نعترف مركز علم الوراثة انواع معينة لC. سلالات ايليجانس. وقدمت الدعم المالي من قبل معهد بحوث فوكس تيري. علينا أيضا أن نعترف الدعم الممنوح للEP من Rolande ومارسيل غوسلين العليا Studentship ومنحة التدريب CIHR / FRSQ في FRN53888 أبحاث السرطان من برنامج التدريب أبحاث السرطان ماكجيل المتكاملة.

1. إعداد الكواشف <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إعداد وسائل الاعلام للC. ايليجانس النمو (في هذه الحالة، والحيوانات البرية من نوع والحيوانات flcn-1 (ok975) متحولة). <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> استعد تعديلها إلا Bacto-ببتون (MYOB) مزيج Youngren والجافة التي تحتوي على 5.5 غرام من تريس حمض الهيدروكلوريك، و 2.4 غرام من قاعدة تريس، 31 غرام من Bactopetone، 20 غرام من كلوريد الصوديوم و 0.08 غرام من الكولسترول. تخلط جيدا مع اهتزاز. ملاحظة: هذا المزيج هو كاف لإعداد 10 L من MYOB المتوسطة. ملاحظة: يمكن استخدام عادي متوسط ​​النمو (NGM) لوحات بدلا من لوحات MYOB 27. ومع ذلك، فإن نفس النوع من لوحات يجب أن تستخدم لمقارنات صحيحة بين السلالات وبين يكرر مستقلة. في هذا البروتوكول، ونحن تستخدم فقط لوحات MYOB. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إعداد 1 L من MYOB المتوسطة وذلك بإضافة 6 غرام من MYOB المزيج الجاف، 17 غرام من أجار وجعل ما يصل الى 1 L مع H 2 O والأوتوكلاف لمدة 45 دقيقة في 122 درجة مئوية. صب لوحات واسمحوا الجافة في RT لمدة 2 أيام. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> باستخدام تقنية معقمة، تطعيم 100 مل من cultuإعادة من مرق LB المتوسطة مع E. البكتيريا القولونية OP50 وتنمو O / N عند 37 درجة مئوية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> لوحات MYOB البذور مع E. البكتيريا القولونية OP50. السماح لها أن تنمو في RT لمدة 48 ساعة. </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> استعدادا لdownregulation الجينات باستخدام رني <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إعداد MYOB لوحات رني الرضاعة. المضي قدما كما هو الحال في الخطوات 1.1.1 و1.1.2. بعد التعقيم، والسماح للمتوسطة ليبرد إلى حوالي 55 درجة مئوية، وإضافة 1 مل من 1 M الآيزوبروبيل β-D-1-thiogalactopyranoside (IPTG) و 1 مل من 100 ملي الأمبيسلين. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> خط E. القولونية HT115 البكتيريا تحولت مع البلازميد، والذي يعبر إما السيطرة أو flcn EV-1 رني خاص على الأمبيسلين (50 ميكروغرام / مل) / تتراسايكلين (15 ميكروغرام / مل) أجار لوحات. تنمو ثقافة O / N عند 37 درجة مئوية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> اختيار المستعمرات وتطعيم E. القولونية HT115 البكتيريا تحولت مع البلازميد الذي يعبر إما السيطرة أو flcn EV-1 رني محددة وتنمو الثقافة في LB / الأمبيسلين (50 ميكروغرام / مل) والمتوسطة O / N عند 37 &amp; #176؛ C. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> لوحات البذور مع E. البكتيريا القولونية HT115 EV أو HT115 flcn-1 البكتيريا رني. ملاحظة: حافظ على لوحات 48 ساعة على RT قبل الاستخدام. إذا رني ضربة قاضية من قبل الرضاعة في فعالية استخدام وسائل أخرى للتسليم DS-RNA 28. </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> حمل الاكسدة باستخدام الباراكوات (PQ): <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إعداد العازلة M9 عن طريق خلط 3 غرام من KH 2 PO 4 و 6 غرام من نا 2 هبو 4، 5 غرام من كلوريد الصوديوم و 0.25 غرام من MgSO 4 · 7 H 2 O. حتى تصل الى 1 L مع الماء المقطر. حل الأوتوكلاف لمدة 45 دقيقة في 122 درجة مئوية، وتخزين الزجاجات على RT. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> في يوم الفحص، وإعداد حل M9 / PQ التي تحتوي على. لهذا البروتوكول، استخدم 100 ملي PQ (0.1028 غرام من PQ الذائبة في 4 مل من العازلة M9 يسد كامل 96 لوحات جيدا مع 40 ميكرولتر من M9 / PQ لكل بئر). تنبيه: PQ هو مركب خطرة وشديدة السمية. التعامل وفقا للمبادئ التوجيهية الملائمة. ملاحظة: عند تشغيل أولا الجديدالقطار أو شرطا جديدا، فمن المستحسن لفحص البقاء على قيد الحياة في زيادة تركيزات PQ لتحديد أفضل تركيز لاستخدامها من أجل قتل الحيوانات في غضون 7-10 ساعة. </li></ol></li></ol> 2. إعداد العمر متزامنة-L4 السكان <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> نقل 20 المنحرفين الكبار حامل لوحة MYOB جديدة مع المصنف E. البكتيريا القولونية OP50. إعداد لوحات عدة استنادا إلى عدد من الديدان اللازمة أثناء الفحص. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تسمح لهم لوضع البيض لمدة 6 ساعة ثم استخدام دودة سلك البلاتين الإختيار إزالة الأمهات. تحقق لوحات تحت المجهر لتقدير عدد البيض الذي تضعه. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> السماح للفقس البيض وتنمو عند 20 درجة مئوية لمدة 48 ساعة. في هذا الوقت، والحيوانات في أواخر L4 / الشباب مرحلة البلوغ. اختيار الحيوانات نفس المرحلة ونقل إلى الآبار التي تحتوي على حل PQ. ملاحظة: منذ 48 ساعة حضانة ينطبق فقط على المسوخ التي تنمو على نحو مماثل لالبرية من نوع الحيوانات، فمن المهم رصد التنمويةمعدل طفرات اختبار حديثا لضمان توافقه مع معدل التنمية النوع البري، وإلا، يجب استخدام الجداول الزمنية الأخرى. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> بدلا من ذلك، استخدام تقنيات التزامن. توليد السكان متزامنة من الديدان L1 اليرقات باستخدام محلول هيبوكلوريت (25 مل من الماء و 125 مل من 5.25٪ هيبوكلوريت الصوديوم، و 50 مل من 4 M هيدروكسيد الصوديوم؛ التفاف زجاجة مع رقائق الألومنيوم لعزل من الضوء). ومع ذلك، لهذا الاختبار، فمن غير المستحسن، لأن التبييض المكثف قد تؤثر على سلوك الحيوانات أثناء الفحص. تنبيه: التعامل مع محلول هيبوكلوريت فقا للمبادئ التوجيهية. ملاحظة: عند استخدام رني إلى أسفل تنظيم الجينات في المصالح، مزامنة المنحرفين كما هو موضح في الباب 2، باستثناء نقل الأمهات إلى لوحات رني المصنف مع البكتيريا محددة رني. عندما ضربة قاضية مع رني ضعيفة، فمن المستحسن التغذية لأجيال متعددة. </li></ol> 3. المسرحية الإجهاد التأكسدي المقاومة الفحص &lt;/ P&gt; <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ماصة 40 ميكرولتر من 100 ملي PQ الحل (إعداد الطازجة) إلى كل بئر من 96 لوحة جيدا. استخدام لا يقل عن 12 بئرا كما يعيد كل حالة (العلاج، متحولة، وما إلى ذلك). باستخدام دودة اختيار سلك البلاتين، ونقل 5-8 الحيوانات L4 اليرقات على كل جانب مما يدل على وقت البدء ووقت الانتهاء. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> عند بدء شرط آخر، لاحظ وقت البدء ووقت الانتهاء. وضع لوحة في 20 درجة مئوية في فترة حضانة بين نقل الديدان وسجل الحيوانات النافقة بعد ساعة من وقت البدء. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> باستخدام مجهر تشريح، عد بقاء كل ساعة. يهز بلطف لوحة قبل البدء في العد. تشير الديدان التي لا تتحرك، حتى بعد اكتشاف ضوء عالي الكثافة، والحيوانات النافقة. يشير أيضا إلى عدد من الحيوانات على قيد الحياة. ملاحظة: عند النظر إلى شكل دودة، والذيول وحركة الرأس في تضخم عالية، تساعد في تحديد الديدان الميتة من على قيد الحياة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> كرر هذه الخطوة كل ساعة حتى معظم الديدان قد لقوا حتفهم. </li></ol> &lt;ص الطبقة = &quot;jove_title&quot;&gt; 4. تقرير من البقاء على قيد الحياة نسبة في كل مرة نقطة <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> حساب العدد الكلي للحيوانات في حالة بإضافة العدد الكلي للحيوانات نقلها إلى كل جانب. تجاهل الحيوانات التي تضررت أو قتل على النقل. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> لكل نقطة زمنية، وحساب العدد الكلي للحيوانات الميتة في حالة (مجموع الحيوانات النافقة في 12 بئرا). لكل نقطة زمنية، وحساب النسبة المئوية للموت (عدد الحيوانات النافقة مقسوما على العدد الكلي للحيوانات ومضروبا 100) ونسبة البقاء على قيد الحياة (100 ناقص الموت في المئة). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> كرر هذا الاختبار 3 مرات على الأقل مستقلة. </li></ol>

<ol>
	<li>Schieber, M., Chandel, N. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ROS+function+in+redox+signaling+and+oxidative+stress.">ROS function in redox signaling and oxidative stress.</a> Curr Biol. 24, R453-R462 (2014).</li><li>Alfadda, A. A., Sallam, R. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Reactive+oxygen+species+in+health+and+disease.">Reactive oxygen species in health and disease.</a> J Biomed Biotechnol. 2012, 936486 (2012).</li><li>Finkel, T., Holbrook, N. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Oxidants,+oxidative+stress+and+the+biology+of+ageing.">Oxidants, oxidative stress and the biology of ageing.</a> Nature. 408, 239-247 (2000).</li><li>Di Carlo, M., Giacomazza, D., Picone, P., Nuzzo, D., San Biagio, P. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Are+oxidative+stress+and+mitochondrial+dysfunction+the+key+players+in+the+neurodegenerative+diseases.">Are oxidative stress and mitochondrial dysfunction the key players in the neurodegenerative diseases.</a> Free Radic Res. 46, 1327-1338 (2012).</li><li>Gandhi, S., Abramov, A. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mechanism+of+oxidative+stress+in+neurodegeneration.">Mechanism of oxidative stress in neurodegeneration.</a> Oxid Med Cell Longev. 2012, 428010 (2012).</li><li>Trushina, E., McMurray, C. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Oxidative+stress+and+mitochondrial+dysfunction+in+neurodegenerative+diseases.">Oxidative stress and mitochondrial dysfunction in neurodegenerative diseases.</a> Neuroscience. 145, 1233-1248 (2007).</li><li>Touyz, R. M., Briones, A. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Reactive+oxygen+species+and+vascular+biology:+implications+in+human+hypertension.">Reactive oxygen species and vascular biology: implications in human hypertension.</a> Hypertens Res. 34, 5-14 (2011).</li><li>Gorrini, C., Harris, I. S., Mak, T. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Modulation+of+oxidative+stress+as+an+anticancer+strategy.">Modulation of oxidative stress as an anticancer strategy.</a> Nat Rev Drug Discov. 12, 931-947 (2013).</li><li>Sosa, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Oxidative+stress+and+cancer:+an+overview.">Oxidative stress and cancer: an overview.</a> Ageing research reviews. 12, 376-390 (2013).</li><li>Van Raamsdonk, J. M., Hekimi, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Reactive+Oxygen+Species+and+Aging+in+Caenorhabditis+elegans:+Causal+or+Casual+Relationship.">Reactive Oxygen Species and Aging in Caenorhabditis elegans: Causal or Casual Relationship.</a> Antioxid Redox Signal. 13, 1911-1953 (2010).</li><li>Baumeister, R., Schaffitzel, E., Hertweck, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Endocrine+signaling+in+Caenorhabditis+elegans+controls+stress+response+and+longevity.">Endocrine signaling in Caenorhabditis elegans controls stress response and longevity.</a> J Endocrinol. 190, 191-202 (2006).</li><li>Markaki, M., Tavernarakis, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Modeling+human+diseases+in+Caenorhabditis+elegans.">Modeling human diseases in Caenorhabditis elegans.</a> Biotechnol J. 5, 1261-1276 (2010).</li><li>Rodriguez, M., Snoek, L. B., De Bono, M., Kammenga, J. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Worms+under+stress:+C.+elegans+stress+response+and+its+relevance+to+complex+human+disease+and+aging.">Worms under stress: C. elegans stress response and its relevance to complex human disease and aging.</a> Trends Genet. 29, 367-374 (2013).</li><li>Hope, I. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Practical approach series. , 282 (1999).</li><li>C. elegans Sequencing Consortium. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome+sequence+of+the+nematode+C.+elegans:+a+platform+for+investigating+biology.">Genome sequence of the nematode C. elegans: a platform for investigating biology.</a> Science. 282, 2012-2018 (1998).</li><li>Ahringer, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Turn+to+the+worm!.">Turn to the worm!.</a> Current opinion in genetics &amp; development. 7, 410-415 (1997).</li><li>Wheelan, S. J., Boguski, M. S., Duret, L., Makalowski, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Human+and+nematode+orthologs--lessons+from+the+analysis+of+1800+human+genes+and+the+proteome+of+Caenorhabditis+elegans.">Human and nematode orthologs--lessons from the analysis of 1800 human genes and the proteome of Caenorhabditis elegans.</a> Gene. 238, 163-170 (1999).</li><li>Culetto, E., Sattelle, D. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+role+for+Caenorhabditis+elegans+in+understanding+the+function+and+interactions+of+human+disease+genes.">A role for Caenorhabditis elegans in understanding the function and interactions of human disease genes.</a> Hum Mol Genet. 9, 869-877 (2000).</li><li>Fire, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Potent+and+specific+genetic+interference+by+double-stranded+RNA+in+Caenorhabditis+elegans.">Potent and specific genetic interference by double-stranded RNA in Caenorhabditis elegans.</a> Nature. 391, 806-811 (1998).</li><li>Lamitina, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Functional+genomic+approaches+in+C.+elegans.">Functional genomic approaches in C. elegans.</a> Methods Mol Biol. 351, 127-138 (2006).</li><li>Poulin, G., Nandakumar, R., Ahringer, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome-wide+RNAi+screens+in+Caenorhabditis+elegans:+impact+on+cancer+research.">Genome-wide RNAi screens in Caenorhabditis elegans: impact on cancer research.</a> Oncogene. 23, 8340-8345 (2004).</li><li>Moreno-Arriola, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Caenorhabditis+elegans:+A+Useful+Model+for+Studying+Metabolic+Disorders+in+Which+Oxidative+Stress+Is+a+Contributing+Factor.">Caenorhabditis elegans: A Useful Model for Studying Metabolic Disorders in Which Oxidative Stress Is a Contributing Factor.</a> Oxid Med Cell Longev. , 705253 (2014).</li><li>Possik, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Folliculin+regulates+ampk-dependent+autophagy+and+metabolic+stress+survival.">Folliculin regulates ampk-dependent autophagy and metabolic stress survival.</a> PLoS Genet. 10, e1004273 (2014).</li><li>Fukushima, T., Tanaka, K., Lim, H., Moriyama, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mechanism+of+cytotoxicity+of+paraquat.">Mechanism of cytotoxicity of paraquat.</a> Environ Health Prev Med. 7, 89-94 (2002).</li><li>Van Raamsdonk, J. M., Hekimi, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Superoxide+dismutase+is+dispensable+for+normal+animal+lifespan.">Superoxide dismutase is dispensable for normal animal lifespan.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 109, 5785-5790 (2012).</li><li>Schulz, T. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Glucose+restriction+extends+Caenorhabditis+elegans+life+span+by+inducing+mitochondrial+respiration+and+increasing+oxidative+stress.">Glucose restriction extends Caenorhabditis elegans life span by inducing mitochondrial respiration and increasing oxidative stress.</a> Cell Metab. 6, 280-293 (2007).</li><li>Brenner, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+genetics+of+Caenorhabditis+elegans.">The genetics of Caenorhabditis elegans.</a> Genetics. 77, 71-94 (1974).</li><li>Timmons, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Delivery+methods+for+RNA+interference+in.">Delivery methods for RNA interference in.</a> C. elegans. Methods Mol Biol. 351, 119-125 (2006).</li><li>Wang, B. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Caenorhabditis+elegans+Eyes+Absent+Ortholog+EYA-1+Is+Required+for+Stress+Resistance.">Caenorhabditis elegans Eyes Absent Ortholog EYA-1 Is Required for Stress Resistance.</a> Biochemistry (Mosc). 79, 653-662 (2014).</li><li>Paz-Gomez, D., Villanueva-Chimal, E., Navarro, R. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+DEAD+Box+RNA+helicase+VBH-1+is+a+new+player+in+the+stress+response+in+C.+elegans.">The DEAD Box RNA helicase VBH-1 is a new player in the stress response in C. elegans.</a> PLoS One. 9, 97924 (2014).</li><li>Ward, J. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Defects+in+the+C.+elegans+acyl-CoA+synthase,+acs-3,+and+nuclear+hormone+receptor,+nhr-25,+cause+sensitivity+to+distinct,+but+overlapping+stresses.">Defects in the C. elegans acyl-CoA synthase, acs-3, and nuclear hormone receptor, nhr-25, cause sensitivity to distinct, but overlapping stresses.</a> PLoS One. 9, 92552 (2014).</li><li>Staab, T. A., Evgrafov, O., Knowles, J. A., Sieburth, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Regulation+of+synaptic+nlg-1/neuroligin+abundance+by+the+skn-1/Nrf+stress+response+pathway+protects+against+oxidative+stress.">Regulation of synaptic nlg-1/neuroligin abundance by the skn-1/Nrf stress response pathway protects against oxidative stress.</a> PLoS Genet. 10, e1004100 (2014).</li><li>Greer, E. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+AMPK-FOXO+pathway+mediates+longevity+induced+by+a+novel+method+of+dietary+restriction+in.">An AMPK-FOXO pathway mediates longevity induced by a novel method of dietary restriction in.</a> C. elegans. Curr Biol. 17, 1646-1656 (2007).</li><li>Allen, E., Walters, I. B., Hanahan, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Brivanib,+a+dual+FGF/VEGF+inhibitor,+is+active+both+first+and+second+line+against+mouse+pancreatic+neuroendocrine+tumors+developing+adaptive/evasive+resistance+to+VEGF+inhibition.">Brivanib, a dual FGF/VEGF inhibitor, is active both first and second line against mouse pancreatic neuroendocrine tumors developing adaptive/evasive resistance to VEGF inhibition.</a> Clin Cancer Res. 17, 5299-5310 (2011).</li><li>Apfeld, J., O'Connor, G., McDonagh, T., DiStefano, P. S., Curtis, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+AMP-activated+protein+kinase+AAK-2+links+energy+levels+and+insulin-like+signals+to+lifespan+in+C.+elegans.">The AMP-activated protein kinase AAK-2 links energy levels and insulin-like signals to lifespan in C. elegans.</a> Genes Dev. 18, 3004-3009 (2004).</li><li>Lee, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Caenorhabditis+elegans+AMP-activated+protein+kinase+AAK-2+is+phosphorylated+by+LKB1+and+is+required+for+resistance+to+oxidative+stress+and+for+normal+motility+and+foraging+behavior.">The Caenorhabditis elegans AMP-activated protein kinase AAK-2 is phosphorylated by LKB1 and is required for resistance to oxidative stress and for normal motility and foraging behavior.</a> J Biol Chem. 283, 14988-14993 (2008).</li><li>Honda, Y., Honda, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+daf-2+gene+network+for+longevity+regulates+oxidative+stress+resistance+and+Mn-superoxide+dismutase+gene+expression+in+Caenorhabditis+elegans.">The daf-2 gene network for longevity regulates oxidative stress resistance and Mn-superoxide dismutase gene expression in Caenorhabditis elegans.</a> FASEB J. 13, 1385-1393 (1999).</li><li>Restif, C., Metaxas, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tracking+the+swimming+motions+of+C.+elegans+worms+with+applications+in+aging+studies.">Tracking the swimming motions of C. elegans worms with applications in aging studies.</a> Med Image Comput Comput Assist Interv. 11, 35-42 (2008).</li><li>Buckingham, S. D., Sattelle, D. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fast,+automated+measurement+of+nematode+swimming+(thrashing)+without+morphometry.">Fast, automated measurement of nematode swimming (thrashing) without morphometry.</a> BMC Neurosci. 10, 84 (2009).</li></ol>

The authors declare that they have no competing financial interests.

C. ايليجانس هو كائن نموذجا جذابا لدراسة مقاومة الاكسدة في الجسم الحي وراثيا لأنه يمكن أن يكون مثقف بسهولة، ويؤدي إلى عدد كبير من نسل متطابقة وراثيا بسرعة. أساليب متعددة لقياس مقاومة الاكسدة وقد وصفت في وقت سابق، وأنها تستند إلى مكملات لوحات الثقافة مع مختلف ...

A reference was corrected in the publication of <a href="http://www.jove.com/video/52746">Measuring Oxidative Stress Resistance of Caenorhabditis elegans in 96-well Microtiter Plates</a>. There was an error with reference 34 in the Citations section. It has been updated from:
Allen, E., Walters, I.B., Hanahan, D. Brivanib a dual FGF/VEGF inhibitor,is active both first and second line againstmouse pancreatic neuroendocrine tumors developing adaptive/evasive resistance toVEGF inhibition. Clin Cancer Res. 17, (16) 5299-310 (2011).
to:
Allen, A. T., Maher, K. N., Wani, K. A., Betts, K. E., &#38; Chase, D. L. Coexpressed D1- and D2-like dopamine receptors antagonistically modulate acetylcholine release in Caenorhabditis elegans. Genetics. 188, 579-590 (2011).

Erratum: Measuring Oxidative Stress Resistance of Caenorhabditis elegans in 96-well Microtiter Plates

في حقيقيات النوى، الفسفرة المؤكسدة التي تجري في سلسلة نقل الإلكترون من الميتوكوندريا هي المحرك الرئيسي لإنتاج الطاقة في شكل ATP. أنواع الاكسجين التفاعلية (ROS) هي نتاج طبيعي لهذه العملية. على الرغم من الدور الهام الذي يقومون به كما يشير الجزيئات، يمكن أن الإفراط ROS تؤدي إلى تلف الحمض النووي والبروتينات كربنلة، وأكسدة الدهون. اختلال التوازن بين الإنتاج ROS وإزالة السموم يسبب الإجهاد التأكسدي، الأمر الذي يؤدي إلى استنزاف الطاقة، وتلف الخلايا، ويؤدي موت الخلايا 1،2. يساهم الإجهاد التأكسدي الشيخوخة وتطوير العديد من الأمراض التي تهدد الحياة بما في ذلك السرطان والسكري والقلب والأوعية الدموية والأمراض العصبية 3-9. وقد تطورت الخلايا استراتيجيات الدفاع الأنزيمية وغير الأنزيمية للحفاظ على مستويات ROS المناسبة وحماية ناخبيهم من التلف التأكسدي 1،2. الفائق (الاحمق) الانزيمات تعمل أول من conveRT الفائق إلى H 2 O 2، والتي يتم تحويلها لاحقا إلى المياه عن طريق الكاتلاز أو الانزيمات البيروكسيديز. وتشمل استراتيجيات الدفاع غير الأنزيمية معظمهم من الجزيئات التي تتفاعل بشكل أسرع مع ROS بالمقارنة مع الجزيئات الخلوية، وحماية المكونات الخلوية الأساسية. على الرغم من الدور الوقائي للROS إزالة السموم والإنزيمات، وبعض الجزيئات ROS هربا من آليات الدفاع المضادة للأكسدة، وتؤدي إلى الضرر التأكسدي. كشف وإصلاح، وتدهور المكونات الخلوية التالفة واستراتيجيات الدفاع الأساسية خلال الاكسدة 1،2. مسارات إشارات تشارك في مقاومة التوتر والإجهاد التأكسدي على وجه التحديد هي موضع الحفظ تطويريا 10،11. على عكس تجارب زراعة الخلية حيث ترد إلا بصورة جزئية الظروف عضوي، ودراسة الاكسدة في الكائنات النموذج 12،13 لها أهمية كبيرة. C. ايليجانس هو الخيطية حرة المعيشة التي يمكن أن تكون بسهولة وبتكلفة زهيدة طريق مسدودبناءه من جديد على العشب البكتيرية على وسائل الإعلام أجار. انها صغيرة في الحجم (حوالي 1 ملم في الطول) وعادة ينمو باعتباره خنثى-التسميد الذاتي، مما يسهل التلاعب الجيني. أنه يحتوي على دورة الحياة السريعة والقدرة على الإنجاب عالية، تنتج نحو 300 ذرية في جيل، مما يجعلها أداة قوية لأداء شاشات الوراثية على نطاق واسع (14). وC. والتسلسل ايليجانس الجينوم بالكامل وتوقع 40-50٪ من الجينات لتكون المتماثلات من الأمراض المرتبطة الجينات البشرية 15-18. ضربة قاضية للجينات ذات الاهتمام باستخدام رني هي سريعة وسهلة في C. ايليجانس. الجيني أسفل اللائحة يمكن أن يتحقق عن طريق تغذية الحيوانات E. البكتيريا القولونية التي تأوي البلازميد معربا عن RNA المزدوج تقطعت بهم السبل التي تستهدف مرنا من الفائدة 19. لذلك، وتحديد وظيفة الجين باستخدام شاشات رني على نطاق واسع له تأثير كبير على فهم الأمراض التي تصيب الإنسان بما في ذلك السرطان 20،21. دراسات سمقاومة الإجهاد xidative في C. أدت ايليجانس إلى تحديد آليات الحفظ لمقاومة الاكسدة 13،22. بعض المسارات التي تم تحديدها هي مسارات المشتركة التي تعدل طول العمر ومقاومة للضغوط أخرى أيضا مثل نقص الأكسجين والحرارة والضغط الاسموزي. وتشمل هذه المسارات إشارات الأنسولين، TOR الإشارات، والالتهام الذاتي. وتشمل مسارات رئيسية أخرى إزالة السموم من ROS مثل الانزيمات الفائق الفائق والإنزيمات الكاتلاز، أو في إصلاح الأضرار مثل الصدمة الحرارية والبروتينات كوصي 11،13،22. يصف هذا البروتوكول كيفية تحديد مقاومة الاكسدة من C. ايليجانس في السائل. كنا flcn-1 (ok975) والبرية من نوع الحيوانات للتدليل على البروتوكول منذ أظهرنا سابقا زيادة مقاومة الاكسدة عند فقدان flcn-1 (ok975) في C. ايليجانس 23. لقد أظهرنا أيضا أن هذه المقاومة تعتمد زيادةعلى AMPK والالتهام الذاتي، محور الإشارات التي تعمل على تحسين الطاقة الحيوية الخلوية ويعزز مقاومة الإجهاد 23. PQ هو الإجهاد التأكسدي الذي يتداخل مع سلسلة نقل الإلكترون لإنتاج أنواع الاكسجين التفاعلية 24. ويمكن أن تتكيف نفس الفحص ويمكن استخدام مصادر ROS أخرى أو ROS المركبات توليد مثل H 2 O 2 و روتينون. وقد وضعت فحوصات مماثلة على لوحات التي تستخدم فيها تركيزات منخفضة من PQ 25،26. الاستفادة من هذا الاختبار هو أنه سريع جدا، ويمكن الحصول على النتائج في يوم واحد. بالإضافة إلى ذلك، إجمالي حجم السائل المستخدم لأداء المقاومة الاكسدة فحص في 96 لوحات جيدة منخفضة بالمقارنة مع حجم المستخدمة في إعداد PQ التي تحتوي على لوحات. ولذلك، فإن كمية PQ المستخدمة في فحص السائل منخفضة، مما يجعل فحص غير مكلف ويحد من إنتاج النفايات السامة. ومع ذلك، القيود المفروضة على هذا الاختبار بالمقارنة مع المقايسات لوحة تشمل لاالمسيخ الطعام في فحص السائل وأقل تركيز الأوكسجين في السائل بالمقارنة مع الهواء. هذه هي العوامل الهامة التي في بعض الحالات، قد تؤثر على النتائج. لذلك، مؤكدا استنساخ باستخدام وسائل أخرى للمقاومة الاكسدة ويوصى لدعم النتائج التي تم الحصول عليها في هذا الاختبار.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Agar bacteriological grade</td>
			<td>Multicell</td>
			<td>800-010-LG</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bacteriological peptone</td>
			<td>Oxoid</td>
			<td>LP0037</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium chloride biotechnology grade</td>
			<td>Bioshop</td>
			<td>7647-14-5</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Cholesterol</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>C8503-25G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>UltraPure tris hydrochloride</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>15506-017</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tris aminomethane</td>
			<td>Bio Basic Canada Inc</td>
			<td>77-86-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>IPTG</td>
			<td>Santa Cruz Biotechnology</td>
			<td>sc-202185A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ampicillin</td>
			<td>Bioshop</td>
			<td>69-52-3</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Yeast extract</td>
			<td>Bio Basic Inc.</td>
			<td>8013-01-2</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Methyl viologen dichloride hydrate</td>
			<td>Aldrich chemistry</td>
			<td>856177-1G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Petri dish 60x15mm</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>FB0875713A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pipet 10ml</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>1367520</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Potassium phosphate monobasic</td>
			<td>G-Biosciences</td>
			<td>RC-084</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Magnesium sulfate heptahydrate</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>M-5921</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium phosphate dibasic</td>
			<td>Bioshop</td>
			<td>7558-79-4</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">Discovery v8 stereo zeiss microscope</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>96 well clear microtiter plate</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>flcn-1 RNAi source</td>
			<td colspan="2">Ahringer Library</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

measuring oxidative stress resistance of caenorhabditis elegans in 96-well microtiter plates

الاكسدة، الذي هو نتيجة لاختلال التوازن بين الإنتاج وإزالة السموم من أنواع الاكسجين التفاعلية، هو المساهم الرئيسي في اضطرابات البشرية المزمنة، بما في ذلك القلب والأوعية الدموية والأمراض العصبية، ومرض السكري، والشيخوخة، والسرطان. وبالتالي، فمن المهم دراسة الاكسدة ليس فقط في الأنظمة الخلية ولكن أيضا باستخدام الكائنات كلها. C. ايليجانس هو كائن نموذجا جذابا لدراسة علم الوراثة من المؤكسدة مسارات نقل الإشارة الإجهاد، والتي يتم حفظها للغاية من الناحية التطورية. هنا، ونحن نقدم بروتوكول لقياس مقاومة الاكسدة في C. ايليجانس في السائل. تذاب لفترة وجيزة، ROS الذي يحفز الكواشف مثل الباراكوات (PQ) وH 2 O 2 في المخزن M9، وaliquoted الحلول في الآبار لوحة microtiter 96 أيضا. L4 متزامنة / الشباب البالغين C. يتم نقل الحيوانات ايليجانس إلى الآبار (5-8 الحيوانات / جيد) ويتم قياس البقاء على قيد الحياةكل ساعة حتى معظم الديدان قد لقوا حتفهم. عند إجراء مقاومة الاكسدة فحص باستخدام تركيز منخفض من الضغوطات في لوحات، والشيخوخة قد تؤثر على سلوك الحيوانات على الاكسدة، والتي يمكن أن تؤدي إلى تفسير غير صحيح من البيانات. ومع ذلك، في مقايسة الموصوفة هنا، هذه المشكلة غير المحتمل أن يحدث منذ تستخدم فقط L4 / حيوانات الشباب البالغين. وعلاوة على ذلك، وهذا البروتوكول هو غير مكلف ويتم الحصول على نتائج في يوم واحد، مما يجعل هذه التقنية جذابة للشاشات الوراثية. عموما، هذا سوف يساعد على فهم الأكسدة مسارات إشارة التوتر تنبيغ، التي يمكن ترجمتها إلى توصيف أفضل للأكسدة اضطرابات البشرية المرتبطة الإجهاد.

مقارنة البرية من نوع C. ايليجانس إلى flcn-1 (ok975) الحيوانات متحولة نحن هنا تستخدم 100 ملي PQ لتحديد المقاومة البرية من نوع C. ايليجانس الحيوانات مقارنة flcn-1 (ok975) وهو ما ثبت لمقاومة الاكسدة، والحرارة، ونقص الأكسجين 23.<...

Watch this Scientific Journal Video about Measuring Oxidative Stress Resistance of Caenorhabditis elegans in 96-well Microtiter Plates at JoVE.com

Measuring Oxidative Stress Resistance of Caenorhabditis elegans in 96-well Microtiter Plates

C. elegans is an attractive model organism to study signal transduction pathways involved in oxidative stress resistance. Here we provide a protocol to measure oxidative stress resistance of C. elegans animals in liquid phase, using several oxidizing agents in 96 well plates.

قياس مقاومة الاكسدة من<em&gt; انواع معينة ايليجانس</em&gt; في 96-جيدا لوحات عيار مكروي

Oxidative stress, which is the result of an imbalance between production and detoxification of reactive oxygen species, is a major contributor to chronic ...

measuring-oxidative-stress-resistance-caenorhabditis-elegans-96-well

Research

JoVE Journal

Biology

Measuring Oxidative Stress Resistance of Caenorhabditis elegans in 96-well Microtiter Plates

15.3K Views.  McGill University. C. elegans is an attractive model organism to study signal transduction pathways involved in oxidative stress resistance. Here we provide a protocol to measure oxidative stress resistance of C. elegans animals in liquid phase, using several oxidizing agents in 96 well plates. 

Video: Measuring Oxidative Stress Resistance of Caenorhabditis elegans in 96-well Microtiter Plates

Measuring Caenorhabditis elegans Life Span on Solid Media

Aging is a degenerative process characterized by a progressive deterioration of cellular components and organelles resulting in mortality. The nematode Caenorhabditis elegans has emerged as a principal model used to study the biology of aging. Because virtually every biological subsystem undergoes functional decline with increasing age, life span is the primary endpoint of interest when considering total rate of aging. In nematodes, life span is typically defined as the number of days an animal remains responsive to external stimuli. Nematodes can be propagated either in liquid media or on solid media in plates, and techniques have been developed for measuring life span under both conditions. Here we present a generalized protocol for measuring life span of nematodes maintained on solid nematode growth media and fed a diet of UV-killed bacteria. These procedures can easily be adapted to assay life span under various common conditions, including a diet consisting of live bacteria, dietary restriction, and RNA interference.

Measuring Caenorhabditis elegans Life Span on Solid Media

In this article we present a general protocol for measuring life span of nematodes maintained on solid media with UV-killed bacterial food.

قياس انواع معينة ايليجانس سبان الحياة على وسائل الاعلام الصلبة

Aging is a degenerative process characterized by a progressive deterioration of cellular components and organelles resulting in mortality. The nematode ...

Ice-Cap: A Method for Growing Arabidopsis and Tomato Plants in 96-well Plates for High-Throughput Genotyping

It is becoming common for plant scientists to develop projects that require the genotyping of large numbers of plants. The first step in any genotyping project is to collect a tissue sample from each individual plant. The traditional approach to this task is to sample plants one-at-a-time. If one wishes to genotype hundreds or thousands of individuals, however, using this strategy results in a significant bottleneck in the genotyping pipeline. The Ice-Cap method that we describe here provides a high-throughput solution to this challenge by allowing one scientist to collect tissue from several thousand seedlings in a single day 1,2. This level of throughput is made possible by the fact that tissue is harvested from plants 96-at-a-time, rather than one-at-a-time.
The Ice-Cap method provides an integrated platform for performing seedling growth, tissue harvest, and DNA extraction. The basis for Ice-Cap is the growth of seedlings in a stacked pair of 96-well plates. The wells of the upper plate contain plugs of agar growth media on which individual seedlings germinate. The roots grow down through the agar media, exit the upper plate through a hole, and pass into a lower plate containing water. To harvest tissue for DNA extraction, the water in the lower plate containing root tissue is rapidly frozen while the seedlings in the upper plate remain at room temperature. The upper plate is then peeled away from the lower plate, yielding one plate with 96 root tissue samples frozen in ice and one plate with 96 viable seedlings. The technique is named "Ice-Cap" because it uses ice to capture the root tissue. The 96-well plate containing the seedlings can then wrapped in foil and transferred to low temperature. This process suspends further growth of the seedlings, but does not affect their viability. Once genotype analysis has been completed, seedlings with the desired genotype can be transferred from the 96-well plate to soil for further propagation. We have demonstrated the utility of the Ice-Cap method using Arabidopsis thaliana, tomato, and rice seedlings. We expect that the method should also be applicable to other species of plants with seeds small enough to fit into the wells of 96-well plates.

Ice-Cap: A Method for Growing Arabidopsis and Tomato Plants in 96-well Plates for High-Throughput Genotyping

The Ice-Cap method allows one to grow plants in 96-well plates and non-destructively harvest root tissue from each seedling. DNA extracted from this root tissue can be used for genotyping reactions. We have found that Ice-Cap works well for Arabidopsis thaliana, tomato, and rice seedlings.

الايس كاب : منهج في تزايد Arabidopsis الطماطم والنباتات في لوحات 96 - جيدا لالرفيع المناولة التنميط الجيني

It is becoming common for plant scientists to develop projects that require the genotyping of large numbers of plants. The first step in any genotyping ...

Basic Caenorhabditis elegans Methods: Synchronization and Observation

Research into the molecular and developmental biology of the nematode Caenorhabditis elegans was begun in the early seventies by Sydney Brenner and it has since been used extensively as a model organism 1. C. elegans possesses key attributes such as simplicity, transparency and short life cycle that have made it a suitable experimental system for fundamental biological studies for many years 2. Discoveries in this nematode have broad implications because many cellular and molecular processes that control animal development are evolutionary conserved 3.
C. elegans life cycle goes through an embryonic stage and four larval stages before animals reach adulthood. Development can take 2 to 4 days depending on the temperature. In each of the stages several characteristic traits can be observed. The knowledge of its complete cell lineage 4,5 together with the deep annotation of its genome turn this nematode into a great model in fields as diverse as the neurobiology 6, aging 7,8, stem cell biology 9 and germ line biology 10. 
An additional feature that makes C. elegans an attractive model to work with is the possibility of obtaining populations of worms synchronized at a specific stage through a relatively easy protocol. The ease of maintaining and propagating this nematode added to the possibility of synchronization provide a powerful tool to obtain large amounts of worms, which can be used for a wide variety of small or high-throughput experiments such as RNAi screens, microarrays, massive sequencing, immunoblot or in situ hybridization, among others. 
Because of its transparency, C. elegans structures can be distinguished under the microscope using Differential Interference Contrast microscopy, also known as Nomarski microscopy. The use of a fluorescent DNA binder, DAPI (4',6-diamidino-2-phenylindole), for instance, can lead to the specific identification and localization of individual cells, as well as subcellular structures/defects associated to them.

Basic Caenorhabditis elegans Methods: Synchronization and Observation

The easiness of maintaining and propagating the nematode C. elegans make it a nice model organism to work with. The possibility of synchronizing worms allows the work with a significant amount of subjects at the same developmental stage, what facilitates the study of one particular process in many animals.

الأساسية<em&gt; Caenorhabditis ايليجانس</em&gt; طرق: التزامن والمراقبة

Research into the molecular and developmental biology of the nematode Caenorhabditis elegans was begun in the early seventies by Sydney Brenner and it has ...

Prostaglandin Extraction and Analysis in Caenorhabditis elegans

Caenorhabditis elegans is emerging as a powerful animal model to study the biology of lipids1-9. Prostaglandins are an important class of eicosanoids, which are lipid signals derived from polyunsaturated fatty acids (PUFAs)10-14. These signalling molecules are difficult to study because of their low abundance and reactive nature. The characteristic feature of prostaglandins is a cyclopentane ring structure located within the fatty acid backbone. In mammals, prostaglandins can be formed through cyclooxygenase enzyme-dependent and -independent pathways10,15. C. elegans synthesizes a wide array of prostaglandins independent of cyclooxygenases6,16,17. A large class of F-series prostaglandins has been identified, but the study of eicosanoids is at an early stage with ample room for new discoveries. Here we describe a procedure for extracting and analyzing prostaglandins and other eicosanoids. Charged lipids are extracted from mass worm cultures using a liquid-liquid extraction technique and analyzed by liquid chromatography coupled to electrospray ionization tandem mass spectrometry (LC-ESI-MS/MS). The inclusion of deuterated analogs of prostaglandins, such as PGF2 &alpha;-d4 as an internal standard is recommended for quantitative analysis. Multiple reaction monitoring or MRM can be used to quantify and compare specific prostaglandin types between wild-type and mutant animals. Collision-induced decomposition or MS/MS can be used to obtain information on important structural features. Liquid chromatography mass spectrometry (LC-MS) survey scans of a selected mass range, such as m/z 315-360 can be used to evaluate global changes in prostaglandin levels. We provide examples of all three analyses. These methods will provide researchers with a toolset for discovering novel eicosanoids and delineating their metabolic pathways.

Prostaglandin Extraction and Analysis in Caenorhabditis elegans

In this paper, we describe an optimized procedure for extracting and analyzing prostaglandins and other eicosanoids from C. elegans using LC-MS/MS.

استخراج البروستاجلاندين والتحليل في<em&gt; انواع معينة ايليجانس</em

Caenorhabditis elegans is emerging as a powerful animal model to study the biology of lipids1-9. Prostaglandins are an important class of eicosanoids, ...

Analysis of Oxidative Stress in Zebrafish Embryos

High levels of reactive oxygen species (ROS) may cause a change of cellular redox state towards oxidative stress condition. This situation causes oxidation of molecules (lipid, DNA, protein) and leads to cell death. Oxidative stress also impacts the progression of several pathological conditions such as diabetes, retinopathies, neurodegeneration, and cancer. Thus, it is important to define tools to investigate oxidative stress conditions not only at the level of single cells but also in the context of whole organisms. Here, we consider the zebrafish embryo as a useful in vivo system to perform such studies and present a protocol to measure in vivo oxidative stress. Taking advantage of fluorescent ROS probes and zebrafish transgenic fluorescent lines, we develop two different methods to measure oxidative stress in vivo: i) a &#8220;whole embryo ROS-detection method&#8221; for qualitative measurement of oxidative stress and ii) a &#8220;single-cell&#160;ROS detection method&#8221; for quantitative measurements of oxidative stress. Herein, we demonstrate the efficacy of these procedures by increasing oxidative stress in tissues by oxidant agents and physiological or genetic methods. This protocol is amenable for forward genetic screens and it will help address cause-effect relationships of ROS in animal models of oxidative stress-related pathologies such as neurological disorders and cancer.

Here we report a protocol to measure oxidative stress in living zebrafish embryos. This procedure allows reactive oxygen species (ROS) detection in both whole embryo tissues and single-cell populations. This protocol will accomplish both qualitative and quantitative analyses.

تحليل الاكسدة في الزرد الأجنة

High levels of reactive oxygen species (ROS) may cause a change of cellular redox state towards oxidative stress condition. This situation causes ...

Cultivation of Caenorhabditis elegans in Three Dimensions in the Laboratory

The use of genetic model organisms such as Caenorhabditis elegans has led to seminal discoveries in biology over the last five decades. Most of what we know about C. elegans is limited to laboratory cultivation of the nematodes that may not necessarily reflect the environments they normally inhabit in nature. Cultivation of C. elegans in a 3D habitat that is more similar to the 3D matrix that worms encounter in rotten fruits and vegetative compost in nature could reveal novel phenotypes and behaviors not observed in 2D. In addition, experiments in 3D can address how phenotypes we observe in 2D are relevant for the worm in nature. Here, a new method in which C. elegans grows and reproduces normally in three dimensions is presented. Cultivation of C. elegans in Nematode Growth Tube-3D (NGT-3D) can allow us to measure the reproductive fitness of C. elegans strains or different conditions in a 3D environment. We also present a novel method, termed Nematode Growth Bottle-3D (NGB-3D), to cultivate C. elegans in 3D for microscopic analysis. These methods allow scientists to study C. elegans biology in conditions that are more reflective of the environments they encounter in nature. These can help us to understand the overlying evolutionary relevance of the physiology and behavior of C. elegans we observe in the laboratory.

Cultivation of Caenorhabditis elegans in Three Dimensions in the Laboratory

We present a simple method to construct 3D nematode cultivation systems called NGT-3D and NGB-3D. These can be used to study nematode fitness and behaviors in habitats that are more similar to natural Caenorhabditis elegans habitats than the standard 2D laboratory C. elegans culture plates.

زراعة<em&gt; انواع معينة ايليجانس</em&gt; في ثلاثة أبعاد في المختبر

The use of genetic model organisms such as Caenorhabditis elegans has led to seminal discoveries in biology over the last five decades. Most of what we ...

Measurement of Oxygen Consumption Rates in Intact Caenorhabditis elegans

Optimal mitochondrial function is critical for healthy cellular activity, particularly in cells that have high energy demands like those in the nervous system and muscle. Consistent with this, mitochondrial dysfunction has been associated with a myriad of neurodegenerative diseases and aging in general. Caenorhabditis elegans have been a powerful model system for elucidating the many intricacies of mitochondrial function. Mitochondrial respiration is a strong indicator of mitochondrial function and recently developed respirometers offer a state-of-the-art platform to measure respiration in cells. In this protocol, we provide a technique to analyze live, intact C. elegans. This protocol spans a period of ~7 days and includes steps for (1) growing and synchronization of C. elegans, (2) preparation&#160;of compounds to be injected and hydration of probes, (3) drug loading and cartridge equilibration, (4) preparation of worm assay plate and assay run, and (5) post-experiment data analysis.

Measurement of Oxygen Consumption Rates in Intact Caenorhabditis elegans

Mitochondrial respiration is critical for organismal survival; therefore, oxygen consumption rate is an excellent indicator of mitochondrial health. In this protocol, we describe the use of a commercially available respirometer to measure basal and maximal oxygen consumption rates in live, intact, and freely-motile Caenorhabditis elegans.

قياس معدلات استهلاك الأوكسجين في سليمة ايليجانس كاينورهابديتيس

Optimal mitochondrial function is critical for healthy cellular activity, particularly in cells that have high energy demands like those in the nervous ...

Measuring RAN Peptide Toxicity in C. elegans

C. elegans is commonly used to model age-related neurodegenerative diseases caused by repeat expansion mutations, such as Amyotrophic Lateral Sclerosis (ALS) and Huntington&#8217;s disease. Recently, repeat expansion-containing RNA was shown to be the substrate for a novel type of protein translation called repeat-associated non-AUG-dependent (RAN) translation. Unlike canonical translation, RAN translation does not require a start codon and only occurs when repeats exceed a threshold length. Because there is no start codon to determine the reading frame, RAN translation occurs in all reading frames from both sense and antisense RNA templates that contain a repeat expansion sequence. Therefore, RAN translation expands the number of possible disease-associated toxic peptides from one to six. Thus far, RAN translation has been documented in eight different repeat expansion-based neurodegenerative and neuromuscular diseases. In each case, deciphering which RAN products are toxic, as well as their mechanisms of toxicity, is a critical step towards understanding how these peptides contribute to disease pathophysiology. In this paper, we present strategies to measure the toxicity of RAN peptides in the model system C. elegans. First, we describe procedures for measuring RAN peptide toxicity on the growth and motility of developing C. elegans. Second, we detail an assay for measuring postdevelopmental, age-dependent effects of RAN peptides on motility. Finally, we describe a neurotoxicity assay for evaluating the effects of RAN peptides on neuron morphology. These assays provide a broad assessment of RAN peptide toxicity and may be useful for performing large-scale genetic or small molecule screens to identify disease mechanisms or therapies.

Measuring RAN Peptide Toxicity in C. elegans

Repeat-associated non-ATG-dependent translational products are emerging pathogenic features of several repeat expansion-based diseases. The goal of the protocol described is to evaluate toxicity caused by these peptides using behavioral and cellular assays in the model system C. elegans.

قياس سمية الببتيد RAN في C. elegans

C. elegans is commonly used to model age-related neurodegenerative diseases caused by repeat expansion mutations, such as Amyotrophic Lateral Sclerosis ...

Quantifying Tissue-Specific Proteostatic Decline in Caenorhabditis elegans

The ability to maintain proper function and folding of the proteome (protein homeostasis) declines during normal aging, facilitating the onset of a growing number of age-associated diseases. For instance, proteins with polyglutamine expansions are prone to aggregation, as exemplified with the huntingtin protein and concomitant onset of Huntington&#8217;s disease. The age-associated deterioration of the proteome has been widely studied through the use of transgenic Caenorhabditis elegans expressing polyQ repeats fused to a yellow fluorescent protein (YFP). This polyQ::YFP transgenic animal model facilitates the direct quantification of the age-associated decline of the proteome through imaging the progressive formation of fluorescent foci (i.e., protein aggregates) and subsequent onset of locomotion defects that develop as a result of the collapse of the proteome. Further, the expression of the polyQ::YFP transgene can be driven by tissue-specific promoters, allowing the assessment of proteostasis across tissues in the context of an intact multicellular organism. This model is highly amenable to genetic analysis, thus providing an approach to quantify aging that is complementary to lifespan assays. We describe how to accurately measure polyQ::YFP foci formation within either neurons or body wall muscle during aging, and the subsequent onset of behavioral defects. Next, we highlight how these approaches can be adapted for higher throughput, and potential future applications using other emerging strategies for C. elegans genetic analysis.

Quantifying Tissue-Specific Proteostatic Decline in Caenorhabditis elegans

Proteostatic decline is a hallmark of aging, facilitating the onset of neurodegenerative diseases. We outline a protocol to quantifiably measure proteostasis in two different Caenorhabditis elegans tissues through heterologous expression of polyglutamine repeats fused to a fluorescent reporter. This model allows rapid in vivo genetic analysis of proteostasis.

قياس الانخفاض البروتيني البروتيوستيكي الخاص بالأنسجة في إليجانات Caenorhabditis

The ability to maintain proper function and folding of the proteome (protein homeostasis) declines during normal aging, facilitating the onset of a ...

Automating Aggregate Quantification in Caenorhabditis elegans

A rise in the prevalence of neurodegenerative protein conformational diseases (PCDs) has fostered a great interest in this subject over the years. This increased attention has called for the diversification and improvement of animal models capable of reproducing disease phenotypes observed in humans with PCDs. Though murine models have proven invaluable, they are expensive and are associated with laborious, low-throughput methods. Use of the Caenorhabditis elegans nematode model to study PCDs has been justified by its relative ease of maintenance, low cost, and rapid generation time, which allow for high-throughput applications. Additionally, high conservation between the C. elegans and human genomes makes this model an invaluable discovery tool. Nematodes that express fluorescently tagged tissue-specific polyglutamine (polyQ) tracts exhibit age- and polyQ length-dependent aggregation characterized by fluorescent foci. Such reporters are often employed as proxies to monitor changes in proteostasis across tissues. Manual aggregate quantification is time-consuming, limiting experimental throughput. Furthermore, manual foci quantification can introduce bias, as aggregate identification can be highly subjective. Herein, a protocol consisting of worm culturing, image acquisition, and data processing was standardized to support high-throughput aggregate quantification using C. elegans that express intestine-specific polyQ. By implementing a C. elegans-based image processing pipeline using CellProfiler, an image analysis software, this method has been optimized to separate and identify individual worms and enumerate their respective aggregates. Though the concept of automation is not entirely unique, the need to standardize such procedures for reproducibility, elimination of bias from manual counting, and increase throughput is high. It is anticipated that these methods can drastically simplify the screening process of large bacterial, genomic, or drug libraries using the C. elegans model.

Automating Aggregate Quantification in Caenorhabditis elegans

The following protocol describes the development and optimization of a high-throughput workflow for worm culturing, fluorescence imaging, and automated image processing to quantify polyglutamine aggregates as an assessment of changes in proteostasis.

أتمتة القياس الكمي الكلي في Caenorhabditis elegans

A rise in the prevalence of neurodegenerative protein conformational diseases (PCDs) has fostered a great interest in this subject over the years. This ...