وأيد هذا العمل جزئيا من خلال تمويل لRAW من كل مما يلي: منح المعاهد الوطنية للصحة K01 DK083512، DP2 OD008470، وR01 DK100237؛ مسيرة من مليم باسل أوكونور كاتب الباحث جائزة منحة # 5 FY12-75؛ بدء الأموال من جامعة نوتردام كلية العلوم وقسم العلوم البيولوجية. نود بصفة خاصة أن أشكر إليزابيث ومايكل غالاغر، جنبا إلى جنب مع كامل غالاغر الأسرة، الذين المنقولة هدية سخية للجامعة نوتردام لتعزيز أبحاث الخلايا الجذعية. كان الممولين أي دور في تصميم الدراسة وجمع البيانات وتحليلها، قرار نشر أو إعداد المخطوطة. نشكر الموظفين من قسم العلوم البيولوجية لدعمهم، ومركز للبحوث اسماك الزرد في نوتردام لتفانيهم المتميز في رعاية ورفاه لدينا مستعمرة الزرد. أخيرا، نشكر أعضاء مختبر أبحاثنا على تعليقاتهم والمناقشات والافكار حول هذا العمل، وكذلك القطيفة (Maripooka) وزينيا ينغيرت لتوفير تسليط طبيعي شعيرات القطط لجعل أدوات السوط اكثر من ممتاز لأبحاثنا.

<ol>
	<li>Laale, H. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+biology+and+use+of+zebrafish,+Brachydanio+rerio+in+fisheries+research.+A+literature+review.">The biology and use of zebrafish, Brachydanio rerio in fisheries research. A literature review.</a> J Fish Biol. 10, 121-173 (1977).</li><li>Lieschke, G. J., Currie, P. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Animal+models+of+human+disease:+zebrafish+swim+into+view.">Animal models of human disease: zebrafish swim into view.</a> Nat Rev Genet. 8, 353-367 (2007).</li><li>Goldsmith, J. R., Jobin, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Think+small:+zebrafish+as+a+model+system+of+human+pathology.">Think small: zebrafish as a model system of human pathology.</a> J Biomed Biotechnol. 2012, (2012).</li><li>Howe, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+zebrafish+reference+genome+sequence+and+its+relationship+to+the+human+genome.">The zebrafish reference genome sequence and its relationship to the human genome.</a> Nature. 496, 498-503 (2013).</li><li>Drummond, I. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Kidney+development+and+disease+in+the+zebrafish.">Kidney development and disease in the zebrafish.</a> J Am Soc Nephrol. 16, 299-304 (2005).</li><li>Wingert, R. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+cdx+genes+and+retinoic+acid+control+the+positioning+and+segmentation+of+the+zebrafish+pronephros.">The cdx genes and retinoic acid control the positioning and segmentation of the zebrafish pronephros.</a> PLoS Genet 3. , (1922).</li><li>Wingert, R. A., Davidson, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Zebrafish+nephrogenesis+involves+dynamic+spatiotemporal+expression+changes+in+renal+progenitors+and+essential+signals+form+retinoic+acid+and+irx3b.">Zebrafish nephrogenesis involves dynamic spatiotemporal expression changes in renal progenitors and essential signals form retinoic acid and irx3b.</a> Dev Dyn. 240, 2011-2027 (2011).</li><li>Santoriello, C., Zon, L. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Hooked!+Modeling+human+disease+in+zebrafish.">Hooked! Modeling human disease in zebrafish.</a> J Clin Invest. 122, 2337-2343 (2012).</li><li>Tamplin, O. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Small+molecule+screening+in+zebrafish:+swimming+in+potential+drug+therapies.">Small molecule screening in zebrafish: swimming in potential drug therapies.</a> WIREs Dev Biol. 1, 459-468 (2012).</li><li>Westerfield, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> The Zebrafish Book. 3rd ed. , (2000).</li><li>Kimmel, C. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Stages+of+embryonic+development+of+the+zebrafish.">Stages of embryonic development of the zebrafish.</a> Dev Dyn. 203, 253-310 (1995).</li><li>Thisse, C., Thisse, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-resolution+in+situ+hybridization+to+whole-mount+zebrafish+embryos.">High-resolution in situ hybridization to whole-mount zebrafish embryos.</a> Nat Protoc. 3, 59-69 (2008).</li><li>Moens, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Whole+mount+RNA+in+situ+hybridization+on+zebrafish+embryos:+probe+synthesis.">Whole mount RNA in situ hybridization on zebrafish embryos: probe synthesis.</a> CSH Protoc. 3, DOI: 10.1101/pdb.prot5036. , (2008).</li><li>Moens, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Whole+mount+RNA+in+situ+hybridization+on+zebrafish+embryos:+hybridization.">Whole mount RNA in situ hybridization on zebrafish embryos: hybridization.</a> CSH Protoc. 3, DOI: 10.1101/pdb.prot5037. , (2008).</li><li>Moens, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Whole+mount+RNA+in+situ+hybridization+on+zebrafish+embryos:+mounting.">Whole mount RNA in situ hybridization on zebrafish embryos: mounting.</a> CSH Protoc. 3, DOI: 10.1101/pdb.prot5038. , (2008).</li><li>Machluf, Y., Levkowitz, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Visualization+of+mRNA+expression+in+the+zebrafish+embryo.">Visualization of mRNA expression in the zebrafish embryo.</a> Methods Mol Biol. 714, 83-102 (2011).</li><li>Brend, T., Holley, S. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Zebrafish+whole+mount+high-resolution+double+fluorescent+in+situ+hybridization.">Zebrafish whole mount high-resolution double fluorescent in situ hybridization.</a> J Vis Exp. 25 (25), (2009).</li><li>Lauter, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Two-color+fluorescent+in+situ+hybridization+in+the+embryonic+zebrafish+brain+using+differential+detection+systems.">Two-color fluorescent in situ hybridization in the embryonic zebrafish brain using differential detection systems.</a> BMC Dev Biol. 11 (43), 1-11 (2011).</li><li>Lauter, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multicolor+fluorescent+in+situ+hybridization+to+define+abutting+and+overlapping+gene+expression+in+the+embryonic+zebrafish+brain.">Multicolor fluorescent in situ hybridization to define abutting and overlapping gene expression in the embryonic zebrafish brain.</a> Neural Dev. 6 (10), 1-13 (2011).</li><li>Lagendijk, A. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Revealing+details:+whole+mount+microRNA+in+situ+hybridization+protocol+for+zebrafish+embryos+and+adult+tissues.">Revealing details: whole mount microRNA in situ hybridization protocol for zebrafish embryos and adult tissues.</a> Biol Open. 1, 566-569 (2012).</li><li>Haffter, P., N&#252;sslein-Volhard, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Large+scale+genetics+in+a+small+vertebrate,+the+zebrafish.">Large scale genetics in a small vertebrate, the zebrafish.</a> Int J Dev Biol. 40, 221-227 (1996).</li><li>Galloway, J. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Loss+of+Gata1+but+not+Gata2+converts+erythropoiesis+to+myelopoiesis+in+zebrafish+embryos.">Loss of Gata1 but not Gata2 converts erythropoiesis to myelopoiesis in zebrafish embryos.</a> Dev Cell. 8, 109-116 (2005).</li><li>Barrallo-Gimeno, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Neural+crest+survival+and+differentiation+in+zebrafish+depends+on+mont+blanc/tfap2a+gene+function.">Neural crest survival and differentiation in zebrafish depends on mont blanc/tfap2a gene function.</a> Development. 131, 1463-1477 (2003).</li></ol>

والكتاب ليس لديهم ما يكشف.

وقد أثبتت الزرد لتكون النموذج الحي قيمة للغاية في جميع أنحاء الأوساط البحثية خلال السنوات الأخيرة. الزرد يحمل درجة كبيرة من الحفظ الوراثية مع أن من الفقاريات العليا، والمزايا المتعلقة التشريح، والتربية، ودورة حياتها جعل هذه الأنواع قابلة جدا للالتحليلات التجريبية. علاوة على ذلك، تقدم التقنيات الجزيئية المطبقة على الزرد أدت إلى زيادة تعزيز استخدام هذا النموذج الحي في البحث العلمي. على سبيل المثال، تم إنشاء مجموعة كبيرة ومتنوعة من خطوط الزرد المعدلة وراثيا لدراسة تطور المرض والإجابة على العديد من الأسئلة الأساسية التي تقوم عليها آليات رئيسية للتنمية بما في ذلك توالد الأعضاء. وفقا لذلك، على أساس استخدام ديناميكية من الزرد في كل من المرض والبحوث التنموية ومنهجيات وضع العلامات والإشارات الخلية الكمي هي جانب هام من تحليل البيانات. بينما الأساليب التي توظف الفلورسنت وtibodies يمكن استخدامها للكشف عن البروتين التعبير في الزرد المعدلة وراثيا، يعتمد الباحثون عادة على الإجراءات القياسية مثل WISH 12-16 لدراسة توطين الزمانية المكانية من النصوص الجينات في عينة الزرد المعدلة وراثيا غير ثابتة. في الواقع، WISH هي واحدة من أكثر التقنيات المستخدمة على نطاق واسع في علم الأحياء 16، وأداة حيوية تستخدم لتوصيف النمط الظاهري من الطفرات الجينية والاضطرابات الوراثية الكيميائية. ومع ذلك، ويرتبط WISH مع عدد من المزالق والتحديات المحتملة. لتأكيد خصوصية ribroprobe العقاقير، بمعنى riboprobes يمكن استخدامها كوسيلة لمراقبة لتقييم خصوصية أنماط تلطيخ العقاقير riboprobe. في حين يتم عرض القسمين 4 و 5 في ترتيب وضع العلامات وكشف التحقيق المسمى digoxygenin تليها المسمى فلوريسئين التحقيق، يمكن عكس هذا الترتيب. عادة، وإشارات أضعف (الجينات مع انخفاض مستويات التعبير) والكشف عن أفضل مع تحقيقات المسمى digoxygenin وهذا وصمة عارأول من طور مع الركيزة الأرجواني، تليها الكشف وتلطيخ للإشارة أقوى (الجينات أعرب بزخم اكبر) باستخدام الركيزة الحمراء. ومع ذلك، إذا ردود الفعل اللونين ذاهبون إلى القيام بها، فمن المستحسن أن يتم اختبار توليفات مختلفة من التسميات وركائز للعثور على الإجراء الذي هو الأكثر ملاءمة لجمع البيانات وتحليلها. بالإضافة إلى ذلك، الأوقات المنصوص عليها حظر، حضانة الأجسام المضادة وغسل المقدمة في أقسام 4-5 مصممة للأجنة الذين تقل أعمارهم عن 24 التسميد آخر ساعة؛ فترات طويلة من هذه الخطوات نفسها مع أجنة كبار السن يمكن أن يؤدي إلى تراكم الملح على العينة. وقد تم بالفعل توثيق نصائح واسعة لاستكشاف القياسية الزرد الجنين WISH في الأدب 12-16. يمكن القول إن المعضلة الأكثر شيوعا هو خلفية عالية. نوصي زيادة عدد يغسل MABT في الخطوة 4.7 إلى 15-20 يغسل إذا لزم الأمر، على الرغم من تجربتنا في إضافة لMABT بين عشية وضحاها &quot;فائقة غسل &#39;يعطي نتائج باهرة عندما تستخدم بالاقتران مع 10 أو أكثر يغسل MABT قصيرة قبل الانتقال إلى الخطوة 4.8. مثال آخر هو المعضلة الفقراء تسلل التحقيق، والتي يمكن أن تحدث مع riboprobes طويلة. يمكن قص riboprobe التالية الخطوة 3.6 من خلال التحلل القلوي تصدي لهذا. في تجربتنا مع عينات من الشباب، غير مطلوب عادة التحقيق القص. ومع ذلك، ينبغي للمرء أن نضع في اعتبارنا أن المعلمات مثل هذا يمكن العوامل المساهمة في نتائج تجربة WISH، ونقترح النظر في هذه التعليمات استكشاف الأخطاء وإصلاحها مفيدة بالفعل متاحة للجمهور في المجتمع حسب الحاجة لتحسين المعلمات التجريبية لWISH في بنفسك البحوث 12. بالإضافة إلى التقنيات التقليدية WISH 12-16، كان هناك ظهور مستمر من التقدم في منهجيات WISH والبروتوكولات البديلة التي تم صياغتها. وتشمل هذه الطرق الجديدة للكشف عن إشارة، مثل من خلال استخدام الفلوريةcence 17-19، إلى الأساليب التي تمكن توطين microRNAs 20. وحتى مع ذلك، على الرغم من العديد من التحسينات التي أدخلت على طرق وضع العلامات الخلية الحالية، وتبطل فعالية هذه الإجراءات إذا كان وصمة عار (ق) لا يمكن تصور بسهولة داخل عينة من الفائدة في نقطة الوقت المطلوب. هذا القيد هو إشكالية للباحثين وخصوصا عندما تتعلق المراحل الجنينية المبكرة من تطور الجنين الزرد، والتي يمكن أن تؤدي إلى فجوات في فهمنا للعمليات التنموية المختلفة التي تنشأ في هذه الأوقات. أثناء تطوير الزرد العادية، وسوف الكيس المحي خفض تدريجي في حجم والجنين الأعمار 11. لذلك، في هذه المراحل التنموية في وقت لاحق (&gt; آخر 24 ساعة الإخصاب)، WISH تلطيخ اضحة إلى حد ما لتحليل لأن الجنين أكبر مقارنة المجاورة لها الكيس المحي. ولكن هذا ليس هو الحال من مرحلة الذيل برعم إلى somitogenesis المبكر (عندما الجنينيةيتوضع الشامل حول صفار) حيث يمكن للالكيس المحي مبهمة أحيانا تحجب التصور من وصمة عار. بالتالي، لقد ابتكر طريقة تركيب مسطحة للمساعدة في تخفيف مشاكل التصوير وتحليل البيانات المرتبطة توصيف أوائل عينات الأجنة الزرد (schematized في الشكل 1 والشكل 2)، واستخدمت على نطاق واسع منذ phenotyping منهجية من الطفرات الوراثية معزولة من أول شاشات الوراثية على نطاق واسع 21. منذ ظهور تقنية تركيب مسطحة، وتحليل مراحل النمو المبكرة قد تعززت بشكل كبير. مرة واحدة تتم إزالة صفار من الجنين، فمن الممكن لوضع الجنين شقة على شريحة زجاجية في الاتجاه المطلوب للتصوير. هذا الموقف ثنائي الأبعاد تمكن من مشاهدة الجنين بأكمله في وقت واحد، مما يلغي الحاجة لتدوير العينة. وتقع العديد من الأنسجة في مجالات واسعة من الجنين، مثلالسلائف التي تشكل الدم والكلى. علاوة على ذلك، قد يحتاج المرء للمقارنة بين العديد من أنسجة نامية مختلفة في وقت واحد. تركيب مسطحة تمكن الباحث لعرض في وقت واحد على المجال بالكامل من هذه الجماعات الخلية، وبالتالي يمكن أن تساعد إلى حد كبير quantifications مثل قياس مساحة للنسيج أو خلية من التهم الموجهة إليه. وقد ساعدت هذه التقنية في نهاية المطاف تؤدي إلى العديد من الاكتشافات المتعلقة مجموعة متنوعة من الآليات التنموية الهامة الكامنة تكون الدم، الخلايا العصبية، وتوالد الأعضاء. وبالتالي، بمجرد يتقن، وطلبات الحصول على هذه التقنية بسيطة للباحثين هي كبيرة جدا. على سبيل المثال، في دراسة دراسة اختيار النسب أثناء تكون الدم، جبل الاستعدادات الأجنة الزرد شقة في المراحل الجسيدة 14 و 18 (اس اس) استخدمت لتوضيح التغييرات التي حدثت في نمط التعبير عن عامل النسخ إصبع الزنك بين PU.1 من النوع البري وgata1 morpholino حقن أجنة 22.تمكين هذه الطريقة في الكشف عن مجال PU.1 توسعت في 18 ق ق، مشيرا إلى أن gata1 هو الأكثر احتمالا تنظيم التعبير عن PU.1 في الكتلة الخلوية المتوسطة (ICM) حول هذه النقطة الوقت. أظهرت الأجنة شقة إضافية شنت الملون لمختلف الجينات محمر بما في ذلك gtpbp1 وepsin خسارة في التعبير عن هذه الجينات في المسوخ إل تي التي كانت gata1 - / -. وأظهرت التحليلات مزيد من أي تغيير في التعبير عن الجينات erythoid مثل biklf وtesthymin التي كانت معروفة لتكون مستقلة عن النشاط غاتا. لذلك، بالتزامن مع النتائج التجريبية الأخرى المترتبة عليها، تم الكشف عن أن gata1 أمر ضروري في تنظيم تمايز الخلايا ضمن النسب-myelo محمر. في دراسة للتنمية قمة العصبية، استخدمت يتصاعد شقة لدراسة crestin التعبير في مونت بلانك (الغوغاء M610) المسوخ في دراسةدراسة أدوار بلان مونت وظيفة الجين tfap2a 23. في 10 و 20 ق ق، ألغي crestin التعبير تماما في الرأس وانخفض في منطقة جذع الغوغاء المسوخ M610 بالمقارنة مع النوع البري العادي التعبير، والمساعدة في نهاية المطاف هذه المجموعة لإبرام حول أهمية مونت بلانك وtfap2a التنظيم خلال تشكيل قمة العصبية. بالإضافة إلى ذلك، من حيث توالد الأعضاء، مكنت يتصاعد شقة اكتشاف وجود مجالات متميزة في أوائل الحقل السلف الكلوي أثناء التطور الجنيني في الكلى الزرد، والمعروفة باسم سليفة الكلوة. يوفر الجنين الزرد نظام الحفظ واضحة حتى الآن تشريحيا لدراسة كيفية إعطاء الأسلاف الكلوي أدى إلى وحدات وظيفية نفرون التي تتألف منها سليفة الكلوة، وهي عملية تعرف باسم تكون الكلية 6،7 (الشكل 4). ظل ثابتا جبل التحليل المفيد المجالات ثيقة من وثائق إعادةالأسلاف ونال لتشريح نتائج التغييرات في إشارة RA خلال سليفة الكلوة الزخرفة 6،7 (الشكل 5)، والتي لم تكن معروفة سابقا. أخذت معا، هذه الأمثلة تشير إلى أن هناك بالفعل العديد من التطبيقات واسعة لهذا البروتوكول جبل شقة في دراسة العمليات المتنوعة التي تحدث أثناء التطور الطبيعي والدول المريضة. من الناحية النظرية، هذا الإجراء جبل شقة بسيطة إلى حد ما عموما. ومع ذلك، يمكن التلاعب ودرجة الجودة المطلوبة لإتقان هذه الطريقة تكون صعبة للغاية لدرجة الماجستير في غياب مظاهرة البصرية. وبالتالي، تم تجميع هذا البروتوكول لتمكين الباحثين، وخاصة تلك الجديدة إلى نموذج الزرد، مع فرصة لفهم أفضل لكيفية تنفيذ هذه التقنية وتبادل نصيحتنا على الكواشف التي يمكن تحسين التعامل مع الأنسجة. نحن نأمل ان يكون هذا البروتوكول سيسمح في نهاية المطاف الآخرين في المجتمع لتحسين ظروف العينة الأكثر مثالية لتكون شااا للتصوير قسط، وتحليل البيانات، والاتصالات نتائجها في المنشورات. في نهاية المطاف، وهذا ينبغي تمكين الباحثين من أجل التغلب على العقبات التشريحية للالزرد خلال مرحلة التطور الجنيني المبكر، والتي يمكن أن تحجب عرض النتائج التجريبية، ولحل هذه من خلال استخدام هذه التقنية بسيطة ولكنها هامة.

الزرد، دانيو rerio، وأصبح الحي تستخدم على نطاق واسع في دراسة البيولوجيا التطورية. الزرد هي الاستوائية، وأنواع الفقاريات في المياه العذبة تعود لعائلة Cyprinidae. واستخدمت الزرد أصلا للبحوث البيئية للحصول على معلومات حول مخاطر ملوثات المياه المحتملة، كما كانت يمكن الحصول عليها بسهولة، وغير مكلفة، وسهلة للحفاظ على 1. على مدى السنوات الثلاثين الماضية، أصبح الزرد المعترف بها كنظام نموذج الفقاريات لين العريكة وراثيا لمجموعة من الأسباب. الزرد تظهر على مستوى عال من الحفظ التشريحية والفسيولوجية مع الفقاريات العليا بما في ذلك الثدييات 2،3. وقد كشفت مؤخرا الشرح تسلسل الجينوم أن ما يقرب من 70٪ من الجينات البشرية واحد على الأقل الزرد نظيره 4. على سبيل المثال، تم تحديد العديد من الجينات orthologous أن تلعب دورا هاما أثناء التطور الكلى بين هذه الأنواع 5-7. هذه غرفة المعيشةوقد مكن درجة ماتيتش الحفظ فيما يتعلق البيولوجيا الخلوية والجزيئية الباحثين لخلق نماذج لمجموعة واسعة من الأمراض التي تصيب الإنسان في الزرد 8، وأصبحت الزرد أداة قيمة لتحديد العلاجات المخدرات المحتملة باستخدام شاشات الجينية الكيميائية 9. وعلاوة على ذلك، فإن النموذج الزرد ليست فقط قادرة على تلخيص مجموعة متنوعة من العمليات التنموية المعقدة والحالات المرضية والتي ينظر اليها في البشر، ولكن عدة سمات إضافية أيضا زيادة جاذبيتها باعتبارها كائن نموذج للدراسات الجنينية. الزرد هي بيوض وتتكاثر عن طريق وضع البيض البث، التي تنص على الباحثين مع سهولة الوصول إلى الأجنة من بداية الإخصاب 10. وتشمل المزايا الأخرى حجم الجنين، والشفافية، وتطوير الخارجية السريع 10. بالإضافة إلى ذلك، تمتلك البالغين الزرد الخصوبة العالية وعادة إنتاج أحجام مخلب كبير نسبيا التي يمكن أن تتراوح بين 200-500في الأسبوع، مما يتيح في نهاية المطاف الباحثين لإجراء تجارب إنتاجية عالية، مثل شاشات الكيميائية النمط الظاهري القائم، مع سهولة 9. وحتى مع ذلك، على الرغم من عدد كبير من المزايا التي أظهرتها نموذج الزرد، وهناك التحديات التي تتعلق التحليل والإبلاغ عن النتائج التجريبية التي تم الحصول عليها من مراحل النمو المبكرة. في بعض الحالات، يمكن تشريح المتأصلة في الجنين الزرد تحجب التصور بيانات واحد. بعد الإخصاب، الخلية الأولي يخضع الأحداث الانقسام متعددة كما تقدم التنمية 11. تكون المعيدة التالية، يظهر محور الجنينية في مرحلة tailbud (10 HPF) بحيث يتم لفه حول صفار البيض 11. كما تقدم تطور لاحق خلال الفترة تجزئة، والجذع تنمو في الشامل وكذلك إطالة بواسطة استطالة المحوري بحيث ذيل جنبا إلى جنب مع جزء من الكيس المحي نفسها تمتد خارج من الكتلة صفار المركزية11. بين tailbud و 20 مرحلة الجسيدة (19 HPF)، يحاول أن نلاحظ الميزات التنموية محددة بعد الاستفادة من مختلف البروتوكولات تلطيخ، مثل WISH، يمكن أن يكون تحديا على حد سواء لتصور وصورة نظرا لهندسة الجنين وغموض الكيس المحي. طريقة واحدة للقضاء على هذه التحديات هو إزالة صفار ثم تتسطح الجنين في عينة ثنائية الأبعاد التي يمكن تحليلها بطريقة أكثر وضوحا. توفير الموارد البروتوكول والفيديو التالية دليلا لكيفية deyolk بنجاح ومسطحة جبل الجنين بعد تثبيت وتلوين، وذلك باستخدام مثال واحد أو اثنين من لون WISH تلطيخ. WISH هو أسلوب يستخدم على نطاق واسع التي تمكن من الكشف عن الأحماض النووية محددة في العينات المحفوظة، وبالتالي يسمح لموقع (ق) في التعبير الجيني ليتم الكشف داخل الأنسجة. وقد وصفت على نطاق واسع تقنيات WISH، ويمكن أن يؤديها مع ركائز لون مختلف وكذلك الانفلونزاأنظمة الكشف عن orescent 12-20. ونحن هنا نقدم لبروتوكول WISH تعديل المستخدمة لأجنة الزرد بين tailbud وتجزئة مراحل التنمية. بروتوكولات WISH البديلة، ومع ذلك، متوافقة مع الإجراء جبل مسطح وصفها هنا، كما لوحظ في بداية البروتوكول أدناه. بالإضافة إلى ذلك، يمكن الاستفادة تركيب مسطحة جنبا إلى جنب مع أي عدد من تقنيات التصوير الحالية، مثل جبل بأكمله المناعية، أو التسميات تتبع نسب الخلايا، والتي لا توصف في هذا البروتوكول. وعموما، فإن تقنية تركيب مسطحة تمكن أفضل تحليل متفوقة وعرض البيانات التي تم الحصول عليها من التجارب مع المراحل الأولى من التطور الجنيني في الزرد.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="760">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="68">
			<td height="68" style="height:68px;width:163px;">50 X E3</td>
			<td style="width:96px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td style="width:383px;">250 mM NaCl, 8.5 mM KCL, 16.5 mM CaCl2, 16.5 mM MgSO4 in distilled water. Supplement with methylene blue (1 x 10-5 M) (Sigma M9140) to inhibit contamination.&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:163px;">1 X E3</td>
			<td style="width:96px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td style="width:383px;">Dilute 50 X E3 in distilled water.</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:163px;">mesh tea strainer</td>
			<td style="width:96px;">English Tea Store</td>
			<td style="width:119px;">SKU #ASTR_KEN, MPN#1705</td>
			<td style="width:383px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:163px;">embryo incubation dish</td>
			<td style="width:96px;">Falcon</td>
			<td style="width:119px;">35-1005</td>
			<td style="width:383px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:163px;">transfer pipet</td>
			<td style="width:96px;">Samco</td>
			<td style="width:119px;">202, 204</td>
			<td style="width:383px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:163px;">flat-bottom microcentrifuge tube</td>
			<td style="width:96px;">VWR</td>
			<td style="width:119px;">87003-300; 87003-298</td>
			<td style="width:383px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:163px;">glass vial</td>
			<td style="width:96px;">Wheaton</td>
			<td style="width:119px;">225012</td>
			<td style="width:383px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:163px;">1 X Pbst</td>
			<td style="width:96px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td style="width:383px;">0.1% Tween-20 detergent in 1 X Pbs, made by diluting 10 X Pbs in distilled water.</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:163px;">Tween-20 stock</td>
			<td style="width:96px;">American Bioanalytical</td>
			<td style="width:119px;">AB02038</td>
			<td style="width:383px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:163px;">10X Pbs&#160;</td>
			<td style="width:96px;">American Bioanalytical</td>
			<td style="width:119px;">AB11072</td>
			<td style="width:383px;"></td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:163px;">paraformaldehyde</td>
			<td style="width:96px;">Electron Microscopy Services</td>
			<td style="width:119px;">19210</td>
			<td style="width:383px;"></td>
		</tr>
		<tr height="84">
			<td height="84" style="height:84px;width:163px;">4% PFA/1X Pbs</td>
			<td style="width:96px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td style="width:383px;">Dissolve 4% PFA (w/v) in 1 X Pbs, bring to boil on a hot plate in a fume hood. Cool and freeze aliquots for storage at -20 &#176;C. Thaw just before use and do not refreeze stocks.&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:163px;">filter sterilization unit</td>
			<td style="width:96px;">Corning</td>
			<td style="width:119px;">430516</td>
			<td style="width:383px;">1L filter system, 0.45 um CA</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:163px;">MeOH</td>
			<td style="width:96px;">Sigma</td>
			<td style="width:119px;">34860-4L</td>
			<td style="width:383px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:163px;">proteinase K</td>
			<td style="width:96px;">Roche</td>
			<td style="width:119px;">03-115-879-001</td>
			<td style="width:383px;">Dissolve in distilled water to make proteinase K stock (10 mg/mL) and store aliquots at -20 &#176;C.</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:163px;">HYB+</td>
			<td style="width:96px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td style="width:383px;">50% formamide, 5X SSC, 0.1% Tween-20, 5 mg/mL yeast torula RNA, 50 ug/ul heparin</td>
		</tr>
		<tr height="84">
			<td height="84" style="height:84px;width:163px;">DIG/FLU labeled riboprobe in vitro transcription reaction reagents</td>
			<td style="width:96px;">Roche</td>
			<td style="width:119px;">11175025910; 11685619910</td>
			<td style="width:383px;">Refer to manufacturer instructions.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:163px;">SP6 RNA polymerase</td>
			<td style="width:96px;">Roche</td>
			<td style="width:119px;">11487671001</td>
			<td style="width:383px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:163px;">T7 RNA polymerase</td>
			<td style="width:96px;">Roche</td>
			<td style="width:119px;">10881775001</td>
			<td style="width:383px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:163px;">T3 RNA polymerase</td>
			<td style="width:96px;">Roche</td>
			<td style="width:119px;">11031171001</td>
			<td style="width:383px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:163px;">RNase 1 inhibitor</td>
			<td style="width:96px;">Roche</td>
			<td style="width:119px;">3335399001</td>
			<td style="width:383px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:163px;">DNase 1 inhibitor, 10 X DNase 1buffer</td>
			<td style="width:96px;">Roche</td>
			<td style="width:119px;">4716728001</td>
			<td style="width:383px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:163px;">glycogen</td>
			<td style="width:96px;">Roche</td>
			<td style="width:119px;">10901393001</td>
			<td style="width:383px;"></td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:163px;">Ethanol (EtOH)</td>
			<td style="width:96px;">Sigma</td>
			<td style="width:119px;">E7023</td>
			<td style="width:383px;">Aliquot 50 ml aliquots of 100% EtOH and 70% EtOH (diluted with molecular grade water) and store at -20 &#176;C.</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:163px;">molecular grade distilled water</td>
			<td style="width:96px;">Mediatech</td>
			<td style="width:119px;">25-055-CM</td>
			<td style="width:383px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:163px;">waterbath</td>
			<td style="width:96px;">Thermo</td>
			<td style="width:119px;">51221073</td>
			<td style="width:383px;">Model 2831</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:163px;">nanodrop</td>
			<td style="width:96px;">Thermo</td>
			<td style="width:119px;">ND-2000c</td>
			<td style="width:383px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:163px;"></td>
			<td style="width:96px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td style="width:383px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:163px;">formamide</td>
			<td style="width:96px;">American Bioanalytical</td>
			<td style="width:119px;">AB00600</td>
			<td style="width:383px;">Store at -20 &#176;C.</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:163px;">20X SSC</td>
			<td style="width:96px;">American Bioanalytical</td>
			<td style="width:119px;">AB13156</td>
			<td style="width:383px;"></td>
		</tr>
		<tr height="84">
			<td height="84" style="height:84px;width:163px;">MAB</td>
			<td style="width:96px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td style="width:383px;">2L formula: Into 1.5 L of distilled water, mix 23.2 g maleic acid, 17.5 g NaCl, 55.0 g Trisma base, then add 8 mLs of 1M Tris-HCl pH 9.5, and then fill to 2 L. Autoclave.&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:163px;">MABT</td>
			<td style="width:96px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td style="width:383px;">MAB + 0.1% Tween-20&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="126">
			<td height="126" style="height:126px;width:163px;">block solution</td>
			<td style="width:96px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td style="width:383px;">We make in 50 ml fresh aliquots: 10 mLs of BSA (from 10% lab stock), 5 mls of FCS (from stock), and 35 mLs of MABT. Save unused block at 4 &#176;C to use for antibody solution. Note: Thaw the BSA and FCS stocks at 37 &#176;C&#8212;if you thaw at a higher temperature they become a thick gel (do not use).</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:163px;">FCS (fetal calf serum) stock</td>
			<td style="width:96px;">Invitrogen</td>
			<td style="width:119px;">16140089</td>
			<td style="width:383px;">Aliquot in 5 or 10 ml portions and store at -20 &#176;C.</td>
		</tr>
		<tr height="84">
			<td height="84" style="height:84px;width:163px;">BSA (bovine serum albumin) stock</td>
			<td style="width:96px;">American Bioanalytical</td>
			<td style="width:119px;">AB00448</td>
			<td style="width:383px;">Make a 10% stock diluted in MAB by dissolving the BSA flakes at room temperature with rapid stirring, then store 10 ml aliquots at -20 &#176;C. Store undissolved BSA flakes at 4 &#176;C.</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:163px;">anti-digoxigenin antibody</td>
			<td style="width:96px;">Roche</td>
			<td style="width:119px;">11-093-274-910</td>
			<td style="width:383px;">Store at 4 &#176;C.</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:163px;">anti-fluorescein antibody</td>
			<td style="width:96px;">Roche</td>
			<td style="width:119px;">11-426-338-910</td>
			<td style="width:383px;">Store at 4 &#176;C.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:163px;">12-well staining dish</td>
			<td style="width:96px;">BD-Falcon</td>
			<td style="width:119px;">35-3225</td>
			<td style="width:383px;"></td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:163px;">pre-staining&#160; buffer</td>
			<td style="width:96px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td style="width:383px;">100 mM Tris pH 9.5, 50 mM MgCl2, 100 mM NaCl, 0.1% Tween-20. Always make fresh: it will precipitate in the course of a few days.</td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:163px;">staining solution-purple</td>
			<td style="width:96px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td style="width:383px;">For every 10mLs needed: add 45 uL of NBT and 35 uL of BCIP to fresh pre-staining buffer (not used on embryo samples).</td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:163px;">staining solution-red</td>
			<td style="width:96px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td style="width:383px;">For every 10mLs needed: add 31.5 uL of INT and 35 uL of BCIP to fresh pre-staining buffer (not used on embryo samples)..</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:163px;">NBT stock</td>
			<td style="width:96px;">Sigma</td>
			<td style="width:119px;">N6876</td>
			<td style="width:383px;">Stored at -20 &#176;C; powder diluted 50mg/mL in 70% DMF, 30% water.</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:163px;">INT stock</td>
			<td style="width:96px;">Sigma</td>
			<td style="width:119px;">I8377</td>
			<td style="width:383px;">Stored at -20 &#176;C; powder diluted 55mg/mL in 70% DMF, 35% water.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:163px;">BCIP stock</td>
			<td style="width:96px;">Sigma</td>
			<td style="width:119px;">B8503</td>
			<td style="width:383px;">Stored at -20 &#176;C; powder diluted 50mg/mL in 100% DMF.</td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:163px;">DMF (dimethylformaldehyde)</td>
			<td style="width:96px;">American Bioanalytical</td>
			<td style="width:119px;">AB00450</td>
			<td style="width:383px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:163px;">glycine</td>
			<td style="width:96px;">Sigma</td>
			<td style="width:119px;">G8898</td>
			<td style="width:383px;">&#160;0.1 M glycine, pH 2.2</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:163px;">small plastic Petri dish</td>
			<td style="width:96px;">Corning</td>
			<td style="width:119px;">430589, 430588</td>
			<td style="width:383px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:163px;">glycerol</td>
			<td style="width:96px;">Sigma</td>
			<td style="width:119px;">G7893</td>
			<td style="width:383px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:163px;">fine forceps</td>
			<td style="width:96px;">Roboz</td>
			<td style="width:119px;">RS-1050</td>
			<td style="width:383px;">Dumont Tweezers Pattern #55&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="231">
			<td height="231" style="height:231px;width:163px;">lash tool</td>
			<td style="width:96px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td style="width:383px;">Constructed by affixing a suitable lash to a pipet tip (sizes ranging from P10-P1000 can be used) using superglue. We use a naturally shed human eyelash, a naturally shed animal whisker or wiry fur coat hair, or a natural or synthetic lash purchased from the beauty department at a pharmaceutical or retail store (extra long lashes are most amenable to stable mounting on the pipet tip). The pipet tip is affixed onto a straight rod (8-10 cm in length) such as a needle holder (e.g. Fisher 08-965-A) for easy handling. See Figure 3 for images of these homemade tools.</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:163px;">glass slide</td>
			<td style="width:96px;">Thermo-Fisher</td>
			<td style="width:119px;">4445</td>
			<td style="width:383px;">White Frost&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:163px;">glass coverslip</td>
			<td style="width:96px;">Thermo-Fisher</td>
			<td style="width:119px;">12-540A</td>
			<td style="width:383px;">18 x 18 mm</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:163px;">modeling clay</td>
			<td style="width:96px;">Hasbro</td>
			<td style="width:119px;">Playdoh</td>
			<td style="width:383px;">Other craft modeling clay products can be substituted</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:163px;">slide holder</td>
			<td style="width:96px;">Thermo-Fisher</td>
			<td style="width:119px;">12-587-10</td>
			<td style="width:383px;">Cardboard tray to store slides flat</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:163px;">stereomicroscope</td>
			<td style="width:96px;">Nikon</td>
			<td style="width:119px;">SMZ645, SMZ1000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:163px;">compound microscope</td>
			<td style="width:96px;">Nikon</td>
			<td style="width:119px;">80i, 90i</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

flat mount preparation for observation and analysis of zebrafish embryo specimens stained by whole mount in situ hybridization

يتم الآن استخدام الأجنة الزرد عادة للبحوث الطبية الحيوية والأساسية للتحقيق في التحكم الجيني للعمليات التنموية ونموذج التشوهات الخلقية. خلال اليوم الأول من الحياة، وتقدم الجنين الزرد من خلال العديد من المراحل التنموية بما في ذلك التخصيب، الانقسام، تكون المعيدة، وتجزئة، وتوالد من هياكل مثل الكلى والقلب والجهاز العصبي المركزي. تشريح الجنين الزرد الشباب يقدم العديد من التحديات لتصور وتحليل الأنسجة المشاركة في العديد من هذه الأحداث لأن الجنين يطور بالتعاون مع صفار الشامل الجولة. وهكذا، على التحليل الدقيق والتصوير من الظواهر التجريبية في عينات الجنينية ثابتة بين tailbud و 20 الجسيدة مرحلة (ما بعد 10 و 19 ساعة الإخصاب (HPF)، على التوالي)، مثل تلك الملون باستخدام جبل بأكمله في الموقع التهجين (WISH) في، غالبا ما يكون من المرغوب فيه لإزالة الجنين من صفار بوجميع لوضعه مسطح على شريحة زجاجية. ومع ذلك، وأداء الإجراء جبل المسطحة يمكن أن تكون مملة. لذلك، ناجحة وفعالة شقة جبل وإعداد سهلت إلى حد كبير من خلال مظاهرة البصرية للتقنية التشريح، وساعد أيضا باستخدام الكواشف التي تساعد في التعامل مع الأنسجة الأمثل. هنا، ونحن نقدم بروتوكول WISH لدينا للكشف عن لون واحد أو اثنين من الجينات في الأجنة الزرد، وتوضح كيف يمكن تنفيذ الإجراء تركيب مسطحة على هذا المثال من عينة ثابتة الملون. هذا البروتوكول تركيب مسطحة قابلة للتطبيق على نطاق واسع لدراسة العديد من الهياكل الجنينية التي تنشأ أثناء التطور الزرد في وقت مبكر، ويمكن تنفيذها بالتعاون مع وسائل تلطيخ أخرى أجريت على عينات الأجنة ثابتة.

ويشمل الإجراء بروتوكول تركيب مسطحة تحول الجنين الزرد من التشريح الطبيعي لها، حيث يتم لف الجسم حول محور الكرة صفار تقع مركزيا، إلى إعداد ثنائي الأبعاد (الشكل 1A). التصوير كله جبل الجنين الزرد الشباب محدودة بسبب طبيعة كيفية التفاف حول محور الجنينية صفار البيض. ونتيجة لذلك، وجهات النظر الجانبي أو الظهرية من جبل بأكمله يمكن أن العينات الجنين الملون التقاط سوى جزء من محور أو أنسجة معينة غامضة (الشكل 1B). على سبيل المقارنة، deyolking وتسطيح للجنين تمكن محور الجنينية بالكامل لتكون تصور في وقت واحد (الشكل 1B). وأثبتت هذه القيود عن طريق فحص الجنين WISH الملون التي وصفت مع riboprobes العقاقير للكشف عن irx3b (اللون الأرجواني)، الذي يصادف مجموعة فرعية من الأسلاف الكلوي تقع في جوار somites من 7 إلى 13، وmyod1 (الحمراء) التي تصفsomites (الشكل 1B). تحجب مجال irx3b + الكلوي الأسلاف في كل جبل جهة النظر الجانبي لأن النصوص irx3b وفيرة في النظام العصبي المركزي، مما يجعل مجال الكلوي المستحيل عمليا تصور مع زاوية الكاميرا الجانبي؛ أبعد من ذلك، مجال irx3b + الأسلاف الكلوي هو فقط مرئية جزئيا عندما يتم استدارة الجنين في عرض الكاميرا الظهرية لأن ملفوفة الميدان حول صفار (الشكل 1B). ومع ذلك، وهو رأي الظهرية من نفس الجنين بعد تركيب مسطحة تمكن الحقل بأكمله من irx3b + الأسلاف الكلوي ليتم تحليلها بطريقة واضحة فيما يتعلق و somites على طول الجذع الجنينية والهياكل الأخرى (الشكل 1B). وبالتالي، المجالات المكانية تفصيلا يمكن توثيقها بشكل مثالي مع هذا الأسلوب. وتشارك العديد من الخطوات الرئيسية في التنفيذ الناجح لإجراء جبل مسطح. لتنفيذ هذه التقنيهه، لا بد من فصل صفار الكرة الأولى من الجنين السليم (الشكل 2A)، والذي يمكن القيام به مع أدوات مثل غرامة زوج من ملقط غرامة في حين تصور الجنين باستخدام stereomicroscope. بعد إزالة الخام على الكرة صفار، ويستخدم أداة السوط غرامة لكشط بعيدا حبيبات الصفار التي ظلت تعلق على الجنين (الشكل 2B). إزالة حبيبات صفار المتبقية يساعد على تسهيل التصور من الأنسجة الجنينية. أخيرا، يتم التلاعب الجنين deyolked لوضعه مستقر على شريحة زجاجية (الشكل 2C)، والتي تمكن وثائق المراقبة والمساعدات من العينة باستخدام برامج التصوير وكاميرا تعلق على المجهر. الأدوات والأجهزة السوط محلية الصنع التي يمكن بناؤها من قبل الالصاق على الرموش مناسبة لطرف ماصة superglue به، والذي يمكن تركيبه على مقبض إذا رغبت في (الشكل 3A، جدول المواد). عينات السوط مختلفة يمكن شراؤها لإنتاجالسوط أدوات ذات خصائص مختلفة قليلا من حيث الطول وتفتق (الشكل 3B)، والتي قد يكون لدى كل مستخدم الميول المختلفة لمرة واحدة فإنها تبدأ في تجربة مع الإجراء جبل مسطح. وتشمل الأمثلة على عينات السوط تسليط بشكل طبيعي الرموش الإنسان، تسليط طبيعي الشعر سلكي الحيوان أو شعيرات، وأخيرا أصناف الاصطناعية من جلدة المتاحة تجاريا وجدت في الإدارات مستحضرات التجميل بالتجزئة. المنطقة المحلية المحيطة بها، والتي تحتوي على عينة (ق) وضعه على (4A الشكل) شريحة زجاجية يمكن تصوير لتحليل عالية الدقة. تم استخدام مزيج من تحقيقات للتسمية الأسلاف الكلوي النامية التي تؤدي إلى الكلى في نوع الجنين البرية في مراحل النمو المبكر مع اللونين WISH، ومن ثم تحميل مسطحة أجريت التحضيرات لعرض عينات (الشكل 4B، 4C ). خلال المراحل المبكرة الجسيدة، يتم ترسيمها الأسلاف الكلوي في نمط على شكل حرف U من قبل الالتعبير EIR النصوص pax2a (البنفسجية) المحيطة الأديم المتوسط ​​مجاور للمحور الذي يعبر بصورة متزامنة دلتا C (DLC) (أحمر) (العمود الأيسر، الشكل 4B) 6،7. في المقابل، عندما تم الكشف عن محاضر DLC مع الركيزة الأرجواني، وكانت تسمى في تركيبة مع krox20 علامة الدماغ المؤخر (الحمراء)، وتصور فرعي منقاري من الأسلاف الكلوي التي تعبر عن DLC (العمود الأيمن، الشكل 4B)، كما لوحظ سابقا 6،7. جبل الاستعدادات مسطحة يمكن استخدامها على نحو مماثل لدراسة مراحل somitogenesis في وقت لاحق. في مرحلة الجسيدة 14، قمنا بتحليل التعبير عن علامات الكلوي pax2a، slc4a4، وslc12a3 (البنفسجية) جنبا إلى جنب مع smyhc1 (الحمراء)، الذي يصادف و somites (الشكل 4C). هذه المجموعات تمكين تعيين من كامل الكلوي المجال السلف مع pax2a، في حين كشف عن أن مجموعة فرعية من الخلايا في نطاق فرعي EXPR منقاريessed slc4a4a وتميزوا من قبل غير متداخلة فرعي الذيلية من الأسلاف الكلوي التي أعربت عن slc12a3. WISH اللونين وجبل إعداد المسطحة هي أيضا قيمة لدراسة المجالات الخلوية خلال توالد الأعضاء في الزرد مع الطفرات الجينية أو الاضطرابات الأخرى من التعرض لعوامل بيئية إلى جزيئات صغيرة 6،7 (الشكل 5). وNLS الزرد والمسوخ ليب تؤوي طفرات في ألدهيد نازعة 1A2 (aldh1a2، المعروف سابقا باسم raldh2)، الذي يشفر إنزيم اللازمة لالحيوي من حمض الريتينويك (RA). RA أمر ضروري لتطوير السليم لكثير من أنواع الخلايا الكلوية بما في ذلك تشكيل خلايا خلية رجلاء التي تسهم في جعل تصفية الدم في الكلى الجنينية، والمعروفة باسم الكبيبة 6،7. تم إجراء WISH لتسمية الأسلاف خلية رجلاء مع wt1a بالتزامن مع ترسيم رانه وضع somites مع smyhc1 والدماغ المؤخر مع krox20 في الأجنة wildtype، NLS الأجنة متحولة والأجنة متحولة ليب، والأجنة تعامل مع ALDH مثبط انزيم الكيميائية، DEAB (الشكل 5). أظهرت الأجنة مع نقص التعبير aldh1a2 انخفاض التعبير wt1a مقارنة مع الأجنة النوع البري، في حين أظهرت الأجنة DEAB المعاملة وإلغاء النصوص wt1a (الشكل 5، العمود الأيمن). أخذت معا، تثبت هذه النتائج ممثل كيف يمكن استخدام هذه التقنية جبل مسطح لتحليل وتوثيق الاختلافات التشريحية بدقة في الجنين في وقت مبكر، وبالتالي تنفذ للدراسات التنموية قيمة. <img alt="الشكل 1" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/51604/51604fig1highres.jpg" src="/files/ftp_upload/51604/51604fig1.jpg" /> الشكل 1. نظرة عامة على جبل استعدادات شقةالتموينية للالأجنة الزرد. أ) إجراءات تركيب مسطحة تمكن عرض في وقت واحد من الأنسجة الجنينية على طول المحور بسبب إزالة كتلة صفار المركزية والجنين وضعه مستقر على سطح مستو. B) صور لجبل بأكمله أتمنى الجنين الملون في وجهات النظر الجانبي والظهرية، ثم بعد أجري إعداد جبل مسطح. كانت ملطخة الجنين مع تحقيقات للكشف عن العقاقير النصوص الجينات ترميز irx3b (البنفسجية) وmyod1 (الحمراء). <img alt="الرقم 2" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/51604/51604fig2highres.jpg" src="/files/ftp_upload/51604/51604fig2.jpg" /> الشكل 2. تخطيطي لإجراء جبل شقة للالأجنة الزرد. أ) يتم deyolked الجنين الأولى صارخ لإزالة غالبية كتلة صفار، ثم (B) وdeyolked السطح البطني بدقة لإزالة ما تبقى حبيبات الصفار، وبعد غسل الجنين هو (C) التي شنت الجانب الظهري حتى على شريحة زجاجية للتحليل البصري و / أو التصوير الفوتوغرافي. <img alt="الرقم 3" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/51604/51604fig3highres.jpg" src="/files/ftp_upload/51604/51604fig3.jpg" /> الرقم 3. صور من أدوات السوط سبيل المثال مقارنة ملقط غرامة. أ) تم تصويرها أدوات السوط محلية الصنع جنبا إلى جنب مع زوج من ملقط غرامة قياسية المتمركزة المتاخمة للحاكم متري إلى توفير مرجع. B) عرض مكبر للأدوات السوط بجانب ملقط غرامة، مع الإشارة المقدمة ملليمتر على طول الجزء العلوي من رأي . وتظهر أداتين السوط مختلفة، مع النجمة (*) الذي يستخدم في تحديد الرموش الحصول عليها من تسليط طبيعي رمش الإنسان، والنجمة المزدوجة (**) تستخدم لوضع علامة على الرموش التي تم الحصول عليها من تسليط القطط طبيعي الطولي وقلص ل جعل نهاية حادة نوعا ما. في كل كاليفورنياحد ذاتها، والخيوط السوط من خلال طرف ماصة واضافته مع عدة طبقات من superglue لخلق تدريجيا ختم قوية لتحقيق الاستقرار / ترسيخ السوط إلى ماصة المرفقة إلى جهاز المناولة. <img alt="الرقم 4" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/51604/51604fig4highres.jpg" src="/files/ftp_upload/51604/51604fig4.jpg" /> الشكل 4. توصيف التغييرات التنموية في مجال السلف الكلوي في نوع الجنين الزرد البرية. A) حرك التخطيطي مشيرا منطقة تصويرها للتحليل في (B، C). B) نوع البرية الأجنة في 1، 3، 5 وكانت ملطخة مرحلة الجسيدة بواسطة اللونين WISH لتقييم تكوين مجال السلف الكلوي الذي يعطي ترتفع إلى الكلى الجنينية، أو سليفة الكلوة. (يسار العمود) ترميز النصوص عامل pax2a النسخ (الملون باللون الأرجواني) احتفالا العديد من السكان في الجنين، بما في ذلك ع الكلويمجال rogenitor أن يخرج من الأديم المتوسط ​​وسيطة. ترميز النصوص الشق يجند بمناسبة DLC و somites التي تشكل من الأديم المتوسط ​​مجاور للمحور (الملون باللون الأحمر). (العمود الأيمن) عندما يتم فحص التعبير النصوص DLC (الملون باللون الأرجواني) والدماغ المؤخر قسيم معيني علامة krox20 (الملون باللون الأحمر) في نفس الأجنة والتعبير DLC يمكن ملاحظتها في مجال فرعي منقاري من الأسلاف الكلوي تقع في جوار somites 1-5، التي كانت تحجب خلال التعاون تلطيخ DLC مع pax2a. C) الأجنة النوع البري في المرحلة 14 الجسيدة كانت مزدوجة أو ثلاثية مع الملون ومزيج من علامة الكلوي (اللون الأرجواني)، وعلامة smyhc1 الجسيدة (الأحمر) ، والدماغ المؤخر قسيم معيني علامة krox20 (الأحمر أيضا). (لوحة الأعلى) وفي هذه المرحلة، لا تزال محاضر pax2a لترسيم الأسلاف الكلوي. (الشرق، والألواح السفلى) داخل الأراضي السلف الكلوي، ويتميز نطاق فرعي منقاريبواسطة slc4a4 والنصوص التي تكود slc12a3 بمناسبة فرعي الذيلية. <img alt="الرقم 5" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/51604/51604fig5highres.jpg" src="/files/ftp_upload/51604/51604fig5.jpg" /> تمت مقارنة الرقم 5. إن استعمال مستحضرات شنت شقة لتوصيف الظواهر التي تسببها طفرات وراثية أو اضطرابات وراثية الكيميائية التي تعدل الحيوي حمض الريتينويك. نمط WISH التعبير في المرحلة 15 من الجسيدة wt1a (البنفسجية) وsmyhc1/krox20 (الأحمر) بين أنواع البرية والأجنة مع النقص في حمض الريتينويك (RA) الإنتاج بسبب عيوب في ألدهيد نازعة 1A2 (NLS والطفرات ليب) أو تثبيط النشاط الكيميائي للريتينالديهيد نازعة مع diethylaminobenzaldehyde (DEAB). خفض الإنتاج RA في ليب قليلا أكثر شدة من NLS، مثلأن الأجنة ليب التعبير عن انخفاض طفيف تلطيخ النصوص wt1a من قام بالمثل NLS الأجنة متحولة، في حين يرتبط العلاج DEAB من أنواع البرية مع إلغاء كامل للwt1a التعبير.

Watch this Scientific Journal Video about Flat Mount Preparation for Observation and Analysis of Zebrafish Embryo Specimens Stained by Whole Mount In situ Hybridization at JoVE.com

Flat Mount Preparation for Observation and Analysis of Zebrafish Embryo Specimens Stained by Whole Mount In situ Hybridization

الجنين الزرد هو نموذج ممتاز للبحوث البيولوجيا التطورية. خلال مرحلة التطور الجنيني، الزرد تطوير مع كتلة البيض، الذي يعرض التحديات ثلاثي الأبعاد للمراقبة العينة والتحليل. يصف هذا البروتوكول كيفية إنشاء ثنائي الأبعاد جبل الاستعدادات شقة من جبل بأكمله في الموقع (WISH) ملطخة العينات الجنين الزرد.

إعداد جبل مسطح لمراقبة وتحليل الأجنة الزرد عينات الملون بواسطة جبل الجامعة<em&gt; في الوضع الطبيعي</em&gt; التهجين

The zebrafish embryo is now commonly used for basic and biomedical research to investigate the genetic control of developmental processes and to model ...

flat-mount-preparation-for-observation-analysis-zebrafish-embryo

Research

JoVE Journal

Biology

Flat Mount Preparation for Observation and Analysis of Zebrafish Embryo Specimens Stained by Whole Mount In situ Hybridization

24.2K Views.  University of Notre Dame.  الجنين الزرد هو نموذج ممتاز للبحوث البيولوجيا التطورية. خلال مرحلة التطور الجنيني، الزرد تطوير مع كتلة البيض، الذي يعرض التحديات ثلاثي الأبعاد للمراقبة العينة والتحليل. يصف هذا البروتوكول كيفية إنشاء ثنائي الأبعاد جبل الاستعدادات شقة من...

Video: Flat Mount Preparation for Observation and Analysis of Zebrafish Embryo Specimens Stained by Whole Mount In situ Hybridization

Double Whole Mount in situ Hybridization of Early Chick Embryos

The chick embryo is a valuable tool in the study of early embryonic development. Its transparency, accessibility and ease of manipulation, make it an ideal tool for studying  gene expression in brain, neural tube, somite and heart primordia formation. This video demonstrates the different steps in 2-color whole mount in situ hybridization; First, the embryo is dissected from the egg and fixed in paraformaldehyde. Second, the embryo is processed for prehybridization. The embryo is then hybridized with two different probes, one coupled to DIG, and one coupled to FITC.  Following overnight hybridization, the embryo is incubated with DIG coupled antibody. Color reaction for DIG substrate is performed, and the region of interest appears blue. The embryo is then incubated with FITC coupled antibody. The embryo is processed for color reaction with FITC, and the region of interest appears red. Finally, the embryo is fixed and processed for phtograph and sectioning. A troubleshooting guide is also presented.

This video demonstrates 2-color whole mount in situ hybridization, a method by which the spatial and temporal expression pattern of 2 different genes can be visualized in young chick embryos. This method was originally introduced by David Wilkinson, Domingos Henrique, Phil Ingham and David Ish -Horowicz.

الجامعة جبل مزدوجة في الموقع التهجين لافراخ الدجاج في وقت مبكر

The chick embryo is a valuable tool in the study of early embryonic development. Its transparency, accessibility and ease of manipulation, make it an ...

Method for Whole Mount Antibody Staining in Chick

The chick embryo is a valuable tool in the study of early embryonic development. Its transparency, accessibility and ease of manipulation, make it an ideal tool for studying antibody expression in developing brain, neural tube and somite. This video demonstrates the different steps in whole-mount antibody staining using HRP conjugated secondary antibodies; First, the embryo is dissected from the egg and fixed in paraformaldehyde. Second, endogenous peroxidase is inactivated; The embryo is then exposed to primary antibody. After several washes, the embryo is incubated with secondary antibody conjugated to HRP. Peroxidase activity is revealed using reaction with diaminobenzidine substrate. Finally, the embryo is fixed and processed for photography and sectioning. The advantage of this method over the use of fluorescent antibodies is that embryos can be processed for wax sectioning, thus enabling the study of antigen sites in cross section. This method was originally introduced by Jane Dodd and Tom Jessell 1.

This video demonstrates whole mount immunohistochemistry, a method by which the spatial and temporal expression pattern of an antigen can be visualized in young chick embryos. This method was originally introduced by Jane Dodd and Tom Jessell.

طريقة لتلطيخ جسم الجامع في جبل الفرخ

Zebrafish Whole Mount High-Resolution Double Fluorescent In Situ Hybridization

Whole mount in situ hybridization is one of the most widely used techniques in developmental biology. Here, we present a high-resolution double fluorescent in situ hybridization protocol for analyzing the precise expression pattern of a single gene and for determining the overlap of the expression domains of two genes. The protocol is a modified version of the standard in situ hybridization using alkaline phosphatase and substrates such as NBT/BCIP and Fast Red 1,2. This protocol utilizes standard digoxygenin and fluorescein labeled probes along with tyramide signal amplification (TSA) 3. The commercially available TSA kits allow flexible experimental design as fluorescence emission from green to far-red can be used in combination with various nuclear stains, such as propidium iodide, or fluorescence immunohistochemistry for proteins. TSA produces a reactive fluorescent substrate that quickly covalently binds to moieties, typically tyrosine residues, in the immediate vicinity of the labeled antisense riboprobe. The resulting staining patterns are high resolution in that subcellular localization of the mRNA can be observed using laser scanning confocal microscopy 3,4. One can observe nascent transcripts at the chromosomal loci, distinguish nuclear and cytoplasmic staining and visualize other patterns such as cortical localization of mRNA. Studies in Drosophila indicate that roughly 70% of mRNAs exhibit specific patterns of subcellular localization that frequently correlate with the function of the encoded protein 5. When combined with computer-aided reconstruction of 3D confocal datasets, our protocol allows the detailed analysis of mRNA distribution with sub-cellular resolution in whole vertebrate embryos.

Zebrafish Whole Mount High-Resolution Double Fluorescent In Situ Hybridization

Whole mount in situ hybridization is one of the most widely used techniques in developmental biology. Here, we present a high-resolution double fluorescent in situ hybridization protocol for analyzing the precise expression pattern of a single gene and for determining the overlap of the expression domains of two genes. We include a propidium iodide nuclear counter-stain to highlight tissue organization.

الزرد الجامع جبل الرفيع قرار مزدوج نيون في الموقع التهجين

Whole mount in situ hybridization is one of the most widely used techniques in developmental biology.  Here, we present a high-resolution double ...

Using Whole Mount in situ Hybridization to Link Molecular and Organismal Biology

Whole mount in situ hybridization (WISH) is a common technique in molecular biology laboratories used to study gene expression through the localization of specific mRNA transcripts within whole mount specimen. This technique (adapted from Albertson and Yelick, 2005) was used in an upper level undergraduate Comparative Vertebrate Biology laboratory classroom at Syracuse University. The first two thirds of the Comparative Vertebrate Biology lab course gave students the opportunity to study the embryology and gross anatomy of several organisms representing various chordate taxa primarily via traditional dissections and the use of models. The final portion of the course involved an innovative approach to teaching anatomy through observation of vertebrate development employing molecular techniques in which WISH was performed on zebrafish embryos. A heterozygous fibroblast growth factor 8 a (fgf8a) mutant line, ace, was used. Due to Mendelian inheritance, ace intercrosses produced wild type, heterozygous, and homozygous ace/fgf8a mutants in a 1:2:1 ratio. RNA probes with known expression patterns in the midline and in developing anatomical structures such as the heart, somites, tailbud, myotome, and brain were used. WISH was performed using zebrafish at the 13 somite and prim-6 stages, with students performing the staining reaction in class. The study of zebrafish embryos at different stages of development gave students the ability to observe how these anatomical structures changed over ontogeny. In addition, some ace/fgf8a mutants displayed improper heart looping, and defects in somite and brain development. The students in this lab observed the normal development of various organ systems using both external anatomy as well as gene expression patterns. They also identified and described embryos displaying improper anatomical development and gene expression (i.e., putative mutants).
For instructors at institutions that do not already own the necessary equipment or where funds for lab and curricular innovation are limited, the financial cost of the reagents and apparatus may be a factor to consider, as will the time and effort required on the part of the instructor regardless of the setting. Nevertheless, we contend that the use of WISH in this type of classroom laboratory setting can provide an important link between developmental genetics and anatomy. As technology advances and the ability to study organismal development at the molecular level becomes easier, cheaper, and increasingly popular, many evolutionary biologists, ecologists, and physiologists are turning to research strategies in the field of molecular biology. Using WISH in a Comparative Vertebrate Biology laboratory classroom is one example of how molecules and anatomy can converge within a single course. This gives upper level college students the opportunity to practice modern biological research techniques, leading to a more diversified education and the promotion of future interdisciplinary scientific research.

Using Whole Mount in situ Hybridization to Link Molecular and Organismal Biology

Whole mount in situ hybridization (WISH) was used in an upper level undergraduate Comparative Vertebrate Biology course in addition to vertebrate dissections. This gave students the opportunity to study gene expression patterns as well as gross anatomy, linking the study of molecular and organismal biology within one course.

جبل به الجامعة في الموقع تهجين ارتباط البيولوجيا الجزيئية والعضوي

Whole mount in situ hybridization (WISH) is a common technique in molecular biology laboratories used to study gene expression through the localization of ...

Whole-mount Immunohistochemical Analysis for Embryonic Limb Skin Vasculature: a Model System to Study Vascular Branching Morphogenesis in Embryo

Whole-mount immunohistochemical analysis for imaging the entire vasculature is pivotal for understanding the cellular mechanisms of branching morphogenesis. We have developed the limb skin vasculature model to study vascular development in which a pre-existing primitive capillary plexus is reorganized into a hierarchically branched vascular network. Whole-mount confocal microscopy with multiple labelling allows for robust imaging of intact blood vessels as well as their cellular components including endothelial cells, pericytes and smooth muscle cells, using specific fluorescent markers. Advances in this limb skin vasculature model with genetic studies have improved understanding molecular mechanisms of vascular development and patterning. The limb skin vasculature model has been used to study how peripheral nerves provide a spatial template for the differentiation and patterning of arteries. This video article describes a simple and robust protocol to stain intact blood vessels with vascular specific antibodies and fluorescent secondary antibodies, which is applicable for vascularized embryonic organs where we are able to follow the process of vascular development.

We introduce a whole-mount immunohistochemistry and laser scanning confocal microscopy with multiple labelling for analyzing intricate vascular network formation in mouse embryonic limb skin.

كله يشن التحليل المناعى للالجنينية الاطراف الأوعية الدموية الجلدية : نظام نموذجي لدراسة الأوعية الدموية المتفرعة التشكل في الأجنة

Whole-mount immunohistochemical analysis for imaging the entire vasculature is pivotal for understanding the cellular mechanisms of branching ...

Whole Mount in Situ Hybridization of E8.5 to E11.5 Mouse Embryos

Whole mount in situ hybridization is a very informative approach for defining gene expression patterns in embryos. The in situ hybridization procedures are lengthy and technically demanding with multiple important steps that collectively contribute to the quality of the final result. This protocol describes in detail several key quality control steps for optimizing probe labeling and performance. Overall, our protocol provides a detailed description of the critical steps necessary to reproducibly obtain high quality results. First, we describe the generation of digoxygenin (DIG) labeled RNA probes via in vitro transcription of DNA templates generated by PCR. We describe three critical quality control assays to determine the amount, integrity and specific activity of the DIG-labeled probes. These steps are important for generating a probe of sufficient sensitivity to detect endogenous mRNAs in a whole mouse embryo. In addition, we describe methods for the fixation and storage of E8.5-E11.5 day old mouse embryos for in situ hybridization. Then, we describe detailed methods for limited proteinase K digestion of the rehydrated embryos followed by the details of the hybridization conditions, post-hybridization washes and RNase treatment to remove non-specific probe hybridization. An AP-conjugated antibody is used to visualize the labeled probe and reveal the expression pattern of the endogenous transcript. Representative results are shown from successful experiments and typical suboptimal experiments.

Whole Mount in Situ Hybridization of E8.5 to E11.5 Mouse Embryos

This whole mount in situ hybridization protocol discusses critical steps that ensure reproducible high quality results for gene expression studies in E8.5-E11.5 day old mouse embryos.

جبل كله<em&gt; في الموقع</em&gt; التهجين من E8.5 لأجنة الفئران E11.5

Whole mount in situ hybridization is a very informative approach for defining gene expression patterns in embryos. The in situ hybridization procedures ...

Analysis of Single-cell Gene Transcription by RNA Fluorescent In Situ Hybridization (FISH)

Adhesion of Plasmodium falciparum infected erythrocytes (IE) to human endothelial receptors during malaria infections is mediated by expression of PfEMP1 protein variants encoded by the var genes.
The haploid P. falciparum genome harbors approximately 60 different var genes of which only one has been believed to be transcribed per cell at a time during the blood stage of the infection. How such mutually exclusive regulation of var gene transcription is achieved is unclear, as is the identification of individual var genes or sub-groups of var genes associated with different receptors and the consequence of differential binding on the clinical outcome of P. falciparum infections. Recently, the mutually exclusive transcription paradigm has been called into doubt by transcription assays based on individual P. falciparum transcript identification in single infected erythrocytic cells using RNA fluorescent in situ hybridization (FISH) analysis of var gene transcription by the parasite in individual nuclei of P. falciparum IE1.
Here, we present a detailed protocol for carrying out the RNA-FISH methodology for analysis of var gene transcription in single-nuclei of P. falciparum infected human erythrocytes. The method is based on the use of digoxigenin- and biotin- labeled antisense RNA probes using the TSA Plus Fluorescence Palette System2 (Perkin Elmer), microscopic analyses and freshly selected P. falciparum IE. The in situ hybridization method can be used to monitor transcription and regulation of a variety of genes expressed during the different stages of the P. falciparum life cycle and is adaptable to other malaria parasite species and other organisms and cell types.

Analysis of Single-cell Gene Transcription by RNA Fluorescent In Situ Hybridization FISH

Fluorescent in situ hybridization (FISH) to identify mRNA transcripts in individual cells allows analysis of polygenic activity such as the simultaneous transcription of more than one member of the var multigene family in Plasmodium falciparum infected erythrocytes 1. The technique is adaptable and can be used on different types of genes, cells and organisms.

تحليل النسخ الجيني وحيدة الخلية التي كتبها نيون RNA<em&gt; في الموقع</em&gt; التهجين (FISH)

Adhesion of Plasmodium falciparum infected erythrocytes (IE) to human endothelial receptors during malaria infections is mediated by expression of PfEMP1 ...

Whole Mount RNA Fluorescent in situ Hybridization of Drosophila Embryos

Assessing the expression pattern of a gene, as well as the subcellular localization properties of its transcribed RNA, are key features for understanding its biological function during development. RNA in situ hybridization (RNA-ISH) is a powerful method used for visualizing RNA distribution properties, be it at the organismal, cellular or subcellular levels 1. RNA-ISH is based on the hybridization of a labeled nucleic acid probe (e.g. antisense RNA, oligonucleotides) complementary to the sequence of an mRNA or a non-coding RNA target of interest 2. As the procedure requires primary sequence information alone to generate sequence-specific probes, it can be universally applied to a broad range of organisms and tissue specimens 3. Indeed, a number of large-scale ISH studies have been implemented to document gene expression and RNA localization dynamics in various model organisms, which has led to the establishment of important community resources 4-11. While a variety of probe labeling and detection strategies have been developed over the years, the combined usage of fluorescently-labeled detection reagents and enzymatic signal amplification steps offer significant enhancements in the sensitivity and resolution of the procedure 12. Here, we describe an optimized fluorescent in situ hybridization method (FISH) employing tyramide signal amplification (TSA) to visualize RNA expression and localization dynamics in staged Drosophila embryos. The procedure is carried out in 96-well PCR plate format, which greatly facilitates the simultaneous processing of large numbers of samples.

Whole Mount RNA Fluorescent in situ Hybridization of Drosophila Embryos

Here we describe a whole-mount fluorescent in situ hybridization (FISH) protocol for determining the expression and localization properties of RNAs expressed during embryogenesis in the fruit fly, Drosophila melanogaster.

كله جبل RNA نيون<em&gt; في الموقع</em&gt; التهجين من<em&gt; ذبابة الفاكهة</em&gt; الأجنة

Assessing  the expression pattern of a gene, as well as the subcellular localization  properties of its transcribed RNA, are key features for ...

RNA In situ Hybridization in Whole Mount Embryos and Cell Histology Adapted for Marine Elasmobranchs

Marine elasmobranchs are valued animal models for biomedical and genomic studies as they are the most primitive vertebrates to have adaptive immunity and have unique mechanisms for osmoregulation 1-3. As the most primitive living jawed-vertebrates with paired appendages, elasmobranchs are an evolutionarily important model, especially for studies in evolution and development. Marine elasmobranchs have also been used to study aquatic toxicology and stress physiology in relationship to climate change 4. Thus, development and adaptation of methodologies is needed to facilitate and expand the use of these primitive vertebrates to multiple biological disciplines. Here I present the successful adaptation of RNA whole mount in situ hybridization and histological techniques to study gene expression and cell histology in elasmobranchs.
Monitoring gene expression is a hallmark tool of developmental biologists, and is widely used to investigate developmental processes 5. RNA whole mount in situ hybridization allows for the visualization and localization of specific gene transcripts in tissues of the developing embryo. The expression pattern of a gene's message can provide insight into what developmental processes and cell fate decisions a gene may control. By comparing the expression pattern of a gene at different developmental stages, insight can be gained into how the role of a gene changes during development.
While whole mount in situ's provides a means to localize gene expression to tissue, histological techniques allow for the identification of differentiated cell types and tissues. Histological stains have varied functions. General stains are used to highlight cell morphology, for example hematoxylin and eosin for general staining of nuclei and cytoplasm, respectively. Other stains can highlight specific cell types. For example, the alcian blue stain reported in this paper is a widely used cationic stain to identify mucosaccharides. Staining of the digestive tract with alcian blue can identify the distribution of goblet cells that produce mucosaccharides. Variations in mucosaccharide constituents on short peptides distinguish goblet cells by function within the digestive tract 6. By using RNA whole mount in situ's and histochemical methods concurrently, cell fate decisions can be linked to gene-specific expression.
Although RNA in situ's and histochemistry are widely used by researchers, their adaptation and use in marine elasmobranchs have met limited and varied success. Here I present protocols developed for elasmobranchs and used on a regular basis in my laboratory. Although further modification of the RNA in situ's hybridization method may be needed to adapt to different species, the protocols described here provide a strong starting point for researchers wanting to adapt the use of marine elasmobranchs to their scientific inquiries.

RNA In situ Hybridization in Whole Mount Embryos and Cell Histology Adapted for Marine Elasmobranchs

By combining methods for RNA whole mount in situ hybridization and histology, gene expression can be linked with cell fate decisions in the developing embryo. These methods have been adapted to marine elasmobranchs and facilitate the use of these animals as model organisms for biomedical, toxicology and comparative studies.

RNA<em&gt; في الموقع</em&gt; التهجين في الأجنة جبل الجامعة وعلم الأنسجة الخلية مقتبس عن Elasmobranchs البحرية

Marine  elasmobranchs are valued animal models for biomedical and genomic studies as  they are the most primitive vertebrates to have adaptive immunity ...

High Resolution Whole Mount In Situ Hybridization within Zebrafish Embryos to Study Gene Expression and Function

This article focuses on whole-mount in situ hybridization (WISH) of zebrafish embryos. The WISH technology facilitates the assessment of gene expression both in terms of tissue distribution and developmental stage. Protocols are described for the use of WISH of zebrafish embryos using antisense RNA probes labeled with digoxigenin. Probes are generated by incorporating digoxigenin-linked nucleotides through in vitro transcription of gene templates that have been cloned and linearized. The chorions of embryos harvested at defined developmental stages are removed before incubation with specific probes. Following a washing procedure to remove excess probe, embryos are incubated with anti-digoxigenin antibody conjugated with alkaline phosphatase. By employing a chromogenic substrate for alkaline phosphatase, specific gene expression can be assessed. Depending on the level of gene expression the entire procedure can be completed within 2-3 days.

High Resolution Whole Mount In Situ Hybridization within Zebrafish Embryos to Study Gene Expression and Function

The zebrafish, a small tropical fish, has become a popular model for studying gene function during vertebrate development and disease. The temporal and spatial expression of target genes can be determined by in situ hybridization. Our improved protocol allows for the detection of low abundant transcripts with low non-specific background signal.

ارتفاع القرار جبل بأكمله<em&gt; في الموضع</em&gt; التهجين داخل الأجنة الزرد لدراسة التعبير الجيني وظيفة

This article focuses on whole-mount in situ hybridization (WISH) of zebrafish embryos. The WISH technology facilitates the assessment of gene expression ...