PAR-CliP - A Method to Identify Transcriptome-wide the Binding Sites of RNA Binding Proteins

RNA transcripts are subjected to post-transcriptional gene regulation by interacting with hundreds of RNA-binding proteins (RBPs) and microRNA-containing ...

Max-Delbrück-Center for Molecular Medicine

RNA &#x8A8A;&#x672C;&#x662F;&#x8F6C;&#x5F55;&#x540E;&#x57FA;&#x56E0;&#x76D1;&#x7BA1;&#x6D89;&#x53CA;&#x6570;&#x4EE5;&#x767E;&#x8BA1;&#x7684; RNA &#x7ED3;&#x5408;&#x86CB;&#x767D; (&#x9650;&#x5236;&#x6027;&#x5546;&#x4E1A;&#x60EF;&#x4F8B;) &#x548C;&#x542B;&#x6709; microRNA &#x7684;&#x6838;&#x7CD6;&#x6838;&#x86CB;&#x767D;&#x590D;&#x5408;&#x7269; (miRNPs) &#x8868;&#x793A;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x7C7B;&#x578B;&#x7684;&#x4F9D;&#x8D56;&#x65B9;&#x5F0F;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x5F00;&#x53D1;&#x7684;&#x57FA;&#x4E8E;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x7684;&#x4EA4;&#x8054;&#x65B9;&#x6CD5;&#x6765;&#x786E;&#x5B9A;&#x5728;&#x9AD8;&#x5206;&#x8FA8;&#x7387;&#x548C;&#x8F6C;&#x5F55;&#x7EC4;&#x5168;&#x7EC6;&#x80DE;&#x7684;&#x9650;&#x5236;&#x6027;&#x5546;&#x4E1A;&#x60EF;&#x4F8B;&#x548C; miRNPs &#x7684;&#x7ED3;&#x5408;&#x70B9;&#x3002;&#x4EA4;&#x8054;&#x7AD9;&#x70B9;&#x4E2D;&#x7F16;&#x5199;&#x4ECE; immunopurified RNPs 4 thiouridine &#x6CBB;&#x7597;&#x7EC6;&#x80DE;&#x6269;&#x589E;&#x80DE;&#x82F7;&#x8FC7;&#x6E21;&#x5230;&#x80F8;&#x82F7;&#x6240;&#x53D1;&#x73B0;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x51E0;&#x4E2A;&#x7684;&#x5BC6;&#x96C6;&#x7814;&#x7A76;&#x7684;&#x9650;&#x5236;&#x6027;&#x5546;&#x4E1A;&#x60EF;&#x4F8B;&#x548C; miRNPs&#xFF0C;&#x5305;&#x62EC; PUM2&#x3001; QKI&#x3001; IGF2BP1 3&#x3001; &#x6208;/EIF2C1-4 &#x548C; TNRC6A C.&#x786E;&#x5B9A;&#x7684;&#x7ED3;&#x5408;&#x4F4D;&#x70B9;&#x548C;&#x89C4;&#x7BA1;&#x7684;&#x540E;&#x679C;&#x6211;&#x4EEC;&#x7684;&#x7814;&#x7A76;&#x663E;&#x793A;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x56E0;&#x7D20;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x6210;&#x5343;&#x4E0A;&#x4E07;&#x7684;&#x7AD9;&#x70B9;&#x5305;&#x542B;&#x5B9A;&#x4E49;&#x7684;&#x5E8F;&#x5217;&#x56FE;&#x6848;&#x4E3A; exonic &#x4E0E;&#x5185;&#x542B;&#x5B50;&#x6216;&#x7F16;&#x7801;&#x4E0E;&#x7FFB;&#x8BD1;&#x6709;&#x4E0D;&#x540C;&#x559C;&#x597D;&#x8C08;&#x8BDD;&#x5185;&#x5BB9;&#x533A;&#x57DF;&#x3002;&#x8DE8;&#x8F6C;&#x5F55;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x7ED3;&#x5408;&#x4F4D;&#x70B9;&#x7684;&#x7CBE;&#x786E;&#x6620;&#x5C04;&#x5C06;&#x8FC5;&#x901F;&#x65B0;&#x5174;&#x6570;&#x636E;&#x4E4B;&#x95F4;&#x7684;&#x4E2A;&#x4EBA;&#x548C;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x53D8;&#x5316;&#x5982;&#x4F55;&#x8D21;&#x732E;&#x590D;&#x6742;&#x9057;&#x4F20;&#x75BE;&#x75C5;&#x7684;&#x9057;&#x4F20;&#x53D8;&#x5F02;&#x7684;&#x89E3;&#x91CA;&#x7684;&#x5173;&#x952E;&#x3002;

&#x8F6C;&#x5F55;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x5168;&#x7531; PAR &#x526A;&#x8F91; RNA &#x7ED3;&#x5408;&#x86CB;&#x767D;&#x548C; microRNA &#x76EE;&#x6807;&#x7AD9;&#x70B9;&#x7684;&#x6807;&#x8BC6;&#x3002;

RNA transcripts are subject to posttranscriptional gene regulation involving hundreds of RNA-binding proteins (RBPs) and microRNA-containing ribonucleoprotein complexes (miRNPs) expressed in a cell-type dependent fashion. We developed a cell-based crosslinking approach to determine at high resolution and transcriptome-wide the binding sites of cellular RBPs and miRNPs. The crosslinked sites are revealed by thymidine to cytidine transitions in the cDNAs prepared from immunopurified RNPs of 4-thiouridine-treated cells. We determined the binding sites and regulatory consequences for several intensely studied RBPs and miRNPs, including PUM2, QKI, IGF2BP1-3, AGO/EIF2C1-4 and TNRC6A-C. Our study revealed that these factors bind thousands of sites containing defined sequence motifs and have distinct preferences for exonic versus intronic or coding versus untranslated transcript regions. The precise mapping of binding sites across the transcriptome will be critical to the interpretation of the rapidly emerging data on genetic variation between individuals and how these variations contribute to complex genetic diseases.

Transcriptome-wide identification of RNA-binding protein and microRNA target sites by PAR-CLIP.

Transcrits d&#x26;#39;ARN sont soumis &#xE0; la r&#xE9;gulation des g&#xE8;nes post-transcriptionnelle impliquant des centaines de prot&#xE9;ines liant l&#x26;#39;ARN (pratiques commerciales restrictives) et des complexes ribonucl&#xE9;oprot&#xE9;iques microARN contenant (miRNPs) exprim&#xE9;es de fa&#xE7;on d&#xE9;pendante du type cellulaire. Nous avons d&#xE9;velopp&#xE9; une approche de r&#xE9;ticulation &#xE0; base de cellules pour d&#xE9;terminer &#xE0; haute r&#xE9;solution et du transcriptome &#xE0; l&#x26;#39;&#xE9;chelle des sites de liaison des pratiques commerciales restrictives cellulaires et miRNPs. Les sites r&#xE9;ticul&#xE9;s sont r&#xE9;v&#xE9;l&#xE9;es par la thymidine &#xE0; des transitions cytidine dans les ADNc pr&#xE9;par&#xE9;s &#xE0; partir de immunopurifi&#xE9; RNP de la 4-thiouridine cellules trait&#xE9;es. Nous avons d&#xE9;termin&#xE9; les sites de liaison et les cons&#xE9;quences r&#xE9;glementaires de plusieurs pratiques commerciales restrictives intens&#xE9;ment &#xE9;tudi&#xE9;es et miRNPs, y compris PUM2, QKI, IGF2BP1-3, AGO/EIF2C1-4 et TNRC6A-C. Notre &#xE9;tude a r&#xE9;v&#xE9;l&#xE9; que ces facteurs se lient des milliers de sites contenant des motifs de s&#xE9;quence d&#xE9;finis et ont des pr&#xE9;f&#xE9;rences distinctes pour exonique contre intronique ou de codage par rapport &#xE0; des r&#xE9;gions non traduites transcription. La cartographie pr&#xE9;cise des sites de liaison &#xE0; travers le transcriptome sera cruciale pour l&#x26;#39;interpr&#xE9;tation des donn&#xE9;es se font jour rapidement sur la variation g&#xE9;n&#xE9;tique entre les individus et la fa&#xE7;on dont ces variations contribuent &#xE0; des maladies g&#xE9;n&#xE9;tiques complexes.

Transcriptome &#xE0; l&#x26;#39;&#xE9;chelle d&#x26;#39;identification de l&#x26;#39;ARN-binding protein et sites cibles microARN par PAR-CLIP

RNA-Transkripte unterliegen Posttranscriptionale Genregulation bei denen hunderte von RNA-bindende Proteine (RBPs) und MicroRNA-haltigen-Gebiets-komplexe (MiRNPs) in einer Art von Zelle abh&auml;ngigen Weise ausgedr&uuml;ckt. Wir entwickelten einen zellbasierte vernetzender Ansatz um die Bindungsstellen der zellul&auml;ren RBPs und MiRNPs bei hoher Aufl&ouml;sung und Transkriptom-weite zu bestimmen. Die vernetzte Standorte sind durch Thymidin zu Cytidin &Uuml;berg&auml;nge in die cDNAs aus Immunopurified RNPs 4-Thiouridine-behandelte Zellen vorbereitet offenbart. Wir entschlossen die Bindungsstellen und regulatorische Konsequenzen f&uuml;r mehrere intensiv studierte RBPs und MiRNPs, einschlie&szlig;lich PUM2, QKI, IGF2BP1-3, her/EIF2C1-4 und TNRC6A-C. Unsere Studie ergab, dass diese Faktoren binden Tausende von Seiten mit definierten Sequenz Motive und unterschiedliche Vorlieben haben f&uuml;r exonic versus verband intronic oder Codierung gegen&uuml;ber nicht &uuml;bersetzte Abschrift Regionen. Die genaue Zuordnung der Bindung von Websites &uuml;ber das Transkriptom ist entscheidend, um die Interpretation der sich schnell verbreitende Daten auf genetische Variation zwischen Individuen und wie diese Variationen zu komplexen genetischen Erkrankungen beitragen.

Transkriptom-weite Identifikation von RNS-bindene Protein und MicroRNA Ziel-Sites von PAR-CLIP.

Trascrizioni di RNA sono soggetti a regolazione genica posttranscriptional coinvolgendo centinaia di RNA-binding proteins (RBPs) e microRNA contenenti complessi ribonucleoproteina (miRNPs) espressi in modo dipendente dal tipo di cellula. Abbiamo sviluppato un approccio basato sulle celle reticolazione per determinare a livello transcriptome e ad alta risoluzione i siti di legame di RBPs cellulare e miRNPs. I siti di reticolati sono rivelati da timidina a transizioni citidina in cDNAs preparato da immunopurified RNPs di cellule 4-thiouridine-trattati. Abbiamo determinato i siti di legame e conseguenze normative per diversi RBPs intensamente studiato e miRNPs, tra cui PUM2, QKI, IGF2BP1-3, 4-fa/EIF2C1 e TNRC6A-C. Il nostro studio &egrave; emerso che questi fattori legano migliaia di siti che contengono motivi di sequenza definita e hanno preferenze distinte per untranslated esonico versus intronic o codifica versus regioni di trascrizione. La precisa mappatura dei siti di legame attraverso il trascrittoma sar&agrave; fondamentale per l&#39;interpretazione dei dati rapidamente emergenti sulla variazione genetica tra individui e come tali variazioni contribuiscono a malattie genetiche complesse.

Transcriptome identificazione dei siti di RNA-binding protein e microRNA bersaglio da PAR-CLIP.

RNA&#x8EE2;&#x5199;&#x7523;&#x7269;&#x306F;&#x3001;RNA&#x7D50;&#x5408;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#xFF08;RBP&#xFF09;&#x3068;&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED;RNA&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x7D30;&#x80DE;&#x578B;&#x306B;&#x4F9D;&#x5B58;&#x3059;&#x308B;&#x5F62;&#x3067;&#x8868;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x30EA;&#x30DC;&#x6838;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x8907;&#x5408;&#x4F53;&#xFF08;miRNPs&#xFF09;&#x6570;&#x767E;&#x4EBA;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x8EE2;&#x5199;&#x5F8C;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x767A;&#x73FE;&#x5236;&#x5FA1;&#x306E;&#x5BFE;&#x8C61;&#x3068;&#x306A;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x9AD8;&#x89E3;&#x50CF;&#x5EA6;&#x3084;&#x643A;&#x5E2F;RBPs&#x3068;miRNPs&#x306E;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8;&#x30FC;&#x30E0;&#x5168;&#x4F53;&#x306E;&#x7D50;&#x5408;&#x90E8;&#x4F4D;&#x3067;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x3001;&#x30BB;&#x30EB;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x200B;&#x200B;&#x67B6;&#x6A4B;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x3092;&#x958B;&#x767A;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x67B6;&#x6A4B;&#x90E8;&#x4F4D;&#x306F;&#x3001;4  - &#x30C1;&#x30AA;&#x30A6;&#x30EA;&#x30B8;&#x30F3;&#x51E6;&#x7406;&#x3057;&#x305F;&#x7D30;&#x80DE;&#x306E;RNP&#x306F;&#x3092;&#x514D;&#x75AB;&#x7CBE;&#x88FD;&#x304B;&#x3089;&#x8ABF;&#x88FD;&#x3057;&#x305F;cDNA&#x3067;&#x30B7;&#x30C1;&#x30B8;&#x30F3;&#x9077;&#x79FB;&#x306B;&#x30C1;&#x30DF;&#x30B8;&#x30F3;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;PUM2&#x3001;QKI&#x3001;IGF2BP1-3&#x3001;AGO/EIF2C1-4&#x3068;TNRC6A-C&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x71B1;&#x5FC3;&#x306B;&#x7814;&#x7A76;RBPs&#x3068;miRNPs&#x306E;&#x7D50;&#x5408;&#x90E8;&#x4F4D;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x898F;&#x5236;&#x306E;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306E;&#x7814;&#x7A76;&#x306F;&#x3001;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x8981;&#x56E0;&#x304C;&#x5B9A;&#x7FA9;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x914D;&#x5217;&#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x4F55;&#x5343;&#x3082;&#x306E;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x306B;&#x7D50;&#x5408;&#x3057;&#x3001;&#x30A8;&#x30AF;&#x30BD;&#x30F3;&#x5BFE;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C8;&#x30ED;&#x30F3;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x975E;&#x7FFB;&#x8A33;&#x8EE2;&#x5199;&#x9818;&#x57DF;&#x5BFE;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C7;&#x30A3;&#x30F3;&#x30B0;&#x7570;&#x306A;&#x308B;&#x55DC;&#x597D;&#x3092;&#x6301;&#x3063;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8;&#x30FC;&#x30E0;&#x9593;&#x306E;&#x7D50;&#x5408;&#x90E8;&#x4F4D;&#x306E;&#x6B63;&#x78BA;&#x306A;&#x30DE;&#x30C3;&#x30D4;&#x30F3;&#x30B0;&#x306F;&#x3001;&#x500B;&#x4EBA;&#x3068;&#x3069;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306B;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x5909;&#x52D5;&#x306F;&#x8907;&#x96D1;&#x306A;&#x907A;&#x4F1D;&#x6027;&#x75BE;&#x60A3;&#x3078;&#x306E;&#x8CA2;&#x732E;&#x306E;&#x9593;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x7684;&#x5909;&#x7570;&#x306B;&#x6025;&#x901F;&#x306B;&#x65B0;&#x8208;&#x306E;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x306E;&#x89E3;&#x91C8;&#x306B;&#x91CD;&#x8981;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3002;

PAR-CLIP&#x306B;&#x3088;&#x308B;RNA&#x7D50;&#x5408;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x3068;microRNA&#x306E;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x306E;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8;&#x30FC;&#x30E0;&#x5168;&#x4F53;&#x306E;&#x8B58;&#x5225;

RNA &#xC0AC;&#xBCF8;&#xC744; RNA &#xC758;&#xBB34;&#xC801;&#xC778; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; (RBPs)&#xC640; microRNA &#xD3EC;&#xD568; &#xB41C; &#xC218;&#xBC31; &#xAD00;&#xB828; &#xB41C; posttranscriptional &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC870;&#xC808; &#xB420; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; ribonucleoprotein &#xBCF5;&#xD569;&#xBB3C; (miRNPs) &#xC140; &#xD0C0;&#xC785; &#xC885;&#xC18D; &#xD328;&#xC158;&#xC5D0; &#xD45C;&#xD604; &#xB41C;. &#xC6B0;&#xB9AC; &#xC140;&#xB8F0;&#xB7EC; RBPs &#xBC0F; Mirnps&#xC758; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xB192;&#xC740; &#xD574;&#xC0C1;&#xB3C4; transcriptome &#xC218;&#xC900;&#xC5D0;&#xC11C; &#xACB0;&#xC815; &#xAC00;&#xAD50; &#xC140; &#xAE30;&#xBC18; &#xC811;&#xADFC; &#xBC29;&#xC2DD;&#xC744; &#xAC1C;&#xBC1C;. Crosslinked &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xD2F0; &#xBBF8; &#xB518; immunopurified 4 thiouridine &#xCE58;&#xB8CC; &#xC138;&#xD3EC;&#xC758; Rnps&#xC5D0;&#xC11C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC900;&#xBE44; &#xB41C; Cdnas&#xC5D0; cytidine &#xC804;&#xD658;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xACF5;&#xAC1C; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xC2EC;&#xAC01; &#xD558; &#xAC8C; &#xACF5;&#xBD80;&#xC640; miRNPs, PUM2, QKI, IGF2BP1 3, &#xC804;/EIF2C1-4&#xC640; TNRC6A C&#xB97C; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558; &#xC5EC; &#xC5EC;&#xB7EC; RBPs &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xBC0F; &#xADDC;&#xC81C; &#xACB0;&#xACFC; &#xACB0;&#xC815; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xC5F0;&#xAD6C; &#xACB0;&#xACFC; &#xBC1D;&#xD600; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xC694;&#xC18C; &#xC21C;&#xC11C; &#xB300;&#xB85C; &#xBAA8;&#xD2F0;&#xD504;&#xB97C; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558;&#xB294; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC758; &#xC218;&#xCC9C; &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xD558;&#xACE0;, intronic &#xB610;&#xB294; &#xCF54;&#xB529; &#xB300; &#xB300; exonic untranslated&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xBA85;&#xBC31;&#xD55C; &#xD2B9;&#xD61C;&#xAC00; &#xC788;&#xB2E4; &#xB300; &#xBCF8; &#xC601;&#xC5ED;. Transcriptome &#xAC78;&#xCCD0; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC815;&#xD655;&#xD55C; &#xB9E4;&#xD551; &#xAC1C;&#xC778;&#xACFC;&#xC774; &#xBCC0;&#xC774; &#xBCF5;&#xC7A1; &#xD55C; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC9C8;&#xD658;&#xC5D0; &#xAE30;&#xC5EC; &#xD558;&#xB294; &#xBC29;&#xBC95; &#xC0AC;&#xC774;&#xC758; &#xC720;&#xC804; &#xBCC0;&#xC774;&#xC5D0; &#xAE09;&#xC18D; &#xD558; &#xAC8C; &#xC2E0;&#xD765; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xC758; &#xD574;&#xC11D;&#xC5D0; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xAC83;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Transcriptome &#xC218;&#xC900; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD30C; &#xD074;&#xB9BD;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; RNA &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xACFC; microRNA &#xB300;&#xC0C1; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC758;.

Las transcripciones de ARN est&#xE1;n sujetos a la regulaci&#xF3;n de genes postranscripcional que participaron cientos de ARN-prote&#xED;nas de uni&#xF3;n a las pr&#xE1;cticas comerciales restrictivas () y que contienen complejos de microARN-ribonucleoprote&#xED;na (miRNPs) expresados &#x200B;&#x200B;en forma de c&#xE9;lulas de tipo dependiente. Hemos desarrollado un enfoque reticulaci&#xF3;n a base de c&#xE9;lulas para determinar en alta resoluci&#xF3;n y en todo el transcriptoma de los sitios de uni&#xF3;n de las pr&#xE1;cticas comerciales restrictivas y miRNPs celulares. Los sitios reticuladas son reveladas por timidina a las transiciones de citidina en los ADNc preparadas a partir de immunopurified RNPs de 4-tiouridina c&#xE9;lulas tratadas. Se determinaron los sitios de uni&#xF3;n y las consecuencias reglamentarias para varias pr&#xE1;cticas comerciales restrictivas intensamente estudiados y miRNPs, incluyendo PUM2, QKI, IGF2BP1 3, AGO/EIF2C1-4 y TNRC6A-C. Nuestro estudio revel&#xF3; que estos factores se unen miles de sitios que contengan la secuencia de motivos definidos y tienen distintas preferencias de exonic contra intr&#xF3;nica o codificaci&#xF3;n en comparaci&#xF3;n con las regiones no traducidas de transcripci&#xF3;n. La asignaci&#xF3;n exacta de los sitios de uni&#xF3;n de todo el transcriptoma ser&#xE1; fundamental para la interpretaci&#xF3;n de los datos que emergen r&#xE1;pidamente sobre la variaci&#xF3;n gen&#xE9;tica entre los individuos y c&#xF3;mo estas variaciones contribuyen a enfermedades gen&#xE9;ticas complejas.

Transcriptoma en toda la identificaci&#xF3;n de la prote&#xED;na de uni&#xF3;n al ARN y los sitios de destino microARN por PAR-CLIP

&#x542B;&#x6709;&#x53CC;&#x7CBE;&#x6C28;&#x9178;&#x7684;&#x4FE1;&#x53F7;&#x5E8F;&#x5217;&#x8C03;&#x89E3;&#x6298;&#x53E0;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7684;&#x8DE8;&#x819C;&#x8FD0;&#x8F93;&#x3002;&#x81F4;&#x75C5;&#x6027;&#x5927;&#x80A0;&#x6746;&#x83CC;&#x7684;&#x540C;&#x6E90;&#x53CC;&#x7CBE;&#x6C28;&#x9178;&#x6613;&#x4F4D; (&#x8FBE;) &#x673A;&#x68B0;&#x5305;&#x62EC;&#x5854;&#x5854;&#x3001; TatB &#x548C; TatC &#x7684;&#x819C;&#x86CB;&#x767D;&#x3002;&#x800C;&#x8FBE;&#x4FE1;&#x53F7;&#x80BD; TatB &#x548C; TatC &#x6240;&#x627F;&#x8BA4;&#x7684;&#x4E86;&#x89E3;&#x751A;&#x5C11;&#x7684;&#x6210;&#x719F;&#x3001; &#x6298;&#x53E0;&#x90E8;&#x5206;&#x8FBE;&#x524D;&#x4F53;&#x86CB;&#x767D;&#x5206;&#x5B50;&#x63A5;&#x89E6;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x6709;&#x7167;&#x7247;&#x4EA4;&#x53C9;&#x94FE;&#x63A5;&#x653E;&#x5165;&#x8FBE;&#x886C;&#x5E95;&#x9884;&#x8BA1;&#x8868;&#x9762;&#x66B4;&#x9732;&#x6216;&#x9690;&#x85CF;&#x5728;&#x6838;&#x5FC3;&#x7684;&#x6298;&#x53E0;&#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x4E2D;&#x7684;&#x7AD9;&#x70B9;&#x3002;&#x9488;&#x5BF9;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x53D8;&#x4F53;&#x7684;&#x819C;&#x56CA;&#x6CE1;&#x8FBE;&#x673A;&#x5668;&#xFF0C;&#x8868;&#x9762;&#x66B4;&#x9732;&#x7684;&#x6240;&#x6709;&#x7F51;&#x7AD9;&#x88AB;&#x90FD;&#x53D1;&#x73B0;&#x5728; TatB &#x9760;&#x8FD1;&#x3002;&#x76F8;&#x5E94;&#x5730;&#xFF0C;&#x7EB3;&#x5165;&#x5230; TatB &#x4EA4;&#x8054;&#x663E;&#x793A;&#x591A;&#x4E2A;&#x524D;&#x4F53;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x7AD9;&#x70B9;&#x4E2D;&#x9884;&#x6D4B;&#x8DE8;&#x819C;&#x548C; TatB &#x7684;&#x4E24;&#x4EB2;&#x6027;&#x87BA;&#x65CB;&#x3002;&#x5927;&#x52A0;&#x5408;&#x7269;&#x7684; TatB &#x8054;&#x7CFB;&#x4E00;&#x4E2A;&#x524D;&#x4F53;&#x5206;&#x5B50;&#x7684;&#x4F4E;&#x805A;&#x7269;&#xFF0C;&#x8FD8;&#x83B7;&#x5F97;&#x6307;&#x793A;&#x3002;&#x8FBE;&#x57F9;&#x517B;&#x57FA;&#x5BF9; TatB &#x4EA4;&#x8054;&#x6240;&#x9700;&#x5B8C;&#x6574;&#x53CC;&#x7CBE;&#x6C28;&#x9178;&#x4FE1;&#x53F7;&#x80BD;&#xFF0C;&#x8DE8;&#x819C;&#x79FB;&#x4F4D;&#x540E;&#x6D88;&#x5931;&#x4E86;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x96C6;&#x4F53;&#x7684;&#x6570;&#x636E;&#x90FD;&#x7B26;&#x5408; TatB &#x5F62;&#x6210;&#x77ED;&#x6682;&#x53EF;&#x5BB9;&#x7EB3;&#x6298;&#x53E0;&#x7684;&#x8FBE;&#x524D;&#x4F53;&#x7684;&#x5BE1;&#x805A;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x7AD9;&#x70B9;&#x3002;

TatB &#x51FD;&#x6570;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x6298;&#x53E0;&#x8FBE;&#x524D;&#x4F53;&#x86CB;&#x767D;&#x7684;&#x5BE1;&#x805A;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x7AD9;&#x70B9;&#x3002;

&#x52A8;&#x7269;&#x5206;&#x6CCC;&#x53D7;&#x6570;&#x4EE5;&#x767E;&#x8BA1;&#x7684; RNA &#x7ED3;&#x5408;&#x86CB;&#x767D; (&#x9650;&#x5236;&#x6027;&#x5546;&#x4E1A;&#x60EF;&#x4F8B;)&#x3002;&#x786E;&#x5B9A;&#x9650;&#x5236;&#x6027;&#x5546;&#x4E1A;&#x60EF;&#x4F8B;&#x7684;&#x76EE;&#x6807;&#x662F;&#x4E86;&#x89E3;&#x5176;&#x529F;&#x80FD;&#x7684;&#x5173;&#x952E;&#x3002;&#x6700;&#x8FD1;&#x7684;&#x65B9;&#x6CD5;&#xFF0C;PAR-&#x526A;&#x8F91;&#x524D;&#x6C89;&#x6DC0;, &#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x4E2D;&#x4F7F;&#x7528;&#x5230;&#x76EE;&#x6807; RNAs &#x4EA4;&#x8054;&#x7684;&#x9650;&#x5236;&#x6027;&#x5546;&#x4E1A;&#x60EF;&#x4F8B;&#x7684; photoreactive &#x6838;&#x82F7;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x5EFA;&#x7ACB; iPAR-&#x526A;&#x8F91; &#xFF08;&#x4F53;&#x5185; PAR-&#x526A;&#x8F91;&#xFF09; &#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x7684;&#x5206;&#x8FA8;&#x7387;&#xFF0C;&#x786E;&#x5B9A;&#x653F;&#x5E9C;&#x7269;&#x6D41;&#x670D;&#x52A1;&#x7F72;-1&#xFF0C;&#x963B;&#x904F;&#x5B88;&#x6052;&#x3001; &#x751F;&#x6B96;&#x5177;&#x4F53;&#x8F6C;&#x5316;&#x7269;&#x7EBF;&#x866B;&#x4E2D;&#x8F6C;&#x5F55;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x5168;&#x7ED3;&#x5408;&#x4F4D;&#x70B9;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x786E;&#x5B9A;&#x4E86; 439 &#x91CD;&#x73B0;&#x76EE;&#x6807; mRNAs &#x548C; iPAR &#x526A;&#x8F91;&#x8868;&#x73B0;&#x51FA;&#x8272;&#x7684;&#x52A8;&#x6001;&#x8303;&#x56F4;&#x7684;&#x76EE;&#x6807;&#x68C0;&#x6D4B;&#x3002;&#x653F;&#x5E9C;&#x7269;&#x6D41;&#x670D;&#x52A1;&#x7F72; 1 &#x7EC4;&#x5408;&#x5F0F;&#x3001; &#x86CB;&#x767D;&#x4F46;&#x4E0D;&#x662F;&#x8868;&#x8FBE;&#x7684; 439 &#x76EE;&#x6807;&#x540E;&#x5747;&#x6709;&#x4E13;&#x95E8;&#x589E;&#x9AD8;&#xFF0C;&#x6F14;&#x793A;&#x529F;&#x80FD;&#x3002;&#x6700;&#x540E;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x53D1;&#x73B0;&#x5F3A;&#x70C8;&#x4FDD;&#x5B88;&#x653F;&#x5E9C;&#x7269;&#x6D41;&#x670D;&#x52A1;&#x7F72; 1 &#x7ED1;&#x5B9A;&#x7AD9;&#x70B9;&#x9644;&#x8FD1;&#x7684;&#x9776;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x542F;&#x52A8;&#x5B50;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x7F51;&#x7AD9;&#x662F;&#x4F53;&#x5916;&#x7684;&#x529F;&#x80FD;&#xFF0C;&#x53EF;&#x80FD;&#x8D4B;&#x4E88;&#x5F3A;&#x70C8;&#x9547;&#x538B;&#x4F53;&#x5185;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x5EFA;&#x8BAE;&#x653F;&#x5E9C;&#x7269;&#x6D41;&#x670D;&#x52A1;&#x7F72; 1 &#x4EA4;&#x4E92;&#x7FFB;&#x8BD1;&#x673A;&#x68B0;&#x9644;&#x8FD1;&#x5F00;&#x59CB;&#x5BC6;&#x7801;&#x5B50;&#xFF0C;&#x5728;&#x771F;&#x6838;&#x7EC6;&#x80DE;&#x4E2D;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x8C03;&#x63A7;&#x6240;&#x4EE5;&#x8FDC;-&#x672A;&#x77E5;&#x6A21;&#x5F0F;&#x3002;

&#x4F53;&#x5185;&#x548C;&#x5168;&#x8F6C;&#x5F55;&#x7684; RNA &#x7ED3;&#x5408;&#x86CB;&#x767D;&#x76EE;&#x6807;&#x7AD9;&#x70B9;&#x7684;&#x6807;&#x8BC6;&#x3002;

Animal mRNAs are regulated by hundreds of RNA binding proteins (RBPs). The identification of RBP targets is crucial for understanding their function. A recent method, PAR-CLIP, uses photoreactive nucleosides to crosslink RBPs to target RNAs in cells prior to immunoprecipitation. Here, we establish iPAR-CLIP (in vivo PAR-CLIP) to determine, at nucleotide resolution, transcriptome-wide binding sites of GLD-1, a conserved, germline-specific translational repressor in C. elegans. We identified 439 reproducible target mRNAs and demonstrate an excellent dynamic range of target detection by iPAR-CLIP. Upon GLD-1 knockdown, protein but not mRNA expression of the 439 targets was specifically upregulated, demonstrating functionality. Finally, we discovered strongly conserved GLD-1 binding sites near the start codon of target genes. These sites are functional in vitro and likely confer strong repression in vivo. We propose that GLD-1 interacts with the translation machinery near the start codon, a so-far-unknown mode of gene regulation in eukaryotes.

In vivo and transcriptome-wide identification of RNA binding protein target sites.

Animaux ARNm est r&eacute;glement&eacute;s par des centaines de prot&eacute;ines de liaison ARN (pratiques commerciales restrictives). L&#39;identification des cibles de la RBP est cruciale pour comprendre leur fonction. Une m&eacute;thode r&eacute;cente, PAR-CLIP, utilise photor&eacute;actifs nucl&eacute;osides &agrave; crosslink restrictives &agrave; ARN cibles dans les cellules avant l&#39;immunopr&eacute;cipitation. Ici, nous &eacute;tablissons iPAR-CLIP (in vivo PAR CLIP) afin de d&eacute;terminer, &agrave; la r&eacute;solution des nucl&eacute;otides, des sites de fixation de l&#39;&eacute;chelle du transcriptome de GLD-1, un r&eacute;presseur translationnel sp&eacute;cifiques dans les cellules germinales, conserv&eacute; chez c. elegans. Nous avons identifi&eacute; des ARNm cible reproductible 439 et d&eacute;montrent une excellente gamme dynamique de d&eacute;tection de la cible par iPAR-CLIP. GLD-1 assommement, prot&eacute;ine mais pas expression de l&#39;ARNm des 439 cibles &eacute;tait sp&eacute;cifiquement augment&eacute;e, ce qui d&eacute;montre les fonctionnalit&eacute;s. Enfin, nous avons d&eacute;couvert des sites de liaison GLD-1 fortement conserv&eacute;s pr&egrave;s le codon de d&eacute;but de g&egrave;nes cibles. Ces sites sont fonctionnels in vitro et probablement conf&eacute;rant forte r&eacute;pression in vivo. Nous proposons que les GLD-1 interagit avec la machinerie de traduction pr&egrave;s le codon de d&eacute;part, un mode donc-extr&ecirc;me-inconnu de la r&eacute;gulation des g&egrave;nes chez les eucaryotes.

Identification in vivo et &eacute;chelle du transcriptome de RNA sites de liaison prot&eacute;ine cible.

Tierische mRNAs sind Hunderte von RNA-bindende Proteine (RBPs) geregelt. Die Identifizierung von RBP Zielen ist entscheidend f&uuml;r das Verst&auml;ndnis ihrer Funktion. Eine neue Methode, PAR-CLIP, photoreaktive Nucleoside zu Crosslink RBPs Ziel RNAs in Zellen vor Immunopr&auml;zipitation verwendet. Hier errichten wir iPAR-CLIP (in-vivo PAR-CLIP) um zu bestimmen, bei Nukleotid-Aufl&ouml;sung, Transkriptom-weite Bindungsstellen der GLD-1, ein konserviertes, Keimbahn-spezifische translational Verdr&auml;nger in C. Elegans. Wir identifizierten 439 reproduzierbare Ziel mRNAs und zeigen einen ausgezeichneten Dynamikumfang des Ziel-Erkennung von iPAR-CLIP. GLD-1 Niederschlag, Protein, aber keine mRNA Ausdruck der 439 Ziele wurde speziell herraufreguliert, Funktionalit&auml;t zu demonstrieren. Schlie&szlig;lich entdeckten wir stark konservierte Bindungsstellen der GLD-1 nahe dem Startcodon Zielgene. Dieser Sites sind funktionell in Vitro und wahrscheinlich in-vivo starke Unterdr&uuml;ckung zu &uuml;bertragen. Wir schlagen die &Uuml;bersetzung Maschinerie nahe dem Startcodon, ein so-weit-unbekannt-Modus der Genregulation bei Eukaryoten GLD-1 interagiert.

In vivo und Transkriptom-weite Identifikation der RNA Protein Ziel Bindungsstellen.

Animale mRNAs sono regolati da centinaia di RNA binding proteins (RBPs). L&#39;identificazione degli obiettivi di RBP &egrave; cruciale per capire la loro funzione. Un metodo recente, PAR-CLIP, utilizza fotoreattivi nucleosidi a reticolazione RBPs destinazione RNAs in cellule prima di immunoprecipitazione. Qui, noi stabilire iPAR-CLIP (in vivo PAR-CLIP) per determinare, alla risoluzione di nucleotide, siti di legame transcriptome-wide di GLD-1, un repressore traslazionale germinale-specifiche, conservata in c. elegans. Abbiamo identificato 439 mRNA bersaglio riproducibile e dimostrare un&#39;eccellente gamma dinamica di rilevamento del bersaglio da iPAR-CLIP. Su atterramento GLD-1, proteina ma non espressione del mRNA degli 439 obiettivi era specificamente sovraregolati, dimostrando la funzionalit&agrave;. Infine, abbiamo scoperto i siti di legame GLD-1 fortemente conservati vicino il codone di inizio dei geni bersaglio. Questi siti sono funzionali in vitro e probabile che conferiscono forte repressione in vivo. Proponiamo che GLD-1 interagisce con il macchinario di traduzione vicino il codone di inizio, una modalit&agrave; cos&igrave; lontano-sconosciuto della regolazione genica negli eucarioti.

Identificazione in vivo e transcriptome a livello dei siti di destinazione RNA binding protein.

&#x52D5;&#x7269;&#x306E; Mrna &#x306F;&#x4F55;&#x767E;&#x3082;&#x306E; RNA &#x7D50;&#x5408;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA; (Rbp) &#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x898F;&#x5236;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;RBP &#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x306E;&#x540C;&#x5B9A;&#x306F;&#x3001;&#x305D;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x3092;&#x7406;&#x89E3;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x91CD;&#x8981;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x6700;&#x8FD1;&#x30E1;&#x30BD;&#x30C3;&#x30C9;&#x3001;&#x30D1;&#x30FC; &#x30AF;&#x30EA;&#x30C3;&#x30D7;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x67B6;&#x6A4B; Rbp &#x6A19;&#x7684; Rna &#x306B;&#x3059;&#x308B;&#x5149;&#x53CD;&#x5FDC;&#x6027;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30B7;&#x30C9;&#x7D30;&#x80DE;&#x514D;&#x75AB;&#x6C88;&#x964D;&#x3059;&#x308B;&#x524D;&#x306B;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x306F;&#x3001;iPAR-&#x30AF;&#x30EA;&#x30C3;&#x30D7; &#xFF08;in vivo &#x30D1;&#x30FC; &#x30AF;&#x30EA;&#x30C3;&#x30D7;&#xFF09;&#x3001;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30C1;&#x30C9;&#x306E;&#x89E3;&#x50CF;&#x5EA6;&#x3067;&#x4FDD;&#x5B58;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x3001;&#x751F;&#x6B96;&#x7D30;&#x80DE;&#x7279;&#x7570;&#x4E26;&#x9032;&#x30EA;&#x30D7;&#x30EC;&#x30C3;&#x30B5;&#x30FC;&#x7DDA;&#x866B;&#x306E; GLD 1 &#x306E;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8;&#x30FC;&#x30E0;&#x7D50;&#x5408;&#x90E8;&#x4F4D;&#x3092;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3059;&#x308B;&#x3092;&#x78BA;&#x7ACB;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;439 &#x306E;&#x518D;&#x73FE;&#x6027;&#x306E;&#x3042;&#x308B;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x306E; mRNAs &#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3057;&#x3001;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x691C;&#x51FA;&#x306E;&#x512A;&#x79C0;&#x306A;&#x52D5;&#x7684;&#x7BC4;&#x56F2;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066; iPAR &#x30AF;&#x30EA;&#x30C3;&#x30D7;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;GLD 1 &#x30CE;&#x30C3;&#x30AF;&#x30C0;&#x30A6;&#x30F3;&#x3001;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x304C; mRNA &#x306E;&#x767A;&#x73FE; 439 &#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x306E;&#x306A;&#x3044;&#x6642;&#x306B;&#x5177;&#x4F53;&#x7684;&#x306B;&#x767A;&#x73FE;&#x4EA2;&#x9032;&#x3001;&#x6A5F;&#x80FD;&#x3092;&#x793A;&#x3059;&#x3067;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x6700;&#x5F8C;&#x306B;&#x3001;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x958B;&#x59CB;&#x30B3;&#x30C9;&#x30F3;&#x8FD1;&#x508D;&#x5F37;&#x304F;&#x4FDD;&#x5B58; GLD 1 &#x7D50;&#x5408;&#x90E8;&#x4F4D;&#x3092;&#x767A;&#x898B;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x306F;&#x3001;in vitro &#x3067;&#x6A5F;&#x80FD;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3057;&#x3001;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x304C;&#x5F37;&#x3044;&#x5F3E;&#x5727; in vivo &#x3067;&#x5354;&#x8B70;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;GLD 1 &#x306E;&#x3067;-&#x3053;&#x308C;&#x307E;&#x3067;-&#x672A;&#x77E5;&#x306E;&#x30E2;&#x30FC;&#x30C9;&#x306E;&#x771F;&#x6838;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x898F;&#x5247;&#x306E;&#x958B;&#x59CB;&#x30B3;&#x30C9;&#x30F3;&#x8FD1;&#x508D;&#x306E;&#x7FFB;&#x8A33;&#x6A5F;&#x68B0;&#x304C;&#x5BFE;&#x8A71;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x63D0;&#x6848;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

RNA &#x7D50;&#x5408;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x90E8;&#x4F4D;&#x306E; in vivo &#x3068;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8;&#x30FC;&#x30E0;&#x306E; id&#x3002;

&#xB3D9;&#xBB3C; mRNAs RNA &#xC758;&#xBB34;&#xC801;&#xC778; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; (RBPs)&#xC758; &#xC218;&#xBC31;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xADDC;&#xC81C; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. RBP &#xBAA9;&#xD45C;&#xBB3C;&#xC758; &#xC2DD;&#xBCC4;&#xC740; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC744; &#xC774;&#xD574; &#xD558;&#xB294; &#xB370; &#xC911;&#xC694; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xCD5C;&#xADFC; &#xBC29;&#xBC95; &#xD30C; &#xD074;&#xB9BD; immunoprecipitation &#xC774;&#xC804; &#xC140;&#xC5D0; &#xB300;&#xC0C1; RNAs crosslink RBPs photoreactive nucleosides&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC5EC;&#xAE30;, &#xC6B0;&#xB9AC; iPAR-&#xD074;&#xB9BD; (vivo&#xC5D0;&#xC11C; &#xD30C; &#xD074;&#xB9BD;) &#xB274;&#xD074;&#xB808;&#xC624;&#xD2F0;&#xB4DC; &#xD574;&#xC0C1;&#xB3C4;&#xC5D0;&#xC11C; C. elegans&#xC5D0; &#xBCF4;&#xC874;, &#xBC88;&#xC9F8; &#xD2B9;&#xC815; &#xBCC0;&#xD658; &#xC9C4;&#xC555; GLD 1 transcriptome &#xC804;&#xCCB4; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xB97C; &#xD655;&#xC778;&#xC744; &#xC124;&#xC815; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC; 439 &#xC7AC;&#xD604; &#xB300;&#xC0C1; mRNAs &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD558; &#xACE0; iPAR &#xD074;&#xB9BD;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xB300;&#xC0C1; &#xAC10;&#xC9C0;&#xC758; &#xC6B0;&#xC218;&#xD55C; &#xB3D9;&#xC801; &#xBC94;&#xC704;&#xB97C; &#xBCF4;&#xC5EC; &#xC90D;&#xB2C8;&#xB2E4;. GLD 1 &#xCD5C;&#xC800;, &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xB9CC; 439 &#xB300;&#xC0C1;&#xC758; mRNA &#xD45C;&#xD604; &#xD558;&#xC9C0; &#xB418; &#xBA74; &#xD2B9;&#xD788; upregulated, &#xAE30;&#xB2A5;&#xC744; &#xC2DC;&#xC5F0; &#xD588;&#xB2E4;. &#xB9C8;&#xC9C0;&#xB9C9;&#xC73C;&#xB85C;, &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xAC15;&#xB825; &#xD558; &#xAC8C; &#xBCF4;&#xC874;&#xB41C; GLD 1 &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xB97C; &#xB300;&#xC0C1; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xC2DC;&#xC791; codon &#xADFC;&#xCC98; &#xBC1C;&#xACAC; &#xD588;&#xB2E4;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xB294; &#xCCB4; &#xC678;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC791;&#xB3D9; &#xBC0F; &#xAC00;&#xB2A5;&#xC131;&#xC774; &#xAC15;&#xD55C; &#xC5B5;&#xC555; &#xC0DD;&#xCCB4; &#xC870;&#xAC74; &#xBD80;&#xC5EC;. &#xC9C4;&#xD575;&#xC0DD;&#xBB3C;&#xC758; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC870;&#xC808;&#xC758; &#xB108;&#xBB34;-&#xBA3C;-&#xC54C; &#xC218; &#xC5C6;&#xB294; &#xBAA8;&#xB4DC; &#xC2DC;&#xC791; codon &#xADFC;&#xCC98; &#xBC88;&#xC5ED; &#xAE30;&#xACC4; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9; &#xD558;&#xB294; GLD 1 &#xC81C;&#xC548; &#xD55C;&#xB2E4;.

RNA &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xB300;&#xC0C1; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC758; in vivo &#xBC0F; transcriptome &#xC218;&#xC900; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

MRNAs animales est&aacute;n regulados por cientos de prote&iacute;nas de uni&oacute;n de la RNA (restrictivas). La identificaci&oacute;n de objetivos de las pr&aacute;cticas comerciales restrictivas es crucial para entender su funci&oacute;n. Un m&eacute;todo reciente, PAR-CLIP, utiliza fotoreactivas nucle&oacute;sidos a pr&aacute;cticas comerciales restrictivas de la reticulaci&oacute;n a destino RNAs en c&eacute;lulas antes de inmunoprecipitaci&oacute;n. Aqu&iacute;, establecemos iPAR-CLIP (CLIP PAR in vivo) para determinar, en resoluci&oacute;n de nucle&oacute;tido, sitios de uni&oacute;n de todo el transcriptoma de GLD-1, un represor traslacional conservado, espec&iacute;ficos del germline en C. elegans. Se identificaron 439 mRNAs de destino reproducibles y demostrar un excelente rango din&aacute;mico de la detecci&oacute;n de blancos por iPAR-CLIP. Sobre la ca&iacute;da de GLD-1, prote&iacute;na pero no la expresi&oacute;n del mRNA de los 439 objetivos fue espec&iacute;ficamente alza, demostrando la funcionalidad. Finalmente, descubrimos sitios de uni&oacute;n de GLD-1 fuertemente conservados cerca el cod&oacute;n de inicio de genes diana. Estos sitios son funcionales in vitro y es probable que confieren fuerte represi&oacute;n en vivo. Proponemos que GLD-1 interact&uacute;a con la maquinaria de traducci&oacute;n cerca el cod&oacute;n de inicio, un modo de tan lejos-desconocido de regulaci&oacute;n g&eacute;nica en eucariotas.

Anna-Carina Jungkamp

Berlin Institute for Medical Systems Biology

Max-Delbrück-Center for Molecular Medicine

PAR-CliP - A Method to Identify Transcriptome-wide the Binding Sites of RNA Binding Proteins

Anna-Carina Jungkamp

.css-o250i3{font-size:18px;font-family:Open Sans,sans-serif;line-height:21.6px;}Berlin Institute for Medical Systems Biology

Max-Delbrück-Center for Molecular Medicine

PAR-CliP - A Method to Identify Transcriptome-wide the Binding Sites of RNA Binding Proteins

Berlin Institute for Medical Systems Biology