregate quantification using C. elegans that express intestine-specific polyQ. By implementing a C. elegans-based image processing pipeline using CellProfiler, an image analysis software, this method has been optimized to separate and identify individual worms and enumerate their respective aggregates. Though the concept of automation is not entirely unique, the need to standardize such procedures for reproducibility, elimination of bias from manual counting, and increase throughput is high. It is anticipated that these methods can drastically simplify the screening process of large bacterial, genomic, or drug libraries using the C. elegans model.

Automating Aggregate Quantification in Caenorhabditis elegans

The following protocol describes the development and optimization of a high-throughput workflow for worm culturing, fluorescence imaging, and automated image processing to quantify polyglutamine aggregates as an assessment of changes in proteostasis.

Caenorhabditis elegans의 집계 정량화 자동화

A rise in the prevalence of neurodegenerative protein conformational diseases (PCDs) has fostered a great interest in this subject over the years. This ...