DNA微阵列：样品的质量控制，阵列杂交和扫描

摘要

我们展示了利用DNA芯片为表达对神经系统的分析。我们描述了RNA的质量控制，样品标签，和阵列杂交和扫描。

摘要

芯片表达谱的神经系统提供强大的方法，以确定在不同发展阶段，不同的生理或病理状态，对治疗的反应，的基因活动，并在一般情况下，任何正在实验测试条件。神经组织中的表达分析需要的高质量的RNA，分离出的RNA和DNA芯片杂交扩增隔离。在这篇文章中，我们描述了从脑肿瘤^组织 2重复的微阵列实验的协议。我们将开始执行一个孤立的RNA样品的质量控制分析与安捷伦2100生物分析仪“实验室的单芯片”技术。高品质的RNA样品的任何芯片实验成功的关键，和2100生物分析仪提供了一种快速，定量测量样品的质量。 RNA样品，然后放大，并通过执行反转录获得cDNA标记，在体外转录标记的核苷酸的存在产生标记的cRNA。我们将通过使用一个双色标记试剂盒，标签我们的实验样品，用Cy3与Cy5的参考样本。两个样本，然后将结合安捷伦的4x44 K阵列杂交。双色阵列提供了两个RNA样品之间的直接比较的优势，从而提高了测量的精度，特别是为表达水平的小变化，因为这两个RNA样品杂交竞争力的一个单一的芯片。阵列将在两个对应的波长进行扫描，并使用Cy3标记，以Cy5的信号为每个功能的比例将作为相应的mRNA的相对丰度的直接测量。这种分析确定，在被测试的实验条件的差异表达基因。

研究方案

1。 2100生物分析仪的RNA样品的质量控制分析

在开始之前，

1. 变性梯子，你的样品在70℃10分钟。冰寒立即在冰上。
2. 清洁与RNaseZAP 1分钟的工具电极，无RNase水为10秒。允许风干的电极。
3. 凝胶基质配制成试剂盒提供了一个自旋过滤器pipeting 550μL凝胶基质。在1500离心力离心机在室温为10分钟。分装过滤长达1个月到65μL分装和储存在4 ° C的凝胶。
4. 要准备的芯片吸站，
   1. 通过剪辑和到鲁尔锁适配器插入一个1 ml注射器。
   2. 调整底座基地螺丝松动，升降板，拧紧螺丝位置的彗星。
   3. 调整注射器的剪辑顶端的位置。
5. 平衡至室温的染料集中。涡为10秒。染料加入1μL到65μL过滤凝胶等分。涡和13000离心力离心10分钟在室温。在一天之内使用。
   当您准备好运行你的样品，
6. 芯片上的吸站的位置。在这个协议中，我们使用的是RNA的6000纳米的芯片。要加载的凝胶，
   1. 吸取9μL凝胶染料混合在黑色背景与白色的“G”标记。确保你的小费是定位在井的最底部。
   2. 1毫升的注射器柱塞的位置。关闭吸站。确保点击它锁。
   3. 按柱塞下行缓慢但稳步地，直到它被剪辑举行。
   4. 等待30秒。释放剪辑。
   5. 让柱塞本身。它停止移动后，等待几秒钟，柱塞回拉至1毫升的位置。打开吸站。
7. 吸取9μL凝胶染料混合在每一个标有“G”的2口井。
8. 吸取5μL中的12个样品孔中的每一个阶梯以及标记。
9. 吸取1μL准备在阶梯阶梯。
10. 吸取1μL，每个样品的进样口井。
11. 吸取1μL在每个未使用的示例的标志。
12. 涡旋芯片为2400 RPM 1分钟。
13. 芯片运行，
    1. 启动2100专家软件。
    2. 芯片的位置，并盖上盖子。如果仪器上线，图标将显示盖子是否打开或关闭，什么类型的芯片插入。确保选择了正确的端口。
    3. 运行加载样本，以防止水分蒸发的5分钟内检测。

2。扩增和标签

要准备微阵列分析，RNA样品扩增和标记，通常基于T7 RNA聚合酶³的反应。双链cDNA的是由反转录产生的。基因是用于在体外转录反应生成什么是已知的cRNA的。这种反应是在标记核苷酸的存在，生产微克阵列杂交标记的RNA数量。放大/标签方法的选择取决于对后续要使用的芯片平台。在本节中，我们描述了荧光标记的RNA的产生，使用安捷伦的快速放标记试剂盒。

1. 吸取50毫微克至5微克的RNA在1.5毫升管。量应不超过8.3μL。如果有必要，集中力量真空离心或用酒精沉淀的RNA样品。
2. 加入1.2μL的T7引物。
3. 带来的最终体积11.5μl无RNase水的。
4. 孵育在65 ° C下10分钟变性的RNA。我们推荐使用一个热循环与热盖，以防止在管的顶部结露。
5. 在10分钟的孵化，温暖的5X第一链缓冲到80 ° C为5分钟。涡和自旋向下。在室温下保存，直到准备使用。
6. 经过10分钟的孵化，迅速降温变性的RNA样品在冰上。
7. 准备主结构的cDNA。每个反应中，添加以下内容：
   1. 4μL5X第一链缓冲
   2. μL0.1 M的数码地面电视
   3. 1μL10 mM的dNTPs
   4. 1μLMMLV逆转录酶
   5. 0.5μLRNase的输出。
8. 混合组件的反相管的4倍。不要旋涡。离心收集管底部的内容。
9. 掌握每个样品的混合添加8.5μL。混合向上和向下通过pipeting。
10. 孵育2小时40℃，其次是10分钟在65 ° C。我们建议使用一个热循环加热的盖子。
11. 管转移到冰浴5分钟。
12. 准备转录预混。每个反应中，添加以下内容：
    1. 15.3μL无核酸酶水
    2. 20μL4X转录缓冲液
    3. 6μL0.1中号数码地面电视
    4. 8μLNTPS
    5. 6.4μL50％聚乙二醇（PEG应预热至40℃和振荡，以确保再悬浮）
    6. 0.5μLRNase的输出
    7. 0.6μL无机焦磷酸
    8. T7 RNA聚合酶0.8μL
    9. 2.4μLCy3标记的CTP或Cy5
13. 简要旋转的样品收集管底部的内容。
14. 转录预混每个样品添加60μL。
15. 在40 ° C孵育2小时。
16. 加入20μl无RNase水的。
17. 净化标记的cRNA消除非法人核苷酸。我们建议采用Qiagen公司的RNeasy迷你列。
18. 量化标记的cRNA。我们建议使用微阵列测量模式NanoDrop2000分光光度计。确保你选择样本类型的RNA - 40。
19. 记录样品的浓度，收益率（由量的浓度乘以计算）和具体的活动（1000乘以以上的cRNA浓度的染料浓度的口粮计算）。芯片杂交，实现了至少825 ng和一个特定的活动，至少8 pmol /微克的产量是必要的。

3。芯片杂交

1. 打开杂交站，并设置在65 °彗星至少2小时前开始杂交。
2. 要准备杂交样本，混合在1.5毫升管以下内容：
   1. 825吴Cy3标记的cRNA（这通常是你的“待遇”样本）
   2. 825吴Cy5的cRNA的（这通常是你的“参考”样本）
   3. 11μL10X阻断剂。
   4. 加入无RNase水到终体积为52.8μL
   5. 添加2.2μL碎片缓冲。
3. 在低速漩涡混合。
4. 在60℃孵育整整30分钟。这是cRNA的碎片的步骤，生成阵列杂交标记的片段。这是非常重要的孵化完全描述。我们建议使用一个与热盖的热循环。这是非常重要的孵化完全描述生成正确的平均长度的探针。碎片过多或不足会导致漏报或误报。
5. 2X杂交缓冲液中添加55μL停止碎片。混合吹打，特别注意不要引入气泡。
6. 最高速度为1分钟，离心收集在试管底部的内容。如果观察气泡，离心机更长的时间将其删除。
7. 将冰管，轻保护。尽快负载阵列上的样品。
8. 要加载阵列，首先准备杂交室。这个协议描述安捷伦4x44K阵列使用罗氏NimbleGen的杂交系统和A4搅拌机商会。
   1. 首先在芯片组装/拆卸工具，条码侧幻灯片。
   2. 打开一张A4混频器和暴露的粘合剂。控股阵列和组装/拆卸工具，以防止任何运动，在幻灯片上放置A4的混频器，在远端开始。确保它是正确对齐的工具。坚持沿阵列幻灯片混频器。
   3. 从混频器的结束，拉出幻灯片/混频器组件。
   4. 使用工具的叫声，按沿粘合垫片，以确保它紧紧地粘在theslide。小型空气被困之间的粘合剂和幻灯片的气泡可以看到黑暗背景。花额外的时间来清除这些气泡叫声工具。现在已经准备好要加载您的阵列。
9. 使用正位移移液器负载100μL杂交样品。按提示紧紧端口孔，然后免除缓慢而平稳地使空气不被困在数组区域。永远不要尝试吸的样品备份。一旦整个样本已经被取消，不释放柱塞端口上的洞的一角。当样本覆盖了整个数组和液体开始走出来的宣泄口，迅速取出吸管。只释放柱塞一次提示是远离幻灯片。
10. 轻轻民建联在两个端口多余的液体。确保你不画分庭本身的样本。
11. 与贴纸端口孔盖，用小镊子。
12. 杂交站上的幻灯片，检查膀胱孔O型环，正确定位。这将确保在杂交适当的混合。
13. 关闭滑盖和车站盖。设置混合模式B站
14. 杂交阵列在65 ° C为17小时。
15. 准备洗净TRITON X - 102加入到终浓度为0.005％的缓冲区2。保持在37℃过夜。

4。芯片洗

1. TRITON X - 102洗涤缓冲液1到终浓度为0.005％。保持房间temperaturE.
2. 杂交完成后，填写一个玻璃盘，用洗涤缓冲液1的“A”。这道菜应该大到足以容纳组装/拆卸工具，以及允许一些机动。所有清洗工作应在玻璃器皿。避免塑料菜，因为他们往往​​在阵列中的高背景产生的浸出化合物。
3. 放幻灯片染色菜的“B”的机架和一个搅拌棒。填充洗涤液1，确认它涵盖了机架。放置在室温下搅拌板。
4. 放在一个空盘染色的“C”和不小的轰动板一个搅拌棒。
5. 删除数组，并把它在组装/拆卸工具。淹没在盘子里的“A”整个大会。
6. 按住两侧的装配/拆卸工具和幻灯片，用一只手，仔细剥离的A4混频器。请务必不要划伤阵列面积。
7. 快速放置在机架染色菜的“B”的幻灯片。从现在起，应尽量减少暴露在空气中，由于Cy5的染料敏感臭氧。不要洗一次超过8阵列。
8. 用中等速度为1分钟的搅拌。
9. 填充染色的“C”盘预热的缓冲液洗2。传输幻灯片和洗1分钟。
10. 非常缓慢去除染色盘的“C”，以最大限度地减少在幻灯片上留下的水滴滑动机架。
11. 干燥2分钟旋转的幻灯片。如果不兼容的离心机，离心机在50毫升的锥形管的幻灯片或吹氩气。
12. 在50毫升的锥形管放置幻灯片和填充氩气。扫描立即以避免信号损失。我们建议使用GenePix 4000B扫描仪从分子器件。

5。代表性的成果：

良好的质量总RNA样品应只有两个主要峰时，在生物分析仪的质量控制，相应的2个主要的核糖体RNA物种。一些RNA降解，将显示作为涂抹核糖体RNA前第一高峰。严重退化，低质量的RNA将呈现一个宽峰或一系列峰低的保留时间，而核糖体RNA峰强度极低或无法识别所有。 2100生物分析仪输出的例子，见图1。

专家2100软件将计算RNA的完整性号码，或RIN，作为RNA质量的定量测量。高品质样本的RIN值高于9，显然是最好的芯片应用。但是，我们使用的RIN值低5.2，在合理的质量产生的微阵列数据样本。

质量好的阵列产生高信号，在相对低的光电倍增管值。在我们的实验中，大多数的成绩单，预计在类似的实验和参考样本水平目前，大规模的广泛的变化，在基因的表达，可能会没有任何生物学意义。因此，数组最应该看黄色而非绿色或红色。良好的信号质量也应在动态范围的信号直方图完全重叠。举例来说，见图2。

图1。四个RNA样品从人脑肿瘤组织中分离的例子。 RNA的提取，使用3.1.1中提出的协议。 2100生物分析仪上使用的RNA 6000第3.1.3条所述的芯片样品的质量进行了评估。样品代表4个不同的RNA的素质，很好的RNA的质量（RIN> 9）; B，部分降解的RNA（RIN的5-6，注意28S rRNA的峰值显着降低），C，高度降解的RNA（RIN < 3），D，几乎完全降解RNA（RIN = 2）。我们已经成功地使用相似或比B（RIN> 5.2），更好地为下游芯片的应用与素质的样品。固体和开放的箭头指示的位置，分别为18S和28S rRNA的物种。

图2。阵列图像和散点图的例子。一，整个幻灯片预览，显示在4X44K安捷伦格式的四个阵列，B，高分辨率扫描阵列的领域之一，请注意，没有任何信号（红色或绿色）是主要的，分散的图像绘制在B，注意的信号完全重叠和不超过1 × 10 ^-6的特点是饱和强度。

讨论

表达与DNA微阵列分析提供了一个简单的方法来确定两个生物样品之间的差异表达基因。成功的表达谱实验需要高品质的RNA样品，强大的标签和杂交。根据我们的经验，安捷伦的商业阵列和标记试剂盒，在合理的成本提供高质量的数据。安捷伦还提供自己的杂交和扫描机器，我们赞成罗氏NimbleGen的GenePix 4000B芯片扫描仪从分子器件的杂交系统。需要注意的是，罗氏NimbleGen的杂交单位前身为MAUI杂交系统。最近由罗氏公司收购后，已经停产的A4混合器。截至写这篇文章的时刻，他们仍然可以通过Kreatech诊断（如其他卖家www.kreatech.com ;这个网站还提供了一个方便阵列的兼容性的工具）被发现，但长期的库存量是不确定的。其他杂交系统（例如，从安捷伦）;但是，如果兼容的混频器，可为正在使用的阵列，我们建议罗氏NimbleGen的系统，其质量和可重复性。

材料

Name	Company	Catalog Number	Comments
2100 Bioanalyzer	Agilent Technologies	G2943CA	Includes chip priming station, vortexer, software and laptop computer
2100 Bioanalyzer electrophoresis set	Agilent Technologies	G2947CA
RNA 6000 Nano kit	Agilent Technologies	5067-1511	includes size ladder, marker, gel matrix, dye, electrode cleaners, spin filters and nanochips
RNase Zap	Applied Biosystems	AM9780M
Quick Amp labeling kit, two-color	Agilent Technologies	5190-0444
RNeasy mini kit	Qiagen	74104
Gene Expression Hybridization Kit	Agilent Technologies	5188-542	Includes Blocking agent, Fragmentation buffer and Hybridization buffer
Gene Expression Wash Buffer Kit	Agilent Technologies	5188-5327	Includes Wash Buffers 1 and 2 and Triton X-102
Hybridization Station	Roche Group	05223652001	4-slide model
Hybridization System Accesory Kit	Roche Group	05327695001	Contains verification assembly for testing mixing, replacement O-rings, disassembly tool, forceps and brayer
A4 mixer hybridization chambers
Whole Human Genome (4x44) Oligo Microarray	Agilent Technologies	G4112F
Positive displacement pipette	Gilson, Inc.	F148504
Capillary pistons for positive displacement pipette	Gilson, Inc.	F148415
Microarray dryer	Nimblegen	05223636001
Microarray fluorescent scanner, Axon GenePix 4000B	Molecular Devices	GENEPIX4000B
GenePix Pro 6.0 software	Molecular Devices