PAR-CliP - A Method to Identify Transcriptome-wide the Binding Sites of RNA Binding Proteins

RNA transcripts are subjected to post-transcriptional gene regulation by interacting with hundreds of RNA-binding proteins (RBPs) and microRNA-containing ...

Biozentrum der Universität Basel and Swiss Institute of Bioinformatics (SIB)

Microrna &#x5DF2;&#x6210;&#x4E3A;&#x91CD;&#x8981;&#x8C03;&#x63A7;&#x57FA;&#x56E0;&#x5728;&#x5404;&#x79CD;&#x7EC6;&#x80DE;&#x7684;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x4E2D;&#xFF0C;&#x8FD1;&#x5E74;&#x6765;&#xFF0C;&#x6570;&#x767E;&#x4E2A;&#x8FD9;&#x79CD;&#x57FA;&#x56E0;&#x4E2D;&#x5DF2;&#x53D1;&#x73B0;&#x7684;&#x52A8;&#x7269;&#x3002;&#x76F8;&#x6BD4;&#x4E4B;&#x4E0B;&#xFF0C;&#x529F;&#x80FD;&#x6027;&#x6CE8;&#x91CA;&#x624D;&#x4EC5;&#x5BF9;&#x6781;&#x5C0F;&#x90E8;&#x5206;&#x7684;&#x8FD9;&#x4E9B; Mirna &#x548C;&#x5373;&#x4F7F;&#x5728;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x60C5;&#x51B5;&#x4E0B;&#x7684;&#x53EF;&#x7528;&#x90E8;&#x5206;&#x3002;

&#x7C73;&#x5C14;&#x76EE;&#x6807;&#x4F7F;&#x7528;&#x8FDB;&#x5316;&#x7684;&#x517B;&#x62A4;&#x548C;&#x9014;&#x5F84;&#x5206;&#x6790;&#x63A8;&#x7406;&#x3002;

MicroRNAs have emerged as important regulatory genes in a variety of cellular processes and, in recent years, hundreds of such genes have been discovered in animals. In contrast, functional annotations are available only for a very small fraction of these miRNAs, and even in these cases only partially.

Inference of miRNA targets using evolutionary conservation and pathway analysis.

MicroARN sont apparus comme des g&egrave;nes r&eacute;gulateurs importants dans une vari&eacute;t&eacute; de processus cellulaires et, ces derni&egrave;res ann&eacute;es, des centaines de ces g&egrave;nes ont &eacute;t&eacute; d&eacute;couverts chez les animaux. En revanche, annotations fonctionnelles sont disponibles seulement pour une tr&egrave;s petite fraction de ces miARN et m&ecirc;me dans ces cas seulement partiellement.

Inf&eacute;rence de miRNA cibles en utilisant l&#39;analyse &eacute;volutive de conservation et de la voie.

MicroRNAs sind als wichtige regulatorische Gene in einer Vielzahl zellul&auml;rer Prozesse entstanden und in den letzten Jahren haben Hunderte solcher Gene bei Tieren entdeckt worden. Im Gegensatz dazu stehen funktionale Anmerkungen nur f&uuml;r einen sehr kleinen Teil dieser MiRNAs und auch in diesen F&auml;llen nur teilweise.

Ableitung von MiRNA-Ziele mit evolution&auml;ren Erhaltung und Pathway-Analyse.

MicroRNA &egrave; emersi come importanti geni regolatori in una variet&agrave; di processi cellulari e, negli ultimi anni, centinaia di tali geni &egrave; stati scoperti negli animali. Al contrario, annotazioni funzionali sono disponibili solo per una frazione molto piccola di questi miRNAs e anche in questi casi solo parzialmente.

Inferenza di miRNA destinazioni mediante analisi conservazione e percorso evolutivo.

&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED; Rna &#x306F;&#x7D30;&#x80DE;&#x30D7;&#x30ED;&#x30BB;&#x30B9;&#x306E;&#x69D8;&#x3005; &#x306A;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x5236;&#x5FA1;&#x3059;&#x308B;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x6D6E;&#x4E0A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3057;&#x3001;&#x8FD1;&#x5E74;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x4F55;&#x767E;&#x3082;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x52D5;&#x7269;&#x3067;&#x767A;&#x898B;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x5BFE;&#x7167;&#x7684;&#x306B;&#x3001;&#x6A5F;&#x80FD;&#x4E0A;&#x306E;&#x6CE8;&#x91C8;&#x306E;&#x307F;&#x90E8;&#x5206;&#x7684;&#x306B;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E; miRNAs &#x306E;&#x3068;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x30B1;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x975E;&#x5E38;&#x306B;&#x5C0F;&#x3055;&#x3044;&#x4E00;&#x90E8;&#x5206;&#x306E;&#x307F;&#x5229;&#x7528;&#x53EF;&#x80FD;&#x3067;&#x3059;&#x3002;

&#x9032;&#x5316;&#x306E;&#x4FDD;&#x5168;&#x3068;&#x7D4C;&#x8DEF;&#x306E;&#x89E3;&#x6790;&#x3092;&#x7528;&#x3044;&#x305F; miRNA &#x76EE;&#x6A19;&#x306E;&#x63A8;&#x8AD6;&#x3002;

MicroRNAs &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; &#xC138;&#xD3EC;&#xC9C8; &#xD504;&#xB85C;&#xC138;&#xC2A4;&#xC5D0;&#xC11C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xADDC;&#xC81C; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xB85C; &#xB4F1;&#xC7A5; &#xD558; &#xACE0;, &#xCD5C;&#xADFC; &#xBA87; &#xB144; &#xB3D9;&#xC548;, &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xC218;&#xBC31; &#xB3D9;&#xBB3C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBC1C;&#xACAC; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xBC18;&#xBA74;, &#xAE30;&#xB2A5; &#xC8FC;&#xC11D;&#xB9CC; &#xC0AC;&#xC6A9;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xBC0F; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xACBD;&#xC6B0;&#xC5D0;&#xB3C4; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; Mirnas&#xC758; &#xB9E4;&#xC6B0; &#xC791;&#xC740; &#xC77C;&#xBD80;&#xBD84;&#xB9CC; &#xBD80;&#xBD84;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C;.

&#xC9C4;&#xD654; &#xBCF4;&#xC874; &#xBC0F; &#xACBD;&#xB85C; &#xBD84;&#xC11D;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; miRNA &#xB300;&#xC0C1;&#xC758; &#xC720;&#xCD94;.

MicroRNAs han surgido como importantes genes reguladores en una variedad de procesos celulares y, en los &uacute;ltimos a&ntilde;os se han descubierto cientos de estos genes en animales. En contraste, las anotaciones funcionales s&oacute;lo est&aacute;n disponibles para una fracci&oacute;n muy peque&ntilde;a de estos miRNAs e incluso en estos casos s&oacute;lo parcialmente.

Inferencia de destinos de miRNA mediante an&aacute;lisis evolutivo de la conservaci&oacute;n y el camino.

&#x5BF9;&#x80F0;&#x817A;&#x5185;&#x5206;&#x6CCC;&#x6539;&#x53D8;&#x7684;&#x589E;&#x957F;&#x548C;&#x53D1;&#x5C55;&#x662F;&#x5BFC;&#x81F4;&#x9AD8;&#x8840;&#x7CD6;&#x4E0E;&#x7CD6;&#x5C3F;&#x75C5;&#x76F8;&#x5173;&#x7684;&#x5E38;&#x89C1;&#x539F;&#x56E0;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#x6211;&#x4EEC;&#x663E;&#x793A;&#x8BE5; microRNA-375 &#xFF08;&#x548C;&#x5E73;&#x53F7;&#x7A7A;&#x95F4;&#x7AD9;-375)&#xFF0C;&#x5176;&#x4E2D;&#x9AD8;&#x5EA6;&#x5728;&#x80F0;&#x5C9B;&#x4E2D;&#x8868;&#x793A;&#xFF0C;&#x662F;&#x6240;&#x5FC5;&#x9700;&#x7684;&#x6B63;&#x5E38;&#x8840;&#x7CD6;&#x52A8;&#x6001;&#x5E73;&#x8861;&#x3002;&#x7F3A;&#x4E4F;&#x548C;&#x5E73;&#x53F7;&#x7A7A;&#x95F4;&#x7AD9;-375 &#xFF08;375KO&#xFF09; &#x7684;&#x5C0F;&#x9F20;&#x9AD8;&#x8840;&#x7CD6;&#xFF0C;&#x5C55;&#x89C8;&#x589E;&#x52A0;&#x80F0;&#x817A; &alpha; &#x7EC6;&#x80DE;&#x603B;&#x6570;&#xFF0C;&#x7981;&#x98DF;&#x548C;&#x5582;&#x8840;&#x6D46;&#x80F0;&#x9AD8;&#x8840;&#x7CD6;&#x7D20;&#xFF0C;&#x5E76;&#x4E14;&#x589E;&#x52A0;&#x65B0;&#x9648;&#x4EE3;&#x8C22;&#x548C;&#x809D;&#x8461;&#x8404;&#x7CD6;&#x8F93;&#x51FA;&#x3002;&#x6B64;&#x5916;&#xFF0C;&#x80F0;&#x817A; &beta; &#x7EC6;&#x80DE;&#x8D28;&#x91CF;&#x51CF;&#x5C11; 375KO &#x5C0F;&#x9F20;&#x7531;&#x4E8E;&#x53D7;&#x635F;&#x7684;&#x6269;&#x6563;&#x3002;&#x76F8;&#x6BD4;&#x4E4B;&#x4E0B;&#xFF0C;&#x80F0;&#x5C9B;&#x7684;&#x80A5;&#x80D6;&#x5C0F;&#x9F20; (ob/ob) &#x6A21;&#x578B;&#x7684;&#x5927;&#x89C4;&#x6A21;&#x589E;&#x52A0;&#x7684; &beta; &#x7EC6;&#x80DE;&#xFF0C;&#x8868;&#x73B0;&#x51FA;&#x548C;&#x5E73;&#x53F7;&#x7A7A;&#x95F4;&#x7AD9; 375 &#x8868;&#x8FBE;&#x589E;&#x52A0;&#x3002;&#x548C;&#x5E73;&#x53F7;&#x7A7A;&#x95F4;&#x7AD9;-375 &#x4ECE;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x52A8;&#x7269; (375/ob) &#x9057;&#x4F20;&#x5220;&#x9664;&#x6DF1;&#x523B;&#x5730;&#x51CF;&#x5C11;&#x80F0;&#x817A;&#x5185;&#x5206;&#x6CCC;&#x7684;&#x589E;&#x6B96;&#x80FD;&#x529B;&#xFF0C;&#x5E76;&#x5BFC;&#x81F4;&#x4E25;&#x91CD;&#x7CD6;&#x5C3F;&#x75C5;&#x72B6;&#x6001;&#x3002;375KO &#x80F0;&#x5C9B;&#x7684;&#x8C08;&#x8BDD;&#x5185;&#x5BB9;&#x6570;&#x636E;&#x7684;&#x751F;&#x7269;&#x4FE1;&#x606F;&#x5B66;&#x5206;&#x6790;&#x663E;&#x793A;&#xFF0C;&#x548C;&#x5E73;&#x53F7;&#x7A7A;&#x95F4;&#x7AD9; 375 &#x8C03;&#x8282;&#x57FA;&#x56E0;&#x7C07;&#xFF0C;&#x63A7;&#x5236;&#x7EC6;&#x80DE;&#x751F;&#x957F;&#x548C;&#x589E;&#x6B96;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x6570;&#x636E;&#x63D0;&#x4F9B;&#x4E86;&#x8BC1;&#x636E;&#xFF0C;&#x548C;&#x5E73;&#x53F7;&#x7A7A;&#x95F4;&#x7AD9; 375 &#x662F;&#x6B63;&#x5E38;&#x8840;&#x7CD6;&#x7A33;&#x6001;&#x3001; &alpha; &#x548C; &beta; &#x7EC6;&#x80DE;&#x66F4;&#x66FF;&#x548C;&#x81EA;&#x9002;&#x5E94;&#x7684; beta &#x7EC6;&#x80DE;&#x6269;&#x5F20;&#x4E2D;&#x80F0;&#x5C9B;&#x7D20;&#x62B5;&#x6297;&#x80F0;&#x5C9B;&#x7D20;&#x9700;&#x6C42;&#x65E5;&#x76CA;&#x589E;&#x52A0;&#x7684;&#x5FC5;&#x8981;&#x6761;&#x4EF6;&#x3002;

&#x548C;&#x5E73;&#x53F7;&#x7A7A;&#x95F4;&#x7AD9; 375 &#x7EF4;&#x62A4;&#x6B63;&#x5E38;&#x80F0;&#x817A; &alpha; &#x548C; &beta; &#x7EC6;&#x80DE;&#x3002;

Altered growth and development of the endocrine pancreas is a frequent cause of the hyperglycemia associated with diabetes. Here we show that microRNA-375 (miR-375), which is highly expressed in pancreatic islets, is required for normal glucose homeostasis. Mice lacking miR-375 (375KO) are hyperglycemic, exhibit increased total pancreatic alpha-cell numbers, fasting and fed plasma glucagon levels, and increased gluconeogenesis and hepatic glucose output. Furthermore, pancreatic beta-cell mass is decreased in 375KO mice as a result of impaired proliferation. In contrast, pancreatic islets of obese mice (ob/ob), a model of increased beta-cell mass, exhibit increased expression of miR-375. Genetic deletion of miR-375 from these animals (375/ob) profoundly diminished the proliferative capacity of the endocrine pancreas and resulted in a severely diabetic state. Bioinformatic analysis of transcript data from 375KO islets revealed that miR-375 regulates a cluster of genes controlling cellular growth and proliferation. These data provide evidence that miR-375 is essential for normal glucose homeostasis, alpha- and beta-cell turnover, and adaptive beta-cell expansion in response to increasing insulin demand in insulin resistance.

miR-375 maintains normal pancreatic alpha- and beta-cell mass.

Alt&eacute;ration de la croissance et le d&eacute;veloppement du pancr&eacute;as endocrine est une cause fr&eacute;quente de l&#39;hyperglyc&eacute;mie associ&eacute; au diab&egrave;te. Nous d&eacute;montrons que micro-ARN-375 (miR-375), qui est fortement exprim&eacute;e dans les &icirc;lots pancr&eacute;atiques, est n&eacute;cessaire pour l&#39;hom&eacute;ostasie du glucose normal. Souris d&eacute;pourvues de miR-375 (375KO) sont hyperglyc&eacute;miques, pi&egrave;ce une augmentation du nombre de cellules alpha du pancr&eacute;as total, je&ucirc;ne et nourris plasma concentrations de glucagon et a augment&eacute; la production de glucose h&eacute;patique et de la glucon&eacute;ogen&egrave;se. En outre, cellule b&ecirc;ta pancr&eacute;atique masse est diminu&eacute;e chez les souris 375KO en raison de la prolif&eacute;ration avec facult&eacute;s affaiblies. En revanche, les &icirc;lots pancr&eacute;atiques de souris ob&egrave;ses (ob/ob), un mod&egrave;le de masse accrue des cellules b&ecirc;ta, pr&eacute;sentent une expression accrue de miR-375. D&eacute;l&eacute;tion g&eacute;n&eacute;tique de miR-375 provenant de ces animaux (375/ob) a profond&eacute;ment diminu&eacute; la capacit&eacute; prolif&eacute;rative du pancr&eacute;as endocrine et a donn&eacute; lieu &agrave; un &Eacute;tat gravement diab&eacute;tique. L&#39;analyse bioinformatique des donn&eacute;es de la transcription des &icirc;lots 375KO a r&eacute;v&eacute;l&eacute; que miR-375 r&eacute;glemente un cluster de g&egrave;nes qui contr&ocirc;lent la prolif&eacute;ration et la croissance cellulaire. Ces donn&eacute;es fournissent la preuve que miR-375 est essentielle pour l&#39;hom&eacute;ostasie du glucose normal, chiffre d&#39;affaires de cellules alpha et b&ecirc;ta et l&#39;expansion des cellules b&ecirc;ta adaptative en r&eacute;ponse &agrave; l&#39;augmentation de la r&eacute;sistance &agrave; l&#39;insuline insuline demande.

miR-375 maintient la masse de cellules alpha et b&ecirc;ta pancr&eacute;atique normale.

Ver&auml;nderte Wachstum und Entwicklung des endokrinen Pankreas ist eine h&auml;ufige Ursache f&uuml;r die Hyperglyk&auml;mie, Diabetes zugeordnet. Hier zeigen wir, dass diese MicroRNA-375 (MiR-375), die hoch in den pankreatischen kleinen Inseln zum Ausdruck kommt, f&uuml;r normalen Glukose-Hom&ouml;ostase erforderlich ist. M&auml;usen fehlt MiR-375 (375KO) sind Hyperglyk&auml;mie, Ausstellung gesamte Pankreas Alpha-Zell-Zahlen, Fasten und f&uuml;tterte Plasma Glukagon-Ebenen, und legten um Glukoneogenese und hepatische Glukose-Ausgabe. Dar&uuml;ber hinaus Betazellen-Masse wird bei 375KO M&auml;usen infolge gest&ouml;rter Vermehrung verringert. Im Gegensatz dazu weisen Pankreas Inselchen fettleibige M&auml;use (Ob/Ob), ein Modell der erh&ouml;hten Beta-Zell-Masse, erh&ouml;hte Expression von MiR-375. Genetische L&ouml;schung von MiR-375 von diesen Tieren (375/Ob) zutiefst vermindert die proliferative Kapazit&auml;t des endokrinen Pankreas und f&uuml;hrte zu einem stark diabetischen Zustand. Bioinformatische Analyse der Abschrift Daten aus 375KO Inselchen ergab, dass MiR-375 regelt einen Cluster von Genen, die Kontrolle der zellul&auml;ren Wachstum und Vermehrung. Diese Daten liefern, dass Beweise, dass MiR-375 ist f&uuml;r normalen Glukose-Hom&ouml;ostase, Alpha und Beta-Zell-Umsatz und adaptive Beta-Zell-Expansion in Reaktion auf die steigende Nachfrage von Insulin in Insulinresistenz wichtig.

MiR-375 pflegt normales Pankreas Alpha - und Beta-Zell-Masse.

Alterata crescita e lo sviluppo del pancreas endocrino &egrave; una causa frequente di iperglicemia associata al diabete. Qui vi mostriamo quello 375 di microRNA (miR-375), che &egrave; altamente espresso nelle isole pancreatiche, &egrave; necessaria per l&#39;omeostasi glucosio normale. Topi privi di miR-375 (375KO) sono iperglicemici, esposizione aumento totali numeri di alfa-cellule del pancreas, digiuno e nutriti al plasma livelli di glucagone e uscita di glucosio gluconeogenesi ed epatiche. Inoltre, beta-cellule pancreatiche massa &egrave; diminuita in topi 375KO in seguito a ridotta proliferazione. Al contrario, isole pancreatiche di topi obesi (ob/ob), un modello di aumentata beta-cell mass, esibiscono aumentata espressione di miR-375. Eliminazione genetica di miR-375 da questi animali (375/ob) profondamente ha diminuito la capacit&agrave; proliferativa del pancreas endocrino e portato in uno stato gravemente diabetico. L&#39;analisi bioinformatica dei dati di trascrizione da isolotti di 375KO ha rivelato che miR-375 regola un cluster di geni che controllano la proliferazione e la crescita cellulare. Questi dati forniscono prove che miR-375 sono essenziale per l&#39;omeostasi del glucosio normale, fatturato di alfa - e beta-cellula ed espansione adattivo beta-cellule in risposta alla crescente richiesta di insulina in insulino-resistenza.

miR-375 mantiene normale massa alfa - e beta-cellula pancreatica.

&#x5909;&#x66F4;&#x5F8C;&#x306E;&#x6210;&#x9577;&#x3068;&#x5185;&#x5206;&#x6CCC;&#x306E;&#x81B5;&#x81D3;&#x306E;&#x958B;&#x767A;&#x306F;&#x3001;&#x7CD6;&#x5C3F;&#x75C5;&#x306B;&#x4F34;&#x3046;&#x9AD8;&#x8840;&#x7CD6;&#x306E;&#x983B;&#x7E41;&#x306A;&#x539F;&#x56E0;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x305D;&#x306E;&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED; Rna-&#x9AD8;&#x5EA6;&#x306E;&#x81B5;&#x5CF6;&#x3067;&#x8868;&#x3057;&#x305F;&#x3001;375 &#xFF08;&#x30DF;&#x30FC;&#x30EB;-375) &#x306F;&#x901A;&#x5E38;&#x306E;&#x30B0;&#x30EB;&#x30B3;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x6052;&#x5E38;&#x6027;&#x304C;&#x5FC5;&#x8981;&#x3067;&#x3059;.&#x30DF;&#x30FC;&#x30EB;-375 (375KO) &#x306B;&#x6B20;&#x3051;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x30DE;&#x30A6;&#x30B9;&#x306F;&#x9AD8;&#x8840;&#x7CD6;&#x3001;&#x5C55;&#x793A;&#x65AD;&#x98DF;&#x5408;&#x8A08;&#x81B5;&#x81D3; &alpha; &#x7D30;&#x80DE;&#x306E;&#x6570;&#x306F;&#x5897;&#x52A0;&#x3057;&#x8840;&#x6F3F;&#x30B0;&#x30EB;&#x30AB;&#x30B4;&#x30F3;&#x306E;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x306F;&#x3001;&#x4F9B;&#x7D66;&#x3057;&#x3001;&#x7CD6;&#x65B0;&#x751F;&#x3068;&#x809D;&#x81D3;&#x306E;&#x30D6;&#x30C9;&#x30A6;&#x7CD6;&#x51FA;&#x529B;&#x3092;&#x5897;&#x52A0;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3055;&#x3089;&#x306B;&#x3001;&#x81B5;&#x81D3;&#x306E;&#x30D9;&#x30FC;&#x30BF;&#x7D30;&#x80DE;&#x8CEA;&#x91CF; 375KO &#x30DE;&#x30A6;&#x30B9;&#x969C;&#x5BB3;&#x306E;&#x5897;&#x6B96;&#x306E;&#x7D50;&#x679C;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x6E1B;&#x5C11;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x5BFE;&#x7167;&#x7684;&#x306B;&#x3001;&#x80A5;&#x6E80;&#x30DE;&#x30A6;&#x30B9; (ob/ob&#xFF09;&#x3001;&#x5897;&#x52A0;&#x306E; &beta; &#x7D30;&#x80DE;&#x584A;&#x306E;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x306E;&#x81B5;&#x5CF6;&#x30DF;&#x30FC;&#x30EB; 375 &#x306E;&#x767A;&#x73FE;&#x5897;&#x52A0;&#x3092;&#x5C55;&#x793A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30DF;&#x30FC;&#x30EB;-375 (375/ob) &#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x52D5;&#x7269;&#x304B;&#x3089;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x6B20;&#x5931;&#x306F;&#x6DF1;&#x304F;&#x5185;&#x5206;&#x6CCC;&#x306E;&#x81B5;&#x81D3;&#x306E;&#x5897;&#x6B96;&#x80FD;&#x529B;&#x3092;&#x6E1B;&#x5C11;&#x3057;&#x3001;&#x91CD;&#x75C7;&#x7CD6;&#x5C3F;&#x75C5;&#x72B6;&#x614B;&#x3067;&#x8D77;&#x56E0;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;Bioinformatic &#x306E;&#x5206;&#x6790; 375KO &#x306E;&#x5C0F;&#x5CF6;&#x304B;&#x3089;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3; &#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8; &#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x306E;&#x30DF;&#x30FC;&#x30EB; 375 &#x3092;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x3059;&#x308B;&#x7D30;&#x80DE;&#x306E;&#x6210;&#x9577;&#x3068;&#x5897;&#x6B96;&#x3092;&#x5236;&#x5FA1;&#x3059;&#x308B;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#x30BF;&#x30FC;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x306F;&#x3001;&#x8A3C;&#x62E0;&#x304C;&#x30DF;&#x30FC;&#x30EB; 375 &#x901A;&#x5E38;&#x30B0;&#x30EB;&#x30B3;&#x30FC;&#x30B9;&#x6052;&#x5E38;&#x6027;&#x3001;&#x30A2;&#x30EB;&#x30D5;&#x30A1;&#x3068;&#x30D9;&#x30FC;&#x30BF;&#x7D30;&#x80DE;&#x306E;&#x30BF;&#x30FC;&#x30F3; &#x30AA;&#x30FC;&#x30D0;&#x30FC;&#x3001;&#x30A4;&#x30F3;&#x30B9;&#x30EA;&#x30F3;&#x62B5;&#x6297;&#x6027;&#x306E;&#x30A4;&#x30F3;&#x30B9;&#x30EA;&#x30F3;&#x306E;&#x9700;&#x8981;&#x306E;&#x5897;&#x52A0;&#x306B;&#x5FDC;&#x7B54;&#x9069;&#x5FDC;&#x30D9;&#x30FC;&#x30BF;&#x7D30;&#x80DE;&#x4F38;&#x9577;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x5FC5;&#x9808;&#x3067;&#x3059;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x30DF;&#x30FC;&#x30EB; 375 &#x6B63;&#x5E38;&#x81B5;&#x30A2;&#x30EB;&#x30D5;&#x30A1;&#x3068;&#x30D9;&#x30FC;&#x30BF;&#x7D30;&#x80DE;&#x584A;&#x3092;&#x4FDD;&#x6301;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#xBCC0;&#xACBD; &#xB41C; &#xC131;&#xC7A5; &#xBC0F; &#xB0B4; &#xBD84; &#xBE44; &#xCDCC; &#xC7A5;&#xC758; &#xAC1C;&#xBC1C; &#xB2F9;&#xB1E8;&#xBCD1;&#xACFC; &#xAD00;&#xB828; &#xB41C; &#xD608;&#xB2F9;&#xC758; &#xBE48;&#xBC88;&#xD55C; &#xC6D0;&#xC778;&#xC774; &#xB2E4;. &#xC5EC;&#xAE30; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; microRNA-375 (&#xBBF8;&#xB974;-375)&#xB294; &#xB9E4;&#xC6B0; &#xCDCC; &#xC7A5; &#xB3C5;&#xB3C4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xD45C;&#xD604; &#xB418;&#xB294; &#xC815;&#xC0C1;&#xC801;&#xC778; &#xD3EC;&#xB3C4; &#xB2F9; &#xD56D;&#xC0C1;&#xC131; &#xD544;&#xC694; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC90D;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xBBF8;&#xB974;-375 (375KO) &#xBD80;&#xC871; &#xD55C; &#xC950; hyperglycemic, &#xC804;&#xC2DC; &#xAE08;&#xC2DD; &#xC804;&#xCCB4; &#xCDCC; &#xC7A5;&#xC758; &#xC54C;&#xD30C; &#xC138;&#xD3EC; &#xC22B;&#xC790;&#xB97C; &#xC99D;&#xAC00; &#xD558; &#xACE0; &#xBA39;&#xC774; &#xD50C;&#xB77C;&#xC988;&#xB9C8; &#xAE00; &#xB8E8;&#xCE74; &#xACE4; &#xB808;&#xBCA8; &#xBC0F; gluconeogenesis&#xC640; &#xD0A4; &#xBAA8; &#xD3EC;&#xB3C4; &#xB2F9; &#xCD9C;&#xB825; &#xC99D;&#xAC00;. &#xB610;&#xD55C;, &#xCDCC; &#xC7A5; &#xBCA0;&#xD0C0; &#xC138;&#xD3EC; &#xC9C8;&#xB7C9; &#xC7A5;&#xC560;&#xC778;&#xB41C; &#xD655;&#xC0B0;&#xC73C;&#xB85C; &#xC778;&#xD574; 375KO &#xC0DD;&#xC950;&#xC5D0;&#xC11C; &#xAC10;&#xC18C;. &#xBC18;&#xBA74;, &#xBE44;&#xB9CC; &#xC950; (ob/ob), &#xC99D;&#xAC00; &#xB41C; &#xBCA0;&#xD0C0; &#xC138;&#xD3EC; &#xC9C8;&#xB7C9;&#xC758; &#xBAA8;&#xB378;&#xC758; &#xCDCC; &#xC7A5; &#xB3C5;&#xB3C4; &#xBBF8;&#xB974;-375&#xC758; &#xC99D;&#xAC00; &#xC2DD; &#xC804;&#xC2DC;. &#xBBF8;&#xB974;-375 (375/&#xC0B0;&#xBD80;&#xC778;&#xACFC;)&#xC774;&#xC774; &#xB3D9;&#xBB3C;&#xC758; &#xC720;&#xC804; &#xC0AD;&#xC81C; &#xBFCC;&#xB9AC;&#xAE4A;&#xC740; &#xB0B4; &#xBD84; &#xBE44; &#xCDCC;&#xC758; &#xC99D;&#xC2DD; &#xB2A5;&#xB825;&#xC744; &#xC800;&#xD558; &#xD558; &#xACE0; &#xC2EC;&#xAC01; &#xB2F9;&#xB1E8;&#xBCD1; &#xC0C1;&#xD0DC; &#xADC0;&#xCC29;&#xB418; &#xC5C8; &#xB2E4;. Bioinformatic &#xBD84;&#xC11D; 375KO &#xB3C5;&#xB3C4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB300; &#xBCF8; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xC758; &#xACF5;&#xAC1C; &#xBBF8;&#xB974;-375 &#xC870;&#xC808; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC138;&#xD3EC; &#xC131;&#xC7A5;&#xACFC; &#xD655;&#xC0B0; &#xC81C;&#xC5B4;&#xC758; &#xD074;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xD130;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xC81C;&#xACF5; &#xC99D;&#xAC70;&#xB294; &#xBBF8;&#xB974;-375 &#xC815;&#xC0C1;&#xC801;&#xC778; &#xD3EC;&#xB3C4; &#xB2F9; &#xD56D;&#xC0C1;&#xC131;, &#xC54C;&#xD30C; &#xBC0F; &#xBCA0;&#xD0C0; &#xC138;&#xD3EC; &#xD68C;&#xC804;&#xC728; &#xBC0F; &#xC778;&#xC290;&#xB9B0; &#xC800;&#xD56D;&#xC5D0; &#xC778;&#xC290;&#xB9B0; &#xC218;&#xC694; &#xC99D;&#xAC00;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC751;&#xB2F5; &#xC801;&#xC751;&#xD615; &#xBCA0;&#xD0C0; &#xC140; &#xD655;&#xC7A5;&#xC744; &#xC704;&#xD574; &#xD544;&#xC218;&#xC801; &#xC774;&#xB2E4;.

&#xBBF8;&#xB974;-375 &#xC815;&#xC0C1;&#xC801;&#xC778; &#xCDCC; &#xC7A5; &#xC54C;&#xD30C; &#xBC0F; &#xBCA0;&#xD0C0; &#xC138;&#xD3EC; &#xC9C8;&#xB7C9;&#xC744; &#xC720;&#xC9C0; &#xD55C;&#xB2E4;.

Alteraci&oacute;n del crecimiento y desarrollo del p&aacute;ncreas endocrino es una causa frecuente de la hiperglucemia asociada con la diabetes. Aqu&iacute; mostramos microARN-375 (miR-375), que es altamente expresada en islotes pancre&aacute;ticos, se requiere para la homeostasis de la glucosa normal. Ratones que carecen de miR-375 (375KO) son hipergluc&eacute;micos, exposici&oacute;n aument&oacute; el n&uacute;mero total de c&eacute;lulas alfa pancre&aacute;tico, ayuno y aliment&oacute; el plasma los niveles de glucag&oacute;n y aument&oacute; la producci&oacute;n de glucosa gluconeog&eacute;nesis y hep&aacute;tico. Adem&aacute;s, c&eacute;lulas beta pancre&aacute;ticas masa est&aacute; disminuido en ratones 375KO como resultado de proliferaci&oacute;n deteriorada. Por el contrario, islotes pancre&aacute;ticos de ratones obesos (ob/ob), un modelo de la masa de c&eacute;lulas beta mayor, exhiben mayor expresi&oacute;n de miR-375. Gen&eacute;tica borrado del miR-375 de estos animales (375/ob) profundamente disminuida la capacidad proliferativa del p&aacute;ncreas endocrino y dio lugar a un estado diab&eacute;tico gravemente. An&aacute;lisis bioinform&aacute;tico de los datos de la transcripci&oacute;n de los islotes de 375KO revel&oacute; que Mir-375 regula un conjunto de genes que controlan la proliferaci&oacute;n y crecimiento celular. Estos datos proporcionan evidencia que miR-375 es esencial para la homeostasis de la glucosa normal, la facturaci&oacute;n de c&eacute;lulas alfa y beta y la expansi&oacute;n de c&eacute;lulas beta adaptativa en respuesta a la creciente demanda de insulina en la resistencia a la insulina.

miR-375 mantiene la masa de c&eacute;lulas alfa y beta pancre&aacute;tica normal.

&#x4F5C;&#x4E3A;&#x6307;&#x5357;&#x7684;&#x9000;&#x5316;&#x548C;&#x5E73;&#x79FB;&#x9547;&#x538B;&#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7F16;&#x7801;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x77ED; RNAs Microrna (Mirna)&#x3002;&#x4F53;&#x5927;&#x7684;&#x5DE5;&#x4F5C;&#x8868;&#x660E; Mirna &#x53C2;&#x4E0E;&#x4E86;&#x8303;&#x56F4;&#x5E7F;&#x6CDB;&#x7684;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x529F;&#x80FD;&#xFF0C;&#x4ECE;&#x5F00;&#x53D1;&#x5230;&#x5FC3;&#x810F;&#x548C;&#x514D;&#x75AB;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x7684;&#x529F;&#x80FD;&#xFF0C;&#x4EE3;&#x8C22;&#xFF0C;&#x5BF9;&#x764C;&#x75C7;&#x7684;&#x89C4;&#x7BA1;&#x3002;&#x6700;&#x591A;&#x4E3A; 500 Mirna &#x7F16;&#x7801;&#x7684;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x529F;&#x80FD;&#x4ECD;&#x6709;&#x5F85;&#x53D1;&#x73B0;&#x3002;&#x786E;&#x5B9A;&#x5176;&#x8868;&#x8FBE;&#x5F0F;&#x66F4;&#x6539;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x7C7B;&#x578B;&#x4E4B;&#x95F4;&#x6216;&#x6B63;&#x5E38;&#x4E0E;&#x75C5;&#x7406;&#x6761;&#x4EF6;&#x4E4B;&#x95F4;&#x7684; Mirna &#x662F;&#x6B63;&#x5982;&#x9884;&#x6D4B;&#x7684;&#x5206;&#x6CCC;&#xFF0C;&#x53EF;&#x4EE5;&#x9488;&#x5BF9;&#x8FD9;&#x4E9B; Mirna &#x7684;&#x8868;&#x5F81;&#x5176;&#x529F;&#x80FD;&#x7684;&#x91CD;&#x8981;&#x4E00;&#x6B65;&#x3002;&#x8981;&#x4E3A;&#x793E;&#x4F1A;&#x63D0;&#x4F9B;&#x4EE5;&#x4EA4;&#x4E92;&#x65B9;&#x5F0F;&#x63A2;&#x8BA8; Mirna &#x5728;&#x96C6;&#x6210;&#x73AF;&#x5883;&#x4E2D;&#x7684;&#x5019;&#x9009;&#x76EE;&#x6807;&#x548C;&#x7C73;&#x5C14;&#x8868;&#x8FBE;&#x6A21;&#x5F0F;&#x7684;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x5F00;&#x53D1;&#x4E86; MirZ web &#x670D;&#x52A1;&#x5668;&#xFF0C;&#x53EF;&#x5728; www.mirz.unibas.ch&#x3002;&#x670D;&#x52A1;&#x5668;&#x4E0E;&#x7EDF;&#x8BA1;&#x5206;&#x6790;&#x548C;&#x7ECF;&#x8425;&#x4E0A;&#x7684;&#x57FA;&#x4E8E;&#x6392;&#x5E8F;&#x7684;&#x7C73;&#x5C14;&#x8868;&#x8FBE;&#x8C31;&#x548C;&#x7269;&#x79CD;&#x4ECE;&#x6746;&#x7EBF;&#x866B;&#x5230;&#x667A;&#x9884;&#x6D4B;&#x7684;&#x7C73;&#x5C14;&#x76EE;&#x6807;&#x7AD9;&#x70B9;&#x7684;&#x6700;&#x65B0;&#x6570;&#x636E;&#x5E93;&#x7684;&#x6570;&#x636E;&#x6316;&#x6398;&#x5DE5;&#x5177;&#x63D0;&#x4F9B;&#x8BD5;&#x9A8C;&#x548C;&#x8BA1;&#x7B97;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x5BB6;&#x3002;

MirZ&#xFF1A; &#x7EFC;&#x5408;&#x7684; microRNA &#x8868;&#x8FBE;&#x56FE;&#x8C31;&#x4E0E;&#x76EE;&#x6807;&#x9884;&#x6D4B;&#x8D44;&#x6E90;&#x3002;

MicroRNAs (miRNAs) are short RNAs that act as guides for the degradation and translational repression of protein-coding mRNAs. A large body of work showed that miRNAs are involved in the regulation of a broad range of biological functions, from development to cardiac and immune system function, to metabolism, to cancer. For most of the over 500 miRNAs that are encoded in the human genome the functions still remain to be uncovered. Identifying miRNAs whose expression changes between cell types or between normal and pathological conditions is an important step towards characterizing their function as is the prediction of mRNAs that could be targeted by these miRNAs. To provide the community the possibility of exploring interactively miRNA expression patterns and the candidate targets of miRNAs in an integrated environment, we developed the MirZ web server, which is accessible at www.mirz.unibas.ch. The server provides experimental and computational biologists with statistical analysis and data mining tools operating on up-to-date databases of sequencing-based miRNA expression profiles and of predicted miRNA target sites in species ranging from Caenorhabditis elegans to Homo sapiens.

MirZ: an integrated microRNA expression atlas and target prediction resource.

MicroARN (miARN) sont des ARN courts qui servent de guides pour la d&eacute;gradation et de la r&eacute;pression traductionnelle des ARNm codant pour des prot&eacute;ines. Un grand nombre de travaux ont montr&eacute; que les miARN est impliqu&eacute;s dans la r&eacute;gulation d&#39;un large &eacute;ventail de fonctions biologiques, de d&eacute;veloppement de la fonction cardiaque et le syst&egrave;me immunitaire, au m&eacute;tabolisme, au cancer. Pour la plupart des quelque 500 miARN qui est cod&eacute;s dans le g&eacute;nome humain, les fonctions encore reste &agrave; d&eacute;couvrir. Identification des miARN dont l&#39;expression change entre les types de cellules ou entre des conditions normales et pathologiques est une &eacute;tape importante pour caract&eacute;riser leur fonction, comme c&#39;est la pr&eacute;diction des ARNm qui pourrait &ecirc;tre vis&eacute;s par ces miARN. Pour fournir &agrave; la communaut&eacute; la possibilit&eacute; d&#39;explorer de fa&ccedil;on interactive miRNA patrons d&#39;expression et les objectifs du candidat des miARN dans un environnement int&eacute;gr&eacute;, nous avons d&eacute;velopp&eacute; le serveur web de Noyale, qui est accessible &agrave; www.mirz.unibas.ch. Le serveur fournit des biologistes exp&eacute;rimentaux et de calculs avec des analyses statistiques et les outils d&#39;exploration de donn&eacute;es fonctionnant sur des bases de donn&eacute;es &agrave; jour des profils d&#39;expression bas&eacute;e sur le s&eacute;quen&ccedil;age de miRNA et des sites cibles miRNA pr&eacute;dite en esp&egrave;ces allant de Caenorhabditis elegans &agrave; Homo sapiens.

Noyale : un micro-ARN int&eacute;gr&eacute;e expression atlas et cible pr&eacute;diction ressource.

MicroRNAs (MiRNAs) sind kurz RNAs, die als F&uuml;hrer f&uuml;r die Abbau- und translational Repression Proteinkodierung mRNAs fungieren. Ein gro&szlig;er K&ouml;rper der Arbeit zeigte, dass MiRNAs bei der Regulierung der zahlreiche biologische Funktionen, von der Entwicklung zur Herz- und immunes System Funktion, Stoffwechsel, Krebs beteiligt sind. F&uuml;r die meisten der &uuml;ber 500 MiRNAs, die im menschlichen Genom codiert sind die Funktionen noch bleiben aufgedeckt werden. Identifizieren MiRNAs, deren Ausdruck zwischen Zelltypen oder zwischen normalen und pathologischen Bedingungen &auml;ndert, ist ein wichtiger Schritt zur Charakterisierung von ihrer Funktion, wie die Vorhersage der mRNAs, die durch diese MiRNAs ausgerichtet werden konnte. Um der Gemeinschaft die M&ouml;glichkeit interaktiv zu erforschen, MiRNA Ausdrucksmuster und die Kandidaten-Ziele der MiRNAs in einer integrierten Umgebung bieten, entwickelten wir den MirZ-Web-Server, der bei www.mirz.unibas.ch zug&auml;nglich ist. Der Server bietet experimentelle und computational Biologen mit statistischen Analyse und Data-Mining-Tools, die auf aktuelle Datenbanken der Sequenzierung basierende MiRNA Ausdruck Profile und der vorhergesagten MiRNA Ziel-Sites in der Art Homo Sapiens von Caenorhabditis Elegans bis t&auml;tig.

MirZ: eine integrierte MicroRNA Ausdruck Atlas und deiner Vorhersage Ressource.

MicroRNA (miRNAs) &egrave; breve RNAs che agiscono come guide per la degradazione e la repressione traslazionale di mRNA della proteina-codificazione. Un grande corpo di lavoro ha mostrato che i miRNAs sono coinvolti nella regolazione di un&#39;ampia gamma di funzioni biologiche, dallo sviluppo alla funzione cardiaca e sistema immunitario, metabolismo, al cancro. Per la maggior parte degli oltre 500 miRNAs che sono codificati nel genoma umano le funzioni ancora rimangono ad per essere scoperto. Identificare miRNAs cui espressione cambia tra tipi di cellule o tra le condizioni di normale e patologiche &egrave; un passo importante verso che caratterizzano la loro funzione &egrave; la previsione dei mRNAs che potrebbe essere preso di mira da questi miRNAs. Per fornire alla Comunit&agrave; la possibilit&agrave; di esplorare in modo interattivo pattern di espressione di miRNA e gli obiettivi del candidato di miRNAs in un ambiente integrato, abbiamo sviluppato il MirZ web server, che &egrave; accessibile a www.mirz.unibas.ch. Il server fornisce i biologi sperimentali e computazionali con analisi statistica e strumenti di data mining di dati operanti su database aggiornati dei profili di espressione di miRNA basata sul sequenziamento e dei siti di destinazione previsto miRNA nelle specie che vanno da Caenorhabditis elegans a Homo sapiens.

MirZ: un microRNA integrato espressione atlas e destinazione previsione risorsa.

&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED; Rna &#xFF08;Mirna&#xFF09; &#x52A3;&#x5316;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x306E;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C7;&#x30A3;&#x30F3;&#x30B0; Mrna &#x306E;&#x7FFB;&#x8A33;&#x6291;&#x5236;&#x306E;&#x30AC;&#x30A4;&#x30C9;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x6A5F;&#x80FD;&#x3059;&#x308B;&#x77ED;&#x3044; Rna &#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x4F5C;&#x54C1;&#x306E;&#x5927;&#x304D;&#x306A;&#x4F53;&#x306F;&#x3001;Mirna &#x65B0;&#x9673;&#x4EE3;&#x8B1D;&#x3078;&#x3001;&#x304C;&#x3093;&#x3001;&#x5FC3;&#x81D3;&#x3084;&#x514D;&#x75AB;&#x30B7;&#x30B9;&#x30C6;&#x30E0;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x3001;&#x958B;&#x767A;&#x304B;&#x3089;&#x3001;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x306E;&#x5E83;&#x3044;&#x7BC4;&#x56F2;&#x306E;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x306B;&#x95A2;&#x4E0E;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x4EE5;&#x4E0A;&#x306E;&#x307B;&#x3068;&#x3093;&#x3069;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x306F;&#x307E;&#x3060;&#x4EBA;&#x9593;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x3067;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C9;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B; 500 &#x306E; miRNAs &#x306E;&#x307E;&#x307E;&#x30AB;&#x30D0;&#x30FC;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x305B;&#x3093;&#x3002;MiRNAs &#x5F0F;&#x30BB;&#x30EB;&#x306E;&#x7A2E;&#x985E;&#x9593;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x6B63;&#x5E38;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x75C5;&#x7684;&#x6761;&#x4EF6;&#x306E;&#x9593;&#x3067;&#x5909;&#x66F4;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E; miRNAs &#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x6A19;&#x7684;&#x306B; mRNAs &#x306E;&#x4E88;&#x6E2C;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x306B;&#x5411;&#x304B;&#x3063;&#x3066;&#x5F7C;&#x3089;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x3092;&#x7279;&#x5FB4;&#x3065;&#x3051;&#x308B;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x30B9;&#x30C6;&#x30C3;&#x30D7;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x30B3;&#x30DF;&#x30E5;&#x30CB;&#x30C6;&#x30A3;&#x306E; miRNA &#x306E;&#x767A;&#x73FE;&#x30D1;&#x30BF;&#x30FC;&#x30F3;&#x3068;&#x7D71;&#x5408;&#x74B0;&#x5883;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B; Mirna &#x306E;&#x6A19;&#x7684;&#x5019;&#x88DC;&#x3092;&#x5BFE;&#x8A71;&#x7684;&#x306B;&#x63A2;&#x7D22;&#x306E;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3059;&#x308B;&#x306B;&#x306F;&#x3001;www.mirz.unibas.ch &#x3067;&#x30A2;&#x30AF;&#x30BB;&#x30B9;&#x53EF;&#x80FD;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3001;MirZ &#x306E; web &#x30B5;&#x30FC;&#x30D0;&#x30FC;&#x3092;&#x958B;&#x767A;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x30B5;&#x30FC;&#x30D0;&#x30FC;&#x7D71;&#x8A08;&#x89E3;&#x6790;&#x3068;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x30DE;&#x30A4;&#x30CB;&#x30F3;&#x30B0; &#x30C4;&#x30FC;&#x30EB;&#x3068;&#x4E88;&#x6E2C; miRNA &#x306E;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8; &#x30FB; &#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x306E;&#x7DDA;&#x866B;&#x304B;&#x3089;&#x30DB;&#x30E2; &#x30FB; &#x30B5;&#x30D4;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B9;&#x306B;&#x81F3;&#x308B;&#x307E;&#x3067;&#x306E;&#x7A2E;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306B;&#x57FA;&#x3065;&#x3044;&#x3066; miRNA &#x767A;&#x73FE;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30EB;&#x306E;&#x6700;&#x65B0;&#x306E;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x52D5;&#x4F5C;&#x3092;&#x5B9F;&#x9A13;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x8A08;&#x7B97;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x8005;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

MirZ: &#x7D71;&#x5408;&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED; Rna &#x767A;&#x73FE;&#x30A2;&#x30C8;&#x30E9;&#x30B9;&#x3068;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x4E88;&#x6E2C;&#x30EA;&#x30BD;&#x30FC;&#x30B9;&#x3002;

MicroRNAs (miRNAs)&#xB294; &#xC9E7;&#xC740; RNAs &#xC5ED;&#xD560; &#xC800;&#xD558;&#xC640; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xCF54;&#xB529; Mrnas&#xC758; &#xBCC0;&#xD658; &#xC5B5;&#xC555;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC548;&#xB0B4;&#xC120;&#xC744;. &#xC791;&#xD488;&#xC758; &#xD070; &#xBAB8; miRNAs &#xAD11;&#xBC94;&#xC704; &#xD55C; &#xC554; &#xB300;&#xC0AC;&#xB97C; &#xC2EC;&#xC7A5; &#xBC0F; &#xBA74;&#xC5ED; &#xCCB4;&#xACC4; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC744; &#xAC1C;&#xBC1C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC0DD;&#xBB3C;&#xD559;&#xC801; &#xAE30;&#xB2A5; &#xC870;&#xC808;&#xC5D0; &#xAD00;&#xC5EC; &#xD588;&#xB2E4;. &#xB300;&#xBD80;&#xBD84;&#xC758; &#xC774;&#xC0C1;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD568;&#xC218;&#xB294; &#xC5EC;&#xC804;&#xD788; &#xC778;&#xAC04; &#xAC8C;&#xB188;&#xC5D0; &#xC778;&#xCF54;&#xB529;&#xB41C; 500 miRNAs &#xC801;&#xC6A9; &#xB418;&#xB3C4;&#xB85D; &#xC720;&#xC9C0;. &#xB204;&#xAD6C;&#xC758; &#xC2DD; &#xBCC0;&#xACBD; &#xC140; &#xD615;&#xC2DD; &#xB610;&#xB294; &#xC815;&#xC0C1;&#xC801;&#xC774; &#xACE0; &#xBCD1; &#xC801;&#xC778; &#xC870;&#xAC74; &#xAC04;&#xC5D0; miRNAs &#xC2DD;&#xBCC4; mRNAs &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; Mirnas&#xC758; &#xB300;&#xC0C1;&#xC774; &#xB420; &#xC218; &#xC788;&#xB294; &#xC608;&#xCE21;&#xC740; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC744; &#xD2B9;&#xC131;&#xD654; &#xD5A5;&#xD55C; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xB2E8;&#xACC4;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB300;&#xD654;&#xD615;&#xC73C;&#xB85C; miRNA &#xC2DD; &#xD328;&#xD134; &#xBC0F; &#xD1B5;&#xD569;&#xB41C; &#xD658;&#xACBD;&#xC5D0;&#xC11C; Mirnas&#xC758; &#xD6C4;&#xBCF4; &#xB300;&#xC0C1; &#xD0D0;&#xAD6C;&#xC758; &#xAC00;&#xB2A5;&#xC131; &#xCEE4;&#xBBA4;&#xB2C8;&#xD2F0; &#xC81C;&#xACF5;, www.mirz.unibas.ch&#xC5D0;&#xC11C; &#xC561;&#xC138;&#xC2A4;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xB294; MirZ &#xC6F9; &#xC11C;&#xBC84; &#xAC1C;&#xBC1C;. &#xC11C;&#xBC84; &#xD1B5;&#xACC4; &#xBD84;&#xC11D; &#xBC0F; &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xB9C8;&#xC774;&#xB2DD; &#xB3C4;&#xAD6C; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xAE30;&#xBC18; &#xBBF8;&#xB974; &#xC2DD; &#xD504;&#xB85C;&#xD544; &#xBC0F; Caenorhabditis elegans&#xC5D0;&#xC11C; &#xD638;&#xBAA8; &#xC0AC;&#xD53C;&#xC5D4;&#xC2A4;&#xC5D0; &#xC774;&#xB974;&#xAE30;&#xAE4C;&#xC9C0; &#xC885;&#xC5D0; &#xC608;&#xCE21; &#xB41C; miRNA &#xB300;&#xC0C1; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC758; &#xCD5C;&#xC2E0; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xBCA0;&#xC774;&#xC2A4;&#xC5D0; &#xC2E4;&#xD5D8; &#xBC0F; &#xC804;&#xC0B0; &#xC0DD;&#xBB3C;&#xD559;&#xC744; &#xC81C;&#xACF5; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

MirZ: &#xD1B5;&#xD569;&#xB41C; microRNA &#xC2DD; &#xC544;&#xD2C0;&#xB77C;&#xC2A4;&#xC640; &#xB300;&#xC0C1; &#xC608;&#xCE21; &#xB9AC;&#xC18C;&#xC2A4;&#xB97C;.

MicroRNAs (miRNAs) son RNAs cortos que act&uacute;an como gu&iacute;as para la degradaci&oacute;n y la represi&oacute;n traduccional de mRNAs prote&iacute;na-codificaci&oacute;n. Un gran cuerpo de trabajo demostr&oacute; que los miRNAs est&aacute;n implicados en la regulaci&oacute;n de una amplia gama de funciones biol&oacute;gicas, desde el desarrollo hasta la funci&oacute;n cardiaca y el sistema inmunol&oacute;gico, c&aacute;ncer del metabolismo. Para la mayor&iacute;a de los 500 miRNAs que est&aacute;n codificadas en el genoma humano las funciones a&uacute;n permanecen ser descubierto. Identificaci&oacute;n de miRNAs cuya expresi&oacute;n cambia entre tipos de c&eacute;lulas o entre condiciones normales y patol&oacute;gicas, es un paso importante para caracterizar su funci&oacute;n como es la predicci&oacute;n de mRNAs que podr&iacute;an ser blanco de estos miRNAs. Para proveer a la comunidad la posibilidad de explorar interactivamente los patrones de expresi&oacute;n de miRNA y los objetivos del candidato de miRNAs en un entorno integrado, desarrollamos el servidor de web de MirZ, que es accesible en www.mirz.unibas.ch. El servidor proporciona a los bi&oacute;logos experimentales y computacionales con an&aacute;lisis estad&iacute;stico y herramientas de miner&iacute;a de datos en bases de datos actualizadas de perfiles de expresi&oacute;n de miRNA basadas en la secuenciaci&oacute;n y de sitios de destino de miRNA prevista en especies que van desde Caenorhabditis elegans al Homo sapiens.

MirZ: integrado microRNA expresi&oacute;n atlas y destino predicci&oacute;n recurso.

Mirna &#x5982;&#x4F55;&#x8BC6;&#x522B;&#x5176;&#x76EE;&#x6807;&#x7AD9;&#x70B9;&#x662F;&#x5F88;&#x591A;&#x7684;&#x8BD5;&#x9A8C;&#x548C;&#x8BA1;&#x7B97;&#x7814;&#x7A76;&#x65E8;&#x5728;&#x89E3;&#x51B3;&#x7684;&#x96BE;&#x9898;&#x3002;&#x5DF2;&#x53D1;&#x73B0;&#x4E86;&#x4E00;&#x4E9B;&#x529F;&#x80FD;&#xFF0C;&#x4F8B;&#x5982;&#x5B8C;&#x7F8E;&#x914D;&#x5BF9;&#x7684;&#x7C73;&#x5C14;&#x79CD;&#x5B50;&#xFF0C;&#x5176;&#x4ED6;&#x5730;&#x533A; 3&#39; &#x7684;&#x7C73;&#x5C14;&#x3001; 3&#39; UTR &#x4E2D;&#x7684;&#x76F8;&#x5BF9;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x548C;&#x73AF;&#x5883;&#x7684;&#x5047;&#x5B9A;&#x7AD9;&#x70B9;&#xFF0C;A/U &#x5185;&#x5BB9;&#x914D;&#x5BF9;&#xFF0C;&#x6709;&#x5173;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#x6211;&#x4EEC;&#x4F7F;&#x7528;&#x4E86;&#x4E00;&#x5927;&#x6279;&#x4EE5;&#x524D;&#x53D1;&#x5E03;&#x7684;&#x6570;&#x636E;&#x96C6;&#x6765;&#x8BC4;&#x4F30;&#x7535;&#x529B;&#x8FD9;&#x5404;&#x79CD;&#x5E8F;&#x5217;&#x548C;&#x7ED3;&#x6784;&#x529F;&#x80FD;&#x6709;&#x533A;&#x5206;&#x505A;&#x7684;&#x5047;&#x5B9A;&#x7AD9;&#x70B9;&#x548C;&#x90A3;&#x4E9B;&#x4F3C;&#x4E4E;&#x4E0D;&#x662F;&#x529F;&#x80FD;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x53D1;&#x73B0;&#x867D;&#x7136;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x529F;&#x80FD;&#x7684;&#x76F8;&#x5BF9;&#x91CD;&#x8981;&#x6027;&#x6392;&#x540D;&#x7684;&#x65F6;&#x5019;&#x6709;&#x4E0D;&#x540C;&#x7684;&#x6570;&#x636E;&#x96C6;&#x63D0;&#x4F9B;&#x5E7F;&#x6CDB;&#x4E0D;&#x540C;&#x7684;&#x7B54;&#x6848;&#xFF0C;&#x63A8;&#x65AD;&#x51FA;&#x4ECE;&#x5927;&#x591A;&#x6570;&#x7684; transcriptomics &#x8BD5;&#x9A8C;&#xFF0C;&#x4EE5;&#x53CA;&#x6BD4;&#x8F83;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5B66;&#x7684;&#x7AD9;&#x70B9;&#x51FA;&#x73B0;&#x7C7B;&#x4F3C;&#x8FD9;&#x4E00;&#x7EA7;&#x3002;&#x8FD9;&#x8868;&#x660E;&#x5728;&#x89E6;&#x53D1; mRNA &#x964D;&#x89E3;&#x7684;&#x80FD;&#x529B;&#x8FDB;&#x5316;&#x4E2D;&#x9009;&#x62E9;&#x4E86;&#x7C73;&#x5C14;&#x76EE;&#x6807;&#x7AD9;&#x70B9;&#x3002;&#x82E5;&#x8981;&#x4E86;&#x89E3;&#x5728;&#x7C73;&#x5C14;&#x8BF1;&#x5BFC;&#x54CD;&#x5E94;&#x4E2D;&#x7684;&#x54EA;&#x4E00;&#x6B65;&#x4E2A;&#x522B;&#x529F;&#x80FD;&#x53D1;&#x6325;&#x4F5C;&#x7528;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x8F6C;&#x67D3;&#x4EBA;&#x80DA;&#x80CE;&#x80BE; 293 &#x7EC6;&#x80DE;&#x4E0E; Mirna &#x548C;&#x5206;&#x6790;&#x7684;&#x76EE;&#x6807; mRNAs &#x963F;&#x8033;&#x6208;&#x82F1;&#x96C4;/EIF2C-&#x7C73;&#x5C14;&#x914D;&#x5408;&#x5173;&#x8054;&#x548C;&#x9000;&#x5316;&#x7684;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x6D88;&#x606F;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x53D1;&#x73B0;&#x76EE;&#x6807;&#x7AD9;&#x70B9;&#x7684;&#x7ED3;&#x6784;&#x7279;&#x5F81;&#x53EA;&#x6709;&#x91CD;&#x8981;&#x5BF9;&#x4E8E;&#x963F;&#x8033;&#x6208;&#x82F1;&#x96C4;/EIF2C &#x7ED1;&#x5B9A;&#xFF0C;&#x5982; A/U &#x5185;&#x5BB9;&#xFF09; &#x7684; 3&#39; UTR &#x5E8F;&#x5217;&#x7279;&#x5F81;&#x56FA;&#x7136;&#x91CD;&#x8981; mRNA &#x964D;&#x89E3;&#x3002;

&#x963F;&#x8033;&#x6208;&#x82F1;&#x96C4;/EIF2C-&#x7C73;&#x5C14;&#x914D;&#x5408;&#x7269;&#x7684; mRNA &#x7ED1;&#x5B9A;&#x548C;&#x9000;&#x5316;&#x7684;&#x7C73;&#x5C14;&#x76EE;&#x6807;&#x5E8F;&#x5217;&#x548C;&#x7ED3;&#x6784;&#x529F;&#x80FD;&#x7684;&#x76F8;&#x5BF9;&#x8D21;&#x732E;&#x3002;

How miRNAs recognize their target sites is a puzzle that many experimental and computational studies aimed to solve. Several features, such as perfect pairing of the miRNA seed, additional pairing in the 3' region of the miRNA, relative position in the 3' UTR, and the A/U content of the environment of the putative site, have been found to be relevant. Here we have used a large number of previously published data sets to assess the power that various sequence and structure features have in distinguishing between putative sites that do and those that do not appear to be functional. We found that although different data sets give widely different answers when it comes to ranking the relative importance of these features, the sites inferred from most transcriptomics experiments, as well as from comparative genomics, appear similar at this level. This suggests that miRNA target sites have been selected in evolution on their ability to trigger mRNA degradation. To understand at what step in the miRNA-induced response individual features play a role, we transfected human HEK293 cells with miRNAs and analyzed the association of Argonaute/EIF2C-miRNA complexes with target mRNAs and the degradation of these messages. We found that structural features of the target site are only important for Argonaute/EIF2C binding, while sequence features such as the A/U content of the 3' UTR are important for mRNA degradation.

Relative contribution of sequence and structure features to the mRNA binding of Argonaute/EIF2C-miRNA complexes and the degradation of miRNA targets.

Comment les miARN reconna&icirc;t leurs sites cibles est un puzzle de nombreuses &eacute;tudes exp&eacute;rimentales et informatiques visant &agrave; r&eacute;soudre. Plusieurs fonctionnalit&eacute;s, telles que l&#39;appariement parfait de la graine de miRNA, suppl&eacute;mentaire dans la r&eacute;gion 3&#39; de la miRNA, position relative dans la r&eacute;gion 3&#39; UTR et le contenu de A/U de l&#39;environnement du site putatif, l&#39;appariement ont retrouv&eacute; pertinents. Ici nous avons utilis&eacute; un grand nombre d&#39;ensembles de donn&eacute;es publi&eacute;es ant&eacute;rieurement pour &eacute;valuer le pouvoir cette s&eacute;quence diverses et caract&eacute;ristiques de la structure ont en distinguant les sites pr&eacute;sum&eacute;s qui font et ceux qui ne semblent pas &ecirc;tre fonctionnel. Nous avons constat&eacute; que bien que les diff&eacute;rents ensembles de donn&eacute;es donnent des r&eacute;ponses tr&egrave;s diff&eacute;rentes lorsqu&#39;il s&#39;agit de l&#39;importance relative de ces fonctions de classement, les sites d&eacute;duits de la plupart des exp&eacute;riences de transcriptomique, ainsi que de la g&eacute;nomique comparative, paraissent semblables &agrave; ce niveau. Ceci sugg&egrave;re que les miARN cible sites ont &eacute;t&eacute; s&eacute;lectionn&eacute;s en &eacute;volution sur leur capacit&eacute; &agrave; d&eacute;clencher la d&eacute;gradation de l&#39;ARNm. Pour comprendre &agrave; quelle &eacute;tape de la r&eacute;ponse induite par miRNA caract&eacute;ristiques individuelles jouent un r&ocirc;le, nous transfected des cellules HEK293 humaines avec des miARN et analys&eacute; l&#39;association de l&#39;Argonaute/EIF2C-miRNA complexes avec l&#39;ARNm cible et la d&eacute;gradation de ces messages. Nous avons constat&eacute; que les caract&eacute;ristiques structurelles du site cible sont seulement importants pour la liaison de l&#39;Argonaute/EIF2C, tandis que la s&eacute;quence caract&eacute;ristiques tels que le contenu A/U de la r&eacute;gion 3&#39; UTR sont importantes pour la d&eacute;gradation de l&#39;ARNm.

Contribution relative des caract&eacute;ristiques de s&eacute;quence et la structure de la liaison de l&#39;ARNm de l&#39;Argonaute/EIF2C-miRNA complexes et la d&eacute;gradation des cibles de miRNA.

Wie MiRNAs ihre Ziel-Sites erkennen, ist ein R&auml;tsel, die viele experimentelle und computergest&uuml;tzte Studien ausgerichtet, zu l&ouml;sen. Mehrere Features, wie z. B. die perfekte Paarung von der MiRNA-Samen, zus&auml;tzliche Paarung in der 3&#39; Region der MiRNA, relative Position in der 3&#39; UTR und der A/U-Inhalt der Umgebung des Standortes vermeintliche wurden gefunden, relevant sein. Hier wir haben verwendet einer Vielzahl von bereits ver&ouml;ffentlichten Datens&auml;tze um zu beurteilen, die Macht dieser verschiedenen Sequenz und Struktur-Funktionen haben bei der Unterscheidung zwischen vermeintlichen Seiten, die tun und solche, die scheinbar nicht funktionsf&auml;hig sein. Wir fanden, dass obwohl verschiedenen Datens&auml;tzen sehr unterschiedliche Antworten geben, wenn es darum, zum ranking der relativen Bedeutung dieser Features geht, die Websites, hergeleitet von den meisten Transcriptomics Experimente sowie vergleichende Genomik, &auml;hnliche auf dieser Ebene angezeigt. Dies l&auml;sst vermuten, dass MiRNA Ziel-Sites in der Evolution auf ihrer F&auml;higkeit, mRNA Abbau ausl&ouml;sen ausgew&auml;hlt wurden. Um zu verstehen, bei welchem Schritt der MiRNA-induzierte Reaktion einzelner Features eine Rolle spielen, wir die menschliche HEK293 Zellen mit MiRNAs transfected und analysiert die Zuordnung von Argonaute/EIF2C-MiRNA-komplexe mit Ziel mRNAs und den Abbau dieser Nachrichten. Wir fanden, dass Strukturmerkmale der Ziel-Site nur f&uuml;r Argonaute/EIF2C-Bindung, wichtig sind, w&auml;hrend Sequenz Features wie der A/U Inhalt der 3&#39; UTR f&uuml;r mRNA Abbau wichtig sind.

Der relative Anteil der Sequenz und Struktur Funktionen, die die mRNA-Bindung eines Argonaute/EIF2C-MiRNA-komplexes und der Verschlechterung der MiRNA-Ziele.

Come miRNAs riconoscere loro siti target &egrave; un puzzle che molti studi sperimentali e computazionali volti a risolvere. Diverse caratteristiche, come il perfetto abbinamento del seme miRNA, ulteriore abbinamento nella regione 3&#39; del miRNA, posizione relativa nel 3&#39; UTR, e i contenuti A/U dell&#39;ambiente del sito putativo, sono stati trovati per essere rilevante. Qui abbiamo usato un gran numero di insiemi di dati precedentemente pubblicati per valutare la potenza che varie sequenza e struttura caratteristiche hanno nel distinguere tra siti putativi che fanno e quelli che non sembrano essere funzionali. Abbiamo trovato che anche se diversi insiemi di dati dare risposte molto diverse quando si tratta di classifica l&#39;importanza relativa di queste caratteristiche, i siti dedotti da molti esperimenti di trascrittomica, nonch&eacute; dalla genomica comparativa, appaiono simili a questo livello. Questo suggerisce che i siti di destinazione miRNA sono stati selezionati in evoluzione sulla loro capacit&agrave; di innescare la degradazione di mRNA. Per capire a quale passo nella risposta indotta da miRNA caratteristiche individuali giocano un ruolo, noi transfected le cellule HEK293 umane con miRNAs e analizzare l&#39;associazione dei complessi Argonaute/EIF2C-miRNA con mRNA bersaglio e la degradazione di questi messaggi. Abbiamo trovato che le caratteristiche strutturali del sito di destinazione sono solo importanti per l&#39;associazione Argonaute/EIF2C, mentre sequenza caratteristiche come ad esempio il contenuto di A/U del 3&#39; UTR sono importanti per la degradazione di mRNA.

Contributo relativo di sequenza e struttura caratteristiche per l&#39;associazione di mRNA di complessi Argonaute/EIF2C-miRNA e la degradazione di miRNA target.

MiRNAs &#x305D;&#x306E;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8; &#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x3092;&#x8A8D;&#x8B58;&#x3059;&#x308B;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3092;&#x89E3;&#x6C7A;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x591A;&#x304F;&#x306E;&#x5B9F;&#x9A13;&#x3068;&#x8A08;&#x7B97;&#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x7814;&#x7A76;&#x3092;&#x76EE;&#x6307;&#x3057;&#x305F;&#x30D1;&#x30BA;&#x30EB;&#x3067;&#x3059;&#x3002;MiRNA &#x306E;&#x7A2E;&#x5B50;&#x306F;&#x3001;&#x30DA;&#x30A2;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;&#x306E; miRNA&#x3001;3&#39; UTR&#x3001;&#x76F8;&#x5BFE;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x304A;&#x3088;&#x3073; A/U &#x30B3;&#x30F3;&#x30C6;&#x30F3;&#x30C4;&#x63A8;&#x5B9A;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x306E;&#x74B0;&#x5883;&#x306E; 3&#39; &#x9818;&#x57DF;&#x3067;&#x8FFD;&#x52A0;&#x306E;&#x5B8C;&#x74A7;&#x306A;&#x7D44;&#x307F;&#x5408;&#x308F;&#x305B;&#x306A;&#x3069;&#x3001;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x306F;&#x3001;&#x95A2;&#x9023;&#x3059;&#x308B;&#x767A;&#x898B;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x6211;&#x3005; &#x591A;&#x6570;&#x4EE5;&#x524D;&#x306B;&#x51FA;&#x7248;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF; &#x30BB;&#x30C3;&#x30C8;&#x306E;&#x529B;&#x3092;&#x8A55;&#x4FA1;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x305D;&#x306E;&#x69D8;&#x3005; &#x306A;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x69CB;&#x9020;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x304B;&#x63A8;&#x5B9A;&#x4E0A;&#x306E;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x3068;&#x305D;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x304C;&#x8868;&#x793A;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x306A;&#x3044;&#x306E;&#x533A;&#x5225;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005; &#x306F;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x306E;&#x76F8;&#x5BFE;&#x7684;&#x306A;&#x91CD;&#x8981;&#x6027;&#x306E;&#x30E9;&#x30F3;&#x30AD;&#x30F3;&#x30B0;&#x306B;&#x6765;&#x308B;&#x3068;&#x304D;&#x7570;&#x306A;&#x308B;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF; &#x30BB;&#x30C3;&#x30C8;&#x306E;&#x5E83;&#x304F;&#x7570;&#x306A;&#x3063;&#x305F;&#x7B54;&#x3048;&#x3092;&#x4E0E;&#x3048;&#x308B;&#x304C;&#x3001;&#x6BD4;&#x8F03;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x304B;&#x3089;&#x3060;&#x3051;&#x3067;&#x306A;&#x304F;&#x3001;&#x307B;&#x3068;&#x3093;&#x3069;&#x306E;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8;&#x30DF;&#x30AF;&#x30B9;&#x5B9F;&#x9A13;&#x304B;&#x3089;&#x63A8;&#x5B9A;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x306F;&#x3053;&#x306E;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x3067;&#x540C;&#x69D8;&#x306B;&#x8868;&#x793A;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x767A;&#x898B;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x306F;&#x3001;mRNA &#x5206;&#x89E3;&#x3092;&#x8A98;&#x767A;&#x3059;&#x308B;&#x80FD;&#x529B;&#x306E;&#x9032;&#x5316;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B; miRNA &#x306E;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8; &#x30FB; &#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x304C;&#x9078;&#x629E;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x5506;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x4F55;&#x30B9;&#x30C6;&#x30C3;&#x30D7; miRNA &#x8A98;&#x767A;&#x5FDC;&#x7B54;&#x3067;&#x500B;&#x3005; &#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x306F;&#x3001;&#x5F79;&#x5272;&#x3092;&#x679C;&#x305F;&#x3059;&#x3092;&#x7406;&#x89E3;&#x3059;&#x308B;&#x306B;&#x306F;&#x3001;Mirna &#x306E;&#x4EBA;&#x9593; HEK293 &#x7D30;&#x80DE;&#x3057;&#x3001;&#x4F9D;&#x306E;&#x30A2;&#x30EB;&#x30B4;&#x30CE;&#x30FC;&#x30C8;/EIF2C-miRNA &#x932F;&#x4F53;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8; Mrna &#x306E;&#x5354;&#x4F1A;&#x3068;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x30E1;&#x30C3;&#x30BB;&#x30FC;&#x30B8;&#x306E;&#x5206;&#x89E3;&#x5206;&#x6790;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005; &#x306E; 3&#39; UTR A/U &#x30B3;&#x30F3;&#x30C6;&#x30F3;&#x30C4;&#x306A;&#x3069;&#x306E;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x6A5F;&#x80FD;&#x304C; mRNA &#x5206;&#x89E3;&#x306E;&#x91CD;&#x8981;&#x3067;&#x3059;&#x304C;&#x3001;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8; &#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x306E;&#x69CB;&#x9020;&#x306E;&#x7279;&#x5FB4;&#x306E;&#x307F;&#x30A2;&#x30EB;&#x30B4;&#x30CE;&#x30FC;&#x30C8;/EIF2C &#x7D50;&#x5408;&#x306B;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x308F;&#x304B;&#x3063;&#x305F;&#x3002;

&#x914D;&#x5217;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x69CB;&#x9020;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x304B;&#x3089;&#x30A2;&#x30EB;&#x30B4;&#x30CE;&#x30FC;&#x30C8;/EIF2C-&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED; Rna &#x8907;&#x5408;&#x4F53;&#x306E; mRNA &#x30D0;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C7;&#x30A3;&#x30F3;&#x30B0;&#x3068; miRNA &#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x306E;&#x52A3;&#x5316;&#x306E;&#x76F8;&#x5BFE;&#x7684;&#x5BC4;&#x4E0E;&#x3002;

MiRNAs &#xB300;&#xC0C1; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xB97C; &#xC778;&#xC2DD; &#xD558;&#xB294; &#xBC29;&#xBC95;&#xC744; &#xD574;&#xACB0; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; &#xB9CE;&#xC740; &#xC2E4;&#xD5D8;&#xACFC; &#xC804;&#xC0B0; &#xC5F0;&#xAD6C; &#xBAA9;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xD558;&#xB294; &#xD37C;&#xC990; &#xC774;&#xB2E4;. &#xCD94;&#xAC00; &#xBBF8;&#xB974;&#xC5D0; 3&#39; UTR, &#xC0C1;&#xB300; &#xC704;&#xCE58; &#xBC0F; &#xC0C1; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xD658;&#xACBD; A/U &#xCF58;&#xD150;&#xCE20; 3&#39; &#xC9C0;&#xC5ED;&#xC5D0;&#xC11C; &#xD398;&#xC5B4;&#xB9C1; &#xBBF8;&#xB974; &#xC528;&#xC758; &#xC644;&#xBCBD; &#xD55C; &#xD398;&#xC5B4;&#xB9C1; &#xB4F1;&#xC758; &#xC5EC;&#xB7EC; &#xAC00;&#xC9C0; &#xAE30;&#xB2A5; &#xAD00;&#xB828;&#xC131;&#xC774; &#xBC1C;&#xACAC; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC5EC;&#xAE30; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xAC00; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xC774;&#xC804;&#xC5D0; &#xAC8C;&#xC2DC; &#xB41C; &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xC138;&#xD2B8;&#xC758; &#xB2E4; &#xC218; &#xD798;&#xC744; &#xD3C9;&#xAC00; &#xD558;&#xB294; &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xBC0F; &#xAD6C;&#xC870; &#xAE30;&#xB2A5; &#xD560; &#xC0C1; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xBC0F; &#xC791;&#xB3D9; &#xD558;&#xC9C0; &#xC54A;&#xB294; &#xADF8;&#xC758; &#xAD6C;&#xBCC4;&#xC5D0; &#xC788;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xC11C;&#xB85C; &#xB2E4;&#xB978; &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xC9D1;&#xD569; &#xB110;&#xB9AC; &#xB2E4;&#xB978; &#xB2F5; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC758; &#xC0C1;&#xB300;&#xC801; &#xC911;&#xC694;&#xB3C4; &#xC21C;&#xC704;&#xC5D0; &#xC62C; &#xB54C;, &#xBE44;&#xB85D; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xBE44;&#xAD50; &#xC720;&#xC804;&#xCCB4;&#xD559;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBFD0;&#xB9CC; &#xC544;&#xB2C8;&#xB77C; &#xB300;&#xBD80;&#xBD84;&#xC758; transcriptomics &#xC2E4;&#xD5D8; &#xC73C;&#xB85C;&#xBD80;&#xD130; &#xC720;&#xCD94; &#xBE44;&#xC2B7;&#xD55C; &#xC218;&#xC900;&#xC73C;&#xB85C; &#xD45C;&#xC2DC;&#xC774; &#xBC1C;&#xACAC;. &#xC774;&#xAC83;&#xC740; mRNA &#xC800;&#xD558;&#xB97C; &#xC2E4;&#xD589; &#xD558;&#xB294; &#xB370; &#xC790;&#xC2E0;&#xC758; &#xB2A5;&#xB825;&#xC5D0; &#xC9C4;&#xD654;&#xC5D0;&#xC11C; miRNA &#xB300;&#xC0C1; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xC120;&#xC815; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xBBF8;&#xB974; &#xC720;&#xB3C4; &#xC751;&#xB2F5;&#xC758; &#xC5B4;&#xB5A4; &#xB2E8;&#xACC4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xAC1C;&#xBCC4; &#xAE30;&#xB2A5; &#xC5ED;&#xD560;&#xC744; &#xB2F4;&#xB2F9;&#xD560; &#xC54C;&#xC544;&#xC57C; Mirnas&#xC640; &#xC778;&#xAC04;&#xC758; HEK293 &#xC138;&#xD3EC; &#xD398; &#xD558; &#xACE0; &#xBD84;&#xC11D; &#xB300;&#xC0C1; Mrnas&#xC640; &#xB2E8;&#xC9C0; Argonaute/EIF2C-&#xBBF8;&#xB974;&#xC758; &#xD611;&#xD68C; &#xBC0F; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xBA54;&#xC2DC;&#xC9C0;&#xC758; &#xC800;&#xD558;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; 3&#39; UTR&#xC758; A/U &#xCF58;&#xD150;&#xCE20; &#xAC19;&#xC740; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC740; mRNA &#xC800;&#xD558;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xB300;&#xC0C1; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC758; &#xAD6C;&#xC870; &#xAE30;&#xB2A5; Argonaute/EIF2C &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xC744; &#xC704;&#xD574; &#xC911;&#xC694; &#xD55C;&#xB9CC; &#xBC1C;&#xACAC;.

&#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC640; &#xAD6C;&#xC870; &#xAE30;&#xB2A5; Argonaute/EIF2C-&#xBBF8;&#xB974; &#xB2E8;&#xC9C0; mRNA &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xACFC; miRNA &#xB300;&#xC0C1;&#xC758; &#xC800;&#xD558;&#xC758; &#xC0C1;&#xB300;&#xC801; &#xAE30;&#xC5EC;&#xB3C4;.

&iquest;C&oacute;mo miRNAs reconocer sus sitios de destino es un rompecabezas que muchos estudios experimentales y computacionales pretend&iacute;an resolver. Varias caracter&iacute;sticas, como el perfecto maridaje de la semilla de miRNA, adicional de emparejamiento en la regi&oacute;n 3&#39; de la miRNA, posici&oacute;n relativa en el 3&#39; UTR y el contenido de un/U del entorno del sitio putativo, se han encontrado para ser relevantes. Aqu&iacute; hemos utilizado un gran n&uacute;mero de conjuntos de datos previamente publicados para evaluar el poder esa secuencia diferentes y tienen caracter&iacute;sticas de la estructura en la distinci&oacute;n entre supuestos sitios que hacen y los que no parecen ser funcional. Encontramos que aunque diferentes conjuntos de datos dar respuestas muy diferentes cuando se trata de clasificar la importancia relativa de estas caracter&iacute;sticas, los sitios que se infiere de la mayor&iacute;a de los experimentos transcript&oacute;mica, as&iacute; como de la gen&oacute;mica comparativa, aspecto similares a este nivel. Esto sugiere que los sitios de destino de miRNA han sido seleccionados en evoluci&oacute;n en su capacidad para provocar la degradaci&oacute;n del mRNA. Para entender en qu&eacute; etapas de la respuesta inducida por miRNA caracter&iacute;sticas individuales juegan un papel, se transfectadas c&eacute;lulas HEK293 humanas con miRNAs y analizaron la Asociaci&oacute;n de Argonaute/EIF2C-miRNA complejos con destino mRNAs y la degradaci&oacute;n de estos mensajes. Encontramos que las caracter&iacute;sticas estructurales del sitio de destino s&oacute;lo son importantes para Argonaute/EIF2C vinculante, mientras secuencia caracter&iacute;sticas tales como el contenido de un/U de los 3&#39; UTR son importantes para la degradaci&oacute;n del mRNA.

Contribuci&oacute;n relativa de caracter&iacute;sticas de la secuencia y estructura a la Uni&oacute;n del mRNA de Argonaute/EIF2C-miRNA complejos y la degradaci&oacute;n de miRNA objetivos.

RNA &#x8A8A;&#x672C;&#x662F;&#x8F6C;&#x5F55;&#x540E;&#x57FA;&#x56E0;&#x76D1;&#x7BA1;&#x6D89;&#x53CA;&#x6570;&#x4EE5;&#x767E;&#x8BA1;&#x7684; RNA &#x7ED3;&#x5408;&#x86CB;&#x767D; (&#x9650;&#x5236;&#x6027;&#x5546;&#x4E1A;&#x60EF;&#x4F8B;) &#x548C;&#x542B;&#x6709; microRNA &#x7684;&#x6838;&#x7CD6;&#x6838;&#x86CB;&#x767D;&#x590D;&#x5408;&#x7269; (miRNPs) &#x8868;&#x793A;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x7C7B;&#x578B;&#x7684;&#x4F9D;&#x8D56;&#x65B9;&#x5F0F;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x5F00;&#x53D1;&#x7684;&#x57FA;&#x4E8E;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x7684;&#x4EA4;&#x8054;&#x65B9;&#x6CD5;&#x6765;&#x786E;&#x5B9A;&#x5728;&#x9AD8;&#x5206;&#x8FA8;&#x7387;&#x548C;&#x8F6C;&#x5F55;&#x7EC4;&#x5168;&#x7EC6;&#x80DE;&#x7684;&#x9650;&#x5236;&#x6027;&#x5546;&#x4E1A;&#x60EF;&#x4F8B;&#x548C; miRNPs &#x7684;&#x7ED3;&#x5408;&#x70B9;&#x3002;&#x4EA4;&#x8054;&#x7AD9;&#x70B9;&#x4E2D;&#x7F16;&#x5199;&#x4ECE; immunopurified RNPs 4 thiouridine &#x6CBB;&#x7597;&#x7EC6;&#x80DE;&#x6269;&#x589E;&#x80DE;&#x82F7;&#x8FC7;&#x6E21;&#x5230;&#x80F8;&#x82F7;&#x6240;&#x53D1;&#x73B0;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x51E0;&#x4E2A;&#x7684;&#x5BC6;&#x96C6;&#x7814;&#x7A76;&#x7684;&#x9650;&#x5236;&#x6027;&#x5546;&#x4E1A;&#x60EF;&#x4F8B;&#x548C; miRNPs&#xFF0C;&#x5305;&#x62EC; PUM2&#x3001; QKI&#x3001; IGF2BP1 3&#x3001; &#x6208;/EIF2C1-4 &#x548C; TNRC6A C.&#x786E;&#x5B9A;&#x7684;&#x7ED3;&#x5408;&#x4F4D;&#x70B9;&#x548C;&#x89C4;&#x7BA1;&#x7684;&#x540E;&#x679C;&#x6211;&#x4EEC;&#x7684;&#x7814;&#x7A76;&#x663E;&#x793A;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x56E0;&#x7D20;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x6210;&#x5343;&#x4E0A;&#x4E07;&#x7684;&#x7AD9;&#x70B9;&#x5305;&#x542B;&#x5B9A;&#x4E49;&#x7684;&#x5E8F;&#x5217;&#x56FE;&#x6848;&#x4E3A; exonic &#x4E0E;&#x5185;&#x542B;&#x5B50;&#x6216;&#x7F16;&#x7801;&#x4E0E;&#x7FFB;&#x8BD1;&#x6709;&#x4E0D;&#x540C;&#x559C;&#x597D;&#x8C08;&#x8BDD;&#x5185;&#x5BB9;&#x533A;&#x57DF;&#x3002;&#x8DE8;&#x8F6C;&#x5F55;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x7ED3;&#x5408;&#x4F4D;&#x70B9;&#x7684;&#x7CBE;&#x786E;&#x6620;&#x5C04;&#x5C06;&#x8FC5;&#x901F;&#x65B0;&#x5174;&#x6570;&#x636E;&#x4E4B;&#x95F4;&#x7684;&#x4E2A;&#x4EBA;&#x548C;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x53D8;&#x5316;&#x5982;&#x4F55;&#x8D21;&#x732E;&#x590D;&#x6742;&#x9057;&#x4F20;&#x75BE;&#x75C5;&#x7684;&#x9057;&#x4F20;&#x53D8;&#x5F02;&#x7684;&#x89E3;&#x91CA;&#x7684;&#x5173;&#x952E;&#x3002;

&#x8F6C;&#x5F55;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x5168;&#x7531; PAR &#x526A;&#x8F91; RNA &#x7ED3;&#x5408;&#x86CB;&#x767D;&#x548C; microRNA &#x76EE;&#x6807;&#x7AD9;&#x70B9;&#x7684;&#x6807;&#x8BC6;&#x3002;

RNA transcripts are subject to posttranscriptional gene regulation involving hundreds of RNA-binding proteins (RBPs) and microRNA-containing ribonucleoprotein complexes (miRNPs) expressed in a cell-type dependent fashion. We developed a cell-based crosslinking approach to determine at high resolution and transcriptome-wide the binding sites of cellular RBPs and miRNPs. The crosslinked sites are revealed by thymidine to cytidine transitions in the cDNAs prepared from immunopurified RNPs of 4-thiouridine-treated cells. We determined the binding sites and regulatory consequences for several intensely studied RBPs and miRNPs, including PUM2, QKI, IGF2BP1-3, AGO/EIF2C1-4 and TNRC6A-C. Our study revealed that these factors bind thousands of sites containing defined sequence motifs and have distinct preferences for exonic versus intronic or coding versus untranslated transcript regions. The precise mapping of binding sites across the transcriptome will be critical to the interpretation of the rapidly emerging data on genetic variation between individuals and how these variations contribute to complex genetic diseases.

Transcriptome-wide identification of RNA-binding protein and microRNA target sites by PAR-CLIP.

Transcrits d&#x26;#39;ARN sont soumis &#xE0; la r&#xE9;gulation des g&#xE8;nes post-transcriptionnelle impliquant des centaines de prot&#xE9;ines liant l&#x26;#39;ARN (pratiques commerciales restrictives) et des complexes ribonucl&#xE9;oprot&#xE9;iques microARN contenant (miRNPs) exprim&#xE9;es de fa&#xE7;on d&#xE9;pendante du type cellulaire. Nous avons d&#xE9;velopp&#xE9; une approche de r&#xE9;ticulation &#xE0; base de cellules pour d&#xE9;terminer &#xE0; haute r&#xE9;solution et du transcriptome &#xE0; l&#x26;#39;&#xE9;chelle des sites de liaison des pratiques commerciales restrictives cellulaires et miRNPs. Les sites r&#xE9;ticul&#xE9;s sont r&#xE9;v&#xE9;l&#xE9;es par la thymidine &#xE0; des transitions cytidine dans les ADNc pr&#xE9;par&#xE9;s &#xE0; partir de immunopurifi&#xE9; RNP de la 4-thiouridine cellules trait&#xE9;es. Nous avons d&#xE9;termin&#xE9; les sites de liaison et les cons&#xE9;quences r&#xE9;glementaires de plusieurs pratiques commerciales restrictives intens&#xE9;ment &#xE9;tudi&#xE9;es et miRNPs, y compris PUM2, QKI, IGF2BP1-3, AGO/EIF2C1-4 et TNRC6A-C. Notre &#xE9;tude a r&#xE9;v&#xE9;l&#xE9; que ces facteurs se lient des milliers de sites contenant des motifs de s&#xE9;quence d&#xE9;finis et ont des pr&#xE9;f&#xE9;rences distinctes pour exonique contre intronique ou de codage par rapport &#xE0; des r&#xE9;gions non traduites transcription. La cartographie pr&#xE9;cise des sites de liaison &#xE0; travers le transcriptome sera cruciale pour l&#x26;#39;interpr&#xE9;tation des donn&#xE9;es se font jour rapidement sur la variation g&#xE9;n&#xE9;tique entre les individus et la fa&#xE7;on dont ces variations contribuent &#xE0; des maladies g&#xE9;n&#xE9;tiques complexes.

Transcriptome &#xE0; l&#x26;#39;&#xE9;chelle d&#x26;#39;identification de l&#x26;#39;ARN-binding protein et sites cibles microARN par PAR-CLIP

RNA-Transkripte unterliegen Posttranscriptionale Genregulation bei denen hunderte von RNA-bindende Proteine (RBPs) und MicroRNA-haltigen-Gebiets-komplexe (MiRNPs) in einer Art von Zelle abh&auml;ngigen Weise ausgedr&uuml;ckt. Wir entwickelten einen zellbasierte vernetzender Ansatz um die Bindungsstellen der zellul&auml;ren RBPs und MiRNPs bei hoher Aufl&ouml;sung und Transkriptom-weite zu bestimmen. Die vernetzte Standorte sind durch Thymidin zu Cytidin &Uuml;berg&auml;nge in die cDNAs aus Immunopurified RNPs 4-Thiouridine-behandelte Zellen vorbereitet offenbart. Wir entschlossen die Bindungsstellen und regulatorische Konsequenzen f&uuml;r mehrere intensiv studierte RBPs und MiRNPs, einschlie&szlig;lich PUM2, QKI, IGF2BP1-3, her/EIF2C1-4 und TNRC6A-C. Unsere Studie ergab, dass diese Faktoren binden Tausende von Seiten mit definierten Sequenz Motive und unterschiedliche Vorlieben haben f&uuml;r exonic versus verband intronic oder Codierung gegen&uuml;ber nicht &uuml;bersetzte Abschrift Regionen. Die genaue Zuordnung der Bindung von Websites &uuml;ber das Transkriptom ist entscheidend, um die Interpretation der sich schnell verbreitende Daten auf genetische Variation zwischen Individuen und wie diese Variationen zu komplexen genetischen Erkrankungen beitragen.

Transkriptom-weite Identifikation von RNS-bindene Protein und MicroRNA Ziel-Sites von PAR-CLIP.

Trascrizioni di RNA sono soggetti a regolazione genica posttranscriptional coinvolgendo centinaia di RNA-binding proteins (RBPs) e microRNA contenenti complessi ribonucleoproteina (miRNPs) espressi in modo dipendente dal tipo di cellula. Abbiamo sviluppato un approccio basato sulle celle reticolazione per determinare a livello transcriptome e ad alta risoluzione i siti di legame di RBPs cellulare e miRNPs. I siti di reticolati sono rivelati da timidina a transizioni citidina in cDNAs preparato da immunopurified RNPs di cellule 4-thiouridine-trattati. Abbiamo determinato i siti di legame e conseguenze normative per diversi RBPs intensamente studiato e miRNPs, tra cui PUM2, QKI, IGF2BP1-3, 4-fa/EIF2C1 e TNRC6A-C. Il nostro studio &egrave; emerso che questi fattori legano migliaia di siti che contengono motivi di sequenza definita e hanno preferenze distinte per untranslated esonico versus intronic o codifica versus regioni di trascrizione. La precisa mappatura dei siti di legame attraverso il trascrittoma sar&agrave; fondamentale per l&#39;interpretazione dei dati rapidamente emergenti sulla variazione genetica tra individui e come tali variazioni contribuiscono a malattie genetiche complesse.

Transcriptome identificazione dei siti di RNA-binding protein e microRNA bersaglio da PAR-CLIP.

RNA&#x8EE2;&#x5199;&#x7523;&#x7269;&#x306F;&#x3001;RNA&#x7D50;&#x5408;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#xFF08;RBP&#xFF09;&#x3068;&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED;RNA&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x7D30;&#x80DE;&#x578B;&#x306B;&#x4F9D;&#x5B58;&#x3059;&#x308B;&#x5F62;&#x3067;&#x8868;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x30EA;&#x30DC;&#x6838;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x8907;&#x5408;&#x4F53;&#xFF08;miRNPs&#xFF09;&#x6570;&#x767E;&#x4EBA;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x8EE2;&#x5199;&#x5F8C;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x767A;&#x73FE;&#x5236;&#x5FA1;&#x306E;&#x5BFE;&#x8C61;&#x3068;&#x306A;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x9AD8;&#x89E3;&#x50CF;&#x5EA6;&#x3084;&#x643A;&#x5E2F;RBPs&#x3068;miRNPs&#x306E;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8;&#x30FC;&#x30E0;&#x5168;&#x4F53;&#x306E;&#x7D50;&#x5408;&#x90E8;&#x4F4D;&#x3067;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x3001;&#x30BB;&#x30EB;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x200B;&#x200B;&#x67B6;&#x6A4B;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x3092;&#x958B;&#x767A;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x67B6;&#x6A4B;&#x90E8;&#x4F4D;&#x306F;&#x3001;4  - &#x30C1;&#x30AA;&#x30A6;&#x30EA;&#x30B8;&#x30F3;&#x51E6;&#x7406;&#x3057;&#x305F;&#x7D30;&#x80DE;&#x306E;RNP&#x306F;&#x3092;&#x514D;&#x75AB;&#x7CBE;&#x88FD;&#x304B;&#x3089;&#x8ABF;&#x88FD;&#x3057;&#x305F;cDNA&#x3067;&#x30B7;&#x30C1;&#x30B8;&#x30F3;&#x9077;&#x79FB;&#x306B;&#x30C1;&#x30DF;&#x30B8;&#x30F3;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;PUM2&#x3001;QKI&#x3001;IGF2BP1-3&#x3001;AGO/EIF2C1-4&#x3068;TNRC6A-C&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x71B1;&#x5FC3;&#x306B;&#x7814;&#x7A76;RBPs&#x3068;miRNPs&#x306E;&#x7D50;&#x5408;&#x90E8;&#x4F4D;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x898F;&#x5236;&#x306E;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306E;&#x7814;&#x7A76;&#x306F;&#x3001;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x8981;&#x56E0;&#x304C;&#x5B9A;&#x7FA9;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x914D;&#x5217;&#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x4F55;&#x5343;&#x3082;&#x306E;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x306B;&#x7D50;&#x5408;&#x3057;&#x3001;&#x30A8;&#x30AF;&#x30BD;&#x30F3;&#x5BFE;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C8;&#x30ED;&#x30F3;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x975E;&#x7FFB;&#x8A33;&#x8EE2;&#x5199;&#x9818;&#x57DF;&#x5BFE;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C7;&#x30A3;&#x30F3;&#x30B0;&#x7570;&#x306A;&#x308B;&#x55DC;&#x597D;&#x3092;&#x6301;&#x3063;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8;&#x30FC;&#x30E0;&#x9593;&#x306E;&#x7D50;&#x5408;&#x90E8;&#x4F4D;&#x306E;&#x6B63;&#x78BA;&#x306A;&#x30DE;&#x30C3;&#x30D4;&#x30F3;&#x30B0;&#x306F;&#x3001;&#x500B;&#x4EBA;&#x3068;&#x3069;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306B;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x5909;&#x52D5;&#x306F;&#x8907;&#x96D1;&#x306A;&#x907A;&#x4F1D;&#x6027;&#x75BE;&#x60A3;&#x3078;&#x306E;&#x8CA2;&#x732E;&#x306E;&#x9593;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x7684;&#x5909;&#x7570;&#x306B;&#x6025;&#x901F;&#x306B;&#x65B0;&#x8208;&#x306E;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x306E;&#x89E3;&#x91C8;&#x306B;&#x91CD;&#x8981;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3002;

PAR-CLIP&#x306B;&#x3088;&#x308B;RNA&#x7D50;&#x5408;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x3068;microRNA&#x306E;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x306E;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8;&#x30FC;&#x30E0;&#x5168;&#x4F53;&#x306E;&#x8B58;&#x5225;

RNA &#xC0AC;&#xBCF8;&#xC744; RNA &#xC758;&#xBB34;&#xC801;&#xC778; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; (RBPs)&#xC640; microRNA &#xD3EC;&#xD568; &#xB41C; &#xC218;&#xBC31; &#xAD00;&#xB828; &#xB41C; posttranscriptional &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC870;&#xC808; &#xB420; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; ribonucleoprotein &#xBCF5;&#xD569;&#xBB3C; (miRNPs) &#xC140; &#xD0C0;&#xC785; &#xC885;&#xC18D; &#xD328;&#xC158;&#xC5D0; &#xD45C;&#xD604; &#xB41C;. &#xC6B0;&#xB9AC; &#xC140;&#xB8F0;&#xB7EC; RBPs &#xBC0F; Mirnps&#xC758; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xB192;&#xC740; &#xD574;&#xC0C1;&#xB3C4; transcriptome &#xC218;&#xC900;&#xC5D0;&#xC11C; &#xACB0;&#xC815; &#xAC00;&#xAD50; &#xC140; &#xAE30;&#xBC18; &#xC811;&#xADFC; &#xBC29;&#xC2DD;&#xC744; &#xAC1C;&#xBC1C;. Crosslinked &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xD2F0; &#xBBF8; &#xB518; immunopurified 4 thiouridine &#xCE58;&#xB8CC; &#xC138;&#xD3EC;&#xC758; Rnps&#xC5D0;&#xC11C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC900;&#xBE44; &#xB41C; Cdnas&#xC5D0; cytidine &#xC804;&#xD658;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xACF5;&#xAC1C; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xC2EC;&#xAC01; &#xD558; &#xAC8C; &#xACF5;&#xBD80;&#xC640; miRNPs, PUM2, QKI, IGF2BP1 3, &#xC804;/EIF2C1-4&#xC640; TNRC6A C&#xB97C; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558; &#xC5EC; &#xC5EC;&#xB7EC; RBPs &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xBC0F; &#xADDC;&#xC81C; &#xACB0;&#xACFC; &#xACB0;&#xC815; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xC5F0;&#xAD6C; &#xACB0;&#xACFC; &#xBC1D;&#xD600; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xC694;&#xC18C; &#xC21C;&#xC11C; &#xB300;&#xB85C; &#xBAA8;&#xD2F0;&#xD504;&#xB97C; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558;&#xB294; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC758; &#xC218;&#xCC9C; &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xD558;&#xACE0;, intronic &#xB610;&#xB294; &#xCF54;&#xB529; &#xB300; &#xB300; exonic untranslated&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xBA85;&#xBC31;&#xD55C; &#xD2B9;&#xD61C;&#xAC00; &#xC788;&#xB2E4; &#xB300; &#xBCF8; &#xC601;&#xC5ED;. Transcriptome &#xAC78;&#xCCD0; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC815;&#xD655;&#xD55C; &#xB9E4;&#xD551; &#xAC1C;&#xC778;&#xACFC;&#xC774; &#xBCC0;&#xC774; &#xBCF5;&#xC7A1; &#xD55C; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC9C8;&#xD658;&#xC5D0; &#xAE30;&#xC5EC; &#xD558;&#xB294; &#xBC29;&#xBC95; &#xC0AC;&#xC774;&#xC758; &#xC720;&#xC804; &#xBCC0;&#xC774;&#xC5D0; &#xAE09;&#xC18D; &#xD558; &#xAC8C; &#xC2E0;&#xD765; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xC758; &#xD574;&#xC11D;&#xC5D0; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xAC83;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Transcriptome &#xC218;&#xC900; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD30C; &#xD074;&#xB9BD;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; RNA &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xACFC; microRNA &#xB300;&#xC0C1; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC758;.

Las transcripciones de ARN est&#xE1;n sujetos a la regulaci&#xF3;n de genes postranscripcional que participaron cientos de ARN-prote&#xED;nas de uni&#xF3;n a las pr&#xE1;cticas comerciales restrictivas () y que contienen complejos de microARN-ribonucleoprote&#xED;na (miRNPs) expresados &#x200B;&#x200B;en forma de c&#xE9;lulas de tipo dependiente. Hemos desarrollado un enfoque reticulaci&#xF3;n a base de c&#xE9;lulas para determinar en alta resoluci&#xF3;n y en todo el transcriptoma de los sitios de uni&#xF3;n de las pr&#xE1;cticas comerciales restrictivas y miRNPs celulares. Los sitios reticuladas son reveladas por timidina a las transiciones de citidina en los ADNc preparadas a partir de immunopurified RNPs de 4-tiouridina c&#xE9;lulas tratadas. Se determinaron los sitios de uni&#xF3;n y las consecuencias reglamentarias para varias pr&#xE1;cticas comerciales restrictivas intensamente estudiados y miRNPs, incluyendo PUM2, QKI, IGF2BP1 3, AGO/EIF2C1-4 y TNRC6A-C. Nuestro estudio revel&#xF3; que estos factores se unen miles de sitios que contengan la secuencia de motivos definidos y tienen distintas preferencias de exonic contra intr&#xF3;nica o codificaci&#xF3;n en comparaci&#xF3;n con las regiones no traducidas de transcripci&#xF3;n. La asignaci&#xF3;n exacta de los sitios de uni&#xF3;n de todo el transcriptoma ser&#xE1; fundamental para la interpretaci&#xF3;n de los datos que emergen r&#xE1;pidamente sobre la variaci&#xF3;n gen&#xE9;tica entre los individuos y c&#xF3;mo estas variaciones contribuyen a enfermedades gen&#xE9;ticas complejas.

Transcriptoma en toda la identificaci&#xF3;n de la prote&#xED;na de uni&#xF3;n al ARN y los sitios de destino microARN por PAR-CLIP

&#x4EA4;&#x8054;&#x548C;&#x6C89;&#x6DC0; &#xFF08;&#x526A;&#x8F91;&#xFF09; &#x662F;&#x8D8A;&#x6765;&#x8D8A;&#x591A;&#x5730;&#x7528;&#x4E8E;&#x6620;&#x5C04;&#x7684; RNA &#x7ED3;&#x5408;&#x86CB;&#x767D;&#x8F6C;&#x5F55;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x5168;&#x7ED3;&#x5408;&#x4F4D;&#x70B9;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x5236;&#x8BA2;&#x4E86;&#x526A;&#x8F91;&#x6570;&#x636E;&#x5206;&#x6790;&#x3001; &#x65B9;&#x6CD5;&#x53CA;&#x5E94;&#x7528;&#x5B83;&#x6765;&#x6BD4;&#x8F83;&#x526A;&#x8F91;&#x4E0E; photoactivatable &#x78F7;&#x9178;&#x589E;&#x5F3A;&#x526A;&#x8F91; &#xFF08;PAR &#x526A;&#x8F91;&#xFF09;&#xFF0C;&#x5E76;&#x6316;&#x51FA;&#x4EA4;&#x8054;&#x548C;&#x6838;&#x7CD6;&#x6838;&#x9178;&#x9176;&#x6D88;&#x5316;&#x7684;&#x5DEE;&#x5F02;&#x5982;&#x4F55;&#x5F71;&#x54CD;&#x786E;&#x8BA4;&#x7684;&#x5730;&#x70B9;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x53D1;&#x73B0;&#x7684;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x65B9;&#x6CD5;&#x7684;&#x51C6;&#x786E;&#x5EA6;&#x53EA;&#x6709;&#x5FAE;&#x5C0F;&#x5DEE;&#x5F02;&#x786E;&#x5B9A;&#x73E5;&#x6709;&#x7EA6;&#x675F;&#x529B;&#x4F4E;&#x590D;&#x6742;&#x5EA6;&#x5E8F;&#x5217;&#x548C;&#x963F;&#x8033;&#x6208;&#x82F1;&#x96C4; 2&#xFF0C;&#x5177;&#x6709;&#x590D;&#x6742;&#x7684;&#x7ED3;&#x5408;&#x7279;&#x5F02;&#x6027;&#x7684;&#x7ED3;&#x5408;&#x4F4D;&#x70B9;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x53D1;&#x73B0;&#x8DE8; link &#x8BF1;&#x5BFC;&#x7A81;&#x53D8;&#x5BFC;&#x81F4;&#x5355;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x51B3;&#x8BAE; PAR &#x526A;&#x8D34;&#x753B;&#x548C;&#x526A;&#x8F91;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x7684;&#x7814;&#x7A76;&#x7ED3;&#x679C;&#x786E;&#x8BA4;&#x539F;&#x59CB;&#x526A;&#x8F91;&#x51FA;&#x7248;&#x7269; RNA &#x7ED3;&#x5408;&#x86CB;&#x767D;&#x5E76;&#x4E0D;&#x80FD;&#x4FDD;&#x62A4;&#x5176;&#x7ED3;&#x5408;&#x4F4D;&#x70B9;&#x5728;&#x526A;&#x8F91;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x4E2D;&#xFF0C;&#x4F7F;&#x7528;&#x53D8;&#x6027;&#x6761;&#x4EF6;&#x4E0B;&#x5145;&#x5206;&#x548C;&#x6211;&#x4EEC;&#x663E;&#x793A;&#x4E0E;&#x7279;&#x5B9A;&#x5E8F;&#x5217;&#x7684;&#x6838;&#x7CD6;&#x6838;&#x9178;&#x5E7F;&#x6CDB;&#x6D88;&#x5316;&#x5F3A;&#x70C8;&#x504F;&#x89C1;&#x6062;&#x590D;&#x7684;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x7AD9;&#x70B9;&#x7684;&#x671F;&#x671B;&#x3002;&#x6E29;&#x548C;&#x7684;&#x6838;&#x9178;&#x9176;&#x6D88;&#x5316;&#x6761;&#x4EF6;&#x53EF;&#x4EE5;&#x5927;&#x5927;&#x51CF;&#x5C11;&#x8FD9;&#x79CD;&#x504F;&#x89C1;&#x3002;

&#x526A;&#x8F91;&#x65B9;&#x6CD5;&#x8BC6;&#x522B; RNA &#x7ED3;&#x5408;&#x86CB;&#x767D;&#x7684;&#x7ED3;&#x5408;&#x4F4D;&#x70B9;&#x7684;&#x5B9A;&#x91CF;&#x5206;&#x6790;&#x3002;

Cross-linking and immunoprecipitation (CLIP) is increasingly used to map transcriptome-wide binding sites of RNA-binding proteins. We developed a method for CLIP data analysis, and applied it to compare CLIP with photoactivatable ribonucleoside-enhanced CLIP (PAR-CLIP) and to uncover how differences in cross-linking and ribonuclease digestion affect the identified sites. We found only small differences in accuracies of these methods in identifying binding sites of HuR, which binds low-complexity sequences, and Argonaute 2, which has a complex binding specificity. We found that cross-link-induced mutations led to single-nucleotide resolution for both PAR-CLIP and CLIP. Our results confirm the expectation from original CLIP publications that RNA-binding proteins do not protect their binding sites sufficiently under the denaturing conditions used during the CLIP procedure, and we show that extensive digestion with sequence-specific RNases strongly biases the recovered binding sites. This bias can be substantially reduced by milder nuclease digestion conditions.

A quantitative analysis of CLIP methods for identifying binding sites of RNA-binding proteins.

La r&eacute;ticulation et immunopr&eacute;cipitation (CLIP) est de plus en plus utilis&eacute;s pour mapper des sites de fixation de l&#39;&eacute;chelle du transcriptome de prot&eacute;ines de liaison &agrave; l&#39;ARN. Nous avons mis au point une m&eacute;thode d&#39;analyse de donn&eacute;es CLIP et appliqu&eacute;e pour comparer le CLIP avec photoactivatable CLIP ribonucl&eacute;osides am&eacute;lior&eacute;e (PAR-CLIP) et de d&eacute;couvrir comment les diff&eacute;rences dans la digestion de r&eacute;ticulation et ribonucl&eacute;ase affectent les sites identifi&eacute;s. Nous avons ne trouv&eacute; que de petites diff&eacute;rences dans la pr&eacute;cision de ces m&eacute;thodes dans l&#39;identification des sites de fixation de HuR, qui se lie &agrave; des s&eacute;quences de faible complexit&eacute;, et Argonaute 2, qui a une sp&eacute;cificit&eacute; de liaison complexe. Nous avons trouv&eacute; que link-induced mutations conduit &agrave; mononucl&eacute;otidiques r&eacute;solution nominale-CLIP et CLIP. Nos r&eacute;sultats confirment l&#39;attente en mati&egrave;re de publications originales de CLIP que les prot&eacute;ines de liaison &agrave; l&#39;ARN ne prot&egrave;gent pas leurs sites de fixation suffisamment dans les conditions de d&eacute;naturation appliqu&eacute;es pendant la proc&eacute;dure CLIP et nous montrons que vaste digestion avec des s&eacute;quences sp&eacute;cifiques RNases biaise fortement les sites de liaison r&eacute;cup&eacute;r&eacute;s. Ce biais peut &ecirc;tre r&eacute;duit consid&eacute;rablement par des conditions plus cl&eacute;mentes de digestion nucl&eacute;asique.

Une analyse quantitative des m&eacute;thodes CLIP pour identifier les sites de liaison des prot&eacute;ines de liaison &agrave; l&#39;ARN.

Vernetzung und Immunopr&auml;zipitation (CLIP) wird zunehmend zum Transkriptom-weite Bindungsstellen von RNA-bindende Proteine zuordnen. Wir entwickelte eine Methode zur CLIP-Datenanalyse und wendete sie CLIP einen Vergleich mit Photoactivatable Ribonucleoside erh&ouml;hter CLIP (PAR-CLIP) und aufzudecken, wie Unterschiede in der Vernetzung und Ribonuclease Verdauung der identifizierten Websites betreffen. Wir fanden nur kleine Unterschiede in der Genauigkeit dieser Methoden bei der Ermittlung von Bindungsstellen von HuR, die Low-Complexity-Sequenzen bindet, und Argonaute 2, die eine komplexe Bindung-Spezifit&auml;t hat. Wir fanden, dass Kreuz-Nullmodem-induzierte Mutationen zu Einzel-Nukleotid-Aufl&ouml;sung f&uuml;r PAR-CLIP und CLIP gef&uuml;hrt. Unsere Ergebnisse best&auml;tigen die Erwartung von Originalarbeiten CLIP, dass RNA-bindende Proteine nicht ihren Bindungsstellen ausreichend unter Denaturierung Bedingungen w&auml;hrend der CLIP-Verfahren verwendet sch&uuml;tzen, und wir zeigen, dass umfangreiche Verdauung mit Sequenz-spezifische RNases stark die wiederhergestellten Bindungsstellen Vorurteile. Diese Tendenz kann durch mildere Nuklease Verdauung Bedingungen erheblich reduziert werden.

Eine Quantitative Analyse der CLIP Methoden zur Identifizierung von Bindungsstellen von RNA-bindende Proteine.

Cross-linking e immunoprecipitazione (CLIP) &egrave; sempre pi&ugrave; utilizzato per mappare i siti di legame transcriptome a livello di RNA-binding proteins. Abbiamo sviluppato un metodo per l&#39;analisi dei dati CLIP e lo ha applicato per confrontare CLIP con photoactivatable CLIP ribonucleoside-enhanced (PAR-CLIP) e di scoprire come le differenze nel cross-linking e ribonucleasi digestione influenzano i siti individuati. Abbiamo trovato solo piccole differenze nell&#39;accuratezza di questi metodi nell&#39;individuare i siti di legame di HuR, che lega sequenze di bassa complessit&agrave;, e 2 Argonaute, che ha una specificit&agrave; di associazione complessa. Abbiamo trovato che mutazioni cross-link-indotta ha portato alla risoluzione del singolo-nucleotide per PAR-CLIP e CLIP. I nostri risultati confermano l&#39;aspettativa da pubblicazioni originali CLIP RNA-binding proteins non proteggere i loro siti di legame sufficientemente le condizioni denaturanti utilizzati durante la procedura CLIP, che vi mostriamo che vasto digestione con RNasi sequenza-specifici pregiudizi fortemente i siti di legame recuperati. Questo pregiudizio pu&ograve; essere sostanzialmente ridotta da condizioni di digestione della nucleasi pi&ugrave; mite.

Un&#39;analisi quantitativa dei metodi CLIP per identificare i siti di legame della RNA-binding proteins.

&#x67B6;&#x6A4B;&#x3068;&#x514D;&#x75AB;&#x6C88;&#x964D; (&#x30AF;&#x30EA;&#x30C3;&#x30D7;) &#x306F;&#x307E;&#x3059;&#x307E;&#x3059;&#x4F7F;&#x7528; RNA &#x7D50;&#x5408;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x306E;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8;&#x30FC;&#x30E0;&#x7D50;&#x5408;&#x90E8;&#x4F4D;&#x3092;&#x30DE;&#x30C3;&#x30D7;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30AF;&#x30EA;&#x30C3;&#x30D7; &#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x89E3;&#x6790;&#x624B;&#x6CD5;&#x3092;&#x958B;&#x767A;&#x3057;&#x3001;&#x305D;&#x308C;&#x30AF;&#x30EA;&#x30C3;&#x30D7;&#x6D3B;&#x6027;&#x578B;&#x3068;&#x306E;&#x6BD4;&#x8F03;&#x306B;&#x9069;&#x7528;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x30EA;&#x30DC;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30B7;&#x30C9;&#x5F37;&#x5316;&#x30AF;&#x30EA;&#x30C3;&#x30D7; &#xFF08;&#x30D1;&#x30FC;-&#x30AF;&#x30EA;&#x30C3;&#x30D7;&#xFF09; &#x3068;&#x7279;&#x5B9A;&#x306E;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x306B;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x4E0E;&#x3048;&#x308B;&#x67B6;&#x6A4B;&#x3068;&#x30EA;&#x30DC;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30A2;&#x30FC;&#x30BC; a &#x306E;&#x6D88;&#x5316;&#x529B;&#x306E;&#x9055;&#x3044;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005; &#x306F;&#x4F4E;&#x8907;&#x96D1;&#x3055;&#x306E;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x3092;&#x7D50;&#x5408;&#x3059;&#x308B;&#x3001;&#x30D9;&#x30F3;&#x30CF;&#x30FC;&#x3068;&#x8907;&#x96D1;&#x306A;&#x7D50;&#x5408;&#x7279;&#x7570;&#x6027;&#x3092;&#x6301;&#x3064;&#x30A2;&#x30EB;&#x30B4;&#x30CE;&#x30FC;&#x30C8; 2 &#x306E;&#x7D50;&#x5408;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3059;&#x308B;&#x306E;&#x306B;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x30E1;&#x30BD;&#x30C3;&#x30C9;&#x306E;&#x7CBE;&#x5EA6;&#x306E;&#x552F;&#x4E00;&#x306E;&#x5C0F;&#x3055;&#x306A;&#x9055;&#x3044;&#x3092;&#x767A;&#x898B;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x6211;&#x3005; &#x76F8;&#x4E92;&#x30EA;&#x30F3;&#x30AF;&#x8A98;&#x767A;&#x7A81;&#x7136;&#x5909;&#x7570;&#x5358;&#x4E00;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30C1;&#x30C9;&#x306E;&#x89E3;&#x50CF;&#x5EA6;&#x306B;&#x30D1;&#x30FC; &#x30AF;&#x30EA;&#x30C3;&#x30D7;&#x3068;&#x30AF;&#x30EA;&#x30C3;&#x30D7;&#x306E;&#x4E21;&#x65B9;&#x306E;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x308F;&#x304B;&#x3063;&#x305F;&#x3002;&#x6211;&#x3005; &#x306E;&#x7D50;&#x679C;&#x306F; RNA &#x7D50;&#x5408;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x7D50;&#x5408;&#x90E8;&#x4F4D;&#x30AF;&#x30EA;&#x30C3;&#x30D7;&#x624B;&#x9806;&#x4E2D;&#x306B;&#x306F;&#x3001;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x5341;&#x5206;&#x306B;&#x5909;&#x5316;&#x306E;&#x6761;&#x4EF6;&#x306E;&#x4E0B;&#x3067;&#x4FDD;&#x8B77;&#x3057;&#x306A;&#x3044;&#x3057;&#x3001;&#x79C1;&#x9054;&#x306F; rna &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x56FA;&#x6709;&#x5206;&#x89E3;&#x3068;&#x306E;&#x5E83;&#x7BC4;&#x306A;&#x6D88;&#x5316;&#x529B;&#x304C;&#x5F37;&#x304F;&#x56DE;&#x5FA9;&#x3057;&#x305F;&#x7D50;&#x5408;&#x90E8;&#x4F4D;&#x3092;&#x30D0;&#x30A4;&#x30A2;&#x30B9;&#x3092;&#x793A;&#x3059;&#x5143;&#x306E;&#x30AF;&#x30EA;&#x30C3;&#x30D7;&#x306E;&#x51FA;&#x7248;&#x7269;&#x304B;&#x3089;&#x306E;&#x671F;&#x5F85;&#x3092;&#x78BA;&#x8A8D;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x30D0;&#x30A4;&#x30A2;&#x30B9;&#x306F;&#x8EFD;&#x5EA6;&#x306E;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30A2;&#x30FC;&#x30BC;&#x6D88;&#x5316;&#x6761;&#x4EF6;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x5927;&#x5E45;&#x306B;&#x524A;&#x6E1B;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

RNA &#x7D50;&#x5408;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x306E;&#x7D50;&#x5408;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x30AF;&#x30EA;&#x30C3;&#x30D7;&#x65B9;&#x6CD5;&#x306E;&#x5B9A;&#x91CF;&#x5206;&#x6790;

&#xAD50;&#xAC00; &#xBC0F; immunoprecipitation (&#xD074;&#xB9BD;)&#xB294; &#xC810;&#xC810; RNA &#xC758;&#xBB34;&#xC801;&#xC778; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC758; &#xC804;&#xCCB4; transcriptome &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC5D0; &#xB9E4;&#xD551;&#xD560; &#xD558;&#xB294; &#xB370; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xD074;&#xB9BD; &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xBD84;&#xC11D; &#xBC29;&#xBC95;&#xC744; &#xAC1C;&#xBC1C; &#xD558; &#xACE0; &#xC801;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; photoactivatable&#xC640; &#xD074;&#xB9BD; &#xBE44;&#xAD50; ribonucleoside &#xD5A5;&#xC0C1; &#xB41C; &#xD074;&#xB9BD; (&#xD30C;-&#xD074;&#xB9BD;) &#xACE0; &#xAD50;&#xAC00; &#xBC0F; ribonuclease &#xC18C;&#xD654;&#xC758; &#xCC28;&#xC774; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xB41C; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC5D0; &#xBBF8;&#xCE58;&#xB294; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744; &#xBC1D;&#xD788;&#xAE30; &#xC704;&#xD574;&#xC11C;. &#xD5C8;, &#xB0AE;&#xC740; &#xBCF5;&#xC7A1;&#xC131; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xB97C; &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xBC0F; &#xBCF5;&#xC7A1; &#xD55C; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xD2B9;&#xC774;&#xC131;&#xC740; Argonaute 2 &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xB97C; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xBC29;&#xBC95;&#xC758; &#xC815;&#xBC00;&#xB3C4;&#xC5D0; &#xC791;&#xC740; &#xCC28;&#xC774; &#xCC3E;&#xC558;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xAD50;&#xCC28; link &#xC720;&#xBC1C; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xD30C; &#xD074;&#xB9BD; &#xBC0F; &#xD074;&#xB9BD;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xB2E8;&#xC77C; &#xB274;&#xD074;&#xB808;&#xC624;&#xD2F0;&#xB4DC; &#xD574;&#xC0C1;&#xB3C4; &#xC8FC;&#xB3C4; &#xCC3E;&#xC558;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xACB0;&#xACFC; &#xC6D0;&#xB798;&#xC758; &#xD074;&#xB9BD; &#xAC8C;&#xC2DC; RNA &#xC758;&#xBB34;&#xC801;&#xC778; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xD074;&#xB9BD; &#xC808;&#xCC28; &#xB3D9;&#xC548; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xB418;&#xB294; &#xBCC0;&#xC131; &#xC870;&#xAC74;&#xC5D0;&#xC11C; &#xCDA9;&#xBD84;&#xD788; &#xC790;&#xC2E0;&#xC758; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xB97C; &#xBCF4;&#xD638; &#xD558;&#xC9C0; &#xC54A;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xADF8;&#xB9AC;&#xACE0; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xAD11;&#xBC94;&#xC704; &#xD55C; &#xC18C;&#xD654; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xD2B9;&#xC815; Rnases&#xC640; &#xD568;&#xAED8; &#xAC15;&#xB825; &#xD558; &#xAC8C; &#xBCF5;&#xAD6C; &#xB41C; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xD3B8;&#xACAC; &#xBCF4;&#xC5EC; &#xAE30;&#xB300;&#xB97C; &#xD655;&#xC778; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774; &#xBC14;&#xC774;&#xC5B4;&#xC2A4; &#xC628;&#xD654;&#xD55C; nuclease &#xC18C;&#xD654; &#xC870;&#xAC74;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC2E4;&#xC9C8;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC904;&#xC5B4;&#xB4E4; &#xC218; &#xC788;&#xB2E4;.

RNA &#xC758;&#xBB34;&#xC801;&#xC778; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC758; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xB97C; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD55C; &#xD074;&#xB9BD; &#xBC29;&#xBC95;&#xC758; &#xC815;&#xB7C9; &#xBD84;&#xC11D;.

Cross-linking e inmunoprecipitaci&oacute;n (CLIP) se utiliza cada vez m&aacute;s a mapa de sitios de uni&oacute;n de todo el transcriptoma de prote&iacute;nas de uni&oacute;n de ARN. Hemos desarrollado un m&eacute;todo para el an&aacute;lisis de datos CLIP y aplicado para comparar el CLIP con photoactivatable mejorada ribonucle&oacute;sido CLIP (CLIP PAR) y para descubrir c&oacute;mo las diferencias en la digesti&oacute;n de cross-linking y ribonucleasa afectan los sitios identificados. Encontramos s&oacute;lo peque&ntilde;as diferencias en la precisi&oacute;n de estos m&eacute;todos en la identificaci&oacute;n de sitios de uni&oacute;n de HuR, que se une a secuencias de baja complejidad, y 2 Argonaute, que tiene una especificidad de Uni&oacute;n compleja. Encontramos que las mutaciones inducidas por Cruz-link llevaron a la resoluci&oacute;n de nucle&oacute;tido para PAR-CLIP y CLIP. Nuestros resultados confirman la expectativa de las publicaciones originales de CLIP que prote&iacute;nas de uni&oacute;n de ARN no protegen a sus sitios de Uni&oacute;n suficientemente en las condiciones de desnaturalizaci&oacute;n utilizadas durante el procedimiento CLIP, y mostramos que extensa digesti&oacute;n con secuencia espec&iacute;fica RNasas predispone fuertemente los sitios de Uni&oacute;n recuperados. Este sesgo se puede reducir sustancialmente por condiciones m&aacute;s suaves de digesti&oacute;n de Nucleasa.

Un an&aacute;lisis cuantitativo de los m&eacute;todos CLIP para identificar sitios de uni&oacute;n de prote&iacute;nas de uni&oacute;n de ARN.

&#x5728;&#x80F0;&#x5C9B;&#x7D20;&#x4FE1;&#x53F7;&#x7684;&#x7F3A;&#x9677;&#x662F;&#x6700;&#x5E38;&#x89C1;&#x548C;&#x6700;&#x65E9;&#x7684;&#x7F3A;&#x9677;&#xFF0C;&#x4E2A;&#x4EBA;&#x4EE5;&#x81F3;&#x5BF9; 2 &#x578B;&#x7CD6;&#x5C3F;&#x75C5;&#x7684;&#x53D1;&#x5C55;&#x3002;Microrna &#x5DF2;&#x88AB;&#x5217;&#x4E3A;&#x4E00;&#x7C7B;&#x65B0;&#x7684;&#x89C4;&#x7BA1;&#x7684;&#x5206;&#x5B50;&#xFF0C;&#x8BB8;&#x591A;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x529F;&#x80FD;&#xFF0C;&#x5305;&#x62EC;&#x4EE3;&#x8C22;&#x7684;&#x5F71;&#x54CD;&#x3002;&#x7136;&#x800C;&#xFF0C;&#x6CA1;&#x6709;&#x8BC1;&#x660E;&#x76F4;&#x63A5;&#x76D1;&#x7BA1;&#x7684; Microrna &#x5728;&#x4F53;&#x5185;&#x7684;&#x80F0;&#x5C9B;&#x7D20;&#x654F;&#x611F;&#x6027;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#x6211;&#x4EEC;&#x5C55;&#x793A;&#x8868;&#x8FBE;&#x7684; Microrna 103 &#x548C; 107 (miR-103/107) &#x662F;&#x80A5;&#x80D6;&#x5C0F;&#x9F20;&#x7684;&#x589E;&#x9AD8;&#x3002;&#x6C89;&#x9ED8;&#x7684;&#x548C;&#x5E73;&#x53F7;&#x7A7A;&#x95F4;&#x7AD9;-103/107 &#x5BFC;&#x81F4;&#x6539;&#x5584;&#x7684;&#x8840;&#x7CD6;&#x7A33;&#x6001;&#x548C;&#x80F0;&#x5C9B;&#x7D20;&#x654F;&#x611F;&#x6027;&#x3002;&#x76F8;&#x6BD4;&#x4E4B;&#x4E0B;&#xFF0C;&#x4E0D;&#x8DB3;&#x4EE5;&#x4FC3;&#x4F7F;&#x7CD6;&#x7A33;&#x6001;&#x589E;&#x76CA;&#x7684;&#x548C;&#x5E73;&#x53F7;&#x7A7A;&#x95F4;&#x7AD9;-103/107 &#x5728;&#x809D;&#x810F;&#x6216;&#x8102;&#x80AA;&#x7684;&#x529F;&#x80FD;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x4E00;&#x4E2A;&#x76F4;&#x63A5;&#x76EE;&#x6807;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x548C;&#x5E73;&#x53F7;&#x7A7A;&#x95F4;&#x7AD9;-103/107 &#x6807;&#x8BC6;&#x7A96;-1&#x3001; &#x80F0;&#x5C9B;&#x7D20;&#x53D7;&#x4F53;&#xFF0C;&#x5173;&#x952E;&#x8C03;&#x8282;&#x5668;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x8868;&#x73B0;&#x51FA;&#x7A96; 1 &#x662F;&#x8102;&#x80AA;&#x7EC6;&#x80DE;&#x7684;&#x548C;&#x5E73;&#x53F7;&#x7A7A;&#x95F4;&#x7AD9;-103/107 &#x706D;&#x6D3B;&#x540E;&#x4E0A;&#x8C03;&#x8FD9;&#x662F;&#x4F34;&#x968F;&#x7684;&#x80F0;&#x5C9B;&#x7D20;&#x53D7;&#x4F53;&#xFF0C;&#x7A33;&#x5B9A;&#x548C;&#x589E;&#x5F3A;&#x80F0;&#x5C9B;&#x7D20;&#x4FE1;&#x53F7;&#x3001; &#x964D;&#x4F4E;&#x8102;&#x80AA;&#x7EC6;&#x80DE;&#x5927;&#x5C0F;&#x548C;&#x589E;&#x5F3A;&#x80F0;&#x5C9B;&#x7D20;&#x523A;&#x6FC0;&#x8461;&#x8404;&#x7CD6;&#x7684;&#x6444;&#x53D6;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x7814;&#x7A76;&#x7ED3;&#x679C;&#x8868;&#x660E;&#x548C;&#x5E73;&#x53F7;&#x7A7A;&#x95F4;&#x7AD9;-103/107 &#x5BF9;&#x80F0;&#x5C9B;&#x7D20;&#x654F;&#x611F;&#x6027;&#x7684;&#x6838;&#x5FC3;&#x91CD;&#x8981;&#x6027;&#xFF0C;&#x5E76;&#x786E;&#x5B9A;&#x7684;&#x80A5;&#x80D6;&#x548C; 2 &#x578B;&#x7CD6;&#x5C3F;&#x75C5;&#x6CBB;&#x7597;&#x7684;&#x65B0;&#x9776;&#x70B9;&#x3002;

Microrna 103 &#x548C; 107 &#x8C03;&#x8282;&#x80F0;&#x5C9B;&#x7D20;&#x654F;&#x611F;&#x6027;&#x3002;

Defects in insulin signalling are among the most common and earliest defects that predispose an individual to the development of type 2 diabetes. MicroRNAs have been identified as a new class of regulatory molecules that influence many biological functions, including metabolism. However, the direct regulation of insulin sensitivity by microRNAs in vivo has not been demonstrated. Here we show that the expression of microRNAs 103 and 107 (miR-103/107) is upregulated in obese mice. Silencing of miR-103/107 leads to improved glucose homeostasis and insulin sensitivity. In contrast, gain of miR-103/107 function in either liver or fat is sufficient to induce impaired glucose homeostasis. We identify caveolin-1, a critical regulator of the insulin receptor, as a direct target gene of miR-103/107. We demonstrate that caveolin-1 is upregulated upon miR-103/107 inactivation in adipocytes and that this is concomitant with stabilization of the insulin receptor, enhanced insulin signalling, decreased adipocyte size and enhanced insulin-stimulated glucose uptake. These findings demonstrate the central importance of miR-103/107 to insulin sensitivity and identify a new target for the treatment of type 2 diabetes and obesity.

MicroRNAs 103 and 107 regulate insulin sensitivity.

D&eacute;fauts de signalisation de l&#39;insuline sont parmi les plus courantes et les premiers d&eacute;fauts qui pr&eacute;disposent un individu au d&eacute;veloppement du diab&egrave;te de type 2. MicroARN ont &eacute;t&eacute; identifi&eacute;s comme une nouvelle classe de mol&eacute;cules r&eacute;gulatrices qui influencent les nombreuses fonctions biologiques, y compris le m&eacute;tabolisme. Toutefois, le r&egrave;glement direct de la sensibilit&eacute; &agrave; l&#39;insuline de microARN in vivo n&#39;a pas &eacute;t&eacute; d&eacute;montr&eacute;. Ici, nous montrons que l&#39;expression des microARN 103 et 107 (miR-103/107) est augment&eacute;e chez les souris ob&egrave;ses. Silen&ccedil;age de miR-103/107 m&egrave;ne &agrave; la sensibilit&eacute; de l&#39;hom&eacute;ostasie et l&#39;insuline glucose am&eacute;lior&eacute;e. En revanche, gain de fonction de miR-103/107 dans le foie ou la graisse est suffisante pour induire l&#39;hom&eacute;ostasie de l&#39;intol&eacute;rance au glucose. Nous identifions la cav&eacute;oline-1, un r&eacute;gulateur essentiel du r&eacute;cepteur de l&#39;insuline, comme un g&egrave;ne cible directe de miR-103/107. Nous d&eacute;montrons que cav&eacute;oline-1 est augment&eacute;e &agrave; miR-103/107 inactivation dans les adipocytes et que c&#39;est concomitante avec la stabilisation du r&eacute;cepteur de l&#39;insuline, am&eacute;lior&eacute; la signalisation de l&#39;insuline, diminue la taille des adipocytes et am&eacute;lior&eacute; l&#39;absorption du glucose stimul&eacute;e par l&#39;insuline. Ces r&eacute;sultats d&eacute;montrent l&#39;importance cruciale de miR-103/107 &agrave; la sensibilit&eacute; &agrave; l&#39;insuline et identifient une nouvelle cible pour le traitement de l&#39;ob&eacute;sit&eacute; et de diab&egrave;te de type 2.

MicroARN 103 et 107 r&eacute;glementent la sensibilit&eacute; &agrave; l&#39;insuline.

M&auml;ngel signalisieren von Insulin sind die h&auml;ufigsten und fr&uuml;hesten M&auml;ngel, die eine Person f&uuml;r die Entwicklung des Typ 2 Diabetes pr&auml;disponieren. MicroRNAs wurden als neue Klasse regulatorische Molek&uuml;le, die viele biologische Funktionen, einschlie&szlig;lich Metabolismus beeinflussen. Jedoch ist die direkte Regelung der Insulinempfindlichkeit von MicroRNAs in-vivo nicht nachgewiesen. Hier zeigen wir, dass der Ausdruck der MicroRNAs 103 und 107 (MiR-103/107) herraufreguliert bei fettleibigen M&auml;usen. Zum Schweigen der MiR-103/107 f&uuml;hrt zu verbesserten Glukose-Hom&ouml;ostase und Insulin-Empfindlichkeit. Im Gegensatz dazu reicht Gewinn von MiR-103/107-Funktion in Leber oder Fett gest&ouml;rter Glukose Hom&ouml;ostase zu induzieren. Wir identifizieren Caveolin-1, ein kritischer Regulator des Insulin-Rezeptors als direkte Ziel gen von MiR-103/107. Wir zeigen, dass Caveolin-1 ist herraufreguliert bei MiR-103/107 Inaktivierung in Adipozyten und das damit einhergehende mit Stabilisierung des Insulin-Rezeptors, erweiterte Insulin Signalisierung, verringerte Adipozyt Gr&ouml;&szlig;e sowie verst&auml;rkte Insulin stimuliert Glukoseaufnahme. Diese Befunde zeigen die zentrale Bedeutung von MiR-103/107 Insulin-Empfindlichkeit und ein neues Ziel f&uuml;r die Behandlung von Typ-2-Diabetes und &Uuml;bergewicht zu identifizieren.

MicroRNAs 103 und 107 Regeln Insulinempfindlichkeit.

Difetti nella segnalazione di insulina sono tra i difetti pi&ugrave; comuni e pi&ugrave; presto che predispongono un individuo allo sviluppo di diabete di tipo 2. MicroRNA &egrave; stati identificati come una nuova classe di molecole regolatrici che influenza molte funzioni biologiche, compreso il metabolismo. Tuttavia, non &egrave; stata dimostrata la regolazione diretta della sensibilit&agrave; all&#39;insulina di microRNA in vivo. Qui ci mostrano che l&#39;espressione di microRNA 103 e 107 (miR-103/107) &egrave; sovraregolati nei topi obesi. Silenziamento del miR-103/107 conduce a glucosio migliorata sensibilit&agrave; l&#39;omeostasi e l&#39;insulina. Al contrario, guadagno di funzione di miR-103/107 nel fegato o il grasso &egrave; sufficiente per indurre l&#39;omeostasi del glucosio. Identifichiamo la caveolina-1, un regolatore critico del recettore dell&#39;insulina, come un gene bersaglio diretto di miR-103/107. Dimostriamo che caveolina-1 &egrave; sovraregolati su miR-103/107 inattivazione negli adipociti e che questo &egrave; concomitante con la stabilizzazione del recettore dell&#39;insulina, enhanced insulina segnalazione, diminuita dimensione degli adipociti e migliorato l&#39;assorbimento del glucosio insulino-stimolata. Questi risultati dimostrano l&#39;importanza centrale della miR-103/107 di sensibilit&agrave; all&#39;insulina e identificano un nuovo bersaglio per il trattamento del diabete di tipo 2 e obesit&agrave;.

MicroRNA 103 e 107 regolano la sensibilit&agrave; all&#39;insulina.

&#x30A4;&#x30F3;&#x30B9;&#x30EA;&#x30F3; &#x30B7;&#x30B0;&#x30CA;&#x30EB;&#x4F1D;&#x9054;&#x306E;&#x6B20;&#x9665;&#x3001;&#x500B;&#x3005; &#x306E;&#x7D20;&#x56E0;&#x3068;&#x306A;&#x308B; 2 &#x578B;&#x7CD6;&#x5C3F;&#x75C5;&#x306E;&#x767A;&#x5C55;&#x306B;&#x6700;&#x3082;&#x4E00;&#x822C;&#x7684;&#x3067;&#x6700;&#x3082;&#x65E9;&#x3044;&#x6B20;&#x9665;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED; Rna &#x306F;&#x3001;&#x65B0;&#x9673;&#x4EE3;&#x8B1D;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x591A;&#x304F;&#x306E;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x7684;&#x6A5F;&#x80FD;&#x306B;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x53CA;&#x307C;&#x3059;&#x898F;&#x5236;&#x306E;&#x5206;&#x5B50;&#x306E;&#x65B0;&#x3057;&#x3044;&#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x8B58;&#x5225;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x305F;&#x3060;&#x3057;&#x3001;in vivo &#x3067;&#x306E;&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED; Rna &#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x30A4;&#x30F3;&#x30B9;&#x30EA;&#x30F3;&#x611F;&#x53D7;&#x6027;&#x306E;&#x76F4;&#x63A5;&#x7684;&#x898F;&#x5236;&#x306F;&#x5B9F;&#x8A3C;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x305B;&#x3093;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED; Rna 103 &#x3068; 107 &#xFF08;&#x30DF;&#x30FC;&#x30EB;-103/107) &#x306E;&#x767A;&#x73FE;&#x306F;&#x80A5;&#x6E80;&#x30DE;&#x30A6;&#x30B9;&#x3067;&#x4EA2;&#x9032;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30DF;&#x30FC;&#x30EB;-103/107 &#x306E;&#x30B5;&#x30A4;&#x30EC;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x6539;&#x5584;&#x30B0;&#x30EB;&#x30B3;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x6052;&#x5E38;&#x6027;&#x3068;&#x30A4;&#x30F3;&#x30B9;&#x30EA;&#x30F3;&#x306E;&#x611F;&#x5EA6;&#x306B; &#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x5BFE;&#x7167;&#x7684;&#x306B;&#x3001;&#x30DF;&#x30FC;&#x30EB;-103/107 &#x95A2;&#x6570;&#x306E;&#x3044;&#x305A;&#x308C;&#x304B;&#x306E;&#x809D;&#x81D3;&#x3084;&#x8102;&#x80AA;&#x306E;&#x5229;&#x5F97;&#x306F;&#x969C;&#x5BB3;&#x30B0;&#x30EB;&#x30B3;&#x30FC;&#x30B9;&#x6052;&#x5E38;&#x6027;&#x3092;&#x8A98;&#x767A;&#x3059;&#x308B;&#x306E;&#x306B;&#x5341;&#x5206;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005; &#x306F;&#x3001;&#x30DF;&#x30FC;&#x30EB;-103/107 &#x306E;&#x76F4;&#x63A5;&#x306E;&#x6A19;&#x7684;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x30A4;&#x30F3;&#x30B9;&#x30EA;&#x30F3;&#x53D7;&#x5BB9;&#x4F53;&#x306E;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x30EC;&#x30AE;&#x30E5;&#x30EC;&#x30FC;&#x30BF; &#x30AB;&#x30D9;&#x30AA;&#x30EA;&#x30F3; 1 &#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005; &#x306F;&#x3001;&#x30AB;&#x30D9;&#x30AA;&#x30EA;&#x30F3; 1 &#x767A;&#x73FE;&#x4EA2;&#x9032;&#x6642;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x8102;&#x80AA;&#x7D30;&#x80DE;&#x306E;&#x30DF;&#x30FC;&#x30EB;-103/107 &#x4E0D;&#x6D3B;&#x6027;&#x5316;&#x306B;&#x3042;&#x308B;&#x3068;&#x3053;&#x306E;&#x30A4;&#x30F3;&#x30B9;&#x30EA;&#x30F3;&#x53D7;&#x5BB9;&#x4F53;&#x306E;&#x5B89;&#x5B9A;&#x5316;&#x3068;&#x4F75;&#x7528;&#x306F;&#x30A4;&#x30F3;&#x30B9;&#x30EA;&#x30F3; &#x30B7;&#x30B0;&#x30CA;&#x30EB;&#x4F1D;&#x9054;&#x3092;&#x5F37;&#x5316;&#x3001;&#x8102;&#x80AA;&#x7D30;&#x80DE;&#x30B5;&#x30A4;&#x30BA;&#x306E;&#x6E1B;&#x5C11;&#x3057;&#x3001;&#x30A4;&#x30F3;&#x30B9;&#x30EA;&#x30F3;&#x523A;&#x6FC0;&#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x30B0;&#x30EB;&#x30B3;&#x30FC;&#x30B9;&#x53D6;&#x308A;&#x8FBC;&#x307F;&#x3092;&#x5F37;&#x5316;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x6240;&#x898B;&#x306F;&#x30DF;&#x30FC;&#x30EB;-103/107 &#x30A4;&#x30F3;&#x30B9;&#x30EA;&#x30F3;&#x611F;&#x53D7;&#x6027;&#x3078;&#x306E;&#x4E2D;&#x592E;&#x306E;&#x91CD;&#x8981;&#x6027;&#x3092;&#x793A;&#x3059;&#x3057;&#x3001;2 &#x578B;&#x7CD6;&#x5C3F;&#x75C5;&#x3068;&#x80A5;&#x6E80;&#x306E;&#x6CBB;&#x7642;&#x306E;&#x65B0;&#x3057;&#x3044;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED; Rna 103 &#x3068; 107 &#x306F;&#x30A4;&#x30F3;&#x30B9;&#x30EA;&#x30F3;&#x611F;&#x53D7;&#x6027;&#x3092;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#xC778;&#xC290;&#xB9B0; &#xC2E0;&#xD638; &#xC804;&#xB2EC;&#xC758; &#xC624;&#xB958; &#xAC1C;&#xC778; &#xC81C; 2 &#xD615; &#xB2F9;&#xB1E8;&#xBCD1;&#xC758; &#xAC1C;&#xBC1C; predispose &#xAC00;&#xC7A5; &#xC77C;&#xBC18;&#xC801;&#xC774; &#xACE0; &#xCD08;&#xAE30; &#xACB0;&#xD568; &#xC911;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;. MicroRNAs &#xC2E0;&#xC9C4; &#xB300;&#xC0AC;&#xB97C; &#xD3EC;&#xD568; &#xD55C; &#xB9CE;&#xC740; &#xC0DD;&#xBB3C; &#xD559;&#xC801; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC744; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744; &#xBBF8;&#xCE58;&#xB294; &#xADDC;&#xC81C; &#xBD84;&#xC790;&#xC758; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xD074;&#xB798;&#xC2A4; &#xD655;&#xC778; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098;, microRNAs in vivo&#xC5D0;&#xC11C; &#xC778;&#xC290;&#xB9B0; &#xBBFC;&#xAC10;&#xB3C4;&#xC758; &#xC9C1;&#xC811; &#xADDC;&#xC81C; &#xC99D;&#xBA85; &#xB418;&#xC9C0; &#xC54A;&#xC558;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC5EC;&#xAE30; &#xC6B0;&#xB9AC; microRNAs 103 &#xBC0F; 107 (&#xBBF8;&#xB974;-103/107) &#xC2DD; &#xBE44;&#xB9CC; &#xC950;&#xC5D0; upregulated&#xB294; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC900;&#xB2E4;. &#xD5A5;&#xC0C1; &#xB41C; &#xD3EC;&#xB3C4; &#xB2F9; &#xD56D;&#xC0C1;&#xC131; &#xBC0F; &#xC778;&#xC290;&#xB9B0; &#xAC10;&#xB3C4;&#xB97C; &#xB9AC;&#xB4DC; &#xBBF8;&#xB974;-103/107&#xC758; &#xC785;&#xC744;. &#xBC18;&#xBA74;, &#xAC04; &#xB610;&#xB294; &#xC9C0;&#xBC29;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBBF8;&#xB974;-103/107 &#xD568;&#xC218;&#xC758; &#xC774;&#xB4DD; &#xC7A5;&#xC560;&#xC778;&#xB41C; &#xD3EC;&#xB3C4; &#xB2F9; &#xD56D;&#xC0C1;&#xC131; &#xC720;&#xB3C4; &#xCDA9;&#xBD84; &#xD558;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC; &#xBBF8;&#xB974;-103/107&#xC758; &#xC9C1;&#xC811; &#xB300;&#xC0C1; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xB85C; caveolin-1, &#xC778;&#xC290;&#xB9B0; &#xC218;&#xC6A9; &#xCCB4;&#xC758; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xB808; &#xADE4; &#xB808;&#xC774; &#xD130;&#xB97C; &#xC2DD;&#xBCC4;&#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. Caveolin-1 adipocytes&#xC5D0;&#xC11C; &#xBBF8;&#xB974;-103/107 &#xBE44;&#xD65C;&#xC131;&#xD654; &#xB418; &#xBA74; upregulated &#xC774;&#xAC83;&#xC774; &#xC778;&#xC290;&#xB9B0; &#xC218;&#xC6A9; &#xCCB4;&#xC758; &#xC548;&#xC815;&#xD654;&#xC640; &#xBD80;&#xC218;&#xC801;&#xC778; &#xC778;&#xC290;&#xB9B0; &#xC2E0;&#xD638; &#xC804;&#xB2EC; &#xD5A5;&#xC0C1;, &#xCCB4;&#xD615; &#xD06C;&#xAE30; &#xAC10;&#xC18C;&#xC744; &#xD5A5;&#xC0C1; &#xB41C; &#xC778;&#xC290;&#xB9B0; &#xC790;&#xADF9; &#xD3EC;&#xB3C4; &#xB2F9; &#xD1B5;&#xD48D; &#xAD00; &#xC2DC;&#xC5F0; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xC5F0;&#xAD6C; &#xACB0;&#xACFC; &#xBBF8;&#xB974;-103/107 &#xCD08;&#xC744; &#xD558; &#xC5EC; &#xC778;&#xC290;&#xB9B0; &#xAC10;&#xB3C4;&#xC5D0; &#xC911;&#xC559; &#xC911;&#xC694;&#xC131;&#xC744; &#xC785;&#xC99D; &#xD558; &#xACE0; &#xBE44;&#xB9CC; &#xD0C0;&#xC785;-2 &#xB2F9;&#xB1E8;&#xBCD1;&#xC758; &#xCC98;&#xB9AC;&#xB97C; &#xC704;&#xD55C; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xBAA9;&#xD45C;&#xB97C; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

MicroRNAs 103&#xACFC; 107 &#xC778;&#xC290;&#xB9B0; &#xAC10;&#xB3C4; &#xC870;&#xC808;.

Defectos en la se&ntilde;alizaci&oacute;n de la insulina se encuentran entre los defectos m&aacute;s comunes y m&aacute;s tempranos que predisponen a un individuo para el desarrollo de la diabetes tipo 2. MicroRNAs han sido identificados como una nueva clase de mol&eacute;culas reguladoras que influyen en muchas funciones biol&oacute;gicas, incluyendo metabolismo. Sin embargo, no se ha demostrado la regulaci&oacute;n directa de la sensibilidad a la insulina por microRNAs in vivo. Aqu&iacute; os mostramos que la expresi&oacute;n de microRNAs 103 y 107 (miR-103/107) se alza en ratones obesos. Silenciamiento de miR-103/107 conduce a glucosa mejora sensibilidad homeostasis e insulina. En contraste, la ganancia de funci&oacute;n del miR-103/107 en h&iacute;gado o grasa es suficiente para inducir la homeostasis de la glucosa. Identificamos la caveolina-1, un regulador cr&iacute;tico de los receptores de insulina, como un gen objetivo directo del miR-103/107. Demostramos que caveolina-1 es el alza a la inactivaci&oacute;n del miR-103/107 en adipocitos y que esto es concomitante con la estabilizaci&oacute;n de los receptores de insulina, mejorar la se&ntilde;alizaci&oacute;n de la insulina, adipocito de tama&ntilde;o reducido y mejorado la absorci&oacute;n de la glucosa estimulado por insulina. Estos resultados demuestran la importancia central del miR-103/107 a sensibilidad a la insulina e identifican un nuevo objetivo para el tratamiento de la diabetes tipo 2 y la obesidad.

MicroRNAs 103 y 107 regulan la sensibilidad a la insulina.

&#x8F6C;&#x5F55;&#x56E0;&#x5B50; 1 &#xFF08;Tcf1 &#xFF1B; &#x809D;&#x7EC6;&#x80DE;&#x6838;&#x56E0;&#x5B50; 1&alpha; [HNF1&alpha;]) &#x662F;&#x809D;&#x7EC6;&#x80DE;&#x53D1;&#x80B2;&#x548C;&#x529F;&#x80FD;&#x7684;&#x5173;&#x952E;&#x3002;Tcf1 &#x8FD8;&#x89C4;&#x5B9A;&#x4E86;&#x809D; Microrna (Mirna) &#x5DF2;&#x4E0D;&#x8C03;&#x67E5;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x5206;&#x6790;&#x4E86;&#x5728;&#x6210;&#x5E74;&#x5C0F;&#x9F20; Tcf1 &#x4F9D;&#x8D56;&#x7C73;&#x5C14;&#x8868;&#x8FBE;&#x4E86;&#x6B64;&#x8F6C;&#x5F55;&#x56E0;&#x5B50;&#x57FA;&#x56E0;&#x5220;&#x9664; &#xFF08;Tcf1(-/-)&#xFF09; &#x4F7F;&#x7528;&#x7C73;&#x5C14;&#x82AF;&#x7247;&#x5206;&#x6790;&#x3002;&#x548C;&#x5E73;&#x53F7;&#x7A7A;&#x95F4;&#x7AD9; 192/194 &#x7FA4;&#x96C6;&#x662F;&#x663E;&#x8457;&#x4E0B;&#x8C03; Tcf1(-/-) &#x5C0F;&#x9F20;&#x809D;&#x810F;&#x3002;&#x548C;&#x5E73;&#x53F7;&#x7A7A;&#x95F4;&#x7AD9; 192/194 &#x7EA7;&#x522B;&#x4E5F;&#x662F;&#x867D;&#x7136;&#x7A0B;&#x5EA6;&#x6BD4;&#x809D;&#x8F7B;&#x8868;&#x793A; Tcf1&#x3001; &#x80BE;&#x548C;&#x5C0F;&#x80A0;&#xFF0C;&#x5176;&#x4ED6;&#x4E24;&#x4E2A;&#x7EC4;&#x7EC7;&#x4E2D;&#x4E0B;&#x964D;&#x3002;&#x4EE5;&#x786E;&#x5B9A;&#x76EE;&#x6807;&#x7684;&#x548C;&#x5E73;&#x53F7;&#x7A7A;&#x95F4;&#x7AD9; 192 /-194 &#x4F53;&#x5185;&#x6211;&#x4EEC;&#x4E0E;&#x8FD9;&#x4E9B; Mirna &#x7684;&#x591A;&#x4E2A;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x7AD9;&#x70B9;&#x5408;&#x5E76;&#x809D;&#x5728;&#x54EA;&#x548C;&#x5E73;&#x53F7;&#x7A7A;&#x95F4;&#x7AD9; 192 /-194 &#x88AB;&#x538B;&#x5236;&#x6216;&#x5916;&#x57DF;&#xFF0C;&#x5206;&#x522B;&#xFF0C;&#x548C;&#x6D4B;&#x8BD5;&#x7BA1;&#x63A7;&#x7684;&#x4FE1;&#x4F7F; Rna (mRNAs) &#x4E2D;&#x7684;&#x597D;&#x5F97;&#x591A;&#x57FA;&#x56E0;&#x5206;&#x6790;&#x3002;&#x8FD9;&#x79CD;&#x65B9;&#x6CD5;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x9C81;&#x68D2;&#x7684;&#x5185;&#x6E90;&#x6027;&#x76EE;&#x6807;&#x7684;&#x548C;&#x5E73;&#x53F7;&#x7A7A;&#x95F4;&#x7AD9; 194 &#x900F;&#x9732;&#x70EB;-6 &#xFF08;Fzd6&#xFF09;&#x3002;&#x548C;&#x5E73;&#x53F7;&#x7A7A;&#x95F4;&#x7AD9; 194 &#x8FD8;&#x5C06;&#x77DB;&#x5934;&#x6307;&#x5411;&#x4EBA;&#x7C7B; FZD6 &#x548C;&#x8868;&#x8FBE;&#x7684;&#x548C;&#x5E73;&#x53F7;&#x7A7A;&#x95F4;&#x7AD9; 194 &#x548C; Fzd6 &#x5728;&#x5C0F;&#x9F20;&#x6A21;&#x578B;&#x7684;&#x809D;&#x7EC6;&#x80DE;&#x764C; (Dgcr8(flox/flox) p53(flox/flox) &times; Alb Cre) &#x53CD;&#x6BD4;&#x3002;&#x7ED3;&#x8BBA;&#xFF1A; &#x6211;&#x4EEC;&#x7684;&#x7814;&#x7A76;&#x7ED3;&#x679C;&#x652F;&#x6301;&#x548C;&#x5E73;&#x53F7;&#x7A7A;&#x95F4;&#x7AD9; 194 &#x7684;&#x4F5C;&#x7528;&#x901A;&#x8FC7;&#x5176;&#x5185;&#x6E90;&#x6027;&#x76EE;&#x6807; Fzd6 &#x809D;&#x80BF;&#x7624;&#x53D1;&#x751F;&#x7684;&#x5173;&#x7CFB;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x7ED3;&#x679C;&#x53EF;&#x80FD;&#x4E3A; Tcf1 &#x4ECB;&#x5BFC;&#x7684;&#x809D;&#x764C;&#x6269;&#x6563;&#x7684;&#x91CD;&#x8981;&#x5F71;&#x54CD;&#x3002;

MicroRNA 194 &#x662F;&#x70EB; 6 &#x6210;&#x4EBA;&#x809D;&#x810F;&#x548C;&#x63A7;&#x4EF6;&#x8868;&#x8FBE;&#x5F0F;&#x4E2D;&#x7684;&#x8F6C;&#x5F55;&#x56E0;&#x5B50; 1 HNF1&alpha; Tcf1&#xFF09; &#x7684;&#x76EE;&#x6807;&#x3002;

Transcription factor 1 (Tcf1; hepatocyte nuclear factor 1Î± [HNF1Î±]) is critical for hepatocyte development and function. Whether Tcf1 also regulates hepatic microRNAs (miRNAs) has not been investigated yet. Here we analyzed Tcf1-dependent miRNA expression in adult mice in which this transcription factor had been genetically deleted (Tcf1(-/-) ) using miRNA microarray analysis. The miR-192/-194 cluster was markedly down-regulated in liver of Tcf1(-/-) mice. MiR-192/-194 levels were also decreased in two other tissues that express Tcf1, kidney and small intestine, although to a lesser extent than in liver. In order to identify targets of miR-192/-194 in vivo we combined Affymetrix gene analysis of liver in which miR-192/-194 had been silenced or overexpressed, respectively, and tested regulated messenger RNAs (mRNAs) with multiple binding sites for these miRNAs. This approach revealed frizzled-6 (Fzd6) as a robust endogenous target of miR-194. MiR-194 also targets human FZD6 and expression of miR-194 and Fzd6 are inversely correlated in a mouse model of hepatocellular carcinoma (Dgcr8(flox/flox) p53(flox/flox) Ã— Alb-Cre). CONCLUSION: Our results support a role of miR-194 in liver tumorigenesis through its endogenous target Fzd6. These results may have important implications for Tcf1-mediated liver proliferation.

MicroRNA-194 is a target of transcription factor 1 (Tcf1, HNF1Î±) in adult liver and controls expression of frizzled-6.

Facteur de transcription 1 (Tcf1 ; 1&alpha; facteur nucl&eacute;aire h&eacute;patocytaire [HNF1&alpha;]) est essentiel pour le d&eacute;veloppement de l&#39;h&eacute;patocyte et fonction. Si Tcf1 r&eacute;glemente &eacute;galement h&eacute;patique microARN (miARN) n&#39;a pas &eacute;tudi&eacute; encore. Ici nous avons analys&eacute; l&#39;expression miRNA Tcf1-d&eacute;pendant chez les souris adultes chez qui ce facteur de transcription avait &eacute;t&eacute; g&eacute;n&eacute;tiquement supprim&eacute; (Tcf1(-/-)) &agrave; l&#39;aide de miRNA microarray analysis. Le miR-192-194/cluster a &eacute;t&eacute; nettement diminu&eacute;es dans le foie des souris Tcf1(-/-). MiR-192/194 ont &eacute;galement diminu&eacute; dans les deux autres tissus qui expriment les Tcf1, les reins et l&#39;intestin gr&ecirc;le, quoique dans une moindre mesure que dans le foie. Afin d&#39;identifier les cibles de miR-192 /-194 in vivo, nous avons combin&eacute; Affymetrix analyse de g&egrave;ne du foie dans laquelle miR-192 /-194 avait &eacute;t&eacute; r&eacute;duits au silence ou surexprim&eacute;e, respectivement et test&eacute; ARN r&eacute;glement&eacute; de messagers (ARNm) avec plusieurs sites de fixation pour ces miARN. Cette approche r&eacute;v&egrave;le cr&eacute;pus-6 (Fzd6) comme une cible solide endog&egrave;ne de miR-194. MiR-194 cible aussi humaine FZD6 et expression de miR-194 et Fzd6 sont inversement corr&eacute;l&eacute;es dans un mod&egrave;le murin de carcinome h&eacute;patocellulaire (Dgcr8(flox/flox) p53(flox/flox) &times; Alb-Cre). CONCLUSION : Nos r&eacute;sultats soutiennent un r&ocirc;le de miR-194 dans la tumorigen&egrave;se du foie par le biais de sa cible endog&egrave;ne Fzd6. Ces r&eacute;sultats peuvent avoir des implications importantes pour la prolif&eacute;ration h&eacute;patique induite par le Tcf1.

Micro-ARN-194 est une cible de facteur de transcription 1 (Tcf1, HNF1&alpha;) dans l&#39;expression de foie et contr&ocirc;les adulte cr&eacute;pus-6.

Transkriptionsfaktor 1 (Tcf1; Hepatozyten nuklearer Faktor 1&alpha; [HNF1&alpha;]) ist entscheidend f&uuml;r die Entwicklung der Hepatozyten und Funktion. Ob Tcf1 reguliert auch hepatische MicroRNAs (MiRNAs) wurde nicht untersucht worden. Hier wir analysierten Tcf1-abh&auml;ngige MiRNA Ausdruck bei Erwachsenen M&auml;usen in dieser Transkriptionsfaktor genetisch schon gel&ouml;scht (Tcf1(-/-)) Verwendung der MiRNA-Microarray-Analyse. MiR-192/194 Cluster war deutlich unten-geregelt in Leber Tcf1(-/-) M&auml;use. MiR-192/194 Ebenen wurden auch in zwei anderen Geweben, die Tcf1, Niere und D&uuml;nndarm, express zur&uuml;ckgegangen, obwohl in geringerem Ma&szlig;e als in Leber. Um die Ziele von MiR-192 /-194 in-vivo identifizieren kombiniert wir Affymetrix Genanalyse der Leber in die MiR-192 /-194 wurden zum Schweigen gebracht oder Pleuramesotheliom, bzw. und getestete geregelten Messenger-RNAs (mRNAs) mit mehrere Bindungsstellen f&uuml;r diese MiRNAs. Dieser Ansatz offenbart frizzled-6 (Fzd6) als robuste endogene Ziel MiR-194. MiR-194 zielt auch auf menschliche FZD6 und Ausdruck von MiR-194 und Fzd6 umgekehrt in einem Mausmodell der hepatozellul&auml;ren Karzinom (Dgcr8(flox/flox) p53(flox/flox) &times; Alb-Cre) korreliert sind. Fazit: Unsere Ergebnisse unterst&uuml;tzen eine Rolle von MiR-194 in Leber Tumorentstehung durch endogene Ziel Fzd6. Diese Ergebnisse m&ouml;glicherweise wichtige Implikationen f&uuml;r die Vermehrung von Leber Tcf1-vermittelte.

MicroRNA-194 ist ein Ziel von Transkriptionsfaktor 1 (Tcf1, HNF1&alpha;) in Leber und Steuerelemente Ausdruck frizzled-6 erwachsen.

Fattore di trascrizione 1 (Tcf1; del hepatocyte nuclear factor 1&alpha; [HNF1&alpha;]) &egrave; un fattore critico per lo sviluppo degli epatociti e funzione. Se Tcf1 regola anche epatica microRNA (miRNAs) &egrave; non stato studiato ancora. Qui abbiamo analizzato l&#39;espressione di miRNA Tcf1-dipendente in topi adulti in cui questo fattore di trascrizione era stato geneticamente eliminato (Tcf1(-/-)) utilizzando l&#39;analisi di miRNA microarray. Cluster miR-192-194 era marcatamente gi&ugrave;-regolato nel fegato di topi Tcf1(-/-). Livelli di miR-192-194 sono diminuiti anche in due altri tessuti che esprimono Tcf1, reni e intestino tenue, anche se in misura minore rispetto a nel fegato. Al fine di identificare gli obiettivi di miR-192 /-194 in vivo abbiamo combinato Affymetrix analisi del gene del fegato in cui miR-192-194 era stata messa a tacere o overexpressed, rispettivamente e testato regolamentato Messaggero RNAs (mRNA) con molteplici siti di legame per questi miRNAs. Questo approccio ha rivelato frizzled-6 (Fzd6) come un obiettivo robusto endogeno di miR-194. MiR-194 anche gli obiettivi umani FZD6 ed espressione di miR-194 e Fzd6 sono inversamente correlate in un modello murino di carcinoma epatocellulare (Dgcr8(flox/flox) p53(flox/flox) &times; Alb-Cre). CONCLUSIONE: I nostri risultati supportano un ruolo di miR-194 nella tumorigenesi fegato attraverso la sua destinazione endogena Fzd6. Questi risultati possono avere importanti implicazioni per la proliferazione di fegato Tcf1-mediata.

MicroRNA-194 &egrave; una destinazione del fattore di trascrizione 1 (Tcf1, HNF1&alpha;) adulti espressione fegato e controlli del frizzled-6.

&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x8981;&#x56E0; 1 (Tcf1; &#x809D;&#x7D30;&#x80DE;&#x6838;&#x56E0;&#x5B50;-1 &alpha; [HNF1&alpha;]) &#x809D;&#x7D30;&#x80DE;&#x306E;&#x958B;&#x767A;&#x3068;&#x6A5F;&#x80FD;&#x306E;&#x975E;&#x5E38;&#x306B;&#x91CD;&#x8981;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x307E;&#x305F;&#x809D;&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED; Rna &#xFF08;Mirna&#xFF09; Tcf1 &#x3092;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x3059;&#x308B;&#x304B;&#x3069;&#x3046;&#x304B;&#x307E;&#x3060;&#x89E3;&#x660E;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x305B;&#x3093;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x6211;&#x3005; &#x306F; Tcf1 &#x4F9D;&#x5B58; miRNA &#x5F0F;&#x6210;&#x4F53;&#x30DE;&#x30A6;&#x30B9;&#x306E;&#x5206;&#x6790;&#x3053;&#x306E;&#x8EE2;&#x5199;&#x56E0;&#x5B50;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x7D44;&#x307F;&#x63DB;&#x3048;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x305F;&#x524A;&#x9664; (Tcf1(-/-)) miRNA &#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED; &#x30A2;&#x30EC;&#x30A4;&#x89E3;&#x6790;&#x3092;&#x7528;&#x3044;&#x305F;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30DF;&#x30FC;&#x30EB; 192/194 &#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#x30BF;&#x30FC;&#x8457;&#x3057;&#x304F;&#x30C0;&#x30A6;&#x30F3;&#x898F;&#x5236; Tcf1(-/-) &#x30DE;&#x30A6;&#x30B9;&#x306E;&#x809D;&#x81D3;&#x3067;&#x3042;&#x3063;&#x305F;&#x3002;&#x30DF;&#x30FC;&#x30EB; 192/194 &#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x3082; Tcf1&#x3001;&#x814E;&#x81D3;&#x3001;&#x5C0F;&#x8178;&#x3001;&#x30A8;&#x30AF;&#x30B9;&#x30D7;&#x30EC;&#x30B9; &#x30FB; 2 &#x3064;&#x306E;&#x4ED6;&#x306E;&#x7D44;&#x7E54;&#x3088;&#x308A;&#x5C11;&#x306A;&#x3044;&#x7A0B;&#x5EA6;&#x3088;&#x308A;&#x3082;&#x304C;&#x809D;&#x81D3;&#x3067;&#x6E1B;&#x5C11;&#x3057;&#x305F;.&#x30DF;&#x30FC;&#x30EB; 192/-194 in vivo &#x3067;&#x306E;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x6211;&#x3005; &#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E; miRNAs &#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x8907;&#x6570;&#x306E;&#x30D0;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C7;&#x30A3;&#x30F3;&#x30B0; &#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x3067;&#x3069;&#x306E;&#x30DF;&#x30FC;&#x30EB; 192/-194 &#x3044;&#x305F;&#x6C88;&#x9ED9;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x305D;&#x308C;&#x305E;&#x308C;&#x3001;&#x904E;&#x5270;&#x767A;&#x73FE;&#x3068;&#x30C6;&#x30B9;&#x30C8;&#x898F;&#x5236;&#x30E1;&#x30C3;&#x30BB;&#x30F3;&#x30B8;&#x30E3;&#x30FC; Rna &#xFF08;Mrna&#xFF09; &#x809D;&#x81D3;&#x306E;&#x30A2;&#x30D5;&#x30A3;&#x30E1;&#x30C8;&#x30EA;&#x30AF;&#x30B9;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x89E3;&#x6790;&#x3092;&#x7D44;&#x307F;&#x5408;&#x308F;&#x305B;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x3067;&#x306F;&#x30B8;&#x30EA;&#x30B8;&#x30EA; 6 (Fzd6) &#x30DF;&#x30FC;&#x30EB; 194 &#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x5805;&#x7262;&#x306A;&#x306E;&#x5185;&#x5728;&#x6027;&#x306E;&#x76EE;&#x7684;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x30DF;&#x30FC;&#x30EB; 194 &#x306F;&#x307E;&#x305F;&#x4EBA;&#x9593; FZD6 &#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x3057;&#x3001;&#x30DF;&#x30FC;&#x30EB; 194 &#x304A;&#x3088;&#x3073; Fzd6 &#x306E;&#x767A;&#x73FE;&#x306F;&#x809D;&#x7D30;&#x80DE;&#x764C; (Dgcr8(flox/flox) p53(flox/flox) &times; Alb Cre) &#x30DE;&#x30A6;&#x30B9; &#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x76F8;&#x95A2;&#x53CD;&#x6BD4;&#x4F8B;&#x3002;&#x7D50;&#x8AD6;&#xFF1A; &#x6211;&#x3005; &#x306E;&#x7D50;&#x679C;&#x306F;&#x3092;&#x901A;&#x3058;&#x3066; Fzd6 &#x306E;&#x5185;&#x56E0;&#x6027;&#x306E;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x306F;&#x305D;&#x306E;&#x809D;&#x816B;&#x760D;&#x306E;&#x30DF;&#x30FC;&#x30EB;-194 &#x306E;&#x5F79;&#x5272;&#x3092;&#x30B5;&#x30DD;&#x30FC;&#x30C8;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x7D50;&#x679C;&#x306F;&#x3001;Tcf1 &#x3092;&#x4ECB;&#x3059;&#x308B;&#x809D;&#x5897;&#x6B96;&#x306E;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x542B;&#x610F;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED; Rna 194 &#x8EE2;&#x5199;&#x56E0;&#x5B50; 1 &#x306E;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8; (Tcf1, HNF1&alpha;) &#x3067;&#x30B8;&#x30EA;&#x30B8;&#x30EA; 6 &#x306E;&#x6210;&#x4EBA;&#x306E;&#x809D;&#x81D3;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C8;&#x30ED;&#x30FC;&#x30EB;&#x306E;&#x5F0F;&#x3067;&#x3059;&#x3002;

&#xB179;&#xC74C; &#xBC29;&#xC1A1; &#xC694;&#xC778; 1 (Tcf1; hepatocyte &#xD575; &#xC694;&#xC18C; 1&alpha; [HNF1&alpha;]) hepatocyte &#xAC1C;&#xBC1C; &#xBC0F; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC911;&#xC694; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC5EC;&#xBD80; Tcf1 &#xB610;&#xD55C; &#xAC04;&#xC7A5; microRNAs (miRNAs) &#xADDC;&#xC81C;&#xB294; &#xD558;&#xC9C0; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xC544;&#xC9C1; &#xC870;&#xC0AC;. &#xC5EC;&#xAE30;&#xC5D0; &#xC131;&#xC778; &#xC950;&#xC5D0; Tcf1 &#xC885;&#xC18D; miRNA &#xC2DD; &#xBD84;&#xC11D;&#xC774; &#xC804;&#xC0AC; &#xC778;&#xC790; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC788;&#xC5C8;&#xB2E4; &#xC0AD;&#xC81C; (Tcf1(-/-)) &#xBBF8;&#xB974; microarray &#xBD84;&#xC11D;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC;. &#xBBF8;&#xB974;-192-194 &#xD074;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xD130; &#xD604;&#xC800; &#xD558; &#xAC8C; &#xB2E4;&#xC6B4; Tcf1(-/-) &#xC0DD;&#xC950;&#xC758; &#xAC04;&#xC5D0;&#xC11C; &#xADDC;&#xC81C; &#xD588;&#xB2E4;. &#xBBF8;&#xB974;-192-194 &#xB808;&#xBCA8; &#xB610;&#xD55C; &#xBE44;&#xB85D; &#xAC04;&#xC5D0; &#xC11C; &#xBCF4;&#xB2E4; &#xB354; &#xC801;&#xC740; &#xC815;&#xB3C4;&#xC5D0; Tcf1, &#xC2E0;&#xC7A5;&#xACFC; &#xC18C;&#xC7A5;, &#xB2E4;&#xB978; &#xB450; &#xC870;&#xC9C1;&#xC5D0;&#xC11C; &#xAC10;&#xC18C; &#xD588;&#xB2E4;. &#xBBF8;&#xB974;-192 /-194 vivo&#xC5D0;&#xC11C;&#xC758; &#xD45C;&#xC801; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xAC00; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; Mirnas&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC5EC;&#xB7EC; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xB294; &#xBBF8;&#xB974;-192 /-194 &#xD588;&#xB2E4; &#xCE68;&#xBB35; &#xD558; &#xB610;&#xB294; &#xAC01;&#xAC01; overexpressed &#xBC0F; &#xD14C;&#xC2A4;&#xD2B8; &#xB808; &#xADE4; &#xB808;&#xC774;&#xD2B8; &#xB41C; &#xBA54;&#xC2E0;&#xC800; RNAs (mRNAs) &#xAC04; Affymetrix &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBD84;&#xC11D; &#xACB0;&#xD569;. &#xC774; &#xC774;&#xB807;&#xAC8C; &#xBBF8;&#xB974;-194&#xC758; &#xAC15;&#xB825;&#xD55C; &#xC0DD; &#xB300;&#xC0C1;&#xC73C;&#xB85C; frizzled-6 (Fzd6)&#xB97C; &#xACF5;&#xAC1C; &#xD588;&#xB2E4;. &#xBBF8;&#xB974;-194 &#xB610;&#xD55C; &#xC778;&#xAC04;&#xC758; fzd6&#xB97C; &#xB300;&#xC0C1;&#xC73C;&#xB85C; &#xD558; &#xACE0; &#xBBF8;&#xB974;-194&#xC640; Fzd6 &#xAC04;&#xC138;&#xD3EC; &#xC554; &#xC885; (Dgcr8(flox/flox) p53(flox/flox) &times; Alb Cre)&#xC758; &#xB9C8;&#xC6B0;&#xC2A4; &#xBAA8;&#xB378;&#xC5D0; &#xBC18;&#xBE44;&#xB840; &#xC0C1;&#xAD00;. &#xACB0;&#xB860;: &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xACB0;&#xACFC; &#xC0DD; &#xB300;&#xC0C1; Fzd6 &#xD1B5;&#xD574; &#xAC04; tumorigenesis&#xC5D0; &#xBBF8;&#xB974;-194&#xC758; &#xC5ED;&#xD560;&#xC744; &#xC9C0;&#xC6D0;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xACB0;&#xACFC; &#xAC04; &#xD655;&#xC0B0; Tcf1 &#xC911;&#xC7AC;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xC554;&#xC2DC;&#xB97C; &#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

MicroRNA-194 frizzled 6&#xC758; &#xC131;&#xC778; &#xAC04; &#xBC0F; &#xCEE8;&#xD2B8;&#xB864; &#xC2DD;&#xC5D0;&#xC11C; (Tcf1, HNF1&alpha;)&#xC758; &#xC804;&#xC0AC; &#xC778;&#xC790; 1&#xC758; &#xB300;&#xC0C1;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Factor de transcripci&oacute;n 1 (Tcf1; hepatocito factor nuclear 1&alpha; [HNF1&alpha;]) es fundamental para el desarrollo de hepatocitos y funci&oacute;n. Si Tcf1 tambi&eacute;n regula hep&aacute;ticas microRNAs (miRNAs) no ha sido investigada a&uacute;n. Aqu&iacute; analizamos la expresi&oacute;n de miRNA Tcf1-dependiente en ratones adultos en que este factor de transcripci&oacute;n hab&iacute;a sido gen&eacute;ticamente eliminado (Tcf1(-/-)) utilizando an&aacute;lisis de microarrays de miRNA. El miR-192-194 cluster fue marcadamente regula en h&iacute;gado de ratones Tcf1(-/-). MiR-192-194 niveles tambi&eacute;n disminuyeron en dos otros tejidos que expresan Tcf1, el ri&ntilde;&oacute;n y el intestino, aunque en menor medida que en el h&iacute;gado. Con el fin de identificar objetivos de miR-192 /-194 in vivo se combinaron Affymetrix an&aacute;lisis del gene del h&iacute;gado en que miR-192 /-194 hab&iacute;a sido silenciado o sobreexpresa, respectivamente y probado regulado mensajero ARN (mRNAs) con m&uacute;ltiples sitios de Uni&oacute;n para estos miRNAs. Este enfoque revel&oacute; crispado-6 (Fzd6) como un robusto blanco end&oacute;geno de miR-194. MiR-194 tambi&eacute;n apunta FZD6 humana y expresi&oacute;n de miR-194 y Fzd6 est&aacute;n inversamente correlacionados en un modelo murino de carcinoma hepatocelular (Dgcr8(flox/flox) p53(flox/flox) &times; Alba-Cre). CONCLUSI&Oacute;N: Nuestros resultados apoyan un papel de miR-194 en tumorigenesis h&iacute;gado a trav&eacute;s de su Diana end&oacute;geno Fzd6. Estos resultados pueden tener implicaciones importantes para la proliferaci&oacute;n hep&aacute;tica mediada por Tcf1.

MicroARN-194 es un objetivo del factor de transcripci&oacute;n 1 (Tcf1, HNF1&alpha;) en adultos expresi&oacute;n de h&iacute;gado y controles de crispado-6.

&#x75B1;&#x75B9;&#x75C5;&#x6BD2;&#x5361;&#x6CE2;&#x6C0F;&#x8089;&#x7624; &#xFF08;KSHV) &#x8FDB;&#x884C;&#x7F16;&#x7801;&#x7684;&#x5341;&#x4E8C;&#x5FAE; &#xFF08;mi&#xFF09; RNAs&#xFF0C;&#x6E05;&#x695A;&#x5730;&#x8868;&#x73B0;&#x5728;&#x6F5C;&#x4F0F;&#x548C;&#x88C2;&#x89E3;&#x611F;&#x67D3;&#x671F;&#x95F4;&#x7684;&#x7FA4;&#x96C6;&#x3002;&#x4EE5;&#x524D;&#x7684;&#x7814;&#x7A76;&#x62A5;&#x544A; KSHV &#x662F;&#x80FD;&#x591F;&#x6291;&#x5236;&#x7EC6;&#x80DE;&#x51CB;&#x4EA1;&#x5728;&#x6F5C;&#x4F0F;&#x7684;&#x611F;&#x67D3; &#xFF1B;&#x56E0;&#x6B64;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x5728;&#x8FD9;&#x4E2A;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x4E2D;&#x6D4B;&#x8BD5;&#x75C5;&#x6BD2;&#x6027; Mirna &#x7684;&#x53C2;&#x4E0E;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x53D1;&#x73B0;&#x4E0A;&#x76AE;&#x7EC6;&#x80DE;&#x4EBA;&#x80DA;&#x80CE;&#x80BE; 293 &#x548C;&#x7A33;&#x5B9A;&#x8868;&#x8FBE; KSHV Mirna DG75 &#x7EC6;&#x80DE;&#x53D7;&#x5230;&#x51CB;&#x4EA1;&#x3002;&#x88AB;&#x5927;&#x5E45;&#x4E0B;&#x8C03;&#x540E; KSHV Mirna &#x8868;&#x8FBE;&#x7684;&#x6F5C;&#x5728;&#x8702;&#x7A9D;&#x76EE;&#x6807;&#x786E;&#x5B9A;&#x4E86;&#x82AF;&#x7247;&#x6027;&#x80FD;&#x5206;&#x6790;&#x3002;&#x5176;&#x4E2D;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x9A8C;&#x8BC1;&#x7684;&#x8367;&#x5149;&#x7D20;&#x9176;&#x8BB0;&#x8005;&#x68C0;&#x6D4B;&#x3001; &#x8367;&#x5149;&#x5B9A;&#x91CF; PCR &#x548C;&#x86CB;&#x767D;&#x5370;&#x8FF9;&#x897F;&#x65B9;&#x534A;&#x80F1;&#x6C28;&#x9178; 3 (Casp3) &#x8C03;&#x63A7;&#x7EC6;&#x80DE;&#x51CB;&#x4EA1;&#x7684;&#x4E00;&#x4E2A;&#x5173;&#x952E;&#x56E0;&#x7D20;&#x3002;&#x4F7F;&#x7528;&#x5B9A;&#x70B9;&#x7A81;&#x53D8;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x53D1;&#x73B0;&#xFF0C;&#x4E09;&#x9879; KSHV Mirna&#xFF0C;&#x548C;&#x5E73;&#x53F7;&#x7A7A;&#x95F4;&#x7AD9;-K12-1&#xFF0C;3 &#x548C; 4-3 p &#x662F;&#x8D1F;&#x8D23;&#x9488;&#x5BF9; Casp3&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B; Mirna KSHV &#x611F;&#x67D3;&#x7EC6;&#x80DE;&#x7684;&#x7279;&#x5F02;&#x6027;&#x6291;&#x5236;&#x5BFC;&#x81F4;&#x5185;&#x6E90;&#x6027; Casp3 &#x589E;&#x52A0;&#x7684;&#x8868;&#x8FBE;&#x6C34;&#x5E73;&#x548C;&#x589E;&#x5F3A;&#x7EC6;&#x80DE;&#x51CB;&#x4EA1;&#x3002;&#x603B;&#x4E4B;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x7684;&#x7814;&#x7A76;&#x7ED3;&#x679C;&#x8868;&#x660E; KSHV Mirna &#x76F4;&#x63A5;&#x53C2;&#x52A0;&#x4EE5;&#x524D;&#x62A5;&#x544A;&#x6291;&#x5236;&#x51CB;&#x4EA1;&#x7684;&#x75C5;&#x6BD2;&#xFF0C;&#x5E76;&#x56E0;&#x6B64;&#x6709;&#x53EF;&#x80FD; KSHV &#x81F4;&#x4E2D;&#x53D1;&#x6325;&#x4F5C;&#x7528;&#x3002;

&#x5361;&#x6CE2;&#x6C0F;&#x8089;&#x7624;&#x75B1;&#x75B9;&#x75C5;&#x6BD2; Microrna &#x76EE;&#x6807;&#x534A;&#x80F1;&#x6C28;&#x9178;&#x86CB;&#x767D;&#x9176; 3 &#x548C;&#x8C03;&#x8282;&#x7EC6;&#x80DE;&#x51CB;&#x4EA1;&#x3002;

Kaposi's sarcoma herpesvirus (KSHV) encodes a cluster of twelve micro (mi)RNAs, which are abundantly expressed during both latent and lytic infection. Previous studies reported that KSHV is able to inhibit apoptosis during latent infection; we thus tested the involvement of viral miRNAs in this process. We found that both HEK293 epithelial cells and DG75 cells stably expressing KSHV miRNAs were protected from apoptosis. Potential cellular targets that were significantly down-regulated upon KSHV miRNAs expression were identified by microarray profiling. Among them, we validated by luciferase reporter assays, quantitative PCR and western blotting caspase 3 (Casp3), a critical factor for the control of apoptosis. Using site-directed mutagenesis, we found that three KSHV miRNAs, miR-K12-1, 3 and 4-3p, were responsible for the targeting of Casp3. Specific inhibition of these miRNAs in KSHV-infected cells resulted in increased expression levels of endogenous Casp3 and enhanced apoptosis. Altogether, our results suggest that KSHV miRNAs directly participate in the previously reported inhibition of apoptosis by the virus, and are thus likely to play a role in KSHV-induced oncogenesis.

Kaposi's sarcoma herpesvirus microRNAs target caspase 3 and regulate apoptosis.

Herpesvirus sarcome de Kaposi (KSHV) encode une grappe de douze RNAs micro (mi), qui sont abondamment exprim&eacute;s au cours de l&#39;infection latente et de lytique. Des &eacute;tudes ant&eacute;rieures a signal&eacute; que KSHV est capable d&#39;inhiber l&#39;apoptose au cours de l&#39;infection latente ; Nous avons donc test&eacute; l&#39;implication des miARN viraux dans ce processus. Nous avons constat&eacute; que les cellules &eacute;pith&eacute;liales HEK293 et les cellules DG75 exprimant de mani&egrave;re stable KSHV miARN sont prot&eacute;g&eacute;s de l&#39;apoptose. Potentiels cibles cellulaires qui &eacute;taient significativement diminu&eacute;es une expression de KSHV miARN ont &eacute;t&eacute; identifi&eacute;s par microarray de profilage. Parmi eux, nous avons valid&eacute; par des essais de rapporteur lucif&eacute;rase, PCR quantitative et western blot caspase 3 (Casp3), un facteur crucial pour le contr&ocirc;le de l&#39;apoptose. &Agrave; l&#39;aide de mutagen&egrave;se dirig&eacute;e, nous avons constat&eacute; que trois miARN KSHV, K12-miR-1, 3 et 4-3 p, &eacute;taient responsables pour le ciblage des Casp3. Inhibition sp&eacute;cifique de ces miARN dans les cellules infect&eacute;es par KSHV a donn&eacute; lieu &agrave; des niveaux d&#39;expression accrue de Casp3 endog&egrave;nes et am&eacute;lior&eacute; l&#39;apoptose. Au total, nos r&eacute;sultats sugg&egrave;rent que KSHV miARN directement participer rapport&eacute;es ant&eacute;rieurement inhibition de l&#39;apoptose par le virus et est donc susceptibles de jouer un r&ocirc;le dans l&#39;oncogen&egrave;se KSHV-induite.

Sarcome de Kaposi herp&egrave;svirus microARN cible la caspase 3 et r&eacute;glemente l&#39;apoptose.

Kaposi-Sarkom-Herpesvirus (KSHV) kodiert f&uuml;r eine Gruppe von zw&ouml;lf Mikro (mi)-RNAs, welche reichlich w&auml;hrend sowohl die latente als auch die lytische Infektion ausgedr&uuml;ckt werden. Fr&uuml;here Studien berichteten, dass KSHV Apoptose w&auml;hrend latente Infektion hemmen kann; Wir testeten damit die Beteiligung der viralen MiRNAs in diesem Prozess. Wir fanden, dass HEK293 Zellen und DG75 Zellen stabil Ausdr&uuml;cken KSHV MiRNAs vor Apoptose gesch&uuml;tzt wurden. M&ouml;gliche zellulare Ziele, die deutlich auf KSHV MiRNAs Ausdruck unten geregelt waren wurden durch die Profilerstellung Microarray identifiziert. Unter ihnen, die wir durch Luciferase Reporter Proben, quantitative PCR und westlichen befleckenden Caspase 3 (Casp3), ein entscheidender Faktor f&uuml;r die Kontrolle der Apoptose &uuml;berpr&uuml;ft. Mit Site-verwiesene Mutagenese, wir fanden, dass drei KSHV MiRNAs, MiR-K12-1, 3 und 4: 3-p, sorgten f&uuml;r die gezielte Casp3. Spezifische Hemmung der diese MiRNAs in KSHV-infizierten Zellen f&uuml;hrte zu erh&ouml;hte Expression Ebenen der endogenen Casp3 und verst&auml;rkte Apoptose. Insgesamt sprechen unsere Ergebnisse KSHV MiRNAs direkt an die zuvor gemeldeten Hemmung der Apoptose teilnehmen, indem das Virus, und d&uuml;rften daher Onkogenese KSHV induziert eine Rolle.

Kaposi-Sarkom-Herpesvirus MicroRNAs Caspase 3 als Ziel und Apoptose zu regulieren.

Herpesvirus sarcoma di Kaposi (KSHV) codifica per un cluster di dodici RNAs micro (mi), che sono abbondantemente espresso durante l&#39;infezione latente e litici. Precedenti studi ha riferito che KSHV &egrave; in grado di inibire l&#39;apoptosi durante l&#39;infezione latente; cos&igrave; abbiamo provato il coinvolgimento di miRNAs virale in questo processo. Abbiamo trovato che sia HEK293 cellule epiteliali e cellule DG75 stabile esprimendo KSHV miRNAs erano protette dall&#39;apoptosi. Potenziali obiettivi cellulari che sono stati significativamente gi&ugrave;-regolato su espressione miRNAs KSHV erano identificati da microarray profiling. Fra loro, abbiamo convalidato da luciferase reporter assays, PCR quantitativa e caspase macchiantesi occidentali 3 (Casp3), un fattore critico per il controllo dell&#39;apoptosi. Mediante mutagenesi luogo-diretta, abbiamo trovato che tre KSHV miRNAs, miR-K12-1, 3 e 4-3 p, erano responsabili per il targeting di Casp3. Inibizione specifica di questi miRNAs in cellule infettate da KSHV portato a livelli di espressione aumentata di Casp3 endogeni ed enhanced apoptosi. Complessivamente, i nostri risultati suggeriscono che KSHV miRNAs direttamente partecipare l&#39;inibizione dell&#39;apoptosi precedentemente riportato dal virus e quindi sono suscettibili di svolgere un ruolo nell&#39;oncogenesi KSHV-indotta.

Sarcoma di Kaposi herpesvirus microRNA target caspase 3 e regola l&#39;apoptosi.

&#x30AB;&#x30DD;&#x30B8;&#x8089;&#x816B;&#x30D8;&#x30EB;&#x30DA;&#x30B9; &#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9; &#xFF08;KSHV&#xFF09; &#x4E2D;&#x306E;&#x6F5C;&#x71B1;&#x30FB;&#x6EB6;&#x83CC;&#x611F;&#x67D3;&#x306E;&#x8868;&#x73FE;&#x8C4A;&#x304B;&#x3001;&#x5341;&#x4E8C;&#x306E;&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED; (mi) Rna &#x306E;&#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#x30BF;&#x30FC;&#x3092;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C9;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x524D;&#x306E;&#x7814;&#x7A76;&#x306F; KSHV &#x6F5C;&#x4F0F;&#x611F;&#x67D3;&#x4E2D;&#x306B;&#x30A2;&#x30DD;&#x30C8;&#x30FC;&#x30B7;&#x30B9;&#x3092;&#x963B;&#x5BB3;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x3068;&#x3055;&#x308C;&#x3066;;&#x6211;&#x3005; &#x306F;&#x5F93;&#x3063;&#x3066;&#x3053;&#x306E;&#x30D7;&#x30ED;&#x30BB;&#x30B9;&#x3067;&#x306F;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9; miRNAs &#x306E;&#x95A2;&#x4E0E;&#x3092;&#x30C6;&#x30B9;&#x30C8;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x6211;&#x3005; &#x306F;&#x3001;&#x4E0A;&#x76AE;&#x7D30;&#x80DE; HEK293 &#x3068;&#x5B89;&#x5B9A; KSHV Mirna &#x3092;&#x8868;&#x73FE;&#x3059;&#x308B; DG75 &#x30BB;&#x30EB;&#x304B;&#x3089;&#x306E;&#x30A2;&#x30DD;&#x30C8;&#x30FC;&#x30B7;&#x30B9;&#x304C;&#x4FDD;&#x8B77;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x767A;&#x898B;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;KSHV miRNAs &#x5F0F;&#x306B;&#x5BFE;&#x3057;&#x3066;&#x5927;&#x5E45;&#x306B;&#x30C0;&#x30A6;&#x30F3;&#x898F;&#x5236;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x6F5C;&#x5728;&#x7684;&#x306A;&#x643A;&#x5E2F;&#x96FB;&#x8A71;&#x306E;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x306F;&#x3001;&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED; &#x30A2;&#x30EC;&#x30A4;&#x3092;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;&#x3092;&#x540C;&#x5B9A;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x305D;&#x306E;&#x4E2D;&#x3067;&#x3001;&#x6211;&#x3005; &#x30EB;&#x30B7;&#x30D5;&#x30A7;&#x30E9;&#x30FC;&#x30BC; &#x30EC;&#x30DD;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC;&#x306E;&#x8A66;&#x91D1;&#x3001;&#x5B9A;&#x91CF;&#x7684; PCR &#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x897F;&#x90E8;&#x306E;&#x3057;&#x307F;&#x304C;&#x4ED8;&#x304F;&#x30AB;&#x30B9;&#x30D1;&#x30FC;&#x30BC; 3 (Casp3)&#x3001;&#x30A2;&#x30DD;&#x30C8;&#x30FC;&#x30B7;&#x30B9;&#x306E;&#x5236;&#x5FA1;&#x306E;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x8981;&#x56E0;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x691C;&#x8A3C;&#x3002;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x6307;&#x793A;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x7A81;&#x7136;&#x5909;&#x7570;&#x8A98;&#x767A;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x6211;&#x3005; &#x306F;&#x305D;&#x306E; 3 &#x3064;&#x767A;&#x898B; KSHV miRNAs &#x30DF;&#x30FC;&#x30EB;-K12-1&#x3001;3 &#x3068; 4-3 p &#x3060;&#x3063;&#x305F; Casp3 &#x306E;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x8A2D;&#x5B9A;&#x306B;&#x8CAC;&#x4EFB;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E; miRNAs KSHV &#x611F;&#x67D3;&#x7D30;&#x80DE;&#x5185;&#x306E;&#x7279;&#x5B9A;&#x306E;&#x6291;&#x5236;&#x5185;&#x56E0;&#x6027; Casp3 &#x306E;&#x767A;&#x73FE;&#x306E;&#x5897;&#x52A0;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x3067;&#x8D77;&#x56E0;&#x3057;&#x305F;&#x3001;&#x30A2;&#x30DD;&#x30C8;&#x30FC;&#x30B7;&#x30B9;&#x3092;&#x5F37;&#x5316;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x5B8C;&#x5168;&#x306B;&#x3001;KSHV Mirna &#x304C;&#x76F4;&#x63A5;&#x30A2;&#x30DD;&#x30C8;&#x30FC;&#x30B7;&#x30B9;&#x306E;&#x4EE5;&#x524D;&#x306B;&#x5831;&#x544A;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x6291;&#x5236;&#x306B;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x53C2;&#x52A0;&#x3057;&#x3001;&#x3053;&#x3046;&#x3057;&#x3066; KSHV &#x8A98;&#x8D77;&#x767A;&#x764C;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x5F79;&#x5272;&#x3092;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x304C;&#x3042;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x793A;&#x5506;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;

&#x30AB;&#x30DD;&#x30B8;&#x8089;&#x816B;&#x30D8;&#x30EB;&#x30DA;&#x30B9; &#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x306E;&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED; Rna &#x306F;&#x3001;&#x30AB;&#x30B9;&#x30D1;&#x30FC;&#x30BC; 3 &#x306E;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x3057;&#x3001;&#x30A2;&#x30DD;&#x30C8;&#x30FC;&#x30B7;&#x30B9;&#x3092;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#xC885;&#xACFC; &#xC721; &#xC885; herpesvirus (KSHV) &#xC7A0;&#xC7AC; &#xACE0; &#xC6A9;&#xADE0;&#xC131; &#xAC10;&#xC5FC; &#xC2DC; &#xD48D;&#xBD80; &#xD558; &#xAC8C; &#xD45C;&#xD604; &#xB41C; 12 &#xAC1C;&#xC758; &#xB9C8;&#xC774;&#xD06C;&#xB85C; (mi) Rnas&#xC758; &#xD074;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xD130;&#xB97C; &#xC778;&#xCF54;&#xB529;&#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC5F0;&#xAD6C; &#xBCF4;&#xACE0; KSHV &#xC7A0;&#xC7AC; &#xAC10;&#xC5FC;; &#xC911; apoptosis&#xB97C; &#xC5B5;&#xC81C; &#xC218; &#xC788;&#xB2E4; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xB530;&#xB77C;&#xC11C;&#xC774; &#xACFC;&#xC815;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC131; Mirnas&#xC758; &#xCC38;&#xC5EC;&#xB97C; &#xD14C;&#xC2A4;&#xD2B8; &#xD588;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; HEK293 &#xC0C1;&#xD53C; &#xC138;&#xD3EC;&#xC640; &#xC548;&#xC815;&#xC801; KSHV miRNAs &#xD45C;&#xD604; DG75 &#xC138;&#xD3EC; apoptosis&#xC5D0;&#xC11C; &#xBCF4;&#xD638; &#xB418;&#xC5C8;&#xB2E4; &#xBC1C;&#xACAC;. &#xD06C;&#xAC8C; &#xB2E4;&#xC6B4; KSHV miRNAs &#xC2DD; &#xADDC;&#xC81C; &#xD588;&#xB2E4; &#xAC00;&#xB2A5;&#xD55C; &#xC140;&#xB8F0;&#xB7EC; &#xBAA9;&#xD45C; microarray &#xD504;&#xB85C; &#xD30C;&#xC77C;&#xB9C1;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xD655;&#xC778; &#xB418;&#xC5C8;&#xB2E4;. &#xADF8; &#xC911; &#xC6B0;&#xB9AC; &#xB8E8;&#xC2DC;&#xD398;&#xB77C;&#xC544;&#xC81C; &#xAE30;&#xC790; &#xBD84;&#xC11D; &#xC2E4;&#xD5D8;, &#xC815;&#xB7C9; PCR &#xBC0F; &#xC11C; &#xBD80; &#xB7FD; caspase 3 (Casp3), apoptosis&#xC758; &#xC81C;&#xC5B4;&#xB97C; &#xC704;&#xD55C; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xC694;&#xC18C;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xD655;&#xC778;. &#xC6B0;&#xB9AC; 3 &#xBC1C;&#xACAC; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xC9C0;&#xC2DC; &#xB41C; mutagenesis&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; KSHV miRNAs &#xBBF8;&#xB974;-K12-1, 3 &#xBC0F; 4-3 p casp3&#xC744; &#xB300;&#xC0C1;&#xC73C;&#xB85C; &#xD558;&#xB294; &#xC791;&#xC5C5;&#xC744; &#xB2F4;&#xB2F9; &#xD588;&#xB2E4;. KSHV&#xC5D0; &#xAC10;&#xC5FC; &#xB41C; &#xC138;&#xD3EC;&#xC5D0; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; Mirnas&#xC758; &#xD2B9;&#xC815; &#xC800;&#xD574; &#xC0DD; casp3&#xC758; &#xC99D;&#xAC00; &#xC2DD; &#xC218;&#xC900; &#xADC0;&#xCC29;&#xB418; &#xACE0; apoptosis&#xB97C; &#xD5A5;&#xC0C1;. &#xBAA8;&#xB450;, &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xACB0;&#xACFC; KSHV miRNAs &#xC9C1;&#xC811; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4;, apoptosis&#xC758; &#xC774;&#xC804;&#xC5D0; &#xBCF4;&#xACE0; &#xB41C; &#xC800;&#xD574;&#xC5D0; &#xCC38;&#xC5EC; &#xD558; &#xACE0; KSHV &#xC720;&#xBC1C; &#xBC1C;&#xC554;&#xC5D0; &#xC5ED;&#xD560;&#xC744; &#xD560; &#xD655;&#xB960;&#xC774; &#xB530;&#xB77C;&#xC11C; &#xAC83;&#xC774; &#xC88B;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xC885;&#xACFC; &#xC721; &#xC885; herpesvirus microRNAs caspase 3 &#xB300;&#xC0C1; &#xBC0F; apoptosis&#xB97C; &#xADDC;&#xC81C; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Herpesvirus de sarcoma de Kaposi (KSHV) codifica un conjunto de doce RNAs de micro (mi), que se expresan abundantemente durante la infecci&oacute;n latente tanto l&iacute;tica. Anteriores estudios informaron que KSHV es capaz de inhibir la apoptosis durante la infecci&oacute;n latente; as&iacute; probamos la participaci&oacute;n de miRNAs viral en este proceso. Encontramos que tanto las c&eacute;lulas epiteliales HEK293 y c&eacute;lulas DG75 estable expresando KSHV miRNAs estaban protegidas de apoptosis. Se identificaron potenciales dianas celulares que fueron significativamente regula sobre la expresi&oacute;n de miRNAs KSHV por microarray perfilado. Entre ellos, validamos por ensayos de reportero de luciferasa, PCR cuantitativa y western blot caspasa 3 (Casp3), un factor cr&iacute;tico para el control de la apoptosis. Mediante mutag&eacute;nesis dirigida, encontramos que tres KSHV miRNAs, miR-K12-1, 3 y 4-3 p, fueron los encargados de la selecci&oacute;n de Casp3. Inhibici&oacute;n espec&iacute;fica de estos miRNAs en c&eacute;lulas infectadas KSHV result&oacute; en niveles de aumento de la expresi&oacute;n de Casp3 end&oacute;geno y mayor apoptosis. En conjunto, nuestros resultados sugieren que KSHV miRNAs directamente participar en la inhibici&oacute;n previamente divulgada de la apoptosis por el virus y por lo tanto son capaces de desempe&ntilde;ar un papel en la oncog&eacute;nesis inducida por KSHV.

Jean Hausser

Biozentrum der Universität Basel and Swiss Institute of Bioinformatics (SIB)

PAR-CliP - A Method to Identify Transcriptome-wide the Binding Sites of RNA Binding Proteins